ECOLE DE BIOLOGIE INDUSTRIELLE

Enzymologie & cinétique chimique

Nom: Enzymologie Fondamentale

Domaine Discipline Niveau d'approfondissement N° d'ordre Ecole Maître

d'Oeuvre
Biologie Biochimie 3 1 EBI

Identifiant: BIO322B

Année obligatoire: 2

Crédits EC TS : 4

Statut: Obligatoire

Objectifs: L’étude des mécanismes de la cinétique chimique et de la catalyse seront abordés dans
la première partie de ce module en préalable à l’étude de la catalyse enzymatique. L’étude de la catalyse
enzymatique est abordée à partir d’une approche thermochimique et cinétique. Le modèle classique de Michaelis
Mentel est démontré à partir de la notion de fonction de saturation. Ensuite sont présentées les grandeurs
cinétiques caractéristiques du catalyseur biologique : KM, VM, kcat, KI. Ce cours axé sur l’approche cinétique,
doit donner à l’étudiant les outils nécessaires à l’étude du génie enzymatique (Génie de la réaction biochimique
– PRO401B).
La troisième partie du cours est consacrée à l’étude des mécanismes réactionnels de la catalyse enzymatique.
L’approche mécanistique permet de démontrer la très grande spécificité du catalyseur biologique par rapport au
catalyseur chimique. Cette étude passe par une étape de définition de la notion de site actif (théorique et
pratique), ensuite sont présentés quelques mécanismes classiques en enzymologie.
Au terme de cette étude, l’étudiant doit être capable de pouvoir établir la relation entre l’aspect cinétique et
mécanistique de la catalyse enzymatique.
Enfin en dernière partie de ce cours quelques aspects de l’enzymologie appliquée seront abordés notamment
l’analyse enzymatique et ses développements.

Prérequis: connaissances de base en biochimie et chimie générale

Domaines connexes: Biochimie métabolique (BIO322B), Chimie Organique (CHM223B), Biologie

Moléculaire (BIO261B et BIO361B), Génie de la réaction biochimique (PRO401B)

Préalables à: Immunologie (BIO372B), Toxicologie générale (BIO381B), Génie de la Réaction Biochimique

(PRO401B).

Télécharger l'organisation du cours

Homepage du cours d’enzymologie : http://bioinfo.ebi-edu.com/cours

PLAN DU COURS

Séance 1 : Cinétique chimique

Séance 2 : Cinétique chimique

Séance 3 : Cinétique chimique

Séance 4 et 5: I. Introduction à l'étude de l'enzymologie

I.1. Vocabulaire
I.2. Visualisation tridimensionnelle
I.3. Propriétés générales des enzymes

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 I.4.L'activité de certaines enzymes est régulée
I.5.Les enzymes transforment les différentes formes d'énergies
I.6.Les enzymes n'altèrent pas l'équilibre de la réaction chimique catalysée
I.7.Les enzymes abaissent les énergies d'activation des réactions qu'elles catalysent
I.8 La formation d'au moins un complexe enzyme-substrat est l'étape caractéristique
de la catalyse enzymatique
I.9.Classification systèmatique et nomenclature

Liens internet liés à la séance :

Home Page RASMOL

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index.html

Protein data bank

http://www.rcsb.org/pdb/

Structure des protéines enzymatiques :

http://www.clunet.edu/BioDev/omm/aa/aa.html
http://webhost.bridgew.edu/fgorga/proteins/default.html

Séance 6: II. Approche thermodynamique

II.1. L’énergie libre
II.2. La théorie de l’état de transition
II.3 L’efficacité catalytique des enzymes
II.4. Mise en évidence du complexe ES, équation de Scatchard
II.5. La fonction de saturation
Liens liés à la séance 6,
http://users.swing.be/chimiecinetique/index1.html
http://www.biochimie.univ-montp2.fr/licence/enzymo/citfor.htm

Séance 7 et 8 : III. Spécificité et efficacité de la catalyse enzymatique

III.1. Les enzymes sont hautement spécifiques

III.2. Le point de vue cinétique
III.3. Mise en équation
III.4. Signification physique des paramètres d'état stationnaire
III.5. Equation générale
III.6. Unités et linéarisations
III.7. Cinétiques à deux substrats

Liens liés à la séance 7

Tutorial pour le tracé des données d'analyse cinétique de la réaction catalysée par une
enzyme
http://cti.itc.virginia.edu/%7Ecmg/Demo/contents.html

Animation illustrant l'activité enzymatique

http://bcs.whfreeman.com/thelifewire/content/chp06/0602001.html

Séance 9 : Action des inhibiteurs sur l'activité enzymatIque

Introduction
Mode d'action des inhibiteurs
Analyse cinétique des effets d'inhibition
Considération sur les paramètres Kcat et Km
Quelques exemples d'inhibiteurs

Séance 10 : Quizz (cours et TD)

Séance 11: Influence du pH sur l'activité enzymatique

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 Introduction, équation générale de la vitesse
Analyse des résultats expérimentaux
Influence de la température sur la vitesse des réactions enzymatiques
Séance 12 et 13: Introduction à l'étude des mécanismes de la catalyse enzymatique
Introduction
Les voies réactionnelles de catalyse en milieux acqueux
Catalyse générale acide-base
Catalyse covalente
Les enzymes et les différents mécanismes de catalyse
Les facteurs de l'efficacité et de la spécificité enzymatique

Tutoriel de différents mécanismes enzymatiques

http://cti.itc.virginia.edu/%7Ecmg/Demo/mechanism/mech.html

Séance 14 : Introduction au génie enzymatique

Obtention des enzymes
Analyse enzymatique
Electrodes à enzymes, Biocapteurs,
Réacteurs enzymatiques
Séance 15: Devoir de synthèse

TRAVAUX DIRIGES

TD n° 1 : Cinétiques chimiques
http://www.biochimie.univ-montp2.fr/licence/enzymo/citfor.htm
http://users.swing.be/chimiecinetique/index1.html

TD n° 2 : Cinétiques chimiques

TD n° 3 : Cinétiques chimiques

TD n°4 : Structure des protéines

http://www.biochimie.univ-montp2.fr/prot_prot/interacag/html/index.htm

TD n° 5, 6 : Cinétiques enzymatiques

TD n° 7, 8 : Cinétiques à deux substrats, inhibitions

TD n° 9 : Etude des sites actifs

TD n° 10 : Effet du pH et de la température

TD n° 11 : Etude de la chymotrypsine

TD n° 12 : Analyse enzymatique
http://www.novozymes.com/cgi-bin/bvisapi.dll/discover/discover.jsp?lang=fr
http://www.activescience-gsk.com/miniweb/content/enzymes/whyare.cfm

TRAVAUX PRATIQUES

Quatre séances de 3 h consacrées à la détermination des grandeurs cinétiques et une séance de 3 h sur
l’approche de l’étude d’un mécanisme réactionnel.
On utilise pour cela des enzymes parfaitement caractérisées telles que la b galactosidase, phosphatase

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 alcaline ou alcool déhydrogénase. L’activité enzymatique est suivie soit par une méthode
colorimétrique ou électrochimique.

TP I : Détermination des paramètres cinétiques d’une enzyme (b galactosidase ou alcool

déhydrogénase) par une méthode colorimétrique. Mise en évidence de la VM détermination du KM
influence de la concentration en enzyme sur la VM.

TP II : Etude de l’influence d’inhibiteurs compétitifs et non compétitifs sur l’activité enzymatique.

Détermination graphique des constantes cinétiques caractéristiques des phénomènes observés.

TP III : Etude de l’influence du pH et de la température sur l’activité enzymatique. Détermination

expérimentale des groupements impliqués dans la catalyse enzymatique.

BIBLIOGRAPHIE

• La Biochimie de Lubert STRYER, L. STRYER Médecine-Sciences, Flammarion. Partie II chapitre

7, 8, 9, 10. 1992.

• Enzyme structure and mechanism second edition, A. FERSHT W. H. Freeman and Co 1985.

• Enzyme assays, a pratical approach. R. EISENTHAL and J. DANSON IRL PRESS at Oxford
University Press 1993.

• Enzymes, J. PELMONT. Maloine. 1989.

• Principes de l’analyse enzymatique. H. BERGMEYER

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