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Compléments de Cristallographie - F.hatert - 2013-2014
Compléments de Cristallographie - F.hatert - 2013-2014
Hatert
COMPLEMENTS DE
CRISTALLOGRAPHIE
2013-2014
Plan du cours
Cours TP
Après 1912 : Max von Laue a montré que les cristaux diffractent les rayons X.
Nouvelle définition : « Solide dans lequel un motif atomique se répète
périodiquement dans les trois directions de l’espace, engendrant ainsi un réseau. »
Il est donc possible de décomposer le réseau en une série de parallélépipèdes dont les
arêtes sont parallèles aux axes cristallographiques, appelés « Mailles cristallines »
(Figure 2). Il existe 7 grands types de mailles cristallines, caractéristiques des 7 «
Systèmes cristallins ».
4 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Mais un cristal n’est pas qu’un concept géométrique, et chaque maille contient un
MOTIF atomique caractéristique.
En conclusions :
La symétrie externe des cristaux se caractérise par la présence des éléments de symétrie
suivants :
ATTENTION, le seul élément de symétrie nouveau parmi les axes d’inversion est l’axe 4 .
En effet :
1 = Centre de symétrie
2 =m
3 =3+1
6 = 3/m
7 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Remarque : La notation 2/m signifie que l’axe d’ordre 2 est perpendiculaire au plan
miroir, alors que la notation 2m n’implique aucune relation géométrique entre ces deux
éléments de symétrie.
Les cristaux montrent de nombreuses faces, mais les combinaisons d’éléments de symétrie
qui les caractérisent peuvent se regrouper en deux catégories :
a. Les cristaux HOLOEDRES, dont la symétrie est identique à celle de leur maille
cristalline. Ces cristaux peuvent être regroupés en 7 systèmes cristallins (Tableau 1).
Les combinaisons d’éléments de symétrie au sein des polyèdres ne sont pas aléatoires, et
sont régies par des théorèmes :
1. Dans tout polyèdre, tous les éléments de symétrie se coupent en son centre.
2. Si l’on considère un centre, un axe d’ordre pair et un plan de symétrie
perpendiculaire à cet axe, deux de ces éléments ne peuvent exister sans le
troisième.
3. Si un polyèdre possède en tout n axes d’ordre pair dans un plan, il possède également
un axe d’ordre n perpendiculaire au plan. Réciproquement, si perpendiculairement à
un axe d’ordre n, il y a un axe d’ordre pair, il y a en tout n axes d’ordre pair dans le
plan perpendiculaire à l’axe d’ordre n.
4. Si un polyèdre possède en tout n plans de symétrie passant par une droite, ces plans
font entre eux des angles égaux à π/n. De plus, cette droite est un axe d’ordre n.
Réciproquement, lorsque suivant un axe d’ordre n, il y a un plan de symétrie, il y a en
tout n plans de symétrie se coupant suivant cet axe.
Remarque : Dans certaines classes cristallines, l’axe d’ordre multiple peut subir une
dégénérescence. Ainsi, 4 peut se dégénérer en 4 puis en 2 ; et 6 peut se dégénérer en 6
(voir Tableau 2).
Les axes hélicoïdaux produisent une rotation suivie d’un déplacement le long de l’axe
(Figure 7). Notations nk : 21, 31, 32, 41, 42, 43, 61, 62, 63, 64, 65. La translation selon l’axe
est égale à la période selon cet axe multipliée par k/n. Ainsi, les axes 21, 42, et 63
produisent une rotation suivie d’une translation de ½ fois le paramètre cristallographique
parallèle à cet axe.
Les plans de glissement produisent une réflexion par rapport au plan suivie d’une
translation parallèle à ce plan. Notations : a, b, c, n, d. Les plans de glissement a, b et c
produisent une réflexion suivie d’une translation parallèle aux axes cristallographiques a,
b ou c, respectivement. Cette translation est d’amplitude égale à la moitié du paramètre de
maille selon lequel la translation s’effectue. Les plans de glissement n et d produisent des
translations diagonales. Si le plan de glissement est parallèle à (100), par exemple, il peut
être de type b (translation b/2), de type c (translation c/2), de type n (translation b/2 + c/2)
ou de type d (translation b/4 + c/4) (Figure 8).
Au niveau du réseau cristallin, l’existence des translations se traduit pas une modification
du nombre de nœuds présents dans la maille cristalline. Une maille simple, dite
PRIMITIVE, présente 8 nœuds situés aux huit sommets du prisme, ce qui correspond à
un seul nœud situé à l’intérieur de la maille. En appliquant une translation à l’un des
nœuds situés sur le sommet de la maille primitive, il est possible d’obtenir un nœud
équivalent localisé sur une face, sur une arête ou à l’intérieur de la maille cristalline, tout
en préservant la périodicité originelle de la maille. La position de ces nœuds
supplémentaires ne peut pas être quelconque, et conduit aux 14 modes de réseau de
Bravais (Figure 9). Voici la signification des symboles utilisés :
P = Maille primitive
I = Maille centrée
A = Maille face a (100) centrée
B = Maille face b (010) centrée
C = Maille face c (001) centrée
F = Maille toutes faces centrées
R = Maille rhomboédrique
11 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Les structures cristallines peuvent donc être classées, selon leur symétrie, en 230 groupes
spatiaux (ou groupes d’espace ; voir Tableau 3). Chaque groupe spatial est caractérisé par
un mode de réseau, ainsi que par des éléments de symétrie « finis » (centre de symétrie,
axes de symétrie, plans de symétrie, axes d’inversion) ou « infinis » (axes hélicoïdaux,
plans de glissements). La notation générale des groupes spatiaux peut s’écrire :
dans le plan perpendiculaire à l’axe d’ordre multiple. Pour le système cubique, les
axes d’ordre 4 (+ dégénérescents) sont représentés en a, les axes d’ordre 3 (ou 3)
en b, et les axes d’ordre 2 en c.
• m, n et o = plans de symétrie ou plans de glissement perpendiculaires aux axes de
symétrie mentionnés ci-dessus.
Exemples :
• P21/c (=P1 21/c 1) : Monoclinique holoèdre, mode de réseau primitif, axe hélicoïdal
21 selon b, plan de glissement c perpendiculaire à b (le glissement s’effectue donc
selon c et a une amplitude de c/2).
• Pnma (= P21/n 21/m 21/a) : Orthorhombique holoèdre, mode de réseau primitif, axes
hélicoïdaux 21 selon a, b et c, plan de glissement n perpendiculaire à a (le glissement
s’effectue selon b/2 + c/2), plan miroir perpendiculaire à b, plan de glissement a
perpendiculaire à c (le glissement s’effectue selon a et a une amplitude de a/2).
• I41/amd (= I41/a 2/m 2/d) : Tétragonal holoèdre, mode de réseau centré, axe
hélicoïdal 41 selon c, axes d’ordre 2 selon a, b, ainsi que selon les diagonales à ces
axes. Un plan de glissement a perpendiculaire à c (glissement a/2), deux plans
miroirs perpendiculaires aux axes a et b, et deux plans de glissement d
perpendiculaires aux diagonales a-b (glissement a/4 + c/4).
• F 4 3m : Cubique antihémiédrique, mode de réseau faces centrées, 3 axes
d’inversion 4 selon a, b et c, 4 axes d’ordre 3 selon les diagonales du cube, 6 plans
miroirs selon les plans diagonaux du cube.
14 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Remarque 1 : Dans les notations des groupes spatiaux, les symboles du mode de réseau, des
plans de symétrie et des plans de glissement sont en italiques, alors que les axes ne le sont
pas.
Exercices :
Positionner les éléments de symétrie dans les structures suivantes, en vous aidant des Tables
Internationales de Cristallographie, des modèles moléculaires des structures en 3 dimensions,
et de leurs dessins.
DIOPSIDE
CaMg[Si2O6], C2/c
a = 9,75 Å
b = 8,92 Å
c = 5,25 Å
β = 106,0°
17 Compléments de cristallographie – F. Hatert
RUTILE
TiO2, P42/mnm
a = 4,59 Å
c = 2,96 Å
18 Compléments de cristallographie – F. Hatert
APATITE
Ca5(PO4)3F, P63/m
a = 9,40 Å
c = 6,88 Å
19 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Le moyen de production de rayons X le plus utilisé est le tube à rayons X, qui équipe la
majorité des diffractomètres de laboratoire. Son principe de fonctionnement est illustré à
la Figure 10. Des électrons sont produits par un filament appelé « cathode », et projetés
vers une cible métallique appelée « anode » ou parfois « anticathode ». Le déplacement
des électrons s’effectue sous vide, grâce à une différence de potentiel de l’ordre de 30-50
kV, appliquée entre la cathode et l’anode. La percussion de l’anode par ces électrons
provoque un rayonnement blanc, auquel se superposent des raies dont les longueurs
d’onde sont caractéristiques du métal qui compose l’anode (Figure 11).
est inséré à la sortie du tube à rayons X. Sa composition dépend du type de tube utilisé :
Zr (tube Mo), Ni (tube Cu), Fe (tube Co) ou MnO2 (tube Fe).
e4 1 + cos 2 2θ
Ie = I0 2 4 2
m c D 2
2000 fois inférieure à celle diffusée par un électron. On peut donc conclure que
pratiquement, seuls les électrons diffusent le rayonnement X.
Si l’on considère un atome dans son ensemble, les interférences entre les Z ondes
diffusées par les électrons vont provoquer une diminution de l’amplitude de l’onde
résultante diffusée par l’atome. L’amplitude diffusée par l’atome (Aa) et celle diffusée
par l’électron libre (Ae) sont liées entre elles par le facteur de diffusion atomique, f0 :
Aa = f0.Ae
Le déphasage entre les Z ondes diffusées par les électrons est nul dans la direction du
faisceau incident, et augmente avec l’angle de diffusion. Ceci explique pourquoi le
facteur de diffusion atomique est égal au numéro atomique lorsque θ = 0, et diminue
rapidement lorsque θ augmente (Figure 13). En pratique, pour les structures
organiques constituées d’atomes légers, il est inutile de mesurer des intensités au-delà
de 25° θ, alors que pour des composés inorganiques, une limite arbitraire de 50° θ peut
être considérée (en utilisant la radiation MoKα).
La Figure 13 montre également que les atomes d’hydrogène sont très difficiles à
localiser en diffraction des rayons X.
22 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Jusqu’à présent, nous avons envisagé la diffusion des rayons X par les électrons puis
par des atomes isolés, sans considérer la distribution de ces atomes dans les trois
directions de l’espace. Dans un cristal, chaque type d’atome peut être considéré
comme un nœud réticulaire, et les autres nœuds de ce réseau sont alors occupés par
des atomes de même type. Le cristal est donc construit en juxtaposant autant de
réseaux identiques qu’il y a de types d’atomes, ces réseaux étant déplacés entre eux de
distances identiques à celles qui séparent les atomes individuels.
De prime abord, les notions de réseau et de plan réticulaire peuvent sembler abstraites,
car ces concepts géométriques ne peuvent êtres positionnés avec précision au sein
d’une structure cristalline. N’importe quel atome peut être pris comme origine du
réseau, sans rien changer à sa périodicité et à sa symétrie.
Il faut donc bien distinguer la diffusion des rayons X par les électrons et par les
atomes, d’une part, et le phénomène de diffraction des rayons X produit par
l’arrangement périodique des atomes, d’autre part.
23 Compléments de cristallographie – F. Hatert
La notion de réseau cristallin va donc nous fournir un outil simple qui permettra de
prévoir dans quelle direction la diffraction se produira. Pour expliquer ce concept,
considérons à nouveau un modèle hypothétique de « structure monoatomique », dans
laquelle un seul atome est localisé à chaque nœud du réseau. Comme le montre la
Figure 14, les ondes diffusées par deux atomes localisés dans des plans réticulaires
adjacents produiront des interférences constructives si la différence de chemin
parcourue par ces ondes, ∆, est un multiple entier de la longueur d’onde de la radiation
incidente (Figure 14). Puisque sin θ = (∆/2)/d, on déduit que 2d sin θ = n λ. Cette
équation est connue sous le nom de Loi de Bragg. Elle permet de prévoir l’angle 2θ
entre le faisceau incident et le rayon diffracté par une famille de plan hkl, qui est
fonction de la distance réticulaire dhkl et de la longueur d’onde λ de la radiation
incidente.
La loi de Bragg nous indique dans quelle direction le faisceau sera diffracté, mais elle
ne fournit aucune information sur l’intensité des réflexions. Considérons à nouveau un
modèle hypothétique de « structure monoatomique », dans laquelle un seul atome est
localisé à chaque nœud du réseau (un atome de ce type est placé arbitrairement à
l’origine, 0,0,0). Les seules interférences qui interviennent sont ici celles dictées par la
loi de Bragg, et l’amplitude diffractée ne sera pas influencée par la présence d’autres
atomes. Toutefois, même dans ce modèle simple, il faut tenir compte du déplacement
des atomes qui vibrent autour d’une position moyenne, et se déplacent légèrement par
rapport au plan réticulaire. Le facteur qui exprime le déplacement des atomes est
appelé facteur de déplacement atomique ou facteur de température, U.
L’amplitude diffractée, Fc, peut être calculée pour chaque réflexion hkl, à condition
que l’on connaisse également les valeurs des paramètres de maille du cristal qui
permettent de calculer dhkl :
24 Compléments de cristallographie – F. Hatert
− 2π 2U
Fc = f1.exp 2
d
Dans cette expression, f1 représente le facteur de diffusion atomique de l’atome, qui est
fonction du type d’atome et de l’angle de diffraction. Ces facteurs sont inclus dans les
programmes d’affinements structuraux, et sont repris dans les Tables Internationales
de Cristallographie, Vol. C, Table 6.1.1.1.-5.
Considérons maintenant un second atome dans la maille (Figure 15). Pour cet atome,
le réseau est identique et la géométrie de diffraction restera la même. Lorsque le cristal
est exposé au faisceau de rayons X de telle sorte qu’une famille de plans hkl soit en
position de diffraction, tous les atomes de type 1 vont diffuser les rayons X en phase
l’un avec l’autre. Il en est de même pour tous les atomes de type 2. Toutefois, le
second réseau, auquel appartient le second atome, a été déplacé par rapport à l’origine
d’un vecteur x2, y2, z2. L’onde résultante diffusée par ces atomes de type 2 présentera
par conséquent un déphasage par rapport à l’onde résultante diffusée par le premier
atome. Ce déphasage sera différent pour chaque réflexion considérée.
Si l’on considère une structure cristalline plus complexe, la résultante des j ondes
diffusées dans la direction de réflexion hkl par les j atomes de la maille s’appelle le
facteur de structure. Chacune des j ondes est caractérisée par une amplitude
proportionnelle à fj, facteur de diffusion atomique, ainsi que par une phase φ par
rapport à l’onde diffusée par l’atome hypothétique placé à l’origine de la maille.
2 2
n n
Fhkl [ ] [ ]
= ∑ f j cos 2π (hx j + ky j + lz j ) + ∑ f j sin 2π (hx j + ky j + lz j )
j =1 j =1
Alors qu’on peut facilement calculer les amplitudes diffractées par un cristal, en
connaissant les coordonnées de ses atomes, sa symétrie et ses paramètres de maille, la
démarche inverse n’est pas aussi aisée. Les intensités mesurées fournissent en effet les
amplitudes des facteurs de structure, mais pas leurs phases (Figure 16). La résolution
de ce problème, appelé « problème de la phase », est l’étape indispensable à toute
détermination de structure cristalline.
Pour faciliter cette tâche, la notion de réseau réciproque a été introduite. Considérons la
famille de plans (010), séparés entre eux par d010. Si l’on trace la perpendiculaire à ces
plans passant par l’origine, et que l’on reporte la distance 1/d010 sur cette droite, le pôle
obtenu est le pôle réciproque 010, qui représente la famille de plans (010) du réseau direct.
Si l’on répète cette opération pour plusieurs familles de plans, on obtient un réseau
réciproque (Figure 17).
Comme on le voit sur la Figure 17, il existe des pôles réciproques 200, 300, … qui
s’alignent également sur les droites perpendiculaires aux familles de plans du réseau
direct. En accord avec la loi de Bragg, chaque famille de plans du réseau direct ne
diffracte pas qu’une fois, et produit plusieurs ordres de diffraction qui correspondent aux
différentes valeurs entières que peut prendre le nombre n de la loi de Bragg. Les pôles
réciproques 001, 002 et 003 représentent ainsi les ordres de diffraction 1, 2 et 3, produits
par la famille de plans (001) du réseau direct.
26 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Considérons un cristal monoclinique. Les pôles réciproques 001, 002, 003, … vont
s’aligner le long de l’axe c*, lui-même perpendiculaire à la famille de plans (001) du
réseau direct. De la même manière, les pôles réciproques 100, 200, 300… vont s’aligner
le long de l’axe a*, perpendiculaire à la famille de plans (100) du réseau direct. Puisque le
système monoclinique est caractérisé par un angle β différent de 90°, on voit
immédiatement, sur la Figure 18, que β* = 180°- β. De plus, on remarque que le
paramètre c* n’est pas égal à 1/c, comme dans le cas d’un repère orthogonal, mais qu’il
vaut 1/d001 ou encore 1/(c.sinβ).
Une autre observation importante, que l’on peut tirer de la Figure 18, concerne les
rangées (a* et c*) du réseau réciproque, qui sont perpendiculaires aux plans du
réseau direct. Inversement, les plans du réseau réciproque sont toujours
perpendiculaires aux rangées du réseau direct.
PQ 1
sin θ = =
AP d hkl AP
Puisque le pôle réciproque est en position de diffraction, la loi de Bragg peut lui être
appliquée :
De la combinaison de ces deux équations, il apparaît que la distance AP doit être égale à
2/λ pour que le pôle réciproque Q soit en position de diffraction. Le rayon de cette
sphère, appelée sphère d’Ewald, doit donc être égal à 1/λ.
Figure 20. Cône de diffraction produit par une famille de plans hkl.
Lorsque les cônes de diffraction produits par différentes familles de plans réticulaires
tombent sur un film photographique, ils y dessinent autant de circonférences
concentriques. C’est le principe de la caméra de Debye-Scherrer (Figure 21). En
choisissant un diamètre de caméra approprié (114,6 mm), la mesure entre les deux traces
produites par un cône de diffraction autour du faisceau direct (en mm) fournit directement
la valeur 4θ, qu’il suffit alors d’introduire dans la loi de Bragg pour calculer la distance
réticulaire dhkl.
Afin d’obtenir des données plus précises, de plus grandes quantités de matière peuvent
également être diffractées à l’aide d’un diffractomètre, dans lequel le film est remplacé
par un détecteur mesurant l’intensité des rayons X diffractés. Le principe du
diffractomètre de poudres est illustré à la Figure 22, et une comparaison entre un
diffractogramme de poudres et un cliché de Debye-Scherrer est fournie à la Figure 23.
L’ensemble des valeurs de dhkl mesurées, ainsi que leurs intensités respectives, permettent
d’identifier le composé diffracté, à l’aide des tables ICDD (International Centre for
Diffraction Data). De plus, la position exacte de dhkl des réflexions peut fournir, grâce à
un programme d’affinement par moindres carrés (comme LCLSQ, Burnham, 1991), les
valeurs des paramètres de maille du composé.
31 Compléments de cristallographie – F. Hatert
La méthode développée par Rietveld (1967, 1969) permet d’affiner la structure cristalline
d’un composé à partir de son diffractogramme de poudre. A cette fin, le diffractogramme
mesuré est comparé à un diffractogramme calculé à partir du modèle structural introduit
au départ. Au cours de l’affinement, les paramètres relatifs au bruit de fond, à la forme des
pics et à la structure cristalline de l’échantillon sont ajustés par moindres carrés jusqu’à ce
que le diffractogramme calculé se superpose le mieux possible au diffractogramme
mesuré. Il s’agit de rendre minimale l’expression :
Sy = Σi wi(yoi – yci)2
Une analyse structurale par la méthode de Rietveld débute toujours par l’affinement des
paramètres relatifs au bruit de fond, au point zéro, au déplacement de l’échantillon, à la
largeur des pics et à leur profil. Ensuite, les paramètres de maille et les paramètres
structuraux sont affinés. Dans certains cas, le paramètre relatif à l’orientation
préférentielle des cristallites peut également être affiné de manière à obtenir une meilleure
correspondance entre les diffractogrammes mesuré et calculé. La progression d’un
affinement est suivie grâce aux facteurs reproduits au Tableau 8. Dans le cas d’un
affinement parfait, le facteur de profil pondéré (Rwp) doit être égal au facteur Rexp, ce qui
conduit à un « goodness of fit » (S) égal à 1.
Facteur Nom
Rp = 100
∑y −y oi ci
Facteur de profil non pondéré
∑y oi
∑ w i (y oi − y ci )2
1/ 2
RB = 100
∑ Io − Ic Facteur de Bragg
∑I o
32 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Exercice
Exercice-Rietveld
Diffractogramme
Mesure par pas de 0,020° 2θ, avec un temps de comptage de 15 s par pas.
Balayage de 20 à 150° 2θ.
Fichier an.udf
Programme utilisé
DBWS-9807 (Young et al. 1998). Il existe beaucoup d’autres programmes similaires
comme FULLPROF (dérivé de DBWS) ou GSAS.
Démarrage du programme
Démarrer Norton commander (NC). Aller dans le répertoire C:/RIET/ALLUAU/AN.
Taper l’instruction « an an1 anr1 ». Cette instruction va effectuer un affinement en
utilisant les paramètres de départ présents dans « an ». Ils seront copiés pour sauvegarde
dans « an1 » et le fichier « an » contiendra les paramètres affinés. Le fichier « anr1 » est
un fichier résultats qui contient plus d’informations structurales.
Paramètres à affiner
1. Facteur d’échelle
Ce facteur doit être affiné à chaque cycle. On commence par lui seul.
2. Bruit de fond
Six paramètres permettent d’affiner le bruit de fond. Généralement, seuls les 5 premiers
sont nécessaires et le sixième peut rendre l’affinement instable. Si le profil du bruit de
fond est trop complexe, on peut également l’introduire manuellement.
4. Paramètres de maille
Attention de les affiner après l’affinement du point zéro. Ces paramètres sont souvent
assez différents de ceux calculés à l’aide d’un standard interne, car ils sont dépendants du
point zéro du goniomètre !
Nous n’allons pas entrer dans le détail de ces anciennes techniques, qui sont très
didactiques mais sortent du cadre de ce cours de cristallographie approfondie. Retenons
seulement que la méthode du cristal tournant permet une mesure directe d’un paramètre de
maille, que la méthode de Weissenberg fournit une image déformée d’un plan sélectionné
du réseau réciproque, et qu’une caméra de précession fournit une image non déformée
d’un tel plan.
Le principe de cet instrument est de pouvoir amener n’importe quel pôle réciproque en
condition de réflexion, en le positionnant sur la sphère d’Ewald. Pour ce faire, le cristal est
placé exactement au centre d’un dispositif comprenant 4 cercles, destiné à donner au
cristal toutes les orientations possibles (Figure 24). Le premier cercle correspond à la
rotation du détecteur dans le plan horizontal, formant un angle 2 théta (2θ) avec le
faisceau direct. Le second cercle, oméga (ω), produit une rotation de l’armature circulaire
contenant le cristal autour d’un axe vertical. Le troisième cercle, khi (χ), permet une
rotation du cristal à l’intérieur de l’armature circulaire, selon un axe de rotation horizontal.
Finalement, le dernier cercle, phi (φ), correspond à la rotation du cristal sur lui-même.
36 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Une fois le cristal sélectionné, il faut le fixer sur un capillaire en verre très fin, à l’aide
de vernis à ongles ou de colle type « Araldite ». Le diamètre du capillaire ne doit pas
dépasser la taille du cristal, car le verre, par sa nature amorphe, provoque une
augmentation sensible du bruit de fond. Une fois le cristal monté sur le capillaire, on
introduit ce capillaire dans un support en laiton fixé sur une tête goniométrique.
Une fois le cristal centré, il est nécessaire de déterminer la matrice d’orientation, qui
fournit l’orientation des axes cristallographiques du cristal par rapport aux 4 angles du
goniomètre. La méthode la plus couramment utilisée consiste, pour les diffractomètres à
détecteur ponctuel, en un balayage systématique d’une portion de l’espace réciproque, afin
de repérer quelques réflexions intenses. Dès que quelques réflexions ont été identifiées,
une première maille cristalline est proposée par le programme, qui est souvent plus petite
et moins symétrique que la véritable maille. Les réflexions d’un cristal peuvent toujours
être indexées dans une petite maille triclinique, appelée maille réduite. Cette première
maille cristalline peut être vérifiée de plusieurs manières :
Une fois la matrice d’orientation et les paramètres de maille connus, on peut mesurer
l’intensité de n’importe quelle réflexion (sauf quelques réflexions inaccessibles pour des
raisons instrumentales). Ces mesures s’effectuent par balayage du goniomètre selon
l’angle oméga ; c’est pour cela que l’on utilise fréquemment le terme « ω scan ». Dès la
première mesure, on peut savoir si le cristal sélectionné est de bonne qualité. Si un cristal
est poly-cristallin, des pics élargis, voir dédoublés ou triplés, peuvent être obtenus (Figure
25), nécessitant la séparation d’un nouveau cristal.
La mesure de toutes les réflexions de l’espace réciproque n’est pas possible, et il faut
sélectionner certaines réflexions afin d’affiner la structure cristalline d’un composé. Une
38 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Puisque le réseau cristallin est toujours centré, il n’est pas nécessaire de mesurer
l’entièreté des réflexions de la sphère réciproque. La portion de cette sphère dépend de la
symétrie du composé étudié, c'est-à-dire de son groupe de Laue. Pour un cristal
triclinique, seule la moitié de la sphère réciproque doit être mesurée, alors que les cristaux
monocliniques et orthorhombiques ne requièrent que la mesure du quart ou du huitième de
cette sphère, respectivement.
Une fois les intensités mesurées, il ne faut pas encore retirer le cristal du diffractomètre
car des mesures supplémentaires doivent être réalisées afin d’effectuer les corrections
d’absorption. En effet, le rayonnement X subit, au cours de son trajet au sein du cristal,
une absorption qui dépend de la nature de cristal et de l’épaisseur traversée, x :
I = I0 e-µx
Dans cette équation, µ est le coefficient d’absorption, qui s’exprime en mm-1. Pour un
cristal sphérique, la quantité de rayonnement absorbée ne varie pas selon la direction, et
les corrections d’absorption ne sont pas nécessaires. Par contre, lorsqu’un cristal est
fortement anisotrope, par exemple lorsqu’il est fortement allongé, il faut corriger les
données obtenues.
A cette étape, les données collectées se résument à une mesure d’intensité au sommet du
pic et à deux mesures du bruit de fond, à droite et à gauche du pic. Il est donc nécessaire
de corriger plusieurs paramètres expérimentaux, afin d’obtenir des valeurs F0 qui puissent
être comparées aux valeurs calculées par les programmes d’affinement :
I
F0 =
Lp
,où I est l’intensité mesurée. Il ne reste plus qu’à appliquer les corrections d’absorption
pour obtenir des données utilisables par les programmes de détermination de structures
cristallines.
40 Compléments de cristallographie – F. Hatert
L’étape la plus délicate à franchir, lors de la résolution d’une structure cristalline, est
sans aucun doute la détermination du groupe spatial. Lorsque la maille cristalline est
connue sans ambiguïtés, le groupe spatial peut être déterminé à l’aide de deux types de
données différentes :
Lorsque les intensités collectées sont de bonne qualité, et ne sont pas affectées par des
phénomènes perturbateurs comme des macles, par exemple, la détermination du groupe
spatial ne pose aucun problème. Par contre, avec des données de moins bonne qualité, il
est souvent nécessaire d’examiner visuellement différents plans du réseau réciproque afin
de déterminer les règles d’absences systématiques, ou encore de tester plusieurs groupes
spatiaux pour déterminer lequel fournit le modèle structural le plus cohérent.
Une fois le groupe spatial déterminé, il est nécessaire de résoudre la structure. Cette
étape s’effectue grâce au programme SHELXS (Sheldrick, 1997).
Comme nous l’avions vu précédemment (voir 2.2.4), on peut facilement calculer les
amplitudes diffractées par un cristal en connaissant les coordonnées de ses atomes, sa
symétrie et ses paramètres de maille. Par contre, la démarche inverse n’est pas aussi aisée
car les intensités mesurées fournissent l’amplitude des facteurs de structure, mais pas leur
phase. La résolution du problème de la phase est l’étape cruciale de toute détermination
structurale.
Dans le programme SHELXS, la résolution du problème de la phase est généralement
réalisée grâce aux méthodes directes qui, comme leur nom l’indique, permettent une
détermination directe de certaines coordonnées atomiques. Le principe de ces méthodes
est complexe et fait appel à un formalisme mathématique qui dépasse le cadre de ce cours.
Retenons simplement qu’il s’agit de méthodes statistiques qui fournissent une solution
possible, mais qui n’est pas nécessairement la bonne...
Une fois un premier modèle structural établi par méthodes directes, il est nécessaire de
l’améliorer. Le programme SHELXS attribue déjà quelques noms à certains atomes, en
fonction de la composition chimique introduite au départ. Mais ces atomes ne sont pas
nécessairement corrects. De plus, le programme fournit une liste de pics de densité
électronique (« Q »), qui ne sont attribués à aucun atome. Il convient, à cette étape,
d’éliminer les pics et atomes douteux, et d’attribuer les pics qui semblent correspondre à
certains atomes. Ce choix s’effectue principalement en examinant les environnements
atomiques et en sélectionnant la configuration géométrique la plus probable (respect des
distances et angles inter-atomiques au sein des divers polyèdres de coordination).
Une fois ce premier modèle établi, le programme SHELXL est utilisé afin d’effectuer
deux opérations simultanées :
41 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Ce second cycle permet tout d’abord de vérifier la validité des atomes attribués
précédemment, grâce aux facteurs de température isotropes. Ces derniers doivent en effet
se situer dans une gamme acceptable, entre 0.005 et 0.080. Un atome d’oxygène dont le
facteur de température est nul correspond probablement à un atome plus lourd, et un
atome lourd avec un facteur de température élevé correspond probablement à un atome
plus léger. Les facteurs de températures supérieurs à 0.100 indiquent fréquemment
l’absence d’atomes.
Le second cycle d’affinement permet également d’affiner la position des atomes
existants et d’obtenir de nouveaux pics de densité électronique, qui peuvent être attribués
à de nouveaux atomes. Ainsi, au fil des cycles d’affinement, tous les atomes sont trouvés
et le modèle se complète.
Une fois tous les atomes trouvés, il est nécessaire de finaliser le modèle. Une
première étape consiste en l’affinement des facteurs de température anisotropes. Même si
les facteurs de température isotropes étaient valables, il arrive fréquemment qu’à cette
étape, on réalise que le modèle structural est mauvais. En effet, la présence d’atomes
« Non positive definit », c'est-à-dire avec un facteur de température anisotrope négatif,
indique que ces atomes ne sont pas acceptables. Si un mauvais groupe spatial a été choisi,
on peut ainsi aboutir à un modèle où pratiquement la moitié des facteurs de température
anisotropes sont négatifs ! Les facteurs d’occupation des sites peuvent également être
affinés à ce stade, de manière à prendre en compte une distribution cationique
partiellement désordonnée.
La validité d’un affinement se mesure par plusieurs facteurs de fiabilité, parmi
lesquels R, wR2 et S. Le facteur R correspond à :
∑F −F o c
R= hkl
∑F hkl
0
Il peut descendre en dessous de 3 % pour les excellents affinements, mais une valeur
inférieure à 5 % est déjà suffisante. Un facteur R supérieur à 10% n’est pas acceptable, et
un modèle structural meilleur doit absolument être élaboré. Le facteur S, aussi appelé
« goodness of fit », doit idéalement tendre vers 1.
Un facteur R en dessous de 5 %, un facteur S proche de 1.0, ainsi qu’un modèle
structural sans facteurs de température négatifs et sans densité électronique résiduelle
importante, signalent la fin de l’affinement structural.
Exercice :
Fichiers de départ :
42 Compléments de cristallographie – F. Hatert
• TP1.hkl : Liste des intensités observées pour toutes les réflexions hkl mesurées.
Ces valeurs ont été corrigées (réduction des données, corrections d’absorption).
• TP1.p4p : Fichier reprenant certains paramètres expérimentaux, notamment les
paramètres de maille mesurés sur le cristal.
Résolution de la structure
• Taper l’instruction « XS TP1 » afin de lancer le programme SHELXS.
Amélioration du modèle
• Taper l’instruction « XP TP1 » destinée à lancer l’interface graphique XP.
• Taper les instructions « FMOL » puis « INFO », et une liste des atomes et des
« Q » s’affiche. Voici les instructions essentielles qui vont vous aider à utiliser
XP :
Les coordonnées atomiques indiquent la position des atomes dans la maille cristalline. Un
atome est en position générale lorsque ses coordonnées x, y et z sont quelconques. Cet
atome se répète un certain nombre de fois dans la maille cristalline ; ce nombre est appelé
multiplicité du site. Par contre, un atome est considéré en position spéciale lorsqu’il est
localisé sur un élément de symétrie. Dans ce cas, certaines coordonnées peuvent prendre
des valeurs particulières, comme ½, ¼, ¾, 1/3, …
Les atomes en position spéciale se répètent moins fréquemment dans la maille quel les
atomes en position générale. Leur multiplicité est par conséquent moindre. La notation de
Wyckoff, que l’on retrouve dans les Tables Internationales de Cristallographie, comporte
un nombre qui correspond à la multiplicité du site, suivi d’une lettre. Grâce cette notation,
il est donc possible de connaître la multiplicité de chaque site. La détermination de la
notation de Wyckoff s’effectue grâce aux Tables Internationales de Cristallographie, qui
fournissent cette notation pour chaque type de coordonnée atomique.
Les facteurs d’occupation des sites, fournis par le programme SHELXTL, dépendent de
la multiplicité de chaque site. Ainsi, le facteur d’occupation d’un atome en position
générale sera 1.0, alors que le facteur d’occupation d’un atome localisé sur un site dont la
multiplicité est la moitié de celle d’un site en position générale est de 0.5. On peut
généraliser en affirmant que :
Mx
SOFx =
MG
Grâce à la notion de multiplicité, il est donc possible, à partir des coordonnées atomiques,
de calculer les facteurs d’occupation des sites et d’en déduire la composition chimique du
composé analysé.
Exercice :
L’affinement structural d’un cristal d’alluaudite (C2/c) a fourni les coordonnées
suivantes :
x y z
A(1) Na 1/2 0 0
M(1) Mn 0 0,2666(2) 1/4
M(2) Fe 0,2759(2) 0,6521(1) 0,3592(4)
P(1) P 0 -0,2778(5) 1/4
P(2) P 0,2420(4) -0,1033(3) 0,1347(8)
O(1) O 0,4533(7) 0,7121(6) 0,540(1)
O(2) O 0,0929(7) 0,6472(6) 0,229(1)
O(3) O 0,3246(7) 0,6577(6) 0,094(1)
O(4) O 0,1267(7) 0,4065(6) 0,324(1)
45 Compléments de cristallographie – F. Hatert
Calculez :
d *V
Z=
PM * 1.6602
Exercice :
5.3. Modélisation de structures simples grâce aux contraintes imposées par la symétrie
Les programmes d’affinements structuraux fournissent en général des tableaux reprenant les
distances et angles inter-atomiques. Les angles des liaisons donnent des indications sur la
morphologie du polyèdre de coordination entourant un cation. Ainsi, un octaèdre non déformé
ne doit comporter que des angles de 90 et 180°, alors qu’un tétraèdre non déformé ne
comporte que des angles de 109,5°. Dans la réalité, toutefois, les angles des liaisons varient
fréquemment autour de ces valeurs idéales.
Les variations des angles de liaisons autour de leur valeur moyenne, mais aussi celles des
distances inter-atomiques et des longueurs des arêtes des polyèdres de coordination,
permettent d’estimer la distorsion d’un polyèdre de coordination. On définit ainsi les trois
paramètres suivants :
100 n d i − d m
BLD = •∑
n i =1 d m
100 n ai − a m
BAD = •∑
n i =1 a m
100 n ei − em
ELD = •∑
n i =1 em
Les longueurs de liaisons peuvent également être utilisées pour confirmer la distribution
cationique. En effet, il existe des tables, établies par Shannon (1976), qui reprennent les
rayons ioniques effectifs de différents cations et anions, dans différentes coordinances. Ainsi,
si l’on veut connaître la distance Mn2+-O idéale dans un octaèdre, il suffit d’ajouter le rayon
ionique effectif de Mn2+ en site octaédrique, et celui de O2- en site octaédrique. La
comparaison entre cette distance idéale et celle observée dans la structure permet de confirmer
la distribution cationique établie.
Finalement, une autre méthode destinée à confirmer les distributions cationiques est basée sur
les valences associées aux longueurs de liaisons. Si l’on considère un polyèdre de
coordination, dans lequel un cation est entouré d’oxygènes, la contribution de valence
négative apportée par chaque oxygène dépend de la longueur de liaison. Plus l’oxygène est
47 Compléments de cristallographie – F. Hatert
proche du cation, plus sa charge négative compensera fortement la charge positive du cation.
On définit ainsi la valence associée aux longueurs de liaisons, et la somme de ces valences
pour tous les oxygènes (ou autres anions) entourant un cation doit être égale à la valence du
cation.
Brown & Altermatt (1985) ont établi une relation empirique permettant de calculer les
valences associées aux longueurs de liaisons :
S = exp[(ro − r ) / B ]
, où r est la distance inter-atomique, r0 est une valeur qui dépend du cation, de son état de
valence et de l’anion qui le coordonne, et B une constante qui vaut généralement 0.37.
Le calcul des valences associées aux longueurs de liaisons permet l’établissement d’une table
de valences, qui indique non seulement les valences des cations, mais également celles des
anions. Dans une telle table, il est aisé de différencier l’oxygène (valence -2) d’un groupement
OH- (valence -1) ou d’une molécule H2O (valence 0) !
Exercices :