Microbiologie des eaux

I. Eaux naturelles et purifiées ;

II. Eaux contaminées.
 À l'état liquide, l'eau constitue de 50 à 75 %
du poids des végétaux, 70 % du poids du corps
humain. Intimement intégrée dans des
groupes fonctionnels, elle apparaît dans la
dégradation de certaines substances comme
les sucres. L'eau naturelle est en général
souillée par des impuretés minérales et
organiques, et pratiquement toujours par des
gaz dissous (air et dioxyde de carbone CO2).
 Un litre d'eau à 20 °C dissout 19 millilitres
d'air. Celui-ci s'y enrichit en oxygène (de 20,9 à
34 % en volume). L'eau de montagne contient
surtout des produits minéraux mais peut être
très pure. L'eau des plaines contient peu de
dioxyde de carbone ; moins minéralisée, elle
est souvent polluée par des substances
organiques (albuminoïdes qui s'y dégradent)
et par des micro-organismes.
 Les mers bordières, épicontinentales et
intracontinentales contiennent de quelques
grammes à plusieurs décagrammes de sels par
litre d'eau. La salinité moyenne de l'océan
mondial est de l'ordre de 35 grammes par litre.
• La qualité d'une eau est caractérisée par sa
dureté rapportée à la teneur en carbonate de
calcium (CaCO3). À ce critère, on préfère
souvent une étude complète de la composition
ionique.
• On traite les eaux naturelles en vue de
l'obtention d'eaux potables et d'eaux à usage
industriel ou agricole. L'eau potable peut
contenir jusqu'à 600 milligrammes de sels par
litre. L'eau des chaudières doit être de faible
dureté.
Figure : définition et exemple d’une mer bordière
Figure: Exemple d’une mer épicontinentale
Figure: Exemple d’une mer intracontinentale
• La méthode la plus efficace de désionisation
est l'échange d'ions. La distillation en récipient
de silice et à l'abri de l'air (absence de dioxyde
de carbone CO2) conduit à l'eau la plus pure,
dite eau de conductivité.
dessaler l’eau de mer de manière à la rendre
consommable, c’est possible. On dispose
même aujourd’hui de nombreux systèmes
dont beaucoup ont atteint le stade industriel.
Les deux procédés les plus couramment
utilisés sont la distillation et l’osmose inverse.
Leur principe est simple.
La distillation consiste à évaporer l’eau de mer,
soit en utilisant la chaleur des rayons solaires,
soit en la chauffant dans une chaudière. Seules
les molécules d’eau s’échappent, laissant en
dépôt les sels dissous et toutes les autres
substances contenues dans l’eau de mer. Il
suffit alors de condenser la vapeur d’eau ainsi
obtenue pour obtenir une eau douce
consommable.
Figure: Schéma d’un dispositif de dessalement d’eau de mer par
distillation
• L'osmose inverse nécessite quant à elle de
traiter au préalable l’eau de mer en la filtrant
et en la désinfectant afin de la débarrasser des
éléments en suspension et des micro-
organismes qu’elle contient. Le procédé
consiste ensuite à appliquer à cette eau salée
une pression suffisante pour la faire passer à
travers une membrane semi-perméable :
seules les molécules d’eau traversent la
membrane, fournissant ainsi une eau douce
potable.
Figure: Schéma illustrant un dispositif de dessalement d’eau de
mer par osmose inverse.
 L’inconvénient majeur de ces systèmes est
qu’ils sont très coûteux. Les installations sont
peu rentables : les quantités d’énergie
nécessaires au chauffage ou à la compression
de l’eau sont trop élevées, et les volumes d’eau
produits trop faibles. L’utilisation de cette
technique de production d’eau potable reste
donc encore très marginale.
• Les contaminations microbiologiques
d’origine fécale sont principalement liées aux
activités anthropiques : assainissement,
élevage, eaux pluviales urbaines…
• Ces contaminations entraînent des risques
sanitaires pour les activités littorales comme
la conchyliculture ou la baignade.
 La majorité de ces TIAC (Toxi-infection
alimentaires collectives) sont d’origine
bactérienne ou virale, mais les phycotoxines,
ou certains parasites pathogènes pour
l’homme peuvent être incriminés.
 Virus

• Parmi les virus incriminés, les plus fréquents

sont les Norovirus et l’Hépatite A. Les
Norovirus sont reconnus comme le principal
agent des épidémies transmises par la
consommation de coquillages et sont à
l’origine de 43% des épidémies mondiales
(AFSSA, 2008).
• Le virus de l’Hépatite A représente 25 % des
épidémies mondiales associées à la
consommation de coquillages (AFSSA, 2008).
• Ce virus est à l’origine d’épidémies massives.
La plus importante épidémie liée à la
consommation de coquillages jamais décrite
est une épidémie d’hépatite A responsable de
300 000 cas (dont 47 décès) survenue à
Shanghaï en 1988 (Tang et al, 1991 ; Halliday
et al, 1991 ; Xu et al, 1992 ; Cooksley, 2000).
 Bactéries

Parmi les bactéries, les salmonelles et les

vibrions sont les agents pathogènes le plus
souvent incriminés au niveau mondial.
• Les vibrions isolées lors des épidémies liées à
la consommation de coquillages sont
principalement Vibrio parhaemolyticus, Vibrio
cholerae O1, Vibrio vulnificus et Vibrio hollisae.
• Salmonella a également été identifiée dans les
TIAC liées à la consommation de coquillage.
• Les coquillages ont, au 19ème et début du
20ème siècle, été à l’origine de grandes
épidémies de fièvre typhoïde en Europe
(Desenclos, 1996 ; Morabia et Hardy, 2005) et
aux États-Unis (Allen, 1899).
 Shigella, Listeria, Campylobacter sont
d’autres bactéries qui peuvent être à l’origine
d’épidémies de la consommation de
coquillages.
• Les Phycotoxines sont elles responsables de
24% des cas de TIAC à coquillages, et 9% des
cas sont d’origine inconnue.
• Il est à noter que les parasites pathogènes
comme Cryptosporidium, Giardia et
Toxoplasma gondii ne paraissent pas impliqués
dans les TIAC, mais probablement par défaut
de recherche spécifique de ces agents comme
cause d’infection (AFSSA, 2008). En effet, leur
présence est avérée dans les coquillages
(Schets et al, 2007 ; Li et al, 2006).
• L’épidémie du choléra au Yémen (2017-2018) a
été enregistrée comme l’épidémie la plus
dangereuse jamais décrite avec plus de
500000 malades et plus de 2000 morts.
 Eaux minérales naturelles

L'eau dans la nature n'est jamais totalement

stérile. Dans la nappe souterraine des sources
même les mieux protégées, l'eau en
mouvement constant contient toujours en
quantité variable mais limitée, un certain
nombre de germes ne dépassant que rarement
le nombre de 1 à 10 bactéries par millilitre.
 Lorsque cette eau est captée et mise en
bouteilles, elle passe dans un système fermé
en "vase clos". La flore s'y multiplie
naturellement conformément à la physiologie
des microorganismes qui la composent. Ce
sont des bactéries oligotrophes, capables de se
développer en présence de substances
organiques à l'état de traces.
Maladie Microorganisme pathogène

Fièvre typhoïde et paratyphoïde Salmonella tiphy

Salmonella paratyphy A et B

Dysenterie bacillaire Shigella sp.

Choléra Vibrio cholerae

Gastro-entérites aiguës et diarhées Escherichia coli entérotoxinogène

Campylobacter jejuni/coli

Yersinia enterocolitica

Salmonella sp.

Shigella sp.

Tableau: maladies d’origines bactérienne et microorganismes

responsables.
Maladie Virus pathogène

Hépatite A et E Virus de l’hépatite A et E

Poliomyélite Virus poliomyélitique

Gastro-entérites aiguës et diarrhées Virus de Norwalk

Rotavirus

Astrovirus

Calicivirus

Adenovirus

Tableau: Maladies d’origines virales et leurs virus responsables.

Maladie Parasite pathogène

Dysenterie amibienne Antamoeba histolitica

Gastro-entérite Giardia lamblia

Cryptosporidium parvum

Tableau : Maladies d’origine parasitaire et leurs parasites

pathogènes responsables.
 Les légionelles
La présence de certaines espèces
bactériennes comme Legionella pneumophila,
Pseudomonas aeruginosa doit être analysée
avec une certaine prudence.
Depuis 1976, date à laquelle la maladie des
légionnaires a été individualisée cliniquement
au cours de la fameuse épidémie de
Philadelphie, on s'est particulièrement
intéressé à l'écologie des Legionella (Leclerc,
1986).
Ce sont des bactéries thermophiles que l'on
peut retrouver dans les eaux des stations
thermales à des taux de 103 à 106 colonies par
litre comme le signalent Bornstein et coll.
(1987).
Figure: Schéma illustrant le cycle infectieux de Legionella pneumophila.
Il apparait donc clairement, que les
dispositions concernant l'usage de l'eau
minérale dans les stations thermales doivent
être établies en tenant compte de ces
incidences épidémiologiques.
 Le risque éventuel dû à la présence de
Pseudomonas aeruginosa doit être évalué avec
le même souci, d'autant que le rôle
entéropathogène de cette bactérie paraît,
dans l'état actuel des connaissances, assez mal
défini (Pollack, 1984).
Masson et Michel (1978) ont montré que ce
germe pouvait se multiplier abondamment
dans les eaux minérales embouteillées, mais
sa croissance serait en partie inhibée par la
flore autochtone (Gonzalez et coll.,1987b).
Veron (1989) cite une entérite d'origine
hydrique dite fièvre de Shanghaï, qui
présenterait un tableau clinique de fièvre
typhoïde et surviendrait de façon épidémique ;
elle aurait été provoquée par de l'eau de
boisson contaminée par Ps. aeruginosa.
 Le travail de Dive et coll. (1979) réalisé sur
les eaux d'alimentation et les eaux
embouteillées (y compris les eaux minérales
naturelles) a permis de confirmer l'absence
générale d'amibes pathogènes et la grande
dispersion naturelle des amibes non
pathogènes dans le milieu aquatique et dans
les eaux d'alimentation.
 Flore bactérienne autochtone

L'analyse microbiologique des eaux minérales à

l'émergence a toujours révélé la présence de
quelques bactéries cultivables (<10 par ml d'eau).
Après l'embouteillage, ce taux évolue normalement
pour atteindre en quelques jours selon les cas 1000 à
100000 bactéries par millilitre.
 Les niveaux atteints différeraient peu d'une
source à l'autre, mais dépendraient plutôt du
matériau (verre ou polychlorure de vinyle
(PVC)), et surtout des conditions de
dénombrement (milieu de culture,
température et durée d'incubation).
 Croissance bactérienne dans les eaux minérales

Pour accroître leur masse et se multiplier, les

bactéries doivent trouver dans l'eau minérale
les éléments nutritifs nécessaires : une source
d'énergie, une source de carbone, d'azote et
des éléments minéraux : phosphore, soufre,
potassium, magnésium, manganèse, fer,
calcium, sodium...
 Les principaux types métaboliques sont
définis classiquement en fonction des
composés donneurs d'électrons et des
composés accepteurs d'électrons.
 L'énergie des bactéries provient de
l'oxydation des composés réduits (donneurs
d'électrons) qui peuvent être organiques ou
minéraux (hydrogène ou composés réduits de
l'azote, du soufre, du fer ou du carbone).
 Si l'on analyse les constituants des eaux
minérales naturelles, on observe que les
donneurs d'électrons ne peuvent être que des
substances organiques tandis que l'accepteur
d'électrons ne peut être que l'oxygène.
 Les seules bactéries susceptibles de se
multiplier appartiennent donc aux
organotrophes aérobies (Leclerc et Mossel,
1989).
L'aliment organique, source d'énergie est en
même temps la source de carbone obligatoire.
 De ce point de vue, les bactéries sont
appelées hétérotrophes pour les opposer aux
bactéries autotrophes qui, au contraire,
peuvent utiliser le CO2 de l'air, comme seule
source de carbone pour leur nutrition.
Parmi les bactéries marines, Martin et
MacLeod (1984) distinguent les bactéries
oligotrophes qui ont une croissance lente
lorsque les concentrations de nutriments sont
basses, des bactéries "eutrophes" ou
"copiotrophes" qui ne se développent qu'en
présence de hautes teneurs en composés
nutritifs mais qui peuvent survivre dans les
conditions précédentes.
 Par ailleurs, les bactéries des eaux minérales
ne nécessitant pas de facteurs de croissance
pour leur développement sont qualifiées de
prototrophes (Leclerc, 1990a).
Les souches possédant une vitesse de
croissance lente à très lente sont majoritaires,
ce qui constitue une caractéristique
physiologique typique des bactéries isolées
dans les eaux minérales (Schwaller et Schmidt-
Lorenz, 1981 ).
Du point de vue de la température, toutes ces
bactéries sont psychrotrophes, c'est-à-dire
qu'elles peuvent se développer à des
températures relativement basses de l'ordre
de +4°C et que pour la plupart, leur
température optimale de croissance se
situerait aux environs de 28°C beaucoup
d'entre elles sont incapables de se multiplier à
+37°C, et à fortiori (à plus forte raison) à
+42°C (Richard et Morita, 1975 ; Schwaller et
Schmidt-Lorenz, 1982).
 Le dénombrement des cellules bactériennes
contenues dans l'eau minérale est
habituellement réalisé sur des milieux gélosés
dont la nature et les conditions d'incubation
influeront notablement sur le résultat (Stolp et
Starr, 1981 ; Witzel et coll., 1982 ; Williams et
coll., 1984).
 Le milieu proposé par Reasoner et Geldreich
en 1985, a constitué un progrès indiscutable
dans ce domaine (Staley, 1985 ; Edberg et
Smith, 1989).
Le nombre de colonies observables étant de
loin supérieur à celui obtenu avec tous les
autres milieux décrits, le milieu de Reasoner et
Geldreich semble être le plus approprié à
l'étude de la flore des eaux de boisson.