La CCM est basée sur une interaction de type électrostatique / liaison
hydrogène. Le principe du "qui se ressemble s'assemble", souvent rencontré en chimie permet encore d'expliquer ici la nature des phénomènes impliqués.
Considérons un mélange de composés que l’on souhaite séparer. Lors d’une
CCM, le mélange est déposé sur un solide poreux adsorbant appelé phase stationnaire qui recouvre une plaque rigide inerte. Lorsque la plaque sur laquelle on a déposé l’échantillon est placée dans la cuve, l’éluant (un solvant appelé phase mobile ) monte à travers la phase stationnaire, essentiellement par capillarité. En outre, chaque composant de l’échantillon se déplace à sa propre vitesse derrière le front du solvant. Cette vitesse dépend de : 1- forces électrostatiques retenant le composant sur la plaque stationnaire, 2- sa solubilité dans la phase mobile. Les composés se déplacent donc alternativement de la phase stationnaire à la phase mobile, l’action de rétention de la phase stationnaire étant principalement contrôlée par des phénomènes d’adsorption. Généralement, en CCM, les substances de faible polarité migrent plus rapidement que les composants polaires.