L3 Biologie des Organismes TD de Géné tique Molé culaire Mr ABDERRAHMANE K.

TD 08 : POLYMORPHISME DES FRAGMENTS DE RESTRICTION DE L’ADN

La source fondamentale de la variabilité génétique est les séquences d’ADN.

Pour révéler cette variabilité, on utilise les enzymes de restriction qui coupent l’ADN
à des sites bien particuliers qu’on appelle les sites de restriction.
Exemple : l’enzyme Alu I 5’ – A – G – C – T – 3’ Site de 4 nucléotides
3’ – T – C – G – A – 5’

L’enzyme EcoR I 5’ – G – A – A – T – T – C – 3’ Site de 6 nucléotides

3’ – C – T – T – A – A – G – 5’

La plupart des enzymes utilisés en génétique des populations ont des sites de
4 ou 6 nucléotides.
Les fragments d’ADN sont séparés par électrophorèse. Pour les révéler, on
utilise la méthode de SOUTHERN (1975).

L’élément clé au niveau de la méthode est l’utilisation de la sonde radioactive.

La sonde va se fixer par complémentarité au brin d’ADN fixé sur la membrane, selon

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la présence ou l’absence de site de restriction, la longueur des fragments de

restriction est modifiée.
On peut estimer le degré de polymorphisme au niveau nucléotidique avec la
formule suivante :
C – n (m – k)
"Pnuc" = (Engels, 1981)
jC
n = nombre de molécules homologue d’ADN d’individus différents ou d’espèces
différentes
m = nombre de sites de coupures (au moins au niveau d’une molécule)
C = ∑ ci : ci étant le nombre de coupures en i avec i= 1, 2, 3, ………..m
ci peut varier de 1 à n
k = nombre de sites de coupures absent dans au moins une molécule de l’échantillon
j = nombre de nucléotides au site de restriction (4 ou 6)

L’hétérozygotie par site nucléotidique est

n C – ∑ c i²
"Pnuc" = (Engels, 1981)
j C (n – 1)

Exercice :
Cross et Birley (1986) ont étudié la variabilité des sites de restriction de la
région du gène de l’alcool déshydrogénase chez D. melanogaster dans une
population issue d’individus capturés dans un marché aux fruits à Groningue (Pays
Bas).
La région comporte un total de 23 sites pour cinq enzymes de restriction,
chacune reconnaissant un site de 6 bases ; 16 sites de restriction sont coupés chez
tous les individus de l’échantillon. Les données ci-dessous indique la présence (+) ou
(-) des sites qui se sont révélés polymorphes dans un échantillon de 10
chromosomes.
Estimez la proportion des nucléotides polymorphes et l’hétérozygotie des sites
nucléotidiques dans l’échantillon.

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Site => Site 17 Site 18 Site 19 Site 20 Site 21 Site 22 Site 23

Chromosome Bam H1 Hind III Pst I Xho I Pst I EcoR I EcoR I

1 + - - + + - -
2 + - - - - + +
3 - - + - - + -
4 - + - + - + +
5 - + - + - + +
6 - + - + - + +
7 - + - + - + +
8 - + - + - + +
9 - + - + - + +
10 - - - + - + -
Ci 2 6 1 8 1 9 7
Ci² 4 36 1 64 1 81 49

Réponse :

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