UE 1.1 : Biochimie 30/09/21 Mr.

SADIK

Chapitre 1 : Atomes et molécules

I. L’atome
Les constituants de l’atome :
Un atome est constitué :
Ø D’un noyau
Ø D’électrons en mouvement autour du noyau

Rayon (atomique) = 10-10 m et Rayon(noyau) = 10-15 m

è R(noyau) 105 fois plus petit que l’atome

Les électrons sont plus petits que le noyau.

è L’atome est donc essentiellement constitué de vide.

Le noyau :
Un noyau est constitué de nucléons :
Ø Protons (chargés positivement q = e charge élémentaire)
Ø Neutrons (de charge nulle 0 C)

m(1 proton) ≈ m(1 neutron)

e = 1,6.10-19 C

Les électrons :
Les électrons d’un atome se déplacent autour du noyau, leur trajectoire n’est pas bien
définie.
Un électron est chargée négativement (q = -e C)
La masse d’un électron est environ 200 000 fois plus petite que celle d’un proton.

La représentation symbolique d’un atome et de ses isotopes :

Les atomes sont représentés par le symbole chimique, A et Z. (Tableau de Mendeleïev) :
connaître les 2 premières lignes.
A
ZX
X : symbole chimique
A : nombre de nucléons = nombre de masse Il y autant de protons que
Z : numéro atomique = nombre de protons d’électrons.
N : nombre de neutrons -> A – Z

Le numéro atomique est la carte d’identité de l’atome.

Si Z = 26, alors l’atome considéré est le Fe.

Exemple de l’atome de C et de Cl (chlore)

12
6C : 12 nucléons et 6 protons à 12-6 = 6 neutrons
Un atome est électriquement neutre.
è 126C contient 6 protons et 6 électrons.
Masse d’un atome :
m(AZX) = A x m (1 nucleon) + Z x m(1 electron)
A
ZX ≅ A x m (1 nucleon)

m(1 proton) ≅ m (1 neutron) >> >> m(1 électron)

è La masse d’un atome est concentrée dans son noyau.

La répartition d’un atome est concentrée dans son noyau :

Les différentes couches électroniques :
Les électrons sont répartis en différentes couches d’énergie croissante autour du noyau.
Couche K : couche la plus proche du noyau
Couche L : couche plus lointaine du noyau
Couche M : couche encore plus lointaine du noyau

Chaque couche peut accueillir un nombre bien défini d’électrons (2n2 électrons)

Couche K (n=1) L (n=2) M (n=3)

Nombre Maximal
2 8 18
electrons

Les électrons sont d’abord répartis sur la couche K, une fois la couche K pleine/saturée, ont
réparti les électrons sur la couche L.
La couche externe/de valence est la dernière pleine.

Exemple : Structure électronique du carbone

12 2 4
6C : 6 protons et donc 6 électrons -> K L
La couche externe/de valence est la couche L

Les gaz rares :

Les gaz rares sont stables, ou chimiquement inertes.
Leur couche de valence est saturée. (Éléments de la dernière colonne du tableau
périodique)
A l’exception des gaz nobles, les éléments n’existent pas naturellement sous forme d’atome
isolé, car ils ne sont pas stables.
Pour augmenter leur stabilité, les éléments cherchent à adopter la configuration
électronique d’un gaz rare de numéro atomique le plus proche.
Un élément stable est un élément qui a une durée de vie importante, travailler dessue
facilement.

Tableau périodique de Mendeleïev ou tableau périodique des éléments (voir PDF) :

C’est un tableau de 18 colonnes et 7 lignes ou périodes.
Les éléments chimiques sont classés :
• Par leur numéro atomique (ou nombre d’électrons du + petit au + grand)
• En fonction des propriétés physico-chimique ex : les éléments de valence
Tous les éléments d’une même colonne appartiennent la même famille
 II. La molécule

Définition :
Une molécule est constituée d’un assemblage d’atomes. Elle est électriquement neutre.
Chaque molécule est représentée par une formule brute qui traduit sa composition.

Formule brute : H2O : 2 atomes d’hydrogène et 1 atome d’oxygène.

C6H12O6 : 6 atomes de carbone, 12 atomes d’hydrogènes, 6 atomes d’oxygènes.

Structure de Lewis :
Dans la représentation de Lewis tous les éléments de la couche externe d’un atome forment
soit des doublets liants soit des doublets non liants.
Les doublets liants correspondent aux liaisons établies avec d’autres atomes et sont
représentés par un trait entre ces deux atomes (par un double trait pour les liaisons doubles
et par un triple trait pour les liaisons triples).
Deux électrons non impliqués dans des liaisons forment entre eux un doublet non liant
représenté sous forme de trait au-dessus du symbole de l'atome.

Règle du duet et de l’octet : Lorsque des atomes s’assemblent entre eux, ils obéissent à la
règle du duet ou de l’octet. Cette règle dit que les liaisons covalentes entre atomes
permettent à chacun des atomes d’acquérir la configuration du gaz rare le plus proche.
La règle du duet concerne les éléments de la 1ère ligne : H et He.

Ici la règle du duet est respectée :

H est entouré de 2 e- (un doublet
liant)
Ici la règle de l’octet est respectée
: C est entouré de 8 e- (4 doublets
liants)
 Ici la règle du duet est respectée :
H est entouré de 2 e- (un doublet
liant)
Ici la règle de l’octet est respectée
: C est entouré de 8 e- (4 doublets
liants)

III. Les ions

Les ions monoatomiques :
Un ion monoatomique est un atome qui a perdu ou gagné des e-.
Un atome qui a gagné un ou plusieurs e- est un ion chargé négativement : c’est un anion
Un atome qui a perdu un ou plusieurs e- est un ion chargé positivement : c’est un cation
Un ion monoatomique stable est un ion qui a la même configuration électronique que celle
d’un gaz rare.

Exemple Fluor :
9 protons et donc 9 électrons -> K2L7
La couche externe/de valence est la couche L.
Le gaz rare précédent est l’hélium : 2He -> K2
Le gaz rare suivant est le néon : 10Ne -> K2L8

è En gagnant un e- : F + 1 e- -> F-
F- a même configuration que celle du gaz noble Ne, il est donc stable.

Les ions complexes :

Un ion poly atomique ou complexe est stable s’il respecte la règle du duet et/ou la règle de
l’octet.
Ion oxonium H3O+ -> a perdu 1 e-
H : 1 e- de valence (x3)
O : 6 e- de valence
Au total : 1x3 + 6 – 1 = 8 e- de valence => 4 liaisons à place

Un électron c’est de la
densité électronique.
IV. Les liaisons

Les liaisons ioniques (liaison faible) :

Les liaisons ioniques se forment à partir de 2 éléments ayant une grande différence
d’électronégativité (=donnant « facilement des ions), donc un élément de gauche, avec un
élément de droite.

Exemple :

Si X(A) > >X(B) -> A- B+

Cl est plus électronégatif que Na
Cl- a même configuration que celui d’un gaz rare (Ar)
Na+ a même configuration que celui d’un gaz rare (Ne)
Un électron de Na a été attiré par l’élément Cl (le plus électronégatif), formant ainsi deux
ions.

La liaison ionique est une interaction électrostatique entre deux atomes ou molécules
chargées.

Liaison covalente (liaison forte) :

Une liaison covalente est la mise en commun de 2 électrons.
Les atomes engagés ont des électronégativités voisines.
Liaison covalente simple :

àMise en commun de 2 électrons célibataires entre deux atomes pour former un doublet
liant. Les atomes engagés ont des électronégativités voisines.
Par exemple : H-H, Cl-Cl

Liaison covalente multiple :

àMise en commun de 4 (ou 6) électrons célibataires entre deux atomes pour former deux
(ou 3) doublets liants.
Par exemple : <O = O>

Liaison covalente polaire :

àMise en commun d’électrons célibataires entre deux atomes d’électronégativité

différente.
La densité électronique sera plus importante du côté de l’atome le plus électronégatif.

Liaison covalente dative ou de coordination :

àMise en commun de 2 électrons entre un atome A qui possède un doublet non liant et un
autre atome B qui comporte une lacune électronique : les électrons sont fournis par l’atome
le plus électronégatif.
Par exemple : NH3 + H+ -> NH4+
Liaison hydrogène :

La liaison hydrogène est une liaison de faible énergie.

La liaison hydrogène est une liaison chimique intermoléculaire ou intramoléculaire.

Il s’agit d’une liaison entre 2 atomes électronégatifs (un donneur de H et un accepteur de H),
par l’intermédiaire d’un atome hydrogène : ce sont des liaisons très fréquentes en chimie et
en biochimie.

Donneur de H Accepteur de H
O–H /N–H/ F–H O–H /N–H/ F–H

Interactions de Van der Walls (liaisons faibles) :

àForces d’attraction ou de dispersion entre les molécules : dipôle-dipôle, ion-dipôle

Électronégativité dans le tableau périodique : (on exclut les gaz rares)

L’électronégativité d’un élément permet de caractériser la capacité d’un élément à attirer

vers lui les électrons (la densité électronique) lors de la formation d’une liaison avec un autre
élément.

Colonne : le + haut est le + électronégatif

Ligne : à droite le + électronégatif

L’élément le + électronégatif est le fluor.