Révision 6.

20A
Rappel des principes de bases :
Cofacteur : molécule d’assistance non protéique qui contribue à la réaction enzymatique.
Forme Apo d’un protéine : protéine sans son cofacteur
Forme Holo d’un protéine : protéine en présence de son cofacteur.
- Cofacteur d’oxydoréduction : NAD (H) / NADP (H) / FAD (H) / FMN
- Cofacteur de transfert de groupe chimique : CoA
- Cofacteur inorganique : ions métalliques type Mg2+, Fe2+, Cu2+ … (se liant à des métalloenzymes)
 Il permettent de fixer le substrat, de faire la catalyse ou encore de structurer la protéine.

Il existe de mode de fixation :

- Fixation covalente, on appelle cela un groupe prosthétique généré au niveau du site actif.
- Fixation non covalente, on appelle cela une co-enzyme et généré par échange.

Effet des changements conformationnels :

- Positionnement des résidus catalytique
- Changement d’environnement des résidus jouant sur le pKa et donc leur réactivité.
- Stabilise l’enzyme
- Peut créer un environnement hydrophobe

Complexe enzyme substrat : E+SESE+P

Les enzymes diminuent ∆G≠ qui correspond à la différence d’énergie entre l’EI du substrat et l’ET. Pour diminuer ∆G≠
il faut stabiliser l’ET.
ET : Etat transitoire où les liaisons sont entrain de se casser/former = liaisons partielles. Et des charges partielles se
développent. Cette état à un durée de vie de 10 -13s.

∆G≠ = 0  réaction équilibrée / ∆G≠ > 0  réaction non-spontanée / ∆G≠ < 0  réaction spontanée.
∆G = ∆H – T∆S
- ∆H : enthalpie qui correspond à l’énergie emmagasiné lors de la formation du composé.
- ∆S : entropie correspondant à la mesure du désordre en ddl.
o > 0  rupture de liaisons, le système est désordonné
o < 0  formation de liaisons, le système de vient plus ordonné.

Constante de vitesse :
aA +bB  P
a=1 et b=1  réaction d’ordre 2 / a=1 et b=0  Réaction d’ordre 1.
Vi = constante de vitesse d’ordre 1 = k1[A]. Vi = constante de vitesse d’ordre 2 = k2 [A] [B].
M/s M-1/s
On se place expérimentalement dans des conditions particulières :
- [A] fixe
- [B] >>>> [A] se qui fait que B reste quasiment constant à
chaque mesure.
 Vi =kobs[A] et kobs = k2[B]
 Vi =kobs[A] = équation de
pseudo ordre 1.

Conclusion :
- Kobs est proportionnel à exp(-∆G≠/RT)  réaction élémentaire bimoléculaire
 Kobs dépend donc de ∆G≠
o Si ∆G≠ augmente alors kobs diminue
o Si ∆G≠ diminue alors kobs augmente
- Vi est proportionnel à k x [réactif]
Quelle est la meilleure stratégie pour diminuer ∆G≠ ?
 Intéraction avec S ou ET

Préférence pour S : ∆Gfix > ∆GET et ∆Gcat> ∆Gnon-cat

Préférence pour ET et S : ∆Gfix = ∆GET et ∆Gcat = ∆Gnon-cat
Préférence pour ET : ∆Gfix < ∆GET et ∆Gcat > ∆Gnon-cat  modèle de base.

Distribution d’énergie au sein d’un échantillon gazeux :

Mécanisme du lysozyme :
- Attaque nucléophile sur un carbone sp3 par la glycosidase.
- Formation d’un état transitoire avec des liaisons qui se forment/ cassent créant des charges partielles.
- Peut se faire car OH est un bon groupe partant.
 Change de géométrie qui stabilise l’ET.
 Kd S > Kd analogue ET donc meilleur affinité pour l’ET.

Réactions impliquant des nucléophiles :

(A+) + ( B-)  A – B
Elec Nuc

1. Substitution nucléophile :

2. Addition nucléophile :

- Vi = k x [réactif]
Stratégie catalytique : - k ∽ exp(-∆G≠/RT) = k ∽ exp(∆S≠/RT)exp(-
∆H≠/RT)
1. Intramolécularité  Commune à toutes les enzymes - si ∆S est négatif  k diminue
2. Catalyse acide base - Si ∆H esr positif  k diminue
3. Catalyse covalente
4. Catalyse électrostatique 1. Se joue au niveau de ∆S≠
2. 3. 4. Se joue au niveau de ∆H≠
1. Intramolécularité :
Réaction non covalente A + B
Réaction associée à une perte important en entropie (∆S≠  -)

Lors de la fixation du substrat, les interactions favorables en termes d’enthalpie peuvent compenser la pénalité
entropique car ∆Gfix = ∆Hfix (-) – T∆Sfix (-) si pas de compensation = ∆Gfix = positif donc non spontanée.

Les interactions impliquées dans la fixation :

- Liaisons H : O,F,N,S – H I I : Y – ( H – doublet non liaint)
- Interactions électrostatiques : entre ions, entre dipoles, entre ions et dipoles, VdW
- Interactions hydrophobes : effet entropique du à l’expusion de l’eau.
 2. Catalyse acide base :
Neutralise les charges partielles qui se. Développent lors de la formation de l’ET.
Permet l’activation de nucléophile et stabilisation du groupe partant.

Catalyse basique générale :

Résidu déprotonée basique accepteur de proton. Transfert partiel d’un H+ vers le résidu lors du passage à l’ET
Exemple attaque de l’eau sur un ester :
o Sans catalyse : lorsque l’eau attaque un ester, charges localisées sur les Oxygènes.
o Avec catalyse : base créer une liaison partielle avec l’eau l’activant en tant que nucléophile

L’énergie de l’ET est directement lié au pKa du résidu qui fait la catalyse basique :
 Plus le pKa augmente est plus BH est stable.
 Plus [BH] stable, plus [BH]>>>[B-] donc le pKa augmente

Réaction de Br∅nsted : Log(k2) = A + ßpKa

Pour être efficace en tant que catalyseur basique il faut que BH soit plus stable que B-.
 Les meilleurs catalyseurs basique ont des pKa élevés.

Catalyse acide générale :

Résidu protoné acide donneur de proton. Transfert partiel d’un H+ vers le substrat lors du passage à l’ET
Exemple de l’hydrolyse d’un acétal :
o Sans catalyse : lorsque l’eau attaque un acétal, charges localisées sur les Oxygènes.
o Avec catalyse : catalyseur basique active l’eau et catalyseur acide stabilise le groupe partant.

L’énergie de l’ET est directement lié au pKa du résidu qui fait la catalyse acide :
 Le pKa donne la stabilité relative des composés Ha et A-.
 Plus [A-] est stable, plus [A-]>>>>[HA] donc plus le pKa diminue. (Les acides fort ont des pKa faibles)

Réaction de Br∅nsted : Log(k2) = A - ɑpKa où log(k2) = énergie

L’énergie de l’ ET dépend d’une catalyse acide générale et donc de la capacité du catalyseur acide à donner son H+.
 Les meilleurs catalyseurs acides ont des pKa faibles.

Conclusion :
Catalyseur acides Pka 5 Pka 7
A- AH A- AH
99% 1% 50% 50%
Catalyseur basiques Pka 9 Pka 7
BH B BH B
99% 1% 50% 50%

Log(k2) = A + ßpKa
Log(k2) = A - ɑpKa
 Alpha et Beta sont des constantes de proportionnalité qui donnent le degré de transfert des H+ soit vers lET
soit vers le résidu
o 0  pas de transfert du H+.
o 1  transfert complet du H+.
 3. Catalyse covalente :
- Formation d’une nouvelle liaison entre
l’enzyme et le substrat.
- Le mécanisme implique forcément 1 ou
plusieurs intermédiaires.

A. Catalyse nucléophile :(cofacteurs) implique une attaque nucléophile d’un résidu de l’enzyme sur le substrat.
 Log(k2) = A + ßnuc x pKa (comme la cat basique mais ßnuc pas limité entre 0 et 1)
 L’énergie de l’état transitoire dépend de la capacité du nucléophile à donner ses électrons au centre
électrophile
 Comme pour la catalyse basique : Don e- donc la même relation s’applique. + BH+ est stable + pKa ↑
 Pour faire une catalyse nucléophile il faut des doublet non liant.
 Sérine

B. Catalyse électrophile :(ions métalliques) puis à électrons capable de stabilisé la densité électronique

diminuant les charges partielles ∂-.

Chaînes latérales réactives :

pKa = log([HA]/[A-] + pH et pKa = log([BH+]/[B].

Trois moyens pour modifier les pKa des chaînes latérales :

- Mettre la chaîne latérale dans un environnement hydrophobe
o Acide : stabilise la forme neutre par rapport à la forme chargé A-
o Base : déstabilise la forme neutre par rapport à la forme chargée BH+.
- Placer le résidu à côté d’un résidu de la même charge.
o Acide : augmente le pKa
o Base diminue le pKa
- Mettre le résidu à proximité de charge opposées.
o Acide : favorise la forme A- par rapport à HA
o Basique : stabilise la forme BH+ par rapport à B

Pouvoir du groupe partant :

+ le pKa du groupe partant est faible, meilleur est le groupe partant car le GP en forme se stabilise mieux que AH
( attaché à la molécule).

4. Catalyse électrostatique :
Utilisation d’une charge sur un dipôle.
Efficacité des interactions électrostatiques au sein d’un site actif par rapport à en solution.
E = 74,5 pour l’H2O
E = 2-3 pour site actif
 Les interactions électrostatiques sont plus efficaces dans un environnement hydrophobes.
 Les résidus sont chargés / polaires mais c’est l’environnement globale ( hydrophobe) qui joue au niveau de la
puissance des interactions.
 Par l’Asp

Mécanisme modèle :