La microbiologie de l’environnement des plantes :

Est un domaine de la science qui étudié la communauté de micro-organismes qui vivent en

relation avec les plantes, avec la partie aérienne ou la phyllosphère et avec la partie racinaire
ou la rhizosphère.

La plupart des plantes accueillent diverses communautés microbiennes. Certains sont

bénéfiques pour la plante et ont un effet positif sur sa croissance et son développement
incluent les symbiotes (rhizobia, actinobactéries et champignons mycorhiziens) et les
saprophytes libres qui augmentent la disponibilité des nutriments et la synthèse des substances
de croissance des plantes et/ou suppriment les pathogènes. Et d'autres microorganismes
fonctionnent comme des agents phytopathogènes et une troisième catégorie ave des
interactions neutres sans effets.

Les plantes sont entourées de micro-organismes au niveau des graines, des racines et
des pousses. Il y a un continuum entre ces trois compartiments :

(1) les micro-organismes de la spermosphère proviennent à la fois des fleurs et de la

communauté microbienne du sol.

(2) les micro-organismes de la phyllosphère proviennent en partie du sol et de la

rhizosphère.

(3) les micro-organismes de la rhizosphère proviennent à la fois de la communauté

microbienne transmise par les graines et le sol.

Le recrutement de communautés microbiennes dans ces différentes sphères (La spermosphère,

la rhizosphère, la phyllosphère) repose sur un réseau de communication subtil entre la plante
et les micro-organismes. Cette communication joue un rôle majeur dans la sélection de
populations microbiennes spécifiques, et il y a de plus en plus de preuves que la plante hôte
est capable perturber les communications entre micro-organismes à son avantage. La plante
n'est pas une entité autonome, elle dépend des micro-organismes, au moins certains d'entre
eux, pour sa croissance, sa nutrition et sa santé.

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Figure 1. Diagramme schématique représentant les sources de micro-organismes associés aux différents
compartiments végétaux (spermosphère, rhizosphère et phyllosphère) et le continuum entre eux. Les micro-
organismes de la spermosphère sont recrutés à partir de fleurs, de fruits et de graines. (1) par voie interne, florale
ou externe et à partir des communautés du sol. (2) via la communication trophique et de signal ; micro-
organismes dans la rhizosphère est recrutée dans la spermosphère. (3) et des communautés vivant dans le sol via
la communication trophique et de communication. (4); les micro-organismes de la phyllosphère proviennent de
la graine et de la rhizosphère. (3, 5) mais principalement des communautés aéroportées sur leur capacité à
adhérer à la surface de la plante et à résister aux stress biotiques et abiotiques. (6). Schéma floral adapté de
Maude, R.B. (1996). Maladies transmises par les semences et leur contrôle : principes et pratique. Wallinford,
Oxon, Royaume-Uni : CAB International

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 Les micro-organismes de la spermosphère

La spermosphère a été mentionnée pour la première fois dans une étude sur les agents
pathogènes des semis de graminées fourragères, dans laquelle il a été noté que « le
développement de Fusarium culmorum dans l'environnement à proximité immédiate des
graines en germination était différent de celui du sol environnant. " Il a défini cette région
comme la « spermatosphère »

La spermosphère est aujourd'hui reconnue comme un site dynamique d'interactions

microbiennes, régi en grande partie par la nature et le flux des matériaux libérés des graines
lors de la germination. L'importance de cet habitat pour la microbiologie végétale devient plus
apparente et les efforts de recherche en biologie de la spermosphère devraient augmenter.

Figure : Schéma représente la spermosphère.

Les voies de transmission :

Les structures sexuellement dérivées de spermatophytes, est non seulement décisive

pour la transmission de matériel génétique d'une génération de plante à une autre mais est
également fortement liée à la transmission verticale de multiples micro-organismes allant des
agents favorisant la croissance des plantes aux microorganisme phytopathogènes. Ces micro-
organismes sont associés à différents compartiments de semences, tels que l'embryon, les
tissus de stockage et le tégument, représentant des micro-habitats distincts. La colonisation de
ces micro-habitats dépend fortement de la voie de transmission des graines utilisée par les
microorganismes

Trois principales voies de transmission :

1. La voie interne, dans laquelle les micro-organismes colonisent les graines en

développement via le xylème ou le tissu non vasculaire de la plante mère.

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 2. La voie florale, qui représente la colonisation microbienne des graines en
développement à travers la stigmatisation.
3. La voie externe, ce qui correspond à la colonisation des graines matures par contact
de la graine avec des micro-organismes situés sur les fruits ou les résidus de battage.

Les micro-organismes transmis par les voies interne et florale se trouvent généralement dans
tous les compartiments des graines, tandis que ceux transmis par la voie externe sont presque
exclusivement associés au tégument (Singh et Mathur, 2004).

La voie externe étant plus permissive que la voie interne ou florale, les communautés
microbiennes associées au tégument sont généralement plus diversifiées que celles associées à
l'endosperme ou à l'embryon (Barret, Guimbaud, Darrasse et Jacques, 2016).

Microbiologie de la spermosphère :

De nombreuses études ont démontré que les graines abritent une communauté
microbienne diversifiée, non seulement à leur surface mais également à l'intérieur de
l'embryon. Pendant la germination, la prolifération de ces micro-organismes et d'autres micro-
organismes du sol est stimulée. Les changements dans les communautés microbiennes sont
illustrés par des changements observés dans les activités de groupes fonctionnels spécifiques
d'organismes qui se développent en réponse aux graines en germination.

Malgré le rôle important des communautés microbiennes du sol dans l'établissement des
communautés de spermosphère, le génotype de la graine peut certainement affecter les
niveaux quantitatifs des populations bactériennes indigènes qui colonisent la spermosphère et
qui s'associent de manière endophytique avec les graines et les radicules. Les graines peuvent
également sélectionner des groupes spécifiques d'organismes, car des études ont montré que
les microorganismes qui prolifèrent dans la spermosphère semblent différer de ceux qui
colonisent la rhizosphère.

Les espèces de Fusarium et de Pythium étaient les champignons dominants des

spermosphères récupérés des graines de navet germées pendant 72 h dans le sol. Des
fréquences élevées des oomycètes Achlya et Thraustotheca ont également été détectées.
Rhizoctonia solani et des espèces de Penicillium, Trichoderma, Gliocladium,
Cylindrocarpon, Cephalosporium, Cunninghamella, Mucor et Helicocephalum ont été
récupérés à faible fréquence. Ces mêmes champignons ont également été isolés à peu près

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dans les mêmes proportions dans les spermosphères de tomate, oignon, chou, haricot,
moutarde et melon.

Parmi les bactéries colonisant les graines d'orge aux premiers stades de la germination, on
trouve les espèces d'Acinetobacter, Bacillus, Burkholderia, Pantoea et Pseudomonas, tandis
que les graines de coton ont été colonisées par des espèces de Xanthobacter, Enterobacter,
Microbacterium, Paracoccus, Curtobacterium, Micrococcus, grobacterium, Paenibacillus et
d’autre bactéries non identifiées.

Pendant l'imbibition des graines, plusieurs composés tels que les glucides, les acides gras,
les acides organiques et les acides aminés sont libérés dans le sol environnant. La nature et la
quantité de ces exsudats sont non seulement liées aux espèces végétales mais également à des
facteurs abiotiques tels que le type de sol et la température (Nelson, 2004 ; Schiltz et al.,
2015). La libération de ces composés organiques dans le sol crée une zone densément peuplée
de micro-organismes. Pour se protéger contre la myriade de micro-organismes à proximité,
les graines libèrent des composés antimicrobiens au cours du processus de germination tels
que des flavonoïdes et des peptides modulant la croissance microbienne (Scarafoni et al.,
2013 ; Terras et al., 1995).

L’attachement aux graines représente un autre trait crucial pour la colonisation de la

spermosphère par les bactéries commensales et pathogènes. La fixation peut être médiée par
la formation du biofilm et sont régulées par la détection du quorum sensing (QS) (un
ensemble de mécanismes régulateurs qui contrôlent l'expression coordonnée de certains gènes
bactériens au sein d'une même population), qui pourrait également expliquer la résistance
microbienne à divers composés antimicrobiens produits par la plante pendant la germination
ou par des concurrents microbiens. QS participe également à la production d'un certain
nombre de composés antimicrobiens tels que les phénazines ou le 2,4-diacétylphloroglucinol
(Nelson, 2004) et à la libération de toxines bactériennes. Les micro-organismes associés aux
graines représentent les premières populations à coloniser les semis et finalement les racines.

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