Questions CHM6450 1/30

Mathematical formulas
This page will be available during the exam. The only mathematical formula you have to
know by heart is the definition of the structure factor Fhkl.

ei  cos   i  sin 

2
ei  cos 2   sin 2 
i 2  1

cos 0  cos 2  sin 1
2
3
cos   sin  1
2
 3
cos  cos  sin 0  sin   0
2 2
Diffusion de Thomson:

e 4 1  cos2 2
I Th  I i 2 2 4
mr c 2
Electron density by Fourier-transformation of the structure factors:

 ( x, y, z )  1V  Fhkl  e 2i ( hxkylz )

hkl
Bragg Law
2dhkl·sin = n· (n = 1, 2, 3 …)
Questions CHM6450 2/30

1. La diffusion de Thomson est décrite par la formule suivant:

e 4 1  cos2 2
I Th  I i 2 2 4
mr c 2
En utilisant cette formule, expliquez pourquoi:

a) l'intensité décroît avec l'angle de diffusion.

b) l'intensité des rayons diffusés est normalement au dessous 2% du rayon

initiale.

c) on ne voit pas la diffusion Thomson des neutrons.

d) on ne voit pas la diffusion Thomson des protons.

The Thomson scattering is defined by:

e 4 1  cos2 2
I Th  I i 2 2 4
mr c 2
Using this equation, explain why:

a) the scattering intensity drops with increasing scattering angle.

b) the scattered beams have normally intensities of less than 2% of the

primary beam.

c) neutrons do not scatter light via Thomson scattering.

d) Thomson scattering by protons is not observed.

2. Donnez deux caractéristiques de la diffusion Thomson qui sont essentiel pour une
étude structurale par diffraction des rayons X.

Name two characteristics of the Thomson scattering that are essential for a
structure determination by X-ray diffraction.
Questions CHM6450 3/30

3. Loi de Bragg:

a) Utiliser la construction graphique de Bragg pour déduire la loi de Bragg

(voir page des équations à la fin du document).

b) Expliquez pourquoi on n'observe pas de diffusion si l'angle  est incorrect.

Bragg Law:

c) Use the graphical Bragg construction to prove the Bragg law (see
equations page at the end of the document).

d) Explain why we do not observe any scattered intensity if the Bragg law is
violated.

4. Dessinez dans la figure suivante des plans hkl: 110, 310 et 420:

Enter graphically in the following picture the reciprocal lattice planes 110, 310,
and 420.

310

420
110

a b

5. Dans la structure de KF la position de K+ est 0,0,0; celui de F¯ 0.5, 0.5, 0.5. Le

KCl a la même structure: K+: 0,0,0; Cl¯: 0.5, 0.5, 0.5, mais une maille légèrement
Questions CHM6450 4/30

plus grande. Quelle structure a un ratio |F110|2/|F100|2 plus élevé ? Justifiez votre
réponse en calculant les facteurs de structure en dépendance de fCl, fF et fK.

In the structure of potassium fluoride the K+ ion is positioned at 0,0,0 and the
fluoride ion at 0.5, 0.5, 0.5. Potassium chloride displays the same structure with
K+: 0,0,0; Cl¯: 0.5, 0.5, 0.5, albeit with a slightly bigger unit cell. Which structure
has a higher |F110|2/|F100|2 ratio? Justify your answer by calculating the structure
factors in dependence of fCl, fF and fK.

6. Expliquez le «problème de phase» en cristallographie des rayons X. Quelles sont

ces origines, ces conséquences, ces solutions... ?

Explain le "phase problem" in X-ray crystallography. What are its origins,

consequences, solutions,... ?

7. L'affinement d'une structure est un procès itératif. Expliquez pourquoi la carte de

la densité électronique, qu'on obtient par la transformée de Fourier, devient
meilleur (= plus correct) si notre modèle s'approche de la réalité.

The refinement of a structure is an iterative process. Explain why the electron

density map, obtained by Fourier transformation, becomes better, i.e. more
correct, if our model becomes closer to reality.

8. Dessinez dans les images en bas les plans réticulaires 100 et 220. En utilisant les
facteurs de forme atomiques fO=6 et fH=1, donnez les valeurs pour des facteurs de
structure F100 et F220. Justifiez votre réponse en utilisant un explication graphique
ou un calcul. (Des hydrogènes sont localisés au milieu de deux atomes
d'oxygène.)

Draw the two lattice planes 100 and 220 into the two figures below. Using the
atomic form factors fO=6 et fH=1, what are the values of the atomic form factors
F100 and F220? Justify your answer either with a graphical or a numeric
explanation. (Hydrogen atoms are located in the middle of two oxygen atoms.)
Questions CHM6450 5/30

100
O H O H O H O H O H O H
H H H H H H
O H O H O H a O H O H O H
H H H H H H
O H O H O H O H O H O H
220 b
H H H H H H

9. Marquez la réponse correcte: On trouve des informations sur les positions

atomiques

a) plutôt dans les phases des réflexions

b) plutôt dans les amplitudes des réflexions

c) également dans les phases et les amplitudes des réflexions

Mark the correct answer: Information about atomic positions can be derived

a) mainly from the phases of the reflections.

b) mainly from the amplitudes of the reflections.

c) equally from phases and amplitudes of the reflections.

10. Marquez la réponse correcte:

a) Des réflexions ont une phase de 0º si les atomes sont situés sur les plans
réticulaires et de 180º si ils sont situés au milieu des plans réticulaires.

b) Des réflexions ont une phase de 0º si les atomes sont situés sur les plans
réticulaires ou au milieu des plans réticulaires. Si les atomes ont une
distribution arbitraire au détour des plans réticulaires, on obtient une phase
de 180º.
Questions CHM6450 6/30

c) Des réflexions ont une phase de 180º si les atomes sont situés sur les plans
réticulaires. Si les atomes ont une distribution arbitraire au détour des
plans réticulaires, on ne peut pas prédire la valeur de phase.

Mark the correct answer:

a) Reflexions have a phase of 0º if the atoms are located close to the lattice
planes, and of 180º if they are located mainly in the middle between the
lattice plans.

b) Reflexions have a phase of 0º if the atoms are located either close to the
lattice planes or mainly in the middle between the lattice plans. If the
atoms are distributed randomly with regard to the lattice planes, a phase
of 180º is obtained.

c) Reflexions have a phase of 180º if the atoms are located close to the
lattice planes. If the atoms are distributed randomly with regard to the
lattice planes, a prediction of the phase value is not possible.

11. En utilisant les valeurs données en bas, calculez les facteurs des structures F120 et
F321 pour la structure de PbCl4 (groupe spatial P1).

Using the values below, calculate the structure factors F120 and F321 for the
structure of PbCl4 (space group P1).

x, y, z f
Pb 0, 0, 0 fPb=82
Cl1 0.5, 0.5, 0.5 fCl=17
Cl2 -0.5, -0.5, 0.5
Cl3 -0.5, 0.5, -0.5
Cl4 0.5, -0.5, -0.5
Questions CHM6450 7/30

12. Expliquer l'utilisation et le sens des commandes suivantes que vous trouvez dans
le fichier d'instruction de SHELXL (XL):

Explain the use and the meaning of the following commands found in the
instruction file of SHELXL (XL):

1. TITL Exemple
2. CELL 1.5416 10.5080 12.6544 12.2123 90.000 98.922 90.000
3. ZERR 2.00 0.0016 0.0031 0.0030 0.000 0.030 0.000
4. LATT 1
5. SYMM -X, 0.5+Y, -Z
6. SFAC C H N SI ZR
7. UNIT 70 108 4 8 4
8. TEMP -140
9. SIZE 0.1 0.2 0.4
10. L.S. 6
11. BOND $H
12. FMAP 2
13. PLAN 20
14. WGHT 0.100000
15. FVAR 0.09895 0.77008
16. HKLF 4
17. END

13. Les deux lignes suivantes définissent deux atomes dans une structure. Expliquer le
sens de chaque entrée/valeur dans ces deux lignes.

The following two lines of a SHELXL instruction file define two atoms in a
structure. Explain the meaning of each entry/value in these two lines.

ZR1 5 0.42161 0.25000 0.91998 10.50000 0.02140 0.01234 =

0.01032 0.2315 0.14756 0.12468
C1 1 0.16560 0.14717 0.71608 11.00000 0.03452

14. Les lignes suivantes, prises d'un fichier d'instruction de SHELXL, décrivent
incorrectement un carbone désordonné sur deux positions. Nommer des
changements qu'il faut appliquer à ces lignes pour effectuer:

a) un affinement des deux positions avec une occupation de 1:1

Questions CHM6450 8/30

b) un affinement de l'occupation relative des deux positions en désordre.

L'occupation totale de cet atome est 1.

c) un affinement de l'occupation relative des deux positions en désordre.

L'occupation totale de cet atome est 0.5.

d) un affinement isotropique des deux atomes, avec une occupation 1:1.

e) un affinement isotropique des deux atomes, avec une occupation 1:1 et le

même facteur thermique isotropique.

FVAR 0.2154
C1A 1 0.011783 0.104699 -0.204921 11.00000 0.01653 0.01466 =
0.01919 0.00020 0.00403 -0.00358
C1B 1 0.061264 0.014034 -0.170058 11.00000 0.01539 0.01452 =
0.01801 -0.00146 0.00410 -0.00387

The following lines, taken from a SHELXL instruction file, incorrectly describe
one carbon atom disordered over two positions. Name the changes you have to
make so that :

f) both positions are refined with a 1:1 occupation.

g) the relative occupation of the two disordered positions is refined, but the
overall occupation of this atom is 1.

h) the relative occupation of the two disordered positions is refined, but the
overall occupation of this atom is 0.5.

i) both atoms are refined with a 1:1 occupation, but isotropic.

j) both atoms are refined with a 1:1 occupation, but with the same isotropic
temperature factor.

FVAR 0.2154
C1A 1 0.011783 0.104699 -0.204921 11.00000 0.01653 0.01466 =
0.01919 0.00020 0.00403 -0.00358
C1B 1 0.061264 0.014034 -0.170058 11.00000 0.01539 0.01452 =
0.01801 -0.00146 0.00410 -0.00387

15. Les lignes suivantes sont prises d'un fichier d'instruction SHELXL. Nommer les
trois erreurs y contenus.

The following lines are taken from a SHELXL instruction (*.ins) file. Name the
three errors contained therein.
Questions CHM6450 9/30

SFAC C H N O FE
UNIT 112 88 8 8 4
FE1 1 0.000000 -0.231467 -0.250000 10.50000 0.01131
O1 4 0.064633 -0.344010 -0.166753 1.354545 0.01926
O2 4 0.171123 -0.456946 -0.223989 11.00000 0.03012
O2 4 0.105989 -0.531873 -0.105649 11.00000 0.02933
N1 3 0.081290 -0.083714 -0.221163 11.00000 0.01550
C1 1 0.011783 0.104699 -0.204921 11.00000 0.01653
C2 1 0.061264 0.014034 -0.170058 11.00000 0.01539

16. Expliquer les concepts suivants:

a) facteur thermique isotropique

b) facteur thermique anisotropique

Explain the following concepts:

c) isotropic temperature factor

d) anisotropic temperature factor

17. Pourquoi est-ce que nous trouvons de temps en temps valeur pour des positions
atomiques fractionnelles u, v, w qui sont inférieur à 0 ou supérieur à 1?

Why do we found sometimes fractional atomic positions u, v, w with values

smaller than 0 or bigger than 1?

18. Marquez tous les réponses correctes (plus qu’une possible) :

a) Pour chaque atome on peut trouver des valeurs u, v, w pour les positions
atomiques fractionnelles qui sont entre 0 – 1.

b) Valeurs u, v, w supérieur à 1 résulte à une affinement instable

(surparametrisation).

c) Valeurs u, v, w inférieur à 0 n’ont pas de sens physique.

d) On doit choisir des valeurs pour u, v, w entre 0 – 1.

e) Il est encourager de choisir des valeurs pour u, v, w entre -1 et 2.

Questions CHM6450 10/30

f) Atomes avec u, v, w inférieur à 0 ou supérieur à 1 sont situé à l’extérieur

de la maille.

Mark all correct answers (more than one answer can be correct):

a) For each atom values for the fractional atomic positions u, v, w in the
range of 0 – 1 exists.

b) Values for u, v, w higher than 1 lead to unstable refinement

(overparametrization).

c) Values for u, v, w lower than 0 do not have physical sense.

d) Values for u, v, w have to be chosen in the range 0 – 1.

e) Values for u, v, w should be chosen in the range -1 – 2

f) Atoms with u, v, w smaller 0 or higher 1 lie outside the unit celle.

19. Définir dans vos propres mots les paramètres Uiso et Ueq.

Define in your own words the parameters Uiso and Ueq.

20. Le déplacement thermique anisotropique est décrit par un tenseur, i. e. un matrice

3x3. Pourquoi est-ce qu'on trouve seulement six valeurs pour des paramètres de
déplacement thermique anisotropique par atomes dans les fichiers (*.res, CIF,
etc.) ?

The anisotropic thermal displacement is described by a tensor, i. e. a 3x3 matrix.

Why do we find only six values for the anisotropic displacement parameters listed
(*.res-files, CIF-files, etc.)?

21. La molécule suivante était affiné isotropiquement. Présumant un mouvement

thermique ordinaire, énumérer des atomes S1, C2, N3 et C4-C7 en ordre
décroissant de leur facteur thermique.

The following molecule was refined isotropic. Assuming normal thermal motions,
list the atoms S1, C2, N3 and C4-C7 in decreasing order of their thermal
displacement parameter.
Questions CHM6450 11/30

S
1 7
5 2

4 N3

22. Expliquer la différence entre une contrainte et une restriction. Donner un exemple
pour chaque type.

Explain the difference between a constraint and a restraint. Give one example for
each type.

23. Qu'est-ce qu'ils sont des contraintes de positions spéciales?

What are special position constraints?

24. Expliquer le «riding model» utilisé pour l'affinement des positions des
hydrogènes. Est-ce que le «riding model» est une contrainte ou une restriction?

What is the “riding model” used for the refinement of hydrogen positions? Is the
“riding model” a restraint or a constraint?

25. Laquelle/Lesquelles des réponses suivants est/sont correcte(s)?

a) Des conditions/contraints («constraints») réduisent le nombre des

paramètres.

b) Des conditions/contraints («constraints») ainsi que les restrictions

(«restraints») augmentent le ratio de données/paramètres.

c) Des restrictions («restraints») réduisent le nombre des paramètres.

Which of the following answers is/are correct:

Questions CHM6450 12/30

d) Constraints reduce the number of parameters.

e) Constraints as well as restraints increase the data/parameter ratio.

f) Restraints reduce the number of parameters.

26. Les lignes suivants, prises d'un fichier d'instruction SHELXL (*.ins), décrivent un
groupe méthyle affiné par le «riding model».

a) Expliquer les commandes utilisées.

b) D'ou est-ce qu'on a obtenus des positions des hydrogènes?

c) Qu'elle est la signification de la valeur -1.5 pour le facteur thermique?

d) Lesquelles de ces valeurs sont permis d'affiner pendant l'affinement?

The following lines, taken from a SHELXL instruction file (*.ins) describe a
methyl group refined using the “riding model”.

a) Explain the commands used.

b) How were the hydrogen positions derived?

c) What is the meaning of the value of -1.5 for the thermal parameter?

d) Which of those values are free to refine in the refinement process?

C7 1 0.568119 0.522028 0.899556 11.00000 0.07982 0.07223 =

0.06910 0.03718 0.03334 0.02103
AFIX 33
H7A 2 0.554539 0.453285 0.913720 11.00000 -1.50000
H7B 2 0.505524 0.546977 0.906292 11.00000 -1.50000
H7C 2 0.638592 0.570429 0.938371 11.00000 -1.50000
AFIX 0

27. Des longueurs des liaisons des atomes hydrogènes sont déterminées
systématiquement trop courts par la spectroscopie en diffraction de rayons X.
Expliquer les raisons pour cet artéfact.

Bond distances to hydrogen atoms are systematically determined too short in X-

ray structure determinations. Explain the reasons for this artefact.
Questions CHM6450 13/30

28. Nommer trois méthodes de traiter des atomes de hydrogènes pendant l'affinement
d'une structure de rayons X. Quand et pourquoi est-ce qu'il faut choisir chaque
méthode?

Name three methods to treat the hydrogen atoms in a crystal structure refinement.
When and why would you choose each method?

29. Expliquer qu'est-ce que des cristallographes veulent dire s'ils parlent d'une
distance incorrecte à cause de la libration.

Explain what crystallographers mean, when they talk about incorrect bond
distances due to libration.

30. Quelles différences existent pour l'affinement d'un groupe méthyle avec des
commandes suivantes:

What are the differences in the refinement of a methyl group using the
commands:

a) AFIX 33

b) AFIX 127

c) AFIX 137

31. Laquelle/Lesquelles des commandes AFIX suivantes est/sont par seulement peu
usagé, mais fautive? Pourquoi?

Which of the following AFIX commands is/are not only unusual, but really
incorrect and why?

a) AFIX 37

b) AFIX 123

c) AFIX 47
Questions CHM6450 14/30

32. À quelle fin est-ce qu'on utilise la schéma de pondération?

To what purpose is the weighing scheme used?

33. Expliquer les commandes suivantes:

Explain the use of the following commands:

a) ACTA

b) BOND $H

c) MPLA <atomcodes>

d) HTAB <atomcodes>

e) CONF

34. Donner tous les raisons vous connaissez pourquoi l’intensité des réflexions décroit
aux hautes angles théta.

Give all the reasons you know why the intensity of reflections declines at high
theta angles.

35. C’est quoi le « overall scale factor » et pourquoi est-ce qu’il faut lui affiner?

What is the overall scale factor and why do we have to refine it?

36. Laquelle est la différence entre un artefact et un erreur? Donne trois exemples
pour des artefacts dans les études par diffraction des rayons X.

What is the difference between an artefact and an error? Give three examples for
artefacts in X-ray diffraction studies.
Questions CHM6450 15/30

37. La densité électronique résiduelle peut, de temps en temps, attribuée à des erreurs
de raccourcissement de Fourier.

a) Expliquer la source de cet artefact.

b) Où est-ce que les erreurs de raccourcissement de Fourier sont observées le

plus souvent?

Residual electron density can be sometimes ascribed to Fourier truncation errors,

also called Fourier truncation ripples.

c) Explain the source of this artefact.

d) Where are Fourier truncation errors most often observed?

38. Les distances entre deux carbones dans un groupe tert-butyl sont souvent plus
courtes que attendues.

a) Expliquer cette observation.

b) Est-ce que cette observation est un fait expérimental, un artefact ou un

erreur? Justifier votre réponse.

Carbon-carbon bond distances in tert-Butyl groups are often shorter than expected
for a C(sp3)-C(sp3) bond.

a) Explain this observation.

b) Is this observation an experimental fact, an artefact or an error? Justify

your answer.

39. Des longueurs des liaisons pour des liaisons triples carbone-carbone ou carbone-
azote déterminées par diffractions des rayons X sur monocristal sont souvent plus
courtes que celles déterminés par d'autres méthodes spectroscopiques ou que
celles prédites par des calculs ab initio en phases gazeuse. Est-ce que cette
différence est causé par le fait que les déterminations des structure par rayons X
se font en état solide? Justifier votre réponse.

Bond distances for carbon-carbon or carbon-nitrogen triple bonds determined by

single crystal X-ray crystallography are often shorter than those determined by
other spectroscopic methods or predicted by ab initio calculations in the gas
Questions CHM6450 16/30

phase. Is this difference caused by the fact that X-ray structure determinations are
done in the solid state? Justify your response.

40. Lesquelles des événements suivants peuvent causer un facteur Rint élevé?
(Plusieurs correctes réponses sont possibles. Marquez les réponses correctes.)

a) Décomposition de cristal

b) Mauvais group d’espace

c) Maclage

d) Mauvaise alignement de goniomètre

e) Grandeur de cristal insuffisant

f) Désordre

g) Incorrect groupe de Laue

Which of the following events will result in an increased Rint value? (Several right
answers are possible. Mark the correct answer.)

a) Crystal decomposition

b) Wrong space group

c) Twinning

d) Goniometer misalignment

e) Insufficient crystal size

f) Disorder

g) Incorrect Laue group

41. Expliquer le terme «violations des absences systématiques». Donne au moins

deux explications possibles pour la présence de ces violations.

What are “systematic absences violations”? Give at least two possible

explanations for the presence of these violations.
Questions CHM6450 17/30

42. Dans la discussion d'une structure de rayons X dans une publication, deux
distances de 2.323(3) Å et 2.342(4) Å sont décrits d'être «significativement
différentes». Est-ce que vous êtes d'accord? Justifier votre réponse.

In the discussion of a crystal structure in a publication, two bond distances of

2.323(3) Å and 2.342(4) Å, respectively are described as “significantly different”.
Do you agree? Justify your answer.

43. Expliquer/définir le sens des valeurs Rint et Rsigma.

Define/explain the meaning of the Rint and the Rsigma value.

44. Trois structures ont des valeurs Rint et Rsigma suivantes. Dans quel(les) cas est-ce
qu'ils indiquent des problèmes? Expliquer votre réponse pour chaque cas.

Three structures have the following Rint and Rsigma values. In which case do they
indicate problems? Explain your answer for each case.

a) Rint = 5% and Rsigma = 3%

b) Rint = 15% and Rsigma = 3%

c) Rint = 15% and Rsigma = 12%

45. Expliquer les concepts cristallographiques suivants:

a) «merging»/«moyennisation» des réflexions

b) réflexions mesurées

c) réflexions observées

d) réflexions indépendantes

Explain the following crystallographic concepts:

a) merging of reflections

b) measured reflections

c) observed reflections
Questions CHM6450 18/30

d) independent reflections

46.
wR2  Rw ( F 2 ) 
 w Fo  Fc  2

2 2

 w( Fo2 )2
Cette équation donne la définition de la valeur ainsi nommé wR2.

a) Qu'est-ce qu'il est décrit par cette valeur?

b) Quelle est la différence entre cette valeur et la valeur R1, qu'on trouve
citée très souvent dans les publications?

The above equation defines the so-called wR2 value.

a) What is described by this value?

b) What is the difference between wR2 and the also cited value R1?

47. Des valeurs R sont calculés pour «all data» et «observed data».

a) Expliquez la différence entre les deux.

b) Lequel de ces deux groupes de données est utilisé pour l'affinement

(présumant l'affinement contre F2 avec SHELXL-97)?

R-values are calculated for “all data” and “observed data”.

a) Explain the difference between the two.

b) Which data is used for refinement (assuming refinement against F2 with

SHELXL-97)?

48. Densité électronique résiduelle:

a) Qu'est-ce que les cristallographes nomment «densité électronique

résiduelle»?

b) Quelle valeur maximum est considérée acceptable comme bruit à la fin

d'affinement.
Questions CHM6450 19/30

c) Donner deux exemples pourquoi on peut trouver de temps en temps des

valeurs plus hautes que généralement acceptable, sans qu'ils indiquent un
problème structurel.

d) Donne deux exemples pour des problèmes structurels qui peuvent

conduire à une densité électronique résiduelle.

Residual electron density:

a) What do crystallographers describe as “residual electron density”?

b) Which maximum value for the residual electron density is still considered
acceptable, i. e. noise?

c) Give two examples, why you might find higher values than the accepted
limit for the residual electron density, without indicating a structural
problem.

d) Give two examples for structural problems, which would cause a high
residual electron density.

49. La sortie de votre affinement contient une section intitulée «Large correlation
matrix elements»

a) Expliquer le sens d'un «large correlation matrix element» (élément grand

de la matrice de corrélation).

b) Quel problème cristallographique est-ce que vous soupçonne en présence

des éléments grands de la matrice de corrélation?

c) Pas tous les grands éléments de la matrice de corrélation indiquent des

problèmes structurels. Donne deux exemples où vous attendez un élément
de la matrice de corrélation d'être grand.

The output of the structure refinement contains a section titled “Large correlation
matrix elements”:

d) Explain the meaning of a “large correlation matrix element”?

e) What crystallographic problem would you suspect in the presence of large

correlation matrix elements?

f) Not all large correlation matrix elements indicate structural problems.

Give an example where you would correctly expect a correlation matrix
element to be large.
Questions CHM6450 20/30

50. Nommer les sept systèmes cristallins et leurs conditions géométriques (longueurs
des axes et valeurs des angles).

Name the seven crystal systems and their geometric conditions (axis lengths and
angles of the elemental cell).

51. Chaque maille centré peut être transformé dans un maille primitive qui peuvent
décrire le réseau Bravais avec la même précision. Pourquoi est-ce qu'il néanmoins
nécessaire d'utiliser des mailles centrées?

Each centered unit cell might be transformed into a primitive cell which describes
the reciprocal space with identical accuracy. Why is it nevertheless necessary to
use centered cells?

52. Réseaux centrés

a) Lesquelles des mailles dans la liste suivante sont une combinaison

impossible de système cristallin et centrage?

b) Lesquelles sont en générale possibles, mais non-standard?

c) Lesquelles sont correctes et standard?

Lattice centering:

a) Which of the unit cells in the following list are impossible combinations of
crystal system and centering?

b) Which are possible, but in a non-standard coordinate setting?

c) Which are correct and in the standard setting?

1. aP 2. aA 3. aI 4. mC 5. mI
6. oA 7. oB 8. oF 9. hA 10. hI
11. cA 12. cI 13. cF

53. Expliquer le terme «absences systématiques» et décrire l'origine de ces absences.

What are “systematic absences” and what are their origins?

Questions CHM6450 21/30

54. Le(s)quel(s) des éléments de symétrie suivants génère(nt) des absences

systématiques des réflexions?

Which of the following symmetry elements will generate systematic absences of

reflections?

a) Axe de rotation / rotation axis

b) Axe de roto-inversion / screw axis

c) Plan de symétrie (miroir) / mirror plane

d) Plan de glissement / glide plane

e) Centre d'inversion / inversion center

55. Dans une base de données les réflexions suivantes sont systématiquement
absentes. / In a dataset the following reflections are systematically absent:

a) h00 pour/for h4n

b) 0k0 pour/for k2n

c) 00l pour/for l2n

d) h0l pour/for h+l2n

Quels éléments de symétrie sont présents? Donner aussi leur orientation, par ex.
«parallèle à b» ou «perpendiculaire à a».

Which symmetry elements are present in the space group (including their
orientation, e.g. parallel to b or perpendicular to a)?

56. Loi de Friedel

a) Quel est la loi de Friedel?

b) Montre mathématiquement que la loi de Friedel est toujours satisfait

(ignorer la dispersion anomale)

Friedel's Law:

c) What is Friedel's Law?

Questions CHM6450 22/30

d) Prove mathematically that (in the absence of anomal dispersion) Friedel's

Law is indeed correct.

57. Expliquer le concept de maille réduit / maille de Niggle : Quels sont des
conditions pour une maille réduit? Quel avantage a la maille réduit en
comparaison avec la «vrai maille» de notre groupe d’espace?

Explain the concept of a reduced (Niggli) cell: What are the conditions for a
reduced cell? What advantages to we have from using a reduced cell instead of
the “real cell” of our space group?

58. Lesquelles des mailles suivants sont des mailles réduits (mailles Niggli) ?

Which of the following unit cells are reduced (Niggli) cells ?

a) a = 12.324 Å, b = 15.234 Å, c = 8.847 Å,  = 90°,  = 112.32°,  = 90°

b) a = 12.754 Å, b = 14.364 Å, c = 18.353 Å,  = 76.3°,  = 82.3°,  = 65.1°

c) a = b = c = 8.049 Å,  =  =  = 90°

d) a = 11.754 Å, b = 14.054 Å, c = 16.423 Å,  = 90°,  = 112.3°,  = 90°

e) a = 11.754 Å, b = 14.054 Å, c = 16.423 Å,  = 90°,  = 90°,  = 78.2°

f) a = 8.325 Å, b = 8.325 Å, c = 5.215 Å,  =  =  = 90°

g) a = 7.894 Å, b = 7.982 Å, c = 8.847 Å,  = 90°,  = 112.32°,  = 90°,

body centered / centré

59. Fonction de Patterson

a) Comment est-ce que la fonction de Patterson est calculé/obtenue?

b) Comment est-ce qu'elle est utilisée?

Patterson function:

c) How is the Patterson function calculated/obtained?

d) How is the Patterson function used?

Questions CHM6450 23/30

60. Les méthodes directs sont basés sur l'équation de Sayre / Direct methods are based
on the Sayre-equation:

Fhkl   Fhk l   Fhh,k k ,l l 

hk l 

Néanmoins, les applications pratiques se basent surtout sur l'approximation de

l'équation de Sayre par la relation de triplet, ainsi nommée. / The practical
applications of direct methods, however, rely mostly on the approximation of the
Sayre-equation by the so-called triplet-relation.

a) Donner la formule pour la relation de triplet. / What is a triplet relation

(formula)?

b) Justifier pourquoi la relation de triplet est une approximation raisonnable

de l'équation de Sayre. / Justify why the triplet relation is a reasonable
approximation of the Sayre equation.

61. Des méthodes modernes pour résoudre des structures utilisent des ainsi nommés
méthodes de multi-solution («multisolution methods») pour trouver un set avec
des phases corrects. Décrire ces méthodes et pourquoi ils sont appelés «multi-
solution».

Modern structure solving programs using direct methods use so-called «multi-
solution methods» to find the correct phase set. Describe these methods and why
they are called «multisolution»?

62. Comment est-ce qu’on calcule des facteurs de structure normalisés E à partir de
facteurs de structure F? Quelle est la différence entre E et F?

How do we obtain the normalized structure factor E from structure factors F?

What is the difference between E and F?

63. Pourquoi est-ce qu’on utilise des valeurs E plutôt que F dans les méthodes
directes?

Why do we used E rather than F in direct methods?

Questions CHM6450 24/30

64. Quartets négatifs

a) Expliquer le terme «quartet négatif».

b) Comment sont des quartets négatifs utilisés par des méthodes directs?

Negative quartets:

c) What is a negative quartet?

d) How are negative quartets used in structure solution by direct methods?

65. Des méthodes modernes pour la résolution des structures souvent procèdent par
assignement des valeurs arbitraires à un set des phases, suivis par une étape
d'affinement. Un désavantage de ce méthode est qu'il résultent souvent la
«solution d'uranium» ainsi nommée.

a) Expliquer le terme «solution d'uranium».

b) Comment est-ce qu'on peut éviter l'affinement vers la solution d'uranium?

Modern structure solution methods work often by assigning random values to a

selected set of phases, followed by a refinement. One disadvantage of this method
is that they often refine to the so-called "uranium atom solution".

c) What is the uranium atom solution?

d) How can refinement into a uranium atom solution be avoided?

66. Nommer deux types de disorder que vous connaissez. Donner un exemple pour
chaque type.

Name two kinds of disorder you know. Offer an example for each type.
Questions CHM6450 25/30

67. Un ellipsoïde thermique d'un atome terminal est orienté parallèle à son lien. Son
valeur U eq est soit plus haute, soit plus petite que attendue. Quel type de problème
structurel est indiqué par ce comportement?

A thermal ellipsoid of a terminal atom is orientated parallel to its bond. Its Ueq
value is either higher or lower than expected. What kind of structural problem is
indicated by this behaviour?

68. Désordre

a) Décrire avec vos propres mots le concept cristallographique de

«désordre». N'ailliez-pas trop en détail.

b) Quelle est la différence entre un désordre dynamique et un désordre

statique?

c) Quelle différence est faite pendant le traitement de désordre entre un

désordre statique et un désordre dynamique?

Disorder:

d) Describe in your own words the crystallographic concept of "disorder".

Do NOT go into too much detail.

e) What is the difference between static and dynamic disorder?

f) What is the difference of treatment between static and dynamic disorder in

structure refinement?

69. Superstructure:

a) Expliquer le terme «superstructure». / What is a superstructure?

b) Quelles sont les conséquences d'une superstructure sur les intensités de

nos réflexions? / What are the consequences of a superstructure on our
reflection intensities?
Questions CHM6450 26/30

70. Dispersion anormale:

a) Décrire l'origine de la dispersion anomale et ses effets sur les intensités

des réflexions.

b) De quel façon est-ce que la dispersion anormale est utilisée dans la

détermination des structures par rayons X?

c) À quelles conditions est-ce que la dispersion anormale est forte?

Anomalous Dispersion:

d) Describe the origin of anomalous dispersion and its effects on the

reflection intensities?

e) In which way is anomalous dispersion used in crystal structure

determinations?

f) Under what conditions do you expect anomalous dispersion to be high?

71. Dispersion anormale: En présence de la dispersion anormale le facteur de

structure atomique doit être corrigé à f + f' + i·f". Montrer mathématiquement
que la loi de Friedel est encore satisfait, même en présence de la dispersion
anormale, pour de groupes d'espace centrosymétriques.

Anomalous Dispersion: In the presence of anomalous dispersion the atomic form

factor f has to be corrected to f + f' + i·f". Show mathematically that Friedels
Law is still valid even in the presence of anomalous dispersion for centrosymetric
space groups.

72. Définir les concepts suivants / Define the following concepts:

a) groupe d'espaces chiraux / chiral space groups

b) groupe d'espaces centrosymétriques / centrosymmetric space groups

c) groupe d'espaces polaires / polar space groups

d) groupe d'espace non-centrosymétriques / non-centrosymmetric space

groups
Questions CHM6450 27/30

73. Paramètre de Flack / Flack parameter:

a) Expliquer le terme «paramètre de Flack». / What is the Flack parameter?

b) Comment est-ce que le paramètre de Flack est utilisé pendant l'affinement

d'une structure? / How is the Flack parameter used in crystal structure
refinements?

74. Trois cristaux (a-c) du même composé ont été mesurés. Le composé cristallise
dans le groupe d'espace P212121. Le paramètre de Flack était affiné pour chaque
cristal à la valeur donnée en bas. Qu'est-ce que le paramètre de Flack indique dans
chaque cas?

Three crystals (a – c) of the same compound have been measured. The compound
crystallized in the space group P212121. The Flack parameter refined to the values
given below for each of the three crystals. What does the Flack parameter indicate
in each case:

a) x = 0.323(2)

b) x = 0.023(4)

c) x = 0.923(22)

75. Qu'est-ce que c'est la différence entre absorption et extinction (sécondaire) ?

What is the difference between absorption and (secondary) extinction?

76. Mosaicité

a) Expliquer le terme «Mosaicité d'un cristal»

b) Qu'est-ce que sont les conséquences, si un cristal a une «mosaicité élevée»

?

c) Est-ce qu'il y a des effets négatifs possibles, si un cristal a une «mosaicité

basse»?

Mosaic structure:

d) Define the concept "mosaic structure".

Questions CHM6450 28/30

e) What are the consequences if a crystal has a "high mosaicity"?

f) Are there negative effects possible, if a crystal has a "low mosaicity"?

77. Effet de Renninger

a) Décrire (éventuellement avec un petit graphic) l'effet de Renninger.

b) Quels sont de conséquences de cet effet?

c) Comment est-ce qu'on peut décider, si l'intensité d'une réflexion est affecté
par l'effet de Renninger?

Renninger Effect

d) Describe (eventually with a small graphic) the Renninger effect.

e) What are possible consequences of the Renninger effect?

f) How can you decide if the intensity of a reflection is caused by a Renniger

type reflection?

78. Maclage par mériédrie

a) Quelle est la différence entre le maclage par mériédrie et maclage sans

mériédrie ?

b) Est-ce que le maclage par mériédrie est possible dans le système

triclinique?

Merohedral twinning:

c) What is the difference between merohedral and non-merohedral twinning?

d) Is merohedral twinning possible in the triclinic crystal system?

79. Deux groupes de Laue 4/m et 4/mmm sont possible dans le système cristalline
tétragonal. Vous avez résolu une structure dans le groupe spatial tétragonal P4/n,
qui appartient au groupe de Laue 4/m. Étant donné que votre structure est très
désordonnée, votre collègue vous propose de vérifier si vous avez un maclage par
mériédrie, qui – dans son opinion – est très commun pour les groupes spatiaux
Questions CHM6450 29/30

tétragonals. Est-ce qu'il est possible que votre cristal soit un macle par mériédrie?
Justifier votre réponse.

Two Laue groups 4/m and 4/mmm are possible in the tetragonal crystal system.
You have solved a structure in the tetragonal space group P4/n, which has the
Laue group 4/m. Since your structure is highly disordered your colleague
proposes to check for merohedral twinning, which in his opinion is quite common
for tetragonal space groups. Could your crystal be a merohedral twin? Justify
your answer.

80. Maclage par pseudo-mériédrie

a) Qu'est-ce qu'est la différence entre maclage par mériédrie et maclage par

pseudo-mériédrie?

b) Dans quelles conditions est-ce que vous pouvez souvent observer le

maclage par pseudo-mériédrie?

Pseudomerohedral twinning:

a) What is the difference between merohedral and pseudomeroheral

twinning?

b) Under what conditions is pseudomerohedral twinning most often

observed?

81. Des macles peuvent être caractérisées par rapport à leur obliquité  et l'indice de
maclage n. Assigner le maclage par mériédrie, mériédrie réticulaire, pseudo-
mériédrie ou sans mériédrie aux cas suivants:

Twins can be characterized by means of the twin obliquity  and the twin index
n. Assign the nomenclature of twinning by merohedry, non-, pseudo- or reticular
merohedry to the following cases:

a) > 0, but small; n = 1

b) = 0; n > 1

c) >> 0; n >> 1

d) = 0; n = 1
Questions CHM6450 30/30

82. La correction de Lorentz et polarisation est définé comme:

Lp 
1
1  cos2 2 
2 sin 2

a) Pourquoi est-ce que cette correction est nécessaire?

b) Qu'est-ce qu'il est corrigé avec la correction de Lorentz?

c) Quel partie de la correction Lp en haut vient de la correction de

polarisation, lequel de la correction de Lorentz?

The so called Lorentz-polarisation correction is defined as:

Lp 
1
1  cos2 2 
2 sin 2

a) Why is a "polarisation correction" necessary?

b) What is corrected with the "Lorentz correction"?

c) Which part of the Lp correction given above can be assigned to the

Lorentz, which to the polarisation correction?

83. En dépendance des conditions expérimentales il y a un maximum pour la grandeur

des cristaux que nous pouvons utiliser sur le diffractomètre en question. Quels
sont des raisons pour cette limite de grandeur?

Depending on the instrumental setting, there is a maximum size for crystals which
can be measured on a given diffractometer. What is the reason for this size limit?

84. Vous avez une structure non-centrosymmétrique dans le groupe d’espace Pm. Est-
ce qu’il faut affiner le paramètre x de Flack? Justifiez votre réponse.

You have a structure in the non-centrosymmetric spacegroup Pm. Do you have to

refine the Flack-x-parameter? Justify your answer.

85. Quel est la différence entre l’utilisation de restrictions SIMU et DFIX?

What is the difference in using SIMU and DFIX restraints?