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Atlas de Poche Microbiologie
Atlas de Poche Microbiologie
Atlas de poche
de microbiologiel
Tony Hart
Professeur, Dpartement de Microbiologi
Universit de Liverpool, Royaume-Uni
Paul Shears
Matre de confrence. Dpartement de Microbiologie mdicale
Universit de Liverpool, et
cole de Mdecine tropicale de Liverpool, Royaume-Uni
Mdecine-Sciences
Flammarion
4, rue Casimir-Delavigne, 75006 PARIS
'--''
Cet ouvrage a t publi en anglais sous le titre : Color Atlas of Mdical Microblology
1996 Times Mirror International Publishers Limited
Published by Mosby-Wolfe
Pour recevoir le catalogue Flammarion Mdecine-Sciences,
il suffit d'envoyer vos nom et adresse
Flammarion Mdeclne&iences
4, rue Casimir-Delavigne
75006 PARIS
ISBN : 2-257-10125-1
1997 by Flammarion
Printed in France.
Prface
iv
Remerciements
vi
1. Introduction
16
18
71
227
247
279
Appendices
299
Index
310
antibiotiques sont apparues rcemment (les super-microbes ). Citons par exemple certaines souches de Salmonella typhi (agent de la typhode), rsistantes tous les antibiotiques de premire intention (cotrimoxazole, ampicilline, chloramphnicol, ttracycline et
ciprofloxacine). La plupart des gnes responsables de la rsistance sont ports par des
plasmides (ADN circulaire extra-chromosomique), qui peuvent facilement tre transfrs
entre espces ou genres bactriens. l'heure actuelle, l'mergence des rsistances est
peine en retard sur la production de nouveaux antibiotiques. Ceci est en partie d au
mauvais usage de ces derniers, et en partie la capacit infinie des bactries muter
sous la pression des antibiotiques, ainsi qu' leur vitesse de rplication (dans des conditions optimales, certaines multiplient leur nombre par deux toutes les vingt minutes).
Enfin, les nouvelles technologies permettent de mieux comprendre comment les microorganismes causent les maladies, aident diagnostiquer les infections, et mme dfinir
de nouveaux agents pathognes. Ainsi, bien que le virus de l'hpatite C n'ait pu jusqu'
prsent tre cultiv artificiellement, la combinaison de techniques de clonage, d'insertion
dans des vecteurs, d'amplification par PCR et d'expression du gnome viral, ont conduit
la mise au point d'outils de diagnostic et de typage.
Lobjectif de cet atlas est de fournir un cadre permettant de comprendre les agents
pathognes (prions, virus, bactries, champignons, protozoaires et parasites pluricellulaires) qui infectent l'homme. Leurs caractristiques, les infections qui leur sont associes
et leur diagnostic spcifique sont dcrits en images, tableaux et arbres dcisionnels. Nous
esprons russir transmettre nos lecteurs une partie au moins de notre enthousiasme
pour ces questions.
Nous exprimons notre gratitude Mlle Carol Boulin pour la dactylograhie du manuscrit,
M. Brian Getty pour la photographie et la microscopie lectronique, Mme Norma
Lowe pour les cultures bactriennes et la microphotographie, et M. John McKeown pour
les cultures fongiques. Nous remercions galement les membres du Dpartement de
Microbiologie Mdicale pour leur aide et leur bonne volont.
Les collgues suivants ont aimablement contribu l'iconographie.
Dr R. Ashford
Dr W. Bailey
M. B. Baker
Dr G. Barnish
Dr D. Baxby
Dr A. Carty
Dr A. Caunt
M. J. Corkill
Dr D. Dance
Br J. Fletcher
Dr C. Gilks
M. M. Guy
Mme L. Hindie
M. K.Jones
Prof. D. Kelly
Dr S. Lewis-Jones
Prof. K. McCarthy
Dr I. McDicken
Dr T. Makin
Dr I. Marshall
Dr J. Midgely
Dr R. Nevin
Dr J. Pennington
Prof. A. Percival
Prof. T. Rogers
Dr G. Sharpe
Dr D. Smith
Dr D. Theakstone
Dr W. Tong
Prof. H. Townson
Prof. S. Trees
Dr C. Valentine
Dr J. Varley
Dr C. Wray
Jenny et Anne
v;
Introduction
sites pluricellulaires dont la taille est comprise entre 5 mm et 3 mtres. Certains (comme
le ver solitaire, Taenia saginata) produisent des infections asymptomatiques; d'autres
(comme les oxyures, Enterobius vermicularis) sont simplement irritants, alors que les
anguillules (Strongyloides stercoralis) peuvent tre l'origine d'un syndrome infectieux
fatal.
Introduction
LA MICROSCOPIE OPTIQUE
Le pouvoir rsolutif d'un microscope dpend de la longueur d'onde du rayonnement incident. Ainsi, les plus petits objets visibles en microscopie optique mesurent 200 300 nm.
Les microscopes modernes sont composs, en ce sens qu'ils mettent en uvre deux lentilles ou plus. Dans le cas le plus simple, l'image se forme au travers de la lentille de l'objectif, puis est agrandie par la lentille de l'oculaire (3a). Les microscopes optiques
ordinaires sont appels microscopes fond clair, car l'objet apparat comme une image
sombre sur un fond clair (3b). L'ouverture numrique d'une lentille ne pouvant dpasser
la valeur 1 dans l'air, le grossissement maximal d'un objectif ne dpasse pas 40 fois. Pour
contourner cet inconvnient, un liquide incolore (l'huile immersion), dont l'indice de
rfraction est suprieur celui de l'air, est dispos entre l'objet et la lentille de l'objectif.
Ceci permet d'obtenir un grossissement utile de 100 fois pour l'objectif. Lorsque l'on utilise en plus un oculaire agrandissant 15 fois, on obtient un grossissement utile de
1 500 fois pour un microscope fond clair. La plupart des microscopes de ce type servent
l'examen de micro-organismes fixs et colors (3b).
Les micro-organismes vivants, non colors peuvent tre observs l'aide d'un microscope fond noir, ou contraste de phase. En microscopie fond noir, un cran et un
condenseur crent un faisceau de lumire creux concentr sur l'chantillon (4a). Avec ce
dispositif, seule la lumire rflchie ou rfracte par l'chantillon est collecte par la lentille de l'objectif. Le micro-organisme apparat alors brillant sur un fond sombre (4b).
Introduction
4
a Illustration du trajet
lumineux dans un microscope fond noir. b Leptospira canicola, bactrie
spirale enroulement
serr. En microscopie fond
noir, seule la lumire incidente
rflchie ou rfracte par le
micro-organisme est collecte
par l'objectif. Le micro-organisme (flche) brille comme un
phare sur un arrire-plan noir.
Introduction
6 a Le microscope
fluorescence, b Mycobacferium fuberculosis colore
l'auramine phnique, vu au
microscope fluorescence.
10
Introduction
corps humains (7b). L'immunofluorescence directe sert dtecter des micro-organismes
spcifiques. Sa spcificit est celle de l'anticorps. L'immunofluorescence indirecte peut,
elle aussi, tre utilise pour dtecter des micro-organismes spcifiques, mais sert surtout
la dtection d'anticorps prsents dans le srum du patient et dirigs contre un microorganisme particulier.
11
12
Introduction
des objets distants de 0,5 nm. L'image est obtenue lorsque les lectrons frappent un cran
cathodique (9). Dans le cas du microscope lectronique transmission, le spcimen est
maintenu par une petite grille de cuivre (10), et vu travers les mailles de celle-ci.
L'chantillon ne doit pas excder 100 nm d'paisseur, et doit tre suffisamment maintenu
et solide pour rsister aux bombardements des lectrons sous un vide pouss. Les microorganismes peuvent tre visualiss directement dans un chantillon, aprs une coloration
ngative l'acide phosphotungstique. Par cette technique, la coloration ngative adhre
9 Le microscope lectronique. Un
microscope lectronique avec le canon
lectrons (e) au sommet de la colonne, la
platine de l'chantillon (s) et l'cran fluorescent (f).
10 Grille de microscope
lectronique. Diamtre
approximatif 4 mm. L'chantillon
est maintenu par la grille et les
micro-organismes sont visibles
travers les mailles.
13
lia
Microphotographie
optique d'une chanette de
Streptococcus pyogenes
(Gram positif), b Microphotographie lectronique en
coloration ngative d'une
chanette de Streptococcus
pyogenes (barre = 2 ym].
14
IntroducHon
12
Microphotographie
lectronique aprs
ombrage de Escherichia
coli, montrant les flagelles. Ce sont des appendices
protiques utiliss par la bactrie
pour se dplacer en milieu
liquide, (barre = 0,5 prn)
13
Microphotographie
lectronique aprs
marquage immunologique
l'or, montrant les
flagelles de Pseudomonas
aeruginosa. Un anticorps antiflagelline coupl de petites
particules d'or s'est li aux
flagelles, (barre = 0,5 ym]
14
Microphotographie
lectronique balayage
de Staphylacoccus
epidermidis. Les filaments
reliant les sphres ou cocci
sont les rsidus condenss de
la matrice extracellulaire
dsigne sous le nom de slime.
(barre = 1,0 pmj
15
15
Coupe crbrale
16 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative de la protine
fibrillaire du prion. Celle-ci
s'accumule dans le cerveau des
sujets atteints d'encphalopathie
subaigu spongiforme transmissible. (barre = 50 nm)
16
diamtre) comme tant les agents des ESST, l'hypothse selon laquelle PrP serait une protine auto-rplicative et l'agent des ESST est la plus communment admise. PrP possde
la mme squence en acides amins qu'une protine normalement prsente dans le cerveau. Une modification post-transcriptionnelle la rendrait rsistante aux enzymes protolytiques, provoquant son accumulation dans le cerveau des individus atteints.
Le kuru est une maladie transmise par des pratiques de cannibalisme rituel, se limitant
une aire tribale de Papouasie-Nouvelle Guine (groupe linguistique des Fore). L'interdiction des pratiques cannibales a permis d'viter l'apparition de nouveaux cas.
La maladie de Creutzfeldt-Jakob, au contraire, connat une distribution mondiale. 11
s'agit d'une affection rare touchant environ un individu sur un million. Elle a pu tre transmise lors d'interventions neurochirurgicales strotaxiques, lors de transplantations de
corne, ou encore par injection d'hormone de croissance extraite d'hypophyses
humaines. La priode d'incubation est longue (1 30 ans). La maladie volue inexorablement vers la dmence et la mort. Il n'existe pas de traitement spcifique, pas plus que
de mthode diagnostique non invasive. Le diagnostic est ralis sur des biopsies crbrales, ou l'autopsie.
17
Bien que l'on ait su depuis un certain temps que de trs petits agents filtrables taient
responsables de certaines infections humaines, l're des virus n'a pas dbut avant
1950. Au cours des quarante annes qui ont suivi, nos connaissances se sont accrues de
faon exponentielle grce aux cultures cellulaires et virales, la srologie et aux techniques sans cesse plus performantes de biologie molculaire.
Les virus sont les plus petits et les plus primitifs des agents infectieux conventionnels.
Ils diffrent de la plupart des bactries, champignons et protozoaires par le fait qu'ils sont
des parasites intracellulaires obligs. Les virus ne disposent pas de l'quipement enzymatique ncessaire pour leur rplication. Pour se reproduire, ils doivent donc pirater
les rserves nergtiques de la cellule hte, ses nuclotides, ses acides amins, ses
lipides, ainsi que ses voies mtaboliques de biosynthse. En fait, la plupart des virus possdent des facteurs qui dtournent les processus mtaboliques des cellules htes, au profit de la production de nouvelles particules virales. Ceci est en partie responsable de la
mort des cellules infectes, et contribue aux manifestations cliniques infectieuses. Les
autres diffrences majeures entre les virus et les micro-organismes plus complexes sont
les suivantes :
un gnome viral est constitu d'ARN ou d'ADN, jamais des deux simultanment
les bactries, champignons et protozoaires se reproduisent par scissiparit, tandis que
les virus utilisent un mode complexe de dsassemblage, rplication et rassemblage au
sein de la cellule hte
les virus n'ont ni paroi ni organisation cellulaire, et sont beaucoup plus petits que les
autres micro-organismes.
Deux consquences majeures dcoulent de ces diffrences. La premire est qu'aprs
excrtion par l'hte, le nombre des particules virales ne peut que dcrotre, celles-ci tant
incapables de se multiplier dans un environnement inanim, la diffrence des bactries
et des champignons. La seconde est qu'il est beaucoup plus difficile de concevoir des
antiviraux efficaces et atoxiques que des drogues antibactriennes, les virus utilisant les
systmes cellulaires de l'hte.
GNOME
La premire grande subdivision est faite selon la nature, ARN ou ADN, du gnome (17,
18). Le gnome des virus ARN peut tre simple brin (ex. Picornaviridae), ou double
brin (ex. Rotavirus). Chez certains, il peut tre circulaire (ex. Arenaviridae), mais il est
linaire chez la plupart (17), constitu d'un seul long brin (ex. Retrovirida) ou de plusieurs segments (ex. Orthomyxoviridae ou Rotavirus). Enfin, le gnome simple brin peut
tre polarit positive (traduisible directement en polypeptides viraux, ex. Coronaviriofae), ou polarit ngative (devant tre transcrit en ARNm, comme chez les Myxoviridae
et les Rhabdoviridae) ou mme ambisens (ex. Bunyavirida).
Les virus ADN (18) ont un gnome double brin linaire (ex. Herpesvirida) ou circulaire (ex. Adenovirida). Les seuls virus ADN simple brin sont les Parvovirus, et leur
gnome est en gnral polarit ngative.
SYMTRIE DE LA CAPSIDE
La capside est une coque protique qui entoure et protge le gnome viral. Les sous-units protiques qui la composent sont appeles capsomres. Les capsomres et le gnome
forment la nuclocapside. Les sous-units peuvent tre assembles soit en capside
symtrie hlicodale (19), soit en structure tridimensionnelle trois axes de symtrie
(capside symtrie cubique). En fait, la plupart des capsides symtrie cubique possdent vingt facettes, et sont dites icosadriques (du grec eicosa, vingt, et hedron, ct).
Enfin, certains virus ont une symtrie indfinie (ex. Flavivirida) ou complexe (ex. Poxvirida).
ENVELOPPE LIPIDIQUE
En gnral, les virus non envelopps (nus) (ex. Rotavirus, Picornaviridae, Adenovirida)
sont capables de survivre plus longtemps dans un milieu inanim que ceux qui possdent
une enveloppe lipidique (ex. Myxoviridae, Retrovirida, Herpesvirida). Pour ces derniers, exception faite des Poxviridae, la perte de l'enveloppe lipidique s'accompagne de
la perte du pouvoir infectieux. Ainsi, les virus envelopps peuvent tre inactivs par
l'ther ou par des dtergents. Ils prsentent galement des spicules de glycoprotines
leur surface, qui permettent l'attachement et la pntration dans la cellule hte. Lenveloppe peut tre constitue par bourgeonnement au travers de la membrane nuclaire
(20), de l'appareil de Golgi (ex. Hantavirus), ou de la membrane cytoplasmique (21).
19
22
20 Microphotographie
lectronique d'une coupe
mince montrant le virus
varicelle-zoster acqurant
son enveloppe lipidique
par bourgeonnement
travers la membrane
nuclaire (barre = 0 1 \im)
21 Microphotographie
lectronique d'une coupe
mince montrant un Parainfluenzavirus acqurant
son enveloppe lipidique
par bourgeonnement
travers la membrane cytoplasmique (barre = 0,1 \im)
23
24
PICORNAVIRIDAE
Ce sont les plus petits (20-30 nm) des virus ARN (23). Leur nom est un acronyme de
poliovirus, insensibilit l'ther (ils ne sont pas envelopps), coxsackievirus, virus orphelin, /hinovirus et RNA. De plus, pico signifie petit en grec. Il existe cinq genres de Picornaviridae (Aphtovirus, Cardiovirus, Entrovirus, Heparnavirus, Rhinovirus), dont trois
seulement (Entrovirus, Heparnavirus, Rhinovirus) sont pathognes pour l'homme.
La temprature optimale d'isolement des Rhinovirus est de 33 C, analogue celle de
l'arbre respiratoire suprieur. Les Rhinovirus sont responsables de rhumes, d'angines et
de coryza. Il existe plus de 118 srotypes diffrents, l'un ne confrant pas ncessairement
une immunit aux autres. Les Rhinovirus sont responsables d'environ la moiti des cas de
rhume banal.
23 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Picornavirus. Le virus est nu, avec une
capside de symtrie cubique et
un gnome ARN simple brin
positif (PM environ 2,5 x 106).
(barre = 100 nm)
25
26
27
28
29
ASTROVIRIDAE
Ce sont des virus sans enveloppe, arrondis, de petite taille (27-30 nm), dont la surface prsente un motif caractristique en toile (26). On compte au moins cinq srotypes dont le
premier prdomine au Royaume-Uni Celui-ci est l'origine de diarrhes et de vomissements infantiles (10 12% des cas), qui surviennent en hiver dans les rgions tempres.
Le diagnostic peut tre port par microscopie lectronique, dtection antignique, ou RTPCR (amplification enzymatique en chane utilisant la transcriptase inverse).
CALICIVIRIDAE
II s'agit galement de virus nus, arrondis, de petite taille (35-40 nm). Leur capside possde une configuration en toile de David (27), formant la surface du virus de petites
dpressions en forme de coupe (leur nom provient du grec Calyx, qui signifie coupe). Les
26 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Astrovirus.
Remarquer l'toile six branches
caractristique. Les Astrovirus ont
un ARN positif (7,8 kb) monocistronique. Le protopolypeptide est
ensuite cliv par une protase
pour individualiser les protines
de structure, (barre = 100 nmj
27 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Calicivirus.
Remarquer les dpressions en
forme de coupe la surface du
virus. Le gnome est un brin
positif d'ARN (8 kb). fbarre =
100 nm)
30
Calicivirus sont responsables d'pidmies de diarrhes et vomissements affectant la plupart des classes d'ge L'agent de Norwalk est responsable d'un syndrome digestif hivernal. Enfin, il est probable que le virus de l'hpatite E (HEV) soit aussi un Calicivirus. Le
HEV est l'origine d'hpatites pidmiques de transmission oro-fcale Le diagnostic des
infections Calicivirus repose sur la microscopie lectronique, la dtection antignique,
la RT-PCR, ou, pour le HEV, la dtection d'anticorps.
REOVIRIDAE
Des trois genres que compte cette famille (Orbivirus, Rovirus, Rotavirus), seuls les Rotavirus
ont une importance en pathologie humaine. Ce sont des virus de taille moyenne (70 nm),
dont la double capside a la forme caractristique d'une roue en microscopie lectronique
(en latin, rota signifie la roue) (28). Le gnome est constitu de onze fragments d'ARN double
brin (29); il est dtectable directement dans les selles des patients infects. Lanalyse du profil
28
Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Rotavirus.
La double capside confre au
virus une forme typique en roue.
(barre = 200 nm]
29
Electrophorse en gel
de polyacrylamide de
l'ARN de Rotavirus direc-
31
FLAVIVIRIDAE
Ce sont des virus envelopps de petite taille (40 50 nm), ARN gnomique simple brin
polarit positive (environ 10 kb) La symtrie de leur capside est indtermine Beaucoup d entre eux sont transmis par des moustiques et sont responsables de fivres
hmorragiques virales (virus de la fivre jaune et de la dengue) ou de menmgoencephalites (virus japonais B et virus de l'encphalite de St Louis) Le diagnostic peut s'effectuer
par isolement du virus (qui ncessite des installations confines spciales), ou par dtection d une rponse anticorps
Le virus de l'hpatite C est probablement un Flavivirus, mais n'est pas transmis par un
insecte II reprsente une cause importante d hpatite non-A non-B acquise par voie
parentrale (environ 90% des cas) L'infection se transmet par le sang au cours de transfusions, de transplantations, de piqres d aiguille ou lors de partage de seringue chez les
toxicomanes par voie intraveineuse Elle entrane une hpatite chronique, le virus pouvant persister la vie entire dans le foie Le diagnostic repose sur la dtection d'anticorps
spcifiques, ou par dtection du gnome viral par RT-PCR.
TOGAVIRIDAE
Les Alphavirus, Rubivirus et peut-tre aussi les Pestivirus sont des genres, pathognes
pour l'homme (31). Les Alphavirus sont principalement transmis par des moustiques et
32
RENAVIRIDAE
Ce sont des virus ARN pliomorphes, envelopps dont la taille varie entre 50 et 300 nm
de diamtre Ils contiennent des granulations denses aux lectrons, riches en ARN, qui
ressemblent des nbosomes (32) et donnent l'apparence de grains de sable (en grec,
arena signifie grain de sable) Leur gnome consiste en deux simples brins d'ARN polarit positive ou ambisens Ils peuvent tre linaires ou en boucle Les infections sont des
zoonoses Les diffrents Arnavirus infectent asymptomatiquement et de faon persistante
diverses espces de rongeurs, et 1 homme s'infecte par contact avec leurs djections Le
virus de la chonomningite lymphocytaire est le seul Arnavirus rencontre en Europe II
est excrt dans les urines de souris (Mus musculus) et il est une des rares causes de
mningite aseptique Les autres Arnavirus sont 1 origine de fivres hmorragiques
virales En Afrique de 1 Ouest, le virus de la fivre de Lassa infecte de faon persistante le
rongeur Mastomys natalensis, dans les urines duquel il est excrt L inhalation ou l'ingestion d'urine peut entraner une infection qui peut tre asymptomatique ou varier d'une
simple pharyngite a une fivre hmorragique svre, avec saignement cutan et viscral.
L'hypothse d une transmission de personne a personne ne peut tre exclue Les
virus des fivres hmorragiques sud-amricaines, Junin (en Argentine), Machupo
(en Bolivie) et Sabia (au Venezuela) infectent de faon persistante les rongeurs du
genre Calomys. Ils produisent des tableaux cliniques similaires celui de la fivre de
Lassa
BUNYAVIRIDAE
Ils constituent une grande famille de virus, dont certains sont transmis par des insectes
(Bunyamwera, Nairo et Phlbovirus), certains infectent des plantes (Tospovirus), d'autres
causent des zoonoses (Hantavirus) Cependant, tous sont des virus sphnques (95 nm),
33
0
<Jl
31 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Togavirus.
La particule sphrique enveloppe a un diamtre de 60 70
nm, avec des spicules glycoprotiques sa surface. La nuclocapside est icosadrique (25
35 nm de diamtre). Le gnome
est simple brin, polarit positive (12 kb). (barre = 70 nm)
32 Microphotographie
lectronique d'une coupe
mince d'un Arnavirus.
Virus ARN envelopp, sphrique, avec un gnome essentiellement positif. Les granules
denses aux lectrons (flche) sont
riches en ARN et ressemblent
des ribosomes. (barre = 200 nm)
33 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un virus Puumala. C'est un Hantavirus
de la famille des Bunyaviridae. Ces virus sont envelopps, avec un gnome ARN
ambisens dans une capside
symtrie cubique. L'enveloppe a
un aspect de mosaque, (barre =
100 nm)
36
envelopps (33), nuclocapside de symtrie cubique. Leur gnome ARN est compos
de trois segments linaires, polarit surtout ngative bien qu'en partie ambisens. Les
virus Bunyamwera se rencontrent dans le monde entier, sont transmis par des moustiques
et peuvent causer des encphalites (ex. La Crosse), des myalgies fbriles (ex. Guama), ou
une fivre sans point d'appel (ex. Tahnya). On distingue environ 45 Phlbovirus, mais
tous ne sont pas pathognes pour l'homme. La fivre phlbotomes est transmise par
ces insectes et consiste en une affection fbrile avec cphale, photophobie et douleurs
articulaires. La maladie est spontanment rsolutive avec gurison complte, aucun dcs
n'ayant t rapport. Les Nairovirus sont transmis par des tiques; la principale infection
est la fivre hmorragique de Crime-Congo, dont la transmission peut tre aussi interhumaine. Enfin, les Hantavirus infectent de faon persistante diverses espces animales
(surtout des rongeurs), et sont excrts dans leur urine et leur salive. Il existe deux syndromes cliniques distincts. Les fivres hmorragiques avec syndrome rnal (FHSR) ont
une rpartition mondiale. Les formes svres surviennent en Extrme-Orient (Hantaan) et
dans les Balkans (Fojnica, Porogia), les formes modres (Soul) dans le monde entier,
et les formes bnignes dues au virus Puumala dans le nord de l'Europe (nphropathie
pidmique). Le syndrome pulmonaire Hantavirus rcemment dcrit est d au virus de
Muerto Canyon; plusieurs cas grevs d'une forte mortalit (environ 60%) sont survenus
travers toute l'Amrique du Nord.
Le diagnostic de ces infections repose sur la srologie, la dtection d'antignes, la culture ou la RT-PCR. Il est ncessaire de disposer d'installations confines spciales, de
haute scurit biologique.
FILOVIRIDAE
Ce sont des virus envelopps nuclocapside hlicodale. Ils forment des structures en
btonnet, voire des filaments ramifis (34) pouvant atteindre. 14 mm de long pour un dia-
34 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du virus Ebola,
de la famille des Filoviridae. Il s'agit d'un virus ARN,
envelopp, filamenteux, parfois
ramifi, symtrie hlicodale.
(barre = 200 nmj
37
RHABDOVIRIDAE
Le virus de la rage est le plus grand pathogne humain. C'est un virus en forme de balle
de revolver, envelopp, avec une nuclocapside hlicodale (35). Son gnome est compos d'ARN simple brin, polarit ngative (13 16 kb). Il appartient au genre des Lyssavirus (du grec iyssa, signifiant rage). La rage est une zoonose. Le risque majeur de
transmission provient des chiens adultes non vaccins. Linfection peut aussi tre transmise par les chauves-souris vampires, les renards, les chats, les ratons laveurs et les chacals. La contamination se fait en gnral par morsure, mais peut aussi rsulter de
l'inoculation de salive dans des plaies ouvertes, ou mme d'un passage travers les
muqueuses. Le virus monte au cerveau via les nerfs priphriques. La priode d'incubation varie selon la distance entre le point d'inoculation et le cerveau, de 9 jours jusqu'
aussi loin que 3 ans.
-v
CORONAVIRIDAE
Les Coronavirus sont des virus pliomorphes, envelopps, de symtrie hlicodale, avec
des spicules glycoprotiques de surface en forme de massue (36). On distingue deux
35 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du virus de la
rage. C'est un virus hlicodal
envelopp, ARN ngatif. Il a
la forme d'une balle de revolver.
{barre = 50 nm)
38
ORTHOMYXOVIRIDAE
Les virus influenza, agents de la grippe, sont des virus envelopps ARN avec une
nuclocapside hlicodale et un gnome linaire, simple brin, segment, polarit ngative (37). On distingue trois types de virus influenza (A, B et C), selon la nature antignique de la capside protique.
Il existe une bordure de spicules glycoprotiques la surface de ces virus qui mtervient dans l'attachement et la pntration dans la cellule hte (hmagglutinine), et la libration des particules virales (neuraminidase). Les anticorps dirigs contre ces spicules
36 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Coronavirus. C'est un virus hlicodal
envelopp, ARN ngatif, d'aspect pliomorphe. Remarquer les
spicules glycoprotiques caractristiques en forme de massue
(flches), {barre = 50 nm)
37 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du virus de la
grippe. C'est un virus hlicodal envelopp, ARN ngatif
linaire segment. Il possde
deux types de spicules glycoprotiques sa surface, responsables des activits
hmagglutinine (HA) et neurominidase (NA). fborre OO nm)
39
confrent une immunit protectrice, et l'on produit des vaccins composs de spicules
d'hmagglutinine et de neuraminidase purifies (38). Malheureusement, la structure antignique des hmagglutinines (HA), et dans une moindre mesure des neuraminidases
(NA) du virus Influenza A peut varier. Cette variation peut survenir de deux faons : par
glissement ou par cassure antignique. Le glissement antignique est un changement lent
qui correspond l'accumulation progressive de substitutions nuclotidiques dans le gne
de l'hmagglutinine; il en rsulte une variation annuelle d'environ 1% dans la composition
de HA en acides amins. Cette variation est la cause des pidmies de grippe qui affectent chaque hiver une partie de la population. La cassure antignique est un changement
majeur rsultant de recombinaisons entre diffrents virus de la grippe. Elle entrane l'apparition d'un virus dot d'un nouvel antigne HA, et d'une pandmie mondiale.
38 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative des glycoprotines hmagglutinine
(HA) et neuraminidase
(NA). Celles-ci ont t prpares partir de virus entiers, par
solubilisation de l'enveloppe et
sparation de la nudocapside
par centrifugation. HA prend un
aspect toile, et NA une forme
en roue de charette (flche). Elles
sont utilises comme fractions
vaccinales en prvention de la
grippe, (barre = 50 nmj
39
Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du virus de la
rougeole (Paramyxovirus).
L'enveloppe lipidique a clat,
permettant de voir l'aspect
caractristique en chevrons
(flche) de la nudocapside hlicodale. (barre = 100 nm)
40
PARAMYXOVIRIDE
Les Paramyxoviridae sont aussi des virus envelopps avec une nudocapside hlicodale
(39). Ils diffrent des Orthomyxovirus par un ARN gnomique non segment. On distingue trois genres principaux qui sont pathognes pour l'homme, savoir les Parainfluenzavirus, Morbillivirus et Pneumovirus. Les Parainfluenzavirus (1, 2, 3, 4a, 4b) sont
responsables d'infections respiratoires, y compris de laryngites du nourrisson. Un autre
membre du genre, le virus des oreillons, est responsable d'une infection aigu de l'enfance, caractrise par une parotidite, et parfois une orchite, une pancratite et une
mningite aseptique.
Le virus de la rougeole est le Morbillivirus humain; le virus de la maladie de Carr
infecte les chiens et celui de la peste des petits ruminants infecte le btail. La rougeole est
un exanthme aigu de l'enfance, dont les effets sont dsastreux dans les pays en voie de
dveloppement. Le diagnostic des infections Ortho- et Paramyxovirus peut tre ralis
par immunofluorescence directe, culture virale, RT-PCR, ou srologie.
RETROVIRIDAE
II s'agit d'une grande famille de virus envelopps nudocapside cubique (40).
Chaque nudocapside contient deux copies du gnome d'ARN linaire, simple brin,
polarit positive (3,5 9 kb). Ces virus ont la capacit de faire revenir (en grec rtros
signifie en arrire) leur gnome d'ARN un provirus ADN double brin qui devient,
alors, partie intgrante du gnome de la cellule hte. Ceci est d aux produits des gnes
de la rgion pol (41), notamment une transcriptase inverse, une endonudase et une intgrase.
Il y a trois sous-familles principales de Retroviridae. Les Spumavirus provoquent
une intense vacuolisation des cellules infectes, ressemblant de la mousse (du grec
40
Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du virus de
l'immunodficience
humaine (Rtrovirus). Les
spicules glycoprotiques
(composes de trois molcules de
gp120 et de gp41 ) sont visibles
la surface. Le virus possde
une nudocapside cubique
contenant deux copies du
gnome ARN simple brin
polarit positive, (barre =
100nm)
41
42
spuma qui signifie cume) Aucune association une maladie n'a pu tre dmontre Les
Lentivirus ont une longue priode d'incubation (du latin lentus, lent) Les principaux
agents pathognes pour l'homme sont les virus de 1 immunodficience (VIH) 1 et 2, qui
peuvent tous deux entraner le dveloppement d'un syndrome d'immunodficienc
acquise (SIDA) Le virus VIH-1 s attache aux cellules exprimant son rcepteur (l'antigne
CD4), et pntre l'intrieur de celles ci grce ses spicules glycoprotiques de surface
(42) Ces spicules sont constitues de deux glycoprotmes (gp41 et gpl20), codes par la
rgion eni/du gnome La capside et les protines de la matrice (ex p24 et pl7, respectivement) sont codes par la rgion gag (.group spcifie antigen)
Les Oncovirus sont une sous famille encore mal dfinie et comprennent quatre sousgroupes morphologiques distincts Cette classification repose essentiellement sur l'aspect
de coupes cellulaires en microscopie lectronique (43) Les particules de type A, de 60
90 nm de diamtre, sont intracellulaires Les particules de type B s'observent la suite du
bourgeonnement d'une capside prforme travers la membrane cytoplasmique Elles
mesurent de 125 130 nm de diamtre, et possdent un noyau excentr dense aux lectrons Le virus de la tumeur mammaire de la souris est caractristique de ce groupe Les
particules de type C ont une nuclocapside qui s'assemble au niveau de la membrane
cytoplasmique au moment du bourgeonnement, mesurent de 80 120 nm de diamtre, et
contiennent une partie centrale dense aux lectrons Les Oncovirus de type C comprennent les virus des leucmies munne, fline et simienne Les particules de type D ont un
centre en forme de barreau caractristique l'intrieur d'une enveloppe dpourvue de
bordure en surface Le virus de la leucmie humaine cellules T (HTLV-1) est un virus
de type C, responsable chez l'homme de la paraparsie spastique tropicale et de leucmie cellule T de l'adulte.
VIRUS A ADN
Les infections causes par les virus ADN sont recenses dans le tableau 44.
43 Microphotographie
lectronique d'une coupe
mince de nuclocapsides
intracellulaires
d'Oncovirus de type B.
(barre = 200 nm)
43
44
PARVOVIRIDAE
Ce sont les plus petits des virus (18 21 nm). Ils sont nus et ont un gnome linaire
simple brin de 5 kb, polarit en gnral ngative (45). Le Parvovirus B19 est pathogne
pour l'homme. 11 est responsable chez l'enfant d'une maladie fbrile appele mgalrythme pidmique ou cinquime maladie. Chez l'adulte, il peut aussi tre l'origine d'arthrite au long cours. Ce virus infecte particulirement les cellules mdullaires prcurseurs
de la ligne rythrocytaire (l'antigne de groupe sanguin P est le rcepteur du virus).
Chez les patients souffrant d'anmie hmolytique (ex. sphrocytose hrditaire ou thalassmie), l'infection peut entraner des aplasies au cours desquelles le taux sanguin d'hmoglobine peut chuter rapidement. Les Parvovirus peuvent aussi passer la barrire
placentaire pour infecter le ftus, provoquant des accouchements prmaturs, des avortement ou mme des anasarques fto-placentaires dans 5 7% des cas Le diagnostic
repose sur la dtection du gnome viral ou la mise en vidence d'IgM anti-Parvovirus.
PAPOVAVIRIDAE
On distingue deux sous-familles chez les Papovaviridae. Les Polyomavirus (JC et BK) causent rarement des maladies chez l'homme. Tous deux sont excrts de faon persistante,
dans les urines surtout, aprs l'infection initiale. Le virus JC peut entraner une infection
neurologique svre (leucoencphalopathie multifocale progressive), chez des patients
immunodprims.
Les Papillomavirus humains (HPV) forment un grand groupe de virus ADN, nus,
symtrie cubique (46). Ils ont un gnome circulaire double brin d'environ 8 000 paires de
bases (8 kpb). Ils sont difficiles cultiver, car ils requirent des cellules cutanes diffrencies pour se rpliquer. Ils sont diviss en plus de 60 gnotypes selon leur squence
45 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du Parvovirus
B19. Virus nu, cubique, avec un
gnome ADN simple brin. Il est
responsable de la cinquime
maladie, (barre = 100 nmj
45
ADENOVIRIDE
Ce sont des virus nus icosadriques (47), possdant un gnome d'ADN double brin
linaire de 36 38 kpb. Il existe environ 42 srotypes d'Adnovirus. Les srotypes sont
associs diffrentes infections, parfois asymptomatiques, comme avec les Entrovirus.
Jusqu' 10 % des pneumonies de l'enfant seraient dues aux Adnovirus de types 1, 2, 3, 5
46 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Papillomavirus. Virus nu, cubique, avec
un gnome circulaire d'ADN
double brin. Il existe plus de
60 gnotypes de Papillomavirus
humains, (barre = OO nmj
47 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un Adnovirus.
C'est un virus nu, avec un
gnome ADN double brin. La
capside est forme de 20
facettes triangulaires, chacune
constitue de capsomres globuleux. (barre = 50 nm)
46
HEPADNAVIRIDAE
Le virus de l'hpatite B (HBV) est un petit virus envelopp (42 nm) nuclocapside icosadrique (48). Son gnome d'ADN (3,2 kpb) est double brin, l'un des brins formant une
boucle complte et le brin complmentaire une boucle partielle. Le virus HBV est l'un
des agents d'hpatite acquise par voie parentrale. La priode d'incubation est longue (2
6 mois).
Chez un certain nombre de patients (en particulier lorsque l'infection est acquise la
naissance), l'infection n'est pas limine par le systme immunitaire, et persiste dans les
hpatocytes. Cette persistance peut entraner une hpatite chronique, voire un carcinome
hpatocellulaire. Les patients infects de faon aigu ou persistante peuvent prsenter
des virions circulants complets (particules de Dane), ainsi que des tubules et des vsicules contenant l'antigne de surface HBs (49). La dtection de l'antigne HBs dans le
sang d'un patient ne prsentant pas d'hpatite aigu signe une infection persistante. La
prsence de l'antigne HBe signale des patients risque lev de transmettre l'infection,
mme avec un petit volume de sang, par exemple lors d'une blessure par piqre d'aiguille. Si un donneur est HBe-ngatif, il est probable que seul un grand volume de sang
pourra transmettre l'infection (par exemple une transfusion sanguine).
48
Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du plasma d'un
patient atteint d'infection
aigu par le virus de l'hpatite B. Les particules virales
entires (particules de Dane, d)
ont une enveloppe lipidique et une
nuclocapside cubique contenant
le gnome en boucle d'ADN
double brin. Les tubules (t) et les
vsicules (v) sont constitues seulement de lipides de l'enveloppe
virale, (barres 100nml
47
HERPESVIRIDAE
Les Herpsvirus forment une grande famille de virus envelopps nuclocapside icosadrique (50). Ils possdent un gnome linaire double brin (120 200 kpb). On connat
l'heure actuelle huit Herpsvirus humains (HHV-1 HHV-8), qui, aprs une transmission
initiale, entranent une infection latente ou persistante. Le virus herps simplex de type 1
(HHV-1) reste latent dans le ganglion du nerf trijumeau et peut tre ractiv, produisant
une pousse de bouton de fivre. Le virus herps simplex de type 2 (HHV-2) est l'agent
de l'herps gnital. Le virus varicella-zoster (VZV, HHV-3) est l'agent de la varicelle et sa
50 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un virus herps
simplex. Virus envelopp,
capside cubique, et gnome
d'ADN linaire double brin. Il
existe huit types diffrents
d'Herpsvirus humains.
(barre = 100nm)
48
POXVIRIDAE
Ce sont les plus grands (350 x 400 nm) et les plus complexes des virus. Il peuvent prsenter une enveloppe lipidique (52), mais qui n'est pas absolument ncessaire, l'infecti-
52 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative du virus de la
variole. Bien que l'enveloppe
lipidique soit visible, elle n'est
pas ncessaire l'infectivit.
(barre = 300 nm)
49
53 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative de orf, un Parapoxvirus. Virus complexe,
dont le gnome d'ADN double
brin est linaire. La structure
rgulire de sa surface est
caractristique des Parapoxvirus.
(barre = 300 nmj
54 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un virus du
molluscum contagiosum.
Ce virus ne peut tre maintenu
en culture artificielle. Il est dcrit
comme ressemblant une pelotte
de fil. (barre = 300 nm)
50
VIROLOGIE DIAGNOSTIQUE
Bien que la prsence d'une infection virale puisse parfois tre dduite de marqueurs non
spcifiques, tels qu'une lymphocytose leve (dans le sang ou le LCR par exemple), le
diagnostic prcis repose sur le dpistage du virus, d'antignes viraux, du gnome viral,
ou encore sur la mise en vidence d'une rponse srologique au virus (55).
5?
Les virus peuvent tre cultivs chez l'animal (ex. souriceau nouveau-n pour les virus
Coxsackie B), sur uf embryonn (ex. virus grippal, Poxvirus), ou sur cultures cellulaires.
Les animaux sont aujourd'hui peu utiliss.
Les ufs de poule embryonns peuvent servir l'isolement de nombreux virus, en utilisant des sites d'inoculation spcifiques pour chacun (57). titre d'exemple, les virus
grippaux sont cultivs dans la cavit amniotique, les Parainfluenzavirus dans l'allantode,
le virus de l'encphalite de St Louis sur la membrane vitelline, et les Poxvirus sur la membrane chorio-allantode (58). Cependant, on dispose de lignes cellulaires permettant la
culture de la plupart des virus, et les ufs embryonns sont de moins en moins
employs. En fait, leur principale utilisation est la culture grande chelle des virus de la
grippe et de la rougeole, pour la production de vaccins.
La possibilit de cultiver des cellules humaines ou d'autres mammifres a permis de
grands progrs en virologie animale, en fournissant un substrat pratique pour la culture
virale. Les cellules mammaliennes peuvent tre facilement cultives dans des flasques de
plastique contenant un milieu appropri (59), et croissent en suspension ou en adhrant
au plastique du rcipient. Les cellules peuvent provenir directement de tissus vivants
normaux et sont alors appeles cultures cellulaires primaires. Leur dure de vie est en
gnral limite. Des cellules transformes, obtenues partir de tumeurs malignes ou
56 Microphotographie
lectronique directe en
coloration ngative de
scrtions bronchiques
d'un enfant souffrant de
bronchiolite obstructive. Un
Adnovirus a t cultiv partir
de ce prlvement, (barre =
200 nml
52
58 Membrane thorio-allantode
avec des lsions caractristiques de
Poxvirus.
59 Flasques plastiques
usage unique contenant
une monocouche de cellules dans un milieu de
croissance.
53
61 Monocouche de
cellules de rein de singe
vert africain (Vero).
54
62 Effet cytopathique
typique d'un virus herps
simplex sur cellules de
rein de singe vert africain
(Vero). Les placards (flches)
sont formes de cellules ayant
fusionn.
63 Effet cytopathique
typique du Cytomgalovirus sur les cellules MRC-5.
Les grandes cellules rfringentes
sont infectes par le virus.
64 Effet cytopathique
induit par le Poliovirus sur
cellules Vero. Les cellules sont
tues, mais un aspect similaire
peut tre induit par d'autres virus
ou certaines toxines.
55
66 Mise en vidence de
l'antigne prcoce du CMV
par immunofluorescence
directe. Les cellules MRC-5
infectes par le Cytomgalovirus
sont colores par un anticorps
marqu la fluorescine dirig
contre l'antigne prcoce feor/y
antigenj du CMV. Cet antigne
apparat dans les 24 48
heures suivant la mise en culture
du virus.
56
57
7^ Cancer intrapithlial
du col utrin, de stade 1.
Coloration par la phosphatase alcaline couple c
un anticorps monoclonal
anti-Papillomavirus
humain (HPV). Les cellules
exprimant des antignes HPV
sont colores en bleu
58
,
f
c'est--dire qu'il faut un examen spar pour chaque pathogne test, au contraire de la
microscopie lectronique ou des cultures cellulaires, qui sont des techniques attrapetout . Les tests immunologiques varient selon la mthode 'de dtection du complexe anti
gne-anticorps utilise
ELISA (enzyme linked immunosorbent cissay)
ls
On utilise des techniques ELISA par capture d'antigne (72). Ce type de dosage existe
pour de nombreux virus entropathognes (Rotavirus, Astrovirus, Adnovirus 40/41, agent
72 Capture d'antigne ELISA. Les puits sont recouverts d'anticorps dirigs contre le
virus L'chantillon contenant le virus (1) est mis en contact, et aprs plusieurs lavages, on
ajoute un second anticorps antiviral, coupl un enzyme (2) Aprs un autre cycle de lavage,
le substrat de l'enzyme (3) est a|out Une coloration se dveloppe si l'antigne viral est prsent dans l'chantillon (4)
59
de Norwalk), pour le virus de l'hpatite B (antignes HBs, HBe, HBc) et le VIH (antigne
p24) Dans chaque cas se produit une reaction colore dont l'intensit est proportionnelle
la quantit d'antigne prsent (73).
Agglutination de particules de latex
On utilise de petites particules de latex recouvertes d'un antisrum spcifique d'un virus
(74). Si ce dernier est prsent dans l'chantillon, il se fixe aux particules recouvertes d'anticorps, dissociant la solution lactescente en agrgats visibles l'il nu (75). Des tests
latex sont disponibles pour le diagnostic des infections Rotavirus ou virus respiratoire
syncytial. Ces techniques sont en gnral moins spcifiques et moins sensibles que les
dosages ELISA.
73 Plaque ELISA avec puits positifs (jaune/marron) et ngatifs.
Dans ce cas, l'enzyme utilis est la phosphatase alcaline et les anticorps dtects
sont ceux dirigs contre le virus de l'hpatite C.
60
Immunofluorescence
L'immunofluorescence, directe ou indirecte, est applique la dtection d'antignes
viraux en solution ou dans des cellules. Elle fournit un diagnostic rapide et sensible des
infections respiratoires (ex. virus respiratoire syncytial, Parainfluenzavirus, virus de la
grippe et de la rougeole). Ces virus infectent les cellules de tout l'arbre respiratoire. Ainsi,
des cellules dsquames obtenues par aspiration nasopharynge sont-elles fixes sur des
lames de microscope et colores avec des antisrums marqus la fluorescine, spcifiques de chaque virus, raison d'un anti-srum par lame (76). La mthode s'applique
galement la dtection rapide de la virmie Cytomgalovirus L'antigne p66 du CMV
peut tre mis en vidence dans les polynuclaires neutrophiles du sang priphrique
(77).
76 Immunofluorescenc*
directe de cellules
nasopharynges d'un
enfant atteint de
bronchiolite due au virus
respiratoire syncytial.
61
77 Immunofluorescence
directe de polynuclaires
neutrophiles du sang priphrique chez un patient
atteint d'infection aigu
par le Cytomgalovirus.
Des anticorps anti-protine p66
conjugus la fluorescine sont
utiliss pour dtecter les polynuclaires contenant le CMV.
62
79
Coupe sophagienne
63
64
82 quipement ncessaire
l'lectrophorse en gel
d'agorose des produits de
PCR, incluant un gnrateur (p), et une cuve
lectrophorse (t).
65
85 Rponses immunitaires
primaires et secondaires. Lors de
l'exposition initiale un antigne (vaccin ou
pathogne), la production d'anticorps est
maximale en 2 3 semaines, et les anticorps
produits sont surtout des IgM, de faible
affinit. A la seconde exposition, la rponse
est plus intense et rapide (2 3 jours). Les
anticorps produits sont haute affinit,
principalement des IgG et IgA.
66
Une grande varit de techniques de dtection des anticorps viraux est disponible. La
fixation du complment (87) est une mthode prouve. Cependant, elle souffre d'une
sensibilit moyenne, est techniquement dlicate, et dtecte de faon indiffrencie les
67
68
IgM et les IgG. Elle est de moins en moins utilise comme outil diagnostic, mais garde
encore une valeur certaine (88).
Les anticorps dirigs contre le virus des oreillons, le virus de la grippe ou les Parainfluenzavirus, peuvent se fixer sur les spicules d'hmagglutinine de leurs virus respectifs,
et empcher ainsi la liaison de ces derniers aux rcepteurs rythrocytaires (les acides sialiques). On peut donc estimer le taux d'anticorps par inhibition d'hmagglutination (89).
Pour doser des anticorps neutralisants, on mesure leur capacit inhiber la rplication
virale. Tous les anticorps de la rponse immunitaire l'infection ne sont pas neutralisants,
et cette mthode est surtout utilise pour le typage de certains virus (diffrenciation des
Echovirus, par exemple). L'ELISA est probablement la plus sensible et la plus polyvalente
des techniques. Deux configurations sont disponibles (90). Dans la premire, des antignes viraux recouvrant le fond des puits sont mis en contact avec des dilutions des
srums. La dtection des complexes antigne-anticorps du patient se fait par adjonction
d'un anticorps anti-humain coupl un enzyme appropri En utilisant des conjugus
enzymatiques anti-IgG, IgA, IgM, ou mme anti-IgE humaines, on dtecte sparment les
diffrentes classes d'anticorps antiviraux. Dans la seconde configuration, les puits sont
recouverts d'anticorps anti-IgG, anti-lgA, ou anti-lgM humaines, qui capturent tous les anticorps de ces classes prsents dans l'chantillon. On ajoute alors l'antigne viral spcifique, puis un anticorps conjugu un enzyme, spcifique de l'antigne. Cette mthode
est des plus utiles quand les taux d'anticorps sont relativement faibles, par exemple pour
dtecter des IgA, IgM, ou IgG spcifiques dans la salive.
88 Plateau de l'OMS
montrant une raction de
fixation du complment.
Une hmolyse signifie l'absence
d'anticorps antiviral; l'absence
d'hmolyse signifie que l'anticorps antiviral est prsent. Le
srum prlev chez le patient
avant transplantation montre des
anticorps anti-CMV la dilution
au 1/10. Un chantillon prlev
huit semaines aprs la transplantation, lors d'un rejet, montre
que le titre est mont au 1 /640.
69
90 Dtection d'anticorps antiviraux par mthode ELISA. La technique d'immunocapture fournit des ractions plus sensibles pour dtecter les IgG, les IgA ou les IgM dans la salive.
70
Les infections bactriennes sont responsables de maladies allant de l'angine bnigne aux
pidmies de cholra et de peste. Les bactries sont des micro-organismes remarquablement adaptables, l'origine de maladies graves ou de simple colonisation de la peau.
Elles sont capables de survivre et se multiplier dans l'environnement et certaines forment
des spores qui survivent pendant des dcennies. Un grand nombre parasite les animaux,
et n'infecte l'homme que par hasard. D'autres ne peuvent survivre qu'au contact intime de
leur hte humain. Alors que la plupart des bactries se rpliquent en quelques heures ou
jours, d'autres ont une croissance beaucoup plus lente, entranant des infections chroniques difficiles traiter. En plus d'une grande diversit d'habitat, les bactries ont unimportant potentiel d'adaptation gntique. Elles contiennent souvent de l'ADN plasmidique, capable de transfrer du matriel gntique au sein de l'espce ou vers des
espces diffrentes. Cette adaptabilit gntique peut accrotre la fois leur pouvoir
pathogne et leur rsistance aux antibiotiques.
71
91
72
Chez les bactries Gram positif, la paroi est constitue presque exclusivement de la
couche de peptidoglycane, laquelle sont associs des polymres d'acide teichoque
(92). Les bactries Gram ngatif ont une paroi plus complexe. La couche de peptidoglycane est plus fine que celle des Gram positif, et elle est entoure par une membrane
73
74
75
76
77
97 Bactries anarobies.
78
La plupart des bactries peuvent tre cultives sur des milieux de culture artificiels
fournissant les nutriments ncessaires la croissance. Certaines bactries sont des para^
sites intracellulaires obligatoires (telles les Rickettsia, Chiamydia, ou Coxiell), et sont cultivables seulement in vivo ou sur des cultures cellulaires.
Les bactries cultivables peuvent pousser sur des milieux nutritifs non slectifs comme
la glose au sang, ou sur des milieux slectifs, dans lesquels la prsence d'adjuvant (ex
la bile dans le milieu de MacConkey) ou d'antibiotique (ex. vancomycine ou colistine)
permet de limiter la pousse certaines espces seulement. II existe des bactries strictement anarobies qui ne se dveloppent qu'en atmosphre dpourvue d'oxygne Dans un
laboratoire de diagnostic, on utilise des milieux et des conditions de culture diffrents
pour isoler telle ou telle bactrie partir d'chantillons cliniques (98).
Si les caractres microscopiques et culturaux de quelques bactries permettent parfois
une identification prsomptive (ex. Vibrio cholerae, Neisseria meninsitidis) des examens
complmentaires sont en gnral ncessaires pour la confirmer. Beaucoup de ces tests
sont biochimiques, et des bactries d'apparence similaire la coloration de Gram et en
culture peuvent tre diffrencies par la fermentation d'hydrates de carbone ou par
d'autres ractions chimiques (99). Chez plusieurs espces (ex. Salmonella enterica
N. meninsitidis), des sous-types sont dfinis par des diffrences antigniques, mises en
vidence par agglutination avec des antisrums spcifiques (100).
79
80
81
82
83
84
101
85
102
103
86
87
^4
Staphylococcus
aureus. Coloration de Gram
montrant les cocci Gram positif
en amas typiques. S. oureus
est un pathogne important, responsable d'infections cutanes,
ostomylites, septicmies et
pneumopathies. S. aureus est
coagulase positive.
{Gram, xlOOOf
105
Staphylococcu5
aureus. Coloration de Gram
d'hmoculture d'un patient septicmique. Une septicmie
S. oureus peut rsulter de l'infection d'une blessure mineure.
{Gram, x1000)
106
Staphylococcus
aureus. Coloration de Gram
de pus de blessure infecte
S. aureus. Remarquer les cocci
Gram positif et les polynuclaires
altrs colors en ros.
(Gram, x1000f
88
37 "Cl
108
Staphylococcus
89
90
113
91
92
Streptocoques
Les streptocoques sont des cocci Gram positif diffrenciables des staphylocoques par
l'absence de catalase (116).
5. pyogenes est un pathogne responsable de toute une gamme d'infections superficielles et profondes. Il forme des chanettes de cocci dans les prparations colores au
Gram (117). La figure 118 montre une coloration de Gram de 5. aga/acffae (streptocoque
du groupe B) dans l'hmoculture d'un nouveau-n septicmique.
Les streptocoques peuvent tre classs selon l'hmolyse qu'ils produisent sur glose au
sang. 5. pyogenes produit une hmolyse claire de type P (119)
Les streptocoques p-hmolytiques sont diviss selon la classification de Lancefield, qui
repose sur le typage d'un antigne polysaccharidique de paroi (120). 5. pyogenes appartient au groupe A et 5. agalactiae au groupe B de Lancefield.
L'hmolyse de type a est partielle et produit une zone verdtre autour des colonies.
S. pneumoniae (121) et 5. viridans (122) sont a-hmolytiques; sur les gloses se trouve un
disque d'optochine qui diffrencie S. pneumoniae (sensible l'optochine) des autres
streptocoques a-hmolytiques. 5. pneumoniae peut aussi tre identifi par solubilisation
dans les sels biliaires (123). 5. pneumoniae possde un aspect caractristique en diplocoque la coloration de Gram (124 et 125)
La plupart-ds-streptocoques intestinaux sont aujourd'hui classs dans le genre Enterococcus Ils'poussent sur le milieu de MacConkey qui contient de la bile (126). Les entrocoques se diffrencient des streptocoques par leur capacit rduire la liqueur de
tournesol (127). Les streptocoques du groupe milleri (128) sont des germes microarophiles associs des abcs abdominaux et crbraux.
116 Recherche d'une activit catalase. Les staphylocoques (catalase positive) et les
streptocoques (catalase ngative) peuvent tre diffrencis par ce test. Les germes producteurs
de catalase peuvent dissocier le peroxyde d'hydrogne en oxygne et en eau. Un petit inoculum bactrien est introduit dans un tube contenant 2 3 ml de H^O;. Un dgagement de
bulles s'observe avec les germes catalase positive. A gauche : catalase ngative; droite :
catalase positive. (Aspect aprs 1 minf
0'
117 Streptococcus pyogenes. Coloration de Gram montrant des cocci Gram positif
en chanettes typiques. Les streptocoques des diffrents groupes de Lancefield ont un aspect
similaire au Gram. (Gram, x1000)
94
119
Culture de Streptococcus pyogenes sur glose au sang. Les colonies sont
entoures d'une zone d'hmolyse claire de type p. La bote contient un disque de bacitracine,
laquelle S. pyogenes est sensible ( la diffrence de la plupart des autres streptocoques phmolytiques). (Glose au sang, 18 h 37 Cj
120
Groupage de Lancefield. Les streptocoques sont classs dans diffrents groupes,
selon la nature d'un antigne polysaccharidique de paroi. On peut utiliser une technique d'agglutination sur lame avec des antisrums spcifiques de chaque groupe. La raction est positive
dans le cercle du milieu. (Agglutination aprs 2 min temprature ambiante)
95
121
Streptococcus pneumoniae. Culture sur glose au sang. Remarquer l'hmolyse de
type a (verdtre) des colonies. La bote contient un disque d'optochine, ractif auquel S. pneumoniae est sensible, la diffrence des autres streptocoques a-hmolytiques. (Glose au sang,
18 h 37 "Cl
122
Streptococcus viridans . Culture sur glose au sang montrant l'hmolyse a et
la rsistance l'optochine. Ces streptocoques font partie de la flore buccale normale, mais sont
aussi responsables d'endocardites bactriennes chez des patients prsentant des anomalies
congnitales ou acquises des valves cardiaques. (Glose au sang, 18 h 37 C)
96
123 Jcst de solubilit dans la bile. Test supplmentaire pour diffrencier les pneumocoques des autres streptocoques a-hmolytiques. Un fort inoculum du germe tudi est mis en suspension dans du srum physiologique, puis on ajoute un sel biliaire (ex. dsoxycholate de sodium).
Ce dernier permet la dissolution du pneumocoque, et clarifie la solution trouble. gauche 5 viridans; droite 5. pneumoniae. {Solubilisafion en 3 min aprs l'addition du sel biliaire)
124
Streptococcus pneumoniae. Coloration de Gram montrant les diplocoques
Gram positif lancols typiques de S. pneumoniae (pneumocoque). Crachat d'un patient au
cours d'une pneumonie pneumocoque. {Gram, x1000j
97
125
Sfreptococcus pneumoniae. Coloration de Gram du liquide cephalorachidien
d'un patient prsentant une mningite pneumococcique. Les halos clairs entourant les diplocoques sont dus la prsence d'une capsule. (Gram, x1000l
126
Enterococcus faeca-
98
127
Enterococcus faecalis. Dcoloration de la liqueur de trounesol. La souche
tudie est incube 4 h 37 C dans la liqueur de tournesol. Les entrocoques dcolorent le
ractif ( droite) Le contrle ngatif ( gauche) est un streptocoque a-hmolytique non groupable. f4 h 37 C]
128
Streptocoque du
groupe milleri . Commensales du tube digestif, mais
associes des abcs intraabdominaux, ces bactries produisent de petites colonies sur
glose au sang. (Glose au
sang, 18 ^!,'37's];":-^
'.'.<''' ^
99
Listeria monocytogenes est responsable d'infections nonatales et chez l'immunodprim C'est un petit bacille Gram positif (136) produisant des colonies claires et
p-hmolytiques sur glose au sang (137).
mn
101
132 Bacillus anthracis. Coloration au bleu de mthylne polychrome (raction de McFadyean). La capsule est colore en ros-mauve. (Bleu de mthylne polychrome, x1000)
133
Bacillus anthracis/B. cereus. Culture sur glose au sang, montrant de grandes colonies gris-blanc aux bords onduls. Les espces de BaAs saprophytes sont habituellement hmolytiques. Le charbon est extrmement infectieux et de grandes prcautions doivent tre prises lors de
la manipulation d'chantillons au laboratoire. (Glose au sang, 18 h 37 Cf
709
0.?
134 Bacillus cereus. Coloration de Gram montrant de longs bacilles a Gram positif,
souvent disposes en chanettes 6 cereus est responsable d'intoxications alimentaires, et l'on
utilise un milieu slectif pour l'isoler des selles ou de l'alimentation (milieu MYPA mannitol,
[aune d uf, rouge de phnol et polymyxine) (Gram, xi 000}
135 Bacillus cereus, culture sur milieu MYPA. 6 cereus forme de grandes colonies
gris blanc, entoures par un halo de prcipite blanc Le milieu MYPA peut tre utilise dans l'investigation d'intoxications alimentaires pour isoler 8 cereus des selles ou de l'alimentation
(Glose au mannitol (aune d'uf, rouge de phnol et polymyxine, 18 h a 37 Q
104
137 Listeria monocytogenes. Culture sur glose au sang montrant de petites colonies
claires entoures d'un halo d'hmolyse p 1. monocytogenes peut pousser a +4 C (Glose au
sang 18 h a 37 C]
105
106
107
143 Corynebacterium hofmannii. Gros plan des colonies a 1 aspect conique surlev
(Glose au sang et tellunte 24 h a 37 C}
108
144
Test d'Elek dmontrant la toxinogense chez Corynebacterium diphteriae. Une bande de papier filtre contenant de l'antitoxine diphtrique est place sur une bote
de Ptri puis le milieu est coule La souche teste et deux souches indicatrices, l'une toxinogene
et l'autre non sont ensemences a angle droit de la bande Une souche toxinogene induit une
prcipitation en forme de V entre la toxine et l'antitoxine (Milieu d'Elek, 48 h a 37 C]
145
Diagnostic biochimique d'espce des corynbactries par la mthode
de Hiss. Les tubes contiennent de gauche a droite, du glucose, du maltose, du sucrose, de
l'amidon et de l'ure C diphteriae gravis acidifie le glucose, le maltose et l'amidon (Milieu
de Hiss avec diffrents sucres, rouge de phnol, 24 h a 37 Q
109
110
149 Culture de lactobacille sur glose au sang. Les lactobacilles poussent mieux
en atmosphre enrichie 5% de CO;, et forment de petites colonies claires. (Glose au sang,
18 h 37 "Ci
111
150
Entrobactries. Infections.
113
151
114
Entroboctries. Infections
152
115
153
116
117
155 Escherichia coli, coloration de Gram. La coloration montre les bacilles Gram
ngatif typiques des Enterobaclenaceae La plupart ont une morphologie identique, et ne peuvent tre diffrencis par la coloration de Gram (Grain, x1000)
156 Escherichia coli sur milieu de MacConkey. co/i forme des colonies ross fermentant le lactose Le milieu de MacConkey est slectif des bactries entnques, et contient des sels
biliaires, du lactose et un indicateur de pH, le rouge neutre Les colonies fermentant le lactose produisent des acides et colorent l'indicateur en rouge (Glose de MacConkey, 18 h 37 C)
118
119
161
E. co/i 0157 sur milieu de MacConkey et milieu de MacConkey au
sorbitol. co/i 0157 fermente le lactose et forme des colonies ross sur milieu de MacConkey standard ( gauche), compares aux colonies ne fermentant pas le sorbitol sur le milieu
slectif ( droite) (Gloses de MacConkey et MacConkey au sorbifol, 18 h 37 C}
162 Proteus mirabilis sur glose au sang. P mirabilis pousse en nappe, masquant
souvent les autres bactries dans les cultures mixtes. (Glose au sang, 18 h 37 C]
121
163 Escherichia coli et Shigella sonnei sur milieu de MacConkey. Les colonies
de S sonne! sont claires, ne fermentant pas le lactose, avec souvent une bordure ondule
caractristique E coli forme des colonies typiques, ross, fermentant le lactose. (Glose de
MacConkey, 18 h 37 "Cf
165
Salmonella enterifidis et Escherichia coli sur milieu XLD. Les colonies de
salmonelles sont rouges centre noir en raison de la production d'H;S. Les colonies de E co/i
sont jaunes (Milieu XLD, 18 h 37 Q
166,167 Salmonella enterifidis sur gloses SS (166) et DCA (167). Les milieux
SS (salmonelle-shigelle) et DCA (glose dsoxycholate-citrate) ,sont slectifs pour l'isolement de
ces pathognes partir des selles. Sur les deux, les salmonelles forment des colonies claires,
ne fermentant pas le lactose. (Gloses SS et DCA, 18 h 37 C)
123
168
169
124
172
125
173
Raction d'indole en tube. Certaines bactries hydrolysent le tryptophane en
indole, qui ragit avec le ractif de Kovacs en donnant une coloration rouge. . co/i" est indole
positive (droite), K pneumoniae est indole ngative (gauche). (Eau peptone, 24 h 37 C)
174
Raction au rouge de mthyle. Les entrobactries peuvent plus ou moins
abaisser le pH d'un milieu par fermentation du glucose Avec le rouge de mthyle, seules les
espces capables d'abaisser le pH des valeurs proches de 5 font virer l'indicateur au rouge.
E co/i est rouge de mthyle positif (droite), Enterobacter cloacae est rouge de mthyle ngatif
(gauche). (Glucose phosphate en eau peptone, 24 h 37 Q
126
175 Raction de Voges-Proskauer (VP). Certaines entrobactries fermentent le glucose en produisant de l'actylmthylcarbinol, qui est oxyd et reagit avec l'a-naphtol en donnant une coloration rouge Enterobacter aerogenes est VP positif (droite), E. col! est VP ngatif
(gauche). (Glucose phosphate en eau peptone , 48h 37 C, ajout de potasse et d'a-naphlol, et lecture au bout de 5 min)
176 Milieu au citrate de Simmons. Permet de distinguer les entrobactries qui peuvent
utiliser le citrate comme seule source carbone. L'indicateur est le bleu de bromothymol qui vire du
vert au bleu au cours de cette raction alcaline. Citrobacfer freundii est citrate de Simmons positif
( droite), E. co/iest ngatif ( gauche). (Milieu au citrate de Simmons, 18 h 37 C]
127
177 Rduction des nitrates. Le germe tudier est incub dans un bouillon contenant
des ions nitrate Au bout de 4 h, on met en vidence la rduction des nitrates en nitrites par
raction avec l'acide sulfanilique et l'alpha-naphtylamine, qui donne une coloration rouge.
Raction positive E. coli ( droite); raction ngative : P aeruginosa ( gauche). (Bouillon
nitrate, 4 h 37 Cj
178
Raction de dsamination de
la phnylalanine. Certaines entrobactries (Proteus, Providenciaf produisent, partir de phnylalanine, de l'acide
phnyipyruvique, qui se colore en brun-vert
en prsence de chlorure ferrique Raction
positive : Proteus mirabilis ( droite), raction
ngative : . co/i ( gauche). (Glose la
phnylalanine, 18 h 37 C, puis quatre
gouttes de chlorure ferrique 10%, coloration observe aprs 5 min)
128
180
Galerie API 10S
(suite).
D Salmonella lyphimurium
E Profeus mirabilis
F Ctrobacter freundii
(Galeries API 10S, 18 h
37 "C)
129
181
130
131
187
Identification des salmonelles par srolypage (antigne 0). Une souche
identifie comme appartenant au genre Salmonella (caractres culturaux et profil biochimique)
doit tre srotype vis--vis de ses antignes 0 et H. L'agglutination 0 est ralise en suspendant la souche dans une solution de srum physiologique, puis en ajoutant une goutte d'antisrum spcifique d'un ou plusieurs antignes 0. Aprs 30 s, on recherche une agrgation
visible. (Agglutination aprs 30 s)
188
Diagnostic de fivre typhode par la raction de Widal. Ce test value la
production d'anticorps circulants par raction avec des prparations d'antignes 0 et H de
Salmonella typhi. Deux sries de dilutions du srum d'un patient sont ajoutes aux antignes
dans des tubes, et l'on note la plus grande dilution provoquant une agglutination granuleuse
avec l'antigne 0 et une agglutination floconneuse avec l'antigne H. Dilutions du 1:20 au
1:1280 et contrle ngatif. Titre 0, 1:80. (Incubation 2 h 37 C)
189
132
190
Yersinia pesfis (bacille pesteux), coloration de Wayson. Cette coloration
montre des coccobacilles coloration bipolaire. (Coloration de Wayson, <1000)
191 Yersinia enterocolitica, culture sur milieu CIN. Le milieu CIN (cefsulodineirgosan-novobiocine) est slectif pour isoler / enterocolitica dans les selles. Aprs 48 h d'incubation, Y. enterocolitica apparat sous forme de colonies ross centre rouge. (Glose CIN,
48 h 37 C)
133
Haemophilus
Le genre Haemophilus comprend une espce pathogne pour l'homme, H. influenzae (et
H. ducreyi, agent du chancre mou, NdT). Les souches de H. influenzae peuvent tre ou
non capsules . Les souches capsules de srotype b sont responsables de mningites et
d'piglottites. Les figures 213, 214 et 215 montrent l'aspect la coloration de Gram de U.
influenzae La culture des bactries du genre Haemophilus ncessite l'adjonction des facteurs de croissance X (hmine) et/ou V (NAD). H. influenzae requiert les deux, qui sont
prsents dans les gloses au sang cuit (216). Le diagnostic diffrentiel des espces de
Haemophilus selon leur dpendance aux facteurs X et V est illustr par les figures 217 et
218. Sur la figure 219, une strie de 5. aureus (fournissant le facteur V) sur glose au sang
permet une pousse accrue de H. influenzae proximit (satellitisme).
Pasfeurella
Pasteurella multocida fait partie de la flore buccale des chiens et des chats et peut tre
responsable d'infections de plaie de morsure (220 et 221).
134
192
135
193
194
736
737
197
198
Coccobacilles Gram ngatif. Infections.
Transmission sexuelle possible (NEJM 1996), Nal
38
199
.*Jh
139
201 Coloration de Gram du LCR d'un patient atteint de mningite mningococcique. La coloration montre les diplocoques Gram ngatif de Neisseria meningitidis,
et en ros, les leucocytes. iGram, xi 000)
202 Neisseria meningitidis, glose chocolat. La culture sur glose au sang cuit
( chocolat ) montre des colonies gris ple, oxydase positive. (Glose au sang cuit, 18 h 37 Cj
140
141
205
Neisseria gonorrhoeae, raction de l'oxydase. Les Neisseria sont oxydase
positive Les bactries sont dposes sur un papier filtre imbib de ractif la phnylnediamine,
qui est oxyde en indophnol pourpre. (Papier imbib de ractif oxydase, lecture aprs 30 s)
142
par les Neisseria. Les diffrentes espces (ici N menmleur capacit utiliser le glucose, le maltose, le lactose et le
traduit par une couleur jaune. (Milieux aux sucres pour Neis37 C)
207 Utilisation des sucres par les Neisseria. N gonorrhoeae ne Fermente que le
glucose (Milieux aux sucres pour Neisseria ou rouge de phnol, 18 h 37 C)
208 Utilisation des sucres par les Neisseria. N. lactamica fermente le glucose, le
maltose et le lactose (Milieux aux sucres pour Neisseria au rouge de phnol, 18 h 37 C)
143
209
Moraxella catarrhalis. Coloration de Gram d'une expectoration montrant de gros
cocci a Gram ngatif M catarrhalis est un commensal du haut de l'arbre respiratoire, mais
est aussi une cause d'infection respiratoire (Gram, x1000j
210
Moraxella lacunata. Coloration de Gram d'un coulement oculaire lors d'une
conjonctivite, montrant des coccobacilles Gram ngatif souvent en forme de brique, jointifs
par leurs extrmits (Qram, x1000)
144
211
Bordetella pertussis. Coccobacilles a Gram ngatif, seuls ou apparies La coqueluche est tou|ours une infection d'actualit chez les enfants Les chantillons sont prlevs par
couvillonnage naso-pharynge et ensemences sur des milieux slectifs tels que la glose charbon-cephalexine au sang (CCBA) (Gram, x1000)
212
Bordetella pertussis, culture d'couvillonnage naso-pharynge. Culture sur
CCBA Apres une incubation de 2 a 5 |ours en atmosphre humide, 8 pertussis forme de petites
colonies brillantes l'aspect mtallique, en goutte de mercure (Milieu CCBA, 5 (ours a 37 C)
145
213 Haemophilus influenzae. Coloration de Gram d'une culture montrant des coccobacilles Gram ngatif. (Gram, xi 000)
146
216 Culture sur glose chocolat de Haemophilus influenzae. H. influenzae requiert de l'hmine (facteur de croissance X) et du NAD (nicotinamide adnine dinuclotide, ou facteur V). Le facteur V est libr par chauffage du sang. Les colonies sont grises et
muqueuses (Glose au sang cuit, 18 h 37 "Cj
147
218
Haemophilus influenzae et H. parainfluenzae. Les deux moitis de la glose
ont t ensemences avec H. influenzae et H. parainftuenzae, en prsence des facteurs X, V, et
X+V H parainfluenzae requiert seulement le facteur V, et pousse donc autour des disques
contenant V et X+V. fG/ose nutritive, 18 h 37 "Ci
148
219
Effet d'une culture de Staphylococcus aureus sur la croissance de H.
influenzae. Culture sur glose au sang, montrant le satellitisme au voisinage d'une strie de
5. oureus S. aureus produit un excdent de facteur V permettant la pousse de H influenzae
proximit (Glose au sang, 18 h 37 C)
220
Pasteurella multocida, coloration de Gram. Coccobacilles Gram ngatif.
P multocida (ait partie de la flore buccale normale des chiens, et peut infecter les plaies de
morsure (Gram, x1000)
149
221 Culture de Pasteurella multocida. La pousse sur glose au sang montre des
colonies translucides non hemolytiques avec des reflets bleus P multocida est oxydase positive, et ne pousse pas sur milieu de MacConkey (Glose au sang, 18 h a 37 C)
222 Brucella abortus. Coloration de Gram montront des coccobacilles a Gram ngatif
Les bactries peuvent prsenter une coloration bipolaire, et sont rarement observes a l'examen
direct avant culture (Grain x1000j
150
225
151
152
153
230
154
155
232
233 Biotypes de Vibrio cholerae. V cholerae est divis en deux biotypes, classique
et El Tor La plupart des cas de choiera sont dus au biotype El Tor La sensibilit a 50 Ul de
polymyxme en milieu glose permet de distinguer le biotype El Tor (rsistant) du biotype classique (sensible) (Antibiogramme en milieu glose, 18 h 37 C)
156
234 Culture de Vibrio parahaemolyticus. La cdture sur TCBS montre des colonies
vertes (ne fermentant pas le sucrose) V parahaemolyticus est responsable d'infections alimentaires associes des fruits de mer (Glose TCBS, 18 h 37 C)
235
Aeromonas hydrophila. Culture sur glose au sang contenant 10 ug/ml d'ampicilline Les colonies p-hmolytiques sont oxydase positive (Glose au sang, 18 h 37 C)
157
158
239 Helicobacter pylori sur glose au sang. La culture produit des colonies claires,
qui peuvent pousser a partir d'un chantillon de biopsie gastrique (Glose au sang, 18 h a
37 Cj
159
160
242 Gardnerella vaginalis, coloration de Gram. Les bacilles Gram ngatif sont
masss la priphrie des cellules pithliales, parfois dsignes sous le terme de c/ue
ce//s . (Qram, xlOOO]
243 Culture de Gardnerella vaginalis. Sur milieu Gardnerella, une glose de base
Columbia contenant de la gentamicine, de l'acide nalidixique et de l'amphotricine B, les colonies de G. vaginalis sont petites et grises. (Milieu Gardnerella, 48 h 37 C sous COj
161
162
163
164
165
249,250 Ractions d'oxydationfermentation. Le germe tudi est ensemenc dans deux tubes de milieu glose
contenant du glucose et un indicateur de pH
(bleu de bromothymol). L'un des tubes est
ensuite scell par une couche d'huile de paraffine pour isoler son contenu de l'oxygne de
l'air. Les tubes sont incubs jusqu' deux
semaines. L'acidification se traduit par une
coloration jaune. Les bactries qui oxydent et
fermentent le glucose produisent une acidification dans les deux tubes, alors que celles qui
sont strictement oxydantes n'acidifient que le
milieu du tube sans paraffine.
230
Pseudomonas aeruginosa. Bactrie
non fermentante. L'acidification n'apparat
que dans le tube de gauche (non paraffin).
(Glose peptone, 7 jours 37 Q
166
167
253
Burkholderia pseudomallei, glose au sang. Culture de 72 heures montrant
les colonies caractristiques sches et rides Les cultures ont une odeur de truffe (Glose au
sang 72 h a 37 Q
168
255
Eikenella corrodons. Culture sur glose au sang produisant des colonies |auntres
Quand les colonies sont racles de la glose, il reste souvent une dpression (Glose m sang,
18 h a 37 "Ci
256 Flavobacferium odoratum. Culture sur glose au sang produisant des colonies
|aunes caractristiques Les F/avooacfenum sont largement rpandus dans l'environnement et
sont occasionnellement pathognes F meningosepticum est parfois responsable de mningite
neonatale fGe/ose ou sang, 18 h a 37 "Ci
169
170
257
171
172
173
261 Clostridium tetani, Gram. Fins bacilles Gram positif spore terminale Le
centre des spores ne prend pas la coloration (Gram, x1000)
174
262 Clostridium perfringens. La culture sur glose au sang montre l'hmolyse 8 Certaines souches produisent une double zone d'hmolyse (Glose au sang 24 h 37 "C en
anarobiosej
263 Clostridium perfringens, glose au sang. Les colonies sont entoures d'un
double halo d hmolyse, d aux diffrentes toxines prsentes. (Glose au sang 48 h 37 C
en anarobiosej
175
264
sance
faible
milieu
Closfridium perfringens, milieu de Robertson la viande cuite. La croisdans ce milieu ( gauche) provoque une activit saccharolytique (rougissement) et une
activit protolytique (noircissement). I l / a galement production de gaz. A droite,
non ensemenc. (Milieu la viande cuite, 24 h 37 C)
176
266 Reaction de Nagler. La glose de Nagler contient un milieu au jaune d'uf dont
une moiti contient de l'antitoxine de C. perfringens La souche est ensemence en strie transversale, passant de la moiti contenant l'antitoxine celle qui en est dpourvue Aprs incubation d une nuit en anarobiose, un rsultat positif apparat, avec l'opacification du milieu
autour de la strie dans la partie sans antitoxine A droite, pas d'antitoxine. fG/ose de Naaler
18 h a 37 C, en anarobiose)
'
177
268 Clostridium difficile, glose CCFA, gros plan des colonies. Aspect mtal
lique brillant des colonies (Glose cydosenne cefoxitine fructose , 48 h a 37 C, en anoerobiosef
269 Culture tissulaire et
action des toxines de
Clostridium difficile. Les
colites et les diarrhes sont dues
a des souches de C difficile productrices de toxines Celles ci
peuvent tre dtectes par leurs
effets sur des cellules Vero, aprs
18 h d'incubation (b), (a) tmoin
non ensemence (Cellules Vero/
18 h a 37 Q
178
270 Bacteroides fragilis, Gram. 8 fragilis est un petit bacille Gram ngatif, associe
a des abcs intra abdominaux (Qram, x1000)
179
180
275 Fusobactenum
necrophorurn. Coloration de
Gram d'hmoculture a F necro
phorum chez un patient septicemique, a la suite d'une
mastodite [Qram, x1000)
276
Fusobacferium
necrophorum, glose au
sang. Culture montrant de
petites colonies claires de F
necrophorum (Glose au sang,
48 h a 37 "C, en anaerobiosej
181
277
182
07g
279
183
280 Coloration de Giemsa d'un frottis sanguin mettant en vidence Bartonella bacilliformis chez un patient atteint de la fivre d'Oroya. Le frottis montre
les coccobacilles intracellulaires colors en violet fonc. 8. bacilliformis se multiplie dans les
globules rouges, entranant leur destruction et une anmie. {Giemsa, x1000)
281 Bartonella henselae, Gram. Coccobacilles Gram ngatif. 8. henselae peut tre
responsable de la maladie des griffes du chat, et est l'agent de l'angiomatose bacillaire.
(Gram, x1000]
184
MYCOBACTERIES
Les caractres des mycobactries sont rsums dans les tableaux 282 284. On trouve
parmi les mycobactries les agents de la tuberculose et de la lpre, ainsi que des germes
de l'environnement, qui sont des pathognes opportunistes. Les mycobactries sont colores par la mthode de ZiehI-Neelsen en bacilles acido-alcoolo-rsistants ross (285) On
utilise galement une coloration l'auramine phnique (286). Les mycobactries ont des
exigences nutritionnelles empchant leur croissance sur milieux ordinaires. Le milieu de
Lwenstein-Jensen (LJ) contient, entre autres, de l'uf, du glycrol et du vert malachite.
La plupart des mycobactries poussent lentement, ne produisant de colonies visibles
qu'en 4 12 semaines. La figure 287 montre une culture de 6 semaines de M tuberculo
sis sur milieu LJ, avec un aspect typique en miettes de pain. M. bovis pousse mieux sur
pente de LJ contenant de l'acide pyruvique au lieu du glycrol (288) Les figures 289 et
290 montrent les cultures sur pentes de U de mycobactries dites atypiques , M kansasii et une mycobactrie du groupe avium-intracellulare. Les espces se diffrencient par
les effets de la temprature sur leur croissance, la production de pigment, ou la vitesse de
pousse. Les figures 291 293 montrent des mycobactries spectre de temprature troit
ou large. Les mycobactries sont soit non pigmentes (non chromognes), soit pigmentes sous l'action de la lumire (photochromognes) (294), soit encore pigmentes, y
compris l'abri de la lumire (scotochromognes) (295) La figure 296 montre l'aspect
aprs 7 jours de cultures de mycobactries croissance lente (M. tuberculosis) et rapide
(M. fortuitum). La figure 297 montre une coloration de ZiehI-Neelsen de M. leprae sur un
frottis de biopsie cutane.
185
186
283
284
18
286 Mycobacterium tuberculosis, coloration l'auramine phnique. L'auramine est un fluorochrome, c'est--dire un colorant fluorescent quand il est illumin par la
lumire UV Les bacilles tuberculeux sont blanc-jaune fluorescent. (Auramine phnique, xlOOO)
188
189
289 Mycobacterium kansasii, milieu de LJ. Bactrie opportuniste, occasionnellement responsable d'une infection pulmonaire voisine de la tuberculose. M. kansasii est un photochromogne. {Milieu de Lwenstein-Jensen, 6 semaines 37 C)
290 Mycobacterium du complexe avium-intracellulare, milieu de LJ. Pathogne potentiel des patients immunodprims, en particulier sidens. (Mi/ieu de Lwenstein-Jensen, 6 semaines 37 "Cf
190
291
M. fuberculosis, pousse
32 C et 36 C.
292
M. kansasii, pousse
25 C, 32 C et 36 C.
191
192
294
M. kansasii, photochromogne.
295
M. gordonae, scotochromogne.
193
194
298
300
195
302
196
Spirochtes. Infections.
303
,304
197
198
307 Leptospira interrogans en microscopie fond noir. Les leptospires sont des
spirochtes raides, l'enroulement serr et aux extrmits caractristiques en crochet. Ils sont
responsables de zoonoses, et de leptospirose ou maladie de Weil chez l'homme. (Fond noir,
xlOOOi
10
200
310 Reaction de Weil et Flix dans les infections rickettsiennes. Les anticorps
anti nckettsie reagissent avec certaines souches de Proteus vulgans et de Profeus mirabilis Le
srum du patient est incube en prsence de solutions commerciales colores d antignes et l'on
recherche les agglutinations On ralise des dilutions sries de 1 20 a 1 1280 Le srum de
ce patient ragit (ici avec 1 antigne de Proteus vulgans OX 19) |usqu a un titre de 1 320
{Incubation de 4 h a 50 Cf
37 a
201
CHLAMYDIACEAE
Les caractres des Chiamydiaceae sont rsums dans les tableaux 312a, b et 313. Ce sont
des bactries intracellulaires obligatoires. Elles possdent de l'ADN et de l'ARN, une paroi
cellulaire, et se divisent par scissiparit Elles pntrent dans la cellule hte par endocytose et se rpliquent dans l'endosome, en formant une grande inclusion (314). Elles existent sous deux formes, le corps lmentaire, petit et dense aux lectrons, qui est la forme
infectante, et le corps rticul, plus fragile, qui est la forme de reproduction et ne se
trouve que dans les inclusions. Trois espces sont pathognes pour l'homme.
Malgr son nom, Chiamydia psittaci infecte une grande varit d'espces, en plus des
psittacids (perroquets et perruches). C. psittaci est responsable d'une pneumopathie atypique, habituellement acquise par contact aviaire. Un srotype particulier (responsable
d'avortement chez la brebis) est une cause exceptionnelle d'avortement, de prmaturit et
de septicmie foetale. Le diagnostic repose sur la mise en vidence de l'agent infectieux
dans les tissus par immunofluorescence ou sur la srologie. La culture est possible par
inoculation du sac vitellin d'uf de poule fcond, et requiert des installations confines
de haute scurit biologique.
Les souches des srotypes A C de Chiamydia trachomatis sont l'origine du trachome, premire cause infectieuse de ccit dans les pays en voie de dveloppement.
Les souches des srotypes D K sont responsables de maladies sexuellement transmissibles, de distribution mondiale. L'infection peut tre inapparente (en particulier chez la
femme), ou entraner urtrite, cervicite, ou pididymite (chez l'homme). L'extension au
haut appareil gnital provoque des salpingites chez la femme C'est la premire cause de
maladies transmises sexuellement depuis le recul de la gonococcie. Lorsqu'un enfant nat
en passant par un col infect, il y a 50 % de chance qu'il dveloppe une conjonctivite nonatale inclusions, puis ventuellement une pneumopathie. La culture sur cellules pithliales (ex. cellules McCoy) permet le diagnostic, mais ncessite jusqu' 72 heures pour
visualiser les inclusions caractristiques (315). Des tests plus rapides sont maintenant disponibles, par ELISA ou immunofluorescence directe (316) (et biologie molculaire, par
hybridation avec des sondes nucliques, NdT).
Chiamydia pneumoniae, auparavant appele TWAR (Ta; Wan Acute R.espiratory) est
une espce pathogne de dcouverte plus rcente. Elle est responsable de pneumopathie atypique, spcialement chez l'adolescent et l'adulte jeune. On l'a galement associe
des affections coronariennes. Le diagnostic s'effectue par srologie, culture, ou dtection du gnome viral par PCR.
202
313
315 Culture de Chiamydia trachomatis sur cellules McCoy. Les cellules colores
au Giemsa contiennent de grandes inclusions chiamydiennes, masquant en partie le noyau.
fGiemsa, xOOO;
204
316
Chiamydia trachomatis en immunofluorescence. Immunofluorescence directe
sur un frottis cervical montrant les corps lmentaires vert pomme fluorescent de C. trachomatis.
(Microscopie fluorescence, x1000j
205
P
CE
R
CIP
R
CN
T
CTX
VA
F
W
MET
coamoxyclav
mtronidazole
amoxicilline
acide nalidixique
chloramphnicol
oxacilline
ceftazidime
pnicilline
cfaclor
rifampicine
ciprofloxacine
sulfamthoxazole
gentamicine
ttracycline
cfotaxime
vancomycine
nitrofurantone
trimthoprime mticilline
Mcanismes antibactriens
des antibiotiques.
Voie mtabolique
alternative
trimthoprime
sulfamides
^10
0
207
208
322
Rsistance l'ampicilline par
production de p-lactamase chez
Escherichia coli. La glose est ensemence avec une souche de E. co/i rsistante
l'ampicilline, mais sensible au coamoxyclav.
Ce dernier est constitu d'amoxicilline et
d'un inhibiteur de p-lactamase, l'acide clavulanique. (Glose DST S% de sang hmolyse, 18 h 37 "Cl
323
Rsistance l'am-
209
210
328
Sensibilit de Neisseria
meningitidis aux antibiotiques.
Antibiogramme montrant une souche
de N. meningitidis sensible la pnicilline et la rifampicine, mais rsistante aux sulfamides. (Glose
chocolat, 18 h 37 "Cf
329
Rsistance la pnicilline chez Neisseria gonorrhoeae. Antibiogramme montrant
une souche de N. gonorrhoeae rsistante la pnicilline, mais sensible
la spectinomycine. (Glose chocolat,
18 h 37 Cj
211
330
Antibiogramme de
Pseudomonas aeruginosa.
L'anneau extrieur est ensemenc
avec une souche de contrle de P
aeruginosa (NCTC 10662), sensible
CTX, CM, CIP, CAZ. La souche teste est rsistante au cfotaxime et
la gentamicine. (Glose DST 5% de
sang hmolyse, 18 h 37 C)
331
Rsistance la vancomycine chez Enterococeus faecalis. Quelques
souches sont rsistantes bas
niveau la vancomycine. Celleci est rsistante au disque charg
5 ug, mais sensible au disque
30 ug, et la teicoplanine.
(Glose DST 5% de sang
hmolyse, 18 h 37 Q
212
333
334
213
335
336
214
215
340
341
340, 341 Association d'antibiotiques. Chaque puits contient l'association de pnicilline et de gentamicine, diffrentes concentrations, indiques dans la figure 340. La range F
montre une croissance toutes les concentrations de pnicilline, en l'absence de gentamicine.
La colonne 5 montre une croissance toutes les concentrations de gentamicine sauf 32 ug/ml,
en l'absence de pnicilline. Les antibiotiques agissent en synergie, la croissance tant inhibe
par 2 ug/ml de gentamicine, en prsence de 1 ug/ml de pnicilline (341).
216
342
343
344
Pouvoir bactricide
du srum. Vingt ul du
contenu des tubes n'ayant pas
pouss dans l'exprience prcdente ont t dposs sur
glose au sang, et incubs 18
heures, pour dterminer la dilution minimale bactricide, qui
est gale 1:16. {Glose au
sang, 18 h 37"Cj
217
345
346
347
218
Jn examen complmentaire important consiste dterminer les taux sriques d'antibiotique, pour estimer l'activit in vivo et viter les concentrations toxiques. Les figures 345
347 montrent un dosage microbiologique dans le srum de gentamicine (taux rsiduel
et taux au pic).
Les autres figures de ce chapitre dcrivent le transfert de dterminants de rsistance.
La figure 348 montre le principe du transfert plasmidique de gnes de rsistance Au laboratoire, des cultures d'une bactrie donatrice (multi-)rsistante et d'une rceptrice convenable possdant un marqueur de rsistance chromosomique, sont incubes en prsence
l'une de l'autre, puis tales sur un milieu contenant la fois l'antibiotique marqueur de
la rceptrice et l'un des antibiotiques auxquels la donatrice tait rsistante. Seuls les transconjugants (bactries rceptrices contenant maintenant les gnes plasmidiques de rsistance de la donatrice) vont pousser sur le milieu slectif. Les figures 349 351 illustrent
le transfert de rsistance chez . coll. Le gel prsent sur la figure 352 montre les profils
plasmidiques de donatrices et de rceptrices, mettant en vidence les transferts de plasmides.
348
Transfert de gnes plasmidiques de rsistance aux antibiotiques. La souche donatrice est rsistante
l'ampicilline, la ttracycline et au chloramphnicol, mais sensible l'acide nalidixique.
La rceptrice est une souche de F. co/i Kl 2
rsistante uniquement l'acide nalidixique.
Le transconjugant est rsistant aux quatre
antibiotiques
219
349
350
351
220
22?
TECHNIQUES D'EPIDEMIOLOGIE
Au cours de l'investigation d'infections hospitalires croises, le typage des pathognes
au-del du niveau de l'espce est souvent ncessaire pour identifier d'ventuelles
souches pidmiques. Des exemples de technique spcifique de typage sont prsents
dans ce chapitre, mais des mthodes plus gnrales (caractres biochimiques, phnotype
de rsistance aux antibiotiques, srotype) peuvent aussi tre utilises. Ces dernires sont
illustres dans les chapitres prcdents.
La figure 353 est un exemple de lysotypage de 5. aureus. Le lysotype de la souche est
indiqu par la rfrence des phages qui produisent des plages de lyse sur la glose. La
figure 354 illustre une technique de pyocinotypie (mise en vidence de la production de
bactriocine) chez Pseudomonas aeruginosa Des mthodes analogues ont galement t
appliques au typage des shigelles et d'autres entrobactnes. Elles ncessitent de la
main d'uvre et sont rarement utilises depuis que des techniques molculaires plus spcifiques et reproductibles sont disponibles. La figure 355 montre le typage de souches
nappantes de Proteus par la technique de Dienes. Des souches qui diffrent produisent
une dmarcation l o les nappes se rencontrent.
222
355
Typage de souches
de Proteus par la technique de Dienes. Trois
souches sont dposes quidistance la priphrie de la
glose, qui est incube une nuit.
Les deux souches identiques forment deux nappes confluantes,
sans sparation. La troisime
souche, diffrente, fait apparatre
une ligne de dmarcation
fG/ose au sang, 18 h 37 Q
223
224
359
Caractrisation de
plasmides de rsistance
chez Cscherichia col! par
digestion avec des endonuclases de restriction. Le gel
montre les produits de digestion
par l'enzyme Psi 1, de plasmides
ayant tous un poids molculaire
de 62 MD. Les profils de restriction des plasmides des pistes 1,
2, 3, 4 et 7 sont identiques. Ceux
des pistes 9 et 10 sont similaires
l'un l'autre, mais diffrents de
tous les autres. (Extraction d'ADN
par lyse en SDS et prcipitation
l'fhanol. Digestion enzymatique
pendant 2 h 37 C. Elecfropho- rse en gel 0,7% d'agarose.
Coloration au bromure d'thidium.j
225
226
Les champignons ou myctes constituent un rgne trs important, dont seul un petit nombre
de reprsentants sont pathognes pour l'homme. Ce sont des eucaryotes, possdant un
noyau et une paroi cellulaire compose de chitine. Un aperu des principaux groupes de
champignons pathognes figure dans le schma 362. Les champignons peuvent se prsenter
sous forme unicellulaire (levure) ou pluricellulaire, lorsque les cellules s'allongent pour former des filaments ou hyphes (qui constituent le myclium, NdT). Les quatre principaux
embranchements des champignons vrais (eumyctes) se distinguent par leur mode de reproduction. Les zygomyctes peuvent avoir une reproduction sexue, les zygotes se formant par
fusion des extrmits des filaments (gamtanges, NdT). On trouve parmi eux les genres
pathognes Mucor et Absidia. Les basidiomyctes possdent des spores sexues externes
produites par des cellules en forme de massue appeles basides (Oyptococcus neoformans
est la forme levure d'un champignon basidiomycte, NdT). Les ascomyctes forment des
362
227
363
228
ACTINOMYCETACEAE
Ce sont des bactries ramifies (364), qui peuvent faire partie de la flore normale. Le principal agent pathogne est Actinomyces israelii, bacille Gram positif non acido-alcoolorsistant, anarobie ou microarophile. Il est responsable d'abcs maxillaires,
pulmonaires et abdominaux, ainsi que d'infections sur strilet. Le diagnostic repose sur la
coloration de Gram de frottis de pus, contenant parfois des grains jaune soufre (365), et
364
Actinomyces israelii
dans un pus. Coloration de
Gram d'un frottis de pus d'actinomycose abdominale. On peut
voir les bactries ramifies
Gram positif (Actinomyces israelii j . (barre = 10 \sm]
365
Actinomycose. Grains
jaunes dans un pus d'actinomycose abdominale.
229
NOCARDIACEAE
Ce sont aussi des bactries filamenteuses et Gram positif (367), mais qui sont partiellement acido-alcoolo-rsistantes, et qui prsentent des formes coccodes et bacillaires,
contrairement Actinomyces israelii. Nocardia astrodes a une distribution mondiale et
provoque des abcs profonds. N. brasiliensis et N. caviae sont des agents de myctomes.
Sur glose au sang, N. astrodes produit des colonies la surface irrgulire. Le traitement requiert un drainage chirurgical et une antibiothrapie au long cours par les sulfamides ou le cotrimoxazole.
366
Colonies de Actinomyces israelii sur glose
au sang. Quatre jours d'incubation 37 C en microarophilie. Remarquer les colonies
irrgulires (aspect dentel).
367
Nocardia astrodes
230
MYCOSES SUPERFICIELLES
Les dermatophytes (368) sont un groupe de champignons pouvant utiliser la kratine
comme nutriment. Dans les tissus, ils sont prsents sous forme d'un myclium cloisonn.
Sur les milieux de culture solides (ex. milieu de Sabouraud glucose), ils produisent des
colonies duveteuses ou poudreuses (369 371) et des macro- et microconidies caractristiques qui permettent de distinguer les espces. Les caractres biochimiques sont peu
utiliss pour l'identification. Le genre Epidermophyton possde des macroconidies piriformes paroi lisse (372), le genre Microsporum des macroconidies fusiformes paroi le
plus souvent chinule (373), et le genre Trichophyton des macroconidies cylindriques
paroi lisse. La production de macroconidies par les Trichophyton est faible, y compris sur
glose au malt. Une caractristique diagnostique de T. mentagrophytes est la production
de filaments en vrille (374). Les principales infections sont les teignes (teignes tondantes,
368
Les dermatophytes.
23?
370
Culture de
Microsporum gypseum.
Croissance aprs 10 jours sur
milieu de Sabouraud glucose.
371 Culture de
Epidermophyton
floccosum. Croissance aprs
10 jours sur milieu de
Sabouraud glucose.
232
372 Culture de
Epidermophyton
floccosum. Prparation colore
par le lactophnol au bleu coton
de E. floccosum aprs culture sur
milieu de Sabouraud, montrant
les macroconidies pyriformes
typiques.
373 Culture de
Microsporum canis.
Prparation colore par le
lactophnol au bleu coton de
M. canis aprs culture sur milieu
de Sabouraud, montrant des
macroconidies paroi chinule.
374 Culture de
Trichophyfon
mentagrophytes. Prparation
colore par le lactophnol au
bleu coton de T. mentagrophyles
aprs culture sur milieu de
Sabouraud, montrant des
filaments en vrille (flche).
233
234
380 Prparation de
squames claircie la
potasse. Les squames ont t
obtenues par raclage cutan On
peut voir des filaments mycliens
et des arthrospores.
235
MYCOSES SOUS-CUTANEES
Ces infections sont causes par un grand nombre de champignons (ou par certaines bactries), mais sont surtout rencontres dans les rgions tropicales et subtropicales. La plupart de ces germes sont prsents dans le sol et pntrent sous l'piderme la suite d'un
traumatisme
MYCTOMES
Ils se prsentent sous la forme de lsions localises dlabrantes draines vers la surface
de la peau, le plus souvent au niveau du pied (381) ou des mains. Les actinomyctomes
sont dus des bactries telles que Actinomadwa madurae et Nocardia astrodes Les
236
CHROMOMYCOSES
Ces pathologies d'Afrique et d'Amrique latine se caractrisent par l'apparition de
nodules verruqueux Les principaux agents des chromomycoses sont Phialophora (Fonsecaea) pedrosi, P verrucosa et Cladosponum carrionn.
SPOROTRICHOSE
II s'agit de la seule mycose sous-cutane pouvant survenir dans les rgions tempres,
quoique rarement L'agent responsable est un champignon dnnorphique, Sporothnx
schenckn Dans les tissus, il est prsent sous la forme levure II provoque une lsion
nodulaire qui s ulcre Des nodules secondaires apparaissent ensuite le long des canaux
lymphatiques drainant la lsion initiale (383)
383
Sporotrichose.
Exemple de sporotnchose, avec
des lsions secondaires sur le
trajet lymphatique
237
MYCOSES SYSTMIQUES
La plupart de ces infections rsultent de l'inhalation de spores, bien que Candida albicans
provienne plutt du tube digestif ou de dispositifs intra-vasculaires. Plusieurs d'entre elles,
comme l'histoplasmose et la paracoccidiomycose, sont limites des rgions gographiques dont le climat est optimal pour la croissance du pathogne. Certaines affectent
des individus auparavant en bonne sant, mais beaucoup sont des infections opportunistes.
ASPERGILLOSES
Aspergillus fumigatus, A. flavus et A. niger sont les principaux pathognes. Ce sont surtout des agents opportunistes. Ils peuvent coloniser des cavits pulmonaires prexistantes, provoquant un aspergillome (384), ou envahir le tissu pulmonaire, voire d'autres
334 Radiographie
pulmonaire montrant un
aspergillome. La cavit
pulmonaire indique par la
flche contient l'aspergillome.
238
BLASTOMYCOSE
Cette infection que l'on pensait limite l'Amrique du Nord a t rapporte en Afrique
et en Asie. Blastomyces dermatitidis est un champignon dimorphique, dont l'origine
demeure inconnue. Les localisations initiales sont pulmonaires, mais les patients prsentent habituellement des lsions cutanes.
385
Culture de
Aspergillus fumigatus sur
glose de Sabouraud
glucose.
386
Culture de
Aspergillus fumigatus.
Prparation colore par le
lactophnol au bleu coton de
Aspergillus fumigatus aprs
culture sur milieu de Sabouraud,
montrant un conidiophore et des
microconidies.
239
CANDIDOSES
Le principal agent pathogne est Candida albicans, mais C. glabrata, C. parapsilosis et C.
tropicalis peuvent aussi tre l'origine d'infections. C. albicans est responsable d'infections superficielles aussi bien que systmiques, ces dernires ne survenant que chez des
individus immunodprims. Il fait partie de la flore normale de l'intestin. Les infections
superficielles comprennent le muguet (387), des vulvo-vaginites, des intertrigo (plis
387 Candida albicans
sur la muqueuse buccale.
Muguet buccal avec un placard
blanc de C. albicans sur la
muqueuse buccale. Le dcapage
de la lsion rvle l'inflammation
sous-jacente.
388 Imertriao.
240
391
Tailles compares de
Candida albicans et
Staphylococcus aureus.
Deux lames de C albicans (
gauche) et de 5. aureus ( droite).
Les blastospores de C. albicans
sont deux trois fois plus grosses
que les cocci de S. aureus.
392
Culture de Candida
241
COCCIDIOMYCOSE
Coccidioides immitis est un champignon tellurique, endmique dans les rgions sches et
dsertiques du sud-ouest des tats-Unis, du Mexique et d'Amrique Centrale. L'infection
est essentiellement respiratoire, mais la dissmination est possible. L'infection initiale limite au poumon est souvent spontanment rsolutive. Le traitement fait appel l'amphotricine B ou aux antifongiques imidazols.
393
Microphotographie
lectronique de Candides
albicans. Coupe de C. albicans
montrant un tube germinatif.
(barre = 5 jii-n)
394
Culture de
Cryptococcus neoformans.
Colonies muqueuses sur glose
au sang. La surface luisante des
colonies est due l'abondante
capsule polysaccharidique
produite par la forme levure.
fG/ose au sang, 18 h 37 C]
242
CRYPTOCOCCOSE
Cryptococcus neoformans est un champignon dimorphique, habituellement responsable
d'infections opportunistes, mais parfois aussi un pathogne primaire. A temprature
ambiante, il produit des filaments, alors qu' temprature corporelle c'est une levure. Il
accde aux poumons, et peut dissminer rapidement jusqu'au systme nerveux central,
provoquant une mningite cryptococcique. 11 pousse bien sur glose de Sabouraud ou
sur glose au sang (394), milieu sur lequel il produit des colonies muqueuses. Ce caractre rsulte de la prsence d'une paisse capsule polysaccharidique (395), visible aprs
coloration l'encre de Chine, soit l'examen direct du liquide cphalorachidien (396),
soit partir des colonies. Un test d'agglutination de particules de latex est galement disponible pour le diagnostic rapide. Le traitement est identique celui des candidoses dissmines.
395
Microphotographie
lectronique de
Cryptococcus neoformans.
Coupe de C. neoformans colore
au rouge de ruthnium pour
mettre en vidence la capsule.
{barre = S pmf
396
Liquide
cphalorachidien de
mningite cryptococcique.
Coloration l'encre de Chine.
243
HISTOPIASMOSE
Histoplasma capsulatum est responsable d'infections pulmonaires aigus et chroniques,
qui dissminent rarement. On le trouve dans des terrains contenant des djections d'oiseaux (et surtout de chauve-souris, NdT). L'infection est particulirement frquente aux
tats-Unis, au Mississippi et dans les tats voisins.
PARACOCCIDIOMYCOSE
Paracoccidioides brasiliensis est l'origine d'infections buccales et pulmonaires (granulomes). On ne le rencontre qu'en Amrique Centrale et du Sud.
PNEUMOCYSTIS CRINII
II existe une controverse concernant le rgne auquel appartient ce pathogne de l'arbre
respiratoire. Initialement, sur des considrations morphologiques et de sensibilit aux
agents antimicrobiens, il a t rang chez les protozoaires. Cependant, l'analyse rcente
de squences des gnes codant l'ARN ribosomal 18S le placerait plus prs des Candida et
des Saccharomyces. De plus, sa dihydrofolate rductase (inhibe par le trimthoprime) et
sa thymidilate synthtase sont indpendantes, alors qu'elles sont codes par un gne
unique chez les protozoaires. Malheureusement, il n'a jamais t possible de cultiver P.
carinii in vitro. Chez le sujet immunocomptent, l'infection est asymptomatique. Chez l'immunodprim (SIDA, chimiothrapie cytotoxique, voire malnutrition), ce parasite est responsable de pneumopathies graves. De nombreuses observations indiquent qu'un grand
nombre d'individus sont exposs ds leur plus jeune ge, et que les kystes restent dans
les poumons, ne se ractivant que lorsque l'immunit est altre. Le diagnostic repose sur
l'examen du liquide de lavage broncho-alvolaire aprs coloration argentique ou par
immunofluorescence (398). La biopsie pulmonaire peut galement tre intressante pour
mettre en vidence les kystes et les trophozotes en microscopie lectronique (399) ou
par imprgnation argentique (400). Rcemment, la dtection par PCR du gnome de P.
carinii a t utilise pour mettre en vidence le germe dans du liquide d'aspiration nasopharynge. Le traitement consiste en l'administration de cotrimoxazole forte dose, de
dapsone, ou de pentamidine. Le cotrimoxazole est galement utilis en prophylaxie chez
le sujet immunodprim.
245
399
Microphotographie lectronique de Pneumocystis carinii dans les
poumons. Coupe de poumon montrant des kystes de P. carinii (barre = 5 pm)
400
246
PROTOZOAIRES
De nombreux protozoaires se rencontrent dans l'environnement anim et inanim; certains sont mme des commensaux de l'homme (ex. Entamoeba coli. Endolimax nana).
Seul un petit nombre sont pathognes pour l'homme (401). La classification des protozoaires repose sur des caractres morphologiques et biologiques, mais il est aussi pratique de les sparer en pathognes des muqueuses et pathognes des tissus et du sang
(402).
PATHOGNES DES MUQUEUSES
Microsporidies
Les microsporidies, et spcifiquement Enterocytozoon bieneusii, sont responsables de
diarrhes chez les sujets immunodprims, en particulier sidens On peut aussi observer
chez ces patients des conjonctivites microsporidies. Le diagnostic dfinitif repose sur la
mise en vidence des organismes dans des biopsies intestinales (403). On peut aussi les
dtecter dans les selles par coloration au trichrome. On traite par le cotrimoxazole ou l'albendazole, mais les rechutes sont frquentes.
Entamoeba histolytica
Cette amibe existe sous diverses varits de souches ou zymodmes (selon leur profit
isoenzymatique), dont quelques-uns seulement sont pathognes ( l'heure actuelle, les
zymodmes non pathognes sont plutt rangs dans l'espce Entamoeba dispar, NdT).
Elle est l'origine de la dysenterie amibienne et peut traverser le gros intestin et provoquer des abcs du foie La transmission est oro-fcale, par ingestion d'aliments ou d'eau
contamins par des kystes (404). Le diagnostic d'espce est effectu sur des selles
fraches, la recherche de trophozotes contenant des hmaties ingres (405). Les trophozotes sont galement prsents dans des chantillons d'ulcration colique obtenus par
grattage, et l'examen histologique de biopsies (406). Les traitements sont base de
composs nitro-imidazols (ex. mtronidazole).
247
248
402
Protozoaires pathognes.
403
Microphotographie
lectronique de Enterocytozoon bieneusii. Coupe
d'entrocytes duodnaux infects
par E. bieneusii (microsporidiose). Le filament polaire
(flche), utilis pour l'amarrage
la cellule infecter, a t sectionn lors de la coupe, (barre =
100 nmj
249
404
Kystes de
Entamoeba histolytica et
Entamoeba coll. Coloration
au Lugol d une selle examine
entre lame et lamelle montrant
des kystes d E histolytica (flche),
et l'espce non pathogne co/i
fbcirre = 10 fJmj
405
Trophozoftes de
Entomoebo histolytica.
Trophozotes ayant ingre des
hmaties Cette image est
pathognomomque de
E histolytica (barre = 10 ym)
406
Enfamoeba
histolytica dans une
biopsie. Coupe de biopsie
rectale colore a l'hematoxyline
eosine La coupe montre un
abcs amibien, avec infiltrt de
cellules inflammatoires et
E histolytica (flche) (barre =
30 pmj
250
407 Trophozotes de
Giardia intestinalis
(lamblia). Les Flagelles sont
clairement visibles (barre =
Sfiml
408
Kystes de Giardia
intestinalis (lamblia). Kystes
dans les selles observes au
microscope a contraste de phase
de Normarski (barre = 5 ym)
251
Trichomonas vaginalis
Ce protozoaire flagelle mesure 5 15 }im mais peut atteindre 30 u.m (409) Comme son
nom 1 indique il est responsable de vaginite qui se prsente habituellement sous la forme
de pertes souvent abondantes et occasionnant une inflammation penneale A la colpo
scopie la muqueuse vaginale apparat inflammatoire avec des lsions ponctiformes On
peut aussi observer une dysune et une pollakiune L infection chez 1 homme est norma
lement asymptomatique mais peut exceptionnellement entraner une prostatite ou une
epididymite Le diagnostic repose sur 1 examen direct des pertes vaginales au microscope
contraste de phase Le traitement consiste en 1 administration d un mtro-imidazole
Isospora belli
L infection est en gnral asymptomatique mais peut provoquer de graves diarrhes chez
les patients immunodeprimes en particulier sidens La transmission est oro fcale et la
forme infectante est 1 oocyste (environ 30 u.m x 12 u.m) qui contient deux sporocystes
(410) Loocyste est immature au moment de 1 excrtion et il mrit dans les selles pour
252
412 Microphotographie
lectronique en coloration
ngative d'un oocyste de
Cryptosporidium parvum.
{barre = 1 fJmj
253
la
Cryptosporidium parvum
dans une biopsie. Coupe de biopsie
duodenale chez un patient atteint de cryptospondiose Un trophozote se trouve dans
l'enterocyte, mais il est spare du reste du
cytoplasme par la membrane de Tyzzer (dite
membrane nutritive) (barre = 5 pmj
254
K
416
Y'te! de
Cyclospora cayetanensis.
Etat frais de selle contenant des
kystes de C cayetonensis
(flche), observes en microscopie
a contraste de phase de
Normarski (barre = 5 pm)
4^7 Cyclospora
cayetanensis. Selle contenant
C cayetonensis, coloration la
safranme bleu de mthylne
(barre = 5 \im}
255
Balantidium coli
B. coli est le seul protozoaire cili qui infecte l'homme (418). Il estresponsable de rares
cas de diarrhes. On peut le traiter par une ttracycline.
256
Romana (420). Le parasite dissmine ensuite par voie sanguine, au foie et la rate, o il
peut tre limin. Dans le cas contraire, il se dveloppe intracellulairement sous forme
amastigote, dans le muscle cardiaque ou d'autres tissus. Son aire gographique est l'Amrique du Sud (au sud du Tropique du Cancer), avec une prdominance au Brsil Les animaux servant de rservoir sont les chats, les chiens et les tatous La maladie de Chagas
est diagnostique par la prsence de formes amastigotes dans les tissus et la rponse IgM.
Le seul traitement disponible est un driv de la nitrofurfurylidine, le nifurtimox (Lampit^, NdT)
Leishmanies
Le bouton d'Orient (421) est d Leishmania tropica, et est transmis par un phlbotome.
On l'observe dans les rgions du sud et de l'est de la Mditerrane, dans les tats du sud
de l'ex-URSS (Armnie, Azerbadjan), en Afghanistan et en Inde. Le rservoir est humain.
Le diagnostic est d'abord clinique, mais on peut aussi mettre en vidence des formes
amastigotes dans les macrophages de la lsion. Le traitement est le Glucantime'.
420
Signe de Romana
chez un enfant infect par
Trypanosoma cruzi.
ND
Nom dpos
257
-_-
258
Plasmodium
Ce sont des protozoaires au cycle complexe chez le moustique et l'homme. Ils se multiplient dans l'intestin de l'insecte. Les sporozotes sont transmis l'homme par le moustique femelle lors du repas sanguin. Chez l'homme, le parasite passe par deux phases,
intra- et extra-rythrocytaire Plasmodium falciparum est responsable de paludisme aprs
une incubation de 8 11 jours.
La fivre survient toutes les 36 48 h et un premier accs palustre non trait dure 2
3 semaines L'infection peut persister pendant 6 11 mois. Les principales complications
sont le neuropaludisme (423) et l'anmie.
P. vivax est un agent de fivre tierce bnigne, aprs une incubation de 10 17 jours. La
fivre survient toutes les 48 h et un premier accs non trait dure 3 8 semaines ou plus.
L'infection peut persister pendant 5 7 ans. L'anmie est la principale complication. La
mortalit est faible
P. malariae est responsable de fivre quarte, aprs une incubation de 18 40 jours. La fivre
survient toutes les 72 h et un premier accs non trait dure 3 24 semaines L'infection peut
persister pendant 20 ans avec des ractivations Parmi les complications, on peut observer
une protinune et parfois un syndrome nphrtique (nphrite quartane, NdT).
P. ovale est un agent de fivre tierce, aprs une incubation de 10 17 jours. La fivre
survient toutes les 48 h et un premier accs non trait dure 2 3 semaines. L'infection
peut persister pendant 12 mois II s'agit en gnral d'une affection bnigne.
Le diagnostic est port aprs examen d'une goutte paisse et d'un frottis sanguin, colors par la mthode de May-Grnwald-Giemsa (424 427)
Le traitement et la prophylaxie dpendent de l'origine gographique de l'infection, la
rsistance la chloroquine prvalant de plus en plus. Les options thrapeutiques sont la
quinine, l'artmther, l'association pyrimthamine-sulfadoxine (Fansidar^), et l'halofantrine (et la mfloquine, NdT). La prophylaxie repose sur la prise de chloroqume, de proguanil, ou de mfloquine.
25?
260
427 Hmaties infectes par Plasmodium ovale. Frottis mince du sang d un patient
atteint de paludisme a P ova/e Les hmaties infectes sont ovales, et contiennent des tropho
zoltes de P ovofe et des granulations de Schuffner (barre = S pmJ (Copyright Liverpool School
of Tropical Mdiane)
261
Toxoplasma gondii
Cette coccidie parasite a une distribution mondiale, et son hte dfinitif est le chat Celuici excrte de faon persistante dans les fces une grande quantit d'oocystes qui, aprs
maturation peuvent infecter d autres espces y compris 1 homme II existe deux forme de
trophozotes les tachyzotes (428) multiplication rapide, et les bradyzotes multiplication lente qui constituent les kystes L'homme peut aussi s infecter par ingestion de viande
peu cuite contenant des bradyzotes
L'infection est asymptomatique dans plus de 50 % des cas Lorsqu elle est symptomatique, son expression clinique est proche de celle de la mononuclose infectieuse, avec,
rarement, une encephalomylite Chez les patients immunodpnms, le risque d enc-
428 ^hyzotes de
Toxoplasma gondii. Microphotographie lectronique d'une
coupe mince (barre = 5 ym)
w)
Toxoplosmose congnitale.
Radiographie du crne d'un enfant
atteint de toxoplasmose congnitale,
avec calcification intracrbrale
262
Toxoplasmose
congnitale. Enfant prsentant
une microcphalie et un opisthotonos dus une toxoplasmose
congnitale
phalomyelite est majeur T gondii est capable de passer la barrire placentaire et d'infecter le ftus La principale consquence est une chonortmite entranant la ccit On l'observe chez les nouveau-ns infects m utero (jusqu' 60 %), mais rarement lorsque
1 infection survient la naissance Des atteintes crbrales avec calcification (429) et
microcphalie (430) peuvent aussi se produire
La toxoplasmose est diagnostique srologiquement (lvation du titre des IgG ou prsence d'IgM), mais une mthode d amplification enzymatique du gnome par PCR est
galement disponible Le traitement repose sur 1 association de pynmethamine et de sulfadiazme
HELMINTHES_______
Les parasites multicellulaires sont diviss en deux embranchements, les Plathelminthes
ou vers plats comprenant les trmatodes et les cestodes, et les Aschelminthes (ou vers
ronds, NdT) dont la classe des nmatodes comprend plusieurs pathognes humains
TRMATODES
Les trmatodes, ou douves, ont un cycle vital complexe impliquant un mollusque (habituellement gastropode) comme hte intermdiaire L'adulte se dveloppe chez l'homme,
qui excrte les ufs dans lesquels se dveloppe une larve La larve libre, ou miracidium,'
infecte le mollusque Dans celui-ci le trmatode passe par une srie d'tapes (sporocyste
puis redie, NdT) conduisant la libration d'une autre larve appele cercaire, laquelle
infecte l'homme en pntrant par voie transcutane (ex schistosomes), par ingestion
d'un second hte intermdiaire (ex un poisson pour Clonorchis smensis), ou encore par
ingestion d une matire vgtale sur laquelle le cercaire est attach (ex le cresson pour
Fasciola hepatica)
263
264
265
435
uf de Schistosoma
mansoni. Coloration au lugol
d une prparation de selle entre
lame et lamelle montrant un uf
de S monsoni avec son peron
latral bien dmarque (barre =
20 ym) (Copyright Liverpool
School of Tropical Mdiane)
266
CEuf de Schistosoma
japonicum. Coloration au
lugol d une prparation de selle
entre lame et lamelle montrant
un uf de S /oponicum avec
son petit peron (flche)
(barre = 20 ym} (Copyright
Liverpool School of Tropical
Mdiane]
437
uf de Schistosoma
haematoblum. Coloration au
lugol d un chantillon d urines
entre lame et lamelle montrant
un uf de 5 haematoblum avec
son peron terminal (barre =
50 fJmf (Copyright Liverpool
School of Tropical Mdiane)
267
CESTODES
Les cestodes ou vers solitaires sont acquis par ingestion de larves prsentes dans les
chairs insuffisamment cuites de poisson (Diphyllobothnum latum) de buf (Taenia sagi
nata) ou de porc (T solium) Les tnias du porc et du buf peuvent atteindre 2 50 m de
long (438) L infection nest en gnral remarque q u a 1 mission de segments dans les
selles Les traitements de choix sont le niclosamide et le praziquantel Si des ufs de
tnia arme (T sohum excrtes dans les selles humaines) sont ingres les larves eclosent
puis envahissent la paroi intestinale passent dans la circulation et vont se localiser dans
diffrents tissus notamment les muscles le cur le cerveau et la rtine Elles y produi
sent des kystes provoquant la cysticercose La prsence de ces kystes dans le cerveau
peut entraner un dficit neurologique focal des crises epileptiformes une hydrocphalie
438 Tnia du buf. Tnia
du buf enroule autour des
mains de son hte {Copyright
Lwerpool School or Tropical
Mdiane)
248
441
Sable hydatique.
269
NMATODES
Les nmatodes sont des vers ronds non segments, ayant pour la plupart un stade d'existence libre (c'est--dire qu'ils doivent, l'exception des oxyures, passer par un stade de
maturation dans le milieu extrieur, NdT).
Vers intestinaux
Ascaris lumbncoides (443) est un long ver intestinal (de 20 35 cm). L'infection fait suite
l'ingestion d'ufs embryonns mrs (444). Les ufs sont excrts dans les selles (une
estimation de 1947 indiquait que 18 000 tonnes d'ufs d'ascaris taient mis chaque
anne en Chine). Ils closent dans le duodnum et les larves franchissent la paroi intesti443 Ascaris lumbricoides
dans une veine rnale. Le
ver rond est sorti de l'intestin au
dcours d'une plaie au couteau,
et s'est log dans une veine
rnale.
270
nale, passent dans la circulation veineuse ou lymphatique pour atteindre le foie. Elles
rejoignent alors les alvoles par la veine cave, franchissent celles-ci, et les jeunes adultes
, montent jusqu'au pharynx, aprs un court sjour dans le poumon, puis gagnent l'intestin
via l'sophage C'est l qu'ils s'accouplent et librent leurs ufs (environ 200 000 par
jour) L'infection est en gnral asymptomatique, sauf quand se produit une raction de
type asthmatique ou une fausse route pendant la phase migratoire, avec sortie du ver par
la bouche ou le nez. Une infestation massive peut entraner une occlusion intestinale ou
un retard de croissance chez l'enfant L'ascaridiose a une distribution mondiale, notamment dans les rgions d'hygine prcaire. La dtection des ufs dans les selles permet le
diagnostic (444) Lmfection peut tre traite au mbendazole (non disponible en France,
o l'on utilise le flubendazole, NdT)
Enterobius vermicularis, l'oxyure, est frquemment responsable d'infections chez l'enfant, partout dans le monde Le ver adulte rside dans le caecum et ses parties contigus.
Les femelles gravides (445) migrent vers la marge anale o elles dposent leurs ufs
(446), provoquant une irritation intense, qui fait se gratter l'enfant; les ufs passent alors
sur les doigts, et peuvent infecter d'autres enfants ou auto-infecter, si les doigts sont por445
Enterobius vermicularis. Femelle gravide d'oxyure,
remplie d'ufs.
446
ufs de Enterabius
vermicularis. (barre = 20 ym}
27}
272
448
Larves d'anguillule. Larves filanformes infectantes de Strongyloides stercoralis au
sol, prtes pntrer la peau expose d'un imprudent (Copyright Dr R Ashford)
273
274
452
uf de Trichuris trichiura. Coloration au lugol
d'une prparation de selle entre
lame et lamelle (barre = 20 ym}
275
276
277
la fivre, une hyperosinophilie, des douleurs et une fragilit musculaires, ainsi qu'un
dme pri-orbital pathognomonique. Elles peuvent aussi se loger dans le cerveau, provoquant une encphalite. Le diagnostic est srologique ou direct, par mise en vidence
d'organismes enkysts dans le muscle. Le traitement vise d'abord rduire l'inflammation
(dexamthasone) L'intrt du thiabendazole ou des autres imidazols n'est pas dmontr.
Le syndrome de /a/va migrans viscrale des pays temprs est principalement d
Toxocara canis ou T. cati. Comme leur nom l'indique, les vers adultes sont prsents dans
l'intestin des chiens et des chats (457). Les ufs sont excrts dans les fces et mrissent
dans le milieu extrieur. L'homme (en particulier l'enfant) s'infecte par ingestion de fces
de chien ou de chat. Dans l'intestin, les ufs closent puis traversent la paroi intestinale
pour envahir les viscres dans lesquelles ils s'enkystent. L'expression clinique est
variable, allant de l'absence de symptme une hyperosinophilie, avec ou sans hpatomgalie, ou une rtinite (458), voire un envahissement pulmonaire et la mort. Cette
dernire ventualit est heureusement trs rare. Le diagnostic est clinique. La srologie et
une laparoscopie peuvent tre envisages. Aucun traitement n'est habituellement prescrit.
Si ncessaire, le thiabendazole peut tre utilis.
457
278
Le phylum des arthropodes (du grec arthron, articulation, et pous, pied) comprend de
trs nombreux genres (plus de 800 000), dont la plupart sont inoffensifs pour l'homme.
Les arthropodes d'importance mdicale sont regroups en six classes (459). Il est cependant plus utile de les sparer en agents directement responsables d'affections (460), et
agents vecteurs d'autres maladies (461) On peut voir que certains arthropodes appartiennent chacune de ces deux catgories.
459
279
280
461
28?
463
Asticot de Cordylobia anthropophages. Le ver
de Cayor (Copyright Liverpool
School of Tropical Mdiane)
282
466
Lsion de Tunga
pntrons. Exemple de (un
gose Les lsions circulaires sont
dues a 1 enfouissement de la
puce chique (T pntrons)
(Copyright Dr R Ashford)
283
^S Ctenocephalides
canis. La puce du chien.
284
POUX
'
Trois espces infestent l'homme, Phthirus pubis (pou de pubis ou, vulgairement morpion), Pediculus corporis (pou de corps), et Pediculus capitis (pou de tte). En fait, ces
deux derniers sont trs similaires, ne diffrant que par quelques dtails anatomiques
mineurs, et sont souvent appels Pediculus humanus.
Les poux de tte infectent les zones couvertes de cheveux (469). Les adultes parcourent le cuir chevelu. Ils se nourrissent en agrippant la peau avec une pice buccale
suceuse, l'haustellum, puis en la perforant l'aide de deux stylets pour aspirer le sang.
Aprs fcondation, la femelle cimente un uf la gaine du cheveu, laissant une lente
caractristique (470). Les lentes sont dposes au rythme de 7 10 par jour, et chaque
469
Pediculus capitis. Le
pou de tte.
470
285
471
Phfhirus pubis. Le
pou de pubis ou morpion .
472
Pdiculose. L'infestation peut parfois atteindre les
286
HYMNOPTRES
II existe plus de 4 000 espces d'abeilles, gupes et frelons, quipes d'un aiguillon Les
dommages directs causs par celui-ci sont en gnral locaux (rougeur, douleur et
dme) et de courte dure Le venin est injecte travers un aiguillon barbel et contient
diverses amins vaso-actives (ex l'histamine), des enzymes (ex la phospholipase A), et
des peptides toxiques Le dcs peut survenir par anaphylaxie, en cas d'hypersensibilit
au venin (0,5 % de la population) Les piqres les plus frquentes sont le fait de gupes
(473) et d'abeilles (Apis mellilera) Le traitement local consiste a retirer l'aiguillon (qui
continue dlivrer le venin), et ventuellement appliquer des antiseptiques locaux Le
traitement du choc anaphylactique requiert de l'adrnaline par voie sous-cutane (0,5
1 ml de solution 0,5 %), le maintien des voies ariennes libres, et une hospitalisation
urgente.
287
MOUSTIQUES
On dnombre au moins 35 genres de moustique Ils se rencontrent depuis le cercle
polaire jusque bien en dessous de l'quateur Les adultes des deux sexes se nourrissent
de nectar, et certains sucent aussi le sang d'une grande varit d'espces animales, y
compris les oiseaux L hypersensibilit a la salive du moustique est responsable de l'aspect de la piqre De plus les femelles sont d importants vecteurs de maladies Les anophles (Anophles) (474) sont les vecteurs biologiques (c est-a-dire que l'agent infectieux
se reproduit chez le moustique) du paludisme, de filanoses d infections Alphavirus
(encphalite qume vnzulienne) Flavivirus (encphalite de St Louis), et Bunyavirus
(Tahyna) Ils ne sont cependant pas le vecteur principal des trois derniers Les Ades
(475) transmettent aussi des filanoses et sont les principaux vecteurs d'infections Alphavirus (ex chikungunya), Flavivirus (ex dengue et fivre )aune), et quelques Bunyavirus
(encphalite californienne)
474
Moustique anophle
la fin d'un repas sanguin. (Copyright Liverpool
School of Tropical Mdiane)
475
Ades aegypti au
cours d'un repas sanguin.
(Copyright Liverpool School of
Tropical Mdiane)
288
PUNAISES
Les punaises ont une distribution mondiale Les principaux parasites de l'homme sont
Cimex lectuJanus (477) et C hemipterus (surtout sous les tropiques) Les femelles pondent jusqu' 100 ufs dans leur vie Ils sont dposs dans les fissures des murs, sous les
475
Chrysops dimidiata.
477
Cimex lectularius.
289
tableaux et les papiers peints, et dans les lits et les matelas. La morsure est irritante, et les
punaises pourraient transmettre l'hpatite B.
^
ARAIGNES
II existe de nombreux genres d'araigne, dont la plupart sont inoffensifs. Les grosses araignes poilues sont en gnral inoffensives, alors que des espces relativement petites et
d'apparence insignifiante sont les plus venimeuses.
Les venins sont habituellement ncrosants ou neurotoxiques. La veuve noire (Lactrodectus mactans) (478) produit une puissante neurotoxine et fut l'origine de 63 dcs
aux tats-Unis sur une priode de 10 ans dans les annes 50. Atrax robustus fait partie des
araignes toile en entonnoir, et se rencontre en Australie, Sydney et dans les alentours.
479 Un scorpion.
{Copyright Liverpool School of
Tropical Medicine)
290
SCORPIONS
Les scorpions (479) sont largement rpandus dans les rgions tropicales et subtropicales.
Ils inoculent leur venin par un aiguillon incurv, situ l'extrmit de la queue. la suite
de piqres, la mortalit peut atteindre 55%, spcialement chez les jeunes enfants Au
Mexique, l'incidence annuelle observe est de 84 dcs pour 100 000 habitants dans l'tat
de Colima Le venin est neurotoxique et localement ncrotique.
ACARIENS
Les acariens regroupent plus de 30 000 espces. Bien qu'il en existe plus de 200 familles,
seuls quelques-uns affectent l'homme. Sarcoptes scabiei est l'agent de la gale (480), et se
rencontre partout dans le monde. Son incidence augmente nettement en temps de guerre,
291
481
Sarcoptes scabiw.
Acanen responsable de la 9dle
(Copyright Liverpool School of
Tropical Mdiane)
482
Demodex folliculo-
292
MYRIAPODES
Les mille pattes de type scolopendre (484) ont aussi une distribution gographique mondiale mais seules les grandes varits tropicales et subtropicales peuvent infliger des
morsures dangereuses Le venin qui est inocule par des pinces drives de la premire
paire de pattes produit des lsions ncrosantes
483
Acarien de poussire de maison. Dermatophagoides pteronyssinus
484
Un mille-pattes de
type scolopendre. Mynapode du genre Scolopendra
293
LINGUATULES
(PENTASTOMIDAE)
Ce groupe (aujourd hui rattache aux crustacs NdT) comprend deux genres, Linguatula
(486) et Armillifer (487) L adulte de Linguatula vit dans les voies nasales du chien du
loup et du renard L homme peut s infecter par ingestion d ufs (liguatulose viscrale) ou
de larves Dans ce dernier cas les larves s installent dans les voies nasales produisant un
syndrome nasopharynge appel haizoum avec enrouement, dysphagie dyspne et
485 Un mille-pattes de
type iule.
294
VECTEURS DE MALADIES
PHLEBOTOMES
Les phlebotomes appartiennent au genre Phlebotomus (489) dans 1 Ancien Monde et au
genre Lutzomyia dans le Nouveau Monde Seules les femelles sont hematophages Leur
morsure peut provoquer un urticaire reactionnel mais leur rle le plus important est celui
de vecteur des leishmamoses cutanes et viscrales de la fivre d Oroya (dans les
488
Granulome et
fications hpatiques
Armillifer armillatus.
right Liverpool School of
Mdiane)
calcidus
(CopyTropical
295
SIMULIES
Ce sont les femelles du genre Simulium (490) qui sont hmatophages. Elles transmettent
la filaire parasite Onchocerca volvulus, agent de l'onchocercose, la fois en Afrique et en
Amrique Latine.
296
MOUCHE TS-TS
Les glossines (Glossina) (491) sont confines l'Afrique tropicale. Elles sont attires par
les couleurs sombres et les odeurs fortes. Leur morsure est douloureuse, mais elles sont
surtout vectrices de la maladie du sommeil (due Trypanosoma bmcei).
MOUCHE BLEUE
Les mouches bleues (492) et les mouches domestiques peuvent tre les vecteurs mcaniques de germes responsables de diarrhes, et de Chiamydia trachomatis, agent du trachome.
PUNAISES
Les rduves (493) dfquent sur la peau au moment de la morsure et librent ainsi Trypanosoma cruzi, qui peut entrer dans la plaie la faveur du grattage. Il en rsulte localement un chagonne accompagn du signe de Romana, puis la maladie de Chagas
(trypanosomiase sud-amricaine).
297
TIQUES
Toutes les tiques sont des parasites obligatoirement hmatophages (494 et 495). Il en
existe schmatiquement deux formes : les tiques du type Argas, tguments mous, et
celles du type Ixodes, tguments rigides. Ces dernires se nourrissent lentement et restent attaches pendant plusieurs jours, alors que les tiques molles se nourrissent plus vite,
souvent du jour au lendemain La plupart s'alimentent sur des animaux, domestiques ou
non, et seulement de faon fortuite sur l'homme. La tique molle d'Afrique tropicale (Ornithodorus moubata) est la seule tre adapte l'homme et la volaille. Les tiques molles
transmettent l'homme les agents de certaines fivres rcurrentes (Borrelia duttoni, B.
hermsii, B. persica), en Afrique, Asie, Amrique, et Europe mditerranenne. Les tiques
dures transmettent la maladie de Lyme (B. burgdorferi), certaines nckettsioses (fivre
boutonneuse mditerranenne, fivre pourpre des Montagnes Rocheuses), la babsiose,
des infections Flavivirus (fivres de la fort de Kyasanur et fivre hmorragique
d'Omsk), et Bunyavirus (fivre hmorragique de Crime-Congo).
495
Ornithodorus
moubata gorg de sang.
Mme individu que prcdemment, gorg de sang (Copyright
iiverpool School of Tropical
Medidnel
79ft
299
300
Appendices
301
302
Appendices
Appendice 4 Exanthmes.
303
304
Appendices
305
304
Appendices
307
308
Appendices
309
310
aspergillose 238-9
Aspergillus 237
Aspergillus flavus 238
Aspergillus fumigatus 238-9
Aspergillu^, mger 238
Astrovmdae 30
Atrax robustus 290
auramine phemquee 185, 188
babesiose 298
bacilles 75 78
anaerobies 78
anaerobies strictes 170-81
classification 75 76^, 79
de classification incertaine 182-4
milieux de culture 79, 80-1
morphologie 72
parasites obligatoires 79
paroi cellulaire 71, 73-4
reactions biochimiques d'identification 82-3
rsistance aux antibiotiques 206-21
structure 71-4
typage selon des caratres antigniques 84
BaciHus anthracis 5 100, 101, 102, 103
Bacillus cereus 100 101, 102, 103, 104
bactries 1 2 3 71
Bacteroides fragilis 170, 171, 172, 173,
179 180
Balantidium coli 256
Bartonella bacilliformis 182, 183, 184
Bartonella henselae 182, 183, 184
Bartonella quintana 287
basidiomycetes 227
bta-lactamase 209 10
induction 214 215
Blastomyces dermatitidis 239
blastornycose 239
Bordetella pertussis 134, 137, 145
Borrelia 298
Borrelia reu/rente 194, 197, 199, 287
Borrelia vincenti 170
bronchectasie 302
Brucella abortus 135, 138, 139, 150-1
Brucella melitensis 135, 138, 139, 151
Brucella suis 135 138, 139, 151
Brugia inalayi 276
Bunyavindae 33 35-7, 288, 298
Burkholdena cepacia 163, 164, 167 224
Burkholdena pseudomallei 163, 164,
1678
calcification mtra-crbrale 262, 263
Calicivindae 30-1
Calfiphora 297
Calymmatobactenum granulomatis
182 183
Campylobacter ]e]uni 153, 154, 158
Candida 228
Candida albicans l, 3, 238, 240-2, 242
Index
minimale inhibitnce (CMI) 208, 212
en milieu liquide 212, 213, 214
contrle de qualit des eaux 226
coqueluche 134 145 302
Cordylobia anthropophaga 282-3
Coronavmdae 34 38-9
corynebactenes 101 106 107
Corynebactenum dphtenae 100, 101,
102 1068 109 110
biotype gravis 101 107
biotype mitis 101 108 100
Corynebactenum hofmannu 108, 110
Corynebactenum ]eikeium 100, 101,
102
Corynebactenum urealyticum 100, 101,
102
cotnmoxazole 245 247, 253, 254
cowpox 57
Coxsdckievirus 24 26
Coxiella 79 194 200 201
Coxiella burnetn 194 200, 201
Creutzfeldt Jakob (maladie de) 1, 16, 17
Crustacs 279 281
cryptococcose 243
Cryptococcus neoformans l, 242-3
Crypto^pondium parvum l, 253-5
Ctenocephaide', canis 284
Ctenocephalides felis 284
culture de cellules mammaliennes 52-6
cyclosenne-cefoxitine-fructose (glose) 170 177
Cyclospora cayetanensis 254, 255
cysticercose 268
Cytomegalovirus 3, 49, 54-8, 61, 62
Dane (particules de) 47, 48
dapsone 245
DDT 287
Demodex folliculorum 3, 292, 293
Dermatobia hominis 283
Dermatophagoides pteronyssinus 293
dermatophytes 228 231-6
dsoxycholate-citrate (milieu) 112, 123
deuteromycetes 228
diagnostic virologique
dtection des antignes viraux 51,
57 59-61
dtection du gnome viral 51, 62-6
dtection des virus 52-6
srologie 51 66-70
diarrhes 153 204
a protozoaires 247, 251, 254, 256
virales 30 32 33
Dienes (typage de) 222-223
dilution
minimale bactricide 216, 217
minimale inhibitnce 217
Diphyllobothnum latum 268
Diplopodes 279
diptres 282 3
disques (mthode des) 206, 208, 212
disques d antibiotique 206, 208
douves 265 266 7
Dracunculus medinensis 276, 277
dysenterie amibienne 247
Ebola (virus) 37
Echinococcus granulosus 269
Echovirus 24, 26
ectothnx 235
eczma margin de Hbra 231
Edwardsiella tarda 116, 117
Eikenella corrodons 163, 164, 169
lectronique (microscopie) 12-14, 15,
51 52
electrophorese
de 1 ARN en gel de polyacrylamide
31 51 62
en champs puis 226
en gel d dgarose 64, 65, 221
des protines cellulaires totales
(typdge par) 224
Elek (test d ) 107, 109
elephantiasis 276
ELISA51 59-60
dtection des anticorps anti-viraux
51 69 70
encphalite de St Louis (virus de 1') 52
encephalomyelite 262 299
encephalopathies subaigus spongiformes transmissibles 1, 16-17
Endolimax nana 3
endonucleases de restriction 224, 225,
226
endothnx 235
Entamoeba coli 3
Entamoeba histolytica 3 247, 250
Enterobacter aerogenes 113, 115, 117,
126
Enterobacter cloacae 113, 115, 117
enterobactenes 112, 133
reaction des sucres en eau peptonee 124-5
Enterobins vermiculans 3, 271-2
Enterococcus faecalis 91, 92, 98-9
Enterococcus faecium 212
enterocoques 91 92 93 98-9
Enterocytozoon bieneusu 247, 249
Enterovirus 26
pidemiologie (techniques d') 222-6
Epidermophyton 228
Epidermophyton floccosum 1, 231, 2323
piglottite 302
Epstem Barr (virus) 3, 49, 67
Erysipelothnx rhusiopathlae 100, 101,
102
Eschenchia coli 1, 15, 113, 115, 117-18,
122 124
amoxicilline (mesure de la sensibilit a 1 ) 213
amoxicilline (rsistance 1') 209
citrate de Simmons 127
CMB a 1 ampicillme 214
CMI a 1 ampicillme 213
diamtres d inhibition 208, 209
indole (production d ) 126
milieu de Kligler 130
oxydation fermentation 166
phenylalamne desammase 128
profil de restriction genomique 225
rduction des nitrates 128
rsistance plasmidique aux antibiotiques 225
rouge de methylel26
serotype 0157 112 120-1
transfert de rsistance 219-20
Voges-Proskauer (reaction de) 127
espundia 258
eumycetome 236-7
exanthmes 303
Fasciola hepatica 263 265
Fasciolopsis buski 265
fermentation des sucres 112
fievre(s)
hmorragiques 33, 37
d origine inconnue 309
Q 194
rcurrentes 194 199
a poux 287
a tiques 298
des tranches 287
filaire 276
de Bancroft 276
de Medme 276, 277
filanose 288
Filovindae 35 37-8
FIavindae 32 34 288, 298
Flavobactenum menmgosepticum 163,
164 169
Flavobactenum odoratum 163, 164, 169
flore normale 3 4
fluconazole 242
fluorescence (microscopie ) 8, 9
Francisella tularensis, 135, 136
frelons 287
fuchsine (inhibition par la) 135
Fungus bail 240 241
Fusanum 236 237, 244
Fusobactenum necrophorum 170 171
172 173 181
Fusobactenum nucleatum 170, 171,
172 173 181
galeries de diagnostic API 129
gangren gazeuse 170, 174
Gardnerella vagmalis 153, 154, 160
gastrite 304
gnome viral (dtection du) 51, 62-6
genomique
amplification 51, 63-6
hybridation 51, 62-3
gentamicme 216 218, 219
Gerstmann Straussier (maladie de)
16
Glardia intestmalis (lamblia) 1, 251
glossme 296 7
Glucantime 257 258
gonorrhee 141
Gram ngatif (bactries ) 71, \74
arobies 77
Aeromonas 153, 154, 156
bacilles 112-33
cocci/coccobacilles 134-51
bacilles anaerobies 170, 172, 173,
174 17981
Campylobacter JCJuni 153, 154,
158
Gardnerella vaginalis 153, 154,
160
Helicobacter pylon 153, 154,
159
non fermentants (bacilles) 1623 164-9
Pseudomonas 162-3, 164-6
Vibno 152-3, 154-7
311
312
Naegleria 256
nonatale 163, 169
mningoencphalite 256
mtromdazole 247, 251, 252
microcphalie 263
Micrococcus 85, 86, 90, 97
microscope
contraste de phase 8
lectronique 12, 13
fluorescence 9
fond clair 6
fond noir 7
microspondies 247
Microsporum 231
Microsporum audouinii 236
Microsporum canis 233, 235, 236
Microsporum gypseum 232
milieux de culture pour bactries 79-81
mille-pattes 293, 294
MNYC (modified New York City, milieu
de culture) 134, 141
mobilit-ure-mdole (milieu) 112, 131
molluscum contagiosum 44, 50
Moraxella catarrhalis 134, 135, 136, 144
Moraxella lacunata 134, 135, 136, 144
Morganella morganii 116, 117
morsure (infections de plaies de) 134,
138, 149, 163, 306
mouche(s)
bleue 297
domestiques 297
ts-ts 256, 296-7
\moustique 259, 288
\m<
Mucor 227
Ml
Mucor pusilfus 244
mucormycose : voir zygomycose
mucoviscidose 163, 165, 167, 224
muguet 240
myctome 230, 236-7
mycobactnes 75, 185-93
non chromognes 185, 192
Mycobactenum avium-intracellulare
185, 186, 187, 190
Mycobactenum bovis 185, 186, 187, 193
Mycobactenum fortuitum 185, 186, 187,
193
Mycobactenum gordonae 186, 187, 192
Mycobactenum kansasii 185, 186, 187,
190, 191, 192
Mycobactenum leprae 185, 186, 193
Mycobactenum malmoense 186, 187,
191
Mycobactenum tuberculosis 185, 186,
187, 188-9, 193
Mycoplasma hominis 195, 196
Mycoplasma pneumoniae 67, 195
mycoplasmes 194, 195
mycoses 228
sous-cutanes 236-7
superficielles 228, 231-6
systmiques 238-46
myiases 282, 283
Myriapodes 293
Nagler (raction de) 170, 171
nalidixique (acide) 214, 215, 219, 220
Necator americanus 272
Ngri (corps de) 56, 57
Index
Neisseria gonorrhoeae 134, 135, 136,
141, 142-3, 211
Neisseria lactamica 134, 143
Neisseria memngitidis 3, 79, 134, 135,
136, 140 ,142
mesure de la sensibilit aux antibiotiques 211
nmatodes 270-8
intestinaux 270-5
du sang et des tissus 276-8
neuramimdase 39-40
nifurtimox 257
niridazole 276
nitrates (raction de rduction des)
128
nitrocfme 210
nitrofurantone 214, 215
Nocardia 228
Nocardia astrodes 230, 236
Nocardia brasiliensis 230
nystatine 242
il (infections de 1') 306
uf de poule embryonn 52, 53
Onchocerca volvulus 276, 296
Oncornavirus 43
onychomycoses 241
optique (microscopie) 5-15
oreille moyenne 301
orf 44, 50
ORL (infections) 301
Ornithodorus moubata 298
Orthomyxoviridae 39-40, 41
orthopoxvirus 50
oxydation-fermentation (ractions d')
166
paludisme 259, 288
fivre quarte 259, 261
fivre tierce bnigne 259, 260
Plasmodium falciparum 259, 260
Plasmodium malariae 259, 261
Plasmodium ovale 259, 261
Plasmodium vivax 259, 260
Papillomavirus humains 44, 45-6, 58
Papovaviridae 44, 45-6
Paracoccid iodes brasiliensis 244
paracoccidiomycoses 238, 244
Parainfluenzavirus 23, 52
Paramyxovindae 35, 40, 41
Parapoxvirus 50
parasites 1, 2, 3
helminthes 263-78
pluricellulaires 264
protozoaires 247-63
paratyphoide 212, 213
Parvovindae 44, 45
Pasteurella multocida 134, 138, 139,
149, 150
PCR 51, 63-6, 245
peau (infections cutanes) 306
Pediculus capitis 285, 286-7
Pediculus humanus 285-7
pnicilline 211
association avec la gentamicine 216
rsistance 209, 210, 211
pentamidme 245
Pentastomidae 279, 280, 294
peptidoglycane 73
313
^^^
Staphylococcus saprophyticus 85 86
staphylocoques 85 86 87 90 93
Streptobacillus monififormis 182 183
Streptococcus agalactiae 85 86 93
4
Streptococcus bo\ is 91 92
Streptococcus faecalis 91 92 98-9 212
Streptococcus milieu 91 92 93 99
Streptococcus pneumomae 3 91 92
93 968 210
Streptococcus pyogenes l 14 85 86
93 94 95
sulfamides 211
suppuration intracranienne 300
synergies 215 216
syphilis 194 198
systme nerveux (infections du) 299300
vaginoses 153
vancomycine 212
varicelle 23 48-9
variole (virus de la) 49 50
VDRL (diagnostic de la syphilis) 194
198
Vero (cellules) 54 55
vers ronds 270-8
(glose