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Quels indicateurs pour valuer

la biodiversit en ville ?
Quels indicateurs pourAlexandre
valuer
Henry
la biodiversit en ville ?

Alexandre Henry

Quels indicateurs pour valuer la biodiversit en ville ?



1. Un indicateur, cest quoi ?

Rles dun indicateur de biodiversit :

rendre compte dun ensemble vaste et en grande partie inconnu (la diversit
biologique), partir dun nombre limit dentits facilement observables.
dcrire les diffrents niveaux dorganisation de la biodiversit en sappuyant sur
des mtriques spcifiques.
dpasser linventaire des entits pour prendre en compte limportance des
interactions entre elles court ou long terme.
percevoir et mesurer des variations de cette biodiversit et lvolution des
facteurs responsables de ces variations.

Un indicateur de biodiversit se construit partir de donnes qui ne sont elles-mmes


quun chantillon de la biodiversit reprsente. Les indicateurs existants ne permettent
donc quune approche partielle des changements actuels de la biodiversit.

Lindicateur idal doit rendre compte :

de la richesse : nombre dentits diffrentes prsentes


de lgalit entre ces entits
de la diversit : la distance entre ces entits en termes volutifs (distance
phylogntique) ou fonctionnels (rle cologique)

Il est impossible de dfinir un indicateur unique rendant compte de tous les aspects de
la biodiversit. Des indicateurs synthtiques peuvent masquer des ralits importantes.
Il est donc ncessaire de disposer dindicateurs multiples. (Chevassus-au-Louis, 2009)

2. Quelle biodiversit tudier en ville ?



Les 3 niveaux de biodiversit :

Gntique
Spcifique
Ecosystmique

A lchelle de la ville, le niveau le plus pertinent tudier est celui de lespce. En effet,
cest de lassemblage des espces que dpend la fonctionnalit de lcosystme. Cest
cette biodiversit fonctionnelle que nous voulons tudier en ville.

Prise en compte des services cosystmiques

Les espces ont des fonctions cologiques qui leur sont propres, morphologiquement et
physiologiquement, ces caractristiques leur confrent des rles particuliers dans les
diffrents processus cosystmiques, comme les changes gazeux, la structuration des
sols, le pigeage des particules, la dcomposition de la matire organique, le transfert de
pollen, et bien dautres encore. Ces processus permettent lcosystme de rendre
plusieurs types de services (services de rgulation, de support, dapprovisionnement,
culturels).
En ville, les principaux services cosystmiques dsirs sont les suivants :

Filtration de lair
Rgulation du microclimat
Rduction des bruits
Drainage des eaux de pluie
Traitement des eaux uses
Valeurs culturelles et rcratives
Services dapprovisionnement
Pollinisation
Habitats refuges
Ressources gntiques

Lvaluation de la biodiversit en ville pourrait permettre de rendre compte des services


cosystmiques rendus.

3. Quels sont les diffrents types dindicateurs ?



Indicateurs paramtre unique

On peut mesurer la biodiversit partir dun paramtre unique. On se contente des
caractristiques de ltat du systme les plus facilement mesurables : labondance ou le
nombre despces.

Richesse spcifique : peu informative


Abondance : sensible aux dynamiques court terme, indicateur pertinent pour
valuer ltat de sant dun cosystme.

Indicateurs plusieurs paramtres : indicateurs composites



On peut souhaiter rsumer les donnes en un seul indice, intgrant les variations
dabondance et de groupes systmatiques trs diffrents tels que mammifres, insectes
ou plantes. Les indicateurs composites impliquent lutilisation dau moins 2 units de
rfrence. Lapproche partir dindicateurs composites offre 3 avantages :

Rduire le problme de stochasticit par un effet de moyenne


Permettre une information cible en regroupant des espces
Offrir une unit de rfrence commune qui facilite linterprtation et limite le
problme de la pondration

Les regroupements despces peuvent soprer selon la systmique, les fonctions


assures au sein dun cosystme ou le mode dutilisation par lhomme.
Loption de pondration :

la plus simple est daccorder le mme poids chaque espce indice de richesse
spcifique
la plus conservationniste est de pondrer les espces en fonction de leur
raret, des menaces dextinction indice de raret
la plus cologique est daccorder un poids suprieur aux espces qui remplissent
des fonctions cologiques essentielles indice de fonctionnement.

Parmi ces 3 types dindices, nous nous intresserons particulirement aux indicateurs
de raret et ceux permettant de faire tat du fonctionnement de lcosystme.
La seule prise en compte du nombre despces ne permet pas de reflter toute la
biodiversit. Cest pourquoi nous allons juste citer quelques exemples dindicateurs et
ne pas les prsenter plus en dtail : indice de Simpson, Shannon-Wiener, Pielou, Berger-
Parker, Hill
Ces indices de richesse spcifique offrent lavantage dtre simples mettre en place, et
de bien renseigner sur la quantit despces prsentes sur un site partir
dchantillonnages, transects, points dobservation, capture-marquage-recapture.
Nanmoins, parmi les inconvnients on peut noter le peu dinformations quils
procurent et labsence de prise en compte des diffrences phylogntiques et
fonctionnelles entre les espces.

4. Quels indicateurs utiliser ?



Les espces nont pas toutes les mmes caractristiques. Il existe des espces ingnieurs
structurant lenvironnement dans lequel elles voluent. Des espces sont dites cl de
vote , car elles peuvent, par leur prsence ou leur absence, influencer lcosystme
dans lequel elles se trouvent. Certaines sont rares, dautres communes. Elles peuvent
tre proches ou distantes phylogntiquement. Elles ont chacune des fonctions propres,

parfois redondantes dans lcosystme ou au contraire uniques. Ces fonctions


permettent de rendre des services cosystmiques importants en milieu urbain.
Ce sont autant de caractristiques qui permettent de mettre en place des indicateurs
selon langle dtude choisi. La diversit taxonomique est le type de diversit le plus
communment utilis mais il ne dit rien sur les diffrences phylogntiques et
fonctionnelles entre les espces. Mesurer la diversit phylogntique dans les
assemblages despces a t propos par la suite comme une solution pour expliquer le
rle des interactions interspcifiques et des histoires biogographiques dans la
composition et la structure des communauts. Entre temps, il a t dmontr que la
diversit fonctionnelle, refltant la diversit des caractres morphologiques,
physiologiques et cologique au sein des communauts biologiques, expliquait mieux le
fonctionnement des cosystmes que les autres mesures classiques de biodiversit.

Indicateurs de diversit taxonomique

Lindice dintrt floristique (IFI) (Muratet et al., 2008)
Cette mesure seffectue sur plusieurs sites. Sur chaque site on mesure :
-
-
-
-

Nombre despces prsentes sur le site (Rich)


Raret des espces : proportion des sites sur lesquels lespce nest pas observe.
Lindice de raret du site (Rar) est calcul en faisant la moyenne des rarets de
chaque espce.
Lindignat (Ind) : la proportion despces indignes sur le site (indigne = non
naturalis)
La typicit (Typ) : la proportion despces typiques par site (typique dun site =
observe uniquement sur ce site)
IFI = 14(Rich/Richmax + Typic/Typicmax + Ind /Indmax+ Rar/Rarmax)

LIFI varie entre 0 et 1 (intrt floristique le plus lev) et peut tre dfini au niveau du
site ou de lhabitat.
Lutilisation de lIFI permet de classer les sites selon leur contribution la biodiversit
de la rgion. A lchelle de la ville, il pourrait tre utile pour savoir quelle partie est la
plus intressante conserver.
Linconvnient est quil ne prend pas en compte les fonctions cologiques des espces.
Lintrt floristique dun site pourrait tre les services cosystmiques rendus, de savoir
combien despces ont les mmes fonctions sur chaque site.

Indicateurs de diversit phylogntique

Les diffrences dans lhistoire volutive des communauts rsultent de la diversit des
caractres morphologiques, physiologiques et comportementaux. Beaucoup de ces

caractres reprsentent des traits fonctionnels. Voici une liste non exhaustive de ces
indicateurs (Schweiger et al., 2008) :


Parmi ces indicateurs, on peut sintresser particulirement la diversit
phylogntique moyenne (AvPD) de Clarke et Warwick (2001) qui prend en compte la
longueur des branches dune phylognie qui sparent les espces tandis que Vane-
Wright utilise le nombre de nuds.
Pour calculer ces indicateurs de biodiversit, il est ncessaire davoir la liste des espces
prsentes sur le site. Dans la plupart des cas, on sintresse une communaut despces.
Toutes les espces de tous les taxons prsents dans lcosystme peuvent difficilement
tre intgres dans un seul et mme calcul dindice phylogntique. En plus des espces
tudies, il est indispensable davoir un arbre phylogntique (pouvant tre bas sur les
diffrences gntiques) dans lequel ces espces sont rfrences pour pouvoir calculer
les distances phylogntiques. Cest partir de ces distances que la diversit
phylogntique dun site peut tre calcule.
Il est gnralement admis que les indices utilisant la longueur des branches sont
prfrables des mesures relevant uniquement de la topologie (Crozier, 1997).
Cependant, dans la majorit des cas, la longueur des branches nest pas disponible, en
particulier lorsque les tudes sont menes des niveaux taxonomiques levs et de
grandes chelles spatiales. Dans ces circonstances, le remplacement de la longueur des
branches par le nombre de nuds peut tre une alternative.
Lutilisation dindicateurs bass sur la phylognie, plutt que la richesse spcifique seule,
permet de mieux estimer la biodiversit. Nanmoins la grande distance phylogntique
nest pas toujours synonyme de diffrentiation fonctionnelle. Par exemple, on trouve
souvent dans des biomes diffrents les mmes fonctions exerces par des espces

volutivement trs loignes. Ainsi, les faunes marsupiales dAustralie comprennent des
prdateurs, des rongeurs ou des herbivores, et apparaissent fonctionnellement trs
similaires aux faunes europennes, alors quelles sont volutivement trs distantes.
Approche
conomique desla
biodiversit
et des services lis
auxicosystmes
Ces indicateurs de diversit
phylogntique
ont
trs intressants,
mais
l est prfrable
de les utiliser en complment dautres indicateurs pour obtenir dautres informations
ncessaires.

Selon loption choisie, on aboutit un indice de richesse spcifique, de fonctionnement ou de raret.

Indicateurs de diversit fonctionnelle


Concernant le choix des espces, les indicateurs lis aux espces menaces sont

incontournables pour juger de latteinte des objectifs dfinis par rapport ces

espces et sont
renseigns.
Cependant, lespermettent
indicateurs associs
aux espces
Les indicateurs
de bien
diversit
fonctionnelle
de mieux
expliquer le
communes se dveloppent pour aller plus loin dans la comprhension des
fonctionnement des cosystmes, et de sassurer des biens et services rendus. A partir
mcanismes.
Le devenir
de ces
est important
car si
elles
indispensables
des espces
prsentes
sur un
site, espces
nous pourrons
savoir
les sont
fonctions
cologiques
au bon fonctionnement de tout cosystme, donc la fourniture de nombreux
quelles
remplissent
permettent
de
rendre
les
services
cosystmiques
dsirs.
Nous
services cologiques. De plus, dun point de vue mthodologique, elles prsentent
pourrons
galement
terminer distribues,
si sur ce site
lusieurs
ont les mune
mes
fonctions,
lavantage
dtredlargement
ce pqui
permetespces
dchantillonner
grande
assurant
ainsi dhabitats,
une durabilit
de sparer
lcosystme
par la
redondance
dans le
diversit
et de
les effets
des
habitats etfonctionnelle
des mesuresou de
protection, en chantillonnant la fois espaces protgs et non protgs. Les
cas contraire sa fragilit si lunique espce rendant ce service venait disparaitre. Cest
variations
leurs effectifs,
sont plus facilement
interprtables
ainsi q
ue nous de
pourrons
mettre par
en dfinition
place des levs,
amnagements
pour optimiser
les services
que
celles
des
espces
rares,
sujettes

des
variations
alatoires.
dsirs en basant ces actions sur les espces les plus fonctionnelles pour le service voulu.

a. LIndex des communauts (C)

permet de mesurer la fonctionnalit de lcosystme en dcrivant, pour un


Index Cet
des index
communauts

caractre donn, ltat moyen dune biocnose par la moyenne pondre des valeurs
de chaque
espce.
Le caractre
de lespce de
peut
tre morphologique
(la taille),
Cet index
permet
de mesurer
la fonctionnalit
lcosystme
en dcrivant,
pour un
caractriser lhistoire de vie, la prennit, le nombre de propagules... les exigences
caractre donn, ltat moyen dune biocnose par la moyenne pondre des valeurs de
cologiques de lespce (thermiques, hygromtriques), la spcialisation de lhabitat ou
chaque espce. Le caractre de lespce peut tre morphologique (la taille), caractriser
des interactions trophiques, ou encore le niveau trophique.

lhistoire de vie, la prennit, le nombre de propagules... les exigences cologiques de


lespce (thermiques, hygromtriques), la spcialisation de lhabitat ou des interactions
La formule de calcul traduit limportance dintgrer diffrents paramtres pour
expliquer
complexit
de lobjet
biodiversit
trophiques,
ou laencore
le niveau
trophique.
La f:ormule de calcul est la suivante :

C kj

N ik
.S ij

i 1, n N k

avec :

! Sij : valeur moyenne du caractre j pour lespce i,


! Nik : nombre dindividus de lespce i dans la
communaut k,
! Nk : nombre total dindividus dans la communaut k,

! Ckj : valeur du caractre j dans la communaut k


(index de communaut)

Ainsi, de
dans
thermique
des
lescaractre
espces qui
peuvent
tre
Lavantage
cet lindex
indicateur
est que
lon communauts,
peut choisir le
nous intresse
par leur prfrence
thermique
des tempratures
delabondance
leur aire de des
pour caractrises
mesurer le niveau
de biodiversit.
De moyenne
plus il prend
en compte
distribution. On peut alors calculer un index thermique moyenne des prfrences
espces. Un des inconvnients est quils est surtout utilisable pour les espces animales
thermiques des espces pondre par leur abondance et en analyser les variations,
et moins
pour les espces vgtales car il est plus difficile de dnombre les individus.
notamment en rponse aux changements climatiques. Lindex thermique des
communauts (ITC) doiseaux, calcul sur lensemble du territoire franais, a permis
par exemple de mettre en vidence une augmentation du nombre despces
mridionales au cours des vingt dernires annes, due au rchauffement climatique
(figure IV-2) de 50 % par rapport laugmentation attendue (obtenue par la corrlation
index-temprature des sites) (Devictor et al. 2008).

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Centre danalyse stratgique

100

www.strategie.gouv.fr

Les indicateurs oiseaux communs (STOC : Suivi Temporel des Oiseaux Communs)
Fonds sur les populations qui contribuent le plus au fonctionnement des cosystmes
et leurs volutions, ils constituent des outils efficaces pour valuer le fonctionnement
des cosystmes et offrent une indication de ltat de sant des cosystmes car la taille
des populations est trs sensible aux changements environnementaux court terme.
Ces indicateurs sont dvelopps partir dinformations dmographiques : abondance,
distribution, diversit, fcondit, survie des populations et des communauts. Ils
permettent dvaluer les dynamiques cologiques aussi bien une chelle spatiale fine
qu une large chelle.
Ces indicateurs ont un succs auprs de lopinion publique, des scientifiques et des
dcideurs. Ils prsentent lavantage dtre peu coteux, facile mettre en uvre et
rigoureux scientifiquement.
Parmi les inconvnients on peut citer quil ncessite un suivi sur plusieurs annes pour
estimer lvolution des populations doiseaux. Si on ne possde pas de donnes sur le
site tudi, seule la composition spcifique peut tre donne un instant t. Pour avoir
des informations quant lvolution dmographique, il faudra poursuivre ltude plus
long terme.

Indice de Singapour
La Convention sur la diversit biologique a dvelopp une srie dindicateurs de suivi de
la biodiversit urbaine : lIndex de Singapour sur la biodiversit urbaine ou Index
de Singapour .



Ces indicateurs permettent de faciliter une lecture claire et chiffre des rpercussions
des mesures prises en faveur de la biodiversit, didentifier les manques et permettre de
les cibler spcifiquement, dallouer les fonds de manire efficace et de comparer les
progrs raliss avec ceux des autres villes.
Lindex de Singapour nest pas adapt notre tude, car il nest pas assez prcis au point
de vue des services cosystmiques pour tre utilis.

Fonctions cologiques comme indicateurs


Pour faire tat des fonctions cologiques responsables des services cosystmiques, le
Ministre
de
lEcologie
et le Musum National dHistoire Naturelle ont propos plusieurs
Le Point sur | n51
| Mai
2010
indicateurs :
Figure 3 : Fonctions cologiques : description des processus et propositions dindicateurs
Fonctions
changes gazeux

Autopuration de leau

Description des processus biologiques


Ces changes se font linterface entre plusieurs milieux,
principalement entre latmosphre et la vgtation (cf.
photosynthse : absorption de C02 et rejet d02 par les
vgtaux).
Un ensemble de processus biologiques et chimiques
permettent llimination de substances prsentes dans leau.

Indicateurs proposs
densit de la vgtation/ biomasse ;
production primaire ;
abondance en phytoplancton.
diversit et abondance de
micro-organismes invertbrs ;
structure du sol ;

Pigeage de particules

Transports solides

Rsistance de la
vgtation aux
perturbations

Rtention de leau dans


les sols et les sdiments

Ecoulements deau

densit et diversit vgtale.


Les plantes (feuillage) constituent un filtre naturel qui pige les densit de la vgtation ;
particules de leau ou de lair, ou favorise leur dpt en
taux de sdimentation, diversit et
diminuant les vitesses des vents et des courants.
abondance en invertbrs aquatiques.
Dans les rivires et cours deau, les transports solides de
sdiments interviennent quand la vitesse du courant est
suprieure la vitesse de sdimentation. En milieux non
aquatiques, les matires solides sont transportes par leau de
ruissellement ou le vent.

stabilit structurale des sols ;

La structure et le complexe sol-racines des peuplements


vgtaux jouent un rle dans la rponse de la vgtation aux
forces des vents. La composition et la structure des
peuplements vgtaux conditionnent leur rsistance aux feux.
La prsence de la vgtation constitue une barrire naturelle
qui limite la progression de lavalanche.
Les caractristiques des sols et des sdiments conditionnent
linfiltration de leau provenant des prcipitations, et la
recharge des nappes souterraines. La capacit de rtention de
leau a un rle dans la limitation des risques dinondations et
drosion des sols.
La prsence deau de surface ou dans le sol a une influence sur
le climat local, en jouant sur lhumidit et les tempratures.

diversit des systmes racinaires ;

nergie cintique des cours deau.

horizons organiques des sols ;


quantit de bois mort ;
taux dhumidit.

structure des sols ;


densit vgtation/feuillage.

dbits ; stabilit des sols ;


recouvrement de la couverture
vgtale.

Effet albdo/rflexion

Approvisionnement des
sols et des sdiments en
matire organique
Dcomposition de la
matire organique du
sol, recyclage des
lments nutritifs

Lalbdo correspond la portion dnergie solaire rflchie par


rapport lnergie solaire incidente arrivant sur une surface. Il
est li la capacit des surfaces absorber ou rflchir la
lumire (influence sur le climat local).

recouvrement de la couverture

Lapprovisionnement en matire organique des sols dpend de


la restitution de la biomasse au sol et de sa nature.

biomasse vgtale ;

La microfaune du sol (bactries, champignons) et la


macrofaune assurent la dcomposition de la matire organique
par dgradation mtabolique arobie.

vgtale.

densit de la vgtation.

diversit et abondance en
microorganismes et faune du sol ;
types dhumus ;
qualit de la matire organique.

Formation de la structure Les processus de formation des sols et de sdimentation


des sols et processus de
dpendent des caractristiques physiques et chimiques des
sdimentation
sols, et des microorganismes et de la faune du sol.

densit et diversit de la vgtation ;

Interactions biotiques :
prdation-parasitismecomptition

Lensemble des relations trophiques assure une rgulation


entre les diffrentes espces. Ces processus contribuent au
contrle biologique, en limitant les parasites et la prolifration
despces. Dautres interactions sont souligner, comme la
pollinisation.

diversit et abondance en nmatodes,

Habitat / biotope

Chacune des fonctions identifies ci-dessus ne peut tre


remplie quen prsence de certaines conditions biotiques et
abiotiques. Par exemple, certaines espces ont besoin dun
habitat spcifique pour leur reproduction. Si cet habitat est
dgrad, lespce ne peut se reproduire et ne se maintient pas.

surface dhabitat favorable ;

taux de sdimentation.

arthropodes, prdateurs ;
idem en oiseaux, batraciens, reptiles.

abondance et diversit de groupes


fonctionnels ;
connectivit et fragmentation.

Source : MEEDDM/MNHN Projet de caractrisation des fonctions cologiques des milieux en France

Commissariat gnral au dveloppement durable Service de lconomie, de lvaluation et de lintgration du dveloppement durable | 3

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Ces indicateurs peuvent tre utiles pour notre tude car ils permettent destimer si
certaines fonctions sont prsentes sur le site tudi. Des comparaisons de diversits
fonctionnelles entre sites sont possibles. Des mesures de diversit fonctionnelle peuvent
tre faites partir dune liste des espces considres dans ltude et des traits
fonctionnels jouant un rle dans le fonctionnement de lcosystme. A partir dune
analyse multivarie de ces paramtres, de corrlations peuvent tre obtenues entre
diffrents traits fonctionnels, un dendrogramme fonctionnel est construit pour estimer
les distances fonctionnelles entre les espces.
Un des inconvnients de ltude des fonctions cologiques pour estimer les services
cologiques est une approche assez novatrice et que le lien entre fonctions et services
nest pas encore bien tabli. Des recherches sont en cours dtre faites pour palier ce
problme.

Projet RUBICODE
Dans le cadre du projet europen RUBICODE (Rationalising Biodiversity Conservation in
Dynamic Ecosystems) des recherches sont en cours pour dvelopper des indicateurs de
suivi de la qualit cologique des cosystmes et des habitats. Considrant que les
fonctions cologiques des plantes et des animaux peuvent tre associes des fonctions
spcifiques de lcosystme, elles constituent alors un indicateur fonctionnel de la
biodiversit prometteur.

5. Conclusion

Pour mesurer la biodiversit en ville, il existe de nombreux indicateurs. Ces indicateurs
ont de caractristiques diffrentes et offrent des rsultats complmentaires. Lutilisation
dindicateurs de richesse spcifique peut tre intressante dans un premier temps, mais
linformation fournie reste trs limite. La quantit despces prsentes ne reflte pas
tous les aspects de la biodiversit.
Cest pourquoi des indicateurs de diversit phylogntique sont utiliss. Ils permettent
de reprsenter lhistoire volutive dun site pour un intrt de conservation. Parmi ces
indicateurs, lutilisation dindices dvelopps par Warwick et Clark.
En complment de la richesse spcifique et de la diversit phylogntique, lutilisation
dindicateurs de diversit fonctionnelle (index des communauts, indicateurs oiseaux
communs ) permet de sassurer des biens et services rendus par lcosystme. Cest
notamment ce dernier point qui nous intresse car lobjectif de notre tude est de
dterminer des amnagements favorisant la biodiversit pour faire de la ville un
systme cologique durable et fonctionnel rendant des services lHomme.
Pour calculer ces indicateurs, il est ncessaire de savoir quelles espces sont prsentes
sur le site tudi, ainsi que leur abondance. Ces donnes sont gnralement disponibles
dans les tudes dimpacts et les expertises cologiques pralables la construction des
co-quartiers.

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Pour chaque espce, il est important de connaitre leurs fonctions cologiques. Des
arbres phylogntiques contentant les espces tudies sont galement ncessaires. Ces
informations sont en grande partie disponibles dans la littrature scientifique.
Se contenter dun seul type dindicateur pourrait amener des conclusions trop rapides
et peu solides. En effet, selon les indicateurs utiliss, on peut aboutir des conclusions
diffrentes. Nous utiliserons donc ces 3 types dindicateurs pour obtenir des
informations complmentaires afin davoir une reprsentation de la biodiversit la plus
complte possible et ainsi pouvoir mettre en uvre les amnagements les plus
favorables.

Rfrences :

Chevassus-au-Louis, B., Salles, J.M., Bielsa, S., Richard, D., Martin, G., Pujol, J.L., 2009.
Approche conomique de la biodiversit et des services lis lcosystme. Contribution
la dcision publique.
Muratet, A., Porcher, E, Devictor, V., Arnal, G., Moret, J., Wright, S. and Machon, N., 2008.
Evaluation of floristic diversity in urban areas as a basis for habitat management.
Applied Vegetation Science, 11: 451-460.
Schweiger, O., Klotz, S., Durka, W. and Khn, I., 2008. A comparative test of phylogenetic
diversity indices. Oecologica, 157: 485-495.

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