Biochimie Structurale 1

Biochimie structurale
Glucides.
Introduction.
Glucides = Cn(H20)n "hydrates de carbone" (1) ou polysaccharides
Trs rpandus dans la matire vivante : 5% poids sec animaux, 70% poids sec vgtaux
( importance des polymres)
En alimentation : pain, sucre, crales, lait
Oses : glucides simples, non hydrolysables en milieu acide
Osides : glucides complexes, dont l'hydrolyse donne plusieurs produits :

o holosides : constitus uniquement d'oses simples (amidon, glycogne, saccharose)
o htrosides : constitus d'une partie glucidique importante et d'un aglycone =
partie non glucidique (chane carbone autre).
Oses.
Composs les plus simples : chane carbone linaire (au moins en thorie)
Le terme hydrate de carbone correspond la traduction de lamricain carbohydrate mais na pas
de sens en franais : seuls les termes glucide ou ose et leurs drivs doivent tre employs.
Ph. Collas UCO Bretagne Nord
Glucides
Tous les carbones portent une fonction alcool primaire ou secondaire sauf :
un aldhyde sur C1 = aldoses
une ctone sur C2 = ctoses
Ces deux fonctions sont rductrices (cf. infra).
Aldoses.
Le plus simple comporte 3 C : glycraldhyde = aldhyde glycrique
la molcule possde 1 C asymtrique
2 nantiomres possibles : D = OH droite ou L
= OH gauche
On connat sa configuration absolue
base pour la nomenclature de tous les autres glu-
cides. On regarde l'avant dernier carbone. Les glucides naturels sont de la srie D.
polariseur
solution
analyseur
Par ailleurs l'asymtrie du carbone confre la molcule un pouvoir rotatoire, c'est dire
qu'une solution de glucide est susceptible de dvier le plan de vibration d'une lumire polarise. L'angle de dviation dpend de plusieurs facteurs, notamment le pH, la concentration et la longueur du trajet optique (conditions standardises), mais aussi de la nature du
glucide.
Les glucides qui dvient la lumire droite sont dits dextrogyres et nots (+), ceux qui la
dvient gauche sont lvogyres (-).
Glucides
[]=1000A/(Cl)
Il ne faut pas confondre les notations ni les notions d'nantiomres et de pouvoir rotatoire, malgr l'analogie possible.
Par la synthse de Kiliani, on peut passer d'un glucide (n) carbones son homologue
suprieur (n+1) carbones. Cette synthse n'est pas strospcifique mais fournit deux
pimres (isomres se diffrenciant par la position d'un groupement hydroxyle).
Aldoses remarquables : glycraldhyde ; rythrose ; ribose ; arabinose ; xylose ; glucose ;
mannose ; galactose.
Ctoses.
On peut faire driver les ctoses de la dihydroxyactone : CH2OH-CO-CH2OH.
Les ctoses portent une fonction ctone sur le deuxime carbone, ce qui fait qu'ils possdent un carbone asymtrique de moins que leur homologue aldose.
Les autres proprits sont semblables celles des aldoses.
Ctoses remarquables : dihydroxyactone ; ribulose ; fructose.
Glucides
Composs apparents aux oses.
Osamines.
C
CH 2OH
H C OH
O
H
H
OH
HO
OH
H
N
H
une amine : galactosamine, glucosa-
H C OH
OH
C H
L'hydroxyle du C2 est remplac par
H C OH
C CH 3
O
N-actyl-D-glucosamine
C
HO
Acide D glucuronique
mine, ou encore par NH-CO-CH2 : Nactyl-glucosamine

Acides uroniques.
Oxydation de la fonction alcool I en
fonction carboxylique (et conservent fonction aldhyde) : acide glucuronique (forme de

dtoxication), acide galacturonique (pectines).
CH2OH
OH
OH
HO
CH2OH
OH
Sorbitol
Autres.
Acide ascorbique = Vitamine C
Polyalcools = polyols
Glucides
Proprits des oses.

Cyclisation.
Mise en vidence ; Nature.
Le pouvoir rotatoire d'une solution de glucose volue au cours du temps, alors que c'est
en thorie une constante, au mme titre que le point de fusion ou la masse molculaire.
Par ailleurs, certaines ractions caractristiques des aldhydes ne se font pas compltement. Ces observations et d'autres ont conduit postuler l'existence d'un carbone asymtrique supplmentaire par rapport la forme linaire.
Cette situation est possible par l'apparition d'un cycle form par l'limination d'une molcule d'eau entre la fonction aldhydique et l'hydroxyle port par le carbone 4 ou le carbone
5.
Dans le cas du pont oxydique 1-5, on a un cycle hexagonal comportant 5 atomes de carbone et 1 atome d'oxygne : c'est un noyau pyrannose2. Dans le cas du pont 1-4, on a un
cycle pentagonal 4 atomes de carbone et 1 oxygne : c'est un noyau furannose.
L'loignement des carbones 1 et 4/5 et faible lorsqu'on prend en considration non la reprsentation linaire, mais la reprsentation spatiale des molcules.
H2
C O
O
HC
CH
HC
CH
C C
C C
2
H H
H H
pyranne =
; furanne =
Glucides
Formes chaise et bateau.
Les cycles peuvent prendre deux formes diffrentes dans l'espace : la forme chaise ou la
forme bateau. Ceci est d principalement des problmes lis d'une part aux contraintes
cres par les liaisons et leurs angles, et d'autre part par l'encombrement strique des
atomes. Ces formes sont des tats d'quilibre.
On admet que la configuration en chaise est la plus stable, et que c'est de cette faon que
sont les oses en solution.
Nomenclature.
Lorsque le groupement hydroxyle port par le carbone 1 est en dessous du plan du cycle,
c'est un -pyrannose, tandis que si elle est au-dessus, c'est un -pyrannose (ou furannose).
Proprits chimiques des oses.
Solubilit.
Les oses sont de petites molcules, trs polarisables : ils sont donc trs solubles dans
l'eau (jusqu' 3 M, c'est dire 540 g.l-1 !).
Estrification.
alcool + acide ester + eau
La fonction alcool primaire des glucides peut facilement tre estrifie, notamment par de
l'acide phosphorique : les oses impliqus dans le mtabolisme sont le plus souvent sous
cette forme : glucose-6-P, fructose 1 ou 6 ou 1,6 P, etc., ce qui correspond en fait une
nergisation de ces composs.
Glucides
Oxydation des oses = caractre rducteur.
La fonction aldhydique ou ctonique des oses est susceptible d'tre oxyde, les oses
sont donc des composs rducteurs :
glucide rducteur + 2 Cu2+ glucide oxyd + 2 Cu+
Le cuivre prsent dans la liqueur de Felhing ragit ensuite avec la soude pour donner un
prcipit rouge brique caractristique :
2 Cu+ + 2 OH- 2 CuOH Cu2O + H2O
Action des acides concentrs.
Sous l'action d'un acide concentr chaud, les aldoses et les ctoses donnent naissance
au furfural ou des drivs de furfural. Celui-ci peut ensuite ragir avec divers phnols et
donner des colorations caractristiques et quantitatives. Par ailleurs, cest un des principes
de la raction de Maillard (coloration de la crote du pain, caramlisation, etc.)
Osides.
Holosides.
La liaison osidique.
Les fonctions hydroxyle de deux oses peuvent se condenser en librant une molcule
d'eau et former une liaison entre les oses :
R1-CH-OH + H-OCH-R2 R1-CH-O-CH-R2 + H2O
Glucides
La fonction rductrice peut tre libre ou engage dans la liaison osidique, donc le polyholoside ne sera pas forcment rducteur, mme si les osides qui le composent le sont.
Diholosides.
Composs forms de 2 oses lis par une liaison osidique :
Maltose : D glucopyrannosyl (1-4) D glucopyrannose ;
Cellobiose : D glucopyrannosyl (1-4) D glucopyrannose ;
Lactose : D galactopyrannosyl (1-4) D glucopyrannose ;
Saccharose : D glucopyrannosyl (1-2) D fructofurannose.
Maltose :
Dglucopyrannosyl (1-4)Dglucopyrannose
Dglucopyrannosyl (1-2)Dfructofurannose
CH2OH
CH2OH
OH
HO
OH
O
OH
Lactose :
Dgalactopyrannosyl (1-4)Dglucopyrannose
CH2OH
O
OH
Dglucopyrannosyl (1-4)Dglucopyrannose
CH2OH
O
O
OH
CH2OH
CH2OH
Cellobiose :
OH
OH
O
OH
OH
OH
HO
OH
OH
CH2OH
CH2OH
O
O
OH
HO
Saccharose :
OH
O
OH
HO
O
OH
CH2OH
Glucides
Polyholosides.
Amidon : rserve glucidique des vgtaux
Amylopectine
amylose : liaisons 1-4, MM 150 000 600 000
O
(1-6)
amylopectine : liaisons 1-4 et 1-6 : ramifications
O
O
(1-4)
O
O
possibles
Glycogne : rserve chez les animaux
mme structure que l'amylopectine, mais plus ramifie
O
O
Cellulose : constituant des parois vgtales
O
O
liaisons 1-4 ; structure fibreuse
Autres :
Pectine
dextranes (bactries)
CH2OH
Galactose
chitine : polymre de N-actyl glucosa-
...
mine
O
O
OH
O
OMe
pectine : polymre dacides galacturoni-
...
O
OMe
ques
Acides galacturoniques
Htrosides.
Partie non osidique = aglycone strols, phnols,
Lipides.
Introduction.
Les lipides sont des substances insolubles en milieu aqueux, mais solubles dans les solvants organiques : thanol, chloroforme, ther, Ce sont les huiles (liquides) et les graisses (glifies ou solides).
Il existe plusieurs classifications anciennes, bases sur les produits d'hydrolyse (lipides
simples ou complexes), mais elles sont abandonnes au profit d'une classification base
sur la structure.
Acides gras.
En petite quantit l'tat libre, mais en grande quantit engags dans des liaisons ester
ou amide. En gnral, acides monocarboxyliques chane linaire non ramifie contenant
un nombre pair d'atomes de carbone (4 - 30).
Par convention, on numrote les atomes de carbone
partir de celui qui porte la fonction carboxyle.
Acides gras saturs.

Formule.
CH3-(CH2)n-COOH = CnH2nO2
10
Lipides
Les plus frquents sont l'acide palmitique (C16, n = 14) et l'acide starique (C18 ; n = 16).
En moins grande quantit, on trouve des acides soit 14, soit 20 carbones. Les autres
sont plus rares et ne se rencontrent que dans des tissus spcialiss.
Les acides gras nombre impair de carbones sont trs rares, mais ils existent.
La chane carbone forme un zigzag.
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
C
C
C
C
C
C
C
C
COOH
H 3C
C
C
C
C
C
C
C
C
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
H2 H2 H2 H2
H2 H2 H2 H2
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
COOH
H 3C
C
C
C
C
H2 H2 H2
H2 H2 H2 H H
Acide starique: C 18
Acide olique: C 18:1
Nomenclature.
acide myristique
C14
acide n ttradcanoque
acide palmitique
C16
acide n hexadcanoque
acide starique
C18
acide n octadcanoque
Acides gras insaturs.

Dits aussi dsaturs, ils comportent au moins une double liaison C = C, c'est dire qu'ils
ne sont pas saturs en hydrogne.
Acides gras monoinsaturs.
Ils ne comportent qu'une seule double liaison
acide olique=
C18 :1 =
acide 9-ne octadcanoque

CH3-(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-COOH
11
Lipides
Acides gras polyinsaturs.

Ils comportent plusieurs doubles liaisons :
C18 :2 acide linolique
CH3-(CH2)4-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
C18 :3 acide linolnique
CH3-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
Les doubles liaisons ne sont gnralement pas conjugues (elles sont spares par un
mthylne -CH2-), mais on rencontre des cas de conjugaison chez certains vgtaux.
Acides gras spciaux.

Certaines structures particulires peuvent se rencontrer :
ramification
nombre impair de carbones
les deux : ramification et nombre impair de C
triple liaison
cyclisation
Proprits des acides gras.

Proprits physiques.
solubilit dans les solvants organiques
point de fusion : dpend de 2 facteurs :

- nombre de carbones : le point de fusion augmente avec le nombre de carbones, pour
une srie homologue.
- le degr d'insaturation : le point de fusion diminue avec l'insaturation, pour un nombre
constant d'atomes de C.
12
Lipides
Acide gras
Point de fusion (C)
C18 :0
69
Les lipides prsents en milieu aqueux s'associent d'une faon stable thermodynamiquement : structure feuillete ou structure en
C18 :1
16
C18 :2
-5
bes (apolaires) se font face, tandis que les
C18 :3
-11
ples hydrophiles (polaires) font face au mi-
micelles. De toute faon, les ples hydropho-
lieu aqueux. Les micelles peuvent tre renverss lorsque les lipides sont en plus grande
quantit que l'eau : celle-ci se trouve alors
pige dans des gouttelettes au sein de la
phase lipidique.
Proprits chimiques.
Saponification.
R-COOH + NaOH R-COO-, Na+ + H2O
Un acide gras en prsence d'une base forte, chaud, donne un sel ou savon, et de l'eau.
Le savon est soluble dans l'eau, et prsente des proprits dtergentes et un pouvoir
moussant.
On peut doser les acides gras l'aide d'une solution de potasse (KOH) alcoolique, en
prsence de phnolphtaline. Ceci permet d'valuer la quantit globale d'acides gras libres. On obtient un indice d'acide, correspondant aux mg de potasse ncessaires pour
neutraliser l'acidit libre contenue dans 1 g de matire grasse.
13
Lipides
Glycrolipides.
On distingue deux grands groupes : les glycrides et les phospholipides. Leur structure
est commune : un glycrol est estrifi par plusieurs acides gras.
Glycrides.
Nature.
Neutres, ils ne contiennent que C,H et O. Ce sont des esters d'acide gras et de glycrol :
CH2OH
CHOH
CH2OH
R1-COOH
CH2-O-C=O-R1
R2-COOH
CH-O-C=O-R2
R3-COOH
CH2-O-C=O-R3
Une ou plusieurs des trois fonctions alcool du glycrol peuvent tre estrifies, et ceci par
le mme acide gras ou par des acides gras diffrents. Les Triglycrides sont les constituants majeurs du tissu adipeux des animaux, et des huiles et graisses vgtales.
R1 = R2 = R3 = C17H33 homogne : triolate de glycryle (olique = C18 :1) ;
R1 = R3 = C17H33 ; R2 = C17H35 htrogne : olate-1 starate-2 olate-3 de glycryle.
Proprits physiques.
Le point de fusion dpend des acides gras estrifiant le glycrol. Mmes rgles.
Les glycrides sont insolubles dans l'eau.
Proprits chimiques.
Hydrolyse - Saponification.
Hydrolyse enzymatique (lipases) glycrol + acides gras ;
14
Lipides
ou en milieu alcalin chaud glycrol + savons (sels d'acides gras).
indice d'estrification = mg de NaOH ncessaires pour estrifier 1 g de matire grasse.

Indice de saponification
= indice d'acidit + indice d'estrification
Ractions lies l'insaturation.
hydrognation = ajout de H des acides insaturs : sous pression, avec un catalyseur ;
addition d'halognes : l'iode se fixe uniquement sur les doubles liaisons. L'indice d'iode
correspond aux mg d'I2 que peuvent fixer 100 g de matires grasses. L'indice d'iode
permet de calculer l'insaturation des lipides.
oxygnation : donne le got rance aux matires grasses.
Phospholipides (Glycrophospholipides).
Nature.
Ce sont des glycrolipides dont un des carbones du glycrol porte non un acide gras,
mais un acide phosphorique, ce qui donne un acide phosphatydique.
Phosphatidyl choline
H 2C O C R1
R2
C O CH
Choline
CH 3
C O P O C C N+ CH 3
H2
H2 H2
CH 3
(Les flches indiquent

les liaisons susceptibles
d'tre hydrolyses par
des enzymes.)
CH2-O-C=O-R1
CH2-O-C=O-R2
CH2-O-PO3H2
Le groupement phosphoryle peut tre port soit par le carbone , soit par le carbone .
15
Lipides
La fonction acide du phosphoryle peut tre elle-mme estrifie, par diverses molcules
alcooliques : choline, thanolamine, srine. Les phospholipides sont des intermdiaires
importants du mtabolisme.
Rles.
Une molcule ayant deux charges opposes des proprits tensioactives, c'est dire
qu'elle permet de stabiliser des mulsions.
Ce sont les phospholipides de la membrane plasmique. Alors que les acides gras constituent la partie hydrophobe, l'acide phosphorique constitue la partie hydrophile. Ces acides
gras s'arrangent naturellement en structure feuillete bicouche lipidique.
Si on agite, la structure feuillete est dsordonne et les lipides peuvent se rarranger en
micelles.
Action des enzymes sur les phospholipides.
L'action des enzymes permet, par les produits qu'elle libre, de dterminer prcisment la
composition de lipides inconnus.
Autres types de lipides.

Sphingolipides.
Les acides gras ne sont plus lis une molcule de glycrol, mais une sphingosine :
Comme dans le cas des phospholipides, l'acide phosphorique peut tre estrifi (par la
choline sphingomyline).
16
Lipides
L'un des H de la fonction amine est substitu et porte donc un radical li par une amide
(ce n'est plus un ester).
Importants
Crides.
Esters d'acide gras et d'alcool chane non ramifie ayant un nombre pair d'atomes de
carbone.
Constituants majeurs de la cire des abeilles.
Strides et composs isoprniques.

La structure isoprne se rpte
Cholestrol
H 2C
H 3C
C C CH 2
H
un certain nombre de fois, ventuellement en formant des cycles.
isoprne
HO
carotne : pigment important

des vgtaux, inclus dans les
membranes des thylakodes du fait de son caractre hydrophobe fort.

Strides : esters d'acides gras et de strol. Entrent dans le mtabolisme des strodes
(hormones).
17
Lipides
Mthodes d'analyse.
Extraction.
L'extraction des lipides se fait au moyen de solvants organiques, tels que le chloroforme,
le mthanol, etc.
Aprs broyage du matriel biologique, on ajoute le solvant, et agite et on laisse reposer.
Les phases aqueuses (contenue dans le matriel) et organique se sparent par dcantation.
On recueille la phase organique.
Sparation et dosage.
La sparation des lipides du solvant de dpart ainsi qu'entre eux se fait par des techniques chromatographiques.
Le principe est que chaque molcule possde une affinit propre pour une certaine autre
molcule (solide, liquide ou gazeuse). Si on fait passer un mlange complexe sur cette
molcule, les constituants du mlange seront d'autant plus retenus que leur affinit sera
grande. En utilisant des jeux de colonnes et de solvants adapts, on peut donc sparer
les diffrents lments du mlange.
Grce un systme de dtection appropri, on peut ensuite quantifier chaque espce
molculaire sortant de l'appareillage.
Chromatographie basse pression sur colonne
Chromatographie liquide haute pression
Chromatographie sur couche mince
18
Lipides
Chromatographie en phase gazeuse (demandant une drivation pralable, mais de loin

la mieux adapte aux lipides).
19
Peptides.
Acides amins.
Formule gnrale.
COOH
HC NH 2
R
Le carbone portant la fonction carboxylique acide est dit "0", donc le car-
bone suivant est le carbone . Il porte la fonction amine NH2. Ce sont donc des acides
amins. On trouve en gros 20 AA naturels protinognes, combins ou non soit entre
eux, soit avec d'autres molcules.
Principaux acides amins naturels.

Acides amins aliphatiques.
Le radical R est une chane carbone, ramifie ou non :
Acides amins chane hydrocarbone:

Glycine (Gly; G)
H
CH
COOH
Alanine (Ala; A)
H3 C CH
NH 2
Valine (Val; V)
H3 C
COOH
COOH
CH CH
H3 C
NH 2
CH
H3 C
NH 2
Isoleucine (Ile; I)
Leucine (Leu; L)
H3 C
C CH COOH
H2
NH 2
H3 C
C CH CH COOH
H2
CH 3 NH 2
Acides amins hydroxyls / Acides amins soufrs

Srine (Ser; S)
H2 C CH
COOH
Thronine (Thr; T)
H3 C
COOH
CH CH
OH NH 2
Cystine (Cys; C)
HS
OH NH 2
Mthionine (Met; M)
H2
C
C CH COOH
H2
NH 2
S
CH 2
C CH COOH
H2
NH 2
Acides amins dicarboxyliques et leurs amides:

Ac. aspartique
(Asp; D)
HOOC
C CH COOH
H2
NH 2
Ac. glutamique
(Glu; E)
HOOC
C
H2
C CH COOH
H2
NH 2
Asparagine
(Asn; N)
Glutamine
(Gln; Q)
OC
C CH COOH
H2
NH 2
NH 2
OC
NH 2
C
H2
C CH COOH
H2
NH 2
20
Peptides
Acides amins basiques
Lysine (Lys; K)
H2 C
C
H2
C
H2
NH 2
Histidine (His; H)
Arginine (Arg; R)
C CH COOH
H2
NH 2
H2 N
N
H
C
H2
C
H2
H
C
C CH COOH
H2
NH 2
NH
C CH COOH
H2
NH
NH 2
N
C
H
Acides amins cycliques.

L'atome d'azote des acides htrocycliques est en fait une imine : acides imins.
Acides amins aromatiques:

Tyrosine (Tyr; Y)
Phnylalanine (Phe; F)
C CH COOH
H2
NH 2
HO
Tryptophane (Trp; W)
H2
C CH
C CH COOH
H2
NH 2
COOH
NH 2
N
H
Acides amins htrocycliques:

HO
Proline
(Pro; P)
COOH
Hydroxyproline
Ac. pipcolique
COOH
N
H
COOH
N
H
N
H
Proprits.
Carbone asymtrique.
Alanine
Glycraldhyde
CHO
H
OH
CH 2OH
CHO
HO
CH 2OH
COOH
H
NH 2
CH 3
COOH
H 2N
CH 3
A l'exception de la glycine, tous les acides amins comportent au moins un carbone asymtrique. Comme dans le cas des glucides, on distinguera les deux sries, D et L, mais
les acides amins naturels sont de la srie L (glucides de la srie D).
21
Peptides
Pour les mmes raisons, ces molcules sont dotes d'un pouvoir rotatoire.
Dissociation.
En fonction du pH du milieu, les fonctions acides ou basiques se dissocient. Par exemple,
en milieu acide, un excs de protons bloque la fonction carboxyle, qui ne se dissocie pas,
tandis que la fonction amine peut accepter un proton supplmentaire :
acide
R-CH-NH2-COOH + H+ R-CH-NH3(+)-COOH (1)
neutre R-CH-NH2-COOH + OHbasique
R-CH-NH2-COO-
R-CH-NH2-COOH R-CH-NH3(+)-COO- (2)
Les constantes de dissociation des deux
pH
12
fonctions sont elles aussi caractristiques de
l'acide amin :
6
K1 =
[ R COO ][ H + ]
R COOH
et K 2 =
[ R NH 2 ][ H + ]
[ R NH 3+ ]
3
0,5
+ H+
0,5
Bien que les valeurs exactes varient d'un

compos l'autre, on peut considrer que
+ OH-
K1 10-4 10-6 et K2 10-8 10-10. A pH =

7, pour des valeurs moyennes de K1 = 10-5 et K2 = 10-9, on a :
10
[ R COO ] 10 7
[ R COOH ]
[ R COO ]
[ R COOH ]
= 10
Ce qui revient dire qu' pH = 7, il y a une molcule non dissocie pour 100 molcules
ionises. De la mme faon, on calcule :
22
10
Peptides
[ R NH 2 ] 10 7
[ R NH 3+ ]
[ R NH 2 ]
[ R NH 3+ ]
= 10
Il y a l aussi 1% de formes non dissocies.

Lorsque la concentration en H+ est gale
K1, c'est dire quand pK1 = pH, il y a autant de molcules non dissocies que d'anions.
Le pK correspond au pH de demi-dissociation.
Les acides amins sont donc des composs amphotres, les deux fonctions sont ionisables. On dfinit le point isolectrique ou pHi comme la valeur du pH pour laquelle on
obtient une forme comportant les deux fonctions ionise et appele amphiion. Le pHi est
une valeur caractristique de l'acide amin.
pH i =
pK 1 + pK 2
La prsence de plusieurs groupes carboxyles ou amins sur une mme
molcule entrane une modification du pHi par rapport une molcule

n'ayant qu'un seul de chaque groupement. Le pHi est alors calcul sur l'ensemble des
groupements.
En fonction de l'ionisation de l'acide amin, il se dplacera dans un champ lectrique soit
vers la cathode (s'il est charg positivement), soit vers l'anode (charge ngative).
Solubilit.
Les acides amins sont solubles dans l'eau, pas dans les solvants organiques (la nature
du radical peut cependant modifier cette solubilit).
Ractivit.
Liaison peptidique.
Elle est lie la prsence des deux groupements qui peuvent ragir ensemble pour former une liaison peptidique :
23
R1
CH
NH 2
Peptides
HOOC
COOH
CH
R2
R1
N
H
COOH
CH
NH 2
C
O
C
H
R2
NH 2
Les atomes engags dans la liaison peptidique sont tous placs dans le mme plan.
Grce cette liaison peptidique, des polymres de taille parfois trs grande peuvent tre
forms :
acide amin = 1 < oligopeptide < 4 - 5 < polypeptide < 100 < protine
sujet des chapitres suivants.

Ractions lies au carboxyle.
A pH trs lev, il peut donner un sel.

La dcarboxylation peut tre ralise chimiquement ou par une enzyme. Elle conduit la
formation d'une amine simple (R-CH2-NH2), et elle intervient frquemment dans le mtabolisme (interconversion de composs).
Ractions lies l'amine.
Les hydrognes de l'amine peuvent tre substitu par d'autres radicaux, aliphatiques,
aromatiques, etc.
Les acides dicarboxyliques et leurs amines sont importants pour le transfert des groupements amins : intervention de transaminases :
R1-CO-NH2 + R2-CO-COOH R1-CO-COOH + R2-CO-NH2
Glu + AOA KG + Asp Glu + Pyr KG + Ala
24
Peptides
Le formol agit sur la fonction amine primaire pour conduire la formation d'une amine tertiaire :
COO R CH
+2
NH 2
COO -
O
H
R CH
C
H
Raction la ninhydrine.
CH 2OH
N
CH 2OH
Les acides amins ragissent avec la

ninhydrine oxyde pour former un com-
plexe de deux molcules de ninhydrine (rduites) lies par l'azote de l'AA. Ce complexe
absorbe fortement 570 nm environ et la raction sert au dosage des acides amins.
Mthodes d'analyse.
L'extraction des acides amins libres peut se faire simplement l'eau, puisqu'ils sont solubles.
On les spare sur des colonnes changeuses d'anions ou de cations, c'est dire en fonction de leur caractre acide ou basique un pH donn : on recueille ainsi trois fractions,
acide, basique et neutre. La fraction neutre contient en plus les glucides solubles.
La sparation fine se fait gnralement par chromatographie (papier, basse ou haute
pression, CCM,). On utilise frquemment l'lectrophorse (sur papier ou sur gel) pour
analyser les acides amins. Le support est plac dans une solution tamponne ( pH
choisi convenablement) et soumis un champ lectrique. En fonction du pH et du champ,
les AA migrent dans un sens, dans l'autre, ou restent au niveau du dpt.
L'analyse et la quantification se font gnralement soit par raction colore (ninhydrine),
soit par dtection dans l'UV des longueurs d'onde gnralement infrieures 230 nm
(les glucides, par exemple, n'absorbent pas dans l'UV et donc n'interfrent pas dans le
dosage).
25
Peptides
Peptides et protines.
Les peptides sont de petits polymres d'acides amins, lis entre eux par des liaisons
peptidiques. La raction du biuret permet le dosage des peptides en milieu alcalin : les
liaisons peptidiques forment un complexe violet en prsence d'ions cuivriques.
Leurs proprits sont intermdiaires entre celles des acides amins et celles des protines.
Ils sont plus ou moins solubles dans l'eau, et prsentent un caractre amphotre, li leur
pHi
Gnralits.
Polymres d'acides amins relis par des liaisons peptidiques. Il existe 20 AA majeurs
entrant dans la composition des protines (plus quelques autres, un peu originaux).
Les conventions d'criture placent la fonction N terminale gauche, et la fonction C terminale droite.
Les protines jouent diffrents rles dans l'organisme : structure (maintien de la membrane plasmique) ou mtabolisme (enzymes ; protines porteuses,)
Structure primaire.
C'est la squence en acides amins.
26
Peptides
Composition en acides amins.

Hydrolyse.
La composition brute en AA peut tre dtermine par hydrolyse chimique (HCl 6N, 105C,
24 h, ampoule scelle). Le mlange obtenu est ensuite analys par chromatographie (papier 2 dimensions, HPLC, ). Cette mthode pose problme car elle conduit la destruction de certains AA, l'isomrisation D - L d'autres, etc.
L'hydrolyse peut aussi tre ralise par voie enzymatique (protases), mais on n'obtient
gnralement que des polypeptides, et non les AA eux-mmes.
Nombre d'acides amins - Titration au formol.
Une protine ne contient thoriquement qu'une seule fonction acide libre et une seule
fonction amine libre, les autres tant engages dans les liaisons peptidiques. Cependant
les acides dicarboxyliques ou diamins ventuels prsentent une fonction libre chacun.
On prend l'exemple d'une protine n'ayant ni acide dicarboxylique, ni acide diamin. On
bloque la fonction amine terminale par raction au formol. Il ne reste que la fonction acide
libre. Un dosage acide - base donne un certain volume de base ncessaire la neutralisation de la fonction acide. On refait la mme exprience avec la protine hydrolyse. Cette
fois, toutes les fonctions acides sont disponibles, et il faut d'autant plus de base pour les
neutraliser. Le rapport entre les deux volumes donne une approximation du nombre d'acides amins composant la protine.
27
Peptides
Dtermination de la squence propre en AA.

Mthodes chimiques.
F
O2 N
H2 N CH
COOH
HN
CH
O2 N
COOH
+ HF
Mthode de Sanger : Rsidu

N terminal.
Le dinitrofluorobenzne
NO 2
NO 2
(NDFB) forme, avec la
fonction N terminale, un driv avec libration d'acide fluorhydrique. L'hydrolyse de la protine libre ensuite le compos driv, qui prsente des caractristiques propres de coloration et de migration en chromatographie ou en lectrophorse. En comparant le rsultat
de l'analyse aux standards connue et l'hydrolyse "simple" pratique plus haut, on peut
connatre l'acide amin N terminal.
Dansylation : Rsidu N terminal.
Le chlorure de 1-dinthyl-amino-naphtalne-5-sulfonyle (DANS) ragit avec le NH2 terminal et donne un driv (dansyl-amino-acide) dcelable par sa fluorescence jaune. La mthodologie est la mme que dans le cas de la mthode de Sanger, mais la raction est
100 fois plus sensible. La dansylation est utilise pour doser les acides amins par HPLC
car elle permet une meilleure dtection et une meilleure quantification.
28
Peptides
Mthode d'Edman :
R2
C
O
R1
C
H
N
H
C
O
C
H
NH 2
R1
S
R2
C
O
R1
Rsidu N terminal.
C
C
O
Le
R3
R2
N
H
C
O
C
H
OC
donne une ph-
NH 2
nylthiodantoine
Phnylthiodantoine
Peptide 2 = peptide
1 (-)
AA
phnylthioisocyanate
H
N
CH
C
H
N
H
H
N
Phnylthioisocyanate
Peptide 1
C
O
C
H
CH
avec l'acide N
terminal. Il libre un nouveau polypeptide, ayant un AA de moins que le prcdent, avec
lequel il peut alors ragir. Cette dtermination est donc dite rcurrente. En l'arrtant
temps, ou en utilisant diverses mthodes mathmatiques, on peut ainsi connatre de proche en proche la composition complte de la molcule. Cette technique a t utilise dans
un appareil automatis.
Raction l'hydrazine : Rsidu C terminal.
HN
CH
R
C
O
N
H
CH
COOH
H2 N
NH 2
H2 N
R1
CH
R
C
O
N
H
NH 2
H2 N
CH
COOH
R1
Un traitement l'hydrazine 100C hydrolyse toutes les liaisons peptidiques, et libre des
hydrazides de tous les AA sauf le C terminal, qui se prsente comme un AA libre normal.
Il est alors facile isoler et identifier.
Mthodes enzymatiques.
Pour chacune des extrmits, il existe une enzyme particulire qui hydrolyse les acides
terminaux. Il s'agit de la carboxypeptidase et de l'aminopeptidase, qui librent respectivement l'acide C-terminal et l'acide N-terminal. Il s'agit de mthodes rcurrentes, qui d-
29
Peptides
gradent le polypeptide dans toute sa longueur. On parvient connatre la squence grce

la vitesse de libration des acides amins.
Structure secondaire.
L'encombrement strique des acides amins et les angles des liaisons font que l'enchanement n'est pas linaire, mais prsente un certain nombre de replis. En outre, les diffrentes portions des replis peuvent tablir entre elles des liaisons qui vont contribuer
consolider la structure.
Liaisons intervenant dans la structure spatiale.
Liaison disulfure.
C'est une liaison covalente forte tablie entre deux rsidus cystine appartenant une
seule chane ou deux chanes diffrentes.
Liaison ionique (ou saline).
C'est une liaison lectrovalente (plus faible) tablie entre deux charges de signe oppos :
NH3+ et COO-. Ce type d'interaction permet la liaison de deux molcules de type diffrent
dans les htroprotines.
Liaison hydrogne.
Ce type de liaison non covalente se forme lorsque sont proximit l'un de l'autre d'une
part un atome d'hydrogne li un azote ou un oxygne, et d'autre part un doublet lectronique non partag d'un autre azote ou d'un autre oxygne.
Ces liaisons peuvent s'tablir entre :
les C=O et les N-H des liaisons peptidiques ;
30
Peptides
les radicaux des rsidus d'acides amins, impliquant par exemple les noyaux phnoliques, le carboxyle du glutamate, etc.
Liaison hydrophobe.
Les chanes latrales hydrophobes de certains acides amins (Ala ; Val ; Leu ; Ile ; Phe)
sont repousses par l'eau et ont donc tendance se rapprocher les unes des autres (interactions de type Van der Waals).
2. Proprits spatiales de la liaison peptidique.
R1
H
C
C
C
N+
-O
O
C
N
C
H
R2
La liaison peptidique peut s'crire sous deux formes : elle possde donc un caractre
de double liaison, ce qui implique que les atomes soient tous dans le mme plan. Il
existe une possibilit d'isomrie cis - trans pour les rsidus de part et d'autre de la liaison.
Ces proprits entranent trois possibilits de conformation spatiale :
les plans successifs alternent de part et d'autre selon deux orientations privilgies, et
on parlera de structure en feuillet pliss ;
les plans successifs tournent rgulirement dans le mme sens, et on parlera de structure hlicodale ;
il n'y a pas de direction privilgie, et on parlera de pelote statistique.

Feuillets plisss.
Protines fibreuses. Liaisons hydrognes inter-chanes
31
Peptides
Hlices .
Protines globulaires. Liaisons hydrogne intra-chane.
Structure tertiaire.
Dfinition.
Une protine peut en fait adopter les diffrents types de structure secondaire en diffrents
endroits de sa structure primaire, ou selon les conditions extrieures. Il s'ensuit que la molcule acquiert un encombrement strique particulier : la conformation de la protine.
Notion de site actif.
Le volume est rempli par les acides amins. Des acides loigns dans la structure primaire peuvent se placer proximit les uns des autres, voire tablir de nouvelles liaisons.
L'environnement lectronique des acides est donc modifi. Des cryptes peuvent se former : en fonction de la nature des acides amins et de l'espace vide qu'ils entourent, certaines molcules extrieures pourront venir s'y placer, mais pas d'autres. Parmi les molcules pouvant se fixer, certaines subiront des modifications : site de fixation et site actif
des enzymes.
Structure quaternaire.
Il arrive qu'une protine seule ne soit pas fonctionnelle. Il faut que plusieurs molcules de
la mme protine s'associent pour que la fonction soit assure. On parle alors de monomres s'associant en oligomres ou en polymres.
32
Peptides
Dans certains cas, l'association concerne plusieurs oligomres d'une mme protine,
mais parfois il s'agit de monomres de molcules diffrentes : cas des porines (8 fois la
mme protine, formant canal) ou de la RubisCO (2 x 4 protines)
La dnaturation d'une protine peut correspondre la rupture des liaisons entre les chanes. Sans atteinte aux liaisons peptidiques, la protine perd alors ses proprits fonctionnelles.
Principales proprits des protines.

Solubilit.
Elle est trs variable, et dpend de plusieurs facteurs :
Electrolytes.
Les sels neutres faible concentration ont un effet dissolvant, tandis qu' forte concentration, ils provoquent la prcipitation des protines. On peut alors sparer les diffrentes
classes de protines en fonction de la concentration laquelle elles prcipitent. On ajoute
progressivement du sel (ex. sulfate d'ammonium) dans le milieu. Entre chaque ajout, on
centrifuge et on recueille la fraction ayant prcipit.
pH.
La solubilit d'une protine est minimale au voisinage de son pHi. Dans certains cas, on
peut obtenir la cristallisation d'une protine en augmentant progressivement sa concentration tout en la maintenant son pHi.
Solvant organiques.
L'thanol, le mthanol et l'actone peuvent tre utiliss pour faire prcipiter les protines.
33
Peptides
Dtermination de la masse molculaire.

Les masses molculaires peuvent varier de 10 000 plus de 1 000 000.
Filtration sur gel de dextrane.
Les gels utiliss sont de type Sephadex. Ce sont des polymres glucidiques synthtiques
ayant des liaisons croises. Ces liaisons dterminent une certaine porosit. On parle de
tamisage molculaire : les plus grosses molcules, exclues du gel, passent rapidement,
tandis que les plus petites sont retenues par le rseau. On commence par talonner le gel
en faisant passer des molcules de masse connues et en mesurant leur temps de rtention, puis on fait passer des chantillons de masse inconnue, et on compare leur temps de
rtention ceux mesurs.
Ultracentrifugation. Sdimentation.
La centrifugation haute vitesse d'une solution de protine provoque sa sdimentation en

fonction de sa densit (qui est ncessairement suprieure celle du solvant). Grce des
systmes optiques, on peut suivre cette sdimentation au cours du temps. On parvient
sparer les diffrentes protines de la solution, et les comparer des tmoins.
On peut aussi utiliser un solvant de densit variable, et les protines vont alors se placer
dans la zone correspondant leur densit. Cette mthode est aussi applique la sparation des organites cellulaires.
Electrophorse.
L'lectrophorse, notamment sur gel de polyacrylamide (PAGE), utilise le caractre amphotre des protines. Places dans un champ lectrique, elles se dplacent vers l'lectrode qui les attire. Comme dans les autres cas, la comparaison des protines de rfrence permet de savoir leur masse molculaire.
34
Peptides
Classification des protines.

Classification selon la forme des molcules.
Protines fibreuses ou sclroprotines.
Pratiquement insolubles. Fibrones de la soie ; collagnes (tissus conjonctifs transformables par la chaleur en glatines) ; kratines.
Protines globulaires ou sphroprotines.
Forme gnrale sphrique ou ovode.

Classification selon la solubilit.
Albumines.
Solubles dans l'eau distille. Prcipitent par addition de sulfate d'ammonium entre 70 et
100% de la saturation. pHi < 7 (caractre acide).
Globulines.
insolubles dans l'eau pure, mais solubles dans les solutions salines dilues (NaCl 5%),
prcipitent par addition de sulfate d'ammonium 50% de la saturation. Souvent des glycoprotines ou lipoprotines.
Protamines et histones.
Solubles, taille petite (plutt polypeptides que protines) ; trs basiques (lysine et arginine)
pHi lev.
Globines.
solubles dans l'eau.
35
Peptides
Prolamines et glutlines
Protines vgtales insolubles dans l'eau, mais solubles dans les acides et les bases dilus.
Classification selon la composition.
Holoprotines.
Elles ne sont constitues que d'acides amins.

Htroprotines.
Elles comportent une ou plusieurs chanes peptidiques associes (homoprotine) lies

par covalence un groupement prosthtique de nature non glucidique. La nature de ce
groupement est extrmement varie :
glucide
glycoprotines
lipide
lipoprotines
phosphate
phosphoprotines
ion mtallique
chromoprotines (hmoglobines, cytochromes)
36
Acides nucliques
Introduction
Constituants universels de la matire vivante, reprsentant 10 20 % de la masse sche.
Caractre acide
Regroups en deux classes :
acides dsoxyribonucliques = ADN
acides ribonucliques = ARN
Composition
HOH 2 C
OH
HOH 2 C
OH
Oses
Deux pentoses peuvent entrer dans
HO
OH
D ribose
HO
2 dsoxy D ribose
la composition des acides nucliques : le ribose ou sa forme 2 d-
soxy.
Bases azotes
Les constituants de base des acides nucliques sont des composs portant plusieurs
fonctions amines, ce qui leur confre un caractre basique. On distingue deux groupes :
les bases puriques et les bases pyrimidiques.
37
Acides nucliques
Bases puriques
Deux bases puriques principales sont trouves dans les acides nucliques : la guanine et
l'adnine.
O
NH 2
N
N
H
Purine
N
H
H2 N
N
H
Guanine = 2-amino-6-oxy-purine
Adnine = 6 amino-purine
Il existe d'autres bases naturelles, que l'on trouve par exemple dans certains ARNt, ainsi
que des drivs ayant des fonctions particulires, notamment des hormones vgtales
(cytokinines, impliques dans la division cellulaire).
Bases pyrimidiques
Elles drivent de la pyrimidine.
NH 2
O
CH 3
N
H
Pyrimidine
HN
N
H
Cytosine
(2-oxy-4-amino-pyrimidine)
HN
N
H
Uracile
(2,4-dioxy-pyrimidine)
N
H
Thymine
(2,4 dioxy-5-mthyl pyrimidine
ou 5-mthyl-uracile)
Comme dans le cas des bases puriques, il en existe d'autres, par exemple dans l'ADN de
certains bactriophages (virus infectant des bactries).
La cytosine et l'uracile se trouvent dans les ARN, mais la thymine remplace l'uracile dans
les ADN.
38
Acides nucliques
NH 2
NH 2
6
N7
N1
La liaison d'une base et d'un pentose forme
8
4
HOH 2 C5 '
N3
N9
4'
3'
N1
2'
un nucloside. On numrote les atomes de
HOH 2 C5 '
1'
Nuclosides
4'
H H
3'
2'
OH
1'
la base de 1 9 (bases puriques) ou de 1

6 (bases pyrimidique). Pour ne pas les
dCytosine
Adnosine
confondre, les atomes du pentose sont numrots de 1' 5'.
Nuclotides.
Nuclotides monophosphate.
La fonction alcool primaire du carbone 5' du pentose peut tre estrifie par un acide
phosphorique. On obtient alors un nuclotide. Il peut tre monophosphate s'il n'y a qu'un
seul phosphore.
Base
Ribonucloside
Ribonuclotide
Adnine
Adnosine
Adnylate
Adnosine monophosphate (AMP)
Guanine
Guanosine
Guanylate
Guanosine monophosphate (GMP)
Uracile
Uridine
Uridylate
Uridine monophosphate (UMP)
Cyto-
Cytidine
Cytidylate
Cytosine monophosphate (CMP)
sine
39
Base
Acides nucliques
Dsoxyribo-
Dsoxyribonuclotide
nucloside
Dsoxyadnosine
Adnine
Guanine
Dsoxyguanosine
Uracile
Dsoxyuridine
Dsoxyadny-
Dsoxyadnosine monophosphate
late
(dAMP)
Dsoxyguany-
Dsoxyguanosine monophosphate
late
(dGMP)
Dsoxyuridylate
Dsoxyuridine monophosphate
(dUMP)
Thy-
Thymidine
Thymidylate
Thymidine monophosphate (TMP)
mine
Nuclotides diphosphate et triphosphate.
Les molcules d'acide phosphorique portes par le pentose peuvent se lier d'autres molcules du mme acide par une liaison dite phosphodiester. Ces liaisons demandent une
grande nergie pour leur formation, mais peuvent restituer cette nergie lors de leur hydrolyse.
O
ATP
O
OH
UTP
OH
OH
O
OH
O
P
NH 2
Adnine
CH 2 O
Ribose
OH
NH
Uracile
O
CH 2 O
H
OH OH
OH
OH
OH
H
OH OH
Ribose
40
Acides nucliques
Structure
Structure primaire
L'alternance pentose - phosphate cre le sque-
O
O
lette de l'acide nuclique (ADN et ARN).
HN
HO P O O
N
H2
O
O
C
Structure secondaire de
NH2
HO P O
H2
O
C
l'ADN
Watson et Crick, 1953.
O
NH2
N
HO P O O
N
H2
O
C
O
A
T
G
C
= 1 et
A +G
T+C
= 1 ou A + G = T + C ,
c'est
dire qu'il y a autant de bases puriques que de

bases pyrimidiques.
En revanche,
A +T
G+C
est trs variable et spci-
fique.
Les tudes en Rx (aprs cristallisation) mon-
trent qu'il s'agit d'une hlice.
Il existe des liaisons hydrogne.
La structure est celle d'une double hlice. ; il y a appariement des bases homologues.
La molcule hlicodale est dextrogyre. Le pas de l'hlice est de 30, le diamtre de 20.
Il y a toujours la mme quantit d'ADN dans un noyau, et une composition fixe en bases
azotes pour tous les types cellulaires d'un espce donne.
41
Acides nucliques
La complmentarit des bases st essentielle la stabilit de la double hlice. Les deux

chanes sont opposes, ou anti-parallles.
Proprits de l'ADN
L'ADN est soluble dans l'eau sous forme de sels de sodium (en donnant une solution visqueuse). Il prcipite dans l'thanol ( moyen efficace pour l'isoler puis l'tudier).
La prsence des bases provoque une absorption caractristique dans l'UV 260 nm.
Cette absorption est de 30% infrieure celle d'un mlange comportant la mme quantit
de bases et les mmes proportions que l'ADN tudi : c'est l'effet hypochrome, d aux
liaisons hydrognes entre les bases des deux brins.
Dnaturation thermique. A partir d'une solution d'ADN natif, lorsqu'on augmente progressivement la temprature, on constate une lvation de la DO260
courbe de fusion de
l'ADN.
Cette augmentation brusque de la DO est appe-
DO
260
le effet hyperchrome. En mme temps, on note

une diminution de la viscosit de la solution.
La courbe de fusion correspond la sparation
des deux brins qui forment l'hlice. La rupture
des liaisons hydrogne provoque une dspiraliT
sation de la molcule. L'ADN devient monoca-
tnaire, il est dnatur.
42
Acides nucliques
Les courbes de fusion de deux molcules d'ADN prsentent des valeurs diffrentes de
temprature de demi-dissociation cause d'une composition diffrente en bases : lorsque
la teneur en G+C augmente, la temprature augmente aussi.
Le phnomne est rversible par simple refroidissement progressif de la solution. L'ADN
reforme la double hlice et redevient donc bicatnaire. Si le refroidissement est brusque,
les chanes restent monocatnaires.
La reformation de la double hlice est d'autant meilleure que la complmentarit entre les
brins est plus grande. En consquence, si on place dans la solution deux brins bicatnaires diffrents, et qu'on chauffe, les deux donnent chacun deux brins. Lors du refroidissement, les sections ayant des bases homologues pourront s'apparier, tandis que les sections non homologues ne le pourront pas. Il y a formation de portions bicatnaires, et de
portions en boucles non apparies. C'est l'hybridation des acides nucliques.
Structure secondaire des ARN

Structure et proprits gnrales
Leur masse molculaire est plus faible que celle des ADN : ils sont plus petits. Ce sont
des chanes monocatnaires de nuclotides : A, G, C, U. Il peut y avoir des portions complmentaires de parties diffrentes de la chane crant des replis : zones bicatnaires,
stabilises par des liaisons hydrognes.
Leur solubilit et leur absorption dans l'UV sont proches de celles de l'ADN. On n'obtient
pas dans leur cas de courbe de fusion directement comparable celle de l'ADN, mais en
revanche, on peut provoquer l'hybridation d'un ADN et d'un ARN. IL n'y a pas d'effet hyperchrome ni d'effet hypochrome.
43
Acides nucliques
Diffrents types d'ARN

A part dans le cas des Virus, le cellules prsentent trois types diffrent d'ARN au moins.
ARN messagers = ARNm
Il s'agit de la squence complmentaire d'une portion de l'ADN de la cellule. Il est obtenu

par transcription partir de l'ADN.
Transcription : on garde le mme langage (c'est dire le code gntique), mais on change
d'alphabet (T -> U).
Traduction : on change de langage
du code gntique en codon, on passe aux proti-
nes constitues d'acides amins. Moyen mnmotechnique : les oprations se font dans
l'ordre alphabtique inverse.
Les ARN messagers sont "linaires". Leur masse molculaire est trs leve, en liaison
avec la taille de la protine qu'ils codent. Elle volue au cours de leur maturation (maturation post transcriptionnelle) : une partie de ce qui a t transcrit est limin. En particulier,
ils sont souvent prcds, leur extrmit 3' d'une chane de plusieurs adnosines (30
200) : ARNm poly A. Cette squence une rle signal intervenant dans la reconnaissance
avec les ribosomes.
Les ARNm ont une dure de vie courte (demi-vie de quelques heures pour la plupart),
sauf dans des cas particuliers, par exemple dans les formes de vie ralentie comme les
graines des vgtaux.
ARN de transfert = ARNt
Les ARNt ont gnralement une configuration en feuille de trfle. Ils prsentent des replis
et des zones apparies. Une des boucle porte l'anti-codon, c'est dire le triplet de bases
44
Acides nucliques
complmentaires du triplet codant de l'ARN messager. L'extrmit 3' porte l'acide amin
pour lequel code le codon.
ARN ribosomiaux = ARNr
Ils reprsentent 80% de l'ARN total de la cellule. Leur masse molculaire est trs importante. On les distingue sur la base de leur coefficient de sdimentation. Un ribosome est
form de plusieurs chanes d'acide nuclique.
Les acides nucliques particuliers

Les bactries et les virus (procaryotes), d'une part, ainsi que les chloroplastes et les mitochondries ont des acides nucliques comparables ceux des autres cellules d'un point de
vue gnral, mais prsentant un certain nombre de particularits connatre.
L'ADN n'est par organis en chromatine ni en chromosome ; il n'est pas enferm dans une
enveloppe nuclaire.
Le code gntique est lgrement diffrent. C'est chez ces organismes qu'on rencontre le
plus de bases rares.
Les ribosomes ont des coefficients de sdimentation diffrents.
Les rtrovirus prsentent la particularit de possder uniquement une molcule d'ARN,
mais pas d'ADN. Cet ARN doit d'abord tre transcrit en ADN par la cellule hte. L'enzyme
implique est la transcriptase reverse.
Mthodes d'tude
L'extraction se fait partir d'un matriel riche en acide nuclique : de prfrence des cellules jeunes, en division. Aprs broyage (fort, de faon faire clater les noyaux) et souPh. Collas UCO Bretagne Nord
45
Acides nucliques
vent dlipidation, l'extraction se fait dans une solution saline. L'extrait contient alors gnralement un mlange de protines et d'acides nucliques.
Les protines sont limines par centrifugation, puis les acides nucliques sont prcipits
par l'thanol.
On peut effectuer un dosage colorimtrique portant soit sur le phosphore, soit sur le pentose.
La sparation des diffrentes classes d'acides se fait gnralement par lectrophorse sur
gel, avec des techniques varie (biologie molculaire). On parvient caractriser des
groupes d'ARN, par exemple, caractristiques de telle ou telle phase du dveloppement
de l'organisme, c'est dire que les protines correspondantes ne sont synthtises qu'
certaines priodes de la vie.
La localisation cellulaire peut tre faite par diverses mthodes.
Une coloration de type Feulgen colore spcifiquement l'ADN en rose.
Aprs l'ajout d'une molcule marque (par exemple thymine tricie), certaines molcules
d'ADN seront marques. La prparation cellulaire est fixe, puis on la place sous une plaque photographique. Les grains d'argent de l'mulsion photographique sont impressionns par l'mission radioactive, ce qui permet de localiser les compartiments cellulaires
dans lesquels s'est fait l'incorporation.
46
Mthodes d'tude
Prparation de l'chantillon :
Fractionnement cellulaire
Constitution gnrale des tissus et des
cellules
De l'extrieur vers l'intrieur :
Tissu = de cellules, entre lesquelles il n'y a pas de vide, mais des parois vgtales, des
constituants interstitiels animaux, le tout baignant dans un liquide complexe
on peut
avoir besoin d'analyser les constituants en question.

Cellule :
membrane plasmique : lipides, protines
cytoplasme / cytosol : gel de protines, de sels minraux, de toutes sortes de molcules
organites : enveloppe de 2 membranes + matrice (stroma) propres.
Fractionnement
Lorsque le compartiment cellulaire n'est pas abordable directement, il faut commencer par
le sparer des autres parties du tissu ou de la cellule (le sang est directement isolable, par
exemple).
47
Index
Broyage
fin, mais trop long = pertes / polytron, Moulinex, mortier - pilon, sable de Fontainebleau,
poudre fine de prfrence
pH fix / tampon
anti-oxydant (pb phnols)
froid (enzymes en gnral)
BSA : protases
osmoticum : organites
qualitatif / quantitatif : les impratifs ne sont pas les mmes
Sparation
Solubilisation
selon le compos isoler :

solvant organique lipides et composs apolaires
solvant aqueux
composs polaires : glucides, acides amins, peptides, ARN de pe-
tite taille,
insolubles
nombreuses substances de composition particulire, ou encore de taille
importante
Mlanges ou successions de solvants :
Un premier passage d'un solvant organique peut par exemple liminer les lipides (dlipidation), et laisser les autres composs. Une limination spcifique d'un compos est parfois plus efficace qu'une tentative de purification directe du compos cherch.
48
Index
Filtration
La mthode la plus simple de sparer un lment soluble des lments insolubles (exemple type : la percolation du caf!)
Aprs fractionnement, il reste : des dbris cellulaires, des cellules, des organites de taille
variable, qui resteront sur le papier filtre.
Centrifugation
L'application d'une force centrifuge un chantillon (liquide ou pteux) quivaut l'application d'une force gravitationnelle contrle. On spare donc les composs en fonction de
leur masse et de leur densit.
Milieu de sparation : tous les composs de densit suprieure celle du milieu surnageront, tandis que tous les composs de densit infrieure sdimenteront. Le rsultat est le
mme que celui de la filtration.
Centrifugation sur gradient : il est possible de crer un gradient de densit le long du tube
centrifuger. Les composs / organites se placent dans la zone correspondant leur
densit.
Exemple : fractionnement du foie de Rat
Homognat
10 min. 600 g
culot
10 min. 600 g
surnageant
culot : noyaux et dbris cellulaires
10 min. 8 000 g
culot : mitochondries
49
Index
10 min. 15 000 g
culot : lysosomes
60 min. 100 000 g
culot : microsomes
surnageant : molcules
Purification
Solubilit diffrentielle
Exemple : purification des chlorophylles partir de feuilles d'orties :
Broyage, extraction dans l'actone 85% : solubilisation de tous les composs apolaires,
plus une partie des composs polaires.
Filtration sur papier
Chlorure d'ammonium 10% : prcipitation des protines
Ether : les chlorophylles passent prfrentiellement dans l'ther, la phase actone - eau
devient limpide limination
Lavages l'eau : certaines impurets peuvent rester dans la phase thre, les lavages
permettent de les reprendre et de les liminer
Mthanol : la chlorophylle b est plus soluble dans l'thanol que dans l'ther, inverse pour
la chlorophylle a
les deux chlorophylles sont spares et peuvent tre (thoriquement)
tudies sparment.
50
Index
Techniques chromatographiques
Lorsque plusieurs composs prsentent les mmes caractristiques de solubilit, on peut
les sparer par chromatographie : exemple de mlange de composs polaires :
broyage, extraction l'eau, filtration : les lipides et les grosses protines restent sur le filtre, les glucides et les acides amins passent dans le filtrat.
Chromatographie d'exclusion : les plus grosses molcules (polypeptides, polyosides) passent rapidement et sont exclues, les petites (acides amins et glucides simples) sont recueillies ensuite.
Chromatographie d'change ionique :
une colonne changeuse d'anions retient tous les composs cationiques (chargs positivement) : acides amins dibasiques notamment
une colonne changeuse de cations retient tous les composs chargs ngativement :
acides diacides notamment
l'utilisation conscutive des deux colonnes permet de sparer le mlange en trois classes : acide, basique et neutre, la dernire correspondant aux glucides et aux acides
amins neutres.
Caractrisation
Techniques chromatographiques
Les chromatographies d'adsorption (sur papier, sur couche mince de cellulose ou d'aluminium), en phase gazeuse, d'change d'ions ou d'exclusion permettent soit de faire une
51
Index
sparation grossire, soit de faire une sparation fine, en fonction des conditions d'utilisation.
Exemple : chromatographie bidimensionnelle sur papier d'un mlange de composs polaires
dpt d'un chantillon dans un des coins de la feuille
migration dans un premier solvant, volatil ; vaporation du solvant (une nuit 40C)
migration dans un second solvant, aprs retournement de la feuille 90
schage, rvlation
Electrophorse
L'lectrophorse permet de sparer et de caractriser diverses classes de molcules :
glucides simples ou composs, acides amins, peptides et protines. Elle convient un peu
moins aux lipides.
Techniques colorimtriques
Rvlation par coloration
Aprs une chromatographie ou une lectrophorse, les composs n'tant gnralement
pas colors, on cherche leur emplacement sur la feuille grce une coloration : rvlation
la ninhydrine pour les acides amins, au bleu de Coomassie ou au nitrate d'argent pour
les protines, l'anthrone pour les glucides, etc.
Dosages par colorimtrie
Lorsque la raction est quantitative, on peut appliquer la loi de Beer-Lambert :
52
Index
I = I0e- c l log(I/I0) = D. O. = c l
avec = coefficient d'extinction molaire, dpendant - de la longueur d'onde ; - de la nature des liaisons du compos tudi
c = concentration de la solution
l = longueur du trajet optique, fixe 1 cm
Puisque l, et sont fixs, on a la relation simple : D. O. = f([c]).
On choisit une gamme de concentrations, laquelle on fait subir la raction, et on trace la
courbe obtenue :
Il ne faut pas oublier de
DO
faire un blanc : il corres-
saturation
pond la valeur zro de la

concentration, et il permet
de savoir quelle est l'absorption due spcifiquement au ractif, et non au
bruit de fond
[C]
produit doser. L' blanc

doit
accompagner
toute
srie de dterminations, car les conditions peuvent varier (par exemple dure de passage
et temprature du bain-marie).
Spectromtrie
Une autre application de la loi de Beer-Lambert est l'obtention de spectres. Dans ce cas,
la concentration est fixe, mais on fait varier la longueur d'onde. La disparition des rayonPh. Collas UCO Bretagne Nord
53
Index
nements d'une longueur d'onde correspond l'absorption de l'nergie des photons
concerns par une liaison particulire. Un pic d'absorption caractrise donc la prsence
d'une liaison dans la solution tudie. Si la prparation est pure, on est donc mme de
caractriser parfaitement le compos, en fonction des pics obtenus.
Techniques immunologiques
La facult de reconnaissance antigne - anticorps est de plus en plus utilise. La spcificit de la raction est gnralement totale, mais dans le mme temps, elle ne donne pas de
rponse d'une grande ampleur. A la dtection est alors associe une amplification, sous
forme d'une raction enzymatique dont le produit est color.
54
Index
Index
acide amin, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 30, 31,
32, 36, 44, 45, 48, 51, 52
acide gras, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17
acide linolique, 12
acide linolnique, 12
acide olique, 11
acide palmitique, 11
acide phosphatydique, 15
acide phosphorique, 6, 15, 16, 39, 40
acide starique, 11
adnine, 38
ADN, 37, 38, 41, 42, 43, 44, 45, 46
aglycone, 1, 9
Ala, 24, 31
alcool, 4, 6, 14, 17
alcool primaire, 2, 6, 39
alcool secondaire, 2
polyol, 4
aldhyde glycrique, 2
aldose, 2, 3, 7
amidon, 1, 9
amphiion, 23
amylopectine, 9
amylose, 9
AOA, 24
arabinose, 3
ARN, 37, 38, 41, 43, 44, 45, 46, 48
ARNm, 44
ARNt, 38, 44
Asp, 24
bactries, 9, 38, 45
bateau, 6
carotne, 17
Cellobiose, 8
Cellulose, 9
ctose, 2, 3, 7
chaise, 6
chlorophylle, 50
chloroplastes, 45
choline, 16
Chromatographie, 18, 19, 51
cystine, 30
cytochromes, 36
cytokinines, 38
cytosine, 38
cytosol, 47
dextrogyres, 2
dihydroxyactone, 3
dissociation, 22, 23, 43
disulfure, 30
eau, 5, 6, 7, 13, 14, 23, 25, 26, 31, 35, 36, 42, 50, 51
nantiomres, 2, 3
encombrement strique, 6, 30, 32
nergisation, 6
pimres, 3
thanolamine, 16
vaporation, 52
fluorescence, 28
fonction amine, 17, 20, 22, 25, 27
fonction carboxyle, 10, 22
fructose, 3
furannose, 5, 6
furfural, 7
galactosamine, 4
galactose, 3
galacturonique, 4
Glu, 24
glucide, 1, 2, 3, 6, 7, 21, 25, 36, 48, 51, 52
glucosamine, 4, 9
glucose, 3, 5
glucose-6-phosphate, 6
glucuronique, 4
glutamate, 31
glycraldhyde, 2, 3
glycrides, 14
Glycrides, 14
glycrol, 14, 15, 16
glycine, 21
Glycogne, 9
graines, 44
graisses, 10, 14
guanine, 38
htrosides, 1
holosides, 1
huiles, 10, 14
isomres, 3
Kiliani, 3
Lactose, 8
lvogyres, 2
liaison osidique, 7, 8
liaison peptidique, 23, 24, 31
Liaison peptidique, 23
liaisons peptidiques, 26, 27, 29, 30, 33
lipases, 14
lipides, 10, 13, 15, 16, 18, 19, 47, 48, 51, 52
longueur d'onde, 53
lumire, 2
Maltose, 8
mannose, 3
membrane, 16, 26, 47
membrane plasmique, 16, 26, 47
membranes, 17, 47
mitochondries, 45, 49
oligopeptide, 24
Osamines, 4
ose, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 37
55
Index
oside, 1
osides, 7, 8
oxygne, 5, 30
parois, 9, 47
pectine, 9
pectines, 4
pH, 2, 22, 23, 24, 25, 33, 48
pHi, 23, 26, 33, 35
phospholipides, 14, 16
Phospholipides, 15
phosphoryle, 15, 16
photons, 54
pigment, 17
polypeptide, 24, 29, 30
pouvoir rotatoire, 2, 3, 5, 22
procaryotes, 45
protine, 24, 27, 28, 32, 33, 34, 44
protines, 26, 33, 34, 35, 44, 46, 47, 50, 51, 52
proton, 22
protons, 22
Pyr, 24
pyrannose, 5, 6
raction de Maillard, 7
ribose, 3, 37
ribosomes, 44, 45
ribulose, 3
RubisCO, 33
saccharose, 1
Saccharose, 8
savon, 13
srine, 16
site actif, 32
stroma, 47
techniques chromatographiques, 18
temprature, 42, 43, 53
thylakodes, 17
thymine, 38, 46
traduction, 1
transcription, 44
Triglycrides, 14
uracile, 38
virus, 38, 45
xylose, 3
KG, 24
56
Index
Table des matires
Biochimie structurale ...................................................................................................................................... 1

Glucides. ..................................................................................................................................................... 1
Introduction. ........................................................................................................................................... 1
Oses. ................................................................................................................................................... 1
Osides.................................................................................................................................................... 7
Lipides....................................................................................................................................................... 10
Introduction. ......................................................................................................................................... 10
Acides gras. ......................................................................................................................................... 10
Glycrolipides....................................................................................................................................... 14
Autres types de lipides.......................................................................................................................... 16
Mthodes d'analyse. ............................................................................................................................. 18
Peptides. ................................................................................................................................................... 20
Acides amins. ..................................................................................................................................... 20
Peptides et protines. ........................................................................................................................... 26
Acides nucliques ...................................................................................................................................... 37
Introduction .......................................................................................................................................... 37
Composition ......................................................................................................................................... 37
Structure .............................................................................................................................................. 41
Mthodes d'tude....................................................................................................................................... 47
Prparation de l'chantillon : Fractionnement cellulaire .......................................................................... 47
Purification ........................................................................................................................................... 50
Caractrisation ..................................................................................................................................... 51
Index ............................................................................................................................................................ 55
Table des matires ........................................................................................................................................ 57
57

Biochimie Structurale 1

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Biochimie structurale

Oses : glucides simples, non hydrolysables en milieu acide

Osides : glucides complexes, dont l'hydrolyse donne plusieurs produits :

Le terme hydrate de carbone correspond la traduction de lamricain carbohydrate mais na pas

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Ces deux fonctions sont rductrices (cf. infra).

2 nantiomres possibles : D = OH droite ou L

base pour la nomenclature de tous les autres glu-

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Composs apparents aux oses.

une amine : galactosamine, glucosa-

L'hydroxyle du C2 est remplac par

mine, ou encore par NH-CO-CH2 : Nactyl-glucosamine

fonction carboxylique (et conservent fonction aldhyde) : acide glucuronique (forme de

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Proprits des oses.

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

alcool + acide ester + eau

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Action des acides concentrs.

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

amylose : liaisons 1-4, MM 150 000 600 000

amylopectine : liaisons 1-4 et 1-6 : ramifications

Cellulose : constituant des parois vgtales

liaisons 1-4 ; structure fibreuse

chitine : polymre de N-actyl glucosa-

pectine : polymre dacides galacturoni-

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Acides gras saturs.

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Acide olique: C 18:1

Acides gras insaturs.

acide 9-ne octadcanoque

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Acides gras polyinsaturs.

C18 :3 acide linolnique

Acides gras spciaux.

nombre impair de carbones

les deux : ramification et nombre impair de C

Proprits des acides gras.

solubilit dans les solvants organiques

point de fusion : dpend de 2 facteurs :

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Point de fusion (C)

bes (apolaires) se font face, tandis que les

ples hydrophiles (polaires) font face au mi-

micelles. De toute faon, les ples hydropho-

R-COOH + NaOH R-COO-, Na+ + H2O

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Hydrolyse enzymatique (lipases) glycrol + acides gras ;

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

ou en milieu alcalin chaud glycrol + savons (sels d'acides gras).

indice d'estrification = mg de NaOH ncessaires pour estrifier 1 g de matire grasse.

Ractions lies l'insaturation.

hydrognation = ajout de H des acides insaturs : sous pression, avec un catalyseur ;

oxygnation : donne le got rance aux matires grasses.

(Les flches indiquent

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Autres types de lipides.

Ph. Collas UCO Bretagne Nord

Strides et composs isoprniques.

un certain nombre de fois, ventuellement en formant des cycles.