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PROCESSUS ÉLÉMENTAIRES
DU GÉNIE BIOLOGIQUE
DU TRAITEMENT DE L'EAU
1. GÉNÉRALITÉS
Le traitement biologique des eaux fait
appel à différents types de fermentation.
Une fermentation se définit comme étant
une dégradation de certaines substances
1.1.
ÉVOLUTION D'UNE
CULTURE BACTÉRIENNE
Après ensemencement, une culture
bactérienne se développe jusqu'à
épuisement du milieu nutritif si
l'environnement est favorable. La figure
132 établie dans des conditions de
température, pH, etc., constantes,
représente la variation de X la
concentration de la culture bactérienne,
en fonction du temps t, en masse par
unité de volume. Plusieurs phases se
succèdent:
• Phase de latence
Au cours de cette phase d'adaptation, la
cellule synthétise en particulier les
enzymes nécessaires à la métabolisation
organiques, souvent accompagnée de
dégagements gazeux sous l'action
d'enzymes secrétés par les micro-
organismes.
du substrat Cette phase est importante
lorsque l'eau n'est pas préalablement
ensemencée par des germes adaptés: cela
peut être le cas de certains rejets
industriels. Durant cette phase, il n'y a pas
de reproduction cellulaire.
X = Cte = Xo
Xo étant la concentration cellulaire au
temps t = 0:
La vitesse de croissance est donc nulle
• Phase exponentielle de croissance
Cette phase est obtenue quand le taux de
reproduction cellulaire atteint son
maximum et reste constant en présence
d'une concentration non limitante en
substrat. Elle est évaluée par le temps de
 Chap. 4: Processus élémentaires du génie biologique du traitement de l'eau
Figure 132. Développement d'une culture bactérienne
génération, tg (ou de doublement) de la
population bactérienne, qui prend alors sa
valeur minimale. Au cours de cette phase, la
vitesse de croissance, dX/dt, augmente
proportionnellement à X (d'où l'allure
exponentielle de la courbe). En coordonnées
semi-logarithmiques, la courbe a l'allure d'une
droite. On a l'équation suivante
avec ìm taux de croissance maximal. ou
encore:
• Phase de ralentissement
Elle correspond à l'épuisement du milieu de
culture avec disparition de un ou plusieurs
éléments nécessaires à la croissance
bactérienne. Dans certains cas, la phase de
ralentissement peut être due à l'accumulation
de produits inhibiteurs provenant du
métabolisme bactérien. X continue à
augmenter, mais dX/dt diminue.
• Phase stationnaire
X atteint sa valeur maximale X max La
croissance s'arrête, même si les cellules
conservent une certaine activité métabolique.
• Phase de décroissance (ou encore
phase endogène)
La concentration en cellules vivantes
diminue du fait de la mortalité dont le taux
va augmenter. Cette mortalité est due à
l'autolyse enzymatique des cellules.
Ces différentes phases eues équations qui
les régissent, sont valables en milieu aérobie
ou anaérobie. Les valeurs des différents
coefficients dépendent, bien entendu, de la
nature des micro-organismes, du substrat et
de divers paramètres (température, pH).
 1.
1.2.
MODÉLISATION
DE LA CROISSANCE
BACTÉRIENNE
Dans la plupart des applications
industrielles, compte tenu des rendements
de dépollution demandés qui conduisent à
des concentrations finales en substrat
faibles, la biomasse sera en phase de
croissance ralentie. Plusieurs modèles
mathématiques ont été proposés pour
rendre compte de la partie de la courbe
correspondant à la phase de ralentissement
et au-delà, mais la plupart des modèles mis
au point tentent de couvrir la totalité de la
courbe de croissance.
Le modèle de MONOD est le plus
ancien, c'est également le plus connu, et
encore le plus utilisé. C'est un modèle
empirique, très proche de la loi de
MICHAELIS-MENTEN relative aux
réactions enzymatiques. Il s'écrit
1.3.
L'ACTIVITÉ
D'UNE BIOMASSE
Dans tout procédé de fermentation, la
masse de micro-organismes présents est un
paramètre important, mais il en est un autre:
leur niveau d'activité. On cherche à optimiser
le produit masse de micro-organismes x
activité spécifique.
Plusieurs méthodes ont été proposées pour
mesurer l'activité d'une biomasse.
1.4. L'ÉLIMINATION DU
SUBSTRAT
Avec une masse donnée de micro-
organismes, la vitesse de disparition d'un
substrat S en fonction du temps peut prendre
plusieurs allures. On utilise fréquemment la
Généralités
S étant la concentration de la solution en
substrat limiteur de croissance.
K a la signification d'une concentration
seuil au-dessous de laquelle le taux de
croissance devient très dépendant de la
concentrationen substrat. Cette constante
correspond à la valeur de S pour laquelle
K est généralement très petit et pendant
toute la phase de croissance exponentielle,
ì = ì max.
Il est important de souligner que dans le cas
de cultures bactériennes faisant intervenir
différentes souches de micro-organismes, le
ì mesuré est en fait un ì r ésultant A un
instant donné, certaines bactéries pourront
se trouver à une phase de croissance
différente de celle d'autres.
Pour des études très spécialisées, (cultures
pures, valorisation d'un métabolite), d'autres
modèles sont utilisés.
La mesure de l'ATP (adénosine
triphosphate) est pratiquement abandonnée
par les traiteurs d'eaux car les résultats sont
difficilement interprétables. Celle de
l'activité déshydrogénasique est handicapée
par la dispersion des résultats et celle de
l'ADN (acide désoxyribonucléique) conduit
à une méthode de dosage longue et
fastidieuse. Les méthodes respirométriques
sont de nouveau les plus utilisées (voir page
366).
notion d'ordre de réaction. Une réaction est
dite d'ordre zéro si
ce qui signifie que la vitesse de réaction est
indépendante de la concentation en substrat.
Dans le cas contraire, on a une relation de
type
 Chap. 4: Processus élémentaires du génie biologique du traitement de l'eau
la réaction est dite d'ordre n.
En traitement d'eau, l'évolution de S en
fonction du temps, pour une masse donnée
et constante de micro-organismes, prend
souvent l'allure de la courbe de la figure
133.
Figure 133. Elimination du substrat.
1.5.
CULTURES AÉROBIES,
CULTURES ANAÉROBIES
Les traitements biologiques utilisés en
traitement d'eau ne font que reprendre des
phénomènes naturels. Deux voies sont
possibles pour dépolluer les effluents
- la voie aérobie si l'oxygène est associé aux
réactions. Cette voie est celle qui s'instaure
spontanément dans les eaux suffisamment
aérées. Le carbone organique se retrouve
sous forme de CO2 et de biomasse,
- la voie anaérobie, si les réactions
s'effectuent à l'abri de l'air, en milieu
réducteur. Le carbone organique, après
dégradation, se retrouve sous forme de CO2 ,
CH4 et biomasse. Le faible potentiel
d'oxydo-réduction fait passer l'azote sous
forme NH3 , le soufre sous forme H2 S ou de
différents types de composés soufrés
organiques, tels que les mercaptans.
On observe dans un premier temps une
réaction d'ordre zéro. Puis quand la
concentration en substrat devient inférieure
à une certaine valeur, il y a changement
d'ordre de la réaction, donc un
ralentissement de la vitesse de disparition
du substrat Cela signifie que les dernières
fractions de substrat sont souvent difficiles
à éliminer.
La première phase correspond à des
phénomènes complexes de biosorption et de
floculation des matières colloïdales; puis la
disparition du substrat est liée à son
utilisation par les micro-organismes.
D'une façon générale, il est possible de
schématiser la dégradation du glucose selon
ces deux voies
La synthèse de un gramme de biomasse,
demandant le même apport énergétique,
quelle que soit la voie choisie, le taux de
génération des germes aérobies est plus
élevé que celui des germes anaérobies et le
processus de dégradation de la matière
carbonée est plus rapide. Par contre la
production de boues est plus faible en
anaérobiose.
On réserve généralement le terme anoxie à
un environnement pratiquement exempt
d'oxygène dissous, sans que, pour autant des
fermentations acide et anaérobie se
développent
 1. Généralités
1.6.
TOXICITÉ, INHIBITION
Le bon déroulement d'une fermentation
aérobie ou anaérobie, demande des
conditions de milieu assez strictes. Parmi ces
conditions, la température et le pH ont un
rôle important. Mais il est également
nécessaire que le milieu ne contienne pas de
produits toxiques ou inhibiteurs susceptibles
de ralentir, voire de stopper de façon
irréversible l'activité bactérienne.
La plupart des métaux lourds se comportent
comme des toxiques vis-à-vis de la flore
bactérienne. C'est le cas plus particulièrement
du cuivre, du chrome, du nickel, du zinc, du
mercure et du plomb. Ces métaux agissent,
soit en se fixant sur certains sites
enzymatiques, qu'ils bloquent, soit en
dénaturant certains enzymes, soit enfin en
modifiant la perméabilité de la membrane
cellulaire.
Des anions comme les cyanures, les
fluorures, les arséniates, les chromates et
bichromates ont un comportement analogue.
Les halogènes et certains composés
1.7. CARACTÉRISTIQUES
GÉNÉRALES DES
BIORÉACTEURS
1.7.1. Cultures libres, cultures fixées
La mise en oeuvre des cultures bactériennes
peut revêtir de très nombreuses formes. Il est
classique de distinguer les procédés dits à
cultures libres et les procédés dits à cultures
fixées.
• Dans les procédés à cultures libres,
utilisés uniquement en traitement d'eaux
résiduaires, on provoque le développe-
organiques, peuvent intervenir également en
dénaturant les protéines ou d'autres
composants de la cellule.
Les bactéries n'ont pas la même sensibilité
aux différents toxiques. Leur sensibilité à tel
ou tel produit dépend également de leur état
physiologique. Certaines souches sont même
capables de dégrader des toxiques comme les
cyanures ou les phénols.
Dans la pratique, il est souvent possible
d'adapter une culture bactérienne à la
présence de toxiques ou d'inhibiteurs, et de
reculer ainsi les seuils de toxicité. Certains
métaux peuvent se fixer sur le floc bactérien
sous forme de complexes organométalliques
insolubles, sans qu'ils perturbent la croissance
bactérienne. A noter cependant que la
présence de ces métaux dans les boues en
excès peut les 287 rendre impropres à une
réutilisation agricole, si les teneurs dépassent
certaines limites.
Au-delà d'un certain seuil, certains
métabolites peuvent être eux-mêmes
inhibiteurs de l'activité bactérienne.
ment d'une culture bactérienne dispersée sous
forme de flocs, au sein du liquide à traiter.
On utilise pour cela un bassin brassé pour
conserver en suspension la culture, et dans
lequel on maintient
- soit, une certaine concentration en oxygène:
ce sont les procédés aérobies tels que les
boues activées, le lagunage aéré ou naturel,
- soit, au contraire, l'absence d'oxygène ce
sont les procédés anaérobies tels que les
procédés contact-clarification, à lit de boue,
le lagunage anaérobie.
• Dans les techniques à cultures fixées,.
on utilise la capacité qu'ont la plupart des
 Chap. 4: Processus élémentaires du génie biologique du traitement de l'eau
micro-organismes à produire des
exopolymères permettant leur fixation sur des
supports très divers, pour former un biofilm.
Les cultures fixées, comme les cultures libres,
peuvent s'utiliser en traitements aérobies ou
anaérobies (biofiltres à milieu granulaire fin,
lits bactériens, disques biologiques...).
Les cultures libres ont comme avantage
essentiel, une relative simplicité de mise en
oeuvre. Elles sont limitées cependant par les
concentrations en micro-organismes
admissibles dans les bassins et conduisent
ainsi à des volumes d'ouvrages importants.
Par contre, les cultures fixées permettent
d'obtenir dans les réacteurs des concentrations
en biomasse (et parfois des activités) plus
importantes, ce qui 288 permet de réduire leur
taille.
Il est à noter qu'aussi bien en cultures libres
qu'en cultures fixées, il y a production d'une
biomasse en excès, qu'il est nécessaire
d'extraire, de traiter et d'évacuer.
1.7.2. Dispersion et temps de séjour
hydraulique
Une autre distinction importante, surtout dans
le cas des procédés à cultures libres comme les
boues activées, est celle entre bioréacteur de
type homogène ou encore à mélange intégral et
bioréacteur de type hétérogène de type flux
piston par exemple. Un bioréacteur sera dit en
mélange intégral, si en tous ses points, les
concentrations (biomasse, substrat, oxygène...)
et les températures sont identiques. Les
bioréacteurs de type flux piston correspondent à
des canaux présentant un rapport
longueur/largeur élevé: dans ce cas des
gradients de concentrations axiaux
apparaissent. Dans un réacteur à flux piston
idéal, le débit.
toutes les particules entrant à un instant
donné dans le réacteur se trouvent ensuite à
chaque instant dans des conditions
hydrauliques identiques (vitesse et
direction). Le temps de séjour hydraulique y
est théoriquement le mémé pour toutes les
particules alors que dans un réacteur à
mélange intégral, la distribution des temps
de séjour des particules est du type gaussien.
Ces caractéristiques hydrauliques sont
importantes, car elles peuvent avoir des
conséquences sur les cinétiques
réactionnelles et même privilégier lé
développement de certaines espèces
bactériennes par rapport à d'autres.
• Cinétiques réactionnelles
Des considérations théoriques montrent
que dès qu'une réaction est d'ordre
supérieur à zéro, le flux piston doit
permettre, pour un volume d'ouvrage
donné, d'obtenir un état d'avancement des
réactions supérieur au mélange intégral ou,
pour un mémé état d'avancement d'une
réaction, un volume d'ouvrage plus réduit.
• Coefficient de dispersion
Il n'existe pas à l'échelle industrielle de
bioréacteurs fonctionnant en mélange
intégral, ou en flux piston parfaits. Par
contre, certains réacteurs seront proches,
soit d'un mélange intégral, soit d'un flux
piston. Afin de quantifier cette tendance, il
est d'usage d'utiliser un coefficient de
dispersion longitudinale. Une valeur zéro
correspond à un flux piston parfait, tandis
qu'une valeur infinie correspond à un
mélange intégral parfait.
• Temps de séjour hydraulique
Si on appelle :
Tt le temps de séjour théorique, donné
par
le débit.
Tr le temps de séjour réel moyen
pondéré.
 1. Généralités
On peut établir la courbe de réponse
après l'injection instantanée d'un produit
traceur.
Plusieurs cas peuvent se présenter :
- t r < t t (figure 134).
Cela est l'indice de volumes morts dans
lesquels il y a stagnation d'eau, participant
peu, voire pas du tout, aux différentes
réactions. Cela se traduit généralement sur
la courbe par une trainée. -tr=t t
Dans ce cas, tout le volume géométrique
est parcouru par l'eau.
1.8.
CARACTÉRISTIQUES DU
SUBSTRAT
Est appelé substrat l'ensemble des
produits contenus dans une eau et
susceptibles d'être utilisés par les bactéries
- t r > t t (figure 135).
Ceci est l'indice d'un court-circuit à
l'intérieur du réacteur (si tr est le temps
de séjour moyen de l'eau ayant
réellement traversé le réacteur).
L'utilisation en traitement d'eau de
bioréacteurs fonctionnant dans les
conditions de plus en plus intensives
oblige à bien prendre en considération
toutes ces notions d'hydraulique
.
pour leur croissance. Ces éléments
peuvent être classés de la façon suivante
- éléments majeurs: C, H, 0 et N,
- éléments mineurs: P, K, S et Mg,
- vitamines et hormones,
- éléments traces ou oligo éléments (Co,
Fe, Ni, etc.).
 Chap. 4: Processus élémentaires du génie biologique du traitement de l'eau

Dans le milieu particulièrement complexe

que représente la plupart des eaux
résiduaires, les éléments traces, les
vitamines et les hormones sont
généralement en concentration suffisante
pour assurer une épuration correcte. Il en est
de même pour K, S et Mg. Par contre, il
peut arriver que l'eau à traiter ne contienne
pas assez de phosphore, ni même d'azote; il
faut alors en rajouter. La lutte contre
l'entrophisation peut nécessiter, elle,
l'élimination de ces éléments (voir page 30).
Pour qu'un effluent puisse être traité par
voie biologique, il doit présenter des
caractéristiques compatibles avec la
croissance bactérienne: pH, température,
absence de produits inhibiteurs ou toxiques.

1.8.1. Pollution carbonée S'il y a des matières organiques non

(voir page 16)
Le carbone organique est généralement la
pollution principale à éliminer. Il constitue,
en outre l'essentiel de la biomasse (formule
très simplifiée: C5 H7 NO2 ). Compte tenu de
la diversité des formes de pollutions
carbonées, on a la plupart du temps recours
à des méthodes de caractérisation globale.
La figure 136 représente l'évolution de la
DBO en fonction du temps d'oxydation.
Pour être complète, celle-ci demande un
temps de 21 jours environ à 20 °C. On
obtient alors la DBO ultime ou DBO 21.
Si dans une eau toutes les matières
organiques étaient biodégradables, on
devrait avoir
DCO = DB021
C'est le cas du glucose pour lequel on a
biodégradables, (cas des eaux ménagères et
de nombreux rejets industriels) on a
DCO > DB021
Comme exemple type de corps organiques
non biodégradables, on peut citer la
cellulose, la lignine, les tanins, la sciure de
bois, etc.
Au cours d'un traitement biologique, le
rapport de l'effluent augmente
sensiblement.
1.8.2. Pollution azotée
Les sources d'azote susceptibles d'être
utilisées par les différents micro-organismes
incluent pratiquement toutes les sources
d'azote organique et minéral. L'azote est
métabolisé pour fournir essentiellement des
protéines, des acides nucléiques et les
polymères des parois cellulaires. On peut
estimer que l'azote constitute environ 12 %
du poids sec d'une biomasse pure. En
traitement d'eau résiduaire, cette valeur est
généralement ramenée à moins de 10 %.
 1. Généralités
On distingue dans une eau usée les
différentes formes suivantes de l'azote
- Formes réduites correspondant à
l'azote Kjeldahl: N-organique, N-NH4 +
(azote ammoniacal).
- Formes oxydées: N-NO2 - (azote
nitreux), N-NO3 - (azote nitrique).
Le terme "Azote global",
fréquemment utilisé dans le traitement
des eaux résiduaires, correspond à la
somme des formes réduites et oxydées.
1.8.3. Pollution phosphorée
Le phosphore est incorporé
essentiellement dans les acides
nucléiques, les phospholipides et les
polymères des parois bactériennes.
Dans certains cas particuliers, il peut
être stocké dans la cellule, sous forme
1.9.
LA POLLUTION ET
LE MILIEU RÉCEPTEUR
INTÉRÊT DE
LA MODÉLISATION
Il est possible de déterminer les
conséquences d'un rejet polluant sur le
milieu récepteur par des mesures directes
sur site, mais cela n'est généralement
réalisé que pour un nombre très limité de
régimes hydrauliques.
D'autre part, pour prévoir l'influence de
déversements futurs ou accidentels ou
pour établir une réduction programmée
des rejets polluants, il n'est pas possible
de se passer de modèles mathématiques.
Les modèles actuellement utilisés portent
essentiellement sur
- la réoxygénation du milieu aquatique
(depuis l'atmosphère et par photosynthèse
des plantes aquatiques et des algues),
de polymétaphosphate (déphosphatation
biologique, voir page 303). Une très
faible fraction de phosphore est sous
forme de phosphore organique
diffusible, tel que l'ATP (Adénosine
triphosphate).
Le phosphore représente 1,5 à 2 % du
poids sec d'une biomasse. Il est à noter
cependant que ce pourcentage augmente
avec le taux de croissance et varie
inversement avec la température.
Le phosphore peut être présent dans
les eaux usées, soit sous forme
d'orthophosphates, soit sous forme de
polyphosphates ou de phosphore
organique. On parle aussi de phosphore
total qui correspond à la somme de
toutes les formes de phosphore.
- l'oxydation de la matière organique
ainsi que des formes réduites de l'azote.
Ces modèles ont pour but de
déterminer l'évolution des teneurs en
oxygène dissous ainsi qu'en DB05 (ou
COT), N-NH4 +, etc., en aval du point de
rejet.
Les formulations proposées sont très
empiriques. Les constantes de
réaération en rivière dépendent en
particulier de la vitesse et de la
profondeur du cours d'eau. La
modélisation des formes réduites de
l'azote reste délicate en raison des
incertitudes sur la détermination des
flux polluants (en particulier ceux
d'origine agricole) ainsi que de la
complexité des phénomènes de
nitrification. La prise en compte de
l'évolution des dépôts en rivière et de
ses conséquences se heurte à de grosses
difficultés.
C'est probablement dans le domaine
de l'eutrophisation des lacs que la
modélisation a été la plus performante.
 Chap. 4: Processus élémentaires du génie biologique du traitement de l'eau
1.10.
PERSPECTIVES
DU GÉNIE BIOLOGIQUE
Les biotechnologies progressent par
l'émergence de techniques nouvelles
issues du génie génétique, enzymatique
ou immunologique. Leurs applications
dans le métier du traiteur d'eau sont
prometteuses même si certaines
techniques restent futuristes ou semblent
utopiques du fait de la complexité des
substrats à traiter.
Une des voies intéressantes est
d'utiliser la spécificité des enzymes soit
pour accélérer la dégradation de
substances particulières présentes en
grande quantité, soit pour développer des
capteurs ou
sondes biologiques. Ces systèmes, basés
sur la fixation d'enzymes ou de micro-
organismes sur une membrane, doivent
permettre de quantifier rapidement et
sélectivement des polluants ou
micropolluants (pesticides, etc.). D'autres
techniques pourront faire appel aux
mécanismes de reconnaissance immunitaire,
pour la détection des micro-organismes, même à
concentration très faible (pour le traitement
d'EP).
Il est tentant également d'utiliser le génie
biologique pour générer des micro-organismes
capables d'assurer la dépollution des effluents
avec des cinétiques très supérieures à la normale
ou pour dégrader des substrats inattaqués jusque
là par les méthodes conventionnelles.
Mais la production et l'utilisation au stade
industriel de ces bactéries "mutantes" ne sont
pas sans poser des problèmes difficiles
- compétition par rapport aux micro-organismes
naturels,
- comportement face à la multiplicité des
substances à dégrader,
- fuite de ces micro-organismes dans le milieu
naturel.
Par contre, isoler et produire des micro-
organismes issus du milieu naturel, de façon à
en assurer un apport massif dans des
environnements qui en sont dépourvus, peut
permettre d'accélérer un processus de sélection
et d'épuration qui s'établirait trop lentement.