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R : Réaction
P :Produit
S : Substrat
Ea : Energie d’activation
Fx : fonction
coE : coenzyme
Vi : vitesse initiale
Km : Constante de Michaelis
UnE enzyme ? est un catalyseur biologique : substance qui favorise et accélère une réaction sans en modifier le rendement et qui
n’est pas consommée au cours de la réaction.
Propriétés des enzymes : augment la vitesse de R/ diminue Ea/ Agir en faible quantité/ pas de modification sur R/
protéines thermolabiles/ la configuration spatiale est importante pour le fx.
Catalyseurs biologiques vs chimiques : V + / condition de R plus douces/ Sélectivité/ Répétitivité/ spécificité/ Possibilités
de régulation.
Le site active : comprend 2 parties : site de liaison (forme) + site catalytique (réaction).
Structures : 2 catégories: E entièrement protéiques/ E holoenzymes : apoenzyme (protéine) + cofacteur (non protéique).
Les cofacteurs : Petites molécules organiques ou ions métalliques liés à la protéine enzymatique (apoenzyme), indispensables à
l’activité enzymatique.
Rôles : transport des S, réception de P, structure de E/ Transport des certains groupes chimiques, électrons, protons/
recyclés/ reconnaissance spécifique par E.
Peut-être :
Ions métallique : maintien des structures tertiaires en créant des liaisons ioniques.
Molécule organique -coenzyme- = des dérivés des vitamines : non spécifique ; stœchiométrique ; non transformés
définitivement ; transfert des entité d’une molécule.
Deux types de liaisons :
Liaison forte : groupement prosthétique / coenzyme liée: toujours fixé sur E -coE flavinique.
Liaison faible : coenzyme libre ou Co substrat : s’associe à E au moment de R et qui s’en détache après R (NAD) / non
spécifique / certaines E ont besoin d’un ion métallique et d’un groupement prosthétique.
Classification :
Les coenzymes d’oxydo-réduction : deux nucléotides reliés par un groupement pyrophosphate ; fonctionnent avec les
déshydrogénases.
Les coenzymes pyridiniques.
Nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+) : un coenzyme d’oxydation, de dégradation de métabolites.
Nicotinamide adénine dinucléotide phosphate (NADP+) : un coenzyme d’hydrogénation, de biosynthèse.
Les coenzymes flaviniques : coenzymes d’oxydoréduction intervenant dans le transport d’électrons dans la chaîne
respiratoire.
Flavine mononucléotide (FMN).
Flavine Adénine dinucléotide (FAD).
Les enzymes de transfert de groupement :PLP (phosphate de pyridoxal): coenzyme du métabolisme des acides aminés.
TPP (thiamine pyrophosphate): coenzyme intervenant, entre autres dans la décarboxylation des acides α-
cétoniques.
Biotine: coenzyme de carboxylation (fixation d’une molécule de CO2 sur une molécule organique).
Méthodes instrumentales de détermina1on de l’ac1vité enzymatique : se fait de manière indirecte, on choisit de suivre soit
la disparition de S ou l’apparition de P en fonction des propriétés moléculaires de S ou P.
Colorimétrie / Spectrophotométrie / Fluorimétrie / Titrimétrie / Radioactivité / Dosages immunologiques.
Notion d’activité enzymatique : les conditions : [S] >> [E] et[S] >> KM , T°, pH.
La vitesse mesurée est la vitesse maximale exprimée en mol.L-1.sec-1. Elle est proportionnelle à la quantité d'enzyme
présente [E0]. Ou UI.L-1 ou en nkat.L-1.
La mesure se fait par deux méthodes :
La méthode cinétique : Consiste à suivre l’évolution de la réaction en fonction du temps. On vérifie la linéarité pour
déterminer le Vmax : V= Δ [P ou S]/ >Δt. Détermination de la vitesse initiale dans des conditions où [S] << KM ([S] <<
0,1 KM) alors Vi = Vmax/Km*[S].
La méthode en deux point : laisser E catalyser la R pendant une durée fixe, à arrêter son action puis évaluer la
quantité de S transformé ou de produit apparu. On prend alors la mesure en Δt et en ΔAbs en espérant être en Vmax.
La pente détermine l’activité enzymatique recherchée.
La méthode en point final : En condition d’excès E, on dose S une fois que celui-ci aura été entièrement transformé.
(suivre la DDO entre le temps de démarrage de R et le temps de la fin de R). [S] = [P]. *(si réaction irréversible et
stoechiométrique).
* si ni le S ni le P ne possèdent de propriétés spectrales spécifiques : R couplée = R indicatrices :
= Si E dont on mesure l’activité n’est pas une déshydrogénase à NAD+ ou NADP+, on couple la 1ère R par pas une
déshydrogénase dont le P est le S.
Unité d’activité enzymatique ou activité catalytique : 1 UI = 1 μmole S/ min = 16,67 nKat
Unité d'activité enzymatique (UI ou UE) : la quantité d'enzyme permettant la transformation d'une micromole de substrat
par minute (μmol.min-1) dans les conditions optimales (température, pH, [S], temps,)
Le katal : quantité d'enzyme qui catalyse la transformation de 1 mole de S par seconde. 1 Katal= 1 mole S/ sec.
Activité spécifique AS : par mg de protéine
L’activité spécifique d’une solution enzymatique est le rapport entre l’activité enzymatique totale et la quantité de protéine
totale de cette solution. *le maximum de AS est atteint qd E est pure. 𝑨𝒄𝒕𝒊𝒗𝒊𝒕é 𝒆𝒏𝒛𝒚𝒎𝒂𝒕𝒊𝒒𝒖𝒆
𝐀𝐒 =
𝒎𝒈 𝒅𝒆 𝒑𝒓𝒐𝒕é𝒊𝒏𝒆
=
Activité enzymatique molaire AEM ou AM :
La constante catalytique ou kcat (ou k2): constante de vitesse (unité sec-1).
Taux de roulement ou turnover number = mole S/sec/ mole d’enzyme pure.
Taux de Purification : aux d’enrichissement ou degré de purification ou facteur de purification.
𝑨𝑺 𝒂𝒑𝒓è𝒔 𝒖𝒏𝒆 é𝒕𝒂𝒑𝒆
𝑻𝒂𝒖𝒙 𝒅𝒆 𝒑𝒖𝒓𝒊𝒇𝒊𝒄𝒂𝒕𝒊𝒐𝒏 =
𝑨𝑺 𝒂𝒗𝒂𝒏𝒕 𝒄𝒆𝒕𝒕𝒆 𝒎ê𝒎𝒆 é𝒕𝒂𝒑𝒆
*Taux de purification globale = AS de l’étape n / AS étape de départ.
Cinétique enzymatique Michaelienne : l’étude de la variation en fonction du temps de la quantité d'une molécule.
a. Phases de la réaction : 3 phases :
- t<t1 : en ms : phase pré stationnaire : les molécules de S se lient avec E : phase de formation de ES (ES). V augmente.
-t1<t<t2 : phase stationnaire : E est saturé par le S. (ES) cte ; V cte ; P évolue linéairement.
- t>t2 : phase post stationnaire : la majorité de S étant consommée. V diminue et ES a diminué.
b. Notion de vitesse initiale : la vitesse d’une réaction enzymatique au cours de la phase stationnaire.
d. Effet de la concentration de substrat sur la vitesse initiale (Loi de Michaelis-Menten) : vi = f ([S0]) qui est une hyperbole
équilatère. V = Vmax ; [E] = [ES]
k-1 Vm
𝐄 + 𝐒 ↔ 𝐄𝐒 k→2 𝐏 + 𝐄
e. Equation de Michaelis-Menten : k-1
C’est quoi Km ?
C’est quoi Vm ?
Une constante de dissociation du complexe ES.
La vitesse initiale maximale atteinte par la réaction à saturation en S [S0] >> 10 Km et [ES] = [ET].
Independent de [E].
[S] pour laquelle vi = VM/2. C’est quoi Kcat ?
Inverse de l’affinité (1/Km) E/S. Kcat/Km (M-1.s-1)
Une concentration : mol/L. Constante de vitesse dont l’unité est temps-1 ; Kcat= V/[ET].
Mesure l’efficacité catalytique de E.
Nbre mole de S transformés par sec et par mole E (AEM).
Détermination graphiques des paramètres cinétiques :
V ↗ avec T↗ jusqu’à T optimale T > T optimale v ↘(dénaturation) Le pH du milieu réactionnel détermine la charge électrique des CL des Aa
de la P.
Activation thermique : loi d’Arrhenius *A un pH adéquat les charges électriques des radicaux du site actif de E
seront les + favorables à la liaison de S et à l’acte catalytique.
Ln K = - Ea / R 1/T + Ln A
K = A e (-Ea / RT)
*1/T faible T élevée courbe s’infléchit
(inactivation thermique E) Action de pH :
1- Formation ES.
2- Modification de conformation.
3- Modifie Km et Kcat.
2- Inhibiteurs de l’activité enzymatiques : inhibiteurs interagissent avec E, formant un cx EI, ne sont pas modifiés par E,
réversible/irréversible. Rôle important dans la régulation des voies métaboliques.
Affiner le mécanisme catalytique - connaître la spécificité E – connaitre les données physiques et chimiques
concernant le site actif.
Inhibition Compétitive Inhibition Non Compétitive Inhibition Incompétitive
I et S ont une analogie structurale. Se lie à un site différent du site actif. Ne se lie pas à l’E libre mais uniquement au
complexe ES réduisant ainsi la vitesse de
I ’inhibition est levée par excès de S. Peut interagir avec E libre ou le complexe ES formation P.
avec la même affinité.
Le Cx EI est réversible. [ET]= [E] + [ES] + [ESI]
Entraine une modification de la conformation
[ET]= [E] + [ES] + [EI].
du site actif. Inhibition catalytique.
[ET]= [E] + [ES] + [EI] + [ESI]
Inhibition Vi Vm ou Vmapp Km ou Kmapp KI (constante
d'inhibition)
Sans Vm Km -
Compétitive Vm Km . [I0]
-----------
Kmapp - Km
Non compétitive Km Vmapp . [I0]
------------
Vm - Vmapp
Inhibition par excès de substrat : A très forte [S]: La loi Michaelienne n’est plus valable: Inactivation partielle et réversible du système.
E fixe une 2ème molécule de S dans un autres cite La mauvaise position de S en position inverse empêche la fixation de
actif = une déformation inactivante de l’E. d'autres molécules de S.
v = Vm.[S]/ (Km +[S].+ ([S]2/Ki))
ET= E +ES+ ESS Ki= (ES)(S)/ (ESS)
Régulation de l’activité enzymatique : action sur : la quantité E(contrôle génétique) / l’activité enzymatique :
L’activité enzymatique
ENZYMES
L’état stationnaire
L’état pré stationnaire
b- Flux d’interface « J » : la quantité de matière transportée par unité de temps et pour une certaine surface.
J = h.(Cm-Ci)
Cm : concentration dans le macroenvironnement.
Ci : concentration à l’interface (concentration dans le microenvironnement).
δ : varie suivant la nature de
soluté considérée (diffusivité
h : coefficient de transfert. h=1/R h=δ/ d
R : la résistance diffusionnelle.
moléculaire plus ou moins
δ : épaisseur de la couche diffusionnelle (10 à 500 μm) grande) et la nature de solvant
(viscosité plus ou moins grande
Si<<Km Si>>Km
𝐕𝐦 𝐕𝐦
𝐃𝐚 = 𝐃𝐚 =
𝐡 𝐊𝐦 𝐡 𝐒𝐢
Donc : S0,5 = Km ( 1+ Da/2 )
Électrochimique
électrochimique à un
sont amplifiés et 3éme G :E+ médiateur : co- Mesures -taire
potentiel imposé.
traités par des immobilisés répétées
circuits Impédimétrique - - -
électroniques. Mesure : conductivité G=δS
Conductimétrique
/résistivité électrique S : surface / δ :cte de C
Mesure de la différence de E = E0 + RT/ZF Ln A -
Potentiométrique potentiel entre une L’électrode de verre : cations
/verre + mb perméable gaz/
:ions électrode de mesure et l'électrode solide spécifique.
autre de réf = activité. Capteur ISFE : sensibles au pH
Réversibilité
Immunorécepteur Ac - Ag ELISA/ RIA
↘Reproductible ↗sélectivité,
Affinité Stimule : canaux ↗ affinité,
Biorécepteur