N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant

One can order the nature while obeying to it

[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Dr Mamadou GUEYE
ISRA-MIRCEN
Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM) IRD-ISRA-UCAD
BP 1386, DAKAR, Sénégal

Tel : (221) 338493321

Fax : (221) 33 8321675
Cell : (221) 776467762
Email : Mamadou.gueye@ird.sn
http://www.isra.sn

Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye

N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Ecologie Microbienne
EM aborde la place et le rôle des
microorganismes dans un habitat
(environnement) et les interactions
des microorganismes entre eux et avec
leur milieu

Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye

N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

L’environnement du sol
Composition : matière minérale, eau, air,
matière organique, communautés vivantes
Aspects physiques : support des plantes
partie solide : 50%, Partie poreuse : 50%
(eau, air)
Aspects chimiques : réservoir d’éléments
nutritifs
Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Fraction organique : HUMUS, produit

des activités microbiennes pour la
décomposition des résidus végétaux et
animaux.
C’est également un réservoir nutritif pour
les plantes et les microorganismes

Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye

N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Les microorganismes du sol

Bactéries
Actinomycètes
Champignons
Algues
Protozoaires
Virus
Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Les Bactéries
Plus importante communauté microbienne
dans le sol
Forme
Allongée : Bacilles
Sphérique : Cocci
Spirale : Spirillium
Taille : ≤ 5 µ
Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Distribution et abondance

Estimations varient en fonction :

• des méthodes de détermination
• Des facteurs de l’environnement
Entre plusieurs 100.000 et plusieurs
100.000.000 bactéries par gramme de sol

Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye

N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Distribution et abondance (suite)

• Adhésion aux particules argileuses et à
l’humus
• Développement de colonies dans des
niches écologiques favorables
• Nombre et types de bactéries gouvernés par
type de sols et pratiques culturales

Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye

N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Influence de l’environnement
Affecte la densité et la composition de la
flore bactérienne
Humidité : excès d’eau ralentit la
multiplication bactérienne car limite les
échanges gazeux (O2); stress hydrique
Température : Mésophiles (25 – 35°C) ;
Psychrophiles (moins de 20°C)
Thermophiles (45 – 65°C)
Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Influence de l’environnement
Acidité/alcalinité : excès inhibiteur.
N.B. bactéries acidophiles
Climat : Zones agroécologiques
Horizons du sol : diminue en profondeur

Ecologie Microbienne
ANSTS-Biosécurité 2010
(Mars 08) Juillet 09 Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Groupes Génétiques

Ordre des Pseudomonadales

Famille des Pseudomonadaceae, Pseudom
Ordre des Eubacteriales
Famille des Rhizobiaceae
Autres ordres ……

Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye

N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Nutrition
Hétérotrophes :
• sources d’énergie et de carbone : nutrients
organiques
Autotrophes
• Source d’énergie : oxydation des
composés inorganiques Photoautotrophes
• Source de carbone : assimilation de CO2
Chimioautotrophes
Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]

Nutrition
Chimioautotrophes
Composés azotés
• Ammonium en nitrite Nitrosomonas
• Nitrite en nitrate Nitrobacter
Composés sulfatés Thiobacillus
Composés ferreux Ferrobacillus
Composés hydrogénés Hydrogenomonas, Methano
CO en CO2 Carboxydomonas

Ecologie Microbienne 2010 Mamadou Gueye