Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
1
GeneXpert
2
Contenu de ce module
Aperçu de la technologie
Suivi de la procédure
5
Rappel Genexpert (2)
Très rapide: 1h 20 mn
Automatisé
Sensibilité 98% spécificité 99%
Quelques minutes de manipulation
1h 20 mn de technique PCR automatisée
Résultats disponibles en 2 heures.
Diagnostic de TB aussi fiable que la
culture
Transport aisé des échantillons
Sécurité facilitée
6
Stratégie de dépistage
Cibles pour dépistage TBMR: Echecs, Rechutes, Reprises,
contact direct avec un cas TB MR,
7
L’équipement
8
L’équipement (2)
Porte – module
Unité central
Ecran souris
Lecteur code barre
Onduleur
Câbles ( alimentation, réseau, etc… )
9
Plate-forme GeneXpert
GeneXpert
Infinity-48
GX-XVI
Module
GeneXpert®
GX-I GX-II GX-IV
Contraintes
Coût:
11
Définir le meilleur cadre
Avant l’installation, assurez-vous que le système GeneXpert sera :
Non situé directement sous une aération d’air climatisé ou une fenêtre ni à la lumière
directe du soleil
Avant l’installation, assurez-vous que le système GeneXpert sera : Placé sur une surface
stable Avec 5 à 10 cm de dégagement autour de l’instrument par rapport aux murs et
aux autres instruments
13
Echantillons Extrapulmonaires (LCR- LP – GANLIONNAIRES- SELLES …)
Les échantillons de LCR sont généralement pauci bacillaires
et doivent être traités comme du crachat. Cependant, la
concentration par centrifugation (sédimentation) peut
fournir de meilleurs résultats du test.
Les échantillons qui peuvent arriver dans des seringues
plafonnées doivent être préparés dans une hotte pour le test
Xpert.
Des échantillons de tissus exigent une homogénéisation en
utilisant des broyeurs spéciaux qui peuvent créer des
aérosols. Ces échantillons DOIVENT être préparés dans la
hotte.
Prélèvement des ganglions Lymphatiques , des tissus, selles
et autres Envoyer à l’IPM 14
Traitement des échantillons
Verser l'échantillon réactif (tampon) avec précaution dans le chrachat afin d'éviter la production
d'aérosols
Éviter le pipettage de toute particule solide à partir du crachat pouvant se melanger dans la cartouche
Éviter de créer des bulles lors du pipettage de l'échantillon mis dans la cartouche
15
Remarques
16
Comment Lancer le test
17
Préparation des cartouches : Étiquetage
Retirez toujour la cartouche par le
côté droit et gauche. Ne pas
toucher le couvercle, le code-
barres sur la partie avant, ou le
tube de réaction sur la partie
postétieur
Apposez une étiquette sur la
cartouche indiquant le numéro
d'identification de l'échantillon ou
en attachant l'étiquette sur le côté
gauche ou droit de la cartouche
Ne pas appliquer l'étiquette sur le
couvercle et ne pas cacher le code-
barres 2D existant sur la cartouche
Préparation des cartouches : Inoculation
Ouvrez la cartouche et pipettez 2
à 4 ml d'échantillon préparé à
l'aide de la pipette en plastique
Pipettez l’échantillon avec
attention pour éviter la création
d’aérosols et des bulles
Ne transférez pas de particules
solides dans la cartouche
Bien fermez le couvercle
Démarrez le test
Stockage des échantillons et des cartouches inoculées
Le stockage des échantillons :
Expectoration directe ou traitée (décontaminée/concentrée)
Réfrigérez à 2–8°C pour 10 jours au maximum
Si nécessaire, à une température ambiante maximale de 35° C pour 3
jours, et ensuite réfrigérés à 2–8° C pour une période maximale
combinée de 10 jours
Le stockage des échantillons dans la présence du réactif :
Expectoration directe ou traitée (décontaminée/concentrée)
Traitez dans les 12 heures, stockez à 2-8°C Si la réfrigération est
impossible, traitez-les dans les 5 heures
Le stockage des cartouches inoculées (par exemple en cas de panne de
courant) :
Effectuez le test dans les 4 heures après l'ajout de l'échantillon
Si plus de 4 heures se sont écoulées, inoculez une nouvelle cartouche
Le démarrage
1. Mettez en marche l’outil GeneXpert
(une petite lumière bleue s’allumera sur le Windows XP
panneau avant)
2. Allumez l'ordinateur
Windows XP
2. Une fenêtre
s'affiche
demandant de lire
le code-barres de
la cartouche
Démarrage d'un test : lecture de la cartouche
3. lisez le code-barres de la cartouche en maintenant enfoncé le bouton
jaune
Cliquez sur «
VIEW
RESULTS »
(afficher les
résultats)
Pour
visualiser un
résultat
donné,
cliquez sur
VIEW TEST »
(voir le test)
29
Interprétation des résultats
Détection de l’ADN de
M.tuberculosis en faible quantité
et mutation associée à la
résistance à la rifampicine
30
Interprétation des résultats
Détection de l’ADN de
M.tuberculosis
et
Pas de mutation associée
résistance à la rifampicine
31
Interprétation des résultats
32
Interprétation des résultats
Détection de l’ADN de
M.Tuberculosis et
Resistance à la rifampicin indéterminé
MTB DETECTED
Indéterminé
La concentration de la MTB dans l'échantillon
était trop faible pour fournir des données
suffisantes pour interpréter les signaux associés
à la résistance
33
Interprétation des résultats
La présence ou l’absence de MTB n’a pas pu
être déterminée pour les raisons suivantes :
INVALID
Le contrôle du traitement de l’échantillon
(SPC) ne respecte pas les critères
d'acceptation
Échantillon traité incorrectement
PCR est inhibée
Refaire le test
34
Interprétation des résultats
Échec de la sonde de contrôle et
abandonnement du test en raison de :
Remplissage incorrect du tube de réaction ERROR
35
Interprétation des résultats
Des données insuffisantes ont
été recueillies en raison de : NO RESULT
Panne de courant
Test arrêté par l’opérateur,
etc.
Refaire le Test
36
Modules GeneXpert non détectés (1)
37
Modules GeneXpert non détectés (2)
L’équipement GeneXpert a-t-il été mis en marche avant de l'ordinateur ? NON
38
Erreur du lecteur de code-barres
Le câble USB du lecteur de code-barres : Entendez-vous un signal sonore lorsqu'il est connecté à l'ordinateur ?
NON OUI
39
Voyant rouge sur le module clignotant
Cela indique un échec possible du module
Dans la fenêtre GeneXpert Dx System, cliquez sur « Maintenance » dans la barre de menus et sélectionnez « Perform Self-Test »
Si le problème persiste, contactez l’équipe d’assistance technique de Cepheid
40
Cartouche coincée dans le GeneXpert (1)
Solution 1 : Assurez-vous que la porte du module ne soit pas ouverte
Essayez doucement d’ouvrir la porte du module.
Solution 2 : Dans la fenêtre GeneXpert Dx System, cliquez sur « Maintenance »
dans la barre de menus et sélectionnez « Open Module Door or Update EEPROM
»
41
Cartouche coincée dans le GeneXpert (2)
Solution 3 : Fermez le logiciel et redémarrez-le
Une fois le logiciel redémarré, le module se réinitialisera en posant la valve et la seringue dans la position correcte. Ceci peut faciliter l’ouverture de la porte.
Solution 4 : Éteignez le système et redémarrer les deux l’équipement GeneXpert et le logiciel
Solution 5 : Dans la fenêtre GeneXpert Dx System, cliquez sur «Maintenance» dans la barre de menus et sélectionnez « Perform Self-Test »
42
Cartouche coincée dans le GeneXpert (3)
43
ERREUR, NON VALIDE ET PAS DE RÉSULTAT
44
Comprendre les codes d’erreur
Cause(s)
Il y a bon nombre de causes différentes
qui portent au résultat ERREUR. Cliquez
sur «Errors » pour savoir plus.
Origine(s)
Les problèmes plus fréquents sont
détaillés dans les diapositives suivantes.
Ils doivent être résolus par les
opérateurs, selon les conseils contenus
dans les diapositives suivantes.
Solution (s)
Afin de réduire facilement un taux d'erreur anormalement élevé, il est essentiel que tous les
opérateurs identifient les erreurs et les remédient selon les conseils indiqués dans les
diapositives suivantes.
45
Code d’erreur : 5006/5007/5008
Cause
Le Contrôle de la sonde a échoué et le
test a été interrompu avant
l'amplification.
Origine(s)
Volume d'échantillon trop visqueux
et/ou volume d’échantillon inadéquat
ajouté dans la cartouche ; Tube de
réaction de la cartouche
incorrectement rempli, avec bulles ou
des problèmes d'intégrité de la sonde
détectés.
Solution (s)
Au bout des 15 (10 + 5) minutes de décontamination, lorsque l'échantillon est toujours trop
visqueux ne le chargez pas dans la cartouche. Attendez encore 10 minutes jusqu’à ce que
l’échantillon soit complètement liquéfié, ensuite transférez-le dans la cartouche à l’aide d’une
pipette jetable nouvelle. Le volume transféré dans la cartouche doit être entre 2 et 4 mL max.
46
Code d’erreur : 5011
Cause
Perte du signal détectée dans la
courbe d'amplification.
Origine(s)
Perte de pression dans le tube en
raison du fait que le tube de la
cartouche n'est pas étanche ou la
valve de la cartouche ne fonctionne
pas correctement.
Solution (s)
Répétez le test avec une nouvelle cartouche. Si l'erreur persiste, elle peut être
liée au module ; à savoir, il est possible que la fluidique du module ne fonctionne
pas. Veuillez contacter l’équipe d’assistance technique de Cepheid
47
Code d’erreur : 2008
Cause
La pression est supérieure à la
pression maximale autorisée.
Origine(s)
L’échantillon est trop visqueux.
Solution (s)
Au bout des 15 (10 + 5) minutes de décontamination, lorsque l'échantillon est toujours trop
visqueux ne le chargez pas dans la cartouche. Attendez encore 10 minutes jusqu’à ce que
l’échantillon soit complètement liquéfié, ensuite transférez-le dans la cartouche à l’aide d’une
pipette jetable nouvelle.
48
Code d’erreur : 2127
Cause
La perte de communication du module
communication a été détectée.
Origine(s)
Problème lié à l’alimentation électrique
(des fluctuation/une panne de
l’alimentation principale ou de l’ASI).
Solution(s)
Débranchez et rebranchez le câble Ethernet entre l’ordinateur et l’outil.
Débranchez et rebranchez le câble de communication entre la plaque de passerelle et le
GeneXpert. Redémarrez le système et vérifiez la température (devrait être inférieure à 30° C).
Vérifiez le fonctionnement de l'ASI et installez un parasurtenseur.
49
D’autres codes d’erreur
Erreur 2037 : Test de l'intégrité de la cartouche
Au début d'un test, le GeneXpert vérifie la pression dans le tube. Au cas où la pression
n'est pas correcte, le logiciel arrêtera le test parce que la cartouche n'est pas étanche
(problème de qualité). N’utilisez pas cette cartouche.
Erreur 2014 / 3074 / 3075 / 1001: défaut lié à la température/à l’appareil de
chauffage
Causes : température élevée dans le module ; défaillance d'un élément de l’appareil de
chauffage ; ventilateur cassée ; poussières sur le filtre près du ventilateur
Est-ce que cette erreur affecte un seul module ? Toujours le même ?
Dans la fenêtre GeneXpert Dx System, cliquez sur « Maintenance » dans la barre de
50
Résultat invalide
Cause
Le Contrôle du traitement de
l’échantillon (SPC) a échoué.
Origine(s)
PCR a été inhibée en raison des
particules alimentaires ou du sang
dans l'échantillon.
Prévention
Avant de le mélanger avec le réactif
d'échantillon (SR) aux fins de
décontamination, assurez-vous que
l'échantillon ne contient pas de
particules alimentaires ou de sang.
Solution (s)
Laissez les particules alimentaires se
Prélevez un autre échantillon si nécessaire. sédimenter au fond du prélèvement
avant d’ajouter l’échantillon dans la
cartouche.
51
Aucun résultat
Cause
Le test n'a pas pu être fini et les données
recueillies ont été insuffisantes.
Origine(s)
Le logiciel cesse de fonctionner avant
que le test ne soit fini pour les causes
suivantes :
- le blocage de l’Windows ou du logiciel
- une panne d’électricité
- la fonction STOP TEST a été
activée (par erreur, ou
délibérément)
Solution (s)
Sécurisez l'alimentation électrique, redémarrez l’appareil et répétez le test avec une nouvelle
cartouche. Au cas où le problème persiste, contactez Cepheid.
52
D’AUTRES PROBLÈMES DE TEST : Que faire au
cas où (1)
Vous avez commencé un test et vous réalisez que vous n’avez
pas saisi l’identifiant de l’échantillon (p.ex. le numéro
d’enregistrement du laboratoire)
53
OUTILS DE GESTION
CDT d’origine
N° Date Nom et prénom Age Sexe Adresse patient ou Date de prélèvement Dépistage TB
CDT Date test (TPB- et TEP)
Rechute cat 2
Reprise
Autre
Echec catégorie 1
Rechute cat 1
Contact TB-MR
(MDR/Non
Date de reception du resultat
Résistance à la Rifampicine
Nom du technicien qui
d'envoi
(Pos/Nég)
MDR)
(O/N)
Mtb
Date
Résultat
Registre GeneXpert (Page Droite) 55
OUTILS DE GESTION (3)
MAINTENANCE DE L'APPAREIL GeneXpert
MOIS : ANNEE :
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31
Redémarrage du logiciel
Nettoyage du plongeur
Nettoyage filtre
Calibration
Date de Panne
Date de la réparation
56
OUTILS DE GESTION (4)
57
OUTILS DE GESTION (5)
58
Nos centres GeneXpertREPARTITION DES APPAREILS GENEXPERT PNLT
Région Districts CENTRES Nombre de 8modules 4 modules Formation CDT A accréditer Existence climatiseur,reponse LRR Observations
machines
CHUJR Befelatanana 1 Déjà fonctionnel avant OUI OUI Xpert au labo du CHU, accessible par le
08 modules CDT
Analamanga Antananarivo Renivohitra LNR Analakely 1 08 modules Déjà fonctionnel avant OUI OUI clim en panne
Toliara I HMP Toliara Formé C19RM/PNLT NON NON OUI PCR au HMP, Xpert au LRR (accord avec
Atsimo Andrefana Coordo)
LRR Atsimo Andrefana 8 modules Déjà fonctionnel avant OUI NON
Ampanihy Ampanihy 1 04 modules Avy any Toliara Formé C19RM/PNLT OUI NON
Morondava CHR Morondava 1 Déjà fonctionnel avant OUI NON Xpert au CHRR, LRR au CSBU devrait
Menabe 08 modules disposer d'une machine
Miandrivazo CHD Miandrivazo 1 4 modules Avy ao Morondava Formé C19RM/PNLT OUI NON
Ambatondrazaka CHRR Ambatondrazaka 1 Formé C19RM/PNLT NON NON OUI CDT et LRR au CSB, Xpert au CHRD
accessible par TB
Alaotra Mangoro 08 modules Pblm télécommande clim
Andilamena CHD Andilamena 1 Formé C19RM/PNLT NON
4 modules Avy ao Ambatondrazaka
Moramanga CHD Moramanga 1 08 modules Formé C19RM/PNLT OUI OUI
Fenerive Est CHRR Fenerive Est 1 08 modules Déjà fonctionnel avant OUI NON
Maroantsetra CHD Maroantsetra 1 8 modules Formé C19RM/PNLT OUI NON
Analanjirofo
Mananara Nord CHD Mananara Nord 1 4 modules Avy ao Fenerive Est Formé C19RM/PNLT OUI NON
Sainte Marie CHD Sainte Marie 1 08 modules Formé C19RM/LA2M OUI NON
Ifanadiana CHRD Ifanadiana 1 4 modules 4 modules Déjà fonctionnel avant OUI OUI
(Pivot) (Pivot)
Mananjary Mananjary 1 08 modules Formé C19RM/LA2M OUI NON
V7V
Manakara CHR Manakara 1 Formé C19RM/LA2M OUI OUI Responsable LRR nouvellement nommé,
formé en GenXpert
08 modules Clim en panne
Nosy Varika CHD Nosy Varika 1 04 modules Avy any Ihosy Formé C19RM/LA2M OUI NON
Ihorombe Ihosy Laboratoire CHRR Ihosy 1 08 modules Formé C19RM/LA2M OUI OUI
Melaky Maintirano Labo CHRR Maintirano 1 08 modules Déjà fonctionnel avant OUI LRR et EMAR INJOIGNABLES
Miarinarivo CHRR Miarinarivo 1 08 modules Formé C19RM/PNLT NON NON NON CDT au CSB
ITASY
Arivonimamo CHD Arivonimamo 1 04 modules Avy ao Befelatanana Formé C19RM/PNLT OUI NON
NMF3
CHU Fenoarivo 4 MODULES
CHURD Itaosy
CSB2 Tanjombato
LNRAnalakely
OSTIE
CHRD Miandrivazo
CDT Mahabibo
CDTSoalala
CHRD Sakaraha
59
CHRD Ambatolampy
60