Code génétique et Traduction N.

M
Définition :
Le code génétique est la correspondance entre la séquence des 4 bases d’AN, et la séquence des 20 AA. Ce code
fonctionne par triplets (3 nucléotides) codent pour 1 AA
Les caractéristiques du code géN.Mnétique :
Les codons sont des triplets de nucléotides et chaque codon ne désigne qu'1 seul AA (le code n'est donc pas
ambigu). Il existe 43= 64 codons possibles, codant 20 AA différents (le code est dégénéré)
Le code est redondant (dégénéré) : Plusieurs codons codent pour 1 même AA : on trouve 64 codons et 20 AA. 61
codons représentent les AA et les 3 codants UAG, UGA, et UAA ne représentent aucun AA = codons de terminaison
(codons stop). Tous les AA exceptés le tryptophane et la méthionine sont représentés par plus d’1 codon. Souvent ce
sont les 2ère nucléotides du codon qui définissent l’AA, la spécificité réduite de la dernière position du codon est
connue sous le nom de la dégénérescence de la 3ème base. La redondance est donc due au 3 nucléotide du codon. Les
codons qui désignent le même AA sont dits synonymes et ils ont tendance à se ressembler, les différences entre
codons synonymes portent sur la 3 position du codon, qui est appelée position flottante.
Le code génétique est non-chevauchant : Les nucléotides d’un codon ne participent qu’au code d’1 AA, ainsi le
prochain AA sera codé par le prochain codon présent sur l’ARNm. On parle alors de cadre de lecture (Reading frame).
Le code possède un système de ponctuation : Le codon de la méthionine AUG est le signal qui débute la synthèse
protéique {codon d’initiation (GUG pour la mitochondrie)} et les codons stop représentés par UAA (ocre), UAG
(ambre) et UGA (opale), ce dernier est absent de la mitochondrie ils mettent fin de façon spécifique à la synthèse
protéique, un de ces codons marque la fin de la partie codante de chaque gène.
Le code génétique est universel : En effet chaque AA dispose d’1 ou plusieurs codons et ceci au niveau d’une
multitude d’organismes procaryote et eucaryote, les rares exceptions au code génétique sont les seuls changements
trouvés dans le génome principal d’une espèce concernent les codons de terminaison ; dans le mycoplasme, UGA
code pour le tryptophane et dans le Tetrahymena thermophila cilié, UAA code pour la glutamine.
En effet, Sanger et son équipe ont remis en question cette notion d’universalité. Leur étude a porté sur l’ADN de la
mitochondrie humaine et a montré que quelques codons ne codent pas pour les mêmes AA :
✓ AUA ne code plus Ile mais Met (qui est donc ici codée par 2 codons au lieu d’un).
✓ UGA ne code plus pour le codon stop, mais pour le codon Tryptophane.
✓ AGA ne code plus pour Arg. mais pour le codon stop.
✓ AGG ne code plus pour Arg. mais pour le codon stop.
On a trouvé une exception se rapportant au codon UAA de l’ARNm de paramécie (protozoaire) qui n’est pas un codon
stop mais code Gln.
La découverte de 2 AA rares, la sélénocystéine code pour un codon- stop opale UGA et la pyrrolisine code pour un
codon-stop ambre UAG.
Le décryptage du code génétique :
On a utilisé une technique pour décrypter le code génétique. Elle consiste à synthétiser artificiellement au laboratoire :
✓ Un ARNm, le polyU, il n’est composé que de nucléotides à uracile. Mis en contact avec les composants
indispensables à la synthèse des protéines (ribosomes, AA et autres facteurs), le polyU a provoqué la synthèse
d’une chaîne peptidique formée uniquement de Phe. Cela signifiait que le codon UUU codait pour la Phe.
✓ On a répété l’expérience avec le polyA et on a découvert ainsi, que le codon AAA codait pour la lysine.
✓ On a utilisé des poly mixtes ayant 2 nucléotides différents répétés, ex : le polyAC codera (Thr – His – Thr –
His)n. Mais ce résultat seul ne permet pas de savoir si Thr est codée par ACA et His par CAC. Cette
expérience a été répétée avec un poly AAC. Cet ARNm artificiel donna 3 sortes de chaînes polypeptidiques :
AAC (poly Asn), ACA (poly Thr) ou CAA (poly Gln).
✓ Le seul codon en commun avec l’expérience précédente est ACA et le seul AA en commun dans les
polypeptides est Thr et donc CAC code pour His.
Définition de la traduction :
Est le processus de biosynthèse des protéines par la C. Durant la traduction, l’information codée dans les ARNm est
utilisée pour spécifier la séquence d’une protéine. Les ARNt entités porteuses d’AA, jouent un rôle clé (transcodage)
dans ce processus en apportant les AA au ribosome qui catalyse la formation de la liaison peptidique entre les AA
dans l’ordre spécifié par l’ARNm ; ceci garantit que les AA sont liés les uns aux autres dans un ordre correct. Les
protéines synthétisées ne sont pas forcément fonctionnelles, elles doivent subir des modifications post-traductionnelles
Les différents composants indispensables à la biosynthèse des protéines :
ARNm
C’est la transcription de l’information génétique sous forme d’ARNm qui représente un brin d’ADN. C’est une
matrice pour la synthèse protéique et qui reflète sa capacité (chez les eucaryotes à passer du noyau où il est synthétisé
et où il subit une maturation), au cytoplasme où il est opérationnel. La traduction d’ARNm en protéine s’accomplit par
la lecture du code génétique. Le ARNm est traduit par les ribosomes en protéines.
Les ARNt
Apportent tous les AA indispensables à la biosynthèse protéique au ribosome en suivant l’ordre de lecture fixé par la
séquence du ARNm. Un ARNt est un adaptateur qui possède 2 propriétés fondamentales.
1- Il ne peut reconnaitre qu’un seul AA auquel il est lié de façon covalente.
2- Chaque ARNt contient une séquence trinucléotidique, l’anticodon complémentaire du codon qui représente
son AA. L’anticodon permet à l’ARNt de reconnaitre le codon via l’appariement de bases complémentaires.
Les ribosomes :
➢ Sont des macromolécules composées d’ARNr et de protéines
➢ Ils sont localisés en grande quantité dans le cytoplasme où ils jouent un rôle central dans la traduction des ARNm
en protéines. C’est un ‘’véritable atelier’’ mobile, à l’intérieur duquel un ensemble compact de protéines et
d’ARNr forment plusieurs centres actifs pouvant entreprendre des activités catalytiques diverses.
➢ Un ribosome est constitué de 3 sites actifs : site A, site P et site E. Les ARN aminoacyls entrants, autres que le
premier ARNt, se lient au site A. La formation de liaison peptidique se produit au site P. Le site de sortie pour
l'ARNt non chargé est le site E (exit)
Les amino-acyl ARNt synthétases :
Ces enzymes sont responsables de la liaison covalente (par aminoacylation) à l’extrémité du bras accepteur de l’ARNt
Les AA : Ils ont besoin d'être activés par liaison à leur ARNt pour être incorporé dans la chaine polypeptidique : cet
ARNt joue le rôle d'adaptateur entre l'AA et le codon
L’énergie : Elle est apportée par l’hydrolyse du GTP et de l’ATP
Le magnésium (Mg2+)
Mécanisme d’activation d’un AA lors de la traduction
Chargement de l’AA sur l’ARNt :
➢ La formation du complexe amino-acyl-ARNt nécessite une Amino-acyl-ARNt synthétase spécifique de l’AA, qui
doit ainsi reconnaître toutes les formes de codon de cet AA. Le chargement correct de l’ARNt est un élément
important dans la fidélité de la traduction
➢ L’AA est d’abord activé et ça nécessite un apport d’énergie (ATP) pour obtenir AA-AMP (liaison anhydride
mixte)
➢ La liaison formée entre l’ARNt et l’AA est une liaison covalente de type carboxy-ester
➢ Les Amino-acyl-ARNt-synthétase sont au nombre de 20 dans la C, autant qu’il y a d’AA qui rentrent en compte
dans la traduction. L’AA complexé peut ainsi s’associer à la chaîne
Les différentes caractéristiques de la traduction en général : La biosynthèse des protéines se déroule en 3 étapes
- Initiation : caractérisée par un assemblage d’un ribosome sur un ARNm
 - Elongation : cycles simples et répétés de livraison d’AA par les ARNt, avec formation d’une liaison
peptidique, suivie de la translocation du ribosome le long d’ARNm
- Terminaison : libération de la chaine polypeptidique achevée, du ARNm et la dissociation du ribosome
1.Initiation :
Nécessite, l’ARNm, les ribosomes, l’ARNt initiateur, certains facteurs d’initiation se lient à la petite SU et empêchant
sa fixation sur la grande SU, d’autres facteurs d’initiation et le GTP peuvent ensuite se lier et aider l’ARNt initiateur
Ce complexe de la petite SU peut alors se lier à une molécule d’ARNm via son site de liaison au ribosome. Le ARNt
peut ensuite s’apparier avec le codon initiateur AUG ce qui libère certains facteurs d’initiation, créant un complexe
d’initiation. La grande SU se lie alors déplaçant les facteurs d’initiation et le GDP qui ont déjà servi.
2.Elongation
L’élongation implique les 3 facteurs : EF-Tu, EF-Ts et EF-G, des ARNt chargées, le complexe d’initiation et le GTP.
Elle se déroule en 3 étapes :
1. Une molécule d’ARNt est délivrée sous forme de complexe uni avec EF-Tu et le GTP, ce dernier est
hydrolysé et EF-Tu-GDP libéré pour être de nouveau réutilisé grâce au facteur EF-Ts et GTP.
2. La peptidyl- transférase forme une liaison peptidique en joignant 2 AA adjacents sans utilisation d’énergie.
3. La translocation utilise la translocase (EF-G) et avec l’énergie qu’elle tire du GTP, déplace le ribosome d’un
codon le long de l’ARNm, éjectant l’ARNt non chargée et transférant la chaine peptidique croissante au site P.
3.Terminaison :
S’achève lorsque l’un des 3 codons stop entre dans site A. Des facteurs de libération entrent dans site A et provoquent
la libération de la chaine polypeptidique. Après la terminaison, le ribosome se dissocie et l’ARNm est libéré.
Le mécanisme de la traduction d’un ARNm chez les procaryotes :
Est un processus de synthèse simultanée de protéines avec la transcription. Elle commence juste après la transcription
à l'extrémité 5 ' du gène d’ARNm.
1.Initiation :
Commence par la fixation d’une petite SU sur l’ARNm au niveau de la séquence Shine-Dalgamo (région riche en
bases puriques situées en amont du codon de départ AUG). Elle requiert des facteurs protéiques qui s’associent à la
petite SU du ribosome (IF1, IF2et IF3) cet ensemble se fixe vers la fin de la 5’ –UTR de l’ARNm au niveau du site de
liaison du ribosome, pour former un complexe d’initiation 30S. Puis la grande SU du ribosome se fixe sur la petite et
simultanément les facteurs d’initiation se détachent du ribosome.
Cinétique de cette initiation :
IF3 et IF1 se fixent sur la petite SU ce qui provoque son attachement à l’ARNm.
Puis IF2 rejoint cet ensemble et permet la fixation de l’ARNt initiateur sur le site P de la petite SU. Le facteur IF2
active une GTPase ribosomique et l’hydrolyse du GTP permet à la grande SU de rejoindre le complexe et de former
un ribosome complet. A ce stade les 3 facteurs se détachent et le site A peut accueillir l’aminoacyl-ARNt qui
reconnaitra le 2ème codon du messager.
L’élongation commence au moment où la première liaison peptidique se forme.
La synthèse des protéines débute toujours par la fixation d’un ARNt initiateur dont l’anticodon reconnait le codon
initiateur AUG qui code pour une méthionine (2 types de triplets AUG reconnus par le ARNt initiateur chargé et les
ARN méthionine d’élongation).
L’ARNt initiateur charge la méthionine puis cette dernière est secondairement formylée. Le fmet-ARNt est le seul qui
puisse se lier directement sur le site P de la petite SU qui s’est positionnée en face du codon d’initiation.
Elongation :
C’est une étape relativement simple, répétée et qui fait intervenir 3 facteurs d’élongation : EF-tu, EF-Ts, EF-G, le
GTP, le complexe d’initiation 70S et des molécules d’ARNt chargées.
Elle se déroule en 3 étapes :
➢ EF-Tu (EF1A / EF1 α) : responsable de la sélection et la liaison de l’aminoacyl-tRNA apparenté au site
A (site accepteur) du ribosome
➢ EF-Ts (EF1B ou EF1 β /γ) facteur d’échange de nucléotides régénérés EF1A de sa forme inactive
(EF1A-GDP) en sa forme active (EF1A-GTP). Il est plus complexe chez les eucaryotes.
➢ EF2 (EF-G) : responsable de la translocation du peptidyl-ARNt du site A au site P (site peptidyl- ARNt)
libérant ainsi le site A pour l’aminoacyl-ARNt suivant.
EF-Tu et EF-G sont des petites molécules fixant le GTP
En effet, en fin d’initiation le ARNm s’associe à la petite SU.
L’ARNt initiateur chargé de sa méthionine est lui en contact d’une part avec :
- le codon initiateur du ARNm par l’intermédiaire de sa séquence anticodon
- la grande SU au niveau du site P. Sur la grande SU juste à côté de ce site, dans l’axe du codon suivant du messager,
se trouve un site analogue, il est désigné site A. C’est à ce niveau que vient se fixer l’ARNt chargé suivant. Cette
fixation nécessite l’intervention du facteur d’élongation EF-Tu lié au GTP qui subit une hydrolyse. Le complexe EF-
Tu-GDP est libéré dans le milieu. La régénération de ce dernier nécessite l’action EF-Ts et du GTP.
La liaison peptidique est créée par la peptidy-transferase, qui fait passer la méthionine initiatrice ou la chaine
polypeptidique en formation, lié par l’intermédiaire de son ARNt au site P, sur l’AA qui vient d’être fixé au site A par
l’intermédiaire de son ARNt. Sous l’influence du facteur d’élongation EF-G et de l’énergie fournie par l’hydrolyse du
GTP, le ribosome va se déplacer de 3 bases (un codon) ce qui pour résultat le passage du ARNt chargé du polypeptide
en croissance du site A au site P et de libérer le site A. Le système se retrouve donc dans l’état initial, la chaine
polypeptidique ayant été allongée d’un AA.
L’ensemble de ces procédés est renouvelé jusqu’à ce que le ribosome rencontre un codon stop (site de terminaison).
Terminaison :
La traduction s’achève lorsqu’un codon de terminaison pénètre dans le site A.
Les facteurs de libération (RF1 ou RF2) reconnaissent les codons d’arrêt et aidés par RF3, permettent à la peptidyl
transférase de joindre une chaine polypeptidique à une molécule d’eau entrainant ainsi sa liberation. Le facteur
ribosomal (EF-G) de libération aide à dissocier les SU du ribosome de l’ARNm.
Les différentes étapes de la traduction d’un ARNm chez les eucaryotes :
L’initiation : L’initiation de la traduction est très complexe faisant intervenir plusieurs facteurs d’initiation (12)
Le signal de début de la traduction est la séquence AUG qui correspond au codon méthionine.
Bien qu’il n’existe qu’un codon pour la méthionine, 2 types d’ARNt sont retrouvés dans le cytoplasme : les ARNt qui
sont utilisés pour l’introduction des méthionines dans la chaine polypeptidique lorsque le codon AUG est rencontré
dans le messager, et les ARNt initiateurs qui interviennent exclusivement lors de l’initiation et qui s’hybrident au
codon AUG. Dans 50% des protéines biosynthétisées, la méthionine initiatrice est excisée. La traduction débute par la
formation d’un complexe ternaire composé de facteur d’initiation, IF2, de ARNt chargé de méthionine et d’un apport
énergétique sous forme de GTP.
Ce complexe interagit avec la petite SU(40s) maintenue libre grâce au facteur eIF6 qui empêche l’union des 2 SU
(40S et 60S). Ce n’est qu’après que l’ARNm vient s’y associer grâce au facteur eIF3. Cette étape nécessite de
l’énergie qui est fournie par l’hydrolyse d’une molécule d’ATP. D’autres facteurs sont requis à cette étape les facteurs
eIF1, eIF4A, eIF4B.
Les facteurs eIF2, eIF3 et eIF6 sont libérés grâce à l’intervention du facteur eIF5. Cette étape est indispensable à la
fixation de la SU 60S qui nécessite l’intervention du facteur eIF4C.
A la fin de cette étape l’ARNt initiateur chargé de méthionine se trouve au niveau de la grande SU, en regard du site P
(site polypeptidique.)
Elongation :
C’est une étape relativement simple, répétée et qui ne fait intervenir que 3 facteurs d’élongation :
➢ EF-Tu (EF1A ou EF1 α) : responsable de sélection et de la liaison de l’aminoacyl- ARNt apparenté au site A
➢ EF-Ts (EF1B ou EF1β/γ) facteur d’échange de nucléotides régénérés : EF1A de sa forme inactive (EF1A-
GDP) en sa forme active (EF1A-GTP).
➢ EF2 (EF-G) : responsable de la translocation du peptidyl-ARNt du site A au site P (site peptidyl- ARNt)
libérant ainsi le site A pour l’aminoacyl-tRNA suivant.
EF-Tu et EF-G sont des petites molécules fixant le GTP (Small GTP-Binding protein).
En effet, en fin d’initiation l’ARNm s’associe à la petite SU.
L’ARNt initiateur chargé de sa méthionine est lui en contact avec une part :
- le codon initiateur du ARNm par l’intermédiaire de sa séquence anticodon
- la grande SU au niveau du site P. Sur la grande SU juste à côté de ce site, dans l’axe du codon suivant du messager,
se trouve un site analogue, il est désigné site A. C’est à ce niveau que vient se fixer l’ARNt chargé suivant. Cette
fixation nécessite l’intervention du facteur d’élongation EF-Tu lié au GTP qui subit une hydrolyse. Le complexe EF-
Tu-GDP est libéré dans le milieu. La régénération de ce dernier nécessite l’action EF-Ts.
La liaison peptidique est créée par la peptidy-transferase, qui fait passer la méthionine initiatrice ou la chaine
polypeptidique en formation, lié par l’intermédiaire de son ARNt au site P, sur l’AA qui vient d’être fixé au site A par
l’intermédiaire de son ARNt. Sous l’influence du facteur d’élongation EF-G et de l’énergie fournie par l’hydrolyse du
GTP le ribosome va se déplacer de 3 bases ce qui pour résultat le passage du ARNt chargé du polypeptide en
croissance du site A au site P et de libérer le site A. Le système se retrouve donc dans l’état initial, la chaine
polypeptidique ayant été allongée d’1 AA. L’ensemble de ces procédés est renouvelé jusqu’à ce que le ribosome
rencontre un codon stop (site de terminaison).
Terminaison :
Il n’existe aucun ARNt capable de se lier à l’un des 3 codons stop UAG, UAA, et UGA (sauf ARNt suppresseurs) ce
qui se traduit par l’arrêt de la traduction. Le désassemblage du complexe ARNm-ribosome-protéine nécessite
l’intervention d’un facteur protéique : eRF et de l’énergie apportée par l’hydrolyse du GTP.
Formation du complexe de pré-initiation :
Le complexe de pré-initiation de la traduction implique la formation de 4 complexes : le complexe ternaire, le
complexe 43S qui se forme simultanément avec le complexe eIF4F et enfin le complexe 48S.
1.Formation du complexe ternaire :
Méthionine initiatrice qui formera l’extrémité N-t de la protéine s’unit au facteur d’initiation eIF2-GTP-Met-ARNtmet
2.formation du complexe de pré-initiation 43S
Ce complexe ternaire formé s’associe à la petite SU 40S et aux facteurs d’initiation eIF1, eIF1A, eIF3, eIF5 pour
donner naissance au complexe de pré-initiation 43S.
L’eIF1A se lie à la petite SU et empêche son association avec la grande SU ; alors que le facteur eIF6 se lie à la
grande SU et empêche son association avec la petite SU du ribosome ce qui ouvre le site de liaison à l’ARNm.
3.Formation du complexe eIF4F :
Le complexe eIF4F est constitué de 3 facteurs d’initiation de la traduction (eIF4A, eIF4E, eIF4G) et de modulateurs
(eIF4B, eIF4H, et PABP).
-le facteur eIF4E se lie sur la coiffe m7-GTP de l’ARNm, et recrute le facteur eIF4G, sur lequel se fixent plusieurs
facteurs d’initiation. eIF4A fait partie des facteurs recrutés par eIF4G5 helicase de l’ARNm permettant de dérouler les
structures secondaires en 5’UTR (UnTranslated Région) de l’ARNm, et de faciliter le déplacement du complexe
d’initiation. L’efficacité de cette hélicase est potentialisée par eIF4B et eIF4H. La protéine PABP (Poly(A) Binding
Protein) fixe la queue poly(A) du ARNm, augmente la stabilité du messager en assurant la protection de la chaine d’A
contre une dégradation par les exonucléases, cette PEBP est également recrutée par eIF4G
4.Formation du complexe d’initiation 48S :
La combinaison des 2 complexes multiprotéiques 43S et eIF4F fait intervenir l’association d’eIF4G (eIF4F) et de eIF3
(43S) pour former le complexe d’initiation 48S.
Comparaison de la traduction chez les procaryotes et les eucaryotes :
Le critère Les procaryotes
Chronologie Transcription et Traduction sont des
processus simultanés
Ribosomes 30S et 50S =70S
✓ Localisé dans le cytoplasme
Polycistronique
✓ Instable et ne vit que quelques
secondes à 2min
✓ Ribosomes 70S siège de la
synthèse protéique
ARNm ✓ Emplacement du ARNm réalisé
par les ribosomes 70S
✓ La région non traduite : séquence
Shine-Dalgarno est trouvée dans le
5 'UTR, environ 10 nucléotides en
amont du codon de départ.
Période dans le cycle cellulaire Il n'y a pas de phase définie pour
l'occurrence.
Cap-initiation indépendante ; 3
Initiation de la traduction facteurs d'initiation : IF1, IF2 et IF3.
Premier AA Méthionine formylée.
Groupe formyle est éliminé du 1er AA,
Destinée du premier AA en retenant la méthionine dans la
ajouté chaîne du polypeptidique.
Facteurs d'élongation 2 facteurs d'élongation : EF-Tu, EF-Ts
et EF-G.
Facteurs de terminaison RF1, RF2, et RF3
Vitesse de traduction Ajout des 40 AA en 1 seconde
2 facteurs RF1 (pour UAG et UAA) et
Facteur de libération RF2 (pour UAA et UGA) qui seront
libérés
Les eucaryotes
Transcription et Traduction sont des
processus discontinus
40S et 60S = 80S
✓ Localisé dans le noyau. Après les
modifications post-transcrip, il est
libéré dans le cytoplasme par les
pores nucléaires
✓ Monocistronique
✓ Assez stable et vit quelques heures à
quelques jours
✓ Ribosomes 80S, siège de la synthèse
protéique
✓ Emplacement réalisé par les
ribosomes 80S
✓ Séquence Kozak se trouve dans la 5
'UTR, quelques nucléotides en
amont du codon Start
Se produit dans les phases G1 et G2 du
cycle cellulaire.
- À la fois dépendante et indépendante
de la casquette
- Implication de 11 facteurs
Méthionine
Méthionine est généralement excisée de
la chaîne polypeptidique.
2 facteurs d'élongation : eEF-1 et eEF-2
eRF
Plus lent : Ajout d’1 AA par seconde
1 facteur eRF1 impliqué et libérés.