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peuvent tre suivis et doss dans le milieu ambiant, en dehors des organismes vivants. Ainsi peuvent tre dnis ce que lon appelle des cycles biogochimiques et par l prcises, la fois qualitativement et quantitativement, les modalits du fonctionnement de la biosphre comme celles de tout cosystme considr isolment (cf. cycles BIOGOCHIMIQUES). La quantication des cycles biogochimiques prsente en outre lintrt de faire ressortir limportance relative de la matire vivante prsente sur la plante et des rserves qui existent, pour tel ou tel de ses constituants, dans le reste du globe. Ajoutons que ces divers cycles prsentent des interfrences qui lient les taux de renouvellement caractrisant chaque lment. Cest par ailleurs lquilibre entre la production, dune part, lensemble de la consommation et de la dcomposition, dautre part, qui rgle le fonctionnement des cosystmes et, par eux, de la biosphre. Lorsquil y a surconsommation se produit un appauvrissement, voire une dsertication du milieu ; lorsquil y a surproduction se produit au contraire un phnomne de fossilisation. MAXIME LAMOTTE, PAUL DUVIGNEAUD Wiesbaden, 1964-1965 / N. SKROTZKY & I. RASOOL, La Terre : une plante pas comme les autres, Denol, 1988 / V. VERNADSKY, La Biosphre, coll. Points sciences, Seuil, Paris, 2002 / L. A. WALFORD, Living Ressources of the Sea, New York, 1958. Corrlats BIOCNOSES e BIODIVERSIT e BIOGOGRAPHIE e CYCLES BIOGOCHIMIQUES e DVELOPPEMENT DURABLE e COLOGIE e COSPHRE e COSYSTMES e NATURE e VIE.

BIOTECHNOLOGIES

3 Lavenir de la biosphre
De nombreux scientiques se sont interrogs sur les causes de la spectaculaire stabilit de la biosphre. Dans les annes 1970, le gophysicien James Lovelock a imagin, avec la microbiologiste Lynn Margulis, le concept de Gaa, dans les annes 1970, vulgaris par leur ouvrage Gaa : a New Look at Life on Earth, ultrieurement traduit en franais sous le titre La Terre est un tre vivant (1979). Selon cette thorie, la biosphre est capable de ragir des modications cosmologiques an de maintenir, dans ses divers compartiments, des conditions favorables la vie. En ce sens, il na fait que systmatiser lide de Vernadsky qui voyait dans la biosphre actuelle le rsultat dun long processus de biologisation de lenvironnement plantaire, les tres vivants rendant par leur action permanente les habitats terrestres et aquatiques de plus en plus favorables la vie. Un des exemples les plus connus de cette aptitude autorgulatrice de lenvironnement propre la biosphre est la baisse continuelle du dioxyde de carbone dans latmosphre au cours des priodes gologiques ( lexception des priodes trs rcentes). Ce processus biogochimique avait permis de compenser la hausse progressive de la temprature terrestre due au rchauement du Soleil au fur et mesure quil vieillit par une diminution concomitante de leet de serre. Lhumanit actuelle, par suite de sa prolifration incontrle et par le dveloppement incessant de technologies mal matrises, porte atteinte aux grands quilibres de la biosphre. Des phnomnes tels que les changements climatiques globaux ou encore la destruction partielle de la couche dozone reprsentent, parmi dautres, les signes prmonitoires dune catastrophe cologique globale contre laquelle une course de vitesse doit dsormais tre engage. FRANOIS RAMADE Bibliographie J. BTHEMONT, Les Richesses naturelles du globe, Paris, 1987 / J.-P. DELAGE, La Biosphre. Notre Terre vivante, coll. Dcouvertes Gallimard, Paris, 2001 / H. LIETH, Versuch einer kartographischen Darstellung der Produktivitt der Panzendecke auf der Erde , in Geographisches Taschenbuch,

1 Lessor des biotechnologies 2 Les biotechnologies rouges 3 Les biotechnologies vertes 4 Les biotechnologies bleues ou aquatiques 5 Les biotechnologies blanches 6 Les biotechnologies et lenvironnement 7 Lavenir des biotechnologies

. La biologie systmique . La biologie de synthse

actique ; dautres encore peuvent fermenter dans la farine et faire lever la pte du pain. Des bactries se multiplient dans du lait pour le transformer en yaourt. Invents souvent fortuitement, bire, vin, fromage apparaissent ainsi, dans lhistoire des civilisations humaines, en dirents points de la plante, plusieurs millnaires avant Jsus-Christ. Une premire tape de rationalisation de ces pratiques rsulte des travaux de Louis Pasteur (1822-1895) qui, dune part, mettent en vidence lexistence de micro-organismes, leur rle de ferments, et, dautre part, expliquent leur action. Ces recherches dbouchent sur une amlioration des pratiques industrielles. Des levures, des moisissures, des bactries sont slectionnes pour leurs qualits particulires. Cest la priode du dveloppement des biotechnologies traditionnelles. Lhygine, lasepsie, la strilisation des instruments font, peu peu, leur entre dans ce monde industriel o foisonnent les microorganismes. Le XXe sicle voit lapparition dune biologie fondamentale qui, aprs avoir t longtemps une science essentiellement descriptive, devient progressivement une science explicative du vivant. Cette meilleure comprhension du monde vivant constitue la seconde tape du dveloppement des biotechnologies dites modernes qui sont dsormais fondes non seulement sur lemploi de micro-organismes, mais aussi sur lutilisation de certains de leurs constituants et, nalement, sur lacide dsoxyribonuclique (ADN), molcule essentielle de la vie, support de linformation gntique. Les biotechnologies vont ainsi connatre, entre 1970 et 1990, un essor sans prcdent. Elles deviennent des technologies diusantes, utilises dans des domaines trs varis : le mdicament et la sant, lenvironnement, laquaculture, lagriculture, lindustrie agroalimentaire, la chimie lourde, lindustrie minire...

Les biotechnologies se dnissent, aujourdhui, comme lensemble des mthodes et des techniques utilisant des composants du vivant (molcules, organites, cellules, organismes) pour rechercher, modier ou produire des substances chimiques ou des lments dorigine vgtale, animale ou microbienne. Il y a quelque 10 000 ans, lorsquil est pass du stade de cueilleur-chasseur celui dagriculteur-leveur, lhomme, en slectionnant les espces vgtales ou animales dont il avait besoin, en semant ses rcoltes et en faisant se reproduire son btail, commenait dj modier le monde vivant qui lentourait pour amliorer son ordinaire. Puis, il a observ et mis prot les phnomnes de fermentations dus des microorganismes dont il ignorait, videmment, lpoque, lexistence mme. Il constate, ainsi, que des matires premires sont modies. Des levures ou des bactries convertissent le sucre en alcool ; dautres, lalcool en acide

1 Lessor des biotechnologies

Trois bouleversements sont lorigine de lessor des biotechnologies modernes : le dveloppement doutils molculaires trs performants ; lexplosion des connaissances dans le domaine de la gntique ; et, enn, laccumulation de donnes biologiques issues des vastes programmes internationaux de squenage des gnomes (gnomique). Les outils molculaires du gnie gntique (enzymes de restriction, polymrases, rverse transcriptase, ligases), dcouverts dans les annes 1970, permettent de dcouper nement et spciquement la molcule dADN, de la copier, de la ressouder, etc. Il devient alors possible disoler rapidement, puis de caractriser des gnes. LADN tant universel dans le monde du vivant, il est alors possible de transfrer des gnes dans des cellules (micro-organismes ou autres) an de leur faire produire des molcules dintrt, produits de ces gnes. Cette premire rvolution constitue le fondement du renouveau des biotechnologies modernes et leur

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confre une importance conomique et industrielle majeure. Des molcules trs complexes (des hormones comme linsuline, lrythropotine ou lhormone de croissance, des anticorps, etc...) qui, jusque-l, ne sobtenaient que trs dicilement, par extraction-purication, partir dorganes ou de cellules animales ou humaines (comme lhormone de croissance extraite de lhypophyse) deviennent aisment disponibles et en quantit illimite. La puissance de ces mthodes bouleverse les stratgies industrielles, en particulier dans lindustrie pharmaceutique, non seulement en produisant simplement et rapidement des biomolcules dintrt mdical, mais aussi en caractrisant de nouvelles cibles pour la recherche de mdicaments classiques. La gntique quelle soit humaine, vgtale ou animale va bncier de lvolution de la biologie qui est devenue, en quelques annes, molculaire. Elle sintresse lhrdit, cest--dire aux mcanismes de transmission des caractres biologiques au cours des gnrations et, en mdecine, aux gnes responsables de pathologies hrditaires rares (maladies neuromusculaires, mucoviscidose, etc.), mais aussi aux gnes qui prdisposent aux pathologies multifactorielles frquentes telles que lobsit, le diabte, le cancer, etc. La composante gntique de toutes ces pathologies devient alors accessible avec comme consquences des apports dterminants dans le domaine du diagnostic (une maladie souvent mal dnie et mal connue auparavant acquiert un statut plus solide) et la mise en vidence de voies dapproche originales pour de nouveaux mdicaments. La protine code par ce gne altr devient alors une cible dont il faut corriger le dysfonctionnement et, par l, les eets dltres. La connaissance des squences nuclotidiques de lADN constitue le niveau le plus n de linformation gntique. Dans les annes 1990, la biologie grande chelle nat de la ncessit daugmenter fortement la puissance des techniques de squenage de cette molcule gante, en particulier pour le gnome de lhomme, constitu de 3 milliards de paires de base (nuclotides). Les mthodes utilises jusque-l taient artisanales et seuls certains gnomes de virus, de quelques centaines quelques milliers de nuclotides, avaient pu tre squencs. Avec ces mthodes, il aurait fallu, pour dterminer la totalit du gnome despces suprieures , dont lhomme, des dlais de lordre de vingt quarante ans. Lautomatisation du squenage a permis de traiter rapidement les oprations rptitives. Des marqueurs uorescents, des lecteurs lasers, la sparation par lectrophorse capillaire ont contribu de leur ct lamlioration du dbit. Grce au dveloppement fulgurant de ces technologies, le projet public international de squenage du gnome de lhomme, qui associait seize laboratoires de squenage dans le monde, fut achev en 2003. Dautres gnomes ont t, depuis, squencs dans le monde animal et vgtal. La biologie grande chelle a transform certains laboratoires de recherche en de vritables usines de production de donnes . Linformatique est videmment essentielle pour stocker et exploiter les donnes obtenues, dont le nombre double tous les sept mois. Cette biologie, trs innovante, conduit dautres dveloppements comme la transcriptomique, qui tudie lexpression simultane de plusieurs milliers de gnes dune cellule ou dun organe, ou la protomique, qui analyse des ensembles de protines dune cellule, dun organe ou dun organisme. Ces nouvelles technologies, qui ont comme caractristique essentielle de viser lexhaustivit du rsultat (on cherche, dans ces deux exemples cits, caractriser la totalit des gnes exprims ou la totalit des protines prsentes, un instant donn, et leur fonctionnalit), constituent une nouvelle approche du vivant, beaucoup plus globale, moins rductionniste que par le pass et, par consquent, probablement mieux mme de comprendre la complexit du fonctionnement du vivant. Les biotechnologies modernes ont prot directement de ces trois rvolutions, ainsi que des progrs eectus dans les domaines de la culture cellulaire, de lhybridation cellulaire, du clonage... pour prendre une importance conomique et socitale que personne ne pouvait seulement imaginer dans les annes 1970. Elles sont gnralement divises en quatre catgories, en fonction de leur domaine dapplication : les biotechnologies rouges ; les biotechnologies vertes, les biotechnologies bleues ; et les biotechnologies blanches. Les biotechnologies relatives au traitement de problmes environnementaux sont parfois dissocies des biotechnologies blanches pour former une cinquime catgorie. port sur les mdecines traditionnelles chinoises, indiennes, africaines ou autres, alli aux outils du gnie gntique, mobilise de nombreux laboratoires publics ou privs dans la recherche de nouvelles substances dintrt thrapeutique. En plus dtre un rservoir naturel de molcules mdicaments, les plantes peuvent tre utilises comme des usines de production de mdicaments biotechnologiques. Pour cela, on insre dans leur gnome le gne dintrt qui leur permet de produire la protine souhaite. Ainsi, par exemple, la lipase, intervenant dans le traitement de la mucoviscidose, est produite dans du mas transgnique. De mme, le tabac peut produire, en 48-72 heures, assez de protines de bonne qualit pour rivaliser avec les micro-organismes usines. ct de ces innombrables dveloppements que lon regroupe sous lappellation biotechnologies rouges molculaires , des progrs notables sont accomplis dans les biotechnologies rouges cellulaires dus une meilleure connaissance de la physiologie t cellulaire (tabl. 1). Ainsi, on peut en quelques semaines reproduire in vitro, partir de quelques cellules souches de lpiderme, une peau complte pour traiter un grand brl. Cet exemple illustre une nouvelle dimension de la mdecine rgnrative ou de reconstruction dans laquelle les cellules souches, quelles soient embryonnaires ou somatiques, sont appeles jouer un rle primordial, notamment dans les maladies neurodgnratives (Parkinson, Alzheimer).

2 Les biotechnologies rouges

Les biotechnologies rouges concernent les domaines de la sant, du mdicament, du diagnostic, de lingnierie tissulaire ainsi que le dveloppement de procds gntiques ou molculaires ayant une nalit thrapeutique. Cest dans cette catgorie que les eorts les plus importants ont t entrepris. On estime que, en 2010, 80 p. 100 des nouveaux mdicaments seront issus, directement ou indirectement, des biotechnologies modernes, ce qui explique lengouement des industriels et des nanciers, en particulier aux tats-Unis. Cest aussi dans cette catgorie que les biotechnologies utilisant les cellules souches embryonnaires, les techniques du clonage et les outils de diagnostic gntique posent de redoutables questions dthique et imposent des limites demploi. Grce aux outils du gnie gntique et la connaissance du gnome humain, on obtient de nombreuses informations permettant didentier des cibles molculaires nouvelles qui sont dune grande importance dans lapproche thrapeutique des pathologies humaines ou animales. On peut estimer entre 5 000 et 10 000 le nombre de ces cibles potentielles, alors que, aujourdhui, seules moins de 500 dentre elles sont exploites. Reprer dans cette abondance les plus pertinentes reprsente un vritable d. Cest avec la production de molcules complexes, issues du vivant (hormones, etc.), que les biotechnologies ont acquis leurs lettres de noblesse. Lusine cellulaire, quelle soit bactrienne ou eucaryote, se rvle dune remarquable ecacit, capable de fabriquer, de manire plus ou moins dle, des molcules ou des substances quaucun chimiste ne pourrait synthtiser. De plus, les produits biotechnologiques sont, gnralement, beaucoup plus srs que les extraits dorganes humains ou animaux qui peuvent tre contamins par des virus ou dautres lments. Lhistoire tristement clbre de lhormone de croissance nous le rappelle dramatiquement. Ces biomdicaments reprsentent, dailleurs, une suite logique des recherches visant extraire du monde animal, vgtal ou microbien des principes actifs connus en mdecine traditionnelle. Les biomdicaments anciens taient des molcules chimiques plus ou moins simples (aspirine provenant du saule, colchicine de la colchique, taxol de lif, pnicilline de moisissure). Aujourdhui, le regard nouveau

3 Les biotechnologies vertes

Elles regroupent les biotechnologies, parfois trs anciennes, qui intressent lagriculture, t llevage et lagroalimentaire (tabl. 2). Elles sont tissulaires, cellulaires ou molculaires. Elles comprennent les techniques de transgense vgtale ou animale avec lesquelles on obtient des organismes gntiquement modis (O.G.M.). Ces derniers sont lorigine dune prise de conscience, parfois excessive, mais certainement ncessaire, des dangers potentiels vhiculs par certains dentre eux soit pour la sant de lhomme, soit pour lenvironnement. Les biotechnologies vertes sont parmi les plus anciennes. Les fermentations ont dabord utilis des micro-organismes non slectionns pour produire de lalcool, de lacide actique, des fromages, etc. Les techniques non matrises de slection animale ou vgtale furent appliques trs tt, ds lAntiquit, pour la domestication de plantes ou danimaux sauvages. La multiplication des plantes par semis, par drageons ou boutures fut mme la premire pratique agricole. Les hybrideurs de plantes du XIXe sicle contriburent largement la naissance de la gntique moderne. Les biotechnologies vertes modernes associent toutes ces techniques, dsormais bien matrises, la biologie molculaire. Les applications sont trs nombreuses, allant de lamlioration des espces vgtales dintrt conomique laccroissement de la productivit, la fabrication de nouveaux produits (plantes usines), la production de sources dnergie renouvelable, etc. Des gnes responsables de la rsistance aux herbicides, aux infections virales, fongiques ou bactriennes, identis grce au progrs de la gnomique, sont utiliss pour transfrer aux plantes ces mmes proprits de rsistance. Cest en 1985 que les premiers essais en champ de plantes transgniques ont eu lieu aux tats-Unis. Il sagissait dun tabac rsistant un insecte grce au gne de

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mthodes

domaines dapplication maladies gntiques : - maladies neuromusculaires, drpanocytose, progria, dcits immunitaires, maladie de Huntington, mucoviscidose, etc. maladies frquentes :

principaux rsultats ou produits

gnes de prdisposition impliqus dans ces pathologies oncognes, gnes suppresseurs de tumeurs, etc.

identication de nouvelles cibles molculaires pertinentes pour le traitement des pathologies humaines et la dcouverte de nouveaux mdicaments

- cancer - neuropathologies (Parkinson, Alzheimer, sclrose en plaque, migraine, schizophrnie, anxit, pharmacodpendance, etc.) - maladies cardio-vasculaires (trouble du rythme cardiaque, athrosclrose, mort subite du nourrisson) - maladies de systme : diabte, obsit, etc. microbiologie

gnes de rsistance et nouveaux antibiotiques aspirine actinides antibiotiques, antifongiques anticancreux, mdicaments cardio-vasculaires, anti-inammatoires, etc.

identication de cibles molculaires pour des agents ou des mdicaments connus identication de nouveaux mdicaments partir de plantes, micro-organismes, champignons, etc.

cyclo-oxygnases cibles molculaires cellulaires

1re gnration production de nouveaux vaccins 2 gnration

e

virus, bactries attnues ou tues, vaccins multi-antigniques protines antigniques puries : hpatite B, herps utilisation de lADN codant lantigne comme support vaccinal ou utilisation de cellules dendritriques, alicaments vaccinaux. insuline hormone de croissance hormones : LH, FSH interfrons alpha interfrons bta interfrons gamma facteurs de croissance - hmatopotique : Interleukines, GM-CSF rythropotine , - vasculaire : VEGF FGF etc. , , plus de 500 anticorps monoclonaux facteur VIIA, VIII, facteurs IX, activateurs du plasminogne protines nutritionnelles enzyme morpholinos

3e gnration

diabte retard de croissance reproduction hpatite B et C, maladies virales, cancer sclrose en plaque production de protines thrapeutiques granulomatose septique cancer, leucmies, anmies, neutropnie, aplasie

cancer, rhumatisme articulaire, sclrose en plaque, maladie de Crohn, rejet de greffe pathologies de la coagulation, arthrose griatrie, insufsance rnale maladies gntiques maladies gntiques rares cancer neuropathologies thrapie cellulaire thrapie cellulaire modie : - organes bio-articiels - organes articiels biopuces, laboratoires sur puce (lab-on-chips) et nanobiotechnologies pharmacogntique mdecine lgale gntique des populations

thrapie gnique (ADN-mdicament)

piderme, cellule nerveuse embryonnaire, cellules souches hmatopotiques, etc. thrapie gnique cellulaire dans les maladies gntiques rares telles que limmunodcience de lenfant foie, pancras, vessie, rein oreilles articielles ou implants cochlaires, rtines articielles.

thrapie cellulaire

diagnostic, nouveaux outils, nouvelles approches

tabl. 1 - Les biotechnologies rouges.

la toxine de la bactrie Bacillus thuringiensis. Les premires plantes transgniques, dont un tabac rsistant un antibiotique (la kanamycine), avaient t ralises deux ans auparavant. Vingt ans plus tard, quelque 102 millions dhectares, cest--dire 5 p. 100 des terres cultivables de la plante, taient ensemencs avec des O.G.M. principale-

ment du mas, du soja, du colza et du coton et concernaient dix millions dagriculteurs. Ces O.G.M. cultivs sont gnralement rsistants aux herbicides ou aux insectes ravageurs. ct de ces biotechnologies molculaires, la dcouverte des phytohormones (gibbrelline, auxines, cytokinines, etc.) impli-

ques dans la croissance vgtale et lamlioration des techniques de culture tissulaire ont conduit au dveloppement industriel de technologies de multiplication vgtative de plantes. partir dun seul embryon mristmatique , on obtient des milliers de plantules susceptibles de repeupler des forts ou certaines contres mena-

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mthodes

domaines dapplication

exemples

biotechnologies vertes molculaires

- plantes gntiquement modies amlioration agronomique plantes rsistantes la scheresse (conomie deau) plantes xatrices dazote (moins dengrais ajout, respect de lenvironnement) plantes rsistantes la salinit, lacidication des sols, etc. rsistance aux virus (mas, manioc, patates douces, bl) ou aux pucerons rsistance au court nou (vigne), aux nmatodes rsistance aux insectes ravageurs (Bt) alicament : riz enrichi en vitamine A, en fer amlioration de la teneur en protine limination dallergnes ou substances toxiques (cyanure dans le manioc) modication de la teneur en amidon et en acide gras (soja, pommes de terre) modication de la teneur en antioxydant (tomates) taxol (dans le tabac) lipase (dans le mas) protines vaccinales (dans le tabac) rsistance aux maladies et au stress levures amliores pour la bire ou autres fermentations

rsistance aux ravageurs et aux maladies rsistance aux herbicides modication des proprits nutritionnelles et de la composition des aliments.

plantes utilises comme systme de production de mdicaments

- animaux ou micro-organismes gntiquement modis

btail et volailles micro-organismes alimentaires ou des ns alimentaires

- bioproduits dintrt agroalimentaire ou agronomique (voir aussi biotechnologies blanches)

enzymes dintrt alimentaire

boulangerie-ptisserie : alpha amylase, glucose isomrase, hmicellulose, xylanase, protase. bire : alpha actolacte dcarboxylase, bta glutamate, pullulanase. produits laitiers : chymosine amidon Bacillus thuringiensis (Bt) comme biopesticides virus spcique dinsectes (baculovirus)

agents de texture pour lalimentation biopesticides

biotechnologies vertes cellulaires

- fermentation - reproduction asexue - multiplication vgtale naturelle - reproduction asexue articielle slection de nouvelles levures ou bactries bouturage, greffes, marcottage multiplication des plantes in vitro partir de cellules du mristme reproduction partir de cellules diffrencies : formation dembryons in vitro amlioration gntique des plantes, animaux ou micro-organismes obtention de milliers de nouvelles plantes identiques utilises pour le reboisement, la culture fruitire, etc. carottes, palmiers huile, etc. agro-alimentaire : bire et autres

gnomique

la connaissance des donnes gnomiques permet une approche beaucoup plus performante lors de la slection gntique classique.

tabl. 2 - Les biotechnologies vertes.

ces par des ravageurs comme, au Maroc, les palmeraies de palmiers-dattiers dvastes depuis un sicle par le Fusarium oxysporum, un champignon parasite qui envahit les vaisseaux des plantes et les tue en quelques annes (maladie du Bayoud).

4 Les biotechnologies bleues ou aquatiques

Le domaine dapplication des biotechnologies modernes dans le monde aquatique en est encore ses balbutiements. Il regroupe diverses techniques qui permettent daugmenter le taux de croissance des espces aquatiques dlevage, damliorer la qualit nutritive des aliments aquacoles et la sant des poissons, dtendre la gamme des espces aquatiques cultives , damliorer la gestion et la conservation des stocks despces sauvages... Certaines techniques sont anciennes (fertilisation des tangs), dautres bncient des apports de la biologie molculaire (saumon transgnique, diagnostic de patho-

logies danimaux marins), fondes sur ltude de lADN de parasites ou de microorganismes, des gnes de rsistance aux maladies (vaccination), de linduction articielle de la reproduction par ladministration dhormones exognes... Les techniques daquaculture se diversient et se gnralisent progressivement. Elles visent, en particulier, prserver les espces naturelles, actuellement en pril du fait des pratiques de la pche industrielle. Dune manire trs gnrale, une rexion se dveloppe sur lutilisation raisonne, diversie et enrichie des produits commerciaux de la mer. Beaucoup denzymes isoles partir du milieu marin pourraient prsenter des caractristiques uniques et utiles, des biocapteurs naturels danimaux aquatiques pourraient tre utiliss dans la surveillance de lenvironnement maritime. Dautres molcules sont dj utilises dans direntes activits industrielles et pourraient tre modies par voie molculaire. Tel est le cas t de polysaccharides issus dalgues (alginate, carraghnanes, etc.) qui servent de stabilisant, gliant ou paississant. Tous ces

produits sont omniprsents dans la vie quotidienne et sont trs utiliss par les industries agroalimentaires (lait, soupes, viandes) et cosmtiques (dentifrice, shampooing, etc.). Les alginates entrent dans la composition de produits pour la dentisterie (empreintes). Le chitosane, un driv de la chitine, un compos particulirement abondant dans les carapaces de crustacs, est une bre aux proprits chimiques et biologiques exceptionnelles, utilise dans de nombreuses applications industrielles et mdicales : environnement (absorption de liquide et dodeurs), aliments, pharmacie, gurison de plaies, cosmtique, etc.

5 Les biotechnologies blanches

Elles ont pour objet la fabrication de produits (polymres, dulcorants, acides amins, etc.), linvention de procds (bioranerie) ou la production de bionergie lchelle industrielle partir de lutilisation de la biomasse considre comme une matire premire renouvelable (tabl. 3). Ces

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domaines biomatriaux : - matriaux classiques pour usage mdical (matriaux bio-compatibles) - matriaux issus du vivant

exemples

prothses ; matriel dinjection, de contention, etc. bioplastique ( partir damidon) biopolymres : polyhydroxyalkanoates (PHA), polyhydroxybutyrates (PHB) polyesters bactriens

chimie : - chimie de base - chimie de spcialits par des micro-organismes utilisation denzymes pour synthse chimique strospcique galvanisation additifs alimentaires colorants armes acides amins : L-lysine, L-glutamine et L-mthionine arbres transgniques (peupliers) teneur en lignine rduite blanchiment de la pte de bois traitement de surface traitement des efuents PLA (poly lactic acid ) 1, 3-propanediol de Dupont soie transgnique acrylamide lyocell rhamnolipid saponine enzymes lipides pour la cosmtique biothanol biodiesel lubriants maroquinerie de poisson (saumon) traitement enzymatique des peaux animales biocapteurs (odeurs par exemple) biolixiviation

industrie de la papeterie : prparation et traitement de la matire premire

industrie du textile : nouvelles bres, nouveaux tissus

industrie des dtergents, solvants, lessives

industrie des cosmtiques biocarburants

industrie du cuir

industrie des capteurs industrie minire

tabl. 3 - Les biotechnologies blanches industrielles.

matires premires (mas, paille, sucre, betterave, bois, olagineux, etc.) sont transformes en produits nis (acides amins, enzymes, produits pharmaceutiques, ingrdients, polymres, dulcorants tensioactifs, bioplastique, biothanol, etc.), gnralement grce des micro-organismes. Ces mthodes illustrent la transition progressive de notre systme industriel depuis les matires premires primaires fossiles vers les matires biologiques renouvelables. Les biotechnologies blanches sinscrivent en eet directement dans la proccupation dun dveloppement durable par lutilisation de sources de carbone renouvelables (au lieu du carbone fossile), le recours des ractions temprature normale (conomie dnergie), la production de dchets en volume limit, labsence de solvants et une consommation deau souvent trs rduite. Ces mthodes aboutissent au concept de bioraneries intgres o, partir de matires premires vgtales (plantes entires, rsidus, micro-organismes), dirents produits (intermdiaires ou nis) sont obtenus et utiliss pour divers domaines industriels (alimentaires, biocarburants, biomatriaux, additifs, pharmacie, enzymologie, etc.). La transformation de la plante entire par des procds de bioconversion prsente trois atouts : elle permet doptimiser le rendement nergtique lhectare ; elle limite les surfaces ncessaires ; et elle ne donne pas de sous-produits.

Ces avantages placent loptimisation des procds de bioconversion au rang des priorits technologiques mondiales.

6 Les biotechnologies et lenvironnement

Certaines pratiques biotechnologiques ou des produits qui en sont issus, dont les O.G.M., sont accuss de mettre en pril notre environnement en lui faisant courir le risque dune pollution gnique. Cette proccupation, qui nest pas totalement infonde, dpend essentiellement du type dO.G.M. considr. Elle mrite une attention et une prudence particulires. En revanche, nombre de pollutions environnementales, quelles soient chimiques, biologiques, dorigine industrielle ou autres, sont ou seront traites par des mthodes biotechnologiques. On utilise dj des microorganismes pour dgrader des dchets toxiques en produits non dangereux, en particulier en eau et dioxyde de carbone (biorestauration). Les produits ptroliers sont ainsi dgrads par des agents microbiens spciques. Dans une autre approche (biostimulation), on ajoute un milieu pollu des substances nutritives qui favorisent la prolifration de germes prsents dans ce milieu et qui, par leur action, dgraderont les composs dangereux.

Des champignons microscopiques, naturels ou modis gntiquement, sont aussi utiliss pour traiter le lisier de porc et ses odeurs. Leau des gouts est dbarrasse de ses matires organiques grce la bactrie Streptothrix hyalina. Dautres bactries, du type Micrococcus, liminent des drivs du ptrole (hydrocarbures polycycliques cancrignes). Dautres encore dgraissent et nettoient des tuyaux dvacuation. Des plantes (phytorestauration ou phytoremdiation) ainsi que des champignons sont disposs dans des sites pollus an dliminer les substances dangereuses, sans ajouts de produits chimiques ou sans incinration. Des polluants complexes volatiles sont limins par ltration dans des colonnes comprenant des micro-organismes qui absorbent et dtruisent ces substances lors du passage de lair contamin. Ces micro-organismes peuvent faire de mme dans des eaux uses. On peut ainsi dsodoriser des manations industrielles ou liminer des substances chimiques aussi dangereuses que le tolune, lhexane, le pentane. Certaines algues, avides de mtaux lourds, purient des eaux de lavage minires en absorbant ces mtaux. La liste des substances toxiques ou dangereuses traites par des mthodes biologiques sallonge rapidement, de mme que la varit des micro-organismes, des algues, des plantes ou les technologies imagines pour venir bout dun site pollu. Ces

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BIOTECHNOLOGIES
mthodes sont videmment conues pour protger lenvironnement et non pour contribuer dplacer le problme. Il sagit, dans la plupart des cas, de recycler des produits chimiques complexes en substances plus simples et moins dangereuses pour lenvironnement. Lextraordinaire biodiversit du monde vivant, en particulier des micro-organismes, dont nous ne connaissons quune inme partie, permet desprer que, dans lavenir, la plupart des problmes environnementaux seront traits la source de la pollution et feront lobjet dun cycle contrl du dbut la n. Des tudes menes par lO.C.D.E. en 1998 et 2004 dmontrent ainsi la part prpondrante que prendront les biotechnologies dans la plupart des systmes industriels, non seulement dans le domaine de la sant et de lagriculture, mais aussi dans la chimie lourde, dans les industries minires, du fait mme de cette capacit sintgrer dans un cycle o chaque tape fait lobjet dune attention particulire du point de vue de notre environnement. tion in silico du fonctionnement complet dune cellule lmentaire, une e-cell virtuelle partir de laquelle des expriences in silico pourraient se dvelopper et dont les rsultats pourraient tre tests ensuite in vivo. Ce type dapproche sera extrmement utile dans des tudes lourdes et complexes, par exemple de toxicologie vise prdictive, permettant de diminuer considrablement les expriences in vivo ou in vitro et de cerner de manire plus prcise les proprits thrapeutiques ventuelles dune molcule. Nos connaissances actuelles sont encore loin de permettre daborder ce type de questions mais lapprofondissement permanent de nos connaissances et lamlioration de la modlisation pourront conduire, au terme de quelques annes, des ruptures technologiques. Quoi quil en soit, cette nouvelle approche du fonctionnement du vivant, parce quelle est beaucoup plus dle et proche de la ralit, sera probablement trs fconde, par exemple, dans sa capacit dnir des cibles pertinentes pour la recherche de mdicaments ou la comprhension de fonctionnements pathologiques. natre ? La biologie de synthse revisite en des termes totalement nouveaux bien des interrogations sur le sens mme de la vie. Les dveloppements actuels ne peuvent pas aller sans une rexion approfondie, sans un questionnement sur le sens profond de projets qui exigent, peut-tre plus que tout autre, un dbat dans une socit proccupe lgitimement par son avenir et qui sinterroge dsormais sur le sens mme du mot progrs. PIERRE TAMBOURIN Bibliographie W. S. BAINBRIDGE & M. C. ROCO dir., Managing Nano-Bio-Info-Cogno Innovation : Converging Technologies in Society, Kluwer Acad. Publ., 2005 / Bio-promesse ? La biotechnologie, le dveloppement durable et lconomie future du Canada, Rapport technique au Comit consultatif canadien de la biotechnologie, 2006 / Biotechnologie alimentaire moderne, sant et dveloppement : tude partir dexemples concrets, O.M.S., dpartement Scurit sanitaire des aliments, 2005 / La Biotechnologie aquatique : document de rexion sur le renouvellement de la stratgie canadienne en matire de biotechnologie, Rapport sommaire du Groupe de travail sur la biotechnologie aquatique, Canada / Les Biotechnologies au service de la durabilit industrielle, O.C.D.E., 2001 / Les Biotechnologies au service dune croissance et dun dveloppement durable, O.C.D.E., 2004 / Biotechnology and the Environment, European Initiative for Biotechnology Education, 2000 / J.-Y. LE DAUT, La Place des biotechnologies en France et en Europe, O.P.E.C.S.T., 2005 / J.-Y. LE DAUT, A. POMPIDOU & F. SERUSCLAT, Dveloppement des biotechnologies mdicales et problmes thiques, colloque parlementaire, Assemble nationale, Paris, 1999 / C. DELPORTE & P. BERARDO, Le Traitement biologique des euents industriels liquides, Annales des Mines, octobre 2004 / Enjeux thiques des nanosciences et nanotechnologies, Comit dthique du C.N.R.S. (COMETS ), 21 octobre 2006. http://www.cnrs.fr/fr/prsentation/ethique /comets/index.htm / Guide to Biotechnology, Bio-2005-2006, Biotechnology Industry Organization / Panorama du secteur des biotechnologies en France et dans le monde, Eurostaf, 2006 / Synthetic biology : Applying Engineering to biology, Commission europenne, Rapport de Nouvelles Sciences & Technologies nergtiques (N.E.S.T.), 2005 / Traitement des euents par les biotechnologies, Forum Technologique Alsace, janvier 2006. Sites Internet principaux Europabio : http://www.europabio.org The US National Biobased Product and Bioenergy Web Site : http://www.bioproduc ts-bioenergy.gov/ Centre national de squenage (gnome, gnomique ) : http://www.cns.fr/externe/ franais/questions/. Biocentury : http://www.biocentury.com Biotechnology Industry organization : http://www.bio.org. OCDE. http://www.Oecdbookshop.org. Corrlats ADN e BIODPOLLUTION e BIOTHIQUE e BIOLOGIE (la biologie molculaire) e BREVET DINVENTION e CLONAGE e LEVAGE e ENZYMES e FERMENTATIONS e GNTIQUE e GNOME e O.G.M. e PROTINES.

7 Lavenir des biotechnologies

Les activits gnres par les biotechnologies sont le type mme dactivits dites diusantes, cest--dire qui interviennent de manire diverse dans de trs nombreux secteurs industriels. Leurs applications, plus nombreuses que celles qui taient postules au dpart, sont appeles se dvelopper, tant quantitativement que qualitativement. Encore aujourdhui, le monde des biotechnologies bncie surtout des progrs dune biologie essentiellement analytique qui met progressivement disposition de ces technologies des outils et des procds drivs de ltude des tres vivants, en particulier des micro-organismes, dont lextraordinaire biodiversit et lexceptionnelle capacit dadaptation fournissent des solutions trs innovantes pour aborder les problmes de la chimie, de lenvironnement, des matriaux, etc. On peut prdire, sans risque de se tromper, que les biotechnologies nen sont qu leur dbut et que des ruptures technologiques de grande importance se produiront. Deux dveloppements scientiques (au moins) seront lorigine de ces ruptures : la biologie systmique et la biologie de synthse.

. La biologie de synthse
Ce tout nouveau champ de recherche a dj des applications biotechnologiques potentielles. De fait, lapproche du biologiste qui analyse le vivant pour en comprendre, pas pas, le fonctionnement, il substitue la dmarche de lingnieur qui essaie de fabriquer de nouveaux systmes partir de constituants lmentaires du vivant. L o le gnticien isole, caractrise, transfre un gne dun organisme lautre, dune cellule lautre, le biologiste de synthse va concevoir un gne nouveau, partir de morceaux dautres gnes ou le synthtiser de toutes pices. Il sagit, en quelque sorte, de considrer le vivant comme un immense Meccano, partir duquel sont imagins et construits de nouvelles entits (bactries), des micromachines (autoreproductibles ou pas), des systmes qui nexistent pas dans la nature, des voies mtaboliques originales... On peut ainsi conditionner une bactrie pour lobliger fabriquer une substance jusque-l impossible obtenir par voie biotechnologique. Cette volution de la biologie rappelle celle de la chimie qui, au cours du XIXe sicle, est passe dune dmarche purement analytique avec ltude dlments naturels la conception et llaboration de nouveaux matriaux, inaugurant la chimie de synthse. Lune des ides fortes de cette biologie de synthse tient la volont de dnir des systmes vivants simplis et asservis une ou deux fonctions prcises. Par exemple, une bactrie rudimentaire qui consommerait du dioxyde de carbone ou des dchets pour produire de lnergie lumineuse ou de lhydrogne. Certains travaillent lutilisation de composants biologiques dans des ordinateurs. Plus proches des applications, on pourrait concevoir des enzymes de synthse plusieurs sites catalytiques, des nouveaux matriaux, des nouvelles voies mtaboliques conues spciquement pour dgrader des polluants chimiques, des biocapteurs capables de rvler dans lenvironnement des traces de telle ou telle substance chimique... Les perspectives de dveloppement de la biologie de synthse sont si considrables quelles inquitent dores et dj les philosophes et les thiciens, peut-tre plus encore que tous les autres champs de la science. Le fait mme de parler de vie totalement articielle nous projette dans un univers o lun des arguments, selon lequel la nature la dj fait , tombe. Quelles consquences sur nos conduites et nos valeurs ? sur lenvironnement ? Comment distinguer entre ce que lon souhaite crer et ce que lon fera

. La biologie systmique
Elle rsulte directement des nouvelles technologies nes du dveloppement de la gnomique (transcriptome, protome, mtabolome) et capables dapprhender dsormais le vivant un niveau de complexit qui impose une bio-informatique solide susceptible de stocker les innombrables donnes obtenues mais aussi daider leur interprtation en permettant de conceptualiser la signication profonde de ces rsultats en termes dinteractions ou dinterdpendances. Il devient non moins ncessaire de sappuyer sur une simulation du fonctionnement de ces systmes complexes pour intgrer ces donnes dans une modlisation de la physiologie dune cellule, dun ensemble de cellules, dun organe ou dun organisme. Cette approche, trs fconde, peut identier des fonctions nouvelles, des proprits inattendues de systmes molculaires complexes et proposer, par l, de nouvelles approches thrapeutiques ou de nouveaux concepts. Lun des objectifs de tels programmes de recherches serait daboutir une modlisa-

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