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Microbiologie 2017 PDF
Microbiologie 2017 PDF
BIO 3524
1
Informations Générales
Ma Page Web
1
Sujets du Cours
• Principes d’immunologie
– Les défenses du corps humain contre les infections
• Microbiologie médicale
– La maladie et le diagnostic
• Principes d’épidémiologie
– La propagation d’infections dans les populations
Manuel de Cours
• Il n’y a pas de manuel de cours requis. Mais, si vous désirez
obtenir un manuel en tant que référence, je vous
recommande le livre suivant. Une version électronique est
disponible sur la page web du cours.
2
Évaluation du Cours - Examens de Session
• 3 examens de session
– Chaque examen couvrira la matière vue dans les semaines
précédentes (non récapitulatif) et contribuera à 15 % de la
note finale
– Ces examens comporteront 31 questions à choix multiples
pour une durée de 75 minutes
– Réponses a être soumises sur Scantrons
• 1 point pour Scantrons correctement rempli
– Informations obligatoires: Nom, numéro d’étudiant, côte du
cours et section
– Note maximale: 30/30
• Ex. 32/30 ou 31/30 ou 30/30 sont tous égaux à 30/30
– Ces examens seront à livre fermé 7
3
Points Bonis sur la Note Finale!!
• 8 QUIZ
– Les quiz sont optionnels
– Les quiz seront disponibles sur Brightspace les samedi
de 9h-21h
– Vous aurez 15 minutes pour compléter les quiz
– Chaque quiz consistera de 2 questions
– Les personnes qui obtiendront 100% sur au moins 4
des quiz seront attribuées deux points bonis
– Les personnes qui obtiendront 100% sur au moins 3
des quiz seront attribuées un point boni
10
11
4
FAQ
13
Microbiologie
L’Étude des Microorganismes
14
15
5
Micro_?
Microscope optique
Microscope électronique L’œil humain
0.1nm 1 nm 10 nm 100 nm 1 µm 10 µm 100 µm 1 mm 1 cm 0.1 m
Fourmi
Atome Acide Protéine Virus Bactérie
aminé Cellule de plante
Cellule animale
Protistes
Organites
Fungi
16
_Organisme?
17
Propriétés de la Vie
• Les organismes vivants:
– Sont composés de cellules
– Réagissent à leurs environnements
– Peuvent se nourrir
– Sont capable d’obtenir et d’utiliser de l’énergie
– Ils maintiennent un équilibre interne
– Peuvent croître et se reproduire
– Ils sont assujettis à une adaptation évolutionnaire
18
6
Unité de la Vie - La Cellule
• Composantes structurales :
– Membrane plasmique
– +/- Paroi cellulaire
– Noyau/Nucléoïde
– Cytoplasme
• Composantes chimiques :
– Protéines
– Lipides
– Polysaccharides
– Acides nucléiques
19
Eucaryote Procaryote
Membrane nucléaire Aucune membrane nucléaire
Noyau Nucléoïde
Plus d’une molécule d’ADN Une molécule d’ADN
Division non-mitotique
Division mitotique
Fission binaire
Organites Pas d’organites
20
7
Se Nourrir
• Le Métabolisme:
– Absorption et transformation des composés
chimiques
• Anabolisme + Catabolisme
– Anabolisme : Synthèse macromoléculaire
» Construction
– Catabolisme : Dégradation macromoléculaire
» Destruction
– Obtenir, générer et utiliser de l’énergie
– Élimination des déchets
22
23
Reproduction
• Reproduction:
– Capacité de tout type d’organisme de générer un
autre organisme tel que lui
• Organisme unicellulaire, tel que les bactéries se
divisent tout simplement en deux
– Reproduction asexuée: Fission binaire
– Les organismes multicellulaires sont souvent le
résultat de l’union de deux cellules de différents
individus
• Ex. Reproduction sexuée; Ex. Spermatozoïde + ovule
24
8
Reproduction – Le Code Génétique
25
Adaptation Évolutionnaire
26
27
9
Domaines de la Microbiologie
• Bactériologie
– L’étude des bactéries
• Microbiologie environnementale
– L'étude des processus microbiens dans l'environnement
• Microbiologie alimentaire
– L’étude des microorganismes qui causent des maladies d'origine
alimentaire et la détérioration
– L’étude des microorganismes utilisés dans la fabrication des aliments
• Microbiologie industrielle
– Utilisation et développement de microorganismes en biotechnologie
• Microbiologie médicale
– L’étude, le diagnostic et le traitement des maladies microbiennes
28
29
10
Classification des Organismes
31
Niveaux de Classification
• Divisions hiérarchiques
– Règne (Pas utilisé par les microbiologistes)
• Les microbiologistes utilisent la division « les
domaines »
– Phylum
– Classe
– Ordre
– Famille
– Genre
– Espèce 32
11
Définition d’une Espèce
Q. Vrai ou Faux
35
• Microbiologie:
– Un ensemble de souches microbiennes qui
partagent plusieurs caractéristiques et qui
diffèrent de façon significative d'autres groupes de
souches
– Les espèces sont identifiées par des comparaisons
à des « souches types » de références connues
36
12
Définition d’une Souche
• Population de microbes issue d’un individu unique
ou d’une culture pure
– Différentes souches représentent des variantes génétiques
d’une même espèce
• Biotypes: souches qui ont des différences biochimiques ou
physiologiques
• Morphotypes: souches qui possèdent des différences
morphologiques
• Sérotypes: souches qui possèdent des différences
antigéniques
• Pathotypes: variante microbienne causeuse de maladie qui
se distingue des autres membres de son espèce par sa
virulence 37
Nomenclature
• Morphologie coloniale
• Forme et arrangement cellulaire
• Structure de la paroi cellulaire
– Coloration de Gram
• Structures cellulaires spécifiques
• Caractéristiques biochimiques/métaboliques
39
13
Propriétés Utilisées pour la Classification
• Test Sérologique
– Utilise des antisérums spécifiques contre un
groupe de microorganismes
• L’antisérum contient des protéines (anticorps) qui
réagissent avec des antigènes sur l’organisme
– Avantages:
• Très spécifique
• Ne requiers pas de cultures pures
• Permets l’identification d’organismes qui ne peuvent
pas être crus en laboratoire
40
• Propriétés moléculaires
– Contenu G + C
– Hybridation d’acides nucléiques
– Séquençage d’acides nucléiques
41
• Contenu G + C
GC
Mol%(G C) 100%
GCAT
– Estimation obtenue à partir de la température de
fusion de l’ADN
– Un pourcentage plus élevé de G + C donne une
température de fusion plus élevée
42
14
Propriétés Moléculaires pour la Classification
43
44
Meéhanogenes
Chlamydia Thermophiles Hyperthermophiles
Extrême
Spirochètes
Protéobacteria Protista
Bactéroïdes
Progénote 45
15
Domaine: Eubacteria
• Procaryote
• Groupe d’organismes le plus vaste sur terre
– Classifiés d’après leurs…
• Forme
• Besoins d’oxygène variés
• Maladies qu’ils causent
– Obtention d’énergie: Photosynthèse ou
chimiosynthèse à partir de composés organiques
46
Les Protéobacteries
48
16
Les Bactéroïdes
49
17
Les Bactéries Atypiques
• Spirochètes
– Forme de tire-bouchon
– Trop minces pour être observés par microscopie
traditionnelle
– Pathogène de la syphilis et de la maladie de Lyme
• Mycobactériums
– Classifiés parmi les bactéries Gram positives au
contenu G + C élevé
– Paroi avec acide mycoïque imperméable aux
colorants
– Pathogènes de la Tuberculose et de la Lèpre 52
Domaine Archaea
• Procaryotes, mais plus étroitement liés aux
eucaryotes
• Paroi sans peptidoglycanes
• Membrane cellulaire distincte des eubactéries
et des eukarya
• Lipides avec des liens éther plutôt qu’ester
53
O O
O O
O O O O
Monocouche Bicouche
54
18
Domaine Archaea - Métabolisme
• Majoritairement des extrêmophiles
– Vivent dans des environnements extrêmes
• Ex. Acidophiles, halophiles, thermophile, psychrophiles
• La plupart ne requièrent pas d’oxygène
• Énergie obtenue par chimiosynthèse en
utilisant des sources d’électrons inorganiques
– Pas de glycolyse
55
• Unicellulaire/multicellulaire
• Paroi cellulaire
• Pas organisé en tissus
• Obtention d’énergie: Chimiosynthèse
– Moisissures, levures et champignons
• Besoin absolu d’oxygène
56
57
19
I. Protistes Semblables aux Animaux
58
Sarcodines – Amibe
Ciliés – Paramécie
Flagellés – Euglène
Sporozoaires – Plasmodium
(Tous des parasites)
59
• Unicellulaire et multicellulaire
• Obtiennent leur énergie par photosynthèse
• Autotrophe - Source de carbone inorganique
• Possèdent une paroi
– Diatomées
– Dinoflagellés Unicellulaire
– Algues vertes
– Algues rouges
Multicellulaire
– Algues brunes
60
20
III. Protistes Semblables aux Champignons
• Moisissures unicellulaires
• Obtiennent leur énergie par chimiosynthèse
• Hétérotrophe- Source de carbone organique
• Motiles
• Possèdent une paroi
– Ex. Mildiou
• Cause de la Grande Famine en Irlande
61
62
• Multicellulaires
• Absence de paroi
• Organisés en tissus
• Besoin absolu d’oxygène
• Obtention d’énergie: Chimiosynthèse
• Obtiennent leurs nutriments par ingestion
– Éponges, vers, insectes, rotifères, vertébrés
63
21
Historique
64
66
22
17e Siècle - Jan Baptista Van Helmont
• Recette
– Contenant ouvert avec sous vêtements souillés +
blé
– Après 21 jours l’odeur change et le ferment
provenant des sous-vêtements réagit avec le blé le
transformant en souris adultes
• Des souris des deux sexes sont créées
• Les souris adultes peuvent se reproduire entre elles
67
Conclusion
68
Temps
69
23
17e Siècle- A. Van Leeuwenhoek
70
71
• Expérience
24
19e Siècle- Louis Pasteur
L. Pasteur-Méthode Expérimentale
Les microorganismes Les microorganismes ne
peuvent atteindre le milieu peuvent pas se rendre
au milieu
74
L. Pasteur-Méthode Expérimentale
Longue période
de temps
Poussière
La poussière et les
microorganismes sont piégés
Bouillir bouillon de culture dans le cou; n’atteignent pas
dans un flacon avec cou le bouillon
de cygne ouvert à l’air ambiant Aucune croissance microbienne
75
25
L. Pasteur-Méthode Expérimentale
Courte période
de temps
76
77
26
Pasteur - Théorie Germinale (suite)
• Observation:
– Des amas de bactéries (colonies) de différentes
grosseurs, couleurs, et formes croissent sur les
tranches de patates à l’air ambiant
Colonies
80
• Conclusion:
– Les colonies sont des cultures pures
originaires de cellules uniques de différentes
bactéries puisqu’une colonie étalée de façon
répétée génère des colonies identiques
81
27
Koch (suite)
• Problème :
– Plusieurs bactéries sont incapables de croître sur
les patates!
• Solution :
– Utilise la gélatine comme agent de solidification
– Créa différents milieux solides à partir de liquides
tels que le sang
82 82
Koch (suite)
• Désavantages de la gélatine
– Elle est digérée par plusieurs microorganismes
– Est liquide à des températures au-dessus de 28oC
• Solution – L’Agar
– Polysaccharide dérivé d’une algue
– Demeure solide à >37oC
– Fond à 100oC
– N’est pas digéré par la majorité des bactéries
83
28
Robert Koch
• Démontre un lien direct entre des germes
spécifiques et une maladie précise:
– 1875 – Identifie le germe responsable de l’anthrax
– 1882 – Découvre le germe responsable de la
tuberculose (TB)
– 1883 – Découvre le germe responsable du choléra
85
86
Postulats de Koch
• Le microorganisme doit être présent dans tous
les cas de maladie, mais absent des organismes
sains
• Le microorganisme suspect doit être isolé et
cultivé en culture pure
• La maladie doit se développer quand le
microorganisme isolé est inoculé dans un hôte
sain
• Le même microorganisme doit être isolé à
nouveau de l’hôte malade
87
29
Limites des Postulats de Koch
89
90
30
Postulats modernes – Moléculaire
92
93
31
20e Siècle- Les Agents Antimicrobiens (Suite)
Croissance bactérienne
Croissance inhibée
Colonie de Penicillium
94
L’Immunologie
32
La Microscopie
Les Colorations
97
Les Colorants
• Basique : Chargés positivement
– Interagissent avec les groupements négatifs
• Ex. Membranes plasmiques
98
Colorations Positives
• Coloration du spécimen
99
33
Colorations Négatives
A. Grand bacille
B. Petit bacille
100
Méthode
• Coloration simple:
– Un seul agent de coloration
– Colorant basique ou acide
– Coloration positive ou négative
– Permets de déterminer la taille, la forme, et
l’arrangement des cellules
101
• Coccus:
– Sphères
– Division sur 1,2 ou 3 plans
– Nombre de plans de division donnent différents
arrangements
– Arrangements typiques de différents genres
bactériens
102
34
Les Cocci (Coccus)
Plans de division Arrangements
Diplococcus
(2)
Streptococcus
(4-20)
Tétrade
(4)
Staphylococcus
(4-50)
103
• Bacilles :
– Bâtonnets
– Division sur seulement 1 plan
– Arrangements typiques de différents genres
bactériens
104
Les Bacilles
Streptobacille
(4 -12)
105
35
Autres Formes Cellulaires
Bâtonnets incurvés
Typique des Vibrio
Spirales
Rouge Mauve
107
36
Paroi Cellulaire
109
+ + + + + + + + + + + + + +
3. Lavage à alcool
37
Méthode - Contre Coloration
+ + + + + + + + + + + + + +
Sommaire
Fixation
Coloration primaire
Violet de cristal
Lavage
Décoloration
Contre coloration
Safranine
113
Gram Positif
• Colorées Mauves
– G + C faible
• Bacille ou bâtonnet
– Sporulants: Genres Bacillus et Clostridium
– Non sporulants: Lactobacillus et Listeria
• Coccus ou sphère
– Genres Streptococcus, Staphylococcus et Micrococcus
– G + C élevé
• Bacille ou bâtonnet
– Genre Mycobactérium
114
38
Gram Négatif
• Colorées Rouges
– Protéobactéries, Bactéroïdes, Chlamydia,
Spirochètes, Cyanobactéries, bactéries
vertes/pourpre sulfureuses, etc.
– Majoritairement des bacilles
– Quelques genres sont des cocci:
• Genres Neisseria, Moraxella, & Acinetobacter
115
• Coloration diagnostique de
Mycobactérium
– Pathogènes de la Tuberculose
et de la Lèpre
– Paroi cellulaire avec acide
mycoïque
116
Méthode
• Principe:
– Contenu élevé de composés similaires aux cires
dans la paroi cellulaire, acide mycoïque, rend ces
bactéries très imperméables aux colorants
117
39
Méthode (Suite)
Coloration de Spores
• Spores:
– Cellule bactérienne différentiée
– Résistante à la chaleur, la déshydratation, les
ultraviolets, et différents traitements chimiques
– Typique des bacilles Gram positifs
• Genres Bacillus et Clostridium
– Conditions défavorables induisent la sporogénèse
• Différenciation de cellule végétative à l’endospore
119
40
Colorations Fluorescentes
• Utilise la lumière UV
• Substance fluorescente
absorbe la lumière UV et
émet de la lumière visible
– Colorants fluorescents
• Colorants vitaux
• Colorants métaboliques
– Anticorps conjugué
• Immunofluorescence
121
Métabolisme
actif Inactif
123
41
Immunofluorescence
124
Anatomie Bactérienne
125
Dimensions
• 1-4m
– Rapport élevé de la superficie par rapport au
volume
• Favorise la diffusion et l’absorption
– Prise de nutriments et élimination de déchets
– Croissance rapide
– Densité cellulaire élevée
126
42
Membrane Plasmique
• Propriétés et Fonctions
– Recouvre toute la cellule
• Approx. 8nm d’épaisseur
– Sépare l’extérieur de l’intérieur
– Barrière sélective
– Permet la concentration de certains composés
– Permets l’excrétion des déchets
– Lieu de plusieurs processus métaboliques
• ex. Respiration
– Lieu de génération d’ATP
127
128
Membrane Plasmique
• Frontière de Perméabilité
– Maintien l’environnement cellulaire interne:
• Hypertonique
– Problème:
• Comment la cellule obtient-elle des nutriments?
129
43
Perméabilité de la Membrane
130
Passage Passif
• Passage de molécules au travers de la membrane sans
investissement d’énergie
• Taux de passage est une fonction du gradient de
concentration
• Ne peut pas opérer contre un gradient de
concentration
• Ne peut pas créer un gradient de concentration
• Deux types:
– Diffusion passive
• Indépendant d’un transporteur
– Dépendant de la perméabilité membranaire
– Diffusion facilitée
• Dépendant d’un transporteur
– Indépendant de la perméabilité membranaire
131
Diffusion Passive
132
44
Cinétique de la Diffusion Passive
133
1/2 vmax= Km
Transport - Actif
135
45
Cinétique du Transport Actif
1/2 vmax= Km
137
Les Transporteurs
• Protéines amphipathiques
• Protéines transmembranaires (Intégrale)
– Porines
– Uniporteur
– Symporteur
– Antiporteur
• Utilisés pour le transport…
– Facilité
– Actif
– Translocation de groupe
138
46
Porines
• Structures dans la membrane
externe des bactéries Gram-
négatives
• Diffusion facilitée de composés
de faibles poids moléculaires
• Canaux pour petites molécules
hydrophiles
• Trimères protéiques
• Semi-sélectives
– Taille
– Propriétés ioniques
139
Les UNIporteurs
• Sélectif
• Utilisé pour diffusion facilitée ou transport actif
140
Les SYMporteurs
• Sélectif
• Utilisé pour diffusion facilitée ou transport actif
141
47
Les ANTIporteurs
• Sélectif
• Utilisé pour diffusion facilitée ou transport actif
142
Sommaire
Transporteur - + + +
Travail contre
Non Non Oui Oui
gradient
Spécificité Non Oui Oui Oui
ADN
Capsule
Paroi
Membrane Flagelle
Ribosomes
Fimbriae
144
48
Paroi Cellulaire
• Fonctions:
– Résister à la pression osmotique causée par
l’entrée d’eau
• Osmose (Diffusion passive de l’eau)
– Confère la forme cellulaire
Lipide A
LPS
Porine
Acide Mycoïque
146
NH
Ala
Glu
Ala 147
49
La Paroi - Couches Multiples de Polymères
de Peptidoglycanes
• Gram négatifs
– 1-2 couches
• Gram positifs
– 10-30 couches
148
ala
ala
glu
DAP
DAP
glu
ala
ala
ala
ala
glu
gly lys
lys gly
gly glu
ala gly
gly
ala
50
Assemblage de la Paroi
151
Acide techoïque
Lipopolysaccharides
Porines
Lipide A
Phospholipides
Couche épaisse
Mince couche de de peptidoglycanes
peptidoglycanes
Espace
périplasmique
Membrane plasmique Membrane plasmique
Bicouche lipidique Bicouche lipidique
152
51
Composés qui Agissent sur la Paroi
• Le Lysozyme
– Clive les liens ß-1-4 entre la N-glucosamine et
l’acide acétyle-muramique
– Mode d’action semblable aux autolysines
– Agit sur les bactéries en croissance ou en absence
de croissance
154
Couche LPS
• Caractéristiques :
– Membrane externe seulement chez bactéries
Gram négatives
– Lipopolysaccharides impliqués dans le pouvoir
pathogène
• Lipide A
– Imperméable aux grosses protéines,
polysaccharides et H+
155
Glycocalyx
• Couche de polysaccharides ou polypeptidique qui
entoure la cellule
– Aussi appelée polysaccharide extracellulaire (PSE)
• Faite à l’intérieur de la cellule puis sécrété
• Deux types:
1. Couche visqueuse
– Faiblement organisée et attachée
2. Capsule
– Hautement organisée et fermement attachée
• Fonctions:
• Protège contre l’assèchement
• Protège contre la phagocytose
• Permet l’adhésion
• Résistance à l’environnement
156
52
Glycocalyx - Capsule
• PSE fermement attachée à la
paroi cellulaire
• Permet l’adhésion aux surfaces
• Protection contre la phagocytose
– Facteur de virulence
157
158
Fimbriae
159
53
Pouvoir Pathogène des Fimbriaes
160
Motilité Bactérienne
• Glissement
– Petites particules de protéines rotatives
(roulement à billes) ou sécrétion de surfactants
• Nage
– Flagelles
• Longs appendices rigides et minces composés d’un
polymère d’une protéine; la flagélline
161
Structure du Flagelle
Filament Filament
Crochet
Membrane externe
Peptidoglycane
Peptidoglycane
Espace périplasmique
162
54
Motilité Bactérienne (Suite)
163
• Magnétosomes-Bactéries Magnétotactiques
– Chaînes de particules magnétites
• Fe3O4
– Chaque particule représente un aimant miniature
– Permettent de s’orienter vers les pôles
164
165
55
Paroi Cellulaire
Membrane Plasmique
167
Cytosquelette
168
56
Motilité Eucaryote
• Flagelles et Cils
– Cylindres flexibles
– Composés de tubuline
• Extension du cytosquelette
• Recouverts de la membrane
plasmique
169
Organites Eucaryotes
• Architecture:
– Compartiments enveloppés de bicouches
lipidiques
Mitochondrie/Chloroplaste Synthèse d’ATP
Noyau Génome
Appareil de Golgi Transport-Export
Réticulum endoplasmique Synthèse de protéines
Lysosome Digestion
170
La Nutrition
Macronutriments requis pour la biosynthèse:
C,H,N,O,P,S 171
57
Le Carbone
• Requis pour la synthèse de tous les organiques
– Glucides
– Lipides
– Protéines
– Acides nucléiques
• Sources
– Organiques
• Monosaccharides, disaccharides, polysaccharides,
protéines, lipides, acides nucléiques, phénols, etc.
– Inorganiques
• CO2 et CO
172
Le Phosphore
173
L’Azote
174
58
Le Soufre
175
L’Hydrogène et l’Oxygène
• Requis pour la synthèse de tous les organiques!!
– Glucides
– Lipides
– Protéines
– Acides nucléiques
• Sources:
– Organiques:
• Tout composé organique
– Inorganiques:
• H2 (Méthanogènes seulement)
• H2O (Principalement les autotrophes)
176
Classification Nutritionnelle
• Source de Carbone
– Hétérotrophes :
• Molécules organiques préformées
– Autotrophes:
• Molécules inorganiques
– CO2 et CO
177
59
Classification Nutritionnelle (Suite)
• Sources d’énergie
– Phototrophes:
• Lumière
– Chimiotrophes:
• Oxydation de composés organiques et inorganiques
• Sources d’e-
– Organotrophes:
• Molécules organiques réduites
– Lithotrophes:
• Molécules inorganiques réduites
178
Types Nutritionnels
• Nomenclature:
– Source de Carbone-d’Énergie-d’Électrons
• Ex. Autotrophes photolithotrophes
• Hétérotrophes photoorganotrophes
• Autotrophes chimiolithotrophes
• Hétérotrophes chimioorganotrophes
179
Besoin de nutriments
60
Production d’Énergie
e-
B B e-
B accepte des électrons d’A (ou oxyde A)
181
Redox Vs Énergie
A
Eo: -0.5
↑Eo = ↑Énergie = ↑d’ATP
ΔEo
B
Eo: +0.5
61
Production d’Énergie (suite)
• Oxydatif-Respiration
– Aérobie
• O2 utilisé comme capteur final d’e-
– Anaérobie
• Capteur final d’e- inorganique autre que O2 utilisé
• Fermentation
– Capteur final d’e- organique utilisé
184
• Sentiers glycolytiques
• Respiration
• Fermentation
• Chiomolithotrophie
• Photosynthèse
185
Sentiers Glycolytiques
• Glycolyse:
– Plus commun des sentiers glycolytiques
– Oxydation partielle du glucose au pyruvate
– Production nette de 2 ATP
– 2 NAD sont réduits au NADH
186
62
Respiration
• Caractéristiques
– Pyruvate est complètement oxydé au CO2
– NADH est oxydé au NAD
• Essentielle pour continuer l’opération des sentiers
glycolytiques
– Utilise un accepteur d’électron inorganique
• Respiration aérobique: Capteur final d’e- O2
• Respiration anaérobique : Substance inorganique autre
qu’O2 utilisée en tant que capteur final
– Ex. nitrate, nitrite, sulfate
– ATP additionnels sont faites
Respiration-Cycle de Krebs
• Sommaire/1 molécule de pyruvate:
– Équivalences d’énergie
• 1 ATP
– Équivalences de réduction
• 4 NADH
• 1 FADH 4C
– Intermédiaires biosynthétiques de 4C
• α-kétoglutarate
• Succinate
• Oxaloacétate
188
• Respiration aérobie:
– Capteur final d’e-: O2
– 3 ATP/NADH
– 2ATP/FADH
• Respiration anaérobie:
– Capteur final d’e- autre
que O2
• NO3, NO2, SO4, etc.
189
63
Fermentation
• Caractéristiques
– Pyruvate est réduit à des acides organiques ou
alcool
– Capteur final d’e- est organique
– NADH est oxydé au NAD:
• Essentielle pour continuer l’opération des sentiers
glycolytiques
– O2 n’est pas requis
– Aucun ATP additionnel de faits
– Des gaz (CO2 et/ou H2) peuvent être relâchés
Fermentation - Lactique
Fermentation - Éthanolique
64
Chimiolithotrophie
• Caractéristiques
– Utilise un donneur d’e- inorganique réduit
• Ex. Nitrite, soufre, hydrogène
– Les e- sont passés au travers d’un sentier de
transport d’électrons
• Couplé à la synthèse d’ATP et NADH
– Les e- sont utilisés pour réduire un capteur final d’e-
• O2 → H2O ou CO2 → Méthane
– ATP et NADH sont utilisés pour convertir le CO2 à des
sucres
• Cycle de Calvin - autotrophes
Chemolithotrophie – CTE
168
Photosynthèse
• Caractéristiques:
– Donneur d’e- réduit un pigment photosynthétique
– L’énergie lumineuse rend le potentiel redox du
pigment photosynthétique réduit plus négatif
– Les e- sont passés au travers d’un sentier de
transport d’électrons
• Couplé à la synthèse d’ATP
– Les e- sont utilisé pour réduire un capteur final d’e-
– ATP est utilisés pour convertir le CO2 à des sucres
• Cycle de Calvin - autotrophes
195
65
Photosynthèse – 2 Types
• Anoxygénique - Cyclique
– Donneur d’e-: Organique ou inorganique (H2S, S ou H2)
– Capteur final d’e- : Pigment photosynthétique oxydé
• Oxygénique- Non-cyclique
– Donneur d’e-: H2O
• H2O + Pigox → ½ O2 + Pigred
– Capteur final d’e- : NAD ou NADP
196
Photosynthèse Anoxygénique
-1.0
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
Cyt
+0.0
Cyt
e e
Donneur d’e-
+0.25 H2S, S, H2
e e
Pigment
capteur P870
oxydé
+0.5 197
Photosynthèse Anoxygénique
-1.0 e e
P870
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
Cyt
+0.0
Cyt
+0.25
+0.5 198
66
Photosynthèse Anoxygénique
-1.0
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
Cyt
+0.0 e e
Cyt
+0.25
P870
+0.5 199
Photosynthèse Anoxygénique
-1.0 P870
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
+0.0 Cyt
Photosynthèse Oxygénique
-1.0 P700
-0.5 ch
P680
-0.25 ch Cyt
EoV
Cyt Cyt
+0.0
Cyt P700 NADP
+0.25 ou
H2O NAD
P680
+0.5 1/2 O2+ 2H 201
67
Comparaison des Photosynthèses
Non cyclique Cyclique
202
203
La Complexité Nutritionnelle
204
68
Milieux Complexes
205
206
Milieux Sélectifs
207
69
Milieux Différentielles
• Permettent de distinguer différentes espèces
• Contiennent souvent des indicateurs de pH
– Permettent de distinguer différents métabolismes
Production d’alcalins
change le milieu au Production d’acide
rouge change le milieu au
jaune
208
Paramètres Environnementaux
• Exigences d’oxygène
• pH
• Température
• Concentration de solutés/Disponibilité d’eau
209
Exigence d’Oxygène
• Aérobie:
– Besoin absolu d’oxygène pour survivre
– L’oxygène est utilisé comme capteur final
d’électron
– L’oxygène est utilisé par les bactéries qui utilisent
un métabolisme d’oxydation ou de respiration
aérobie
• Microaérophilie:
– Besoin absolu d’oxygène à de faibles
concentrations
– Concentrations élevées sont nocives
210
70
Exigence en Oxygène (Suite)
• Anaérobie/Aérotolérant:
– L’oxygène est toléré, mais n’est pas requis
• Anaérobies facultatives:
– Besoin d’oxygène facultatif
– Peuvent choisir d’utiliser l’oxygène ou non
– Possèdent un métabolisme oxygène-dépendant et un
métabolisme oxygène-indépendant
• Anaérobies stricts ou obligatoires:
– L’oxygène n’est pas utilisé ni toléré; ne peuvent pas
survivre en présence d’oxygène
211
La Température
• Les microorganismes sont poikilothermique
– Ne contrôlent pas leur température
• Différentes espèces ont différents optimums
212
pH
213
71
Contrôle du pH
214
Soluté
aw (Externe) aw (Interne)
Pourquoi? 215
216
72
Osmose – Diffusion de L’eau
217
Contrôle de l’aw
218
219
73
Le Suffixe “phile” Vs “tolérant”
• -phile
• Suffixe “phile” décrit condition optimale où le microbe
peut croître à une vitesse maximale
– Ex. Thermophile: la croissance du microbe se fait à vitesse
maximale à une température élevée et non faible
• -tolérant
• Suffixe “tolérant” décrit une condition non optimale où
le microbe peut survivre
– Il n’y a pas de croissance ou la croissance se fait à une vitesse
réduite
» Ex. Thermotolérant: le microbe survit à des températures
élevées, mais préfère des températures plus faibles
220
La Croissance Bactérienne
221
Croissance Bactérienne
222
74
Fission Binaire
• Reproduction asexuée
– Réplication d’ADN élongation cellulaire
formation du septum septum complété et
formation de la paroi séparation cellulaire et
formation de cellules filles
• La quantité de toutes les molécules double : protéines,
ADN, ARN, lipides pour les membranes, matériaux de la
paroi, etc.
• Tout est distribué de façon quasi égale
223
ADN
Réplication
ADN
Élongation
cellulaire
Une génération
Formation du septum
Formation du
septum complété et
synthèse de la
paroi
• Système FERMÉ
– Aucun ajout de nouveaux nutriments
– Pas d’élimination des déchets
– Les cellules ne sont pas retirées
• Ex. Production de yogourt, fermentation de la bière,
infection sanguine
• La densité cellulaire augmente jusqu’à ce que
quelque chose devienne limitant
225
75
Profil de Croissance en Culture Discontinue
Latence Exponentielle Stationnaire Mortalité
Log10 du nombre de cellules
Temps
Inoculation (Temps = 0) 226
227
76
Division Exponentielle
1er doublement
2e doublement
3e doublement
4e doublement
Division Exponentielle
Temps Nombre de Nombre de Temps Nombre de Nombre de
(h) générations (n) cellules (N) (h) générations (n) cellules (N)
0 0 1 (20) 4.5 9 512 (29)
0.5 1 2 (21) 5 10 1024 (210)
1 2 4 (22) 5.5 11 2048 (211)
1.5 3 8 (23) 6 12 4096 (212)
2 4 16 (24) 6.5 13 8192 (213)
2.5 5 32 (25) 7 14 16384 (214)
3 6 64 (26) 7.5 15 32768 (215)
3.5 7 128 (27) 8 16 65536 (216)
4 8 256 (28) 8.5 17 131072 (217)
230
• Temps de génération: g
– Temps requis pour que le nombre de cellules double
• g = Δt/n
• Nombre de division : n
– Nombre de fois que le nombre de cellules double
• N = No (2n)
• Taux de croissance: µ
– Taux auquel le nombre de cellules change en
fonction du temps
• µ = ln2/g 231
77
Calcul
232
Calcul
• E. coli a un temps de génération de 20
minutes. Si vous commencez avec 1 cellule
d’E. coli combien en aurez-vous après 2
heures?
• Après 5 heures?
233
Calcul
• Si vous commencez avec une cellule, combien de cellules
aurez-vous après 4 générations?
– No= Nombre de cellules initiales
– N = Nombre de cellules après n générations
– n = nombre de générations
• Formule : N= No(2n)
• N = 1 (24) = 16 cellule
• Combien de cellules auriez-vous si vous aviez commencé
avec 100 cellules?
• Combien de cellules auriez-vous après 5 générations si
vous aviez commencé avec 100 cellules?
234
78
Paramètres de Croissance à partir d’un
Graphique
Tracé Arithmétique Tracé Logarithmique
140000 1000000
120000
100000
Nombre de cellules
Nombre de cellules
100000
10000
80000
1000
60000
100
40000
10
20000
0 1
0 2 4 6 8 10 0 2 4 6 8 10
235
237
79
Déterminer le Temps de Génération
Méthode 1:
• Choisir deux points qui représentent
un doublement du nombre de
cellules
• Ex. 10 et 20
• Déterminer l’écart de temps
g Méthode 2:
• Choisir n’importe quel deux-points et
déterminer les coordonnés. (Nombre
de cellule et temps)
• Calculer n pour l’écart de temps
• Calculer g: Δt/n
238
Phase Stationnaire
• Arrêt de la croissance cellulaire
• Population n’est plus en équilibre
• Arrêt en raison d’un manque de nutriments,
d’oxygène ou à une accumulation excessive de
déchets, etc.
• Représente le rendement de croissance maximal
sous les conditions données
– Yg : Masse de microorganismes formés/Masse (g) de
substrat consommé
– Ym: Masse de microorganismes formés/mole de
substrat consommé
239
Phase de Mortalité
240
80
Mesures de Croissance
241
Mesure de la Turbidité
242
Mesure de la Turbidité
• Spectrophotomètre (A600):
– Mesure de la Densité Optique (D.O.)
Lumière
Détecteur…. lecture
600nm
Lecture différente
243
81
D.O. 600nm % Transmission
2.0 0
1.0 50
0 100
Densité cellulaire 244
•Avantages:
– Rapide
• Désavantages:
– Mesure relative
– Ne distingue pas vivant de mort
– Ne distingue pas bactéries de détritus
– Ne distingue pas entre différents types de
microbes
245
Comptes Directs
246
82
Hématimètre
247
1mm
Profondeur: 0.1mm
1mm
83
• Avantages:
– Rapide
– Culture pas nécessaire
– Aucune info préalable nécessaire
• Désavantages:
– Ne distingue pas vivant de mort
– Difficile de distinguer bactéries de détritus
250
Problème
Comptes Viables
• Cellule viable: une cellule capable de se diviser et
de générer une population (ou colonie)
1. Un compte viable est fait en diluant l’échantillon
original
2. Étaler des échantillons des dilutions sur un milieu de
culture approprié
3. Incuber sous les conditions appropriées pour
permettre la croissance
• Des colonies sont formées
4. Les colonies sont comptées et le nombre original de
cellules viables est déterminé en fonction de la
dilution
84
Dilution d’un Échantillon de Bactéries
85
Dilution d’un Échantillon de Bactéries
5672 57 4
Comptes Viables
86
Compte Viable
• Avantages:
– Dénombre les microorganismes viables
– Peut distinguer différents microorganismes
• Désavantages:
– Pas de milieu universel
– Nécessite la croissance du microorganisme
– Seulement les cellules vivantes génèrent des colonies
– Des amas ou des chaînes de cellules génèrent une
seule colonie
259
Méthodes
87
Terminologie
• Nettoyage
– L'élimination des souillures adhérentes visibles (le
sang, les protéines et les débris), de la poussière
ou des autres corps étrangers par un processus
manuel ou chimique
• N’implique pas la présence ou l’absence de
microorganismes
– Propreté Stérilité
262
Désinfection
Autres Définitions
• Contamination
– Contaminant:
• Présence non intentionnelle d’un microorganisme
– Décontamination:
• Opération visant à réduire ou éliminer un contaminant
– Sanitaire: Réduire le niveau de contamination
microbienne pour prévenir la transmission dans
les établissements publics
• Les restaurants, les salles de bains, etc.
264
88
Facteurs qui Influencent l’Efficacité
• Charge microbienne
– Nombre de microbes
• Environnement
– Présence de matières organiques
– Concentration de l’agent
– Température
– pH
• Durée d’exposition
265
• Caractéristiques microbiennes
– Glycocalyx
– Biofilms
– Paroi cellulaire
– Résistances
– Spores
266
Ordre de Sensibilité
Virus lipophiliques Plus sensible
(Avec bi-couche lipidique, Virus enveloppé)
Bactéries Gram positives (cellules végétatives)
Bactéries Gram négative
Fungi
Virus hydrophiles (non enveloppé, virus nu)
Mycobactéries (Mycobacterium tuberculosis)
Spores bactériennes Plus résistant
267
89
Désinfectants et Antiseptiques
• Caractéristiques idéales
– Spectre d’action large
– Puissant
• Faible quantité requise pour une efficacité élevée
– Faible niveau de toxicité chez les humains
– Non corrosif
– Stable
– Hydrophile et hydrophobe
– Tension de surface faible
– Sans odeur ou avec une odeur agréable
268
269
270
90
Les Phénols et Phénoliques
• Phénol (acide carbolique)
– Utilisé pour la première fois par Lister
– Rarement utilisé, car c’est un irritant avec une forte odeur
• Phénoliques: Dérivés chimiques du phénol
– Crésols: Lysol
– Bisphénols
• Utilisé dans les centres hospitaliers
• Dénature protéines et détruit membranes
• Bactéricide, fongicide, sporicide
• Très toxique
• Caustique
• Antiseptique/désinfectant
271
Exemples de Phénoliques
O-phénylphénol
Thymol
Triclosan Turpinéol
272
Les Alcools
273
91
Les Halogènes
• Quatre membres :
– L’iode
– Chlorure
– Bromure
– Fluore
• Bactéricide, fongicide et virucide
• L’iode inactive les protéines en interagissant
avec les liens disulfures
• Le chlorure, le bromure et le fluore sont des
agents oxydants puissants 274
Agents Oxydants
275
Agents Oxydants
276
92
Métaux Lourds- Hg, Ag, Zn, Cu
Les Aldéhydes
278
Les Surfactants
• Savons
– Sels de sodium ou de potassium d'acides gras
– Efficace pour l'élimination des microbes d'une
surface par des moyens mécaniques
– Inefficace comme antimicrobien
279
93
Les Surfactants
• Détergents
– Composés organiques chargés positivement
– Ex. Composés d'ammonium quaternaire
– Dissout les membranes lipidiques
– Bactéricide, fongicide, et virucide contre les virus
enveloppés
– Inefficaces contre les spores et virus nus
280
282
94
Évaluation de l’Efficacité d’un Désinfectant
283
Définition
• Stérilisation
– Tuer ou retirer toutes les formes de vie
microbienne (y compris les endospores)
• La méthode la plus couramment utilisée pour la
stérilisation est l’utilisation de la chaleur
• Stérilisation commerciale
– Traitement thermique qui tue les endospores de
Clostridium botulinum, l'agent causal du
botulisme, dans les aliments en conserve
• Ne tue pas les endospores des bactéries thermophiles
qui ne sont pas pathogènes
285
95
Modes de Stérilisations à la Chaleur
• Chaleur humide
– Tue les microbes par la dénaturation des protéines
• Ébullition (100oC)
• Pasteurisation (65 - 140oC)
• Autoclave (121oC)
• Chaleur sèche
– Tue par oxydation
• Four Pasteur (121 - 250oC)
• Incinération (870 - 1200oC)
286
Ébullition
287
Pasteurisation
96
Autoclave
289
97
Profil de Mortalité Thermique
Profil Arithmétique Profil Logarithmique
150000 1000000
Nombre de cellules
Nombre de cellules
100000
100000 10000
1000
50000 100
10
0 1
0 5 10 15 20 0 5 10 15 20
Temps (Min.) Temps (Min.)
Paramètres de Mortalité
100000
10000
1000
100
10
1
0 5 10 15 20
Temps (Min.)
293
Calculs de la Mortalité
100000
• Pente négative 10000
1000
• T: durée de temps 0 5 10
Temps (Min.)
15 20
294
98
Exemple
295
100000
10000
Nombre de cellules
1000
100
10
1
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
Temps (Min.)
296
• Valeur Z
– Changement de température requis pour changer
la valeur D d’un log
– Changement de température requis pour changer
la valeur D d’un facteur 10
– Formule: │ Z │ = (T1-T2)/(logD1-logD2)
• T: Température
• D: Temps de réduction décimal
297
99
Déterminer Z à partir d’un Graphique
298
Relation entre D et Z
• Si Z =10oC
– Chaque changement de température d’un
incrément de 10oC change la valeur D par un log
– Donc si D à 110oC = 10 minutes
• À 120oC serait = à 1 minute
• À 130oC serait = à 0.1 minute
• À 140oC serait = à 0.01 minute
– Quelle serait la valeur D à 80oC?
299
Problème
• La valeur Z d’un organisme est de 2oC. Si 18
min sont requises à 75oC pour réduire la
population de 109 à 106; à quelle température
est-ce que cet organisme devrait être assujetti
pour arriver au même résultat en 10.8
secondes?
• 18 minutes = 1080 secondes
– Donc pour passer de 1080 à 10.8= 2 log
– 2 log = 2Z = 4oC
– Puisqu’on veut réduire le temps, on doit
augmenter la température de 4oC
– Donc 75 + 4 =79oC 300
100
Point de Mortalité Thermique (PMT)
• Température minimale pour réduire à moins qu’une
bactérie en 10 minutes
• Ex. Quel est le PMT d’une culture qui contient 108 cellules?
– Calculer facteur d’inactivation désiré : 108/0.99 = 108
– Calculer le nombre de réductions décimales désirées : 8D
» Donc 8D = 10 minutes ou D = 1.25 minute
– Déterminer d’après le graphique du niveau de sensibilité la
température qui correspond à la valeur D désirée
301
Déterminer le PMT
302
303
101
Stérilisation par Rayonnement
3. Rayonnements micro-ondes:
• Causent le réchauffement des molécules d'eau
– Peuvent tuer les cellules végétatives dans les aliments humides
– Endospores, qui ne contiennent pas d'eau, ne sont pas
endommagées
– Inefficaces sur les aliments solides
» Pénétration inégale
304
Filtration
305
Filtration
306
102
Contrôle de la Croissance Microbienne
In Vivo: l’Antibiothérapie
307
• Antibiotique ou Antibactérien
– Contre les bactéries
• Antifongique
– Contre les champignons
• Antiviraux
– Contre les virus
308
• Définitions:
– Littérale: Anti (contre) biotique (la vie )
– Ancienne déf.: Tout composé fabriqué par un
microorganisme qui inhibe ou tue les bactéries
– Nouvelle déf.: Tout composé qui inhibe ou tue les
bactéries
309
103
Caractéristiques Désirées
310
L’Indice Thérapeutique
312
104
Spectres d’Actions
• Étroit:
– Efficacité restreinte à certains types de
microorganismes
• Ex. Agit seulement contre les Gram -
• Large:
– Efficace contre une grande diversité de
microorganismes
• Ex. Agit sur les Gram + et -
313
Synthèse d’ARN
Transcription Les macrolides
Métabolisme
A B
Traduction Synthèse des protéines
Les aminoglycosides
Les macrolides
Les tétracyclines
Le chloramphénicol
Les sulfamides
314
Modes d’Action
Compte direct
Compte viable
Temps
• Bactériostatique • Bactéricide • Bactériolytique
– Inhibe croissance – Tue – Tue
– Non létal – Irréversible – Lyse cellulaire
– Réversible – Irréversible
315
105
Les Bêta-Lactamines
• Bactériolytiques
• Inhibent la synthèse de la paroi cellulaire
• Inhibe la transpetidation
– Agissent seulement sur bactéries en croissance! 316
Les Bêta-Lactamines
Pénicillines Céphalosporines
Carbapénèmes Monobactames
317
318
106
Les Monobactames & Carbapenems
• Monobactames
– Spectre très étroit; inutile contre les Gram positifs
et les anaérobies
• Carbapénemes – dernière génération des
bêta-lactamines
– Spectre très large
– Efficace contre Gram positifs, négatifs, anaérobies
et aérobies
319
320
Les Quinolones
• Bactéricides
– Inhibent la synthèse de l’ADN
– Spectre large
– Effets secondaires:
• Troubles sévères gastro-intestinaux
– Ex. Ciprofloxacin
321
107
Les Tétracyclines
• Bactériostatique
– Inhibe synthèse protéique
– Spectre large
– Effets secondaires:
• Toxicité hépatique
• Toxicité rénale
• Déficience vitaminique
322
Les Macrolides
• Bactériostatiques
– Inhibent synthèse protéique
– Spectre étroit
– Effets secondaires
• Diarrhée
• Dommages hépatiques
– Ex. Érythromycine & Clarithromycine
323
Les Aminoglycosides
• Bactéricides
– Spectre étroit
– Inhibent synthèse protéique
– Haut niveau de toxicité
– Effets secondaires:
• Allergies
• Dommages rénaux
• Surdité
• Ex. Gentamycine, streptomycine
324
108
Chloramphénicol
• Bactéricide
– Spectre étroit
– Inhibent synthèse protéique
– Effets secondaires:
• Seulement utilisés en cas extrêmes
• Toxicité hématologique
325
Antibiotiques Peptidiques
326
Vancomycine et Bacitracine
109
La Polymixine B
328
Antifongiques Topiques
• Dérivés d’imidalzole:
– Miconazole, Clotrimazole, Cétoconazole
• Cible et modes d’action:
– Extraction des stérols de la membrane plasmique
– Inhibe la synthèse de la membrane plasmique
– Indice thérapeutique faible
329
Antifongiques Systémiques
110
Thérapies Antimicrobiennes
• Empirique
– L’organisme infectieux est inconnu
– Antibiotique à spectre large préconisé
• Définitive
– L’organisme infectieux a été identifié
– Une thérapie spécifique est choisie
– Antibiotique à spectre étroit préconisé
• Prophylactique ou préventive
– Prévenir une infection initiale ou la réinfection
331
Le Choix d’Antibiothérapie
332
Le Site d’Infection
111
La Susceptibilité: Essai de Kirby-Bauer
• Gélose inoculée avec la bactérie test
• Disques imprégnés d’antibiotiques sont placés sur
la gélose
• Un gradient de concentrations
est créé par la diffusion de
l’antibiotique dans le milieu
• Suite à l’incubation, les zones
d’inhibitions sont mesurées
• Les tailles des zones sont comparées à celles
établies pour déterminer si l’organisme est
susceptible ou résistant
334
E-test
Croissance bactérienne
335
E-test
336
112
Déterminer l’Efficacité
d’antibiotique
CMI=12μg/ml
27mm = au CMI
< 27mm = Conc. > CMI
> 27mm = Conc. < CMI
338
339
113
Concentration des Antibiotiques In Vivo
Cmax
Concentration
t
CMI
Creux
Cmin
Dose 2 Dose 3
Dose 1 Temps
• Cmax: Concentration maximale atteinte pour une dose donnée
• Cmin: Concentration minimale atteinte entre les doses
• t: Durée de temps pendant lequel la concentration est maintenue au-
dessus du CMI
340
La Susceptibilité In Vivo
• Pathogène sensible
– CMI est plus bas que Cmin
• Pathogène résistant
– CMI est plus élevé que Cmax
• Pathogène de sensibilité intermédiaire
– CMI se situe entre Cmin et Cmax
• Combinaison d’antibiotiques recommandée
341
Exemple
342
114
Mode d’Action des Antibiotiques In Vivo
344
Lacunes de l’Antibiothérapie
345
115
La Résistance aux Antibiotiques
•346
346
Conséquences de l’Antibiothérapie
• Traitement d’un organisme envahisseur
– Une vie est sauvée
• Établissement d’une pression sélective
– Si le microorganisme envahisseur ne développe
pas une résistance, il meurt
– 1945- A. Fleming averti que l’utilisation
inappropriée de la pénicilline mènera à la
sélection de bactéries résistantes
• Quelques années plus tard les premières souches
résistantes apparaissent
347
116
Raisons pour la Consommation Élevée
• Le patient
– Désire un traitement rapide
– Publicité
• Le médecin
– Désire de satisfaire le patient
– Éviter poursuite judiciaire
– Coût
• L’antibiothérapie est moins chère que d’autres tests et
traitements
• Industrie
– Publicité et pression des compagnies pharmaceutiques
349
350
Résistance Acquise
351
117
Comment les Résistances sont-elles Acquises?
352
En présence d’antibiotique
Bactéries résistantes
Bactérie sensibles meurent
sont prédominantes
353
Mécanismes de Résistances
• Imperméabilité:
– Nombre réduit de porines
– Création de biofilmes
• Inactivation:
– Protéines qui lient et inactivent l’antibiotique
• Transport:
– Pompe l’antibiotique à l’extérieur
• La concentration interne est plus faible que le CMI
• Dégradation de l’antibiotique
• Modification de la cible
– L’antibiotique ne peut plus se lier à la cible
354
118
Transfère des Résistances
355
119
Mécanismes de Transfert- Conjugaison
• Bactérie donneuse avec pilus
• Accouplement avec bactérie réceptrice
• Transfert d’ADN
• Recombinaison
• Multiplication
359
Combinaisons d’Antibiotiques
360
120
Résultat de la Thérapie de Combinaison
361
362
Alternatives à l’antibiothérapie
Probiotiques et la phagothérapie
363
121
Probiotiques
364
122
Probiotiques: Utilisations Suggérées
367
Aliments Probiotiques
368
Phagothérapie
369
123
Bactériophages vs les Antibiotiques
370
Désavantages de la Phagothérapie
371
Virologie
•372
372
124
Caractéristiques des Virus
• Parasite obligatoire
• Incapable de se multiplier de façon
indépendante
• Génome ADN ou ARN
• Absence d’ADN et d’ARN ensemble dans le
même virion
• Génomes englobés d’une coque protéique
373
Anatomie du Virion
Enveloppe
Capside
Spicule
Acide
Nucléique Capside
ADN ou ARN
Acide
a. Virus nu Nucléique
ADN ou ARN
b. Virus enveloppé
374
La Capside
• Coque protéique qui englobe le génome
• Protège le génome de conditions physiques,
chimiques et enzymatiques
• Possède des protéines réceptrices (spicule) qui
permettent la reconnaissance et l’attachement à
la cellule hôte
• Chez certains virus, la capside est enveloppée
d’une bicouche lipidique
– Possède des enzymes ou récepteurs (spicules)
nécessaires à l’attachement et à la pénétration
375
125
Génomes
376
• Groupes
– I. (bc ADN)
– II. (mc ADN)
– III. (bc ARN)
– IV. (+ mc ARN)
– V. ( - mc ARN)
– VI. (ARN rev. trans.)
377
Taxonomie Virale
378
126
Exemple de Taxonomie Virale: Herpesvirus
• Classification:
– Herpesviridae (Famille)
– Herpesvirus (Genre)
– Herpes simplex type 1 / type 2 (Espèce)
• Structure:
– non-seg., lin., ADN db , hélicoïde, env.
379
380
• Attachement -Tropisme
• Pénétration
• Dénudation + Décapsidation
• Réplication du génome
• Transcription <-> Traduction
– Synthèses d’ARNm et de protéines
• Assemblage
• Relâchement
381
127
Récepteur viral
Attachement
Récepteur
Décapsidation cellulaire
Réplication
Synthèse protéique
Encapsidation
382
Attachement et Pénétration
Intérieur
Attachement et Pénétration
384
128
Attachement et Pénétration
• Virus Enveloppé
– Attachement au récepteur
– Endocytose du virus env.
– Dénudation
– Libération du génome
385
Attachement et Pénétration
• Virus Enveloppé
– Attachement au récepteur
– Fusion de l’enveloppe
– Pénétration de la
nucléocapside
– Libération du génome
386
Réplication du Génome
• Générer des copies du génome original
– ADN ou ARN double brin = 2 brins; 1+ et 1-
• Chaque brin sert de matrice pour la fabrication du brin
opposé
– ADN ou ARN simple brin = 1 brin; + ou –
• La synthèse d’une copie conforme à l’original requiert la
synthèse du brin de polarité opposée!!
– + - + ou - + -
– + + ou - -
387
129
Enzymes de la Réplication
388
389
390
130
Réplication des Génomes ADN (Suite)
391
392
ARN – (Matrice)
Transcription
par PRRd
ARN + (Génome ou ARNm)
393
131
Réplication de Génomes ARN Nég.
ARN virale
Génomique ARN- (Matrice)
Transcription PRRd (Présente dans le virion)
ARN+
Transcription PRRd
ARN- (Génome)
394
• Transcription
– Générer les ARNm viraux
• Petits et grands virus ADN – Procédé cellulaire
– Polymérase ARN ADN dép. cellulaire
– Brin nég. d’ADN transcrit en ARNm (pos.)
• Très grands virus ADN – Procédé viral
– Polymérase ARN ADN dép. virale
– Brin nég. d’ADN transcrit en ARNm (pos.)
396
132
Transcription <-> Traduction (Suite)
• Virus ARN (double brin)
– Polymérase ARN ARN dép. virale
– Brin nég. d’ADN transcrit en ARNm (pos.)
• Virus ARN (Simple brin pos.)
– Polymérase ARN ARN dép. virale
– Brin pos. transcrit en ARN neg. (matrice)
– Brin d’ARN nég. transcrit en ARN pos. (ARNm)
• Virus ARN (Simple brin nég.)
– Polymérase ARN ARN dép. virale
– Brin d’ARN nég. transcrit en ARN pos. (ARNm)
397
• Traduction
– Toujours faite par la machinerie cellulaire
• Synthèse des protéines virales
– Capside, polymérases, etc.
398
Assemblage et Libération
399
133
Assemblage et Libération
Récepteur viral
Attachement
Récepteur
Décapsidation cellulaire
Réplication
Synthèse protéique
Encapsidation
401
Latence
Éclipse
Temps
402
Infection
134
Cycle de Multiplication Virale - Étapes
• Attachement
• Pénétration
• Dénudation + Décapsidation Éclipse
• Réplication du génome Latence
403
404
Multiplicité d’Infection
Nombre de virus = 4
Nombre de cellules = 6
405
135
Multiplicité d’Infection
Nombre de virus = 10
406
La M.I.
407
Rendement Cellulaire
Nombre de virus produits =10
donc
10 virus/4 cellules infectées
Rendement cellulaire = 2.5 virus produits/cellule infectée
408
136
Rendement Cellulaire
409
Comptes Directs
• Coloration négative
• Microscopie électronique
• Ne distingue pas les particules infectieuses
des particules non infectieuses
• Utile pour les virus qui ne peuvent pas être
crus en laboratoire
• Utilise des billes à une concentration connue
pour estimer le volume du champ de vision
411
137
Comptes Directs Viraux
Ajouter billes Observer au microscope
(104/mL)
Essai de Plages
413
Les Plages
414
138
Essai de Plages
1/10
Essai d’Hémagglutination
Hémagglutination Pas
complète d’hémagglutination
416
Essai d’Hémagglutination
1/8
Vue du côté
Mélanger avec quantité
constante de globules
Vue du haut rouges
139
Essai d’Inhibition d’Hémagglutination
+
Ac lient le virus
Virus lient GR
+ Virus ne peut
pas lier GR
Hémagglutination Hémagglutination
inhibé
418
Papillomavirus Humain
• Petit virus nu
– 51 types connus
• Types 6, 11, 16 et 18 sont plus communs
• Tropisme:
– Cellules épidermiques en différentiation
• Récepteur:
– Inconnu
• Génome ADN double brin
– Seulement 6 gènes
420
140
Cycle Infectieux du VPH
1. Attachement au récepteur cellulaire
2. Endocytose
3. Pénétration du virus enveloppé dans le noyau
4. Fusion, dénudation et décapsidation
5. Transcription et synthèse de protéines précoces
• Protéines régulatrices non structurales
6. Recrutement et modification de l’ADN polymérase
de l’hôte
7. Réplication du génome viral
8. Transcription et synthèse de protéines tardives
9. Assemblage de la capside
10. Empaquetage du génome
11. Lyse cellulaire et relâchement 421
422
L’Influenza
• Virus enveloppé
• Trois types
– A, B et C
• Tropisme:
– Cellules épithéliales du tractus respiratoire
• Récepteur:
– Acide sialique
• Génome ARN (-) segmenté
– 8 segments
423
141
Virus Influenza - Anatomie
Hémagglutinine
Membrane bilipidique
Protéine M1
Protéine M2
Polymérase ARN
ARN dépendante
Neuraminidase
8 segments
ARN-monocaténaire
424
Cycle Infectieux
Neuraminidase
Hémagglutinine
Endocytose
Décapsidation
Endosome
Dénudation
426
142
ARNc (+)
ARNv (-)
ARNm +
427
ARNc (+)
Assemblage de la capside ARNv (-)
ARNm +
428
ARNc (+)
ARNv (-)
ARNm +
429
143
Le VIH
• Virus enveloppé
• Tropisme:
– Cellules du système immunitaire
• T, monocytes et macrophage
• Récepteur:
– CD4
• Génome ARN +
– 2 copies
430
VIH - Anatomie
gp120
gp41 Membrane
bilipidique
ARN Protéine de
la matrice
Capside
Transcriptase
inverse
431
144
Cycle Infectieux du VIH
1. Attachement de gp41/120 a CD4
2. Fusion de l’enveloppe à la membrane cellulaire
3. Dénudation et décapsidation
4. Réplication et intégration du génome d’ADN viral
5. Transcription d’ARNm par la cellule
6. Traduction de polyprotéines par la cellule
– gag, pol et env
7. Maturation des polyprotéines par la protéase
– gag → Protéines de la capside
– pol → Transcriptase inverse et intégrase
– env → gp120 et gp41
8. Assemblage de la capside
9. Empaquetage du génome
10. Bourgeonnement et relâchement 433
Cycle Infectieux
GP120
CD4 Attachement
Fusion
Transcription inverse
ADNc
ADN double brin
Pénétration
Décapsidation
434
Transcription
Assemblage
Intégration
435
145
436
Drogues Antivirales
437
Drogues Antivirales
146
Drogues Antivirales
439
Antiviraux Courants
440
Antiviraux Courants
• Inhibiteurs de la dénudation
– Ex. Amantidine
• Inhibe protéine M2 de l’influenza
• Inhibiteurs du relâchement
– Ex. Oseltamivir (Tamiflu)
• Inhibe neuroaminidase de l’influenza
• Inhibiteurs de la maturation protéique
– Inhibiteurs de protéases virales (IP)
• Ex. Atazanavir
441
147
Les Antiviraux
442
Viroïdes
443
Prions
• “Protéines infectieuses”
• Protéines normales (PrPc) sont converties à
une configuration alterne par le contact avec
des protéines prions (PrPsc)
• Pas d’ADN ou d’ARN
• Maladies héréditaires et transmissibles
– Encéphalopathies spongiformes
• Maladie tremblante du mouton, maladie de
Creutzfeldt-Jakob, Kuru, maladie de la vache folle
444
148
Immunologie
Le Système Immunitaire
445
L’Immunité
• Tous les mécanismes utilisés pour protéger le corps
humain d’entités étrangères – Les antigènes
– 3 lignes de défense :
• 1re - Les Barrières
– Système inné – aucune éducation
– Actif en tout temps
– But: Prévenir l’entrée
• 2e –Système phagocytaire
– Système inné – aucune éducation
– Prévenir la propagation
– Détruire l’entité étrangère
– Recruter et activer la 3e ligne
• 3e - La réponse acquise ou adaptative
– Doit être éduqué – peut apprendre
– Destruction/Neutralisation spécifique de l’entité
– Prévenir les invasions futures - mémoire
446
Inné Acquis
• Antigène indépendant • Dépendant d’antigène
• Immédiat • Période de Latence
• Non spécifique à l’antigène • Spécifique à l’antigène
• Pas de mémoire • Mémoire immunologique
immunologique
447
149
La 1re Ligne - les Barrières
• Prévenir le passage à l’intérieur
– L’intérieur est stérile à moins d’une infection
• Toutes les cavités représentent l’intérieur chez l’homme
• Toutes les cavités, sauf pour la cavité pelvienne,
représentent l’intérieur chez la femme Cavité
• Le tractus gastro-intestinal et une partie du tractus céphalique
respiratoire sont externes
Cavité
thoracique
Cavité
abdominale
Cavité
pelvienne
448
449
450
150
Les Barrières – Voies Respiratoire et
Gastrointestinale
Physique Chimique
• Poils et cils nasaux • Lysozymes
– Action de filtration • Lactoférrine
• Sécrétions muqueuses • Peptides antimicrobiens
– Piègent les particules • Thiocyanate sécrété par
• Escalier mucociliaire les glandes salivaires
• Éternuements et toux • Acides gastriques
• Sécrétions de surfactants • Sels biliaires
par les cellules A • Enzymes digestives
– Préviennent • Microflore
l’attachement
451
452
453
151
Cascade du Complément Alterne
454
Voie Alterne
C5a
C3 C5 C3b C3a +
Ba Complexe CAM
C5b
C3 C5
Convertase
Convertase
CC C
C3b BbB P C3b C9C 9 9CC
C5b C6 C7 C8 99 C 9 9
9
Conséquences
• Opsonisation
– C3b et C4b
• Bactéries, virus et parasites
• Anaphylatoxines
– C3a et C5a
• Activent granulocytes et monocytes
– Induisent la réponse inflammatoire
– Dégranulation
• CAM
– Lyse osmotique
• Bactéries Gram négatives – Permettent lysozymes
d’atteindre la paroi
• Parasites – Perte de solutés
456
152
Cellules Sanguines
Lymphocyte T Lymphocyte B
Basophile Éosinophile
Neutrophile Monocyte
Plasmocyte
• Neutrophile
– Cellule phagocytaire
– Conc. élevée est indicatrice d’une infection
– Normalement absent dans les tissus sains
• Éosinophile
– Combats les infections parasitiques
– Impliqué dans les réactions allergiques
• Basophile/Mastocyte
– Impliqué dans les réactions allergiques
458
153
Rôles des Agranulocytes
• Monocytes/Macrophages/Cellules dendritiques
– Phagocytes
• Possèdent des récepteurs qui reconnaissent les
opsonines
– Cellules présentatrices d’antigènes (CPA)
• Ingestion/Digestion/Présentation
– Présentation d’épitopes d’antigènes exogènes
– Présentation sur le CMHII
– Présentation aux lymphocytes T auxiliaires
• Activer la 3e ligne – Réponse adaptative
460
461
NK Cellule Cellule
Survie
Cellule
NK Infectée Cellule
Infectée
462
154
Réponse Inflammatoire
• Buts:
– Neutraliser ou détruire l’envahisseur
– Alerter la troisième ligne
• Causes
– Dommages aux tissus
– Infections
– Toxines
– Anaphylatoxines
• Symptômes
– Rougeur, chaleur, douleur, œdème, perte de fonction
463
Réponse Inflammatoire
464
• Caractéristiques:
– Spécifique
– Acquiert une mémoire après une première
rencontre
– Amélioration suite à des infections subséquentes
– Discrimination entre le « soi » et le « non-soi »
465
155
Le Non-Soi
• Ce qui est à l’extérieur et qui obtient accès à
mon intérieur est probablement non-soi
• La majorité des cellules sont étiquetées pour
m’identifier
– CMHI et CMHII
• Mes lymphocytes ont des récepteurs qui
reconnaissent des épitopes que je n’ai pas
– RCB et RCT
• J’étiquette le non-soi avec des opsonines
– Protéines du complément et anticorps 466
Le Non-Soi
• Les antigènes
– Entités reconnues par les récepteurs des
lymphocytes B (RCB) ou T (RCT)
• Antigène exogène
– Entité qui se retrouve à l’extérieur des cellules
• Antigène endogène
– Entité fabriquée à l’intérieur de la cellule
– Les antigènes possèdent des épitopes (ou
déterminants antigéniques) qui interagissent avec
les paratopes des RCB et RCT
467
Le Non-Soi – l’Antigène
Déterminant antigénique
ou Épitope
Virus=Antigène
468
156
Antigènes Exogènes Vs Endogènes
• Exogènes
– Introduit dans le corps à partir de l’extérieur
• Inclut agents infectieux
– Telle que bactérie, virus, champignons, protistes, vers etc.,
• Inclut substances environnementales
– Tels que produits alimentaires, pollen, etc.
– CPA ingère les antigènes exogènes par
phagocytose les apprêtent en fragments
• Présenté sur CMHII aux cellules TA
469
• Endogènes
– Sont généré à l’intérieur de la cellule par le
métabolisme cellulaire
• Inclut les antigènes du soi, tumoraux, et viraux
– Peuvent être le résultat d’infections intracellulaires
virales ou bactériennes
– Ne requière pas de phagocytose
– Fragments généré par la dégradation sont
présentés sur le CMHI aux cellules Tc
470
La Présentation
157
3e Ligne – Deux volets
472
Réponse Humorale
Lymphocytes TA
TA
CD4
474
158
1. Présentation aux Cellules TA
CMHII
TA
TA CD4
CD4
CPA
RCT TA
Paratope CD4
Amplification clonale
TA TA TA
CD4 CD4 CD4
475
Lymphocytes B
RCB
476
CMHII
RCB
Cytokines
Activation
Antigène
159
Les Anticorps (Immunoglobulines)
Sites de liaisons d’épitopes antigéniques
Chaîne lourde
2 X Fab Région variable
Région constante
Liens disulfures
Chaîne légère
Région variable
Région constante
Isotype
1 X Fc Idiotype
478
• Régions variables
– Uniques à chaque lymphocyte B
– Idiotype de l’Ac
– Région du paratope
– Confèrent la spécificité à l’épitope
• Régions Constantes
– Isotype de l’anticorps
• IgM, IgA, IgD, IgG, IgE
– Confère le mode d’action de l’Ac
479
Isotypes
IgD
• Membranaire: RCB
160
Isotypes
• Dimère:
IgA
• Associé aux muqueuses
• Tractus urogénital
• Tractus respiratoire
• Tractus gastro-intestinal
• Sécrété dans le colostrum
IgE
• Monomère:
• Récepteur membranaire
des basophiles et
mastocytes
481
482
Agglutination
• Favorise la phagocytose
• Inactive l’envahisseur
483
161
Neutralisation
Opsonisation
162
Dégranulation
Granules de
médiateurs préformés
Récepteur de
Lysosome région Fc 487
C C
C4
C2 C2a + C2b
4a 4b
Complexe C1 C5a
C3b
C3
C5 ++
C1r C1q C1s C3 Convertase
C5
C5b
C3a Convertase
C
4bC2aC3b CC C
C9 C
C9 9
C5bC6 C7 C8
C
99 C 99
9
488
• Opsonisation
– C3b & C4b
• Analphylatoxines
– C3a & C5a
• CAM
– Lyse osmotique
489
163
Réponses Immunes: 1re et 2e Rencontres
Réponse
Élément Réponse primaire
secondaire
Réponse
Plus faible Plus forte
maximale
Dose d’antigène Relativement
Faible
requise élevée
490
Lymphocytes Tc
RCT
• Récepteur cellulaire – RCT
– Reconnaissance du non-soi présenté par Tc
CMHI CD8
– Un lymphocyte Tc possède un RCT capable
de reconnaître un épitope associé au CMHI
• Tc naïfs doivent être armés
– Deux signaux sont requis :
• Reconnaissance par un RCT d’un épitope spécifique
associé au CMHI
• Cytokines activatrices produites par TH1
492
164
Réponse à Médiation Cellulaire
Infection Tc Présentation d’épitopes
CD8 endogènes sur CMHI
Présentation d’épitopes
exogènes sur CMHII
Reconnaissance par
RCT de TH1 - activation
Phagocytose
Reconnaissance par
RCT de Tc - armement
494
Cellule T cytotoxique
Plasmocytes activée
Anticorps Tuer
495
165
Attaque du Système Immunitaire
- le VIH
496
Le VIH
• Récepteur viral
– Gp120
• Récepteur cellulaire
– CD4
• Cellules T auxilliaires, monocytes, macrophages et
cellules dendritiques
• Réplication préférentielle dans les cellules T
activées
• Durée de vie d’une cellule T qui réplique
activement le VIH: 2.2 jours 497
Séroconversion Symptômes
cliniques
Semaines Années
498
166
Décours de l’Infection par le VIH
• Subclinique (1-4 semaines après l’infection)
• Asymptomatique
• ARN du VIH peut être déceler aussi tôt qu’une semaine post infection
• Antigènes du VIH décelés en moyenne 2-3 semaines post infection
• Syndrome primaire (6-12 semaines après l’infection)
• Symptômes semblables à la mononucléose
• Compte CD4 : Chute subite 1000 → 500
• Période de latence clinique (Jusqu’à 10 ans)
• Période asymptomatique
• Compte CD4 : Chute progressive 650 → 0
• De 500 – 200 : risque d’infections opportunistes
• SIDA
• Compte CD4 moins que 200
• De 200 – 50: risque d’infections opportunistes sévères
• Moins de 50 : immuno-incompétence → mort
499
Immunité Acquise
Les Vaccins
500
Immunisations
Type d’immunité Mode d’acquisition
• Active (Prophylactique)
Naturelle Infection
Non intentionnelle
Artificielle Vaccination
Délibérée
• Passive (Thérapeutique)
Naturelle Transfert d’Ac - mère à enfant
Transplacentaire ou colostrum
167
Définitions
• Vaccin:
– Suspension de microorganismes atténues ou tués,
ou une fraction de ces derniers, administrée pour
induire une immunité et donc prévenir la maladie
infectieuse
• Anatoxine:
– Version modifiée non toxique d’une toxine qui a
retenu son immunogénicité
• Adjuvant :
– Composé ajouté à des préparations vaccinales qui
augmente la réponse immunitaire
502
503
Types de Vaccins
• Atténué (vivant)
– Version moins virulente, mais vivante du
pathogène
• Inactivé (mort)
– Virus ou bactéries tués à la chaleur ou au formol
– Vaccins d’anatoxines
– Vaccins sous unitaires
• Protéine ou autre composante purifiée du pathogène
504
168
Buts de la Vaccination
Immunité de Troupeau
Transmission soutenue
Indirectement protégé
506
169
Vaccins Inactivés
• Inactivation par des méthodes physiques
– Traitement à la chaleur
– Traitement au formaldéhyde (formol)
• Anthrax, Cholera, Pertussis, Influenza
• Avantage:
– Très sécuritaires
• Désavantages:
– Structures antigéniques peuvent changer
– Immunité peut-être faible et de court terme
– Ne reproduisent pas l’infection
– Réactions allergiques
– Doses de rappel souvent requises
– Adjuvants requis
508
Vaccin de la Variole
510
170
Vaccins de l’Influenza
• 2 versions
– Inactivé
• Croissance du virus dans des embryons de poulet, puis tué
• Traitement au formol et à la chaleur
• Stimule une réponse humorale seulement
– Atténué (LAIV)
• Atténué par une adaptation au froid à 25oC
• Induit une immunité humorale et cellulaire
511
Vaccin DPT
• D - Diphtérie
– Corynebacterium diphtheriae
• Anatoxine diphtérique
• P – Pertussis (Coqueluche)
– Bordetella pertussis
• Antigène de Pertussis
• T - Tétanos
– Clostridium tetani
• Anatoxine tétanique
512
Gardasil - VPH
513
171
Vaccin ROR
Microbiologie Médicale
La Relation Hôte-Pathogène
515
516
172
Le Pathogène et l’Infection
• Pathogène :
– Tout organisme qui a la capacité de causer une
maladie infectieuse
• Infection :
– État lorsqu’un pathogène se développe et se
multiplie chez l’hôte
• Une infection peut causer ou ne pas causer une
maladie
• Infection n’est pas synonyme à maladie
517
Types de Pathogènes
• Pathogènes primaires
– Causent une maladie suite à une infection
– Ne sont pas normalement associés à l’hôte
• Ex. TB (Mycobacterium tuberculosis), Influenza
• Pathogènes opportunistes
– Causent une maladie dans certaines circonstances
– Peuvent faire partie de la flore naturelle
• Ex. Enterococcus faecium, Candida albicans (flore naturelle)
• Ex. Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens
(microorganismes de l’environnement)
518
519
173
La Maladie Infectieuse
• Comment s’établit-elle?
• 3 exigences :
– Un hôte susceptible
– Un agent pathogène
– Un environnement favorable au pathogène
520
Pénétration
• Pénétration de la peau
– Plus difficile des barrières à être pénétrées
– La pénétration dépend sur un traumatisme qui
endommage l’intégrité de la peau
• Éraflure, coupure, aiguille, morsure d’insecte, etc.
• Pénétration des membranes muqueuses
– La plus commune des routes d’entrées
• Ingestion, inhalation, contact sexuel (Tractus urogénital
ou anus)
522
174
Adhérence
523
Nuire l’Hôte
524
Les Toxines
• Endotoxine:
– Composante structurale des membranes des
bactéries Gram- (LPS)
• Toxique seulement quand elle est relâchée
– Lyse cellulaire
• Exotoxines:
– Protéines produites et sécrétées par les bactéries
525
175
Propriétés des Toxines
Endotoxines Exotoxines
– Thermostables – Thermolabiles (60-80oC)
– Faible toxicité (mg/Kg) – Forte toxicité (μg/Kg)
– Inflammatoires – Effets associés à des
• Non spécifique symptômes spécifiques
– Peu immunogènes – Très immunogènes
– Pyrogènes (fièvre) – Non pyrogènes
526
Les Endotoxines
• Lipopolysaccharide:
– Composante structurale des bactéries Gram -
• Lipide A
– Actif seulement quand relâché suite à la lyse cellulaire
– Cause Endotoxémie:
• Endotoxine libre dans le sang
– Cause Septicémie (choc septique)
• Réponse inflammatoire systémique
527
Classes d’Exotoxines
• Neurotoxines
– Interfèrent avec les transmissions synaptiques des
neurones
• Entérotoxines
– Interfèrent avec la réabsorption d’eau par les
muqueuses
• Tractus respiratoire et intestinal
• Cytotoxines
– Inhibent des fonctions cellulaires spécifiques
• Ex. Synthèse protéique 528
176
Les Neurotoxines (suite)
529
530
177
Les Cytotoxines – Toxine Diphtérique
Sortie
178
Virulence
535
Mesure de la Virulence
• Dose infectieuse (DI50)
– Nombre minimum d’organismes nécessaires pour causer
la maladie chez 50% des hôtes
• Apparition de symptômes
• Dose létale (DL50)
– Nombre minimum d’organismes nécessaires pour tuer
50% des hôtes
Bacillus anthracis
Dose DI50 DL50
Portail d’entrée
Peau 10-50 50 - 250
Inhalation 1 000 - 8 000 8 000 – 10 000
Ingestion 25 000-100 000 150 000-500 000536
La Relation Hôte:Pathogène
La Maladie Infectieuse
537
179
Classification des Maladies d’après la Durée
Organisme
Aigüe
disparaît
Période
Maladie Convalescence Une immunité est
d’incubation
habituellement
acquise
Chronique
La maladie persiste
Période ou réapparaît sur
Maladie
d’incubation une longue
période
La maladie peut
Latente
réapparaître si
Période Latence La maladie peut l’immunité est
Maladie Convalescence
d’incubation (Pas de maladie) réapparaître affaiblie
• D’après le lieu
– Localisé
• Confiné à un endroit spécifique du corps
– Systémique
• Infection avec distribution généralisée dans les tissus
• D’après le temps d’apparition
– Primaire
• Infection initiale chez une personne saine
– Secondaire
• Survient chez une personne affaiblie par une infection
primaire
539
• Période d’incubation :
– Inclut la rencontre, la pénétration, l’adhérence, et
la croissance
– Durée moyenne de 2-3 jours, jusqu’à plusieurs
semaines ou mois
• Période prodormale :
– Précède l’expression de symptômes spécifiques
• Ex. Maux de tête, malaises, maux gastro-intestinaux
– Représente le début de l’activité du pathogène
540
180
Déroulement de la Maladie Aiguë
• Période aiguë
– Interactions entre le pathogène et l’hôte sont à
leurs summums
• Contribution active de la réponse inflammatoire
• Symptômes spécifiques et non spécifiques
– 1re exposition
» La réponse immune acquise est initiée, il n’y a pas
d’anticorps présents
– 2e exposition
» Haut niveau d’activité du système acquis
» Niveau élevé d’anticorps
541
• Période de convalescence :
– Récupération de la période aiguë
– Diminution des symptômes spécifiques et non
spécifiques
– Le niveau d’anticorps est à son summum
542
Microbiologie Clinique
Le Diagnostic
543
181
Tests
• Tests de dépistages
– Identifie les individus asymptomatiques qui
pourraient avoir la maladie
– Vérifie pour la présence d’un facteur associé à la
maladie
• Tests diagnostics
– Utilisés pour déterminer la présence ou l’absence
d’une maladie chez les sujets qui démontrent des
signes ou des symptômes de la maladie
– Fait après un test de dépistage positif pour établir
un diagnostic définitif
544
Tests de Dépistages
• Microscopie
– Coloration de Gram
– Coloration alcoolo-acido résistante
• Tests biochimiques
– Permet l’identification d’après les caractéristiques
métaboliques
• Ex. Exigences en oxygène
• Sources de carbone utilisées
• Métabolisme oxydatif ou fermentatif
• Sous-produits métaboliques
546
182
Immunologie - Tests de Précipitations
• Principe
– Quand des anticorps réagissent avec des épitopes
multiples sur des antigènes solubles, il y a
formation de réseaux qui génèrent un précipité
insoluble
– Les réactions de précipitation peuvent avoir lieu
en solution ou dans des gels tel que l’agar
547
Agglutination au Latex
Test d’antigène
+
Latex enrobé Spécimen qui
d’anticorps contient l’antigène
Test d’anticorps
+
Latex enrobé Spécimen qui
d’antigènes contient des anticorps •548
548
Fixation du Complément
• Méthode
Ajout d’Ac contre Ag à être décelé
Ajout d’une concentration limite du complément
Ajout de globules rouges sensibilisés avec IgG
Avec Ag Pas d’Ag
Sérum du
Ag
patient Lyse
Ag
Ag
549
183
Fixation du Complément (Suite)
• Essai qui détermine si le complément est utilisé
par la liaison d’AC spécifique à un antigène
– Complément utilisé – Pas de lyse de globules rouges
• Fixation du complément
• Antigène présent
– Complément inutilisé-lyse de globules rouges
• Aucune fixation du complément
• Antigène absent
• Essai peut-être fait de façon quantitative
• Sensibilité moyenne
550
551
ENZ ENZ
ENZ ENZ
ENZ
ENZ ENZ ENZ
552
184
ELISA – Détection d’Anticorps
Ag cible pour Ac à déceler ajouté aux puits
Agent bloquant est ajouté
Sérum à tester est ajouté
Lavage
Ac détecteur est ajouté
Lavage
Substrat est ajouté
Ac Présent Ac Absent
ENZ ENZ
ENZ
ENZ ENZ
ENZ ENZ ENZ
553
Témoin nég. 0.12 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
Témoin nég. 0.12 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
555
185
Immunochromatographie
Principe d’Immunochromatographie
557
Interprétation
558
186
PCR et RT-PCR
• PCR
– Permet l’amplification exponentielle d’une
séquence spécifique à partir de génome d’ADN
• Fondé sur la réplication d’ADN
• RT-PCR
– Permet l’amplification exponentielle d’une
séquence spécifique à partir de génome d’ARN
• Idem à la PCR, mais requiert une étape initiale pour
convertir l’ARN en ADN
– Réaction de transcriptase inverse
559
PCR
561
187
Validité des Tests
563
Calcul de la Sensibilité
Maladie
+ -
A B
+ Vrai positifs Faux positifs
Test
- C D
Faux négatifs Vrai négatifs
564
188
Calcul de la Spécificité
Maladie
+ -
A B
+ Vrai positifs Faux positifs
Test
- C D
Faux négatifs Vrai négatifs
565
Exemple
Restrictions
189
Valeurs Prédictives
569
570
190
ÉPIDÉMIOLOGIE
571
Définitions
572
Définitions (Suite)
• Maladie infectieuse
– Maladie causée par un agent infectieux
• Ex. Le rhume
• Maladie subclinique
– État dans lequel l'infection a causé une atteinte tissulaire,
mais avec absence de signes ou symptômes cliniques
• Maladie contagieuse
– Transmission directe ou indirecte à partir d’une personne
infectée
• Ex. L’influenza – La grippe
• Maladie transmissible
– Transmission par des voies non naturelles à partir d’une
personne infectée
• Ex. Intoxication alimentaire – S. aureus
573
191
Mesures des Fréquences d’une Maladie
574
576
192
Taux d’Attaque: Exemple 2
– Étant donné qu'il n'y avait pas de cas d’anthrax au
début de l'année, les 25 cas sont des nouveaux
cas (numérateur)
– La population à risque, dans ce cas, inclut 100
sénateurs
• IC = 25 cas / 100 sénateurs à risque = 25%
– Interprétations
• Au cours de l'année en question, l'anthrax s'étend à
25% des Sénateurs
• Au cours de l'année en question, les sénateurs avaient
25% de risque de développer l’anthrax
577
• Prévalence :
– Mesure de la proportion d’une population qui est
malade à un moment donné
• Mesure de la pathogénicité
– Varie en fonction de
• L’incidence ou du taux d’attaque de la condition
• Durée moyenne de la condition
– La durée est influencée par le taux de rétablissement et le
taux de mortalité
P = Cas totaux (nouveau + préexistant) / Population totale
578
Prévalence : Exemple
Cambodge Vietnam
Année (12.8 million personnes) (82.1 million personnes)
Cas Décès Cas Décès
2003 0 0 3 3
2004 0 0 29 20
2005 4 4 61 19
Total 4 4 93 42
• Calculer la prévalence de la grippe aviaire pour 100 000
personnes. Supposez que les cas restent infectés tout au long
de l'année et qu'aucun cas n’est reporté d'année en année.
– Au Cambodge à la fin de 2005 et de 2003 - 2005
– Au Vietnam à la fin de 2005 et de 2003 - 2005
579
193
Prévalence : Exemple (Suite)
• Cambodge
– 2005
• (4 nouveaux cas - 4 décès) / (12 800 000 personnes) = 0
cas de grippe / 100 000 personnes
– 2003-2005: Idem
• Vietnam
– 2005
• (61 nouveaux cas - 19 décès) / 82,100 000 personnes =
0,05 cas de grippe / 100 000 personnes
– 2003-2005
• (93 nouveaux cas – 42 décès) / 82,100 000 personnes =
0,06 cas de grippe / 100 000 personnes 580
582
194
Mesures des Fréquences d’une Maladie
• Taux d’incidence
– Taux de l'accumulation de cas de maladie
• Mesure la vitesse de propagation d'une maladie
• Mesure de l’infectivité
– Probabilité d’un pathogène d’établir une infection
583
Calcul du Temps-Personne
585
195
Exemple 1 (Suite)
• Temps-personne
– 12 personnes développe l’anthrax en septembre
• Donc 12 X 0,5 mois = 6 mois-personnes
– 13 personnes développe l’anthrax en septembre
• Donc 13 X 1,5 mois = 19,5 mois-personnes
– 75 personnes ne sont pas malade pendant les 2 mois
• Donc 75 X 2 mois = 150 mois-personnes
– Total de mois-personnes à risque
• 6 + 19,5 + 150 = 175,5 mois-personnes
– TI = 25/175,5 = 0,14 cas/mois-personne
586
Temps-Personne – Exemple 2
• Les cas d’une maladie ont été suivis sur une
période de 5 ans dans une population de 100
personnes parmi lesquelles 30 étaient à
risque. Quel est le nombre d’années-
personnes à risque? Année
Nouveaux cas
d’étude
1 2
2 0
3 1
4 0
5 3
Nombre d’années-personnes =
(2 X 0,5 an) + (1 X 2,5 ans) + (3 X 4,5 ans) + ((30-6) X 5 ans) = 137 a-p
587
Temps-Personne – Exemple 3
Nombre d’années-personnes =
(2 X 5 ans) + (10 X 2 ans) + (2 pers. X 7 ans) = 44 a-p
588
196
Taux d’Incidence – Exemple 4
(12 X 0,5) + ((25 – 12) X 1,5) + ((100 -25) X 2,5) + ((200-100) X 3,5) +
((1 000 -200) x 4) = 3763 mois-personnes ou 313.6 années-
personne
589
TI = 200/313.6 a-p = 0,64 cas/a-p
Prédiction
Solution
• Taux d’incidence:
– Nb d’années-personnes = 150 pers. X 3 ans = 450 a-p
– Nb de nouveaux cas = 10
– T.I.= 10/450= 0.02 cas/année-personne
• Prédiction:
– Nb de personnes à risque = 0.25 X 10 000 = 2 500
– Nb de personnes prévues qui vont contracter une
infection alimentaire:
• 0.02 X 2 500 = 50 cas/année-personne
591
197
Mesures des Fréquences d’une Maladie
• Taux de Mortalité :
• Mesure de la virulence
Nombre de décès résultant d’une maladie
Nombre d’individus atteints de la maladie
592
Risque Relatif
593
594
198
Risque Relatif - Exemple
Interprétation du RR
• = 1 – Indique qu’il n’y a pas d’association
• > 1 – Indique une association positive
• < 1 – Indique une association négative
– Ex.
• Si le RR = 5
– Les gens qui ont été exposés sont 5 fois plus susceptibles d'avoir le
résultat comparativement aux personnes qui n'ont pas été exposées
• Si le RR = 0,5
– Les gens qui sont exposés ont 2 fois moins de chances d’avoir le résultat
comparativement aux personnes qui n'ont pas été exposées
» Effet protecteur
• Si le RR = 1
– Les gens qui ont été exposés ne sont pas plus ou moins susceptibles
d'avoir le résultat comparativement aux personnes qui n'ont pas été
exposées
596
Sensibilié xprévalence
VPP =
(sensibilité x prévalence) + (1- spécificité) x (1- prévalence)
spécificité x (1–prévalence)
VPN =
[(spécificité x (1– prévalence)] + [(1- sensibilité) x prévalence]
597
199
Exemple
Profils Épidémiologiques
600
200
Caractéristiques de la Courbe
Pic
Cas
Début Fin
Interprétation de la Courbe
• Quel est le nombre de cas
totaux pour la période des
mois 1-5?
• Des mois 1-8?
Cas Totaux
Mois 1 2 3 4 5 6 7 8
602
Interprétation de la Courbe
• Quel est le nombre de cas
totaux pour la période des
mois 1-5?
Nouveaux cas
Mois 1 2 3 4 5 6 7 8
603
201
Épidémies Liées à une Source Commune
• Les personnes sont
exposées à la même
source pour une courte
période de temps
définie
• La forme de la courbe
démontre une
augmentation rapide
avec un pic défini, suivi
par un déclin graduel
604
202
Immunité de Troupeau
Seuil d’immunité
607
608
• Exemple
– Une maladie donnée a un R0 de 3 et la vaccination
offre une protection à 100%. Combien de
personnes doivent être vaccinées afin d'acquérir
l'immunité de troupeau?
– Vc = (1−1/R0)/E
– Vc = (1−1/3)/1
– Vc = (1−1/R0)/E
– Vc = 0.66; donc 66% doivent être immunisés
609
203
Source de l’Agent Infectieux
• Réservoirs inanimés
– Certains pathogènes se retrouvent principalement
dans des habitats non vivants
– ex. Clostridium tetani; retrouvé dans le sol
• Réservoirs animés
– Le pathogène ne se retrouve pas habituellement
dans des habitats non vivants
– ex. Virus; parasite obligatoire
610
Réservoirs Humains
• Porteur actif
– Individu qui est atteint de la maladie et qui exprime les
symptômes qui y sont associés
• Porteur en incubation
– Individus sains qui hébergent le pathogène
– L'individu sera malade à une date ultérieure
• Porteur convalescent
– Individu qui a récupéré de la maladie
– N'exprime plus de symptômes
– Héberge un grand nombre de pathogènes vivants
• Porteur sain
– Individu n'a jamais été malade
– Héberge le pathogène
611
Réservoirs Animales
• Porteur sain
– Ne cause pas de maladie chez l’animal
– Peut-être un résident de la flore naturelle
• Ex. E. coli, Salmonella
• Porteur malade
– Cause la maladie chez l’animal
– La maladie peut être transmise à l’homme
• Zoonose
– Maladie qui peut être transmise d’un animal à l’homme
de façon naturelle
612
204
Contrôle du Réservoir
• Destruction du réservoir
– Animaux domestiques
• Ex. Tuberculose bovine, maladie de la vache folle
– Animaux sauvages (Très difficile)
• Rage, virus du Nil
– Humains (impossible)
– Réservoirs inanimés
• Élimination ou traitement possible
– Ex. Traitement des eaux usées
613
Quarantaine
• Buts:
– Éliminer/restreindre la propagation
– Le but n’est pas de secourir les malades!
• Maladies pour lesquelles une entente
internationale permet la mise en quarantaine :
– Variole
– Choléra
– Peste
– Fièvre jaune
– Fièvre typhoïde
– SARS
614
205