NoteFNE N2000 22112023

NATURA 2000 : OUTIL INNOVANT
EN FAVEUR DE LA NATURE
Dispositifs et principaux documents pour sa mise en œuvre
- 22 novembre 2023 -
INTRODUCTION
Natura 2000 marque une étape fondamentale dans les politiques, européenne et nationale, de préservation de la
biodiversité. Issu de la directive européenne dite "Habitats-Faune-Flore" (DHFF) de 1992, Natura 2000 est le nom
d'un réseau de sites naturels à préserver qui intègre aussi les sites désignés au titre de la directive européenne
dite "Oiseaux" (DOx) de 1979.
Les sites Natura 2000 sont officiellement considérés comme des aires protégées participant ainsi à la lutte contre
l’érosion de la biodiversité européenne. Natura 2000 doit aussi concourir au nouveau Cadre Mondial de la
biodiversité de Kunming à Montréal, adopté en décembre 2022 dans le cadre de la convention internationale sur la
diversité biologique de 1992. Natura 2000 constitue aussi un outil contribuant à la transition écologique tout en
assurant le maintien d’un tissu économique et social dans les territoires.
Le cadre juridique de Natura 2000 s’est complexifié au fil des années. La mise en œuvre de Natura 2000 a été et
reste compliquée, les problématiques étant diverses et certains acteurs opposés.
A destination des associations du mouvement FNE, la présente note tente de présenter et d’expliquer les
dispositifs Natura 2000 et fournit les principaux documents de référence associés pour les aider à mener
des actions selon leur(s) champ(s) de compétence.
Nous les invitons notamment à se mobiliser pour que l’ensemble des acteurs concernés mette en œuvre une
gestion « effective et efficace » des sites Natura 2000 comme prévue par l’objectif n°2 de la stratégie nationale
pour les aires protégées 2030 (SNAP 2030) et en lien avec la cible 3 du cadre mondial (effectivité de la gestion). Il
s’agit notamment :
- d’élaborer/réviser le document d’objectif de chaque site Natura 2000 ;
- de contribuer à l’amélioration des connaissances sur la biodiversité, les services écosystémiques et les
changements climatiques, suivant l’objectif n°6 la SNAP 2030 ;
- de garantir la compatibilité des usages (pratiques agricoles et/ou sylvicoles, aménagements, sports de nature,
etc.) par un cadre de surveillance et de contrôle des activités adaptés aux enjeux et d’accompagner ces usages
compatibles avec les objectifs de conservation, en cohérence avec l’objectif n°3 de la SNAP 2030 et avec la
cible 3 du cadre mondial (compatibilité de toute utilisation durable) ;
- de mobiliser les financements nécessaires, notamment via les fonds européens (objectif n°6 de la SNAP
2030 ; lien avec la cible 19 du cadre mondial).
A noter que France Nature Environnement a publié un dossier de presse pour les 30 ans de la DHFF.
Natura 2000 : outil innovant en faveur de la nature - Dispositifs et principaux documents pour sa mise en œuvre - Novembre 2023 - 1/56
La présente note :
- vise à présenter les dispositifs qui encadrent Natura 2000 et à recenser les principaux documents
associés que ce soit sur des aspects juridiques, administratifs, techniques, scientifiques ou pédagogiques ;
- actualise et complète notre note de 2012 diffusée aux associations de notre mouvement et présentant les
principaux documents pour la mise en œuvre de Natura 2000 ;
- intègre notre note, envoyée ce début d’année à notre mouvement, synthétisant les nouvelles compétences des
Conseils régionaux concernant les sites Natura 2000 EXCLUSIVEMENT terrestres. ;
- n’expose pas le dispositif d’évaluation de l’état de conservation des habitats et des espèces au niveau national
et européen car cette évaluation est réalisée à l’échelle de l’ensemble du territoire mais pas seulement dans les
sites Natura 2000.
SOMMAIRE
La présentation de Natura 2000 .......................................................................................................................................... 3
La constitution du réseau Natura 2000 au niveau européen .......................................................................................... 4
La constitution du réseau Natura 2000 en France............................................................................................................ 6
La gouvernance Natura 2000 en France : le comité de pilotage .................................................................................. 11
le document d’objectifs, plan de gestion de chaque site Natura 2000 ........................................................................ 13
La charte Natura 2000......................................................................................................................................................... 17
Les contrats Natura 2000 ................................................................................................................................................... 18
La préservation des prairies dites « sensibles » dans les sites Natura 2000 ............................................................. 22
La conditionnalité des aides agricoles spécifique à Natura 2000 ................................................................................ 22
La réglementation de l’utilisation des pesticides dans les sites Natura 2000 ............................................................ 23
L’interdiction de la publicité dans les sites Natura 2000 ............................................................................................... 24
Les énergies renouvelables et Natura 2000 .................................................................................................................... 24
L’encadrement de l’éclairage artificiel nocturne............................................................................................................. 25
Des règlementations « générales » favorables aux sites Natura 2000 ........................................................................ 26
L'évaluation d'incidences Natura 2000............................................................................................................................. 30
L’efficacité du réseau Natura 2000 terrestre en France ................................................................................................. 35
L’amélioration de la gestion des sites Natura 2000 & les activités durables.............................................................. 36
Les financements et la fiscalité ......................................................................................................................................... 37
Les informations, les prix et les formations liées à Natura 2000.................................................................................. 41
Annexe n°1 : Le comité de pilotage des sites Natura 2000 selon leur situation géographique .............................. 42
Annexe n°2 : Le document d’objectifs des sites Natura 2000 selon leur situation géographique.......................... 46
Table des matières .............................................................................................................................................................. 55
LA PRESENTATION DE NATURA 2000
NATURA 2000 : LE NOM DE QUOI ?

Références juridiques
- Directive européenne dite "Habitats-Faune-Flore" du 21/05/1992 : version en vigueur après modifications
- Directive européenne dite "Oiseaux" du 02/04/1979 : version en vigueur après modifications
Natura 2000 correspond au nom d'un réseau de sites naturels qui vise à préserver la biodiversité au sein de
l'Union européenne. Il a été créé par la directive européenne dite "Habitats-Faune-Flore" de 1992 et inclut la
directive européenne dite "Oiseaux" de 1979.
Il comprend deux types de sites naturels :
- les zones de protection spéciale (ZPS) qui visent à protéger les oiseaux et leurs habitats,
- les zones spéciales de conservation (ZSC) qui visent à préserver des habitats naturels d'intérêt communautaire
ainsi que des espèces (autres que les oiseaux) d'intérêt communautaire, y compris leurs habitats.
Les sites Natura 2000 sont identifiés par les États membres avec une analyse de la suffisance et de la cohérence
de ces sites au niveau européen.
La directive Habitats-Faune-Flore fixe des objectifs en termes de préservation des sites Natura 2000, mais elle
laisse aux États membres le choix des moyens pour y parvenir, sachant que les activités humaines ne sont pas
a priori interdites (guide européen : gérer les sites Natura 2000).
Toutefois, afin de préserver ces espaces, la directive "Habitats-Faune-Flore" prévoit un dispositif "d'évaluation
d'incidences" qui doit permettre d'étudier les incidences d'un projet d'aménagement ou d'une activité humaine dès
qu'un impact significatif est susceptible d'atteindre un ou plusieurs sites Natura 2000. Il s'agit donc d'une sorte
d'étude d'impact, mais ciblée sur Natura 2000.
La directive "Habitats-Faune-Flore" prévoit aussi :
- un statut de protection pour certaines espèces d'intérêt communautaire,
- une liste d’espèces d'intérêt communautaire qui peuvent faire l’objet de prélèvement sous conditions,
- une liste de moyens de capture, de mise à mort et de transport interdits,
- un système d'évaluation périodique de l'état de conservation des habitats et des espèces d'intérêt communautaire
sur l'ensemble du territoire, afin de mesurer les résultats de la politique menée.
NATURA 2000 EN FRANCE

La mise en œuvre de Natura 2000 est difficile car certains représentants d'acteurs socio-professionnels sont ou se
sont opposés à cette politique. La France a été condamnée à plusieurs reprises pour mauvaise transposition ou
mauvaise application des deux directives européennes liées à Natura 2000.
La France a choisi de privilégier la démarche contractuelle pour la préservation des sites Natura 2000. Pour
chaque site Natura 2000, un comité de pilotage (COPIL) est créé, réunissant les principaux acteurs concernés.
Ce comité est notamment chargé de rédiger le plan de gestion du site Natura 2000, appelé "document d'objectifs"
(DOCOB), qui est validé par le préfet compétent.
LA CONSTITUTION DU RESEAU NATURA 2000 AU NIVEAU EUROPEEN
LA PROCEDURE EUROPEENNE
La procédure pour désigner les sites Natura 2000 est différente entre les deux directives.
Concernant la directive Oiseaux, les États doivent désigner les ZPS et les notifier à la Commission européenne qui
analyse leur pertinence.
Concernant la directive Habitats-Faune-Flore, les trois étapes étaient initialement prévues :
1993-1995 1- Inventaire scientifique, consultations, élaboration et transmission d’une liste nationale

de sites éligibles, à la Commission européenne, de la part de chaque État
1995-1998 2- Établissement de la liste des Sites d’Importance Communautaire (S.I.C.)

par la Commission européenne
1998-2004 3- Désignation des sites (S.I.C.) en Zones Spéciales de Conservation (Z.S.C.)

par Chaque État, constituant ainsi le Réseau NATURA 2000
Les États membre ne doivent prendre que des critères écologiques pour classer les sites Natura 2000, les
problématiques socio-économiques n'interviennent que dans la phase de gestion de ces sites.
Le calendrier officiel n'a malheureusement pas été respecté. La constitution du réseau Natura 2000 prend plus de
temps que prévu puisque la commission européenne estime que certains États membre doivent encore identifier
des sites Natura 2000.
En 2007, la Commission européenne a publié des lignes directrices pour l’établissement du réseau Natura 2000
dans le milieu marin.
La Commission européenne a toutefois adopté et publié au Journal officiel des listes de SIC par domaine
biogéographique (cf. ci-dessous) en listant des espèces et des habitats pour lesquels le réseau Natura 2000 n'était
pas suffisant.
Des mises à jour de ces listes sont régulièrement publiées en fonction de l’état d’avancement de processus de
nouvelles propositions de la part des États membres.
UN PROCESSUS EUROPEEN PAR DOMAINE BIOGEOGRAPHIQUE
Avant d'établir les listes de SIC, la Commission européenne évalue la suffisance et la pertinence des propositions
nationales par domaine biogéographique.
Il existe 9 domaines biogéographiques sur le territoire de l’Union européenne (voir carte ci-dessous).
Carte des régions biogéographiques européennes - SOURCE : Agence européenne pour l'environnement
LE RESEAU NATURA 2000 EUROPEEN ACTUEL ET LES LISTES DES SITES

Actuellement le réseau Natura 2000 couvre 18,6% du territoire terrestre européen et 452 494 Km2 de surface
marine (voir tableau ci-dessous - Source : onglet « Barometer table » - Avril 2023)
ZPS SIC Total
Nombre de sites 5 407 23 655 27 027
Surface terrestre (Km2) 527 566 590 130 766 920
Proportion territoire européen 12,8% 14,3% 18,6%
Surface marine (Km2) 304 512 355 654 452 494
Le réseau européen de sites Natura 2000 est visible sur une carte interactive.
Il est aussi possible de rechercher des listes de sites Natura 2000 par domaine biogéographique ou par pays.
LA CONSTITUTION DU RESEAU NATURA 2000 EN FRANCE
LES DOMAINES BIOGEOGRAPHIQUES PRESENTS EN FRANCE

La France est concernée par les 4 domaines biogéographiques suivants : Alpin, Atlantique (terrestre et marin),
Continental et Méditerranéen (terrestre et marin).
LES HABITATS ET LES ESPECES JUSTIFIANT UN SITE NATURA 2000 EN FRANCE

La liste des habitats et des espèces (hors oiseaux) d’intérêt communautaire qui justifient la création d’un site
Natura 2000 a été fixée par l’arrêté du 16 novembre 2001 « relatif à la liste des types d'habitats naturels et des
espèces de faune et de flore sauvages qui peuvent justifier la désignation de zones spéciales de conservation au
titre du réseau écologique européen Natura 2000 ».
Cet arrêté a été modifié par les arrêtés suivants : Arrêté du 13/07/2005 ; Arrêté du 19/04/2007 ; Arrêté du
24/10/2008 ; Arrêté du 08/08/2016.
Les "habitats naturels" sont issus de la phytosociologie, constituant une discipline complexe et nouvelle. Un manuel
d’interprétation a été rédigé pour aider à les identifier.
Ces arrêtés identifient, via un astérisque (*) des habitats et des espèces « prioritaires » qui sont en danger de
disparition (habitats) et/ou pour lesquels l’Union européenne à une responsabilité particulière dans leur
conservation (habitats et espèces).
La liste des espèces d’oiseaux qui justifient la création d’un site Natura 2000 a été fixée par l’arrêté du 16
novembre 2001 « relatif à la liste des espèces d'oiseaux qui peuvent justifier la désignation de zones de protection
spéciale au titre du réseau écologique européen Natura 2000 ».
Cet arrêté a été modifié par l’arrêté du 19/04/2007. En complément, une liste des espèces d'oiseaux marins
pouvant justifier la création de zones de protection spéciale a été établie.
LA PROCEDURE DE DESIGNATION DES SITES NATURA 2000
- Articles L414-1 III et R414-3 à R414-7 du code de l’environnement
- Circulaire du 20 novembre 2007 relative aux compléments à apporter au réseau Natura 2000 en mer -
Instructions pour la désignation des sites
- Circulaire de 06 mai 2008 relative aux évolutions du réseau Natura 2000 (hors marin) - Instructions pour la
proposition de sites x ou la modification de sites existants
- Instruction du Gouvernement du 15 juillet 2016 relative au processus de désignation des sites Natura 2000
complémentaires au-delà de la mer territoriale
- Stratégie nationale pour les aires protégées 2030
Concernant les ZSC, le ministre chargé de l'environnement propose les sites à la Commission européenne, en lui
notifiant. Lorsque la proposition est inscrite comme SIC au niveau européen, il le désigne comme site Natura 2000
par arrêté.
Concernant les ZPS, le ministre chargé de l'environnement la désigne comme site Natura 2000 par arrêté et le
notifie à la Commission européenne.
Schéma de la procédure de désignation des sites Natura 2000
Les notifications sont transmises aux collectivités concernées selon la situation géographique du site Natura 2000.
Lorsque le site inclut un terrain militaire ou des espaces marins, cette procédure se fait conjointement avec le
ministre de la défense.
La Commission européenne a analysé les propositions et les désignations de sites Natura 2000 et a demandé,
dans les années 2000, des sites Natura 2000 complémentaires.
C’est dans ce cadre que le mouvement de France Nature Environnement s’est fortement mobilisé au niveau
national et européen pour que le réseau Natura 2000 soit identifié de façon ambitieuse, notamment en proposant
des sites à désigner au titre de Natura 2000.
Avant chaque proposition ou désignation de site Natura 2000, un processus de consultation d’acteurs locaux est
prévu. Les acteurs consultés différent selon la situation géographique du projet de site Natura 2000 ou de
l’extension d’un site Natura 2000.
1. La consultation pour les sites Natura 2000 exclusivement marins
Articles L414-1 III et R414-3 du code de l’environnement
Le préfet maritime établit le projet de désignation ou d’extension d'un site Natura 2000 exclusivement marin
s’étendant au-delà de la laisse de basse mer
Lorsque le site inclut un terrain militaire, le préfet recueille l'accord du commandant de la zone maritime.
Le préfet soumet le projet de périmètre du site Natura 2000 pour avis aux communes et aux établissements publics
de coopération intercommunale concernés.
Les collectivités consultées ont 4 mois pour répondre et, à défaut, leur avis est réputé favorable.
2. La consultation pour les sites Natura 2000 exclusivement terrestres

Le préfet de département établit le projet de désignation ou d’extension d'un site Natura 2000 exclusivement
terrestre.
Lorsque le site inclut un terrain militaire, le préfet recueille l'accord du commandant de la zone terre.
Le préfet soumet le projet de périmètre du site Natura 2000 pour avis :
- aux communes et aux établissements publics de coopération intercommunale concernés ;
- au conseil régional ou, en Corse, à l'Assemblée de Corse.
Si un espace naturel sensible est concerné par cette désignation ou cette extension, le Conseil départemental
compétent est aussi consulté.
3. La consultation pour les sites Natura 2000 terrestres & marins

Le préfet de département et préfet maritime établissent conjointement le projet de désignation ou d’extension d'un
site Natura 2000 :
- ayant des espaces terrestres et des espaces marins ;
- s'étendant exclusivement sur des espaces marins mais incluant l'estran.
Lorsque le site inclut un terrain militaire, les deux préfets recueillent l'accord du commandant de la zone terre et/ou
du commandant de la zone maritime selon la situation.
Les deux préfets soumettent le projet de périmètre du site Natura 2000 pour avis aux communes et aux
établissements publics de coopération intercommunale concernés.
Si un espace naturel sensible est concerné par cette désignation ou cette extension, le Conseil départemental
compétent est aussi consulté.
4. Les possibilités de désigner de nouveaux sites Natura 2000

Au-delà des demandes de la Commission européenne dont certaines sont toujours en cours, il est toujours possible
de désigner de nouveaux sites Natura 2000 ou d’étendre le périmètre de sites Natura 2000 déjà désignés. Ces
possibilités sont rappelées dans les deux circulaires et l’instruction mentionnées page 7. D’ailleurs, c’est ce que
prévoient certains plans d’actions territoriaux, notamment de Hauts-de-France, Normandie et Pays-de-la-Loire
définis dans le cadre de la Stratégie nationale pour les aires protégées 2030.
LE RESEAU NATURA 2000 ACTUEL EN FRANCE ET LES LISTES DES SITES

Actuellement le réseau Natura 2000 couvre 13% du territoire terrestre national et 132 786 Km2 de surface
marine (voir tableau ci-dessous fait en avril 2023 - Source : onglet « Barometer table » avec données de Déc 2020).
ZPS ZSC Total

Nombre de sites 403 1 353 1 756
Surface terrestre (Km2) 44 082 49 010 71 147
Proportion territoire national 8% 8,9% 13 %
Surface marine (Km2) 119 642 106 406 132 786
La France fait partie des pays européens qui ont le taux de désignation de sites Natura 2000 terrestres parmi les
plus faibles alors qu’environ 75 % des habitats d'intérêt communautaire et 80 % des oiseaux de la directive
"Oiseaux" sont présents sur le territoire.
329 sites Natura 2000 comprennent un terrain militaire (près de 45 000 ha), dont 11 sites entièrement militaires.
Il existe de fortes disparités entre les régions en termes de désignation. Environ 25% des régions ont un taux
de ZPS inférieur à 5% et environ 30% des régions un taux de ZSC inférieur à ce même chiffre (voir tableau ci-
dessous réalisé en avril 2023 - Source - d’après les données de Décembre 2022 -).
ZPS ZSC Total

Région Surf. marine Surface marine Surface marine
Nbre % Nbre % %
(ha) (ha) (ha)
AuRA 51 9.26 - 217 8.89 - 13.83 -
BFC 44 9.76 - 75 10.73 - 13.78 -
Bretagne 30 0.7 5 382 004,85 60 3.65 5 423 889,81 3.86 5 541 396,96
CVdL 18 9.1 - 40 11.83 - 17.88 -
Corse 22 6.24 976 586.,14 70 13.02 1 229 875,84 15.35 1 302 338,9
Grand-Est 45 8.54 - 183 3.81 - 10.71 -
Hauts-de-F. 20 2.98 192 873,35 71 1.72 258 639,76 4 276 871,38
Ile-de-France 10 7.41 - 23 3.69 - 8.36 -
Normandie 14 2.59 568 477,55 83 5.12 468 547,58 6.14 646 857,01
Nouvelle-A. 55 6.07 2 945 122,89 216 7.5 1 852 871,43 10.5 2 995 383,82
Occitanie 64 12.55 921 504,84 203 11.88 657 353,01 18.44 1 029 332,04
PdLoire 24 6.21 1 207 840,39 48 7.25 524 013,76 8.52 1 211 386,64
Sud-PACA 33 15.4 224 706,57 96 27.47 215 058,16 31.13 319 855,72
France 407 8.09 12 419 116.57 1354 8.95 10 630 249.35 12.99 13 323 422.46
Le site geoportail permet de visualiser les sites Natura 2000 sur une carte et d’accéder à la « fiche descriptive » de
chaque site Natura 20001.
Il est aussi possible de rechercher des listes de sites Natura 2000 par domaine biogéographique ou par pays.
1 Cliquer sur l’onglet « cartes en haut à gauche de la page puis « données thématiques », puis « développement durable et énergie » puis « espaces protégés » puis « Sites
Natura 2000 (directive Oiseaux) et/ou « Sites Natura 2000 (directive Habitats) »
LES PRINCIPALES INFORMATIONS RELATIVES AUX SITES NATURA 2000 DESIGNES
- Décision n°2011/484/UE de la CE du 11 juillet 2011
- Article R414-7 du code de l’environnement
Un formulaire, dit Formulaire Standard de Données (FSD) et cadré par une décision européenne, doit être rempli
pour chaque site Natura 2000 avec les informations nécessaires. Un guide aide à remplir ce FSD.
Les principales informations relatives aux sites Natura 2000 désignés sont disponibles sur le site Internet de
l’INPN et sont transmises aux collectivités concernées (voir ci-dessous).
Un système d’information des sites Natura 2000, appelé SIN2, centralise les données de suivi et de la gestion des
sites Natura 2000 en France.
LA GOUVERNANCE NATURA 2000 EN FRANCE : LE COMITE DE PILOTAGE

Articles L414-2 II, III, IVbis, IVter, VI et VIII, R414-7-1, R414-8 à R414-8-2, et R414-9 à R414-9-2 du code de
l’environnement
En France, un comité de pilotage (COPIL) réunit pour chaque site Natura 2000 les principaux acteurs
concernés par celui-ci.
LA COMPOSITION DES COMITES DE PILOTAGE NATURA 2000

Il comprend les principaux acteurs concernés par celui-ci, notamment, en fonction des particularités locales, des
représentants :
- des représentants de l'Etat qui y siègent à titre consultatif ;
- des collectivités territoriales intéressées et leurs groupements concernés ;
- de propriétaires, exploitants et utilisateurs des terrains et espaces inclus dans le site Natura 2000 ;
- de concessionnaires d'ouvrages publics ;
- de gestionnaires d'infrastructures ;
- des organismes consulaires ;
- des organisations professionnelles et d'organismes exerçant leurs activités dans les domaines agricole,
sylvicole, des cultures marines, de la pêche, de la chasse de l'extraction, du sport et du tourisme ;
- d'organismes exerçant leurs activités dans le domaine de la préservation du patrimoine naturel ;
- d'associations agréées de protection de l'environnement.
Lorsque le site Natura 2000 inclut :
- un terrain militaire, le commandant de la zone terre est membre de droit du COPIL ;
- des espaces marins, le préfet maritime et le commandant de zone maritime sont membres de droit du COPIL ;
- des terrains relevant du régime forestier, le COPIL comprend un représentant de l'Office national des forêts.
Un COPIL peut décider d'entendre toute personne ou tout organisme dont les connaissances et l'expérience sont
de nature à éclairer ses travaux.
L’AUTORITE COMPETENTE ET LA PRESIDENCE DES COMITES DE PILOTAGE NATURA 2000
L’autorité compétente pour présider un comité de pilotage (COPIL) et arrêter sa composition dépend de la situation géographique du site Natura 2000 et, dans certains cas,
de la décision des représentants des collectivités territoriales (coll. terr.) et de leurs groupements (grpts), membres du COPIL. Pour les sites Natura 2000
interdépartementaux et ceux s’étendant sur plusieurs zones maritimes, elle est désignée par arrêté du Premier Ministre (PM).
Le tableau ci-dessous résume les différentes situations qui sont présentées dans l’annexe 1 (page 42) de la présente note.
Situation géographique des sites Natura 2000
exclusivement marin situés entièrement dans des
exclusivement terrestres majoritairement terrestres majoritairement marins
au-delà laisse de basse mer terrains militaires
Préfet maritime et préfet de
Instaurer un COPIL Président du Conseil régional Préfet de département Préfet maritime Autorité militaire
département conjointement
Préfet maritime Préfet maritime et préfet de
qui peut la confier à un département conjointement qui la
Présider un COPIL Autorité militaire
Une coll. terr. ou un de leurs grpts Une coll. terr. ou un de leurs grpts représentant de coll. terr. peuvent confier à un représentant
ou, à défaut, ou, à défaut, ou de leurs grpts. de coll. terr. ou de leurs grpts.
Présider un COPIL pendant 3 le président du Conseil régional le préfet de département
ans après l'approbation du - - -
DOCOB
Autorité militaire
Arrêter la composition du Préfet maritime et préfet de
Président du Conseil régional Préfet de département Préfet maritime et président du Conseil
COPIL département conjointement.
régional conjointement
Convention entre Conseils régionaux
pour désigner le Conseil régional qui Préfet coordonnateur Préfet maritime coordonnateur
Pour les sites Natura 2000
crée et préside le COPIL, à défaut de désigné par arrêté - désigné par arrêté -
interrégionaux
désignation par les représentants des du Premier ministre du Premier ministre
coll. terr. et leurs grpts
Pour les sites Natura 2000 Préfet coordonnateur Préfet maritime coordonnateur
- - -
interdépartementaux désigné par arrêté du PM désigné par arrêté du PM
Pour les sites Natura 2000 Préfet maritime coordonnateur Préfet maritime coordonnateur
- - -
sur plus d'une zone maritime désigné par arrêté du PM désigné par arrêté du PM
Référence juridique Articles L414-2 II, III, IVbis et IVter, Articles L414-2 II et III, R414-7-1, Articles L414-2 II, III et VIII et Articles L414-2 II, III et IVter et Articles L414-2 II et VI,
Code environnement R414-7-1, R414-8 et R414-8-1 R414-8 et R414-8-1 R414-9 à R414-9-2 R414-9 à R414-9-2 R414-7-1 et R414-8-2
LE DOCUMENT D’OBJECTIFS, PLAN DE GESTION DE CHAQUE SITE NATURA 2000
- Articles L414-1 V, L414-2 I et IX et R414-11 du code de l’environnement
- Article 28 du décret du 30 décembre 2022
- Circulaire du 19 octobre 2010 relative à la mise en place des comités de pilotage et à l’élaboration et au suivi
de la mise en oeuvre des documents d’objectifs des sites Natura 2000 majoritairement marins avec ses
annexes
- Circulaire du 14 mai 2012 relative à la mise en oeuvre du réseau Natura 2000 en mer et à l'articulation entre
les directives « habitats-faune-flore » et « oiseaux » et la directive-cadre stratégie pour le milieu marin –
NOTA : elle complète la circulaire de 2010 ci-dessus
- Circulaire du 30 avril 2013 relative à la prise en compte des activités de pêche maritime professionnelle dans
le cadre de l’élaboration, ou de la révision le cas échéant, des documents d’objectifs des sites Natura 2000
où s’exercent ces activités
- Note technique du 26 août 2019 relative à la gestion contractuelle des sites Natura 2000 majoritairement
terrestres => indique le guide de référence pour ces situations (voir ci-dessous)
UNE DESCRIPTION DES DOCUMENTS D’OBJECTIFS

En France, un plan de gestion est rédigé pour chaque site Natura 2000. Il est appelé document d’objectifs
(DOCOB). Le DOCOB définit :
- les orientations de gestion,
- les mesures destinées à conserver ou à rétablir dans un état favorable à leur maintien à long terme les habitats
naturels et les populations des espèces de faune et de flore sauvages qui ont justifié leur délimitation,
- les mesures de prévention appropriées pour éviter la détérioration de ces mêmes habitats naturels et les
perturbations de nature à affecter de façon significative ces mêmes espèces,
- les modalités de leur mise en œuvre,
- les dispositions financières d'accompagnement.
Aucune mesure ne peut figurer dans un DOCOB sans l'accord préalable de l'autorité militaire lorsque cette mesure
est susceptible d'affecter l'exécution de la politique militaire.
A partir du 1er janvier 2023, les actes nécessaires à la gestion des sites Natura 2000 demeurent en vigueur jusqu’à
l’adoption des nouveaux actes de gestion par le président du Conseil régional.
LE CONTENU DES DOCUMENTS D’OBJECTIFS
Le contenu d’un DOCOB est organisé en plusieurs parties :
- Un rapport de présentation décrivant :
o l'état de conservation et les exigences écologiques des habitats naturels et des espèces qui justifient
la désignation du site ;
o la localisation cartographique de ces habitats naturels et des habitats de ces espèces ;
o les mesures et actions de protection de toute nature qui existent déjà au site ;
o les activités humaines qui s'y exercent au regard, notamment, de leurs effets sur l'état de conservation
de ces habitats et espèces.
- Les objectifs de développement durable du site :
o permettant d'assurer la conservation et, s'il y a lieu, la restauration des habitats naturels et des espèces
qui justifient la désignation du site,
o en tenant compte des activités économiques, sociales, culturelles et de défense qui s'y exercent ainsi
que des particularités locales.
- Des propositions de mesures de toute nature :
o permettant d'atteindre ces objectifs ;
o indiquant les priorités retenues dans leur mise en oeuvre en tenant compte, notamment :
 de l'état de conservation des habitats et des espèces au niveau national,
 des habitats et des espèces dits « prioritaires » au niveau européen
 de l'état de conservation des habitats et des espèces au niveau du site.
- Une partie consacrée aux contrats Natura 200 contenant :
o la liste des contrats Natura 2000, y compris de ceux prenant la forme de contrats portant sur des
engagements agroenvironnementaux, utilisables dans le site,
o les cahiers des charges applicables à ces contrats, qui indiquent pour chaque action contractuelle :
 l'objectif poursuivi,
 le périmètre d'application,
 les critères d'éligibilité,
 les obligations environnementales,
 les habitats et espèces concernés ?
 son coût prévisionnel.
- La liste des engagements faisant l'objet de la charte Natura 2000 du site
- Les modalités de suivi des mesures projetées et les méthodes de surveillance des habitats et des espèces en
vue de l'évaluation de leur état de conservation.
DES DOCUMENTS GENERAUX POUR L’ELABORATION DES DOCUMENTS D’OBJECTIFS
Les documents ci-dessous aident à élaborer le DOCOB :
- Le guide européen « Gérer les sites Natura 2000 » (2019) ;
- Les lignes directrices européennes concernant « la nature vierge » dans Natura 2000 (2013) ;
- Le guide national d'élaboration des plans de gestion des espaces naturels dont les sites Natura 2000 (2021) ;
- Le guide relatif à la gestion des sites Natura 2000 majoritairement terrestres (2019) ;
- La Trame et le mode d'emploi de la trame de bilan annuel de l'animation du DOCOB avec annexe "indicateurs
de suivi" avec le fichier type de ce bilan annuel vierge prêt à remplir ;
- L’agriculture au service de Natura 2000 ;
- Natura 2000 et les forêts.
DES DOCUMENTS POUR AIDER A IDENTIFIER LES ENJEUX ET LES MESURES

Pour aider à identifier les enjeux et les mesures dans les DOCOB, des cahiers d'habitats ont été rédigés :
- par type d'habitats naturels : Habitats forestiers ; Habitats côtiers ; Habitats humides ; Habitats agropastoraux
(vol.1 et vol.2) et Habitats rocheux ;
- pour les espèces végétales, pour les espèces animales autres que les oiseaux ;
- pour les oiseaux, il faut effectuer une recherche par espèce2.
Il existe aussi des référentiels (2010) pour la gestion des sites Natura 2000 en mer (Tome 1 : Pêche
professionnelle, Activités de cultures marines, Sports et loisirs nautique ; Tome 2 habitats et espèces).
DES GUIDES POUR EVALUER L’ETAT DE CONSERVATION AU NIVEAU DU SITE NATURA 2000
Pour aider à rédiger la partie du DOCOB sur le suivi, la surveillance et l’évaluation de l’état de conservation des
habitats et des espèces à l’échelle de chaque site Natura 2000, des guides ont été rédigés sur les types suivants :
habitats agropastoraux, dunes non boisées du littoral atlantique, habitats forestiers, habitats humides et aquatiques,
habitats tourbeux, mares temporaires méditerranéenne, habitats des eaux dormantes, bas-marais calcaires, landes
humides, estuaires de la façade Manche/Atlantique, lagunes côtières, falaises littorales méditerranéennes, habitats
marins, espèces marines.
2 Entrer le nom de l’espèce puis, en bas de la page de l’espèce, cliquer sur l'onglet "fiche descriptive" puis télécharger le cahier d'habitats concernant cette espèce
LES MODALITES D’ELABORATION ET D’ANIMATION DU DOCUMENT D’OBJECTIFS DES SITES NATURA 2000
Les acteurs responsables et/ou associés à l’élaboration du document d’objectifs (DOCOB) dépendent de la situation géographique du site Natura 2000 et, dans certains
cas, de la décision des représentants des collectivités territoriales (coll. terr.) et de leurs groupements (grpts), membres du COPIL. Pour les sites Natura 2000
interdépartementaux et ceux s’étendant sur plusieurs zones maritimes, l’autorité compétente est désignée par arrêté du Premier Ministre (PM).
Le tableau ci-dessous résume les différentes situations qui sont présentées dans l’annexe 2 (page 46) de la présente note.
Situation géographique des sites Natura 2000
entièrement dans majoritairement majoritairement
majoritairement exclusivement marin situés
exclusivement terrestres majoritairement marins des terrains cœur d’un parc parc naturel dans Marais Poitevin
terrestres au-delà laisse de basse mer
militaires national marin
Préfet maritime et préfet de Une coll. terr.
- Une coll. terr ; Préfet maritime qui :
département conjointement qui : Autorité militaire ou, à défaut,
Conduire l’élaboration du - à défaut, le Président du Conseil - définit aussi l'association du Conseil
Préfet de département - définissent aussi l'association du qui définit aussi Conseil de gestion le directeur de
DOCOB régional, (aussi dans les cas COPIL d'administration de
COPIL les modalités du parc naturel l’établissement public
DOCOB non approuvé en 2 ans) - peut aussi confier l’élaboration l'établissement public
- peuvent aussi confier d'association marin et dans cas DOCOB
DOCOB à un ou plusieurs du parc national
l’élaboration DOCOB à un ou du COPIL non approuvé
Elaborer le DOCOB COPIL Natura 2000 COPIL Natura 2000 membres du COPIL
plusieurs membres du COPIL en deux ans
Président
Approuver le DOCOB, L'établissement
Préfet maritime et préfe du Conseil régional
après avis/accords Président du Conseil régional Préfet de département Préfet maritime public du parc
de département conjointement ou Préfet
le cas échéant naturel marin
de département
Préfet maritime et préfet Conseil le directeur
Animer la mise en œuvre Préfet maritime qui définit aussi de département conjointement d'administration de l’établissement public
Autorité militaire
du DOCOB Une coll. terr. ou, à défaut, Une coll. terr. ou, à défaut, l’association du COPIL qui définissent aussi l'association l'établissement public pour la gestion de l'eau
Président du Conseil régional Préfet de département du COPIL du parc national et de la biodiversité
Rédiger rapport
Préfet maritime -
mise en œuvre DOCOB
Préfet maritime et préfet de
Evaluer l’état de conservation Président du Conseil régional Préfet de département Préfet maritime département conjointement Autorité militaire
Réviser le DOCOB Président du Conseil régional Préfet de département Préfet maritime Autorité militaire
Conseil régional désigné
pour responsabilités DOCOB, -
interrégionaux Préfet coordonnateur Préfet coordonnateur
quand pas de coll. terr.
désigné par arrêté du PM désigné par arrêté du PM
- -
interdépartementaux
Pour les sites Natura 2000 Préfet maritime coordonnateur Préfet maritime coordonnateur
- - - -
sur plus d'une zone maritime désigné par arrêté du PM désigné par arrêté du PM
Articles Articles Articles L414-2 I, IV Articles Articles
Référence juridique et VI, R414-7-1, Article
L414-2 III, IV, IVter et V, R414-7-1, R414-8-1 L414-2 I, III, IV, V et VIII, R414-9 L414-2 I et VII L414-2 I et VIII
Code environnement L414-2 I, IVbis
et R414-8-3 à R414-8-6 et R414-9-3 à R414-9-7 R414-8-2, R414-8-5 et R414-10 et R414-10-1
LA CHARTE NATURA 2000
- Articles L414-3 II à IV, R414-11-1, R414-12, R414-12-1 et R414-18 du code de l’environnement
- Article L 124-3 du code forestier
- Article L.1395 E du code général des impôts
- Formulaire CERFA - Déclaration d'adhésion à une charte Natura 2000 d'engagements de bonnes pratiques
- Formulaire CERFA - Déclaration d'adhésion à une charte Natura 2000 d'engagements spécifiques à une
activité, exonérant d'évaluation des incidences Natura 2000
La charte Natura 2000 comporte un ensemble d'engagements définis par le DOCOB et n’impliquant aucune
disposition financière d'accompagnement.
Ces engagements portent sur des pratiques de gestion des terrains et espaces inclus dans le site ou des pratiques
sportives ou de loisirs respectueuses des habitats naturels et des espèces.
La charte Natura 2000 du site précise les territoires dans lesquels s'applique chacun de ces engagements.
La charte Natura 2000 est établie pour une durée de 5 ans.
L'adhésion à la charte Natura 2000 permet :
- l'exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties, pour les parcelles concernées (voir page 37) ;
- l'accès aux garanties de gestion durable des forêts pour un propriétaire disposant d'un plan de gestion forestier.
L’autorité administrative « responsable » de la charte Natura 2000 est différente selon les cas (voir tableau ci-
dessous).
Sites Natura 2000 entièrement terrestres Sites Natura 2000 selon la nature des engagements
Le Conseil régional
Le préfet de département, le préfet de région ou le préfet maritime
(conjointement avec l’autorité miliaire
(conjointement avec l’autorité miliaire si terrain militaire)
si terrain militaire)
- peut établir une charte Natura 2000 avec les titulaires de droits réels et personnels portant sur les terrains inclus
dans le site Natura 2000 ainsi que les professionnels et utilisateurs des espaces situés dans ce site.
- peut établir une charte comportant des engagements spécifiques à une activité qui permettent de garantir que
celle-ci ne sera pas susceptible de porter atteinte au site de manière significative, pour la période courant jusqu'à
l'approbation de ce document, dans les cas où le DOCOB n’est pas encore approuvé.
- s'assure du respect des engagements souscrits dans le cadre de la charte Natura 2000 et, après en avoir avisé
au préalable le signataire de la charte, peut le vérifier sur place, en indiquant les motifs et en lui permettant de
présenter ses observations.
- peut décider de la suspension ou de la résiliation de la charte lorsque le signataire d'une charte Natura 2000
s'oppose à un contrôle, souscrit une fausse déclaration ou ne se conforme pas à l'un des engagements souscrits.
Il en informe l'administration fiscale et les services gestionnaires des aides publiques auxquelles donne droit
l'adhésion à la charte.
LES CONTRATS NATURA 2000
Il existe plusieurs types de contrats :
- les contrats Natura 2000 forestiers ;
- les contrats Natura 2000 ni agricoles, ni forestiers ;
- les contrats Natura 2000 agricoles qui prennent la forme de mesures agro-environnementales et climatiques ;
LES CONTRATS NATURA 2000 FORESTIERS ET NI AGRICOLES, NI FORESTIERS

- Articles L414-3 I, III et IV, R414-13 et R414-15 à R414-18 du code de l’environnement
- Article L 124-3 du code forestier
- Article 78 VI modifié de la loi du 27/01/2014 ;
- Arrêté du 17 novembre 2008 fixant la liste des actions éligibles à une contrepartie financière de l’Etat dans
le cadre d’un contrat Natura 2000
- Plan Stratégique National de la PAC 2023-2027 (PSN)
Les titulaires de droits réels et personnels portant sur les terrains inclus dans le site Natura 2000 ainsi que les
professionnels et utilisateurs des espaces marins situés dans le site peuvent signer des "contrats Natura 2000".
Le contrat Natura 2000 :
- comporte un ensemble d'engagements conformes aux orientations et aux mesures définies par le DOCOB,
portant sur la conservation et/ou le rétablissement des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la création
du site Natura 2000 ;
- définit la nature et les modalités des aides publiques et les prestations à fournir en contrepartie par le
bénéficiaire notamment :
o le descriptif des opérations à effectuer, avec l'indication des travaux et prestations d'entretien ou de
restauration des habitats naturels, des espèces et de leurs habitats et la délimitation des espaces auxquels
ils s'appliquent,
o le descriptif des engagements qui donnent lieu au versement d'une contrepartie financière ainsi que le
montant, la durée et les modalités de versement de cette contrepartie,
o les points de contrôle et les justificatifs à produire ;
- est conclu pour une durée maximal de cinq ans.
Les contrats sont exécutés dans les conditions antérieures au 1er janvier 2023 jusqu’à leur échéance, sauf accord
contraire des parties.
Un arrêté ministériel fixe la liste des actions contractuelles éligibles à une contrepartie financière de la ou des
autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens (cf. ci-dessus).
La signature d’un contrat Natura 2000 permet :
- l'exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties, pour les parcelles concernées (voir page 37) ;
- l'accès aux garanties de gestion durable des forêts pour un propriétaire disposant d'un plan de gestion forestier.
Lorsqu’un terrain ou une concession de culture marine bénéficiant d’un contrat Natura 2000 est cédé, l’acquéreur
peut poursuivre les engagements souscrits, via un avenant au contrat. Sinon, le contrat est résilié et tout ou partie
des aides perçues peut être remboursée par le cédant.
En cas d'inexécution des engagements souscrits, les aides publiques font l'objet d'un remboursement.
L’autorité compétence en matière de contrats Natura 2000 diffère selon la situation géographique du site et/ou de
la nature des engagements (voir tableau ci-dessous).
Sites Natura 2000 entièrement terrestres Sites Natura 2000 selon la nature des engagements
Le Conseil régional Le préfet de région
- peut préciser la liste des actions contractuelles éligibles à une contrepartie financière fixée par arrêté
ministériel, compte tenu, notamment, des spécificités locales, des objectifs de conservation prioritaires et d'une
allocation optimale des moyens.
Le Conseil régional Le préfet de département, le préfet de région
(conjointement avec l’autorité miliaire ou le préfet maritime
si terrain militaire) (conjointement avec l’autorité miliaire si terrain militaire)
- conclut les contrats Natura 2000 avec les titulaires - conclut les contrats Natura 2000 avec les titulaires de
de droits réels et personnels portant sur les terrains droits réels et personnels portant sur les terrains inclus
inclus dans les sites Natura 2000. dans le site et/ou les professionnels et utilisateurs des
Pour les sites Natura 2000 interrégionaux, une espaces marins situés dans le site.
convention désigne le Conseil régional signataire
- peut se substituer aux contrats conclus par l’Etat ce
qui n’entraîne aucun droit à résiliation ou à -
indemnisation pour le cocontractant.
- s'assure du respect des engagements souscrits dans le cadre des contrats Natura 2000.
- mène des contrôles sur pièce.
- peut, après en avoir avisé au préalable le titulaire du contrat, vérifier sur place le respect des engagements
souscrits, en indiquant les motifs et en lui permettant de présenter ses observations.
- suspend, réduit ou supprime en tout ou partie l'attribution des aides prévues et peut résilier le contrat,
lorsque le titulaire d'un contrat Natura 2000 s'oppose à un contrôle, lorsqu'il ne se conforme pas à l'un des
engagements souscrits ou s'il fait une fausse déclaration.
Chaque Conseil régional décide du financement des contrats Natura 2000 forestiers et des contrats Natura 2000
ni agricoles, ni forestiers (voir page 40) à travers les mesures du PSN de préservation et de restauration du
patrimoine naturel et forestier dont les sites Natura 2000 (mesures n°73.04 et, pour la Corse, n°73.13).
LES CONTRATS NATURA 2000 AGRICOLES
- Articles L414-3 I, III et IV, R414-17et R414-18 du code de l’environnement ;
- Article L.1395 E du code général des impôts ;
- Articles D341-6-1 à D341-6-9 du code rural et de la pêche maritime ;
- Arrêté du 17 novembre 2008 fixant la liste des actions éligibles à une contrepartie financière de l’Etat dans
le cadre d’un contrat Natura 2000 ;
- Instructions techniques du 25/01/2022 et du 13/06/2022 concernant les actions d’animation relatives aux
MAEC pour 2022 en vue de la préparation de la mise en oeuvre de la PAC pour la période 2023-2027 ;
- Instruction technique du 26/07/2023 relative aux mesures agroenvironnementales et climatiques (MAEC) et
aux aides en faveur de l’agriculture biologique de la programmation 2023-2027 de la PAC ;
- Plan Stratégique National de la PAC 2023-2027 (PSN) ;
- Arrêtés préfectoraux comportant les territoires de PAEC retenus et les modalités de déclinaison des cahiers
des charges nationaux des MAEC et publiés sur le site Internet de chaque DRAAF.
Les contrats Natura 2000 agricoles portent sur 5 ans et peuvent prendre la forme de mesures agro-
environnementales et climatiques (MAEC – voir pages 39 et 40) mais ils doivent respecter les objectifs et les cahiers
des charges définis dans le DOCOB.
La mobilisation des MAEC pour la gestion des sites Natura 2000 doit suivre la procédure suivante.
Chaque année, les Directions Régionales de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Forêt (DRAAF) :
- définissent, sur le territoire régional, un zonage notamment sur la base des zones à enjeux environnementaux
dont les sites Natura 2000 ;
- sélectionnent, parmi le catalogue national les MAEC mobilisables au sein de chacune de ces zones.
NOTA : il convient de vérifier que tous les sites Natura 2000 ayant besoin de MAEC figurent bien sur ce zonage et
que toutes les MAEC nécessaires à chaque site Natura 2000 ont bien été sélectionnées.
Sur la base de ces informations qui peuvent aussi être complétées par un appel à projet de la DRAAF, « des
opérateurs agroenvironnementaux et climatiques » proposent des projets agroenvironnementaux et
climatiques (PAEC).
Ces opérateurs peuvent bénéficier d’un financement pour élaborer un PAEC, pour mener les diagnostics
d’exploitation et animer les PAEC retenus. Ces opérateurs peuvent être les structures animatrices des sites
Natura 2000.
Ces PAEC doivent contenir différentes informations (périmètre, diagnostic, MAEC visées, animation, formation,
coûts). Le diagnostic des DOCOB peut être repris. Les opérateurs sélectionnent les MAEC qu’ils souhaitent ouvrir
sur ce territoire parmi celles proposées par les DRAAF. Ils proposent également les paramètres locaux de certaines
obligations des cahiers des charges.
NOTA : il convient de vérifier qu’un PAEC est proposé pour chaque site Natura 2000 ayant besoin de MAEC qu’il
contient toutes les MAEC nécessaires avec un cahier des charges adapté et un niveau d’ambition à la hauteur des
enjeux.
La DRAAF sélectionne les PAEC parmi ceux qui lui sont proposés avec un avis de la Commission régionale
agroenvironnementale et climatique (CRAEC).
Un arrêté préfectoral est ensuite pris pour indiquer les territoires de PAEC retenus et les modalités de déclinaison
des cahiers des charges nationaux des MAEC ouvertes pour chacun de ces territoires.
Les opérateurs des PAEC retenus assurent l’animation et l’accompagnement des agriculteurs et/ou des autres
bénéficiaires potentiels dans la mise en oeuvre des engagements.
Dans ce cadre, pour bénéficier d’une MAEC, il faut en faire la demande lors de la télédéclaration des dossiers PAC.
Après instruction, le.la bénéficiaire reçoit une décision d’engagement signée par l’État et les autres financeurs. Les
années suivantes, ille reçoit une lettre de fin d’instruction et un courrier de mise à jour des engagements.
La signature d’un contrat Natura 2000 permet l'exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties, pour
les parcelles concernées (voir page 37).
LA COMMISSION REGIONALE AGROENVIRONNEMENTALE ET CLIMATIQUE

aux aides en faveur de l’agriculture biologique de la programmation 2023-2027 de la politique agricole
commune (PAC) ;
- Plan Stratégique National de la PAC 2023-2027 (PSN) ;
- Compte-rendu des réunions des CRAEC publiés sur le site Internet de chaque DRAAF.
La Commission régionale agroenvironnementale et climatique (CRAEC) constitue l’instance régionale de

concertation sur la mise en oeuvre des MAEC.
Cette CRAEC :
- est copilotée par la Direction Régionale de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Forêt (DRAAF) et le Conseil
régional ;
- regroupe l’ensemble des financeurs et des parties prenantes notamment un représentant d’associations de
protection de l'environnement ;
- donne un avis sur les PAEC proposés (cf. partie précédente) ;
- veille à ce que les PAEC retenus contribuent à la bonne mise en oeuvre des politiques européennes
environnementales notamment Natura 2000.
La répartition des financements et l’articulation avec les dispositifs non surfaciques gérés par les conseils régionaux
y sont également discutées.
Le fonctionnement de la CRAEC doit avant tout s’appuyer sur le consensus, de sorte que ses avis constituent des
décisions collectives auxquelles toutes les parties se conforment.
NOTA : il convient de vérifier que :
- un PAEC est proposé pour chaque site Natura 2000 ayant besoin de MAEC qu’il contient toutes les MAEC
nécessaires avec un cahier des charges adapté et un niveau d’ambition à la hauteur des enjeux ;
- le Conseil régional a bien mobilisé pour Natura 2000 les aides dont il a la charge (animation des sites Natura
2000 ; élaboration/révision des DOCOB ; contrats Natura 2000 forestiers ; contrats Natura 2000 ni
agricoles, ni forestiers – voir pages 39 et 40).
LA PRESERVATION DES PRAIRIES DITES « SENSIBLES » DANS LES SITES NATURA 2000
- Article D615-53 du code rural et de la pêche maritime
- Article 6 de l’arrêté du 14 mars 2023 relatif aux règles de bonnes conditions agricoles et environnementales
- Plan Stratégique National de la PAC 2023-2027
Les prairies permanentes dites « sensibles » sont identifiées dans les sites Natura 2000, figurent sur cette carte et
sont constituées :
- des surfaces pastorales faisant partie du zonage Natura 2000 ;
- des prairies permanentes majoritairement herbacées faisant partie des zones Natura 2000 qui présentent une
richesse importante en biodiversité.
La conversion et le labour de ces prairies « sensibles » sont interdits.
Cette interdiction constitue la bonne condition agricole et environnementale (BCAE) n°9.-
LA CONDITIONNALITE DES AIDES AGRICOLES SPECIFIQUE A NATURA 2000

- Article 12 et annexe III du règlement (UE) 2021/2115 du Parlement européen et du Conseil du 2 décembre
2021 établissant des règles régissant l’aide aux plans stratégiques devant être établis par les États membres
dans le cadre de la politique agricole commune ;
- Article R 615-9 du code rural et de la pêche maritime ;
Les agriculteurs qui bénéficient d’aides de la politique agricole commune doivent respecter des exigences
réglementaires en matière de gestion (ERMG).
Trois ERMG sont spécifiques aux sites Natura 2000.
Pour respecter l’ERMG n°3 (article 3, paragraphe 1 et point b) du paragraphe 2 ; article 4, paragraphes 1, 2 et 4
de la DOx), les agriculteurs dont les parcelles sont situées dans un site Natura 2000 désigné au titre de la DOx ne
doivent pas détruire ou détériorer les habitats des espèces qui ont justifié cette désignation. Ils ne doivent pas non
plus perturber ces espèces.
Pour respecter l’ERMG n°4 (article 6, paragraphes 1 et 2 de la DHFF), les agriculteurs dont les parcelles sont
situées dans un site Natura 2000 désigné au titre de la DHFF ne doivent pas détruire les habitats naturels qui ont
justifié cette désignation, ni les habitats des espèces qui ont justifié cette désignation. Ils ne doivent pas non plus
perturber ces espèces.
Pour respecter l’ERMG n°8, les agriculteurs dont les parcelles sont situées dans un site Natura 2000 doivent
respecter les interdictions et restrictions de l’usage des pesticides (voir page suivante).
LA REGLEMENTATION DE L’UTILISATION DES PESTICIDES DANS LES SITES NATURA 2000
- Article 12 de la directive européenne n°2009/128/CE du 21/10/2009
- Articles L 253-7 et R 253-45 du code rural et de la pêche maritime
Les États européens veillent à ce que l’utilisation de pesticides soit restreinte ou interdite dans certaines zones
spécifiques, notamment les sites Natura 2000.
En France, il a fallu un recours juridique de France Nature Environnement pour qu’un cadre juridique soit défini
pour réglementer cette utilisation3.
Ainsi, depuis la fin 2022, le préfet doit encadrer ou interdre l'utilisation des produits phytopharmaceutiques dans les
sites Natura 2000 terrestres :
- au regard des objectifs de conservation ou de restauration des habitats naturels et des espèces définis dans
les DOCOB ;
- lorsque cette utilisation n'est pas effectivement prise en compte par les mesures prévues dans les contrats
Natura 2000 et les chartes Natura 2000.
NOTA :
- Il convient de vérifier que :
• les DOCOB, les contrats Natura 2000 et les chartes Natura 2000 contiennent des mesures pour réglementer
les pesticides lorsque ceux-ci impactent des habitats naturels et/ou des espèces ayant justifié la
désignation des sites Natura 2000 ;
• les contrats Natura 2000 et les chartes Natura 2000 sont correctement mis en œuvre.
- Si ce n’est pas le cas, il est nécessaire de demander au préfet de réglementer leur utilisation notamment lors
des réunions des COPIL 2000. Vous pouvez aussi nous signaler les problèmes (maxime.paquin@fne.asso.fr).
- Il est important de se mobiliser sur ce sujet car il y un manque de volonté politique de prendre les mesures
nécessaires malgré le constat que les pollutions agricoles ne sont pas correctement ciblées dans les sites
Natura 2000 (voir page 35).
France Nature Environnement et la Ligue pour la Protection des Oiseaux poursuivent le recours pour améliorer
cette règlementation.
3Arrêt du Conseil d’Etat du 15/11/21 n°437613

LES ENERGIES RENOUVELABLES ET NATURA 2000
NATURA 2000 EXCLUS DES ZONES D’ACCELERATION DES ENERGIES RENOUVELABLES

- Article 15 quater de la directive européenne 2023/2413 du 18 octobre 2023
La directive européenne du 18 octobre 2023 prévoit que les sites Natura 2000 doivent être exclus des zones
d’accélération des énergies renouvelables, à l’exception des surfaces artificielles, telles que les toits, les aires de
stationnement ou les infrastructures de transport.
CERTAINS SITES NATURA 2000 EXCLUS DES ZONES D’ACCELERATION DE L’EOLIEN

TERRESTRE
- Article L 141-5-3 du code de l’énergie
Une loi française de mars 2023 prévoit qu’il n’est pas possible de définir des zones d'accélération pour l'implantation
des parcs éoliens terrestres dans les ZPS (oiseaux), ni dans les ZSC désignées pour les espèces de chauve-souris
justifiant la désignation de sites Natura 2000 (cf. liste page 6).
Toutefois, les implantations de ces parcs restent possibles dans les sites Natura 2000 en dehors des zones
d’accélération.
NOTA : l’articulation entre la directive citée ci-dessus et cette loi de mars 2023 reste à préciser.
L’INTERDICTION DE LA PUBLICITE DANS LES SITES NATURA 2000

- Articles L 581-7 et L 581-8 du code de l’environnement
En dehors des lieux qualifiés d’agglomération, toute publicité est interdite.

Elle est toutefois autorisée à l’intérieur de l’emprise des aéroports ainsi que des gares ferroviaires.
La publicité peut également être autorisée par le règlement local de publicité à proximité immédiate de certains
centres commerciaux.
Ces dispositions sont aussi applicables dans les sites Natura 2000.
A l’intérieur des agglomérations notamment situées dans les sites Natura 2000, la publicité est aussi interdite sauf
dérogation via un règlement local de publicité.
L’ENCADREMENT DE L’ECLAIRAGE ARTIFICIEL NOCTURNE
- Articles L 583-1 à L 583-4 ainsi que R 583-4 et son annexe du code de l’environnement
Les installations d’éclairage artificiel nocturne situées dans les sites Natura 2000 devraient faire l'objet de mesures
plus restrictives que celles prévues par le droit commun (cf. fiche FNE sur le sujet).
Cependant, ces mesures plus restrictives ne sont pas encore définies au niveau national.
NOTA : il ne faut pas hésiter à demander que des mesures soient prises pour lutter contre la pollution lumineuse si
celle-ci impacte des habitats naturels et/ou des espèces ayant justifié la désignation des sites Natura 2000
notamment dans le cadre de l’élaboration ou de la révision d’un DOCOB et/ou lors des réunions du COPIL.
DES REGLEMENTATIONS « GENERALES » FAVORABLES AUX SITES NATURA 2000
Il existe des règlementations qui ne sont pas spécifiques aux sites Natura 2000 mais qui contribuent à leur
préservation.
L’INTERDICTION DES ATTERRISSAGES DES AERONEFS MOTORISES A DES FINS DE LOISIRS
- Articles L363-1 et L363-2 du code de l’environnement
Dans les zones de montagne, sont interdits :

- l'atterrissage d'aéronefs motorisés à des fins de loisirs sans débarquement ni embarquement de passagers,
sauf sur un aérodrome ou sur les emplacements autorisés et à l’exception des aéronefs sans personne à bord ;
- le débarquement et l'embarquement de passagers par aéronef motorisé à des fins de loisirs, sauf sur un
aérodrome ;
- la publicité, directe ou indirecte, de services faisant usage de ces pratiques.
Les sites Natura 2000 en zones de montagne sont donc aussi concernés.
LA CIRCULATION DANS LES SITES NATURA 2000

1. L'accès et la circulation des personnes, des véhicules et des animaux domestiques
Référence juridique
- Article L360-1 du code de l’environnement
L'accès et la circulation des personnes, des véhicules et des animaux domestiques aux sites Natura 2000 peuvent
être réglementés ou interdits, par arrêté motivé, dès lors que cet accès est de nature à compromettre leur protection.
C’est en général le maire ou le président de l'établissement public de coopération intercommunale qui est compétent
par la partie terrestre, voire le préfet de département, et, pour la partie maritime, le représentant de l’Etat en mer.
2. L’interdiction de la circulation des véhicules à moteur

- Article L362-1 du code de l’environnement
Dans les espaces naturels des sites Natura 2000, la circulation des véhicules à moteur est interdite en dehors des
voies classées dans le domaine public routier de l'Etat, des départements et des communes, des chemins ruraux
et des voies privées ouvertes à la circulation publique des véhicules à moteur.
LA CONDITIONNALITE DES AIDES AGRICOLES
- Article 12 et annexe III du règlement (UE) 2021/2115 du Parlement européen et du Conseil du 2 décembre
2021 établissant des règles régissant l’aide aux plans stratégiques devant être établis par les États membres
dans le cadre de la politique agricole commune ;
- Article R 615-9 du code rural et de la pêche maritime ;
Les agriculteurs qui bénéficient d’aides de la politique agricole commune doivent respecter des exigences
règlementaires en matière de gestion (ERMG).
Trois ERMG sont spécifiques aux sites Natura 2000 (cf. page 22) mais les autres peuvent aussi contribuer à leurs
objectifs notamment :
- les ERMG n°1 et °2 relatives au respect des conditions minimales de protection de la ressource en eau ;
- l’ERMG n°7 relative à la réduction des facteurs de risques pour l’environnement et la santé liés à l’utilisation
des intrants de synthèse.
Ces ERMG s’appliquent sur tout le territoire et donc dans les sites Natura 2000.
LES BONNES CONDITIONS AGRICOLES ET ENVIRONNEMENTALES

- Articles D614-44 à D614-64 du code rural et de la pêche maritime
- Arrêté du 14 mars 2023 relatif aux règles de bonnes conditions agricoles et environnementales
Les agriculteurs.trices qui bénéficient des aides de la politique agricole commune doivent respecter les « bonnes
conditions agricoles et environnementales » (BCAE) notamment :
- la protection des zones humides et des tourbières (BCAE n°2 qui sera effective à partir de 2024) ;
- des bandes tampons végétalisées le long de certains cours d’eau (BCAE n°4) ;
- le maintien d’un minium d’infrastructures agro-écologiques (haies, arbres, mares, bosquets…) (BCAE n°8) ;
- l’interdiction de taille et de coupe des haies et des arbres pendant la période de nidification et de
reproduction des oiseaux entre le 16 mars et le 15 août (BCAE n°8).
Ces BCAE s’appliquent sur tout le territoire et donc dans les sites Natura 2000.
LE REMBOURSEMENT DES SUBVENTIONS EN CAS DE DESTRUCTION DE HAIES
- Article L113-4 du Code rural et de la pêche maritime
En cas de destruction des plantations de haies ayant bénéficié de financements publics, la collectivité qui a attribué
les subventions peut en demander le remboursement pendant une période de 15 ans à compter de leur attribution.
LA PRÉSERVATION DES ZONES HUMIDES

- Article L 211-1-1 du code de l’environnement
La préservation et la gestion durable des zones humides sont d'intérêt général, donc y compris celles qui ont justifié
la désignation de sites Natura 2000. L'Etat et les différentes collectivités territoriales doivent ainsi veiller à la
cohérence des politiques publiques.
LES ESPACES REMARQUABLES DU LITTORAL

- Articles L 121-3 et R 121-4 du code de l’environnement
- Arrêt du Conseil d'État, 14/11/2011, 333675
Le désignation d’un l'espace littoral en site Natura 2000 implique une présomption que l’espace concerné est un
espace remarquable du littoral et bénéficie de ce fait du régime de protection très stricte qui y est attaché.
LA TRAME VERTE ET BLEUE

- Article L371-1 et R371-19 du code de l’environnement ;
- Décret du 17/12/2019 adoptant les orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des
continuités écologiques.
La trame verte et bleue a pour objectif la préservation, la gestion et la remise en bon état des milieux nécessaires
aux continuités écologiques qui sont constituées de réservoirs de biodiversité et de corridors écologiques.
Les sites Natura 2000 font partie des espaces protégés qui peuvent faire partie des réservoirs de biodiversité. Cette
contribution doit être examinée au niveau régional.
Un rapport de 2019 analyse la contribution respective de ces deux réseaux.
LA REGLEMENTATION DES CLÔTURES EN « MILIEU NATUREL »
- Articles L372-1 et L415-3 du code de l’environnement
Les clôtures concernées sont celles qui sont situées :

- dans les zones naturelles ou forestières délimitées par le règlement d’un plan local d’urbanisme
(intercommunal) ;
- ou dans les espaces naturels, s’il n’y a pas de plan local d’urbanisme (intercommunal).
Il existe de nombreuses exceptions (parcelles agricoles, régénération forestière, défense nationale, …).
Désormais, les clôtures concernées :
- sont soumises à déclaration
- permettent en tout temps la libre circulation des animaux sauvages
- sont posées 30 centimètres au-dessus du sol, leur hauteur est limitée à 1,20 mètre
- ne peuvent ni être vulnérantes, ni constituer des pièges pour la faune
- sont en matériaux naturels ou traditionnels définis par le SRADDET4, SAR5, PADDUC6 ou le SDRIF7.
Les clôtures concernées existantes sont mises en conformité « sans impacter le territoire » avant le 1er janvier
2027.
Les clôtures concernées qui ont plus de 30 ans avant le 02/02/23 (preuves à apporter) :
- n’ont pas à respecter cette échéance ;
- doivent être mise en conformité lors de toute réfection/rénovation.
Le non-respect de ces dispositions est puni de trois ans d'emprisonnement et de 150 000 € d'amende.
L’INTERDICTION DE LA PUBLICITE LUMINEUSE EN MER TERRITORIALE

- Articles R. 581-52-1, R. 581-52-2 et R. 581-52-4 du code de l’environnement
A partir du 1er mars 2024, la publicité lumineuse est interdite en mer territoriale et sur les eaux intérieures
maritimes françaises, donc dans les sites Natura 2000 marins et les parties marines des sites Natura 2000.
Des dérogations peuvent être accordées, à titre exceptionnel, par l’autorité de police à l’occasion de manifestations
particulières.
4 SRADDET- Schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires, défini à l’article L4251-1 du code général des collectivités territoriales
5 SAR- schéma d’aménagement régional, défini à l’article L4433-7 du code général des collectivités territoriales
6 PADDUC- plan d'aménagement et de développement durable de la corse, défini à l’article L4424-9 du code général des collectivités territoriales
7 SDRIF - schéma directeur de la région Île-de-France, défini à l’article L123-1 du code de l’urbanisme
L'EVALUATION D'INCIDENCES NATURA 2000
- Articles L414-4 et R414-19 à R414-29 du code de l’environnement
Les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ainsi que
les manifestations et interventions (dénommées ci-après « activités humaines ») doivent faire l'objet d'une
évaluation de leurs incidences, appelée « évaluation des incidences Natura 2000 », réalisée :
- lorsqu'ils sont susceptibles d'affecter de manière significative un site Natura 2000 :
o individuellement,
o ou en raison de leurs effets cumulés,
- au regard des objectifs de conservation du site.
Ces « activités humaines » ne peuvent pas avoir lieu si :
- l’évaluation des incidences Natura 2000 n'a pas été réalisée ;
- l’évaluation des incidences Natura 2000 est insuffisante ;
- il résulte l’évaluation des incidences Natura 2000 que leur réalisation porterait atteinte aux objectifs de
conservation d'un site Natura 2000.
Malgré l’atteinte aux objectifs de conservation d'un site Natura 2000, un accord peut être donné à une « activité
humaine » si :
- il n’y a pas de solutions alternatives ;
- des mesures compensatoires sont prises pour maintenir la cohérence globale du réseau Natura 2000 ;
- et seulement pour :
o des raisons impératives d'intérêt public majeur, la commission européenne devant en être informée ;
o des motifs liés à la santé ou à la sécurité publique ou tirés des avantages importants procurés à
l'environnement ou, après avis de la Commission européenne, pour d'autres raisons impératives
d'intérêt public majeur, lorsque le site abrite un type d'habitat naturel ou une espèce « prioritaires » (cf.
page 6).
Dans un délai maximal de 2 mois, soit un accord ou une opposition est donné soit une demande de complément
est effectuée. Une non réponse dans ce délai est considérée comme un accord. Ce délai est suspendu dans les
cas où l’avis de la Commission européenne est nécessaire.
Le dispositif d’évaluation d’incidences diffère selon les « activités humaines » :
- les listes « d’activités humaines » déjà juridiquement encadrées c’est-à-dire les programmes ou projets
d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ainsi que les manifestations et
interventions déjà soumis à autorisation, approbation, enregistrement ou à déclaration au titre d’une autre
législation ;
- les listes « d’activités humaines » qui ne sont pas déjà juridiquement encadrées : dans de tels cas, il existe un
régime d’autorisation propre à Natura 2000 ;
- le cas particulier de la pêche maritime professionnelle pour lequel est prévu une analyse des risques réalisée
à une échelle globale ;
- il existe une « clause filet » pour les situations qui ne seraient pas prévues par les listes précédentes.
LES ACTIVITES HUMAINES DEJA ENCADREES
- Circulaire du 15 avril 2010 relative à l'évaluation des incidences Natura 2000
- Circulaire du 4 janvier 2012 relative à l’évaluation environnementale et à l’évaluation des incidences au titre
de Natura 2000 des schémas des structures des exploitations de cultures marines
- Arrêtés préfectoraux – Première(s) liste(s) locale(s) complémentaire(s) (voir carte)
Lorsqu’ils sont déjà soumis à autorisation, approbation, enregistrement ou déclaration au titre d’une autre
législation, les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ainsi
que les manifestations et interventions font l’objet d’une évaluation des incidences Natura 2000 s’ils figurent sur :
- la liste nationale de 26 items ;
- une liste locale complémentaire arrêtée par le préfet de région et/ou de département et/ou maritime (voir carte).
Ces listes locales sont arrêtées après :
- avis du conseil scientifique régional du patrimoine naturel ;
- concertation avec les acteurs concernés ;
- le cas échéant, consultation de la commission départementale de la nature, des paysages et des sites ;
- accord préalable du commandant de zone terre ou du commandant de zone maritime si des activités militaires
sont concernées.
LES ACTIVITES HUMAINES SOUMISES À AUTORISATION PROPRE A NATURA 2000

- Circulaire du 26 décembre 2011 relative au régime d'autorisation administrative propre à Natura 2000
- Arrêtés préfectoraux – Deuxième liste locale - régime d’autorisation propre à Natura 2000 (voir carte)
Lorsqu’ils ne sont pas déjà soumis à autorisation, approbation, enregistrement ou à déclaration au titre d’une
autre législation, les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations
ainsi que les manifestations et interventions font l’objet d’une évaluation des incidences Natura 2000 s’ils
figurent sur :
- une deuxième liste locale afférente au régime d’autorisation propre à Natura 2000 et arrêtée par le préfet de
région ou de département et/ou maritime (voir carte).
Ces listes locales sont établies à partir d’une liste nationale de référence contenant 36 items et précisent les sites
Natura 2000 concernés.
Ces listes locales sont arrêtées après :
- avis du conseil scientifique régional du patrimoine naturel ;
- concertation avec les acteurs concernés ;
- le cas échéant, consultation de la commission départementale de la nature, des paysages et des sites ;
- accord préalable du commandant de zone terre ou du commandant de zone maritime si des activités militaires
sont concernées.
LA PECHE MARITIME PROFESSIONNELLE
- Articles L414-4 notamment II bis et R414-19 à R414-29 du code de l’environnement
- Note technique du 21/01/20 relative aux activités de pêche maritime professionnelle par rapport à Natura 2000
La pêche maritime professionnelle font l’objet d’un régime dérogatoire au dispositif d’évaluation d’incidences
appelée « analyse de risques Natura 2000 ». Ces analyses sont réalisées lors de l’élaboration ou de la révision
des DOCOB des sites Natura 2000 concernés.
Si un risque de porter atteinte aux objectifs de conservation du site est identifié par cette analyse, les activités
de pêche concernées font l’objet de mesures réglementaires afin de réduire la pression de l’activité sur l’habitat
ou l’espèce concerné.
Un ensemble de documents ont été rédigés pour réaliser les analyses de risques notamment :
- un guide technique relatif à la mise en oeuvre des analyses de risque des activités de pêche de porter atteinte
aux objectifs de conservation des sites Natura 2000 ;
- une méthodologie d’évaluation des risques par rapport aux habitats naturels ;
- une méthodologie d’évaluation des risques par rapport aux espèces.
Plusieurs tribunaux administratifs (TA) ont toutefois considéré qu’en cas d’absence d’analyse des risques, les
activités de pêche maritime ne pouvaient échapper à une évaluation d’incidences.8
Logigramme de l’analyse de risques
8Par exemple : 2 décisions du TA de Bordeaux : 28 mars 2023 n°2301078 et 8 août 2023, n°2303720
LES ANNEXES VERTES ET LA GESTION DES FORETS DANS LES SITES NATURA 2000
- Article L 122-7, L 122-8, D122-14 et D122-15 du code forestier
Un document régional appelé « annexes vertes » au schéma régional de gestion sylvicole liste les dispositions
spécifiques permettant de mettre en œuvre une gestion forestière compatible avec les objectifs Natura 2000.
Les plans simples de gestion et les règlements type de gestion qui sont déclarés conforme aux annexes vertes
sont dispensés d’évaluation d’incidences Natura 2000.
NOTA : Dans sa décision n°453009 du 21 avril 2023, le Conseil d'Etat a formulé des réserves (points n°15 &
suivants) notamment que :
- les documents de gestion forestière doivent faire l’objet d’une évaluation d’incidences Natura 2000 (ou être
déclaré conformes aux annexes vertes) s'ils sont susceptibles d'affecter de manière significative un site
Natura 2000, indépendamment du fait qu'ils portent ou non sur des forêts situées dans un tel site ;
- les annexes vertes doivent fixer des prescriptions et des règles de gestion précises et spécifiques aux
différentes zones qu'elles identifient et en fonction des habitats d'espèces recensés annuellement, qui ont
pour objet de garantir que les exigences de la législation Natura 2000 sont respectées ;
- lorsque le projet de document de gestion ne peut faire l'objet d'une déclaration de conformité à l’annexe verte,
il doit faire l’objet d’une évaluation d’incidences Natura 2000 s’il est susceptible d'affecter de manière
significative un site Natura 2000.
D’AUTRES « ACTIVITES HUMAINES » : LA « CLAUSE FILET » ET LA JURISPRUDENCE

- Articles L414-4 notamment IV bis et R414-29 du code de l’environnement
Le préfet de département ou maritime selon leurs compétences peut demander, sur décision motivée, la réalisation
d'une évaluation des incidences Natura 2000 pour tout programme ou projet d'activités, de travaux,
d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ainsi que manifestation ou intervention :
- susceptible d'affecter de manière significative un site Natura 2000 ;
- ne figurant pas sur les listes présentées ci-dessus.
Par ailleurs des arrêts de la Cour de justice de l’Union européenne et du Conseil d'État ont indiqué que :
- toutes les mesures doivent être prises pour éviter, dans les zones qui « auraient dû être désignées comme
ZPS », la pollution et la détérioration des habitats ainsi que les perturbations touchant les oiseaux, pour autant
qu'elles aient un effet significatif (arrêt du 7 décembre 2000 "Basses Cordières" – affaire C-374/98 et arrêt du
2 août 1993 "Marismas de Santonã" – affaire C-355/90) ;
- pour des zones inventoriées et/ou en cours de désignation, le gouvernement français ne peut prendre aucune
mesure susceptible de faire définitivement obstacle à la poursuite des objectifs fixés par la directive "Habitats"
(arrêt CE du 30 décembre 2002, req n°232752).
LE CONTENU DU DOSSIER D'EVALUATION DES INCIDENCES NATURA 2000
- Articles R414-23 et R414-28 du code de l’environnement
Le dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 comprend :

- Une présentation simplifiée du document, du programme, du projet, de la manifestation ou de l'intervention,
accompagnée d'une carte permettant de localiser l'espace sur lequel il peut avoir des effets et les sites Natura
2000 susceptibles d'être concernés par ces effets et/ou un plan de situation détaillé si « l’activité humaine »
est prévue dans le site Natura 2000 ;
- Un exposé sommaire des raisons pour lesquelles « l’activité humaine » est ou non susceptible d'avoir une
incidence sur un ou plusieurs sites Natura 2000. Dans l'affirmative, il contient des informations
complémentaires ;
- Une analyse (si « l’activité humaine » est susceptible d’avoir des impacts) des effets temporaires ou
permanents, directs ou indirects, que « l’activité humaine » peut avoir, individuellement ou en raison de ses
effets cumulés avec d'autres, sur l'état de conservation des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la
désignation du site ;
- Un exposé des mesures qui seront prises pour supprimer ou réduire les effets significatifs dommageables
identifiés par cette analyse ;
- Un exposé (si effets significatifs dommageables subsistent malgré les mesures ci-dessus) présentant :
o la description des solutions alternatives envisageables, les raisons pour lesquelles il n'existe pas d'autre
solution et les éléments permettant de justifier l'approbation de « l’activité humaine » concernée ;
o la description des mesures pour compenser ces effets dommageables et mises en place de façon
efficace et proportionnée et selon un calendrier permettant d'assurer une continuité dans les capacités
du réseau Natura 2000 à assurer la conservation des habitats naturels et des espèces ;
- L'estimation des dépenses correspondantes et les modalités de prise en charge des mesures compensatoires.
DES DOCUMENTS POUR AIDER A REALISER L’EVALUATION D’INCIDENCES NATURA 2000

Différents ouvrages ont été rédigés pour aider à réaliser l’évaluation d’incidences Natura 2000 :
- Guide européen de conseils méthodologiques concernant l’évaluation des incidences Natura 2000 et annexe (2021)
- Document européen sur l'éolien (2020)
- Natura 2000 et infrastructures de transport (2020)
- Document européen sur l’hydroélectricité (2018)
- Guide européen sur les infrastructures de transport d'énergie (2018)
- Lignes directrices - Aquaculture et Natura 2000 (2018)
- Note de l’Autorité environnementale sur les évaluations des incidences Natura 2000 (2016)
- Guide d'aide à l'instruction des projets ICPE élevage et évaluation d'incidences (2016)
- Document européen sur les estuaires et les zones côtières (notamment ports et dragage) (2012)
- Ports de commerce et Natura 2000 en mer (2012)
- Document européen sur les activités extractives non énergétiques (2011)
- Guide pour l’évaluation des incidences des projets d’extraction de matériaux en mer (2010)
- Guide méthodologique pour l'évaluation des incidences des manifestations sportives (2010)
L’ÉVALUATION DE L'EFFICACITE DE L'EVALUATION D’INCIDENCES NATURA 2000 EN FRANCE
Un rapport de 2019 donne quelques informations sur le niveau d'efficacité de l'évaluation des incidences Natura
2000 en France.
Ce rapport estime que l'efficacité de l'évaluation des incidences Natura 2000 dépend des « activités humaines »
évaluées. Ainsi, il cite, par exemple que cette évaluation est plutôt efficace pour évaluer les documents d’urbanisme,
moyennement efficace pour évaluer les pratiques agricoles et peu efficace concernant les projets de grandes
infrastructures.
En 2011, FNE avait rédigé un rapport en 2011 grâce aux informations de son mouvement, qui montrait que 34,1 %
des ZPS et 19,1 % des ZSC étaient concernées par des dégradations ou étaient susceptibles de l'être.
L’EFFICACITE DU RESEAU NATURA 2000 TERRESTRE EN FRANCE

En 2021, un rapport a été publié sur l’efficacité du réseau Natura 2000 terrestre en France.
Concernant la représentativité du réseau Natura 2000, ce rapport indique que « Globalement, le réseau ne couvre
donc qu’une part minoritaire de l’aire de répartition des espèces et habitats. Les sites ciblent mieux les aires de
présences potentielles dans les domaines atlantiques et continental, mais cette pertinence plus élevée est
insuffisante pour compenser la faible couverture de ces domaines : la représentativité du réseau reste la plus forte
en zones alpine et méditerranéenne ».
Concernant les contrats Natura 2000, « seulement 14,6 % de la SAU des sites Natura 2000 est concerné par les
MAEC localisées » et « les contrats forestiers se caractérisent par un très faible niveau de mise en œuvre. ».
Il manque un dispositif de suivi de l’efficacité des mesures de gestion. Il est aussi difficile de quantifier les
financements dédiés à Natura 2000. Toutefois, « les moyens se concentrent sur des milieux qui nécessiteraient en
réalité avant tout une action hors réseau, les pressions majeures nécessitent souvent un traitement hors
périmètre ».
Concernant l’évaluation d’incidences, « aucune donnée nationale n’existe sur le nombre d’évaluations réalisées et
leur répartition géographique ou thématique » mais « la réalité d’un effet positif du dispositif sur la biodiversité est
indéniable ».
« L’animation occupe en moyenne un peu moins d’un mi-temps par site. ».
Il est difficile de prouver un « effet Natura 2000 » par rapport aux pressions liées à l’urbanisation et à l’intensification
agricole. Toutefois, il y aurait une baisse plus faible de la part des prairies permanentes en site Natura 2000 qu’en
dehors. La baisse de la population globale d’oiseaux « est significativement plus faible dans les sites qu’à
l’extérieur ». L’augmentation de la quantité de très gros arbres sur pied « est significativement plus forte à l’intérieur
des sites Natura 2000 ».
Les conclusions de cette évaluation « montrent la difficulté d’obtenir des résultats à l’échelle nationale à partir d’un
réseau de sites ».
A noter aussi que la France a été condamnée à plusieurs reprises par la Cour de Justice de l’Union européenne,
notamment le :
- 27/04/1988 pour non transposition de la DOx ;
- 18/03/1999 pour n'avoir pas classé une superficie suffisante de l'Estuaire de la Seine en site Natura 2000, ni lui
avoir conféré un statut juridique suffisant ;
- 25/11/1999 pour n'avoir pas classé une superficie suffisante du Marais Poitevin en site Natura 2000, ni avoir
pris les mesures suffisantes pour éviter sa détérioration ;
- 06/04/2000 pour n’avoir pas transposé correctement la directive Habitats-Faune-Flore (DHFF)
- 11/09/2001 pour insuffisance d'identification et de transmission de site Natura 2000 au titre de la DHFF
- 26/11/2002 pour insuffisance de transmission de sites Natura 2000 au titre de la DOx
- 04/03/2010 pour mauvaise transposition de l'article 6 de la DHFF concernant "l'évaluation d'incidences"
En 2021, le Conseil d’Etat a demandé au gouvernement de réglementer l’usage des pesticides dans les sites Natura
2000 suite au recours de France Nature Environnement.
L’AMELIORATION DE LA GESTION DES SITES NATURA 2000 & LES ACTIVITES DURABLES
Références
- Plan Stratégique National de la PAC 2023-2027 ;
- Stratégie nationale Biodiversité 2030 ;
- Stratégie nationale pour les aires protégées 2030 ;
- Plan d’actions 2021-2023 stratégie nationale pour les aires protégées 2030 ;
- Plan d’action régional pour les aires protégées 2030 sur le site Internet de chaque DREAL.
Le plan stratégique national de la PAC 2023-2027 vise notamment « l’amélioration de la gestion et de la protection
des zones Natura 2000 », avec l’objectif que 89,95 % de la surface agricole utile des sites Natura 2000 bénéficient
de mesures agroenvironnementales et climatiques ou d’aides à l’agriculture en 2027. Toutefois, cette
« amélioration » n’intègre pas le volet dont les Conseils régionaux sont responsables (animation ; rédaction/révision
des DOCOB ; contrats forestiers ; contrats ni agricoles, ni forestiers ; MAEC non surfaciques - voir page 40).
La Stratégie nationale Biodiversité 2030 reprend cet objectif dans l’action 1 de la mesure 12 intitulée
« Accompagner le secteur agricole dans sa transition ».
La Stratégie nationale pour les aires protégées (SNAP) 2030 vise notamment une gestion efficace et adaptée
(objectif n°2) et l’accompagnement des activités durables au sein du réseau d’aires protégées. Des mesures
concernant la formation des gestionnaires, l’animation du réseau, le renforcement de la méthode de pilotage,
d’évaluation et d’adaptation de la gestion, la compatibilité des usages par un cadre de surveillance et de contrôle
des activités adapté et l’accompagner les usages compatibles sont prévues.
Même si ces mesures nationales tardent à se mettre en place, elles doivent se décliner dans les plans d’actions
régionaux.
Les sites Natura 2000 étant considérés comme une aire protégée, ils doivent bénéficier de ces mesures nationales
et/ou régionales. Sans les attendre, chaque site Natura 2000 peut contribuer dès maintenant à l’atteinte des
objectifs de cette SNAP 2030.
LES FINANCEMENTS ET LA FISCALITE
LA DOTATION DE SOUTIEN POUR CERTAINES COMMUNES

- Article L. 2335-17 du code général des collectivités territoriales
L’Etat verse une dotation de soutien pour la protection de la biodiversité et pour la valorisation des aménités rurales
aux communes :
- dont le territoire terrestre est couvert à plus de 50 % par un site Natura 2000 ;
- et ayant moins de 10 000 habitants ;
- et dont le potentiel financier par habitant est inférieur au double du potentiel financier moyen par habitant des
communes de la même strate démographique.
L’EXONERATION DE LA TAXE FONCIERE SUR LES PROPRIETES NON BATIES

A l'issue de l'approbation du document d'objectifs, le Conseil régional (pour les sites Natura 2000 exclusivement
terrestres) ou le préfet (pour les autres sites Natura 2000) arrête la liste des propriétés non bâties qui peuvent être
exonérées de la part communale et intercommunale de la taxe foncière sur les propriétés non bâties.
L’exonération est effective si la propriété figure dans cette liste et fait l’objet d’un contrat Natura 2000 et/ou d’une
charte Natura 2000.
L’EXONERATION DES DROITS DE MUTATION

- Article L.793 du code général des impôts
Les successions et donations concernant les propriétés non bâties qui ne sont pas en nature de bois et forêts et
qui sont situées dans les suites Natura 2000, sont exonérées des droits de mutation à hauteur des ¾ de leur
montant.
Pour en bénéficier, il est nécessaire que :
- la propriété fasse l’objet d’un contrat Natura 2000 et d’une charte Natura 2000 ;
- le directeur départemental des territoires ou le directeur départemental des territoires et de la mer fasse un
certificat attestant que les propriétés concernées font l'objet d’un contrat Natura 2000 et d’une charte Natura
2000 ;
- le.la « bénéficiaire » s’engage à appliquer pendant dix-huit ans à ces propriétés des garanties de gestion
conformes aux objectifs de conservation de ces espaces.
LA DEDUCTION DU REVENU IMPOSABLE DES TRAVAUX DE RESTAURATION ET DE GROS
ENTRETIEN
- Article L31 I 2° c quinquies du code général des impôts
Le coût des travaux de restauration et de gros entretien des espaces sur des propriétés rurales situées dans les
sites Natura 2000 peut être déduit du revenu imposable, si ces travaux ont pour objectif leur maintien en bon état
écologique et qu’ils ont reçu l'accord préalable de l'autorité administrative compétente.
LES OPERATIONS D’INVESTISSEMENT DE RESTAURATION EN SITE NATURA 2000

Article L.1111-10 III du code général des collectivités territoriales
Pour toute collectivité territoriale ou tout groupement de collectivités territoriales, maître d'ouvrage d'une opération
d'investissement destinée à restaurer la biodiversité au sein d'un site Natura 2000 exclusivement terrestre, le
représentant de l'Etat dans le département peut lui accorder une dérogation à l’obligation de participation minimale
au financement de ce projet.
Le représentant de l'Etat peut accorder cette dérogation :
- au vu de l'importance de la dégradation des habitats et des espèces et des orientations fixées dans le DOCOB ;
- lorsqu’il estime que la participation minimale est disproportionnée au vu de la capacité financière du maître
d'ouvrage ;
- seulement pour les projets d'investissement entièrement compris sur le territoire d'une commune de moins de
3 500 habitants ou d'un groupement de collectivités territoriales de moins de 40 000 habitants qui en assure
la maîtrise d'ouvrage.
LES FONDS EUROPEENS
Les fonds européens constituent une source importante de financement pour la mise en œuvre de Natura 2000.
En 2020, il a été décidé de consacrer 7,5 % en 2024 et 10 % en 2026 et en 2027 des dépenses européennes
annuelles aux objectifs en matière de biodiversité. Une partie doit ainsi être consacrée à la mise en œuvre de
Natura 2000.
1. Le fonds européen de développement régional (FEDER)
Chaque Conseil régional décide de l’utilisation du fonds européen de développement régional (FEDER) selon le
cadre européen et à travers un programme validé par la Commission européenne.
Le FEDER permet en théorie de financer notamment :
- des actions d’inventaires naturalistes ;
- l’élaboration et la révision des documents d’objectifs ;
- l’animation des sites Natura 2000.
Il est donc nécessaire que chaque région prévoit des mesures et des enveloppes financières suffisantes, dédiées
à Natura 2000 dans leur programme FEDER 2021-2027.
2. Le Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER)
- Article 78 VI modifié de la loi du 27/01/2014 ;
- Articles D341-6-1 à D341-6-9 du code rural et de la pêche maritime ;
- Arrêté du 20/04/2023 relatif aux modèles de cahiers des charges des MAEC et aides à l’agriculture biologique ;
aux aides en faveur de l’agriculture biologique de la programmation 2023-2027 de la PAC ;
- Plan Stratégique National de la PAC 2023-2027 (PSN) et annexes/appendices (notamment appendice D
contenant les cahiers des charges des MAEC) ;
- Arrêtés préfectoraux comportant les territoires de PAEC retenus et les modalités de déclinaison des cahiers
des charges nationaux des MAEC et publiés sur le site Internet de chaque DRAAF.
A. Les mesures dont l’Etat est responsable (MAEC surfaciques)

A partir de 2023, les services de l’Etat sont responsables des mesures agroenvironnementales et climatiques
(MAEC) dites « surfaciques » sauf en Corse (voir page suivante) financées via le Fonds européen agricole pour le
développement rural (FEADER). Ils peuvent, en théorie, mobiliser les MAEC surfaciques « localisées » suivantes
pour la gestion des sites Natura 2000 :
- « Qualité et gestion quantitative de l'eau pour les grandes cultures » qui comporte plusieurs mesures et
plusieurs niveaux d’ambition ;
- « Qualité et gestion quantitative de l'eau pour les cultures pérennes » qui comporte plusieurs mesures et
- « Qualité et protection du sol » qui comporte 2 mesures ;
- « Climat, bien-être animal et autonomie alimentaire des élevages » qui comporte plusieurs mesures et
- « Préservation de l'équilibre agro-écologique et de la biodiversité de milieux spécifiques » qui comporte
plusieurs mesures et niveaux d’ambition selon les milieux visés :
o MAEC Biodiversité – Gestion des rizières (2 niveaux d’ambition) ;
o MAEC Biodiversité – Gestion des roselières
o MAEC Biodiversité – Gestion des marais salants (2 niveaux d’ambition) ;
o MAEC Biodiversité – Préservation des milieux humides (4 niveaux d’ambition) ;
o MAEC Biodiversité – Surfaces herbagères et pastorales (3 niveaux d’ambition) ;
o MAEC Biodiversité – Maintien de l’irrigation gravitaire traditionnelle (2 niveaux d’ambition) ;
- « Création de couverts d'intérêt pour la biodiversité, en particulier les pollinisateurs » qui comporte 2 mesures
selon les couverts visés :
o MAEC Biodiversité – Création de prairies ;
o MAEC Biodiversité – Création de couverts d’intérêt faunistique et floristique favorables aux pollinisateurs
et aux oiseaux communs des milieux agricoles, notamment la tourterelle des bois.
- « Préservation des espèces » qui comporte une mesure à 4 niveaux d’ambition ;
- « Maintien de la biodiversité par l'ouverture de milieux – DFCI » qui comporte deux mesures suivant les
pratiques visées :
o MAEC Biodiversité – Maintien de l’ouverture des milieux ;
o MAEC Biodiversité – Maintien de l’ouverture des milieux – Amélioration de la gestion par le pâturage.
Bien qu’elle ne soit pas citée pour Natura 2000 dans le PSN, la MAEC surfacique « Entretien durable des
infrastructures agro-écologiques » pourrait être intéressante. Elle comporte plusieurs mesures selon les
infrastructures visées :
- MAEC Biodiversité – Ligneux ;
- MAEC Biodiversité – Mares ;
- MAEC Biodiversité – Fossés.
Les MAEC « surfaciques » sont financées à 80% par le FEADER, l’autre partie par l’Etat et/ou les agences de l’eau.
Il n’est pas possible de cumuler certaines MAEC.
Ces MAEC sont mobilisables à travers des projets agroenvironnementaux et climatiques (PAEC). Il existe des
financements pour élaborer et animer ces PAEC (cf. pages 20 et 21).
B. Les mesures dont le Conseil régional est responsable (animation ; DOCOB ; contrats forestiers et
ni agricoles, ni forestiers ; cas de la Corse)
Chaque Conseil régional est responsable de l’utilisation d’une partie du Fonds européen agricole pour le
développement rural (FEADER) et gère ces aides dans le respect du PSN.
Parmi les mesures du FEADER dont il est le « pilote », chaque Conseil régional peut, en théorie, mobiliser les
suivantes pour la gestion des sites Natura 2000 :
- Aides au gardiennage des troupeaux sur les territoires pastoraux hors zones de prédation en vue de maintenir
l’élevage pour l’entretien des milieux ouverts ;
- Investissements agricoles non productifs liés à l’implantation de structures agroécologiques (haies, arbres,
etc), à la mise en défens de zones sensibles ou à la préservation ou restauration des milieux et de la
biodiversité ;
- Investissements pour « la préservation et restauration du patrimoine naturel et forestier dans les sites Natura
2000 » de façon à :
o contribuer à leur animation (informations ; accompagnement des acteurs ; expertises scientifiques et
inventaires ; rédaction/révision/ évaluation du document d’objectifs ; assistance technique) ;
o financer les contrats Natura 2000 forestiers ;
o financer les contrats Natura 2000 ni agricoles, ni forestiers.
La collectivité territoriale de Corse peut aussi mobiliser les mesures agroenvironnementales et climatiques (MAEC)
dites « surfaciques » (cf. page précédente) mais aussi les paiements suivants pour la gestion des sites Natura
2000 :
- Restauration de la mosaïque du paysage agro-sylvo-pastoral et prévention des incendies ;
- Préservation et régénération de corridors écologiques favorables à la biodiversité sur les parcelles ;
- Revitalisation et protection des sols ;
D’autres mesures du ressort des Conseils régionaux peuvent dans certains cas contribuer à la gestion des sites
Natura 2000 (aides à l’installation d’agricultures, programme Liaison Entre Actions de Développement de
l’Economie Rurale (LEADER) pour des stratégies de développement territorial intégré).
Il est donc nécessaire que chaque Conseil régional prévoit les mesures et les enveloppes financières nécessaires
à la gestion des sites Natura 2000 dans leur programmation FEADER 2023-2027.
3. Le Fonds européen pour les affaires maritimes, la pêche et l’aquaculture (FEAMPA)
- Règlement (UE) 2021/1139 du 7 juillet 2021 instituant le FEAMPA ;
- Programme national FEAMPA 2021-2027.
Le règlement européen prévoit que le FEAMPA peut notamment être utilisé pour « la gestion, la restauration, la
surveillance et le suivi » des sites Natura 2000.
Le programme national prévoit notamment le financement de la mise en oeuvre des analyses de risque (cf. page
32), l’élaboration et mise en oeuvre des DOCOB des sites Natura 2000 majoritairement marins et les contrats
Natura 2000 en mer. Le financement se fait par appel à projets (voir fiche).
LES INFORMATIONS, LES PRIX ET LES FORMATIONS LIEES A NATURA 2000
Des informations présentant Natura 2000 sont disponibles sous plusieurs formats :
- Le centre de ressources Natura 2000 ;
- Les brochures européennes intitulées :
o Les directives «Oiseaux» et «Habitats» (2015),
o La directive «Habitats» - Vingt ans de protection de la biodiversité en Europe (2012) ;
- La newsletter européenne dédiée à Natura 2000 ;
- Des « fiches - retours d’expérience ».
Il existe un prix européen Natura 2000 et des Grands prix Natura 2000 pour valoriser les actions favorables aux
sites Natura 2000.
L’office français de la biodiversité propose des formations notamment sur Natura 2000.
ANNEXE N°1 : LE COMITE DE PILOTAGE
DES SITES NATURA 2000
SELON LEUR SITUATION GEOGRAPHIQUE
Introduction
Cette annexe 1 présente les dispositions encadrant le comité de pilotage (COPIL) Natura 2000 selon la situation
géographique des sites Natura 2000, synthétisées dans le tableau page 12 de la note.
SOMMAIRE
La gouvernance Natura 2000 en France .............................................................................................................................................. 43
La composition des comités de pilotage Natura 2000........................................................................................................ 43
Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 entièrement en terrains militaires ................................................................. 43
Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 exclusivement terrestre ................................................................................ 44
Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 majoritairement terrestre .............................................................................. 44
Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 exclusivement marins .................................................................................. 45
Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 majoritairement marins ................................................................................ 45
Natura 2000 : outil innovant en faveur de la nature - Dispositifs et principaux documents pour sa mise en œuvre – Annexe n°1 - Novembre 2023 - 42/56
LA GOUVERNANCE NATURA 2000 EN FRANCE
Articles L414-2 II, III, IVbis, IVter, VI et VIII, R414-7-1, R414-8 à R414-8-2, et R414-9 à R414-9-2 du code de
l’environnement
En France, un comité de pilotage (COPIL) réunit pour chaque site Natura 2000 les principaux acteurs
concernés par celui-ci.
LA COMPOSITION DES COMITES DE PILOTAGE NATURA 2000

Il comprend les principaux acteurs concernés par celui-ci, notamment, en fonction des particularités locales, des
représentants :
- des représentants de l'Etat qui y siègent à titre consultatif ;
- des collectivités territoriales intéressées et leurs groupements concernés ;
- de propriétaires, exploitants et utilisateurs des terrains et espaces inclus dans le site Natura 2000 ;
- de concessionnaires d'ouvrages publics ;
- de gestionnaires d'infrastructures ;
- des organismes consulaires ;
- des organisations professionnelles et d'organismes exerçant leurs activités dans les domaines agricole,
sylvicole, des cultures marines, de la pêche, de la chasse de l'extraction, du sport et du tourisme ;
- d'organismes exerçant leurs activités dans le domaine de la préservation du patrimoine naturel ;
- d'associations agréées de protection de l'environnement.
Lorsque le site Natura 2000 inclut :
- un terrain militaire, le commandant de la zone terre est membre de droit du COPIL ;
- des espaces marins, le préfet maritime et le commandant de zone maritime sont membres de droit du COPIL ;
- des terrains relevant du régime forestier, le COPIL comprend un représentant de l'Office national des forêts.
Un COPIL peut décider d'entendre toute personne ou tout organisme dont les connaissances et l'expérience sont
de nature à éclairer ses travaux.
Il existe des spécificités des COPIL selon la situation géographique des sites Natura 2000.
LE COMITE DE PILOTAGE D’UN SITE NATURA 2000 ENTIEREMENT EN TERRAINS MILITAIRES

Articles L414-2 II et VI, R414-7-1 et R414-8-2 du code de l’environnement
L’autorité militaire instaure un comité de pilotage (COPIL) pour chaque site Natura 2000 situés entièrement
dans des terrains militaires.
Elle assure la présidence du COPIL Natura 2000.
L’autorité militaire et le président du Conseil régional arrêtent conjointement la composition de chaque COPIL
Natura 2000. Un COPIL peut décider d'entendre toute personne ou tout organisme dont les connaissances et
l'expérience sont de nature à éclairer ses travaux.
A priori, 11 sites Natura 2000 terrestres sont ENTIEREMENT situés dans des terrains militaires.
LE COMITE DE PILOTAGE D’UN SITE NATURA 2000 EXCLUSIVEMENT TERRESTRE
Articles L414-2 II, III, IVbis et IVter, R414-7-1, R414-8 et R414-8-1 du code de l’environnement
Le président du Conseil régional instaure un comité de pilotage (COPIL) pour chaque site Natura 2000
exclusivement terrestre. Il assure la fonction de président de ce COPIL si les représentants des collectivités
territoriales et de leurs groupements n’en ont pas désigné un parmi eux.
Après l'approbation du document d'objectifs (voir page suivante), il assure la présidence du COPIL Natura 2000
pour une durée de 3 ans si les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements n’ont pas désigné
de président parmi eux.
Le président du Conseil régional arrête aussi la composition de chaque COPIL Natura 2000. Un COPIL peut
décider d'entendre toute personne ou tout organisme dont les connaissances et l'expérience sont de nature à
éclairer ses travaux.
Le directeur de l’établissement public de l'Etat à caractère administratif pour la gestion de l'eau et de la biodiversité
du marais poitevin assure les attributions du président du Conseil régional pour les sites Natura 2000 situés dans
le périmètre de cet établissement.
Pour les sites Natura 2000 interrégionaux, une convention entre les Conseils régionaux concernés désigne le
président du Conseil régional qui crée le comité de pilotage et qui préside ce comité à défaut de désignation par
les représentants des collectivités territoriales et leur groupement.
LE COMITE DE PILOTAGE D’UN SITE NATURA 2000 MAJORITAIREMENT TERRESTRE

Articles L414-2 II et III, R414-7-1, R414-8 et R414-8-1 du code de l’environnement
Le préfet de département instaure un comité de pilotage (COPIL) pour chaque site Natura 2000 majoritairement
terrestre. Il assure la fonction de président de ce COPIL si les représentants des collectivités territoriales et de
leurs groupements n’en ont pas désigné un parmi eux.
Après l'approbation du document d'objectifs (voir page suivante), il assure la présidence du COPIL Natura 2000
pour une durée de 3 ans si les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements n’ont pas désigné
de président parmi eux.
Le préfet de département arrête aussi la composition de chaque COPIL Natura 2000. Un COPIL peut décider
d'entendre toute personne ou tout organisme dont les connaissances et l'expérience sont de nature à éclairer ses
travaux.
Lorsque le site Natura 2000 inclut un terrain militaire, le commandant de la zone terre est membre de droit du COPIL.
Lorsque le site Natura 2000 comprend des espaces marins, le préfet maritime et le commandant de zone maritime
sont membres de droit du COPIL.
Lorsque le site Natura 2000 inclut des terrains relevant du régime forestier, le COPIL comprend un représentant
de l'Office national des forêts.
Pour les sites Natura 2000 interdépartementaux, un préfet coordonnateur est désigné par arrêté du Premier
ministre.
LE COMITE DE PILOTAGE D’UN SITE NATURA 2000 EXCLUSIVEMENT MARINS
Articles L414-2 II, III et VIII et R414-9 à R414-9-2 du code de l’environnement
Le préfet maritime instaure un comité de pilotage (COPIL) pour chaque site Natura 2000 exclusivement marin
situés au-delà de la laisse de basse mer.
Il assure la présidence du COPIL Natura 2000. Il peut confier cette présidence à un représentant de collectivités
territoriales ou de leurs groupements.
Le préfet maritime arrête aussi la composition de chaque COPIL Natura 2000. Un COPIL peut décider d'entendre
toute personne ou tout organisme dont les connaissances et l'expérience sont de nature à éclairer ses travaux.
Pour les sites Natura 2000 qui s'étendent sur plus d'une zone maritime, un préfet maritime coordonnateur est
désigné par arrêté du Premier ministre.
LE COMITE DE PILOTAGE D’UN SITE NATURA 2000 MAJORITAIREMENT MARINS

Articles L414-2 II, III et IVter et R414-9 à R414-9-2 du code de l’environnement
Le préfet maritime et le préfet de département instaure conjointement un comité de pilotage (COPIL) pour
chaque site Natura 2000 majoritairement marin.
Ils assurent conjointement la présidence du COPIL Natura 2000. Ils peuvent confier cette présidence à un
représentant de collectivités territoriales ou de leurs groupements.
Le préfet maritime et le préfet de département arrêtent conjointement la composition de chaque COPIL Natura
2000. Un COPIL peut décider d'entendre toute personne ou tout organisme dont les connaissances et l'expérience
sont de nature à éclairer ses travaux.
Lorsque le site Natura 2000 inclut un terrain militaire terrestre, le commandant de la zone terre est membre de
droit du COPIL.
Lorsque le site Natura 2000 inclut des terrains relevant du régime forestier, le COPIL comprend un représentant
de l'Office national des forêts.
Pour les sites Natura 2000 ayant des espaces terrestres interdépartementaux, le préfet coordonnateur est désigné
par arrêté du Premier ministre.
ANNEXE N°2 : LE DOCUMENT D’OBJECTIFS
DES SITES NATURA 2000
SELON LEUR SITUATION GEOGRAPHIQUE
Introduction
Cette annexe n°2 présente les dispositions encadrant le document d’objectifs (DOCOB) des sites Natura 2000
selon la situation géographique des sites Natura 2000, synthétisées dans le tableau page 16 de la note.
Le contenu d’un DOCOB, présenté dans cette note, n’est pas repris dans cette annexe
SOMMAIRE
Le document d’objectifs, plan de gestion de chaque site natura 2000 ........................................................................................... 47
Une description des documents d’objectifs ........................................................................................................................ 47
Le document d’objectifs des sites Natura 2000 exclusivement terrestres .......................................................................... 48
1. L’élaboration des documents d’objectifs................................................................................................................... 48
2. L’approbation et la publication des documents d’objectifs ....................................................................................... 48
3. La mise en œuvre, l’évaluation et la révision des documents d’objectifs ................................................................. 48
4. Des conventions pour l’élaboration et le suivi des documents d’objectifs ................................................................ 49
Le document d’objectifs des sites Natura 2000 majoritairement terrestres ........................................................................ 49
1. L’élaboration des documents d’objectifs................................................................................................................... 49
2. Les avis, les accords, l’approbation et la publication liés aux documents d’objectifs ............................................... 49
4. Une convention pour l’élaboration et le suivi des documents d’objectifs .................................................................. 50
5. Le cas des sites Natura 2000 interdépartementaux ................................................................................................. 50
Le document d’objectifs des sites Natura 2000 exclusivement marins .............................................................................. 51
1. L’élaboration des documents d’objectifs et le lien avec le plan d'action pour le milieu marin ................................... 51
2. Les accords, l’approbation et la publication liés aux documents d’objectifs ............................................................. 51
5. Le cas des sites Natura 2000 sur plus d'une zone maritime .................................................................................... 52
Le document d’objectifs des sites Natura 2000 majoritairement marins ............................................................................ 52
1. L’élaboration des documents d’objectifs et le lien avec le plan d'action pour le milieu marin ................................... 52
2. Les accords, l’approbation et la publication liés aux documents d’objectifs ............................................................. 52
5. Le cas des sites Natura 2000 sur plus d'une zone maritime et/ou interdépartementaux ......................................... 53
Le document d’objectifs de sites Natura 2000 particuliers ................................................................................................. 53
1. Les sites Natura 2000 situés entièrement dans des terrains militaires..................................................................... 53
2. Les sites Natura 2000 situés majoritairement dans le cœur d’un parc national ....................................................... 54
3. Les sites Natura 2000 situés majoritairement dans un parc naturel marin ............................................................... 54
4. Les sites Natura 2000 situés dans le Marais Poitevin .............................................................................................. 54
LE DOCUMENT D’OBJECTIFS, PLAN DE GESTION DE CHAQUE SITE NATURA 2000
- Articles L414-1 V, L414-2 I et IX et R414-11 du code de l’environnement
- Article 28 du décret du 30 décembre 2022
- Circulaire du 19 octobre 2010 relative à la mise en place des comités de pilotage et à l’élaboration et au suivi
de la mise en oeuvre des documents d’objectifs des sites Natura 2000 majoritairement marins avec ses
annexes
- Circulaire du 14 mai 2012 relative à la mise en oeuvre du réseau Natura 2000 en mer et à l'articulation entre
les directives « habitats-faune-flore » et « oiseaux » et la directive-cadre stratégie pour le milieu marin –
NOTA : elle complète la circulaire de 2010 ci-dessus
- Circulaire du 30 avril 2013 relative à la prise en compte des activités de pêche maritime professionnelle dans
le cadre de l’élaboration, ou de la révision le cas échéant, des documents d’objectifs des sites Natura 2000
où s’exercent ces activités
- Note technique du 26 août 2019 relative à la gestion contractuelle des sites Natura 2000 majoritairement
terrestres => indique le guide de référence à suivre pour ces situations.
UNE DESCRIPTION DES DOCUMENTS D’OBJECTIFS

En France, un plan de gestion est rédigé pour chaque site Natura 2000. Il est appelé document d’objectifs
(DOCOB). Le DOCOB définit :
- les orientations de gestion,
- les mesures destinées à conserver ou à rétablir dans un état favorable à leur maintien à long terme les habitats
naturels et les populations des espèces de faune et de flore sauvages qui ont justifié leur délimitation,
- les mesures de prévention appropriées pour éviter la détérioration de ces mêmes habitats naturels et les
perturbations de nature à affecter de façon significative ces mêmes espèces,
- les modalités de leur mise en œuvre,
- les dispositions financières d'accompagnement.
Aucune mesure ne peut figurer dans un DOCOB sans l'accord préalable de l'autorité militaire lorsque cette mesure
est susceptible d'affecter l'exécution de la politique militaire.
A partir du 1er janvier 2023, les actes nécessaires à la gestion des sites Natura 2000 demeurent en vigueur jusqu’à
l’adoption des nouveaux actes de gestion par le président du Conseil régional.
LE DOCUMENT D’OBJECTIFS DES SITES NATURA 2000 EXCLUSIVEMENT TERRESTRES
Articles L414-2 I, III, IV, IVter et V, R414-7-1, R414-8-1 et R414-8-3 à R414-8-6 du code de l’environnement
1. L’élaboration des documents d’objectifs

Le président du Conseil régional conduit l’élaboration du DOCOB d’un site Natura 2000 exclusivement
terrestres si :
- les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements n’ont pas désigné la collectivité qui
devrait en être chargée ;
- le DOCOB n'a pas été soumis à approbation dans les deux ans qui suivent la création du COPIL Natura 2000.
Le COPIL Natura 2000 élabore le DOCOB et le soumet à l’approbation du président du Conseil régional.
2. L’approbation et la publication des documents d’objectifs

Le cas échéant, avant l’approbation d’un DOCOB :
- le commandant de la zone terre donne son avis si le site Natura 2000 inclut un terrain militaire ;
- le commandant de la zone terre donne son accord sur les mesures concernant un terrain militaire ;
Le président du Conseil régional approuve le DOCOB d’un site Natura 2000 exclusivement terrestre lorsque :
- il lui est soumis par le COPIL ;
- il ne lui a pas été soumis par le COPIL, dans les 2 ans après la création de ce comité ;
- les modifications qu’il a demandées pour que le document permette d'atteindre les objectifs du site, n’ont pas
été effectuées dans les 2 ans après la création du comité de pilotage.
La décision portant approbation du DOCOB d’un site Natura 2000 est publiée sur le site internet du ou des Conseils
régionaux concernés.
Le DOCOB d’un site Natura 2000 est tenu à la disposition du public dans les services du ou des Conseils
régionaux concernés ainsi que dans les mairies des communes concernées territorialement par ce site.
3. La mise en œuvre, l’évaluation et la révision des documents d’objectifs

Le président du Conseil régional anime, pour une durée de 3 ans, le suivi de la mise en oeuvre du DOCOB
approuvé d’un site Natura 2000 exclusivement terrestre si les représentants des collectivités territoriales et de leurs
groupements n’ont désigné la collectivité qui devrait en être chargée.
Le COPIL Natura 2000 suit la mise en oeuvre du DOCOB.
Lorsque le président du Conseil régional a animé le suivi de la mise en oeuvre du DOCOB d’un site Natura
2000, il soumet un rapport au COPIL tous les 3 ans après l’approbation de ce document.
Ce rapport retrace les mesures mises en oeuvre et les difficultés rencontrées et indique, si nécessaire, les
modifications du document de nature à favoriser la réalisation des objectifs fixés pour le site Natura 2000.
Le président du Conseil régional :
- évalue périodiquement l'état de conservation des habitats naturels et des espèces ayant justifié la désignation
- communique les résultats de cette évaluation au COPIL ;
- met en révision le DOCOB et saisit le COPIL à cette fin, s'il apparaît que les objectifs du site n'ont pas été
atteints ou ne sont pas susceptibles de l'être.
Le DOCOB est révisé selon les mêmes modalités que pour son élaboration.
4. Des conventions pour l’élaboration et le suivi des documents d’objectifs
Une convention est conclue entre le Conseil régional et la collectivité territoriale ou le groupement qui a en charge
l'élaboration du DOCOB et le suivi de sa mise en œuvre, afin de définir les modalités et les moyens
d'accompagnement nécessaires.
Pour les sites Natura 2000 interrégionaux, une convention entre les Conseils régionaux concernés désigne le
président du Conseil régional qui, le cas échéant, élabore et/ou anime et/ou approuve le document d’objectif et/ou
signe la convention avec la collectivité territoriale.
LE DOCUMENT D’OBJECTIFS DES SITES NATURA 2000 MAJORITAIREMENT TERRESTRES

Articles L414-2 I, III, IV, IVter et V, R414-7-1, R414-8-1 et R414-8-3 à R414-8-6 du code de l’environnement
1. L’élaboration des documents d’objectifs

Le préfet de département conduit l’élaboration du DOCOB d’un site Natura 2000 majoritairement terrestres si :
- les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements n’ont pas désigné la collectivité qui
devrait en être chargée ;
- le DOCOB n'a pas été soumis à approbation dans les deux ans qui suivent la création du COPIL Natura 2000.
Le COPIL Natura 2000 élabore le DOCOB et le soumet à l’approbation du préfet de département.
2. Les avis, les accords, l’approbation et la publication liés aux documents d’objectifs
Le cas échéant, avant l’approbation d’un DOCOB :
- le commandant de la zone terre donne son avis si le site Natura 2000 inclut un terrain militaire ;
- le commandant de la zone terre donne son accord sur les mesures concernant un terrain militaire ;
- le préfet maritime et le commandant de zone maritime donnent leur accord sur les mesures concernant les
espaces marins ;
- le préfet de région donne son accord sur les mesures concernant la pêche maritime.
Le préfet de département approuve le DOCOB d’un site Natura 2000 majoritairement terrestre lorsque :
- il lui est soumis par le COPIL ;
- il ne lui a pas été soumis par le COPIL, dans les 2 ans après la création de ce comité ;
- les modifications qu’il a demandées pour que le document permette d'atteindre les objectifs du site, n’ont pas
été effectuées dans les 2 ans après la création du comité de pilotage.
L’arrêté préfectoral portant approbation du DOCOB d’un site Natura 2000 est publié au recueil des actes
administratifs de la ou des préfectures concernées.
Le DOCOB d’un site Natura 2000 est tenu à la disposition du public dans les services de la ou des préfectures
concernées ainsi que dans les mairies des communes concernées territorialement par ce site.

Le préfet de département anime, pour une durée de 3 ans, le suivi de la mise en oeuvre du DOCOB approuvé
d’un site Natura 2000 exclusivement terrestre si les représentants des collectivités territoriales et de leurs
groupements n’ont désigné la collectivité qui devrait en être chargée.
Le COPIL Natura 2000 suit la mise en oeuvre du DOCOB.
Lorsque le préfet de département a animé le suivi de la mise en oeuvre du DOCOB d’un site Natura 2000, il
soumet un rapport au COPIL tous les 3 ans après l’approbation de ce document.
Ce rapport retrace les mesures mises en oeuvre et les difficultés rencontrées et indique, si nécessaire, les
modifications du document de nature à favoriser la réalisation des objectifs fixés pour le site Natura 2000.
Le préfet de département :
- met en révision le DOCOB et saisit le COPIL à cette fin, s'il apparaît que les objectifs du site n'ont pas été
atteints ou ne sont pas susceptibles de l'être.
4. Une convention pour l’élaboration et le suivi des documents d’objectifs

Une convention est conclue entre le préfet de département et la collectivité territoriale ou le groupement qui a en
charge l'élaboration du DOCOB et le suivi de sa mise en œuvre, afin de définir les modalités et les moyens
d'accompagnement nécessaires.
5. Le cas des sites Natura 2000 interdépartementaux

Pour les sites Natura 2000 interdépartementaux, un préfet de département coordonnateur est désigné par arrêté
du Premier ministre.
LE DOCUMENT D’OBJECTIFS DES SITES NATURA 2000 EXCLUSIVEMENT MARINS
Articles L414-2 I, III, IV, V et VIII, R414-9 et R414-9-3 à R414-9-7 du code de l’environnement
1. L’élaboration des documents d’objectifs et le lien avec le plan d'action pour le milieu marin
Le préfet maritime établit le DOCOB d’un site Natura 2000 exclusivement sur des espaces marins situés au-
delà de la laisse de basse mer.
Le préfet maritime définit les modalités d'association du COPIL Natura 2000 à cette élaboration.
Le préfet maritime peut confier l’élaboration de tout ou partie du DOCOB à un ou plusieurs membres du COPIL,
sur proposition de ce comité.
Le cas échéant, le DOCOB est compatible ou rendu compatible avec les objectifs environnementaux définis par le plan
d'action pour le milieu marin lorsqu'ils concernent les espèces et les habitats justifiant la désignation du site Natura
2000.
2. Les accords, l’approbation et la publication liés aux documents d’objectifs

Avant l’approbation d’un DOCOB :
- le commandant de zone maritime donnent leur accord sur les mesures concernant les espaces marins ;
- le préfet de région donne son accord sur les mesures concernant la pêche maritime ;
- le préfet de département donne son accord sur les mesures concernant le domaine public maritime.
Le préfet maritime approuve le DOCOB d’un site Natura 2000 exclusivement sur des espaces marins situés au-
delà de la laisse de basse mer.

Le préfet maritime définit les modalités d'association du COPIL au suivi de la mise en œuvre du DOCOB d’un site
Natura 2000 exclusivement situés sur des espaces marins situés au-delà de la laisse de basse mer.
Le préfet maritime :
- soumet un rapport sur la mise en œuvre du DOCOB au COPIL au moins tous les 3 ans ;
- procède à la révision du DOCOB s'il apparaît que les objectifs du site n'ont pas été atteints ou ne sont pas
susceptibles de l'être, en tenant compte de l'évolution des activités humaines présentes.
Une convention est conclue entre le préfet maritime et le ou les membres du COPIL à qui il confie l'élaboration de
tout ou partie du DOCOB et le suivi de sa mise en œuvre.
5. Le cas des sites Natura 2000 sur plus d'une zone maritime
LE DOCUMENT D’OBJECTIFS DES SITES NATURA 2000 MAJORITAIREMENT MARINS

Articles L414-2 I, III, IV, V et VIII, R414-9 et R414-9-3 à R414-9-7 du code de l’environnement
1. L’élaboration des documents d’objectifs et le lien avec le plan d'action pour le milieu marin
Le préfet maritime et le préfet de département établissent conjointement le DOCOB d’un site Natura 2000
majoritairement marins.
Le préfet maritime et le préfet de département définissent les modalités d'association du COPIL Natura 2000 à
cette élaboration.
Le préfet maritime et le préfet de département peuvent confier l’élaboration de tout ou partie du DOCOB à un ou
plusieurs membres du COPIL, sur proposition de ce comité.
Le cas échéant, le DOCOB est compatible ou rendu compatible avec les objectifs environnementaux définis par le plan
d'action pour le milieu marin lorsqu'ils concernent les espèces et les habitats justifiant la désignation du site Natura
2000.
2. Les accords, l’approbation et la publication liés aux documents d’objectifs

Avant l’approbation d’un DOCOB :
- le commandant de zone maritime donne leur accord sur les mesures concernant les espaces marins ;
- le préfet de région donne son accord sur les mesures concernant la pêche maritime ;
- le commandant de la zone terre donne son accord sur les mesures concernant les terrains militaires.
Le préfet maritime et le préfet de département approuvent conjointement le DOCOB d’un site Natura 2000
majoritairement marin.
Le préfet maritime et le préfet de département définissent conjointement les modalités d'association du COPIL
au suivi de la mise en œuvre du DOCOB d’un site Natura 2000 majoritairement marin.
Le préfet maritime et le préfet de département, conjointement, :
- soumettent un rapport sur la mise en œuvre du DOCOB au COPIL au moins tous les 3 ans ;
- évaluent périodiquement l'état de conservation des habitats naturels et des espèces ayant justifié la
désignation du site Natura 2000 ;
- communiquent les résultats de cette évaluation au COPIL ;
- procèdent à la révision du DOCOB s'il apparaît que les objectifs du site n'ont pas été atteints ou ne sont pas
susceptibles de l'être, en tenant compte de l'évolution des activités humaines présentes.

Une convention est conclue entre le préfet maritime, le préfet de département et le ou les membres du COPIL à
qui ils confient l'élaboration de tout ou partie du DOCOB et le suivi de sa mise en œuvre.
5. Le cas des sites Natura 2000 sur plus d'une zone maritime et/ou interdépartementaux
Pour les sites Natura 2000 interdépartementaux, un préfet de département coordonnateur est désigné par arrêté
du Premier ministre.
LE DOCUMENT D’OBJECTIFS DE SITES NATURA 2000 PARTICULIERS

1. Les sites Natura 2000 situés entièrement dans des terrains militaires
Articles L414-2 I, IV et VI, R414-7-1, R414-8-2 et R414-8-5 du code de l’environnement
Pour les sites Natura 2000 entièrement situés dans des terrains militaires, l’autorité militaire :
- établit le DOCOB et suit sa mise en œuvre ;
- définit les modalités d’association du COPIL à l'élaboration du DOCOB et au suivi de sa mise en œuvre ;
- transmet le DOCOB, dans les deux ans qui suivent la création du COPIL, pour approbation au Président du
Conseil régional ou au préfet selon les cas.
- évalue périodiquement l'état de conservation des habitats naturels et des espèces ayant justifiés la désignation
- met en révision le DOCOB et saisit le comité de pilotage à cette fin, s'il apparaît que les objectifs du site n'ont
pas été atteints ou ne sont pas susceptibles de l'être.
2. Les sites Natura 2000 situés majoritairement dans le cœur d’un parc national
Articles L414-2 I et VII et R414-10 du code de l’environnement
Lorsque plus de la moitié d'un site Natura 2000 est situé dans le périmètre d'un cœur de parc national, le DOCOB est
établi par le Conseil d'administration de l'établissement public du parc national qui suit aussi sa mise en œuvre.
Ce DOCOB prend la forme d'un document de mise en œuvre de la charte du parc national tant en reprenant le même
contenu que tous les DOCOB.
Les autres modalités présentées dans les différentes situations géographiques des sites Natura 2000 exposées ci-
dessus s’appliquent.
3. Les sites Natura 2000 situés majoritairement dans un parc naturel marin
Articles L414-2 I et VIII et R414-10-1 du code de l’environnement
Lorsque plus de la moitié d'un site Natura 2000 est situé dans le périmètre d'un parc naturel marin, le DOCOB est
établi par le conseil de gestion qui suit aussi sa mise en œuvre.
Ce DOCOB est élaboré selon les modalités prévues pour le plan de gestion du parc naturel marin et intégré à ce plan.
L'établissement public chargé de la gestion du parc approuve le DOCOB.
4. Les sites Natura 2000 situés dans le Marais Poitevin

Article L414-2 I et IVbis du code de l’environnement
Pour les sites Natura 2000 situés dans le périmètre de l’établissement public de l'Etat à caractère administratif pour
la gestion de l'eau et de la biodiversité du marais poitevin, le directeur de cet établissement élabore le DOCOB et
suit sa mise en œuvre si les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements n’en ont pas
désigné un parmi eux pour s’en charger.
Le directeur de cet établissement élabore aussi le DOCOB si celui-ci n'a pas été soumis à approbation dans les
deux ans qui suivent la création du COPIL.
TABLE DES MATIERES
Introduction ................................................................................................................................................................................................ 1
Sommaire .................................................................................................................................................................................................... 2
La présentation de Natura 2000............................................................................................................................................................... 3
Natura 2000 : le nom de quoi ? ............................................................................................................................................ 3
Natura 2000 en France ........................................................................................................................................................ 3
La constitution du réseau Natura 2000 au niveau européen .............................................................................................................. 4
La procédure européenne .................................................................................................................................................... 4
Un processus europeen par domaine biogéographique ...................................................................................................... 5
Le réseau Natura 2000 européen actuel et les listes des sites ............................................................................................ 5
La constitution du réseau Natura 2000 en France ................................................................................................................................ 6
Les domaines biogéographiques présents en france........................................................................................................... 6
Les habitats et les espèces justifiant un site Natura 2000 en France .................................................................................. 6
La procédure de désignation des sites Natura 2000............................................................................................................ 7
1. La consultation pour les sites Natura 2000 exclusivement marins ............................................................................. 8
2. La consultation pour les sites Natura 2000 exclusivement terrestres......................................................................... 8
3. La consultation pour les sites Natura 2000 terrestres & marins ................................................................................. 8
4. Les possibilités de désigner de nouveaux sites Natura 2000 ..................................................................................... 9
Le réseau Natura 2000 actuel en France et les listes des sites ........................................................................................... 9
Les principales informations relatives aux sites Natura 2000 désignés ............................................................................. 11
La gouvernance natura 2000 en France : le comité de pilotage ....................................................................................................... 11
La composition des comités de pilotage Natura 2000........................................................................................................ 11
L’autorité compétente et la présidence des comités de pilotage Natura 2000 ................................................................... 12
Le document d’objectifs, plan de gestion de chaque site natura 2000 ........................................................................................... 13
Une description des documents d’objectifs ........................................................................................................................ 13
Le contenu des documents d’objectifs ............................................................................................................................... 14
Des documents généraux pour l’élaboration des documents d’objectifs ........................................................................... 15
Des documents pour aider à identifier les enjeux et les mesures ...................................................................................... 15
Des guides pour évaluer l’état de conservation au niveau du site Natura 2000 ................................................................ 15
Les modalites d’élaboration et d’animation du document d’objectifs des sites Natura 2000.............................................. 16
La charte Natura 2000 ............................................................................................................................................................................. 17
Les contrats Natura 2000........................................................................................................................................................................ 18
Les contrats Natura 2000 forestiers et ni agricoles, ni forestiers ....................................................................................... 18
Les contrats Natura 2000 agricoles ................................................................................................................................... 20
La Commission régionale agroenvironnementale et climatique ......................................................................................... 21
La préservation des prairies dites « sensibles » dans les sites Natura 2000 ................................................................................. 22
La conditionnalité des aides agricoles spécifique à Natura 2000 .................................................................................................... 22
La réglementation de l’utilisation des pesticides dans les sites Natura 2000................................................................................ 23
L’interdiction de la publicité dans les sites Natura 2000 ................................................................................................................... 24
Les énergies renouvelables et Natura 2000......................................................................................................................................... 24
Natura 2000 exclus des zones d’accélération des énergies renouvelables ....................................................................... 24
Certains sites Natura 2000 exclus des zones d’accélération de l’éolien terrestre.............................................................. 24
L’encadrement de l’éclairage artificiel nocturne................................................................................................................................. 25
Des règlementations « générales » favorables aux sites Natura 2000 ............................................................................................ 26
L’interdiction des atterrissages des aéronefs motorisés à des fins de loisirs ..................................................................... 26
La circulation dans les sites Natura 2000 .......................................................................................................................... 26
1. L'accès et la circulation des personnes, des véhicules et des animaux domestiques .............................................. 26
2. L’interdiction de la circulation des véhicules à moteur ............................................................................................. 26
Le remboursement des subventions en cas de destruction de haies ................................................................................ 27
La conditionnalité des aides agricoles ............................................................................................................................... 27
Les bonnes conditions agricoles et environnementales ..................................................................................................... 27
La préservation des zones humides .................................................................................................................................. 28
Les espaces remarquables du littoral ................................................................................................................................ 28
La trame verte et bleue ...................................................................................................................................................... 28
La règlementation des clôtures en « milieu naturel » ......................................................................................................... 29
L’interdiction de la publicité lumineuse en mer territoriale.................................................................................................. 29
L'évaluation d'incidences Natura 2000 ................................................................................................................................................. 30
Les activités humaines déjà encadrées ............................................................................................................................. 31
Les activités humaines soumises à autorisation propre à Natura 2000 ............................................................................. 31
la pêche maritime professionnelle...................................................................................................................................... 32
Les annexes vertes et la gestion des forêts dans les sites Natura 2000 ........................................................................... 33
D’autres « activités humaines » : la « clause filet » et la jurisprudence ............................................................................. 33
Le contenu du dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 ...................................................................................... 34
Des documents pour aider à réaliser l’évaluation d’incidences Natura 2000 ..................................................................... 34
L’évaluation de l'efficacité de l'évaluation d’incidences Natura 2000 en France ................................................................ 35
L’efficacité du réseau Natura 2000 terrestre en France ..................................................................................................................... 35
L’amélioration de la gestion des sites Natura 2000 & les activités durables ................................................................................. 36
Les financements et la fiscalité ............................................................................................................................................................. 37
La dotation de soutien pour certaines communes ............................................................................................................. 37
L’exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties ......................................................................................... 37
L’exonération des droits de mutation ................................................................................................................................. 37
La déduction du revenu imposable des travaux de restauration et de gros entretien ........................................................ 38
les opérations d’investissement de restauration en site Natura 2000 ................................................................................ 38
Les fonds européens ......................................................................................................................................................... 38
1. Le fonds européen de développement régional (FEDER) ........................................................................................ 38
2. Le fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER) ...................................................................... 39
A. Les mesures dont l’Etat est responsable (MAEC surfaciques) ........................................................................... 39
B. Les mesures dont le Conseil régional est responsable (animation ; DOCOB ; contrats forestiers et ni agricoles,
ni forestiers ; cas de la Corse) ............................................................................................................................ 40
3. Le fonds européen pour les affaires maritimes, la pêche et l’aquaculture (FEAMPA).............................................. 41
Les informations, les prix et les formations liées à Natura 2000...................................................................................................... 41
Annexe n°1 : Le comité de pilotage des sites Natura 2000 selon leur situation géographique .................................................. 42
Annexe n°2 : Le document d’objectifs des sites Natura 2000 selon leur situation géographique ............................................. 46
Table des matières................................................................................................................................................................................... 55

NoteFNE N2000 22112023

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NATURA 2000 : OUTIL INNOVANT

NATURA 2000 : LE NOM DE QUOI ?

NATURA 2000 EN FRANCE

1993-1995 1- Inventaire scientifique, consultations, élaboration et transmission d’une liste nationale

1995-1998 2- Établissement de la liste des Sites d’Importance Communautaire (S.I.C.)

1998-2004 3- Désignation des sites (S.I.C.) en Zones Spéciales de Conservation (Z.S.C.)

LE RESEAU NATURA 2000 EUROPEEN ACTUEL ET LES LISTES DES SITES

LES DOMAINES BIOGEOGRAPHIQUES PRESENTS EN FRANCE

LES HABITATS ET LES ESPECES JUSTIFIANT UN SITE NATURA 2000 EN FRANCE

Schéma de la procédure de désignation des sites Natura 2000

2. La consultation pour les sites Natura 2000 exclusivement terrestres

3. La consultation pour les sites Natura 2000 terrestres & marins

4. Les possibilités de désigner de nouveaux sites Natura 2000

LE RESEAU NATURA 2000 ACTUEL EN FRANCE ET LES LISTES DES SITES

ZPS ZSC Total

ZPS ZSC Total

BFC 44 9.76 - 75 10.73 - 13.78 -

CVdL 18 9.1 - 40 11.83 - 17.88 -

Grand-Est 45 8.54 - 183 3.81 - 10.71 -

Hauts-de-F. 20 2.98 192 873,35 71 1.72 258 639,76 4 276 871,38

Ile-de-France 10 7.41 - 23 3.69 - 8.36 -

LA GOUVERNANCE NATURA 2000 EN FRANCE : LE COMITE DE PILOTAGE

LA COMPOSITION DES COMITES DE PILOTAGE NATURA 2000

UNE DESCRIPTION DES DOCUMENTS D’OBJECTIFS

DES DOCUMENTS POUR AIDER A IDENTIFIER LES ENJEUX ET LES MESURES

LES CONTRATS NATURA 2000 FORESTIERS ET NI AGRICOLES, NI FORESTIERS

LA COMMISSION REGIONALE AGROENVIRONNEMENTALE ET CLIMATIQUE

La Commission régionale agroenvironnementale et climatique (CRAEC) constitue l’instance régionale de

LA CONDITIONNALITE DES AIDES AGRICOLES SPECIFIQUE A NATURA 2000

3Arrêt du Conseil d’Etat du 15/11/21 n°437613

NATURA 2000 EXCLUS DES ZONES D’ACCELERATION DES ENERGIES RENOUVELABLES

CERTAINS SITES NATURA 2000 EXCLUS DES ZONES D’ACCELERATION DE L’EOLIEN

L’INTERDICTION DE LA PUBLICITE DANS LES SITES NATURA 2000

En dehors des lieux qualifiés d’agglomération, toute publicité est interdite.

Dans les zones de montagne, sont interdits :

LA CIRCULATION DANS LES SITES NATURA 2000

2. L’interdiction de la circulation des véhicules à moteur

LES BONNES CONDITIONS AGRICOLES ET ENVIRONNEMENTALES

LA PRÉSERVATION DES ZONES HUMIDES

LES ESPACES REMARQUABLES DU LITTORAL

LA TRAME VERTE ET BLEUE

Les clôtures concernées sont celles qui sont situées :

L’INTERDICTION DE LA PUBLICITE LUMINEUSE EN MER TERRITORIALE

LES ACTIVITES HUMAINES SOUMISES À AUTORISATION PROPRE A NATURA 2000

Logigramme de l’analyse de risques

D’AUTRES « ACTIVITES HUMAINES » : LA « CLAUSE FILET » ET LA JURISPRUDENCE

Le dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 comprend :

DES DOCUMENTS POUR AIDER A REALISER L’EVALUATION D’INCIDENCES NATURA 2000

L’EFFICACITE DU RESEAU NATURA 2000 TERRESTRE EN FRANCE

LA DOTATION DE SOUTIEN POUR CERTAINES COMMUNES

L’EXONERATION DE LA TAXE FONCIERE SUR LES PROPRIETES NON BATIES

L’EXONERATION DES DROITS DE MUTATION

LES OPERATIONS D’INVESTISSEMENT DE RESTAURATION EN SITE NATURA 2000

A. Les mesures dont l’Etat est responsable (MAEC surfaciques)

LES INFORMATIONS, LES PRIX ET LES FORMATIONS LIEES A NATURA 2000

La gouvernance Natura 2000 en France .............................................................................................................................................. 43

La composition des comités de pilotage Natura 2000........................................................................................................ 43

Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 exclusivement terrestre ................................................................................ 44

Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 majoritairement terrestre .............................................................................. 44

Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 exclusivement marins .................................................................................. 45

Le comité de pilotage d’un site Natura 2000 majoritairement marins ................................................................................ 45

LA COMPOSITION DES COMITES DE PILOTAGE NATURA 2000

LE COMITE DE PILOTAGE D’UN SITE NATURA 2000 ENTIEREMENT EN TERRAINS MILITAIRES