Présentation de module Génie enzymatique

 Intitulé de la matière : Génie enzymatique.

 Ce cours est destiné aux étudiants en Master 1 : Biochimie appliquée.
 Unité d’enseignement fondamentale 1 (UEF1).
 Semestre : 1
 Crédits : 4
 Coefficients : 2
 Enseignent responsable : Mr. ABISMAIL Youcef.
 E-mail : abi.youcef@univ-adrar.edu.dz

Terminologie :
 Le génie est l'aptitude naturelle de l'esprit qui rend capable de concevoir, de créer des choses et
des concepts exceptionnels » (Larousse ; 2000) ; « c'est l'art d'utiliser au mieux l'information et
les outils afin de créer et de concevoir pour répondre à des situations problématiques »
 L’Enzymologie, branche de la biochimie, est la discipline consacrée à l’étude des propriétés
structurales et fonctionnelles des enzymes.
 Le ≪ génie enzymatique ≫, ou encore appelée : Enzymologie appliquée est une branche de
l’ingénierie des bioprocédés qui relève de l’exploitation des enzymes en passant par l'identification
de leurs spécificités, Leurs extraction, les conditions de leurs purifications et leurs
modifications dans le but d’améliorer leurs propriétés et les conditions optimales de la catalyse
enzymatique et enfin la production à grande échelle à des fins appliquées.

Objectifs :
Le cours de génie enzymatique vise à permettre à l’étudiant de maîtriser les éléments nécessaires à
l’utilisation des enzymes à l’échelle industrielle ou analytique. Il abordera quelques exemples
d’applications dans le domaine médical ou dans l’industrie. Divers bioréacteurs enzymatiques seront
passés en revue.

A la fin du module, l‘étudiant sera capable de concevoir un système d'exploitation des catalyseurs
enzymatiques dans les Industries Agro-Alimantaire (IAA) en prenant en considération les
conditions optimales de la catalyse enzymatique.

En général :
On s’intéresse dans ce module beaucoup plus aux :

 Production d’enzyme d’intérêt industriel (origine, technique d’extraction) ;

 Enzymes immobilisées, leurs méthodes d’immobilisation et leurs applications dans les
différents domaines (pharmaceutique, médicale et industrielle).
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Chapitre 1 : Généralités sur les enzymes

Table des matières

1. Le catalyseur ................................................................................................................................... 3
2. Les types de catalyse ...................................................................................................................... 4
2.1 Catalyse homogène ................................................................................................................. 4
2.2 Catalyse hétérogène................................................................................................................. 4
2.3 Catalyse enzymatique .............................................................................................................. 5
3. Définition d’une enzyme ................................................................................................................ 5
4. Caractéristique des enzymes ........................................................................................................... 5
5. Mode d’action d’enzyme (réaction enzymatique) .......................................................................... 6
6. Structure des enzymes .................................................................................................................... 8
7. Nomenclature des enzymes : .......................................................................................................... 9
7.1 Nomenclature fonctionnelle .................................................................................................... 9
7.2 Nomenclature officielle ........................................................................................................... 9
8. L'interaction entre l’enzyme et le substrat .................................................................................... 10
9. Modèle de la spécificité d’interaction site actif-substrat .............................................................. 11
9.1 Modèle 1 : Modèle de Fisher « clé et serrure » ..................................................................... 11
9.2 Modèle 2 : Modèle de Koshland « Ajustement induit » ....................................................... 12
10. Mécanisme d’action des enzymes ............................................................................................. 12
10.1 Holoenzymes ......................................................................................................................... 12
10.2 b. Hétéroenzymes ................................................................................................................ 13

2022-2023 2
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Chapitre 1 : Généralités sur les enzymes

Introduction :
Les organismes vivants sont le siège d'un grand nombre des réactions biochimiques très diverses. Ces
réactions s'effectuent dans des conditions « douces » où, normalement, elles seraient très lentes. Si
elles ont lieu, c'est parce qu'elles sont catalysées par des macromolécules biologiques : les enzymes.
En général, une réaction chimique est une transformation de la matière au cours de laquelle les
espèces chimiques qui constituent la matière sont modifiées.

Exemple : la réaction chimique entre l’hydrogène et l’oxygène qui conduit à la formation de l’eau
suivant la formule suivante :
2H + O H2O
Dans cette formule l’hydrogène (H) et l’oxygène (O) représentent les réactifs et la molécule d’eau
(H2O) représente le produit de la réaction chimique.

D'une manière générale, une réaction ne peut avoir lieu que si certaines conditions sont réunies comme
la présence de tous les réactifs, les conditions de température, de pression, de lumière…etc.

Certaines réactions nécessitent ou sont facilitées par la présence d'une substance chimique, appelée
catalyseur.

1. Le catalyseur
Un catalyseur est une substance capable d'accélérer ou de faciliter une réaction
chimique, la catalyse, sans entrer dans la composition du produit obtenu.
Exemple :
L’eau oxygénée se décompose lentement. Au cours de cette transformation, il se forme de l’eau et du
dioxygène gazeux selon l’équation :

La Figure 1 ci-dessous représente l’évolution de la concentration molaire en eau oxygénée au cours du

temps, à une température de 30 °C sans catalyseur (courbe A). On obtient la courbe B lorsqu’on ajoute
un catalyseur (platine par exemple), dans les mêmes conditions expérimentales.

2022-2023 3
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Figure 1 : Changement de la vitesse de la réaction en présence d’un catalyseur (courbe B).

On remarque que la quantité d’eau oxygénée décroît plus rapidement en présence d’un catalyseur
que sans catalyseur. La vitesse de la réaction augmente en présence d’un catalyseur.
Le catalyseur peut être un solide, un liquide ou plus rarement un gaz, il est utilisé en très petite
quantité et il est spécifique à une réaction donnée.

2. Les types de catalyse

2.1 Catalyse homogène
Une catalyse est dite homogène lorsque le catalyseur et les réactifs forment une seule phase,
généralement liquide ou gazeuse.
Exemple :
La réaction de décomposition de l'eau oxygénée peut être catalysée par les ions fer (III) en solution
aqueuse. On la représente par :

Au cours de cette transformation, la couleur orange des ions fer (III) en solution disparaît puis
réapparaît : les ions fer (III) ont participé à la transformation mais ont été régénérés en fin de réaction.
2.2 Catalyse hétérogène
Une catalyse est dite hétérogène lorsque le catalyseur et les réactifs forment plusieurs phases.
Généralement, le catalyseur est solide et les réactifs sont à l’état liquide ou gazeux.
Exemple :
La réaction de décomposition de l'eau oxygénée peut être catalysée par le platine solide en solution
aqueuse. On la représente par :

.
Le platine n’est pas consommé. Le fil de platine n’est pas altéré par la réaction.

2022-2023 4
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

2.3 Catalyse enzymatique

Une catalyse est dite enzymatique si le catalyseur est une enzyme. Généralement, une enzyme ne
catalyse qu’une seule réaction chimique.
Exemple :
La réaction de décomposition de l'eau oxygénée peut être catalysée par la catalase, enzyme présente
dans le sang ou dans le navet. On la représente par :

.
Une enzyme peut accélérer une réaction chimique par un facteur dépassant 1014.
Quant à des comparaisons entre des catalyseurs enzymatiques et des réactions catalysées non-
enzymatiques, les enzymes ont démontré un pouvoir catalyseur très élevé, et ceci à des températures
relativement basses. La comparaison entre plusieurs catalyseurs est représentée dans le tableau 1.
Tableau 1 : représentation de plusieurs substrats et leurs catalyseurs ainsi que la température et la
vitesse de réaction avec chaque catalyseur.

51°
C
53°
C
25°
C
62°
C
21°
C
22°
C
22°
C
Au cours d'une réaction, des échanges d'énergie avec le milieu environnant ont lieu : certaines liaisons
du substrat sont rompues en absorbant de l'énergie et certaines liaisons du produit sont formées en
libérant de l'énergie.

3. Définition d’une enzyme

Une enzyme est une protéine douée d’une activité spécifiques catalytique d’une réaction biochimique
du métabolisme de l’être vivant qui la produit.
Les enzymes sont des « bio » catalyseurs des réactions biochimiques ou catalyseur biologique.

4. Caractéristique des enzymes

2022-2023 5
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

- Toutes les enzymes sont des protéines (15 000 <M enz< plusieurs millions de daltons) ; soit des
protéines pures soit des protéines associées à des molécules de faible masse moléculaire de nature
organique appelées coenzymes.
- Une enzyme donnée est spécifique, c’est-à-dire qu’elle catalyse toujours la même transformation,
se produisant sur les mêmes corps chimiques initiaux = substrat (une spécificité de fonction et une
spécificité au substrat)
- Elles augmentant la vitesse de R chimiques sans modifie les résultats en agissant à des très faibles
concentrations. Elles se trouvent intacts (inchangés) à la fin de la réaction.
- Les enzymes sont réglables ; elles modifient leur activité catalytique en réponse aux besoins
cellulaires.
- Les enzymes est thermosensible et pH- dépendant.
- Les protéines enzymatiques sont synthétisées par des êtres vivants. Cette synthèse est déterminée
génétiquement : sa conservation dans le génome est favorisée par le besoin qu’éprouve cet être vivant
de faire cette réaction
- Les enzymes abaissent l'énergie d'activation. L'énergie d'activation ou l'énergie libre d'activation
(ΔGa) est l'énergie qui doit être absorbée par les réactifs pour que leurs liaisons soient brisées. Les
réactifs doivent atteindre un état de transition instable dans lequel les liaisons sont plus fragiles et plus
faciles à briser. Même une réaction exergonique, où le ΔG est négatif, nécessite l'absorption d'énergie
pour atteindre l'état de transition.

5. Mode d’action d’enzyme (réaction enzymatique)

Les enzymes catalysent les réactions biochimiques selon le processus suivant :

2022-2023 6
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Figure 2 : réaction enzymatique

Des termes associés à une réaction enzymatique :

Substrat : Molécule qui entre dans une réaction pour y être transformée grâce à l’action catalytique
d’une enzyme = les molécules qui entrent dans une réaction enzymatique et sont définitivement
modifiées.
Produit : Molécule qui apparaît au cours d’une réaction catalysée par une enzyme. La nouvelle
molécule qui résulte de cette transformation est appelée produit.
Ligand : Corps chimique ayant une liaison spécifique avec une enzyme. Toutes les molécules ayant
une liaison spécifique avec une protéine sont appelées ligands. Pour chaque ligand, il existe au moins
un site de fixation sur la protéine qui le reçoit.
Cofacteur : Corps chimique intervenant obligatoirement dans une réaction enzymatique :
 Pour transporter ou compléter un substrat ;
 Pour accepter un produit comme participant à la structure de l’enzyme.
Les cofacteurs peuvent être des ions comme l’atome de Zinc de l’anhydrase carbonique ou de petites
molécules minérales habituellement présentes dans les milieux biologiques, à commencer bien sûr
par la molécule d’eau. Certains cofacteurs sont des molécules plus complexes synthétisées par les
cellules : nous les appellerons coenzymes.
Coenzymes : Molécule biologique intervenant comme cofacteur indispensable dans la catalyse
enzymatique d’une réaction :
 Les coenzymes libres interviennent dans la réaction de manière stœchiométrique ;
 Les coenzymes liés interviennent dans la réaction de manière catalytique.
Exemple d’une réaction enzymatique
.

2022-2023 7
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Substrat : Amylose
Enzyme : Amylase
Produit : maltose + maltotriose

Figure 3 : catabolisme d’amylose par l’intervention de l’amylase

6. Structure des enzymes

Les enzymes sont des protéines globulaires abondantes dans les milieux biologiques, ils sont composés
principalement de carbone 60%, d’oxygène 16%, d’hydrogène 8% et d’azote 16% de soufre etc.
Les protéines enzymatiques sont constituées de résidus d’acides aminés de la série L, reliés entre eux
par des liaisons peptidiques. Une vingtaine d’acides aminés participe dans la composition de ces enzymes
et elles adoptent plusieurs degrés d’organisation :

1) Structure primaire : se définit par la séquence en acides aminés.

2) Structure secondaire : La séquence en acides aminés subit des repliements pour former des
motifs (hélices α et feuillet β).
3) Structure tertiaire : consiste le repliement ou arrangement spatial des structures secondaires
maintenues par des liaisons hydrophobes ainsi que les liaisons covalentes et ponts disulfures.
4) Structure quaternaire : Association de plusieurs chaines protéiques. Dans le cas où la protéine
est composée d’une seule chaine elle est dite monomère, dans le cas où la protéine est
composée de plusieurs chaines elle est dite oligomère.

2022-2023 8
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Figure 4 : Structure tridimensionnelle des enzymes

7. Nomenclature des enzymes :

Des milliers de molécules enzymatiques ont été identifiées à ce jour. Leur classification dépend de leur
principale fonction au niveau cellulaire. Deux types de nomenclateurs sont utilisés pour les enzymes, une
nomenclature fonctionnelle et la nomenclature officielle.

7.1 Nomenclature fonctionnelle

Elle est très utilisée. Elle prend en compte le nom du substrat de l’enzyme et le type de réaction
catalysée. Pour désigner une enzyme on indique :
 D’abord le nom du substrat
 Puis le type de réaction catalysée
 On ajoute enfin le suffixe ase.
Exemple : Glucose-6-phosphate isomérase, Pyruvate carboxylase
Lorsque l'enzyme utilise 2 substrats on les désigne tous les deux en indiquant :
 Le substrat donneur de radicaux
 Puis le substrat accepteur du radical libéré
 Le radical échangé
 Le type de réaction
 On ajoute enfin ase.
Exemple : ATP-glucose phosphotransférase, UDP glucose-fructose glucosyltransférase
7.2 Nomenclature officielle
Au vu de l’importance des découvertes de nouvelles molécules, l’Union Internationale de
Biochimie a fondé la Commission Internationale des Enzymes (1956). Cette commission a Établi
une nomenclature qui permet d’identifie toute nouvelle molécule d’enzyme et le nom d’enzyme obéit à une
classification universelle.
Toutes les enzymes actuellement connues sont répertoriées sous un numéro portant 4 nombres séparés
par des points et précédés de EC soit (EC x1.x2.x3.x4). La signification des nombres est la suivante :

2022-2023 9
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Le premier chiffre X1 : correspond au numéro de classe, pouvant varier de 1 à 6 indique le type de

réactions :
Classe 1 : Oxydoréductases (transfert d'électrons, d’atomes d’hydrogène ou fixation d’oxygène).
Classe 2 : Transférases (transfert d'atomes ou de groupes d’atomes).
Classe 3 : Hydrolases (Coupure des liaisons avec fixation de radicaux H et OH issus de l’eau).
Classe 4 : Lyases (Coupure des liaisons par d'autres modes autres que l'hydrolyse).
Classe 5 : Isomérases (réaction conservant la formule brute du composé).
Classe 6 : Ligases (formation des liaisons entre C et un autre métalloïde en utilisant l'énergie de l'ATP).

Le deuxième chiffre X2 : Le deuxième désigne la sous-classe considérée. Différents sous classe se

distinguent selon la nature du groupement chimique qui sert de donneur dans la réaction.

Le troisième chiffre X3 : correspond à sous sous classe de sous classe de la classe considérée. Il
désigne la nature de la molécule qui sert d'accepteur, lorsqu'il s'agit d'un transfert d'électrons.

Le quatrième chiffre X4 : correspond à un numéro d’ordre donné à chaque découverte de nouvelle

enzyme.
Exemple :
ATP:D-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase
Appartient à la classe des transférases (classe 2).
Sous-classe des transférases transférant des groupements contenant un phosphore (= sous-classe
7).
Sous-sous-classe ou l'accepteur du groupement transféré est un alcool (= sous-sous- classe 1)
Numéro de série attribué = 11
Le nom complet : EC 2.7.1.11

8. L'interaction entre l’enzyme et le substrat

La fonction des enzymes est liée à la présence dans leur structure d’un site particulier appelé le site actif.
Schématiquement, il a la forme d’une cavité ou d’un sillon dans lequel vont se fixer les substrats grâce à
plusieurs liaisons chimiques faibles. Une fois fixés, les substrats vont agir et se transformer en produits
L'interaction entre enzyme et substrat ne concerne que quelques acides aminés : c'est le site actif de
l'enzyme ; Elles font intervenir des liaisons non covalentes. L’enzyme fixe le substrat grâce à son site
actif favorisant ainsi la transformation du substrat en produit puis la libération du produit et le retour
à l’état initial de l’enzyme (figure 5).

2022-2023 10
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Figure 5 : formation de complexe ES (enzyme-substrat).

Le site actif d’une enzyme est spécifique d’un ligand bien déterminé et il est subdivisé en 2 parties :
A- Site de liaison, fixation, et reconnaissance : Reconnait la complémentarité de forme avec un
substrat spécifique de l’enzyme.
B- Site catalytique : Permet la réaction transformant le substrat en produit.

Figure 6 : Représentation de site actif d’une enzyme RuBP carboxylase

9. Modèles d’interpréter l’interaction site actif-substrat

Deux modèles pour expliquer la spécificité de liaison Substrat-Enzyme :
9.1 Modèle 1 : Modèle de Fisher « clé et serrure »
L'hypothèse selon laquelle la spécificité enzymatique résulte de la nature complémentaire du substrat
et de son site actif a été proposée pour la première fois par le chimiste allemand Emil Fischer en
1894, il est devenu connue sous le nom de « l’hypothèse : clé et serrure » de Fischer, selon laquelle
seule une clé de la taille et de la forme correctes (le substrat) s'insère dans le trou de la serrure (le site
actif) de l'enzyme.

2022-2023 11
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

9.2 Modèle 2 : Modèle de Koshland « Ajustement induit »

En 1958, Daniel Koshland a étendu les idées de Fischer et a présenté le « modèle d'ajustement
induit » de la liaison du substrat et de l'enzyme, dans lequel la molécule d'enzyme change légèrement
de forme pour s'adapter à la liaison du substrat.
L’analogie couramment utilisée est le « modèle de la main dans le gant », où la main et le gant ont
une forme largement complémentaire, mais le gant est moulé autour de la main au fur et à mesure
qu’il est inséré afin de fournir une correspondance parfaite.

10. Mécanisme d’action des enzymes

Les enzymes ont une structure globulaire et la masse moléculaire de ces enzymes s’élève à plusieurs
millions et s’exprime en dalton (Da).
Du point de vue de leur structure on divise les enzymes en deux catégories :
 Les enzymes purement protéiques : elles ne sont constituées que d’acides aminés. Ce sont les
holoenzymes.
 Les enzymes en deux parties : une partie protéique appelée apoenzyme (thermolabile) et une
partie non protéique appelée cofacteur ou coenzyme (thermostable). L’association des deux
parties forme l’hétéroenzyme.
10.1 Holoenzymes
Les holoenzymes sont des enzymes actifs sous leur forme native. Elles sont constituées uniquement
d’un enchainement de résidus d’acides aminés.
Mécanisme de fixation de substrat sur les holoenzymes :
La fixation du substrat s’effectue sur des groupements fonctionnels libres situés sur le radical R de la
chaine latérale des résidus d’acides aminés intervenant au niveau du site actif.
Parmi ces groupements, il y a :
 Ser-OH
 His-Imidazole
 Tyr-Phénol
 Lys-NH2

2022-2023 12
 Université Ahmed Draya -Adrar- Faculté des sciences et technologie
Département : SNV Module : Génie enzymatique
M1 Biochimie Appliquée (Semestre 1)

Exemple : Dans le cas de la trypsine qui est une endopeptidase appartenant à la famille des sérines
protéinase, l’hydrolyse de la liaison peptidique se fait de manière spécifique à droite des acides aminés
basiques arginine et lysine.
Cette spécificité provient du résidu acide aspartique en position Asp 189, qui est localisé à l’intérieur
de la poche de spécificité. Ce résidu stabilise les radicaux R des résidus d’acides aminés basiques par
des liaisons électrostatiques.
La fixation spécifique du substrat est stabilisée dans une position favorable par liaisons hydrogènes.
La triade catalytique est composée par les trois résidus Ser 195, His 57 et Asp 102, Cette triade
catalytique peut intervenir pour faciliter la rupture de la liaison peptidique :
1) La première étape de cette réaction est la formation de l’intermédiaire (Acyl-Enzyme) et
libération de la première partie du substrat peptidiques R‘’-CH-NH 3+
2) La libération du produit P1 permet à une molécule d’eau d’accéder au site actif de l’enzyme
3) L’addition nucléophile de la molécule d’eau libre libéré le produit P2 qui est en fait une partie
du S (R’CH-CO-NH-Lysine –COO-)
4) La triade catalytique répond son état initial à la fin de la réaction.
10.2 Hétéroenzymes
Les Hétéroenzymes sont constituées d’une partie protéique appelée Apoenzyme qui s’associe à une
partie non protéique appelée cofacteur.
Les cofacteurs peuvent être classés selon leur mode de liaison aux enzymes :
 Composés liés fortement à l’enzyme (groupement prosthétiques) exemple : le groupement
porphyrine dans les catalases ou cytochromes.
 Composés liés faiblement à l’enzyme : beaucoup de ces coenzymes sont des dérivés de
vitamines exemple : NAD ou NADP qui dérivent du Nicotinamide (vitamine pp).
 Ions métalliques (cations) : Fe2+, Mg+, Mn+, Cu++, l’ion associé à la partie protéique forme
la métallo-enzyme
Mécanisme de fixation de substrat sur les hétéroenzymes :
L’Apoenzyme est nécessaire à la fixation spécifique du substrat alors que le cofacteur est
nécessaire à l’expression de l’activité catalytique de ces enzymes. Les Hétéroenzymes utilisent
différents cofacteurs qui peuvent être des coenzymes ou des ions métalliques, qui sont nécessaire à :
 L’activation des enzymes.
 La stabilisation de la confirmation spatiale de site actif.
 La catalyse enzymatique.
Les coenzymes sont des molécules organiques non protéiques de faible masse moléculaire. Ils ne sont
pas responsables de la spécificité enzymatique mais leur présence est indispensable à l’activité
catalytique.

2022-2023 13