CHARGE VIRALE

sur GeneXpert

PAR
Nom de marque déposée
Xpert® HIV-1 Viral Load

Xpert VIH-1 Charge Virale

Utilisation prévue
• Le test Xpert HIV-1 VL: est un test in vitro de réaction en chaîne de la
polymérase après transcription inverse (RT-PCR) pour la détection et la
quantification de l’ARN du virus de l’immunodéficience humaine de type 1
(HIV-1) dans le plasma humain recueilli sur de patients infectés par le HIV-1 à
l’aide des systèmes d’instrument GeneXpert automatisés.

• Le test peut quantifier l’ARN du HIV-1 sur la plage de 40 à 10 000 000

copies/ml.

• Le test Xpert HIV-1 VL est validé pour la quantification de l’ARN de HIV-1 du

groupe M (sous-types A, B, C, D, F, G, H, J, K, CRF01_AE, CRF02_AG et
CRF03_AB) et des groupes N et O.

• Le test Xpert HIV-1 VL n’est pas destiné à être utilisé comme test de dépistage
de l’infection par le HIV-1 dans les dons de sang.
• Le test Xpert HIV-1 VL est prévu pour être
utilisé conjointement au tableau clinique et
aux autres marqueurs biologiques pour le
pronostic de la pathologie et pour faciliter
l’évaluation de la réponse virale au traitement
antirétroviral, telle que mesurée parla
variation des taux plasmatiques de l’ARN du
HIV-1.
Principe de la procédure
• Les systèmes d’instrument GeneXpert automatisent et intègrent la
préparation des échantillons, l’extraction et l’amplification de l’acide nucléique
et la détection de la séquence cible dans des échantillons simples ou complexes
par PCR et transcriptase inverse en temps réel (RT-PCR).

• Les systèmes comportent un instrument, un ordinateur personnel et un logiciel

préinstallé pour l’exécution des tests et l’affichage des résultats.

• Les systèmes nécessitent des cartouches GeneXpert jetables à usage unique qui
contiennent les réactifs RT-PCR et hébergent les processus d’extraction de
l’échantillon et de RT-PCR.

• Les cartouches étant closes, la contamination croisée entre les échantillons est
réduite au minimum.
Principe de la procédure
• Le test HIV-1 VL comprend les réactifs pour la détection de l’ARN du HIV-1 dans
les échantillons et deux contrôles internes utilisés pour la quantification de
l’ARN du HIV-1.

• Les contrôles internes sont également utilisés pour surveiller la présence

d’inhibiteurs lors des réactions de RT et de PCR.

• Le contrôle de vérification de la sonde (CVS) consiste à vérifier la réhydratation

des réactifs, le remplissage des tubes de PCR dans la cartouche, l’intégrité de la
sonde et la stabilité du fluorochrome.

• Le test Xpert HIV-1 VL n’est pas destiné à être utilisé comme test de dépistage
de l’infection par le HIV-1 dans les dons de sang.
Réactifs et instruments
Matériel fourni
• Le kit de test HIV-1 VL contient suffisamment de réactifs pour traiter 10
échantillons ou échantillons de contrôle qualité.
• Cartouches du test HIV-1 VL avec tubes réactionnels intégrés: 10
• Bille 1, Bille 2 et Bille 3 (lyophilisées): 1 de chaque par cartouche
• Réactif de lyse (thiocyanate de guanidinium): 2,0 ml par cartouche
• Réactif de rinçage: 0,5 ml par cartouche
• Réactif d’élution: 1,5 ml par cartouche
• Réactif de fixation : 2,4 ml par cartouche
• Réactif protéinase K : 0,48 ml par cartouche

• Pipettes de transfert jetables (1 ml): 10 par kit

• CD: 1 par kit
• Fichier de définition du test (Assay Definition File, ADF)
• Instructions pour l’importation du fichier ADF dans le logiciel GeneXpert
• Notice
Réactifs et instruments
• Conservation et manipulation
• Conserver les cartouches du test HIV-1 VL à 2–28 °C.
• Avant l’emploi, laisser les cartouches s’équilibrer à température ambiante.
• Ne pas ouvrir le couvercle de la cartouche avant d’être prêt à réaliser le test.
• Utiliser la cartouche dans les quatre heures suivant l’ouverture du couvercle de
la cartouche.
• Ne pas utiliser une cartouche qui a fui.

• Matériels requis mais non fournis

• Système GeneXpert Dx ou GeneXpert Infinity (le numéro de référence varie
selon la configuration) : instrument GeneXpert,
• Ordinateur avec logiciel exclusif GeneXpert version 4.7b, Xpertise version 6.4b
ou ultérieure, lecteur de code-barres et manuel d’utilisation
• Imprimante : Si une imprimante est requise, contacter le service d’assistance
technique de Cepheid pour organiser l’achat d’une imprimante recommandée.
• Eau de Javel
• Éthanol ou éthanol dénaturé
Avertissements et mises en garde (1)
• Traiter tous les échantillons biologiques, y compris les cartouches usagées,
comme s’ils étaient susceptibles de transmettre des agents infectieux. Puisqu’il
est souvent impossible de savoir ce qui peut être infectieux, tous les
échantillons biologiques doivent être traités en respectant les précautions
standard.

• Les Centers for Disease Control and Prevention (Centres américains pour le
contrôle et la prévention des maladies) et le Clinical and Laboratory Standards
Institute (Institut des normes cliniques et de laboratoire) tiennent à disposition
des directives concernant la manipulation des prélèvements.

• Observer les procédures de sécurité de l’établissement pour la manipulation de

produits chimiques et d’échantillons biologiques.
Avertissements et mises en garde (2)
• Consulter le personnel chargé des déchets environnementaux dans
l’établissement pour les consignes concernant l’élimination appropriée des
cartouches usagées et des réactifs inutilisés.

• Vérifier les réglementations locales, nationales et régionales car elles risquent

d’être différentes des réglementations nationales d’élimination.

• Cette substance peut présenter les caractéristiques d’un déchet dangereux

nécessitant des conditions d’élimination spécifiques. Les établissements
doivent vérifier les exigences de leur pays en matière d’élimination des déchets
dangereux.

• Ne pas remplacer les réactifs du test HIV-1 VL par d’autres réactifs.

• Ne pas ouvrir le couvercle de la cartouche du test HIV-1 VL avant d’être prêt à

ajouter le plasma à l’échantillon.
Avertissements et mises en garde (3)

• Ne pas utiliser une cartouche qui est tombée après l’avoir retirée de son
emballage.

• Ne pas agiter la cartouche. L’agitation ou la chute de la cartouche après

l’ouverture du couvercle peut entraîner des résultats non valides.

• Ne pas placer l’étiquette du n° ID de l’échantillon sur le couvercle de la

cartouche ou sur l’étiquette à code-barres.

• Chaque cartouche à usage unique du test HIV-1 VL est utilisée pour traiter un
échantillon.

• Ne pas réutiliser des cartouches usagées.

Avertissements et mises en garde (4)
• Ne pas utiliser une cartouche dont le tube réactionnel est endommagé.

• Une pipette jetable à usage unique est utilisée pour transférer un échantillon.
Ne pas réutiliser les pipettes jetables.

• Porter une blouse propre et des gants. Changer de gants entre chaque
échantillon.

• En cas de contamination de la zone de travail ou de l’équipement avec des

échantillons ou des contrôles, nettoyer minutieusement la zone contaminée
avec une dilution d’eau de Javel domestique au 1/10, puis avec une solution
d’éthanol à 70 %. Sécher complètement les surfaces de travail avant de
poursuivre.

• Conserver le kit de test HIV-1 VL à une température comprise entre 2 °C et 28

°C.
Risques chimiques
Réactif de lyse :
• Contient du thiocyanate de guanidinium (TCG)
• Mot de signalisation : Avertissement

• Mentions de danger CLP/SGH : peut être nocif en cas d’ingestion, provoque

une légère irritation cutanée, provoque une irritation des yeux

• Conseils de prudence :
•Se laver les mains soigneusement après manipulation.
• En cas d’irritation cutanée : consulter un médecin.
• EN CAS DE CONTACT AVEC LES YEUX : rincer avec précaution à l’eau pendant
plusieurs minutes. Enlever les lentilles de contact si la victime en porte et si
elles peuvent être facilement enlevées. Continuer à rincer.
• Si l’irritation oculaire persiste : consulter un médecin.
• Appeler un CENTRE ANTIPOISON ou un médecin en cas de malaise.
Collecte, transport et conservation des échantillons
• Le sang total doit être recueilli dans des tubes de prélèvement EDTA, EDTA-PPT
ou ACD et centrifugé pour séparer le plasma des globules rouges,
conformément aux directives du fabricant.

• Au moins 1 ml de plasma est requis pour le test HIV-1 VL. Si la pipette de

transfert fournie dans le kit est utilisée, au moins 1,2 ml de plasma est requis
(voir les instructions dans la section 12.2, option 1 ci-dessous). En option, si une
pipette de précision est utilisée, au moins 1 ml de plasma est requis.

N.B. Le fait de pipeter moins d’1 ml de plasma dans la cartouche aura pour
effet de déclencher une erreur de volume insuffisant (ERREUR 2097 [ERROR
2097]), et d’empêcher l’instrument de traiter l’échantillon.

• Le sang total peut être conservé entre 15–30 °C pendant 8 heures au

maximum, entre 15–25 °C pendant 24 heures au maximum ou entre 2–8 °C
pendant 3 jours au maximum avant de préparer et de tester le prélèvement.
Collecte, transport et conservation des échantillons (2)
• Après centrifugation, le plasma peut être conservé à 15–30 °C pendant 24
heures au maximum, ou à 2–8 °C pendant 6 jours au maximum, avant de
procéder au test.

• Les échantillons de plasma restent stables sous congélation (≤ -18 °C et ≤ -70

°C) pendant 6 semaines.

• Les échantillons de plasma restent stables pendant trois cycles de congélation/

décongélation au maximum.

• Les échantillons de plasma doivent être décongelés et équilibrés à la

température ambiante avant le transfert dans la cartouche.
Procédure
Préparation de l’échantillon

1. Après la centrifugation des échantillons de sang total, il est possible de pipeter

1 ml de plasma directement dans la cartouche de test. Un volume suffisant est
essentiel pour obtenir des résultats de test valides (voir les instructions dans la
section 12.2, option 1 ci-dessous).

2. Si des échantillons congelés de plasma sont utilisés, laisser ceux-ci reposer à

température ambiante (20–35 °C) jusqu’à ce qu’ils soient complètement
décongelés et équilibrés à la température ambiante avant utilisation.

3. Les échantillons de plasma conservés à 2–8 °C doivent être retirés du

réfrigérateur et équilibrés à la température ambiante avant utilisation.

4. Les échantillons de plasma conservés à 2–8 °C ou congelés puis décongelés

doivent être passés au Vortex pendant 15 secondes avant utilisation. Si
l’échantillon est trouble, le clarifier en le centrifugeant brièvement (10
secondes).
Procédure (2)
Préparation de la cartouche
Remarques
1. Démarrer le test dans les quatre heures qui suivent l’ajout de l’échantillon à
la cartouche
2. Laisser les échantillons s’équilibrer à la température ambiante avant de
pipeter le plasma dans la cartouche.
3. Un film plastique mince recouvre l’anneau interne de 13 orifices de la
cartouche de test. Ce film ne doit pas être retiré.

Etapes

1. Porter des gants de protection jetables.

2. Examiner la cartouche de test pour vérifier qu’elle n’est pas endommagée. Si
elle est endommagée, ne pas l’utiliser.
3. Ouvrir le couvercle de la cartouche de test.
4. Fermer le couvercle de la cartouche.
5. Charger la cartouche dans l’instrument GeneXpert Dx ou le système Infinity.
Procédure (3)
Procédure (4)
Démarrage du test
Remarques
Avant de démarrer le test, s’assurer que le fichier de définition du test HIV-1 VL
est importé dans le logiciel.

Etapes de base

1. Mettre l’instrument GeneXpert sous tension :

• Avec l’instrument GeneXpert Dx, commencer par mettre l’instrument sous
tension, puis allumer l’ordinateur. Le logiciel GeneXpert démarrera
automatiquement. Si ce n’est pas le cas, double-cliquer sur l’icône de raccourci
du logiciel GeneXpert Dx sur le bureau Windows®.
ou
• Si l’instrument GeneXpert Infinity est utilisé, allumer l’instrument. Le logiciel
GeneXpert démarrera automatiquement. Si ce n’est pas le cas, double-cliquer
sur l’icône de raccourci du logiciel Xpertise sur le bureau Windows®.
Procédure (5)
Démarrage du test
Etapes de base

2. Se connecter au logiciel du système d’instrument GeneXpert en saisissant le

nom d’utilisateur et le mot de passe attribués.

3. Dans la fenêtre du système GeneXpert, cliquer sur Créer un test (Create Test)
(GeneXpert Dx) ou sur Commandes (Orders) et Commander test (Order Test)
(Infinity).

4. Scanner le N° ID du patient (Patient ID) (facultatif). S’assurer, le cas échéant, de

saisir correctement le N° ID du patient (Patient ID). Le N° ID du patient (Patient
ID) est associé aux résultats du test et indiqué dans la fenêtre Afficher les
résultats (View Results)..
Procédure (6)
Démarrage du test
Etapes de base

5. Scanner ou saisir le N° ID de l’échantillon (Sample ID). S’assurer, le cas échéant,

de saisir correctement le N° ID de l’échantillon (Sample ID). Le N° ID de
l’échantillon (Sample ID) est associé aux résultats du test et indiqué dans la
fenêtre Afficher les résultats (View Results) ainsi que dans tous les rapports. La
boîte de dialogue Lire le code-barres de la cartouche (Scan Cartridge Barcode)
s’affiche.

6. Scanner le code-barres sur la cartouche HIV-1 VL. La fenêtre Créer un test

(Create Test) s’affiche. Grâce aux informations du code-barres, le logiciel
remplit automatiquement les cases des champs suivants : Sélectionner un test
(Select Assay), N° du lot (Reagent Lot ID), Numéro de série de la cartouche
(Cartridge S/N), and Date d'expiration (Expiration Date).

7. Cliquer sur Démarrer le test (Start Test) (GeneXpert Dx) ou sur Soumettre
(Submit) (Infinity). Saisir le mot de passe s’il est demandé.
Procédure (7)
Démarrage du test
Etapes de base

8. Pour le système GeneXpert Infinity, placer la cartouche sur le tapis roulant. La

cartouche sera automatiquement chargée, le test sera exécuté et la cartouche
usagée sera placée dans le conteneur à déchets.
ou
Pour l’instrument GeneXpert Dx :
A. Ouvrir la porte du module de l’instrument avec le voyant vert clignotant et
charger la cartouche.
B. Fermer la porte. Le test commence et le voyant vert arrête de clignoter.
Lorsque le test est terminé, le voyant s’éteint.
C. Attendre que le système déverrouille la porte du module avant de l’ouvrir et
de retirer la cartouche.
D. Éliminer les cartouches usagées dans des conteneurs à déchets pour
prélèvements appropriés, selon les pratiques habituelles de l’établissement.
Affichage et impression des résultats
Cette section énumère les étapes de base pour l’affichage et l’impression des
résultats.
Pour des instructions plus détaillées sur l’affichage et l’impression des résultats,
consulter le Manuel d’utilisation du système GeneXpert Dx ou le Manuel
d’utilisation du système GeneXpert Infinity, selon l’instrument utilisé.

1. Cliquer sur l’icône Afficher les résultats (View Results) pour afficher les
résultats.

2. Une fois le test terminé, cliquer sur le bouton Rapport (Report) de l’écran
Afficher les résultats (View Results) pour afficher et/ou créer un fichier de
rapport au format pdf.
Contrôle qualité
Stratégies de contrôle sur GeneXpert
Chaque cartouche GeneXpert® est autonome et permet de réaliser un test :
L’utilisation de Contrôle Qualité externes n'est pas nécessaire pour assurer les
performances du test

Cepheid a imaginé des contrôles spécifiques pour contrôler les différentes étapes
automatisées dans la cartouche

Trois éléments principaux permettent d’éviter les problèmes pouvant conduire à

un résultat erroné:
• Vérifications des sondes (Probe Check Control)

• Contrôle du traitement de l’échantillon (SPC) / Contrôle Endogène (Xpert®

BCR/ABL)

• Contrôle d’adéquation de l’échantillon (SAC) pour Xpert® CT/NG seulement

Contrôle qualité (2)
Vérifications des sondes (Probe Check Control)

Qu’est ce que c’est ?

• Juste avant la réaction PCR, plusieurs lectures de fluorescence sont faites à

différentes températures
• Les résultats sont comparés automatiquement à des valeurs préétablies dans le
logiciel

A quoi ça sert ?

La vérification des sondes permet de contrôler :

• La dissolution des billes de réactifs
• Le remplissage du tube PCR
• L’intégrité des sondes
• La stabilité du fluorochrome et du “quencher”
Contrôle qualité (3)
Contrôle du traitement de l’échantillon (Sample Processing Control - SPC)

Qu’est ce que c’est ?

-Micro-organisme intact, ADN ou ARN
-Sonde de détection: marquée avec un fluorochrome différent de ceux des sondes
de la cible ou des autres contrôles
- Amorces: Intégrées à la bille de réactifs “amorce-sondes”

A quoi ça sert ?

 Traité de la même façon que la cible durant tout le processus

 Co-amplifié avec la cible pour:

- vérifier l’efficacité des étapes de traitement de l’échantillon jusqu’au remplissage

du tube de réaction
- Détecter toute dégradation de(s) enzyme(s) ou autres éléments du système
- Détecter une inhibition venant de l’échantillon
Contrôle qualité (3)
Contrôle Endogène (Endogenous Control)

Qu’est ce que c’est ?

• Le Contrôle Endogène (EC) provient de l’échantillon même.

• (pour le test Xpert® BCR/ABL, il s’agit du gène ABL présent dans le sang)

A quoi ça sert ?

• Il permet de normaliser le signal de la cible en s’assurant que suffisamment

d’échantillon est utilisé pour le test.
• Grâce à sa faible variabilité, ce contrôle endogène peut être utile pour déceler
la présence d’inhibiteur(s) dans l’échantillon.
• Ce contrôle est utilisé seulement pour le test Xpert® BCR/ABL
Contrôle qualité (3)
Contrôle d’Adéquation de l’Echantillon Sample Adequacy Control (SAC)

Qu’est ce que c’est ?

• Le SAC cible la HMBS (gène de la Beta-globine)

A quoi ça sert ?
Le SAC permet de détecter la présence d’un gène humain à copie unique.
• Vérifie que l’échantillon contient des cellules humaines ou de l’ADN humain
adéquats pour le test.

• Un résultat négatif pour le SAC indique l’absence de cellules humaines dans

l’échantillon en raison…
- d’un mélange insuffisant de l’échantillon
- d’un prélèvement inadéquat
- d’une lyse cellulaire incomplète

• Ce contrôle est utilisé pour le test Xpert® CT/NG

Interprétation des résultats

Les résultats sont automatiquement interprétés par le système d’instrument

GeneXpert à partir des signaux fluorescents mesurés et des algorithmes de
calcul intégrés, et sont clairement indiqués dans la fenêtre Afficher les résultats
(View Results) (figure 3 et figure 4). Les résultats possibles sont indiqués dans le
Tableau 1.

NB
Les résultats peuvent être convertis de copies/mL à UI/mL dans le logiciel.
Consulter le manuel d’utilisation du système GeneXpert Dx ou le manuel
d’utilisation du système GeneXpert Infinity pour des instructions sur comment
modifier ce réglage.

Le facteur de conversion dans le test HIV-1 VL est de 1 copie pour 1,72 unités
internationales (UI).
Interprétation des résultats (2)

Figure 3. HIV-1 détecté (HIV-1 detected)

Interprétation des Résultats
Interprétation des résultats (4)

NB Les résultats peuvent être convertis de copies/mL à UI/mL dans le logiciel: le facteur de
conversion dans le test HIV-1 VL est de 1 copie pour 1,72 unités internationales (UI).

voir le manuel d’utilisation du système GeneXpert Dx ou le manuel d’utilisation du système

GeneXpert Infinity pour des instructions sur comment modifier ce réglage.
Interprétation des résultats (5)

Figure 4. HIV-1 non détecté (HIV-1 not detected)

Interprétation des résultats (6)
Interprétation des résultats (7)
Répétitions du test
Raisons pour lesquelles le test doit être répété
Si l’un des résultats de test cités ci-dessous se produit, répéter le test
conformément aux instructions de la section 16.2, Procédure de répétition du
test.
• Un résultat NON VALIDE (INVALID) indique l’une ou plusieurs des situations
suivantes:
- Les Ct de la RIQ-H et la RIQ-B ne sont pas dans la plage valide.
- L’échantillon n’a pas été traité correctement, ou la PCR a été inhibée.

• Un résultat ERREUR (ERROR) indique que le test a été abandonné. Les causes
possibles comprennent les suivantes :
un volume insuffisant d’échantillon a été ajouté ; le tube réactionnel a été mal
rempli ; un problème d’intégrité de la sonde de réactif a été détecté ; ou la
limite de pression maximale a été dépassée.
Répétitions du test (2)

Un résultat PAS DE RÉSULTAT (NO RESULT) indique que les données recueillies
étaient insuffisantes. Par exemple, l’opérateur a interrompu un test en cours
ou une panne de courant s’est produite.

Si le résultat d’un test est NON VALIDE (INVALID), ERREUR (ERROR) ou PAS DE
RÉSULTAT (NO RESULT), utiliser une nouvelle cartouche pour tester de
nouveau l’échantillon concerné (ne pas réutiliser la cartouche).

1. Sortir une nouvelle cartouche du kit.

2. Consulter la section 12, Procédure, notamment la section 12.2, Préparation

de la cartouche, et la section 12.3, Démarrage du test.

3. Un échantillon qui donne deux fois des résultats NON VALIDE (INVALID)
contient probablement un inhibiteur ; il n’est pas recommandé de répéter
l’analyse.