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Pr Eric Chabrière
Définitions
b
Symétrie cristallographique
Axe d'ordre N
Axe 3
Axe 2
Cristal de quartz
Symétrie axe 6
Si je répéte N fois
l'opération, je reviens au
point de départ Axe 4 Axe 6
axe 4:
2 cotés égaux et un angle droit
Axe 3 Axe 6
la maille peut avoir certaines symétries.
Ces symétries imposent une géométrie sur les paramètres du réseau
cristallin (paramètres de maille).
Il y a 7 systèmes cristallographiques possibles
triclinique
Quadratique ou tétragonal abg90
4
abg90
Cubique abg90
43
C’est la symétrie qui impose
les contraintes géométrique
et non l’inverse
-Triclinique P1 (1 positions/maille)
-Monoclinique P2 (2 positions/maille)
-Orthorhombique P222 (4 positions/maille)
Positions spéciales.
Si un atome est situé sur un axe de rotation, son symétrique est lui même
(impossible pour une macromolécule)
Unité asymétrique.
C'est la plus petite zone suffisante pour reconstruire la maille complète
grâce au operateurs de symétrie
Ex
L'axe 6 créé 2 axes d'ordre 3
Les mailles multiples
Maille élémentaire
b
a
62
Ex 61 41
Exemple 21 selon b rotation ordre 2 selon b + translation 1/2 selon b
(-x,y+1/2,-z) (x,y+1,z)
(x,y,z)
Exemple 41 selon C
41 41 41 41
(x,y,z) (-y,x,z+1/4) (-x,-y,z+1/2) (y,-x,z+3/4) (x,y,z+1)
(x,y,z)
Axe hélicoïdal et miroir
61 65
Les objets biologiques étant chiraux, il faut éliminer tous les miroirs et
centre d’inversion.
Il reste seulement 65 groupe d’espaces possible
Groupe ponctuel
Groupe de Laue
Unité asymétrique
(unité de base pour reconstruire
le cristal)
Conseil:
utiliser les tables pour déterminer les éléments de Symétries.
Erreurs possible.
Nature et position des éléments de symétries ex P212121
Choix du système d'axes. (monoclinique axe 2 sur b)
Hexagonal R:
146,146 515 A C2
Rhomboèdre
Primitif
191A
146,146,191
515
191 191
146 250
146
146
146
Réindexassions d' une maille
Tous les groupes d'espace non pas les même convention pour orienter le
système d'axe.
Triclinique a<b<c
Monoclinque axe 2 selon b
….
y
z z
y
y x x
z x
mauvais ok
ok
Matrice de réindexassions
y 0 1 0 x y
z
z x 0 0 1 y z Det=1
x y 1 0 0 z x
ok
z 0 1 0 x y
z
y x 1 0 0 y x Det=-1
x 0 0 1 z z
y
mauvais
0 1 0 x y
y
z
z 1 0 0 y x Det=1
x 0 0 1 z z
y x
ok
Monoclinique
P2
La symétrie d’ordre 5 ne se propage
pas au cristal, elle est locale
La symétrie non cristallographique est utile pour le remplacement moléculaire et l’amélioration des cartes
de densités électroniques
Détermination du nombre de molécule contenu dans
l’unité asymétrique
Le facies est dominé par les faces cristalline dont la vitesse de croissance est la plus
lente.
Les plans définies par les indices de Miller les plus faible sont les plus denses et
croissent le plus lentement
pyrite
grenat
Compléments