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Cours ISE Dev Durable
Cours ISE Dev Durable
Dr Mamadou GUEYE
ISRA-MIRCEN
Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM) IRD-ISRA-UCAD
BP 1386, DAKAR, Sénégal
Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]
Option :
Relations sol-plantes- microrganismes
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N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]
PLAN
Introduction
Bases de la production végétale
• Le sol
• La plante
• Le climat
Les microorganismes
Les relations fonctionnelles microorganismes-plantes
Les techniques de mesure
Les axes de recherche
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N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
[Rousseau J J (1750) Discours sur les sciences et les arts]
Mamadou Gueye
N2 On ne peut commander la nature qu’en lui obéissant
One can order the nature while obeying to it
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Le sol
Etudes Physiques : support pour la plante
Etudes Chimiques : réserve de substances nutritives pour la plante
Etudes Biologiques : réserve d’êtres vivants dont l’activité biologique
influence la plante
Fertilité du sol
• Contrôle de l’humidité
• Amendement : substances améliorant les propriétés du sol
• Amélioration par le travail du sol (façons culturales)
• Nutrition de la plante par apport d’engrais minéraux,
biologiques, ou matière organique
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Le climat
Composants du climat
• Observation de la météorologie
• Exploitation des enregistrements de la météo
Bioclimatologie
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La plante
Biologie et physiologie de la plante
• Cellule, tissus, organes
• F° vitales : absorption, transpiration, respiration, photosynthèse
Amélioration de la plante
• Génétique, sélection, production de plants et de semences
Cultures
• Semis, plantation, peuplement
• Organisation des cultures, ie, systèmes de culture
Croissance et Développement des cultures
Protection des cultures
• Ravageurs, prédateurs, maladies virales ou bactériennes
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SOL
Dynamique des
Nutrients d’origine
Min, Org, Biol
PLANTE CLIMAT
Contribution
COMPRÉHENSION DE :
• Environnement physique et biologique et Évolution des potentiels de production
• Mécanismes d’adaptation et comportement des plantes dans les systèmes de cultures
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RAPPELS
L’azote : élément essentiel pour la nutrition des plantes.
La plupart des sols (tropicaux) sont déficients en azote
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RAPPELS
L’azote : élément essentiel pour la nutrition des plantes.
La plupart des sols (tropicaux) sont déficients en azote
Cycle de l’azote
Les produits azotés provenant de la plante sont transformés en
protides, acides aminés et acides nucléiques utilisables par les
animaux qui excrètent leurs déchets azotés sous forme d'urée,
d'acide urique ou d'allantoïne.
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Cycle de l’azote
L'ammoniaque produit est rapidement oxydé par des
bactéries du genre Nitrosomas qui transforment
l'ammoniaque en nitrite (NITRIFICATION).
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Cycle de l’azote
L'azote nitrique peut être réduit sous l'action de certaines
bactéries dénitrifiantes qui restituent l'azote sous forme
gazeuse.
Cycle de l’azote
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Cycle de l’azote
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Cycle de l’azote
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Cycle de l’azote
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Les rhizobiums
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Les Légumineuses
Légumineuses, groupe de plantes à fleurs (angiospermes) dicotylédones,
dont le fruit est une gousse, comptant environ 18 000 espèces de répartition
mondiale.
• La sous-famille des des Papilionoïdées. Il en existe environ
12 000 espèces, parmi lesquelles les pois, les haricots, les arachides et les
sojas.
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Rhizobiums N2
Bradyrhizobium
Légumineuses E
I
Vigna unguiculata
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Par les points d’émergence des racines secondaires, à partir de leur base :
pas de cordon d’infection
deux cas
• Infection type arachide : pénétration des rhizobiums par des espaces
intercellulaires dans le cortex du poil absorbant
Infection des tiges de Sesbania : au niveau des sites d’infection disposés sur toute la
longueur de la tige
deux caractéristiques des sites d’infection : (i) ils sont préformés ; (ii) ils sont
sensibles à l’infection par les rhizobiums pendant
toute la vie de la plante.
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Fonctionnement du nodule
La photosynthèse
N2 NH3 Protéines
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Racine de la plante
N2
NH+
4
+
NH
3
rhizobium
Nodule
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Fonctionnement du nodule
Les enzymes impliquées dans la FBA
H2 2 H+ + 2e-
(Hydrgénase)
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Fonctionnement du nodule
L’assimilation de l’ammoniac :
• NH3 faible : le glutamate préexistant est en Gln qui réagit avec α cétoglutarate
pour reformer du Glu
GS
Glutamate + NH4 + ATP
+
Glutamine + ADP + Pi
GOGAT
Glutamine + α cétoglutarate + NAD(P)H Glutatamate + NAD(P)
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Racine de la plante
N2
NH+
4
+
NH
3
rhizobium
Nodule
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Remarque
In vitro, chez les rhizobiums, la voie GS-GOGAT intervient dans l’assimilation
de l’ammoniac
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Fonctionnement du nodule
La leghémoglobine
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H H
nitrogénase
H C C H C C
H H
H H
nitrogénase
N N N N
H H Mamadou Gueye
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TROIS ETAPES
Etape 1: Minéralisation (Digestion)
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TROIS ETAPES
Etape 2 : Distillation
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TROIS ETAPES
Etape 3 : Titration
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Calcul
(ml acide borique - ml blanc) x N de acide borique x 1.4007
N% =
Poids de l’échantillon en gramme
Protéines
Sources de protéines Facteurs de conversion
Lait et dérivés 6,38
Graines (légumineuses) 6,25
Riz 5,95
Blé 5,70
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• Inoculum liquide
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• Inoculum liquide
• Inoculum solide
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Avantages de la FBA
Economique
pour un même rendement, l’azote apporté à la plante par FBA
coûtant 3 USD est égal à l’engrais azoté coûtant 87 USD
Environnemental
Utilisation des inoculums comme alternative à l’emploi des
engrais azotés minéraux empêche la pollution des eaux
souterraines par les nitrates lessivés
Efficacité
Pas de besoin en énergie pour la production des inoculums
Application aux semences (méthodes d’inoculation) simple
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Avantages de la FBA
Meilleurs rendements agricoles
Une amélioration des rendements agricoles est observée
dans beaucoup de localités
Durabilité
L’utilisation des inoculums est un facteur de la durabilité
Des systèmes de culture : sauvegarde de l’environnement,
Bénéfices économique, applications agronomiques, …
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Solubilisation de P minéral
microorganismes
PO43- Plantes
Nutrition phosphatée
microorganismes
Minéralisation de P organique
Microorganismes
Immobilisation
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Microorganismes responsables
• Bactéries : Pseudomonas, Achromobacter, Agrobacterium, etc …
• Chapmpgnons : Penicillium, Aspergillus, etc …
Mécanisme
• Solubilisation directe par acidification du milieu par sécrétion de
substances
Exemple : Thiobacillus produit du H2S qui solubilise le P tricalcique
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Microorganismes responsables
• Bactéries : Bacillus, Serratia, Arthrobacter, , etc …
• Chapmpgnons : Penicillium, Aspergillus, etc …
• Actinomycètes : Streptomyces
Mécanisme
Rappel : l’immobilisation
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Mécanisme
Décomposition de grosses molécules en composés minéraux simples :
• AA soufrés simples : Cys, Met, Acide cystéique
• Sulfates organiques (sulfate de choline)
• Température :
Pas de minéralisation ≤ 10°C ≥ augmentation progressive
≥ 35°C production de mercaptan
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• Température :
4°C : oxydation insuffisante
• pH : sulfooxydation favorisée.
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Conséquences de la SR
bicarbonate
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