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Indices de similitude

Le calcul d'un coefficient de similitude permet de quantifier le degr d'association de deux espces d'oiseaux, ou encore le niveau de similitude entre de deux sites compte tenu de leur avifaune. On le calcule en comptant les occurences du couple d'espces considres. Espce 1 Prsente Absente Espce 2 Prsente Absente a c a+c b d b+d

Total a+b c+d a+b+c+d

Total

Dans ce tableau, N = ( a + b + c + d ) reprsente le nombre total de relevs. Il y a N1 = (a + c) relevs avec l'espce 1. Il y a N2 = (a + b) relevs avec l'espce 2. Les espces 1 et 2 sont simultanment prsentes dans a relevs (cooccurence). On ne trouve ni l'une ni l'autre dans d relevs (co-absence, qui est colgiquement non significative).

A priori, plusieurs mthodes de calcul d'indices sont envisageables.

L'indice de JACARD reprsente le nombre de cas de prsence simultane des deux espces considres, divis par le nombre de cas o au moins l'une des deux est prsente: IJacard = a / (a + b + c). Certains auteurs utilisent aussi l'indice de SORENSEN , assez similaire au prcdent, mais qui pondre par 2 le terme de co-occurence (a). Isorensen = 2a / (2a + b + c). L'indice de SOKAL et MICHENER reprsente le nombre de prsences ou d'absences simultanes divis par le nombre total de relevs: ISokal = (a + d ) / (a + b + c + d). Le coefficient de CORRELATION linaire s'obtient la relation: R = (ad - bc) / (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) Le terme (ad - bc) reprsente ici la diffrence du produit des prsences et absences simultannes moins le produit des prsences d'une seule espce la fois.

Remarquons que la premire mthode (Jacard) ne fait intervenir que les relevs dans lesquels au moins une des espces est prsente, la diffrence des deux suivantes qui utilisent l'information contenue dans tous les relevs. Cependant, il nous semble prfrable de ne pas interprter les cas d'absence simultane, non significatifs. C'est pourquoi le procd de Jaccard t retenu pour calculer la similarit des districts et des espces.

Similitude des sites dans le Vercors

Cet histogramme de distribution des valeurs d'originalit de l'avifaune des sites du Vercors montre que les sites dont l'originalit avifaunistique cumule dpasse 26 se font rares. (Rappelons que les coefficients sont ici tous multiplis par 1000). Dans le Vercors, l'originalit des sites est associe des altitudes leves.

Similitude des districts en Rhne Alpes

Avec une chelle d'analyse passant du site au district entier, on observe une distribution des cumuls d'originalit par rgion assez similaire au cas des sites d'coute ponctuels du Vercors, avec une distribution assymtrique. Etant donn que le nombre d'espces passe de 15 100 environ, le cumul est videmment plus lev. Un district se dmarque trs nettement, les Dombes, avec l' originalit avifaunistique la plus leve.

Mme en prenant en compte l'augmentation du nombre d'espces qui fait crotre l'originalit du district, certains d'entre eux se dtachent par leur originalit suprieure ce que leur seul nombre d'espces lasserait prvoir.