DYSFONCTIONNEMENT DE L’AMYLASE

Fiche sujet – candidat (1/2)

Mise en situation et recherche à mener
Le fils de Darwin souffre également d’une pathologie digestive liée à ses glandes salivaires. Au cours des tests cliniques réalisés, on constate que sa salive
malgré la présence d’amylase, est pratiquement incapable d’hydrolyser l’amidon (sucres complexes) en glucides simples.
On cherche à déterminer l’origine de cette incapacité de la salive à hydrolyser l’amidon du patient.
Ressources

Document 1 : Une enzyme est une protéine Matériel disponible :

fabriquée par un être vivant agissant comme
catalyseur biologique. On appelle substrat - logiciel de modélisation moléculaire
toute molécule sur laquelle peut agir une - fichier 3D de la Molécule d’amylase
enzyme pour accélérer sa transformation en liée à son substrat (amidon)
produit : - logiciel de traitement de séquences
Anagène
- fichier Anagène pour la Molécule
La liaison entre l’enzyme et son substrat s’établit au niveau du site actif (zone d’amylase fonctionnelle ainsi que celle
particulière de l’enzyme, de forme complémentaire au substrat). du patient

Seuls certains acides aminés du site actif de l’enzyme assurent une liaison avec le
substrat spécifique (site de reconnaissance) pour faciliter le déroulement de la
réaction qui se déroule au niveau du site catalytique

Document 2 :
Enzymes intervenant
dans la digestion de
l’amidon Sucre complexe

Sucre simple
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Etape 1 : Concevoir une stratégie pour résoudre une situation problème (durée maximale : 10 minutes)
Proposer une stratégie de résolution réaliste permettant de comprendre l’origine de l’incapacité de la salive à hydrolyser l’amidon chez le fils de
Darwin.
Appeler l’examinateur pour présenter oralement votre proposition et obtenir la suite du sujet.
Fiche-protocole - candidat
Etape 2 : Mettre en œuvre un protocole de résolution pour obtenir des résultats exploitables
Matériel disponible et protocole d'utilisation du matériel

Matériel Afin de vérifier que l’incapacité de la salive à hydrolyser l’amidon est la

- logiciel de traitement de séquences Anagène et sa
fiche technique
- logiciel de modélisation moléculaire Rastop et sa
fiche technique
- fichier «AS.edi» : séquences d’acides aminés de
l’amylase salivaire fonctionnelle et celle du patient
- fichiers de modélisation moléculaire de différents
complexes :
- «ASF» : fichier de l’enzyme amylase salivaire
humaine fonctionnelle liée à son substrat
(fragment d’amidon : nomenclature GLC)
conséquence d’un dysfonctionnement de l’amylase salivaire du patient
 Réaliser une comparaison des séquences protéiques de l’amylase salivaire de
référence avec celle du patient
 ouvrir le logiciel Anagène
 comparer les séquences des chaines d’acides aminés des amylases salivaires.
 cibler la ou les différences éventuelles
Appeler l’examinateur pour vérification
 Situer les acides aminés appartenant au site actif de l’enzyme
 Ouvrir le logiciel de modélisation moléculaire Rastop
 traiter le modèle moléculaire de l’amylase salivaire fonctionnelle ASF liée à son
substrat afin de mettre en valeur :
1. l’enzyme ;
2. le substrat (GLC)
3. les acides aminés du site actif ;
 acides aminés du site catalytique impliqués dans l’hydrolyse de l’amidon :
Glu233, Asp197, Asp300
 acides aminés du site de reconnaissance impliqués dans la liaison au substrat :
Trp58, Trp59, Tyr62

Appeler l’examinateur pour vérification

Après avoir comparé les séquences, on constate une seule mutation au niveau du 172ème acide aminé au 174ème.
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Pour la deuxième analyse

On constate que l’amylase pathologique est plus petit que l’amylase fonctionnel.
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Etape 3 : Communiquer à l’aide des modes de représentation

Coller ci-dessous le résultat de l’exploitation du logiciel Rastop montrant les
Résultat de la comparaison des 2 séquences protéiques de l’amylase différents acides aminés impliqués dans le site actif de l’enzyme (acides aminés
salivaire du site catalytique et du site de reconnaissance) + fragment d’amidon
Attaché au site actif

Etape 4 : Appliquer une démarche explicative

Fiche sujet – candidat (2/2)
Exploiter les résultats pour préciser l’origine de l’incapacité de la salive à hydrolyser l’amidon chez le fils de Darwin
DYSFONCTIONNEMENT DE L’AMYLASE
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