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Les êtres vivants, très diversifiés, partagent pourtant des propriétés communes :
- une structure cellulaire
- un patrimoine génétique porté par la molécule d’ADN
- une réplication semi conservative de l’ADN
- une synthèse protéique qui se déroule à partir de l’ADN par transcription en ARNm puis traduction
en protéine
- avec un code génétique universel
- des gènes architectes homéotiques participant au développement aussi bien chez certains Végétaux
que chez certains Animaux (des Insectes aux Vertébrés).
Ces propriétés traduisent une origine commune du vivant malgré l’apparente biodiversité.
La biodiversité actuelle résulte de l’évolution. Les espèces se succèdent au cours du temps : elles naissent,
disparaissent et dérivent les unes des autres (théorie de l’évolution). Les espèces sont donc apparentées
mais plus ou moins étroitement.
Comment peut-on établir ces liens de parentés chez les Vertébrés ?
Après avoir présenté les différents critères actuellement retenus par les scientifiques pour établir
ces liens de parenté, nous présenterons les principes de base qui permettent d’obtenir l’idée la plus juste
possible de la phylogénie.
I Critères de comparaison
A Données embryologiques
Voir TD 1, I
Le développement embryonnaire des organismes étroitement apparentés comprend des stades
semblables.. A mesure qu’avance le développement, les Vertébrés divergent et acquièrent des
caractéristiques distinctives. L’embryologie permet de détecter une origine commune à des structures
morphologiquement éloignées chez les individus adultes : des homologies.
B Données anatomiques
Voir TD 1, partie II
L’ascendance (origine) commune se matérialise également dans des ressemblances anatomiques.
Quand des membres se composent des mêmes éléments osseux et s’articulent de la même façon avec la
colonne vertébrale, bien que ces membres remplissent des fonctions très différentes, il semble logique de
penser que la similitude résulte d’une ascendance commune. Ce sont des structures homologues.
C Données moléculaires
La phylogenèse est le processus par lequel les êtres vivants se transforment et lèguent ces
transformations à leurs descendants.
La phylogénie (du grec phûlon = tribu ; genesis = origine) indique au sens strict quels taxons sont
plus étroitement apparentés entre eux qu’à d’autres. Au sens large de Haeckel (1866), elle fournit le cours
historique de la parenté des êtres vivants actuels et fossiles.
La science qui permet de construire les arbres phylogénétiques s’appelle la systématique. C’est une
science de structure et non une science expérimentale (qui fonctionne par hypothèses, expériences et
déduction). La systématique met en cohérence des données fournies par :
- l’anatomie comparée
- la paléontologie
- la zoologie
- la botanique
- l’embryologie descriptive
- la caryologie (analyse de la structure des chromosomes)
- la phylogénie moléculaire (analyse comparative des séquences de l’ADN et des protéines).
A Principe de la cladistique
La méthode la plus utilisée aujourd’hui pour établir des phylogénies est la méthode cladistique de Willi
Hennig (1913-1976), mise au point dans les années soixante.
On compare, au sein d’un échantillon de taxons, différents états d’un même caractère
embryologique, anatomique ou moléculaire. On ne compare que des caractères homologues qui doivent
satisfaire trois critères :
- présenter la même organisation générale (par exemple : membre antérieur des Vertébrés)
- établir des connexions identiques avec le reste de l’organisme
- avoir la même origine embryologique.
Deux molécules sont homologues si elles présentent une similitude de séquence.
Remarque : La patte antérieure fouisseuse de la Courtilière et celle de la Taupe se ressemblent mais ont
une organisation complètement différente. Elles n’ont de plus pas la même origine embryologique; elles ne
sont pas héritées d’un ancêtre commun mais correspondent à des adaptations à une même fonction :
creuser des galeries : ce sont des convergences (analogies) et non pas des homologies.
Un caractère peut exister sous deux états : l’état ancestral (primitif) et l’état dérivé (évolué).
Un état de caractère partagé avec un ancêtre commun est qualifié d’ancestral. Un état de caractère qui
diffère de celui de l’ancêtre de la lignée est qualifié d’état dérivé. Il correspond à l’apparition, la
transformation ou la disparition d’un caractère à la suite de mutations génétiques. L’état dérivé est celui
qui est apparu le plus récemment au cours de l’évolution. Seul le partage d’états dérivés des caractères
témoigne d’une étroite parenté.
Remarque : La notion de caractère à l’état dérivé est cependant relative. Elle est définie par rapport au
groupe d’espèces dont on recherche les liens de parenté. Ainsi, au sein des Vertébrés, la possession de
doigts est état dérivé mais au sein des Tétrapodes (qui possèdent tous des doigts) c’est un état ancestral
(qui ne permet pas d’établir des liens de parenté au sein des Tétrapodes).
3 Principe de parcimonie
Suivant le nombre de taxons de l’échantillon étudié, plusieurs arbres sont possibles à priori. On
choisit parmi tous ces arbres celui qui minimise le nombre d’innovations évolutives ; c’est le principe de
parcimonie, qui consiste à adopter la solution la plus simple à un problème donné.
B Principe de la phénétique
A partir de la séquence de molécules homologues (ADN, ARN ou protéines), on établit la matrice des
distances entre les taxons. On construit ensuite un arbre dont la longueur des branches correspond à la
distance moléculaire entre les taxons en se basant sur le principe que plus deux espèces sont proches,
moins il y a de mutations qui ont pu s’accumuler sur leurs gènes homologues depuis que les deux espèces
évoluent de façon indépendante.
Remarque : Par rapport à la classification phylogénique, la classification traditionnelle ne contient pas que
des groupes monophylétiques (Les reptiles et les poissons ne possèdent aucune innovation évolutive
exclusive ; ce sont des groupes paraphylétiques)