TD Ecologie indices de biodiversité :

Qu’est-ce que la biodiversité ?

Désigne la multitude des espèces et des écosystèmes sur Terre ainsi que les processus écologiques
dont ils font partie

Elle se divise en trois composantes : la diversité des écosystèmes, des espèces et des gênes

Ecosystème : subdivision de la biosphère constituée d’un réseau trophique et du biotope où il se

déploie.

Communauté/peuplement : ensemble d’espèces (individus interféconds et majorité caractéristiques

communes) qui :
- Coexistent localement dans un même milieu
- Appartiennent à un même niveau taxonomique (règne, embranchement, classe…)
- Exploitent le même type de ressources ou liées par des relations de prédation

Population : ensemble d’individus de même espèce qui vivent dans un écosystème donné

Individu (organisme)

Les indices de diversité biologique

 La richesse spécifique (S) d’une communauté est la mesure de diversité la plus simple

S= nombre total d’espèces observées (en valeur absolue ou par unité de surface ou de volume)

 L’abondance totale (N) : nombre total d’individus

Pour A :
N= 8
S=2

Pour B :
S=4
N=8

Donc B est plus diversifié que A car il contient deux fois plus d’espèces.
 S=3 et N=13 S=4 et N=15

Donc normalement la communauté B devrait être plus diversifiée que la communauté A. Elle
contient en effet plus d’espèces mais semble en fait moins diversifiée.

Hypothèse : présence d’une espèce dominante (coccinelle) qui entraine la rareté des autres

Dans la communauté B, une espèce est dominante, mais entraine-elle vraiment la rareté des autres ?

Ces indicateurs à paramètre unique ne sont pas suffisamment représentatifs de la biodiversité et de

ses dynamiques

Indice de Simpson (D) : indice de dominance

Probabilité que 2 individus sélectionnés au hasard appartiennent à la même espèce

1 : une seule espèce présente (dominance complète)

0 : grand nombre d’espèces, chacune ne présentant qu’une très petite fraction du total (absence de
dominance)

D = ∑pi²

Avec pi : proportion de l’espèce i pi = ni/N

ni : nombre d’individus de l’espèce i

N : nombre total d’individus

Limites :

- Donne plus de poids aux espèces abondantes qu’aux espèces rares

- On ne peut comparer que des écosystèmes équivalents

Indice de Shannon-Weaver (H’):

H’= -∑ (pi x log2 pi) log2 A = log A / log 2

Cet indice varie de 0 à log2 S ( diversité théorique maximale)

Plus H’ est élevé (donc proche de log2 S), plus la diversité est grande

H’=0 si tous les individus d’une communauté appartiennent à une seule espèce
Si dans une communauté, chaque espèce est représentée par un seul individu, excepté une espèce
qui est représentée par tous les autres individus de la communauté
Calcul de l’indice de Shannon-Weaver, l’indice de Simpson :

H’= -∑ (pi x log2 pi)

Communauté Ni Pi= ni/N Log2pi -pi x log2pi Pi²

A
Coccinelle 4 4/13=0.307 -1.700 0.523 0.094
Papillon noir 5 5/13=0.384 -1.378 0.53 0.147
Libellule 4 4/13=0.307 -1.700 0.523 0.094
Sommess 13 H’=1.577 D=0.337
[0 ;1.58]

Communauté Ni Pi= Log2pi -pi x Pi²

B ni/N log2pi
Coccinelle 12 0.8 - 0.258 0.64
0.322
Papillon noir 1 0.066 -3.90 0.260 1/225
Papillon 1 0.66 -3.90 0.260 1/225
orange
Libellule 1 0.066 -3.90 0.260 1/225
Sommes 15 H’=1.039 D=0.65
[0 ;2] 3

La communauté la plus diversifiée est la communauté A car son indice de Shannon-Weaver est de
H’=1.576 alors que l’indice de Shannon-Weaver de la communauté B est de H’=1.038

Le maximum de diversité est atteint quand les espèces ont une répartition très régulière

Indice de Pielou (E) :

Les individus sont-ils équitablement répartis entre les espèces ?

Mesure l’équitabilité (la régularité) d’une distribution, compris entre :

0 (une seule espèce présente) et 1 (équitabilité de distribution des espèces maximale)

E = H’/log2S E<0.6 environnement perturbé

Il traduit le degré de diversité atteint par rapport au maximum théorique

Pour la communauté A : 1.576/1.58 = 0.998
Pour la communauté B : 1.039/2 = 0.519 EB < 0.6 donc environnement perturbé

Communauté B :

Environnement perturbé
Effet sur la diversité et la régularité de distribution des espèces ?

Communauté A :

Répartition des espèces beaucoup plus régulière

Biodiversité communauté A > communauté B

Diversités α et β

Diversité α = diversité intrahabitat, diversité dans un habitat uniforme de taille fixe

Diversité β = indice de similitude interhabitat

Consiste à comparer la diversité des espèces entre écosystèmes ou le long de gradients

environnementaux.

Permet de mesurer la différence entre communautés de 2 biotopes voisins

Complète l’étude de la diversité α et permet de rendre compte de la diversité à l’échelle d’une région

Indice de Sᴓrensen :

β= 2c/S1 + S2

c= le nombre d’espèces communes aux deux communautés

S1 : nombre total d’espèces enregistrées dans la 1ère communauté

S2 : nombre total d’espèces enregistrées dans la 2ème communauté

β=0 : pas d’espèces communes entre les 2 communautés

β=1 : les mêmes espèces existent dans les 2 communautés

Plus β est élevé, plus les similitudes sont importantes

Espèces végétales Site 1 Site 2

Espèce 1 0 1
Espèce 2 1 0
Espèce 3 1 0
Espèce 4 1 0
Espèce 5 0 1
Espèce 6 1 1

β = 2x1/4+3 = 0.286
 Espèces végétales Site 3 Site 4
Espèce 1 1 1
Espèce 2 1 1
Espèce 3 1 0
Espèce 4 1 0
Espèce 5 0 1
Espèce 6 1 1

Bêta = 2x3/5+4 = 0.667 Niveau de similitude + important

Si on se base uniquement sur la richesse spécifique : S site 1 = 5 et S site 2 = 3

Donc le site 1 serait le plus diversifié

Calcul de l’indice de Sørensen de la région X et de la région Y :

β région X = 2*4/5+4 = 0.889

β région y = 2*0/3+3 = 0

Donc la région X a le niveau de similitude le plus important

Exercice supplémentaire :

Soient deux communautés insulaires de lézards :

La communauté A comporte 3 espèces, représentées respectivement par 350, 320 et 230 individus
La communauté b comporte 4 espèces, représentées respectivement par 800, 60, 30 et 10 individus

Richesse spécifique :
S communauté A = 3
S communauté B = 4

Abondance totale :
N communauté A = 900
N communauté B = 900
Indice de Shannon-Weaver (H’)

Communauté Ni Pi= ni/N Log2pi -pi x log2pi

A
1er espèce 350 350/900=0.389 -1.363 0.530
2ème espèce 320 320/900=0.356 -1.492 0.530
3ème espèce 230 230/900=0.256 -1.968 0.503
Sommes 900 H’=1.563
[0 ;1.585]

Communauté Ni Pi= Log2pi -pi x

B ni/N log2pi
1ère espèce 800 0.889 - 0.151
0.170
2ème espèce 60 0.067 - 0.262
3.907
3ème espèce 30 0.034 - 0.167
4.907
4ème espèce 10 0.011 - 0.072
6.492
Sommes 900 H’=0.647
[0 ;2]

La communauté A est la plus diversifiée. En effet, son indice de Shannon-Weaver (H’=1.563) est
proche de la diversité théorique maximale (log2S=1.586) ce qui indique une forte diversité.

Cependant, concernant la communauté B, son indice H’=0.647 est loin de la diversité théorique
maximale (log2S=2) ce qui indique une faible diversité.