AGROPOLIS
INTERNATIONAL
Agropolis International
associe les institutions de
recherche et d’enseignem ent
supérieur de Montpellier
et du Languedoc-Roussillon,
en partenariat avec
les collectivités territoriales,
des sociétés et entreprises
régionales, en liaison avec
des institutions internationales.
Agropolis International
constitue un véritable espace
international ouvert
à tous les acteurs du
développem ent économ ique et
social dans les dom aines
de l’agriculture,
l’alim entation
et l’environnem ent.
a g r i c u l t u re • a l i m e n t a t i o n • e n v i ro n n e m e n t
Agrop olis est u n cam p u s in tern ation al dédié au x scien ces « vertes ».
Il rep résen te u n p oten tiel de com p éten ces scien tifiqu es
et tech n iqu es excep tion n el : p lu s de 2 200 cadres scien tifiqu es
dan s p lu s de 110 u n ités de rech erch e à Mon tp ellier et
en Lan gu edoc-Rou ssillon , don t 300 scien tifiqu es à l’étran ger
rép artis dan s 60 p ays.
La com m u n au té scien tifiqu e Agrop olis In tern ation al est stru ctu rée
en gran ds dom ain es th ém atiqu es corresp on dan t au x gran ds en jeu x
scien tifiqu es, tech n ologiqu es et écon om iqu es du dévelop p em en t :
• Agron om ie et filières de p rodu ction s agricoles
m éditerran éen n es et trop icales,
• Biotech n ologie et tech n ologie agroalim en taire,
• Biodiversité, ressou rces n atu relles et écosystèm es,
• Eau , en viron n em en t et dévelop p em en t du rable,
• Dévelop p em en t ru ral et sociétés,
• Gén om iqu e et biologie in tégrative végétale et an im ale,
• Alim en tation et san té,
• Qu alité et sécu rité alim en taire.
Lieu de cap italisation et de valorisation des savoirs, esp ace de
form ation et de tran sfert tech n ologiqu e, p late-form e d’accu eil et
d’éch an ges in tern ation au x, la com m u n au té scien tifiqu e Agrop olis
In tern ation al dévelop p e des action s d’exp ertise collective
et con tribu e à fou rn ir des élém en ts scien tifiqu es et tech n iqu es
p erm ettan t l’élaboration et la m ise en p lace de p olitiqu es de
dévelop p em en t.
 Compétences
en recherche de
Écosystèmes aquatiques :
Montpellier et de la
région Languedoc
Ressources et valorisation
Roussillon en matière
d’écosystèmes et de
ressources aquatiques

Au sein de la biosphère, les milieux

aquatiques et leurs ressources
vivantes fournissent environ les deux Biodiversité et fon ction n em en t Page 4
tiers des biens et services que la
biosphère offre à l’humanité. des écosystèm es aqu atiqu es
O r, nombre de ces milieux sont
déjà perturbés par les changements
climatiques et les modifications Pêche : diagn ostic et appu i à la gestion Page 20
de l’usage des sols. En outre, leurs
ressources sont de plus en plus
fragiles et vulnérables en raison des
pressions anthropiques fortes et
croissantes, surtout en Méditerranée.
Aqu acu ltu re : en jeu x et évolu tion s Page 30

Aussi, ces écosystèmes connaissent

de nombreuses crises, aiguës ou
chroniques: eutrophisation, marées Qu alité de la ressou rce et biosu rveillan ce Page 42
vertes, anoxies, contaminations, etc.
Les stocks de poissons et
d’invertébrés sont le plus
souvent surexploités en raison de Enjeux économ iques, am énagem ent, Page 50
l’amélioration des technologies sans
réduction de l’effort de pêche. politiques publiques et outils de gouvernance

La demande en produits aquatiques

s’accroît mais les crises d’origine
anthropique qui affectent ces
écosystèmes sont de plus en plus
fréquentes. Il devient donc urgent et
nécessaire de mieux connaître ces Thém atiqu es cou vertes Page 58
écosystèmes aquatiques,
y compris dans leurs dimensions par les équ ipes de recherche
socio-économiques, afin de
comprendre les mécanismes à
l’œuvre et de les maîtriser. Les form ation s Page 60

à Agropolis In tern ation al

Cet objectif exige de mobiliser des
compétences multiples, organisées
en réseaux à toutes les échelles
Liste des acron ym es Page 65
spatiales, en partenariat avec
les pays du Sud. Montpellier et et des abréviation s
la Région Languedoc-Roussillon
possède, sur ces thématiques,
le 3ème ensemble de recherche
en France, avec 23 laboratoires
impliquant cinq universités, le CN RS,
quatre instituts spécialisés, ainsi
que deux structures fédératives.
Parallèlement, la formation offre
13 cursus, allant de la licence
professionnelle au doctorat.

Ces unités de recherche font partie

intégrante de la communauté
scientifique Agropolis International
et contribuent ainsi à la visibilité
et à la notoriété de cet ensemble
scientifique de premier plan au sein
de l’espace européen de la recherche.
 © Yannick Chancerelle (UMS 2978)
Sur les pentes externes d e 15 îles polynésiennes est analysé avec précision
le groupe d es poissons. Les techniques utilisées perm ettent d e travailler
sur 9 ind icateurs d u peuplem ent ichtyque d ont la d iversité, la richesse,
la d ensité, les régim es alim entaires, les tailles, etc.

Biodiversité et fon ction n em en t

des écosystèm es aqu atiqu es
Écosystèm es aquatiques

4
L
es écosystèmes aquatiques ont donné naissance
à la Vie il y a près de 4 milliards d’années. Ils sont
caractérisés par la présence d’un fluide beaucoup
plus dense et visqueux que l’air. La sortie de l’eau est
récente (400 millions d’années pour la vie métazoaire
organisée) et fut un événement majeur dans l’histoire du
Vivant. Ce milieu aquatique est continu et les contraintes
physiques y sont spécifiques. Ses habitats dépendent de
facteurs environnementaux comme la température, la
salinité, l’oxygène dissous, le pH , la pression hydrostatique,
la présence de polluants…
O n a l’habitude de séparer les écosystèmes aquatiques
en continentaux (eaux douces, rivières, fleuves, lacs,
réservoirs… ), lagunaires et côtiers, incluant les estuaires,
les lagunes, les marais littoraux… , et en marins,
rassemblant tous les milieux salés, de la côte au grand
large. Le milieu marin regroupe aujourd’hui plus de
270 000 espèces vivantes soit quelques 15% de toutes les
espèces connues, mais avec parfois d’énormes biomasses :
les seules bactéries de la couche de sub-surface de
l’océan représentant à elles seules 10% de toute la
biomasse carbonée de la planète ! O n décrit actuellement
16 000 nouvelles espèces par an, dont 1 600 marines,
mais la diversité spécifique microbienne est très sous-
estimée.
Le terme « Biodiversité », contraction de « diversité
biologique », est universellement utilisé aujourd’hui. Il
fut créé par des écologues au milieu des années 80 mais
n’est sorti du sérail des biologistes qu’avec la signature de
la Convention internationale sur la diversité biologique
lors du « Sommet de la Terre » à Rio en juin 1992.
Il s’extrayait alors du seul terrain biologique pour devenir
politique. Ce terme regroupe l’ensemble de toutes les
espèces vivantes, tous groupes confondus, peuplant
un milieu donné sur la planète. L’espèce est le niveau
taxinomique privilégié (reconnaissance et description),
mais la diversité biologique correspond en fait à toute
l’information génétique contenue dans les individus, les
espèces et les populations. Ceci fait que sa signification
est très large.
Q uatre grandes problématiques peuvent s’y rattacher :
(1) l’étude des mécanismes biologiques fondamentaux
permettant d’expliquer la diversité des espèces et leurs
spécificités et amenant les scientifiques
à « décortiquer » davantage les mécanismes de la
spéciation et de l’évolution, (2) les approches plus
récentes et prometteuses d’écologie fonctionnelle et de
biocomplexité, incluant l’étude des flux de matière et
d’énergie et les grands cycles biogéochimiques,
(3) les travaux sur la nature « utile » pour l’humanité dans
ses capacités à fournir des éléments nutritionnels, des
substances à haute valeur ajoutée pour des médicaments,
produits cosmétiques, des sondes moléculaires ou encore
à offrir des modèles plus simples et originaux pour la
recherche fondamentale et finalisée, afin de résoudre
des questions agronomiques ou biomédicales, et enfin
(4) la mise en place de stratégies de conservation afin de
préserver et maintenir un patrimoine naturel constituant
un héritage légitime pour les générations futures.
L’évolution des écosystèmes aquatiques est également
très dépendante des activités anthropiques, l’humain
détruisant et polluant dangereusement les milieux
dulçaquicoles, saumâtres et côtiers. Aux effets
locaux des activités humaines, s’ajoutent ceux des
modifications plus globales des changements climatiques,
superposition qui prend une résonance particulière
dans les écosystèmes marins côtiers. La surexploitation
des ressources aquatiques vivantes « renouvelables »
est également très préoccupante et l’O rganisation des
N ations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO )
estime aujourd’hui que plus des trois quarts des stocks
halieutiques sont pleinement exploités, voire surexploités.
La pêche génère des réactions spectaculaires des
espèces exploitées (reproduction pour chaque espèce
de plus en plus petits et jeunes). Selon les espèces,
50 à 90% des grands poissons prédateurs ont disparu
en 15 ans, les grands individus n’existent plus et des
stocks entiers ont été détruits (cas emblématique des
baleines). Les transplantations d’espèces (intentionnelles
ou non) sont courantes et introduisent parfois de
dangereux compétiteurs ou pathogènes, générateurs de
déséquilibres biologiques et de perte de biodiversité.
Tout écosystème est en évolution constante mais le
danger actuel est la pression de l’homme et de ses
activités, devenus le principal moteur de l’évolution du
vivant sur la Terre. Les milieux aquatiques, malgré leur
immensité apparente (2,42 fois plus d’eau que de terre
sur la planète), n’y échappent pas.
Gilles Boeuf (Laboratoire Arago, Banyuls,
Écosystèm es aquatiques
U MR 7628, CN RS/U PMC)
5
 Biodiversité et fon ction n em en t
des écosystèm es aqu atiqu es
Les organism es aquatiques,
com m e tous les autres
organism es, sont soum is en
perm anence à des contraintes
environnem entales très
fortes qui conditionnent leur
survie. L’étude des param ètres
clés qui déterm inent cette
survie sont à l’ordre du
jour, notam m ent dans la
perspective du changem ent
clim atique global qui va
entraîner des m odifications
im portantes de leur m ilieu
de vie. L’anthropisation
croissante des habitats
m arins et les changem ents
clim atiques annoncés nous
obligent à chercher à m ieux
com prendre com m ent
s’établissent les relations
intim es entre un organism e et
son environnem ent.
Écosystèm es aquatiques
6 adaptation s qui on t été reten ues par la
Mécanism es d’adaptation
des organismes aquatiques
à un environnem ent
changeant
Dan s ce con texte, le départem en t
Biologie In tégrative de l’In stitut
des Scien ces de l’Évolution de
Mon tpellier (BI-ISEM) cherche
à com pren dre les m écan ism es
im pliqués dan s l’adaptation au
m ilieu. Il s’agit n otam m en t de faire
la part de ce qui est in n é (à travers
l’an alyse des gén otypes) de ce qui
est acquis, à travers les in teraction s
avec l’en viron n em en t (an alyse des
phén otypes).
Le départem en t est pour partie
in stallé à la Station Méditerran éen n e
de l’En viron n em en t Littoral (SMEL)
de l’Un iversité Mon tpellier 2 (UM2)
à Sète. Il utilise deux m odèles
prin cipaux (le loup et la m oule)
en ayan t pour visée fin ale la
com préhen sion de l’adaptation aux
systèm es lagun o-m arin s pour le
prem ier cas, et le fon ction n em en t du
systèm e de con trôle des pathogèn es
dan s le secon d cas. Pour le loup
(Dicen trarchu s labrax), il s’agit
de com pren dre les processus
physiologiques et com portem en taux
qui participen t à la sélection n aturelle,
opèren t de m an ière différen tielle et
façon n en t la structure gén étique des
population s sauvages selon qu’elles
exploiten t la plein e m er ou le m ilieu
lagun aire. Le m odèle « m oule » utilise
deux espèces des côtes fran çaises
(Mytilu s edu lis et M. galloprovin cialis)
qui peuven t s’hybrider.
L’an alyse des perform an ces de
gén otypes rem an iés perm et, par
com paraison aux perform an ces des
gén otypes paren taux, d’in férer les
sélection n aturelle lors de l’évolution
des espèces, n otam m en t vis-à-vis des
population s bactérien n es.
La com bin aison d’expertises variées
(écophysiologie expérim en tale en
con dition s con trôlées à la SMEL) et
l’accès aux diverses plates-form es
de gén om ique de Mon tpellier, ain si
que le gisem en t de com péten ces
rassem blées dan s l’In stitut Fédératif
de Recherche « Écosystèm es
aquatiques » (IFR 129), placen t ce
projet dan s un con texte très favorable
pour avan cer dan s la difficile
question de l’évolution des ressources
aquatiques dan s un en viron n em en t
chan gean t.
Mécanism es de la
spéciation et évolution
L’un ité m ixte de recherche Modèles en
biologie cellu laire et évolu tive (UMR
7628, Cen tre n ation al de la Recherche
Scien tifique [CNRS]/ Un iversité Pierre
et Marie Curie Paris 6 [UPMC]) fait
partie de l’observatoire océan ologique
de Ban yuls-sur-Mer, qui est égalem en t
un Observatoire des Scien ces de
l’Un ivers (OSU). Créée en 1997, elle
était alors axée sur le con trôle et la
régulation du cycle cellulaire ain si que
sur les m écan ism es de la spéciation
et de l’évolution chez des m odèles
échin oderm es (oursin s et étoiles
de m er). Elle a en suite diversifié ses
activités. Elle regroupe actuellem en t
trois gran ds types de projets.
Le prem ier a trait à l’activité
« tradition n elle » de l’un ité, à
savoir des travaux con cern an t le
cycle cellulaire et l’em bryogen èse
très précoce. Les m odèles son t
les échin oderm es m ais aussi un
n ouveau m odèle un icellulaire de
prasin ophycée eucaryote (très petite
m icro-algue), Ostreococcu s tau ri.
M. Legendre © IRD
Les recherches regroupées sous
l’appellation « Cycle cellulaire »,
porten t sur trois types d’approches :
• La régulation m oléculaire du cycle
cellulaire, n otam m en t sur le con trôle
de la division cellulaire au travers de
la régulation traduction n elle de la
cyclin e B dan s les ovocytes d’étoile de
m er en m éiose.
• Les m écan ism es cellulaires cdk-
dépen dan ts (Cyclin -Depen den t
Kin ase), n otam m en t les évén em en ts
très précoces post-fécon dation , dan s
le zygote d’oursin , qui con dition n en t
la reprise des cycles m itotiques ain si
qu’à la recherche de la fon ction de
n ouveaux cdk (CDC2L5).
• L’horloge circadien n e et le cycle de
division (plus spécialem en t le con trôle
de la division chez Ostreococcu s et sa
tran scription ) son t étudiés à travers
l’étude des m écan ism es m oléculaires
de la régulation . L’obten tion à Ban yuls
de la tran sform ation de ce m odèle est
un outil très précieux.
Le secon d projet porte, d’un e part,
sur la physiologie en viron n em en tale
et le con trôle n euroen docrin ologique
de l’adaptation au m ilieu, du
développem en t et de la croissan ce
(m écan ism es adaptatifs et régulation s
n euroen docrin ien n es) et, d’autre
part, sur le processus d’évolution /
développem en t des chordés sur des
m odèles in vertébrés (céphalopodes,
Œuf de poisson-chat en développem ent.
tun iciers [ascidies]), céphalochordés
(Am phioxu s) et sur des vertébrés,
des poisson s jusqu’aux m icro-
m am m ifères.
Trois types d’approches son t m en és :
• l’im plication de la m élaton in e et
de ses récepteurs dan s le con trôle
de la syn thèse et de la libération
d’horm on es hypophysaires et sur le
développem en t de diverses espèces
de poisson s (loup, poisson zèbre,
turbot, salm on idés…) et d’in vertébrés
(ascidie, am phioxus…).
• L’étude de type « Evo-Dévo »
(Évolution -Développem en t), des
relation s fon ction n elles en tre deux
voies de sign alisation im pliquées
dan s le « pattern in g » axial* des
chordés duran t le développem en t
de l’am phioxus. L’obten tion de
la reproduction de cette espèce à
Ban yuls a été un succès.
• Les m écan ism es évolutifs liés
à l’in sularité et aux spécificités
parasitaires chez des m usaraign es
vivan t en m ilieu con tin en tal ou sur
diverses îles de la Méditerran ée.
Le troisièm e thèm e (Gén om ique
évolutive et en viron n em en tale
du phytoplan cton ) s’attache à la
gén om ique fon ction n elle chez des
m icro-algues du picophytoplan cton
m arin telle O. tau ri, espèce découverte
dan s l’étan g de Thau en 1994.
Elle a fait l’objet de n om breuses
études de gén om ique (gén om e
en tièrem en t séquen cé et le groupe
de Ban yuls a participé activem en t
à l’an n otation ) et de gén étique des
population s.
Les chercheurs de Ban yuls
s’in téressen t à l’adaptation des
différen ts picoeucaryotes à leur
en viron n em en t par des approches
de gén om ique com parative et
fon ction n elle. La diversité des
Prasin ophytes et la caractérisation des
flux gén iques au sein des population s,
n otam m en t via leur virus, son t
étudiées. L’étude de la diversité est
traitée selon 4 axes prin cipaux :
(i) isolem en t et caractérisation
de souches de Picoeucaryotes
isolées à partir d’échan tillon s
en viron n em en taux ; (ii) séquen çage
et an alyse com parative des gén om es
com plets de souches adaptées à
différen ts en viron n em en ts
(6 gén om es déjà séquen cés ou en
cours) ; (iii) étude fon ction n elle
com parative de la photosyn thèse pour
ces différen tes souches ; (iv) étude des
Écosystèm es aquatiques
virus associés. •••
* « Patterning axial », ou « patron de développem ent des
axes » est un term e précisant le program m e génétique
chez un em bryon qui m et en place l’organisation des
grands axes de l’organism e (antéro-postérieur...) et qui
conditionnera ensuite toute la m orphologie de l’être
vivant. 7
 Fond s m arins à Mad agascar.
P. Laboute © IRD

Les principa les équipes Différenciation génétique

des populations de loup selon le milieu
CRH
Centre de Recherche Halieutique
méditerranéenne et tropicale
(IRD, Ifremer, UM 2)
52 scientifiques
Les lagunes et les étangs qui jalonnent le littoral méditerranéen sont des milieux
Directeur : Philippe Cury, essentiels pour les jeunes stades de nombreuses espèces de poissons.
philippe.cury@ird.fr Les caractéristiques hydrologiques (température, oxygénation, salinité) et biotiques
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
(proies) de ces écosystèmes déterminent pour une grande part les performances de
EA 3678 IMAGES croissance et de survie des animaux qui y rentrent. D ans ce contexte, le D épartement
Institut de Modélisation et d’Analyse en « Biologie intégrative » de l’UMR ISEM cherche à vérifier dans quelle mesure il existe
Géo-Environnements et Santé une différenciation génétique des populations en fonction de leur lieu de vie. Ainsi, il est
(UPVD)
observé que, d’un étang à l’autre, le taux de croissance du loup (D icentrarchus labrax)
20 scientifiques
Directrice : Catherine Goyet, peut varier de près de 50%. La sélection naturelle peut-elle, au moins pour partie,
cgoyet@univ-perp.fr expliquer de telles différences de performance ?
Fax : +33 (0)4 68 66 21 44

UMR 5110 CEFREM
Centre de Formation et de Recherche
sur l’Environnement Marin
(CN RS, UPVD)
9 scientifiques
Directeur : Serge Heussner,
heussner@univ-perp.fr
Fax : +33 (0)4 68 66 20 96
Parallèlement, par des approches d’écophysiologie expérimentale, les compromis
physiologiques sous-jacents sont examinés. En effet, si « être grand » présente de
nombreux avantages (relation proie/prédateur, production de gamètes), « grandir vite »,
en revanche, conduit à une perte d’intégrité fonctionnelle et à une diminution de la
plasticité adaptative. Ces deux questions s’inscrivent dans le contexte de l’amélioration
des procédures de gestion de ces milieux.

UMR 5119 ECOLAG Contact : Guy Claireaux, guy.claireaux@univ-montp2.fr

Écosystèmes Lagunaires
(UM 2, CN RS, Ifremer)
59 scientifiques
Directeur : MarcTroussellier,
troussel@univ-montp2.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 37 19

UMR 5244 Exem ple d e m od élisation

Biologie et Écologie Tropicale bioénergétique : effet d e la
et Méditerranéenne tem pérature et d e la teneur
ISEM

(CN RS, EPH E, UPVD) en oxygène d e l’eau

Directeur : André Théron,
Écosystèm es aquatiques

© Guy Clair eaux, UMR

théron@univ-perp.fr
sur la quantité d ’énergie
Fax : +33 (0)4 68 66 22 81 m obilisable (capacité
m étabolique aérobie) par le
Équipe « récifs coralliens » (UPVD )
Directeur : René Galzin, galzin@univ-perp.fr
loup (rouge) et la sole (bleu).
Fax : +33 (0)4 68 50 36 86
32 scientifiques
8
... suite page 10
 Rôle des organism es
aquatiques sur les grands
cycles biogéochim iques
Le Laboratoire d’Océanographie
Biologique de Banyuls (LOBB) est
la deuxièm e des trois com posantes
de l’Observatoire Océanologique de
Banyuls-sur-Mer (UPMC, CNRS) qui
est égalem ent un OSU. Les activités
scientifiques du LOBB sont centrées
sur le rôle des organism es vivants
dans la portion m arine des grands
cycles biogéochim iques. Cette
problém atique générale répond à la fois
à des questionnem ents très globaux
(ex. la fixation de CO2 par l’océan en
relation avec l’effet de serre) ou bien
régionaux (ex. l’évaluation de la qualité
biologique des eaux littorales). Une
com posante m ajeure des activités
du LOBB concerne la m anière dont
les changem ents environnem entaux
affectent la biodiversité m arine et en
retour, com m ent les changem ents
de cette diversité m odifient le
fonctionnem ent des écosystèm es
m arins. Le LOBB est actuellem ent
structuré en deux équipes de recherche
qui s’intéressent respectivem ent aux
écosystèm es benthiques* (interface
eau-sédim ent) et pélagiques**
(colonne d’eau)et conduisent cinq
thém atiques propres.
La prem ière thém atique concerne
l’étude de la structuration et de
la dynam ique des com m unautés
benthiques qui ont la capacité de
servir d’indicateurs de la qualité
de l’environnem ent m arin. Le
LOBB possède des com pétences
en faunistique, traitem ent de
données, im agerie sédim entaire et
en m odélisation couplée physique-
biologie. Son originalité tient à la prise
en com pte de différentes échelles
tem porelles depuis le journalier
jusqu’au décennal.
Le laboratoire s’intéresse aussi à
la m anière dont les organism es
benthiques influent sur le devenir
de la m atière organique sédim entée.
Cette question est im portante car
l’enfouissem ent dans les sédim ents
constitue le seul m écanism e de
piégeage à long term e du carbone
organique par l’océan. Le LOBB dispose
de com pétences dans ce dom aine tant
pour l’étude des processus de nutrition
que de bioturbation ***. Il développe des
techniques autom atisées d’acquisition
et d’analyses d’im ages perm ettant
de quantifier la nature et l’intensité
de la faune benthique et de relier ces
param ètres avec une large variété de
processus biogéochim iques (ex. flux
d’oxygène à l’interface eau-sédim ent).
La caractérisation biochim ique des
com posantes labiles de la m atière
organique constitue un des autres
points forts de cette thém atique.
Un troisièm e axe étudie la diversité
du bactério- et du phytoplancton.
Les m icroorganism es jouent un rôle
m ajeur dans le fonctionnem ent des
écosystèm es m arins. Ils constituent
une des « pom pes » qui perm ettent
l’entrée du CO2 atm osphérique dans
l’océan. Le LOBB veut décrire leur
biodiversité, encore m éconnue,
en utilisant conjointem ent des
techniques biochim iques (dosages
pigm entaires), culturales (réalisation
d’une souchothèque bactérienne) et
m oléculaires (DGGE et RFLP).
Il s’attache aussi à relier la diversité
et les capacités fonctionnelles du
bactério- et du phytoplancton. •••
* Relatifs aux fonds m arins ou lacustres.
** Qualifie ce qui se trouve en pleine eau, loin du fond et
des rivages.
*** Transform ation ou dégradation des sédim ents sous
l’action d’organism es se déplaçant ou creusant des cavités
à l’intérieur de ceux-ci.

Effets du rayonnement solaire ultraviolet UV

sur les cycles biogéochimiques
en milieu marin
Par son impact sur du carbone dans le milieu marin en induisant soit une
le phytoplancton photominéralisation et la libération de CO et de CO 2, soit
et les bactéries, le une photoproduction de composés organiques de faible poids
rayonnement UV moléculaire (acides organiques, acides aminés) qui stimule
est susceptible de l’utilisation du carbone organique par les bactéries et sa
modifier les activités transformation en biomasse et en CO 2.
de production de
matière organique par L’UMR 7621 étudie les effets du rayonnement UV sur les cycles
le phytoplancton et biogéochimiques par des approches de terrain dans différents
© W. Jeffrey de sa dégradation par environnements marins (lagunaires, côtiers, hauturiers), qui
Les effets du rayonnem ent ultraviolet les bactéries, et donc mettent en œuvre des mesures de pénétration du rayonnement
sont étudiés sur des échantillons incubés l’équilibre entre les UV dans la colonne d’eau et l’incubation d’échantillons à
processus autotrophes différentes profondeurs afin de mesurer les effets photochimiques
à différentes profondeurs dans des
et hétérotrophes, mais sur la MO D et photobiologiques sur le phytoplancton et les
flaconnages en quartz recouverts de
aussi la composition bactéries. Les recherches concernent aussi l’étude des effets
filtres plastiques assurant des coupures spécifique de ces combinés du stress UV sur les microorganismes avec d’autres
spécifiques du rayonnem ent UV. communautés. paramètres comme la richesse en nutriments, la température
Écosystèm es aquatiques

L’importance de ces ou la présence de polluants, autant de paramètres susceptibles

effets sera fonction de la dose de rayonnement UV reçue par ces
organismes et de leur sensibilité au stress UV.
Le rayonnement UV entraîne également des effets
photochimiques sur la matière organique dissoute (MO D ).
Ces effets peuvent jouer un rôle important dans le cycle
d’être modifiés par le changement global de l’environnement
lié aux activités anthropiques. Ces travaux sont menés sur des
communautés naturelles et sur différents modèles d’espèces
phytoplanctoniques et bactériennes.
9
Contact : Fabien Joux, joux@obs-banyuls.fr

Les principa les équipes
UMR ISEM (UM2, CNRS)
(CN RS)
11 scientifiques
Directeur : Jean-Christophe Auffray
Département Biologie-Intégrative
D irecteur : François Bonhomme,
bonhomme@ univ-montp2.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 45 54
UMR 7621
Laboratoire d’Océanographie
Biologique de Banyuls-sur-Mer
(CN RS, UPM C)
30 scientifiques
Directeur : Antoine Grémare,
gremare@obs-banyuls.fr
Fax : +33 (0)4 68 88 73 95
UMR 7628
Modèles en biologie cellulaire et évolutive
(CN RS, UPM C)
17 scientifiques
Directeur : Gilles Bœuf,
gilles.boeuf@obs-banyuls.fr
Fax : +33 (0)4 66 88 73 98
UMS 2348 - École interne
EI38 UPMC – Observatoire
océanologique de Banyuls-sur-Mer
(CN RS, UPM C)
35 scientifiques
Directeur : Philippe Lebaron,
lebaron@obs-banyuls.fr
Fax: +33 (0)4 68 88 16 99
UR 070 RAP
Réponses adaptatives des populations
Écosystèm es aquatiques
et des peuplements de poissons aux
pressions de l’environnement
(IRD)
10 scientifiques
Directeur : Raymond Lae,
raymond.lae@mpl.ird.fr
Fax : +33 (0)2 98 22 44 34
10 ... suite page 12
© Jacques Carbonne (CEFREM)
Observations à long terme
dans un système intégré bassin
versant-plateau-pente
La Plateforme d’O bservation de l’Environnement Méditerranéen - Littoral Languedoc-
Roussillon (PO EM-L2R), développée et mise en place par le CEFREM, a pour vocation
d’accueillir des expériences durant des périodes allant de quelques semaines à un cycle annuel
complet. Elle a été conçue pour fonctionner en continu entre ces périodes d’activité renforcée.
Son objectif est d’assurer le suivi à long terme d’un ensemble de paramètres descriptifs des
conditions météorologiques, hydrologiques et hydrosédimentaires dans un système intégré
bassin versant - zone côtière - pente continentale.
D ans ce contexte, elle est unique en France. PO EM comprend 4 modules :
! Un module « station atmosphérique » (Cap Béar) initié dans le cadre du programme
AD IO S (Atmospheric Deposition and Impact of polluants, key elements and nutrients on the Open
M editerranean Sea), collecte depuis 2001 des échantillons mensuels de dépôts atmosphériques.
! D epuis 2004, un module « fleuve côtier », à proximité de l’embouchure de la Têt, comprend
une station automatique d’échantillonnage (eau et particules) et une sonde multiparamétrique
(température, conductivité, pH, turbidité, hauteur d’eau). La fréquence d’échantillonnage est
journalière, en débit normal, et horaire en période de crue. Les données sont transmises au
laboratoire en temps quasi-réel.
! Un module « prodelta sous-marin » de la Têt, opérationnel depuis 2003, comprend une
bouée intégrant capteurs météorologiques (vent, température, pression et humidité) et
océanographiques (température, salinité, turbidité, fluorescence), un AD CP (Acoustic Doppler
Current Profiler) de fond (profil de courant, caractéristiques des vagues) et des altimètres
(évolution de la hauteur du sédiment). Les données météorologiques et océanographiques sont
transmises au laboratoire en temps quasi-réel.
! Un module « pente continentale » en deux sites de la pente (Canyon de Planier au large de
Marseille et Canyon Lacaze-D uthiers au large de Perpignan). Chaque site est équipé d’une ligne
de mouillage intégrant pièges à particules à mi-hauteur d’eau (500 m) et près du fond (1 000
m) couplés à des courantomètres et capteurs CTD (Conductivity,Temperature, Depth). Le suivi
à long terme des transferts particulaires et des courants sur la pente du Golfe du Lion, assuré
depuis 1993, représente la série la plus longue de ce type de mesures dans le domaine de
marge continentale.
Contact : Serge H eussner, heussner@univ-perp.fr
! La plate-form e expérim entale POEM est com posée de
quatre m odules assurant m esures et échantillonnages des
principaux com partim ents d’un systèm e intégré bassin
versant - zone côtière - pente continentale : la photo m ontre
le « m odule atm osphérique », installé au Cap Béar qui
com prend un collecteur de retom bées atm osphériques totales.
La qu atrièm e th ém atiqu e
s’in téresse à la m an ière d on t
les p rocessu s b iogéoch im iqu es
in teragissen t avec la p rod u ctivité
d es systèm es p élagiqu es. L’ob jectif
est d e d éterm in er com m en t le
fon ction n em en t d e la b ou cle
m icrob ien n e se trou ve con trôlé p ar
d es facteu rs en viron n em en tau x
tels qu e le rayon n em en t solaire, la
d isp on ib ilité en élém en ts n u tritifs et
la circu lation d es m asses d’eau .
Cette qu estion est ab ord ée p ar
l’étu d e com p arée d’u n e large
d iversité d e systèm es écologiqu es
d on t le fon ction n em en t est
su scep tib le d’être régu lé p ar
d es facteu rs en viron n em en tau x
d ifféren ts. Il s’agit n otam m en t d u
con tin u u m b assin versan t-zon e
côtière et d es len tilles d e d ilu tion
associées, ain si qu e d e l’océan
oligotrop h e *.
La d ern ière th ém atiqu e d e rech erch e
con cern e la qu alité b iologiqu e d es
eau x littorales et p articu lièrem en t
la m ise au p oin t d e m éth od es d e
d étection rap id e d e m icroorgan ism es
p ath ogèn es (p ar cytom étrie). Au tre
voie d’étu d e : com m e certain es
b actéries on t la cap acité d e d égrad er
les h yd rocarb u res, elles p ou rraien t
être u tilisées d an s d es tech n iqu es d e
b iorem éd iation ** lors d e p ollu tion s
accid en telles.
Deu x action s tran sversales
com p lèten t ces 5 axes. L’étu d e d es
effets d u rayon n em en t u ltraviolet
su r le d évelop p em en t d es larves
d’in vertéb rés b en th iqu es et la
création d’u n e b ase d e d on n ées
en viron n em en tales en étroite
in teraction à l’éch elle eu rop éen n e
avec le Réseau d’excellen ce MarBEF
(Marin e Biodiversity an d Ecosystem
Fu n ction in g).
Le LOBB con stitu e u n e com p osan te
m ajeu re d u d isp ositif région al
d e rech erch e en océan ograp h ie/
écologie m arin e. Il a collab oré au
p rogram m e d e rech erch e SYSCOLAG
(Systèm es Côtiers et Lagu n aires)
p iloté p ar la Région Lan gu ed oc-
Rou ssillon ain si qu’à p lu sieu rs
p rojets d e collab oration s tran s-
pyrén éen n es avec les lab oratoires
esp agn ols d e Blan es et d e Barcelon e.
En relation avec le Cen tre d e
Form ation et d e Rech erch e su r
l’En viron n em en t Marin (Un iversité
d e Perp ign an Via Dom itia [UPVD]/
CNRS) et sou s l’égid e d e la Région ,
le LOBB a m is en p lace la p late-
form e tech n ologiqu e CABLE
(Caractérisation Biogéoch im iqu e
d e L’En viron n em en t m arin )
qu i rassem b le tech n iqu es et
com p éten ces relatives à l’étu d e d e
la b iogéoch im ie d e l’en viron n em en t
m arin .
Le LOBB est u n élém en t
im p ortan t du réseau des
laboratoires océan ograp h iqu es
de la côte m éditerran éen n e
fran çaise com m e en tém oign e
sa p articip ation au x gran ds
p rogram m es océan ograp h iqu es
n ation au x (Program m e Nation al
En viron n em en t Côtier [PNEC],
PROcessu s biogéoch im iqu es dan s
l’Océan et Flu x [PROOF], Cycles
Biogéoch im iqu es, En viron n em en t et
Ressou rces [LEFE-CYBER]).
À l’éch elle in tern ation ale, le LOBB
p articip e à p lu sieu rs p rogram m es du
6èm e p lan cadre eu rop éen don t
(1) MarBEF con sacré à l’étu de
de la biodiversité et au
fon ction n em en t des écosystèm es
m arin s et (2) le p rogram m e
in tégré SESAME qu i vise à décrire
les rép on ses des écosystèm es de
Méditerran ée et de Mer Noire au
ch an gem en t clim atiqu e.
Rép onses Ad ap tatives
des poissons aux pressions
d e l’environnem ent
En réponse à des situations de stress
(hyper salinité, pression de pêche
excessive, pollution), certaines espèces
de poissons présentent des adaptations
écophysiologiques rem arquables et/ ou
développent des adaptations touchant
les phénom ènes de croissance ou
de reproduction (m aturité sexuelle
précoce, nanism e) leur perm ettant de
se développer là où des espèces m oins
plastiques sont appelées à disparaître.
Les effets sont ressentis à différents
niveaux entraînant une m odification
profonde de la com position et surtout
de la structure des peuplem ents. Ces
réponses adaptatives sont encore m al
connues et peu expliquées. Dans ce
contexte, l’unité de recherche Réponses
adaptatives des populations et des
peuplem ents de poissons aux pressions
de l’environnem ent (RAP, UR070, IRD)
porte son attention sur les indicateurs
biologiques de l’état des populations
et des peuplem ents, les relations
entre l’intensité des perturbations
et la diversité/ stabilité de ceux-ci, la
caractérisation de leur spécificité, de
leur sensibilité et de leur réactivité.
Une attention particulière est portée
aux m écanism es et aux processus.
La com préhension des facteurs
qualitatifs et quantitatifs nécessaires
à la prise en com pte de la com plexité
des systèm es se fait à différentes
échelles par des approches associant
l’étude de la physiologie au niveau
individuel, des traits de vie au niveau
populationnel et de l’organisation au
niveau des peuplem ents (nature du
peuplem ent et de sa phase exploitée).
Les travaux conduisent à créer un
ensem ble d’indicateurs qui, analysés
conjointem ent, perm ettront d’évaluer
l’am pleur de la perturbation subie par
les peuplem ents. Il sera alors possible
de rechercher des seuils de réponse
à partir desquels les peuplem ents se
déstructurent. À term e, ces indicateurs
serviront à établir un diagnostic sur
l’état des populations et peuplem ents,
leur potentiel de production et leur
capacité de restauration.
L’UR m obilise les m oyens suivants :
1) la base de données RAP rassem blant
les observations de terrain réalisées
dans le cadre de la prem ière phase de
l’UR, 2) l’expérim entation en m ilieu
naturel et en m ésocosm e (dispositifs
expérim entaux clos, de taille m oyenne),
3) l’observation d’écosystèm es
Écosystèm es aquatiques
présentant des niveaux de perturbation
variables, 4) la m odélisation
écosystém ique et m ulti-agents. •••
* Se dit d’un m ilieu pauvre en substances nutritives.
** Utilisation d’organism es vivants, en particulier de
m icroorganism es, pour réduire ou élim iner des polluants
spécifiques. 11
 Biodiversité et fon ction n em en t des écosystèm es aqu atiqu es

Le macrobenthos :
un indicateur de la qualité de l’environnement marin
Les organismes vivant sur/ou dans les sédiments marins
(macrobenthos) présentent souvent une mobilité réduite. La plupart
d’entre eux possèdent également des stades larvaires sensibles.
Cette double caractéristique les rend extrêmement dépendants des
variations de leur environnement. Toute perturbation significative
de l’environnement induit des modifications de la composition
spécifique du macrobenthos. Ces modifications suivent des évolutions
comparables au fur et à mesure que l’on s’éloigne dans le temps et
dans l’espace de la perturbation. Ce processus appelé « succession
secondaire » s’accompagne en général d’une diminution de la
biodiversité : disparition des espèces sensibles à la perturbation
et prolifération d’un petit nombre d’espèces dites opportunistes
car favorisées par la disparition des précédentes. L’analyse de la
composition spécifique du macrobenthos est souvent utilisée comme
indicateur de la qualité des habitats marins. C’est donc un outil au
service de la D irective Européenne sur l’eau qui préconise l’accession
à un bon ou très bon état écologique de l’ensemble des masses d’eau
européennes à l’horizon 2015.
Un tel objectif nécessite de caractériser l’état écologique actuel des
masses d’eau et donc de documenter la composition du macrobenthos.
La base de données quantitatives constituée par le LO BB bénéficie des
informations liées au programme SYSCO LAG sur les côtes de la région
Languedoc-Roussillon et des résultats d’analyse de l’ensemble des
prélèvements de macrobenthos (campagne préliminaire 2006, Ifremer)
le long de l’ensemble des côtes méditerranéennes.
Un travail similaire est mené pour élaborer de nouveaux indicateurs
biologiques qui reposent tous sur les notions de diversité et de
sensibilité/tolérance des espèces présentes. Une évaluation des
indices biologiques les plus reconnus à deux échelles spatiales
différentes est alors réalisée. La première est régionale et s’appuie
sur les données du programme SYSCO LAG. La seconde est pan
européenne et s’appuie sur la base de données Marben (cadre :
réseau d’excellence européen MarBEF sur l’ensemble des côtes
européennes, soit plus de 430 000 signalisations). Le laboratoire
exploite les données pour ce qui concerne la validation des indices
biologiques au sein de MarBEF.
Enfin, la stratégie d’échantillonnage permet de séparer l’effet des
facteurs anthropiques de ceux du changement à long terme (type
climatique) ou de ceux associés à des fluctuations temporelles
à plus court terme. Le laboratoire compare, à long terme, la
composition des communautés benthiques des peuplements des
côtes du Languedoc-Roussillon (référence : fin des années 1960).
Les résultats montrent l’existence de changements importants
dans les 4 communautés étudiées. Ainsi, dans les communautés
sableuses, l’abondance du ver D itrupa arietina peut être corrélée à
une modification de la fréquence des tempêtes hivernales, elle-même
contrôlée par l’oscillation nord-atlantique dont la périodicité est
d’environ 8 ans.
Contact : Antoine Grémare, gremare@obs-banyuls.fr

Les chantiers principaux de l’UR régional de conservation m arine Cyanobactéries :

se situent en Afrique de l’Ouest.
L’étalonnage des indicateurs sera
facilité par l’intérêt porté dans la sous
région aux aires m arines protégées
(écosystèm es en voie de restauration
m ais à différents niveaux d’évolution)
et à la possibilité de disposer de
zones d’étude et de référence quasi
idéales. Les écosystèm es retenus
appartiennent aux pays de la
Com m ission Sous Régionale des
Pêches qui soutiennent un program m e
Les principa les équipes
UR 097 ECO-UP
Structuration et fonctionnement
des écosystèmes d’upwelling exploités :
analyses comparatives en vue d’une
approche écosystémique des pêcheries
(IRD)
13 scientifiques
Directeur : Pierre Fréon,
pierre.freon@mpl.ird.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 02
UR 167 CYROCO
Cyanobactéries des milieux aquatiques
Écosystèm es aquatiques
(Gam bie, Sénégal, Guinée Bissau,
Mauritanie). Puis le test des indicateurs
sera élargi à des écosystèm es (lagunes
m éditerranéennes, brésiliennes
ou m exicaines) où la com position
spécifique des peuplem ents est
différente de celle observée en Afrique
de l’Ouest.
Des collaborations avec des laboratoires
partenaires de France, du Brésil et
du Mexique devraient perm ettre une
analyse com parative des m éthodes,
des indicateurs sélectionnés et des
échelles de référence. L’im plantation
principale de l’UR se situe à Brest
avec des collaborations avec l’IUEM
(Institut Universitaire Européen de la
Mer), l’Ifrem er, l’Ensar et l’IRD. Une
im plantation secondaire existe au
CRH (Centre de Recherche Halieutique
m éditerranéen et tropicale) de Sète et
à l’UM2 (Ecolag). Des collaborations
existent avec le Cirad, l’Inra et l’Ensat.
L’im plantation de l’unité en Afrique
(Dakar) a perm is de collaborer avec les
biologie, rôles
et m od es d e contrôle
La disp on ibilité et la qu alité des
ressou rces en eau p ou r les besoin s
dom estiqu es et les p rodu ction s
vivrières figu ren t p arm i les facteu rs
en travan t le dévelop p em en t au Su d.
Les m ilieu x aqu atiqu es trop icau x,
con tin en tau x ou m arin s côtiers,
son t sou m is à de fortes p ression s
an th rop iqu es qu i déséqu ilibren t leu r
fon ction n em en t : les p rolifération s
algales son t sym p tom atiqu es de
ces dysfon ction n em en ts, qu el qu e
soit le statu t trop h iqu e des m ilieu x
con sidérés. Les cyan obactéries
form en t u n e com p osan te
im p ortan te des com m u n au tés
p h ytop lan cton iqu es et leu r p résen ce
est sou ven t favorisée à l’occasion de
ces déséqu ilibres. Ces p rocaryotes
(organ ism es u n icellu laires don t le
n oyau est dép ou rvu de m em bran e)
au x cap acités adap tatives

tropicaux peu profonds :

rôles et contrôles universités et instituts de recherche du rem arqu ables son t des com p étiteu rs
(IRD) Sénégal, de Côte d’Ivoire, de Guinée efficaces, su p p ortan t de faibles
16 scientifiques Bissau, de Gam bie et de Mauritanie. éclairem en ts et exp loitan t au m ieu x
Directeur : Robert Arfi, À l’étranger, elle collabore dans le cadre les ressou rces n u tritives, dan s la
arfi@univmed.fr
Fax : +33 (0)4 91 04 16 35
de deux projets européens avec de m esu re où certain es esp èces son t
nom breux partenaires européens diazotrop h es (cap ables de fixer l’azote
12 ... suite page 14
ou non. atm osp h ériqu e dissou s).

d u Golfe d u Lion et ce apparem m ent en relation avec d es processus clim atiques
© E. D utrieux (CREO CEAN )
Ils p résen ten t au ssi des cap acités
de résistan ce élevée au x con dition s
en viron n em en tales extrêm es.
Par ailleu rs, le con trôle des
cyan obactéries p ar les réseau x
trop h iqu es dem eu re m al com p ris
dan s les m ilieu x trop icau x où
les con n aissan ces acqu ises dan s
les systèm es tem p érés son t
difficilem en t tran sp osables en
raison de stru ctu res trop h iqu es
différen tes. Le dévelop p em en t d’u n e
bou cle m icrobien n e efficace et
com p lém en taire de la voie trop h iqu e
h erbivore ren force le rôle fon ction n el
des cyan obactéries, en p articu lier
celu i des cellu les p icop lan cton iqu es.
En m ilieu con tin en tal, à la toxicité
p oten tielle de certain es esp èces
s’ajou ten t en cas d’efflorescen ce les
effets n éfastes de l’accu m u lation
p u is de la dégradation des fortes
biom asses ain si con stitu ées.
Dan s les eau x m arin es côtières, les
cyan obactéries son t à l’in verse à la
base de la p rodu ction p rim aire de
n om breu x m ilieu x oligotrop h es.
D’u n e m an ière gén érale, l’im p act
des cyan obactéries su r la qu alité,
la p rodu ctivité et les u sages
d’écosystèm es con tin en tau x et m arin s
côtiers est sou ven t très sign ificatif.
Le ver Ditrupa arietina prolifère d e m anière cyclique d ans les fond s sableux
régulés par l’oscillation nord -atlantique.
Pou r étu d ier ces organ ism es,
l’UR Cyan obactéries des m ilieu x
aqu atiqu es trop icau x p eu
p rofon ds : rôles et con trôles (UR167
CYROCO, IRD) s’est associée avec
ses p arten aires d u Nord (CNRS,
In ra, Mu séu m n ation al d’Histoire
n atu relle [MNHN], Un iversités d e la
Réu n ion , Paris 7, Aix-Marseille I et
II) et d u Su d (Côte d’Ivoire, Sén égal,
Bu rkin a Faso, Mali, Mad agascar).
Le p rojet com b in e d es étu d es en
m ilieu n atu rel et en con d ition s
exp érim en tales p ou r m ieu x
com p ren d re les raison s d u su ccès
écologiq u e d es cyan ob actéries
en p récisan t leu r rôle d an s ces
écosystèm es.
Les ob jectifs qu e l’u n ité p ou rsu it
en Afriqu e d e l’Ou est (lacs et
réservoirs, estu aires) et d an s l’océan
in d ien (lagu n es et lagon s corallien s)
son t d e :
• caractériser et m ieu x com p ren d re
les m od es d’ad ap tation
d es cyan ob actéries à leu r
en viron n em en t, y com p ris au x
con d ition s extrêm es et au x
p ollu tion s et, le cas éch éan t, d écrire
les m écan ism es et les con séq u en ces
d e leu r toxicité ;
• d éfin ir les ryth m es, les m od alités
et l’im p ortan ce q u alitative et
q u an titative d es ap p orts n u tritifs
q u i favorisen t le d évelop p em en t
d es cyan ob actéries, q u’ils soien t
alloch ton es via le ru issellem en t et
les cru es, les d ép ôts secs et h u m id es
et les rejets an th rop iq u es ou
associés à d es sou rces au toch ton es,
com m e la m in éralisation à
l’in terface eau - séd im en t, les
p rod u its d e la lyse virale, les
exsu d ats algau x et l’excrétion d es
organ ism es su p érieu rs ;
• com p ren d re les p rocessu s d e
com p étition ou à l’in verse, d e
m u tu alism e, q u i stru ctu ren t les
in teraction s en tre les cyan ob actéries
et les organ ism es d es réseau x
m icrob ien s p ou r l’accès au x
ressou rces n u tritives ;
• p réciser l’im p ortan ce d es
con trôles trop h iq u es su scep tib les
d’in flu er su r le d évelop p em en t
d es cyan ob actéries : com p étition
– com p étitivité d es réseau x
trop h iq u es h erb ivores et
m icrob ien s, im p ortan ce d es
b rou teu rs om n ivores, rôle d u
Écosystèm es aquatiques
m icron ecton (p artie d u p lan cton
m icroscop iq u e q u i n age) ;
• favoriser l’exp loitation
d e leu rs p oten tialités
b iotech n ologiq u es (cu ltu re
d’algu e, su p p ort à la
13
p iscicu ltu re). •••

Écosystèmes
d’upwelling : structure
et fonctionnement
Les écosystèmes d’upwelling,
caractérisés par des remontées d’eaux
froides et riches en sels nutritifs,
fournissent plus de 40% des captures
des pêcheries mondiales alors qu’ils
représentent moins de 3% de la
surface de l’océan.
Autres équipes
concernées par ce thème
HMT
Laboratoire Ressources Halieutiques
Sète
(Ifremer)
14 scientifiques
Directeur : Gildas Le Corre,
gildas.le.corre@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
LER/LR
Laboratoire Environnement Ressources
en Languedoc-Roussillon
(Ifremer)
25 scientifiques
Directeur :Thierry Laugier
Thierry.Laugier@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 96
UPR 20
Aquaculture et gestion
des ressources aquatiques
(Cirad)
8 scientifiques
Directeur : Jérôme Lazard,
jerome.lazard@cirad.fr
Fax : +33 (0)4 67 16 64 40
UR 109 Thetis
THons tropicaux et Écosystèmes
pélagiques :Taxies, Interactions
et Stratégies d’exploitation
(IRD)
19 scientifiques
Directeur : Francis Marsac
marsac@ird.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
UR 175 Caviar
Caractérisation et valorisation
de la diversité ichtyologique
pour une aquaculture raisonnée
(IRD)
14 scientifiques
Directeur : Marc Legendre
Marc.Legendre@mpl.ird.fr
Fax : +33 (0)4 67 63 57 95
Écosystèmes aquatiques
US 007 Osiris
Observatoire et systèmes d’information
des pêches tropicales
(IRD)
12 scientifiques
Directeur : Pierre Chavance,
Pierre.Chavance@ird.fr
14 Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes aquatiques
Ils sont caractérisés par une grande
variabilité, reliée à celle du climat
et à leur instabilité structurelle.
Actuellement, ils supportent les effets
du changement climatique et ceux
de la réorganisation des pêcheries
mondiales, qui peuvent aboutir à
d’importants changements de leur
organisation. La gestion des pêcheries
dans les zones d’upwelling doit se
concevoir dans le cadre plus large de
l’aménagement des zones côtières qui
les bordent.
L’objectif de l’UR Écosystèmes
d’upwelling (ECO-UP, IRD) est de
fournir une méthodologie adaptée
pour l’analyse de la structuration et
du fonctionnement des écosystèmes
d’upwelling dans le contexte de
la mise en place d’une approche
écosystémique des pêcheries. En
appliquant une démarche intégrée
et comparative, la dynamique des
poissons pélagiques et de leur
écosystème est étudiée à différentes
échelles spatiales, en relation avec
leur exploitation et les changements
environnementaux globaux et
régionaux. Grâce à l’utilisation d’outils
de représentation des dynamiques
spatiales, des dynamiques temporelles
et de leurs interactions, une
intégration et une représentation
des savoirs deviennent réalisables,
ce qui permet de relier des questions
d’écologie fondamentales à des
applications d’aménagement.
Une grande importance est donnée :
• au transfert des connaissances vers
les pays partenaires et l’ensemble de
la communauté
scientifique ;
X Schéma
du processus
de remontées
d’eaux
profondes
(upwelling),
froides et riches
en sels nutritifs
sous l’action
du vent et de la
force de Coriolis.
• à la mise en place ou au soutien
d’une gestion précautionneuse basée
sur des indicateurs issus des données
de suivi continu des communautés
(exploitées et non exploitées) ; cette
gestion prend aussi en compte le
contexte global (variabilités inter-
annuelles et inter-décennales) ;
• à la formation de jeunes chercheurs
et étudiants des pays partenaires
(Afrique du Sud, Namibie, Angola,
Chili, Pérou, Maroc, Mauritanie,
Sénégal) dans les domaines de
la modélisation, la collecte et
l’analyse de données, les systèmes
d’information, le traitement
d’images satellitaires et l’évaluation
environnementale.
Trois chantiers sont actuellement
mis en œuvre dans les écosystèmes
du Benguela (Angola, Namibie,
Afrique du Sud), du Humboldt
(Chili, Pérou) et des Canaries
(Maroc, Mauritanie, Sénégal), dont
les axes de recherche concernent
le climat et l’environnement
physique (modélisation océanique,
approches Lagrangiennes), les
productions primaire et secondaire
(modèles NPZD et télédétection),
les populations exploitées (modèles
écotrophiques, analyses éco-
éthologiques) et les pêcheries
(analyses rétrospectives, modèles bio-
économiques). Pour cela, différents
outils et méthodes sont développés et
utilisés : modélisation, observations
acoustiques en deux et trois
dimensions, observations satellitaires,
systèmes d’information géographique
(SIG), outils d’analyse des séries
chronologiques, etc.

Écosystèmes coralliens :
variabilité, fonctionnement
et évolution
L’une des équipes de l’UMR Biologie et
Écologie Tropicale et Méditerranéenne
(UMR 5244 CNRS, École Pratique
des Hautes Études [EPHE], UPVD),
labellisée « récifs coralliens » a com m e
objectifs de :
! tirer parti de séries de données
écologiques et environnem entales
accum ulées depuis plus de 10 ans
(Moorea, Tuam otu) ;
! approfondir l’étude du
fonctionnem ent de différents
com partim ents du com plexe lagono-
récifal et de l’écosystèm e récifal dans
son ensem ble ;
! développer la m ise au point de
m odèles fonctionnels et prédictifs
des flux de m atières et d’énergie dans
l’écosystèm e qui pourraient être utilisés
dans l’étude des effets des changem ents
globaux (actions anthropiques ou du
clim at).
Des études de variabilité tem porelle
des un ités de peuplem en ts ben thiques
et n ecton iques son t m en ées (poin t 1)
et n otam m en t des peuplem en ts
corallien s (Polyn ésie fran çaise). Il s’agit
d’obten ir un e m eilleure con n aissan ce
de la variabilité des écosystèm es
corallien s et d’évaluer leur état
de san té. Les poin ts 2 et 3 visen t à
élucider com m en t les peuplem en ts
et les com m un autés récifales se
m etten t en place, se m ain tien n en t
et fon ction n en t. Le problèm e de
l’origin e des peuplem en ts est
Un atlas comparatif en ligne
pour représenter les écosystèmes
© H ervé D emarcq, en préparation
d’upwelling
Cet atlas W EB interactif, réalisé par l’UR ECO -UP (IRD ) permettra la
représentation dynamique, synthétique et comparative des différentes
dynamiques en jeu (environnementale, biologique, écologique) dans les
écosystèmes d’upwelling. Il nécessite de définir les outils adaptés à une
visualisation souple, multi-thématiques et multi-chantiers (TimeM aps). Il sera
constitué d’une base de données repartie sur les sites de Brest, du Cap, puis
Sète et les autres chantiers (Benguela, H umboldt, Canaries). L’outil permettra
de mieux comprendre le fonctionnement des écosystèmes d’upwelling et
d’expliquer d’étonnantes différences de productivité. Cet atlas devrait être
opérationnel en 2007.
Contact : Christian Mullon, christian.mullon@bondy.ird.fr
! Com paraison de la distribution spatio-tem porelle
de la chlorophylle-a obtenue par satellite.
développé (poisson s récifaux) sous poissons), géochim ie des isotopes
l’an gle de la phylogéographie et de la stables, im agerie satellitaire.
biogéographie.
Des collaborations m obilisent des
Parallèlem ent, à une échelle plus partenaires australiens, am éricains et
petite, les m odalités du recrutem ent japonais. Un effort est fait dans tous
de larves de poissons et de coraux, de les projets pour les intégrer dans des
leur colonisation, et de leur influence thém atiques de grands program m es
sur la structuration des populations nationaux (PNEC) et internationaux
adultes représentent un thèm e central (International Coral Reef Initiative/
des recherches. En ce qui concerne le Global Coral Reef Monitoring Network
fonctionnem ent, l’accent est surtout Global Ocean Observing System ,
m is sur une m eilleure connaissance Land-Ocean Interactions in
des flux de m atière et d’énergie entre the Coastal Zone).
les différents com partim ents de
l’écosystèm e récifal, ainsi qu’entre En parallèle des travaux sur les récifs
les récifs et les m ilieux environnants, coralliens, une équipe travaille en
océanique et littoral. Plus précisém ent, Méditerranée sur le m aintien des
les m odèles trophodynam iques populations de poissons exploitées,
des lagons (Takapoto) ou des avec com m e m odèles principaux
com m unautés necto-benthiques le sar com m un, Diplodus sargus
récifales (Tiahura) sont m is au point et l’anguille européenne, Anguilla
ou raffinés. Dans le dom aine des anguilla. Après avoir étudié le cycle de
échanges récifs-océans, les données de vie du sar com m un et principalem ent
base sur l’exportation de carbone sont la phase de recrutem ent, les travaux
m aintenant acquises. L’effort porte sur sont m aintenant axés sur l’intérêt
les im portations de carbone organique des aires m arines protégées et des
et inorganique en provenance de récifs artificiels en tant qu’outil
l’océan et portera ensuite sur les de gestion de la pêche artisanale.
échanges récifs-m ilieux littoraux et Les travaux de m arquages et de
terrestres. La problém atique devient m icroanalyses chim iques sur les
ainsi de plus en plus « systém ique » otolithes m ontrent l’im portance
(prise en com pte de l’écosystèm e récifal des habitats essentiels (littoraux et
dans son ensem ble et de ses relations lagunaires) dans les équilibres entre
avec les m ilieux voisins), fonctionnelle les différentes populations. Pour
Écosystèm es aquatiques
et, dans une certaine m esure, l’anguille européenne, la situation est
prédictive. plus préoccupante depuis le déclin
des populations résultant à la fois de
Les outils de recherche sont divers : la surpêche, de la dégradation des
génétique m oléculaire (génétique habitats essentiels, principalem ent des
des populations), étude des effets lagunes, et de l’apparition d’un parasite,
15
des interactions durables (parasites- Anguillicola crassus. •••
 Technique em ployée pour collectionner les d onnées benthos
sur un récif corallien barrière d ’une île haute (recouvrem ent
© Yannick Chancerelle (UMS 2978) d u substrat et peuplem ents d es coraux, algues, m ollusques et échinod erm es).

Structure et variabilité
© Yannick Chancerelle (UMS 2978)

des peuplements coralliens

Sur les pentes externes d e 15 îles polynésiennes est relevé
avec précision le recouvrem ent en corail vivant
d ont les fluctuations sont ensuite chiffrées
par analyse d ’im ages.
Écosystèm es aquatiques
D es observations réalisées in situ par l’équipe Écosystèmes
aquatiques tropicaux et méditerranéens (UMR 5244 CN RS/EPH E/
UPVD ) indiquent que les récifs coralliens ont évolué dans un
environnement hydrologique et climatique instable à l’échelle
de la durée de vie des organismes et qu’ils se rétablissent,
plus ou moins rapidement, suite à la destruction engendrée
par des stress d’origine naturelle. D ’autres études, basées sur
des résultats obtenus à l’aide de simulations ou d’observations
réalisées en milieu naturel tendent à montrer que les récifs
coralliens présenteraient de multiples états de stabilité,
comme par exemple un état stable caractérisé par la présence
majoritaire des macroalgues. Afin d’étudier la dynamique des
écosystèmes récifaux (actions des stress d’origines naturelle
et anthropique sur les peuplements et interactions entre les
peuplements), des suivis temporels à long terme sont nécessaires
(rôle d’O SU de l’O bservatoire océanologique de Banyuls-sur-
Mer, CN RS/UPMC). Les travaux de l’unité rendent compte des
résultats obtenus dans ce domaine, à plusieurs échelles de temps
et d’espace. Les sites ateliers sont le secteur de Tiahura, sur la
côte nord de Moorea (depuis 1970) et les pentes externes de

récifs d’une quinzaine d’autres îles de Polynésie française. Une

partie des travaux entrepris dans le cadre du programme Crisp
(Initiative Corail dans le Pacifique Sud), effectué en coopération
avec l’IRD et plusieurs universités, relève de cette thématique.

Contact : René Galzin, galzin@univ-perp.fr

16
Lagunes côtières :
fonctionnement et
évolution d’un
écosystème fragile
Les écosystèm es m arin s côtiers
représen ten t près d’un tiers des
richesses écologiques de n otre
biosphère. Les forçages physiques,
chim iques et biologiques qui s’y
exercen t localem en t et globalem en t
n e cessen t d’augm en ter. Les lagun es
côtières fon t partie des zon es les
plus sen sibles et les plus durem en t
touchées par l’an thropisation . C’est
dan s ce con texte que la thém atique
de l’UMR Écosystèm es Lagu n aires
(Ecolag, UMR 5119, UM2/ CNRS/
Ifrem er) est cen trée sur l’étude des
effets des chan gem en ts locaux et
globaux liés à l’an thropisation sur
les écosystèm es lagun aires et m arin s
côtiers.
Ces écosystèm es d’in terface
on t des rôles écologiqu es et
écon om iqu es m ajeu rs : p êch e,
aqu acu ltu re, ép u ration , etc.,
recon n u s dep u is lon gtem p s. L’étu de
du fon ction n em en t biologiqu e
de ces écosystèm es et des effets
des ch an gem en ts rep ose su r u n e
ap p roch e in tégrative. Elle con sidère
à la fois la caractérisation des
com p osan tes biologiqu es, p h ysiqu es
et ch im iqu es dan s leu r en sem ble,
l’an alyse de leu rs in teraction s et
des fon ction s associées et ce à
différen tes éch elles d’observation .
Elle m et en œ u vre des étu des in situ ,
des ap p roch es exp érim en tales en
m ésocosm es et s’ap p u ie su r u n e large
gam m e d’ou tils et de m éth odes :
biologie m olécu laire, ch im ie
an alytiqu e, cytom étrie, etc.
Ces rech erch es p lu rid iscip lin aires
(p rin cip alem en t en b iologie
et écologie) m ob ilisen t d es
collab oration s avec d es équ ip es
d’au tres organ ism es d e rech erch e
n ation au x et in tern ation au x p ou r
leu rs com p éten ces en écotoxicologie,
h yd rologie, h yd rod yn am iqu e à
travers d es p rogram m es con join ts.
La d éfin ition d es scén arios
d’évolu tion d es écosystèm es m arin s
côtiers n écessite l’im p lication d es
scien ces h u m ain es et sociales.
En effet, c’est l’an th rop osystèm e
qu i in fin e gou vern e l’état d e san té
et les services d es écosystèm es. Des
collab oration s avec les d iscip lin es d es
scien ces h u m ain es et sociales on t été
in itiées d an s le cad re d u p rogram m e
n ation al d’en viron n em en t côtier
(PNEC), le p rogram m e eu rop éen
Ditty (Developm en t of an In form ation
Tech n ology Tools for th e m an agem en t
of Sou th ern Eu ropean lagoon s) ou
l’IFR 129. L’u n ité in clu t 6 équ ip es,
u n axe tran sversal d e rech erch e et
d es p lateau x tech n iqu es com m u n s
qu i offren t d es cap acités d’an alyse et
d’exp érim en tation (9 p lates-form es
tech n iqu es d on t celle d’écologie
aqu atiqu e exp érim en tale Med im eer
(Mediterran ean Platform for Marin e
Ecosystem Experim en tal Research ).
Ain si, les effets d es d ifféren ts typ es
d e forçages en viron n em en tau x son t
ab ord és en référen ce à la d yn am iqu e
et au x rôles d es d ifféren tes
com m u n au tés d e m icro-organ ism es
et d e m acro-organ ism es vis-à-vis
d es u sages et d u fon ction n em en t d es
écosystèm es m arin s côtiers.
Trois équ ip es travaillen t su r les
m icro-organ ism es resp on sables de
crises en viron n em en tales graves.
Les su jets son t les su ivan ts :
! « Efflorescen ces algales toxiqu es » :
com p réh en sion de ces p h én om èn es
et de leu rs déterm in ism es.
! « Path ogèn es et en viron n em en t » :
organ ism es bactérien s (p ath ogèn es
h u m ain s et an im au x) ayan t des
con séqu en ces m ajeu res su r l’état de
san té des écosystèm es m arin s côtiers
du p oin t de vu e de certain s de leu rs
u sages.
! « Réseau x m icrobien s sou s
forçages en viron n em en tau x » :
effets des m odification s de différen ts
facteu rs en viron n em en tau x su r la
stru ctu re et les in teraction s au sein
des réseau x de m icro-organ ism es. •••

Deux approches pour étudier

le stockage du carbone anthropique dans les océans
La problématique des perturbations du cycle du carbone océanique
engendrées par l’accumulation du carbone anthropique dans
l’atmosphère est intimement liée à celle du changement climatique
via une multitude d’actions et de rétroactions entre l’atmosphère,
l’océan et la biosphère terrestre. La capacité de stockage du carbone
anthropique par l’océan est bien supérieure à celle de la biosphère
terrestre. L’océan joue donc un rôle majeur dans la diminution de
l’effet de serre et donc du réchauffement climatique. D eux approches
sont adoptées par Images afin d’étudier la complexité des processus
mis en jeu :
! L’approche de terrain consiste à mesurer les propriétés du système
des carbonates, en développant et en utilisant des systèmes de mesure
pour l’alcalinité totale (AT) et le carbone inorganique total dissous
(CT) par potentiométrie, ainsi que la pression partielle du CO 2 (pCO 2)
! L’approche par la modélisation des systèmes océaniques permet
d’estimer la distribution du CO 2 anthropique dans les océans en
particulier pour la mer Méditerranée. D eux types de modèles sont
utilisés : les modèles inverses (back-calculation model) et un modèle
dynamique 3D de toute la mer Méditerranée couplé à de la biologie.
En utilisant la méthode d’interpolation de CT, il est possible de dresser
des cartes pour les principales propriétés du système des carbonates
(AT, CT) et du carbone anthropique. La procédure mise en place
requiert les propriétés de température, de salinité et d’oxygène dissous,
données abondantes au sein de Medar/Medatlas 2002. Ces cartes
révèlent des différences majeures entre les différents bassins pour AT
et CT ainsi que des zones préférentielles de séquestration du carbone
anthropique (mer Egée, nord et centre du bassin ouest). Le modèle
dynamique 3D permet ainsi d’estimer la distribution du carbone
anthropique indépendamment des modèles inverses. Ce modèle
Écosystèm es aquatiques

dans l’eau de mer. La participation à des campagnes de mesures est
nécessaire sur tous les océans. À l’échelle régionale, les eaux des
bassins O uest et Est de la mer Méditerranée sont échantillonnées.
La mer ligure est étudiée via la station temporelle D yfamed
(D ynamique des Flux Atmosphériques en MED iterranée). Étant donnée
la quasi absence de ce type de mesures dans la base de données
historique Medar/Medatlas 2002 (M editerranean D ata Archaeology and
Rescue), celles-ci sont d’une grande valeur scientifique.
pluridisciplinaire permet d’analyser les processus physiques, chimiques
et biologiques impliqués dans les transferts air-mer du carbone et de sa
séquestration dans les couches profondes.
Contact : Catherine Goyet, cgoyet@univ-perp.fr
Pour plus d’informations : Goyet, C . et D avis D., 1997. Estimation of total CO 2 17
concentration throughout the water column. D eep Sea Research Part I. 44: 859-877.
 © Marc Trousselier (UMR Ecolag)
Les trois autres équipes travaillent
sur les m acro-organism es (poissons,
invertébrés benthiques et m acrophytes)
qui sont les utilisateurs term inaux
des ressources produites par les
réseaux m icrobiens. On distingue trois
thém atiques scientifiques :
! « Écologie fonctionnelle des m acro-
organism es » et notam m ent leur
dynam ique spatio-tem porelle en
réponse aux pressions naturelles ou
anthropiques.
! « Adaptation écophysiologique
des anim aux aquatiques au cours
de l’ontogénèse » notam m ent leur
capacité d’osm orégulation et leurs
bases cellulaires et m oléculaires.
! « Réponse im m unitaire, aquaculture,
environnem ent » : m écanism es
cellulaires et m oléculaires de la réponse
im m unitaire d’invertébrés m arins
d’intérêt aquacole.
Flux de m atière et d’énergie
et de leur influence sur
le fonctionnem ent de
l’écosystème marin
La thém atique du tran sfert de m atière
aux in terfaces du systèm e côtier, selon
l’axe schém atique con tin en t-plateau-
pen te, et son in fluen ce sur les gran ds
cycles biogéochim iques m arin s est
Écosystèm es aquatiques
située au cœ ur des préoccupation s
du Cen tre de Form ation et de
Recherche su r l’En viron n em en t
Marin (CEFREM, UMR 5110 CNRS/
UPVD). Ses recherches s’in téressen t
particulièrem en t aux m arges
18
con tin en tales (région im m ergée
Mésocosm es pélagiques d e la plate-form e MEDIMEER.
du con tin en t), région s de forte
productivité affectées par les activités
hum ain es à travers les apports de
n utrim en ts, de sédim en ts, de polluan ts
et l’exploitation des ressources.
Elles porten t sur la dyn am ique
des échan ges d’eau, de particules
et d’élém en ts associés en tre
l’hydrosphère con tin en tale et
celle m arin e. La con n aissan ce des
m écan ism es de tran sfert perm et
d’aborder le deven ir des polluan ts
et l’im pact des tran sferts sur le
fon ction n em en t des écosystèm es.
Les effets du chan gem en t clim atique
son t pris en com pte à travers les
m odification s du régim e des apports
terrestres et la fréquen ce d’occurren ce
des tem pêtes et des plon gées d’eau
den se. Focalisées sur la zon e côtière
m éditerran éen n e et son hydrosystèm e,
ces recherches tien n en t com pte de
la dem an de sociétale en m atière de
développem en t durable et d’im pact
an thropique sur le m ilieu m arin .
L’étude prospective et rétrospective
des apports con tin en taux (carbon e,
élém en ts n utritifs, m atières en
suspen sion ) à la Méditerran ée
et de leur im pact poten tiel sur le
fon ction n em en t des écosystèm es, vise
à quan tifier les apports terrestres selon
leur proven an ce : érosion des sols et
des roches, atm osphère, production
biologique, rejets an thropiques et
pollution . Ces recherches n écessiten t
la caractérisation du m atériel et
la con n aissan ce des processus
biogéochim iques in terven an t au
n iveau de la m obilisation , du tran sport
et de la sédim en tation de cette
m atière. Le rôle des tran sferts fluviaux
dan s le cycle du carbon e est égalem en t
évalué, et les tran sferts de polluan ts
in organ iques et organ iques quan tifiés.
Les polluan ts perm etten t alors un e
certain e traçabilité du deven ir des
apports terrestres en m er. Différen tes
échelles spatiales et tem porelles son t
abordées : du bassin versan t jusqu’à
l’en sem ble de la Méditerran ée, et
de l’évén em en t bref à la variabilité
in teran n uelle.
La caractérisation biogéochim ique du
m atériel transféré perm et de déterm iner
les sources de ce m atériel et de
com prendre son devenir et son im pact
sur le m ilieu m arin. L’origine et la nature
de ce m atériel se déterm inent grâce à
un ensem ble de traceurs organiques
et inorganiques spécifiques em ployés
sim ultaném ent. Les parts respectives du
m atériel continental et m arin dispersé
et déposé sur les différents secteurs
de la m arge, sa transform ation lors du
transfert et son im pact potentiel sur
l’écosystèm e côtier sont identifiées.
La variabilité spatiale et tem porelle est
prise en com pte.
L’étude des processus physiques du
tran sfert en tre le plateau et l’océan
profon d vise à m ieux com pren dre
certain s processus hydrodyn am iques
favorisan t les tran sferts de m atière et
d’én ergie du plateau vers les dom ain es
in term édiaires et profon ds de la pen te
con tin en tale, com m e les écoulem en ts
gravitaires (plon gées d’eau den se) et
leur in teraction avec la topographie
sous-m arin e (can yon s). Associée
à la caractérisation de la m atière
particulaire, l’étude des m écan ism es
de tran sfert vers la pen te profon de
MEDIMEER :
MEDIterranean platform for Marine Ecosystem Experimental Research
Medimeer est mis en oeuvre depuis 2003 par l’UMR Écosystèmes
Lagunaires, en bordure de la lagune de Thau (Sète) à proximité de
la Station Méditerranéenne de l’Environnement Littoral (SMEL).
Il permet deux types d’actions : O bservations et
Expérimentations. Les instruments de mesure (optique, station
météo) permettent des observations en continu des variables
climatiques (la température et le rayonnement solaire) qui
peuvent servir pour évaluer les changements globaux dans
l’environnement méditerranéen. Les facilités d’expérimentation
en conditions contrôlées (mésocosmes) permettent de quantifier
et qualifier les effets de ces variables sur les organismes
aquatiques. D e ce point de vue, ce dispositif est unique en son
genre en Europe.
Cette plate-forme est équipée de mésocosmes immergés
(pélagiques) qui permettent un confinement de masses d’eau
significatives (>2 000 L) et la simulation contrôlée de forçages ;
ceci autorise l’étude simultanée des réponses des communautés
pélagiques (virus, bactéries, producteurs primaires, secondaires,
filtreurs, etc.) et de l’ensemble des réseaux trophiques aux
forçages. Le Medimeer peut mettre en oeuvre des mésocosmes
pélago-benthiques (allant jusqu’au 50 000 L) afin de réaliser
des expérimentations à l’interface des milieux pélagique
et benthique en incluant des organismes de grandes tailles
( e.g. huîtres, poissons). Il peut également servir de support
pour des expérimentations en microcosmes (1-20 L) pour
étudier certains processus spécifiques ( e.g. broutage). Il inclut
également une centrale d’acquisition en continu de données de
base pour les paramètres météorologiques et de mesure de
la température et du rayonnement solaire, dans les longueurs
d’ondes visibles ( Photosynthetically available radiation : PAR, 400-
700 nm) et dans l’ultraviolet B (280-320 nm) et l’ultraviolet A
(320-400 nm). L’ensemble des équipements permet la simulation
des changements globaux en augmentant la température de l’eau
et les rayons UV B de façon continue dans les mésocosmes.
Cette plate-forme sert de support à plusieurs projets du
PN EC , des « Réseaux Trophiques Aquatiques » et fait partie des
équipements mutualisés de l’IFR 129.
Contact : Bezhad Mostajir, bmostajir@univ-montp2.fr

perm et d’appréhen der les tran sferts et
leur im pact sur le fon ction n em en t des
m arges. Parm i les projets n ation aux et
in tern ation aux associan t le CEFREM,
! l’ORME (Observatoire Région al
Méditerran éen su r l’En viron n em en t)
s’in téresse aux hydrosystèm es
et aux tran sferts de m atière et
d’élém en ts au sein des systèm es
aquatiques du Lan guedoc-Roussillon
(con tin en taux et côtiers) ;
! le PNEC évalue l’in fluen ce des
apports con tin en taux n aturels et
an thropiques sur la structure, le
fon ction n em en t et l’évolution de la
zon e côtière en Méditerran ée n ord
occiden tale ;
! Herm es (Hotspot Ecosystem
Research on the Margin s of
Eu ropean Seas, 45 parten aires,
15 pays européen s) étudie le
fon ction n em en t des écosystèm es des
m arges con tin en tales européen n es,
particulièrem en t des systèm es
spécifiques et/ ou sen sibles ;
! Sesam e (Sou thern Eu ropean Seas:
Assessin g an d Modellin g the chan ges
in Ecosystem s, 50 parten aires) veut
estim er les chan gem en ts affectan t
les écosystèm es (prin cipalem en t
pélagiques) de Méditerran ée et de la
Mer n oire et prédire les chan gem en ts
futurs possibles, sous différen ts
scén arios clim atiques.
de m esu res et de m odèles) l’évolu tion
tem p orelle de n otre en viron n em en t
et son in flu en ce su r la san té.
Il a p ou r objectifs p rin cip au x :
! la m odélisation m orp h odyn am iqu e
des en viron n em en ts sédim en taires
littorau x et la qu an tification de la
dyn am iqu e sédim en taire des m arges
et des bassin s océan iqu es actu els ;
! le dévelop p em en t de m éth odes
an alytiqu es p ou r l’an alyse et le su ivi
des p ollu an ts dan s l’en viron n em en t
et leu r in flu en ce su r la san té ;
! la qu an tification de l’évolu tion
du cycle du carbon e n atu rel et
an th rop iqu e dan s l’océan .
Dep u is le 1er jan vier 2007, il
regrou p e 3 laboratoires de l’UPVD :
an cien n em en t BioMem (Bio-An alyse
et Mem bran es), BDSI (Bioph ysiqu e et
dyn am iqu e des systèm es in tégrés) et
Legem (Laboratoire d’Étu des des Géo-
En viron n em en ts Marin s).
Dep u is p lu sieu rs an n ées, les th èm es
de rech erch e en géo-en viron n em en ts
(objectif 1) son t tou rn és vers l’étu de
de la sédim en tation au n iveau des
m arges et n otam m en t celles du
bassin m éditerran éen . Cette activité
s’in scrit dan s les th èm es de rech erch e
su r l’étu de du Qu atern aire et des
en viron n em en ts m arin s actu els.
L’orien tation des rech erch es vers le
dom ain e m arin p rofon d rép on d à
(i) les en viron n em en ts et p aléo-
en viron n em en ts sédim en taires
littorau x et (ii) la m orp h ostru ctu re
et la dyn am iqu e sédim en taire des
m arges et des bassin s océan iqu es
actu els.
La rech erch e des p ollu an ts p résen ts
dan s différen ts m ilieu x (objectif 2) est
u n e th ém atiqu e d’u n gran d in térêt,
qu e ce soit dan s u n bu t de con trôle
ou p ou r l’étu de du deven ir de ces
p ollu an ts (voir ch apitre 4).
La qu an tification du CO 2 an th rop iqu e
dan s l’océan (objectif 3) con stitu e
u n su jet d’in térêt croissan t, en
p articu lier p ou r estim er l’évolu tion
fu tu re de la p én étration du CO 2 dan s
l’océan et don c l’évolu tion p robable
du réch au ffem en t clim atiqu e.
L’exp ertise des m esu res des
p aram ètres du cycle du carbon e dan s
l’eau de m er est acqu ise. La n écessité
d’u n e cap acité d’extrap olation à de
gran des éch elles im p liqu e la m aîtrise
de m odèles.
L’activité de rech erch e dan s ce
dom ain e s’articu le au tou r de deu x
axes : (i) Méth odes d’étu de de la
p én étration et du stockage du CO 2
an th rop iqu e dan s l’océan et des
p rop riétés des m ilieu x aqu atiqu es,
(ii) Modélisation de la p én étration et
du stockage du CO 2 an th rop iqu e dan s
Écosystèm es aquatiques

Modélisation de la dem an de croissan te des gran ds l’océan .

l’environnement marin
L’In stitu t de Modélisation et d’An alyse
en Géo-En viron n em en ts et San té (EA
3678 Im ages, UPVD) a p ou r m ission
scien tifiqu e de qu an tifier (au m oyen
grou p es in du striels, n otam m en t les
com p agn ies p étrolières, et à celle des
gestion n aires des esp aces m arin s
n ation au x et eu rop éen s. L’activité de
rech erch e s’articu le au tou r de deu x
axes m ajeu rs :
IMAGES dévelop p e de n om breu ses
collaboration s au p lan région al,
n ation al et in tern ation al, su r des
fin an cem en ts de la Région ,
19
du CNRS et de l’Eu rop e. !
 O. Barbaroux © Ifremer Senneur ind ustriel au large

Pêch e : diagn ostic

et appu i à la gestion
Écosystèm es aquatiques

20
L
a surexploitation par la pêche entraîne sur les
écosystèmes de profondes modifications qui
ne sont pas toujours réversibles ; elle diminue
leur productivité globale pour les pêcheries et amplifie
l’impact de l’environnement sur les populations marines.
La liste des changements observés dans les écosystèmes
marins est longue et, aujourd’hui, ils ne peuvent plus
être perçus comme de simples faits isolés. Leur étude
est essentielle car les écosystèmes sont de nos jours
reconnus comme étant l’échelle appropriée pour
l’intégration des connaissances scientifiques et la gestion
des ressources renouvelables.
Les engagements internationaux (la déclaration de
Reykjavik de 2001, le sommet mondial de Johannesburg
de 2002… ) définissent les enjeux, en précisant les
échéances pour lesquels les nations vont devoir
mettre en oeuvre les approches écosystémiques dans
l’exploitation des ressources vivantes. L’émergence de
changements globaux, tel le changement climatique mais
aussi la surexploitation des ressources renouvelables,
dessinent un nouveau contexte, le plus souvent
défavorable, car il compromet la sécurité alimentaire et
le développement économique et social de nombreux
pays, particulièrement les plus pauvres.
Les changements globaux sont la résultante d’une
démographie croissante et d’une activité humaine en
pleine expansion économique et dont les besoins en
ressources renouvelables (agriculture, pêche) et non
renouvelables (énergie) ne cessent de s’accroître.
Ces activités humaines modifient de façon profonde
notre environnement ainsi que ses capacités à fournir les
biens et services dont nous dépendons, hypothéquant
le potentiel de développement durable. À l’échelle de
notre planète, nous commençons tout juste à quantifier
certains changements à long terme d’ordre climatique ou
encore liés à la perte de la biodiversité et des capacités
de renouvellement des ressources marines. O n peut
assimiler cela à une expérience à l’échelle de la planète
dont on évalue encore mal l’ampleur et les impacts
sur les écosystèmes marins ainsi que les enjeux à venir.
D ans ce contexte, il est légitime de s’interroger sur les
conséquences des changements globaux sur la structure
et le fonctionnement des écosystèmes marins. Q uels sont
la vitesse et le degré du changement ? Q uel est le degré
de réversibilité des phénomènes observés ? S’agit-il
d’une simple superposition d’effets ou bien ces effets
peuvent-ils se combiner de manière synergique et
précipiter certaines dynamiques ? Comment peut-
on concilier développement durable et changements
globaux ?
La recherche doit alors contribuer à développer les
connaissances qui permettront de mettre en place
une approche écosystémique pour l’exploitation des
ressources marines. Elle a pour objectif de réconcilier
conservation et exploitation, c’est-à-dire maintenir des
activités d’exploitation et de développement tout en
assurant la viabilité de long terme des ressources marines.
Philippe Cury (CRH , IRD, Ifremer, U M2)
Écosystèm es aquatiques
21

Dans le contexte du
changem ent clim atique
et de la surexploitation,
il est im portant de définir et de
garantir des pratiques
pour une pêche dite
responsable dans un cadre
écosystém ique. La prise en
com pte de la conservation
des systèm es aquatiques,
objectif prim ordial, passe par
la protection des ressources
aquatiques et de leur
environnem ent ainsi que
le respect de la biodiversité.
Écosystèm es aquatiques
22
Pêch e : diagn ostic
et appu i à la gestion
Le Centre de Recherche Il dévelop p e des rech erch es
in tégrées p lu ridiscip lin aires p ou r
Halieutique pour une u n e ap p roch e écosystém iqu e des
approche écosystém ique p êch es. Les th ém atiqu es abordées
des pêches
et les com p éten ces m obilisées
fon t ap p el à l’écologie m arin e,
les m odélisation s cou p lées
Su r le p lan in tern ation al, différen tes
p h ysiqu e/ biogéoch im ie/ ressou rces
in itiatives fon t date et illu stren t
l’in térêt croissan t p orté à ces
h alieu tiqu es, les in teraction s
trop h iqu es, la dyn am iqu e des
th èm es : Con ven tion des Nation s
p op u lation s exp loitées et des
Un ies su r de Droit de la Mer
p êch eries, l’évalu ation des stocks, la
(1982), Code de con du ite p ou r
u n e p êch e resp on sable de la FAO
tech n ologie des p êch es, les systèm es
d’in form ation , les in dicateu rs et les
(1995), Sym p osiu m in tern ation al de
tech n iqu es de traçabilité (isotop es
Mon tp ellier su r le th èm e ‘Ecosystem
stables).
Effects of Fish in g’ (1999), Con féren ce
de Reykjavik (2001). La Déclaration
De n om breu x ou tils, systèm es
de Reykjavik, sign ée p ar 47 états,
d’in form ation dyn am iqu es et
a p erm is u n e recon n aissan ce
m odèles on t été dévelop p és p ou r
in tern ation ale de l’op p ortu n ité
m ieu x com p ren dre la com p lexité
de dévelop p er les AEP (Ap p roch e
des écosystèm es m arin s : m odèles
Ecosystém iqu e des Pêch es). Un gu ide
h ydrodyn am iqu es côtiers, m odèles
p ratiqu e a été élaboré (con su ltation
in dividu s-cen trés, SIG géoréféren cés,
d’exp erts FAO, 2002) et le som m et
etc. Néan m oin s, leu r ap p lication
m on dial su r le dévelop p em en t
au x p roblèm es scien tifiqu es ou
du rable de Joh an n esbu rg (2002)
au x qu estion s d’am én agem en t n e
a en su ite en cou ragé fortem en t
fait qu e com m en cer. Il s’agit de
l’ap p lication de l’ap p roch e
p ren dre en com p te les diverses
écosystém iqu e dan s la gestion des
com p osan tes de la p êch e dep u is les
p êch es à l’h orizon 2010. En 2004, le
ressou rces ju squ’à leu rs m arch és. Il
Sym p osiu m ‘Qu an titative Ecosystem
est im p ortan t de p ou voir com bin er
In dicators for Fish eries Man agem en t’
les savoirs biologiqu es, écologiqu es
organ isé p ar le Cen tre de Rech erch e
et écon om iqu es, divers ou tils (SIG
Halieu tiqu e m éditerran éen n e et
et in dicateu rs) et les m odélisation s.
trop icale de Sète (CRH, Ifrem er, IRD,
C’est ce qu e ren d p ossible l’Ecoscop e
UM2) a p erm is au x scien tifiqu es
dévelop p é p ar le CRH.
de 53 p ays de faire le p oin t su r
l’avan cem en t des rech erch es su r
Qu atre th èm es de rech erch e son t
les in dicateu rs écosystém iqu es. La
p rin cip alem en t dévelop p és :
p roch ain e étap e est celle de la m ise
en œ u vre su r le terrain de cette
! Les in dicateu rs écosystém iqu es
dyn am iqu e p ou r qu e l’AEP dép asse le
p erm etten t de qu an tifier, sim p lifier
n iveau des discou rs et devien n e u n e
et tradu ire les résu ltats de la
réalité op ération n elle.
rech erch e obten u s su r la stru ctu re, le
fon ction n em en t des écosystèm es et
Créé en 2001, le CRH est
leu r exp loitation .
u n e stru ctu re de rech erch e
sp écialisée su r les m ilieu x m arin s
! La gestion sp atiale de l’effort de
m éditerran éen s et trop icau x et
p êch e et des in teraction s écologiqu es
leu rs ressou rces h alieu tiqu es.
in téresse les p êch eries du Nord et

du Su d. L’étu de des variation s des
distribu tion s sp atiales en fon ction
de l’abon dan ce de la ressou rce,
de l’en viron n em en t et de l’activité
an th rop iqu e seron t com p létées p ar
celles des relation s en tre den sité en
p oisson et p rise p ar p êch e en faisan t
référen ce au x term es d’accessibilité
à la ressou rce, de typ es d’agrégation
des p oisson s et de leu r cap tu rabilité.
! La m odélisation des écosystèm es
et de leu r exp loitation p erm et
u n e m eilleu re com p réh en sion
et p rédiction des dyn am iqu es
de systèm es com p lexes. Elle
p erm et d’exp lorer de n om breu ses
h yp oth èses et p rocessu s écologiqu es
im p ortan ts p ou r l’exp loitation et la
com p réh en sion des in teraction s au
sein des écosystèm es.
! Les systèm es d’in form ation
h alieu tiqu e con stitu en t u n ou til
p ou r l’étu de des dyn am iqu es dan s
le secteu r des p êch es (n otam m en t
la gestion ) et de l’aqu acu ltu re. Les
ap p roch es écosystém iqu es im p osen t
de rep résen ter, com p ren dre et
syn th étiser les in teraction s sp atiales
et les in teraction s en tre les différen tes
com p osan tes des écosystèm es.
La rech erch e fran çaise h alieu tiqu e
et en écologie m arin e p ossède des
atou ts en Méditerran ée et dan s
Locaux CRH de Sète.
P. Brehmer © IRD
les zon es trop icales car elle p eu t
affich er :
! Un e rech erch e cou p lée à u n e
dém arch e évalu ation -exp ertise
p ou r l’am én agem en t des ressou rces ; Les principa les équipes
! Un e forte im p lication dan s les
CRH
évalu ation s des p êch eries d’Eu rop e
Centre de Recherche Halieutique
(Ifrem er) et des p ays du Su d (IRD) ; méditerranéenne et tropicale
! L’exp érien ce de l’UM2 dan s le (IRD, Ifremer, UM 2)
dom ain e de la form ation ; 52 scientifiques
! Un e zon e d’activité m on diale Directeur : Philippe Cury,
philippe.cury@ird.fr
avec des p rogram m es de rech erch e
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
en h alieu tiqu e à large sp ectre
d’écosystèm es allan t des zon es HMT
Laboratoire Ressources
lagu n aires, les stocks très côtiers
Halieutiques Sète
ju squ’au x gran ds p élagiqu es (Ifremer)
des eau x trop icales ; 14 scientifiques
! La recon n aissan ce d’u n e Directeur : Gildas Le Corre,
ap p roch e AEP qu i p ren d en com p te gildas.le.corre@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
les différen tes com p osan tes de
l’écosystèm e ; UR 109 Thetis
! La m aîtrise de n om breu x THons tropicaux et Écosystèmes
pélagiques :Taxies, Interactions
ou tils m éth odologiqu es, systèm es
et Stratégies d’exploitation
d’in form ation , m odèles et défin ition (IRD)
d’in dicateu rs écosystém iqu es des 19 scientifiques
p êch es, etc. ; Directeur : Francis Marsac,
! Des com p éten ces marsac@ird.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
p lu ridiscip lin aires diverses.
US 007 Osiris
Écosystèm es aquatiques
Avec u n e im p lan tation com m u n e Observatoire et systèmes d’information
des pêches tropicales
en Méditerran ée à Sète au CRH, les
(IRD)
organ ism es de rech erch e on t d’ores et 12 scientifiques
déjà u n e base bien équ ip ée, visible et Directeur : Pierre Chavance,
attractive au p lan n ation al et à term e Pierre.Chavance@ird.fr
Fax: +33 (0)4 99 57 32 95
in tern ation al, ou verte au x p arten aires
23
du Su d com m e du Nord. ••• ... suite page 24
 Pêch e : diagn ostic et appu i à la gestion

L’ECOSCOPE,
outil scientifique pluridisciplinaire du CRH
L’Ecoscope est un projet intégrateur Après avoir été validé, le projet est entré dans une phase de faisabilité
qui vise à thésauriser, articuler, restituer de deux ans, visant à explorer les aspects méthodologiques. En 2007,
les savoirs acquis dans le domaine de l’Ecoscope est en cours de développement autour d’études de cas,
l’approche écosystémique des pêches principalement le Golfe du Lion et les systèmes d’upwelling.
à partir de travaux réalisés par les
institutions membres et leurs partenaires L’apport de l’Ecoscope se traduira par la restitution d’une perception
dans le domaine des écosystèmes marins intégrée de tout ou partie d’un écosystème marin, à partir de savoirs
exploités tropicaux et méditerranéens. diversifiés proposés par une communauté de chercheurs spécialistes.
O utre l’obtention de bénéfices partagés en termes de conservation,
L’approche retenue consiste à mettre progressivement en place un capitalisation et restitution intégrées et documentées, la mutualisation
dispositif pour faire circuler le savoir parmi les contributeurs, en des savoirs devrait permettre des avancées dans le domaine de
l’enrichissant « au passage », d’une valeur ajoutée issue de l’intégration l’approche écosystémique des pêches comme la reconnaissance de
et de l’articulation. Le dispositif en question traitera des aspects dénominateurs communs, l’identification du rôle et de la place de la
suivants : diversité des approches et des savoirs, la mise à disposition d’un milieu
! la mobilisation des savoirs (accueil, communication) original pour l’échange des idées, la formation des partenaires,
! leur conservation et intégration la sensibilisation des jeunes aux problèmes écologiques…
(données, informations, connaissances)
! leur articulation/intégration (méthodes, modèles, théories) Contacts : Philippe Cury, Philippe.Cury@ird.fr
! leur restitution/diffusion (synthèse, vulgarisation, diffusion) Laurence Vicens, Laurence.Vicens@ird.fr

Le projet est développé en plusieurs phases. La mise en place a été Pour plus d’informations,
réalisée en 2004 avec des actions liées à la conceptualisation, le recueil http://ecoscope.org/index_CI.htm
des besoins, l’organisation d’une assurance qualité, etc. Site CRH : www.crh-sete.org

Ressources halieutiques : acou stiqu e ap p liqu ée. D’au tres

Autres équipes
concernées pa r ce thème
UMR 5119 ECOLAG
Écosystèmes Lagunaires
(UM 2, CN RS, Ifremer)
59 scientifiques
Directeur : MarcTroussellier,
troussel@univ-montp2.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 37 19
UR 070 RAP
Réponses adaptatives des populations
et des peuplements de poissons
aux pressions de l’environnement
(IRD)
10 scientifiques
Directeur : Raymond Lae
raymond.lae@mpl.ird.fr
Fax : +33 (0)2 98 22 44 34
UR 097 ECO-UP
Structuration et fonctionnement
Écosystèm es aquatiques
évaluation et appui à la
gestion en Méditerranée
La th ém atiqu e h alieu tiqu e d e
l’Ifrem er a p ou r ob jectif d e
d isp oser à cou rt term e d e m oyen s
et m éth od es scien tifiqu es p ou r
assu rer u n équ ilib re d es p êch eries et
u n e p réservation d es h ab itats, d es
écosystèm es et d e la b iod iversité.
C’est d an s ce con texte qu e le
Laboratoire Ressou rces Halieu tiqu es
de Sète (Ifrem er) a p ou r resp on sab ilité
la façad e m éd iterran éen n e, ce
qu i l’am èn e à travailler avec les
acteu rs locau x, p rofession n els et
in stitu tion n els d es trois région s.
La fin alité d e ses rech erch es est d e
fou rn ir d es d iagn ostics su r l’état d e la
ressou rce, en rép on se à la d em an d e
d es in stan ces région ales, n ation ales
et com m u n au taires, et d e p rop oser
d es scén arios p ertin en ts p ou r la
gestion d es p êch eries d an s u n e
op tiqu e d e d évelop p em en t d u rab le.
com p éten ces ou d iscip lin es
p eu ven t être m ob ilisées grâce à
d es collab oration s région ales avec
d’au tres u n ités d e l’Ifrem er.
Les action s d u lab oratoire se
regrou p en t en trois d om ain es :
! Des activités d’ob servation et
d’aid e à la gestion d es p êch eries ;
elles con cern en t les ressou rces
h alieu tiqu es, les m ilieu x ain si qu e les
en trep rises qu i les exp loiten t.
Il s’agit d e gestion d e réseau x d e
su ivi et d e collecte d’in form ation s, d e
réalisation d ‘an alyses p ou r p rod u ire
les d iagn ostics et recom m an d ation s
u tilisés d an s le cad re d e l’exp ertise
in stitu tion n elle, et d u d évelop p em en t
tech n ologiqu e d’ou tils d’in vestigation
in n ovan ts.
! Le d évelop p em en t d e l’AEP vise
à faire évolu er les m od alités d e la
gestion d es p êch es en in tégran t
u n en sem b le d e d éterm in an ts et
d’in teraction s actu ellem en t n on

des écosystèmes d’upwelling exploités : p ris en com p te d an s l’an alyse

analyses comparatives en vue d’une
approche écosystémique
(IRD)
13 scientifiques
Directeur : Pierre Fréon,
pierre.freon@mpl.ird.fr
24 Fax : +33 (0)4 99 57 32 02
Les com p éten ces d u lab oratoire
corresp on d en t à p lu sieu rs d iscip lin es
d e l’h alieu tiqu e : b iologie an im ale,
b iologie d es p op u lation s et écologie,
d yn am iqu e d es p op u lation s
exp loitées, tech n ologie d es p êch es,
d es p êch eries. Cette d ém arch e
est in itiée su r les lagu n es côtières
d u Lan gu ed oc-Rou ssillon , su r la
p êch erie m u lti-sp écifiqu e d u golfe d u
Lion et su r les p op u lation s d e th on
rou ge.

! L’étu de du réseau trop h iqu e d’u n
p rédateu r su p érieu r s’in tègre dan s
u n p rogram m e su r le deven ir des
con tam in an ts en dom ain e m arin .
Les m éth odes de traceu rs isotop iqu es
ap p liqu ées au m odèle Merlu
p erm etten t d’obten ir des résu ltats
en term es de flu x de m atière, m ais
égalem en t su r le com p ortem en t des
in dividu s et de la p op u lation dan s
son h abitat.
Les objets d’étu des con cern en t
les ressou rces dém ersales *, p etits
p élagiqu es et gran ds p élagiqu es,
exp loitées p ar les p êch es de « p etits
m étiers », de ch alu tage et de th on iers-
sen n eu rs.
Le laboratoire développe de n om breux
parten ariats région aux, n ation aux
et in tern ation aux, scien tifiques et
Rem ontée d’un thon dans la « Matanza ».
in stitution n els. Citon s en Fran ce, san s
être exhaustif, le CEFREM, le CNRS,
l’EPHE, l’In ra, l’IRD et, en Europe,
le CSIC-ICM (Con sejo Su perior
d’in vestigacion es cien tificas /In stitu t de
Cièn cies del Mar de Barcelon a) et l’IEO
(In stitu to Españ ol de Ocean ografía),
le Cefas (Cen tre for En viron m en t,
Fisheries & Aqu acu ltu re Scien ce) en
Gran de Bretagn e, plusieurs un iversités
italien n es (Bari, Gèn es, Pise), la FAO,
etc.
Des collaboration s existen t égalem en t
avec des in stitution s scien tifiques
du Maghreb (INRH, In stitut Nation al
de Recherche Halieutique, Maroc et
INSTM, In stitut Nation al des Scien ces
et Techn ologies de la Mer, Tun isie).
Des parten ariats son t égalem en t
développés région alem en t avec les
organ isation s profession n elles.
O. Barbaroux © Ifremer
L’Ifrem er disp ose d’u n n avire de
façade « NO. L’Eu rop e » (29 m ) qu i
réalise en m er Méditerran ée des
m ission s diverses, liées n otam m en t
à la rech erch e h alieu tiqu e et à
l’en viron n em en t littoral. Les
m ission s h alieu tiqu es con cern en t
les ch alu tages dém ersau x (ju squ’à
1 300 m ètres), p élagiqu es et
exp érim en tau x, l’évalu ation
des ressou rces p ar des cap teu rs
acou stiqu es, le dép loiem en t d’en gin s
dorm an ts (filets m aillan ts, p alan gres,
casiers...). Le laboratoire disp ose
égalem en t de p lu sieu rs bateau x
Écosystèm es aquatiques
d’in terven tion en p etits fon ds
p ou van t être équ ip és de cap teu rs
acou stiqu es. •••
* Espèces qui vivent sur le fond ou à son voisinage, sans
pour autant en être com plètem ent dépendant dans
l’accom plissem ent des fonctions biologiques. 25
 Pêch e : diagn ostic et appu i à la gestion

Observatoires ! Évaluation et Son im plantation principale est

synthèses : l’objectif au CRH de Sète, avec des
et systèmes d’information est de con tribuer im plantations secondaires
des pêches tropicales à l’an alyse des à Brest, au Sénégal
don n ées su r (IRD Dakar), et aux
L’un ité de service Observatoire et les ressou rces Seychelles (Seychelles
systèm es d’in form ation des pêches et su r les Fishing Authority).
tropicales (US07 Osiris, IRD) a pour p êch eries L’unité dispose
objectif prin cipal de con tribuer dan s le de partenariats
à la création ou au ren forcem en t con texte des diversifiés au
des dispositifs d’observation et écosystèm es. niveau national et
d’in form ation sur les ressources et les Il s’agit de international com m e
exploitation s. m ettre en œ u vre ceux avec différentes
de façon p ratiqu e IR
D équipes de l’IRD,
L’un ité est organ isée en quatre et op ération n elle notam m ent Thetis (UR109)
©
ce
an
hav
com péten ces : des ou tils d’an alyse dans le cadre du m aintien
P. C

! Dispositif d’observation : les
systèm es étudiés ou m is en œ uvre
on t pour objet la récolte de don n ées
sur l’effort de pêche et sur la capture
(quan tité, com position spécifique
et en tailles). D’autres types de
don n ées con cern en t la description
de l’en viron n em en t physique et du
con texte socio-écon om ique.
! Technologie et outils de
l’information : il s’agit de con cevoir
des outils in form atiques au service
de la collecte, de la con servation ,
de la gestion , du traitem en t et de la
diffusion des don n ées halieutiques de
l’un ité et de ses parten aires.
1
m on osp écifiqu e,
écosystém iqu e et h alieu tiqu e. Les
résu ltats son t syn th étisés sou s form e
de cartes ou d’in dicateu rs com m e les
in dices d’abon dan ce.
! Théorie et prospective : l’objectif est
d’en treten ir u n e réflexion su r diverses
qu estion s th éoriqu es, con cep tu elles,
éth iqu es ou déon tologiqu es associées
à l’in form ation dan s le dom ain e
des p êch es (relation « don n ées-
in form ation -con n aissan ce », n atu re
de la dem an de, con fiden tialité des
don n ées, statu t de l’in form ation ,
relation en tre systèm es d’in form ation
p u blics et circu its de l’in form ation des
acteu rs p rivés...).
et de la gestion des systèm es de
suivi des pêches thonières françaises
(Observatoire Thonier).
Parm i les projets im portants auxquels
participe l’unité, citons les projets
européens Ecost (Ecosystem s, Societies,
Consilience, Precautionary principle:
developm ent of an assessm ent m ethod of
the societal cost for best fishing practices
and efficient public policies, 9 partenaires
du Sud) et Istam (Im proving scientific
and technical advices for fisheries
m anagem ent) portant sur la façade ouest
africaine. Des chantiers sont m is en
œ uvre en Afrique (Guinée, Mauritanie,
Sénégal, Madagascar, Seychelles), aux
Antilles et en Asie. •••

Un outil pour le suivi de l’écosystème côtier guinéen

En République de Guinée, la production de ressources marines
P. Chavance © IRD

2
(productivité de l’écosystème) est principalement réalisée dans
la zone côtière, les estuaires et les mangroves, où les juvéniles de
poisson trouvent nourriture et abri avant de peupler la haute mer.
Pour permettre une bonne gestion de la ressource, il faut pouvoir
contrôler les bonnes conditions de développement de ces ressources.
Ceci nécessite la mise en place d’un système de suivi qui soit (i)
régulier et de long terme, donc peu coûteux et (ii) réalisé de façon
scientifique et pluridisciplinaire afin de disposer de données fiables et
représentatives. Sur la base d’une collaboration entre l’unité O siris
(IRD ) et deux institutions de recherche guinéenne, le Cerescor
(Centre d’Études et de Recherches Scientifiques de Conakry-
Rogbané) et le CN SHB (Centre N ational des Sciences Halieutiques
de Boussoura), un système complet (logistique et méthodologique)
a été élaboré pour permettre un suivi prenant en compte ces
contraintes. L’accès aux petits fonds côtiers se fait grâce à une barque
en polystyrène équipée (GPS, sondeur, filets variés, etc.), avec l’appui
F. D omain © IRD

F. D omain © IRD

3 4 d’une pirogue locale dans laquelle est installé le matériel d’hydrologie

(suivi à poste fixe de 24 h). Les suivis sont réalisés par une équipe
pluridisciplinaire de chercheurs guinéens. D es prélèvements de
plusieurs types sont réalisés à chaque station : caractéristiques de
l’eau et des courants, analyse du benthos (principale source de
nourriture), inventaire de la ressource, étude de différents types de
Écosystèm es aquatiques

plancton (source de nourriture et milieu de vie des larves de poisson).

1. (m éd aillon) Barques d e pêche, Cap Vert
2. Poissons d e l’ouest africain
3. Filet tournant en Guinée
26
4. Marché au poisson en Guinée
Ce dispositif (méthodes, outils et compétences) a ainsi permis le
suivi régulier de l’écosystème côtier prenant en compte toutes les
dimensions de la productivité des zones estuariennes guinéennes.
Contact : Jean Le Fur, lefur@ird.fr
Pour plus d’informations, www.mpl.ird.fr/weblefur/indexG.htm
 Des projets de recherche D ans les organisations régionales des pêches, l’Ifremer participe
aux diagnostics scientifiques sur l’état des stocks et l’adéquation
des niveaux de production avec une exploitation durable. Cette

pour évaluer l’état responsabilité d’expertise, assumée par des groupes de travail
internationaux, s’appuie sur les données statistiques caractérisant

des ressources halieutiques l’activité des pêcheries et sur les connaissances sur les espèces
acquises par des projets de recherche.

indice abondance Ainsi, l’Ifremer et l’IRD sont impliqués conjointement dans

la CICTA/ICC AT – Commission Internationale pour la
Conservation des Thonidés de l’Atlantique. Les travaux
scientifiques de reconstitution d’une série d’abondance du
Thon Rouge sur plus de 300 ans, établie à partir des données
historiques des madragues, permettent de mieux comprendre
la dynamique de l’espèce à grande échelle. D ’autres projets
de recherche, tels que FAD IO (Fish Aggregating D evices as
Instrumented Observatories of pelagic ecosystems) qui a étudié les
processus d’agrégation sous les dispositifs de concentration de
poissons) ou le marquage électronique de thons en cours de
réalisation dans le cadre du programme européen D ata Collection
Régulation par les pays européens de Méditerranée, ont pour
objectifs de progresser sur le comportement individuel des
espèces.
Série tem porelle - indice d’abondance
du thon rouge
Contact : Gildas Le Corre, gildas.le.corre@ifremer.fr

Un programme international pour étudier

l’agrégation des thons tropicaux aux objets flottants
Radeau agrégatif dérivant vu de dessous.
Le programme européen FAD IO (Fish Aggregating Devices as M. Taquet © Fadio, IRD -Ifremer

Instrumented Observatories of pelagic ecosystems), financé par

la D G Recherche de la Commission européenne, vient de se
terminer. Il était coordonné par l’IRD (UR 109 Thetis) et a
développé la majorité de ses activités de terrain à partir des
Seychelles. Ce programme avait deux objectifs :
(1) développer des prototypes de nouveaux instruments
(marques électroniques et bouées instrumentées) pour observer
de manière directe les mouvements des thons tropicaux et
(2) collecter les premières informations sur leur comportement
autour des objets flottants dérivants.

En effet, plus de la moitié des captures mondiales de thons

tropicaux proviennent de pêches autour de ces objets flottants
appelés DCP (Dispositifs Concentrateurs de Poissons) ; or ni
la raison ni les conséquences de ce comportement agrégatif ne
sont encore élucidées. Le partenariat fort de l’IRD et de la SFA
(Seychelles Fishing Authority) a ainsi permis aux autres membres
de l’équipe (Espagne, N orvège, Grèce, Belgique, USA) de mener
des recherches pointues en éco-éthologie marine dans l’océan
Indien. La position privilégiée des Seychelles, au centre de
l’activité thonière de l’océan Indien, a ainsi facilité le succès de
Écosystèm es aquatiques

cinq campagnes océanographiques avec l’utilisation de nombreux

outils modernes d’observation : marquages électroniques divers,
échosondeurs et sonars, caméras, hydrophones...

Contacts : Laurent Dagorn, dagorn@ird.fr

et Francis Marsac, marsac@ird.fr
Pour plus d’informations, www.fadio.ird.fr 27
 Pêch e : diagn ostic et appu i à la gestion

Évaluation et suivi de l’impact de l’exploitation halieutique

sur la biodiversité des milieux estuariens et côtiers ouest africains
Les partenaires du projet ont réalisé des études écologiques et
R. Lae © IRD

halieutiques sur les principaux écosystèmes de la région (campagnes

scientifiques, suivi des pêches commerciales, évaluation directe de
l’abondance et de la répartition des peuplements par acoustique).

Pêche expérim entale à la senne tournante dans
l’estuaire du Sine Saloum , (Sénégal).
D ans le cadre du Programme Régional de Conservation Marine,
développé au sein de la Commission Sous Régionale des Pêches
(Guinée, Guinée Bissau, Sénégal, Gambie, Mauritanie, Cap Vert), l’UR
RAP (IRD ) et ses partenaires évaluent l’impact de la pêche artisanale
sur la biodiversité, les ressources et les écosystèmes estuariens et
côtiers (projet soutenu par l’Agence Universitaire de la Francophonie).
La réponse des peuplements au stress halieutique est complexe et
passe par la compréhension des réponses à différentes échelles de
l’organisation biologique : individus, populations et peuplements. Ces
différentes réponses constituent un outil essentiel pour les scientifiques
et les décideurs chargés de la gestion des ressources aquatiques
exploitées. L’utilisation d’indicateurs biologiques de l’état des peuplements
et des populations doit permettre d’établir un diagnostic de l’état des
peuplements de poisson comme de leur écosystème.
Après inventaire des données, une première sélection a été faite sur des
systèmes assez documentés et présentant des niveaux de perturbation
significativement différents :
! Guinée : baie de Sangareyah, estuaires de la Fatala et du Konkouré
! Guinée Bissau : archipel des Bijagos, Rio Grande de Buba
! Gambie : estuaire de la Gambie
! Sénégal : estuaires de la Casamance, du Sine Saloum, du Sénégal
! Mauritanie : zone exploitée du Banc d’Arguin,
zone non exploitée du Banc d’Arguin
! Cap Vert : zone côtière
Une liste préalable d’environ 40 indicateurs a été proposée, classés en
7 catégories : capacité d’accueil du milieu, abondance et/ou biomasse,
composition spécifique, tailles, facteurs trophodynamiques, traits de vie
et exploitation. Il a été convenu d’ajouter une catégorie d’indicateurs
environnementaux, et de définir, expliciter ou renommer certains
indicateurs particuliers, tels que les interfaces, le débit, la turbulence,
la dominance, etc. À terme, les résultats de ce projet doivent mener à
l’élaboration d’un outil d’aide à la décision en matière de diagnostic et de
pilotage des activités halieutiques.
Contact : Raymond Lae, raymond.lae@ird.fr
Pour plus d’informations : www.prcmarine.org

Dynam ique et exploitation
d’écosystèmes hauturiers
Le p rogram m e de l’UR THETIS
THon s tropicau x et Écosystèm es
pélagiqu es : Taxies, In teraction s et
Stratégies d’exploitation (UR109,
IRD) s’in téresse au x écosystèm es
trop icau x de h au te m er. Il s’agit de
com p ren dre com m en t la variabilité
clim atiqu e, et n otam m en t les
ch an gem en ts clim atiqu es globau x,
p eu ven t affecter le fon ction n em en t
de ces écosystèm es. Parallèlem en t
à ces forçages n atu rels, la p ression
de p êch e croissan te p eu t en traîn er
des m odification s stru ctu relles su r
les écosystèm es p élagiqu es. Dan s
le dom ain e p élagiqu e h au tu rier, les
p êch eries th on ières con stitu en t u n
exem p le très bien docu m en té dan s
tou s les océan s dep u is le m ilieu
du 20èm e siècle p ou r étu dier les
rép on ses des p op u lation s à cette
exp loitation croissan te et diversifiée
(m u lti-en gin s, m u ltisp écifiqu e et en
m u tation p erm an en te au p lan des
Écosystèm es aquatiques
m esu res d’am én agem en t des
p êch eries. L’élaboration d’in dicateu rs
est l’u n des m oyen s p rivilégiés reten u s
p ou r résu m er la com p lexité des
in teraction s et élaborer des ou tils de
décision et de gestion .
Trois qu estion s scien tifiqu es
fon dam en tales p erm etten t d’en
cern er le dom ain e th ém atiqu e :
! Qu els son t les p rocessu s p h ysiqu es
et biologiqu es agissan t su r la
stru ctu ration sp atio-tem p orelle d’u n e
ressou rce m igran te ?
! Qu elles son t les tactiqu es et
stratégies dévelop p ées p ar les
p êch eu rs p ou r s’adap ter au caractère
agrégé de cette ressou rce ?
! Qu els son t les effets con join ts de
l’en viron n em en t et de l’exp loitation
su r la stru ctu re et la dyn am iqu e des
écosystèm es h au tu riers ?
Pou r aborder ces différen tes
qu estion s, le p rojet est stru ctu ré en 5
th èm es de rech erch e :
! Grégarism e et agrégation au x
disp ositifs de con cen tration de
! Modélisation des écosystèm es et
sim u lation s.
L’Océan In dien con stitu e le ch an tier
p rin cip al de Th etis, avec des
p erson n els en p oste à La Réu n ion et
des action s de rech erch e con du ites
au x Seych elles, à la Réu n ion et dan s le
Can al de Mozam biqu e.
Des collaboration s in tern ation ales
son t dévelop p ées avec des
in stitu tion s en Eu rop e (Esp agn e :
IEO, Un iversité de Las Palm as,
Com m ission In tern ation ale p ou r la
Con servation des Th on s Atlan tiqu e ;
Su ède : In stitu te of Marin e Research ;
Belgiqu e : Un iversité Libre de
Bru xelles), au x États Un is (Un iversité
d’Hawaï), Au stralie (CSIRO), Afriqu e
(SFA au x Seych elles ; Madagascar :
In stitu t Halieu tiqu e et des Scien ces
Marin es ; Afriqu e du Su d : Un iversité
de Cap e Town , Marin e Coastal
Man agem en t ; Com m ission des
Th on s de l’Océan In dien ), en Asie
(Maldives : Marin e Research Cen tre) et

p oisson s ; au Mexiqu e. Parm i les collaboration s

tech n ologies).
L’objectif de THETIS est de com p arer
la dyn am iqu e et l’exp loitation
d’écosystèm es région au x h au tu riers
28 en vu e d’u n e région alisation des
! Distribu tion , m ou vem en ts et
h abitats des p rédateu rs ;
! In teraction s ressou rce - p êch eu rs ;
! Rép on ses de l’écosystèm e
p élagiqu e à la variabilité du clim at et
à la p êch e ;
n ation ales, le Cen tre d’Étu de
Biologiqu es de Ch izé, l’Ifrem er,
l’In stitu t Un iversitaire Eu rop éen
de la Mer, l’UPMC, le MNHN,
l’Un iversité Sop h ia An tip olis,
l’Un iversité de La Réu n ion , etc. !
 Écosystèm es aquatiques
O. Barbaroux © Ifremer

Pêche aux petits pélagiques

en Méditerranée, Port-Vendres. 29
 M. Legendre © IRD
Aqu acu ltu re :
en jeu x et évolu tion s
L
a production mondiale d’aquaculture était de
4 millions de tonnes en 1970. Elle a connu une
croissance soutenue depuis 1980, pour dépasser
en 2003 les 50 millions de t. (végétaux inclus). Cette
croissance est parmi les plus élevées des productions
alimentaires et dépasse aujourd’hui celle des volailles
et des porcins. La contribution de l’aquaculture à
l’alimentation humaine est passée de moins de 1 kg/
habitant/an dans les années 1970, à plus de 6 kg en 2005.
Cette évolution contraste fortement avec celle des
captures liées à la pêche dont les débarquements stagnent,
voire régressent, depuis une dizaine d’années à un niveau
Écosystèm es aquatiques
situé entre 90 et 95 millions de tonnes. Les productions
aquacoles proviennent pour 50% de la mer (principalement
mollusques et végétaux aquatiques), pour 45% des eaux
douces (principalement poissons) et pour 5% des eaux
saumâtres (principalement crevettes). Les espèces élevées
30
sont nombreuses : plus de 220 espèces animales et
Pisciculture en cages flottantes
sur le lac d e barrage d e Cirata (Java ouest, Ind onésie).
végétales recensées en 2002, dont 25 assurent 90% de la
production.
Le « boom » aquacole de ces 20 dernières années est
surtout le fait des pays en développement et émergents
(90%) avec une part prépondérante de l’Asie et en
particulier de la Chine (71%). La contribution des pays
développés est passée de 42% en 1973 à 9,2% en 2003. Par
ailleurs, ce « boom » résulte pour l’essentiel de productions
déjà bien établies dans les années 1970 : poissons d’eaux
douces, principalement en étangs, et mollusques en zones
côtières. Les deux espèces les plus élevées dans le monde
en 2004 étaient l’huître japonaise et la carpe argentée.
Les productions, plus récentes, de poissons marins et de
crustacés en eaux saumâtres sont encore inférieures en
volume, même si leur part en valeur est plus élevée ; poissons
marins, salmonidés et crustacés représentaient en 2003 14%
de la production totale en volume et 40% en valeur.
La pisciculture d’eau douce (45% de la production
aquacole totale) présente des caractéristiques spécifiques.
Elle permet une forte intégration aux systèmes de
production agricoles (agriculture et élevage) grâce à une
utilisation partagée de l’eau, au recyclage des déchets
et effluents d’élevage comme fertilisants des étangs de
pisciculture, ou à l’utilisation de sous-produits agricoles
bruts comme aliments pour le poisson. Elle repose
principalement sur des espèces à chaîne alimentaire
courte (carpes, tilapias, etc.). Elle est surtout mise en
œuvre à travers des systèmes de production extensifs
et semi-intensifs au sein desquels la polyculture, la
fertilisation et l’alimentation complémentaire constituent
les éléments de base. Cependant, depuis une vingtaine
d’années, se sont développés à très grande échelle,
essentiellement en Asie du Sud-Est, des élevages intensifs
d’espèces dulçaquicoles en cages flottantes dans le
contexte global de l’intensification des productions
agricoles.
La pisciculture d’eau de mer est surtout basée sur des
poissons carnivores à chaîne alimentaire longue et réalisée
dans des systèmes de production intensifs ou semi-
intensifs en cages flottantes. Les espèces se répartissent
en deux groupes selon le degré de maîtrise de leur cycle
d’élevage : celles dont l’élevage est entièrement contrôlé
(bar, daurade, salmonidés) et celles dont le grossissement
est pratiqué à partir d’alevins pêchés dans le milieu naturel
(sériole, thon).
À l’heure actuelle, l’aquaculture dispose encore d’une
bonne marge de progression (estimée entre 4 à 5% par an
d’ici 2020), ce qui fait émerger les enjeux suivants.
! La qualité des milieux joue un rôle considérable
en aquaculture, surtout en en conchyliculture, forme
d’élevage qui constitue l’une des valorisations les
plus durables de la productivité écologique des zones
côtières. Une relance des recherches en écotoxicologie
et écopathologie pour comprendre et maîtriser des
phénomènes tels que la production de toxines par des
blooms d’algues et la bioconcentration de polluants,
apparaît fondamentale.
! Les recherches sur l’alimentation des systèmes
aquacoles intensifs devront à la fois viser à réduire l’impact
des rejets par une meilleure efficacité de l’aliment et
de son utilisation, et anticiper une inévitable réduction
des ressources en huiles et farines de poissons, tout en
préservant la qualité des produits. Concernant ce dernier
point, les solutions alternatives feront appel, d’une part à la
diversification des apports en protéines (notamment par
incorporation de produits d’origine végétale) et, d’autre
part, à des procédés de bioconversion de déchets agro-
industriels.
! La lutte contre les bioagresseurs, aspect important
de l’aquaculture, en particulier quand elle est intensive, devra
privilégier des approches mettant en œuvre les capacités de
résistance naturelle (améliorées par la sélection génétique)
et l’induction de mécanismes de défense non spécifiques
combinées à des approches écopathologiques.
! La promotion de systèmes de production
durables, au-delà de la viabilité économique et de la
maîtrise des impacts environnementaux, aura à prendre
en compte les attentes et les besoins des citoyens-
consommateurs, y compris dans la dimension d’une
activité « équitable ».
! La pisciculture d’eau douce d’espèces de faible
valeur (# 1 USD /kg) demeurera une composante
majeure de l’aquaculture, notamment dans les pays en
développement et émergents. L’intensification raisonnée
de ces systèmes constitue un enjeu considérable et
complexe dans la mesure où il devra combiner des
savoir-faire traditionnels et démarches scientifiques
(nutrition, écologie, limnologie, génétique, sociologie, etc.).
! La domestication de nouvelles espèces
indigènes d’intérêt aquacole constitue un enjeu
important de l’aquaculture du futur. Elle permettra,
entre autres, par le bouclage en captivité du cycle
biologique des espèces, de s’affranchir du prélèvement
de juvéniles dans le milieu naturel et de mettre en place
des programmes d’amélioration génétique. Elle constitue
de plus le meilleur rempart aux introductions d’espèces
exotiques et permet la diversification des productions,
objectif permanent des pisciculteurs, notamment des
PED où le poisson représente une source essentielle de
protéines. Cette démarche devra s’accompagner d’une
gestion attentive des ressources génétiques, tant au sein
des populations d’élevage qu’en termes d’impact sur les
populations naturelles.
! Enfin, l’amélioration génétique constituera
un point déterminant pour le développement de
l’aquaculture comme dans toutes les filières terrestres.
Les espèces élevées aujourd’hui disposent en effet
d’un important et prometteur potentiel de sélection
et d’adaptation (à des milieux et/ou à des situations
particulières d’élevage aquacole) car elles sont peu
ou pas domestiquées. Les caractères concernés par
l’amélioration génétique sont nombreux (capacités
d’adaptation, croissance, rendement, qualité de la chair,
résistance à certains pathogènes, stérilité etc.) et les
méthodes diversifiées (sélection, polyploïdisation,
monosexage etc.). Le progrès génétique aura des
implications majeures pour l’avenir des filières car il a
un impact direct sur l’économie, la qualité du produit, le
respect de l’environnement (la stérilisation permet de
Écosystèm es aquatiques
préserver la biodiversité en limitant la contamination
des populations sauvages) et l’éthique animale par
l’amélioration du bien-être des animaux.
Jérôme Lazard (U PR 20, Cirad),
Béatrice Chatain (BOME, Ifremer)
et Marc Legendre (U R 175, IRD) 31

Les principa les équipes
BOME
Département « Biologie
des Organismes Marins Exploités »
(Ifremer)
28 scientifiques
Directrice : Évelyne Bachère,
evelyne.bachere@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 67 13 04 58
UMR 7628
Modèles en biologie cellulaire
et évolutive
(CN RS, UPM C)
17 scientifiques
Directeur : Gilles Bœuf,
gilles.boeuf@obs-banyuls.fr
Fax : +33 (0)4 66 88 73 98
UMS 2348 - École Interne EI38
UPMC – Observatoire océanologique
de Banyuls-sur-Mer
(CN RS, UPM C)
35 scientifiques
Directeur : Philippe Lebaron,
lebaron@obs-banyuls.fr
Fax: +33 (0)4 68 88 16 99
UPR 20
Aquaculture et gestion
des ressources aquatiques
(Cirad)
8 scientifiques
Directeur : Jérôme Lazard,
jerome.lazard@cirad.fr
Fax : +33 (0)4 67 16 64 40
UR 175 Caviar
Caractérisation et valorisation
Écosystèm es aquatiques
de la diversité ichtyologique pour une
aquaculture raisonnée
(IRD)
14 scientifiques
Directeur : Marc Legendre,
Marc.Legendre@mpl.ird.fr
Fax : +33 (0)4 67 16 64 40
32 ... suite page 36
Aqu acu ltu re :
en jeu x et évolu tion s
Aquaculture et gestion
des ressources aquatiques
dans les pays du Sud
Dep u is 10 an s, la p rod u ction
d e l’aqu acu ltu re, réalisée p ou r
l’essen tiel en zon e trop icale,
p rogresse d’en viron 15% p ar an
alors qu e celle d e la p êch e stagn e ou
régresse. L’aqu acu ltu re trop icale est
d on c am en ée à l’aven ir à p rod u ire
p lu s et, p ou r rép on d re à la d em an d e,
p rod u ire m ieu x.
En Afriqu e su b sah arien n e
(p rod u ction aqu acole très faib le),
le Cirad a lon gtem p s focalisé
ses activités su r les asp ects
b iotech n iqu es d e la p iscicu ltu re d es
tilap ias d u gen re Oreoch rom is et d e
d iverses esp èces africain es (Clarias
gariepin u s, Heterotis n iloticu s, etc.).
Désorm ais, il m et l’accen t su r d es
th ém atiqu es socio-écon om iqu es
tels les d éterm in an ts d e l’in n ovation
d estin és à accom p agn er les
d yn am iqu es d e d évelop p em en t.
Au Brésil, la coop ération p orte
su r le d évelop p em en t d u rab le
d e la p iscicu ltu re d an s ses
d im en sion s d e gou vern an ce et
d’im p act su r l’en viron n em en t.
Les th èm es d évelop p és d an s
le b assin d u Mékon g son t axés
su r la d om estication d’esp èces
au toch ton es d’in térêt aqu acole
(Pan gasiu s spp.) et l’op tim isation
d es filières d’élevage.
Aux Philippin es, le Cirad répon d à
un e dem an de forte sur l’aquaculture
côtière à la fois sur le plan de l’an alyse
des systèm es de production et de
leurs dyn am iques, sur la m ise au
poin t d’un e souche de tilapia adaptée
à l’élevage en eau saum âtre et sur la
con struction de la qualité tout au lon g
de la filière aquacole.
Dan s ce cadre, l’u n ité p rop re de
rech erch e Aqu acu ltu re et gestion des
ressou rces aqu atiqu es (UPR20, Cirad)
disp ose d’u n réseau de ch erch eu rs et
de p arten aires en Asie du Su d-Est, en
Afriqu e et au Brésil, où des travau x
de rech erch e son t réalisés en station
exp érim en tale et en p arten ariat avec
les p iscicu lteu rs des p ays con cern és.
L’u n ité d isp ose d’u n e p late-form e
scien tifiqu e m u ltid iscip lin aire grâce
à u n regrou p em en t d’équ ip es à
th ém atiqu e com m u n e avec l’IRD :
le Grou p e aqu acu ltu re con tin en tale
m éd iterran éen n e et trop icale
(Gam et). Elle d isp ose ain si au Gam et
d’u n com p lexe com m u n d’élevage
exp érim en tal qu i com p ren d
p lu sieu rs circu its en eau recyclée
et th erm orégu lée alim en tan t
d ifféren ts typ es d e stru ctu res
d’élevage d’esp èces trop icales
(b acs, aqu ariu m s, écloserie, m od u le
d’élevage larvaire). Les p rin cip ales
esp èces étu d iées son t les tilap ias
(Oreoch rom is et Saroth erodon ) ain si
qu e les p oisson s-ch ats africain s
(Heterobran ch u s) et asiatiqu es
(Pan gasiu s). Elle d isp ose égalem en t
d e lab oratoires d e p h ysiologie et
b iologie m olécu laire p rin cip alem en t
d éd iés à la rech erch e d e m arqu eu rs
fon ction n els liés à 2 caractères
d’in térêt aqu acole m ajeu r ch ez les
tilap ias : le d éterm in ism e d u sexe et
la toléran ce à la salin ité.

© D. Lacroix
Les th ém atiqu es de rech erch e de
l’u n ité son t les su ivan tes :
! Iden tification / dévelop p em en t/
am élioration des p erform an ces
d’esp èces et sou ch es d’in térêt
aqu acole de tilap ias en rép on se
à l’évolu tion des besoin s et des
con train tes : sou ch es p résen tan t u n e
th erm osen sibilité du déterm in ism e
du sexe, sou ch es p résen tan t u n
n iveau élevé de toléran ce à la salin ité :
Mon tp ellier et in tern ation al.
! Con stru ction de la qu alité tou t au
lon g de la filière aqu acole trop icale
com p ren an t l’iden tification et la
gestion des con train tes ren con trées
p ar les différen ts op érateu rs :
Ph ilip p in es.
! Dom estication d’esp èces d’in térêt
aqu acole p ar la m aîtrise com p lète du
cycle biologiqu e à p artir de gén iteu rs
n és en cap tivité : Laos et p én in su le
in doch in oise.
! Con stru ction des in n ovation s en
p iscicu ltu re p ar u n e ap p roch e de
rech erch e-action en p arten ariat :
Cam erou n et Afriqu e su b-sah arien n e.
! Dévelop p em en t et validation
d’ou tils d’évalu ation de la du rabilité
des systèm es d’élevage aqu acoles
dan s les p ays trop icau x : tou s p ays.
Pour une pisciculture
tropicale raisonnée
Le d évelop p em en t actu el et fu tu r
d e la p iscicu ltu re requ iert u n e
con n aissan ce ap p rofon d ie d e la
stru ctu re gén étiqu e, d e l’h istoire
d e vie et d es p erform an ces d es
esp èces d e p oisson s en relation
avec leu r en viron n em en t, d e m êm e
qu e la d éfin ition , su r cette b ase, d e
solu tion s zootech n iqu es ad ap tées
au x m od èles et con textes locau x. Cet
en jeu est cru cial d an s les région s
trop icales, en raison d e leu r p oten tiel
aqu acole élevé et d e la d ép en d an ce
actu elle d e la p iscicu ltu re vis-à-vis
d’esp èces alloch ton es.
Faisan t su ite à 25 an s d’im p lication
d e l’IRD d an s le d om ain e d e
la p iscicu ltu re trop icale, l’UR
CAractérisation et Valorisation de
la diversité Ich tyologiqu e pou r u n e
Aqu acu ltu re Raison n ée (UR 175,
Caviar) a p ou r ob jectif d e ren forcer
ces con n aissan ces en vu e d u
d évelop p em en t d’u n e aqu acu ltu re
raison n ée d e d ifféren tes esp èces d e
p oisson s au toch ton es.
Aquaculture d e poissons en cage,
en m er d u Japon
Actu ellem en t, les rech erch es
son t d évelop p ées en réseau avec
d es ch erch eu rs et p arten aires
in stitu tion n els d an s d eu x région s
d u m on d e où la d iversité b iologiqu e
en p oisson s d’eau d ou ce est
p articu lièrem en t élevée, l’In d on ésie
et l’Am azon ie (Bolivie et Pérou ).
Dan s ces d eu x région s, les travau x
p orten t su r d es esp èces d’in térêt
aqu acole, avéré ou p oten tiel, p ou r
la con som m ation h u m ain e (p ar
ex. Ch aracid ae et Pim elod id ae en
Am azon ie, Pan gasiid ae et Bagrid ae
en In d on ésie) ou l’orn em en t
(Apistogram a sp p., Ch rom obotia
m acracan th u s, Scleropages sp p.).
Les rech erch es p rod u isen t en ou tre
d es con n aissan ces u tiles à la gestion
d es p êch es et à la con servation d e
ces esp èces.
En m étrop ole, l’UR an im e avec
ses collègu es d u Cirad u n e p late-
Écosystèm es aquatiques
form e scien tifiqu e com m u n e :
Gam et (cf. su pra). Le p rojet
scien tifiqu e d e l’u n ité s’ap p u ie
su r p lu sieu rs d iscip lin es d e
l’ich tyologie et d évelop p e u n e
ap p roch e in tégrée allan t d’u n e
m eilleu re com p réh en sion d e ••• 33
 Aqu acu ltu re : en jeu x et évolu tion s

Diversité biologique et aquaculture :

des poissons-chats en Asie du Sud-Est
L’Asie du Sud-Est est, avec la Chine, le principal producteur mondial de
poissons d’élevage en eau douce. Le développement de l’aquaculture dans
cette région reste cependant limité par un manque de connaissances sur
la biologie et le potentiel aquacole des espèces locales. D ans ce contexte,
des instituts de recherche indonésiens, vietnamiens, belges et français (IRD,
Cirad) ont conduit depuis 1996, avec le soutien de l’Union Européenne,
le programme Catfish Asia. Coordonné par l’IRD, Catfish Asia a permis de
mieux décrire et de valoriser la diversité biologique des poissons-chats
asiatiques, et d’améliorer la maîtrise de leur cycle de vie en captivité

Au Vietnam, le contrôle de la reproduction des espèces de Pangasius a

Pangasius djam bal, une nouvelle
espèce d e poisson-chat pour l’aquaculture ind onésienne
J. Slembrouck © IRD
conduit ces dernières années à une augmentation spectaculaire de leur
production, jusqu’alors dépendante de la capture de juvéniles en milieu
naturel. En Indonésie, la recherche menée par l’IRD et le RCA (Research
Center for Aquaculture, Jakarta) a notamment permis d’identifier une
espèce locale prometteuse pour l’aquaculture indonésienne, Pangasius
djambal. Ce poisson-chat à croissance rapide a été présélectionné

Arapaima gigas,
poisson em blém atique de l’Am azonie
comme nouveau candidat pour l’aquaculture de par sa grande taille (plus
de 20 kg), sa large répartition géographique (îles de Java, Sumatra et
Kalimantan) et sa popularité auprès des consommateurs. La reproduction
contrôlée de P. djambal en captivité a été obtenue pour la première fois
en 1997. Les productions d’alevins et essais de grossissement en captivité
montrent que cette espèce autochtone est particulièrement bien adaptée
à l’élevage et peut contribuer à la diversification de la pisciculture en
Indonésie. À l’heure actuelle, son utilisation en pisciculture est fortement
encouragée par les autorités locales pour le développement d’une filière
orientée principalement vers l’exportation.

D es recherches partageant les mêmes objectifs de valorisation de la

diversité ichtyologique sont aussi en cours dans le bassin de l’Amazone,
sur des espèces locales de poissons-chats et d’autres poissons
autochtones, dont le pirarucu, Arapaima gigas.

© J. N uñez © IRD
Contact : Marc Legendre, Marc.Legendre@mpl.ird.fr

l’évolu tion d es grou p es d’esp èces
et p op u lation s étu d iés et d e leu rs
relation s p h ylogén étiqu es ju squ’au
d évelop p em en t d e systèm es
d’élevage ad ap tés au x esp èces cib les
et au x d ifféren ts con textes d e m ise
en œ u vre.
La rech erch e se d éclin e en qu atre
axes com p lém en taires :
! Les étu d es en taxin om ie et
p h ylogén ie m etten t en œ u vre d es
ap p roch es syn ergiqu es in clu an t la
b iologie m olécu laire, la b iom étrie et
l’ostéologie et visen t à caractériser la
Écosystèm es aquatiques
Ces rech erch es visen t à d éterm in er
la stru ctu re géograp h iqu e d es
p op u lation s, à qu an tifier les flu x
gén iqu es, à fou rn ir d es ou tils
p erm ettan t d’estim er et d e gérer la
variab ilité gén étiqu e d es sou ch es
d’élevage et d e garan tir leu r in tégrité.
! L’étu d e en m ilieu n atu rel et en
con d ition s con trôlées d es traits
d’h istoire d e vie, d e leu rs variation s
et d e leu rs relation s avec les facteu rs
en viron n em en tau x p erm et d e d éfin ir
l’ap titu d e d es esp èces et p op u lation s
à rép on d re au x ch an gem en ts
d e l’en viron n em en t et leu r
ad ap tab ilité à d ifféren ts con textes
le d évelop p em en t d es stru ctu res
m orp h ologiqu es et systèm es
p h ysiologiqu es liés à l’in gestion
et à la d igestion , d e m êm e qu e
les variation s on togén étiqu es
d es exigen ces et p référen ces d es
p oisson s vis-à-vis d es facteu rs
en viron n em en tau x b iotiqu es et
ab iotiqu es.
! L’acqu isition d e ces b ases
b iologiqu es d e l’élevage p erm et
d’op tim iser les tech n iqu es d e
rep rod u ction con trôlée et les
m éth od es d’élevage et d’alim en tation
d es jeu n es stad es d e vie. En p arallèle,
d es rech erch es cib lées su r la

d iversité b iologiqu e et les ryth m es d e

d iversification évolu tive.
! L’an alyse d e l’organ isation
sp atiale et tem p orelle d es
systèm es p op u lation n els est b asée
su r l’u tilisation d e m arqu eu rs
34 m olécu laires.
d’élevage. Plu s p articu lièrem en t, les
rech erch es con cern en t les stratégies
rep rod u ctrices (taille et âge à la
m atu rité sexu elle, fécon d ité, taille
d es œ u fs), les h ab itats et régim es
alim en taires en m ilieu n atu rel,
p h ase d e grossissem en t visen t au
d évelop p em en t d’u n e aqu acu ltu re
in tégrée, b asée su r le recyclage et
la valorisation d e d éch ets agro-
in d u striels (p ar exem p le tou rteau d e
p alm iste-asticot-p oisson ). •••
 Génétique du bar :
le projet européen Heritabolum
Cinq organismes de recherche et les quatre plus grosses piscicultures
européennes se sont associés dans un projet sur la génétique du bar
(2 ans, 1 million €). Une collecte de données a été réalisée sur 7 000
poissons (253 familles mélangées issues du croisement de 33 pères et
23 mères) élevés en Italie, au Portugal, en Israël et en France. Plus de
500 000 mesures ont été effectuées qui fournissent une exceptionnelle

© Ifremer
base de données sur la variabilité génétique d’une quarantaine de
caractères relatifs à la croissance, à la morphologie, au développement
des principaux compartiments corporels et à la qualité de la chair de
l’espèce.
La stratégie de croisement et d’élevage utilisée a permis d’obtenir
les paramètres génétiques de ces caractères avec une très grande
précision. Ils constituent un outil qui va permettre aux producteurs de
choisir, sur une base scientifique solide, des objectifs et des stratégies
de sélection adaptés à leurs besoins, leur contexte d’élevage et
économique, leur marché. C’est une grande étape pour la filière-bar
encore majoritairement basée sur l’élevage d’animaux sauvages car
l’espèce possède un fort potentiel en sélection individuelle et les gains
espérés par génération pour les critères commercialement les plus
intéressants sont prometteurs e.g. :
! L’héritabilité du poids est forte et devrait permettre un gain de
croissance de 30-40% par génération. La sélection sur la croissance
modifiera peu le gras musculaire, caractère lui-même fortement
héritable donc contre-sélectionnable.
Chantier d e biom étrie, projet Heritabolum
! L’échographie permet de prédire sur l’animal vivant le rendement
final de l’éviscération.
! Le sex-ratio est héritable et lié au poids ; les gains de croissance
iront donc de pair avec la production de plus de femelles, celles-ci
ayant des vitesses de croissance supérieures de 30% par rapport à
celles des mâles.
! Les interactions génétique-milieu sont modestes. Les meilleures
familles sont toujours à peu près les meilleures dans des sites de
grossissement extrêmement différents (e.g. extensif vs intensif, eaux
atlantiques vs tropicales).
Ces résultats confortent voire favorisent les écloseries françaises
aujourd’hui pionnières en sélection et déjà reconnues pour leur
production de juvéniles de qualité.
Contact : Béatrice Chatain, Beatrice.Chatain@ifremer.fr

Photopériodisme et mélatonine :
leur rôle sur le développement, la croissance et la reproduction du loup de Méditerranée

D e la molécule à la cellule,
de l’organe à l’individu
et jusqu’aux sociétés
organisées, toutes les
activités des êtres vivants
sont rythmiques. D ans leur
grande majorité, ces rythmes sont
r
ne
les connaissances sur la biologie de cette espèce et ainsi contribuer
à optimiser les conditions de son développement, de sa croissance
et de sa reproduction. Les recherches en cours sur d’autres
modèles de poissons sont pertinentes dans le cadre de l’évaluation
de l’impact des changements climatiques actuels sur la physiologie
des organismes comme sur les écosystèmes. Enfin, ces recherches
intéressent le domaine médical car la mélatonine, donneur de temps

engendrés par des horloges biologiques cyclique, apparaît comme marqueur du temps linéaire et son rôle
tz

Pa
JR
© internes qui permettent d’anticiper et donc de dans les processus du vieillissement et pathologies associées est pris
mieux se préparer aux variations des facteurs de en considération. Cette approche est réalisée chez une musaraigne
l’environnement. Le « tic-tac » d’une horloge locale dont l’espérance de vie est inférieure à deux ans et qui se
biologique résulte de l’activité oscillatoire et autonome d’unités prête donc bien à ce type d’études.
moléculaires fonctionnant en boucle. Les variations quotidiennes
et saisonnières de l’éclairement et de la température sont le Contact : Jack Falcón, jack.falcon@obs-banyuls.fr
remontoir chargé d’entretenir et de synchroniser les oscillations obscurité continue
température constante
sur les périodicités naturelles. « L’aiguille hormonale » des horloges
biologiques est la mélatonine dont les variations des niveaux
mélatonine (pg/ml)

sanguins reflètent celles de la photopériode et de la température

environnantes : l’hormone informe l’organisme sur l’heure du jour ou
le moment de l’année. Ainsi, la mélatonine intervient dans le contrôle
de rythmes journaliers tels ceux de veille/sommeil et de locomotion,
de prise alimentaire ou encore de pigmentation de la peau et des
rythmes annuels de fonctions vitales comme la croissance et la
reproduction.
Écosystèm es aquatiques

Ces questions sont abordées chez un poisson d’intérêt socio- jours

économique majeur pour la région, le bar de Méditerranée. D ans ce
but, l’équipe « Facteurs du Milieu et Mécanismes Adaptatifs » (UMR
7628) a constitué un groupement de recherche (GD R 2821) avec
des chercheurs de la station Ifremer de Palavas-Les-Flots (BO ME)
et de l’Université Jean Monnet de Saint-Étienne. Il s’agit d’accroître
La m élatonine (à d roite) est prod uite en quantité plus im portante
d e nuit (fond rouge) que d e jour (fond blanc) ; l’horloge biologique
perm et d e m aintenir ce rythm e pend ant plusieurs jours en
obscurité continue et à tem pérature constante.
35
 Aqu acu ltu re : en jeu x et évolu tion s

Bases du déterminisme du sexe et de la différentiation

gonadale pour le contrôle du sexe en aquaculture
Le travail mené par l’UPR Aquaculture et gestion des ressources
aquatiques (Cirad) et ses partenaires (Inra, Université de W ürzburg
en Allemagne, Université de Galway en Irlande, Université de Pise en
Italie et un producteur privé France-Turbot) a permis de caractériser
le déterminisme du sexe chez le turbot et de produire des géniteurs
dont les descendances monosexes femelles présentent de meilleures
croissances que les mâles. Chez le tilapia, de fortes interactions entre
le génotype sexuel et les effets masculinisants de la température ont
été mis en évidence. Chez ce groupe d’espèces, le sexe est donc défini
par l’interaction entre des facteurs génétiques majeurs portés par les
chromosomes sexuels, des facteurs mineurs et par la température
d’élevage. L’analyse moléculaire de la cascade du déterminisme du
sexe a permis d’identifier des marqueurs liés au sexe chez le platy et le J. Lazard © Cirad
médaka, ainsi que des gènes clés de la différenciation du sexe chez le
tilapia, la truite et le bar. En particulier, le rôle majeur des œstrogènes
dans la différenciation ovarienne des poissons a été démontré. O. Barbaroux © Ifremer
#Cage d ’élevage d e bars com m uns
Ces connaissances ouvrent la voie à de nouvelles approches pour (Dicentrarchus labrax)
contrôler le sexe chez les poissons. Q uarante-quatre publications
$ Tilapia d u Nil
internationales sont issues du projet.
(Oreochrom is niloticus)
Contact : Jean-François Baroiller, baroiller@cirad.fr

Autres équipes
concernées pa r ce thème
LER/LR
Laboratoire Environnement Ressources
en Languedoc-Roussillon
(Ifremer)
25 scientifiques
Directeur : Thierry Laugier,
Thierry.Laugier@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 96
UMR 5119 ECOLAG
Écosystèmes Lagunaires
(UM 2, CN RS, Ifremer)
59 scientifiques
Directeur : MarcTroussellier,
troussel@univ-montp2.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 37 19
UMR 5569 HSM
HydroSciences Montpellier
(CN RS, IRD, UM 1, UM 2)
60 scientifiques
Directeur : Éric Servat,
servat@msem.univ-montp2.fr
Fax: +33 (0)4 67 14 47 74
UR097 ECO-UP
Structuration et fonctionnement
des écosystèmes d’upwelling exploités :
analyses comparatives en vue d’une
approche écosystémique
(IRD)
13 scientifiques
Directeur : Pierre Fréon,
pierre.freon@mpl.ird.fr
Fax : +33 (0)4 67 16 64 40
UR 167 CYROCO
Écosystèm es aquatiques
Production durable
d’animaux marins :
poissons, m ollusques
et crevettes
Le Dép artem en t Biologie des
Organ ism es Marin s Exploités (BOME,
Ifrem er) est com p osé d e d eu x
lab oratoires :
! Le Lab oratoire Aqu acu ltu re
Lan gu ed oc-Rou ssillon (LALR)
con stitu é d e 3 équ ip es : « Gén étiqu e-
Rep rod u ction » et « Milieu -San té »,
sp écialisées en p iscicu ltu re (Palavas)
et « Rép on se Im m u n itaire » (UM2),
s’in téressan t au x m od èles in vertéb rés
m arin s (m ollu squ es et crevettes).
! Le Lab oratoire Aqu acu ltu re d e la
Martin iqu e (LAM).
Le d ép artem en t BOME vise à
m ob iliser les com p éten ces et
efforts d e rech erch e en sou tien au x
filières aqu acoles : p iscicu ltu re, y
com p ris trop icale, p rod u ction d e
m ollu squ es b ivalves (h u îtres) et d e
crevettes p én éid es. Il con trib u e à
la p rod u ction d u rab le d’an im au x
m arin s élevés d an s d es con d ition s
op tim ales d e san té et d an s tou s typ es
d’en viron n em en ts, d es p lu s con trôlés
resp ect d e l’en viron n em en t d an s d es
systèm es in ten sifs com m e exten sifs.
Les m od èles u tilisés son t d es
p oisson s (b ar, Dicen trarch u s labrax),
m ollu squ es (h u ître, Crassostrea
gigas) et crevettes (d on t Litopen aeu s
stylirostris).
La p éren n ité d e l’aqu acu ltu re est
ab ord ée via d es p rojets d évelop p an t
d es m éth od es d’évalu ation d e la
d u rab ilité d e d ivers systèm es d e
p rod u ction p iscicole d an s d es
en viron n em en ts géograp h iqu es
et socio-écon om iqu es d ifféren ts.
Ces p rojets in terd iscip lin aires
son t con d u its en p arten ariat avec
d es ch erch eu rs sp écialistes d es
scien ces sociales et écon om iqu es.
BOME a au ssi en ch arge le p rojet
« Piscicu ltu re Marin e d’ou tre-
m er » axé su r le d évelop p em en t
et l’an alyse socio-écon om iqu e
d e la filière d’élevage d e l’esp èce
« om b rin e » (Sciaen ops ocellatu s) et
su r les p ersp ectives d e d iversification
d’au tres esp èces trop icales.
Des étu des son t m en ées su r :
! Les in teraction s en tre le m ilieu
d’élevage (n otam m en t dan s les
systèm es recircu lés) et l’état de

Cyanobactéries des milieux au x p lu s ou verts (m ilieu x n atu rels). san té des p oisson s, en rech erch an t
aquatiques tropicaux peu profonds : L’ap p roch e d u d ép artem en t rep ose u n équ ilibre assu ran t le bien -
rôles et contrôles su r la sélection d e lign ées p lu s être gén éral de l’an im al et don c
(IRD)
p erform an tes (critères écon om iqu es), l’op tim isation de ses p erform an ces.
14 scientifiques
Directeur : Robert Arfi, p lu s résistan tes (san té et ad ap tation Pou r cela, différen ts axes son t
arfi@univmed.fr au x con d ition s d’élevage san s dévelop p és : la m aîtrise du m ilieu et
36 Fax : +33 (0)4 91 04 16 35 an tib iotiqu es) et con trib u an t au la biosécu risation , la com p réh en sion
des m écan ism es gou vern an t l’état de
san té, l’éco-p h ysiologie et l’éth ologie,
n otam m en t le com p ortem en t
alim en taire.
! La caractérisation de la rép on se
im m u n itaire, com m e gran de
fon ction p h ysiologiqu e des
organ ism es exp loités, avec u n e
atten tion p articu lière au x p ep tides/
p rotéin es an tim icrobien n es et leu r
in teraction avec les p op u lation s
m icrobien n es afin (i) d’étu dier
l’effet du m ilieu su r la rép on se
im m u n itaire, (ii) d’iden tifier des
critères de résistan ce au x p ath ogèn es
et de m eilleu res adap tation s
au x con dition s d’élevage, (iii)
de dévelop p er des biom olécu les
de l’im m u n ité altern atives au x
an tibiotiqu es, (iv) de m en er des
bioessais p ou r l’évalu ation de la
san té et des cap acités im m u n itaires
in trin sèqu es des an im au x.
! Le déterm in ism e de l’activité Les in stallation s du LALR à Palavas
sexu elle et de la qu alité des rep résen ten t u n e p late-form e
p rodu its gén itau x p ou r la m ise exp érim en tale con stitu ée de 4
au p oin t de p rotocoles de gestion h alls d’élevage com p ortan t de
de rep rodu cteu rs con du isan t n om breu x bassin s (exp érim en tation
à u n e p rodu ction sécu risée zootech n iqu e en con dition s
de ju vén iles (p rogram m es con trôlées et à différen ts stades de
de sélection gén étiqu e). Les dévelop p em en t), u n e salle d’an alyse
con n aissan ces serven t au x ap p roch es de la qu alité des eau x, des salles
écotoxicologiqu es ain si qu’à valider d’an alyse bioch im iqu e et de biologie
les don n ées h alieu tiqu es.. m olécu laire, de cu ltu re des p roies
! L’exp loitation du p oten tiel vivan tes, de cryop réservation et
gén étiqu e du p oisson p ou r (i) la d’u n e salle d’élevage biosécu risé
con stru ction de sch ém as de sélection p ou r la p ath ologie.
in dividu elle p ou r la croissan ce et
la qu alité (ren dem en t au filetage, Les collaboration s son t actives
adip osité, ten eu r en lip ides du avec des p arten aires fran çais (In ra,
m u scle, m orp h ologie), l’efficacité Cirad, IRD, CNRS…) et étran gers
alim en taire ain si qu e la san té, (laboratoires de rech erch e d’Eu rop e,
(ii) l’obten tion d’an im au x m on osexes don t Eu rop e de l’Est, du p ou rtou r
et/ ou stériles p ar trip loïdisation ou Méditerran éen , d’Asie…) m ais
p ar h ybridation . égalem en t p rivés (ferm es aqu acoles,
sociétés de biotech n ologie…). !

Produire du tilapia écologique et bon marché :

les avantages du recyclage intégral
Près de 30% des produits alimentaires d’origine aquatique sont issus
de l’aquaculture. Lorsqu’elle est fondée sur l’élevage de carnivores
(saumon, bar), la pisciculture devient difficilement compatible avec la
logique de durabilité. Son prix de revient est élevé car l’aliment doit
être riche en farines de poisson qui peuvent de plus concentrer des
polluants comme la dioxine. Les piscicultures intensives consomment
beaucoup d’eau et peuvent dégrader l’environnement par leurs
rejets riches en matières organiques. Il peut donc être intéressant
de développer la production d’espèces situées à la base de la chaîne
alimentaire, comme les carpes et les tilapias. Ces poissons, surtout
herbivores et détritivores, consomment des protéines végétales
moins coûteuses et peu sujettes à l’accumulation de polluants. Les
conditions climatiques tropicales sont idéales pour maximiser ce type
S. Gilles (UR 167) © IRD

de production en « eau verte », riche en phytoplancton.

D epuis 1980, l’IRD étudie le tilapia euryhalin ouest africain

Vue panoram ique d u SARI
Sarotherodon melanotheron en Côte d’Ivoire, puis à Montpellier.
au Centre IRD d e Mbour (Sénégal)
Le programme Genetics (93-98) a identifié la sous-espèce heudelotii
(Smh), du Sénégal, comme intéressante pour l’élevage.Vivant en eau
génétique (fuite de poissons), économie d’eau douce (1% d’apport
salée, Smh consomme la matière organique sédimentaire, les algues
quotidien suffit contre 10% en élevage semi-intensif classique).
fixées et le phytoplancton ; ses alevins utilisent le zooplancton. L’unité
Les expérimentations ciblent l’écologie fonctionnelle des réseaux
CYRO CO conduit actuellement des recherches sur un système
trophiques poissons-plancton. Le but est d’identifier et quantifier
associant élevage et lagunage planctonique (épuration) en circuit
les facteurs de forçage contrôlant les compartiments physiques et
fermé sous serre. Un prototype de ce Système Aquacole à Recyclage
biologiques, ainsi que les flux associés de matière et d’énergie pour
Intégral (SARI ; brevet IRD ) est implanté sur le centre IRD de Mbour
permettre une modélisation dynamique du système.
(Sénégal). Le SARI réduit les pertes en matières organiques et
minérales. Le phytoplancton, fertilisé par la minéralisation des excreta
Le SARI permettra d’abaisser le coût de production du tilapia à
des poissons et de l’aliment non utilisé, est consommé dans le circuit
moins de 1 €/kg, le rendant ainsi compétitif au plan international.
d’élevage par du zooplancton herbivore (rotifères Brachionus). Ces
Écosystèm es aquatiques

Au Sénégal, en l’absence de tradition piscicole, l’intérêt pour

rotifères contribuent à réguler la biomasse phytoplanctonique et
l’application de cette technique vient des mareyeurs professionnels.
servent aussi d’aliment complémentaire aux alevins et aux juvéniles.
À terme, cette technique pourrait attirer aussi des coopératives et
des petits producteurs locaux.
Le SARI présente plusieurs avantages : économie de 2/3 d’aliment,
réduction des rejets par le recyclage de la matière organique,
protection de l’élevage vis-à-vis des pathogènes et des compétiteurs
Contacts : Sylvain Gilles, Sylvain.Gilles@ird.sn
(eau de forage), protection des populations locales d’une pollution
X avier Lazzaro, X avier.Lazzaro@ird.sn 37

Évaluation de la durabilité
des systèmes de production aquacoles :
élaboration d’une méthode et application dans différents contextes en zones tropicale et tempérée
Ce projet, conduit par l’UPR Aquaculture et gestion des ressources
aquatiques (Cirad) en partenariat avec l’Inra, l’Ifremer, l’IRD, et
l’UM1, propose une méthode générique d’analyse des facteurs
du développement de l’aquaculture afin d’évaluer sa durabilité
et de l’adapter aux spécificités locales à travers la perception
qu’ont de celle-ci les différents acteurs impliqués. Cette démarche
suppose la construction d’un cadre commun d’analyse des
systèmes aquacoles afin d’organiser la prise en compte des
facteurs de durabilité. Un des produits intermédiaires sera de
proposer un cadre de représentation des systèmes aquacoles.
La méthode vise à concevoir et mettre en œuvre des principes,
critères et indicateurs adaptés à l’activité aquacole dans les
domaines de la durabilité. Ces indicateurs seront construits
avec la participation des divers groupes d’acteurs dans les
contextes environnementaux, sociaux et économiques de cinq
zones d’études différentes, reflétant des enjeux contrastés pour
l’aquaculture :
! Bretagne : baisse de la production intensive de truite d’eau
Écosystèm es aquatiques
douce, augmentation des pressions réglementaires, contexte
environnemental très surveillé, stagnation des marchés ;
! Méditerranée : évolution des systèmes de production en cage
vers des systèmes hors sol plus intensifs du fait de la pression
foncière et touristique sur la côte ;
38
Élevage d e tilapia en cages flottantes
(Lac Taal, Philippines).
J. Lazard © Cirad
! Philippines : évolution continue du niveau d’intensification des
systèmes piscicoles côtiers ;
! Cameroun : développement de l’innovation piscicole lié
aux dynamiques de diversification des systèmes agricoles
de production dans un contexte de changements sociaux et
économiques parfois radicaux ;
! Indonésie : pisciculture villageoise insérée dans d’autres activités
agricoles ou non agricoles et dont le développement rapide pose
la question de son impact environnemental.
Les résultats doivent constituer un outil d’aide à la décision en
matière de pilotage des exploitations et de mise en œuvre de
politiques de développement. Ce projet permettra de consolider
et d’élargir le groupe de recherche existant sur le développement
durable de l’aquaculture ainsi que d’expérimenter la mise en
œuvre d’une approche interdisciplinaire à plusieurs partenaires.
La partie générique de la démarche pourrait être transposable
à l’analyse d’autres systèmes de production agricoles afin de
prendre en compte les spécificités géographiques locales en
interaction avec les acteurs.
Contact : Jérôme Lazard, lazard@cirad.fr
 Immunité innée et prévention
des maladies en aquaculture
Les organismes marins vivent dans un
environnement riche en microorganismes,
certains constituant leur microflore interne
et vivant comme commensaux. Au cours
de l’évolution, ils ont atteint un certain
© E. Bachère

état d’équilibre avec leur environnement et

leur système immunitaire s’est adapté pour
les préserver des infections microbiennes
potentielles. Toutefois, les animaux élevés sont soumis à un environnement
anthropisé et à des pratiques culturales qui peuvent favoriser le
développement de certaines maladies infectieuses ou non. Celles-ci peuvent
constituer un frein important au développement des élevages, surtout en
milieu ouvert.

Aussi, l’approche préventive est privilégiée par rapport au traitement

curatif. Elle fait appel à des connaissances sur l’immunité, l’évaluation
de l’état de santé des animaux et sur la sélection génétique de lignées
résistantes aux maladies. D es recherches sont menées sur la caractérisation
de la réponse immunitaire, notamment avec une attention particulière
aux peptides/protéines antimicrobiennes. Le projet européen Immunaqua
(Antimicrobial immune effectors in marine invertebrates: characterisation and
application for disease control in aquaculture) a porté sur la caractérisation
de peptides antimicrobiens chez les invertébrés marins et leur potentiel
d’application en aquaculture. Le département BO ME a ainsi évalué la
possibilité d’utilisation de ces biomolécules naturelles en alternative
aux antibiotiques dont l’usage intensif a des impacts négatifs en termes
d’environnement et de santé publique. D es essais expérimentaux sont
actuellement développés (collaboration Cirad) dans le cadre du projet
« Évaluation de l’utilisation de peptides antimicrobiens d’origine marine en
aquaculture : une alternative à l’usage des antibiotiques » (financement AN R,
Agence N ationale pour la Recherche) pour analyser l’effet protecteur de
peptides antimicrobiens sur les poissons d’élevage (D icentrarchus labrax).

Le projet Immunaqua a permis de montrer que, chez les crevettes pénéides,

les gènes codant des peptides antimicrobiens représentaient des marqueurs
phénotypiques utilisables en sélection génétique, car révélant de meilleures
capacités de santé et de survie aux infections spécifiques des animaux. Ces
travaux s’inscrivent dans une démarche de durabilité de l’aquaculture et
concernent toutes les productions aquacoles. Ils seront poursuivis dans
le cadre de multiples collaborations scientifiques, et en partenariat avec le
secteur privé pour faciliter le transfert de ces nouveaux concepts et des
techniques associées.

Contact : Évelyne Bachère, ebachere@ifremer.fr

Pour plus d’informations, www.immunaqua.com

#Crevettes
pénéid es,
Écosystèm es aquatiques

Litopenaeus
vannam ei

% Le bar,
© J.F. Pepin

Dicentrachus
labrax
39
 D. Lacroix © Ifremer
Tables ostréicoles, étang d e l’Or (Hérault, France)

Qu alité de la ressou rce

et biosu rveillan ce
Écosystèm es aquatiques

40
L’
urbanisation croissante de la façade
méditerranéenne (littoral, étangs, arrière-pays),
engendre un accroissement des rejets sur les
bassins versants, caractérisés par un régime hydrique
intermittent. La biosurveillance mise en place en milieu
littoral et marin permet d’évaluer la qualité des eaux
ou des ressources, qu’elles soient conchylicoles, ou
exploitées par la pêche côtière.
Les molécules recherchées ne sont pas toujours celles
qui sont les plus utilisées.. L’émergence de nouveaux
contaminants pose la question de leur risque sanitaire
et écotoxicologique. Sont particulièrement étudiées les
molécules et formulations nouvelles appartenant à des
classes telles que les médicaments, produits de soins,
substances perturbatrices des fonctions reproductrices,
nanotechnologies ; elles se retrouvent en mélange
à l’état de trace dans des matrices complexes avec
d’autres contaminants aquatiques d’origine naturelle
(toxines algales) ou anthropique (pesticides, PCBs, H AP,
dioxines… ). La récente D irective Cadre Européenne
sur l’Eau (et sa transposition en droit français) insiste
sur la nécessité d’atteindre un bon état chimique et
écologique de l’ensemble des masses d’eaux. Il faut donc
disposer d’outils pour évaluer la contamination chimique
des eaux vis-à-vis du cadre réglementaire, et anticiper
l’effet de nouveaux contaminants. Ces outils mobilisent
des technologies capables d’identifier ces contaminants
à l’état de traces dans des milieux complexes : eau,
sédiments, organismes vivants.
L’étude des relations « Environnement-Santé » à partir
de la connaissance des risques sanitaires, toxiniques et
écotoxicologiques est donc indispensable. À cet effet, le
Plan N ational Santé Environnement et sa déclinaison en
Région Languedoc-Roussillon a retenu 8 axes, dont 3 sont
de nature à solliciter les compétences en biosurveillance
et qualité des ressources biologiques : l’axe II « Protéger
la santé publique en améliorant la qualité des milieux »,
l’axe IV « Mieux maîtriser les risques liés aux substances
chimiques » et l’axe VI « Mobiliser et développer le
potentiel de recherche et d’expertise ».
Les études environnementales constituent un atout
important pour la réalisation d’objectifs nationaux et
régionaux en « santé - environnement », ainsi que pour
le développement des connaissances nécessaires à la
préservation des ressources dans une perspective de
développement durable. D ’ores et déjà, des programmes
européens en Méditerranée, initiés ou à développer, sont
de nature à atteindre ces objectifs. Les spécificités de la
région Languedoc-Roussillon conduisent à s’intéresser
plus particulièrement :
! À la vulnérabilité des écosystèmes lagunaires :
le littoral languedocien est l’objet d’une agriculture
intensive (viticulture, maraîchage,… ) et d’une
urbanisation intense. Plus de 400 molécules de synthèse
de pesticides, sous plus de 8 800 formulations, sont
utilisées en agriculture et en zones urbaines (entretien
des parcs et jardins publics et privés, désherbage,… ).
Les niveaux de contamination issus des zones urbaines
peuvent être importants, compte tenu des coefficients
de lessivage élevés des surfaces imperméabilisées sur
lesquelles ils sont utilisés. D e plus, la pluviométrie
méditerranéenne induit des apports de concentration
élevée sur de courtes périodes. L’évaluation des risques
écotoxicologiques et pour la santé humaine passe alors
par la connaissance des niveaux de présence dans les
milieux exposés. Les milieux lagunaires constituent le
premier réceptacle des eaux issues des bassins versants.
Une connaissance précise des apports et des niveaux de
présence des produits phytosanitaires est nécessaire pour
assurer au mieux la gestion à long terme de la qualité de
ces écosystèmes à haute valeur patrimoniale.
! Au maintien de la conchyliculture et de la pêche
des coquillages qui représente un enjeu social et
économique important pour la région. D epuis plusieurs
années, de nombreux épisodes de contaminations
phycotoxiniques ont perturbé cette activité générant des
pertes importantes pour les producteurs et les pêcheurs.
La mise en place d’un système d’avertissement précoce
efficace impose la recherche des teneurs en toxines et
leur profil dans le milieu. L’analyse des toxines dans l’eau,
le plancton et les coquillages, permettrait de proposer
une alerte précoce.
! Aux émissaires en mer qui rejettent des eaux
usées traitées provenant d’agglomérations urbaines
importantes. Les substances organiques rejetées
restent à identifier et à rechercher qualitativement et
quantitativement, pour valider les aménagements réalisés
en termes de traitement des eaux usées. Les critères
d’évaluation des systèmes de traitement ne prennent pas
en compte la diversité des molécules organiques rejetées
pouvant avoir un impact sur la qualité de la ressource et
du milieu. Une approche scientifique prenant en compte
contaminants multiples, faibles traces et effets à long
terme, est donc envisagée.
Cette approche conduit à fédérer des équipes de
recherche aux thématiques multiples pour lesquelles les
données environnementales sont indispensables.
Écosystèm es aquatiques
Elle facilite la recherche de pointe avec le souci d’aboutir
à des applications de protection environnementale.
Claude Casellas (H SM, CN RS, IRD, U M1, U M2)
et T hierry Laugier (LER/LR, Ifremer)
41
 Qu alité de la ressou rce
Les principa les équipes
EA 3678 IMAGES
Institut de Modélisation et d’Analyse en
Géo-Environnements et Santé
(UPVD)
20 scientifiques
Directrice : Catherine Goyet,
cgoyet@univ-perp.fr
Fax : +33 (0)4 68 66 21 44
LER/LR
Laboratoire Environnement Ressources
en Languedoc-Roussillon
(Ifremer)
25 scientifiques
Directeur : Thierry Laugier,
Thierry.Laugier@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 96
Écosystèm es aquatiques
UMR 5569 HSM
HydroSciences Montpellier
(CN RS, IRD, UM 1, UM 2)
60 scientifiques
Directeur : Éric Servat,
servat@msem.univ-montp2.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 47 74
42 ... suite page 44
et biosu rveillan ce
Qualité de l’environnement
et de la ressource
en Languedoc-Roussillon
Les m ission s du Laboratoire
En viron n em en t Ressou rces en
Lan gu edoc-Rou ssillon (LER/ LR,
Ifrem er) s’in scriven t dan s le cadre de
qu atre activités p rin cip ales :
! l’observation du littoral en m ettan t
en œ u vre et en valorisan t les réseau x
n ation au x de su rveillan ce de la
qu alité de l’en viron n em en t littoral
et de la ressou rce, com p létés p ar des
réseau x région au x ;
! les rech erch es et étu des région ales,
n ation ales et eu rop éen n es, en
p arten ariat avec des laboratoires
th ém atiqu es, su r la con n aissan ce
des écosystèm es (su rtou t les m ilieu x
côtiers sem i-ferm és), l’an alyse
des im p acts an th rop iqu es su r
l’en viron n em en t et les ressou rces
con ch ylicoles, les rép on ses au x
qu estion s exp rim ées p ar la dem an de
sociale en m atière de p rotection et
m ise en valeu r du littoral ;
! l’exp ertise au p rès des collectivités
territoriales, des organ ism es p u blics
et des stru ctu res p rofession n elles,
et l’ém ission d’avis au p rès des
m in istères et services décon cen trés ;
! la valorisation des con n aissan ces
et des résu ltats acqu is vers les
p rofession n els, les services de l’État,
des collectivités et le p u blic, et le
tran sfert des m éth odes au p rès des
p rofession n els.
Pou r les qu estion s
en viron n em en tales, la zon e d’étu de
du LER/ LR s’éten d de l’em bou ch u re
du Petit Rh ôn e à la fron tière
esp agn ole. Son action in téresse le
littoral et la façade m aritim e de la
Région Lan gu edoc-Rou ssillon et
des qu atre dép artem en ts : Gard,
Hérau lt, Au de et Pyrén ées Orien tales.
Cet esp ace se caractérise p ar deu x
en sem bles côtiers p articu liers :
celu i des écosystèm es lagu n aires
et celu i du p lateau et du talu s
con tin en tal du Golfe du Lion . Pou r
les ressou rces con ch ylicoles, la zon e
de resp on sabilité du LER/ LR est la
façade m éditerran éen n e n ation ale.
Le laboratoire dévelop p e ses
activités su r les sites d’exp loitation
con ch ylicole com m e de p rodu ction
n atu relle su r le littoral (lagu n es et
baies) et en m er ou verte. Ses activités
s’in scriven t dan s les axes su ivan ts :
! Le laboratoire agit com m e
u n observatoire et assu re la
su rveillan ce de la qu alité des eau x,
des m ilieu x côtiers et des ressou rces
con ch ylicoles en rép on dan t
au x exigen ces de gestion d’u n
p atrim oin e com m e à des obligation s
réglem en taires. Il op ère cin q réseau x
n ation au x (ROCCH [ex RNO], REMI,
REPHY, REMORA, REPAMO) et u n
réseau sp écifiqu e de su ivi du n iveau
d’eu trop h isation et de la qu alité des
m ilieu x lagu n aires, le Réseau de Su ivi
Lagu n aire. Il p articip e à u n réseau
in ter-région al su r les in tégrateu rs
biologiqu es (RINBIO).
! Il fou rn it des ap p u is à la décision
au p rès des p arten aires in stitu tion n els
et p rofession n els locau x et région au x
de l’Ifrem er (avis, exp ertise,
diagn ostic). Ces ap p u is con cern en t
la gestion et la p réservation de
l’en viron n em en t littoral et des
ressou rces con ch ylicoles, la
sau vegarde et le dévelop p em en t
du rable des activités écon om iqu es
afféren tes, y com p ris les asp ects
san itaires.
! Il m èn e étu des et rech erch es su r
les in teraction s en tre Ressou rces,
En viron n em en t et San té et su r le
dévelop p em en t des con n aissan ces
en aide à l’am én agem en t et
à la gestion in tégrée des
en viron n em en ts sp écifiqu es de la
façade m éditerran éen n e n ation ale
(m ilieu x côtiers sem i ferm és -
lagu n es- et m er ou verte).
Il p articip e au x p rojets eu rop éen s
DITTY et SPICOSA, au ch an tier
« Lagu n es m éditerran éen n es »
du PNEC, etc.

# Vue aérienne d e l’étang d e l’Ayrolle, épargné par l’eutrophisation
et les herbiers d e phanérogam es d om inent la végétation im m ergée
& Effet d e l’eutrophisation : prolifération d ’algues vertes
opportunistes d ans la lagune d u Prévost. (France, Langued oc-Roussillon)
! Il p articip e au x dévelop p em en ts
et à l’ap p lication des ou tils
de l’océan ograp h ie côtière
op ération n elle tels qu e des
in stru m en ts d’observation et de
m esu re, des ou tils de sim u lation et
de rep résen tation des ten dan ces
d’évolu tion du m ilieu et de ses
ressou rces sou s form e de m odèles
n u m ériqu es h ydrodyn am iqu es et
écologiqu es et de SIG.
! Il dévelop p e u n e base de
con n aissan ces p artagées afin de
m ieu x com m u n iqu er l’in form ation
su r l’en viron n em en t. Les
ap p roch es in tégrées, u tiles p ou r
la su rveillan ce du m ilieu com m e
la gestion et l’am én agem en t du
littoral, n écessiten t u n e base de
con n aissan ces com m u n e.
L’Ifrem er jou e u n rôle m ajeu r dan s
l’élaboration et la m ise en œ u vre de
ce référen tiel au sein du p rogram m e
région al SYSCOLAG. La con tribu tion
sp écifiqu e du laboratoire con cern e la
com p réh en sion du fon ction n em en t
des écosystèm es lagu n aires, leu r
m odélisation , la su rveillan ce de leu r
qu alité et le dévelop p em en t d’ou tils
d’aide à leu r gestion du rable. •••
© Ifremer – LER-LR
H . Farrugio © Ifremer
De la recherche
au diagnostic écologique :
le Réseau de Suivi Lagunaire
pour une aide à la gestion des milieux
lagunaires du Languedoc-Roussillon
En Languedoc-Roussillon, les lagunes côtières représentent des écosystèmes littoraux
d’intérêt majeur, tant pour leur valeur patrimoniale qu’économique, et occupent plus
de 40 000 hectares et la moitié du linéaire côtier. Mais la croissance démographique et
urbaine sur les bassins versants les ont soumises à de plus en plus d’apports azotés et
phosphorés, perturbant leur fonctionnement écologique.
Afin de pouvoir évaluer précisément cet état de perturbation, une série d’indicateurs
écologiques ont été construits à partir d’un ensemble de lagunes représentatif du
gradient d’eutrophisation observé, et testés sur un autre ensemble de lagunes. Basé sur
le diagnostic écologique de plusieurs compartiments de l’écosystème lagunaire (colonne
d’eau, sédiments, phytoplancton, macrophytobenthos), l’outil d’évaluation permet de
caractériser l’état des milieux vis-à-vis de l’eutrophisation selon cinq niveaux (de l’état
non perturbé à un écosystème fortement perturbé). Le croisement des indicateurs et
des compartiments permet d’appréhender les causes et les effets de l’eutrophisation
et le sens et l’état d’évolution de l’écosystème. Appliqué en routine sur 23 lagunes de
la région, dans le cadre du Réseau de Suivi Lagunaire, fruit d’un partenariat entre la
Région Languedoc-Roussillon, les Agences de l’Eau Rhône-Méditerranée et Corse et
Écosystèm es aquatiques
l’Ifremer, cet outil fournit aux gestionnaires et décideurs un bilan annuel de l’état des
lagunes dont ils ont la charge. Ces résultats ont à la fois pour but d’alerter en cas de
dégradation des lagunes comme d’évaluer les résultats des mesures de gestion prises en
vue de leur préservation ou de leur restauration.
Contact : T hierry Laugier, T hierry.Laugier@ifremer.fr
Pour plus d’informations, http://rsl.cepralmar.com 43

Autres équipes
concernées pa r ce thème
BOME
Département Biologie
des Organismes Marins Exploités
(Ifremer)
28 scientifiques
Directrice : Évelyne Bachère,
evelyne.bachere@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 67 13 04 58
UMR 5119 ECOLAG
Écosystèmes Lagunaires
(UM 2, CN RS, Ifremer)
59 scientifiques
Directeur : MarcTroussellier,
troussel@univ-montp2.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 37 19
UMR 5474 LAMETA
Laboratoire Montpelliérain d’Economie
Théorique et Appliquée
(CN RS, UM 1, M ontpellier SupAgro, Inra)
6 scientifiques
Directeur : Marc W illinger,
willinger@lameta.univ-montp1.fr
Fax : +33 (0)4 67 15 83 67
Directeur de l’IFR 129 : FrançoisValette,
valette@lameta.univ-montp1.fr
UR 167 CYROCO
Écosystèm es aquatiques
Cyanobactéries des milieux
aquatiques tropicaux peu profonds :
rôles et contrôles
(IRD)
16 scientifiques
Directeur : Robert Arfi,
arfi@univmed.fr
44 Fax : +33 (0)4 91 04 16 35
Processus biogéochimiques
et risques écologiques
Les travau x d évelop p és au sein
d u Lab oratoire HydroScien ces
Mon tpellier (HSM, UMR 5569
CNRS, UM2, IRD, UM1) p orten t
essen tiellem en t su r l’étu d e
d es im p acts clim atiqu es et
an th rop iqu es su r les h yd rosystèm es
m éd iterran éen s et trop icau x. Ses
rech erch es, cib lées su r les ressou rces
en eau , com p orten t trois th èm es :
l’eau d an s l’en viron n em en t et les
risqu es associés, l’eau com m e
ressou rce m ob ilisab le et exp loitab le,
l’eau et la variab ilité d u clim at.
Les travau x s’organ isen t au tou r
d e qu atre axes, d on t le p rem ier
in téresse les ressou rces aqu atiqu es :
(i) Processu s biogéoch im iqu es et
risqu e écologiqu e (con tam in an ts
organ iqu es et biosu rveillan ce
du m ilieu aqu atiqu e [ECORISK],
sou rces, tran sp ort, biotran sform ation
des con tam in an ts in organ iqu es,
p ollu tion s d’origin es m in ières
[POM]) ; (ii) Karsts et m ilieu x
fissu rés : h ydrogéologie et tran sfert ;
(iii) Variabilité h ydrologiqu e : an alyse,
m écan ism es et im p acts
su r les ressou rces en eau ;
(iv) Risqu es h yd rologiqu es liés au x
aléas extrêm es.
Expérim entation sur les systèm es d ’eau
recirculée en aquaculture
D. Lacroix © Ifremer
Les rech erch es n écessiten t le
d évelop p em en t d e tech n iqu es
an alytiqu es u tilisan t d e n ou veau x
m arqu eu rs d e tran sfert d es
con tam in an ts d an s les eau x. Un
lab oratoire d’an alyse (Maison
d es Scien ces d e l’Eau ) p erm et la
d éterm in ation d es élém en ts m ajeu rs
et d es élém en ts traces d an s les eau x
et u n lab oratoire (UMI) p erm et
l’an alyse d es n u trim en ts (N, P) et d e
con tam in an ts organ iqu es (GC-MS).
L’équ ip e logistiqu e terrain est u n
service com m u n d’HSM qu i a p ou r
rôles le con seil tech n iqu e d an s le
ch oix d e l’in stru m en tation , la m ise
en p lace d es station s su r le terrain
et la m ain ten an ce d es station s et
in terven tion s p réven tives.
Parm i les p rogram m es d e
rech erch e, citon s celu i su r
l’in terface En viron n em en t-San té
(Évalu ation d es effets en d ocrin es
n on in ten tion n els d e p rod u its
p h ytosan itaires), le p rogram m e
n ation al p ertu rb ateu rs en d ocrin ien s
(PNRPE, évalu ation d e l’im p act
d es p ertu rb ateu rs en d ocrin ien s
su r les m ilieu x aqu atiqu es), INCO-
SSA (u tilisation d u m u let com m e
in d icateu r d es ch an gem en ts
en viron n em en t d u littoral), le PNEC,
le p rogram m e Ifrem er Med icis
(Con tam in an ts ém ergen ts et
b iosu rveillan ce : ém issaires en m er,
lagu n es côtières, su rveillan ce en
Méd iterran ée), etc.
Au n iveau in tern ation al, HSM
collab ore avec d es stru ctu res d e
rech erch e ou d’en seign em en t
su p érieu r, p rin cip alem en t au tou r
d u b assin m éd iterran éen et en
Afriqu e su b -sah arien n e. Ses
im p lan tation s à l’étran ger (Tu n isie,
Lib an , Bén in , Mali) con trib u en t
à ren forcer les équ ip es locales
et à d évelop p er d es p arten ariats
équ ilib rés. Sa p articip ation au x
réseau x scien tifiqu es Frien d (AMHY
et AOC) d e l’UNESCO con forte
son en gagem en t m éd iterran éen
et Ou est africain . En région , HSM
en tretien t d es relation s étroites avec
les collectivités territoriales et d e
n om b reu ses en trep rises d e la région
Lan gu ed oc-Rou ssillon . Su r u n p lan
in stitu tion n el, HSM est u n p arten aire
m ajeu r d e la Maison d es Scien ces d e
l’Eau b asée à Mon tp ellier.
Les polluants
et leurs impacts
sur la santé et l’eau
La rech erch e d es p ollu an ts
d an s d ivers en viron n em en ts est
in d isp en sab le p ou r le con trôle
com m e l’étu d e d u d even ir d e ces
p ollu an ts. Les tech n iqu es d’an alyse
p h ysico-ch im iqu es classiqu es son t
d e p lu s en p lu s p erform an tes, m ais
au ssi com p lexes et coû teu ses. Au ssi,
le d évelop p em en t d e m éth od es
sim p les d’an alyse est n écessaire.
L’u n d es ob jectifs d’IMAGES (In stitu t
de Modélisation et d’An alyse en Géo-
En viron n em en ts et San té, UPVD) est
d e d évelop p er d es cap teu rs u tilisan t
d ifféren ts récep teu rs b iologiqu es :
en zym es (acétylch olin esterase et
p rotéin e p h osp h atase), an ticorp s,
ou élém en ts b iologiqu es com m e d es
th ylacoïd es, et d es cellu les en tières
(b actéries et cyan ob actéries).
Les cib les visées son t les in secticid es,
les h erb icid es et les toxin es
p résen tes d an s le m ilieu aqu atiqu e
(m icrocystin e, acid e okad aïqu e…).
Les étu d es d e l’im p act d e ces
p ollu an ts su r les organ ism es vivan ts
son t au ssi im p ortan tes. L’activité
d e rech erch e s’articu le ain si au tou r
d e d eu x axes : (i) Ap p roch e d es
p rob lèm es en viron n em en tau x à
p artir d e m éth od es b io-an alytiqu es,
(ii) Méth od es d’étu d e d e l’im p act
d e xén ob iotiqu es et p ollu an ts su r la
san té et l’en viron n em en t. !

Gestion et traitement
© C . Przybyla

de l’eau en aquaculture :
différents projets
en partenariat
Les productions aquacoles nécessitent l’utilisation de grandes
quantités d’eau : pour produire 1 kg de poisson, il faut faire circuler
environ 100 m3 d’eau dans un bassin d’élevage. Cette eau peut être
pompée directement, puis rejetée après utilisation dans le milieu
naturel si les élevages sont en circuit ouvert. Elle peut être traitée
et réutilisée pour l’élevage en système recirculé. Les volumes d’eau
pompée dans le milieu naturel sont alors réduits environ 100 fois.
La production génère toujours un rejet d’eau polluée, d’un débit
équivalent à celui de l’eau pompée dans le milieu naturel et dont
la concentration en nutriments est inversement proportionnelle Systèm e d ’élevage expérim ental en recirculation
au débit. Les méthodes de traitement de ces eaux doivent être
compatibles avec une utilisation à grande échelle dans des conditions ! Aquaetreat (Improvement and innovation of Aquaculture Effluent
économiques acceptables. TREATment technology) veut définir des méthodes de traitement
et valorisation des rejets de différents types de fermes piscicoles
Plusieurs projets sont menés par l’équipe « Milieu – Santé » (station ainsi que les impacts de ces traitements sur l’environnement et
de Palavas) concernant le traitement de l’eau dans la boucle de sur l’économie des entreprises. Ce projet est coordonné par la
recyclage et l’eau de rejet afin de la rendre réutilisable dans le Fédération Européenne des Producteurs aquacoles qui anime un
système d’élevage. Ils contribuent à l’amélioration de la durabilité des partenariat européen (Belgique, Italie, France, D anemark, Royaume
systèmes de production aquacoles. uni) entre 4 piscicultures utilisant des systèmes différents (ouvert et
en recirculation, eau douce, eau de mer) et 4 instituts de recherche.
! GRRAS (Towards elimination of Growth Retardation in marine ! Pearl (Pisciculture en Eau Recyclée Lagunée), en partenariat avec
Recirculation Aquaculture Systems for turbot) porte sur l’amélioration de des pays de l’Europe de l’Est (Croatie, Roumanie, Russie,Tchéquie),
Écosystèm es aquatiques

la qualité de l’eau recirculée où certaines substances s’accumulent et est centré sur la réutilisation de l’eau de rejet dans la boucle
peuvent avoir un effet inhibiteur sur la croissance des poissons. Cet d’élevage après traitement algal. Il focalise sur les performances
effet est faible pour certaines espèces (bar), ou très marqué pour et la qualité de la chair de poissons élevés dans de tels systèmes
d’autres (turbot). L’objectif de GRRAS est d’identifier les substances complètement fermés.
responsables de cette baisse de croissance et leur origine, puis de
définir des méthodes pour les éliminer (partenariat recherche/ Contact : Jean-Paul Blancheton,
producteurs privés, Hollande, France, Allemagne, Royaume Uni). Jean.Paul.Blancheton@fremer.fr 45
 Qu alité de la ressou rce et biosu rveillan ce

L’application SIG du golfe de Gera en Grèce

disponible sur le site web de Ditty (www.dittyproject.org)

DITTY : Un programme européen au secours

des lagunes euro-méditerranéennes (2003-2006)
Presque chaque année, des contaminations chimiques ou
bactériennes, des phénomènes d’eutrophisation, des efflorescences
d’algues toxiques ainsi que des apparitions d’espèces invasives
entraînent des conséquences nuisibles sur les plans écologique
et économique dans les milieux lagunaires et notamment les
lagunes côtières de Méditerranée. L’exploitation des ressources
vivantes marines, par la pêche ou l’aquaculture, ainsi que l’activité
touristique sont, en effet, directement concernées par l’équilibre
biologique de ces milieux fragiles. L’origine de ces nuisances
régulièrement observées est, dans la plupart des cas, due aux
activités humaines qui se développent sur le bassin versant de
ces lagunes et qui agissent, directement ou indirectement, sur la
qualité de leurs eaux.
Consciente de l’importance de ces écosystèmes et de leur lente
dégradation, l’Union Européenne a décidé de financer un vaste
programme de recherche qui associe 17 partenaires issus de cinq
pays (Portugal, Espagne, France, Italie et Grèce). Le programme
D ITTY (D evelopment of an Information Technology Tools for the
Écosystèm es aquatiques
L’objectif du programme a été de créer, dans le cadre de la
mise en place de la D irective Cadre Européenne sur l’Eau, les
bases scientifiques et les outils opérationnels permettant une
exploitation et une gestion durables des ressources des lagunes.
Il s’agit d’un outil d’aide à la décision destiné prioritairement aux
autorités régionales et locales. Il comporte des bases de données,
des applications SIG, des modèles numériques et des analyses de
scenarii prenant en compte les effets écosystémiques des apports
du bassin versant, les changement hydroclimatiques ainsi que leurs
conséquences prévisibles dans les domaines économique et social.
Contact pour le site de T hau :
Annie Fiandrino, Annie.Fiandrino@ifremer.fr
Pour plus d’informations, www.dittyproject.org

management of Southern European lagoons) a mobilisé, pour la

partie française et le site de la lagune de Thau, des chercheurs
du CN RS (Montpellier), de l’Ifremer (Sète et Brest), de l’UM1
(UMR Lameta) et UM2 (UMR Ecolag et H SM, du Cepralmar
(Centre d’Études et de Promotion des Activités Lagunaires et
Maritimes du Roussillon) et de la D iren LR (D irection régionale
46 de l’environnement).
 Écosystèm es aquatiques
O. Barbaroux © Ifremer

Vue aérienne du littoral

47
à la hauteur de Maguelone (Hérault, France)
 O. Barbaroux © Ifremer
Vue aérienne d u littoral, Palavas-les-Flots (Hérault, France)

En jeu x écon om iqu es,

am én agem en t,
p olitiqu es p u bliqu es
et ou tils de gou vern an ce
Écosystèm es aquatiques

48
 Q
u’on les envisage en tant que milieux
accessoirement en interaction avec d’autres,
ou en tant qu’interfaces complexes entre
ces derniers (écosystèmes terrestres, milieu
marin, anthroposystème… ), les écosystèmes aquatiques
jouent partout des rôles très divers, et souvent essentiels,
dans la régulation des processus du vivant tout comme au
sein des sociétés qui les gèrent à toutes les échelles. Les
enjeux de leur gestion, dans l’esprit de leur préservation
et/ou de leur exploitation sont de ce fait multiples et
concernent de nombreuses disciplines scientifiques, tant
parmi les sciences dites de la N ature que parmi celles
de la Société. Certaines activités, ainsi que « l’offre » des
ressources qui leur sont associées, dépendent fortement
de leur état, et sont donc vulnérables aux dégradations
qu’ils subissent, qui deviennent autant de facteurs de
risques pour les sociétés.
Ainsi les « crises environnementales » ne cessent de
se diversifier (effondrement des stocks, prolifération
d’algues toxiques… ) en même temps qu’on note la
tendance croissante de leur intensité, de leur fréquence
et/ou de leur multiplicité sur certains sites. D ans cette
vaste problématique de gestion, les objets privilégiés
de l’attention des sciences sociales sont naturellement
les communautés locales et les territoires dont le sort
dépend le plus directement des ressources en question.
Les espaces littoraux et les zones côtières, convoités
pour de multiples raisons par des acteurs très divers,
souvent lieux de conflits d’usage et d’appropriation des
ressources, sont ainsi à même d’intéresser la plupart
des disciplines des sciences humaines et sociales (SH S),
appelées à intervenir à divers titres : économie et gestion,
géographie, sociologie, science politique, histoire…
D ’abord centrées sur les questions d’enjeux et d’impact
des « forçages » anthropiques sur l’environnement, les
problématiques et approches correspondantes évoluent
dans une logique systémique vers des analyses plus
globales des causes et conséquences des processus, et
in fine, des enjeux de la gestion pour les populations
concernées, des types d’incitations appropriées pour
faire au besoin évoluer leurs comportements… Ces
recherches complètent les travaux entrepris par ailleurs
sur les interactions entre écosystèmes et sociétés, en
étudiant non seulement les impacts de l’action des
hommes sur les écosystèmes, mais aussi les risques
auxquels les sociétés sont par là exposées, en termes
d’impacts économiques et/ou d’effets sur la santé, et
les réponses apportées par les sociétés à travers des
politiques publiques tendant à réguler l’exploitation
de ces ressources pour ne pas en compromettre la
conservation* . Les apports des sciences sociales peuvent
ainsi devenir concrets à plusieurs échelles :
! Au niveau dit « micro », proche des lieux précis
et acteurs réels de la gestion visée, avec l’étude des
comportements des acteurs et des entreprises dans
le cadre de l’exploitation et des usages qu’ils font de
l’écosystème, ainsi que de leurs réactions, interprétables
en termes de dépendance ou vulnérabilité aux
changements d’état des écosystèmes.
! Au niveau dit « méso », en situant l’écosystème
dans un territoire, et en analysant ainsi les
représentations que s’en construisent les acteurs, son
poids dans la culture locale en tant qu’élément de
patrimoine, sachant que ces représentations jouent un
rôle essentiel dans la structuration des communautés
locales et dans le choix de leurs stratégies ;
! Au niveau dit « macro », notamment via l’étude des
systèmes de gouvernance qui se sont progressivement
mis en place pour gérer au mieux l’ensemble des
interactions évoquées. A ce niveau, les problématiques
des SH S ont évolué de façon très sensible au cours
des deux dernières décennies, leurs préoccupations
premières d’aménagement et d’optimisation des modes
d’exploitation des écosystèmes s’étant peu à peu faites
discrètes devant les impératifs et les attentes de la
société à propos de la conservation des ressources
environnementales.
Ainsi les perspectives nouvelles du développement durable
et de la gouvernance éthiquement responsable ont forcé
les problématiques de régulation à intégrer le domaine
dit de l’action collective, qui tend à associer plusieurs
gestionnaires (État, Europe, collectivités territoriales… )
à un ensemble élargi de parties prenantes (stakeholders).
Les intérêts souvent divergents de tous ces acteurs doivent
de plus en plus systématiquement être confrontés dans le
cadre de processus de concertation plus ou moins formels
ou contraignants. Ces nouveaux dispositifs de régulation
doivent en outre répondre au mieux aux objectifs de
participation et d’information des populations récemment
introduits dans les politiques publiques de tous niveaux
par des conventions internationales, telle la convention
d’Aarhus pour l’Europe.
Sur le plan scientifique, cette évolution récente des
réalités, ainsi que des perceptions communes de ces
réalités au sein et autour des écosystèmes aquatiques,
est accompagnée d’un changement positif de l’image et
des rôles des sciences humaines, tant dans leurs rapports
avec les autres sciences que dans le cadre de l’élaboration
des politiques publiques** . Longtemps « à la remorque »
des sciences réputées « dures » dans les contrats de
recherche, du local à l’international, notamment pour
répondre à des préoccupations d’évaluation d’impacts
socio-économiques et environnementaux, elles y sont en
effet plus souvent sollicitées en tant que partenaires à part
entière, voire leaders de projets. L’apport spécifique des
SHS est de définir des architectures adaptées au stade de
leur montage et de contribuer à élaborer des résultats en
rapport avec les attentes plus générales des institutions
qui les financent, et donc pour, in fine, mieux répondre
à la « demande sociale ». Au-delà de cet objectif, les
collaborations qui se sont ainsi établies ont souvent permis
des transferts d’un champ de connaissance à un autre,
de méthodes et de données, voire le développement de
nouvelles approches des problèmes posés, qui n’auraient
pas pu être mises au point autrement *** . Cette évolution
est sensible dans les recherches financées par l’Union
Européenne au fil des trois derniers Programmes-cadres
de recherche et de développement. Ainsi, dans le plus
récent (FP 7), l’ouverture aux SHS apparaît aujourd’hui
naturelle et indispensable.
FrançoisValette (Lameta, U MR CN RS, U MI,
Montpellier SupAgro, Inra)
* On adm et généralem ent que les usages des écosystèm es par les sociétés qui y
vivent et en vivent déterm inent, dans une large m esure, les m odes de protection
et de gestions utiles et possibles.
** La sociologie et le droit ont sans doute été les principaux « bénéficiaires » de
Écosystèm es aquatiques
ce changem ent,. L’économ ie a pu diversifier son offre de « services » (économ ie
expérim entale, théorie des jeux, évaluation d’actifs non m onétaires...) et se
rapprocher des autres disciplines (sociologie, géographie...).
*** On pense ici aux collaborations entre biologistes, sociologues et économ istes
dans le cadre de recherches en cours, sur le fonctionnem ent des écosystèm es
aquatiques ; les analyses de systèm es conduites par les SHS ont perm is de m ettre
en évidence des faits et/ ou recueillir de nom breuses données auxquels les
sciences de la nature (SdN) n’avaient pas directem ent accès, en m êm e tem ps que
les SdN ont pu contribuer à la définition de scénarios réalistes de gestion que les
SHS ne pouvaient inventer seuls. 49
 En jeu x écon om iqu es,
am én agem en t,
p olitiqu es p u bliqu es
et ou tils de gou vern an ce
Les principa les équipes
EA 2039 LASER/CEP
Laboratoire des sciences économiques
de Richter
(UM 1)
26 scientifiques
Directeur : Jacques Percebois,
jpcb@univ-montp1.fr
Fax : +33 (0)4 67 15 84 04
EA 3766 GESTER
Gestion des sociétés, des territoires
et des risques
(UM 3)
16 scientifiques
Directeur : Jean-Marie Miossec,
jean-marie.miossec@univ-montp3.fr
Correspondant pour l’élaboration du dossier
sur les écosystèmes aquatiques :
Jean-Pierre Doumenge, doumenge.jp@free.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 55 48
UMR 5112 CEPEL
Centre d’Études Politiques
de l’Europe Latine
(CN RS/UM 1)
18 scientifiques (dont 3 travaillent sur l’eau)
Directeur : Hubert Peres,
cepel@univ-montp1.fr
Fax : +33 (0)4 67 41 76 52
UMR 5474 LAMETA
Laboratoire Montpelliérain d’Économie
Théorique et Appliquée
(CN RS, UM 1, M ontpellier SupAgro, Inra)
6 scientifiques
Directeur : Marc W illinger,
Écosystèm es aquatiques
willinger@lameta.univ-montp1.fr
Fax : +33 (0)4 67 15 83 67
Correspondant pour l’élaboration du dossier
sur les écosystèmes aquatiques et Directeur
de l’IFR 129 : FrançoisValette,
valette@lameta.univ-montp1.fr
50
... suite page 52
Économie des ressources
aquatiques et systèmes
de régulation
Le Laboratoire des scien ces
écon om iqu es de Rich ter (LASER,
UMI), réalise des rech erch es
dan s le dom ain e de l’écon om ie
des ressou rces h alieu tiqu es et de
l’aqu acu ltu re, ain si qu e dan s celu i
de l’évalu ation des p olitiqu es et
des systèm es de gou vern an ce au x
éch elles locale et in tern ation ale. Les
rech erch es p orten t su r la gestion des
ressou rces n atu relles, les systèm es
de gestion in tégrée en tre u sagers
des écosystèm es, les disp ositifs
in stitu tion n els su scep tibles m obiliser
des acteu rs et de stim u ler leu r
p articip ation au x p rocédu res de
décision et de gestion collective. Il
s’agit d’ap p réh en der la dyn am iqu e
des in teraction s en tre les systèm es
p rodu ctifs et les écosystèm es
au xqu els ils ap p artien n en t, et
d’étu dier les systèm es de régu lation
ch argés de con trôler les ressou rces.
Ces dern iers com p ren n en t
les disp ositifs in stitu tion n els
de régu lation et les systèm es
d’in form ation in terven an t en ap p u i à
la décision et au su ivi des évolu tion s.
Qu elqu es exem p les de th ém atiqu es
récen tes p eu ven t être cités :
! An alyse des in teraction s en tre les
sociétés h u m ain es et l’écosystèm e
lagu n aire,
! An alyse des systèm es de régu lation
et de leu r gou vern an ce (p olitiqu e de
gestion des u sages des ressou rces),
! An alyse des con dition s de m ise
en oeu vre des p olitiqu es de gestion
in tégrée des zon es côtières et de
dévelop p em en t du rable du littoral,
! Prise en com p te des risqu es
en viron n em en tau x en caractérisan t
les p rocessu s et leu rs con séqu en ces
en term es de ch aîn e d’effets com m e
de p ercep tion des p op u lation s
exp osées,
! Évalu ation de la p ercep tion et des
p olitiqu es de gestion de l’érosion
côtière,
! Cop rodu ction d’in dicateu rs
territoriau x de gestion in tégrée en
ap p u i des sch ém as de coh éren ce
territoriale (SCOT),
! Étu de de l’u sage des in dicateu rs
p ar les acteu rs n otam m en t dan s la
m ise en œ u vre du dévelop p em en t
du rable.
Un large réseau de collaboration s
a été établi avec des équ ip es
d’écon om istes et des ch erch eu rs
d’au tres discip lin es, en p articu lier
p ou r aborder des p roblém atiqu es
de gestion in tégrée des écosystèm es.
Des collaboration s p lu s étroites
son t établies avec des équ ip es de
l’IRD p ou r les qu estion s sociales
et de dévelop p em en t au tou r de la
p roblém atiqu e de l’écon om ie de
la con n aissan ce et avec l’u n ité de
service Expertise et spatialisation
des con n aissan ces en en viron n em en t
(US Esp ace) con cern an t l’ap p roch e
des systèm es d’in form ation s. En fin
le Laser p articip e à l’an im ation de
l’axe 3 de l’IFR 129 con cern an t les
u sages des ressou rces aqu atiqu es.
Vue aérienne d e la station d ’épuration à Mèze,
prés d e l’étang d e Thau (Hérault, France)
O. Barbaroux © Ifremer
Gouvernance des m ilieux
aquatiques et politiques
publiques
La gestion d es esp aces et d es
ressou rces n atu relles (l’eau en
p articu lier) est d even u e d ep u is 15
an s u n ob jet d e rech erch e p ou r
la scien ce p olitiqu e en Fran ce
n otam m en t p ar l’en trée « an alyse
d es p olitiqu es p u b liqu es » d an s
les ch am p s d e l’am én agem en t,
d e l’en viron n em en t, d u fon cier,
d e l’u rb an ism e, croisée avec les
p ersp ectives d e d évelop p em en t
d u rab le. Ou tre la m on tée
en p u issan ce d es n orm es
in tern ation ales d e d u rab ilité
p esan t su r l’action p u b liqu e, la
d écen tralisation et l’in tégration
eu rop éen n e on t con stitu é d eu x
p rocessu s « facilitateu rs » d e cette
p rise en com p te, n e serait-ce qu e p ar
l’in flation d es d isp ositifs d e gestion
(Mission s, SAGE, Natu ra 2000, DCE
« eau »…) qu i en a résu lté.
Le CEPEL (Cen tre d’Étu d es
Politiqu es d e l’Eu rop e Latin e, UMR
CNRS/ UM1 5112) a été acteu r
d u d évelop p em en t d es travau x
d e rech erch e d an s ce ch am p
d ep u is 1996 et ce d an s p lu sieu rs
d im en sion s :
! Rep osition n em en t d es
organ isation s et red éfin ition
d es d om ain es d’activités d an s la
gestion d e l’eau com m e ressou rce
n atu relle m ais égalem en t d es m ilieu x
lagu n aires et p lu s largem en t d u
littoral com m e « estran », fron tière
en tre «aqu atiqu e » et « terrestre »,
! Dévelop p em en t d e n ou veau x
d isp ositifs d e gestion rom p an t avec
les logiqu es d’im p lém en tation d es
p olitiqu es p u b liqu es « top-dow n » et
in n ovan t en m atière d e con certation
avec les p op u lation s et les grou p es
d’in térêt con cern és (p. ex. les
p rofession n els d e la p êch e),
! Nou velles form es d e m éd iation
d an s la régu lation d es con flits en tre
les grou p es d’acteu rs,
! Mise en œ u vre d e n ou veau x
m od es d e con d u ite d e l’action
p u b liqu e d an s le d om ain e d e l’eau et
d e l’am én agem en t d u littoral,
! Mise en œ u vre d’u n e ap p roch e
com p arative en tre con textes
n ation au x eu rop éen s et en tre
Eu rop e et Am ériqu e Latin e. Cette
p ersp ective in clu t les asp ects
d e tran sferts d e savoir-faire et
d’ad ap tation p ar les acteu rs locau x
d es d isp ositifs au x con textes
région au x. (Ex : ap p lication d e la
Directive Cad re Eau en Fran ce et en
Esp agn e m ais égalem en t au Brésil,
Uru gu ay et Argen tin e ; tran sfert
d e la Gestion In tégrée d es Zon es
Côtières en Eu rop e d u Su d et au
Ch ili).
Ceci am èn e à un e approche
globale en term es de gouvern an ce
des m ilieux aquatiques et de
territorialisation des politiques
publiques, schém a altern atif aux
approches tradition n elles privilégian t
les politiques publiques n ation ales et
reposan t sur l’an alyse séquen tielle des
systèm es de prise de décision .
Plu sieu rs rech erch es on t été
m en ées (n otam m en t d es th èses)
d an s le cad re d u p rogram m e
région al SYSCOLAG, le m in istère
d e l’Écologie et d u Dévelop p em en t
d u rab le (MEDD), le m in istère d e
l’Am én agem en t d u Territoire et d e
l’En viron n em en t (MATE) et l’Ifrem er,
com m e p ar exem p le :
! Gestion et exp loitation d es
ressou rces n atu relles su r l’étan g d e
Th au (Ifrem er/ MEDD),
! Gou vern an ce littorale en
Méd iterran ée : PNEC (Ifrem er/
CNRS/ IRD),
! Mob ilisation s et en jeu x d an s
la gestion con certée d es esp aces
littorau x : Program m e « Con certation
– Décision - En viron n em en t »
Écosystèm es aquatiques
(In ra – MATE),
! Gestion d e l’eau en Méd iterran ée :
foru m , société civile et
ap p ren tissages, m en ée en co-
d irection avec l’UMR Esp ace d an s
le cad re d u p rogram m e CNRS « Vie,
51
En viron n em en t et Sociétés ». •••

Autres équipes
concernées pa r ce thème
CRH
Centre de Recherche Halieutique
méditerranéenne et tropicale
(IRD, Ifremer, UM 2)
52 scientifiques
Directeur : Philippe Cury,
philippe.cury@ird.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
EA 3678 IMAGES
Institut de Modélisation et d’Analyse
en Géo-Environnements et Santé
(UPVD)
20 scientifiques
Directrice : Catherine Goyet,
cgoyet@univ-perp.fr
Fax : +33 (0)4 68 66 21 44
HMT
Laboratoire Ressources
Halieutiques Sète
(Ifremer)
14 scientifiques
Directeur : Gildas Le Corre,
gildas.le.corre@ifremer.fr
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
LER/LR
Laboratoire Environnement Ressources
en Languedoc-Roussillon
(Ifremer)
25 scientifiques
Directeur : Thierry Laugier,
Thierry.Laugier@ifremer.fr,
Fax : +33 (0)4 99 57 32 96
UMR 5110 CEFREM
CEntre de Formation et de Recherche
Écosystèm es aquatiques
sur l’Environnement Marin
(CN RS, UPVD)
9 scientifiques
Directeur : Serge Heussner,
heussner@univ-perp.fr
Fax : +33 (0)4 68 66 20 96
52
... suite page 54
Am énagem ent d u port d e Gènes
© J.-P. D oumenge
Les ports, points névralgiques
de la Gestion Intégrée des Zones Côtières
Sur les littoraux, les ports constituent des pôles remarquables de concentration d’hommes,
d’activités, de capitaux. Ils sont donc un élément majeur dans la GIZC. Leur analyse croise la
thématique des écosystèmes aquatiques sur trois points.
! Comment intégrer des activités économiques intercontinentales
et de proximité sur le territoire de la ville portuaire ?
Les ports jouent un rôle structurant dans l’organisation de nombreuses activités à dimension
maritime dont souvent la petite pêche, activité de proximité, où les entreprises sont bien
impliquées dans le tissu local, mais pas toujours rentables. Certains ports traitent aussi les
produits de la pêche et du commerce comme de simples plates-formes de transit. Les autorités
publiques ont donc une importante responsabilité dans le choix de la place faite à la valorisation
des ressources marines via le choix des infrastructures (quais, criée, équipements, etc.).
! Comment gérer les conflits entre usagers et intégrer les différentes activités
sur le territoire portuaire ?
La rareté de l’espace portuaire fait la spécificité de son aménagement.Aussi les conflits y sont
légion comme ceux entre les fonctions traditionnelles de pêche et de commerce (dont les
quais constituent le « gagne-pain ») et les activités des plaisanciers, pour lesquels les plans d’eau
sont des « bassins de jeu ». Ce sont en fait les conditions de passage d’une société de travail à
une société de loisir dans le périmètre portuaire qui sont en jeu et sur lesquelles les autorités
publiques doivent arbitrer notamment pour les opérations de reconversion d’anciens bassins
portuaires.
! Quel développement durable pour les ports dans le cadre de la GIZC ?
Artificialisation du littoral, modification du trait de côte, pollutions marines, les ports
constituent des points noirs du littoral au plan de l’environnement. Les autorités portuaires
tentent de plus en plus d’intégrer ce paramètre dans leur gestion. Poids des cadres
réglementaires nationaux et communautaires, attente de bénéfices économiques des
entreprises, pratiques de certification/labellisation établies pour les entreprises et les ports
« verts » par divers organismes (Ecoports, ISO 14001, Pavillon Bleu… ), l’examen de leurs
motivations explique bien les choix des modes de gestion. Mais la thématique portuaire est
encore souvent mal prise en compte dans les documents d’aménagement traditionnels (de
type PLU ou SCOT) surtout sur le long terme.
Contact :Valérie Lavaud-Letilleul, lavaud.letilleul@club-internet.fr
Analyse et modélisation
économique des usages et
des politiques de régulation
des écosystèmes
Le Laboratoire Mon tpelliérain
d’Econ om ie Th éoriqu e et Appliqu ée
(LAMETA, UMR CNRS, UM1,
Mon tp ellier Su p Agro, In ra) com p te
p ou r essen tiel, p arm i ses axes d e
rech erch e, celu i d e l’écon om ie
d es ressou rces n atu relles et d e
l’en viron n em en t, qu i vise in fin e
celu i d es p olitiqu es p u b liqu es
d e d évelop p em en t d u rab le.
Les rech erch es son t cen trées
su r les qu estion s d’évalu ation
écon om iqu e et d e m od élisation ,
ain si qu e d e n égociation et
coord in ation d es p olitiqu es
p u b liqu es d’en viron n em en t et d e
gestion d es ressou rces n atu relles, à
d ifféren tes éch elles ju squ’à celle d es
n égociation s in tern ation ales.
À ce n iveau , d u fait d e l’ab sen ce
d’au torité cen trale légitim e, la
coord in ation et l’h arm on isation d es
p olitiqu es ressorten t d e p rocessu s
d e n égociation en tre les p ays.
Différen tes ap p roch es (écon om ie
d e l’en viron n em en t, écon om ie
exp érim en tale, th éorie d es jeu x,
m od élisation in tégrée…) son t
m ises en œ u vre m ettan t l’accen t
su r la coord in ation fon ction n elle
et stratégiqu e d es p olitiqu es,
resp ectivem en t sectorielles et
d’en viron n em en t. Les ob jets d e
rech erch e d an s ce cad re son t
n otam m en t l’eau , les p aysages,
la b iod iversité, le ch an gem en t
clim atiqu e et le d évelop p em en t
d u rab le.
Au -d elà d es caractéristiqu es
gén ériqu es d es p rob lèm es
d’en viron n em en t et d e ressou rces
n atu relles (ab sen ce d e d roits d e
p rop riété b ien d éfin is, ab sen ce
ou in com p létu d es d e m arch és,
d yn am iqu e n atu relle d ifficile à
con trôler…) et d e la qu estion
fon d am en tale d e l’in tégration d es
extern alités, la p rob lém atiqu e
actu elle d e l’an alyse écon om iqu e
d es p olitiqu es d e l’en viron n em en t
a été ren ou velée p ar le con stat
qu’elles d oiven t s’in sérer d an s d es
d isp ositifs sectoriels existan ts qu i
lim iten t leu r p ortée sp écifiqu e et
ap p ellen t u n e coord in ation sou ven t
d ifficile et coû teu se. La légitim ité
d es p olitiqu es d e régu lation d ép en d
d on c d e la cap acité d es p arties
con cern ées à p ren d re en com p te
d’au tres in térêts et fon ction s qu e
la seu le fon ction p rod u ctive, à
m ettre en coh éren ce d es d ifféren tes
p olitiqu es sectorielles, et à gérer
au m ieu x les p rob lèm es p osés p ar
d es faits tels qu e les asym étries
d’in form ation et l’h étérogén éité
d es p référen ces d es agen ts. Cette
logiqu e d’in tern alisation con cern e
b ien sû r, au d elà d e la gestion d es
écosystèm es aqu atiqu es, l’en sem b le
d es p olitiqu es sectorielles (eau ,
forêts, én ergie, tran sp orts…).
Plu sieu rs ch erch eu rs d u LAMETA se
son t im p liqu és d an s le p rogram m e
eu rop éen Ditty (voir ch ap. 4).
Diverses p rob lém atiqu es d e
rech erch e en écon om ie on t p u être
en visagées d an s ce cad re :
! An alyse d es acteu rs (Stak eh older
an alysis) visan t à ren d re com p te d e
leu rs stratégies d es con flits d’u sage
au travers d’u n e m éth od ologie
origin ale d e sim u lation d es en jeu x
d es n égociation s en tre collectivités
territoriales,
! Évalu ation p ar d es m éth od es d ites
d u tran sfert d’évalu ation (valu ation
tran sfer ou m éta an alyse) d e la valeu r
accord ée à la qu alité d e l’eau d e
l’étan g d e Th au ,
! Évalu ation , p ar u n e ap p roch e
relevan t d e l’écon om ie
exp érim en tale, d e l’im p act d e la
m ise à d isp osition d’in form ation s
issu es d e m od èles su r la gestion d es
ressou rces,
! Recou rs à u n m od èle m acro-
écon om iqu e p ou r sim u ler le
fon ction n em en t d e l’écon om ie
d u b assin versan t d e Th au , et les
im p acts (socio-écon om iqu es et
en viron n em en tau x) d e d ivers
m od es d e gestion d es ressou rces
corresp on d an tes. •••

Évaluation de la valeur
O. Barbaroux © Ifremer

des écosystèmes :
l’exemple de la lagune
de Thau
L’évaluation économique totale d’un actif naturel concerne
ses valeurs d’usage (direct, indirect du fait des services
Vue aérienne d es salins d u m id i,
environnementaux produits par le bien et d’option pour un usage
Aigues Mortes (Hérault, France)
ultérieur) et ses valeurs de non-usage (notamment de legs et
d’existence pour les générations futures). L’évaluation des valeurs D ans le cas de l’étang de Thau on a mobilisé des évaluations issues
non marchandes ne pouvant pas être effectuée à partir de prix d’une cinquantaine d’études concernant d’autres zones humides, dont
observés, elle doit s’appuyer sur d’autres approches spécifiques 31 ont pu être exploitées pour la meta-analyse. Les résultats ont été
devant permettre d’évaluer l’ensemble des coûts et avantages, y comparés aux valeurs des consentements à payer des ménages pour
compris non marchands, liés aux différents « rôles » de l’actif en la préservation de la qualité de l’eau de l’étang de Thau, qui avaient
question. été évaluées dans le cadre d’une recherche (évaluation contingente)
Écosystèm es aquatiques

réalisée en 1997. Au total, la valeur de la qualité de l’eau varie selon

D ans le cadre du projet D itty, le Lameta a testé l’application des
nouvelles méthodes dites du transfert d’évaluations ( « benefits
transfer », « meta-analyse ») pour évaluer la valeur accordée à la
qualité de l’eau de l’étang de Thau. Cette méthode permet d’utiliser,
pour évaluer sur un site donné la valeur économique d’un actif,
un ensemble de données obtenues dans le cadre de multiples
évaluations contingentes déjà réalisées sur des sites similaires.
les méthodes entre 25 et 30 millions d’euros (2005), valeur qui
peut être rapprochée des montants de dépenses publiques liées à
l’assainissement (de 28 à 50 M€).
Contacts : Jean-Marie Boisson, jean-marie.boisson@univ-montp1.fr
Geoffroy Enjolras, enjolras@lameta.univ-montp1.fr 53
FrançoisValette, valette@lameta.univ-montp1.fr
 En jeu x écon om iqu es, am én agem en t, p olitiqu es p u bliqu es et ou tils de gou vern an ce

Recherche en économie expérimentale

O. Barbaroux © Ifremer
Autres équipes
concernées pa r ce thème
UMR 5119 ECOLAG
Écosystèmes Lagunaires
(UM 2, CN RS, Ifremer)
59 scientifiques
Directeur : MarcTroussellier,
troussel@univ-montp2.fr
Fax : +33 (0)4 67 14 37 19

UMR 7621
Laboratoire d’Océanographie
Biologique de Banyuls
(CN RS, UPM C)
30 scientifiques
Directeur : Antoine Grémare, Vue aérienne d u littoral d e La Grand e Motte
gremare@obs-banyuls.fr prés d e Montpellier (Hérault, France)
Fax : +33 (0)4 68 88 73 95

UMR 5244 D ans le cadre du projet européen D itty, une recherche en économie expérimentale a été
Biologie et Écologie entreprise pour repérer dans quelle mesure les décisions prises par les acteurs individuels de la
Tropicale et Méditerranéenne gestion d’une ressource renouvelable mais limitée (un stock d’eau) pouvaient être influencées
(CN RS, EPH E,UPVD)
par des informations issues d’un modèle de simulation de la gestion de cette ressource.
Directeur : André Théron,
théron@univ-perp.fr Cette recherche devait donc in fine répondre à des questions telles que : le fait de fournir
Fax : +33 (0)4 68 66 22 81 des informations prospectives sur la dynamique de la ressource partagée est-il susceptible de
conduire les acteurs à prendre conscience des interactions entre leurs comportements (micro-
Équipe « récifs coralliens »
dirigée par René Galzin, galzin@univ-perp.fr décisions de gestion simulées par des achats virtuels) et ceux des autres ?L’accès à un outil
Fax : +33 (0)4 68 50 36 86 de simulation peut-il réduire les risques de surexploitation de cette ressource ?Permet-il de
32 scientifiques rendre plus efficace, voire optimale, son exploitation ?Etc. Un autre programme de recherche
UMS 2348 - École Interne EI38 UPMC financé par le PN EC s’est appuyé sur une démarche analogue pour comparer divers modes
Observatoire océanologique de gestion des aquifères côtiers. D ans les deux cas, l’économie expérimentale a permis de
de Banyuls-sur-Mer reproduire en laboratoire des situations économiques stylisées, fondées sur des modèles
(CN RS/UPM C) d’exploitation simplifiés qui reflétaient au mieux les caractéristiques essentielles, au sens de la
35 scientifiques théorie des jeux, de la problématique testée.
Directeur : Philippe Lebaron,
lebaron@obs-banyuls.fr
Fax: +33 (0)4 68 88 16 99 Contacts : Marc W illinger, willinger@lameta.univ-montp1.fr
UPR 20
Jérémy Celse, celse@ lameta.univ-montp1.fr
Aquaculture et gestion
des ressources aquatiques
(Cirad)
8 scientifiques + 6 thésards
Directeur : Jérôme Lazard,
Évaluation du coût
jerome.lazard@cirad.fr
Fax : +33 (0)4 67 16 64 40 d’une fermeture de l’étang de Thau
pour cause bactériologique
UR 109 Thetis
THons tropicaux et Écosystèmes
pélagiques : Taxies, Interactions
et Stratégies d’exploitation
(IRD)
19 scientifiques
D ans le cadre du projet D itty, le Laser a évalué les risques économiques liés à la qualité de
Directeur : Francis Marsac, l’eau de l’étang, c’est-à-dire l’occurrence des épisodes de contamination et le coût économique
marsac@ird.fr induit par une fermeture de la commercialisation des coquillages pour la conchyliculture.
Fax : +33 (0)4 99 57 32 95
L’analyse est menée à l’échelle des mailles du modèle de circulation de l’eau dans la lagune
UR 175 Caviar (soit 100 m sur 100 m) en fonction des types de vents et en distinguant trois grandes
Caractérisation et valorisation saisons pour la survenance des fermetures afin de tenir compte des différentiels d’impacts
de la diversité ichtyologique pour une commerciaux (été, N oël et reste de l’année). La répartition de la production et de la valeur
aquaculture raisonnée
ajoutée conchylicole a été faite en tenant compte des différentiels de productivité des zones
(IRD)
14 scientifiques
(4 classes de productivité), des types d’espèces élevées (huîtres ou moules) et des prix de
Directeur : Marc Legendre, vente en fonction des circuits de commercialisation qui varient selon la taille des entreprises
Marc.Legendre@mpl.ird.fr (trois classes de taille). O n peut ainsi évaluer le coût économique d’une fermeture en fonction
Fax : +33 (0)4 67 63 57 95
des vents et des périodes auxquelles intervient la fermeture. Cette évaluation du manque à
Écosystèm es aquatiques

US 007 Osiris gagner lié à une interdiction de commercialisation, ne représente qu’une partie du coût total.
Observatoire et systèmes d’information Il manque d’autres types de coûts ou effets plus qualitatifs comme ceux liés à l’image, ou aux
des pêches tropicales pertes potentielles de marchés, notamment dans les cas où la durée d’interdiction est longue
(IRD)
ou proche des fêtes de fin d’année.
12 scientifiques
Directeur: Pierre Chavance,
Pierre.Chavance@ird.fr Contacts : H élène Rey-Valette, helene.rey-valette@univ-montp1.fr
54 Fax : +33 (0)4 99 57 32 95 Syndhia Mathé, syndhia.mathe@univ-montp1.fr

Am énagem ent et
développem ent littoral
et m aritim e : p our une
gestion intégrée des
zones côtières
La dim en sion territoriale de la gestion
des écosystèm es aquatiques s’est
im posée dan s les dern ières an n ées
au travers de la n otion de gestion
in tégrée des zon es côtières (GIZC).
Validé sur le plan politique au n iveau
com m un autaire au travers de la
recom m an dation 2002/ 413/ CE du
parlem en t européen et du Con seil
du 30 m ai 2002 avan t d’être repris en
Fran ce, ce con cept présen te de facto
un e en trée territoriale. Il trouve de ce
fait un écho fort dan s les recherches
que les géographes et les am én ageurs
m èn en t sur les m ilieux littoraux
et m aritim es. C’est d’autan t plus
fon dam en tal qu’en 2050, on com ptera
probablem en t 70% de la population
m on diale im plan tés sur les littoraux,
le plus souven t dan s un con texte
d’agglom ération s m illion n aires.
Les en jeux des espaces littoraux et
m aritim es son t don c essen tiels en
term es de gouvern an ce territoriale.
Dan s les pays développés, le tropism e
de « la vie facile en bord de m er »,
est un vecteur d’an thropisation
m assive des littoraux. Parce que les
loisirs baln éaires resten t la form e
dom in an te du « tem ps libre » des
pays développés, vivre en bord de
m er devien t syn on ym e de « qualité
de vie », déterm in an t un puissan t
m ouvem en t de recherche d’un e
résiden ce en zon e littorale surtout
chez les jeun es couples et les
retraités. Cette ten dan ce con duit
à la m ultiplication de gran des
agglom ération s côtières in tégran t
un e ville portuaire et des ban lieues
align ées sur le liséré côtier ou autour
d’un plan d’eau abrité com m e l’étan g
de Thau. Or, le littoral, com m e toute
« in terface », est fragile.
Aussi, la prise en com pte du prin cipe
de précaution con duit à élaborer
un e program m ation systém ique
du fon ction n em en t des territoires
littoraux pour faire face à trois défis
d’am én agem en t :
! trouver un volum e suffisan t
d’activités à haute valeur ajoutée,
gén érateur de richesses, pour faire
face aux besoin s d’un e population en
fort accroissem en t,
! con cilier les besoin s en services
divers et in frastructures publiques des
population s résiden tes à l’an n ée et les
atten tes plus ludiques des touristes de
passage,
! gérer les effets de l’érosion sur le
trait de côte soum is à l’urban isation
et les con séquen ces de la pression
hum ain e sur la qualité des eaux des
plages et des lagun es.
Cette approche im plique de disposer
d’un cadre stable de référen ce pour
en trepren dre la GIZC. Il faut don c
travailler en « in tercom m un alité »,
voire en « in terrégion al » com m e
en Fran ce, via les « com m un autés
d’agglom ération » et les « pays » afin
de traiter des relation s « ban de côtière
- arrière pays » au travers des SCOT
(schém a con certé d’organ isation du
territoire).
L’objectif cen tral de l’équipe d’accueil
Gestion des sociétés, des territoires
et des risqu es (EA GESTER, UM3)
est d’aboutir à un diagn ostic des
dysfon ction n em en ts territoriaux
éven tuels, en faisan t appel aux
outils d’an alyse spatiale et d’an alyse
cartographique perm ettan t le
croisem en t de bases de don n ées
lourdes et com plexes (SIG…). Cette
dém arche con tribue à faciliter l’action
des collectivités hum ain es dan s
leur en viron n em en t, le but étan t
le ren ouvellem en t des idées et des
m éthodes de gestion collective du
développem en t et la recherche d’un e
m eilleure cohéren ce des territoires
dan s un en viron n em en t. •••

Apport des sciences

usages récréatifs. Il s’agit d’évaluer les
pressions anthropiques et les réponses
apportées par les systèmes de

sociales dans le régulation dans le cadre de la

gestion de ces pressions mais

Programme National aussi de vulnérabilité des

populations et des activités par

Environnement Côtier
rapport au milieu lagunaire.
(2) Analyse fonctionnelle du
emer

système économique et social

(PNEC)
© Ifr

de la zone lagune et bassin

ux
aro

versant. Elle met l’accent sur les

b

Travail d es conchyliculteurs
r
Ba

déterminants de comportements
.
O

Afin d’évaluer les interactions entre les sociétés humaines
et la lagune de Thau, le laboratoire Laser a mis au point des
indicateurs pluridisciplinaires grâce à une approche multicritère
participative. Ce type de méthode permet de concilier les
différentes attentes vis-à-vis des indicateurs : les chercheurs
proposent des indicateurs qu’ils jugent importants (et qu’ils sont en
mesure de calculer) ; les décideurs veulent disposer d’indicateurs de
synthèse ; les utilisateurs (conchyliculteurs ou touristes intéressés
par la qualité de l’eau) aimeraient aussi être renseignés par des
indicateurs dont les qualités premières sont alors la lisibilité et la
sur l’étang d e Thau des acteurs, la structure des réseaux
(Hérault, France) sociaux et permet d’identifier les
logiques de fonctionnement et les niveaux
hiérarchiques d’organisation du système
« Bassin de Thau » pour établir des scénarios prospectifs.
(3) Élaboration proprement dite des indicateurs : elle est ensuite
menée en deux temps correspondant aux deux logiques de co-
construction de ces indicateurs : (i) l’identification par les chercheurs
d’un panel d’indicateurs de développement durable en fonction
des enjeux de la zone et des résultats de l’analyse fonctionnelle du
Écosystèm es aquatiques

facilité d’interprétation.
La démarche s’est déroulée en trois phases :
(1) Élaboration d’une situation de référence à partir d’une étude
statistique de la zone qui rend compte des formes d’occupation
économique, des aménagements et des usages de l’espace, y
compris les conflits générés et l’évaluation des pratiques liées aux
bassin de Thau ; (ii) la sélection dans le cadre d’une recherche action
avec le Syndicat Mixte du Bassin de Thau (SMBT) et la Cepralmar
d’un nombre réduit d’indicateurs qui sont ensuite hiérarchisés au
travers d’une approche multicritère participative de façon à être à la
fois pertinents et appropriés par l’ensemble des acteurs.
Contact :Hélène Rey-Valette, helene.rey-valette@univ-montp1.fr 55
 En jeu x écon om iqu es, am én agem en t, p olitiqu es p u bliqu es et ou tils de gou vern an ce

Modélisation de l’économie d’un territoire

à des fins d’évaluation des impacts socio-économiques
et environnementaux de divers scénarios de sa gestion
Un modèle macro-économique a été élaboré pour représenter
le fonctionnement de l’économie du territoire qui comprend
la lagune de Thau et l’ensemble des communes qui l’entourent
– afin d’inclure l’ensemble des bassins versants qui alimentent
cette lagune en eau douce ainsi que les espaces qui la séparent
de la mer. La description proposée (cf. schéma ci-dessous) permet,
sur la base d’une information détaillée sur les productions
et consommations de biens et services par les principales
activités, de rendre compte de diverses stratégies d’équipement
(technologies), d’aménagement (infrastructures) et/ou de gestion
(fonctionnement) envisageables sur ce territoire pour cerner
in fine les principaux enjeux des stratégies à même d’intégrer
différents choix sur tous ces plans* . Ce modèle (MEPP-Thau) a
ainsi permis de simuler la mise en œuvre de diverses options
de gestion des ressources à fort impact environnemental et
d’effectuer des évaluations de diverses politiques publiques de
développement durable envisageables ou en cours d’application au
niveau local ou régional.
L’exploitation du modèle a d’abord été envisagée dans une
logique de prospective territoriale en simulant, à travers quelques
scénarios dits « globaux », divers changements importants dans
les structures techniques, sociologiques et/ou économiques de
l’économie locale. D es scénarios plus « spécialisés » ont aussi
été envisagés pour simuler des changements de priorité au
sein des politiques locales, tendant par exemple à favoriser le
développement du tourisme, le maintien et la création d’emplois,
et/ou la priorité à la qualité environnementale, ou à la qualité de
l’eau dans la lagune. Ceci a permis ainsi de fournir des descriptions
détaillées des impacts d’une grande diversité de décisions.
* Cette modélisation s’appuie principalement sur une combinaison originale d’un (TES) (tableau
des consommations intermédiaires des activités de la zone considérée), et d’une base de données
du modèle de référence MEPP (Modèle d’Économie Physique et de Prospective) qui permet
d’introduire ou de décomposer des activités.
Contact : FrançoisValette,
valette@lameta.univ-montp1.fr

ACTIVITÉS Do nné e s spé cifique s au mo dè le (co lle cté e s e t calculé e s)

« TAP »
Déta il M a trice des
des a ctivités a ména gements,
M a trice des technologies et
liées a u littora l
Biens

consom m a tions projets étudiés Surplus

interm édia ires
du TES

Coeffi cients impa cts environnementa ux

(utilisa tion des ressources, rejets…)

Do nné e s co mptabilité natio nale

Coeffi cients impa cts socia ux

Vecteur des nivea ux de résulta ts (entrée des simula tions)

Indica teurs Indica teurs d’impa ct

cla ssiques d’im pa ct spécifi ques développement
(PIB, Ex port,Emploi) dura ble du littora l
Écosystèm es aquatiques

Structure générale d u m od èle m acro-économ ique

TES : Tableau d ’Entrées-Sorties • TAP : Projets en cours ou envisagés d ans la construction d es scénarios
56

Trois gran des orien tation s stru ctu ren t
son activité, en p articu lier dan s le
dom ain e de la rech erch e littorale
et m aritim e en m ilieu tem p éré ou
trop ical :
! la con n aissan ce des risqu es
d’exp osition au x aléas n atu rels
p ou r tou s les am én agem en ts de
p rodu ction ou de résiden ce situ és en
zon e littorale,
! l’an alyse des p rocessu s
d’u rban isation su r les littorau x et,
de façon sou s-jacen te, des risqu es
de p ollu tion liée au x exten sion s des
activités h u m ain es,
! l’h arm on isation des u sages et
l’adap tation des am én agem en ts à
des en viron n em en ts fragiles com m e
le littoral, dan s u n e p ersp ective de
rech erch e d’équ ilibre en tre esp aces
an th rop isés et n atu rels.
Ces trois axes on t en com m u n u n e
réflexion su r la « gestion in tégrée des
zon es côtières » (GIZC), ce qu i in clu t
l’aqu acu ltu re sou s ses différen tes
form es, les récifs artificiels, m ais
au ssi les in frastru ctu res p ortu aires
et l’u rban isation (en p articu lier à
fin alité tou ristiqu e). Les esp aces
m aritim es étu diés p ar Gester son t
les littorau x de la Méditerran ée,
les îles océan iqu es (arc an tillais,
Mascareign es, Com ores, In su lin de,
îles du Pacifiqu e, don t celles de la
Fran ce d’ou tre-m er), ain si qu e la
façade orien tale du Jap on .
Su r le th èm e des m u tation s des
territoires en Eu rop e, les rech erch es
de l’UMR 5045 « Mu tation s de
Territoires en Eu rop e » (CNRS -
UM3) s’in scriven t p rin cip alem en t
dan s l’Eu rop e du Su d et l’Eu rop e
m édian e, m êm e si , en p arallèle,
les collaboration s se dévelop p en t
vers « d’au tres Su d », n otam m en t
l’Am ériqu e Latin e.
Trois axes m arqu en t la coh éren ce de
l’en sem ble des rech erch es en cou rs
ou p rojetées de l’UMR :
! les figu res et trajectoires des
territoires an alysés com m e des
systèm es socio-sp atiau x,
! la régu lation et l’am én agem en t des
m ilieu x bio-p h ysiqu es et des esp aces
socio-écon om iqu es et cu ltu rels en
vu e d’u n dévelop p em en t du rable des
territoires,
! les qu alification s territoriales
in tégran t la qu estion de la qu alité
des p rodu its et de territoires, les
labellisation s et les p rocessu s socio-
écon om iqu es qu i p résiden t à la
qu alification des esp aces de vie.
La GIZC tien t un e place de choix dan s
ce dispositif de recherche. L’an alyse
de l’im pact des in frastructures
portuaires, résiden tielles et de loisir
sur les littoraux s’effectue tan t sous
l’an gle des m odification s paysagères
que de celui de la gouvern an ce
territoriale, ce qui im plique un e
an alyse critique des usages et con flits
d’usage région aux.
Vue aérienne d ’une Marina am énagée
sur la côte d u Langued oc (France)
O. Barbaroux © Ifremer
Plu sieu rs op ération s de rech erch e
on t été m en ées dan s ce dom ain e :
! Sur les ports, en tan t
qu’équ ip em en ts stru ctu ran t l’activité
d’exp loitation et d e valorisation d es
ressou rces aqu atiqu es, à l’in terface
en tre les zon es d’activité m aritim e et
l’aire d e d istrib u tion d es p rod u its,
! Sur la capacité de charge du
littoral en m atière d’activités de
loisirs : u n e th èse en cou rs d an s
le cad re d u p rogram m e région al
SYSCOLAG su r « l’occu p ation et
la fréqu en tation liées au x activités
récréatives et leu rs im p acts su r le
littoral d u Lan gu ed oc-Rou ssillon »,
! Sur la question des processus
conflictuels en tre acteu rs im p liqu és
su r le littoral, leu r m od e d e
résolu tion et leu r con trib u tion à
l’ém ergen ce d e n ou velles form es
d e GIZC (th èse sou ten u e en 2006
su r « les con flits d’u sage liés à
l’en viron n em en t su r le littoral d u
Lan gu ed oc-Rou ssillon »),
! Sur les aspects de qualification
de produits et de territoires :
rech erch es su r la qu alité d es
p rod u its typ iqu es en relation avec les
ressou rces territoriales terrestres ou
m aritim es, le rôle d es acteu rs d an s
Écosystèm es aquatiques
la con stru ction d e la qu alification ,
la rep résen tation d es p rod u its
selon la con n aissan ce su r l’origin e
territoriale et l’an alyse d u con cep t
p olysém iqu e d e terroir, ap p licab le au
terroir aqu atiqu e. ! 57
 Th ém atiqu es cou vertes
par les équ ipes de rech erch e
(jan vier 2007)

L
es différen tes u n ités et
équ ip es de rech erch e
ap p araissen t dan s le texte
de ce dossier son t con sign ées dan s
le tableau ci-dessou s.
1. Biodiversité et fon ction n em en t
des écosystèm es aqu atiqu es
2. Pêch e : diagn ostic et ap p u i
à la gestion
3. Aqu acu ltu re : en jeu x et
évolu tion s
4. Qu alité de la ressou rce et
biosu rveillan ce
5. En jeu x écon om iqu es,
am én agem en t, p olitiqu es
p u bliqu es et ou tils de gou vern an ce

Unité 1 2 3 4 5
IFR 129 Écosystèm es aquatiques - Arm and Sabatier
(Cem agref, Cirad, CNRS, Ifrem er, IRD, UM1, UM2) • • • • •
FrançoisValette
BOME Départem ent de biologie des organism es m arins exploités
(Ifrem er) • •
Évelyne Bachère
EA 3766 GESTER Gestion des sociétés, des territoires et des risques
(UM3) •
Jean-Marie Miossec
UMR 5112 CEPEL Centre d’Études Politiques de l’Europe Latine
(CNRS/ UM1) •
H ubert Peres
CRH Centre de Recherche Halieutique m éditerranéenne et tropicale
(IRD, Ifrem er, UM2) • • •
Philippe Cury
EA 2039 LASER/CEP Laboratoire des sciences économ iques de Richter / Centre d’Étude et de Projets
(UM1) •
Jacques Percebois
EA 3678 IMAGES Institut de Modélisation et d’Analyse en Géo-Environnem ents et Santé
(UPVD) • • •
Philippe Cury
LER/LR Laboratoire Environnem ent Ressources en Languedoc-Roussillon
(Ifrem er) • • • •
Thierry Laugier
HMT Laboratoire Ressources Halieutiques Sète
(Ifrem er) • • •
Gildas Le Corre
UMS 2348 École interne EI38 UPMC Observatoire océanologique de Banyuls-sur-Mer
(CNRS, UPMC) • • •
Philippe Lebaron
UMR 5110 CEFREM Centre de Form ation et de Recherche sur l’Environnem ent Marin
(UPVD, CNRS) • •
Serge H eussner
UMR 5119 ECOLAG Écosystèm es Lagunaires
(UM2, CNRS, Ifrem er) • • • • •
Marc Troussellier
UMR BI ISEM
(UM2/ CNRS)
Jean-Christophe Auffray •
Départem en t Biologie In tégrative
François Bonhomme
UMR 5474 LAMETA Laboratoire Montpelliérain d’Econom ie Théorique et Appliquée
(CNRS, UM1, Mon tp ellier Su p Agro, In ra) • •
Marc W illinger/FrançoisValette
UMR 7621 Laboratoire d’Océanographie Biologique de Banyuls
(CNRS, UPMC) • •
Antoine Grémare
Écosystèm es aquatiques

UMR 5474 LAMETA Laboratoire Montpelliérain d’Econom ie Théorique et Appliquée

(CNRS, UM1, Mon tp ellier Su p Agro, In ra) • •
Marc W illinger/FrançoisValette
UMR 7628 Modèles m arins en biologie cellulaire et évolutive
(CNRS, UPMC) • •
Gilles Bœuf

58
 Unité 1 2 3 4 5
UMR 5244 - Biologie et Écologie Tropicale et Méditerranéenne
(CNRS, EPHE, UPVD)
André Théron • •
Équ ipe « récifs corallien s »
René Galzin
UMR HydroSciences
(CNRS, IRD, UM1, UM2) • •
Éric Servat
UPR 20 Aquaculture et Valorisation des ressources aquatiques »
(Cirad) • • •
Jérôme Lazard
UR 070 RAP Réponses adaptatives des populations et des peuplements de poissons aux pressions de l’environnement
(IRD) • •
Raymond Lae
UR 097 ECO-UP Interactions et dynam iques spatiales des ressources renouvelables
dans les écosystèm es d’up w elling
(IRD) • •
Pierre Fréon
UR 109 THÉTIS Thons tropicaux et écosystèm es pélagiques : taxies, interactions et stratégies d’exploitation
(IRD) • • •
Francis Marsac
UR 167 CYROCO Cyanobactéries des m ilieux aquatiques tropicaux peu profonds : rôles et contrôles
(IRD) • • •
Robert Ar fi
UR 175 Caviar Caractérisation et valorisation de la diversité ichtyologique pour une aquaculture raisonnée
(IRD) • • •
Marc Legendre
US 007 OSIRIS Observatoire et systèm es d’inform ation des pêches tropicales
(IRD) •
Pierre Chavance

l’IFR 129
« Écosystèmes Aquatiques - L’IFR 129 a été renouvelé en 2007. Il s’inscrit dans la continuité
du précédent, dont il conserve les grandes orientations. Le

Armand Sabatier »
La création de l’IFR 129 en 2003 pour 4 ans (D irecteur :
M.Troussellier) a été motivée par le souci de mettre en synergie
les travaux des organismes montpelliérains de recherche et
d’enseignement supérieur dont les activités concernaient
essentiellement l’étude des milieux aquatiques et de leurs ressources
vivantes, à diverses échelles, des communautés aux écosystèmes, et à
divers degrés d’anthropisation, entre systèmes naturels et artificiels.
Ses principaux objectifs scientifiques sont de contribuer à :
! Observer et comprendre les mécanismes de l’impact
des perturbations et forçages anthropiques sur le
fonctionnement des écosystèmes, pour repérer jusqu’à quel
niveau de perturbation ces systèmes peuvent continuer à assurer
l’essentiel des « services » qui en sont attendus (contribution
à l’équilibre des cycles biogéochimiques, production stable de
ressources, , épuration naturelle,… ) ;
! Comprendre le rôle de la biodiversité (végétale, animale,
microbienne) sur la stabilité des écosystèmes en question (résistance
et résilience) ;
! Analyser dans des conditions environnementales
fluctuantes et variées l’évolution de la relation structure/
fonction des communautés observées. D ifférencier les
mécanismes de réponse aux perturbations qui sont communs à tous
les systèmes de ceux qui sont « système-dépendants », à travers la
comparaison des divers contextes étudiés par les partenaires de
l’IFR : tempéré vs tropical, naturel vs artificiel…
nouveau projet tendra à accroître les interactions entre l’IFR
et ses autres partenaires potentiels au niveau régional pour les
questions d’environnement et de développement durable, qu’ils
soient scientifiques ou représentants d’autres acteurs (entreprises,
collectivités territoriales… ). Il propose aussi de renforcer les actions
de coopération interdisciplinaire.
Les 15 unités constituantes de l’IFR 129 sont les suivantes :
! Écosystèmes lagunaires : organisation biologique et
fonctionnement (UM2/CN RS/Ifremer)
! Laboratoire Montpelliérain d’Economie Théorique et Appliquée
(UM1)
! Laboratoire des sciences économiques de Richter /
Centre d’Étude et de Projets (UM1)
! O bservatoires et Systèmes d’Information des PêchesTropicales
(IRD )
! Structuration et fonctionnement des écosystèmes d’upwelling
exploités (IRD )
! Thons tropicaux et écosystèmes pélagiques : taxies, interactions,
stratégies d’exploitation (IRD )
! Réponses adaptatives des poissons aux pressions de
l’environnement (IRD )
! Caractérisation et valorisation de la diversité ichtyologique pour
une aquaculture raisonnée (IRD )
! Cyanobactéries des milieux aquatiques tropicaux peu profonds.
Rôle et contrôle (IRD )
! Ressources Halieutiques (Ifremer)
! Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc-Roussillon
Écosystèm es aquatiques

! Développer et approfondir la coopération entre les
chercheurs des sciences dites « dures » de l’environnement
et les autres, dites « de contexte ». Cet objectif, déjà poursuivi
avec de bons résultats lors du premier mandat de l’IFR, sera
conservé dans le cadre de son renouvellement. Cette collaboration
développera les synergies entre les approches « scientifiques » et
« sociétales » en associant de nouveaux acteurs.
(Ifremer)
! Laboratoire Biologie des espèces marines exploitées (Ifremer)
! UR Hydrobiologie (Aix-en-Provence), équipe « Écosystèmes
lacustres », Montpellier (Cemagref)
! Aquaculture et gestion des ressources aquatiques (Cirad)
! Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier (UM2/CN RS)
59
Directeur : FrançoisValette, valette@lameta.univ-montp1.fr
 C . Parel © IRD

O. Barbaroux © Ifremer

Les form ation s

à Agropolis In tern ation al

Photo principale : en octobre 2004, les chercheurs d e l’IRD Guyane sont

allés à la rencontre d es populations d u littoral guyanais. Des anim ations
Écosystèm es aquatiques

- approche d e la téléd étection notam m ent - m enées en partenariat avec

l’ONCFS (Office National d e la Chasse et d e la Faune Sauvage) ont été
présentées aux scolaires d e trois com m unes d e l’Est Guyanais : Régina,
Cacao et Roura. Ici à l’école prim aire d e Régina.

60
En vignette : Étud e d e la croissance et d e la reprod uction d e la perche
d u Nil d ans une ferm e aquacole d e la Mée en Côte d ’Ivoire.
 Les form ation s
à Agrop olis In tern ation al
dans le dom aine des écosystèm es aquatiques

A grop olis In tern ation al,

au travers de ses
établissem en ts m em bres,
u n iversités et écoles d’in gén ieu rs
(et in stitu tion s sp écialisées dan s la
form ation con tin u e), p rop ose u n e
offre de form ation com p lète.
Cela rep résen te p lu s de
80 form ation s diplôm antes
(de bac +2 à bac +8 : technicien,
ingénieur, licence, m aster, doctorat...)
ain si qu’u n e cen tain e de m odu les
de form ation con tin u e (p réexistan ts
ou à la carte).
Les tableaux présen tés ci-après
détaillen t les form ation s relevan t
du dom ain e des écosystèm es
aquatiques. Ils précisen t les n iveaux
de diplôm es, les in titulés des
form ation s et les établissem en ts
opérateurs.

Les formations diplômantes

Niveau Diplôme Intitulé de la formation Établissement
Bac +2 DU Tech n icien sp écialisé en aqu acu ltu re UM2- CREUFOP
Cadre op ération n el de gestion des en trep rises d’aqu acu ltu re et des
Bac +4 DESTA CNAM, UM2
activités associées
DU Ch ef de p rojet en aqu acu ltu re UM2 - CREUFOP
Scien ces et tech n ologies - Men tion En viron n em en ts Méditerran éen s
UPVD
Master et Dévelop p em en t Du rable
recherche Scien ces et tech n ologies - Men tion Scien ces de l’u n ivers,
UPMC / Observatoire
en viron n em en t, écologie - Sp écialité « Océan ograp h ie
Biologiqu e de Ban yu ls
en viron n em en t m arin »

Bac +5 Scien ces et tech n ologies - Men tion Biologie, Géoscien ces,
Agroressou rces, En viron n em en t - Sp écialité « Bioressou rces UM2
aqu atiqu es en en viron n em en t m éditerran éen et trop ical »
Master Scien ces et tech n ologies - Men tion En viron n em en ts Méditerran éen s
UPVD
Professionnel et Dévelop p em en t Du rable
Scien ces et tech n ologies - Men tion Scien ces de l’u n ivers,
UPMC / Observatoire
en viron n em en t, écologie - Sp écialité « Océan ograp h ie
Biologiqu e de Ban yu ls
en viron n em en t m arin »
Différen tes Écoles Doctorales p erm etten t la p rép aration d’u n
Bac +8 Doctorat Doctorat en lien avec la th ém atiqu e « Écosystèm es aqu atiqu es »
(cf in fra)
Écosystèm es aquatiques

61
 Les form ation s à Agrop olis In tern ation al

Formations centrées sur d’autres thématiques

dont des composantes significatives portent sur la thématique « Écosystèmes aquatiques »

Niveau Diplôme Intitulé de la formation Établissement

Biologie UM2
Scien ces de la terre et de l’en viron n em en t UM2
Bac +3 Licence
Biologie - En viron n em en t - Évolu tion UPVD
Géoscien ces UPVD
Scien ces et tech n ologies - Men tion Biologie, Géoscien ces,
Agroressou rces, En viron n em en t - Sp écialités « Ecologie, Biodiversité, Mon tp ellier Su p Agro,
Evolu tion », « Fon ction n em en t des écosystèm es n atu rels et cu ltivés » UM2
Master et « Terre, eau , en viron n em en t »
recherche Scien ces de la vie et de la terre
EPHE
Sp écialité « En viron n em en t et gestion de la biodiversité »
Scien ces et tech n ologies - Men tion Biologie in tégrative et
UPMC / Observatoire
p h ysiologie - Sp écialité “Biologie et p h ysiologie com p arées,
Biologiqu e de Ban yu ls
adap tation au m ilieu”
Droit, Scien ces p olitiqu es - Men tion En viron n em en t-Risqu es ou
Scien ces et tech n ologies - Men tion Biologie, Géoscien ces,

Agroressou rces, En viron n em en t ou Scien ces de l’Hom m e, UM1, UM2, UM3

des Territoires et des Sociétés - Men tion Dyn am iqu e sp atiales,
gestion des territoires et en viron n em en t
Bac +5 Sp écialité « Gestion des littorau x et des m ers »
Scien ces de l’Hom m e, des Territoires et des Sociétés - Men tion
Dyn am iqu e sp atiales, gestion des territoires et en viron n em en t
UM3
- Sp écialités « Tou rism e du rable, écotou rism e » et « Gestion des
Master catastrop h es et des risqu es n atu rels »
Professionnel Scien ces de l’Hom m e, des Territoires et des Sociétés - Men tion
In gén ierie territoriale, sociale et u rbain e UM3
Sp écialité « Territoires de l’u rbain »
Scien ces et tech n ologies - Men tion Biologie, Géoscien ces,
Agroressou rces, En viron n em en t Cirad, UM2
Sp écialités « Produ ction s an im ales en région s ch au des »
Agron om ie et Agroalim en taire - Men tion « Produ ction s an im ales en Cirad, Mon tp ellier
région s ch au des » Su p Agro
Scien ces de la vie et de la terre - Sp écialité « En viron n em en t et
EPHE
gestion de la biodiversité »

Les formations courtes non diplômantes

Modules courts de formation

Établissement Intitulé
Aqu acu ltu re trop icale (2 sem ain es)
Cirad
Con trôle offi ciel des p rodu its de la p êch e (7 jou rs)
AgroParisTech -
Con n aître et gérer les zon es h u m ides (form ation à distan ce)
ENGREF, CNED
BIOMA : Ecologie m éditerran éen n e m arin e et terrestre (18 jou rs)
UPMC / Observatoire
BIOPROME : Biodiversité des p rodu cteu rs p rim aires en Méditerran ée
Écosystèm es aquatiques

Biologique de Banyuls
(m acrop h ytes, p h ytop lan cton ) (18 jou rs)
De la m ouche de pêche à l’écologie des cours d’eau : les in vertébrés aquatiques et leur habitat (5 jours)
Directive Cadre su r l’eau : les m acro-in vertébrés ben th iqu es (5 jou rs)
Montpellier SupAgro Le p atrim oin e n atu rel dan s la gestion des rivières (5 jou rs)
Lectu re de rivière : le cou rs d’eau , su p p ort d’édu cation à l’en viron n em en t (5 jou rs)
62
Qu alité de l’eau et écologie des rivières (5 jou rs)
 Écoles doctorales en rapport avec le thème
des écosystèmes aquatiques et de leurs ressources
D. Lacroix © Ifremer
D’
u n e du rée de trois an s,
le doctorat san ction n e
u n travail de rech erch e
dan s u n laboratoire. Tou t étu dian t
s’in scrivan t en doctorat est en ou tre
rattach é à u n e École Doctorale (ED).
Les ED regrou p en t les u n ités de
rech erch e ou laboratoires d’accu eil
au tou r de gran des th ém atiqu es.
Elles on t p ou r m ission , ou tre
l’en cadrem en t scien tifiqu e direct des
doctoran ts, d’offrir des com p lém en ts
de form ation ap p ortés sou s form e
de sém in aires et con féren ces
scien tifiqu es, de m odu les de
form ation p en dan t les trois an n ées
de p rép aration de la th èse. Ces
m odu les on t p ou r bu t d’am éliorer la
form ation scien tifiqu e des doctoran ts
et de m ieu x p rép arer leu r aven ir
p rofession n el.
Conta cts et
coordonnées
École doctorale « Systèmes intégrés en
biologie, agronomie, géosciences, hydros-
ciences et environnement » (SIBAGHE)
(UM2,AgroParisTech-Engref,
Montpellier SupAgro, UM1,
UPVD, Université d’Avignon)
Reponsable : Bernard Godelle, UM2,
Bernard.Godelle@univ-montp2.fr
Fax: +33 (0)4 67 14 46 46
www.sibaghe.univ-montp2.fr
Un e école doctorale est
p rin cip alem en t con cern ée p ar
la th ém atiqu e « Écosystèm es
aqu atiqu es » :
École doctorale
« Systèm es intégrés en
biologie, agronom ie,
géosciences, hyd rosciences
et environnem ent »
(SIBAGHE)
Cette n ou velle ED est u n e école
de l’Un iversité Mon tp ellier 2,
co-accréditée avec l’AgroParisTech
- ENGREF, Mon tp ellier Su p Agro,
l’Un iversité Mon tp ellier 1,
l’Un iversité de Perp ign an Via
Dom itia et l’Un iversité d’Avign on .
Elle résu lte de la fu sion des
an cien n es ED « Biologie des
systèm es in tégrés, agron om ie,
en viron n em en t » (BSIAE) et « Terre,
Eau , Esp ace » (TEE).
Elle in siste p articu lièrem en t su r les
in teraction s et l’in tégration dan s les
systèm es biologiqu es.
Ses dom ain es d’in terven tion
con cern en t :
! la biologie in tégrative des p lan tes
! les écosystèm es
! l’évolu tion , l’écologie, les
ressou rces gén étiqu es, la
p aléon tologie
! la m icrobiologie/ p arasitologie
! les eau x con tin en tales et la société
! les géoscien ces.
De n om breu x asp ects de ces
dom ain es con cern en t les p rocessu s
biologiqu es im p liqu és dan s les
qu estion s d’en viron n em en t :
biodiversité, dévelop p em en t du rable,
ch an gem en ts globau x.
Ce ch am p d’activité et les objectifs
de form ation con du isen t à
in clu re dan s les p rojets de l’ED
la form ation des étu dian ts à
l’in teraction avec d’au tres ch am p s
discip lin aires : biologie de la san té,
gén ie alim en taire, m ath ém atiqu es,
scien ces sociales, scien ces ju ridiqu es,
scien ces écon om iqu es et de gestion ,
géograp h ie.
Écosystèm es aquatiques
L’ED accu eille en viron 100 n ou veau x
doctoran ts p ar an . !
63
Écosystèm es aquatiques

Table d ’élevage conchylicole sur l’étang d u Prévôt

64
d e Palavas-les-Flots (Hérault, France)
O. Barbaroux © Ifremer
Liste des acron ym es
et abréviation s
ADCP : Acou stic Doppler Cu rren t Profi ler
ADIOS : Atm osph eric Deposition an d Im pact of pollu an ts,
k ey elem en ts an d n u trien ts on th e Open Mediterran ean Sea
AEP : Ap p roch e écosystém iqu e des p êch es
AMHY : Alpin e an d Mediterran ean Hydrology
ANR : Agen ce Nation ale de la Rech erch e
AOC : Afriqu e de l’Ou est et Cen trale
AQUAETREAT : Im provem en t an d in n ovation of Aqu acu ltu re
Effl u en t TREATm en t tech n ology
BIOMEM : Bio-An alyse et Mem bran es
BDSI : Biop h ysiqu e et dyn am iqu e des systèm es in tégrés
BOME : Biologie des Organ ism es Marin s Exp loités
BSIAE : Biologie des systèm es in tégrés, agron om ie,
en viron n em en t
CABLE : Caractérisation Biogéoch im iqu e de
L‘En viron n em en t m arin
Caviar : Caractérisation et valorisation de la diversité
ich tyologiqu e p ou r u n e aqu acu ltu re raison n ée
CDL : Cyclin -Depen den t Kin ase
CEFAS : Cen tre for En viron m en t, Fish eries & Aqu acu ltu re
Scien ce (G.B.)
CEFREM : CEn tre de Form ation et de Rech erch e su r
l’En viron n em en t Marin
CEPEL : Cen tre d’Étu des Politiqu es de l’Eu rop e Latin e
CEPRALMAR : Cen tre d‘Étu des et de Prom otion des
Activités Lagu n aires et Maritim es du Rou ssillon
CERESCOR : Cen tre d’Étu des et de Rech erch es Scien tifi qu es
de Con akry-Rogban é (Gu in ée)
CICTA : Com m ission In tern ation ale p ou r la Con servation
des Th on idés de l’Atlan tiqu e
Cirad : Cen tre de coop ération in tern ation ale en rech erch e
agron om iqu e p ou r le dévelop p em en t
CSIRO : Eu ropean Laboratory Com m on w ealth Scien tifi c an d
In du strial Research Organ isation Division of En tom ology
CNED : Cen tre n ation al d’en seign em en t à distan ce
CNRS : Cen tre Nation al de la Rech erch e Scien tifi qu e
CNSHB : Cen tre Nation al des Scien ces Halieu tiqu es de
Bou ssou ra (Gu in ée)
CREUFOP : Service de form ation p rofession n elle con tin u e
de l’UM2
CRH : Cen tre de Rech erch e Halieu tiqu e m éditerran éen et
trop icale
CRISP : In itiative Corail dan s le Pacifi qu e Su d
CSIC-ICM : Cen tro scien tifi co d’in vestigacion e cien tifi cas -
In stitu t de Cièn cies del Mar de Barcelon a (Esp agn e)
CTD : Con du ctivity, Tem peratu re, Depth
CYROCO : Cyan obactéries des m ilieu x aqu atiqu es trop icau x
p eu p rofon ds : rôles et con trôles
DATAR : Délégation à l’am én agem en t du territoire et à
l’action région ale
DCE : Directive Cadre Eu rop éen n e su r l’Eau
DCP : Disp ositifs Con cen trateu rs de Poisson s
DESTA : Dip lôm e d’Étu des Su p érieu res des Tech n iqu es
Aqu acoles
DIREN LR : Direction région ale de l’en viron n em en t du
Lan gu edoc-Rou ssillon
DITTY : Developm en t of an In form ation Tech n ology Tools for
th e m an agem en t of Sou th ern Eu ropean lagoon s
DYFAMED : Dyn am iqu e des Flu x Atm osp h ériqu es en
MEDiterran ée
DU : Dip lôm e u n iversitaire
EA : Équ ip e d’accu eil
ECOLAG : Écosystèm es Lagu n aires
ECO-UP : Écosystèm es d’u pw ellin g
ECOST : Ecosystem s, Societies, Consilience, Precautionary
principle: developm ent of an assessm ent m ethod of the societal
cost for best fi shing practices and effi cient public policies
ED : École doctorale
ENSAR : École su p érieu re agron om iqu e de Ren n es
ENSAT : École Nation ale Su p érieu re Agron om iqu e de
Tou lou se
EPHE : École Pratiqu e des Hau tes Étu des
Espace : Exp ertise et sp atialisation des con n aissan ces en
en viron n em en t
EVAD : Évalu ation de la Du rabilité de l’Aqu acu ltu re
FADIO : Fish Aggregatin g Devices as In stru m en ted
Observatories of pelagic ecosystem s
FAO : Food & Agricu ltu re Organ isation (organ isation des
Nation s Un ies p ou r l’alim en tation et l’agricu ltu re)
GAMET : Grou p e aqu acu ltu re con tin en tale
m éditerran éen n e et trop icale
GDR : Grou p em en t de rech erch e
GESTER : Gestion des sociétés, des territoires et des risqu es
GIZC : Gestion In tégrée des Zon es Côtières
GRRAS : Tow ards elim in ation of Grow th Retardation in
m arin e Recircu lation Aqu acu ltu re System s for tu rbot
HERMES : Hotspot Ecosystem Research on th e Margin s of
Eu ropean Seas
HSM : HydroScien ces Mon tp ellier
ICRAM : In stitu to Cen trale per la Ricerca scien tifi ca e
tecn ologica Applicata al Mare (Italie)
IEO : In stitu to Españ ol de Ocean ografía (Esp agn e)
IFR : In stitu t Fédératif de Rech erch e
Ifrem er : In stitu t fran çais de rech erch e p ou r l’exp loitation
de la m er
IMAGES : In stitu t de Modélisation et d’An alyse en Géo-
En viron n em en ts et San té
IMMUNAQUA : An tim icrobial im m u n e effectors in m arin e
in vertebrates: ch aracterisation an d application for disease
con trol in aqu acu ltu re
Inra : In stitu t n ation al de la rech erch e agron om iqu e
INRH : In stitu t Nation al de Rech erch e Halieu tiqu e (Maroc)
Écosystèm es aquatiques
INSTM : Institut National des Sciences et Technologies
de la Mer (Tunisie)
IRD : In stitu t de Rech erch e p ou r le Dévelop p em en t
ISEM : In stitu t des scien ces de l’évolu tion de Mon tp ellier
ISTAM : Im provin g scien tifi c an d tech n ical advices for
fi sh eries m an agem en t
65
 Marquage d e crevettes
en m er (Penaeus Notialis,
m ensuration d e la longueur d u
céphalothorax). Mauritanie
IUEM : In stitu t Un iversitaire Eu rop éen de la Mer
LALR : Laboratoire Aqu acu ltu re Lan gu edoc-Rou ssillon
LAM : Laboratoire Aqu acu ltu re de la Martin iqu e
LAMETA : Laboratoire Mon tp elliérain d’Econ om ie
Th éoriqu e et Ap p liqu ée
LASER/ CEP : Laboratoire des scien ces écon om iqu es de
Rich ter/ Cen tre d’Étu des de Projets
LEFE-CYBER : Cycles Biogéoch im iqu es, En viron n em en t et
Ressou rces
LEGEM : Laboratoire d’Études des Géo-Environnem ents Marins
LER/ LR : Laboratoire En viron n em en t Ressou rces en
Lan gu edoc-Rou ssillon
LOBB : Laboratoire d’Océan ograp h ie Biologiqu e de Ban yu ls
MARBEF : Marin e Biodiversity an d Ecosystem Fu n ction in g
MATE : Min istère de l’Am én agem en t du Territoire et de
l’En viron n em en t
MEDAR/ MEDATLAS : Mediterran ean Data Arch aeology an d
Rescu e
MEDD : Min istère de l’Ecologie, du Dévelop p em en t et de
l’Am én agem en t Du rables
MEDICIS : MEDiterran ean Con tam in an ts In tegrated Su rvey
MEDIMEER : Mediterran ean Platform for Marin e Ecosystem
Experim en tal Research
MEPP : Modèle d’écon om ie p h ysiqu e et de p rosp ective
MNHN : Mu séu m n ation al d’Histoire n atu relle
MOD : Matière Organ iqu e Dissou te
ORME : Observatoire Région al Méditerran éen su r
l’En viron n em en t
OSIRIS :Observatoire et systèmes d’information des pêches tropicales
OSU : Observatoire des scien ces de l’u n ivers
PEARL : Piscicu ltu re en Eau Recyclée Lagu n ée
PNEC : Program m e n ation al d’en viron n em en t côtier
Écosystèm es aquatiques
PNRPE : Évalu ation de l’im p act des p ertu rbateu rs
en docrin ien s su r les m ilieu x aqu atiqu es
POEM-L2R : Plate-form e d’Observation de l’En viron n em en t
Méditerran éen - Littoral Lan gu edoc-Rou ssillon
PROOF : PROcessu s biogéoch im iqu es dan s l’Océan et Flu x
RAP : Rép on ses adap tatives des p op u lation s et p eu p lem en ts
66
de p oisson s au x p ression s de l’en viron n em en t
F. Lhomme © IRD
RCA : Research Cen ter for Aqu acu ltu re
REMI : Réseau du con trôle m icrobien
REMORA : REseau MOllu squ es des Ren dem en ts Aqu acoles
REPAMO : REseau de PAth ologies des MOllu squ es
REPHY : REseau de su rveillan ce du PHYtop lan cton
RINBIO : Réseau in ter-région al su r les in tégrateu rs
biologiqu es
ROCCH : Réseau d’Observation de la Con tam in ation
Ch im iqu e du m ilieu m arin
SARI : Systèm e Aqu acole à Recyclage In ten sif
SCOT : Sch ém a con certé d’organ isation du territoire
SESAME : Sou th ern Eu ropean Seas: Assessin g an d Modellin g
th e ch an ges in Ecosystem s
SFA : Seych elles Fish in g Au th ority
SHS : Scien ces Hu m ain es et Sociales
SIG : Systèm e d’In form ation Géograp h iqu e
SMBT : Syn dicat m ixte du bassin de Th au
SMEL : Station Méditerran éen n e de l’En viron n em en t
Littoral
SYSCOLAG : Systèm es Côtiers et Lagu n aires
SPICOSA : Scien ce Policy In tegration for Coastal System
Assessm en t
TEE : Terre, Eau , Esp ace
TES : Tableau en trées-sorties
THETIS : Th on s trop icau x et Écosystèm es p élagiqu es :
taxies, In teraction s et Stratégies d’exp loitation
UM1 : Un iversité Mon tp ellier 1
UM2 : Un iversité Mon tp ellier 2
UM3 : Un iversité Mon tp ellier 3
UMR : Un ité Mixte de Rech erch e
UMS : Un ité Mixte de Service
UNESCO : Organ isation des Nation s Un ies p ou r l’édu cation ,
la scien ce et la cu ltu re
UPMC : Un iversité Pierre et Marie Cu rie Paris 6
UPR : Un ité Prop re de Rech erch e
UPVD : Un iversité de Perp ign an Via Dom itia
UR : Un ité de Rech erch e
US : Un ité de Service
 Cette publication a été réalisée
avec le soutien de l’État et de la
Region Languedoc-Roussillon.
Les organismes membres et
partenaires d’Agropolis International
impliqués dans ce dossier

AgroParisTech/Engref
www.agroparistech.fr
Cem agref
www.cem agref.fr
Cirad
www.cirad.fr
CNAM
www.cn am .agropolis.fr
CNRS
www.cn rs.fr
EPHE
www.ephe.sorbon n e.fr
Ifrem er
www.ifrem er.fr
Inra
www.in ra.fr
IRD
www.ird.fr
MNHN
www.m n hn .fr
Montpellier SupAgro
www.supagro.fr
Partenaires

UM1
www.un iv-m on tp1.fr
UM2
www.un iv-m on tp2.fr
UM3
www.un iv-m on tp3.fr
UMPC
www.um pc.fr Dans la même collection
Université Perpignan via Domitia
www.un iv-perp.fr

Directeur de la publication : Hen ri Carsalade

Réalisation : Isabelle Am sallem (Agropolis Production s)

et Den is Lacroix (Ifrem er/ Agropolis In tern ation al)

Coordinateur scientifique : Den is Lacroix

Ont participé à ce numéro : Robert Arfi, Jean-Christophe Auffray,

Evelyn e Bachère, Etien n e Baras, Jean Barret,
Jean -Fran çois Baroiller, Jean -Paul Blan cheton ,
Jean -Marie Boisson , Fabien Boulier, Gilles Bœ uf,
Septem bre 2005
Jean -Fran çois Boyer, Fran çois Bon hom m e, Marc Bouvy,
24 pages 60 pages 56 pages
Claude Casellas, Jérém y Celse, Béatrice Chatain ,
Fran çais et An glais Fran çais et An glais Fran çais et An glais
Pierre Chavan ce, Guy Claireaux, Philippe Cury, Lauren t Dagorn ,
Hervé Dem arcq, Than g Do Chi, Jean -Pierre Doum en ge,
Geoffroy En jolras, Jack Falcón , An n ie Fian drin o,
Pierre Fréon , Ren é Galzin , Sylvain Gilles, Bern ard Godelle,
Catherin e Goyet, An toin e Grém are, Serge Heussn er, Fabien Joux,
Raym on d Lae, Thierry Laugier, Valérie Lavaud-Letilleul,
Jérôm e Lazard, Xavier Lazzaro, Philippe Lebaron ,
Gildas Le Corre, Jean Le Fur, Marc Legen dre,
Philippe Len fan t, Lion el Loubersac, Fran cis Marsac,
Syn dhia Mathé, Jean -Marie Miossec, Behzad Mostajir,
Christian Mullon , Jacques Percebois, Hubert Peres,
Hélèn e Rey-Valette, Eric Servat, An dré Théron ,
Marc Troussellier, Pierre Valarié, Fran çois Valette,
Lauren ce Vicen s, Guy Vidy, Marc Willin ger
Mars 2007 Mars 2007 Octobre 2007
Corrections : Isabelle Am sallem , Den is Lacroix,
60 pages 64 pages 68 pages
David Man ley, Michel Salas, Nathalie Villem ejean n e
Fran çais et An glais Fran çais et An glais Fran çais et An glais
Remerciements pour l’iconographie :
Olivier Barbaroux (Ifrem er), tous les auteurs Les dossiers d’Agropolis International
et la base In digo (IRD)
La série des « dossiers d’Agropolis International » est une des productions d’Agropolis International
Conception, mise en page et infographie : dans le cadre de sa mission de promotion des compétences de la communauté scientifique.
Olivier Piau (Agropolis Production s)
Écosystèm es aquatiques

Chacun de ces dossiers est consacré à une grande thématique scientifique.

agropolisprodu ction s@oran ge.fr
O n peut y trouver une présentation synthétique et facile à consulter de tous les laboratoires,
Impression : Les Petites Affiches (Mon tpellier) équipes et unités de recherche présents dans l’ensemble des établissements d’Agropolis
International et travaillant sur la thématique concernée.

ISSN : 1628-4240 • Dépot légal : Octobre 2007
L’objectif de cette série est de permettre à nos différents partenaires d’avoir une meilleure
lecture et une meilleure connaissance des compétences et du potentiel présents dans notre
communauté mais aussi de faciliter les contacts pour le développement d’échanges et de
coopérations scientifiques et techniques.
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Photo couverture : Élevage de cu ltu re d’h u îtres p erlières su r la côte de l’île
de Haîn an , Ch in e 1991 - O. Barbarou x © Ifrem er