Table des mâti'ères

collaborateurs Tlpage génétique des bactéries.... 59

Précautions 6l
D(
Évohtions.....-.... 62
XV
Chapitre 5 r Automatisation
et laboratoire de bactério1o9ie............
C. Martin, E Camier
Généralités... ....".;....:.......;...'.:...;i.,....;.:.... bl
logies générales Automates de coloration 65

1 . Remarques liminaires............ Automates de cytolbgie urinaire

et de détection de Ia bactériurie 67

2 . Démarche de l'examen Gestion des hémocuItures...................... o/

Automates d'identifi cation

L. Mereghetti, R. Quentin et d'antibiogramme

5 Automates de détection des mycobactéries

et étude de la sensibilité
de la démarche 5
aux antibiotiques..............................................-.....:...
microscopique.... 5
De I'automate d'ensemencement.à la chaîne
et isolement des bactéries... t3 robotisée.. IJ

utilisés dans Perspectives et conclusions iz

des bactéries
Chapitre 6 o Stérilisation..
3 . Diagnostic rapide A. Cubertafond, M. Mounie4 E Denis
Indications... 75
35
M.-C. Ploy Définitions 75

recherchés 35
Etapes préliminaires
de la stérilisation 75
utilisées 35
Autres méthodes de stérilisation.. 78
commerciales........ 37

4l Chapitre 7 o Informatique
. et laboratoire de bactériologie........*r...
4. Biologie moléculaire : C. Martin
ion à la détection, à Généralités... 79
fication et au génotypage...,... 43
Gestion du laboratoire 79
C. Burucoa, P kmotte
Logiciels d'épidémiologie...................... 84
d'un laboratoire
biologie moléculaire 43
Chapitre 8 o Internet et bactériologie
de la biologie moléculaire..... 44 médicale i
A. Philippon
ations de la biologie moléculaire I
i

bactériologie médicale................. Introduction

l

_l
Bactério I og i e méd i ca le

Quelles informations rechercher ? 87 Cas particulier de la mort <subite>

Choix d'un méta-moteur de recherche du nourrisson et de I'enfant.
87

Carnet d'adresses...... 88
Précautions à respecter lors de la
conservation des corps des autopsies
Conclusion ... 89 et de la mise en bière................. 132

t32
Chapitfe 9 c ::'i:t::.,:..,:,f 't",;.L11 1;';1,;.;1::,;::,;:1:',;:,1,1.:11;

'....
..:a:,.'a'.',,,'.:.:,,,''..',',::.::,:,::",:,,: ::.:.,::a: .,...:,::::,'..':.t,.':.a.:.,,,:',.:.:,Ç,:',.' 91
M. Mounier, N. Hidri, M.-C. PLoy, F. Denis

Risque infectieux 91
Étude bactériolog ique des
Conception du laboratoire... 95
produ its patholog iques
Protections individuelles.. 99 Cha pitre 13 c :l::t*ri,::t i:,,:::t'1.,:1.::; ...... r37
F. Denis
Gestes de routine t{J 1

Risques particuliers : biologie Ch a p it re 1 4 . :-,, i: :: :: :.:::t,:'. t..,: i,:',...,.,,.::,.:,

moléculaire, organismes F. Garnie4 F. Denis

génétiquement modifiés (OGM).............. 101
Vitatité des corps bactériens dans les
Gestion des déchets.. 103 flacons d'hémocuItures........................,.............. 139

Conclusion.. 104 IVIilieux d'hémocultures 139

Systèmes 140

Cha p it re IQ c ; :;.; ;1;.:; ;,'l:',1 1.';' ;;,,1::',',, ::

",..' Prélèvements 141
,, a,a,
,1;11..1;,1:1111;;,::.;.;.:;;:.11.,:..::,1.,,.::,';:.ç,;'::.::,,.,.:,..:,:::.:,::,,.':t:.a,,,t, ':a':'' " '
N. Hidri, V. Marzuck
Traitement des flacons
ensemencés... r44
109
t/<
r13

n5 Chap i t r e 1 5 .':: :' : ::ll ::.,:,':. t, :t'',a.., ::'t..:...::; a

P. Parize. J.-L. Mainardi
Introduction 149

Micro-organ lsmes 119

Physiopathologie 151

',,,,:. ;.,::,.:.
:;: :t",, ::,, ::.:,: l:.lL ::.1:l:ll..i,lt) t::1.
Diagnostic 1.52
,..,:,:a,:a.,.',.:..,: ".'.::'."-:.',,.';:;1..;:.:1 ,11.11t,:l::11:;,,1;.tt,l;.,.,

l;: l',.r': '

Traitement.... 154
117
O. Barrottd, N. Pe.stourie Conc!usion.... 156

Introduction 117

Germes à potentiel infectieux

ou multirésistants...... ... ....... 117

Politique de dépistage. Ll8

Outils de dépistage.. 119

Conduite à tenir du biologiste

devant Ia détection d'une BMR... t27

Chapitre 12 .
i::,:' i.
129
F. Denis, C. Piva, M. Mounier

Flore bactérienne ante mortem

et post mortem............ t29

Diagnostic microbiologique sur cadavre............. 131

 t79

179

180

184

t86 F. Denis, M.-C. Ploy, M. Mounier

Introduction .. 223

Rappel anatomoclinique.

r89 Diagnostic bactérioIogique.............. 224

Conclusion........ 227
r89
Chapitre 25 o ::;"':: :;.'.:..'.;:".'." :.': :,..:.'.
189
';. 11','.:,,,:,1. :'t: -,.::' l'::'...... 229
Pathogenèse. 190 L. Mereghetti, P. Lanotte, R. Quentin
Diagnostic bactériologique direct r90 Introduction .............................. 229
Diagnostic bactériologique indirect...... 191 Ulcérations génitales 229

Cas particuliers de la mucoviscidose... t94 Urétrites...... 232

Conclusion.... 197 Prostatites, épididymites

et orchiépididymites 235
Chapitre20. ::,::
Rôle du laboratoire dans la surveillance
199 de l'infection..................... 236
.ll.-C. Plov, F. Denis
Introduction Ds Chapitre 26 .
Rappel anatomoclinique.,................... tss
237
R. Quentin, P. Lanotte, L. Mereghetti
Pathogenèse. Ds
Introduction z3j
Diagnostic bactériologique direct......,.. tes
Rappel anatomoclinique..................... z3:'

Chapitre 21 . ; .:.t..:r.;:rr: l;;-."'"'.;, 1 :"lr-rr"rr::r.-,:::. Pathogenèse. ne

. 205 Diagnostic bactérioIogique............. ........ 240

Conclusion.... 253
205

205
Chapitre )J o t,::"::''. ,':,,:i:,:,'rr.r
:,t,irr..:
:';',::;;,;1; 11,;,1t:-:il'lli:l:,r'::::ill.. 255
205 R. Quentin

Introduction z5s
205
Rappel clinique........... zss

209 Pathogénie.... 255

t ! -C. Plo], C. Mttrtin
Diagnostic bactériologique direct......... 2s7
I-utroduction. zo9
Chap i t re 28 .,:,, :,:i L: t i :L,,'i i,',,-t
Rappels anatomopathologiques........ 20s
lt:;:{:a::::l',r-:,,1::;rt',.a:..,ta,;
::: t:

i:::,. i::.:}::,:.';:i,,t:.t':.:t,,t::
Pathogenèse. 2os ':y't.:::1::r.Xr'ç: l*, ; ç':r:::.r*il'li,if :ft ....... 26s
Diagnostic bactériologique L. Mereghetti, P. Lanotte, R. Quentin
direct............... zro Introduction z6s
F
XX Bactério Iog ie méd i ca Ie

Diagnostic bactériologique direct Prise en charge et prophylaxie des infections

chez I'homme 265 invasives à méningocoque.............'....... 329

Diagnostic bactériologique direct

Chapitre 34 . &acil{es à 6rarn négatif
chez la femme.............. 266
æcâvCIhies et âérô-anaénobies.... 331

Diagnostic bactériologique indirect... 767

Chapitre 34.1 Généralités........................ 331

Contrôle des milieux de culture..... 267 F. Denis, M.-C. PIoY

Chapitre 34.2 Enterobacteriaceae (à I'exception

Chapitre 29 r lneidents trans{Ltsiænr'lels du genre Yersinia)........... ............... ." " " '. ' 331

d'*rigine bactérienne : P Bidet, E. Bingen

rôle du labCIratoire 26s
Généralités... 331
F. Gamier F. Denis
bactériens 26e
T[ibu des Escherichiae (entérobactéries VP -'
Épidémiologie des accidents
TDA - et uréase -) 336

Prise en charge de la poche au laboratoire ""' 26e

Groupe KES (entérobactéries
prélèvement. ..................... 270
VP +), tribu des Klebsiellae..... 3s0

Examen microscopique........................... 270

Tribu desProteae (entêrobactéries TDA +) " " 3s3

Mise en cu1ture............. 270

Chapitre 34.3 Vibrionaceae - Aeromonadaceae -
Résultats........ 27r Plesiomonas... 361

O. Banaud, F. Denis, M.-C. PloY

Espèces bactériennes incriminées." 21r
361
Généralités...
Conclusion.... 274
GenreVibrio 361

Chapitre 30' eontrôle rnlcl,obioloEielue Gente Aeromonas .. 366

e{æs tissus et des cellules à alsage Genre Plesiomonas 367

t!:érapeutietrur*................ z7s
Chapitre 34.4 Bacilles à Gram négatif
F. Garnier, M. Drouet, E Denis
non fermentaires..................... 368

Produits thérapeutiques d'origine humaine " 2Ts

C. Martin
Étapes du procédé de production des Généralités... 368
produits humains à usage thérapeutique ' 27s
372
Genre Pseudomonas...............
Contrôles microbiologiques............... " z78
P aeruginosa et groupe <<fluorescent> 372

Genres Burkhol.derin, Acidovorax, Comamonas,

Brevundimonas, Ralstonia, Pandoraea,
Fartie lll Sphingomonas, Stenotrophomonas . .. ... ." " " 375

ldentification et Genres Ralstonia et Pandoraea 377

Genres Stenotrophomonas, Acidovorax,

systématiq ue bactérien ne Comamonas et Brevundimonas.... .. . ..""" """ 377

Chapitre 31 o Orientation générale.......... Famille des Flavobacteri'aceae (Flavobacterium,

M.-C. Ploy. F. Denis C hry s e ob act e rium, Sphing ob ac te rium,
Myroi.des, Weeksella, Empedobacter) et genres
Chapitre 32 o eoeci à Gram positif ............. Alcaligenes, Achromobacter, Agrobacterium,
F. Garnier F. Denis Ochrobactrum, Shewanella etWeeksella """ 378
Famille des Micrococcaceae........-..... 287
Chapitre 34.5 Acinetobacter.-........ . .. .. 382
I

Famille des Streptococ cac e ae .......... 299

"
Baeilles à €ranr néEatif exiEear"rts...........................'. ." " 385

Bordetella .......'................."
Chapitre 33 . €ceei à Gnan'l
Chapitre 34.6 385
né9atif........... 321
F. Gamie4 M.-C. PloY
I E Gamier M.-C. PloY, F Denis
Habitat, Pouvoir Pathogène...... 32r Chapitre 34.7 Moraxella et O1i9e11a. .........................." " '. 388

F. Denis, M.-C. PloY

Diagnostic bactériologique dÎiect. .... . 323
 Table des matières XXI

Chapitre 34.8 Francisella ....... Chapitre 37 . ffiaeic*t'iæs spi:'aié*s..................

F. Denis, M.-C. Ploy B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun

Chapitre 34.9 Pasteurel la ...... 392 Chapitre 37.'1 Généralités sur les spirochètes.................
F. Denis, M.-C. Ploy B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun

Grapitre 34.10 Autres bacilles à Gram négatifs €hapitre 37.2 Genre Ùorre|ia.............
isolés de morsures.......... B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun
F. Denis, M.-C. Ploy
Généralités... 476

Chapitre 34.'11 Haemophi1us...................

Épidémiologie... . .. ............ . 477
O. Barraud, F Denis, M.-C. Ploy
Clinique.. 478
Chapitre 34.12 Yersinia
Caractères bactério1ogiques...................... 482
F. Denis, M.-C. Ploy
Traitement......... 486
Chapitre 34.1 3 Bactéries du groupe HACEK.....................
Conclusion......... 487
P Riegel

€hapitre 34.14 Afipia, Bartonella: agents de la maladie

Chapitre 37.3 Genre Leptospira....... 487

da< griffes du chat.............. ............................. 4rr B. Jaulhac, S. de Martino, C. I'e Brun

F. Denis, C. Martin Généralités... 481

Chapitre 34.'15 Brucella ................................. 413 Épidémiologie et pouvoir pathogène naturel... 488

J--P ktvigne, D. O'Callaghan Caractères bactério1ogiques...................... 48e

Chapitre 34.16 Legionella........................ 421

Diagnostic bactériologique........................ 48e

lI. Mounier F. Denis. N. Pestourie

Traitement.... 4er

Chapitre 35 . **eiT!*s è çrarn négatif Chapitre 37.4 Genre Treponema..... 492

micro;éî*pirl!*s.............................................:,.... 4zs B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun

Glaphre 35.1 Campy|obacter................................................... 42e Généralités... 4e2

C- Burucoa ÉpiAémiotogie et pouvoir

(h+itre 35.2 Helicobacter py|ori .......................................... 434 pathogène naturel............. 492

C. Burucoa Caractères bactérioIogiques...................... 493

Diagnostic direct
€hapitre 36 . â*ei!!æs à *ræni p*sit;f
................ 493

i.a I'exiept!*n d*ç *n*{*r*bi*s}................. 443

Diagnostic indirect ou sérologique........................ 494

Orqritre 36.1 Corynebacterium et germes Traitement.... 503

çarentés..... 444
Conclusion.... 503
O- Barraud, F. Denis, M.-C. Ploy

Oqige 36.2 Erysipelothrix rh usiopathiae Chapitre 38 . fVlye*l**ct*rieç

r bacille du rouget du porc............. 453 C. Martin, F Denis
J- Tonkovic Généralités... 5o'7

(hpitre 363 Lactobaci llus .. Habitat et pouvoir pathogène..................................... 508

J- Tankovic
Démarche diagnostique 510

<fçiae 36.4 Listeria ...

Règles de sécurité et législation................................. 510
F- Denis, F. Gamier M.-C. Ploy
Prélèvements 5tz
Aqaùe 36.5 Nocardia.
Décontamination, fl uidifi cation,
C. Martin
concentration 513

Aqitre 36.6 Tropheryma whipplei....... 467

Examen microscopique........................... s14
C. Martin
Méthodes de culture...... st8
epitre 36.7 Bacillus
ldentification 520
F. Denis, M.-C. Ploy
Détection génomique.... 526
 bc gce médicale

fjÉ inmunologique rapide 533

s34 Techniques génotypiques de détecti<n

de la résistance ........................
Chapitre 39 . Myr*Wîes.$3*e 537
C- Bébéar C.M. Bébéar Étude des associations d'antibiotiques............ ...

Généralités... Rôle du laboratoire de bactériologie dans

537 Ia
surveillance d'un traitement antibiofique..
Pouvoir pathogène et habitat........
537
Rôle du laboratoire dans la surveillance
Caractères généraux......., de la
538 résistance des bactéries aux antibiotiques.
Diagnostic bactériologique direct.........
538
Étude de la sensibilité aux antibiotiques............. Chapitre 43 . **xxç* &æç anta*t*trqa;æx
542
Sérologies. w*r.wqTAeï, {*mm*nt?.. . J9J
543 E Jehl
Pourquoi
Comment
... 60-1
Chapitre 4O.1 Chlamydia Conclusion.
B. de Barbeyrac
... 610

Chapitre 40.2 Coxiet I a burneti i...........

553
S. Ranger-Rogel
WærKxæ W
Chapitre 40.3 Rickettsie s - Rickettsia conori
S. Ranger-Rogel
i..................
Démarches, documentation
Chapitre 40.4 Eh rlichia....... et adresses utiles
S. Ranger-Rogez
Chapitre 44 o Ltst* **ç maâæ*ç*ç
b æ*t*rig.nnæs & d&ç&æræti*n
Chapitre 41 c ffi æc**:ri*s emed{ **ræs
%t{i{t*5....
*Wîxçæt"*xræ {WWffi} 614
L. Dubreuil Chapitre 45 . {*rz3r*%, {\&t"r*tz&ww.
565
&ær&t'&ræ*tætÇWWA**&_"X.*333.. 616

565 Chapitre 46 c Lxçt"æ æg edT*s%æ%

Habitat et pouvoir pathogène......
JOI
&x* prvrzxtpæâes sæ*!*t{âs
Conduite de I'analyse bactério|ogique....,.............
s66 Chapitre 47 . *wvr*%*% *t &*çuerrzænts
Identification des anaérobies stricts
569
d* r,*€&rænç*........
oi.

625

WærKxæ &W
Rôle du laboratoire
dans l'instauration et fa
surveillance d'un traitement
a ntib iotiq ue
I
t Chapitre 42 o &rzçtæa*rmti*rz et xz*rqryggguyjçs
*' ç** tr aitæ.w* {3t. ærztrbr r*t*qu* ......... ......... 585
i N. Hidri, M.-C. ploy
Bactériostase et bactéricidie........................................
585