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2011 - 2014
PrsentationdesLicencesSciencesetTechnologieetSant

LICENCE DE BIOCHIMIE

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Sommaire




Gnralits sur la licence mention Biochimie 3
Organisation des tudes de la mention 8
1) L1 Portail SVT (S1 et S2) 11
2) L2 Biochimie 19
3) L3 Biochimie 35

Comptences couvertes 54
Annexes 58
Fiche RNCP
Fiche diplme
Plaquette formation


3

Gnralits sur la licence mention Biochimie


Objectifs de la licence de Biochimie



Lobjectif principal de cette mention de licence est de former des scientifiques linterface entre les sciences de
la vie et la chimie, capables de dialoguer et cooprer avec des acteurs de ces deux secteurs. La mise en place
compter de cette habilitation denseignements orients vers le secteur de la diffusion des connaissances
scientifiques permettra aussi des tudiants de se prparer une professionnalisation dans ce domaine.




Informations gnrales sur la licence de Biochimie



La licence STS mention Biochimie est compose de deux semestres de L1 en tronc commun (portail SVT)
avec les mentions Biologie et Terre et environnement , et de 4 semestres spcifiques (L2 et L3)
incluant des UE communes avec les mentions Biologie et Chimie.
Comme les autres mentions de licence STS, elle comporte 5 UE de 6 ects denseignements transversaux
(Anglais, Sport, Pratiques et comptences informatiques et internet, Recherche documentaire, Sciences et
socit, Projet professionnel).
La mention Biochimie se dcline en un seul parcours mais la part dUE libres (21 ects : toute UE est alors
possible, dans toutes les disciplines) et dUE optionnelles (6 ects choisir en Biologie) permet aux tudiants
de donner leur cursus une marque personnelle.

Les grands domaines couverts par cette formation sont : la biochimie mtabolique, la biochimie structurale,
la biologie cellulaire, la biologie molculaire, la bio-informatique structurale, la chimie organique,
lenzymologie, ainsi que les techniques biochimiques.

Le titulaire de ce diplme a les connaissances ncessaires pour exercer au niveau technicien, et a acquis les
comptences transversales (comptences du C2i niveau 1, pratique de la langue anglaise, dfinition du
projet professionnel, ouverture vers les problmes de socit en relation avec les sciences, exprience en
milieu professionnel) lui permettant dintgrer dans de bonnes conditions un environnement professionnel.

Il est par ailleurs parfaitement form pour une poursuite dtudes en biochimie, mais a galement les bases
suffisantes pour une orientation dans une formation (master ou autre) de biologie (gntique et biologie
cellulaire, physiologie, par exemple) ou vers certains secteurs de la chimie (analyse physico-chimique), les
sciences du mdicament (pharmacologie, cosmtologie) ou lindustrie agro-alimentaire.


4

Conditions dadmission



Accs en premire anne (L1) :
Baccalaurat (S de prfrence), ou quivalent
Etudiant-e-s UE : Accs sous condition de connaissance du franais (TCF niveau 4)
Etudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP (demande dadmission pralable)
Etudiant-e-s coll-e-s de PACES (Premire anne commune de Sant) de Lyon : quivalences
avec des UE de L1 portail SVT



Accs en deuxime anne (L2) :
Etudiant-e-s ayant valid 60 crdits (ECTS) de L1 portail SVT de Lyon1.
Etudiant-e-s reu-e-s coll-e-s de PACES de toutes les universits franaises.
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de
formation :
pour les tudiant-e-s titulaires dun BTS ou DUT
pour les tudiant-e-s issu-e-s des CPGE (Classes Prparatoires aux Grandes Ecoles)
pour les tudiant-e-s issu-e-s d'une universit franaise, autre que Lyon1, ou trangre
(tudiant-e-s hors UE : procdure DAP obligatoire, et le cas chant passage par le CEF
(Centre pour les Etudes en France).



Accs en troisime anne (L3) :
Etudiant-e-s ayant valid 120 crdits (ECTS) de la Licence STS mention Biochimie
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de forma-
tion :
pour les tudiant-e-s titulaires d'un BTS ou DUT
pour les tudiant-e-s issu-e-s des CPGE (Classes Prparatoires aux Grandes Ecoles)
pour les tudiant-e-s issu-e-s d'une universit franaise, autre que Lyon1, ou trangre
(tudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP)
Un accs en Licence STS mention Biochimie peut tre envisag par la Validation des Acquis de
lExprience (VAE).






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Quelques donnes chiffres

Rpartition des effectifs globaux de la licence mention Biochimie, par anne de formation et par
parcours, selon le diplme de fin dtude secondaire.

(la rubrique autres correspond aux tudiants trangers)

Plus de 85% des tudiants de L1 (chiffres 2008-2009)
sont titulaires dun baccalaurat S (schma ci-contre,
anneau intrieur). La proportion de titulaires de bacs
professionnels ou technologiques passe de 6% en L1, 1%
en L2 (anneau intermdiaire), et 2% en L3 (anneau
extrieur), traduisant sans doute par l la difficult de ces
bacheliers russir dans une voie gnrale. La proportion
de candidats non titulaires dun baccalaurat franais
passe de moins de 5% en L1 14% en L3 (17 sur 119, anneau
extrieur) en raison de laccueil en L3 de candidats
trangers.



Devenir des tudiants de L1 portail SVT , lanne suivante :


41,25% en moyenne des tudiants issus du L1 portail
SVT , continuent dans les 3 mentions proposes
Biologie , Biochimie , STU .

10% en moyenne des tudiants issus du L1 portail
SVT , choisissent la mention Biochimie en L2.
Depuis lanne universitaire 2005/2006, ce
pourcentage est en rgulire augmentation passant de
9% en 2006/2007 10 % en 2007/2008 et 11% en
2008/2009.

Paralllement, le taux de redoublement est en lgre
baisse sur ces 3 dernires annes passant de 22% en
2006/2007 17% en 2008/2009.

36,75% des tudiants abandonnent les formations
Lyon 1, lissue du L1 portail SVT .
22%
28%
9%
3%
2%
36%
Devenir, en 2005/2006,
des t udiant s de L1 de 2004/2005
redoublement L1
L2 Biologie
L2 Biochimie
L2 STU
autres formations Lyon 1
non r inscrits Lyon 1
17%
30%
11%
3%
2%
37%
Devenir, en 2008/2009,
des t udiant s de L1 de 2007/2008
L1
L2
L3

6

Informations gnrales sur la licence de Biochimie


Le portail SVT (L1) permet le dveloppement des connaissances scientifiques de base en mathmatiques,
physique, biologie, chimie, gosciences, mais aussi la dcouverte de la biochimie, matire que les lycens
nidentifient pas la sortie de la classe de terminale. Lenseignement de la biochimie y est coupl avec celui
de la chimie au sein de deux UE de semestres 1 et 2.

Les UE scientifiques des semestres 1 et 2 peuvent tres suivies dans nimporte quel ordre car elles nont pas
de pr-requis. Ces enseignements permettent dacqurir les connaissances ncessaires une formation
scientifique de base, avec dj une certaine connotation biologique. La Biochimie apparat dans deux UE
mixtes Chimie/Biochimie de 6 ects (Biomolcules A et Biomolcules B), la chimie traite en premire
partie amenant une meilleure comprhension des applications biochimiques prsentes ensuite. Des
confrences thmatiques permettent daborder les intrts industriels de ltude des biomolcules et
donner aux tudiants une vue d'ensemble du cursus.


La deuxime anne (L2), avec le semestre 3, permet lorientation vers la mention Biochimie, mais
lexistence dUE communes en L2 tant avec les mentions Chimie que Biologie permet des passerelles vers ou
en provenance de ces deux mentions.
Les semestres S3 et S4 permettent dacqurir les comptences ncessaires en Chimie au travers de deux
UE de 6 ects. La part des enseignements de Biochimie augmente lors de ces deux semestres, avec 12 ects en
S3 et 9 en S4. Sont alors dveloppes les bases du mtabolisme (Biochimie mtabolique 1), de lenzymologie
(Enzymologie 1), lutilisation des traceurs radioactifs et les techniques de sparation par centrifugation,
lectrophorse, etc. (Techniques prparatives et analytiques en biochimie).

Une UE exclusivement de travaux pratiques (Biochimie exprimentale 1) permet aux tudiants de sexercer
aux manipulations et au traitement des rsultats exprimentaux. Suite au constat dun manque actuel, des
notions de mtrologie seront introduites dans cette UE compter de la prochaine habilitation. En S4, lUE
Microbiologie 1 est obligatoire dans le cursus et permet de complter la formation de biologie acquise en L1.
Cet assemblage dUE permet de maintenir une formation encore gnraliste, trs ouverte vers la Biologie et
vers la Chimie, ce qui facilite dventuelles rorientations vers lun de ces deux secteurs. Dans ce mme
esprit, une UE de 6 ects est laisse au libre choix de ltudiant en S3 : un large panel dUE est accessible
pour complter ses connaissances en Biologie, en Chimie, voire en Physique ou Mathmatiques. Une UE de 3
ects est galement au libre choix de ltudiant en S4.


La troisime anne (L3) qui commence avec le semestre 5 est celui o la spcialisation forte en
biochimie : biochimie mtabolique, biochimie structurale, enzymologie, biologie molculaire, bio-informatique
structurale. Il comporte une part significative de travaux pratiques (68 heures).

Le semestre S6 a t conu de manire trs ouverte afin que ltudiant en fin de cycle puisse diversifier sa
formation selon ses gots ou son projet professionnel. Seules 2 UE de 6 ects de Biochimie sont obligatoires
(Biologie molculaire 2 et Techniques spectroscopiques en biochimie) et consolident la formation acquise aux
semestres prcdents (soit 12 ects) ; une UE de Biologie au choix est obligatoire (6 ects), et enfin les 12
autres ects sont libres.
Dans ce cadre, il est propos six UE de 3 ects aux thmatiques trs varies pour les tudiants qui voudront
acqurir une spcialisation forte en Biochimie. La possibilit de faire un stage en laboratoire public / priv)
denviron 7 semaines (pour 12 ects) est maintenue. Alternativement, les tudiants sont libres de choisir
dautres matires scientifiques, par exemple pour prparer une poursuite dtudes vers la Chimie ou la

7

Une nouveaut : la mise en place en S6 dUE destines proposer un ensemble de 12 ects aux tudiants
souhaitant sorienter vers les mtiers de la diffusion des connaissances. Cet ensemble sorganisera en 3 UE :

* Introduction aux mthodes pdagogiques (3 ects). Cette UE sera pilote par une ingnieure pdagogique du
service ICAP (Innovation, Conception et Accompagnement pour la Pdagogie) ;

* Analyse dune question scientifique (3 ects). Cette UE sera organise autour dun cycle de confrences de
lUniversit Ouverte ax sur une problmatique sur les thmes Chimie , Histoire des sciences ,
Sciences de la vie , Sant , ou Art, sciences et socit . Les tudiants devront assister un cycle,
en raliser une synthse qui sera prsente sous forme dexpos oral devant lensemble des tudiants de
lUE, ce qui sera loccasion dexploiter les acquis de lUE prcdente ;

* Connaissance des secteurs professionnels (6 ects). Cette UE comportera un stage en tablissement
scolaire, mdiathque, GRETA ou service TICE, complt par une enqute sur un autre de ces terrains
professionnels. Les tudiants devront galement assister un cycle de confrences prsentant divers
milieux professionnels (cycle des Rencontres du jeudi de luniversit Lyon 1). La soutenance du stage sera
loccasion dexploiter les connaissances acquises dans lUE Introduction aux mthodes pdagogiques.



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Organisation des tudes de la mention Biochimie

9

Maquette du parcours BIOCHIMIE (parcours unique)

S
e
m
e
s
t
r
e

1

/

2
S
e
m
e
s
t
r
e

2

/

1
S
e
m
e
s
t
r
e

3
S
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m
e
s
t
r
e

4
S
e
m
e
s
t
r
e

5
S
e
m
e
s
t
r
e

6
1 6 12 18 24 30
ects
U.E. DE BIOLOGIE ET DE SCIENCES DE LA TERRE
U.E. DE CHIMIE
U.E. DE BIOCHIMIE
U.E. DE MATHEMATIQUES ET D'INFORMATIQUE
U.E. DE PHYSIQUE ET DE SCIENCES POUR L'INGENIEUR
U.E. TRANSVERSALES
12 ects au choix
UE libre
(hors biochimie)
B
I
O
C
H
I
M
I
E

E
X
P
E
R
I
M
E
N
T
A
L
E
1
ENZYMO-
LOGIE
1
BIOLOGIE au
choix
TRANSVERSALE 1
GENETIQUE 1
DE LA CELLULE A
L'ORGANISME
MATHS POUR LES
SCIENCES DE LA
VIE
TRANSVERSALE 2
GEOSCIENCES 1
BIOLOGIE DES
ORGANISMES 1
BASES DE
PHYSIQUE POUR
LES S.V.T.
TRANSVERSALE 5
I
N
I
T
I
A
T
I
O
N

A

L
A
B
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O
-
I
N
F
O
R
M
A
T
I
Q
U
E

S
T
R
U
C
T
U
R
A
L
E
UE libre TRANSVERSALE 4
ENZYMO-
LOGIE
2
TRANSVERSALE 3
B
I
O
C
H
I
M
I
E

M
E
T
A
B
O
L
I
Q
U
E
1
CHIMIE
GENERALE
CHIMIE
ORGANIQUE
FONCTIONNELLE
TECHNIQUES
PREPARATIVES
ET ANALYTIQUES
EN BIOCHIMIE
MICROBIOLOGIE 1
PROJETS
TUTORES EN
BIOMOLECULES-A
BIOLOGIE
MOLECULAIRE 1
BIOCHIMIE
METABOLIQUE 2
BIOCHIMIE
STRUCTURALE ET
FONCTIONNELLE
1
TECHNIQUES
SPECTRO-
SCOPIQUES EN
BIOCHIMIE
BIOLOGIE
MOLECULAIRE 2

10















1
re
anne

11




Portail SVT - L1 - 1re anne - Semestres 1 et 2 (60 ECTS)



Descriptif des UE


Mathmatiques pour les Sciences de la vie BIO1004L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
24 25.5 10.5 9
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif de l'U.E. Mathmatiques pour les Sciences de la Vie est de faire dcouvrir aux tudiants la ncessit d'une
approche quantitative des phnomnes du vivant, par l'apprentissage d'outils mthodologiques simples d'aide
l'analyse et l'interprtation dans des domaines trs varis : l'cologie, la gntique, la biochimie, la pharmacologie,...
L'U.E. comprend une partie Analyse (1/3) et une partie Probabilits-Statistique (2/3).

Les Cours Magistraux (CM), synthtiques, sappuient sur un cours complet disponible (en libre accs) sur le site Web
http://mathsv.univ-lyon1.fr . L'agenda en ligne permet une gestion hebdomadaire des relations avec les tudiants en
leur indiquant les chapitres de cours prparer. Des QCM en ligne sont galement disponibles afin de leurs permettre
de contrler leurs connaissances sur chacun de ces chapitres de cours. Enfin, des exercices, corrigs en ligne,
jalonnent les cours dans le but dillustrer la diversit des concepts mathmatiques qui sont abords dans l'U.E.

Les Cours s'accompagnent de Travaux Dirigs (T.D.) dont l'objectif est l'approfondissement des connaissances
mthodologiques par la rsolution d'exercices d'application mais aussi de problmes de modlisation, c'est--dire de
mise en quation d'un processus biologique.

Les Travaux Pratiques (T.P.) ont la particularit de se faire en salle informatique sur la base d'une pdagogie active
dite d'Apprentissage Par Problme dont l'objectif est double : (1) rendre les tudiants acteur de leur apprentissage par
une mise en situation relle ; (2) leur permettre d'acqurir des comptences interdisciplinaires en modlisation. Par
l'intermdiaire de la ralisation d'expriences virtuelles, les tudiants acquirent des donnes exprimentales, qu'ils faut
ensuite dcrire et analyser avec la palette des outils vus en CM et en TD.

Dans le cadre du Plan Russite en Licence, l'valuation de l'U.E. se fait entirement sous forme de Contrle Continu et
des heures de soutien sont proposes, l'issue des valuations de milieu de semestre, aux tudiants les plus en
difficult.
S1-S2

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BIO1003L Gntique 1



Geosciences 1
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
27 20 12
3h Plan Licence
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'unit d'enseignement Gntique 1 vise harmoniser les connaissances de gntique dj acquises avant l'entre
l'universit, de les approfondir et les mettre en perspective dans la biologie d'aujourd'hui, pour aider l'tudiant mieux
apprhender les questions et dbats lis la gntique rgulirement rapports par les mdias.

Cette UE est compose de trois parties complmentaires :
1- La gntique molculaire : la nature du gne, la rplication de l'ADN et le fonctionnement du gne : transcription,
traduction et mcanismes de rgulation de l'expression gnique.

2-La gntique mendlienne, qui traite du fonctionnement des gnes et du contrle de leur expression. Cycles de
reproduction et cycle cellulaire. Modalits de transmission des gnes d'une gnration l'autre travers la miose.
Consquences de l'expression des gnes au niveau de la ralisation du phnotype dans la cellule et l'organisme entier.
Relations gnotype-phnotype, dominance et rcessivit, test de complmentation et interaction entre gnes.

3- Techniques d'ingnierie gntique, leurs principes et applications dans les laboratoires de recherche, les industries
pharmaceutiques, agroalimentaires. Techniques de clonage, de raction de polymrisation en chane (PCR).

Ces enseignements seront dclins sous forme de cours (27 h), de travaux dirigs (20h) et de travaux pratiques (12h).
Dans le cadre du plan de russite en licence, 3 heures de travaux dirigs de soutien seront proposs aux tudiants en
difficult.

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
25 20 15

PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Objectifs gnraux :
Le module Gosciences 1 a pour objectif de fournir un enseignement d'introduction aux sciences de la Terre o sont
dispenses les bases de la gologie et de l'volution du monde vivant. Les enseignements magistraux sont complts
et illustrs par des TD de gologie globale et des TP dvolution. Enfin, les TP de gologie rgionale et la sortie de
terrain (mont dor lyonnais) permettront aux tudiants de mieux connatre leur environnement gologique proche.

Contenu pdagogique :
Cet enseignement intgr, montrant les phnomnes gologiques et volutifs diffrentes chelles, est caractris par
un bon quilibre entre les CM (25hs), TD (20hs) et TP+Terrain (15hs). Il est compos de la faon suivante :
- C.M. : Gologie gnrale + Evolution

- T.D. : Chronologie, minralogie, plantologie, dynamique interne et externe, sismologie, tectonique des pla-
ques, chanes de montagne, gologie applique ;

- T.P. de gologie rgionale + Terrain : la carte topographique, la gomtrie du plan et les structures gologi-
ques, gologie du Mont dOr lyonnais et la sortie de terrain ;

- T.P. dvolution : plan dorganisation des cphalopodes et les chinodermes ; exemples de phnomnes
volutifs chez ces groupes.

S1-S2

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De la cellule a lorganisme BIO 1002L


Biomolcules-B BCH-1002L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
22 (physio)
12 (bio cell)
3 (physio)
6 (bio cell)
0 (physio)
12 (bio cell)
aucun 7.5 (physio)
3.5 (bio cell)
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Biologie cellulaire :
Thorie cellulaire ; niveau d'organisation des tres vivants ; anatomie ultrastructurale des cellules eucaryotes (animale
et vgtale) ; notion de trafic intracellulaire ; tissus animaux.

Physiologie animale: Introduction aux grandes fonctions physiologiques (rein, cardiovasculaire, digestion, respiration,
systme nerveux : voies sensorielles et motrices).

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
31,5 22,5 6
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Chimie
Rappels sur les concentrations et la prparation de solutions
Proprits particulires de leau
Les forces intermolculaires
Calcul du pH des solutions aqueuses

Biochimie
Les Acides Amins, la liaison peptidique, les peptides
Les diffrents niveaux de structure de protines (structure primaire, structure secondaire, structure tertiaire, structure
quaternaire, premiers lments sur la relation structure fonction)
Les Acides nucliques
-les nuclotides
-les polynuclotides : ADN, ARN
Les applications de la Biochimie et de la Biologie molculaire dans diffrents secteurs industriels.

Afin dinitier les tudiants la manipulation en laboratoire, deux sances de Travaux Pratiques sont organises autour
de la technique de spectrophotomtrie (dosage) et autour des acides amins.

S1-S2

14


Biomolcules A BCH1001L


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
29 24 6 - 10,5
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Programme :
Bases de la chimie organique
* Orbitales, rgle de duet/octet, notion de l'lectrongativit, tableau priodique, notion de constitution, structures de
Lewis
* Nomenclature gnrique et systmatique
* Notion de fonction
nomenclature systmatique et structure
isomrie de position et de constitution
tautomrie
* Stroisomrie
reprsentations perspectives/Cram/projectives
isomrie de conformation et de configuration
* Effets lectroniques, acidit/basicit des composs organiques
* Ractions principales : homolyse, htrolyse, nuclophilie, lectrophilie, tat de transition, intermdiaires
ractionnels, addition, limination, substitution

Biochimie : glucides, lipides
* Glucides : structure, proprits, mthodes de sparation et de dosage
Oses
Oligosides et polyosides
Htrosides
* Lipides : structure, proprits, mthodes de sparation et de dosage
Acides gras
Homolipides (acylglycrols, cholestrol)
Htrolipides (glycrophospholipides, sphingolipides)
Structure des membranes biologiques

Objectifs :
- Acqurir des connaissances fondamentales en Chimie organique et en Biochimie structurale afin de comprendre les
proprits physico-chimiques des glucides et lipides.
- Connatre la fonction biologique des glucides et lipides naturels et connatre quelques applications industrielles de ces
biomolcules.
- Mettre en uvre des techniques simples de sparation et de dosage des glucides et des lipides. Apprendre
analyser des rsultats exprimentaux, apprendre rdiger un compte rendu dexpriences.

S1-S2

15


Biologie des organismes 1 BIO 3001


Bases de physique pour les SVT PHY1004L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)

30 30 6
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

LUE est divise en deux parties prsentant les organismes animaux et vgtaux.

Partie " Biologie des Organismes Vgtaux" : Structure des plantes et adaptation au milieu terrestre.
Le cours traite de la construction de lappareil vgtatif des plantes suprieures partir des mristmes (tissus,
croissance et organogense) de l'organisation de la tige, de la racine et de la feuille, et des bourgeons (ramification,
architecture).
Les TP sont consacrs la caractrisation de l'appareil vgtatif l'aide d'une approche histologique, anatomique et
morphogntique de lappareil vgtatif. Les observations portent sur les structures spcifiques des diffrents organes.

2- Partie " Biologie des Organismes Animaux" : Plans d'organisation et volution des Mtazoaires.
Cet enseignement prsente les principaux embranchements (dveloppement, plans d'organisation, structure et
fonctions des organismes) dans une perspective phylogntique. Les TP comportent une introduction aux techniques
d'observations ainsi qu'une tude des principaux plans d'organisation par dissections et observations de lames
microscopiques. Cours et TP sont fortement lis.

PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Ce cours de physique se scinde en deux parties :
Optique Gomtrique : Miroir plan, Dioptre plan, Dioptre sphrique, Lentilles minces, L'il et ses dfauts, Correction
des dfauts de l'il, Instruments optiques
applications : rfractomtrie, microscopie, photoabsorption

Electricit :courant continu. Electrostatique (Champs, Potentiel, Diples), Proprits lectriques de la matire,
Electrocintique (Conduction dans liquides et solides, Loi d'Ohm et Lois de Kirchoff)
Applications : phnomnes biologiques (neurones) et phnomnes naturels (foudre), thrapie (dfibrillateur)

Objectifs de lunit denseignement :
Comptences mthodologiques : connaissances de base ncessaires l'utilisation des outils utiliss dans les sciences
de la vie et de la terre (ex : microscope optique, interactions lectriques au sein d'un milieu vivant, mesure de signaux
lectriques dans un milieu, visualisation d'un signal sur un oscilloscope...)

Comptences techniques :
Microscopie optique, montage d'un circuit lectrique, mesures de courants et tensions, utilisation d'un oscilloscope
(permettant de comprendre le fonctionnement d'un appareil de mesure associ un logiciel permettant la visualisation
d'un signal).

Secteurs dactivit concerns :
Sciences du vivant et de la terre
Secteur biophysique
Dveloppement des biotechnologies en connexion directe avec la physique

Conditions daccs :
Les bases de mathmatiques simples (fractions, somme de fractions, trigonomtrie, vecteurs, nombres scalaires) sont
recommandes

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
21 12 14 0 0
S1-S2

16


Transversale 1 TVL1004L


ECTS Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
PCII (4 ECTS) 12h 15h 24h 32h
EPS (2 ECTS) 18 h
ANGLAIS DEBUTANTS (0 ECTS) 60h
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

PCII (Pratique et Comptences Informatique et Internet) :
Cette lment constitutif de l'UE transversale 1 dispense la formation thorique et pratique pour la comprhension de
loutil informatique, et apporte une grande partie du rfrentiel de comptences du C2i niveau 1.
Le programme comprend quatre parties :
Environnement : systmes (Windows XP, linux) ; Architecture matrielle et logicielle ; Gestion des fichiers ; Codage
de linformation ; rseaux.
Communication : web (configuration du navigateur ; utilisation du bureau virtuel rgional ; messagerie lectronique.
Bureautique : traitement de texte ; tableur : prsentation assiste par ordinateur ; notions de base de donnes ;
publipostage.
Programmation : cration de page web (HML) ; initiation la programmation

Afin de prendre en compte le fait qu'une part croissante des tudiants a des connaissances de l'outil informatique, un
test de positionnement est ralis en dbut de semestre afin de rpartir les tudiants en deux groupes de niveau :
- niveau 1 : tudiants qui ont chou au test de positionnement. Ils suivent les modules commun , base et
avanc
- niveau 2 : tudiants ayant russi le test de positionnement. Ils suivent les modules commun et avanc .
Le module commun suivi par tous, dispense les connaissances ncessaires la prise en main des outils de
l'universit (plateforme pdagogique, bureau virtuel...). C'est la fin de ce module qu'a lieu le test de positionnement.
Le module de base est une mise niveau destine aux tudiants ayant chou au test de positionnement : prise en
main de lordinateur, utilisation basique des outils de bureautique et de communication.
Le module avanc permet datteindre le niveau de comptence requis en informatique pour la poursuite dtudes
scientifiques : (bureautique avance, configuration dun systme, initiation programmation) et pour lobtention du volet
informatique du C2i niveau 1. Ce module est suivi par tous les tudiants quils aient d suivre le module base ou
en aient t dispenss.

EPS :
Cette formation vise dvelopper chez ltudiant les qualits de communication, la prise de responsabilits et les
capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des projets travers la
pratique des activits physiques, sportives et artistiques. Deux niveaux de pratique sont possibles :
Niveau 1 Initiation et Perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une
activit au choix, avec un enseignant spcialiste, o les objectifs sont dacqurir des savoirs faire et des savoirs tre
lis cette activit.
Niveau 2 Pratique Sportive Comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre
associatif et comptitif. Cette pratique a pour but de dboucher sur des comptitions interuniversitaires organises par
le Comit Rgional du Sport Universitaire (CRSU) de Lyon.

ANGLAIS - DEBUTANTS :
Le pr-requis est de navoir jamais tudi langlais. Lobjectif est de donner les bases pour intgrer les cours danglais
de lUE Transversale 2. Lenseignement est sanctionn par une note qui sera intgre dans la note finale danglais de
lUE Transversale 2.

S1-S2

17


Transversale 2 TVL1002L


ECTS Cour(h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
RECHERCHE DOCUMENTAIRE (1
ECTS)
9h

ANGLAIS (2 ECTS) 20h

PEL2 (2 ECTS) 1h30 6h

EPS (1 ECTS) 18h

PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

RECHERCHE DOCUMENTAIRE :
Elaborer une stratgie de recherche en fonction de ses besoins dinformation, rechercher efficacement des ouvrages,
des articles ou des informations sur le web et valuer les rsultats de ses recherches sont des comptences
indispensables tout tudiant qui souhaite russir lUniversit.
Pour rpondre ces objectifs, lenseignement est centr sur trois axes :
- acquisition de connaissances : notions sur les diffrents types de documents et doutils, citation de rfrences
bibliographiques, classification en bibliothque
- acquisition de savoir-faire : manipulation de catalogues et des bases de donnes tels que le catalogue Lyon 1, le
SUDOC, le Kompass ou les Techniques de lIngnieur, recherche avance sur le web et utilisation de moteurs de
recherche scientifiques
- acquisition des comptences danalyse et de synthse : mthodologie de type schma heuristique, stratgie de
recherche, valuation de linformation.
Cet enseignement permet de couvrir certains lments du rfrentiel du C2i niveau 1.

ANGLAIS :
Lenseignement est dispens partir du second semestre de la premire anne avec les objectifs suivants :
-Obtenir le niveau A2 du cadre europen de rfrence.
-Pouvoir sexprimer simplement, clairement et sans apprhension loral.
-Acqurir langlais de survie (situations, vocabulaire essentiel, etc...).
-Comprendre le sujet dun document oral ou crit et pouvoir le restituer simplement loral.-Acqurir des mthodes
dapprentissage adquates.

PEL2 : Dcouvrir les ralits professionnelles
Le PEL2 (Projet de lEtudiant de Licence) demande aux tudiants de prendre des contacts avec les milieux
professionnels et ainsi de confronter aux ralits leurs reprsentations des activits professionnelles envisages: une
dmarche active de recherche et de traitement de l'information est requise.
- une sance en amphi prcise les objectifs et les modalits ;
- trois sances en groupes de TD permettent daccompagner la dmarche ;
- ltudiant restitue les rsultats de son travail en rdigeant un dossier ;
- il doit enfin, lors dune quatrime sance de TD, participer un expos oral par quipe en sappuyant sur un poster.
Notons que le dossier de PEL2 est loccasion de mettre en pratique sans attendre les techniques de recherche
documentaire apprises au mme semestre.

EPS :
Cette formation vise dvelopper chez ltudiant, les qualits de communication, la prise de responsabilits et les
capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des projets travers la
pratique des activits physiques, sportives et artistiques.

Deux niveaux de pratique sont possibles :
Niveau 1 Initiation et Perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une activi-
t au choix, avec un enseignant spcialiste, o les objectifs sont dacqurir des savoirs faire et des savoirs tre lis
cette activit.

Niveau 2 Pratique Sportive Comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre
associatif et comptitif. Cette pratique a pour but de dboucher sur des comptitions interuniversitaires organises par
le Comit Rgional du Sport Universitaire (CRSU) de Lyon.

S1-S2

18















2
me
anne

19
L2 - 2me anne - Semestre 3 (60 ECTS)



Descriptif des UE


Biochimie exprimentale 1 BCH2001L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
1,5 3 20
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Biochimie Exprimentale 1 est une UE qui regroupe des travaux pratiques illustrant des notions vues dans les UE de
L1 : Biomolcules A et B.
Aprs un cours introductif leur rappelant le principe des mthodes mises en oeuvre, les tudiants font 4 sances de
travaux pratiques de 4 heures sur les thmes suivants :
utilisation dosidases pour dterminer la structure dun diholoside
dtermination de la structure dun dipeptide
purification dune protine par chromatographie daffinit
sparation dacides amins par chromatographie dchange dions.
Les expriences prsentes intgrent galement des dosages quantitatifs.
Lors de la dernire sance de TP, qui illustre quant elle lenseignement de lUE Enzymologie 1, ils sont amens
tudier la cintique de fonctionnement de la trypsine (effet de la concentration en enzyme et effet de la concentration en
substrat sur la vitesse de raction)
De plus, deux sances de travaux dirigs portent sur lexpression des rsultats et la validation des mthodes d'analyse
en biochimie. Le traitement de donnes exprimentales permettra de prciser :
- comment exprimer des rsultats d'expriences (moyenne, cart-type, intervalle de confiance, limination de donnes
aberrantes, incertitude du rsultat, CV, ...)
- comment valider une mthode d'analyse (rptabilit, reproductibilit, justesse, sensibilit, linarit, LD, LQ,
robustesse, ...)
S3

20

Enzymologie 1 BCH2002L
Chimie gnrale CHM1002L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3 16, 10,5
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette formation sappuie sur les connaissances de Biochimie et de Chimie acquises en L1. Elle a pour objectif de
montrer le rle incontournable des enzymes dans le monde vivant mais aussi dans les trs nombreux procds
industriels. Les notions introduites dans cette UE, doivent permettre l'tudiant de comprendre, lors des travaux
pratiques dans les UE ultrieures de biochimie, l'utilisation des enzymes dans un but prparatif ou analytique.

C.M :
1 Cintique chimique. Ordre de raction.
2 La structure des enzymes : notion de site actif, de spcificit, de groupements fonctionnels et mcanismes
ractionnels
3 Cintique des ractions enzymatiques 1 substrat. vitesse initiale; quation ractionnelle de Michaelis Menten :
drivation des quations de vitesse selon lhypothse de lquilibre rapide et de ltat stationnaire ; reprsentations
graphiques; dtermination de KM , VM et kcat ; influence des diffrents facteurs (temprature, pH, etc).
5 Inhibitions simples rversibles (Comptitive, Non Comptitive, Incomptitive, Mixte) : dtermination des paramtres
cintiques.
6 Analyses enzymatiques
- dosages de mtabolites : mthode cintique et mthode en point final- dosages d'activits enzymatiques
7 Purification d'enzymes
8 Classification des enzymes
9 Utilisations industrielles des enzymes: agroalimentaire, pharmacie, sant, industrie cuir, lessives....
T.P :
Exercices d'illustrations du cours : calculs de constantes ; dtermination des types d'inhibitions ; analyses de
techniques et de rsultats de dosages enzymatiques ; purification d'enzymes, calculs des activits spcifiques, taux de
purification, rendements.

S3
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
24 36 52
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif de l'enseignement de l'UE Chimie Gnrale est de fournir des comptences de base aux tudiants pour (i)
la modlisation des changes thermiques lors de raction chimique, (ii) l'tude de la spontanit de ractions
chimiques en fonction des paramtres exprimentaux et (iii) l'tude des quilibres chimiques et de leurs dplacements
ainsi que quelques notions sur les grandes fonctions de chimie organique. Cet enseignement est destin des
tudiants de tous parcours et peut tre divis en 5 parties dont les principaux aspects abords sont dcrits ci-dessous
:
1) Notions gnrales : systme et constituants, diagramme d'tat du corps pur et notion de pression de vapeur
saturante, nergie thermique et notion de capacits thermiques.

2) Le premier principe et son application la modlisation des changes thermiques lors de ractions chimiques :
Thermochimie. premier principe de la thermodynamique, nergie interne et fonction enthalpie, notion de chaleur de
raction, notion d'tat standard, loi de Hess pour le calcul des chaleurs de ractions, calorimtrie et dtermination
exprimentale des chaleurs de raction, temprature de flamme et d'explosion, nergie de dissociation de liaisons
covalentes.

3) Le second principe et l'tude de la spontanit des ractions chimiques: fonction entropie et dsordre, entropie
absolue, entropie standard et entropie ractionnelle, critre d'volution des ractions chimiques (notion de spontanit),
fonctions enthalpie libre et nergie libre, relation de Clapeyron.

4) Introduction aux quilibres chimiques : introduction la notion de potentiel chimique et d'activit, constantes
d'quilibre, dplacement de l'quilibre (principe de Le Chtelier), ractions acide-base, Oxydo-rduction et prcipitation.

5) Chimie Organique : Introduction la chimie organique.


21

Projets tutors en Biomolcules-A

Vous devez choisir une UE libre parmi celles prsentes ci-aprs. Vous pouvez suivre
lenseignement de votre choix, ncessairement non biochimique. Les tudiants se rpartissent
pour la quasi totalit dentre eux entre les 5 UE prsentes ci-dessous appartenant aux
mentions Chimie ou Biologie. Les UE suivies dune astrisque (*) sont obligatoires dans la
plupart des parcours de L2 de la mention Biologie, lment qui facilite les rorientations.


Techniques de chimie exprimentale CHM 2008L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
15 16,5 8 0
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE obligatoire de semestre 3 vient complter les connaissances acquises dans lUE de Biomolcules A de L1 et
porte sur les structures et les applications des biomolcules de nature lipidique et glucidique.
Une partie de lenseignement se droule de faon classique (cours, TD, TP). Lautre partie est plus originale et
ncessite limplication personnelle des tudiants qui auront travailler sous forme de projets.
Lenseignement porte partiellement sur les lipides : acides gras (ramifis, hydroxyls, proprits chimiques),
glycrolipides, glycrophospholipides, strols (autres que le cholestrol), protines membranaires, lipoprotines.
Les glucides sont aussi tudis : monosaccharides, mthodes de caractrisation, mthodes de dosage, oligosides,
homopolyosides, htropolyosides
Des TP portant sur chaque type de biomolcule auront lieu.
Des TD sont prvus, sous plusieurs formes :
- des exercices corrigs portant sur les cours,
- un TD sur ordinateur permettant de bien comprendre la structure 3D des biomolcules,
- des sances o les tudiants prsentent oralement les projets sur lesquels ils ont travaill. Les tudiants ont ainsi
loccasion dutiliser les connaissances de base quils ont assimiles et qui les aident comprendre et pouvoir
expliquer divers phnomnes (par exemple, la formation des confitures partir des pectines !).
Chaque projet sera encadr par un enseignant charg du suivi du travail des tudiants.

S3
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
6 0 36
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif de l'enseignement de l'UE de Techniques de Chimie Exprimentale est de fournir des comptences
techniques et scientifiques aux tudiants pour :
(i) la prparation d'une exprience de synthse ou d'analyse
(ii) l'utilisation de matriel de base en chimie
(iii) l'analyse et le traitement des rsultats
(iv) la notion de traabilit et de qualit dans la dmarche exprimentale en chimie
(v) la notion de risque et scurit lors des manipulations en chimie, gestion des dchets
Cet enseignement est organis sous la forme d'un cours et de sances de travaux pratiques. Les principaux aspects
abords en cours sont dcrits ci-dessous :
-- les diffrentes tapes de l'exprimentation : de la documentation au compte-rendu de synthse, notion de traabilit
et de qualit dans la dmarche exprimentale en chimie.
-- le calcul d'erreur, traitement statistique et analyse des donnes, moyenne, cart-type et courbes de Gauss
-- Notion de risque et de scurit (codes R&S), pictogrammes, gestion du feu
Les diffrents aspects abords en TP touchent diffrents domaines de la chimie : analyse qualitative et quantitative,
synthse inorganique et chimie des matriaux. Ces travaux pratiques sont organiss en deux phases, une phase
d'apprentissage, pendant laquelle les tudiants se familiarisent avec le matriel et les techniques de base, et une phase
d'applications, pendant laquelle ils appliquent les comptences diffrents domaines de la chimie.
En plus dun examen propos essentiellement bas sur le cours, les tudiants devront rdiger un cahier de laboratoire
qui sera not. Par ailleurs le travail pratique sera galement valu et not aux cours de quelques sances de TP.

22

Introduction la Biologie cellulaire et limmunologie* BIO2014L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
21 21 9
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Biologie Cellulaire
C.M. :
- Les membranes biologiques : organisation molculaire ; proprits
- Prsentation de quelques mcanismes fondamentaux de la vie cellulaire : permabilit cellulaire, endocytose
(pinocytose, phagocytose), communication et activation cellulaire, adhsions jonctionnelle et non-jonctionnelle, cycle
cellulaire.
T.D. : Rsolution de problmes tirs de travaux exprimentaux se rapportant au cours
T.P. : Dtection histochimique des phosphatases acides dans le thymus ; histologie des organes lymphodes.

Immunologie
C.M. :
- Origine et fonction des cellules de l'immunit ; Organes lymphodes
- Systme immunitaire inn et adaptatif : prsentation des acteurs molculaires et cellulaires
- Rponse immunitaire contre les pathognes intracellulaires, extracellulaires et intravsiculaires
- Restriction de la rponse immunitaire
T.D. : Problmes issus dexpriences princeps de limmunologie ou de situations cliniques
- La communication cellulaire dans le systme immunitaire
- Les immunodficiences
- Rle de molcules-cls dans la mise en place dune rponse immunitaire
- Immunit inne et adaptative
T.P. : Raction Antigne-Anticorps : test ELISA ; Typage cellulaire et phagocytose
S3

23
S3
Gntique 2* BIO2013L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
25,5 21 9
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Le dterminisme gntique et la transmission des caractres sont tudis en considrant les organismes dans leur
complexit et face leur environnement rel (naturel ou anthropis). Les connaissances acquises dans l'UE Gntique
1 seront compltes par l'tude des diffrents compartiments du gnome (nuclaire et extra-nuclaire), l'hrdit non
mendelienne des caractres, leur variabilit et expression phnotypique, ainsi que leur mode de transmission
l'chelle des populations avec une introduction la gntique des caractres quantitatifs. Les applications dans les
domaines de la sant (pidmiologie des maladies gntiques, volution des rsistances), l'amlioration et la gestion
des ressources gntiques en agronomie ainsi la comprhension des mcanismes gntiques de la rponse des
organismes aux variations de leur environnement seront prsentes. Cet enseignement aborde aussi les concepts de
base pour comprendre les mcanismes gntiques de l'volution des espces. Il introduit l'utilisation des outils
statistiques et de modlisation en gntique.

C.M. :
-Hrdit non mendelienne: nuclaire, mitochondrial, chloroplastique, symbiotique , notion de phnotype tendu
-Gntique des Populations : notion de polymorphisme, quantification de la variabilit gntique (frquences allliques,
htrozygotie), transmission des gnes dans les populations (quilibre de Hardy Weinberg, notion de dsquilibre
gamtique), influence des rgimes de reproduction (consanguinit) et des pressions volutives (mutations, migrations,
slection, drive gntique).
- Gntique quantitative : relation gnotype-phnotype, normes de raction, effets des gnes (additivit, dominance,
interactions et pistasies), hritabilit, slection et amlioration gntique, cartographie et QTL.

T.D. : Calcul et estimation des frquences allliques. Indices de diversit gntique. Test de l'quilibre de Hardy-
Weinberg (dialllique et multi-allliques). Diagnostic des maladies gntiques dans les gnalogies.
Transmission de plusieurs gnes (dsquilibre gamtique). Calcul du coefficient de consanguinit, valeur slective et
modle de slection. Simulation du processus de drive gntique. Valeur phnotypique et gnotypique moyenne
d'une population pour des caractres quantitatifs. Mesure et estimation de la variance gntique, variance additive,
variance de dominance et mesure de l'hritabilit.

T.P. :
- Analyse molculaire de la diversit gntique : polymorphisme ADN rvl par des marqueurs microsatellites chez la
Drosophile et par PCR-RFLP chez l'homme
- Simulation de l'volution gntique d'une population sur ordinateur


24
S3
Embryologie et Biologie du dveloppement* BIO2010L


Physiologie animale* BIO2018L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
21 15 18
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Jusqu'au dbut des annes 70, on se contentait de dcrire le dveloppement d'un embryon, et d'analyser les
consquences de suppressions de cellules (blastomres), de leur dplacement au sein de l'embryon, de rassociations
de fractions d'embryons etc Ces approches ont permis de poser un certain nombre de grands concepts comme la
rgulation, le mosacisme, l'existence de gradients d'informations, de localisations de dterminants. Avec l'avnement
des technologies de la biologie molculaire au cours des annes 70, on a pu apporter des explications gntiques
ces notions et est n un vaste champ de la Biologie, la Biologie du Dveloppement.
On a pu alors aller au cur des mcanismes prsidant la construction d'un embryon. Mcanismes gntiques :
quels gnes dterminent le positionnement de l'axe antropostrieur ou dorsoventral, la formation du troisime feuillet
qu'est le msoderme, la formation du tube nerveux, l'asymtrie droite-gauche d'un animal ? Mcanismes de biologie
cellulaire : quelles cascades de protines permettent d'interprter une instruction envoye d'un tissu sur un autre,
comment une cellule qui va migrer change-t-elle de forme, comment un tissu trouve-t-il son chemin pendant la
gastrulation par exemple ? Dans cette UE nous voyons donc comment se construit un organisme au tout dbut de son
dveloppement en termes molculaires et cellulaires.
Pour la gnration suivante, l'organisme doit produire des gamtes. Les futurs gamtes apparaissent trs tt au cours
du dveloppement : nous voyons o ils apparaissent, comment ils gagnent les futures gonades, comment ces dernires
se forment chez l'embryon L'vnement pralable la formation d'un nouvel organisme est videmment la
fcondation : nous voyons quels mcanismes molculaires sont en jeu dans l'tape prcdant la fcondation, la
maturation, puis lors de la fcondation elle-mme, de mieux en mieux connue chez la souris et l'homme.

A l'issue de cette UE, chaque tudiant devrait avoir un bon aperu de cette discipline qui a t trs fertile depuis le
dbut de son essor et l'est encore. Elle a en particulier t couronne par un Prix Nobel dcern Christiane Nsslein-
Volhard pour sa dcouverte de nombreux gnes impliqus dans la formation des axes embryonnaires. Nous voyons
aussi comment cette discipline peut fertiliser d'autres champs de la Biologie, comme la biologie de la cellule
cancreuse et l'volution.

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
30 4 14 4,5
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif est de donner une bonne formation de base en physiologie gnrale par une approche intgre de l'activit
physique allant de l'activit cellulaire la rponse de l'organisme.
C.M. :
Bases ioniques de l'excitabilit membranaire, rpartition ionique dans les compartiments intra et extracellulaire.
Transmission neuromusculaire.
Bases molculaires de la contraction musculaire.
Organisation motrice du systme musculaire.
Energtique de la contraction.

T.P. et T.D.:
Permabilit membranaire.
Dtermination exprimentale du compartiment extracellulaire.
Simulation informatique des signaux lectriques cellulaires.
Etude d'une prparation nerf/muscle chez la grenouille.


25
S3
Biologie des organismes 2* BIO2004L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
26,5 1,5 27 Plan licence
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

1 - Partie Biologie des Organismes Animaux : anatomie compare et volution des Vertbrs.
Cet enseignement prsente la dynamique volutive des structures anatomiques chez les Vertbrs, au travers de
l'tude des fonctions de protection (tguments), de soutien et de mouvement (squelette et musculature), d'excrtion et
de reproduction, mais aussi d'alimentation et de relation (systme nerveux). Cet enseignement sera davantage orient
vers la recherche de la signification phylogntique de telle ou telle structure/fonction que vers sa description
anatomique dtaille.
Le cours veille prsenter les relations avec les autres enseignements de la Licence, tels que la Palontologie et la
Physiologie.
Les TP constituent une illustration et un complment, au travers de dissections et d'observations de lames
microscopiques et de pices squelettiques.
14h CM + 1,5h TD + 12h TP.

2 - Partie Biologie des Organismes Vgtaux : volution et expansion terrestre des plantes.
Le cours prsente les diffrents aspects de la reproduction sexue dans la srie vgtale des Thallophytes aux
Cormophytes. Il aborde les notions de cycle de reproduction, fcondation, miose. Relations sporophyte/gamtophyte.
Les tudes compares des cycles de reproduction sont mises en relation avec la conqute du milieu terrestre.
La multiplication vgtative est aborde.
Les TP sont une observation directe du matriel partir d'exemples simples illustrant le cours.
12,5h CM + 15h TP.

Mthodologie :
Apprentissage des mthodes de reconnaissance et de classification des organismes animaux et vgtaux
(systmatique, suite de BO 1).
Techniques et outils de dissection et du dessin/schma scientifique (suite de BO 1).


26

Transversale 3 TVL2001L


ECTS Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
ANGLAIS (3 ECTS) 30h
DEVELOPPEMENT DURABLE
(2 ECTS)
10h30 7h30
EPS (1 ECTS) 18h
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

ANGLAIS :
Le prrequis de cet enseignement est le niveau A2 du cadre europen de rfrence, et les objectifs sont :
- Obtenir le niveau A2+ du cadre europen de rfrence.
- Progresser en expression et comprhension orales et crites.
- Savoir transfrer des informations obtenues lcrit et loral en forme orale (pas une traduction, mais un transfert de
donnes dune comptence linguistique une autre).
- Acqurir une lecture rapide, par exemple rechercher efficacement des informations sur Internet.
- Rendre les tudiants suffisamment autonomes dans la lecture de textes scientifiques.
- Donner les outils ncessaires aux tudiants pour lapprentissage de la prononciation et du vocabulaire lis leurs
domaines.
10 heures TD sur les 30 seront sous forme de CM et seront consacres des points linguistiques lis troitement au
savoir-faire de la communication pour les scientifiques.

DEVELOPPE/MENT DURABLE :
La formation en Dveloppement Durable de TR3 a pour objectifs dillustrer la trs grande diversit des mises en uvre
des politiques de durabilit dans des domaines aussi varis que la sant, lnergie, lagriculture ou la gestion des
ressources naturelles.
Larticulation des trois composantes, environnementale, conomique et sociale, est aborde dans une srie de trois
cours.
Les enjeux du dveloppement durable sont examins plus en dtail dans cinq domaines diffrents : avances
technologiques et nouveaux risques sanitaires, viabilit des modes de production agricole, gestion des ressources en
eau douce, production et consommation dnergie, conservation de la biodiversit. Chacune des problmatiques est
aborde au cours dune sance de Travaux Dirigs et sappuie sur une analyse critique de documents.
Sappuyant sur les acquis des enseignements prcdant, une srie de confrences illustreront par des exemples les
choix politiques effectuer et les ralisations pratiques qui en dcoulent dans le domaine de lnergie, de la gestion de
lenvironnement et des ressources naturelles, les domaines des sciences politiques, juridiques et conomiques.

EPS :
Cette formation vise dvelopper chez ltudiant, les qualits de communication, la prise de responsabilits et les
capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des projets travers la
pratique des activits physiques, sportives et artistiques.

Deux niveaux de pratique sont possibles :
Niveau 1 Initiation et perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une
activit au choix, avec un enseignant spcialiste, o les objectifs sont dacqurir des savoirs faire et des savoirs tre
lis cette activit.

Niveau 2 Pratique sportive comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre
associatif et comptitif. Cette pratique a pour but de dboucher sur des comptitions interuniversitaires organises par
le Comit Rgional du Sport Universitaire (CRSU) de Lyon.

S3

27
L2 - 2me anne - Semestre 4 (60 ECTS)



Descriptif des UE


Chimie organique fonctionnelle CHM2012L


S4
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
19,5 16,5 20 6h/tudiant
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Le programme concerne ltude des fonctions organiques de base par une approche mcanistique.
Les prrequis demands font appel la chimie organique structurale la thorie des orbitales, la nomenclature
organique, la strochimie, les effets lectroniques et les ractions acido-basiques. Le cours est divis en deux parties :

Les principaux mcanismes ractionnels en chimie organique:
- 1) Substitutions radicalaires, nuclophiles, lectrophiles (comprhension des proprits des molcules satures :
alcanes, drivs halogns)
- 2) Eliminations (application ltude des proprits des molcules satures: alcanes, drivs halogns)
- 3) Additions lectrophiles, nuclophiles : approche cintique et strochimique (comprhension des proprits des
molcules insatures: alcnes, alcynes, drivs carbonyls)

Connaissance des principales fonctions organiques rencontres dans les domaines chimiques et biochimiques :
- les alcools, thers, actals, thiols, amines (comportement en milieu acide ou basique)
- les composs carbonyls: ctones, aldhydes, esters, amides, acides amins ( quelques exemples d'additions
nuclophiles: formation de base de Schiff..) Exemples de quelques grandes ractions en chimie organique : raction de
Wittig et de Bayer-Villiger.
Ce cours est associ avec des enseignements de travaux dirigs et de travaux pratiques.
L'enseignement dispens permettra l'tudiant de se familiariser avec la ractivit des molcules organiques ; une
rflexion sur les mcanismes et l'tude de l'environnement de la molcule doit permettre l'tudiant d'en dduire sa
ractivit ; les exemples seront pris dans les domaines chimiques et biochimiques et un parallle se fera entre les
mcanismes thoriques et les mcanismes observs dans le monde du vivant; ce cours de chimie organique de base
prpare galement aux mtiers de lenseignement.


28
S4
Techniques prparatives et analytiques en Biochimie BCH2004L

Microbiologie 1 BIO2015L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
22,5 18 16 6h/Groupe TD
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette unit d'enseignement a pour but de regrouper et de dvelopper un certain nombre de notions thoriques et
pratiques complmentaires de celles dispenses dans les autres units d'enseignement.
Le but de cette UE est de permettre aux tudiants de connatre les principes gnraux des mthodes de prparation,
de purification et d'analyse de diverses biomolcules. Les tudiants devront tre capables l'issue des enseignements
de cette UE de choisir les stratgies et les techniques utiliser afin de mener bien la purification et l'analyse d'une
biomolcule.
C.M. :
Techniques sparatives :
Stratgies de prparation de biomolcules : des techniques de prcipitation, solubilisation et concentrations aux
techniques de centrifugations. Fractionnement cellulaire. Caractrisation par diffrents enzymes marqueurs et dfinition
d'un certain nombre de paramtres (activit spcifique, facteur de purification).
Techniques chromatographiques :
Adsorption, partage, affinit, change d'ions, permation sur gel. Principe de sparation et techniques mises en uvre.
Applications biochimiques, pharmaceutiques et agroalimentaires.
Techniques lectrophortiques :
Application l'analyse des protines et acides nucliques. Electrophorse en milieu natif et dnaturant.
Electrofocalisation prparative et analytique. Electrophorse bidimensionnelle. Electrophorse en champ puls.
Electrophorse capillaire. Isotachophorse.
Radiomarquage :
Utilisation des radiolments en biochimie, principaux isotopes utiliss, technique de comptage et de dtection de la
radioactivit. Il est galement dvelopp quelques notions de radioprotection.
Techniques immunochimiques :
Mthodes qualitatives et quantitatives, immunodtection directe et indirecte.
T.D. :
Exercices et problmes portant sur l'ensemble des thmes dvelopps dans le cadre des cours magistraux.
T.P. :
Purification et mise en vidence du lysozyme.
Electrophorse de protines sur gel de polyacrylamide : Analyse du lysozyme purifi.

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
36 6 12
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif de cette UE est de donner aux tudiants des diffrentes licences les bases thoriques et exprimentales
particulires l'tude des micro-organismes. Il permettra d'apporter les connaissances indispensables la
comprhension (ultrieure) de la place des micro-organismes dans les cosystmes et de montrer l'intrt du modle
microbien en biologie et gntique des populations, en biologie cellulaire et physiologie, ainsi qu'en gntique
microbienne.
Les axes majeurs du cours seront : lorganisation fonctionnelle des Procaryotes, la croissance microbienne et les effets
des antibiotiques, le mtabolisme microbien, lorganisation fonctionnelle des levures et des champignons filamenteux,
les virus et cycles infectieux.
Les TD et TP permettront dinitier les tudiants la manipulation, lobservation, le dnombrement des microorganismes
en leur enseignant les rgles de scurit qui simposent en Microbiologie :
- Techniques cytologiques et cytochimiques d'tudes des micro-organismes: bactries (observations vitales et
colorations spcifiques), levures, moisissures (observation d'hyphes, appareils de reproduction vgtative)
- Techniques de base utilises en microbiologies: strilisations, isolement, cultures pures, notions de milieux
complexes/lectifs/slectifs
- Mthodes de dnombrement (UFC, MPN)
Le secteur d'activit concern est la formation de base en biologie pour poursuivre en cologie, gntique, et biochimie
microbienne.


29
S4
Biochimie mtabolique 1 BCH2003L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
16,5 10,5
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

OBJECTIF :
Fournir les bases fondamentales de bionergtique et aborder l'tude des grandes voies mtaboliques qui permettent
aux tres vivants d'acqurir et d'utiliser l'nergie.

Bionergtique:
Le rle de l'ATP et des molcules haut potentiel nergtique, balance nergtique, la chane respiratoire et les
phosphorylations. Ractions couples, rversibles, irrversibles. Variation d'nergie libre des ractions du vivant.

Mtabolisme :
-Anabolisme et catabolisme des hexoses
La glycolyse et l'entre dans le mtabolisme des principaux hexoses
Le carrefour mtabolique du pyruvate
Le cycle de Krebs (tricarboxylique). Les navettes de transport du pouvoir rducteur
Bilans nergtiques
La noglucognse

Mtabolisme des lipides
Dgradation d'un acylglycrol : devenir du glycrol et bta-oxydation de l'acide gras.
Biosynthse d'un acide gras satur
- Mtabolisme de certains acides amins, ractions de transamination et dsamination.
- Relations entre les mtabolismes tudis et la compartimentation cellulaire.
- Applications du Mtabolisme
Exemples de biosynthses industrielles.
Applications du mtabolisme en physiologie animale (diabte, obsit, adaptation au stress...)

TRAVAUX DIRIGES :
Exercices illustrant le cours
Bilans nergtiques des molcules tudies
Exemples d'utilisation de molcules marques pour l'tude des voies mtaboliques.


30
Vous devez choisir une UE libre parmi celles prsentes ci-aprs


Immobilisation denzymes et de cellules BCH2006L


Biomolcules : Applications industrielles BCH2005L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
12 6 8
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Lobjectif de cette UE optionnelle de L2 est dexpliquer aux tudiants comment immobiliser des enzymes et des cellules
et quels en sont les intrts. En effet, ces lments biologiques sont utilisables non seulement en solution, mais aussi
ltat immobilis, permettant ainsi entre autres leur rutilisation et donc une rduction des cots.

Les cours prsentent les intrts de limmobilisation des lments biologiques, les critres de slection dune mthode,
les diffrentes mthodes qui sont utilises, les consquences de limmobilisation sur lactivit et la stabilit
enzymatiques, les utilisations sous forme de bioracteurs et de biocapteurs, avec des applications dans des domaines
trs varis (mdical, agroalimentaire, environnemental,).

Les tudiants ont loccasion dapprofondir les mthodes dimmobilisation et les diverses applications travers un TP et
des TD. Le TP permet de se familiariser avec une mthode dimmobilisation par inclusion dune enzyme dans des billes
dalginate de calcium. La stabilit thermique de lenzyme immobilise sera compare celle de lenzyme en solution.
Des articles rcents portant sur limmobilisation denzymes et de cellules seront analyss et comments lors des
sances de TD, permettant ainsi dapprofondir les connaissances acquises en cours et dapprhender ltendue des
applications possibles.

S4
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
28,5

PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Lobjectif de cette UE optionnelle de L2 est de donner aux tudiants une vue gnrale des applications potentielles des
molcules dintrt biologique dans lindustrie pharmaceutique et agro-alimentaire.
LUE se base sur la connaissance de la structure des biomolcules et met laccent sur diverses applications de ces
dernires.
Elle se droule sous forme de cours et de confrences qui portent sur diffrentes applications :
- analytiques :
techniques sparatives (lectrophorse, chromatographie) et biopolymres pour limmobilisation denzymes
(biocapteurs, bioracteurs)

- pharmaceutiques et mdicales :
biomatriaux, peau artificielle (collagne), antibiotiques (peptidoglycane), adjuvants endotoxines (lipopolysaccharides),
anti-inflammatoires (eicosanodes), rejet xnogreffe (oligosaccharides), typage sanguin (glycoprotines et
glycosphingolipides)

-agroalimentaires
agents texturants, mulsifiants, glifiants,

Lintervention de professionnel(s) vient complter les cours, favorisant ainsi dautres changes enrichissants pour les
tudiants, bass sur louverture et le contact avec certains secteurs dactivits.
La visite dune entreprise pharmaceutique locale sera aussi propose. sous forme dun projet encadr un tudiant
par poste (capacit 15 tudiants).


31

Informatique graphique en Biochimie BCH2007L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
9 20
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Ralisation dun logiciel de biochimie avec graphisme 2D interactif. Lobjectif du cours est de former ltudiant au
dveloppement dune application de trac de courbe de titration dune protine (Thorie et principe vus en Biochimie)

Notions fondamentales de programmation vnementielle (9H CM)
Les lments essentiels du langage. Les types supports. Principales fonctions. Routines.
Notions dobjets, proprits, mthodes et vnements.
Graphismes interactifs,
Principe de base (langage indpendant) du mouvement dun curseur sur une courbe.
Dplacements par souris et clavier du curseur sur une courbe 2D.

Applications pour la biochimie travers lcriture dun petit logiciel intgr. (20H TP)
Ecriture dun systme de lecture de format de squences biologiques.
Ecriture dun programme de calcul de composition en acides amins.
Ecriture dun programme de trac de courbe interactive de titration : charge =f(pH).(cf figure ci-dessous)
Animation dun curseur sur la courbe (croix sur la courbe).


























Les travaux pratiques seront effectus sous forme de projet en immersion dans un laboratoire de recherche (IBCP)

S4

32

Bionergie BCH20XXL


Biochimie des agents infectieux des eucaryotes: virus, bactries, prion BCH2009L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
18 8

PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE optionnelle de L2/L3 propose aux tudiants daborder dun point de vue biochimique et biotechnologique
laspect production dnergie travers diverses thmatiques :
- la production des divers biocarburants (thanol, mthanol, butanol, biogaz [mthane et hydrogne]) partir de la
biomasse sous laction de microorganismes et les stratgies biochimiques (mtaboliques) qui ont t employes. Les
trois gnrations (sources) seront abordes (agriculture ddie, filire lignocellulosique, microalgues) ;
- la modification de dchets et dhuiles/graisses issues soit de lagriculture, soit de lactivit humaine laide de
ractions enzymatiques afin de produire des biocarburants (enzymologie) ;
- la production directe dnergie lectrique laide biocatalyseurs (domaine des biopiles et parallle avec la chane
respiratoire et la pile combustible hydrogne/platine). Problmatique du transfert lectronique aux lectrodes.
Exemples de biopiles fonctionnelles tirs de publications rcentes.

Les filires de production existantes et prospectives seront abordes. Un effort sera fait sur la continuit pdagogique
avec le mtabolisme, lenzymologie et la biochimie structurale enseigns dans le parcours de biochimie. Laspect
pluridisciplinaire sera mis en avant.

Lobjectif est mettre en vidence limportance de la biochimie dans certains domaines de lnergie travers des
exemples concrets et prospectifs.

Des articles de biotechnologies rcents et prospectifs ayant trait aux divers aspects du cours seront analyss et
comments dans les sances de travaux dirigs.

S4
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
20 3 4

PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE enseigne les bases molculaires et structurales des principaux pathognes humains et animaux. Les
traitements, mdicaments et vaccins, dvelopps contre ces pathognes seront abords. Cet enseignement complte
et approfondit les connaissances acquises par les tudiants dans lUE obligatoire Microbiologie 1 . Les points
suivants seront dtaills :

-dans la partie virus : 1. Introduction (classification des virus, cycle viral, structure des virus) 2. Les pathologies
infectieuses dans le monde. 3. Applications sur des pathognes majeurs prsents en France (Virus de
l'Immunodficience Humaine et antirtroviraux ; Virus de la grippe, vaccination et inhibiteurs de la neuraminidase ;
Virus de la fivre aphteuse) ;
- dans la partie prion: 1. la forme normale et pathologique 2. formation de plaques amylodes et maladies prions ;
- dans la partie bactries : 1. Diversit et adaptabilit. 2. Relation htes/bactries 3.La virulence, le pouvoir pathogne,
les facteurs de virulence, contrle de la virulence. 4. Exemples de bactries d'intrt mdical.


33

Transversale 4 TVL2002L
ECTS Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
ANGLAIS (2 ECTS) 20h
PEL4 (1 ECTS) 1h30
SHS (2 ECTS) 15h
EPS (1 ECTS) 18h
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

ANGLAIS :
Les objectifs de cet enseignement sont :
-Obtenir le niveau B1 du cadre europen de rfrence.
-Etre capable de comprendre loral dans des situations varies (dbit rapide, bruit de fond, accents, thmes et
niveaux de langue divers) et savoir transfrer des informations obtenues lcrit et loral en forme crite (pas une
traduction, mais un transfert de donnes dune comptence linguistique une autre).
-Exploiter les documents crits et oraux pour son usage personnel (lexique, expressions).
-Sentraner de manire systmatique la comprhension audio (logiciels, documents vido, DVD, tlvision,
entranement avec les tuteurs, ressources Internet.

PEL4 : Communiquer son projet personnel
Le PEL4 (Projet de lEtudiant de Licence) met les tudiants en situation d'entretien de motivation. Une prsentation en
amphi prcise les objectifs, et ltudiant est valu au cours dune audition individuelle de 15 minutes par un jury
(enseignants, doctorants et professionnels, anciens tudiants de luniversit). Au cours de cette prsentation, ltudiant
expose ses objectifs professionnels actuels, son parcours personnel, ses stratgies, ses points forts. Il sagit dune mise
en situation formative pour prparer d'ventuels entretiens de slection. L'tudiant prendra conscience en direct,
travers les ractions du jury, de ce qu'il doit encore prciser dans son projet ou amliorer dans sa prsentation.

Sciences Humaines et Sociales (SHS)
La science a depuis longtemps quitt sa priode descriptive pour devenir explicative et exprimentale. Lessentiel de
notre formation initiale nous familiarise avec une mthode scientifique qui est une faon de dire le vrai. Nest-il pas
ncessaire de soumettre notre propre mthode la critique ? Ne doit-on pas examiner nos reprsentations et les
conditions de production des savoirs et des connaissances pour mieux les inscrire dans lhistoire ou la socit ? Le
service commun de formation en sciences humaines et sociales de lUniversit Claude Bernard-Lyon1 propose une
srie de formations permettant dapporter, une problmatique relevant des sciences de la vie ou de la sant, des
sciences mathmatiques, des sciences de la matires ou des sciences pour lingnieur, un regard anthropologique,
didactique, conomique, pistmologique, historique, philosophique ou encore sociologique. Les thmes sont
renouvels chaque semestre pour permettre une meilleure inscription de cette rflexion dans le quotidien.

EPS : Cette formation initiale vise dvelopper chez ltudiant, les qualits de communication, la prise de
responsabilits et les capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des
projets travers la pratique des activits physiques, sportives et artistiques.

Deux niveaux de pratique sont possibles :
Niveau 1 Initiation et perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une
activit au choix, avec un enseignant spcialiste, o les objectifs sont dacqurir des savoirs faire et des savoirs tre
lis cette activit.

Niveau 2 Pratique sportive comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre
associatif et comptitif. Cette pratique a pour but de dboucher sur des comptitions interuniversitaires organises par
le Comit Rgional du Sport Universitaire (CRSU) de Lyon.

S4

34















3
me
anne

35
L3 - 3me anne - Semestre 5 (60 ECTS)



Descriptif des UE


Biologie molculaire 1 BCH3003L


Biochimie mtabolique 2 BCH3001L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
25,5 21 9
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Biologie molculaire des procaryotes :
-LADN support de linformation gntique : transformation, conjugaison, transduction, lysognie, transposons, phages
mutateurs.
-La rplication de lADN.
-Lexpression du programme gntique: transcription, traduction.

Le gnie gntique:
-Les outils enzymatiques du gnie gntique
-Les systmes htes-vecteurs
-Lhybridation molculaire, sondes et marquage de l'ADN
- Analyse du gnome et de ses modifications, amplification gnique : les banques, amplification slective in vitro,
dtermination de la squence d'un acide nuclique, analyse de lexpression des gnes, modification du matriel
gntique.

S5
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
30 15 16
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Objectifs :
L'accent sera mis sur les interrelations entre les grandes voies de dgradation et de biosynthse des molcules
biologiques et sur les processus de rgulation. En particulier, certains mcanismes essentiels de ractions seront
dcrits et on soulignera le rle des principaux coenzymes. Une attention particulire sera porte aux consquences
pathologiques rsultant d'un disfonctionnement mtabolique.

Programme :
- Vue d'ensemble du mtabolisme : carrefours mtaboliques et processus majeurs de rgulation.
- Bionergtique : Mcanismes molculaires et transferts lectroniques de la chane respiratoire mitochondriale. L'ATP
synthase, couplage chimiosmotique et dcouplage.
- Les rgulations et pathologies du mtabolisme des glucides : glycolyse et bases molculaires du contrle hormonal de
la glycmie, noglucogense, voie des pentose-phosphates,
- La photosynthse et la photorespiration.
- Rgulations du mtabolisme de l'azote : cycle de l'azote, voies de biosynthse des acides amins (acides amins
glucognes et ctognes), nitrification et dnitrification.
- Rgulations du mtabolisme des lipides, en particulier, le mtabolisme du cholestrol.
- Mtabolisme des nuclotides. Bases molculaires de l'action des inhibiteurs utiliss en thrapie.

Mthodologies et techniques :
- Analyse des ractions constituant une voie mtabolique, de leur rgulation et de la coordination entre voies.
- Mthodes diverses de mesure de l'activit mtabolique.
Soutien l'analyse de donnes, la rdaction et la prsentation de documents scientifiques. Ce soutien est ralis
sous forme de 3 sances de TD obligatoires l'attention de tous les tudiants de l'UE.

36

Biochimie structurale et fonctionnelle 1 BCH3002L


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
25,5 12 24
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE a pour but de donner aux tudiants les bases structurales fondamentales ncessaires la comprhension
des fonctions biologiques des principales classes de biomolcules. Des modles de rgulations de leur fonction via des
modifications structurales fines seront prsentes.
Dans cette optique, le contenu pdagogique de cette UE abordera le rle et les proprits des lipides membranaires
lies leur structure particulire. Des caractristiques telles que le polymorphisme lipidique reli au concept de forme,
la description et la caractrisation des phases du polymorphisme lipidique seront dtailles. Limportance de la fluidit
membranaire, la structure, le rle et limplication des radeaux lipidiques dans la signalisation cellulaire seront prsents.

Aprs un bref rappel de la structure primaire, les niveaux dorganisation suprieurs des protines seront abords avec
prcision. Laccent sera mis sur la description des structures secondaires et leurs caractristiques (structures en
hlices, feuillets bta, boucles et coudes (structures non rptitives), le diagramme de Ramachandran, la structure
tertiaire et le repliement des protines (mcanismes de repliement et modle de l'entonnoir nergtique, les diffrentes
familles des protines chaperonnes et leur mcanismes d'action), la stabilit de la structure tertiaire, la structure
quaternaire (associations en sous-units, stabilit des structures quaternaires), les diffrentes classes de protines, la
notion de domaines structuraux et fonctionnels, le cas particulier des protines membranaires, les familles et
superfamilles de protines et les bases de donnes. Les modifications co- ou post-traductionnelles, telles la N- et O-
glycosylation, l'ubiquitinylation, la sumoylation, les modifications post-traductionnelles des protines thrapeutiques
telles que la pegylation par exemple seront dtailles pour dgager leur rle et leur implication dans la fonction des
protines. Les classes particulires de protines, telles les protines intrinsquement non structures, les "moonlighting
proteins" et les mtalloprotines seront prsentes.

Enfin, les glucides seront traits sous langle des htrosides et leur implication dans le rle de la fonction des
protines. Seront traits principalement la structure et les proprits des glycosaminoglycanes et des protoglycanes.

Cette UE sera taye de sances de Travaux Dirigs qui illustreront les diffrents aspects des thmes dvelopps dans
les cours magistraux. Trois sances de Travaux Pratiques, caractrisation et analyse de peptides par chromatographie
haute performance en phase liquide (HPLC en phase inverse), limination d'un agent rducteur d'une solution
protique par filtration sur gel/centrifugation - dosage des protines et des fonctions thiols, dtermination par
chromatographie en phase gazeuse de la composition d'un diholoside, permettront aux tudiants de se familiariser
avec les techniques de sparation et de dosage des grandes classes de biomolcules.

S5

37

Enzymologie 2 BCH3004L
Initiation la bioinformatique structurale BCH3005L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
12 9 8
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette formation sappuie sur les connaissances d'enzymologie dispenses dans lUE Enzymologie 1 du niveau L2.
Elle a pour objectif dapporter un approfondissement des connaissances en enzymologie, notamment au niveau des
concepts, des mthodes et des mcanismes.

C.M. :
1. Analyse approfondie de l'quation de Michaelis-Menten dans l'hypothse de l'quilibre et de l'tat stationnaire.
2. Mthodes d'ajustement non linaires; fixation d'un ligand sur des sites indpendants, dtermination graphique de n et
Kd (Reprsentation de Scatchard).
3. Analyse cintique et dmonstration des expressions relatives aux inhibitions comptitives, incomptitives et non
comptitives ou mixtes; illustration des mthodes de dtermination des paramtres cintiques en prsence des
diffrents types d'inhibiteurs (Dixon, Hanes-Woolf, etc.).
4. Etude des ractions enzymatiques deux substrats (hypothse de lquilibre). Dmonstration des quations de
vitesses correspondantes aux mcanismes squentiels et substitu. Analyse des quations correspondantes aux
modes de reprsentations linaires pour la dtermination des paramtres cintiques.
5 Introduction aux enzymes allostriques.

T.D. :
Exercices et problmes portant sur l'ensemble des thmes dvelopps dans le cadre des cours magistraux.

T.P. :
Etude cintique de la phosphatase alcaline. Dtermination des paramtres cintiques de l'enzyme dans la cas d'une
inhibition comptitive.

S5
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
18 12
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

C.M. :
Lobjectif du cours est de former ltudiant aux mthodes danalyses thoriques et prdictives des protines. Ce cours
est un complment indispensable aux aspects exprimentaux de biochimie dvelopps dans les autres UE de
biochimie. Ltudiant sera initi aux banques de donnes, lanalyse des squences (structure et fonction). On
abordera galement une introduction la visualisation 3D des molcules qui prpare lUE BioInformatique Structurale
du Master 1 de Biochimie.
Introduction. Enjeux de la biochimie grande chelle (OMIC)
Contenu et interrogation des banques de donnes de squences protiques.(Uniprot, EMBL)
Comparaison des squences (Matrice de points, alignement binaire, alignement multiple)
Recherche de signatures, motifs et sites fonctionnelles dans les squences (PROSITE, INTERPRO,BLOCKS)
Prdiction des structures 2D (statistiques, similarit, rseau de neurones)
Profils physicochimiques (hydrophobie, antignie, amphiphilie)
Initiation la visualisation 3D des molcules - Formation Rasmol mode avanc

Pour chaque mthodologie explique, des exemples concrets dapplication en biochimie exprimentale seront donns
afin que ltudiant puisse assimiler lutilit des mthodes thoriques en amont des mthodes biochimiques
exprimentales.

T.P. :
Ils seront effectus en immersion dans un laboratoire de recherche (IBCP) et ont pour objectifs de former ltudiant aux
problmes concrets de lanalyse de squences (courbe de titration, faible complexit, problme de lvolution
convergente, biais dans les donnes biochimiques, qualit prdictive, ralisation de scripts RASMOL).
TP N1 Homologies de squences - Alignements multiples - Identifications de sites fonctionnels
TP N2 Visualisation et manipulation de structures 3D de protines. Utilisation de Rasmol.
TP N3 Evaluation des acquis


38

Transversale 5 TVL3001L


ECTS Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
ANGLAIS (3 ECTS) 30h
SHS (2ECTS) 15h CM ou TD
EPS (1 ECTS) 18h
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

ANGLAIS :
Cet enseignement a pour objectifs :
- Obtenir le niveau B1+ du cadre europen de rfrence.
- Acqurir langlais de spcialit (lexique, particularits de la langue) .
- Sexprimer loral en situation similaire des situations professionnelles (entretien dembauche, runions,
dbats, changer avec des pairs, savoir parler de sa formation et son exprience).
- Aborder la lecture darticle scientifique et pouvoir le dcrire loral dans une situation informelle de discussion avec
des pairs et progresser en expression et comprhension orales et crites (CV, lettres de motivation).
- Dvelopper un regard critique sur les documents (niveau de fiabilit du document, ton, information implicite, humour,
cohrence

Sciences Humaines et Sociales (SHS) :
La science a depuis longtemps quitt sa priode descriptive pour devenir explicative et exprimentale. Lessentiel de
notre formation initiale nous familiarise avec une mthode scientifique qui est une faon de dire le vrai. Nest-il pas
ncessaire de soumettre notre propre mthode la critique ? Ne doit-on pas examiner nos reprsentations et les
conditions de production des savoirs et des connaissances pour mieux les inscrire dans lhistoire ou la socit ? Le
service commun de formation en sciences humaines et sociales de lUniversit Claude Bernard propose une srie de
formations permettant dapporter, une problmatique relevant des sciences de la vie ou de la sant, des sciences
mathmatiques, des sciences de la matire ou des sciences pour lingnieur, un regard anthropologique, didactique,
conomique, pistmologique, historique, philosophique ou encore sociologique. Les thmes sont renouvels chaque
semestre pour permettre une meilleure inscription de cette rflexion dans le quotidien.

EPS :
Cette formation initiale vise dvelopper chez ltudiant, les qualits de communication, la prise de responsabilits et
les capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des projets travers la
pratique des activits physiques, sportives et artistiques.

Deux niveaux de pratique sont possibles :
Niveau 1 Initiation et perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une
activit au choix, avec un enseignant spcialiste, o les objectifs sont dacqurir des savoirs faire et des savoirs tre
lis cette activit.

Niveau 2 Pratique sportive comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre
associatif et comptitif. Cette pratique a pour but de dboucher sur des comptitions interuniversitaires organises par
le Comit Rgional du Sport Universitaire (CRSU) de Lyon.

S5

39
L3 - 3me anne - Semestres 6 (60 ECTS)



Descriptif des UE


Biologie molculaire 2 BCH3006L


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
24 9 24
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif de l'UE est de prsenter, travers des exemples choisis, les bases molculaires du contrle de l'expression
gnique chez les organismes procaryotes et eucaryotes. Le contenu pdagogique sera organis en trois axes :

- Rgulation gnique chez les procaryotes :
Dfinition des notions de contrle positif et ngatif.
Rgulation par le biais de rarrangements gnomiques
Contrle transcriptionnel de l'expression gnique : induction de l'opron lactose, rpression de l'opron tryptophane,
contrle des cycles lytique/lysognique du phage lambda
Contrle du couplage transcription/traduction : attnuation de l'opron tryptophane
Contrle traductionnel de l'expression gnique : rgulation autognique de la synthse des protines ribosomiques et
des aminoacyl-tRNA synthtases, rgulation de la synthse des porines par des ARNs antisens

- Rgulation gnique chez les eucaryotes :
Chromatine et contrle de l'expression gnique.
Promoteur eucaryote : complexe initiateur de la transcription, les facteurs de transcription, notion d'enhancers et
silencers
Maturation de l'ARN: RNA editing, transport nuclo-cytoplasmique, polyadnylation, pissage
Cycle cellulaire, exemple de contrle intgr : les cyclines mitotiques, les complexes cdk/cyclines et leur succession au
cours du cycle, contrle de la demi-vie des cyclines, les inhibiteurs des cdk (p21 waf1, p16...), contrle de l'expression
des cdks et des cyclines au niveau transcriptionnel, la protine du rtinoblastone et le contrle de l'expression de cdc2,
le facteur de transcription E2F-1

S6

40

Techniques spectroscopiques en biochimie BCH3007L

Vous devez choisir une UE optionnelle de Biologie (6 ects) parmi celles prsentes ci-aprs.


Introduction la Biologie cellulaire et limmunologie (optionnelle) BIO2014L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
22,5 19,5 16,5
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

C.M.:
Spectroscopie UV-visible. Absorption et fluorescence. Chromophores, fluorophores et sondes de fluorescence d'intrt
biologique. Dosage des biomolcules (protines, acides nucliques), des ions (sous forme libre et dosage total) et des
substrats (NADH, FADH2). Mesures d'activit enzymatiques. Polarimtrie. Spectroscopie IR et dichrosme circulaire.
Dtermination de la structure secondaire des protines. RMN 1H, RMN 13C, RMN 31P des biomolcules.
RMN 13C et 31P selon les conditions in vivo, identification des mtabolites aprs incorporation de prcurseurs.
Dtermination de la structure des biomolcules (glucides, bases nucliques et substrats). Techniques de la
spectromtrie de masse des biomolcules (dtermination de la masse et squenage). Ionisation chimique,
lectrospray, couplage chromatographie (gazeuse et liquide).

T.D.:
Identification des chromophores UV-visible. Dosage de calcium intracellulaire l'aide dune sonde de fluorescence
(Fura). Mesure d'activit enzymatique d'un systme coupl. Interprtation des spectres IR des protines.
Interprtations des spectres RMN et identification des structures (glucides). Interprtation des spectres de masses,
calcul des masses.

T.P. : Spectroscopie UV-visible, Spectre d'absorption et de fluorescence de tryptophane des protines.
Spectre d'mission et d'excitation. Effet de l'environnement du tryptophane sur le spectre d'mission. Dosage de
protines. Dtermination des constantes cintiques dune raction enzymatique par polarimtrie. Applications des
chantillons biologiques. TP assists par ordinateur pour l'interprtation des spectres RMN (glucides, bases nucliques
et substrats).

S6
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
21 21 9
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Biologie Cellulaire
C.M. :
- Les membranes biologiques : organisation molculaire ; proprits
- Prsentation de quelques mcanismes fondamentaux de la vie cellulaire : permabilit cellulaire, endocytose
(pinocytose, phagocytose), communication et activation cellulaire, adhsions jonctionnelle et non-jonctionnelle, cycle
cellulaire.
T.D. : Rsolution de problmes tirs de travaux exprimentaux se rapportant au cours
T.P. : Dtection histochimique des phosphatases acides dans le thymus ; histologie des organes lymphodes.

Immunologie
C.M. :
- Origine et fonction des cellules de l'immunit ; Organes lymphodes
- Systme immunitaire inn et adaptatif : prsentation des acteurs molculaires et cellulaires
- Rponse immunitaire contre les pathognes intracellulaires, extracellulaires et intravsiculaires
- Restriction de la rponse immunitaire
T.D. : Problmes issus dexpriences princeps de limmunologie ou de situations cliniques
- La communication cellulaire dans le systme immunitaire
- Les immunodficiences
- Rle de molcules-cls dans la mise en place dune rponse immunitaire
- Immunit inne et adaptative
T.P. : Raction Antigne-Anticorps : test ELISA ; Typage cellulaire et phagocytose

41
S3
Gntique 2 (optionnelle) BIO2013L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
25,5 21 9
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Le dterminisme gntique et la transmission des caractres sont tudis en considrant les organismes dans leur
complexit et face leur environnement rel (naturel ou anthropis). Les connaissances acquises dans l'UE Gntique
1 seront compltes par l'tude des diffrents compartiments du gnome (nuclaire et extra-nuclaire), l'hrdit non
mendelienne des caractres, leur variabilit et expression phnotypique, ainsi que leur mode de transmission
l'chelle des populations avec une introduction la gntique des caractres quantitatifs. Les applications dans les
domaines de la sant (pidmiologie des maladies gntiques, volution des rsistances), l'amlioration et la gestion
des ressources gntiques en agronomie ainsi la comprhension des mcanismes gntiques de la rponse des
organismes aux variations de leur environnement seront prsentes. Cet enseignement aborde aussi les concepts de
base pour comprendre les mcanismes gntiques de l'volution des espces. Il introduit l'utilisation des outils
statistiques et de modlisation en gntique.

C.M. :
-Hrdit non mendelienne: nuclaire, mitochondrial, chloroplastique, symbiotique , notion de phnotype tendu
-Gntique des Populations : notion de polymorphisme, quantification de la variabilit gntique (frquences allliques,
htrozygotie), transmission des gnes dans les populations (quilibre de Hardy Weinberg, notion de dsquilibre
gamtique), influence des rgimes de reproduction (consanguinit) et des pressions volutives (mutations, migrations,
slection, drive gntique).
- Gntique quantitative : relation gnotype-phnotype, normes de raction, effets des gnes (additivit, dominance,
interactions et pistasies), hritabilit, slection et amlioration gntique, cartographie et QTL.

T.D. : Calcul et estimation des frquences allliques. Indices de diversit gntique. Test de l'quilibre de Hardy-
Weinberg (dialllique et multi-allliques). Diagnostic des maladies gntiques dans les gnalogies.
Transmission de plusieurs gnes (dsquilibre gamtique). Calcul du coefficient de consanguinit, valeur slective et
modle de slection. Simulation du processus de drive gntique. Valeur phnotypique et gnotypique moyenne
d'une population pour des caractres quantitatifs. Mesure et estimation de la variance gntique, variance additive,
variance de dominance et mesure de l'hritabilit.

T.P. :
- Analyse molculaire de la diversit gntique : polymorphisme ADN rvl par des marqueurs microsatellites chez la
Drosophile et par PCR-RFLP chez l'homme
- Simulation de l'volution gntique d'une population sur ordinateur


42
S3
Biologie des organismes 2 (optionnelle) BIO2004L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
26,5 1,5 27 Plan licence
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

1 - Partie Biologie des Organismes Animaux : anatomie compare et volution des Vertbrs.
Cet enseignement prsente la dynamique volutive des structures anatomiques chez les Vertbrs, au travers de
l'tude des fonctions de protection (tguments), de soutien et de mouvement (squelette et musculature), d'excrtion et
de reproduction, mais aussi d'alimentation et de relation (systme nerveux). Cet enseignement sera davantage orient
vers la recherche de la signification phylogntique de telle ou telle structure/fonction que vers sa description
anatomique dtaille.
Le cours veille prsenter les relations avec les autres enseignements de la Licence, tels que la Palontologie et la
Physiologie.
Les TP constituent une illustration et un complment, au travers de dissections et d'observations de lames
microscopiques et de pices squelettiques.
14h CM + 1,5h TD + 12h TP.

2 - Partie Biologie des Organismes Vgtaux : volution et expansion terrestre des plantes.
Le cours prsente les diffrents aspects de la reproduction sexue dans la srie vgtale des Thallophytes aux
Cormophytes. Il aborde les notions de cycle de reproduction, fcondation, miose. Relations sporophyte/gamtophyte.
Les tudes compares des cycles de reproduction sont mises en relation avec la conqute du milieu terrestre.
La multiplication vgtative est aborde.
Les TP sont une observation directe du matriel partir d'exemples simples illustrant le cours.
12,5h CM + 15h TP.

Mthodologie :
Apprentissage des mthodes de reconnaissance et de classification des organismes animaux et vgtaux
(systmatique, suite de BO 1).
Techniques et outils de dissection et du dessin/schma scientifique (suite de BO 1).


43

Physiologie fonctionnelle et endocrinologie (optionnelle) BIO3038L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
33 4,5 13,5
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Le fonctionnement des mammifres est rgi par des structures organises, les organes, agences l'intrieur de
systmes complexes permettant notamment l'apport de substrats aux cellules, la rception, l'intgration et l'envoi
d'informations, l'adaptation des conditions varies ou bien encore la procration. Le but de l'UE de Physiologie
Fonctionnelle et Endocrinologie est de replacer le rle des biomolcules et de leurs interactions fonctionnelles dans le
contexte de l'organe et de lorganisme et d'apporter ainsi des notions de physiologie animale et en particulier, humaine.
Ainsi elle a particulirement sa place dans le parcours des tudiants en Biochimie, pour qui elle est trs
complmentaire de l'enseignement obligatoire et auxquels elle est propose au niveau L3. Elle peut tout fait
intresser galement des tudiants d'autres parcours comme la Biologie des Organismes, la Microbiologie ou autres.
L'enseignement comprend des cours magistraux traitant des diffrentes grandes fonctions de l'organisme et de leur
rgulation nerveuse et endocrinienne mais il s'appuie galement pour une grande part sur la pratique exprimentale et
l'apprentissage des mthodes d'tudes spcifiques aux diffrentes fonctions et niveaux de l'organisme.

C.M. :
Les changes gazeux et leur rgulation ; Physiologie cardio-vasculaire ; Les apports au milieu intrieur : digestion et
quelques lments de nutrition ; Rgulation du milieu intrieur : physiologie rnale ; Le complexe hypothalamo-
hypophysaire ; Fonction de reproduction.

T.D. :
Sances d'introduction aux travaux pratiques et de bilan, analyse et interprtation des rsultats.
Se rapportent aux travaux pratiques de rgulation de la pression artrielle chez le lapin, d'histophysiologie des organes
et d'adaptations respiratoires l'exercice.

T.P. :
Etude fonctionnelle et pharmacologique de la rgulation de la pression artrielle
Histophysiologie des organes: analyse microscopique des relations structures- fonctions des organes tudis en cours
Adaptations respiratoires l'exercice chez lHomme

Cette UE est fortement conseille pour accder au Master Physiologie et Neurosciences.

S6
P

44

Neurophysiologie (optionnelle) BIO3031L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
30 12 12 0 0
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif de cette UE est de donner des bases solides en neurophysiologie qui permettront d'induire une rflexion
scientifique associe une approche mthodologique et de dvelopper ainsi les comptences techniques et
intellectuelles ncessaires l'approche scientifique.
C.M. :
- Prsentation dtaille des caractristiques cytologiques et molculaires des diffrents lments cellulaires constituant
les systmes nerveux priphrique et central.
- Etude du codage lectrique de l'information sensorielle ; exemples de modalits sensorielles abordes audition,
olfaction, vision, gustation.
- Etude de la motricit rflexe et volontaire
- Etude d'une grande fonction cognitive, la mmoire

T.P. :
Les TP se drouleront sous forme d'un stage de 4 demi-journes, durant lequel chaque petit groupe d'tudiants (3 4
tudiants par groupe) devra choisir une problmatique neurophysiologique et en faire une tude cellulaire et
fonctionnelle en y incluant quelques pathologies associes.
Pour chaque thme propos (audition, vision, gustation, olfaction, motricit, mmoire) les tudiants doivent raliser une
tude histologique et cytologique de la structure partir dchantillons prlves chez des animaux adultes et au cours
de stades embryonnaires afin dtudier leur mise en place (observation de lames en microscopie photonique, de clichs
de microscopie lectronique), rechercher et identifier les structures centrales impliques dans cette fonction (analyse de
lames de cerveau, d'atlas, de documents via des CD ROM, le Net ...) raliser un test fonctionnel (olfaction : test
d'identification et recherche de seuils olfactifs et gustatifs audition : audiogramme Motricit : EMG Mmoire : tests
mnsiques), rechercher des pathologies (analyse de documents - imagerie crbrale) et dduire les rgions impliques
dans ces dysfonctionnements.

T.D. de prparation des TP, et T.D. final sous forme d'un oral avec support visuel + discussion sous forme de table
ronde.

Cette UE est fortement conseille pour accder au Master Physiologie et Neurosciences.

S6P

45

Vous devez choisir une ou des UE libre-s de 3, 6 ou 12 ects pour un total de 12 ects


Stage en laboratoire de biochimie/biologie molculaire BCH3013L

choisir obligatoirement avec


Savoir valoriser son stage


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
11
Environ 7
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Ce stage, dune dure denviron 7 semaines, a pour but la mise en situation professionnelle. Il pourra tre ralis tant
dans le secteur acadmique que dans le secteur priv.
Il est accessible seulement aux tudiants ayant suivi lintgralit des UE obligatoires du semestre 5.
Le thme et le laboratoire daccueil devront avoir reu laval du responsable de lUE.
Le stage donnera lieu la rdaction dun mmoire et une soutenance.

S6P
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
1
12h (9h avant -
3h aprs)

PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE s'adresse des tudiants ayant dj trouv ou ralis un stage. Elle peut concerner des stages ayant comme
objectif la dcouverte de l'action en entreprise comme des stages de fin de cursus visant une intgration
professionnelle immdiate
Objectif : Potentialiser l'importance du stage comme atout pour l'insertion professionnelle par un temps de prparation
pour optimiser sa priode de stage et d'analyse aprs le stage
Positionnement du stagiaire dans l'entreprise
Dfinitions des comptences pr-requises pour le stage et attendues l'issue du stage
Prciser la mission; prsentation de son offre de service
Aprs le stage : remise en perspective des comptences acquises au cours du stage et traduction en termes
d'insertion professionnelle ou de projet professionnel - enrichissement du rseau - retour sur le CV.


46

Biochimie structurale et fonctionnelle BCH3010L


Modulation de la fonction des protines BCH3011L

ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
12 15 30
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Programme :
Diffrents exemples seront traits mettant en vidence la relation entre la structure et la fonction des
biomolcules dans des processus physiologiques : enzymes, protines de transport, protines impliques dans
ladhrence cellulaire, protines de structure,

Objectifs :
- Pouvoir expliquer, au niveau molculaire, le rle de biomolcules impliques dans des processus physiologiques
- Etre capable de prdire les interactions molculaires en mobilisant ses connaissances de chimie, de biochimie
structurale et denzymologie
- Savoir interprter des rsultats exprimentaux connaissant le principe des techniques de biochimie
- Sexercer visualiser des molcules en 3D laide de logiciels informatiques
- Raliser un poster sur le thme des relations structure/fonction et tre capable de le prsenter.

S6
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
16,5 3 30
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'activit biologique des protines et leur maturation peuvent tre modules au niveau post-traductionnel par des
processus trs diffrents. Des exemples reprsentatifs des principaux mcanismes impliqus feront l'objet de
l'enseignement dispens sous forme de cours magistraux et de travaux dirigs. Chaque mcanisme sera dtaill sur le
plan molculaire puis des exemples de leur impact sur les fonctions des protines et de leur implication dans des
pathologies seront donns pour chacun d'entre eux.
- Les modifications post-traductionnelles dues aux lipides (mcanismes d'acylation, acylation de protines virales, des
protines G et Ras) et aux sucres (glycation, implication dans le diabte, la cataracte et les pathologies vasculaires) -
La protolyse limite des protines membranaires (shedding) et les fonctions biologiques des ectodomaines librs.
Exemples : rcepteurs de la toxine diphtrique et de facteurs de croissance, molcules d'adhsion, prcurseur de la
protine amylode (implication pour la maladie d'Alzheimer), activation de toxines bactriennes ou virales (virus Ebola).
La protolyse intra-membranaire rgule.
- L'pissage des protines, les notions d'intine et d'extine, les mcanismes d'pissage. Lpissage des protines
comme cible thrapeutique. Les intines, des outils pour la recherche. Les "homing endonucleases".
- Le cryptome et les cryptines (peptides possdant des activits biologiques diffrentes de celles des protines
entires). Exemples : les cryptines issues des protines du lait et des aminoacyltRNA synthtases, les hmorphines.
- L'change de domaine (domain swapping) et les mcanismes doligomrisation des protines (rle dans la formation
de fibrilles amylodes)
- Les "moonlighting proteins", protines multifonctionnelles

Deux sances de TP seront consacres des exercices illustrant l'enseignement magistral (pissage des protines,
acylation des protines).


47

Biochimie exprimentales 2 BCH3009L


Biochimie des aliments BCH3008L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
4,5 32 3
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE a pour but d'illustrer diffrentes techniques de biochimie et biologie molculaire tout en dveloppant des
notions pratiques complmentaires de celles dispenses dans les autres UE.
A partir de 4 sances de TP, l'enseignement dispens dans cette UE doit permettre l'tudiant d'acqurir une bonne
formation pratique, une mthodologie d'analyse de rsultats, et de parfaire ses capacits de rdaction de protocoles et
de rapports exprimentaux.
Les tudiants auront prparer un expos oral (travail personnel de recherche et de mise en place de protocole de
manipulations sur 3-4 thmes proposs par les enseignants) qui sera valu.

T.P. :
Purification de la papane par chromatographie covalente
Purification et mise en vidence des isoformes de la LDH
Ralisation d'une empreinte gntique partielle et tude d'un minisatellite par la technique de PCR
Synthse de lampicilline par la pnicilline acylase d Escherichia coli.

S6
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
13,5 16
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Lobjectif de cette unit denseignement est de sensibiliser les tudiants aux nombreuses applications de la biochimie
dans le secteur agro-alimentaire.

Aprs une brve prsentation du secteur industriel agro-alimentaire, des mtiers correspondants et des parcours de
formation qui y prparent, les relations entre la structure des molcules prsentes dans les aliments (eau, glucides,
lipides, protides, additifs et armes) et leurs proprits organoleptiques, nutritionnelles et technofonctionnelles
sont illustres au travers de diffrents exemples.

Les diffrents niveaux dorganisation des matrices alimentaires des molcules constitutives au tissu biologique
(animal ou vgtal par exemple) sont galement apprhends. Les mcanismes physiques et chimiques de
dstabilisation des systmes disperss sont illustrs au travers dexemples comme la coagulation par voie enzymatique
et/ou acide du lait prsente en cours et pratique en travaux pratiques.

Deux journes de travaux pratiques (une en atelier agro-alimentaire pour pratiquer des oprations unitaires telles
que la pasteurisation du lait ou raliser la formulation dun fromage blanc aux fruits et une en laboratoire danalyses
pour valuer leffet des procds sur les produits et analyser la composition daliments par rapport un cahier des
charges produit dfini) permettent respectivement une premire dcouverte de la mise en situation
prprofessionnellle de travail en atelier de production intgrant les aspects hygine et assurance qualit et du
travail en laboratoire de contrle qualit en plus de constituer une illustration de notions thoriques prsentes en
cours.
Ceci permet dapporter un quilibre apport cognitif - mise en pratique cette unit denseignement optionnelle de
dcouverte des applications de la biochimie dans un secteur industriel particulier.

Mots cls : eau (activit de leau, conglation), protines (proprits nutritionnelles et techno-fonctionnelles), lipides
(proprits nutritionnelles et techno-fonctionnelles (proprits de fusion, stabilit thermique et vis vis de loxydation,
polymorphisme cristallin), traitements de modification, sucres simples (proprits rductrices) et dulcorants (intenses
ou de charge, notion de pouvoir sucrant), polysaccharides (transition vitreuse, texturants).

Cette UE est fortement conseille pour accder au Master Gnie lectrique, Gnie des procds dans loptique
de suivre le parcours professionnel Gnie des procds alimentaires.


48

Reprsentation 3D des macromolcules BCH3012L


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
4,5 24
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Lobjectif de ce cours est de permettre ltudiant, aux travers de la ralisation d'un projet scientifique utilisant les outils
de reprsentation et manipulation de structures 3D de macromolcules biologiques, d'acqurir et d'approfondir les
notions de travail en groupe, recherche et synthse d'informations, prparation et prsentation orale de son travail.
Complmentaire aux aspects scientifiques et exprimentaux de la biochimie dvelopps par les autres UE de la
licence, ce cours propose l'tudiant de dvelopper ses comptences au mme titre que ses connaissances.

Dans le cadre de la ralisation d'un projet scientifique, les tudiants seront amens travailler en quipe, rechercher/
rsumer/commenter des informations scientifiques, raliser un storyboard, respecter les dlais de ralisation et
enfin prsenter oralement son travail scientifique.
Une grande libert d'action sera laisse au tudiants sur le choix du projet (suggr mais pas impos), le contenu, le
choix du support (animation durant l'oral ou vido pr-enregistre...) mais une grande rigueur scientifique sera exige.

Les travaux pratiques permettront l'utilisation d'outils de reprsentation et manipulation de structures 3D de
macromolcules biologiques. Pour cela les tudiant seront initis au logiciel YASARA (http://www.yasara.org) et
son langage de scripting YANACONDA. Cet aspect viendra en complment et en soutien de la prsentation orale. Un
support vido, fournis par le service iCAP, sera propos de manire optionnel. Chaque projet disposera galement d'un
forum afin de permettre la communication entre les diffrents membres du groupe et l'enseignant.

CM 1 et 2: Prsentation de l'UE, des projets choisir, constitution des quipes et discussion du storyboard.
CM 3: Prsentation des travaux (15 minutes d'oral, 5 minutes de questions)
TP N1 N6 Ralisation du projet

L'valuation de cette UE se fera sous forme d'un contrle continu: 1 note d'cris afin d'valuer vos comptences finales
vos travaux.

S6

49

Base de donnes structurales 3D en biochimie BCH30xxL


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
6 6 20
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Lobjectif du cours est de former ltudiant au dveloppement dune petite base de donnes (PHP + SQL) accessible
sur le Web afin de visualiser sur une structure 3D les informations concernant des mutations ponctuelles sur des
protines.
Ralisation dune base de donnes de mutations de structures 3D de protines et visualisation.
Visualiser des mutants partir dune base de donnes sur une structure 3D.

Notions fondamentales dimplmentation SQL sur le Web (3H CM)
Installation EasyPHP (Apache, MySQL, php).
Les lments essentiels du langage SQL (mysql_connect, mysql_select_db, mysql_query, mysql_fetch_array,
msql_num_rows, mysql_result, ).
Intgration MySQL et php.
Cration de la base de donnes (3 tables) avec phpMyAdmin.
Entre des donnes dans la base de donnes partir de fichiers Excel txt (PhpMyadmin ou script php)
Interrogations avec MySQL+ php
Ralsiation dun formulaire dinterrogation
Cration de scripts Rasmol et/ou Jmol
















Les travaux pratiques seront effectus en immersion dans un laboratoire de recherche (IBCP) sous forme dun projet
encadr un tudiant par poste (capacit 15 tudiants).

S6

50

Introduction aux mthodes pdagogiques


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
15 15
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE sintgre dans un ensemble de 12 ects destin aux tudiants souhaitant sorienter vers la diffusion des
connaissances scientifiques.

Thories dapprentissage
Connatre les thories principales
Critiquer les diffrentes thories

MindMapping (cartes conceptuelles)
Voir ses domaines dapplication notamment dans l'enseignement
Construire les premires maps

Planification de squences denseignement
Dfinir des objectifs clairs et mesurables
Elaborer une squence en se positionnant sur une des thories dapprentissage

Stratgies denseignement
Expliquer les effets des stratgies qui rendent les personnes actives sur lapprentissage
Adapter des stratgies d'enseignement au contenu et au groupe dtudiants
Connatre diffrentes manires de stimuler et de soutenir la participation des tudiants

Evaluation des tudiants
Choisir les types dvaluation en adquation avec les stratgies denseignement
Assurer une bonne cohrence entre les objectifs dapprentissage, les stratgies denseignement et les valuations

Evaluation des enseignements
Faire ressortir les points forts et les points faibles des diffrentes dmarches dvaluation prsentes
Choisir une dmarche dvaluation approprie
Adapter la dmarche dvaluation en tenant compte de lexprience des autres

S6

51

Connaissance des secteurs professionnels BCH30xxL


Analyse dune question scientifique BCH30xxL


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
2 30
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Programme

Confrences
Les tudiants suivront 6 confrences de sensibilisation au monde professionnel, choisies parmi celles proposes par
les Rencontres du jeudi , cycle de confrences organis par le Service dOrientation et dInsertion professionnelle
des Etudiants (SOIE) de lUCBL.

Stage/Enqutes
Les tudiants iront la rencontre de professionnels des mtiers de lducation et/ou de la diffusion des connaissances
scientifiques (tablissement scolaire, bibliothque, mdiathque, muse, institut de formation, service TICE, media,)
afin de mieux identifier les comptences professionnelles et personnelles ncessaires lexercice dune activit
professionnelle dans ces domaines.

Mmoire
Les tudiants rdigeront un mmoire dans lequel ils feront la synthse des confrences quils ont suivies et ils
prsenteront le rsultat des enqutes quils auront menes auprs de diffrents professionnels, en particulier au cours
de leur stage. Ils sattacheront comparer les comptences professionnelles et personnelles requises pour exercer un
mtier (ou une fonction) spcifique.

Objectifs
- Donner aux tudiants des informations gnrales sur le fonctionnement des entreprises (organisation, attentes et
besoins, mode de recrutement, ).
- Leur permettre de rencontrer des professionnels afin dobtenir des informations concrtes sur un secteur dactivit et
un mtier (ou une fonction) en particulier.
- Leur permettre de prciser leur projet professionnel, en particulier pour les tudiants qui souhaitent se diriger vers les
mtiers de lenseignement ou de la diffusion des connaissances scientifiques.

S6
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
Cycle de confren-
ces de lUniversit
Ouverte
2
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Cette UE sintgre dans un ensemble de 12 ects destin aux tudiants souhaitant sorienter vers la diffusion des
connaissances scientifiques.
Elle sera organise autour dun cycle de confrences de lUniversit Ouverte ax sur une problmatique sur les thmes
Chimie , Histoire des sciences , Sciences de la vie , Sant , ou Art, sciences et socit . Les tudiants
devront assister un cycle, en raliser une synthse qui sera prsente sous form dexpos oral devant lensemble
des tudiants de lUE, ce qui sera loccasion dexploiter les acquis de lUE prcdente

Objectifs
- Dcouvrir la vulgarisation scientifique diffuse par des universitaires un public de non spcialistes
- Sentraner la restitution des informations, avec lappui de lUE Introduction aux mthodes pdagogiques suivie
en parallle
- Utiliser les supports modernes de diffusion des connaissances
- Approfondir les connaissances scientifiques sur des thmes varis.

52

Approche exprimentale par projet en analyse bio-chimie-physique BCH3036L


ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
3
5
5 24
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

Dans le cadre des formations de licence de chimie, biochimie et sciences physiques, les comptences relatives aux
sciences analytiques reprsentent le socle de base sur lequel est btie la dmarche scientifique. En effet, la qualit
dun rsultat exprimental est une consquente directe des mesures effectues pour atteindre ce rsultat. Ainsi, outre
la connaissance des techniques analytiques, tout tudiant en sciences exprimentales doit possder les comptences
permettant de mettre en oeuvre ces techniques de faon raisonne pour obtenir une mesure adapte aux exigences
formules par le demandeur.

Dans ce contexte, la connaissance des bases scientifiques propres chaque technique doit tre accompagne dun
ensemble de comptences mthodologiques permettant de choisir les techniques mobiliser, et de mettre en uvre la
dmarche exprimentale associe

Programme
Cette UE est ralise partir de mises en situation professionnelles face des tudes de cas rsoudre de faon
exprimentale

Comptences acquises
Mettre en uvre une technique danalyse physico-chimique de faon raisonne pour obtenir une mesure adapte aux
exigences formules par le demandeur
Lapproche dveloppe dans cette UE permet de faire voluer limage dune chimie perue par les tudiants comme
utilisatrice de recettes de prparation quil faut appliquer, en remobilisant les tudiants autour de llaboration de leur
propre stratgie exprimentale.
En raffirmant le caractre exprimental de cette discipline, et en montrant quelle est un espace de crativit et
dinnovation, les comptences mthodologiques des tudiants sont confortes, permettant de favoriser leur russite en
licence et au cours de leurs tudes ultrieures.

S6

53



Devenir des tudiants de L3 mention Biochimie, lanne suivante, Lyon 1:





























La plus forte proportion est, logiquement, celle des tudiants sorientant vers le M1 de Biochimie. Toutefois,
le caractre trs ouvert du cursus de Licence de Biochimie, permettant notamment en S6 de se spcialiser
vers tel ou tel domaine connexe, a permis des tudiants de sorienter vers 11 autres mentions de loffre de
M1. Il sagit ainsi de la mention offrant le plus vaste ventail de poursuites en Master Lyon 1. Lintgration
de la licence de Biochimie dans le paysage des masters de Lyon 1 est donc excellente.

De plus, compter de lhabilitation 2011-2014, il est propos un ensemble de 12 ects optionnels de S6 qui
doit permettre aux tudiants qui le souhaitent de se prparer aux carrires de la diffusion des
connaissances, dont les mtiers de lenseignement. Ce premier contact avec ce secteur leur permettra de
choisir, ou non, une spcialit de master les orientant vers les mtiers de lenseignement ou de la diffusion
des connaissances scientifiques.
S6
Diplms de L3 de Biochimie en
Admis l'anne suivante en
nom habilitation 2004-2006 / nom habilitation 2007-2010
29 46 50 51
58% 70% 71% 69%
Ecologie, Ecologie microbienne, Evolution
/ Microbiologie, cologie
13 5 4 6
Biologie cellulaire, molculaire, oncologie
/ Gntique et Biologie de la cellule
2 5 2 0
Sciences des systmes de sant
/ Sant - Populations
0 4 2 0
Physiologie et neurosciences 3 1 1 2
Analyse et contrle
/ Analyse et contrle physicochimiques
2 3 3 5
Biologie cellulaire, molculaire, oncologie, parcours BMC
/ Biosciences (port par l' ENS)
0 1 0 1
Appproches mathmatiques et informatiques du vivant 1 1
- -
Chimie 0 0 1 0
Ingnierie pour la sant
/ Ingnierie pour la sant et le mdicament
0 0 1 0
Environnement et risques naturels industriels et urbains 0 0 0 1
Sciences de l'information, des dispostifs et des systmes
/ Gnie lectrique, gnie des procds
0 0 6 8
50 66 70 74
Biochimie
2
0
0
4
-
2
0
0
5
2
0
0
7
-
2
0
0
8
2
0
0
6
-
2
0
0
7
2
0
0
5
-
2
0
0
6

54

Comptences couvertes par les enseignements

55

Ltudiant en licence de Biochimie doit acqurir des comptences transversales, organisationnelles et
relationnelles, dont une partie sera acquise dans les UE transversales communes toutes les mentions, mais
galement dans les UE disciplinaires dont les formes denseignement et dvaluation sont adaptes au
dveloppement de ces comptences :

* Travailler en autonomie : tablir des priorits, grer son temps, sauto-valuer, laborer un projet
personnel de formation ;
* Utiliser les technologies de linformation et de la communication (C2i niveau 1) ;
* Effectuer une recherche dinformation : prciser lobjet de la recherche, identifier les modes daccs,
analyser la pertinence, expliquer et transmettre (C2i niveau 1) ;
* Raliser une tude : poser une problmatique ; construire et dvelopper une argumentation ; interprter
les rsultats ; laborer une synthse ; proposer des prolongements ;
* Communiquer : rdiger clairement, prparer des supports de communication adapts, prendre la parole en
public et commenter des supports, communiquer en anglais (comprhension, expression crite et orale :
niveau B1/B2) ;
* Travailler en quipe : sintgrer, se positionner, collaborer ;
* Sintgrer dans un milieu professionnel : identifier ses comptences et les communiquer, situer une
entreprise ou une organisation dans son contexte socio-conomique, identifier les personnes ressources et
les diverses fonctions dune organisation, se situer dans un environnement hirarchique et fonctionnel,
respecter les directives et procdures.


Concernant les comptences scientifiques transversales, ou plus appliques au secteur de la Biochimie,
il est mis en uvre des enseignements qui visent lacquisition par les tudiants des comptences suivantes :

Respecter lthique scientifique ;
Connatre et respecter les rglementations ;
Faire preuve de capacit dabstraction ;
Analyser une situation complexe ;
Adopter une approche pluridisciplinaire, essentielle en biochimie ;
Mettre en uvre une dmarche exprimentale : utiliser les techniques de mesure les plus courants ;
identifier les sources derreur; analyser des donnes exprimentales; valider un modle par comparaison
de ses prvisions aux rsultats exprimentaux ; rsoudre par approximations successives un problme
complexe ;
Utiliser des logiciels dacquisition et danalyse de donnes ;
Utiliser des outils mathmatiques et statistiques ;
Utiliser les principaux instruments de mesure (pH mtre, instruments doptique ) ;
Manipuler les concepts de concentration et prparer des solutions (tampons, dilutions ).


Dans le champ disciplinaire de la chimie :

Donner la caractrisation physico chimique de substances : complexomtrie, gravimtrie, dosage redox,
analyse thermique et lectrochimie ;
Utiliser les principales techniques de synthse, de purification et danalyse qualitative et quantitative des
composs organiques.

56

Dans le domaine de la biologie :

Interprter des clichs de microscopie photonique et identifier les principales structures cellulaires ;
Identifier les microorganismes


Enfin dans le champ de la biochimie et de la biologie molculaire :

Utiliser des techniques fondamentales de biologie molculaire : extraction dADN, PCR, carte de
restriction, sous-clonage de gnes ;
Localiser et doser une activit enzymatique, mesurer les paramtres cintiques de raction enzymatique,
et dterminer les paramtres cintiques dune enzyme selon un modle mathmatique pr-dfini ;
Choisir les techniques de fractionnement appropries dans le cadre dune problmatique simple ;
Raliser des mesures doxymtrie ;
Matriser les mthodes de base de sparation et de purification (lectrophorse, chromatographie,
fractionnement cellulaire, radio-activit) ;
Matriser des techniques de dosage et danalyse spectromtriques et spectrophotomtriques
(polarimtrie, UV-visible, infrarouge et proche infrarouge, dichrosme circulaire, fluorescence, RMN,
spectromtrie de masse) ;
Interroger des banques de donnes de squences et de structures protiques, analyser des squences
protiques (comparaison, alignements, prdiction de structures 2D, prdiction dantignicit), et utiliser des
logiciels de visualisation de structures 3D de macromolcules biologiques.


A ces comptences communes, et en fonction des UE optionnelles choisies (notamment en physiologie o
les compatibilits demploi du temps permettent des choix dUE dans ce domaine), ltudiant pourra
dvelopper des comptences additionnelles comme :
Interprter un enregistrement lectrophysiologique ;
Utiliser les techniques courantes dtude des tissus vgtaux et animaux ;
Manipuler des organismes vivants : dissections, chantillonnage de tissus ;
Utiliser un dispositif exprimental sur un animal entier ou un organe isol ;
Mesurer les changes gazeux dun vgtal ;
Utiliser des techniques de gntique : transformation, analyse de mutants ;
Apprhender l'utilisation de la 3D dans le cadre de l'enseignement scientifique.
Nom du rdacteur : Equipe pdagogique de la mention Biochimie / Philippe LALLE
Domaine Libell des comptences Niveau dacquisition
- Matriser les techniques courantes de dosage et danalyse
spectrophotomtriques et spectromtriques
Approfondi
- Matriser les mthodes de sparation et de purification
(lectrophorse, chromatographie)
Approfondi
- Choisir les techniques appropries de fractionnement cellulaire
Base
- Localiser et doser une activit enzymatique
- Mesurer une vitesse de raction
- Raliser des mesures doxymtrie
- Interroger des banques de donnes de squences et de
structures protiques.
- Analyser des squences protiques (comparaison, alignements,
prdiction de structures 2D, prvision dantignicit).
- Utiliser des logiciels de manipulation de structures 3D
Biologie molculaire
- Mettre en uvre les techniques fondamentales de biologie
molculaire : extraction dADN, carte de restriction, sous-clonage Approfondi
Chimie organique - Concevoir et raliser la synthse dun compos organique Base
Microbiologie - Identifier des micro-organismes au microscope Base
Biologie cellulaire - Identifier les principales structures cellulaires Base
- Savoir mesurer quelques grandeurs physiques
- Raliser des montages lectriques simples
- Monter quelques appareils optiques, savoir les adapter la vue
des utilisateurs
- Dfinir et prciser son projet professionnel
- Connatre et observer les rgle de scurit en laboratoire
Bureautique
- Utiliser les logiciels de base de lenvironnement Windows et
utiliser les nouvelles technologies de linformation et de la
communication
Base
- Sexprimer en anglais
- Comprendre un interlocuteur sexprimant oralement en anglais
- Lire un document en anglais Approfondi
- Ecrire un rapport en anglais
- Elaborer un lexique de spcialit scientifique
- Savoir rechercher et traiter la documentation
- Analyser des rsultats exprimentaux
Niveau base
Niveau approfondi
Niveau expert
Base
Base
tre capable dappliquer ces techniques en vue dobtenir un rsultat dtermin
Avoir une trs bonne connaissance thorique du domaine et de ses pratiques
Comptences associes au diplme : Licence Sciences et Technologies, mention Biochimie
Dfinition des niveaux dacquisition
Mthodes Base
Avoir une vue densemble simple du sujet, qui permette den nommer et montrer les diffrents aspects
Domaines de comptences transversales
Relation
lenvironnement
Domaines de connaissances
Techniques
biochimiques
Biochimie mtabolique
et enzymologie
Approfondi
Langue
Bio-informatique
structurale
Base
Physique/Electricit Base
Base

58




























A n n e x e s
Rsum descriptif de la certification : CNCP

Rpertoire National des Certifications Professionnelles
Rsum descriptif de la certification
Intitul
Licence Sciences, Technologies, Sant
Mention : Biochimie
Spcialit :
Cadre 1

Autorit responsable de la certification Qualit du(es) signataire(s) de la certification
Universit Lyon 1 (Claude Bernard)
Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche
Cadre 2
Prsident de luniversit Lyon 1 (Claude Bernard)
Cadre 3

Niveau et/ou domaine dactivit
Niveau (nomenclature 1967) : II
Code NSF :
112f (Biochimie des produits alimentaires ; Biochimie applique aux procds industriels)
116b (Mthodes de mesure, d'analyse chimique ; Informatique de la chimie)
118g (Biologie de l'eau et de l'environnement ; Biologie mdicale). Cadre 4

Rsum du rfrentiel demploi et lments de comptences acquis
Liste des activits vises par le diplme, le titre ou le certificat
Le diplme de Licence STS mention Biochimie assure une formation de base en biochimie, linterface entre chimie et
sciences de la vie. Les activits vises concernent des domaines tels que lenzymologie et ses applications industrielles
en agro-alimentaire ou dans le domaine textile, ltude du mtabolisme, la biologie molculaire, ainsi que des domaines
plus spcifiques comme la bio-informatique structurale. Les tudiants ayant suivi cette formation ont de bonnes bases
thoriques et pratiques dans diverses techniques danalyse comme la CPG, lHPLC, la RMN. Mme si la plupart des
diplms poursuivent en Master ou dans les carrires de lenseignement (CAPET de Biotechnologies notamment),
certains dentre eux intgrent des entreprises dans le secteur pharmaceutique par exemple, voire des domaines
commerciaux tels que la vente dappareillages ou de produits chimiques ou de biologie molculaire.
Les comptences acquises peuvent permettre au titulaire de ce diplme de prendre des responsabilits dencadrement de
personnels travaillant dans le domaine de la biochimie.

Comptences ou capacits attestes
Le titulaire de ce diplme matrise les techniques courantes de dosage et danalyse spectrophotomtriques (UV-visible,
RMN) et les mthodes de sparation et de purification (lectrophorse, chromatographie) ; il peut choisir les
techniques de fractionnement appropries dans le cadre dune problmatique simple.
Dans le domaine de lenzymologie et du mtabolisme, le diplm est capable de localiser et doser une activit
enzymatique, mesurer une vitesse de raction, et raliser des mesures doxymtrie.
En biologie molculaire, il est capable de mettre en uvre les techniques fondamentales (extraction dADN, carte de
restriction, sous-clonage).
Dans le domaine de la bio-informatique structurale, il sait interroger des banques de donnes de squences et de
structures protiques, analyser des squences protiques (comparaison, alignements, prdiction de structures 2D,
prvision dantignicit), et utiliser des logiciels de manipulation de structures 3D.
Il a par ailleurs reu une formation consistante en chimie et en biologie qui lui permet dinteragir avec des
professionnels de ces secteurs. De plus, il peut, par lui-mme, identifier des micro-organismes au microscope, identifier
les principales structures cellulaires, et concevoir et raliser la synthse dun compos organique.
Il matrise les outils statistiques et bureautiques permettant dinterprter les mesures et de les mettre en forme pour les
fournir un client.
Il matrise une langue vivante trangre au moins au niveau du cadre europen B1+.
Rsum descriptif de la certification : CNCP

Connaissances gnrales acquises dans le cadre du cursus
- Les principaux cycles mtaboliques
- Toutes les techniques de base de biologie molculaire, ainsi que le cycle cellulaire et sa rgulation
- Les notions fondamentales denzymologie
- La ractivit des fonctions chimiques, la thermodynamique
Cadre 5

Secteurs dactivit et types demplois accessibles par le dtenteur
de ce diplme, ce titre ou ce certificat

Ce professionnel peut prtendre aux mtiers de technicien biochimiste, voire ingnieur biochimiste, dans un laboratoire
ou service :
- recherche et dveloppement
- recherche fondamentale
- production
- commercial (produits et petits matriels de laboratoire)
Les titulaires du diplme peuvent tre enseignants tout en sachant quune position stable exige de passer les concours de
recrutement de professeurs de la fonction publique.
Codes des fiches ROME les plus proches : 22111, 22121, 52141, 52232, 52233, 53122, 53211
Cadre 6

Modalits daccs cette certification
Descriptif des composantes de la certification :
La Licence Sciences Technologies Sant se droule sur 6 semestres.
La russite au diplme implique de valider au moins 5 des 6 semestres de 30 ects, et dobtenir au moins la moyenne sur
lensemble de la formation (soit 180 ects).

La premire anne (semestres 1 et 2) est pluridisciplinaire (biologie, chimie, biochimie, physique, mathmatiques) avec
une forte connotation biologique. La spcialisation apparat en deuxime anne (semestres 3 et 4) avec un complment
de formation en chimie et lapparition de lenzymologie et du mtabolisme. Le 5
me
semestre est celui de la spcialisation
forte en biochimie (mtabolisme, enzymologie, biologie molculaire, biochimie et bio-informatique structurales). Le
semestre 6 fait une large part la spcialisation personnelle de ltudiant au travers de nombreux enseignements au
choix, et la possibilit de raliser un stage de 6 semaines en milieu acadmique ou industriel.

Les comptences acquises dans les diffrents domaines (BCH: biochimie ; BIO: biologie ; CHM : chimie ; MAT:
mathmatiques ; PHY: physique ; TR : anglais, bureautique, sciences humaines et sociales) se rpartissent comme
suit : BCH : 35% ; BIO : 17% ; CHM : 10% ; MAT : 5% ; PHY : 5% ; TR: 16%; complments au choix: 12%

Le bnfice des units denseignement acquises peut tre gard tout au long de la vie selon le principe du LMD (espace
europen enseignement suprieur).
Cadre 7
Conditions dinscription la certification Oui Non Indiquer la composition des jurys
Aprs un parcours de formation sous statut
dlve ou dtudiant
X Personnes ayant contribu aux enseignements (loi84-52
du 26 janvier 1984 modifie sur lenseignement
suprieur)
En contrat dapprentissage X
Aprs un parcours de formation continue X Personnes ayant contribu aux enseignements (loi84-52
du 26 janvier 1984 modifie sur lenseignement
suprieur)
En contrat de professionnalisation X
Par candidature individuelle
X
Personnes ayant contribu aux enseignements (loi84-52
du 26 janvier 1984 modifie sur lenseignement
suprieur)
Rsum descriptif de la certification : CNCP
Par exprience ; dispositif VAE mis en place
en 2002.
X
Enseignants-chercheurs et professionnels

Liens avec dautres certifications Accords europens ou internationaux
180 crdits (ECTS)
Cadre 8

Cadre 9

Base lgale
Rfrence arrt cration (ou date 1er arrt enregistrement) :
Arrt du 23 avril 2002 relatif aux tudes universitaires conduisant au garde de licence (J O du 30 avril 2002 et BO du 9
mai 2002) +arrt dhabilitation du 4 septembre 2007 (n dhabilitation 20070386).
Rfrences autres :
Dcret VAE Code de lducation : article L 613-3
Cadre 10

Pour plus dinformation
Statistiques :
Diplms 2007-2008 : 87% sur les inscrits en 3
me
anne

Historique de la formation
Licence de Biochimie de . 2004
L1 de Licence STS mention Biochimie (LMD) depuis 2003/2004, et niveaux L2 et L3 depuis 2004/2005.

Autres sources d'information :
http://offre-de-formations.univ-lyon1.fr/visu_mention.asp?puk=1 ; http://biochimie.univ-lyon1.fr

Lieu(x) de certification : Universit Lyon 1 (Claude Bernard) Villeurbanne

Lieu(x) de prparation : Facult des Sciences et technologies, 43 boulevard du 11 novembre 1918, 69100
VILLEURBANNE
Cadre 11

Service d'Orientation et d'Insertion Professionnelle des Etudiant-e-s
LICENCE STS
BIOCHIMIE (*)
Parcours :
Biochimie


Obj ectifs
La Biochimie est une discipline trs varie linterface de la biologie et de la chimie. La diversit de
ses facettes est reprsente dans les tudes de Licence : la biochimie structurale qui tudie la
conformation et les proprits des molcules biologiques, leur ractivit ; lenzymologie et ses
nombreuses applications en agro-alimentaire ou dans lindustrie textile ; la biochimie mtabolique
qui permet dexplorer le fonctionnement cellulaire (production dnergie, respiration) et daborder
les pathologies associes ; la biologie molculaire qui permet de manipuler des gnes, d'exprimer
des protines, de comprendre les pathologies ; la bio-informatique structurale qui permet de prdire
la conformation des molcules...
Cette mention de Licence sadresse donc aux tudiant-e-s motiv-e-s par lapproche chimique et
physico-chimique des phnomnes biologiques au niveau molculaire. Elle offre une solide formation
fondamentale, thorique mais aussi pratique grce une part importante de travaux pratiques et la
possibilit de raliser un stage en laboratoire, dans le secteur public ou priv permettant de mettre
en pratique en milieu professionnel les comptences acquises, et de prciser le projet de poursuite
dtudes ou de recherche demploi.
Un ensemble denseignements optionnels permet aussi aux candidat-e-s qui le souhaitent de
dcouvrir les mtiers de la diffusion des connaissances.


Conditions daccs
Accs en premire anne (L1) :
Baccalaurat (S de prfrence), ou quivalent
Etudiant-e-s UE : Accs sous condition de connaissance du franais (TCF niveau 4)
Etudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP (demande dadmission pralable)
Etudiant-e-s coll-e-s de premire anne de Sant : quivalences avec des UE de L1 portail SVT

Accs en deuxime anne (L2) :
Etudiant-e-s ayant valid 60 crdits (ECTS) de L1 portail SVT de Lyon1
Etudiant-e-s reu-e-s coll-e-s de premire anne de Sant de toutes les universits franaises
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de formation :
pour les tudiant-e-s titulaires d'un BTS ou DUT
pour les tudiant-e-s issu-e-s des CPGE (Classes Prparatoires aux Grandes Ecoles)
pour les tudiant-e-s issu-e-s d'une universit franaise, autre que Lyon1, ou trangre (tudiant-e-s
hors UE : procdure DAP obligatoire, et le cas chant passage par le CEF (Centre pour les Etudes en
France).

Accs en troisime anne (L3) :
Etudiant-e-s ayant valid 120 crdits (ECTS) de la Licence STS mention Biochimie
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de formation :
pour les tudiant-e-s titulaires d'un BTS ou DUT
pour les tudiant-e-s issu-e-s des CPGE (Classes Prparatoires aux Grandes Ecoles)
pour les tudiant-e-s issu-e-s d'une universit franaise, autre que Lyon1, ou trangre (tudiant-e-s
hors UE : ncessit de DAP)
Un accs en Licence STS mention Biochimie peut tre envisag par la Validation des Acquis de lExprience (VAE).

Orientation aprs validation de la L2
Poursuite en 3me anne de Licence STS mention Biochimie (L3)
Poursuite en Licence Professionnelle Lyon1 dans les spcialits suivantes (accs sur dossier et/ou
entretien)
* I ndustrie agroalimentaire, alimentation
Dveloppement de projets, cration de produits en agro-alimentaire
Ingnierie agro-alimentaire, alimentation
* I ndustries chimiques et pharmaceutique
Techniques analytiques
Microbiologie industrielle et biotechnologie
Matrise des risques tout au long du cycle de vie dun produit chimique
* Productions animales
Conseil en : production laitire, qualit et scurit sanitaire, dveloppement durable des filires
Technologie en physiologie et physiopathologie
* Productions vgtales
Biotechnologies vgtales et cration varitale
Responsable de la qualit dans les filires fruits et lgumes
* Protection de l'environnement
Matrise des pollutions et nuisances
* Ressources documentaires et bases de donnes
Documentation et informations scientifiques et techniques
* Sant :
Visiteur mdical

* Biotechnologies :
Gnomique

Accs en Licences Professionnelles hors Lyon1
Candidature (sur dossier ou concours) au recrutement dans des coles dingnieurs, des coles
de commerce.
Poursuites dtudes aprs validation de la Licence
Poursuite en Master (2 annes : M1 et M2 = 120 crdits)
Accs sur dossier et/ou entretien, en fonction de votre parcours de Licence
Luniversit Lyon 1 propose plusieurs mentions de Masters, constitues de diffrentes spcialits
Mention Biochimie
Biochimie structurale et fonctionnelle (Recherche)
Ingnierie biochimique et biotechnologies (Professionnel)
Comptences complmentaires en informatique (Pro)
Comptences complmentaires en statistique (Pro)
Mention Analyse et contrle physicochimiques
Sciences analytiques (Rech)
Analyses physico-chimiques et contrle (Pro)
Criminalistique (Pro)
Mention I ngnierie pour la sant et le mdicament
Physique mdicale (Mixte)
Ingnierie biomdicale et pharmaceutique (Rech)
Ingnierie pharmaceutique et cosmtique : de lvaluation clinique la qualit (Pro)
Ingnierie des dispositifs mdicaux (Pro/Rech)
Mention Sciences du mdicament
Drug Discovery: drugs of synthetic and natural origins, targets and strategies (Rech)
Analytical development and biopharmaceutics (Rec)
Innovation and technologies in hospital pharmacy (Pro/Rech)
Skin delivery (Rech)
Veterinary Pharmacy (Pro/Rech)
Mention Physiologie et neurosciences
Neurosciences (Pro/Rech)
Physiologie intgre en conditions extrmes (Pro/Rech)
Physiologie et pathologie musculaires (Pro)
Bioexprimentation animale (Pro)
Rgulations cardiovasculaires, mtaboliques et nutritionnelles (Rech)
Comptences complmentaires en informatique (Pro)
Mention Micro et nanotechnologies
NanoScale Engineering (Pro/Rech)
Comptences acquises lissue de la licence
Dans le champ disciplinaire de la chimie :
Caractrisation physico chimique de substances: complexomtrie, gravimtrie, dosage redox...
Utilisation des principales techniques de synthse, de purification et d'analyse qualitative et quantitative des
composs organiques
Dans le domaine de la biologie :
Interprtation des clichs de microscopie photonique et identification des principales structures cellulaires
Identification des microorganismes
Dans le champ de la biochimie et de la biologie molculaire :
Utilisation des techniques fondamentales de biologie molculaire : extraction d'ADN, PCR, carte de
restriction, sous-clonage de gnes
Localisation et dosage dune activit enzymatique
Mesure dune vitesse de raction ; ralisation de mesures d'oxymtrie
Choix des techniques de fractionnement cellulaire appropries dans le cadre d'une problmatique simple
Mise en uvre des mthodes de base de sparation et de purification (lectrophorse, chromatographie,
fractionnement cellulaire, radioactivit)
Matrise des techniques de dosage et d'analyse spectromtriques et spectrophotomtriques (polarimtrie,
UV-visible, infrarouge et proche infrarouge, dichrosme circulaire, fluorescence, RMN, spectromtrie de
masse)
Interrogation des banques de donnes de squences et de structures protiques, analyser des squences
protiques (comparaison, alignements, prdiction de structures 2D, prdiction d'antignicit), et utilisation
des logiciels de visualisation de structures 3D de macromolcules biologiques
Comptences transversales scientifiques :
Respect de l'thique scientifique
Connaissance et respect des rglementations
Mise en uvre dune dmarche exprimentale
Analyse et interprtation des donnes exprimentales
Utilisation des logiciels d'acquisition et d'analyse de donnes
Utilisation des outils mathmatiques et statistiques
Utilisation des principaux instruments de mesure (pH mtre, instruments d'optique)
Comptences transversales :

Recherche et traitement de la documentation
Organisation dun travail en quipe
Matrise des outils de bureautique : utilisation des logiciels de base de l'environnement Windows
Capacit exposer oralement ses rsultats et rdiger un rapport. Capacit communiquer en anglais crit
et/ou oral
Mention Ecosciences, Microbiologie
Microbiologie (Pro/Rech)
Ecologie, gnomique, volution, biomtrie (Pro/Rech)
Phytoressources (Pro)
Mathmatique et informatique du vivant (Pro/Rech)
Mention Gntique et biologie de la cellule
Infectiologie (Pro)
Infectiologie fondamentale (Rech)
Gntique, biologie cellulaire et pathologie (Rech)
Imagerie des microstructures (Pro)
Mention Sciences de linformation et des bibliothques
Sciences de linformation et des bibliothques et information scientifique et technique
Mention Histoire, philosophie et didactique des sciences
Histoire, philosophie et didactique des sciences, sciences de la communication (Rech)
Didactique, pistmologie et histoire des sciences (Pro)

Mention Mtiers de lenseignement scolaire, de la formation et de la culture
Education et sciences (Pro/Rech)
Education et TIC (Pro/Rech)
Education et sant (Pro/Rech)
Mention Enseignement et diffusion des sciences exprimentales
Biotechnologies : Biochimie - Gnie biologique (Pro/Rech)
Accs en Masters hors Lyon1.
Prparation au concours de recrutement de catgorie A de la fonction publique.
Candidature (sur dossier ou concours) au recrutement dans des coles dingnieurs, des coles de
commerce.
soie.univ-lyon1.fr
Universit Claude Bernard Lyon 1
43 Boulevard du 11 Novembre 1918 F - 69622 Villeurbanne CEDEX
Mtiers
Ces diplm-e-s peuvent prtendre aux mtiers suivants des niveaux hirarchiques
diffrents (sous rserve de concours et/ou de stages).
Enseignant-e : Dans le secondaire (CAPES, CAPET) ou le primaire (CRPE), aprs concours de
recrutement de professeurs de la fonction publique, prpar dans le cadre dun Master ddi.
Technicien-ne de laboratoire de recherche : Prpare des exprimentations, tests et essais. Effectue
des mesures et des analyses de caractristiques biologiques, chimiques ou physiques. Ralise une mise
au point de produits, de techniques ou d'appareillages au moyen de matriel de laboratoire. Intervient
selon un protocole de recherche et de dveloppement. Peut coordonner une quipe. (Rome H1210)
Technicien-ne de laboratoire de contrle : Ralise des mesures et des analyses de conformit
(normes, taux, ...) sur la qualit biologique, chimique ou physique, de matires ou de produits, au
moyen de matriel de laboratoire, selon un protocole de contrle et les rgles d'hygine, scurit,
environnement. (Rome H1503)
Technicien-ne dapplication industrielle : Etudie et optimise des solutions techniques de production/
fabrication de biens ou de prestations techniques, partir de dossiers de dfinition fonctionnels. Les
formalise sous forme de documents techniques selon les normes rglementaires et les impratifs de
qualit, cot, dlais. Dtermine, et fait voluer des oprations techniques, des pratiques et des procds
de ralisation (process et produits). (Rome H1404)

Technico-commercial-e : Prospecte une clientle de professionnels, propose des solutions techniques
selon les besoins, impratifs du client et ngocie les conditions commerciales de la vente. Peut
coordonner une quipe commerciale et animer un rseau de commerciaux. (Rome D1407)


Secteurs dactivit
Agroalimentaire
Agronomie (semences, phytosanitaires)
Analyse et contrle physicochimique
Cosmtologie
Enseignement (sur concours)
Environnement
Pharmacologie
Police scientifique (sur concours)
Recherche fondamentale en biochimie et biologie molculaire

Sant (laboratoires danalyses en milieu hospitalier, priv et recherche)





(*) Sous rserve dhabilitation.
Responsable : Philippe Lalle - Tlphone : 04.26.23.44.84
Courriel : Licence.Biochimie@univ-lyon1.fr
Sites web : http://www.univ-lyon1.fr - http://offre-de-formations.univ-lyon1.fr
http://biochimie.univ-lyon1.fr
La LICENCE
Sciences, Technologies, Sant
mention BIOCHIMIE
Science, Industrie et Quotidien :
la Biochimie est partout
Panorama des biotech en Rhne-Alpes
Les biotechnologies en Rhne-Alpes :
une reconnaissance nationale et internationale
grce aux ples de comptitivit
Le LMD La Licence Sciences,
Technologies, Sant Lyon
Comment sorganise la formation ?
Poursuites dtudes et dbouchs
4 leaders mondiaux des biotech qui regroupent 70% des
effectifs du secteur
sanofi pasteur, 3000 personnes en rgion, production de vaccins humains
Merial, 1380 personnes en rgion, production de vaccins vtrinaires
bioMrieux, 2000 personnes en rgion, diagnostic in vitro
sanofi pasteur MSD, 300 personnes en rgion, management et force de
vente, essais cliniques pour les vaccins humains
plus de 70 entreprises (PME, filiales de grands groupes et
start-up) dont 60% ont moins de 25 salaris
Charles River Laboratories France, 320 personnes en rgion, production et
levage danimaux de laboratoire
Genzyme Polyclonals, 160 personnes en rgion, immunosuppresseurs utiliss
en transplantation et hmatologie
Flamel Technologies, 90 personnes en rgion, systmes de libration
contrle de mdicaments
Coletica, 110 personnes en rgion, principes actifs et technologies lies la
dermo-cosmtologie
une centaine de socits de services : conseils en proprit
industrielle, en affaires rglementaires, tudes de march, essais cliniques,
aide la cration dentreprises
environ 150 laboratoires de recherche acadmique dans les
sciences de la vie
des centres internationaux; Centre international de recherche sur le
cancer Lyon, European Molecular Biology Laboratory Grenoble, European
Synchrotron Radiation Facility Grenoble
3 Centres Hospitaliers Universitaires et 4 Centres
dinvestigation clinique Lyon, Grenoble et Saint-Etienne
Lindustrie de la Sant
en Rhne-Alpes
2
me
rang des rgions
franaises productrices de
mdicaments
14% de la production franaise
3 milliards d de chiffre
daffaire
12000 salaris (12,5% des
effectifs nationaux)
35% de chiffre daffaires
lexport
Source : http://www.arteb.com
(
Science, Industrie et Quotidien : La Biochimie est partout
Panorama des biotech en Rhne-Alpes:
La Biochimie est une discipline trs varie : biochimie
structurale, enzymologie, biochimie mtabolique, biologie
molculaire, bio-informatique structurale, biophysique Cest
pourquoi ses applications sont partout autour de nous. Elle se
dcline au quotidien pour amliorer notre vie et notre confort.
On la retrouve dans les mtiers concernant la sant (mdicaments,
diagnostics), lagroalimentaire (additifs alimentaires), les
cosmtiques, le textile (enzymes), lenvironnement (dpollution).
Bon savoir
Dans les 10 prochaines annes, la France et
lEurope vont manquer de cadres scientifiques et
de techniciens.
Le contexte actuel vous est favorable !
Ltat souhaitant dynamiser lindustrie Franaise par
la mise en rseau des entreprises, de la recherche
publique et de lenseignement suprieur a attribu
la rgion Lyonnaise 5 ples de comptitivit dont :
Un projet mondial grce LYON BIOPOLE sur
le domaine de la virologie
Un projet vocation mondiale avec
lassociation rgionale AXELERA sur la Chimie et
lEnvironnement
La recherche

Rhne-Alpes est la 2
me
rgion franaise pour son
potentiel recherche:
11,5% du potentiel franais de recherche
38 000 personnes sont comptabiliss dans le
secteur R&D dont 20 000 chercheurs (60%
recherche prive, 40% recherche publique)
environ 20 000 tudiants en sciences de la vie et
de la sant (sur 180 000 tudiants dans la rgion)

Les Biotechnologies en Rhne-Alpes : une reconnaissance


nationale et internationale travers les ples de comptitivit
Le LMD, comment a marche?
Universit Lyon 1
des campus davenir !
La bibliothque universitaire
des sciences, totalement rnove,
a ouvert en octobre 2009 et vous
offre un cadre de travail unique!
Deux campus lyonnais ont t
retenus dans lopration
nationale Plan Campus :
campus Lyon Tech (La Doua) et
campus Charles Mrieux (les
quais, Gerland, Lyon sud). Vos
enseignements auront lieu sur ces
deux campus qui vont bnficier
dinvestissements importants!
(
La Licence Sciences, Technologies, Sant
(
en chiffres
LMD = Licence, Master, Doctorat
Cela correspond 3 niveaux (ou grades) dtudes quivalents dans
toute lEurope et favorisant la mobilit.
Des formations la carte :
Organisation des tudes en semestres, et en units
denseignements (U.E.)
Capitalisation des UE, 30 crdits europens (ECTS) par semestre
Parcours-types destins vous guider vers un parcours individualis
Possibilit de rorientation en cours dtudes
Conseil personnalis au dbut de chaque semestre
Une mobilit favorise :
Possibilit de poursuivre son cursus dans une autre Universit de
lUnion europenne et dans le monde
Possibilit de valider les acquis dexpriences professionnelles
(procdure V.A.E.)
La Licence sobtient par acquisition de 180 ECTS en 6
semestres.
Laccs en premire anne se fait au travers de trois portails :
Mathmatiques/Informatique
Sciences de la Vie et de la Terre
Physique/Chimie/Sciences pour lIngnieur
qui vous mneront 10 mentions de Licence Sciences et
Technologies au travers de parcours-types.
Ces parcours-types correspondent une combinaison dUE
permettant une progression pdagogique cohrente : UE
obligatoires, UE optionnelles, et UE libres.
Vous suivez pendant votre cursus 30 ECTS denseignements
transversaux permettant dacqurir des comptences indispensables
lpanouissement humain, professionnel ou socital (outils
informatiques, langue vivante, sport, projet de ltudiant, initiation
au dveloppement durable, sciences humaines et sociales).
Soyez les acteurs
de votre russite !
La philosophie des tudes en Licence STS
mention Biochimie
La Biochimie est une discipline trs varie (biochimie structurale,
enzymologie, biochimie mtabolique, biologie molculaire, bio-
informatique structurale, biophysique). Le cursus de Biochimie de
Licence intgre compltement la situation de discipline
interfaciale de la Biochimie, dont certains pans sont trs proches
de la biologie ou de la chimie. Votre formation vous permettra
donc de dialoguer et dinteragir aussi bien avec des chimistes
quavec des biologistes.
La licence Sciences, Technologies, Sant, mention Biochimie
s'adresse aux tudiants motivs par l'approche chimique et
physico-chimique des phnomnes biologiques au niveau
molculaire. Elle comporte galement un enseignement de bio-
informatique structurale permettant aux tudiants
d'apprhender les nouveaux outils de travail en biochimie et
biologie molculaire. Elle offre une solide formation
fondamentale, thorique mais aussi pratique grce une part
importante de travaux pratiques.
Licence et aprs?
Cette Licence permet notamment
une poursuite dtudes spcialises
essentiellement en biochimie,
biologie molculaire ou dans les
disciplines biologiques requrant
une approche molculaire. Elle
confre un avantage certain aux
tudiants dsireux d'envisager une
carrire dans le domaine de la
recherche fondamentale,
biomdicale, pharmaceutique ou
biotechnologique ou dans le
domaine industriel. Elle ouvre
galement laccs aux Masters
prparant aux concours de
lenseignement.
(
Comment sorganise la formation?
Le parcours-type de Biochimie
Tronc commun de deux semestres (L1) avec les mentions Biologie, et Sciences de la Terre et de
lenvironnement.
Acquisition des outils ncessaires une formation scientifique de base (physique, statistiques)
Forte connotation biologique (gntique, physiologie, biologie cellulaire)
Initiation la biochimie structurale au cours de ces deux semestres au sein d'UE mixtes chimie/biochimie (6
ECTS), comprenant des confrences thmatiques
Semestres interchangeables (la moiti de la promotion commence chaque anne par le semestre-type 1, et l'autre
moiti par le semestre-type 2).
Semestres S3 et S4 (L2) : Une formation trs ouverte sur la chimie et la biologie
Acquisition de comptences en chimie (3 UE de 6 ECTS)
Monte en puissance de la biochimie (15 ECTS) : enzymologie, mtabolisme, techniques biochimiques.
Microbiologie (6 ECTS)
9 ECTS libres
Rorientations encore possibles, vers les autres mentions, mais aussi les DUT et licences professionnelles
Programme pdagogique dtaill sur http://biochimie.univ-lyon1.fr
Semestre S5 : La spcialisation forte en biochimie sous
tous ses aspects
Biologie molculaire
Biochimie mtabolique
Enzymologie
Bio-informatique structurale
Biochimie structurale et fonctionnelle
Semestre S6 : Un complment de formation selon votre
projet personnel et vos gots
Des UE obligatoires (12 ECTS): biologie molculaire, techniques
biochimiques
Un complment de Biologie au choix (6 ECTS)
12 ECTS libres, avec notamment la possibilit dun stage de 7
semaines environ en laboratoire (public ou priv)
En rsum :
Biochimie 33%
Biologie 17%
Chimie 12%
Bases scientifiques 10%
Comptences transversales 16%
Enseignements au choix 12%
Vous dsirez rejoindre rapidement le monde professionnel
Vous pouvez dposer un dossier pour intgrer une anne spciale dIUT de type agroalimentaire, nutrition ou
analyses biologiques qui en un an vous donnera un stage et un diplme de technicien suprieur.
Vous pouvez dposer un dossier pour intgrer une licence professionnelle[1] qui vous donnera un mtier
bac +3. Chaque universit franaise offre un certain nombre de ces licences dites licences pro . Une part
important de ces formations est ouverte en alternance.
Vous tes encore trs motiv-e et visez un diplme de type bac+5 ou bac+8
Vous voulez devenir chercheur (que ce soit dans le secteur public ou priv) : vous entrez en semestre 5 de
Licence de Biochimie, puis en Master 1
re
anne de Biochimie (dautres masters vous seront aussi
accessibles)[2], et enfin en Master 2
me
anne spcialit recherche (Biochimie structurale et fonctionnelle).
Pendant ces deux annes, la grande diversit des units denseignement (et ventuellement le stage en S6 de
Licence) vous montrera la trs grande diversit des laboratoires accueillant des biochimistes. Un Doctorat est
ncessaire pour exercer un mtier de chercheur. Une thse dure environ 3 ans, mais il ne sagit plus
denseignements sous forme de cours, TD, TP, mais dune formation par le travail en laboratoire : vous tes
dj dans la vie active, vous tes rmunr-e, participez aux dcouvertes, publiez des articles scientifiques,
participez des colloques internationaux
Vous voulez intgrer le monde professionnel plus rapidement (et exercer au niveau ingnieur) : le master
professionnel ( M2 Pro ) de Biochimie spcialit Ingnierie biochimique et biotechnologies, vous est propos.
De nombreux industriels se sont engags nos cts, participent aux enseignements, et vous proposeront des
stages, en Rhne-Alpes ou ailleurs. Bien sr, de nombreux autres masters pro vous accueillent Lyon et en
France avec votre Licence de Biochimie.
Vous avez envie dobtenir un diplme dingnieur : dans le pass 18 coles dingnieur ont accept des
tudiant-e-s (sur dossier) en fin de L2 avec la mention Biochimie. Vous dposerez un dossier (admission sur
titre) souvent de mars juin et, si celui-ci est jug bon, vous serez convoqu-e un oral (pour analyser vos
motivations) pour tre admis-e sur une liste principale ou sur une liste complmentaire ou refus-e si loral
est peu favorable. Ces coles dingnieurs peuvent tre regroupes en plusieurs grands secteurs des
biotechnologies :
Agro-alimentaire, Cosmtique, Sant, Agriculture, Environnement, Mixte biotechnologies management, ou
enfin Gnralistes si votre choix nest pas encore affirm pour un secteur industriel.
Si vous intgrez lune de ces coles, elles peuvent vous proposer de poursuivre aussi par une thse si tout
compte fait vous avez dcouvert un got pour la recherche pendant votre cursus (beaucoup duniversitaires
enseignent dans ces formations).
Toujours pour devenir ingnieur, vous pouvez vous prsenter un concours pour intgrer une cole
dingnieur. Prenez nanmoins en compte que le temps pass pour assimiler ces programmes est au dtriment de
vos units denseignement de Licence. Il vous faudra donc une forte capacit de travail, et vous investir sur
deux buts en parallle.
Vous avez votre Licence de Biochimie : vous pouvez intgrer un Master prparant aux mtiers de
lenseignement (professeur des coles, professeur des lyces et collges, professeur des lyces professionnels
en biotechnologies).
[1] Les licences professionnelles sont des diplmes de niveau Bac +3 dont le programme est tabli en collaboration avec les professionnels du secteur
qui sengagent aux cts des enseignants et fournissent des stages. Ces licences pro vous forment un mtier (la poursuite dtudes nest pas
possible immdiatement aprs lobtention dune licence professionnelle). Laccs de ces formations est limit afin dtre en adquation avec le march
de lemploi.
[2] A lissue de la premire anne, une slection existe pour ladmission en Master 2me anne. Les tudiant-e-s ayant valid la premire anne et
non admis en deuxime anne se voient attribuer la matrise. Ceci est la situation actuelle: il est possible quelle volue dans les prochaines annes
avec une slection non plus entre les deux annes de Master mais lentre en Master.
Les poursuites dtudes ds la fin de la 2
me
anne de licence
STS mention Biochimie
Aprs bac +2 ou bac +3 (aprs Licence pro ou DUT) : ce sont les mtiers de niveau technicien suprieur :
analyses en milieu hospitalier ou laboratoires privs, technico-commercial (matriels et produits de
laboratoire)[3], technicien des entreprises de production (phyto)-pharmaceutiques, technicien des entreprises
de slection vgtale, exprimentation animale, ditticien-gestionnaire en entreprise de restauration,
technico-commercial en hygine et distribution de produits alimentaires et/ou dittiques
Aprs bac +5 (coles dingnieurs ou masters pro) : activit dingnieur dans des grands groupes
pharmaceutiques, des industries agroalimentaires, des groupes producteurs denzymes, darmes ou ingrdients
divers, des entreprises spcialises dans le dveloppement de produits ou services forte valeur ajoute
En agroalimentaire : responsable qualit, recherche et dveloppement, gestion de stocks, ateliers de
production, marketing dans les secteurs des boissons, des additifs et auxiliaires de fabrications (armes,
colorants, texturants, antioxydants, enzymes), transformation des fruits et lgumes, conservation,
confiserie, scurit alimentaire
Environnement : analyses, contrle des pollutions et dpollutions, conception de mthodes de protection et
amnagement des milieux
Sant : Dveloppement et suivi de bioracteurs de cultures cellulaires usages thrapeutiques, production de
protines recombinantes, recherche clinique (grandes entreprises pharmaceutiques), proprit industrielle et
affaires rglementaires
Biotechnologies-management-marketing : environnement industriel, achats industriels, projets innovants,
partenariats, tudes de marchs , mergence et concrtisation de projets, gestion industrielle et conditions
de productions en intgrant des coles spcialises ou en choisissant des options dans des coles dingnieurs
gnralistes ou non spcialises, ou encore en suivant des UE dans des coles de type EM Lyon
Agronomie (accs souvent par concours) : organisations professionnelles agricoles (coopratives), industries
agroalimentaires, transformation et commercialisation des produits, agrofourniture (aliments btail,
production semences), ressources aquatiques
Un grand nombre de ces secteurs professionnels sappuie sur des disciplines communes qui vous seront
enseignes en Licence : enzymologie, mtabolisme (fermentations), biologie molculaire, microbiologie et
chimie. De mme, les techniques que vous aborderez sont aussi communes des grands secteurs industriels
(agroalimentaire, pharmacie-sant). Cest pour vous prparer ces divers dbouchs que nous avons dfini les
UE obligatoires du cursus de Biochimie.
Aprs bac +8 : vous avez fait un doctorat avec un financement par des organismes publics ou privs. Vous
visez un mtier de la recherche. Les sujets de thse sont trs abondants et varis pour un biochimiste dans
presque toutes les sensibilits bio (virus, cancer, maladies rares) mais aussi dans le secteur de la chimie
(catalyse, racteurs, hmisynthse) ou de la biophysique. Vous pourrez alors esprer un poste de chercheur
dans un organisme public (CNRS, INSERM, INRA) un poste de Matre de confrences universitaire
(enseignant-chercheur). Pour ces deux types de postes un stage post-doctoral (ou post-doc ) est souvent
indispensable ou recommand. Il sagit dune ou plusieurs annes de recherche que vous effectuerez dans un
laboratoire diffrent de celui o sest droul votre thse, si possible ltranger. Cest souvent loccasion
dune exprience unique dans un autre pays, une autre culture. Vous pouvez aussi viser un poste de recherche
et dveloppement dans une entreprise de biotechnologies ou chimique. A noter quune bourse du secteur public
vous laisse libre de publier vos rsultats, une bourse venant dun industriel (recherche plus applique) peut
tre associe avec une dose de confidentialit concernant vos travaux (mais vous rapproche du secteur
industriel).
[3] Attention, les technico-commerciaux ont de plus en plus des niveaux trs levs : Master et mme souvent Doctorat pour ceux
dmarchant les laboratoires de recherche et vendant des produits trs spcialiss.
Les dbouchs professionnels aux diffrents niveaux dtudes
Pour une meilleure insertion professionnelle, Lyon 1 sengage
Ds la premire anne de licence vous avez toutes les connaissances vous permettant de vous
prsenter au C2i de niveau 1 (Certificat informatique et internet), certification nationale
attestant de vos comptences.
Lenseignement des langues est renforc ds 2010 en licence et en master. En 2013, pour
valider un master Lyon 1 vous devrez obtenir une certification en langues de niveau B2 du cadre
europen. Nous vous prparons acqurir le niveau adquat et prendrons en charge le cot de la
premire certification compter de 2013.
Ds le semestre 2 de licence, vous tes accompagn-e pour la dfinition de votre projet
professionnel.
43, Boulevard du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE Cedex
http//www.univ-lyon1.fr
Contacts
Responsable de la Licence
mention BIOCHIMIE:
Philippe LALLE
Licence.Biochimie@univ-lyon1.fr
)
http://biochimie.univ-lyon1.fr
Directeurs des Etudes
de BIOCHIMIE:
Emmanuel BETTLER
e.bettler@ibcp.fr
Christophe GRANJON
thierry.granjon@univ-lyon1.fr
C
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