Kevin CALABRO MASTER 2 MCT 22 Octobre 2020

Travaux dirigés de biosynthèse des substances naturelles

1) Proposez une application à une meilleure compréhension de la biosynthèse des

substances naturelles. Justifier.
Synthèse biomimétique, nouveaux mécanismes réactionnels

2) Quel est l’autre nom du métabolisme secondaire ?

Métabolisme spécialisé

3) Citez un instrument capable d’évaluer l’incorporation d’un précurseur radioactif dans

les substances naturelles.
Beta-imager, Radio-TLC

4) Par quels précurseurs directs l’acide cinnamique 1 et du safrole 2 dérivent-ils ?

Nommer la(les) voie(s) métabolique(s).
O
O
OH
O
1 2
Phénylalanine 1 et tyrosine 2, voie de l’acide shikimique et SAM

5) Montrez par un schéma le mécanisme réactionnel qui permet de lier une unité
d’élongation à une unité de démarrage chez un polycétide. Nommer cette réaction.
Dans la biosynthèse de quelle autre classe de substances naturelles intervient-elle ?
O
Condensation de Claisen
SCoA
O O O O
O SCoA
CoAS SCoA
- H SCoA
B
Elle intervient aussi dans la biosynthèse de l’IPP dans la voie de l’acide mévalonique
donc des terpènes

6) Définir le domaine AT (Acyl Transferase).

L’AT est une enzyme capable de sélectionner un bloc spécifique C2 afin d’additionner
une chaîne d’élongation.

7) Trouvez les 10 structures A―J ainsi que celle du macrolide final K (C24H34O5), sachant
que l’unité d’élongation est le malonyl-CoA et que chaque module contient AT.
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ER
KR DH KR DH KR DH KR KR KR DH KR DH KR KR DH KR DH KR
KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP KS ACP TE

S S S S S S S S S S S
O O O O O O O O O O O

OH OH OH OH

OH OH OH OH

OH OH OH OH

OH OH OH

OH OH OH

OH OH OH

OH OH

OH
OH
OH

OH
O O

HO OH

HO
Quel est le type de PKS impliqué dans cette biosynthèse ?
PKS de type I modulaire

8) En quoi diffèrent les polycétides synthases de type II et de type III ?

Bien que toutes deux soient de type itératif, les PKS de type II sont hétérodimériques
et utilisent deux kétosynthases KSα, KSβ et l’ACP tandis que les PKS de type III sont
homodimériques et suivent un mécanisme indépendant de l’ACP ne passant pas par
plusieurs domaines catalytiques.

9) Qu’appelle-t-on « ingénierie métabolique » ? Citez des manipulations que l’on peut

faire.
C’est tout simplement faire des manipulations au niveau de la machinerie
métabolique afin d’effectuer des modifications sur le produit final. Celles-ci peuvent
se faire au niveau des gènes ou des enzymes.

10) En quoi la SAM est un agent alkylant (donneur d’alkyl, ici méthyl) ?
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La S-adénosylméthionine contient un groupe sulfonium dit électrophile (déficient en

électrons). Ainsi, lors de réactions de substitution nucléophile de type SN2, il se
transforme en agent alkylant et permet la méthylation de métabolites.

11) Comment appelle-t-on un terpène à 5 unités isopréniques ?

Sesterterpène C25

12) Citez les 3 réactions qui engendrent la complexité des terpènes ? Montrez le
mécanisme impliqué dans la formation du cyclohexène.
Elimination, réarrangement de Wagner-Meerwein et Diels-Alder addition de
migration de méthyl C4 et C2

cyclohexène

13) Déterminez la structure du terpène tétracyclique X. Surlignez les unités terpéniques. A

quelle famille de terpènes appartient X ?
Ce composé appartient à la famille des stérols biosynthétisés à partir du squalène C30.

-
Enzyme-AH
déprotoner
HO
O
formation de époxyde

14) Par quelle voie les plantes et bactéries synthétisent l’isopentényl pyrophosphate (IPP),
précurseur des terpènes ? Quels carbones de cet IPP sont marqués par le 13C-1-
glucose ?
La voie non-mévalonique ou méthylérythritol-4-phosphate MEP.
2C marqué en IPP si on marque glucose.
IPP
OPP
O O
O
OP OPP
O OH OH
Pyruvate GAP
DMAPP
OPP
15) La lobéline 3, un agent utilisé pour arrêter de fumer, contient un cœur pipéridinique.

O O

3
Montrer la biosynthèse de cette unité sachant que celle-ci passe par un intermédiaire
malodorant.
La pipéridine C5N a comme précurseur la lysine et pour intermédiaire la cadavérine.
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HO O
- CO2 désamination
H2N NH2 H 2N NH2 oxydative H 2N O
N
H
lysine cadavérine 5-aminopentanal

16) Déterminez les structures X et Y qui permettent la formation d’un précurseur

important d’alcaloïdes tels que la quinine ou la catharantine. De quelle famille
d’alcaloïde appartient ce précurseur d’alcaloïdes ?
La strictosidine fait partie des indolo-monoterpène.
HO
O
OH
NH2

N
H
tryptophane géraniol

O H O Glc
NH2 NH H O Glc
O O
N H N
H H H
O
O O
O
tryptamine strictosidine
la perte d'acide carboxylique