Mécanisme de la catalyse 1

enzymatique
Site actif:
- AAs clés pour la liaison du substrat. Stabilisation du
complexe ES par attractions électrostatiques,
liaisons hydrogènes, et/ou des interactions
hydrophobes.

- D'autres chaines latérales d'acides aminés situés

dans le voisinage du substrat catalysent la
Key binding transformation de celui-ci (= AAs clés pour le
site amino
mécanisme catalytique).
acid residues
Cofacteur 2
Dans certains cas, l’enzyme requière un cofacteur.
Un cofacteur est une molécule qui joue un rôle dans la fixation du ligand ou dans la
catalyse.

Un co-facteur est :

- soit un ion inorganique (Fe2+, Mg2+, Mn2+ ou Zn2+)

- soit une molécule organique (ou métallo-organique) appelée co-enzyme

(qui peut porter un groupement fonctionnel de façon transitoire lors de la réaction).

Le co-facteur peut prendre part à la réaction.

N.B. Si un co-enzyme se lie par une liaison forte à l’enzyme, on parle de groupement
prosthétique. S’il se lie par des liaisons faibles, on peut aussi le désigner sous le nom
de co-substrat (modifié lors de la réaction).
Le tableau ci-dessous décrit les 6 grandes
classes d’enzymes 3
Catégorie Classe d’enzymes Type de réaction Illustration
1 Oxydoréductases Oxydation et réduction c.-à-d.
ou
transfert d’électrons
2 Transférases Transfert d’un groupe (par ex.
phosphoryle, méthyle, …)
3 Hydrolases Coupure hydrolytique de liaisons
covalentes (par ex. C-C, C-O, C-
N,…). Ces enzymes utilisent le plus
souvent une molécule d’H2O
4 Lyases Coupure d’une ou plusieurs
liaison(s) covalente(s) par départ
d’atomes, avec réarrangement
d’électrons (menant souvent à la
formation d’une double liaison)
5 Isomérases Changement de géométrie et de
structure au sein d’une même
molécule
6 Ligases Formation d’une liaison entre deux
molécules, couplée à l’hydrolyse
d’ATP
Quelques exemples de réaction pour illustrer les actions des différentes classes d’enzymes:
(ces réactions ne font pas partie de la matière d’examen pour la partie « Boonen » du cours.
Attention, certaines de ces réactions pourraient être à connaître dans d’autres parties du cours.)
4

Reduction of NAD+
Oxydation of ethanol

Transfert d’un
groupement
phosphate

Clivage
Etat de transition et Energie d’activation 5

A + B C + D

Avant de libérer les produits C et D, la réaction doit passer par un complexe de transition

A + B AB* C + D

Etat de transition AB* = intermédiaire très instable avec une haute énergie de transition
= intermédiaire dans lequel des liaisons intramoléculaires sont tordues, pliées,
affaiblies (mais pas encore rompues), et dans lequel des liaisons partielles
s’établissent entre A et B, en préparation du réarrangement qui donnera
naissance aux produits.
L’énergie à fournir pour former l’état de transition AB* = l’énergie d’activation

L'énergie d'activation est la quantité d'énergie nécessaire pour initier la réaction chimique.
Energie d’activation dans un système non catalysé (en l’absence d’enzyme) 6

En l’absence d’enzyme:
Le changement net d’énergie libre (G) entre l’état
« substrat » (point 1 sur le graphe) et l’état « produit » (point 2 (*)(*)
Etat de transition
sur le graphe)= ΔG’° . 3
N.B. cette valeur est mesurée dans des conditions précises:

Energie libre (G)

température de 25°C (en Kelvin dans l’équ.), pression partielle du
ou des gaz présents à 101,3 kPa [1 atm], concentration de chaque
soluté à 1M et pH=7
1

2
ΔG’° = Gp – GS Etat
initial (P est le point d’arrivée de la réaction
S → P; c’est aussi l’état initial de la
produit substrat réaction en sens inverse)

L’énergie d’activation (Ea) est la différence entre l’énergie Déroulement de la réaction

libre de l’état initial et l’énergie libre de l’état de transition
(point 3 sur le graphe). L’énergie de l’état initial peut être celle N.B. Exemple d’une réaction
exergonique (ΔG’° est une valeur
d’un substrat (point 1, GS), ou celle d’un produit si on considère la négative).
réaction inverse (point 2, GP).
L’énergie d’activation (Ea) est égale à ΔG*.
C’est la « dépense » d’énergie nécessaire pour initier la réaction.
 Que se passe-t-il en présence d’une enzyme qui catalyse la réaction ? 7
Une enzyme a pour effet de diminuer l’énergie d’activation de la réaction
(ΔG* catalysée < ΔG* non catalysée). La conséquence de ceci est que l’enzyme accélère la réaction.

Raisonnement:
Ea
Etat de transition(*)
(*) A + B AB* C + D

La quantité d’énergie disponible pour faire le travail de

réaction dans un temps donné est limitée.
Energie libre (G)

Non catalysée Imaginons, à titre d’exemple, que l’énergie disponible

pendant une minute est de 100 KJ/mol.

Catalysée Si l’énergie d’activation (Ea) nécessaire pour transformer

1 mole de substrat est également de 100 KJ/mol, une
seule mole de substrat pourra être transformée en
produit dans le temps imparti (1 min) => V=1 mol/min

Par contre, si un catalyseur (une enzyme) est ajoutée

dans le système réactionnel, l’Ea diminue. Par exemple,
Trajet réactionnel imaginons que l’Ea est maintenant de 1 kJ/mol. Dans ce
cas, en une minute, 100 moles de substrats pourront être
transformées en produit. V = 100 mol/min

=> la vitesse est nettement plus rapide en présence de

l’enzyme car celle-ci a diminué l’Ea.
La loi d’Arrhenius démontre, d’un point de vue mathématique, qu’une réaction
est d’autant plus rapide (k élevé) que Ea est faible (à une T° donnée). 8

Etat de transition(*)
(*)

Loi d’Arrhenius: ln k = ln A - Ea

Energie libre (G)

Non catalysée
RT

Autrement dit : k= A x e –Ea/RT Catalysée

k est la constante de vitesse

A = facteur pré-exponentiel ou facteur d’
Arrhenius (taux de collision dans une
orientation propice pour que la réaction se passe)
Ea= énergie d’activation
RT = énergie cinétique moyenne
(dépend de la température T et de R, la Trajet réactionnel
Constante des gaz parfaits)

k est élevé lorsque Ea est faible. (relation inverse car e-Ea)

Comment une enzyme diminue-t-elle l’énergie d’activation?
9

ΔGliaison est l’énergie de liaison et provient

(*) ΔGliaison
Etat de transition (*)
de l’interaction du substrat et de l’enzyme

Non catalysée

Energie libre (G)

ΔGliaison est une énergie qui peut être
utilisée pour couvrir le « coût » du
passage à l’état de transition. On peut Catalysée
aussi voir les choses autrement et
considérer que ce ΔGliaison est une
« économie » d’énergie qui est possible
lorsque l’enzyme est présente.

Trajet réactionnel
Mécanismes par lesquels une enzyme peut diminuer l’énergie d’activation: 10
Le site actif d’une enzyme présente une conformation optimale pour favoriser la formation de
l’état de transition avec la plus petite dépense d’énergie possible:

- L’enzyme organise/oriente les molécules qui réagissent ensemble. Les groupes

réactionnels sont amenés à proximité l’un de l’autre. De ce fait, l’enzyme
augmente la probabilité de collision menant à l’état de transition et donc à la
transformation chimique. Cet effet entropique diminue l’Ea.

- L’enzyme peut, via des liaisons faibles, forcer le substrat à prendre une
conformation favorable à son entrée dans l’état de transition. Cet effet de
« tension du substrat » peut aussi diminuer l’Ea.

- L’enzyme peut stabiliser (transitoirement) l’état de transition et interagir avec

lui, favorisant la réaction.
- via l’effet de tension du substrat
- par interactions ioniques entre l’état de transition et des groupes chargés
de l’enzyme (ou des ions métalliques idéalement placés dans l’enzyme)
- par échange de H+ avec des groupes acido-basiques de l’enzyme
Exemples:
- La catalyse acide-base
- La catalyse covalente
La catalyse acide-base 11

Interactions entre l’état de transition et les AAs du site actif: transfert de H+ entre un groupe
acide (donneur de H+) et un groupe basique (accepteur de H+).

 Aide à la formation de l’état de transition

 stabilisation de l’état de transition
 diminution de l’énergie d’activation
 contribution au processus réactionnel de transformation en un produit

La catalyse est dépendante du pH

La catalyse covalente

Dans certains cas, le mécanisme enzymatique peut passer par la formation d’une liaison
covalente transitoire entre l’enzyme et le substrat.
Exemples de catalyses enzymatiques 12

1) La réaction catalysée par la chymotrypsine (une protéase à sérine)

2) La réaction catalysée par le lysozyme (une glycosidase)

1) La chymotrypsine 13

La chymotrypsine = une protéase à sérine (car une sérine est un AA clé du site actif,
comme nous le verrons plus loin). C’est une hydrolase de type endopeptidase,
synthétisée par le pancréas et libérée dans le duodénum où elle participe à la digestion
des protéines provenant de l’alimentation.

La réaction catalysée par la chymotrypsine est l’hydrolyse d’une liaison peptidique.

N.B. A haute concentration, la chymotrypsine peut aussi cliver après d’autres AAs, mais nous n’entrerons pas dans ce niveau de détail.
La chymotrypsine

Une poche hydrophobe accueille le substrat; la

partie aromatique des AAs Phe, Trp, ou Tyr (en
jaune sur l’image en bas à droite) s’insère dans
cette poche.

Trois résidus du site actif interviennent dans la

catalyse:

sérine 195
histidine 57
aspartate 102

= la triade catalytique.
 15
La catalyse par la chymotrypsine est une séquence de deux réactions
consécutives :
1- le clivage de la liaison peptidique dans la protéine substrat avec fixation
covalente d’un des produits de la réaction à la sérine 195, ce qui forme un
intermédiaire acyl-enzyme (acylation de la sérine 195)
2- la réaction de cet acyl-enzyme avec une molécule d’eau conduisant à la
libération du deuxième produit (déacylation de la sérine 195).

=>il y a formation de deux états de transition (un par réaction). Ceux-ci sont des
intermédiaires tétraédriques.

La réaction globale est un exemple de catalyse acide-base

et covalente.
Etape 1: Liaison du substrat

Le substrat = une protéine contenant, par

exemple, une Phenylalanine en son sein
(partie en noir). L’AA juste avant cette Phe
est en rose (il est lié « n » autres AAs). L’AA Liaison
placé juste après la Phe est en bleu (il est peptidique Trou oxyanionique
également lié n autres AAs).
cible
 17

Description des éléments montrés sur la dia précédente

Schéma de gauche: triade catalytique (Asp102, His57, Ser195). L’imidazole est relié aux chaînes
latérales des 2 autres AAs par des ponts H. Cette configuration rend la Ser195 très nucléophile
(nucléophile=qui a tendance à donner des électrons).

Schéma de droite: Le substrat se lie dans la poche hydrophobe de l’enzyme. La liaison

peptidique cible est encadrée en rouge dans le substrat et est pointée par la flèche rouge dans
le complexe ES. Notez le placement du -C=O de la liaison peptidique cible près de la serine 195.
La liaison du substrat est stabilisée par un pont H entre cet oxygène et l’amine α de la Ser195.
L’emplacement où se trouve l’oxygène est appelé « trou oxyanionique » (zone ronde et bleue sur
le schéma).

Au terme de cette 1ère étape, le complexe Enzyme-Substrat (ES) est formé. N.B. Ce n’est pas
encore l’état de transition.
N.B. L’image de gauche ci-dessous est l’image qui était à droite sur la dia précédente. Nous allons maintenant analyser les informations indiquées par les flèches rouges dans
l’image de gauche.

Etape 2: Attaque nucléophile depuis la Ser 195 (rendue très nucléophile par interaction avec l’His 57
de la triade catalytique) sur le carbonyle (-C=O) du substrat, ce qui mène à la formation d’un 1er
état de transition.
Ap
1er Etat de transition = 1er
Asp102 intermédiaire tétraédrique

1
2
Liaison peptidique
3 4 cible

Liaison covalente
entre le substrat et
l’enzyme
 19
Description des étapes de la dia précédentes (flèches dans le schéma de gauche)

1- L’imidazole (His57) attire vers lui l’hydrogène terminal de la Ser195. Ceci est possible grâce à l’Asp102 (qui
attire un H de l’imidazole).

2- Les électrons disponibles suite à la rupture de la liaison entre le O et le H de la sérine attaquent le

carbonyle (-C=O) de la liaison peptidique cible.

3- Deux électrons se déplacent vers l’oxygène du carbonyle créant une charge négative à ce niveau,
avec perte de la double liaison C=O (image de droite).

4- L’attaque nucléophile par la Ser195 s’accompagne de l’établissement d’une liaison covalente entre le
carbone « central » et l’oxygène de la chaîne latérale de la sérine (image de droite). Notez le
rapprochement de la partie C-ter (bleue) par rapport à la partie N-ter (rose) du substrat.

Tous ces changements donnent lieu au 1er état de transition. C’est est un état intermédiaire tétraédrique
(carbone central lié par des liaisons covalentes à 4 éléments). Il est temporairement stabilisé par:
- 2 ponts H au niveau de l’oxygène placée dans le trou oxyanionique (avec Ser195 et Gly193).
- un pont H entre l’imidazole et l’azote de la liaison peptidique cible.
Etape 3: Clivage du substrat et libération du premier produit de la réaction

Le 1er intermédiaire tétraédrique est

très instable=> Il collapse en
entrainant la cassure de la liaison
Liaison peptidique
peptidique cible. cible

Les électrons délocalisés sur l’oxygène lors de l’étape

précédente, reviennent vers le carbone central. La double
liaison C=O est reformée (voir image du bas). Cela 1er Produit
s’accompagne de la rupture de la liaison peptidique cible
(–C-N-). En parallèle, l’imidazole cède l’Hydrogène (H) au
groupe amino nouvellement formé (au début de la
molécule bleue).

Un acyle (en bleu) =

La libération du 1er Produit s’accompagne de la
création d’un intermédiaire acyl-enzyme, qui n’est
pas un état de transition. C’est un état plus stable, Oxygène dans le trou
oxyanionique
obtenu au terme de la première partie de la réaction
chimique (après collapsus du 1er état de transition qui,
pour rappel, est un intermédiaire tétraédrique). Partie N-ter du Ser195 de l’enzyme
substrat
 21

Les étapes 1 à 3 constituent la phase d’acylation de la réaction catalysée par

la chymotrypsine. Cette phase mène à la formation de l’intermédiaire acyl-
enzyme.

En résumé, lors de ces 3 premières étapes, nous observons les déplacements

successifs d’un proton (H+). Ce H+ passe de la Serine vers l’histidine, puis est
transféré sur le produit. La triade catalytique constitue un « réseau de relais de
charges » qui sert de « navette à protons ».
Etape 4: Introduction d’une molécule d’H20

Le 1er produit qui a quitté l’enzyme est

remplacé par une molécule d’eau.
Pour rappel, la chymotrypsine est une
hydrolase.
Etape 5: Réaction avec la molécule d’H20
N.B. Point de départ = image du bas sur la dia précédente = image de droite ci-dessous. Il faut lire la dia de droite à gauche.

La molécule d’H20 devient très nucléophile

Formation d’un 2ème Etat suite au partage d’un H avec l’imidazole. Elle
de transition = un 2ème attaque le lien ester de l’intermédiaire acyl-
F

enzyme. Il y a formation d’une liaison entre le

intermédiaire
substrat et l’OH de la molécule d’eau
tétraédrique (4 branches) (entouré en rouge). Cela s’accompagne de
très instable. la disparition de la double liaison du
carbonyle et de la délocalisation des
électrons sur l’oxygène placé dans le trou
oxyanionique.
Etape 6: Formation du second produit de la réaction
N.B. Il faut lire la dia de droite à gauche.

Point de départ de cette étape:

Le 2ème intermédiaire tétraédrique est
lui aussi très instable. Sa stabilisation,
Le 2ème produit est la partie N- par retour des électrons depuis
ter de la molécule substrat, l’oxygène vers l’imidazole,
Phe incluse. s’accompagne de la formation du
2ème produit. La liaison covalente qui le
retenait sur l’enzyme est rompue. De
plus, l’H provenant initialement de la
molécule d’H20 (et qui a transité par
l’imidazole) est maintenant associé à
la sérine. La sérine revient à son état
initial, avec un pont H entre sa chaine
latérale et l’imidazole.
Etape 7: Libération du second produit de la réaction
N.B. Il faut lire la dia de bas en haut.

2ème Produit

Lors de la dernière étape, le second

produit sort de l’enzyme par diffusion.
L’enzyme revient a l’état initial et Point de départ de cette étape
peut recommencer un cycle
réactionnel.
Les étapes 4 à 7 constituent la phase de déacylation de la réaction catalysée par 26
la chymotrypsine. Cette phase mène à la disparition de l’intermédiaire acyl-
enzyme. Il y a séparation de l’enzyme et de la seconde partie du substrat (le
second produit).

En résumé, lors de ces 4 étapes, nous observons également les mouvements

successifs d’un proton (H+) au sein de la « navette à protons ». Ce H+ passe de la
molécule d’eau vers l’histidine, puis est transféré sur la serine 195.

Le bilan de la réaction catalysée par la chymotrypsine est la formation de deux

chaînes polypetidiques par hydrolyse de la protéine substrat. Il s’agit d’un
exemple de catalyse dite covalente, car les deux états de transition nécessaires à
la réaction sont transitoirement liés de façon covalente à l’enzyme. C’est
également un exemple de catalyse acide-base (échange d’un proton entre des
groupes donneurs et accepteurs).

+
2) Le lysozyme : une hydrolase de type glycosidase qui
hydrolyse le peptidoglycan: catalyse acide-base et covalente faisant intervenir un
Glu et un Asp du site actif

Le lysozyme :
- enzyme douée d'activité "antibiotique", NAG
découverte par Fleming.
- présent dans le mucus nasal, dans les larmes, et NAM
dans des cellules du système immunitaire NAG
(macrophages et polymorphonucléaires). Clivage par
- catalyse l'hydrolyse d’un polysaccharide le lysozyme
NAM
constitué de N-acétylglucosamine (NAG) et
d'acide N-acétylmuramique (NAM) unis par des NAG
liaisons β1-4. Dans la paroi de certaines
bactéries, plusieurs de ces chaînes NAM
polysaccharidique sont reliées les unes aux
autres par des cross-liens de nature peptidique
=> L’ensemble forme le peptidoglycan.
Peptidoglycan:
Suite à la destruction du peptidoglycan, la
bactérie perd sa structure et perd sa protection
contre les conséquences d’un déséquilibre
osmotique => la lyse de la bactérie s’en suit.
 28

Peptidoglycan
Lorsque les défenses naturelles contre
une infection bactérienne sont
insuffisantes, un traitement antibiotique
peut être prescrit.
Nous présenterons ici la synthèse du
peptidoglycan et comment les
antibiotiques de type pénicillines
peuvent mener à la mort bactérienne en
interférant avec ce processus.
Synthèse du peptidoglycan par la transpeptidase à sérine
(une enzyme bactérienne)
ETAPE 1
Précurseur du peptidoglycan
(répétitions de NAM et NAG liées à
Etape 1: La première molécule une courte chaîne d’acides aminés)
substrat (précurseur) s’associe
de façon covalente à une
Sérine localisée dans le site
actif de l’enzyme
transpeptidase.

La transpeptidase hydrolyse la
liaison peptidique qui relie deux
alanines dans la chaine
précurseur de petidoglycan.
ETAPE 2:
Attaque nucléophile de l’extrémité NH2 de la chaîne de glycine appartenant à une seconde molécule précurseur
de peptidoglycan, sur la liaison ester qui relie la première molécule de peptidoglycan à la Ser de l’enzyme.

Le bilan est la formation d’une liaison covalente entre une glycine appartenant à la seconde molécule et l’alanine
de la première molécule. Le produit est libéré de l’enzyme.
La pénicilline= un inhibiteur de transpeptidase à sérine

Antibiotique très efficace

mais dégradé dans
Chaîne latérale l’environnement acide de
variable Anneau thiazolidine l’estomac, donc doit être
administrée par injection
IV.

Variantes
résistantes à
l’acidité
Anneau β- gastrique =>
lactame OK pour
administration
Liaison amide dans le cycle β- par voie orale
lactame (qui ressemble à une
liaison peptidique, la cible de
l’enzyme).
La pénicilline est reconnue par la
transpeptidase qui, via une attaque
nucléophile, s’y associe de façon covalente
(intermédiaire acyl-enzyme).

Cela s’accompagne de l’ouverture du cycle

β-lactame.

L’intermédiaire acyl-enzyme est hydrolysé

tellement lentement que le complexe est
pratiquement irréversible. En conséquence,
la transpeptidase est inactivée. Elle n’est plus
disponible pour catalyser la synthèse du mur
de petidoglycan. La fragilisation de ce mur
cause la mort de la bactérie.
Notez que certaines bactéries ont
développés des mécanismes de
résistance aux antibiotiques de type
pénicilline.
Ces bactéries produisent une
enzyme appelée β-lactamase.
Comme son nom l’indique, elle clive
le cycle β-lactame de l’antibiotique,
le rendant inactif / incapable de
s’associer à la transpeptidase.
Pour combattre la
résistance, il est
possible d’administrer
un inhibiteur irréversible
de β-lactamase
comme l’acide
clavulanique