Chimie des processus biologiques

M.Marc Fontecave, membre de lInstitut

(Acadmie des sciences), professeur

Enseignementa

Cours: De la chimie biologique aux biotechnologies:

recherche et applications

Pour reprendre une vision trs originale dveloppe par J.-M.Lehn, la chimie est
marque la fois par une grande diversit mais galement une faible complexit
molculaire tandis qu linverse la biologie met en uvre une grande complexit
molculaire base sur une diversit limite (20acides amins, 4bases nucliques,
etc.). Si lon veut exploiter la puissance grandissante des concepts et des outils de
ces disciplines, qui continuent stendre aprs la grande rvolution scientifique du
xxe sicle, pour inventer de nouveaux procds de synthse, quon appellera
biotechnologiques (plus efficaces, plus respectueux de lenvironnement, plus
conomes en nergie et moins coteux), il convient de renforcer la recherche
linterface de la chimie et de la biologie. Le cours tente de montrer quelques
directions de cette recherche qui consistent utiliser la chimie pour tudier des
systmes molculaires de plus en plus complexes, pour modifier les organismes
vivants et la biologie pour transformer les cellules en usines cellulaires pour la
production de molcules non naturelles. Cette science nouvelle, qui combine chimie
bioinspire et biologie de synthse, est amene dvelopper des organismes
synthtiques, des biocatalyseurs et des enzymes artificielles travers le
dveloppement de mthodologies nouvelles: ingnierie mtabolique, mutagnse et
volution dirige pour des applications biotechnologiques originales.

Cours1.Chimie et biotechnologies: vers des organismes synthtiques

Dans ce premier cours est prsente une courte histoire des biotechnologies, en
partant de lAntiquit, priode lors de laquelle les levures taient dj utilises pour

a.Les cours et les sminaires sont disponibles en audio et vido sur le site internet du
Collge de France: http://www.college-de-france.fr/site/marc-fontecave/course-2014-2015.
htm [Nd].
250 Marc fontecave

faire le pain, les fromages et les alcools, et en passant par toute une srie dtapes
cls comme les travaux de Louis Pasteur au milieu du xixesicle, la dcouverte des
enzymes par Bchner (1897), les premires productions industrielles
biotechnologiques (1915-1930), la rvolution des antibiotiques (1940), qui ouvrent
lre de la microbiologie industrielle, la rvolution gntique avec la dcouverte de
la double hlice de lADN par Watson et Crick (1953) et la mise au point des
techniques de squenage et de production de protines recombinantes (1970-1980),
pour finir avec le squenage de gnomes entiers (1995-), y compris celui de
lhomme (2001), leur synthse chimique (2003-2008) et enfin lavnement des
cellules synthtiques (2010).
Tous ces outils permettent denvisager une nouvelle biologie, dite synthtique,
sappuyant sur des organismes gntiquement et chimiquement modifis un degr
ingal (introduction de voies mtaboliques non naturelles) pour produire des
mdicaments, des carburants, etc. Ce concept est illustr avec la prsentation des
travaux de F. Romesberg au Scripps Institute, qui vient de russir ce formidable
exploit de construire un gnome avec 6 et non 4bases nucliques, et de mettre au
point un organisme vivant capable de rpliquer cet ADN.

Cours2. Biocatalyseurs: usines cellulaires et enzymes

Les procds biotechnologiques utilisent aussi bien des microorganismes, comme

la levure ou Escherichia coli, que des systmes enzymatiques. Dans ce cours sont
prsentes les diffrentes familles denzymes les plus utilises, lhistoire de
lingnierie enzymatique ainsi que les mthodes haut dbit pour les modifier, dans
le but damliorer leur activit, dlargir leur spcificit de substrat, accrotre leur
rsistance, etc. Ces mthodes modernes sont en gnral classes sous le terme de
mthodes dvolution dirige: mutagnse alatoire (PCR pro-erreurs),
mutagnse saturation de site, brassage gntique. Plusieurs exemples concrets de
travaux rcents dvolution dirige illustrent la puissance de ces mthodes. Enfin,
plusieurs exemples de ralisations industrielles (production de mdicaments, de
sirop de fructose, dacrylamide, de vitamines, dantibiotiques, etc.) sont prsents.

Cours3. De lingnierie mtabolique la biologie de synthse

Pour la production de molcules dintrt, les laboratoires disposent aujourdhui, et

depuis longtemps, de la synthse chimique ainsi que beaucoup plus rcemment
des outils de lingnierie mtabolique et de la biologie de synthse. Une dfinition
prcise de ces diffrents domaines est donne afin de faire apparatre leurs
spcificits, leurs diffrences, leurs avantages respectifs et leurs inconvnients. Il
semble qu lavenir lindustrie utilisera ces diffrents outils, choisis en fonction de
la cible vise. Par exemple dans le domaine pharmaceutique on observe que, malgr
le dveloppement de la biologie et les perspectives relles des biomdicaments
(anticorps, vaccins, hormones, etc.), de la thrapie gnique et de la thrapie
cellulaire, les mdicaments mis sur le march sont encore en grande partie de
petites molcules de synthse. Nanmoins, de grands succs ont t obtenus avec
le dveloppement de lingnierie mtabolique qui utilise des organismes modifis
pour la production biotechnologique de molcules dintrt. Plusieurs exemples
intressants sont montrs en dtail: synthse dune vitamine par un champignon,
 Chimie des processus biologiques 251

synthse dalcools par des levures ou des bactries modifies, synthse de

lartmisinine, un antipaludique en plein dveloppement.

Cours4. Oxydations enzymatiques slectives: monooxygnases

Les ractions doxydation sont sans doute les plus difficiles raliser en chimie
industrielle. Les organismes fournissent cependant des systmes enzymatiques
fascinants qui utilisent loxygne de lair comme oxydant pour des insertions
datomes doxygne dans divers substrats y compris trs inertes chimiquement
comme les alcanes avec dtonnantes slectivits (rgio-, chimio-, stro-
slectivit). Dans ce cours sont prsents les structures et les mcanismes daction
des monooxygnases cytochromeP450, des hydroxylases flavines ( un ou deux
composants) ainsi que quelques applications biotechnologiques qui mettent en
uvre ces enzymes: synthse de lhydrocortisone, de la pravastine, dantibiotiques,
de composs halogns ainsi que biodgradation de composs toxiques.

Cours5. Oxydations enzymatiques slectives:

dveloppements biotechnologiques

Un intrt particulier est port sur les monooxygnases flavine deux

composants, la fois parce quil sagit de systmes possdant de fortes potentialits
de dveloppement biotechnologique et parce quils sont tudis au laboratoire. Elles
sont composes dune flavine rductase qui produit des flavines rduites libres. Ces
dernires sont captes par le partenaire monooxygnase o elles ragissent avec
loxygne de lair pour donner un hydroperoxyde de flavine intermdiaire qui est
responsable de loxydation du substrat. Ces enzymes sont ubiquitaires et sont
impliques dans les cellules (bactriennes en particulier) pour une large gamme de
ractions doxydation. On montre deux ractions catalyses par ces monooxygnases,
qui ont fait lobjet de recherches pousses y compris au niveau industriel:
loxydation de composs soufrs dans le contexte de la mise au point de procds
de dsulfurisation des ptroles; lpoxydation de styrnes pour obtenir des poxydes
nantiomriquement purs.
Dans ce cours est discut galement le cas des Baeyer-Villigrases, des
monooxygnases flavine un composant, qui catalysent des ractions de conversion
stroslective de ctones cycliques en lactones, ractions trs utiles pour lindustrie
chimique. Aprs une prsentation des structures et des mcanismes daction de cette
classe denzymes, on montre quels dveloppements biotechnologiques sont attendus
(systmes doxydation de terpnodes, de strodes et transformations asymtriques).

Cours6. volution et adaptation des protines:

vers des activits non naturelles

Le cyrochrome P450 BM3 est un cytochrome bactrien qui a fait lobjet de ltude
la plus pousse ce jour du point de vue de lapplication des techniques dvolution
dirige. Ces tudes, essentiellement menes par F. Arnold (Caltech, tats-Unis) et
exposes dans ce cours, illustrent la possibilit qui nous est offerte de transformer
par mutagnse haut dbit une enzyme doue pour loxydation dun substrat
naturel (acide gras longue chane dans ce cas prcis) en une enzyme doue pour
loxydation dun substrat trs diffrent et non naturel (propane, alcane chane
252 Marc fontecave

courte). Ce travail permet de nous clairer la fois sur les chemins que les processus
dvolution et dadaptation des protines doivent prendre, et, peut-tre, sur les
chemins pris par lvolution naturelle des organismes vivants. On observe que plus
une protine est mute et instable, moins elle est capable dvoluer. Ce sont donc les
variants les plus stables, cest--dire possdant les mutations les moins dstabilisantes,
qui auront les plus grandes chances dvoluer pour amliorer une activit. Les autres
disparatront. Un des mcanismes par lesquels la slection naturelle favorise la
capacit voluer est la stabilisation des protines qui font lobjet dune volution
adaptative, ou les compensations qui sont trouves aux effets des mutations
dstabilisantes. Par ailleurs la capacit qua une protine dvoluer est lie sa
capacit avoir des activits accessoires et une grande libert de substrats.

Sminaires

Thorie et pratique de la xnobiologie

Sminaire du 11 mars 2015: Philippe Marlire, directeur scientifique, Institute of

Systems and Synthetic Biology
Le principal apport de la biologie molculaire au xxe sicle fut de dmontrer
lunit de constitution des organismes vivants ainsi que la conservation des procds
informationnels (rplication, transcription, traduction) qui rgissent la condensation
covalente des composants canoniques (4 dsoxynuclotides, 4 ribonuclotides,
20 acides amins et 3 surnumraires, une dizaine de coenzymes) par lcheveau
intra- et intermolculaire de liaisons non-covalentes.
Une telle unit organisationnelle du vivant suscite linterrogation quant ses
fondements thoriques au regard des principes de la physique et quant sa
mallabilit au cours de lvolution. Cest la discipline de la xnobiologie, au sein
de la biologie synthtique, quchoit au xxie sicle la tche pratique dengendrer
des formes de vie dviant, par leurs constituants chimiques et leurs procds
informationnels, de lensemble des espces qui vivent sur terre.
Le sminaire met laccent sur laccs exprimental aux organismes chimiquement
modifis par volution automatise de populations bactriennes en forant
lutilisation nutritionnelle dersatz chimiques en remplacement de composants
canoniques.
Lapplication au long cours de cette approche la substitution systmatique de
nuclotides et dacides amins permet de suivre en temps rel la radiation volutive
vers des gnomes, des ribosomes et des protomes chimiquement indits et
nutritionnellement captifs.
Les tapes exprimentales ncessaires la polymrisation in vivo de nuclotides
supplmentaires dviant de lADN et de lARN par les nuclobases, le squelette
phospho-furannosique ou le groupe partant pyrophosphate sont exposes, en posant
comme objectif la propagation dacides xno-nucliques (AXN) et lextension du
dogme central (ADN ARN protine) des catgories supplmentaires de
polymres informationnels.
Enfin, llaboration de coenzymes indits et des biocatalyseurs informationnels
qui exploiteront in vivo les capacits catalytiques de tels coenzymes est aborde, en
mettant laccent sur lavnement de la mtathse dans le mtabolisme.
 Chimie des processus biologiques 253

Quelques faits marquants de la brve histoire de la biologie synthtique

Sminaire du 18 mars 2015: Jean Weissenbach, membre de lAcadmie des
sciences, CEA/Institut de Gnomique/ Genoscope (vry)
La biologie synthtique est rcente mais a dj une histoire dfaut davoir une
dfinition consensuelle. Nous adhrons une dfinition plutt large selon laquelle
il sagirait dune ingnierie de systmes biologiques visant obtenir des objets
rpondant aux spcifications dfinies par le concepteur. Comme les autres sciences
de lingnieur, elle fait appel une multiplicit de techniques qui, dans ce cas,
sappliquent des processus biologiques varis et cherchent modifier leurs
proprits et leurs modalits de fonctionnement. Le champ dapplication de cette
discipline est immense et il est dj illusoire de vouloir le couvrir dans sa globalit.
Nous nous restreignons donc ici lexamen des progrs raliss depuis une dizaine
dannes dans le contrle de certains processus cls.
Ces progrs concernent diverses ingnieries: ADN, protines, circuits de
rgulation et de contrle, voies mtaboliques, processus de signalisation, etc. Dans
de nombreux cas, ces ingnieries restent rudimentaires et font souvent appel des
optimisations reposant sur des approches testant en parallle de grand nombre de
combinaisons exprimentales.

De lingnierie mtabolique la biologie de synthse et aux biotechnologies

industrielles
Sminaire du 25mars 2015: Pierre Monsan, professeur Mines ParisTech; professeur
mrite INSA, universit de Toulouse; directeur de Toulouse White Biotechnology;
membre de lAcadmie des technologies
Les progrs extraordinaires effectus dans le domaine de la lecture (squenage)
et de lcriture (synthse) de lADN, molcule support du patrimoine gntique des
tres vivants, associs augmentation conjointe des moyens informatiques et de
modlisation mathmatique, ainsi qu la performance sans cesse amliore des
outils analytiques, dbouchent sur une nouvelle dimension de la possibilit de
programmation ou de reprogrammation des voies mtaboliques des cellules
microbiennes pour les transformer en vritables usines cellulaires capables de
produire, partir de carbone renouvelable, et non pas fossile, des composs dintrt
pour la chimie, les matriaux et lnergie, et dvelopper ainsi une nouvelle
bioconomie.
Rfrence: MonsanP., Lactualit chimique, 375-376, 2013, 17-23.

Un systme peu performant mais trs versatile doxydation des molcules

par des monooxygnases: les cytochromes P450, promoteurs de la dfense
contre les agressions chimiques chez les mammifres et catalyseurs
doxydations particulirement difficiles
Sminaire du 1er avril 2014: Gilles Truan, chercheur au CNRS, laboratoire
dIngnierie des systmes biologiques et des procds, INSA (Toulouse)
Il existe, chez les mammifres, un systme analogue au systme immunitaire pour
lutter contre les agressions chimiques auxquelles nous sommes soumis: nous
ingrons, volontairement ou non, des milliers de molcules diffrentes (polluants,
254 Marc fontecave

mdicaments, toxines, substances alimentaires etc.) que notre corps doit liminer.
Ces molcules, souvent hydrophobes, peuvent saccumuler dans les membranes
cellulaires et subissent une premire tape dactivation chimique avant dtre
conjugues avec des molcules solubles puis limines. Cette phase est ralise via
une tape de mono-oxygnation catalyse par des enzymes appeles cytochromes
P450. Cette famille de mtallo-enzymes est prsente dans tout le rgne vivant et
plus de 20 000 cytochromes P450 ont t squencs et rpertoris. La raction
gnrique dun cytochrome P450 sur une molcule quelconque RH est la suivante:
RH + O2 + 2e- + 2H+ ROH + H2O
Lenzymologie des cytochromes P450 est complexe car ils reconnaissent et
oxydent des molcules simples comme lthanol, jusqu des molcules comportant
une trentaine datomes de carbones. Cette reconnaissance floue permet la
vingtaine de cytochromes P450 diffrents prsents chez les mammifres de
mtaboliser lensemble des xnobiotiques auxquels nous sommes quotidiennement
confronts (plus de 800molcules diffrentes). Une fois le substrat au site actif, la
raction de mono-oxygnation introduit, de manire rgio- et strospcifique, des
hydroxyles sur des liaisons carbone-carbone considres comme chimiquement peu
ractives, et peut ensuite conduire des rarrangements molculaires induisant des
dalkylations oxydatives, daminations, sulfoxidations etc. Les mcanismes
fondamentaux la base de cette diversit de raction ne sont pas encore compltement
compris car ils mettent en jeu plusieurs phnomnes concomitants: la reconnaissance
molculaire des substrats, les mcanismes catalytiques dactivation de loxygne,
mais galement les tapes de transfert des lectrons, via des partenaires redox, qui
peuvent rorienter le devenir normal du cycle catalytique vers des cycles abortifs.
Nous revenons au cours de ce sminaire sur les connaissances actuelles, au niveau
molculaire, de la reconnaissance de substrats et des mcanismes dactivation de
loxygne durant le cycle catalytique. Nous faisons notamment le point sur les
motifs molculaires permettant la reconnaissance floue des substrats. Nous
analysons les mthodes capables de modifier, par ingnierie rationnelle ou par
volution dirige, cette reconnaissance. Nous dcrions galement les tapes de
transfert des deux lectrons ncessaires lactivation de loxygne. Nous nous
attachons notamment mettre en lumire la versatilit des donneurs dlectrons, les
aspects dynamiques associs aux diffrents transferts dlectrons, et comment cette
modularit peut galement tre exploite du point de vue biotechnologique.
Rfrences: Urban P., Truan G., Pompon D., High-throughput functional screening of
steroid substrates with wild-type and chimeric P450 enzymes, Biomed Res Int., 2014,
764102; AigrainL., PomponD., MorraS., TruanG., Structure of the open conformation
of a functional chimeric NADPH cytochrome P450 reductase, EMBO Rep., 10(7), j2009,
742-7.

Baeyer-Villiger monooxygnases: de la complexit du mcanisme

la simplicit dutilisation
Sminaire du 8 avril 2015: Vronique Alphand, directrice de recherche CNRS,
Institut des sciences molculaires, Aix Marseille universit
La biocatalyse (la synthse de molcules laide denzymes ou de microorganismes)
se prsente la fois comme une alternative et comme un complment aux procds
chimiques classiques, permettant dobtenir de faon co-compatible des composs
 Chimie des processus biologiques 255

provenant traditionnellement de la chimie du ptrole. Nanmoins, des innovations

sont encore ncessaires pour vaincre les habitudes et rendre ces procds plus
comptitifs que les procds chimiques tablis de longue date.
Certaines familles denzymes, comme les lipases ou les laccases, sont de
maniement trs facile. Elles ont montr depuis longtemps leurs avantages et ont
largement convaincu les milieux industriels. Dautres restent quasi inexploites, sur
les tagres des laboratoires. Bien quelles soient dun intrt synthtique vident,
leur fragilit ou la complexit de leur mcanisme daction restreignent souvent leur
usage comme biocatalyseur large chelle.
Cest une de ces familles que nous dcrivons ici: les Baeyer-Villiger
monooxygnases, des monooxygnases flavine dpendantes de cofacteurs
nicotinamide capables doxyder des ctones aussi bien que des htroatomes. Nous
discutons de leurs avantages sur les ractifs chimiques conventionnels. travers
lexemple, entre autres, dune augmentation dchelle russie, nous montrons
ensuite comment contourner les contraintes lies lutilisation de ce type denzymes
afin dlaborer des procds biocatalytiques efficaces et faciles mettre en uvre.
Rfrences: Bornscheuer U.T., Huisman G.W., Kazlauskas R.J., Lutz S., Moore J.C.,
Robins K., 2012, Engineering the third wave of biocatalysis, Nature, 485, 185-194;
Turner N.J., OReilly E., 2013. Biocatalytic retrosynthesis. Nat. Chem. Biol. 9, 285-288;
Alphand V., Wohlgemuth R., 2010, Applications of Baeyer-Villiger monooxygenases in
organic synthesis, Curr. Org. Chem., 14, 1928-1965; Leisch H., Morley K., Lau P.C.K.,
2011, Baeyer-Villiger monooxygenases: more than just green chemistry, Chem. Rev., 111,
4165-4222; Hilker I., Gutirrez M.C., Furstoss R., Ward J., Wohlgemuth R., Alphand V.,
2008, Preparative scale BaeyerVilliger biooxidation at high concentration using recombinant
Escherichia coli and in situ substrate feeding and product removal process, Nat. Protoc., 3,
546-554.

Dcouverte de nouveaux biocatalyseurs par exploration systmatique

de la biodiversit
Sminaire du 15 avril 2015: Vronique de Berardinis, chef du laboratoire de
criblage des activits de bioconversions (LCAB), CEA/Institut de Gnomique/
Genoscope/UMR Gnomique mtabolique (vry)
Lindustrie (chimie fine, pharmaceutique, etc.) est amene par des considrations
conomiques mais surtout cologiques introduire une varit croissante de
biocatalyseurs dans ses procds de production. Cette prise en compte grandissante
de limpact environnemental des procds de synthse fait suite la formulation
des 12principes de la chimie verte, au cours des annes1990 aux tats-Unis.
Lintroduction de mthodes biocatalytiques peut en effet avoir un effet positif qui
concerne jusqu9 des 12principes et se place ainsi loin devant les autres pratiques
mises en uvre ou envisages. Une demande sest ainsi cre pour obtenir de
nouveaux biocatalyseurs efficaces et robustes permettant dtendre le catalogue des
activits enzymatiques disponibles pour des applications. Les mthodes couramment
utilises sappuient sur lvolution denzymes, dj connus ou utiliss, par biologie
molculaire. Cette stratgie est cependant trs lourde mettre en uvre. Lexploration
grande chelle et systmatique de la biodiversit enzymatique, assiste par des
approches bio-informatiques qui permettent de rduire la complexit de
lchantillonnage, constitue une alternative efficace. Du fait des nouvelles
technologies de squenage, le nombre de protines issues de gnomes et
256 Marc fontecave

mtagnomes (consortium dorganismes) saccrot de manire exponentielle et ces

bases de donnes reprsentent un rservoir exceptionnel denzymes aux capacits
biocatalytiques inexplores.

Publications

2014

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Berggren G., Garcia-Serres R., Brazzolotto X., Clemancey M., Gambarelli S.,
Atta M., Latour J.-M., Hernandez H.L., Subramanian S., Johnson M.K. et
Fontecave M., An EPR/HYSCORE, Mssbauer, and resonance Raman study of the
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Journal of Biological Inorganic Chemistry, janvier 2014, 19(1), 75-84, DOI: 10.1007/
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 Chimie des processus biologiques 257

2015

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Saccharomyces cerevisiae, soumis pour publication The Journal of Biological Chemistry,
2015.

Collaborateurs

Murielle Lombard

Ducassou L., Jonasson G., Dhers L., Pietrancosta N., Ramassamy B., Xu-Li Y.,
Loriot M.-A., Beaune P., Bertho G., Lombard M., Mansuy D., Andr F. et
BoucherJ.-L., Expression in yeast, new substrates, and construction of a first 3D model
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1850(7), juillet2015, 1426-1437, DOI: 10.1016/j.bbagen.2015.03.014.

Caroline Mellot-Draznieks

Mellot-Draznieks C., Computational exploration of metal-organic frameworks:

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10.1080/08927022.2015.1048511.
Mellot-Draznieks C. et Kerkeni B., Exploring the interplay between ligand and
topology in zeolitic imidazolate frameworks with computational chemistry, Molecular
Simulation, 2janvier 2014, 40(1-3), 25-32, DOI: 10.1080/08927022.2013.845298.
WharmbyM.T., HenkeS., BennettT.D., BajpeS.R., SchwedlerI., ThompsonS.P.,
Gozzo F., Simoncic P., Mellot-Draznieks C., Tao H., Yue Y. et Cheetham A.K.,
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 Chimie des processus biologiques 259

Chapitre de livre
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Batrice Golinelli-Pimpaneau et Djemel Hamdane

Hamdane D., Guelorget A., Guerineau V. et Golinelli-Pimpaneau B., Dynamics
of RNA modification by a multi-site-specific tRNA methyltransferase, Nucleic Acids
Research, 42(18), 13octobre 2014, 11697-11706, DOI: 10.1093/nar/gku820.
Guimaraes B.G., Hamdane D., Lechauve C., Marden M.C. et Golinelli-
Pimpaneau B., The crystal structure of wild-type human brain neuroglobin reveals
flexibility of the disulfide bond that regulates oxygen affinity, Acta Crystallographica
Section D-Biological Crystallography, 70, avril 2014, 1005-1014, DOI: 10.1107/
S1399004714000078.

Confrences

2014

Comit local daction sociale, Collge de France, Paris (28 janvier 2014): La science
aux interfaces: chimie et biologie.
Confrences Sciences cur, universit Pierre et Marie Curie, Paris, France (27mars
2014): Chimie bioinspire: le vivant au service des nouvelles technologies de lnergie.
Symposium Dynamics and Intermediates of Molecular Transformations, Venise, Italie
(30mars-4avril 2014): tRNA modification: new enzyme mechanisms.
Journes dtude Modlisation, construction et imitation des processus vitaux. Approche
pluridisciplinaire du biomimtisme, Collge de France, Paris (10 au 11 juin 2014):
Chimie bioinspire: le vivant au service des nouvellestechnologies de lnergie.
Gordon Research Conferences on Iron Sulfur Enzymes, Stonehill College (Easton, MA),
tats-Unis (15 au 20 juin 2014): When chemistry helps biology and vice versa: the case
of hydrogenases.
Forum du Savoir, Rouen, France (26 juin 2014): Chimie et nergie: des carburants
partir de leau et du soleil.
Theo Murphy International Scientific Meeting Do we need a global project on artificial
photosynthesis (solar fuels and chemicals)? The Royal Society at Chicheley Hall, Angleterre
(8-10juillet 2014): Towards artificial photosynthesis: catalytic reduction of CO2.
Solvay, Centre de recherches et innovations de Lyon (15juillet 2014): Hydrognases et
catalyseurs bioinspirs: vers la photosynthse artificielle.
International Symposium Catalytic Systems for Chemical Energy Conversion, Max
Planck Institute for Chemical Energy Conversion, Mlheim / Ruhr, Allemagne (23-25
juillet2014): (Photo)electrochemical reduction of CO2 and catalysts.
Gordon Research Conference on Photosynthesis, West Dover, VT, tats-Unis (10 au
15aot 2014): Artificial photosynthesis: bioinspired catalysts and artificial enzymes.
EUROBIC 12, Zurich, Suisse (25 au 28 aot 2014): Towards artificial photosynthesis:
catalytic reduction of CO2.
Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institute, Stockholm,
Sude (16septembre 2014): tRNA Modification: New Enzyme Mechanisms.
260 Marc fontecave

Arrhenius laboratory, Universit de Stockholm, Sude (17septembre 2014): Natural and

Artificial Hydrogenases for Hydrogen Production.
ngstrm Laboratory, universit dUppsala, Sude (18 septembre 2014): Towards
Artificial Photosynthesis: Catalysts for (Photo)electrochemical Reduction of CO2.
International Forum on CO2 chemistry and biochemistry, troisime dition, Lyon, France
(25au 26septembre 2014): Artificial photosynthesis: (photo)catalysts for CO2 reduction.
Colloque de rentre du Collge de France, Paris (16 au 17 octobre 2014): Charles
Moureu: du Collge de France aux gaz de combat.
4th International Symposium for Solar Fuels and Solar Cells (4th SFSC), Dalian, Chine
(21 au 24 octobre 2014): (Photo)electrochemical reduction of CO2: from molecular
complexes to heterogeneous catalysts.
Journes professionnelles de lcole technique suprieure de chimie de lOuest, Angers
(12novembre 2014): Chimie et nergie: des carburants partir de leau et du soleil.

2015

Gordon Research Conference on Metals in Biology, Ventura, tats-Unis: (25au 30janvier

2015): Artificial hydrogenases: a new class of H2-evolving catalysts.
Workshop Nanomaterials for Energy and Environment, CEA Saclay (18au 20mars 2015):
(Photo)electrochemical reduction of CO2: from molecular complexes to heterogeneous
catalysts.
Third International Symposium on Green Chemistry, La Rochelle (3-7 mai 2015):
Catalysis from bioinspired chemistry to artificial photosynthesis
Acadmie des sciences, Zagreb, Croatie (26 mai 2015): Chemistry and Energy Issues:
Fuels from water, carbon dioxide and sun, Institut Rudjer Boskovic, Zagreb, Croatie (27mai
2015): Catalysis for Energy: enzymes, artificial enzymes and bioinspired catalysts.
Confrence Dfis du xixe sicle, Acadmie des sciences, Paris (16 juin 2015): Du
CO2 aux carburants, un renversement salutaire.
15econgrs de la socit chimique franaise, SCF15, Lille, France (6au 9juillet 2015):
Catalysis for Energy: enzymes, artificial enzymes and bioinspired catalysts.
Symposium of our International Research Training Group (IRTG) Metal Sites in
Biomolecules: Structures, Regulation and Mechanisms (BioMetals), universit de Gttingen,
Allemagne (27-28 aot 2015): Towards artificial photosynthesis: catalysts for (photo)
electrochemical reduction of CO2.
Air liquide, centre de Saclay (1erseptembre 2015): Catalyseurs pour le stockage chimique
de lnergie: enzymes, enzymes artificielles, catalyseurs bioinspirs.
Challenges in Chemical Renewable Energy (ISACS17), Rio de Janeiro, Brsil
(8-11septembre 2015): New homogeneous and heterogeneous catalysts for (photo)electro-
reduction of protons and carbon dioxide.
Sixth International IMBG meeting, Villard de Lans, France (14 au 18 septembre 2015):
Synthetic maturation of natural and artificial [FeFe]-hydrogenases: opportunities.

Collaborateurs

Caroline Mellot-Draznieks
15e congrs de la Socit chimique franaise, SFC2015, Lille (7-9 juillet 2015):
Photocatalytic reduction of CO2 in Metal-Organic Frameworks: towards the control of
optical response and framework incorporation of molecular catalysts.
 Chimie des processus biologiques 261

Cecam Workshopon Flexibility and disorder in Metal-Organic Frameworks, Paris, (3-5juin

2015): Metal Organic Frameworks as platforms for the photocatalytical reduction of CO2
Simulation versus experiment.
Rencontres Scientifiques de LIFPEN, NEXTLAB 2014, Rueil-Malmaison (2-4 avril
2014): In silico approaches in Metal organic Frameworks: Crystal structure prediction and
computational design of structure-property relationships..
cole normale suprieure, dpartement de Chimie, Paris (22mai 2015): Metal Organic
Frameworks as platforms for the photocatalytical reduction of CO2
Universit de Cambridge, Department of Materials Science and Metallurgy, Cambridge,
Royaume-Uni (4 Juillet 2014): Functionalizing Metal Organic Frameworks for the
photocatalytical reduction of CO2: Combining simulation and experiments.
Journe de lancement PSL-Chimie, Paris (11septembre 2014): Rduction photocatalytique
du CO2 par fonctionnalisation de solides charpente hybride: Rcents dveloppements et
perspectives.

Batrice Golinelli-Pimpaneau
Colloque du Collge de France Lanalyse chimique: histoire et innovations Paris (26-
27juin 2014): Lanalyse structurale pour comprendre la ractivit chimique denzymes.

Recherche

Travaux raliss par lquipe Biocatalyse (Grenoble)

dirige par M.Fontecave

Lquipe, intitule Biocatalyse, anime par Marc Fontecave, fait partie du laboratoire de
Chimie et biologie des mtaux (UMR universit Joseph Fourier-CEA-CNRS n 5249, dirig
par Stphane Mnage) localis sur le Centre du CEA Grenoble. Elle est constitue
actuellement de 6chercheurs et enseignant-chercheurs permanents (chercheur CEA: M.Atta;
2 enseignant-chercheurs: M. Fontecave, C. Gerez; chercheurs CNRS: S. Ollagnier de
Choudens, F. Pierrel, J. Willison). partir du 1er janvier 2016, M. Fontecave ne fera plus
partie de cette quipe dont la direction sera assure par S.Ollagnier de Choudens.

A)Protines fer-soufre: fonctions et maturation (M.Fontecave, M.Atta,

S.Ollagnier de Choudens, C.Gerez)

A.1.Enzymologie structurale et mcanistique des enzymes fer-soufre

Nous nous intressons aux enzymes fer-soufre impliques dans des modifications
complexes et slectives de macromolcules biologiques1. La caractrisation de ces
systmes est la fois structurale et fonctionnelle et permet de mettre au jour des
mcanismes enzymatiques originaux. Il sagit par exemple de lenzyme TtcA, qui
catalyse une raction de sulfuration dARNS de transfert2.

1.J. Estellon, S. Ollagnier de Choudens, M. Smadja, M. Fontecave, Y. Vandenbrouck,

Metallomics, 6, 2014, 1913-1930.
2.D. Bouvier, N. Labessan, M. Clemancey, J.-M. Latour, J.-L. Ravanat, M. Fontecave,
M.Atta, Nucleic Acid Res., 42, 2014, 7960-70.
262 Marc fontecave

Une autre protine fer-soufre ltude est HydF qui participe la maturation des
hydrognases. Ce travail a conduit des caractrisations spectroscopiques originales
de la coordination de ligands azots, comme lhistidine, au centre fer-soufre3.

A.2.Assemblage des centres fer-soufre

Les cellules disposent de machineries protiques complexes pour la biosynthse
et lassemblage des centres mtalliques au sein de sites actifs denzymes. Certaines
pathologies sont lies des dficiences dans ces systmes essentiels. Ltude de ces
complexes protiques et de leurs mcanismes daction constituent un sujet prioritaire
de lquipe depuis plusieurs annes.
Nous nous intressons en particulier aux deux machineries protiques de biosynthse
des clusters fer-soufre chez E. coli: ISC et SUF. Nous avons pu montrer, par des
tudes biochimiques, que le second est beaucoup plus stable en conditions de stress
(stress oxydant, carence en fer,), en accord avec lhypothse du rle de SUF dans
des cellules sous stress pour assurer la maturation des protines fer-soufre4.

B)Nouveaux (photo)lectrocatalyseurs pour la production et loxydation

de lhydrogne (collaboration avec V.Artero, M.Chavarot-Kerlidou)
Le dveloppement de lconomie hydrogne ncessite en particulier la mise
au point de nouveaux catalyseurs pour la production dhydrogne par rduction de
leau (lectrolyse) et pour loxydation de lhydrogne en eau (pile combustible).
En effet, le platine actuellement utilis est coteux et peu abondant. Les organismes
vivants qui mettent en uvre cette chimie utilisent des biocatalyseurs remarquablement
efficaces, les hydrognases, des mtallo-enzymes base de fer et de nickel. Le
projet de recherche que nous dveloppons depuis de nombreuses annes consiste
inventer de nouveaux catalyseurs en nous inspirant des sites actifs de ces enzymes,
en valuer les proprits catalytiques pour llectro-rduction des protons et les
utiliser dans des dispositifs pour des applications pratiques (nouvelles lectrodes
modifies, nouvelles piles5). La logique de cette approche bioinspire a t
rcemment explique dans une srie darticles6.
Plus rcemment, nous avons dmarr un projet consistant mettre au point des
hydrognases artificielles7. Il sagit ici de crer un systme hybride qui est constitu
dune protine et dun catalyseur biomimtique de synthse. Une premire ralisation

3.G. Berggren, R. Garcia, X. Brazzolotto, M. Clemancey, S. Gambarelli, M. Atta,

J.-M.Latour, H.-L.Hernndez, S.Subramanian, M.K.Johnson, M.Fontecave, J.Biol. Inorg.
Chem., 19, 2014, 75-84.
4.B. Blanc, M. Clemancey, J.-M. Latour, M. Fontecave, S. Ollagnier de Choudens,
Biochemistry, 53, 2014, 7867-7869.
5.P.D. Tran, A. Morozan, S. Archambault, J. Heidkamp, P. Chenevier, H. Dau,
M.Fontecave, A.Martinent, B.Jousselme, V.Artero, Chem. Sci., 6, 2015, 2050-2053.
6.T.R.Simmons, G.Berggren, M.Bacchi, M.Fontecave, V.Artero, Coord. Chem. Rev.,
2014, 270-271, 127-150; P.D. Tran, M. Fontecave, V. Artero in Wolfgang Weigand et
Philippe Schollhammer (d.), Bioinspired Catalysis: Metal-Sulfur Complexes, 2015, Wiley-
VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 385-410; N. Kaeffer, N. Queyriaux,
M.Chavarot-Kerlidou, M.Fontecave, V.Artero, LActualit chimique, 397-398, 2015, 63-68.
7.G.Caserta, S.Roy, M.Atta, V.Artero, M.Fontecave, Curr. Op. Chem. Biol., 25, 2015,
36-47.
 Chimie des processus biologiques 263

Figure1: Hydrognases artificielles. En haut, lassemblage myoglobine-cobaloxime.

En bas le complexe entre une protine fer-soufre (HydF) et un compos organomtallique,
mimant le site actif des hydrognases fer naturelles.

(figure1) a consist en la prparation dun tel systme, en combinant la myoglobine

et une cobaloxime, la cobaloxime prenant la place de lhme dans le site actif. Cet
hybride est capable de catalyser la rduction et la photorduction des protons en
hydrogne, se comportant ainsi comme une hydrognase8.
Nous avons construit dautres systmes protiques hybrides en utilisant des complexes
biomimtiques des hydrognases fer, cest--dire des complexes organomtalliques
binuclaires de fer. De tels complexes ont pu tre insrs dans la cavit protique de
la protine HydF (figure 1). Des rsultats prliminaires montrent que cette protine
hybride se comporte bien comme une hydrognase et constitue une plate-forme idale
pour tudier leffet de lenvironnement protique sur lactivit du site actif mtallique9.
Ces complexes de synthse peuvent tre galement incorpors dans le site actif
des apo-hydrognases elles-mmes, conduisant une activation de lenzyme. Ceci
constitue une mthodologie particulirement pratique pour crer de nouvelles
hydrognases ou pour marquer slectivement certains des atomes du site actif avec
des isotopes adapts des tudes spectroscopiques ou structurales originales10.

8.M. Bacchi, G. Berggren, J. Niklas, E. Veinberg, M.W. Mara, M.L. Shelby,

O.G. Poluektov, L.X. Chen, D.M. Tiede, C. Cavazza, M.J. Field, M. Fontecave, V. Artero,
Inorg. Chem., 53, 2014, 8071-8082.
9.V. Artero, G. Berggren, M. Atta, G. Caserta, S. Roy, L. Pecqueur, M. Fontecave,
Accounts Chem Res., 2015 (sous presse).
10.A.Adamska-Venkatesh, T.R.Simmons, J.Siebel, V.Artero, M.Fontecave, E.Reijerse,
W.Lubitz,. Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 2015, 5421-5430; A.Adamska-Venkatesh, S.Roy,
J.F.Siebel, T.R.Simmons, M.Fontecave, V.Artero, E.Reijerse, W.L.Lubitz. J.Am. Chem.
Soc., 2015 (sous presse).
264 Marc fontecave

Travaux raliss par le laboratoire de chimie des processus

biologiques (Collge de France) dirig par M.Fontecave

Le laboratoire, est devenu partir du 1er janvier 2014 lUMR 8229, sous les tutelles
conjointes du Collge de France, du CNRS et de luniversit P. et M.Curie. Il est constitu
actuellement de 11 memebres permanents (1 enseignant-chercheur: M. Fontecave;
4 chercheurs CNRS: C. Mellot-Drazniek, B. Golinelli, M. Lombard, D. Hamdane;
2ingnieurs de recherche CNRS: Y.Xu-Li, P.Simon; 1ingnieur de recherches Collge de
France: L. Pecqueur, 1 ingnieur dtudes Collge de France: B. Faivre; 1 administratif:
M-P.Maisonnave; 1technicien: J.Tondeleir).
tudiants en thse: N. Elgrishi, J.P. Porcher, A. Ismail, L. Gonzales, G. Caserta,
P.Hardouin, X.Wang.
Postdocs: M.Chambers, M.Gomes-Mingot.
Stagiaires: T.Fogeron, G.Paille, O.Bimai.

A)tude des enzymes de modification des ARN (D.Hamdane, B.Golinelli,

M.Fontecave, L.Pecqueur)
Il sagit de comprendre, travers des tudes mcanistiques et la dtermination de
structures tridimensionnelles enzyme-substrat(ARNt), comment ces enzymes
procdent pour des transformations chimiques parfois fascinantes et accdent une
trs grande slectivit. Par ailleurs, certaines de ces modifications jouent des rles
physiologiques importants et ces projets ont des implications dans le domaine de la
sant. Par exemple, nous tudions une nouvelle classe denzymes de mthylation
dARNt utilisant le mthylne-ttrahydrofolate comme donneur de mthylne et la
flavine (FAD) comme agent rducteur. Des tudes mcanistiques trs rcentes du
laboratoire sur lenzyme TrmFO ont dmontr une utilisation trs originale, jamais
observe auparavant, de la flavine dans le transfert de mthyle. Cette enzyme sert
galement pour tudier des aspects structuraux trs gnraux et trs fondamentaux
de la fixation et la ractivit des cofacteurs flaviniques11.

B)tude des enzymes de la biosynthse de lubiquinone (M.Lombard,

D.Hamdane, C.Mellot-Drazniek, M.Smadja, A.Ismael, L.Gonzales,
L.Pecqueur)
Ltude de lenzymologie de la biosynthse de lubiquinone ou coenzyme Q,
partir du modle bactrien Escherichia coli et dun modle eucaryote, la levure,
sappuie sur une collaboration avec F. Barras (CNRS Marseille), microbiologiste,
spcialiste de la gntique dE. coli, et F. Pierrel, CR CNRS Grenoble, qui
dveloppe des approches gntiques sur le modle levure. Ceci est pertinent car il
y a une trs grande conservation de la biosynthse du coenzyme Q (notamment
entre la levure et lhomme, et en partie avec E. coli). De faon tonnante, on sait
encore trs peu de choses sur cette voie de biosynthse, que ce soit chez les bactries
ou chez les eucaryotes, notamment en ce qui concerne les enzymes impliques dans
les diffrentes tapes de la biosynthse: ractions dhydroxylation aromatique, de
mthylation, de dcarboxylation et de dsamination sur le mme noyau aromatique

11.D.Hamdane, C.Bou-Nader, D.Cornu, G.Hui-Bon-Hoa, M.Fontecave, Biochemistry,

2015 (sous presse).
 Chimie des processus biologiques 265

Figure2: Site de fixation du substrat de

Coq6. Une cavit est adapte la fixation
de la chane polyisoprnoide et met le
noyau aromatique proximit du cofacteur
flavinique pour lhydroxylation.

du 4-hydroxybenzoate (4-HB) ou du 4-aminobenzoate, les prcurseurs. Un article

rcent fait le point sur cette voie biosynthtique12.
Les rsultats les plus rcents concernent tout dabord la dcouverte et ltude
dun nouveau gne important (appel UbiJ) pour la biosynthse de lubiquinone
chez E. coli. La fonction de la protine correspondante est encore inconnue mais
son domaine C-terminal prsentant une homologie avec LpxD, une Nacyltransfrase
implique dans la biosynthse du lipide A, elle pourrait tre implique dans la
liaison avec des intermdiaires lipidiques de la biosynthse. Par ailleurs, il apparat
quUbiJ joue un rle important dans la pathognicit de bactries comme
Salmonella13. Ceci ouvre des perspectives nouvelles dans le domaine de la recherche
de nouveaux antibiotiques puisque, par exemple, UbiJ, une cible potentielle, est
absente chez lhomme. Plus gnralement, nous avons dmontr, pour la premire
fois, un lien entre pathognicit bactrienne et biosynthse de lubiquinone.
Nous nous sommes rcemment intresss Coq6, lhomologue fonctionnel de
UbiI chez la levure S. cerevisiae. UbiI, dont nous avions rsolu la structure
tridimensionnelle et identifi la fonction (voir annuaires prcdents) et Coq6 sont
des monooxygnases flavine qui participent lhydroxylation en C5 du noyau
aromatique. Nous avons pu montrer que le cofacteur FAD de cette enzyme ne reoit
pas ses lectrons directement du NADPH mais dune chane de transfert dlectrons
compose dune NADPH: ferrdoxine rductase (Arh1p) et dune ferrdoxine
(Yah1) (rsultats non publis). Nous avons galement obtenu des cristaux de Coq6
possdant un tag MBP lextrmit N-terminale (rsolution 5), et nous essayons
actuellement davoir des cristaux de meilleure qualit afin de rsoudre la structure
de Coq6. En absence de structure, llaboration dun modle molculaire (figure2)

12.F. Barras, L. Aussel, F. Pierrel, L. Loiseau, M. Lombard, M. Fontecave, Biochim.

Biophys. Acta, Bioenergetics, 1837, 2014, 1004-1011.
13.L. Aussel, L. Loiseau, M.H. Chehade, B. Pocachard, M. Fontecave, F. Pierrel,
F.Barras, J.Bacteriol., 196, 2014, 70-79.
266 Marc fontecave

a permis didentifier les sites de fixation et le canal dentre du substrat14. Enfin,

nous avons dcouvert que Coq6 est responsable dune seconde raction enzymatique,
la dsamination du noyau aromatique quand lubiquinone drive du second
prcurseur naturel, lacide para-amino benzoique15.
Nous avons galement rsolu la structure dUbiX dE. coli, lune des deux
enzymes impliques dans une raction de dcarboxylation aromatique de la voie de
biosynthse de CoQ et pour laquelle le mcanisme catalytique est encore inconnu
ce jour (rsultats non publis).

C)Photosynthse artificielle: tude de catalyseurs molculaires et matriaux

catalytiques pour la dcomposition de leau et la rduction du CO2 (Y.Xu-Li,
P.Simon, N.Elgrishi, J.P.Porcher, M.Chambers, T.Fogeron, M.Gomez-
Mingot)
Le projet porte sur la mise au point de systmes de stockage des nergies
renouvelables (nergie solaire en particulier). Cela passe par le dveloppement de
catalyseurs molculaires ou solides pour la rduction de leau ou du CO2 et de
dispositifs de photosynthse artificielle16. Plusieurs directions sont mises en uvre.
Nous tudions tout dabord, laide de mthodes lectrochimiques et
photochimiques ainsi que par des approches thoriques (calculs DFT), les proprits
catalytiques de complexes molculaires bioinspirs originaux pour llectrorduction
et la photorduction des protons et du CO2. Il sagit plus particulirement de
complexes dithiolnes du molybdne et du tungstne (figure3), qui miment le site
actif des formiate-dshydrognases17.
Nous tudions galement des complexes de cobalt et de nickel, plus simples,
utilisant des ligands polypyridiniques. Dans le cas du ligand terpyridine (figure3),
on obtient des complexes qui possdent des activits catalytiques intressantes pour
llectrorduction du CO2. Le complexe de nickel est trs slectif pour la production
de CO. linverse, des mlanges CO et H2 sont obtenus avec le complexe de
cobalt. Ce comportement est intressant car il offre la possibilit dtudier les
paramtres qui contrlent le rapport CO:H2, une question centrale pour la rduction
du CO2. Plus spcifiquement, nous avons montr que ce contrle pouvait tre assur
par le potentiel appliqu pendant llectrolyse18 ou par des modifications
lectroniques et striques du ligand terpyridine19.

14.A. Ismail, V. Leroux, M. Smaja, L. Gonzalez, M. Lombard, F. Pierrel, C. Mellot-

Draznieks, M.Fontecave, PLOS Comutational Biology, 2015 (soumis).
15.M.Ozeir, L.Pelosi, A.Ismail, C.Mellot-Draznieks, M.Fontecave, F.Pierrel, J.Biol.
Chem., 2015 (soumis).
16.M.Fontecave, Angew. Chem. Int Ed., 54, 2015, 6946-6947; N.Kaeffer, N.Queyriaux,
M.Chavarot-Kerlidou, M.Fontecave, V.Artero, LActualit chimique, 397-398, 2015, 63-68.
17.M. Gomez-Mingot, J.-P. Porcher, T.K. Todorova, T. Fogeron, C. Mellot-Draznieks,
Y.Xu-Li, M.Fontecave, J.Phys. Chem. B (sous presse); J.-P.Porcher, T.Fogeron, M.Gomez-
Mingot, E. Derat, L-M. Chamoreau, Y. Li, M. Fontecave, Angewandte Chemistry, 2015
(soumis).
18.N.Elgrishi, M.B.Chambers, V.Artero, M.Fontecave, Phys. Chem. Chem. Phys., 16,
2014, 13635-44.
19.N.Elgrishi, M.B.Chambers, M.Fontecave, Chem. Sci., 6, 2015, 2522-2531.
 Chimie des processus biologiques 267

Figure3: Catalyseurs bioinspirs (M= W,Mo, en haut) pour la rduction des protons
en hydrogne et catalyseurs terpyridiniques (M=Ni,Co, en bas) pour llectrodrduction
du CO2 en CO.

Figure4: Fixation dun complexe molculaire base de Rh dans un MOF (UiO-67)

produisant un catalyseur solide pour la photorduction du CO2.

La question de lhtrognisation des catalyseurs molculaires pour produire des

matriaux dlectrodes implantables dans des dispositifs pratiques est centrale. Par
exemple, les terpyridines peuvent tre greffes sur des lectrodes de carbone qui
sont ensuite mtalles pour donner des matriaux dlectrodes actifs notamment
pour la rduction des protons en hydrogne20. Un autre exemple est lutilisation de
MOF (Metal-organic frameworks) solides pour fixer des catalyseurs de rduction du
CO2. La preuve du concept a t apporte avec un complexe de rhodium qui est un
bon catalyseur de photorduction du CO2. Le matriau obtenu (figure4) a lavantage
non seulement dtre actif mais galement stable et recyclable21. Enfin, des
catalyseurs solides peuvent tre lectrodposs sur des lectrodes. Cest ce que nous

20.N.Elgrishi, S.Griveau, M.B.Chambers, F.Bedioui, M.Fontecave, Chem. Commun.,

51, 2015, 2995-2998.
21.M.B. Chambers, X. Wang, N. Elgrishi, C.H. Hendon, A. Walsh, J. Bonnefoy,
J.Canivet, E.A.Quadrelli, D.Farrusseng, C.Mellot-Draznieks, M.Fontecave, ChemSusChem,
8, 2015, 603-608.
268 Marc fontecave

avons fait pour la premire fois avec des complexes simples de cuivre. De telles
lectrodes savrent trs efficaces et trs slectives pour la transformation du CO2
en acide formique22.

Annexe: activits propres de collaborateurs

B.Golinelli et D.Hamdane: Dynamique de la modification dARN

par une ARNt mthyltransfrase multi-site-spcifique
La formation de la modification 1-mthyl-adnosine en position 58 des ARNt
(m1A58), conserve dans la plupart des organismes, est catalyse par lenzyme
site-spcifique TrmI qui utilise la S-adnosyl-L-mthionine (SAM) comme donneur
de mthyle. Chez les arches, TrmI mthyle aussi ladnine adjacente en position57,
m1A57 tant un intermdiaire obligatoire dans la synthse de la 1-mthyl-inosine57.
Pour tudier cette multi-site spcificit, nous avons utilis trois substrats
oligoribonuclotides de TrmI de larche Pyrococcus abyssi (PabTrmI) contenant
une 2-aminopurine (2-AP) fluorescente aux deux positions cibles et suivi les
cintiques de liaison de lARN et de raction de mthylation par stopped-flow et
spectromtrie de masse. PabTrmI ne modifie pas la 2-AP mais mthyle ladnine
cible adjacente. La 2-AP diminue srieusement la mthylation de A57 mais pas de
A58, confirmant que PabTrmI mthyle efficacement la premire adnine dune
squence A57A58A59. La liaison de PabTrmI provoque une rapide augmentation
de fluorescence attribue au dsempilement des bases dans lenvironnement de
2-AP. Puis, une lente dcroissance est observe seulement avec 2-AP en position57
et la SAM, suggrant que la formation de m1A58 entrane le relargage de lARN.
Un modle structural du complexe protine-ARNt montre que les deux adnines
cibles sont proximit de la SAM et souligne quaucun changement de conformation
majeur de lARNt na lieu lors de la raction, en dehors du retournement de base.
Laccessibilit au solvant de la poche de liaison de la SAM nest pas affecte par
lARNt, ce qui permet la S-adnosyl-L-homocystine forme lors de la premire
mthylation dtre remplace par une nouvelle molcule de SAM sans relargage
pralable de lARNt monomthyl.
D. Hamdane, A. Guelorget, V. Gurineau, B. Golinelli-Pimpaneau, Dynamics of RNA
modification by a multi-site-specific tRNA methyltransferase, Nucleic Acids Res., 42, 2014,
11697-706.

C.Mellot-Draznieks
Les solides charpente hybride organique-inorganique de type ZIF (zeolitic
imidazolate frameworks) sont constitus de cations en coordinance ttradrique
relis par des imidazolates. Ils sont bien connus pour leur stabilit chimique et
thermique exceptionnelle, leurs proprits dadsorption/sparation de gaz (CO2/
CH4) ainsi que pour leur grande varit structurale, rminiscente de celle
caractrisant la grande famille des zolithes. Nanmoins, les facteurs qui dterminent
quelles sont les structures accessibles des ZIF (parmi le grand nombre de structures

22.Tran Ngoc Huan, E.S.Andreiadis, J.Heidkamp, P.Simon, E.Derat, S.Cobo, G.Royal,

H.Dau, V.Artero, M.Fontecave, J.Mat. Chem. A, 3, 2015, 3901-3907.
 Chimie des processus biologiques 269

possibles, denses comme poreuses) en synthse hydrothermale sont mal connus, ce

qui de fait limite une synthse rationnelle et contrle. Il est empiriquement admis
que les substituants de limidazolate jouent un rle essentiel dans la nature de la
structure obtenue. des fins de rationalisation, nous utilisons une approche de
chimie in silico, i.e. de modlisation molculaire et simulation numrique, pour
explorer le polymorphisme complexe des ZIFs23. La combinaison de calculs DFT
(density fonctional theory), QSPR (quantitative structure properties relationships)
et NCI (non covalent interactions) a rcemment permis dlucider et de quantifier
le cot thermodynamique associ la formation de certaines topologies
particulirement peu denses (donc trs poreuses), trs recherches en synthse24.
Ces calculs ont permis de rationaliser et de prdire limpact dterminant de la
position et du nombre de substituants de limidazolate sur la nature de la structure
obtenue, confrant aisni au linker organique un rle dagent structurant. Il est ainsi
montr que les substituants de limidazolate introduisent une discrimination
nergtique entre des topologies de ZIF qui seraient, sans eux, isonergtiques. Les
ZIF sont galement sujets des transitions structurales, sous leffet de la temprature,
de la pression ou de ladsorption de gaz. La structure de ZIF-4, poreuse temprature
ambiante, devient dense basse temprature (140 K), avec une contraction de la
maille trs importante (23%). Des calculs DFT ont tabli, en accord avec des
mesures calorimtriques, la stabilisation enthalpique relative de la phase dense
basse temprature, confirms par des mesures calorimtriques25.

23.C. Mellot-Draznieks, Computational Approaches of Metal-Organic Frameworks:

examples of advances in crystal structure and electronic structure predictions, Mol.
Simulation, 2015, 10.1080/08927022.2015.1048511 (sous presse).
24.C.Mellot-Draznieks, B.Kerkeni, Exploring the interplay between ligand and topology
in zeolitic imidazolate frameworks with computational chemistry, Mol. Simulation, 40, 2014,
25-32.
25.M.T. Wharmby, S. Henke, T.D. Bennett, S.R. Bajpe, I. Schwedler, S.P. Thompson,
F. Gozzo, P. Simoncic, C. Mellot-Draznieks, H. Tao, Y. Yue, A.K. Cheetham Extreme
Flexibility in a Zeolitic Imidazolate Framework: Porous to Dense Phase Transition in
Desolvated ZIF 4., Angew. Chem. Int. Ed., 54, 2015, 6447-6451.