ED Infections urinaires

19 janvier 2017 – DFGSM3

David Lebeaux (david.lebeaux@aphp.fr)
Marie Lavollay (marie.lavollay@aphp.fr)

Microbiologie - HEGP

1
 Référentiels

 ECN Pilly 2016

 Recommandations de la SPILF (Société de pathologie infectieuse
de langue française) :
- 2014 : IU communautaires
- 2015 : IU associées aux soins

 REMIC 2015 (Référentiel en Microbiologie)

2
 Objectifs

 Diagnostiquer et traiter une infection urinaire (IU)

Distinguer IU simple et IU à risque de complication

Connaitre les modalités pratiques de réalisation et
l’interprétation d’une bandelette urinaire et d’un ECBU

Surveillance de la femme enceinte

Traitement des
Cystites aigües simples
Cystites aigües à risque de complication
Pyélonéphrites aigües (PNA)
Prostatites
3
 Définitions

 Cystite : inflammation de la surface de la

muqueuse de la vessie ou de l’uretère

 Pyélonéphrite aigüe (PNA) : état

inflammatoire transitoire d’origine
infectieuse, atteignant le rein et sa voie
excrétrice, responsable d’un œdème,
d’un afflux leucocytaire et d’une
ischémie localisée du parenchyme rénal.

 Infection urinaire masculine : toute

infection urinaire chez l’homme (y
compris les prostatites)

4
 Epidémiologie
 Les IU sont elles des infections fréquentes ? Oui
 Communauté 2nd site d’infection bactérienne après l’arbre respiratoire
 Milieu hospitalier 1ère cause d’infections associées aux soins
 Différence Homme/femme ? Si oui pourquoi
♀ > ♂ car urètre plus court chez la femme
 Quels sont les facteurs de risque ?
 Femme
 Début activité sexuelle
 Post ménopause
 Grossesse
 Homme
 > 50 ans
 Adénome prostatique
 Geste invasif (chirurgie)
 Malformation

 Que faut-il rechercher en cas d’IU chez un enfant ?

Une malformation uro-génitale 5
Cas clinique n°1

Histoire clinique
Mme X. , âgée de 32 ans, vient aux Urgences pour difficulté à
l’évacuation de la vessie (dysurie) et besoins fréquents d’uriner
(pollakiurie), apparues la veille et accentuées depuis avec
apparition de fièvre et douleurs lombaires.
1)Sur quel examen biologique repose le diagnostic d’une infection urinaire ?
2)Quelles sont les indications de cet examen ?
3)Comment le prélèvement est-il réalisé ?
4)Quel test d’orientation peut-être fait au lit du malade ?
5)Quels sont les informations apportées par l’ECBU, dans quel délai ?
6)Comment interpréter les résultats ?

6
Cas clinique n°1

1) Sur quel examen biologique repose le diagnostic d’une

infection urinaire ?
 Cystite aigue simple : Bandelette urinaire
 Sinon : examen cyto-bactériologique des urines (ECBU)

2) Quelles sont les indications de l’ECBU ?

 Examens de dépistage
 Examens de diagnostic

7
Cas clinique n°1
2) Quelles sont les indications de l’ECBU ?
Examen de dépistage
Grossesse : colonisation ou
infection, dépistage mensuel.
Bilan urodynamique
Chirurgie urologique
Biopsie prostatique
Examen de diagnostic
Cystite aigüe à risque de
complication
Douleur lombaire et fièvre (PNA)
♂ : douleurs pelviennes /signes
généraux (prostatite)
Nourissons : Hyperthermie isolée
/ troubles digestifs
8
Cas clinique n°1
3) Comment le prélèvement est-il réalisé ?
Cas général : Recueil dit « à la volée » ou « Milieu de jet »

Lavage des mains / toilette intime / Recueil du 2ème jet

désinfection méat par Dakin ® Fermeture du pot

Patient sondé : Recueil par ponction après désinfection sur le site

spécifique du dispositif de la sonde.
Ne jamais prélever dans le site collecteur (pullulation
microbienne)

Nouveau-né : Collecteur d’urines (poche adhésive)

Incontinent : femme : sondage urinaire aller/retour

homme : collecteur pénien 9
Cas clinique n°1
4) Quel test d’orientation peut-être fait
au lit du malade ?

Dépistage par Bandelette Urinaire (« BU »)

 Dépistage rapide sur urines de milieu de jet (comme pour l’ECBU) fraiches
 Détection des leucocytes et nitrites (nitrate réductase des entérobactéries)
 Interprétation :
 BU négative (leucocytes  et Nitrites  )
• Chez la femme symptomatique : bonne VPN > 95%
• Chez l’homme symptomatique : ne permet pas d’exclure le diagnostic
 BU positive (leucocytes  et/ou Nitrites ) conforte l’orientation
diagnostique (VPP>90%)
Autres limites : ne permet pas :
- l’identification de la bactérie
- l’étude de sa sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme)
10
Cas clinique n°1
5) Quels sont les informations apportées par l’ECBU, dans quel délai ?

Examen Examen
Jour Cytologique bactériologique

Leucocytes (par ml)

J0 Hématies (par ml) Examen direct
Cellules épithéliales (Gram)
Cristaux

Culture
J 1-2 (Dénombrement et
tests d’identification
sur colonies)

J 2-3 Identification et
Antibiogramme

11
 ECBU - Interprétation
J0 - Examen cytologique et coloration de Gram des urines
Normales infection contaminées
Leucocytes < 104 /ml ≥ 104 /ml Variable
Hématies < 104 /ml ≥ 104 /ml variable
Cellules
épithéliales - - ++

≥ 103 /ml Souvent

Bactéries Stériles Seuil dépend plusieurs
espèces
de l’espèce bactériennes

Bactéries visibles à l’examen direct à partir de 104-105 UFC/ml

Absence de germes visibles ne signifie pas absence d’IU
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 ECBU - Interprétation
Seuils significatifs de bactériurie
Groupe Espèce bactérienne Femme Homme
♀ ♂

1 E. coli , S. saprophyticus ≥ 103 /ml

Entérobactéries autre que E. coli,

2 Entérocoques, P. aeruginosa, ≥ 104 /ml ≥ 103 /ml
S. aureus, C. urealyticum

3 Staphylocoques coag -, ≥ 105 /ml

Pseudomonadaceae, Candida spp
Pas de seuil –
4 Lactobacilles, Gardnerella contaminant pb
contrôler
13
 Cas clinique n°1
J0 : Examen direct des urines de Mme X
Urines troubles
BU :
Leucocytes 
Nitrites 

Examen cytologique : > 105 Leucocytes /ml

Coloration de Gram
(objectif x40) (objectif x100)
Nombreux
Leucocytes Bacilles à Gram négatif

14
Cas clinique n°1

Histoire clinique
Mme X. , âgée de 32 ans, vient aux Urgences pour difficulté à
l’évacuation de la vessie (dysurie) et besoins fréquents d’uriner
(pollakiurie), apparues la veille et accentuées depuis avec
apparition de fièvre et douleurs lombaires.

BU : leucocytes positifs / nitrites positifs

ECBU : > 105 leuco/ml / Nombreux BGN à l’examen direct

1)Quel est votre diagnostic ?

2)Quels sont les germes potentiellement responsables ?
3)Quel traitement proposez-vous ?

15
Cas clinique n°1
1-Quel est votre diagnostic ?
Pyélonéphrite aigue simple

2-Quels sont les germes potentiellement responsables de

l’infection de Mme X ?

16
Espèces responsables d’infections urinaires
(proportion en %)

Infections communautaires rapport ONERBA 2002 (n=417) 17

Cas clinique n°1
1-Quel est votre diagnostic ?
Pyélonéphrite aigue simple

2-Quels sont les germes potentiellement responsables de

l’infection de Mme?
Ici, BGN, donc :
- Escherichia coli
- Proteus mirabilis
- Klebsiella pneumoniae

3-Quel traitement probabiliste proposez-vous ?

Epidémiologie de la résistance ? / Terrain ? / Gravité ?

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 Rationnel du choix antibiotique
• Taux de résistance acceptable en probabiliste :
– ≤ 20 % pour les cystites simples
– ≤ 10 % pour les pyélonéphrites aigues et IU masculines
• Tolérance
• Impact écologique

Impact sur le microbiote

Fosfomycine Faible
Nitrofurantoine Faible
Pivmecillinam Faible
Amoxicilline-Ac Clavulanique ++
Cotrimoxazole ++
FQ +++
C3G +++

19
 Taux de résistance d’Escherichia coli
en France dans la communauté en 2014

• < 5 % pour aminosides, fosfomycine-trométamol, nitrofurantoïne

• ≈ 5 % pour C3G et aztréonam A ne pas utiliser pour traiter une PNA car
mauvaise diffusion parenchymateuse
• ≈ 10 % pour fluoroquinolones :
– ≈ 5 % des IU simples
– > 10 % des IU à risque de complication ou si exposition aux FQ
dans les six mois
A exclure du traitement probabiliste
• < 15 % pour pivmécillinam d’une PNA car résistance trop fréquente
• > 20 % pour cotrimoxazole
• > 30% pour amoxicilline/acide clavulanique
• > 45% pour amoxicilline
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 Facteurs de risque de complications
• Homme
• Grossesse
• Anomalie organique ou fonctionnelle de l’arbre urinaire
• Insuffisance rénale sévère (clairance créatinine < 30 mL/mn)
• Immunodépression sévère
• sujets âgés
– > 65 ans « fragile » : > 3 critères de la classification de Fried  :
• perte de poids involontaire au cours de la dernière année
• vitesse de marche lente
• faible endurance
• faiblesse/fatigue
• activité physique réduite
– > 75 ans
• Le diabète n’est plus considéré comme un facteur de risque
21
Cas clinique n°1 : traitement probabiliste ?
Pyélonéphrite aigue
simple de la femme

22
Cas clinique n°1
1-Quel est votre diagnostic ?
Pyélonéphrite aigue simple

2-Quels sont les germes potentiellement responsables de

l’infection de Mme?
Ici, BGN, donc :
- Escherichia coli
- Proteus mirabilis
- Klebsiella pneumoniae

3-Quel traitement probabiliste proposez-vous ?

2 classes antibiotiques acceptables : C3G et fluoroquinolones

4-Quelle est l’indication à ajouter un aminoside ?

Sepsis sévère ou choc septique : amikacine 30mg/kg en 30 min
23
Cas clinique n°1 : définition de la gravité : ancienne définition
Syndrome de Réponse Inflammatoire Systémique
(SRIS) ( au moins 2 parmi) :
- T° > 38°C ou < 36°C
- FC > 90/mn
- FR > 20/mn ou pCO2 < 32mmHg
- GB > 12.000/mm3 ou < 4.000/mm3

Sepsis =
SRIS + Foyer infectieux (clinique, radiologique,
microbiologique)

Sepsis sévère =
Sepsis + souffrance d’organe :
- PAS < 90 mmHg ou chute de plus de 40mmHg
par rapport aux valeurs habituelles
- Lactates > 3 mmol/l
- ….

Choc septique =
Sepsis + hypotension artérielle persistant malgré
un remplissage vasculaire adéquat Mortalité
24
Cas clinique n°1 : définition de la gravité : définition actuelle

Infection <5%

Sepsis =
Infection + dysfonction d’organe 10%
Score SOFA ≥ 2

Choc septique =
Sepsis
+ hypotension artérielle nécessitant les
vasopresseurs pour PAM > 65mmHg
40%
+ Lactates > 2mmmol/l

Mortalité
25
Singer, M. et al JAMA 2016
Cas clinique n°1

Histoire clinique
Mme X. , âgée de 32 ans, vient aux Urgences pour difficulté à
l’évacuation de la vessie (dysurie) et besoins fréquents d’uriner
(pollakiurie), apparues la veille et accentuées depuis avec
apparition de fièvre et douleurs lombaires.

BU : leucocytes positifs / nitrites positifs

ECBU : > 105 leuco/ml / Nombreux BGN à l’examen direct

Finalement, pas de signe de gravité :

Ceftriaxone (céphalosporine de 3ème génération) IV

Résultat final de l’ECBU : …..

26
Cas clinique n°1
J1 : Numération et identification des bactéries
Milieu chromogène
Coloration rose des E. coli Galerie d’identification
(tests biochimiques)

Identification par
Spectrométrie de masse
(Maldi-TOF)

 > 106 UFC/ml Escherichia coli 27

 J2 : Antibiogramme
Antibiogramme d’une Souche E. coli sauvage
Amoxicilline (Clamoxyl ®)

Actuellement : 50-60% des

souches de ville

Céfotaxime (Claforan®) 28
 J2 : Antibiogramme de Mme X
Amoxicilline (Clamoxyl®)

Fluoroquinolones

Céfotaxime Fofsfomycine Furanes

(Claforan) (Monuril®) (Furadantine®)

Vérifier la sensibilité du germe à l’antibiotique prescrit

Adapter si nécessaire +++ 29
Cas clinique n°1 : traitement en relais ?
Pyélonéphrite aigue
simple de la femme

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Cas clinique n°1

Histoire clinique
Mme X. , âgée de 32 ans, vient aux Urgences pour difficulté à
l’évacuation de la vessie (dysurie) et besoins fréquents d’uriner
(pollakiurie), apparues la veille et accentuées depuis avec
apparition de fièvre et douleurs lombaires.

BU : leucocytes positifs / nitrites positifs

ECBU : > 105 leuco/ml / Nombreux BGN à l’examen direct

Finalement, pas de signe de gravité :

Ceftriaxone (céphalosporine de 3ème génération) IV

Résultat final de l’ECBU : …..

Faut-il faire des examens d’imagerie à Mme X ?

31
32
Cas clinique n°2

Histoire clinique
Mlle x. , âgée de 23 ans, sans antécédent.
Consulte pour des cystites fréquentes (2-3/mois)
Actuellement asymptomatique

Quelles mesures de prévention lui proposez-vous ?

33
Cas clinique n°2
Prévention de la cystite, mesures hygiéno-diététiques :
- Apport hydrique abondant (> 1,5l/j)
 Suppression des mictions retenues
 Encourager les mictions fréquentes (/4-6h)
 Régularisation du transit intestinal
 Mictions post-coïtales
 Arrêt des spermicides

Si cystites à E. coli :
- Possibilité de tester la canneberge (36mg de
proanthocyanidine/j)

Si femme ménopausée :
- Examen gynéco +/- œstrogènes locaux

Si échec et ≥ 1 cystites par mois:

- Discussion antibioprophylaxie
34
Cas clinique n°2

Histoire clinique – suite

Mlle x. , âgée de 23 ans, sans antécédents.
Grâce à vous, elle ne fait plus qu’1 cystite tous les 3-4 mois
Depuis 4-5j, elle a à nouveau des brûlures mictionnelles
La BU est positive : leucocytes et nitrites

1-Prescrivez-vous un ECBU ?
2-Quel traitement ?

35
Recommandations – SPILF 2015

Cystite simple

36
Cas clinique n°2

Histoire clinique – suite

Mlle x. , est désormais âgée de 25 ans.
Elle vient vous annoncer fièrement sa grossesse.
Elle s’inquiète du fait de ses antécédents.

Elle vous demande si ses antécédents de cystites auront un

impact sur sa grossesse ?

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Cas clinique n°2
Grossesse et infection urinaire, principaux messages :
 Dépistage colonisation urinaire (BU) 1/mois dès le 4ème mois
 Passage à 1 ECBU / mois si ATCD colonisation ou infection
 Seuil de la « colonisation » = bactériurie ≥ 105 UFC/ml
 Traiter toute bactériurie asymptomatique = colonisation
 Traitement de la cystite = urgent

38
Cas clinique n°3
Histoire clinique
Mr X. , âgé de 70 ans, hypertendu, diabétique.
Décrit depuis plusieurs années une dysurie d’aggravation progressive
Depuis 5j : fièvre et brûlures mictionnelles
Le toucher rectal est douloureux
Vous prescrivez un ECBU :
- 105 leucocytes/ml
- 106 Enterococcus faecalis

Quel est votre diagnostic ?

Infection urinaire masculine (ou prostatite) à E. faecalis
Prescrivez-vous une imagerie ?
Non

Quel traitement proposez-vous ?

39
Cas clinique n°3

Indications de l’imagerie dans l’infection urinaire masculine :

Echo sus-pubienne (<24h) si :
Lombalgie
Suspicion de rétention aigue d’urine
Antécédent de lithiase ou uropathie
Sepsis sévère / choc septique

En cas d’évolution défavorable (Fièvre > 72h) :

- IRM prostatique ou échographie endo-rectale pour rechercher
un abcès

40
Cas clinique n°3
Histoire clinique
Mr X. , âgé de 70 ans, hypertendu, diabétique.
Décrit depuis plusieurs années une dysurie d’aggravation progressive
Depuis 5j : fièvre et brûlures mictionnelles
Le toucher rectal est douloureux
Vous prescrivez un ECBU :
- 105 leucocytes/ml
- 106 Enterococcus faecalis

Quel est votre diagnostic ?

Infection urinaire masculine (ou prostatite) à E. faecalis
Prescrivez-vous une imagerie ?
Non

Quel traitement proposez-vous ?

41
Cas clinique n°3

42
Cas clinique n°3

ECBU de Mr X
Examen direct : 105 leucocytes/ml

Culture : 106 UFC/ml Cocci Gram + en chainette

Identification et antibiogramme :

Enterococcus faecalis
Ampicilline / Amoxicilline : Sensible
Céfotaxime : Résistant (résistance naturelle)
Vancomycine : Sensible
Teicoplanine : Sensible
Gentamicine : Intermédiaire (R de bas niveau)
Furanes : Sensible

 Phénotype sauvage

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Cas clinique n°3
Histoire clinique
Mr X. , âgé de 70 ans, hypertendu, diabétique.
Décrit depuis plusieurs années une dysurie d’aggravation progressive
Depuis 5j : fièvre et brûlures mictionnelles
Le toucher rectal est douloureux
Vous prescrivez un ECBU :
- 105 leucocytes/ml
- 106 Enterococcus faecalis

Quel est votre diagnostic ?

Infection urinaire masculine (ou prostatite) à E. faecalis
Prescrivez-vous une imagerie ?
Non

Quel traitement proposez-vous ?

Amoxicilline 21j 44
Cas clinique n°4

Histoire clinique
Mr X. , âgé de 40 ans, hospitalisé en réanimation suite à un
polytraumatisme du à un accident de la voie publique : multiples
fractures : fémur, radius, rupture de rate…
Sondage vésical à son admission.
A J7 de sa prise en charge, l’IDE prélève un ECBU du fait d’urines
malodorantes :
- 105 leucocytes/ml
- 106 Escherichia coli / ml

45
Cas clinique n°4
Aminosides S

BLSE (C3G R) Fluoroquinolones R

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Cas clinique n°4

Histoire clinique
Mr X. , âgé de 40 ans, hospitalisé en réanimation suite à un
polytraumatisme du à un accident de la voie publique : multiples
fractures : fémur, radius, rupture de rate…
Sondage vésical à son admission.
A J7 de sa prise en charge, l’IDE prélève un ECBU du fait d’urines
malodorantes :
- 105 leucocytes/ml
- 106 Escherichia coli / ml

Antibiogramme = BLSE

Quel traitement proposez-vous ?

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Cas clinique n°4 : traitement d’une colonisation sur sonde ?

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 Points importants à retenir
 Cystite simple : seul cas où l’ECBU n’est pas réalisé
 IU masculine traitée comme une prostatite
Traitement de la pyélonéphrite : C3G ou FQ
Aminosides si et seulement si infection grave (sepsis / choc septique)
 Grossesse : surveillance mensuelle (BU) à partir du 4ème mois.
ECBU mensuel en cas de colonisation ou IU
 Grossesse : traitement de toute bactériurie, même asymptomatique

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