ECOLE NATIONALE

SUPERIEURE DE
BIOTECHNOLOGIE
CONSTANTINE

Interaction Ligand – Protéine

(Récepteur)

Dr. ALYANE Mohamed

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 BUT
Etude de quelques Paramètres de
quantification des effets
pharmacologiques
De l’interaction
Ligand- Protéine (Récepteur)

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1. Notion de ligand
En règle générale, les macromolécules s’associent :
 Soit entre elles  au minimum dimères (2 monomères), sinon
oligomères, en associations homologues (homomères) ou
hétérologues (hétéromères).
 Soit avec des molécules plus petites  toutes appelées « ligand »
au sens large.
 Un Ligand (du latin ligandum, liant)  est une molécule qui se
lie de manière réversible sur une biomolécule  liaison
transitoire.
 Cette association est, sauf exception, de nature non-covalente par liaisons dites secondaires 

faiblement énergétiques du type hydrogène, hydrophobe ou électrostatique (forces de Van der

Waals).
 La fixation est due à l’existence sur la protéine d’un site spécifique qui reconnait le ligand.
 Interaction non-covalente entre le ligand et la protéine est due à une complémentarité stérique (de

forme) et à une complémentarité chimique (charges électriques).

3
NB
2. Nature du ligand
 Les ligands varient à l’extrême en nature et en taille. Il peuvent êtres par exemple:
 Atome métallique ionisé  Ca++, Fe++, Zn++, Cu++, métaux de transition…
 Acide aminé  Glutamate et Glycine : neurotransmetteurs qui ont leurs récepteurs protéiques

dédiés.
 Dérivés d’AA  acide γ-aminobutyrique ou Gaba (Glu), Histamine (His), Adrénaline (Phe)
 Hormone peptidique  Glucagon, Insuline
 Macromolécule  Acide nucléique, autres protéines …
 Donc un ligand peut être:
 substrats
 cofacteurs
 activateurs, inhibiteurs
 ions métalliques
 autres biomolécules
La fixation du ligand sur la protéine répond à 3 critères: spécificité, réversibilité et haute
4
affinité.
2.1. Liaison spécifique et liaison non spécifique
Sites de liaisons spécifiques  correspondent à des

récepteurs.
Le nombre de sites de liaisons spécifiques est limité

dans une préparation donnée  liaison saturable

Les liaisons non spécifiques  correspondent à la

fixation du Ligand sur des sites non récepteurs :

 affinité faible

 liaison non saturable

2.2. Affinité
L'avantage de la faible affinité est la réversibilité

rapide de l'interaction
L'avantage de la forte affinité est une économie dans

la production du ligand lui-même.

Pour occuper le maximum de récepteurs pendant un certain temps, un ligand de faible affinité doit être
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présent en forte concentration.
3. Rôle de l’association Protéine – Ligand (PL)

L’interaction Protéine-ligand a plusieurs buts:

 Transformation du ligand  qui est alors substrat d’enzyme

 Reconnaissance du complexe PL  Antigène-anticorps à la surface de certains globules blancs 

Participe à la défense spécifique  Immunité

 Transport  la transferrine capte le fer du tube digestif

 Inhibition d’action  système protéase/antiprotéase: antithrombine (contre la coagulation),

antitrypsine et antiélastase (protège les tissus contre des enzymes produites par des cellules

inflammatoires).

 Thérapeutique

 Agoniste : molécule capable d’engendrer, par sa liaison à ses récepteurs, une réponse biologique

semblable à celle du médiateur endogène  Agoniste est utilisé s’il ya un déficit en ligand naturel.

 Antagoniste : molécule dont l’interaction avec les mêmes récepteurs ne déclenche pas de réponse

biologique et s’oppose à l’effet du médiateur endogène  Antagoniste est employé s’il ya excès de

ligand naturel .
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4. Calcul de l’affinité de la protéine pour le ligand

4.1. Liaison d'un ligand (L) à la protéine (P)

a) Protéine a un seul site de fixation:

La fixation d’un ligand sur une protéine qui possède un seul site de fixation pour ce ligand est régit par

un équilibre thermodynamique:
k1
P  L  PL...1...
k2

[L]  concentration molaire de ligand libre

[P]  concentration molaire de la protéine libre

[PL]  concentration molaire du complexe ligand-protéine

D'après la Loi d'action des masses, on peut définir à partir de l’équation (1): 
V1  la vitesse d'association (nombre d'évènements de liaison par unité de temps) du ligand à la protéine:

V1 k1 P L 
k1  constante de vitesse d'association (M-1. min-1)  constante de vitesse du second ordre
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V2  La vitesse de dissociation (nombre d'évènements de dissociation par unité de temps) du complexe

V2 k 2 PL 
Ligand-protéine:

k2 : constante de vitesse de dissociation (min-1)   constante de vitesse du premier ordre

b) Protéine à plusieurs sites de fixation

Si une protéine possède pour un ligand plusieurs sites, ces sites peuvent êtres:

 Sites Indépendants : la fixation de ligand sur un site étant Indépendante de l’état de saturation

des autres sites de fixation  ils peuvent êtres équivalents ou non équivalents

 Sites indépendants et équivalents : Chacun des sites possédant alors la même constante de

dissociation Kd pour le ligand

 Sites dépendants: la fixation de ligand sur un site est dépend de l’état de saturation des autres 8
4.2. Notion de constante de dissociation ou Kd: notion d’affinité
À l'équilibre, la vitesse d'association du ligand à la protéine est égale à la vitesse de dissociation du
complexe .
V1 V2 k1 P L   k 2 PL  

L P   k2
 K D ...2...
PL  k1
 KD  Constante de dissociation à l'équilibre (en M)  Elle reflète l'affinité de L pour P.
1
 Affinité  inverse de la constante de dissociation   Affinité 
KD
 Affinité, traduit la puissance de l’interaction physico-chimique entre le ligand et son récepteur i.e.
capacité de reconnaissance entre les 2 partenaires.
 KD  C'est la concentration de ligand libre qui occupe à l'équilibre 50 % des sites récepteurs 

P  PL  KD  L

 Plus cette concentration (ligand) est faible  plus l’affinité de la protéine pour le ligand est élevée
 Ligands à forte affinité  suggérant l’utilisation de dose faible in vivo. 9
NB

Quand une protéine (récepteur) présente une haute affinité pour un ligand, elle est capable de fixer celui-ci

à partir de solutions extrêmement diluées. De ce fait, comme la circulation sanguine est rapide et que

chaque cellule est baignée dans un environnement liquidien en perpétuel renouvellement, des ligands

venus de très loin, en faible quantité mais très spécifiques, ont une forte probabilité de se fixer sur leur

cible.

4.3 Notion de capacité maximale de liaison ou Bmax

 Soit «PTotal» ou «Bmax»  la concentration maximale ou le nombre total de sites de liaison du ligand

dans la préparation.
 « Bmax »  proportionnelle à la concentration de protéines de liaison.

Bmax   PL P  P  Bmax  PL

Le nombre total de sites de liaison «Bmax» peut être défini de la manière suivante : 

[ PL] 
En remplaçant [P] par sa valeur dans l’équation (2), on trouve: Bmax L 
...3...
K D  L  10
 La courbe qui exprime les variations de la concentration en ligand lié à sa protéine [PL] en fonction

de la concentration en ligand libre [L] ([PL]=f([L])) est une branche d’hyperbole.

 Bmax et KD sont difficiles à déterminer avec précision sur cette courbe!!!!!!!

 KD et Bmax sont obtenus à partir d’une transformation des données de la courbe

de saturation  La linéarisation de la courbe hyperbolique :
Méthode de Scatchard
Méthode de Hill
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4.3.1. Représentation de Scatchard
Tracer le courbe: [PL]/[L]=f([PL]).

PL   1 PL Bmax 

L KD Kd

Diagramme de Scatchard

La linéarisation des données obtenues expérimentalement permet de déduire précisément les valeurs de

Bmax et de KD (reflet de l’affinité du récepteur pour son ligand).

 Pente = -1/KD

 Lorsque Y = 0  [PL] = Bmax (exprimée en femtomole de ligand/mg de protéines) 12

 Si avec le diagramme de Scatchard, on obtient une seule droite  cela signifie que L se fixe à un

seul type de site de liaison  la loi d’action de masse est respectée.

 Dans le cas contraire  cela signifie le modèle ne correspond pas à la loi d’action de masse.

 L'une des explication à cette curvilinéarité est l'existence de deux sortes de sites de liaison dans la

préparation  un de haute affinité pour le ligand utilisé, et un autre de plus faible affinité.

NB
Equation «3» devient plus complexe  elle
prend en compte les deux familles de sites de
liaison : de haute affinité (H, pour High
affinity) et de plus faible affinité (L, pour Low
affinity) :

[ PL] 
Bmax L L  Bmax H L 

K DL  L  K DH  L 
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Représentation de Scatchard curvilinéaire
4.3.2. Représentation de Hill

 Utilisée pour étudier les résultats de liaison spécifique et pour

déterminer une déviation éventuelle de l’interaction « L-P » des

modèles loi d’action de masse  une molécule de L avec une

molécule de P.

 La pente de la droite de Hill  détermine le nombre de sites de

liaison du L par P, et on obtient le nombre de Hill «nH »

 PL 
Log10    nLog10 L  Log10 ( K D )
 Bmax  PL 

 Pente de la droite « n » représente le nombre de Hill  nombre de sites par récepteur:

n = 1 la loi d’action de masse est respectée  il n’y a qu’un seul type de R qui lie le L
n > 1  il y a plus d’un site de liaison par R (R: récepteur)
 n < 1  il y a moins un site de liaison par R présence de plusieurs sites d’affinités différents : soit
plusieurs R avec des affinités proches, soit un seul type d’R présent sous deux conformations différentes.
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