12/11/2021

Influence des
Cinétique facteurs
Introduction Spécificité Inhibition Allostérie
michaélienne physico-
chimiques

Rappel et notion de base en

enzymologie

Influence des
Cinétique facteurs
Introduction Spécificité Inhibition Allostérie
michaélienne physico-
chimiques

? Enzyme ?
? Substrat ? ? Produit ?

Cette partie comporte les différentes définitions du cours

d’Enzymologie

? Coenzyme ? ? Ligand ?
? Cofacteur ?

1
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Influence des
Cinétique facteurs
Introduction Spécificité Inhibition Allostérie
michaélienne physico-
chimiques

?
Spécificité
étroite ?
? Stéréospécificité
? ?
Spécificité
large ?
Cette partie est consacrée à la définition de la notion de spécificité
enzymatique, et à la classification des enzymes

? ?
EC 1.1.1.67 Transférases
? ?

Influence des
Cinétique facteurs
Introduction Spécificité Inhibition Allostérie
michaélienne physico-
chimiques

L'équation de Michaelis-Menten est l'équation de

base de la cinétique enzymatique

2
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Influence des
Cinétique facteurs
Introduction Spécificité Inhibition Allostérie
michaélienne physico-
chimiques

?
?
Effet du pH
Effet de la
?
température
?

L’activité catalytique des enzymes est très sensible

aux variations de température et du pH
?
Conditions optimum
optimales
?

Influence des
Cinétique facteurs
Introduction Spécificité Inhibition Allostérie
michaélienne physico-
chimiques

?
?
Inhibition
Inhibition
incompétitive
compétitive
?
?

L’inhibition est la modification de l’activité d’une

enzyme par un ligand non transformé par cette
enzyme

?
Inhibition
non compétitive
?

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Influence des
Cinétique facteurs
Introduction Spécificité Inhibition Allostérie
michaélienne physico-
chimiques

?
? Monomères ? variation de
conformation
?

Les enzymes allostériques jouent des rôles clef

dans la régulation du métabolisme. Pour ces
molécules la cinétique n’est pas michaélienne.

? ?
Forme Forme
« compacte » « Relâchée »
? ?

Introduction
À l’exception des ribozymes (ARN), les enzymes sont des protéines
Enzyme présentant des propriétés de catalyse spécifiques d’une réaction
chimique du métabolisme de l’être vivant qui la produit.

Catalyseurs: Agissant à des concentrations très petites, elles

Substrat augmentent la vitesse des réactions chimiques, sans en modifier le
résultat

Produit A la fin de la réaction la structure de l’enzyme se retrouve inchangée

Ligand Site actif

Cofacteur Schéma en 3D d’une Schéma simplifié de

protéine enzymatique l’enzyme
www.rwynn.com/bio20ap/
Retour au images/enzyme.jpg
sommaire

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Introduction
Enzyme Le substrat est toute molécule qui entre dans la réaction pour y
être transformée par l’enzyme

Substrat
Schéma simplifié du substrat

Produit Exemples:

Le glucose est le substrat de l’Hexokinase

Ligand

Cofacteur Les triglycérides sont des substrats pour la

lipase

Retour au
sommaire

Introduction
Enzyme La molécule qui apparaît au cours d’une réaction catalysée par
une enzyme est appelée produit.

Substrat

Schéma simplifié du produit

Produit

Ligand
Schéma simplifié de la Réaction enzymatique

Cofacteur

Retour au Enzyme Substrat Complexe Enzyme Produit

sommaire Enzyme-Substrat

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Introduction
Enzyme Corps chimique ayant une liaison spécifique avec une enzyme
Pour chaque ligand, il existe au moins un site de fixation
sur la protéine qui le reçoit.
Le ligand peut ne pas être transformé par l’enzyme
Substrat

Produit Exemples:
La transpeptidase :
Chaines peptidoglycanes = Substrat Deux ligands
Ligand La pénicilline = Inhibiteur

La protéase:
Cofacteur Les chaines polypeptidique = Substrat Deux ligands
L’EDTA = Inhibiteur
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sommaire

Introduction
Corps chimique intervenant obligatoirement dans une réaction
Enzyme
enzymatique :
pour transporter ou compléter un substrat ;
pour accepter un produit ;
Substrat Comme participant à la structure de l’enzyme.

Les ions métalliques :

Ion + partie protéique de l’enzyme = métallo enzyme
Produit
Exemple : Zn2+, Mg2+, Ca2+, Na+, K+, Fe2+
Les groupements prosthétiques
Ligand Molécule organique non protéique
Groupement prosthétique + apoenzyme (protéine) → holoenzyme

Lorsque le cofacteur est une molécule biologique intervenant

Cofacteur
comme indispensable dans la catalyse enzymatique d’une
réaction on parle de Coenzyme
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sommaire

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Spécificité

E S

Y aura-t-il une catalyse enzymatique

dans cet ordre?

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sommaire

Spécificité

Pas de formation du
complexe
Enzyme-Substrat

La catalyse n’aura pas lieu. Car la complémentarité,

entre les sites actifs des enzymes et les substrats, est
imparfaite

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Spécificité

E-S
Formation du complexe
Enzyme-Substrat

Dans cet ordre, la complémentarité est parfaite, et la

catalyse peut avoir lieu

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sommaire

Spécificité

E-S

E P

Donc les enzymes sont très spécifiques envers les substrats.

Cette spécificité est due à une adéquation plus ou moins
complète entre la configuration spatiale du substrat et
celle de la partie fonctionnelle de l'enzyme.
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Spécificité
Une enzyme n'agit que sur un substrat ou une classe de substrat
ainsi on distingue:
Spécificité étroite : l'enzyme ne transforme qu'un seul substrat.
L’uréase n’agit que sur un seul substrat, l’urée (spécificité
absolue).

Spécificité large : l'enzyme agit sur une plus ou moins grande

variété de substrats
la β-D-galactosidase hydrolyse tous les β-D-galactosides

Stéréospécificité : l'enzyme distingue des isomères optiques ou

des isomères Z et E (cis - trans).
La réduction du pyruvate par la LDH dans le muscle ne conduit
qu’au L-lactate.
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Cinétique michaelienne
Courbe de Représentation en Activité enzymatique
Michaelis coordonnée inverse Vi = F(E)

On considère pour cette partie le schéma général de la réaction enzymatique

: k1 k2
S+E [ES] P+E
k-1

On considère aussi que:

L'enzyme et le substrat réagissent rapidement pour former un complexe E-S
L'enzyme, le substrat et le complexe E-S sont en équilibre. De plus la vitesse de
dissociation de E-S en E + S est beaucoup plus rapide que la vitesse de coupure de
:
ES pour former E+P
La concentration du substrat est beaucoup plus élevée que celle de l'enzyme
La vitesse globale de la réaction est limitée par la coupure du complexe ES pour
former l'enzyme libre et le produit
La vitesse est mesurée dans les premiers instants de la réaction

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Cinétique michaelienne
Courbe de Représentation en Activité enzymatique
Michaelis coordonnée inverse Vi = F(E)
[Produit]
La détermination de la vitesse
initiale se fait en mesurant l 'apparition du
produit en fonction du temps. Cela dans
des conditions expérimentales optimales de
T°, pH, salinité, etc.

La vitesse initiale correspond à la

Vi1 Temps
vitesse instantanée mesurée au temps t=0,
[S]>>[E] => [ES] constant
soit la pente de la tangente à l'origine.
Cliquez sur le bouton pour
construire la courbe
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Cinétique michaelienne
Courbe de Représentation en Activité enzymatique
Michaelis coordonnée inverse Vi = F(E)
Détermination de la vitesse initiale pour
différentes concentrations en substrat
S5
Pour chaque [S] Vitesse
[Produit] S4 on représente la Vi initiale
correspondante
sur la courbe
S3 Vi = f(S) Vi4= Vi5
Vi3
La courbe obtenue Vi2
S2
nous permet de
déterminer les Vi1
S1
constantes de
Vi2 Vi3 Vi4= Vi5 Michaelis : Vm et
Vi1 Temps [Substrat]
Km
S1 S2 S3 S4 S5
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Cinétique michaelienne
Courbe de Représentation en Activité enzymatique
Michaelis coordonnée inverse Vi = F(E)

Vitesse
initiale
Asymptote à la courbe permettant de
déterminer la vitesse maximale (Vmax)
Vm
S
Vi =Vm
Vm/2 Km est la concentration Km + S
du substrat pour Vm/2

Equation de Michaelis
[Substrat]
Km

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Cinétique michaelienne
Courbe de Représentation en Activité enzymatique
Michaelis coordonnée inverse Vi = F(E)

Expérimentalement, il n’est pas possible de

déterminer Vm, on ne connaît qu’une valeur
approchée. On peut retrouver les deux valeurs
importantes Vm et Km grâce à différents
traitements mathématiques parmi lesquels la
représentation en coordonnée inverse.

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Cinétique michaelienne
Courbe de Représentation en Activité enzymatique
Michaelis coordonnée inverse Vi = F(E)

Vitesse
initiale
Asymptote à la courbe permettant de 1/Vi
déterminer la vitesse maximale (Vmax)

Km est la concentration 1/[Vm]

du substrat pour Vm/2

[Substrat] 1/[S]
Km
-1/[Km]
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sommaire

Cinétique michaelienne
Courbe de Représentation en Activité enzymatique
Michaelis coordonnée inverse Vi = F(E)
la vitesse de la
réaction est
E4
proportionnelle à
[Produit] la concentration Vi
E3 totale d'enzyme.
On peut doser la
E2
concentration et
E1 par la suite la
Vi4
quantité
Vi3 d'enzyme
Vi1
Vi2 présente dans la
Temps E
solution
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Influence des facteurs

physico-chimiques
Influence de la température Influence du pH
Activité
enzymatique
Augmentation de la température :
on fournit de l’énergie au système.
Q10 = facteur d’augmentation de
l’activité quand on augmente de
10°C
 Dénaturation : la chaleur
dénature les structures secondaires
et tertiaires de l’enzyme. Seules
quelques exceptions s’éloignent
Optimum Temperature vraiment de la gamme 40 - 60 °C
(protéines thermostables).
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Influence des facteurs

physico-chimiques
Influence de la température Influence du pH

Activité
enzymatique Le pH joue sur l’ionisation des
molécules :
 Conformation de la protéine
enzymatique.
 Disponibilité des fonctions
chimiques de l’enzyme et / ou du
substrat (i.e. le substrat réel doit être
sous une certaine forme, qui n’est pas
nécessairement la forme de la
neutralité).
Optimum pH
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Inhibition
Inhibition Inhibition Inhibition
compétitive non compétitive incompétitive

Un inhibiteur d’une enzyme est un ligand, non transformé

par l’enzyme, qui modifie le comportement de cette enzyme.
De nombreux types d’inhibitions ont été décrits. Nous
prendrons trois exemples : l’inhibition compétitive, l’inhibition
non compétitive et l’inhibition incompétitive.

Si on prend « I » comme inhibiteur alors on a :

E+I E I « complexe enzyme inhibiteur »

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Inhibition
Inhibition Inhibition Inhibition
compétitive non compétitive incompétitive
Pour ce type d’inhibition nous considérerons que l’inhibiteur et le
substrat s’excluent mutuellement au niveau du site catalytique de l’enzyme. Ils
ont souvent des structures analogues.
Les équations
Alors que les équations
de la vitesse
de la
vitesse
sans inhibition
avec inhibition
sont: sont: 1/Vi
-I

1/[Vm]

-1/[Km]
1/[S]

-
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sommaire

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Inhibition
Inhibition Inhibition Inhibition
compétitive non compétitive incompétitive
Pour ce type d’inhibition nous considérerons que l’inhibiteur et le
substrat s’excluent mutuellement au niveau du site catalytique de l’enzyme. Ils
ont souvent des structures analogues.
Les équations
Alors que les équations
de la vitesse
de la +I
vitesse
sans inhibition
avec inhibition
sont: sont: 1/Vi
-I
Vm ne change pas
1/[Vm]

-1/[Km]
1/[S]
Avec: (K’m>Km)
- 1/[K’m]
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sommaire

Substrat
S

I Inhibiteur compétitif qui a

une structure semblable à
Enzyme celle du substrat

k1 kcat
E + S+ I ES E +P
k2

ki2 ki1

EI

Pas de produits

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On note que plus la concentration en

Vi inhibiteur [I] augmente plus K m
augmente donc l’affinité E-S diminue,
mais Vm reste inchangée. Cela se voit
clairement dans la représentation de
Vmax
Linweaver-Burk (voir figure en
dessous).

[I]1
[I]2

Vmax
2 [I]2 > [I]1

Km K’m1 K’m2 [S]

1 K’m . 1 1
= +
1 V Vm [S] Vm
[I]2
V

[I]1

Sans inhibiteur
1 Km . 1 + 1
=
V Vm [S] Vm
Km
Pente =
Vm
1
Vm

- 1 - 1 1
- 1
Km K’m1 K’m2 [S]

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Inhibition
Inhibition Inhibition Inhibition
compétitive non compétitive incompétitive
L’inhibiteur se combine avec l’enzyme indépendamment du substrat :
les deux peuvent donc se fixer simultanément. La fixation de I sur l’enzyme ne
modifie pas Km.
Les équations
Alors que les équations
de la vitesse
de la
vitesse
sans inhibition
avec inhibition
sont: sont: 1/Vi
-I

1/[Vm]
1/[S]

- 1/[Km]
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sommaire

Inhibition
Inhibition Inhibition Inhibition
compétitive non compétitive incompétitive
L’inhibiteur se combine avec l’enzyme indépendamment du substrat :
les deux peuvent donc se fixer simultanément. La fixation de I sur l’enzyme ne
modifie pas Km.
Les équations
Alors que les équations
de la vitesse
de la +I
vitesse
sans inhibition
avec inhibition
sont: sont: 1/Vi
-I

(V’m<Vm)
1/[V’m]

1/[Vm]
1/[S]
Avec: Km ne change pas
- 1/[Km]
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sommaire

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C) Inhibiteurs non compétitifs

Un inhibiteur non compétitif présente une structure totalement

différente de celle du substrat, il se fixe sur l’enzyme à un site

différent du site catalytique. Il peut se fixer sur l’enzyme libre et aussi

sur le complexe enzyme-substrat. Ainsi un inhibiteur non compétitif

ne gêne pas la fixation du substrat mais empêche la

formation des produits. Il ne modifie donc pas Km mais diminue Vm

(voir figure page suivante).

Substrat

Enzyme

Inhibiteur non compétitif I

qui se fixe sur l’enzyme
à un site différent du site
actif

P +E

ES

E + S+ I E SI Pas de produits

EI

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On note que plus la concentration en

Vi inhibiteur [I] augmente plus V m
diminue, mais Km reste inchangée.
Vmax Cela se voit clairement dans la
[I]1 représentation de Linweaver-Burk
(voir figure en dessous).

[I]2
Vmax
2
[I]2 > [I]1

Km [S]

1 Km . 1 + 1
1
=
[I]2 V V’m [S] V’m
V

[I]1

Sans inhibiteur

1 1 Km . 1 + 1
=
V’m V Vm [S] Vm

1
Vm

1
- 1
Km [S]

V’m appelée aussi Vm apparente est la vitesse maximale en présence d’inhibiteur:

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Inhibition
Inhibition Inhibition Inhibition
compétitive non compétitive incompétitive
Si l’inhibiteur se lie au complexe enzyme substrat, mais pas à
l’enzyme libre, on a un cas contraire à l’inhibition compétitive qui s’appelle
l’inhibition incompétitive.
L’équation
Alors que de
l’équation
la vitessedesans
la
vitesse avec
inhibition sont:
inhibition sont: 1/Vi
-I

1/[Vm]
1/[S]

- 1/[Km]
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sommaire

Inhibition
Inhibition Inhibition Inhibition
compétitive non compétitive incompétitive
Si l’inhibiteur se lie au complexe enzyme substrat, mais pas à
l’enzyme libre, on a un cas contraire à l’inhibition compétitive qui s’appelle
l’inhibition incompétitive.
L’équation
Alors que de
l’équation
la vitessedesans
la
1/Vi +I
vitesse avec
inhibition sont:
inhibition sont:
-I

(V’m<Vm)
1/[V’m]

-1/[K’m] 1/[Vm]
Avec: 1/[S]
K’m < Km
- 1/[Km]
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sommaire

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 12/11/2021

d) Inhibiteurs incompétitifs

Ce sont des inhibiteurs qui ne se lient que sur le complexe ES.

Ainsi, une partie de ES reste bloquée sous forme de ESI inactif

qui ne donne pas de produits. Ce type d’inhibiteurs diminue

Km et Vm (voir figure page suivante).

Substrat
Enzyme

Inhibiteur incompétitif qui

se fixe sur l’enzyme
déjà liée à son substrat

k1 kcat
E + S+ I k2
ES E +P

ESI

Pas de produits

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[I] augmente : K m diminue et V m diminue

Vi
[I]2 > [I]1

Vmax
Sans inhibiteur

[I]1
[I]2

[S]

1
V 1 Km . 1 1
= +
V Vm [S] V’m
[I]2
[I]1
Sans inhibiteur
1
V’m2 1 Km . 1 1
= +
V Vm [S] Vm

1
Vm

1
- 1 - 1 -1
K’m2 K’m1 Km [S]

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En résumé :

Un inhibiteur compétitif augmente Km;

Un inhibiteur non compétitif diminue Vm;
Un inhibiteur incompétitif diminue Km et Vm.

Le facteur d’augmentation ou de diminution de ces deux paramètres est de :

[I]
: (1+ ).
[KI]

Km Vm pente
---
Inhibiteur compétitif
---
Inhibiteur non compétitif

---
Inhibiteur incompétitif

K’m V’m Pente

Inhibiteur compétitif Vm (Km/Vm).(1+[I]/KI)

Km(1+[I]/KI)

Inhibiteur non compétitif Vm/(1+[I]/KI) (Km/Vm).(1+[I]/KI)

Km

Inhibiteur incompétitif Vm/ (1+[I]/KI) ---

Km/(1+[I]/KI)

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