L2SV – CC1

Structure et biosynthèse des molécules du vivant

9 novembre 2022 – Durée : 2h
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Calculatrice interdite

Question 1.
Soit le peptide Ala-Lys-Phe.
a- Représentez la structure développée de ce peptide.
b- Quelle est sa charge à pH 7 ? Justifiez votre réponse.
c- Quelle est l’absorbance d’une solution 0,5 mM de ce peptide à  = 260 nm ?
d- Calculez son point isoélectrique. Justifiez votre réponse.

Ce peptide subit une acétylation en position N-terminale selon la réaction suivante :

O
H2N – peptide CH3- C- NH – peptide
e- Quel est l’impact de cette modification sur la charge du peptide à pH 7 ?
Justifiez votre réponse.

Données : l = 1 cm ; ε260 Phe= 200 M-1.cm-1

Phe Ala Lys
pK -COOH 1,8 2,3 2,2
pK -NH2 9,1 8,70 8,9
pK -R - - 10,3

Réponses
a:

H2N-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-COOH

CH3 (CH2)4 CH2

NH2

a : A pH 7, compte tenu des pK, on a une charge + 1 pour les NH 2 et -1 pour COOH.
Seules les fonctions ionisables après formation des liaisons peptidiques sont prises
en compte. On obtient donc schématiquement :
 H3N+ COO-

NH3+
c : Abs = 200 M-1.cm-1 x 1 cm x 0,5.10-3 M = 0,1
d : L’état de charge = 0 se situe entre les pK 8,70 (NH 2 de Ala) et 10,3 (NH2 latéral de
Lys). Le pI est la moyenne des deux pK entourant cette charge nulle donc 8,70+10,3
= 9,5
H3N+ COO-

NH3+
pK = 8,70 pK = 1,80

pK = 10,3

1,80 8,70 10,3

pH
H3N+ COOH -1
+1 0
H3N+ COO- H2N COO-
NH3+
+2 H2N COO- NH2
NH3+

NH3+
e : L’acétylation en N-ter conduit à une liaison amide neutre au lieu de la fonction
NH2 basique. Donc, après acétylation, la charge globale du peptide devient nulle à
pH 7.

Question 2.
Soit deux enzymes michaéliennes A et B catalysant la même réaction S → P (même
substrat et même produit). A partir des données cinétiques obtenues pour différentes
concentrations de substrat, on obtient les représentations en double inverse 1/v 0 = f
(1/ [S]) ci-dessous.
 1/v
µmole-1.L.min A

3 B

1/(S) µmole-1.L
- 0,10 -0,05 0,05 0,10 0,15

a - Comment déduit-on les KM et Vmax à partir de ces représentations ? Quelles

valeurs obtient-on pour l’enzyme B ?
b - Que peut-on déduire sur les caractéristiques relatives de l’enzyme A par
rapport à l’enzyme B ? Justifiez votre réponse.

Soit maintenant les représentations en double inverse 1/v0 = f (1/ [S]) obtenues pour
l’enzyme A seule, et pour l’enzyme A en présence d’un inhibiteur.
c – De quel mode d’inhibition s’agit-il ? Justifiez votre réponse.

A + inhibiteur
1/v
µmole-1.L.min A

1/(S) µmole-1.L
- 0,10 -0,05 0,05 0,10 0,15

Réponses
a : En représentation en double inverse, les valeurs 1/Vmax et -1/K M sont obtenues
respectivement à l’intersection des axes des ordonnées et des abscisses.
On obtient pour l’enzyme B :
1/Vmax = 1 µmole-1.L.min d’où Vmax = 1 µmole.L-1.min-1
-1/KM = - 0,1 µmole-1.L d’où KM = 10 µmole.L-1
b : Les enzymes A et B ont les mêmes Vmax donc les mêmes capacités à
décomposer le complexe enzyme-substrat mais pas les mêmes K M. Donc, l’enzyme
A a une affinité plus faible pour le substrat (affinité = 1/KM).
c : L’inhibiteur induit un changement de Vmax de l’enzyme A donc c’est un inhibiteur
non compétitif.

Question 3.

Répondez de façon concise aux questions suivantes :

a- Quelles informations physicochimiques et de localisation cellulaire peut-on déduire

de la séquence primaire d’une protéine ? Justifiez vos réponses.
b- Lors de l’envoi de sondes sur les planètes ou satellites de planètes du système
solaire, un critère retenu pour identifier des traces de vie actuelles ou passées
consiste en la recherche de petites molécules carbonées chirales. Pourquoi ?
c- Une réaction de carboxylation est catalysée par une carboxylase nécessitant
l’implication d’un co-enzyme. Lequel ?
d- Qu’est-ce qu’une inhibition suicide ?
e- En quoi la structure quaternaire de l’hémoglobine permet-elle d’expliquer sa
fonction de transporteur d’oxygène ?
f- La liaison peptidique est plane. Pourquoi ?
g- Comment peut-on déterminer le point isoélectrique d’une protéine ?

Réponses
a : On peut déduire le pI, la masse moléculaire, l’absorbance, la localisation cellulaire
(prédiction de peptides signaux, peptides d‘adressage et domaines
transmembranaires) et les modifications post-traductionnelles (prédiction de motifs
de glycosylation, phosphorylation, acylation …)
b : La présence de molécules chirales supposent l’intervention d’enzymes
stéréosélectives, preuve de l’existence d’une vie actuelle ou passée.
c : La biotine qui prend en charge le CO2 qui sera transféré par la carboxylase.
d : C’est une inhibition provoquée par un inhibiteur compétitif qui se lie de façon
irréversible au site catalytique
e : Contrairement à la myoglobine qui a un comportement michaelien, l’hémoglobine
a un comportement allostérique et son affinité dépendra des conditions locales.
f : Car l’effet mésomère entre le doublet de l’azote et le carbonyle conduit à la
formation d’une double liaison plane.
g : On peut déterminer le pI par calcul des rapports en Lys+Arg et Asp+Glu (si on
connait la séquence) ou par chromatographie d’échanges d’ions ou focalisation
isoélectrique (si on ne connait pas la séquence).