ÉTUDE COMPARATIVE DES TRAITEMENTS

DE SEMENCES SANS FONGICIDE

CHEZ LES CÉRÉALES À L’AIDE
DE L’OZONE ET DE L’OXYGÈNE PUR

Mémoire

Hassiba Neched

Maîtrise en microbiologie agroalimentaire

Maître ès sciences (M. Sc.)

Québec, Canada

© Hassiba Neched, 2015

ii
Résumé
La fonte des semis et la pourriture des racines font partie des maladies céréalières des grandes
cultures au Québec. Elles sont causées par deux agents pathogènes, le Fusarium graminearum et
le Bipolaris sorokiniana contaminant la semence céréalière, en particulier le blé et l’orge, ce qui
entraîne à la fois une baisse de la levée et un rendement moins élevé. Des agriculteurs
biologiques tentent de trouver un traitement de semences sans fongicide afin de lutter contre ces
champignons, qui sont néfastes pour l’agriculture céréalière.

Notre projet a comme objectif d’utiliser l’action oxydative de l’oxygène ou l’ozone humidifié
pour engendrer un stress oxydatif afin de diminuer l’impact des deux agents pathogènes
responsables de cette maladie, le F. graminearum et le B. sorokiniana, tout en préservant le
pouvoir germinatif de ces semences. La dose en agent oxydant, le débit des gaz oxydants (ozone
et /ou oxygène) ainsi que le temps d’exposition constituent les paramètres clés à optimiser pour
ce traitement oxydatif et la cinétique de germination des graines céréalières traitées. Un tel
traitement semblait prometteur pour la semence de blé. Il l’était toutefois un peu moins pour la
semence d’orge en raison de son enveloppe assez rigide qui a rendu difficile la pénétration de
l’ozone et l’oxygène. Pour remédier à ce problème, nous avons fait des tests préliminaires sur
l’orge en utilisant la sonication par ultrasons comme prétraitement de l’orge avant le traitement
oxydatif.

Les résultats obtenus suggèrent qu’un tel traitement est prometteuret non négligeable afin
d’optimiser notre traitement oxydatif et de permettre par la suite de réduire les agents
responsables de la maladie sans nuire à la qualité des semences de céréales. Ce point a été abordé
dans nos travaux par un test préliminaire sur l’orge, et cette approche s’annonce très prometteuse
pour nos recherches futures.

iii
iv
Abstract
Seedling blight and root rot are part of cereal diseases of field crops in Quebec. They are caused
by two pathogens, Fusarium graminearum and Bipolaris sorokiniana, which contaminate the
seed grain, especially wheat and barley, which causes both decreased, lift and lower performance.
Organic farmers are trying to find a seed without fungicide treatment to fight against these fungi,
which are harmful to cereal farming.

Our project has as goal to use the oxidative action of oxygen or ozone moistened to cause
oxidative stress in order to reduce the impact of the two pathogens responsible for this disease, F.
graminearum and B. sorokiniana, while preserving the germinability of the seeds. The dose in
oxidizing agent, the flow of oxidizing gases (ozone and/or oxygen) and the time of exposure are
key parameters to optimize for this oxidative treatment and germination kinetics treated cereal
seed. Such treatment looked promising for the seed of wheat. It was however a little less for the
seed of barley because it’s fairly rigid envelope which made difficult the penetration of ozone and
oxygen. To remedy this problem, we have preliminary tests on barley using sonication ultrasonic
as pre-treatment of barley oxidative pre-treatment.

The results suggest that, such treatment is promising and significant in order to optimize our
oxidative treatment and subsequently, reduce the causative agents of disease without harming the
quality of cereal seed. This point has been addressed in our work by a preliminary test on barley,
and this approach looks very promising for our future research.

v
vi
 Table des matières

Résumé ......................................................................................................................................................... iii

Abstract ......................................................................................................................................................... v
Liste des tableaux ......................................................................................................................................... xi
Listes des figures ......................................................................................................................................... xv
Liste des abréviations ................................................................................................................................ xvii
Dédicace ..................................................................................................................................................... xix
Remerciements........................................................................................................................................... xxi
Avant –propos .......................................................................................................................................... xxiii
Introduction ...................................................................................................................................................1
Chapitre I .......................................................................................................................................................3
Revue de littérature........................................................................................................................................3
1. Importance mondiale de la culture de l’orge et du blé .....................................................................4
1.1 L’orge ..............................................................................................................................................4
1.2 Le blé ...............................................................................................................................................6
2. Importance de la culture d’orge et de blé au Canada (Québec) .........................................................8
3. Fonte des semis et pourriture racinaire ..............................................................................................9
3.1 Fonte des semis ................................................................................................................................9
3.2 Piétin commun .............................................................................................................................. 11
3.3 Piétin fusarien ............................................................................................................................... 14
3.4 Épidémiologie ............................................................................................................................... 17
3.5 Moyens de lutte............................................................................................................................. 18
3.5.1 Traitements chimiques (fongicides) ........................................................................................... 19
3.5.2 Traitements par des produits naturels ou commerciaux............................................................. 21
3.5.3 Traitements par des moyens physiques...................................................................................... 22
3.5.4 Traitements biologiques ............................................................................................................. 23
3.6 Traitements oxydatifs (oxygène/ozone)........................................................................................ 24
3.6.1 Définition (ozone) ...................................................................................................................... 25
3.6.2 Propriétés chimiques .................................................................................................................. 26
3.6.3 Mode d'action............................................................................................................................. 27
3.6.4 L'utilisation de l’oxygène et de l'ozone...................................................................................... 29
a) Oxygène.......................................................................................................................................... 29
b) Ozone ............................................................................................................................................. 31
3.6.5 Avantages et inconvénients des traitements oxydatifs ............................................................... 32
3.6.6 Effet des traitements oxydatifs sur les micro-organismes ......................................................... 34
a) Effet de l’ozone sur les micro-organismes ..................................................................................... 34
b) Effet de l’oxygène sur les micro-organismes ................................................................................. 37

vii
Chapitre II................................................................................................................................................... 39
Hypothèses et objectifs ............................................................................................................................... 39
Chapitre III ................................................................................................................................................. 41
Matériel et méthodes .................................................................................................................................. 41
Traitement à l’oxygène et à l'ozone ....................................................................................................... 42
3.1 Matériel ......................................................................................................................................... 42
3.1.1 Équipement ................................................................................................................................ 42
3.1.2 La semence ................................................................................................................................ 43
3.2 Méthode de traitement à l’ozone et à l’oxygène ........................................................................... 44
3.2.1 Recommandation et mise en marche ......................................................................................... 44
3.2.2 Investigation microbiologique ................................................................................................... 45
a) Test de germination (pourcentage de germination) ........................................................................ 45
b) Taux de contamination par le B. sorokiniana................................................................................. 46
c) Taux de contamination par le F.graminearum ............................................................................... 47
3.2.3 Traitement de la semence sélectionnée à l’ozone et à l’oxygène pur ........................................ 49
3.2.3.1 Études préliminaires ............................................................................................................... 49
3.2.3.2 Étude comparative chez le blé ................................................................................................ 50
Chapitre IV ................................................................................................................................................. 51
Résultats et discussion ................................................................................................................................ 51
4.1 Études préliminaires ......................................................................................................................... 52
4.1.1 Tests à l’oxygène pur .................................................................................................................... 52
 Blé................................................................................................................................................... 52
 Orge ................................................................................................................................................ 54
4.1.2 Tests à l’ozone............................................................................................................................... 57
 Blé................................................................................................................................................... 57
 Orge ................................................................................................................................................ 58
4.2 Étude comparative........................................................................................................................... 60
Chapitre V .................................................................................................................................................. 63
Traitement de la semence d'orge aux ultrasons (Sonication) ..................................................................... 63
5.1 Introduction ...................................................................................................................................... 64
5.2 Hypothèse et objectifs ..................................................................................................................... 64
5.3 Matériel et méthodes ........................................................................................................................ 65
5.3.1 Matériel ......................................................................................................................................... 65
5.3.2 Méthode ........................................................................................................................................ 66
5.4 Résultats et discussion..................................................................................................................... 67
Conclusion générale ................................................................................................................................... 73
Recommandation ................................................................................................................................... 75
Bibliographie .............................................................................................................................................. 77
Liste des Annexes ....................................................................................................................................... 97
Annexes A .............................................................................................................................................. 97
Annexes B .............................................................................................................................................. 98
Annexes C ............................................................................................................................................ 110
Annexes D ............................................................................................................................................ 124
Annexes E ............................................................................................................................................ 139

viii
Annexe F .............................................................................................................................................. 154
Fichier SAS ............................................................................................................................................ 154

ix
x
Liste des tableaux
Tableau 1: Bilan mondial de la production d’orge en 2005-2011 (USDA, AAC, Chris Beckman, Analyste
– céréales secondaires)……………………………………………………………………………………..5
Tableau 2: Production mondiale du blé, 2009, Food and Agriculture Organization of the United Nations
(FAO STAT).…………………………………………………………………………………………........ 7
Tableau 3: Fréquence relative des isolatsd'entre-nœudsd'orgeinfectés par différents micro-organismes
dans différentesrégions du Québec en 1977 et 1978 (Eng-Chong Puaa; R. -L. Pelletiera; H. R. Klincka a
Department of Plant Science, Macdonald College of McGill University, Ste-Anne-de-Bellevue, 2009.
Canadian Journal of Plant Pathology.Seedling blight, spot blotch, and common root rot in Quebec and
their effect on grain yield in
barley)..........……………………………………………………………………...……………………......10
Tableau 4: Traitements des semences homologué au Canada ( Profil de la culture de blé d’automne au
Canada, 2010) www.agr.gc.ca/cla-profilsdeculture…..................................................................................20
Tableau 5: Traitements de semences par des produits naturels ou commerciaux (Recueil Bionovation-
o
volet semences édition 2008 CRAAQ Publication n EVC
022)……………………………………………….………………………………………………………..22
Tableau 6: Exemples de traitements physiquesdes semences ( Recueil Bionovation-volet semences
édition 2008 CRAAQ Publication no EVC 022)……………………………………….….........................23
Tableau 7: Traitements biologiques des semences (Recueil Bionovation -volet semences édition 2008
o
CRAAQ Publication n EVC 022)……………………………………………………………………........24
Tableau 8: Relation entre la température et la solubilité d'ozone dans l'eau (Rice et al.,
1981)………………………………………………………………………………….…………………...27
Tableau 9: Agents oxydants et potentiel d’oxydation (Manley et Niegowski, 1967)…………………...34
Tableau 10: Potentiel d'action antifongique et inactivation mycotoxinogène par l'utilisation de l'ozone
dans différentes denrées alimentaires (Freitas-Silva Otniel et Venâncio Armando 2010, Ozone applications
to prevent and degrade mycotoxins. Institute for Biotechnology and Bioengineering (IBB), Centre of
Biological Engineering, Universidade do Minho,Braga, Portugal, and EMBRAPA Food Technology. Rio
de Janeiro, Brazil Reviews. Drug Metabolism 42(4): 612- 620
(http://informahealthcare.com)....................................................................................................................36
Tableau 11 : Traitement préliminaire à l’oxygène pur 0,50 l/min pour le blé (cv Orléans).………….…52
Tableau 12: Traitement préliminaire à l’oxygène pur 0,75 l/min pour le blé (cv Orléans)….…………..53
Tableau 13: Traitement prèliminaire à l’oxygène pur 1,00 l/min pour le blé (cv Orléans).…..................53
Tableau 14: Traitement prèliminaire à l’oxygène pur 0,50 l/min pour l’orge (cv Newdale
Cert)............................................................................................................................................................54
Tableau 15: Traitement prèliminaire à l’oxygène pur 0,75 l/min pour l’orge (cv Newdale
Cert)..……………………………………………………………………………………………………..55
Tableau 16: Traitement prèliminaireà l’oxygène pur 1,00 l/min pour l’orge (cv Newdale
Cert)……………………………………………………………………………………………................56
Tableau 17: Traitement prèliminaire à l’ozone pour le blé (cv Orléans).....………………….................57
Tableau 18: Traitement prèliminaire à l’ozone pour l’orge (cv Newdale Cert)...……………………….59

xi
Tableau 19: Traitement comparatif avec l’oxygène pur / ozone et son action sur les microorganismes
…………………………………………………………………..……………………………….60
Tableau 20: Information classe et niveauxpour le taux de germination ..…………...………....98
Tableau 21: Analyse de la variance pour le taux de germination……..………………………..99
Tableau 22: Décomposition de l’ANOVA pour le taux de germination………………………..99
Tableau 23: Procédure GLM……...……………………………………………………………100
Tableau 24: Contrastes pour le taux de germination……………...……………………………101
Tableau 25: Moyennes et erreurs types pour le taux de germination…...……………………...102
Tableau 26: Procédure Univariate pour le taux de germination……………………..…………102
Tableau 27: Information classe et niveaux pour B. sorokiniana…………………………...…..110
Tableau 28: Analyse de la variance pour le taux de contamination par B.
Sorokiniana…….………………………………………………………………………….…….111
Tableau 29: Décomposition de l’ANOVA pour le taux de contamination par le B
sorokiniana……………………………………………………………………………………...112
Tableau 30: Procédure GLM B. sorokiniana……..…………….……………………………...113
Tableau 31: Contrastes pour le taux de contamination par le B. sorokiniana………………….114
Tableau 32: Moyennes et Erreur type pour le taux de contamination par le B
sorokiniana……………………………………………………………………………………...114
Tableau 33: Procédure Univariate pourcentage de contamination par le B.
Sorokiniana…..……………………………………………………………………………..…...115
Tableau 34: Information classe et niveaux pour le Fusarium…………………………….........124
Tableau 35: Analyse de la variance pour le taux de contamination par le
Fusarium……………………………………………………………………………………......125
Tableau 36: Décomposition de l’ANOVA sur le taux de contamination par le
Fusarium………………………………………………………………………………………...126
Tableau 37: Procédure GLMpour le Fusarium…………….…………….....………………….127
Tableau 38: Contrastes pour le taux de contamination par le Fusarium……………..…...........128
Tableau 39: Moyennes et Erreur type pour le taux de contamination par le
Fusarium…………………………………………………………………………………….…..129
Tableau 40: Procédure Univariate pour le Fusarium total……………………………………..130
Tableau 41: Information classe et niveauxpour le F. graminearum………………............…...139
Tableau 42: Analyse de la variance pour le taux de contamination par F.
graminearum………………………………………………………………………………….....140
Tableau 43: Décomposition de l’ANOVA sur le taux de contamination par le F.
graminearum………………………………………………………………………………….....141
Tableau 44: Procédure GLM pour le F graminearum.................................………...................142
Tableau 45: Contrastes pour le taux de contamination par le F. graminearum….............….....142

xii
Tableau 46: Moyennes et Erreur type pour le taux de contamination par le F.
graminearum…………………………………………………………………………………....143
Tableau 47: Procédure Univariate pour le F. graminearum…………….. …………………....144
Tableau 48: Analyse de la variance avec effet rank pour le taux de contamination par le F.
graminearum…………………………………………………………………………………….152
Tableau 49: Procédure GLM (Rank LS Mean).………………………………………………..153

xiii
xiv
Listes des figures
Figure 1: Répartition de la production céréalière dans le monde, 2008 (http://www.articque.com/guide-
metiers/secteur-agriculture.html).................................................4
Figure 2:Évolution des superficies en blé au Québec depuis 2000 (Statistique Canada :
http://www.grainwiz.com)................................................................................................................8
Figure 3: Évolution de la culture d'avoine et d’orge au Québec depuis 2000
(http://www.grainwiz.com)..............................................................................................................7
Figure 4: Fonte des semis et pourriture racinaire, Planche 144
(http://www.omafra.gov.on.ca/french/contact.html)......................................................................11
Figure 5: Fonte des semis, signes visuels …………………..…………….….……………….....11
Figure 6: Développement de Bipolaris sorokiniana sur l'orge (Hückelhoven et Kogel 1998).Plant-
Microbe Interact. 11, 292-300………………………...…..…….......................……13
Figure 7: Bipolaris sorokiniana (http://www.darcof.dk/enews/mar05/blotch.html).....................14
Figure 8: Fusarium graminearum. Tabuc, 2007. Flores fongique dedifférents substrats et conditions
optimales de production des mycotoxines………….………..…………….……........15
Figure 9: Cycle du Fusarium graminearum (Chandelier.et Kestemont, 2003). Le problème de la
Fusariose de l'épi et des mycotoxines en froment d'hiver : État des connaissances. Livre Blanc "céréales"
F.U.S.A et CRA-W Gembloux………………………………………………………..16
Figure 10: Relation entre la fusariose et la fonte des semis chez les céréales. Parry, Pettitt, Jenkinson,
Lees, 1994. The cereal Fusarium complex. In: Blakeman P, Williamson B, eds. Ecology of Plant
Pathogens. Wallingford, UK: CAB Intemational, 301-
20………..……………………………..........................................................................................17
Figure 11: Répartition géographique et utilisation des fongicides aux États-Unis (Gianessi et Reigner,
2002).……..…………………………………………………………………………….19
Figure 12: Formation de l’ozone (www.topchem.de/images/Effet de l’ozone.gif).......................28
Figure 13: Action oxydative de l’ozone (processalimentaire.com et Umes.over
blog.com)........................................................................................................................................29
Figure 14 : Schéma simplifié du procédé d’ozonolyse (OzoneLab™ Instruments,
http://www.ozoneservices.com) ………………………………………………………………....43
Figure 15: Procédé expérimental du traitement à l’ozone / oxygène ……………………….......45
Figure 16: Germination du blé et de l'orge sur papier Whatman………………..…...………......46
Figure 17: Développement duB. sorokinianas sur milieu Benlate pour le blé et
l'orge...……………………………………………………………………………………………46
Figure 18: Développement du Bipolaris sur le grain d’orge et de blé (Microscopie
binoculaire).....................................................................................................................................47
Figure 19: Bipolaris examiné au grossissement x 20 (Bourget, 2011)……………….................47
Figure 20: Bipolaris examiné au grossissement x40 (Bourget, 2011)………..............................47
Figure 21: Développement de colonies de Fusariumsur milieu PDA
…………………………................................................................................................................48

xv
Figure 22: Repiquages des Fusarium sur milieu FG (Bourget, 2011)……..…............................48
Figure 23: Préparation sur lame………………….……………….……………….......................49
Figure 24: Macroconidies de F.graminearum x 100...…………………………………..............49
Figure 25: Dispositif de traitement de l’orge aux ultrasons (figs. a-b-c-d)...................................68
Figure 26: Traitement de l’orge aux ultrasons ……………...…………………………………...71
Figure 27: La colonne du traitement oxydative (Belkacemi., 2011)……………..……………..99
Figure 28: Graphique Tige feuille et Box Plot (Germination)…………………………………107
Figure 29: Graphique de probabilité normale (Germination)…………………………………..108
Figure 30: Histogramme des résidus (Gérmination)………...………………………………....110
Figure 31: Graphique des résidus versus les valeurs prédites pour le taux de
germination……………………………………………………………………………………...111
Figure 32: Graphique Tige feuille et box plot (B.sorokiniana)………………………………..121
Figure 33: Graphique de probabilité normale (Bipolaris.sorokiniana)………………………..121
Figure 34: Histogramme des résidus (B. sorokiniana)….………………………………..……124
Figure 35: Graphique des résidus versus valeurs prédites pour le taux de contamination par le B.
sorokiniana……………………………………………..………………………………………125
Figure 36: Graphique Tige feuille etBox Plot (Fusarium totale)…....................................…...136
Figure 37: Graphique de probabilité normale (Fusarium totale)……………………………...137
Figure 38: Histogramme des résidus (Fusarium totale)…………..…………………………...139
Figure 39: Graphique des résidus versus valeurs prédites pour le taux de contamination par le total des
Fusariums....…………………………………………………………………………...140
Figure 40: Graphique Tige Feuille et Box Plot (F. graminearum).…………………………....149
Figure 41: Graphique de probabilité normale (F.graminearum).…………………………........150
Figure 42: Histogramme des résidus (F. graminearum).………………….……..…………….152
Figure 43: Graphique des résidus vs valeurs prédites pour le taux de contamination par le F.
graminearum……………………………………………………………………………………153

xvi
Liste des abréviations

Aw : Activité de l'eau, la pression de vapeur d'eaup d'un produit humide divisée

par la pression de vapeur saturantep0 à la même température.
F : Fusarium
FG : Fusarium graminearum
B : Bipolaris sorokiniana
Milieu Benlate : Milieu sélectif pour Bipolaris Stéphan Pouleur (11-02-2010) : fongicide qui
élimine les autres champignons.
Milieu PDA+2 (Potatos dextrose agar+Antibiotique) : Milieu de multiplication des Fusarium
Milieu Cerom Fg (No.1718) : Milieu pour identification du Fusarium graminearum : milieu
utilisé pour le repiquage après mise en culture sur PDA (12-06-2007)
CÉROM : Centre de recherche sur les grains inc.
USDA : United States Department of Agriculture
AAC : Agriculture et Agroalimentaire Canada
FAO STAT : Food and Agriculture Organization of the United Nations
AFB1 : Aflatoxine B1
AFG1 : Aflatoxine G1
CRAAQ : Centre de référence en agriculture et agroalimentaire du Québec

xvii
xviii
Dédicace

À mes chers parents, mon époux

et toute ma famille qui m'ont accompagnée et
soutenuetout au long de ma vie afin de réaliser ce
merveilleux projet

xix
xx
Remerciements

Ce travail n'aurait pas puvoir le jour sans l'apport et le soutien majeur de mon directeur de
recherche, le Professeur Khaled Belkacemi, professeur titulaire, directeur du programme de
maîtrise en génie agroalimentaire du Département des sols et génie agroalimentaire, FSAA, qui
m'a initiée et dirigée dans ce projet, ce qui m’a permis d'élargir mes connaissances et de
développer mon sens critique. Mes sincères remerciements s’adressent également à ma
codirectrice Sylvie Rioux, agronome, Ph.D., phytopathologiste au Centre de recherche sur les
grains (CÉROM) pour sa collaboration et son soutienà ce projet. Je remercie aussi tous les
professionnels qui m'ont aidée tout au long de ma maîtrise, particulièrement Mme Nicole Bourget,
technicienne au laboratoire du CÉROM, Mme Madeleine Roy, technicienne en administration,
Département des sols et de génie agroalimentaire ainsi que Mme Jocelyne Giasson, technicienne
experte au même département, sans oublier mon amie et collègue Nasima Chorfa, Ph.D en sol et
génie agroalimentaire. Toutes ces personnes m'ont été d'une grande aide et d'un grand soutien.
Finalement, je remercie ma famille pour son appui et ses encouragements.

xxi
xxii
Avant –propos
Ce projet vise principalement la mise au point d’un traitement oxydatif à l’oxygène pur et/ou à
l’ozone sans fongicide et la vérificationde son potentiel d’action en ce qui concerne le traitement
des semences de céréales (blé et orge), afin de maîtriser les deux agents pathogènes, le F.
graminearum etle B. sorokiniana, responsables de la fonte des semis et de la pourriture des
racines, tout en préservant le pouvoir germinatif de la semence.

Afin de maîtriser le F. graminearum et le B. sorokiniana, il faut donc effectuer une évaluation

comparative dela capacité des deux traitements ozone/oxygène, tout en optimisant les différents
paramètres du procédé de décontamination des graines céréalières eten évitant d’altérer le
pouvoir germinatif de ces dernières.

Le deuxième volet de ce projet comportaitdes tests préliminaires aux ultrasons ne concernant que
l’orge puisque sarésistance aux traitements oxydatifs avait déjà été noté.

xxiii
xxiv
Introduction
En production céréalière, les pertes de rendement qu’entraînent la fonte des semis et les
pourritures de racines sont causées par plusieurs agents pathogènes présents dans les semences,
plus particulièrement le Fusarium graminearum (Schwabe) et le Bipolaris sorokiniana (Sacc)
Shoemaker (Pouleur et al., 2006; Christensen et Stakman, 1935; De Tempe, 1964). La plupart des
traitements de semences utilisés par les agriculteurs pour maîtriser ces maladies sont des
fongicides appliqués sur les semences avant les semis (Mc Mullenet Lamey, 2000). Les
producteurs biologiques ne peuvent pas utiliser de pesticides pour traiter les semences afin
d’atténuer les pertes économiques importantes occasionnées par la fonte des semis. Des travaux
réalisés par plusieurs chercheurs dans le domaine des traitements oxydatifs par oxygène pur ou
ozone ont permis d’améliorer grandement la germination et de détruire des bactéries et les virus,
ainsi que certains champignons.

Le présent projet vise àvérifier le potentiel des traitements oxydatifs pour réduire le
F. graminearum et le B. sorokiniana, les deux agents pathogènes responsables de la fonte des
semi et de pourritures de racines, tout en préservant le pouvoir germinatif de la semence.

1
2
 Chapitre I

Revue de littérature

3
 1. Importance mondiale de la culturede l’orge et du blé

1.1 L’orge
L'orge (Hordeum vulgare L) est une céréaleannuelle utilisée principalement dans l'alimentation
animale, la fabrication d'aliments santé ainsi que dans la fabrication de bière et de whisky. C'est
une culture qui peut s'adapter à plusieurs régions dans le monde et plusparticulièrement aux
régions tempérées. Sa culture est favorisée par un climat frais, mais elle est particulièrement
sensible en hiver. Bien que l'orge soit cultivée dans une centaine de pays, sa production est
particulièrement centralisée en Europe (Allemagne, France, Angleterre, Suède et Norvège) mais
aussi en Amérique du Nord, en Australie et en Europe orientale. La répartition mondiale des
céréales est représentée dans la Figure 1.

Figure 1: Répartition de la production céréalière dans le monde en 2008(http://www.articque.com/guide-

metiers/secteur-agriculture.html)

Le Tableau 1 qui suit présente un bilan complet par année de la production d'orge dans différents
pays du monde selon AAC (Agriculture et Agroalimentaire Canada, 2012) et l’USDA (United
States Department of Agriculture,1997).

4
Tableau 1: Bilan mondial de la production millions de tonnes d’orge en 2005-2011 (USDA, AAC, Chris
Beckman, analyste céréale secondaire).

2007-
2005- 2006- 2008- 2009- 2010-
2006 2007 2008 2009 2010p 2011p

Stocksde report 32,6 28,0 21,3 19,7 30,4 30,4

Production

Australie 9,5 4,3 7,2 7,0 7,8 7,5

Canada 11,7 9,6 11,0 11,8 9,2 8,8

UE-27 54,8 56,2 57,5 65,6 61,5 58,0

Russie 15,8 18,1 15,7 23,1 18,0 15,0

Turquie 7,6 7,5 6,0 5,6 6,0 5,5

Ukraine 9,0 11,4 6,0 12,6 12,0 11,0

Autres 27,8 29,4 29,6 28,2 32,8 30,0

Production totale 136,2 136,5 133,0 153,9 147,3 135,8

Offre totale 168,8 164,5 154,3 173,6 177,7 166,2

Commerce 17,5 14,6 18,5 19,0 17,6 16,0

Utilisation totale 140,8 143,2 134,5 143,1 147,3 141,2

Stocks en fin
decompagne 28,0 21,3 19,7 30,4 30,4 25,0

Ratio stocks-
utilisation(%) 19,9% 14,9% 14,6% 21,2% 20,6% 17,7%

5
 1.2 Le blé

La production de blé est répartie sur l'ensemble du globe puisque le blé pousse même si la
température n’est guère favorable ou que l'eauest rare. C’est ce qui explique une production
élevée en Chine, en Inde et même en Russie (Tableau 2).En 2009-2010, la production mondiale
de blé était de 660 millions de tonnes, l'équivalent de 100 kg par habitant considérant la
population mondiale. Elle se classe au quatrième rang mondial en matière de culture, derrière le
riz, le maïs et la canne à sucre. Grâce àde multiples techniques culturales et de sélection
génétique ayant permis une augmentation et une amélioration du rendement et de la production,
la culture est passée de 1000 kg/ha en 1900 à 2900 kg/ha en 2010 les statistiques de la production
mondiale de blé sont données par la Food and Agriculture Organization of the United Nations :
FAO.

6
 Tableau 2Production mondiale de blé en 2009 (FAO STAT)

Surface Rendement Production

Pays (hectares) (kg/ha) (tonnes) %Total

Chine 24 210 075 4 748 114 950 296 16,9 %

Inde 28 400 000 2841 80 680 000 11,8 %
Russie 26 632 900 2 318 61 739 750 9,1 %
États-Unis 20 181 081 2 989 60 314 290 8,8 %
France 5 146 600 7 447 38 324 700 5,6 %
Canada 9 539 000 2 780 26 514 600 3,9 %
Allemagne 3 226 036 7 808 25 190 336 3,7 %
Pakistan 9 046 000 2 657 24 033 000 3,5 %
Australie 13 507 000 1 603 21 656 000 3,2 %
Ukraine 6 752 900 3 093 20 886 400 3,1 %
Turquie 8 026 898 2 566 20 600 000 3,0 %
Kazakhstan 14 329 400 1 190 17 052 000 2,5 %
Royaume -
Uni 1 814 000 7 927 14 379 000 2,1 %
Iran 6 647 367 2 029 13 484 457 2,0 %
Pologne 2 346 200 4 173 9 789 586 1,4 %
Égypte 1 321 751 6 448 8 522 995 1,2 %
Argentine 4 334 780 1 747 7 573 254 1,1 %
Ouzbékistan 1 400 000 4 741 6 637 700 1,0 %
Italie 1 795 500 3 532 6 341 000 0,9 %
Afghanistan 2 500 000 2 026 5 064 000 0,7 %
Espagne 1 767 800 2 713 4 796 800 0,7 %
Algérie 1 848 575 1 598 2 953 117 0,4 %
Monde 225 437 694 3 025 681 915 838 100,00 %

7
 2. Importance de la culture d’orge et de blé au Canada (Québec)

Au Canada, les céréales les plus cultivées sont le blé, l’orge, le maïs, l'avoine et le seigle. Elles
sont réparties en deux groupes : céréales de printemps et céréales d’automne. Le blé reste la plus
importante culture au Canada, soit environ 11 millions d'hectares (Campbell, 2010). La
production de blé (y compris le blé dur) est passée de 23 167 Mt en 2010-2011 a 24 500 Mt en
2011-2012 (http://www.agr.gc.ca/fra/industrie-marches-et-commerce/statistiques)

En ce qui concerne la culture du blé d’hiver au Québec (Figure 2), on note une légère
augmentation du semis qui est passée à 9 %, soit 17200 acres pour 2012. Pour sa production, il y
a eu une légère augmentation d’environ 485 ha (~1191 acres) pour un total de 4694 ha (115 94
acres). Pour ce qui est de la culture du blé de printemps, une baisse d’environ 37959 ha (~ 93759
acres) depuis 2001.

Figure 2 : Évolution des superficies en blé au Québec depuis 2000 (Statistique Canada :
http://www.grainwiz.com)

Pour la production de l’orge au Québec (Figure 3), on note une baisse continuelle des superficies
depuis 4 ans. Elle est de l’ordre de 3,7 %, pour une superficie finale de48217ha(119 095 acres) en
2012.

8
 Figure 3Évolution de la culture d’avoine et d’orge au Québec depuis 2000
(http://www.grainwiz.com)

3. Fonte des semis et pourriture racinaire

La fonte des semis et la pourriture racinairefont partie des plus importantes maladies du blé, et de
nombreuses espèces de Fusarium sont associées à ces maladies chez la plupart des céréales
cultivées actuellement (Devaux, 1995). La fonte des semis (seedling blight) et les pourritures
racinaires sont des maladies qui touchent plusieurs cultures dont celles des céréales
(http://www.omafra.gov.on.ca). Les pourritures de racines des céréales portent le nom de piétins.

3.1 Fonte des semis

La fonte des semis est causée par plusieurs agents pathogènes (champignons et bactéries) dont
deux champignons le Fusarium graminearum (Schwabe) forme sexuée : Gibberella zeae
(Schwein.) Petch et le Bipolaris sorokiniana (Sacc, Shoemaker) forme sexuée : Cochliobolus
sativus (Ito and Kurib) Drechsl. Ex Dastur) (Pouleur et al., 2006; Christensen et Stakman, 1935;

9
De Tempe, 1964). Cette maladie est souvent favorisée par un sol froid et humide. En l’absence de
traitements fongicides sur les semences, elle est très redoutable car elle entraîne d’énormes pertes
dans les champs. Le Tableau 3 regroupe les différents micro-organismes qui affectent l’orge.

Tableau 3 : Fréquence relative des isolats d’entre-nœuds d'orge infectés par différents micro-organismes
dans différentes régionsdu Québec entre 1977 et 1978
(Eng-Chong Puaa et al., 2009)

Micro-organisme
Cochliobolus Autres
Cochliobolus Fusarium sativus et
Région Année champignons
sativus spp
Fusarium spp et bactéries
1977-
Bagot 1978 35,1-37,5 5,2-29,9 56,7-26,2 3,0-6,4
1977-
Beauharnois 1978 46,4-22,1 7,9-12,1 40,3-55,5 5,4-10,3
1977-
Chateauguay 1978 41,7-33,8 4,4-23,0 51,3-39,0 2,6-4,2
1977-
Huntingdon 1978 30,8-28,7 1,7-40,5 60,4-27,8 7,1-3,0
1977-
Richelieu 1978 36,6-32,3 2,1-21,8 59,1-36,6 2,2-9,2
1977-
Rouville 1978 57,3-28,8 2,7-36,0 36,0-30,2 6,0-5,0
1977-
St-Hyacinthe 1978 33,5-20,4 5,6-25,3 54,8-43,9 6,1-10,4
1977-
Vaudreuil 1978 48,0 6,1 39,4 6,5
1977-
Verchères 1978 44,2-37,1 3,4-18,7 49,5-34,2 2,9-10,0
1977-
Moyenne 1978 41,5-30,1 4,3-25,9 49,7-35,4 4,6-7,3

*Chaque valeur représente la moyenne de 1 - 5 champs pour chacun des 50 segments prélevés sur
des lésions touchant des entre-nœuds

10
La maladie se manifeste par une pourriture de la racine de la plantule qui devient brunâtre ou
rougeâtre à labase. Ce symptôme est suivi d'un flétrissement et d’un amincissement de la tige
puis de la mort de la plantule (Figure 4). Au Québec cette maladie est souvent causée par des
champignons du genre Pythium ou même des bactéries (Rhizoctonia Solani ou Rhizoctone
commun) (Duval, 1991).

Plantule saine

Fonte des semis

Figure 4 : Fonte des semis et pourriture racinaire, Planche 144

(http://www.omafra.gov.on.ca/french/contact.html).

Un retard ou même l'arrêt de croissance des plantules sont aussi observés. Cette pourriture peut
aussi faire suite à une momification de couleur brune ou brun-rouge. La semence paraît vidée de
son contenu; elle est alors visqueuse et de couleur jaune ocre (Figure 5)

Figure 5 : Fonte des semis, signes visuels

3.2 Piétin commun

Le piétin commun, connu aussi sous le nom de « pourriture sèche », est une maladie
spécifique du blé et de l'orge de printemps. Cette maladie est causée par le B. sorokiniana.

11
AuCanada,on estime que lespertes de rendement chez l'orge de printemps causée par le piétin
commun sont d'environ 10,3 % par année (Pieninget al., 1976) et de 6,1 % pour ce qui est du blé
de printemps (Ledinghamet al., 1973).Dans le sud et au centre du pays, on trouve le plus souvent
le C. sativus, alors que leF.culmorumest très rare, voire absent (Broadfoot,1934; Harding, 1973;
Sallans et Tinline, 1965; Tinline et Ledingham, 1979; Tyner, 1956). Par contre, aunord-ouest de
l'Alberta (Peace River), on trouve souvent le F. culmorum (Tinline et al., 1979; Tyner, 1956).En
1984, Duczek a étudié dans différentes régions du Canada (Beaverlodge, Fort Vermillion,
Saskatoon et Scott)des lignées de cultivars d'orge susceptiblesd’entraînerle piétin commun.
Unebaisse de rendements en grainsvariable d'une région à l'autre ainsi qu’uneaugmentation de la
maladie se manifestent par une diminution du nombre d’épis. À Beaverlodge, le F. culmorum
etleC. sativus ont étéisolésà partir d'entre-nœuds présents sous le collet etcontrairement aux autres
régions, le C. sativusyétait plus présent. Dans les prairies, le C. sativusestprédominant pour la
semence de blé (Bailey et al 2004).

B. sorokiniana encore appelé Helminthosporium sativum est l'agent le plus probable et le

plus redoutable pour les graminacées, en particulier l'orge. Cette espèce est la cause d’autres
maladies qui touchent l’épi et les feuilles, se traduit par des brûlures de l'épi et des taches
helminthosporiennes, ce qui entraîne une baisse du rendement et occasionne une baisse de qualité
des semences. La production de blé est également menacée étant donné que ce champignon se
développe lors de températures chaudes et humides, habituelles dans plusieurs pays comme la
Chine (Chang et Wu, 1998), le Brésil (Mehta et al., 1992), l'Inde, le Pakistan, le sud-est
Australien et certaines parties de l'Europe (Kwasna, 1995). Sa capacité à s'acclimater au froid a
permis à ce dernier de survivre dans les régions froides du monde et de l'Amérique du Nord
(Kumar et al., 2002). Les spores produite par le piétin se propage sur les terres agricole et survive
longtemps surtouts grâce aux conditions optimale d’humidité et de température. Ces spores vont
être transportées par la pluie et le vent pour induire d’autres infections culturales de l’épi et de la
semence par la suite (Bailey et al 2004). Dans la province de Québec, on le trouve souvent dans
les grains d'orge (Greaney et Machacek 1942, Machacek et al., 1951). Les taches
helminthosporiennes, sont observées fréquemment dans l’Est Canadien et l’infection est
séminicol. Contrairement aux prairies, l’infection terricole est prédominante (Bailey et al., 2004).
La couleur brune est signe d’infection, qui s’étend parfois des racines, aux coléoptiles et aux
feuilles suivie d’une dégénérescence et une mort inévitable de la plantule. Bien au contraire, dans

12
les prairies, les symptômes sur les feuilles ne sont pas visible, le seul moyen de les identifier,
reste l’observation du rhizome et du talle de la plante une fois retirer du sol (Bailey et al 2004).

Lors d’études effectuées en Ontario (Clark., 1978), on a observé une diminution de 26 % du

rendement en grains chez l’orge en raison de la présence de taches helminthosporiennes, des
pertes de 10,3 % causées par le piétin commun, et dans les Prairies (Piening et al., 1976; Clough
et Johnston, 1978; Johnston, 1976), des pertes d’environ 40-60 % en raison de la pourriture
commune des racines dans des parcelles expérimentales. Le B. sorokiniana se caractérise par des
conidiophores a paroi épaisse, des conidies elliptiques de 60-120 µm x 12-20 µmet sectionnés de
cinq à neuf cellules (Kumar et al., 2002) (Figure 6 et Figure 7).

Figure 6: Développement de Bipolaris sorokiniana sur l'orge (Hückelhoven et Kogel 1998)

13
 Figure 7: Bipolaris sorokiniana (http://www.darcof.dk/enews/mar05/blotch.html)

3.3 Piétin fusarien

Le piétin fusarien est l'une des maladies céréalières des grandes cultures. Il est causé par
plusieurs espèces du genre Fusarium dont le F. culmorum, le F. graminearum et le F.
avenaceum. Cette maladie est responsable de la fonte des semis suite à l'inoculum de Fusarium
retrouvé dans la semence, les résidus culturaux ou le sol. Ses agents responsables contaminent
plusieurs céréales, graminées, est la contamination est plus élevée si le blé suit le blé, l'orge ou le
maïs. La maladie diffère selon la saison. Chez une culture d’automne, les sols humides favorisent
l'infection des racines.Au printemps, un sol sec et riche en engrais azoté risque d'accentuer la
maladie par des lésions aux collets, aux tiges et aux racines qui finissent par pourrir. On observe
alors dessignes complémentaires, comme des trous dans le champ, des plants (jaunes et rabougris,
moins vigoureux) qui meurent avant leur levée, un pourrissement des semences (collet, racines,
base de tige), une décolorationqui passe du brun au brun-rouge (http://www.omafra.gov.on.ca).

Le genre Fusarium tire son nomdu latin «fusus» car ses spores sont fusiformes (Figure 8).
Plusieurs espèces du genre d’une maladie de l’épi appelée « fusariose de l’épi » et c’est de cette
façon que les Fusarium se retrouvent sur les graines (semences). Bon nombre de ces espèces de
Fusarium ont le potentiel aussi de produire des «mycotoxines» dans les grains qu’elles infectent
pendant la saison de croissance, dont le désoxynivalénol (DON) et la zéaralénone (ZEA),
synthétisées par F.gramineaum (Bai et Shaner, 1994). Ces champignons se caractérisent par la
production d’un grand nombre de spores, ce qui leur assure un grand pouvoir de contamination.

14
Ces dernières sont issues de deux types de reproduction sexuée ou asexuée, qui est le principal
critère de leur classification (Tabuc, 2007).

a : macrophialides et macroconidies

b: macroconidies;

c: asque octosporé

Figure 8Fusarium graminearum (Tabuc, 2007)

La Figure 9 résume le cycle vital du F. graminearum.

15
 Figure 9 Cycle du Fusarium graminearum (Chandelier et Kestemont, 2003)

Il existe une étroite relation entre la fusariose de l’épi et la fonte des semis, non seulement en
raison de la présence du même agent causal qu’estle F. graminearum, mais aussi en raison de la
transmission de celui-ci par des facteurs de transmission naturelle comme le vent ou les
éclaboussures de pluie. Ce cycle permet la présence continuelle de l'inoculum de Fusarium au
sol, sa transmission aux racines via le sol ou la semence, sa libération sous forme de spores par
voie aérienne et enfin sa localisation sur l’épi. La figure 10 montre parfaitement ce lien. Selon
Parry et al, (1994), toutes les espèces de Fusarium pathogènes des céréales peuvent survivre sur
les résidus de culture dont le F.graminearum.

16
 Figure 10 Relation entre la fusariose et fonte des semis chez les céréales

(Parry etal., 1994)

3.4 Épidémiologie
Les sources les plus probables de la transmission de l'inoculum de Fusarium sont le vent et les
éclaboussures de pluie, vecteurs essentiels de transmission de la maladie (Jenkunson et Parry
1994). Les insectes, les oiseaux et les rongeurs sont des vecteurs de transmission secondaires,
mais non négligeables, de certaines spores fongiques qui fragilisent les graines en digérant leur
paroi, ce qui facilite la pénétration des spores fongiques (Pfohl-Leszkowicz, 2001, Mahanna,
2002, Jouany, 2007).

Le cultivar et l’espèce font partie des nombreux facteurs qui conditionnent le développement des
moisissures et favorisent l’infection des épis et par conséquent la contamination des grains. La
fusariose de l’épi a un impact énorme sur la qualité des semences, et cela entraîne une
détérioration du grain d'amidon, de la paroi cellulaire et des protéines (Parry et al., 1995).
S’ensuit alors une baisse de la germination, et une fragilité de la plantule la rendant plus sensible
aux infections (Bechteletal., 1985) entraînant ainsi l’apparition de la fonte des semis et le piétin

17
fusarien (Wong etal., 1992). Les Fusarium ont une croissance optimale à une température
comprise entre 22 et 37°C. La majorité des moisissures se développent bien dans un milieu
humide (Aw = 0,85), les Fusarium se développent dans un milieu très humide (Aw> 0,9), ce qui
explique leur présence dans les champs et sur les plantes vivantes (Castegnaro et Pfohl-
Leszkowicz, 2002). Les moisissures sont des organismes aérobies ; l’oxygène leur permet
d’effectuer une croissance normale (Tabuc, 2007; Mahanna, 2002). Cependant, la plupart peuvent
se développer même si l’oxygène est limité. Les moisissures se développent normalement à un
pH compris entre 3 et 8. Généralement, une croissance fongique est optimale à un pH compris
entre 5 et 6 (Tabuc, 2007).

3.5 Moyens de lutte

Les moisissures sont par définition des micro-organismes ubiquistes pouvant se développer sur
les aliments. Celles qu’on rencontre le plus souvent font partie de la famille des genres
Aspergillus, Penicillium et Fusarium. Lors du stockage, après ou avant la récolte, lors du
transport ou lors des transformations alimentaires, les céréales sont souvent susceptibles d’être
contaminées par les moisissures. Cela peut se produire au champ, avant la récolte, au cours du
séchage, lors du stockage et après la transformation des graines (Tabuc, 2007).

Selon des études effectuées en Russie durant 4 ans, la contamination des échantillons de blé par
les espèces de Fusarium a été constatée dans 5 à 100 % des échantillons de blé analysés
(Tutelyan, 2004). La même chose s’est produite au Brésil en 1998 : de 98,7 à 100 % des
échantillons de blé analysés contenaient des Fusarium (Ono et al., 1999). L’espèce
F.graminearum arrive en tête de file pour les céréalesd’orge (Vrabcheva et al., 1996) et le maïs
(Parket al., 1996; Molto et al., 1997).

Les seuils de contaminations retenus pour le projet, sont ceux utilisés au Danemark en production
biologique pour déterminer si un lot de grains peut être utilisé comme semence (Nielsen, 2000),
ces seuils sont inferieur à 30% pour le Bipolaris et sont inferieur à 15% pour le Fusarium.

18
3.5.1 Traitements chimiques (fongicides)

Longtempsutilisés, les fongicides sont utiles pour protéger les plantes et les semences contre des
phyto ravageurs entraînant de graves maladies telluriques, comme la fonte des semis et la
pourriture racinaire. La Figure 11représente l’utilisationdes fongicides et leur répartition aux
États-Unis.

Figure 11 Répartition géographique et utilisation des fongicides aux États-Unis

(Gianessi et Reigner, 2002)

Au Canada la superficie d’épandagede fongicide en hectares représente 1 818 436 en 1996, elle
augmente a 2 572 388 en 2001 et de 2 859 798 en 2006 (Statistique Canada, Recensement de
l'agriculture, 2008).

Le traitement des semences avec des fongicides reste l’une des méthodes les plus utilisées en
agriculture pour traiter les semences. Les fongicides permettent d’augmenter le rendement de 11
à 15 % pour les semences de blé et d’orge. Plusieurs d’entre eux sont utilisés par enrobage des
grains pour détruire les spores infectieuses situées sur la semence, mais des fongicides
systémiques sont nécessaires pour atteindre les agents pathogènes qui se logent plus en
profondeur dans le grain (Phyto-info Meknès-Tafilalet, 2011). Le Tableau 4 regroupe quelques
traitements fongicides des semences.

19
Tableau 4Traitement des semences homologué au Canada (profil de la culture de blé d’automne
au Canada 2010 www.agr.gc.ca/cla-profilsdeculture)

Groupe
Statut de
de
Ingrédient actif Classification Mode d'action l'ingrédi Ravageurciblés
résistanc
ent actif
e
Tache septorienne, rouille jaune,taches bronzées
Azoxystrobine Methoxyacrylates C3:respiration 11 H
,rouille des feuilles
Oxathiin-
Carbathiine+thirame carboxamide Pourriture des semences et fonte des
C2:respiration+mult
semis(F.spp et Cochliobolus sativus),Maladie
(traitement de s+dithiocarbamate i-site contacte 7+M3 RE+RE
réprimées: piétin commun(Cochliobolus
semence) et composes activité
sativus)et piétin fusarien
annexes

Chloronitrile Fusariose de l’épi (répression), tache

Activité de contacte
Chlorthanolin M5 RE septorienne des glumes,tache septorienne,taches
(phtalonitrile) sur plusieurs sites
bronzées
G1 : biosynthèse de
Tébuconazole+ Pourriture des semences et fonte des semis
stérol dans des
prothioconazole+ membranes+G1 : (F.spp et Cochliobolus sativus), Pythium spp et
methalaxyl(traitement Triazole+trazole biosynthèse de Aspergillus spp, charbon nu, carie commune
3+3+4 H
de semences +acylalanine stérol dans des Maladie reprimées:piétin
membranes+G1+A1 commun(Cochliobolus sativus) et
)traitement de
: synthèse d'acides
semenceL1397 piétin fusarien, fonte des semis (penicillium spp)
nucléiques
Pourriture des semences et fonte des semis
(F.spp et Cochliobolus sativus) fonte des semis
(F.spp et Cochliobolus sativus),
Tébuconazole+thiram Pourriture des semences par champignon
e G1:biosynthese de
Triazole stérol dans des 3+M3 H saprophyte (penicillium,Aspergilluset
(traitement de membranes alternaria),
semence) Tache septorienne transmise par les
semences,carie commune,charbon nu,pourriture
pythienne
des semences
Rouille des feuilles, rouille des tiges, rouille
G1 : biosynthèse de jaune,
Tébuconazole+trifloxi
Triazole stérol dans des 3+11 H taches bronzées, Oïdium(Blanc),
strobine
membranes Stagonosporose
(moucheture)

Pourriture des semences générale

(Fusarium,pythium,
penicillium et aspergillus), charbon nu, carie
G1 : biosynthèse de commune
Difenoconazole+méta stérol dans des
Triazole+acylalanin , tache septorienne transmise par les semences,
laxyl M (traitement de membranes+A1 : 3+4 H
e
semence) synthèse d'acides
stagonosporose (moucheture)
nucléiques
Maladie réprimées : piétin commun
(Cochliobolus spp)
et piétin fusarien, piétin-échaudage
Fludioxonil(traitement
de semences par E2:signal
Phénylpyrrole 12 H Pourriture des semences et fonte des semis
applicateurs transduction
commerciaux)
Ipconazole(traitement G1 : biosynthèse de Pourriture des semences (, penicillium et
Triazole 3 H
de semences stérol dans des aspergillus),

20
 membranes Pourriture des semences et fonte des semis
(F.spp et
Cochliobolus sativus), charbon nu, carie
commune
Maladie reprimees : pietin
commun(Cochliobolus
sativus) et piétin fusarien
Dithiocarbamate Rouille des feuilles, taches bronzées,
Activité de contacte Stagonosporose (moucheture), carie
Mancozébe et composes M3 H
sur plusieurs sites
annexes commune
Dithiocarbamate
Activité de contacte Pourriture des racines et fonte des semis
Manébe et composes M3 RH
sur plusieurs sites (y compris le Fusarium), carie commune
annexes

L’efficacité de ces traitements fongicides reste néanmoins limitée du fait des débris, de la
précédente céréale (l’inoculum qui reste longtemps sur le sol) et de la résistance de certains
agents pathogènes aux traitements fongicides. Ces traitements laissent des résidus et sont un sujet
de préoccupation pour la santé publique, d’où la nécessité de trouver d’autres méthodes afin
d’éviter l’usage accru de ces traitements chimiques (Harman,1992; Maoet al., 1997). Les
microbes antagonistes comme agents de lutte biologique sont désormais une véritable option des
plus importantes ces dernières années (Daamen et al.,1989).De nombreuses méthodes ont été
développées pour atteindre des niveaux de désinfection efficaces.

3.5.2 Traitements par des produits naturels ou commerciaux

Selon Sholberg et al., (2006), la vapeur d’acide acétique a été testée comme traitement de
semences. En 2006, des travaux préliminaires effectués par Pouleur et son équipe ont révélé que
la vapeur de vinaigre a le potentiel de réduire les populations de Fusarium, plus particulièrement
le F. graminearum présents dans les semences d’orge et de blé. Cette méthode a aussi permis une
régression de l’infection chez l’orge due au charbon vêtu (Ustilago hordei) sans altérer la
germination. Le traitement avec la vapeur de vinaigre à forte concentration pourrait donner une
meilleure répression du B. sorokiniana.D’autres exemples de traitements naturels ou
commerciaux sont présentés au Tableau 5.

21
 Tableau 5 Traitements de semences par des produits naturels ou commerciaux
o
(Recueil Bionovation -volet semences édition 2008 CRAAQ Publication n EVC 022)

Traitement Culture Maladie(pathogène) Auteurs

Plusieurs extraits de plantes Générale Fusarium.sp, Kuhn

Moisissure rose (Microdochium nivale) et al.,2004

Vinaigre Blé Carie (tilletia triticl),Rayure réticulée(pyrenophora Borgen et

sp) Neilsen,
2001

Chaux et poudre de Blé, orge Tache Helminthosporienne et fonte des semis Batura et al.,
basalte,chitosan, extrait de Bipolaris sorokiniana) Fusarium.spp 2004
graine de pamplemousse

Poudre de moutarde, acide Blé, orge, Charbon du seigle (urocystis occulta),Charbon Borgen et
acétique nu(Ustillago spp),Carie(Tilletia spp)Rayure Kristensen,
seigle réticulée(pyrenophora sp)
2000

Vitamines Millet Mycoses (Mildiou), Pushpalatha et

perlé al.,2007

Acide acétique Orge Charbon nu (Ustillago nuda)Rayure Nielsen

réticulée(pyrenophora sp) etal.,2000

3.5.3 Traitements par des moyens physiques

Les traitements physiques sont recours au traitement par la chaleur sèche ou humide (Tableau 6).
L'assainissement thermique est très efficace, ilest utilisé comme anti infectieux. Néanmoins, la
vapeur d’eau chaude est très coûteuse à produire et une forte chaleur peut être préjudiciable au
matériel (Troller, 1993). D’autres études ont démontré que l’utilisation de la chaleur sèche était
efficace pourcontrer le F. graminearum,mais peu efficace pour réduire le B. sorokiniana (Clear
etal.,2002.,Pouleur et al.,2006).

22
 Tableau 6 Exemples de traitements physiques des semences (Recueil Bionovation -
volet semences édition 2008 CRAAQ Publication no EVC 022)

Traitement Culture Maladieciblée (agent pathogène) Auteurs

Thermothérapie (air chaud ou humide) Blé, autre Carie(Tilletia tritici) Forsberg,2004

Vapeur et ultrasons Blé, épeautre Carie(Tilletia tritici) Borgenetal.,2005

Tache Helminthosporienne et fonte

des semis (Bipolaris sorokiniana)
Eau chaude+utilisation de substance
organiques et contrôle biologique Blé,orge Fusarium spp Batura etal.,2004

Tache (Cochliobolus sativus)Rayure

Air chaud (50° - 70° C x14jour) Blé, orge réticulées(pyrenophora spp) Clear etal,2002

Eau chaude(45° - 55° C)+Utilisation de Charbon nu(Ustiligo nuda),Rayure

l'acide acétique Orge réticulée(pyrenophora spp) Nielsen etal.,2000

L’utilisation des méthodes de rayonnement est à bannir en industrie agro-alimentaire en raison

des risques inhérents associés à des matières radioactives(Bellar et al.,1974;Trussell et Umphres,
1978).

3.5.4 Traitements biologiques

Les traitements biologiques ont recours à des micro-organismes pour lutter contre les
maladies.Des exemples sont présentés au Tableau 7

23
 Tableau 7Traitements biologiques des semences (Recueil Bionovation-volet semences édition
o
2008 CRAAQ Publication n EVC 022)

Traitement Culture Maladieciblée (agent pathogène) Auteurs

Tache Helminthosporienne et fonte des semis (Bipolaris

Trichoderma Viride Blé, orge sorokiniana) Fusarium spp Batura et al., 2004

Carie (Tilletia spp) Moisissure rose (Microdochium

nivale) Rayure réticulée (pyrenophora spp) Tache
Pseudomonas Blé, orge, Helminthosporienne et fonte des semis(Bipolaris
chlororaphis avoine, seigle sorokiniana) Widen et Annas, 2004

Aspergillus spp.Curvularia lunata,

Streptomyces spp Maïs DrechsleramaydisFusarium spp. Bressan, 2003

3.6 Traitements oxydatifs (oxygène/ozone)

Le phénomène oxydatif, est une réaction chimique impliquant l’oxygène ou l’ozone. Il se définie
par une oxydation graduelle des membranes cellulaires, dont le résultat final est une perte
d’électrons. Le stress produit est dit « stress oxydatif », ce dernier entraine une perturbation au
niveau des constituants cellulaires et une fuite de leurs contenus, puis une mort cellulaire. Les
formes réactives de l’oxygène«FRO » ou reactive oxygen species « ROS » sont :
. . .
L'anion superoxyde (O2- ), le radical hydroxyle (OH ), le radical peroxyle (ROO ), et le radical

. .
alkoxyle (RO ).Le radical hydroxyle (OH ), reste le plus réactif des trois. D’autre forme ne

produisant pas de radicaux libre, ce sont:l'oxygène singulet (1O2) et le peroxyde d'hydrogène

(H2O2), qui sont aussi oxydant et réactif que le radical hydroxyle (Pasquier, 1995). Le stress
oxydatif induit des dommages tissulaire par l'oxydation des constituants membranaires tel que les
protéines, (Franzini, et al 1993, Sellak, et al 1992) et les lipides. Les protéines se segmentent et
se ligues, par contre pour les lipides, une peroxydation avec formation desliaisons protéines-
lipides, engendre des désordres membranaire au niveau cellulaire.

24
Le ROS est formé à partir de la dégradation de l'O3 dans l'apoplaste, qui est l’espace entourant les
cellules. Selon Lamb et Dixon en 1997, lors d’une attaque des cellules par des agents pathogènes,
une exposition à l'ozone fait augmenter la concentration du ROS dans l’espace apoplastique.

L’accumulation du ROS semble parfois néfasteet mêmedangereuse au niveau cellulaire,

néanmoins son role est aussi bénéfique, exemple : un médiateur des signaux et un messagers
secondaire au niveau de la cellule (Vranová et al., 2002 ; Overmyer et al., 2003).

Trussell et Umphres (1978) indiquent qu’en agroalimentaire des recherches sont entreprises afin
de trouver des agents de désinfection efficaces contre la détérioration des aliments par des agents
de dégradation. Sans danger pour les humains et l'environnement, ces produits doivent être non-
corrosifs pour l’équipement de transformation alimentaire et d’un coût moindre. Pour l’industrie
alimentaire, l’ozone serait préférable au chlore. Toutefois, il est important de connaître les
modalités de son utilisation en industrie, puisque sa manipulation peut être dangereuse. Chez
l’homme, l’intoxication à l'ozone touche principalement la fonction respiratoire. À la phase
aiguë,les symptômes se traduisent par des céphalées, de la toux, des étourdissements, une
sensation de larmoiement et des picotements dans la gorge, un goût et une odeur forte; àl'état
chronique, on a constatédes maux de tête, de la faiblesse, des troubles de la mémoire (Hoof,
1982).
Des recherches ont été menées afin d’améliorer l’efficacité du traitement à l’ozone sur la solution
nutritivede la tomate de serre (Le Quillec, 2002), par l’addition de plusieurs doses de peroxyde
d’hydrogène à l’ozone.Ils ont constatés que l’addition de 4 à 5 ppm de peroxyded’hydrogène à
l'ozone a permis de réduire le nombre de bactéries présentes dans la solution nutritive. La dose
recommandée est d’environ 1,5 ppm de peroxyded’hydrogène pour 9 ppm d'ozone. En effet,
environ 99,4 % de la flore bactérienne totale était détruite avec 10 ppm d'O3 et 1,5 ppm de H2O2.

3.6.1 Définition (ozone)

L'ozone a été découvert pour la première fois en 1781 par Martin von Marum et la molécule a
ensuite été isolée par un chercheur suisse, Schönbein(1839), qui donna le nom en se référant à la
racine grecque « ozein » sentir. L’ozone a d'abord été utilisé en 1907 dans le traitement de l’eau
municipale dela ville de Niceet en 1910 à Saint-Pétersbourg (Kogelschatz, 1988). L'ozone est un
agent oxydant très puissant pour la plupart des formes de matière organique (Runia, 1994). Selon

25
Le Quillec (2002), le pouvoir répresseur de l’ozone sur les micro-organismes dépend de sa
concentration et de la durée d'exposition. Plus sa concentration est élevée, plus le temps
nécessaire pour désinfecter la solution nutritive de la tomate de serre, est court. L’ozone est un
composé chimique composé de trois atomes d’oxygène (O3). L'ozone est produit de façon
artificielle par l'action de décharges électriques à haute tension, qui fractionnent la molécule
d'oxygène en deux, ce qui donne deux atomes d'oxygène. Une collision se produit ensuite entre
l'atome d'oxygène O, et une molécule d'oxygène diatomique O2 crée une molécule d'ozone O3
(Carruthers, 1997). La réaction de la synthèse de l'ozone est la suivante : 3 O2 + énergie <=> 2
O3.

3.6.2 Propriétés chimiques

Selon Zeynep et al., (2003), l'ozone est un gaz de couleur bleu pâle lorsque la
températureambiante est de 25ºC. Il devient à l'état liquide et de couleur bleu foncé à une
température de-111,9ºC, solide et de couleur pourpre à-192,5 ºC. SelonTakeuchi (2005), à la
température et à une pression ambiante, c'est un gaz incolore. Il est constitué de trois atomes
d'oxygène qui sont disposés selon un angle fermé d'environ 116,49 0et d’une longueur de liaison
de 1,278 Å. Un atome central d'oxygène est attaché à distance égale avec les deux autresatomes
oxygène (Oehlschlaeger, 1978).

Contrairement à l’O2 qui est inodore, l’O3 se distingue par son odeur caractéristique (Takeuchi,
2005), semblable à l'eau de Javel. Cette odeur s’accentue dans les endroits confinés où on
trouveun important champ électrique par exemple un transformateur a haute tension.

La température modifie la solubilité de l’ozone, puisqu'une augmentation de la température

diminue sa solubilité dans l’eau mais augmente sa vitesse de réaction et de propagation dans l'eau
(Carruthers, 1997). Par contre, une hyperthermie augmenterait la vitesse de décomposition de
l'ozone. Dans l’eau et à0-30 ºC,l’ozone est 13 fois plus soluble que l'oxygèneetcela augmente si
l’eau est froide(Rice,1986).L’ozonesedécomposeplus rapidement lorsque l’eau est chaude(Rice et
al., 1981).

Le Tableau 8 indique la relation entre la température et la solubilité de l’ozone dans l'eau.

L'ozone dans l'eau pure se dégrade plus rapidement en oxygène et même plus rapidement dans les

26
solutions impures, selon Hill et Rice (1982).L’ozonea une plus longue demi-vie à l'état gazeux
que dans une solution aqueuse (Rice,1986).

Tableau 8 Relation entre la température et la solubilité d'ozonedans l'eau

(Rice et al., 1981)

Température (C0) Solubilité (litre ozone/litre d'eau)

0 0, 640

15 0, 456

27 0, 270

40 0, 112

60 0, 000

3.6.3 Mode d'action

Selon Victorin, (1992), l'ozone détruit les micro-organismes par l'oxydation progressive des
composants cellulaires vitaux. La surface cellulaire des bactéries est la principale cible de
l'ozonation. Deux mécanismes principaux ont été identifiés. Le premier indique que l'ozone
oxyde les groupes d’enzymes sulfhydriles et des acides aminés, des peptides et des protéines en
peptides de courte chaîne. Le deuxième indique que l'ozone oxyde les acides gras polyinsaturés
en peroxydes. L’ozone entraîne la dégradation des lipides insaturés des enveloppes cellulaires,
altérant l’intégrité de la membrane cellulaire et la fuite ultérieure du contenu cellulaire. Les
doubles liaisons des lipides insaturés sont particulièrement sensibles à l’action de l'ozone. Des
études menées par Karaca et Velioglu (2007) afin d’examiner l'efficacité de l'ozone dans la lutte
contre de multiples micro-organismes (bactéries, virus, algues et champignons) ont démontré que
l'ozone pouvait détruire ces organismes par oxydation progressive des composants cellulaires. De
plus l'ozone provoquerait une oxydation généralisée des protéines cellulaires internes, causant la
mort cellulaire fugace. D'autres chercheurs ont permis d’étudier l'effet de l'ozone sur la
Salmonella typhimurium. Ils ont conclu, après plusieurs essais, que l'ozone pouvait avoir des

27
effets mutagènes, entraînant ainsi des lésions cellulaires et l’inactivation (Dillon et al., 1992). Son
action sur les bactéries Gram négatives, en particulier sur les couches de lipoprotéines et de
lipopolysaccharides qui sont les premiers sites de destruction, entraîne une hyperperméabilité
cellulaire et la lyse cellulaire immédiate (Kimet al.,1999). L’ozone provoque l’oxydation interne
des protéines cellulaires induisant ainsi une mort cellulaire immédiate et rapide. La lyse cellulaire
se fait aussi à la suite d’une destruction accrue par dénaturation des acides nucléiques. Ainsi, la
thymine est plus sensible à l'ozone que la cytosine ou l'uracile (Muddet al.,1969;Hinze et
al.,1987;Takamotoet al.,1992; Kim etal.,1999). Selon Kim et al., 1999, l’ozone détruit également
l'ARN viral et modifie les chaînes polypeptidiques de la protéine virale. Le type de micro-
organismes, l’âge de la culture, la densité de la population à traiter, les méthodes de
quantification sont autant de paramètres qu'on doit étudier afin d'évaluer la sensibilité des micro-
organismes et l'efficacité antimicrobienne de l'ozone (Guzel-Seydimet al., 2004). Cette action
oxydative de l’ozone ainsi que sa formation sont bien expliquées dans la figure 12. Khadre et
Yousef (2001), qui ont comparé les effets de l'ozone et du peroxyde d'hydrogène sur les spores de
Bacillus spp, ont conclu que l'ozone est plus efficace que le peroxyde d'hydrogène. Pour de
nombreux micro-organismes pathogènes, un temps minimum et une concentration adéquate en
ozone seraient utiles afin d’obtenir l'inactivation désirée (Gujer et Von Gunten; 2003,Karaca et
Velioglu, 2007;Cullen et al, 2009).

Figure 12. Formation de l’ozone (www.topchem.de/images/Effet de l’ozone.gif)

28
Au niveau cellulaire, la Figure 13 nous montre l’action oxydative de l’ozone suivi d’une lyse et
une mort cellulaire.

Molècule d’O3
Stress OxydatifLyse Cellulaire

Umes.over-blog.comprocessalimentaire.com

Figure 13 Action oxydative de l’ozone

3.6.4 L'utilisation de l’oxygène et de l'ozone

a) Oxygène

L'oxygène fut découvert par ScheeleC. W en 1973 et Priestley, J en 1774. Lavoisier, A. L en

1775 donna les principales propriétés de l’oxygène, qui sont la combustion et la respiration. Il a
ainsi affirmé sa présence dans l'air et dans
l’eau(http://www.larousse.fr/encyclopedie/divers/oxyg). L’oxygène est une molécule diatomique
« O2 », avec une température de fusion de − 218,4 °C et une température d'ébullition de
− 182,96 °C. Lavoisier qui lui donna le nom oxygène, du nom grec « oxys » et « genes » qui
signifie un produit acide. L’oxygène est un élément utile pour la plus part des espèces, son rôle
est la production d’énergie et la respiration. L’O2 est un gaz incolore, inodore et sans saveur,
liquéfié il est de couleur bleu pâle. Cette molécule serait utilisée pour la régulation du
métabolisme et de la croissance (Wimpenny, J.W.T., 1969). Certaines espèces vivantes tolèrent

29
l’oxygène et d’autres espèces, l’oxygène leur serait toxique, c’est le cas des bactéries (Gottlieb,
S.F., 1971). D’autres recherches très bien documentées sur l’effet hyperbarique de l’oxygène et
son rôle toxique du point de vue biochimique et physiologique, ont été rapportés par Gottlieb,
S.F., en 1965 et Haugaard, N., en 1968. De part son action antimicrobienne, l’oxygène par sa
présence ou son absence dans le milieu, exercerait des rôles variables sur les micro-organismes.
Selon qu’ils tolèrent ou non l’oxygène, ces micro-organismes sont dits aéro-tolérantes ou aéro-
sencibles. Les bactéries anaérobies, ne peuvent utiliser l’oxygène comme agent oxydant dont il
accepterait des électrons, mais en plus avec de l’oxygène en circulation cela peut arrêter leur
croissance et peut même être nocif. Les bactéries anaérobes aéro-tolérantes, sont divisées en deux
groupes : les bactéries anaérobies strictes, qui avec une concentration d’oxygène > 0,5 % pendant
60 minutes, arrêtent leur croissance. Puis viennent les bactéries anaérobies modérées, avec une
concentration de 3 % d’oxygène pendant 80 minutes, peuvent survivre et se développer (Loeshe,
1969).

Selon Violleau et al., 2007, on déduit que l’oxygène pur ou oxygène mélangé a 20g/m3 d ’ozone
pendant 6 et 20 minutes, améliore la germination des semences de maïs.

Selon Gutterman et al., 1992, il existe une relation entre la lumière et la concentration en oxygène
du milieu sur la germination des graines d'Amaranthus caudatus L. Dans l’obscurité avec une
concentration en oxygène atmosphérique< 15 %, a 25° C, pendant 40 h, il ya eu germination sur
presque la totalité des graines. À toutes les concentrations d’oxygène testées, la présence de la
lumière blanche en continu (13 W m-2), entrainerait une inhibition de la germination. Toutefois,
la germination est plus lente avec 50 % et 75 % d'oxygène pur.

L’oxygène est utilisé aussi pour rehausser la couleur des produits frais dans une atmosphère
contrôlée pour les fruits et légumes. Il a été constaté, que l’usage d’une faible quantité d’O2 ou au
contraire une haute quantité de CO2, serait utile pour maintenir la stabilité des couleurs des fruits
et légumes.

Des tomates ont été exposées à 20 atmosphères de gaz différents, comprenant en outre des
niveaux d’O2 de 5-20 KPa et 0-20 KPa de CO2, les changements de couleur avec l'O2 ont eu un
plus grand effet qu’avec l’action du CO2 (Yang et Chinnan, 1987).

30
b) Ozone

Comme il a été cité précédemment par plusieurs auteurs,l’ozone est utilisépour la désinfection de
l'eau potable. D'autres utilisations commercialessont aussi été signalées, comme le traitement des
piscines et des eaux usées.Il y’a de nombreux domaines d'application de l’ozone dans l'industrie,
telle que l'hygiène des surfaces alimentaires et l’assainissement du matériel. Le traitement
desfruitsetlégumesà l'ozonepour augmenter leur durée de conservation a aussi été étudiée. Parce
que l'ozonene laisse aucun résidu étant donné sa décompositionrapide, il est grandement apprécié
en industrie alimentaire (Zeynep et al., 2003).L'utilisation de l'ozone en hygiène a aussi été
décrite par Sheldonet Brown en 1986 pour la désinfection des carcasses de volailles.Selon le
Code of Federal Regulations(USDA, 1997), on doit obtenirune réduction d’au moins 60 % du
total des micro-organismes tels que les coliformes, l’E.coli et la Salmonella spp par suite de
l’action de l’ozone. Waldroup et al., (1993)ont étudié l’usage de l’ozone pour le recyclage de
l'eau de refroidissement de la volaille et ils ont déterminé qu'il n'y avait pas d’E.coli ou de
coliforme viable. Sheldon et Brown., (1986) ont appliqué l’ozone directement sur les carcasses de
volaille et cela a permit de détruire plus de deux unités de log de micro-organismes présents sur
l'ensemble de la carcasse. Leurs conclusions concernant les qualités organoleptiques de la
carcasse étaient très probantes : aucune différence significative sur l'oxydation des lipides, pas de
changement de couleur ou de saveur.Selon Norton et al.,(1968) , Rice et al., (1982), le traitement
à l’ozone est d’une grande utilité pour accroître la durée de vie des fruits et légumes. La durée de
conservation des pommes et des oranges estprolongée par l'action d'oxydation attribuée à
l'ozone.Les recherches menées par Beuchat,(1992), ont permis de conclure que la contamination
fongique des mûres et des raisins a été diminuée par ozonation.L’ozonea été utilisé
expérimentalement comme un substitut àl’oxyded'éthylènepour la décontamination des grains de
poivre noir afin de réduire le nombre de micro-organismes, sans pour autant entraîner une
oxydation des huiles volatiles des grains du poivre noir. En industrie, cette méthode a été
recommandée pour le traitement des épices (Zhao et Cranston, 1995).L’ozonea été utilisé
expérimentalement à fortesconcentrations pourmaîtriser lesmoisissuresprésentes sur les surfaces
du fromage cheddar (Gibsonet al.,1960).En 1999 Gibson et son équipe, ont proposé l'utilisation
de l'eau ozonée comme désinfectant pour l’industrie laitière. Il a été constaté que l'ozone a été
aussi efficace que la chloration puisque les deux traitements réduisent de 99 %la population
bactérienne (Dosti, 1998). Selon Guzel-Seydim, (1996), l’ozone est un agent de nettoyage

31
prometteur pour l’industrie agroalimentaire et laitière en particulier. L’ozonation diminue de
15 % les déchets des produits laitiers , l’ozone pré-oxyde la matière organique, ce qui facilite la
biodégradation (Guzel-Seydim,1996). Une destruction des microconidies et macroconidies de
Corynebacterium et de Fusarium a été rapportée par Vanachter et al. en 1988.

3.6.5 Avantages et inconvénientsdes traitements oxydatifs

L’air contient environ 20,9% d’oxygène, 79 % d’azote et 0,033 % de gaz carbonique. Les plantes
et toutes les espècesaérobiques, ont besoin d'oxygène pour leur survie et leur croissance, et un
manque en oxygène induit un disfonctionnement (Bhattarai et al., 2005).L’hypoxie est une
privation en oxygène, elle se produit lorsque la pression partielle en oxygène est < 0,16 bar.
L’oxygène est utilisé comme un moyen de désinfection des eaux usées, d’eau de piscine et d’eau
de boisson. Utilisé en aquaculture afin de favoriser la vie et la croissance des poissons. En santé
humaine, l’oxygène est souvent utilisé en réanimation et en oxygénothérapie pour traiterles
troubles respiratoires. En industrie pharmaceutique, il rentre dans la composition de certains
antiseptiques comme l’eau oxygéné. Le traitement d’oxygène hyperbarique, est homogènepour sa
réponse de réaction, car le flux d’air sur la surface à traiter est sans influence par apport a la
forme ou a la taille (Goyette etal.,2007). Par sa présence l’oxygène peut êtrelimitatif comme pour
les bactéries anaérobies, mais aussi peut avoir un effet oxydative entrainant la formation des
radicaux libres dans les cellules.

Une privation en oxygène dans le sol entrainerait des modifications comportementales des micro-
organismes, ainsi que des changements dans les propriétés du sol (Tavaria et Zuberer, 1998).

L'injection de 20-30 µg /mld'O2 dans l'eau d'irrigation de la culture de tomate de serre, favorise la
pousse et la croissance des plantes, entraine une rapide floraison et améliorele rendement des
fruits d’environ 21%. Elle a pour effet aussi d’augmenter le calibre moyen des fruits de la
tomateet leur photosynthèse (Bhattarai et al. 2004 ; Papadopoulos et al., 2008 ). Une hyper
saturation en oxygène de la solution nutritive de la tomate et du concombre cultivés hors-sol, peut
avoir un effet positif sur le rendement de la la tomate et du concombre (Papadopoulos et al.,
2008).Bien au contraire une faible concentration en oxygène (0,4-0,7 µg /mld'02) de la solution
nutritive de la tomate de serre serait dommageable pour les racines et va créer une infestation du
Pythium F spp de façonsecondaire (Chérif et al., 1997).Selon Zheng et al., 2007, l’addition de
20-40 µg /mld'02pour quatre semaines, aux racines de la tomate fixées sur de la laine minérale va

32
augmenter de prés de 10% la hauteur des plantes de tomate et cette accroissement est
proportionel avec la concentration en oxygène.

Comme pour l’oxygène l’ozone est un excellent oxydant et un puissant désinfectant. L’absence
de rémanence et son caractère propre le distingue a d’autres oxydants habituellement utilisés en
industrie comme le chlore par exemple. Très utilisé en blanchisserie dans les pays anglo-saxons,
il est utile pour le lavage du linge blanc. En agroalimentaire, il est utile pour l’ozonation des
chambres froides, le nettoyage à l’eau ozonée des produits alimentaires et comme moyen simple
pour détruire les bio films dans les conduits. L’ozone est employé comme blanchissant en
papeterie ; il remplace le chlore.

L’ozone présente plusieurs avantages par rapport à d’autres produits désinfectants comme le
chlore, dont l’action sur les micro-organismes présents dans l'eau est un peu limitée. Lorsqu’il est
utilisé pour le traitement des eaux potables, l’ozone a l’avantage de ne pas produire de sous-
produits dangereux et d’apporter de l'oxygène à la solution traitée, contrairement aux autres
produits chimiques qui laissent des substances organochlorés au potentiel cancérigène. Les
consommateurs d’eau potable apprécient son absence du mauvais goût. Selon Takeuchi, 2005, sa
nature propre laissant l'oxygène seulement après le traitement et son fort pouvoir oxydant sont
l’un des points forts de l'ozonation qui ne produit pas de sous-produits dangereux (Tableau 9).
Pour éviter toutrisque d'intoxication, un bon système de détection d'ozone est nécessaire. Parfois,
l’ozone est plus performant en combinant l’ozonisation à un traitement UVà haute dose
d’irradiation, ce qui améliore son efficacité, ce systèmeest appelé « procédé d’oxydation
avancé ». En alimentation humaine et animale, l’ozone est très apprécié puisqu’il ne produit pas
d’altération à la suite d’un traitement de chauffage de l’aliment et par conséquent, cela n’a aucune
influence négative sur la qualité sensorielle du produit fini (Cullen et al., 2009). L'ozone est un
fort oxydant qui agit sur les composés insaturés, et il est reconnu comme un mécanisme d'attaque
électrophile qui lui confère son action bactéricide et son mécanisme de dégradation des
mycotoxines (Otnielet Venâncio,2010). Selon Le Quillec, (2002), un des inconvénients d’une
désinfection par l’ozone est l’oxydation du fer de 5 à 30 %, et du manganèse de 10 à 15 %.
Finalement, un passage de la solution non traitée dans un filtre au sable serait conseillé afin de
retenir les résidus organiques et ainsi concentrer l'effet oxydant de l'ozone sur les micro-
organismes et d'en augmenter l’efficacité. Selon Takeuchi (2005), il faudrait connaître le dosage
d'ozone et les niveaux résiduels nécessaires dans tous ces processus.

33
 Tableau 9 Agents oxydants et leur potentiel d’oxydation
(Manley et Niegowski, 1967)
Agent oxydant Potentiel d’oxydation

Fluor 3,06

Ozone 2,07

Permanganate 1,67

Dioxyde de chlore 1,50

Acide hypochloreux 1,49

Oxygène 0,40

3.6.6 Effet des traitements oxydatifs sur les micro-organismes

a) Effet de l’ozone sur les micro-organismes

Plusieurs études ont porté sur la capacité del'ozone à réduire et même à tuer les microbes.
L’ozone peut interagir sur plusieurs micro-organismes, y compris les bactéries Gram positives et
celles Gram négatives, ainsi que sur les sporesetles cellules végétatives (Fetner et Ingols, 1956;
Foegeding,1985; Ishizaki et al., 1986; Restaino et al.,1995).

Restainoet al., (1995) ont prouvé que l’ozone avait un rôle bactéricide sur les bactéries Gram
positives comme les Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus,
Enterococcus faecalis ainsi que sur les bactéries Gram négatives comme les Pseudomonas,
aeruginosa et Yersinia enterocolitica. Restaino et al., (1995) ont déterminé que l’ozone détruisait
les levures Candida albicans et Zygosaccharomyces bacilles et les spores d'Aspergillus niger. Il a
été démontré que la puissante capacité d'oxydation de l'ozone permettait aussi de détruire une
grande variété de virus, y comprisle virus de l’Encéphalomyélite équine vénézuélienne, l'hépatite
A, la grippeA, le virus de la stomatite vésiculeuse, levirus de la rhino trachéite infectieuse bovine
(Burlesonet al., 1975;Kimet al., 1980; Bolton et al., 1982; Royet al., 1982; Akey et Walton,
1985; Herbold et al., 1989; Botzenhart et al., 1993; Hall et Sobsey, 1993; Helmer et Finch, 1993;

34
Tyrrell et al., 1995).Peeters et al., 1989, ont déduit que les oocystes, les protozoaires
Cryptosporidium parvum ont été sensibles aux effets bactéricides de l’ozone.

Des traitements oxydatifs utilisant l’oxygène pur ou l’ozone ont permis d’améliorer la
germination des semences de maïs (Golota et al., 2004; Violleau et al., 2007). Mason et al., 1997,
ont noté une destruction des champignons et une inhibition de la production de mycotoxines de
certains champignons tels que l’Aspergillus flavius et le Fusarium moniliforme, ainsi qu’une
dégradation des mycotoxines présentes en surface des graines de maïs avec l'utilisation de
l’ozone. En 1988, Vanachter et al,ont démontré que l'ozone pouvait détruire les microconidies et
macroconidies de Corynebacterium et de Fusarium,mais que son efficacité dans une solution
nutritive était diminuée en raison de son interférence avec les chélates de fer. D’autres
expériences in vitro menées par Yamamoto et al.,1990, ont permis d’expliquerle rôle important
de l'ozone pour atténuer les populations bactériennes de Corynebacterium, de Pseudomonas et
d’Erwiniaet des populations fongiques de Fusarium. Il faut environs 60 à 120 min pour réduire
cette population de 5000 à 1 CFU (Colony-forming units), mais les doses d'ozone n'étaient
toutefois pas mentionnées. Selon une étude de Runia réalisée in vitro en 1988, il a été démontré
que le temps nécessaire pour la destruction de Fusarium et de Verticillium est de 20 min. Selon
Runia, (1994), l'ozone élimine totalement le virus de la mosaïque marbrée du concombre après
une exposition de 75 min et un potentiel redox de 673 mv, et l h suffit pour détruire le virus de la
mosaïque de la tomate avec 20 g d'03/h.

Dans une étude menée par Runia, (1994), il est indiqué qu’une ozonation à 20 ppm a été létale
pour 99,97 % des bactéries. Le Quillec, 2002, a utilisé une dose de 10 ppm d'ozone, ce qui a
entraîné une destruction de la flore bactérienne totale de 99,4 à 99,9 %.

Selon Pascual et al. (2007), le spectre d'action de l'ozone sur différents micro-organismes est
variable. Les bactéries y sont plus sensibles que les levures et les champignons. Les bactéries
Gram positives sont plus sensibles à l'ozone que les Gram négatives, et les spores sont plus
résistants que les cellules végétatives. Quelques bactéries développent une résistance naturelle
aux désinfectants comme le chlore; c’est le cas des spores bactériennes, du Cryptosporidium
(Holah, 2003) et du Listeria monocytogenes (Lemaître et al.,1998). Contrairement au chlore,
l’ozone exerce une action de destruction par lyse cellulaire, ce qui rend impossiblela résistance
des micro-organismes.

35
 Le Tableau 10 représente l’effet dose de l’ozone sur quelques champignons microscopiques.

Tableau 10 Potentiel d'action antifongique et inactivation mycotoxinogènes par l'utilisation de

l'ozone dans différentes denrées alimentaires (Otniel et Venâncio, 2010)

Champignon O3concentration/application Matrice EffetO3 Référence

Aspergillus terreus 0,0002-0,002g/m3de gaz Matières Augmentation de la germination avec des Hibben et
et autres O3pour 6 heures cultivés petites concentrations Stotzky.,1969

Aspergillus Matières Champignons filamenteux moins sensibles Dyas et

0,6-1,9g/m3de gaz O3 continue
Fumigatus cultivés que les bactéries al.,1983
Perez et
Microflore total O3gaz Fraise Réduction du compte des champignons
al.,1999

Aspergillus 0,1 g/m3de gaz O3 Réduction de 63 % du total des Kells

Maïs
parasiticus (Fumigation occasionnelle) champignons après 3j etal.,2001

Penicillium Augmentation de la croissance du P.

Orange et Pallou et
digitatum et 0,1-2g/m3de gaz O3 a 4,5-10C0 italicum et diminution duP. digitatum et
citron al.,2001
Penicillium italicum diminution de la sporulation pour les deux

Sarra et
Réduction du compte des champignons al.,2003.,
Penicillium spp O3gazeux a différents niveaux Fromage pour la surface du fromage et la salle de Pinto etal.,
murissement 2007.,Lanita
et Silva.,2008
Réduction de la germination et de la Allen
Microflore totale O3 gazeux Orge
croissance des mycéliums etal.,2003
0,01-0,02 g/m3de gaz O3 pour Figues Oztekin
Microflore totale Réduction du compte des champignons
3à4h séchées etal.,2006
Micromycetes
Réduction du compte des champignons Ralla
(Fusarium,Penicilliu 1,4 g/m3de gaz O3 Blé
96.9 % et de la sporulation etal.,2006
m,Aspergillus)

Réduction de la germination des spores,

Champignon de la 0,33mg d'O3/g blé/minde gaz Wu et al.,
Blé changement de couleur et de forme des
semence de blé O3 pour 5 min 2006
colonies et formation d'un mycélium stérile

Vijayanandraj
Aspergillus niger O3 gazeux Oignon Réduction du compte des champignons
et al.,2006
Fusarium,
Alternaria, Blé,Orge,
3,85 g/m3de gaz O3 pour 1.,1,5 Inactivation des champignons après 15 mn, Ciccarese et
Penicillium et semence
et 3 min O3 aqueux plus efficace que l'O3 gazeux al.,2007
especes pois
d'Aspergillus
13,8 g/m3de gaz O3 et 1,7
Figues Zortugenc
Microflore totale g/m3de O3 aqueux pour 7,5., 15
séchées etal,2008
et 30 min

36
b) Effet de l’oxygène sur les micro-organismes

Selon Van de Velde et Hendrickx en 2001, Un mélange de gaz de 10 kPa d’O2 et 10 kPa de CO2,
améliore la qualité et évite les changements de couleur chez les endives. Selon Fleurat-Lessard et
Le Torc’h en 1991, qui ont testé l’effet insecticide du mélange CO2 a 50% avec 4-20%
d’oxygène, sur les charançons des céréales pour les espèces Sitophilus oryzae et
Sitophilusgranarius (stade larvaire). Les résultats obtenus dénombrentune grande mortalité en un
temps réduit chez S.oryzae et sont significatives lorsque la pression partielle d'oxygène est haute,
mais non significatives pour S. granarius.

L’oxygène hyperbare, améliore la qualitébactériologique et de ce fait préserve certains aliments

du pourrissementprématuré, il a été appliqué chez la tomate (Goyette et al., 2012), sur la cerise et
le raisin comme décrit Ramanazzi et al en 2008, ainsi que sur les laitues ( Liplap et al., 2013).
Selon Ramanazzi et al en 2008, un traitement hyperbare de 150 kPa, appliqué pendant 4h sur des
cerises sucrées, réduits de façon considérable Alternaria sp, Rizopus sp et Cladosporium sp. Le
même traitement pendant 24h appliqué sur des grappes de raisins inoculés par Botrytis cinerea,
induit une diminution de la sévérité des lésions sur les grappes de raisins.

37
38
 Chapitre II

Hypothèses et objectifs

39
L’hypothèse de départ énonce, que des traitements oxydatifs (oxygène pur / ozone) employés sur
les semences de blé et d’orge permettent de réduire les agents pathogènes, comme le F.
graminearum et le B. sorokiniana, présents dans ces semences.

La deuxième hypothèse est que des traitements oxydatifs (oxygène pur / ozone) permettent de
garantir une viabilité des semences sans nuire a leur germination.

Afin de répondre à nos hypothèses, différentes expérimentations ont été mises en place. Elles
avaient comme objectifs de :

 Déterminer la concentration en oxygène et en ozone la plus efficace pour

éliminer le F. graminearum et le B. sorokiniana des semences d’orge et de blé.

 Déterminer un temps d’exposition optimal permettant de réduire la

contamination sans nuire à l’embryon.

 Comparer les traitements à l’ozone et à l’oxygène pur les plus prometteurs pour
maîtriser les deux agents pathogènes.

40
 Chapitre III

Matériel et méthodes

41
 Traitement à l’oxygène et à l'ozone

3.1 Matériel

3.1.1 Équipement
L’équipementque nous avons utilisé est une bouteille à oxygène de 240L, munie d’un régulateur
à oxygène, afin de moduler le débit d’oxygène, un tube à oxygène de 3 m, reliant le régulateur à
oxygène au générateur d’ozone OL80A/DLS-5.Ce dernier avait pour rôle de transformer
l'oxygène en ozone. Des valves ont été disposées de façon judicieuse sur le dispositif afin de
mieux moduler le traitement avec de l’oxygène pur, de l’ozone pur ou avec un traitement
combiné des deux gaz. Il y avait aussi une trappe de 30 ml afin d’éviter tout retour accidentel
d’ozone vers le générateur d’ozone. Un tube en téflon de 3 m transportait l’ozone gazeux du
générateur à ozone, et une colonneen plexiglas remplie d’eau distillée était reliée en amont à la
trappe. Cette colonne était dotée d’une entrée à sa base pour laisser diffuserle gaz oxydant
humidifié (ozone, oxygène) dans le but de ramener un peu d’humidité aux graines traitées.Cette
colonne d’humidificationavait été reliée en aval à une colonne en plexiglas oùse trouvaient les
échantillons de semences de céréale à traiter, placées en lit fixe et ayant servide réacteur de
traitement. À sa base, l’entrée était munie d’une valve pour laisser diffuser le gaz oxydant,
l’oxygène pur et l’ozone en même temps ou l’oxygène seul et l’ozone seul. Les semences de
céréales sélectionnées pour l’étude ont été conservées au frais à 4ºC. Lors du traitement, elles
étaient disposées sur une grille afin de laisserdiffuser le gaz sur toute la surface des graines.Au
sommet de la chambre à traitement, se trouvait un couvercle vissé, sur lequel un tube était reliéau
destructeur d’ozone.À la sortie de la chambre de traitement, on retrouvait un analyseur d’ozone
OLA/DLS qui permettait de mesurer la quantité d’ozone utilisée durant le traitement et d’afficher
les valeurs produites par le générateur d’ozone et la portion prise par les semences (Figure 14). À
des fins strictement sécuritaires, nous avons disposé des destructeurs d’ozone de 33cm, installés à
la sortie du système afin d’éliminer l’ozone résiduel.

42
 Figure 14 Schéma simplifié du procédé d’ozonolyse (OzoneLab™
Instruments,http://www.ozoneservices.com)

3.1.2 La semence

Les lots de blé et d’orge qui ont servi à mettre au point les traitements oxydatifs devaient avoir un
pourcentage de germination ≥ 85 %, soit le seuil minimal pour une semence certifiée n01 au
Canada. Les lots qui ont servi à faire nos tests préliminaires pour le blé et l’orge sont :

Pour le blé : Lot 6 cv McKenzi, lot 60 cv McKenzi, lot 55 cv Orléans, lot 56 cv Torka, lot 47 cv
Ac Barrie, lot 50 cv Brio et le lot (2-50) 28 cv Torka.

Pour l’orge: Lot E-0095 cv Newdale Cert, Lot E-0094 cv Newdale Cert, Lot E-0093 cv Newdale
Cert, Lot E-0092 cv Newdale Cert, Lot E-0067 cv Newdale Cert, Lot E-0064 cv Newdale Cert,

Lot E-0016 cv Newdale Cert, lot (1-12) cv Ac Barrie et le lot (1-14) cvOrléan.

43
Le lot de blé choisi pour l’expérience visant à comparer les traitements à l’oxygène et à l’ozone
était un lot de blé 55, cultivar Orléans, récolté en 2007, avec un pourcentage de contamination du
B. sorokiniana de 52%, un taux de germination de 100% et un taux de contamination par
F.graminearum 4%.

Le lot d’orge choisi pour l’expérience, c’est le lot E-0067, cultivar Newdale cert, récolté en 2010
avec un pourcentage de contamination du B. sorokiniana de 96%, un taux de germination de 92%
et un taux de contamination par F.graminearum 4%.

3.2 Méthode de traitement à l’ozone et à l’oxygène

3.2.1 Recommandation et mise en marche

La méthode retenue pour le traitement de semences de céréale à l’aide de l’ozone et de l’oxygène
pur consistait en un générateur à ozone (ozoniseur), une colonne d’humidification, une chambre à
traitement et un analyseur d’ozone. L’échantillon de 65 g de semences a été versé en totalité dans
la chambre à traitement, dont nous avons refermé hermétiquement le couvercle. Nous avons
ensuite ouvert la bombonne d’oxygène, dont le débit devait toujours afficher zéro, allumé
l’ozoniseur en position zéro, et modulé, selon les besoins de l’expérience, le débit sur la valeur
voulue. Pour finir les essais, il a d’abord fallu fermer la bonbonne d’oxygène, puis purger toutle
circuit avec de l’azote gazeux afin de le débarrasser de tous les résidus d’ozone. Ensuite, nous
nous sommes assurés que le chiffre zéro était inscrit sur l’analyseur avant d’éteindre l’ozoniseur.
Nous avons ensuite fermé la purge d’azote gazeux et ouvert les destructeurs d’ozone de part et
d’autre de l’application. Nous avons alors ouvert la chambre à traitement toujours sous la hotte de
la façon la plus sécuritaire possible, pour récupérer les grains traités. Finalement, nous avons
débranché tous les périphériques (Figure 15).

44
 Sortie O3 Sortie O3
dans l’application dans l’humidificateur Entrée O3
dans l’humidificateur

Générateur :
Entrée O3 Teneur en oxygène
Analyseur : dans l’application transformée en O3
O3 produit ou résiduel (% massique)
(ppm ou mg/L)

Figure 15 Procédé expérimental du traitement à l’ozone / oxygène

3.2.2 Investigation microbiologique

a) Test de germination (pourcentage de germination)

Une fois traités, les échantillons ont été stockés à 40C dans un contenant en papier d’une capacité
de 250 g. Cinquante grains de blé ou d’orge ont été choisis au hasard et disposés sur un papier
filtre Whatman dans six boîtes de Pétri àraison de huit grains par boîte et de neuf grains par boîte
dans les deux dernières boîtes. On a couvert les grains à moitié avec de l’eau distillée, qu’on
rajoutait au besoin durant l’incubation. Le nombre de grains germés a été noté après 7 à 8 j
d’incubation à l’obscurité et à température ambiante (environ 220C) (Figure 16).

45
 Figure 16 Germination du blé et orge sur papier Whatman

b) Taux de contamination par le B. sorokiniana

Cinquante grains non désinfectés ont été choisis au hasard et déposés sur un milieu sélectif
Benlate (Pouleur, 2010) dans des boîtes de Pétri à raison de cinq grains par boîte ; dix boîtes de
Pétri ont été utilisées pour chaque expérience. Après 7 j d’incubation à l’obscurité et à la
température ambiante d’environ 220C, le nombre de grains infectés par B.sorokiniana a été noté.
Ce champignon forme des colonies vert foncé ou noirâtres.

Figure 17 Développement du B. sorokinianasur milieu Benlate

pour le blé et l’orge

46
 Figure 18 Développement du B.sorokiniana sur le grain d’orge et de blé
(Microscopie binoculaire)

Figure 19 B.sorokiniana x 20 Figure 20 B.sorokiniana x 40

(Bourget, 2011) (Bourget, 2011)

c) Taux de contamination par le F.graminearum

Cinquante grains non désinfecté sont été choisis au hasard et déposés sur milieu PDA, dans des
boîtes de Pétri à raison de cinq grains par boîte ; dix boîtes ont été utilisés pour chaque
expérience. Après 7 j d’incubation à température ambiante de 22 0C et sous fluorescents avec
photopériode de 16h (16 h d’éclairage et 8 h d’obscurité), le nombre de grains infectés par les
Fusarium a été noté. On parle ici de colonies mycéliennes rosées. Les colonies fusarienne sont
ensuite été repiquées sur milieu de coloration FG afin d’identifier les colonies de F.graminearum.

47
 Figure 21 Développement de colonies de Fusarium sur milieu PDA

Figure 22 Repiquage des Fusarium sur milieu FG

(Bourget, 2011)

Figure 23 Préparation sur lame

48
 Figure 24 Macroconidies de F. graminearum x 100

3.2.3 Traitementde la semence sélectionnéeà l’ozone et à l’oxygène pur

3.2.3.1 Études préliminaires

Dans ces études nous avons utilisé de l’ozone et de l’oxygène pur afin d’éliminer le
F.graminearum et le B.sorokiniana sur le blé et l’orge. Pour ce faire, les débits d’oxygène pur
et/ou d’ozone testés étaient pour l’oxygène pur : 0,50 l/min, 0,75 l/min, 1,00 l/min avec différents
temps d’exposition :1 , 2 , 5 , 10 , 15 , 20 ,30 , 40 et 60 min et pour l’ozone: 1 , 4 et 5 ppm avec
quatre temps d’expositions de 5 , 10 ,15 min et 20 min. Sachant que pour atteindre le 1 ppm,
nous avons utiliser un débits d’oxygène 1,50 l/min pendant 15min avec un ozoniseur à « 0 », pour
produire 4 ppm, nous avons utiliser un débits d’oxygène 1,00 l/min pendant 15min avec un
ozoniseur à « 0 » ou à « 10 » et pour produire 5 ppm, nous avons utiliser un débits d’oxygène
1,00 l/min pendant 10 min avec un ozoniseur à « 80 ».

49
3.2.3.2 Étude comparativechez le blé

Pour le blé, les traitements oxydatifs choisis pour l’étude comparative étaient deux traitements à
l’oxygène pur, 1,00 l/min pendant 40 min, et 0,75 l/min pendant 60 min. Les deux traitements à
l’ozone choisis étaient un traitement à 5 ppm (ou mg/l) pendant 10 min, et un traitement à 5 ppm
pendant 15 min. Le traitement témoin sans aucun traitement a aussi été inclus dans l’étude. Ces
traitements ont étais choisis d’après les résultats obtenus des essais préliminaires. Le dispositif
expériemental était un bloc complet aléatoire comprenant quatre blocs. L’unité expérimentale
était constituée de 50 grains et quatre variables ont été mesurées:

-% de germination
-% de grains contaminés par le B. sorokiniana
-% de contamination par les Fusarium totaux
-% de contamination par le F. graminearum

Les résultats ont été soumis à une analyse de la variance (ANOVA) selon la procédure GLM du
pro-logiciel SAS.

Pour l’orge, étant donné sa résistance aux traitements à l’oxygène pur et à l’ozone, des tests
préliminaires aux ultrasons ont été réalisés. La description et les résultats de ces tests
préliminaires sont présentés au chapitre V.

50
 Chapitre IV

Résultats et discussion

51
4.1 Études préliminaires

4.1.1 Tests à l’oxygène pur

 Blé

Nous avons effectué plusieurs tests à l’oxygène pur avec un débit de 0,50 l/min, 0,75 l/min et
1,00 l/min, chez un lot de blé avec plusieurs temps d’exposition allant de 1 à 60 min. Les résultats
obtenus sont regroupés au Tableau 11, Tableau 12 et Tableau 13 respectivement. Nous avons
remarqué que le taux de germination était relativement bon et qu’il se maintenait au seuil requis
d’une semence certifiée. Pour le taux de contamination par le B. sorokiniana, ce taux est passé de
52 % sans aucun traitement pour le témoin à une moyenne de 16 %, 15 % et 17 %
respectivement. La tendance est également à la baisse en ce qui concerne le taux de
contamination par le Fusarium qui était de 14 % pour le témoin de départ et à la baisse, soit de 8
% avec un débit d’oxygène de 0,50 l/min, 0,75 l/min et 11 % en moyenne avec un débit
d’oxygène 1,00 l/min. Pour le F. graminearum,le taux decontaminationétait de 4 % au départ, ce
qui est un taux assez bas mais on constate une baisse comme même 1 % et 2% en moyenne, et
parfois même une absence totale de ce champignon dans les grains.

Tableau 11 Traitement préliminaireà l’oxygène pur 0,50 l/min pour le blé (cv Orléans)

Traitement oxygène Germination (%) B.sorokiniana Fusarium F.gram

(%) (%) (%)

Sans traitement 100 52 14 4

0,5 l/min- 1min 86 16 6 0

0,5 l/min- 2 min 84 16 12 0
0,5 l/min- 5 min 88 20 20 4
0,5l/min-10 min 96 18 8 2
0,5l/min-15 min 88 22 4 0
0,5l/min-20 min 100 14 6 2
0,5 l/min-30 min 84 12 8 0

0,5 l/min-40 min 92 8 2 0

0,5 l/min-60 min 80 22 10 0

52
Tableau 12 Traitement préliminaire à l’oxygène pur 0,75 l/min pour le blé (cv Orléans)

Traitement oxygène Germination B. sorokiniana Fusarium F. gram

(%) (%) (%) (%)

Sans traitement 100 52 14 4

0,75 l/min- 2 min 86 14 6 0

0,75l/min- 5 min 100 24 20 2

0,75l/min- 10 min 92 6 6 0

0,75l/min- 15 min 92 18 8 0

0,75l/min- 20 min 96 14 14 6

0,75 l/min 30 min 86 22 4 0

0,75 l/min-40 min 84 18 0 0

0,75 l/min-60 min 82 4 4 0

Tableau 13 Traitement préliminaireà l’oxygène pur 1,00 l /min pour le blé (cv Orléans)

Traitement oxygène Germination B. sorokiniana Fusarium F.gram

(%) (%) (%) (%)

Sans traitement 100 52 14 4

1 l/min- 2 min 96 12 10 0

1 l/min- 5 min 88 18 14 2

1 l/min- 10 min 92 28 20 4

1 l/min- 15 min 92 20 8 2

1 l/min- 20 min 92 12 12 2

1 l/min- 30 min 86 20 14 2

1 l/min- 40 min 94 12 0 0

1 l/min- 60 min 92 14 6 0

53
  Orge

Nous avons effectué plusieurs tests à l’oxygène pur avec un débit de 0,50 l/min, 0,75 l/min et
1,00 l/min chez un lot d’orge, avec plusieurs temps d’exposition allant de 1 à 60 min. Les
résultats obtenus sont regroupés au Tableaux 14, Tableau 15, Tableau 16 respectivement. Nous
avons constaté que le taux de germination était satisfaisant et il s’était même amélioré dans
certains cas. Pour le taux de contamination par le B. sorokiniana, ce taux est passé de 96 % sans
aucun traitement pour le témoin, à une moyenne de 88 % et de 91 % en moyenne avec un
traitement à l'oxygène 0,75 l/min et 1,00 l/min. En ce qui concerne le taux de contamination par
le Fusarium qui était au départ de10 %, une hausse de 21 % en moyenne avec un traitement à
l'oxygène 0,50 l/min et de 20% en moyenne avec un débit d’oxygène 0,75 l/min et de 18 % en
moyenne avec un débit d’oxygène 1,00 l/min. Pour le F. graminearum qui était au départ de 4 %,
qui est un taux assez bas, mais avec le traitement à l’oxygène d’un débit de 0,50 l/min, en
constate une légère baisse, soit de 3 % en moyenne avec un traitement à l'oxygène 0,50 l/min et
0,75 l/min, parfois même une absence totale de ce champignon dans la semence et avec le
traitement à l’oxygène d’un débit de 1,00 l/min, on constate au contraire une augmentation, soit
une moyenne de 6 %.

Tableau 14 Traitement préliminaireà l’oxygène pur 0,50 l/min pour l’orge (cv Newdale)

Germination B. sorokiniana Fusarium F.gram

Traitement oxygène
(%) (%) (%) (%)

Sans traitement 92 96 10 4

0,5 l/min- 1min 88 98 28 2

0,5 l/min- 2 min 94 92 18 4

0,5 l/min- 5 min 92 92 26 6

0,5 l/min-10 min 90 90 18 4

0,5 l/min-15 min 92 86 20 0

0,5 l/min-20 min 86 74 26 0

0,5 l/min-30 min 96 86 20 6

0,5 l/min-40 min 92 88 14 6

0,5 l/min-60 min 80 90 24 4

54
Tableau 15 Traitement préliminaireà l’oxygène pur 0,75 l/min pour l’orge (cv Newdale)

Traitement oxygène Germination(%) B. sorokiniana(%) Fusarium(%) F.gram(%)

Sans traitement 92 96 10 4

0,75 l/min- 1min 80 98 16 2

0,75 l/min- 2 min 92 96 18 8

0,75 l/min- 5 min 86 86 34 8

0,75 l/min- 10 min 92 88 16 4

0,75 l/min- 15 min 90 92 24 2

0,75 l/min- 20 min 90 94 20 2

0,75 l/min- 30 min 96 94 20 2

0,75 l/min- 40 min 88 88 16 2

0,75 l/min- 60 min 84 88 20 2

0,75 l/min- 40 min 88 88 16 2

0,75 l/min- 60 min 84 88 20 2

55
 Tableau 16 Traitement préliminaireà l’oxygène pur 1,00 l/min pour l’orge (cv Newdale)

Traitement oxygène Germination(%) B. sorokiniana(%) Fusarium(%) F.gram(%)

Sans traitement 92 96 10 4

1 l/min- 1min plus de grain plus de grain plus de grain plus de grain

1 l/min- 2 min plus de grain plus de grain plus de grain plus de grain

1 l/min- 5 min 88 96 20 4

1 l/min- 10 min 92 90 28 20

1 l/min- 15 min 96 94 14 4

1 l/min- 20 min 94 98 26 10

1 l/min- 30 min 96 92 24 2

1 l/min- 40 min 94 88 8 0

1 l/min- 60 min 90 80 8 0

Le traitement oxydatif à l’oxygène pur est très prometteur pour ce qui est de la réduction de
B. sorokiniana puisque la semence est débarrassée de façon non négligeable de ce champignon.
Pour la semence d’orge ce n’est pas aussi concluant que pour la semence de blé et donc ce
traitement ne permet pas une diminution de B. sorokiniana aussi marquée que pour la semence de
blé. À notre connaissance, nos travaux de recherche sur le traitement à l’oxygène pur sur des
semences de blé et d’orge pour réduire la présence de B. Sorokiniana constitueraient une
première.

56
4.1.2 Tests à l’ozone

 Blé

Les résultats des traitements à l’ozone résument tous les essais préliminaires entrepris sur la
semence de blé (cv Orléans) et qui sont regroupé dans le Tableau 17.

Selon Kells et al.en (2001), le nombre de conidies viables Aspergillus.parasiticus sur la surface
du grain de maïs a été réduit de 63 % lorsque le grain de maïs a été exposé à 50 ppm d'ozone
pendant 3 jours. Ces données indiquent que cette fumigation a ciblé une infestation par les
insectes qui semble avoir eu un rôle important dans la réduction des populations de champignons
sur la surface du grain de maïs. L’utilisation de 25 ppm d’ozone pendant 5 jours quand a elle, n'a
pas réduit significativement la viabilité des spores. En revanche, beaucoup d'autres espèces de
champignons ont aussi survécu à 25 ppm d’ozone.

En comparaison avec nos études, on avait utilisé des doses minimes d’ozone de 1, 4 et 5 ppm,
avec un temps d’exposition réduit de 5 à 20 min. On a alors constaté que le taux de germination
était satisfaisant et qu’il n’a pas été affecté par le traitement à l’ozone. Pour le taux de
contamination par le B. sorokiniana, ce taux a diminué de 52 % sans aucun traitement (le
témoin), à un taux de 20 % lors du traitement à l’ozone. En ce qui concerne le taux de
contamination par le Fusarium qui était au départ de 14 %, ce taux c’est vu réduire à 6 % avec un
traitement à l’ozone. Pour le taux de contamination par F. graminearum, qui était un taux assez
bas au départ de 4 %, a été réduit de 0,83 % en moyenne avec le traitement à l’ozone et même
une absence dans certains cas.

Tableau 17 Traitement préliminaire à l’ozone pour le blé (cv Orléans)

Germination B.sorokiniana Fusarium F.gram

Traitement Ozone
(%) (%) (%) (%)

Témoin 100 52 14 4

1 ppm/5 min 96 28 4 0

1 ppm/10 min 72 20 10 0

1 ppm/15 min 92 36 8 0

57
 1 ppm/20 min 88 34 2 0

4 ppm/5 min 88 22 6 2

4 ppm/10 min 100 18 12 6

4 ppm/15 min 76 26 0 0

4 ppm/20 min 80 20 4 2

5 ppm/5 min 92 12 4 0

5 ppm/10 min 92 6 12 0

5 ppm/15 min 84 4 4 0

5 ppm/20 min 88 12 8 0

 Orge

Les résultats des traitements à l’ozone résument tous les essais préliminaires entrepris sur la
semence d’orge (cv Newdale Cert, 2010) sont regroupés dans le Tableau 18. On a alors constaté
que le taux de germination était satisfaisant et même amélioré dans certains cas avec le traitement
à l’ozone de 5ppm/15min. Pour le taux de contamination par le B. sorokiniana, ce taux est passé
de 96% sans aucun traitement pour le témoin à 91 % en moyenne avec un traitement à l’ozone.
En ce qui concerne le taux de contamination par le Fusarium qui était au départ de10 %, il a
augmenté à13% en moyenne avec un traitement à l’ozone. Pour le F. graminearum qui était au
départ de 4 %, un taux assez bas mais, avec le traitement, à l’ozone on note une diminution, soit
une moyenne de 3 %, et même une absence dans certains cas.

Lors de travaux sur la semence d’orge (variété Tremois), Coste et Yvin(1999) ont utilisé une dose
du gaz traitant d'ozone de 0,012 et 0,016 g d’O3 par gramme de semence, avec un temps
d’exposition de 12 à 17min. Ces travaux étaient destinés seulement à améliorer les propriétés
germinatives et/ou la croissance de la semence d’orge et non à tester l’efficacité du traitement
d’ozone sur la contamination de la semence d’orge par le B. sorokiniana et le F.graminearum, ce
qui était le cas dans notre recherche.

Les propriétés bactéricides de l’ozone sont plus souvent documentées que pour ses propriétés
fongicides, comme c’est le cas des travaux d’Akbas et Ozdemir (2006), où l'ozone a été utilisé

58
pour la décontamination d'E.coli et de B. cereus sur les noix de pistaches. Les pistaches ont été
inoculées avec des concentrations connues d’E.coli et de B. cereus. L’échantillon de pistaches a
été exposé à trois concentrations différentes de 0,1, 0,5 et 1,0 ppm d’ozone pour différents temps
d’expositions allant de 0 à 360 min. Les résultats obtenus indiquent que l’ozone était efficace
contre les deux germes et que son action augmentait selon sa concentration et le temps
d'exposition. Avec 1,0 ppm d’ozone, il ya eu une réduction du nombre d’E.coli et du B.cereus
dans les grains de pistaches décortiquées et sur des pistaches moulues.

Les résultats obtenues sur la semence de blé avec 1,0 ppm d’ozone, a permis de réduire le
B. sorokiniana de 29% en moyenne. Bien au contraire, le traitement sur l’orge n’a pas eu le
même résultat que sur la semence de blé, puisqu’on a vu une augmentation de la contamination
par le B. sorokiniana sur la semence d’orge. Du fait de la présence d’enveloppe protectrice sur le
grain d’orge et son absence sur celle du blé, cella pourrait expliqué l’action amoindrie de l’ozone.
Pour palier à cette résistance au traitement d’ozone de la semence d’orge, nous avons testés des
traitements aux ultrasons sur la semence d’orge, afin d’augmenter l’efficacité du traitement à
l’ozone.

Tableau 18 Traitement préliminaireà l’ozone pour l’orge (cv Newdale)

Traitement ozone Germination B.sorokiniana Fusarium F.gram

(%) (%) (%) (%)

Témoin 92 96 10 4

1 ppm/5 min 80 98 14 0

1 ppm/10 min 92 98 14 10

1 ppm/15 min 96 94 22 2

1 ppm/20 min 92 100 34 6

4 ppm/5 min 80 86 4 0

4 ppm/10 min 92 78 12 12

4 ppm/15 min 88 90 8 0

4 ppm/20 min 88 94 6 0

59
 5 ppm/5 min 84 90 10 6

5 ppm/10 min 92 86 6 0

5 ppm/15 min 100 86 8 0

5 ppm/20 min 72 92 30 0

4.2 Étude comparative

Le tableau ci-dessous présente les résultats de l’étude comparative de traitements oxydatifs

appliqués sur la semence de blé.Le choix des deux traitements à l’ozone et des deux traitements à
l’oxygène pur pour cette étude comparative, c’est fait par apport aux résultats obtenu par les
essais préliminaire de chacun des deux traitements ozone /oxygène pur, le résultat au Tableau
19représente, les 4 répetitions obtenues pour chaqu’un des traitements choisis. Cette étude n’a
pas été réalisée chez l’orge du fait de sa résistance aux traitements.

Tableau 19 Traitement comparatif avec l’oxygène pur /ozone et son action sur les micro-
organismes

Germination B. sorokiniana Fusarium totaux F.graminearum

Traitement
(%) (%) (%) (%)

Témoin 86,5 a 17,5 a 4,5 a 2,5 b

5 ppm O3 - 10 min 93,0 a 9,5 a 6,5 a 0,0 a

5 ppm O3 - 15 min 85,0 a 10,0 a 4,5 a 0,0 a

1 L O2/min – 40 min 91,0 a 12,0 a 2,5 a 0,0 a

0,75 L O2/min – 60 min 89,0 a 9,0 a 4,0 a 0,0 a

Pour chaque variable, deux moyennes suivies d’une lettre différente sont significativement distinctes du
seuil de probabilité P=0,05

D’après les résultats obtenus dans le Tableau 19, les traitements oxydatifs n’ont pas affecté la
germination puisqu’aucune différence significative n’a été observée entre ces traitements et le
traitement témoin pour cette variable.

60
On ne note aucune réduction significative du taux de contamination par le B.sorokiniana à la
suite des traitements oxydatifs. Notre témoin de départ lors des traitements préliminaire affichait
un taux de 52 %, alors qu’il présentait lors du traitement comparatif oxygène et ozone une valeur
de 17,5 %. Cette réduction est probablement due à la mortalité du Bipolaris lors du stockage.

Même si cette réduction n’est pas significative en terme statistique, on constate néanmoins une
diminution de ce champignon au laboratoire à la suite de nos traitements oxydatifs.

On ne note aucune réduction significative du taux de contamination par le Fusarium total à la

suite de traitements oxydatifs. Notre témoin de départ lors des traitements comparatifs oxygène et
ozone contenait 4,5 % du Fusarium total, même si lors des tests préliminaires ce taux était plus
élevé et représentait 14 %. On suppose que le temps écoulé entre les essais préliminaires et l’essai
comparatif (quelques mois) aurait suffi à entraîner la mort des Fusarium, et donc leur réduction
lors des tests comparatifs.

En ce qui concerne le taux de contamination par le F. graminearum,l’absence totale du F.

graminearum a été constaté à la suite de chaque traitement et cette réduction est significative.

Ce qui faut savoir, c’est que le lot utilisé ne permettait pas de bien évaluer comparativement les
deux traitements sur la contamination pour chacun des champignons (Bipolaris et fusarium), du
fait de la faible présence de ces champignons sur la semence.

Cela est très encourageant pour les semenciers et les producteurs de semence biologique, et
même novateur en ce qui concerne la qualité microbiologique. C’est l’un des meilleurs choix de
traitements pour une décontamination totale des F. graminearum sur la semence de blé.

61
62
 ChapitreV

Traitement de la semence d'orge aux ultrasons(Sonication)

63
5.1 Introduction

Les ultrasons sont des ondes sonores au dela de la limite de l’audition (Awad et al 2012). Simple
d’utilisation et avec une bonne économie d’énergie. Ses nombreuses utilisations dans l’industrie
agroalimentaire concurrencent l’utilisation de la chaleur qui reste très couteuse (Chandrapala et al
2012). Cette nouvelle technologie est utile lors de la pasteurisation, l’extraction, le séchage et la
congélation des aliments. Les ultrasons sont appliqués sur plusieurs produits alimentaires tel : les
produits céréaliers, les viandes en améliorant leur qualités organoleptiques et surtout
microbiologiques (Awad et al 2012). Sur les céréales, l’application des ultrasons à 35 kHz,
pendant 10 secondes à 200 minutes n’influx ni sur la qualité gustative, ni sur la composition
nutritive (Boistier-Marquis et al 1999). L’action bactéricide des ultrasons, a été très bien
documentée dans plusieurs recherches. Selon Hughes et Nyborg en (1962), expliquent que les
ultrasons provoqueraient une perturbation des composantes cellulaires entrainant la lyse et la
mort cellulaire. Ce phénomène a étais aussi décrit par Raso et al en 1994, qui explique la
conséquence de cette lyse cellulaire qui serais du à la cavitation.La cavitation se définie par
l’action puissante des ultrasons induisant une forte pression et entrainant la lyse cellulaire. Le rôle
des ultrasons différent selon le diamètre de la cellule bactrienne. Selon Earnshaw en (1998), les
levures avec un diamètre de 5-20µm sont plus vulnérables aux ultrasons en raison de leur plus
grande surface, de même que pour les cellules végétatives, contrairement aux spores et aux
champignons qui seraient plus résistantsà son action. Les bactéries aérobies sont plus résistantes
que les bactéries anaérobies et la forme bacillaire est plus résistante que la forme arrondie. Les
bactéries Gram positives sont plus résistante aux traitements ultrasons que les bactéries Gram
négatifs (Villamiel et de Jong, 2000).

5.2 Hypothèse et objectifs

Comme il a déjà été indiqué au chapitre III (Matériels et méthodes), le traitement par l’effet
oxydatif de l’oxygène ou de l’ozone a eu plus de succès avec la semence de blé qu’avec l’orge.
On suppose que l’orge résiste d’avantage que le blé à la pénétration des gaz oxydants en raison
des glumes qui recouvrent les grains (caryopses).

64
Notre hypothèse de départ était la suivante : un traitement des semences d’orge aux ultrasons
(sonication), seul ou combiné à un solvant (alcool éthylique anhydre), permet de réduire
efficacement les deux agents pathogènes F. graminearum et B. sorokiniana. Pour démontrer
notre hypothèse, notre objectif visait à :

 Déterminer si le traitement aux ultrasons améliore la germination des semences

d’orge.

 Vérifier l’effet de la synergie des ultrasons et de l’alcool pour lutter contre le F.

graminaerum et le B. sorokiniana.

5.3 Matériel et méthodes

5.3.1 Matériel

Pour notre étude, nous avons utilisé un lot d’orge du cultivar Newdale Cert (lot E0092), provenant
de l’année de récolte 2010 dont le taux de germination était de 62 %, contaminé à 100 % par le
Bipolaris sorokiniana, à 8 % par le Fusarium total, et à 4 % par le F. graminearum.

Pour chaque expérience, nous avons utilisé un échantillon de 65 grammes, conservé à 4 0C. Nous
avons utilisé un bain à ultrasons muni d’un chronomètre et de trois béchers afin de disposer à
parts égales les grains à traiter. On a utilisé un solvant, de l’alcool éthylique anhydre ou de l’eau
désionisée de façon à immerger tous nos grains en entier. Pour le séchage des grains après
traitement, une hotte biologique ainsi que du papier absorbant ont été utilisés.

65
 Bécher

Graines

Minuteur Sonicateur

Figure 25 Dispositif de traitementde l’orge aux ultrasons

5.3.2 Méthode
Nous avons effectué un test préliminaire comme traitement du lot d’orge préalablement identifié.
Pour ce faire, nous avons utilisé cinq traitements : un échantillon de grains secs traités aux
ultrasons, un échantillon de grains trompés dans de l’eau désionisée pendant le traitement aux
ultrasons, un échantillon de grains trompés dans de l’alcool éthylique anhydre pendant le
traitement aux ultrasons, un échantillon de grains trompés dans de l’alcool éthylique anhydre sans
traitement aux ultrasons ainsi qu’un lot témoin de grains sans traitement aux ultrasons. Une seule
répétition a été réalisée. La durée de chaque traitement était de 15 min. L’unité expérimentale
était constituée de 65 grammes de grains, divisés dans trois béchers. Pour les traitements avec
ultrasons, les béchers ont été déposés dans un bain à ultrasons dans lequel on a ajouté de l’eau
autour des béchers de façon à ce que les grains soient sous le niveau de l’eau. Les graines
humides après traitements avec trempage dans l’eau ou l’alcool, ont été séchées puis déposées sur
du papier buvard afin d’enlever l’excédent d’humidité. Ce séchage s’est poursuivi à l’air libre,
dans une hotte biologique afin d’éviter les contaminations croisées. Le temps de séchage ne prend
que de 1 à 2 min. Une fois le séchage terminé, on a stocké les grains à 4ºC dans des sacs de
congélation hermétiques à des fins d’analyse bactériologique.

66
5.4 Résultats et discussion

Les résultats préliminaires du traitement de semences d’orge aux ultrasons sont présentés à la
Figure 26.

D’après la figure (a), qui indique le taux de germination de la semence d’orge, on constate que le
taux de germination du témoin sans ultrason de 62 % a été amélioré avec une moyenne de 80 %
grâce aux traitements (ultrason et eau, ultrason et éthanol, ultrason seul, éthanol seul).

On note une nette diminution du taux de contamination par le B. sorokiniana à la suite du

traitement aux ultrasons et éthanol ; le pourcentage passe de 100% pour le témoin sans traitement
à 16 % pour le traitement aux ultrasons et éthanol et à 48 % pour le traitement a l’éthanol seul
[figure (b)].

Pour le taux de contamination par le Fusarium, on note une absence du total des Fusarium pour
les deux traitements : ultrasons avec éthanol, éthanol seul. Par contre, une augmentation du total
des Fusariums de 22 % avec le traitement eau et ultrasons [figure (c)].

Pour le taux de contamination par le F. graminearum, on note une absence du totale des F.
graminearum pour les deux traitements : ultrasons avec éthanol, éthanol seul. Par contre, une
augmentation du total des Fusariums (10 %), avec addition d’eau et ultrasons [figure (d)].

On ignore toutefois si cette réduction ou cette absence est significative en terme statistique
puisqu’il n’y a pas eu de répétition.

67
 100% 88%

prétraitement aux ultrasons

90% 80% 80%
80% 72%
70% 62%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%

Taux de germination
Figure.(a)
120%
prétraitement aux ultrasons

100% 98% 100%

100%

80%

60% 48%
40%
16%
20%

0%

Taux de contamination par

Bipolaris
Figure(b)

68
 25%

Prétraitement aux ultrasons

22%

20%

15%

10% 8%

5% 4%

0% 0%
0%

Taux de contamination par

Fusarium
Figure(c)

12%
Prétraitement aux ultrasons

10%
10%

8%

6%
4%
4%
2%
2%
0% 0%
0%

Taux de contamination par

F.graminearum
Figure (d)

Figure 26 Traitementde l’orge aux ultrasons (figs. a-b-c-d)

69
Wong et al., (2010), ont combiné l’action des ultrasons a la pression osmotique. Après
entreposage du jus d'orange pendant deux jours, a une haute pression osmotique (10,9 MPa) et a
une température de 250C, avec des ultrasons (50W, 20 kHz), les résultats obtenues, est une
réduction de 5 log de Salmonella spp.

Le traitement aux ultrasons (150 W, 20kHz) pendant 187 min a ~140C, a permis de détruire la
forme végétative de Staphylococcus aureus présente dans le lait UHT (Ordonez et al., 1987).

Bermudez-Aguirre et al., (2009), ont comparé la pasteurisation à 63 0C, pendant une période de
0- 30 min, à la thermosonication qui résulte de la combinaison des ultrasons (400 W, 24 kHz) et
de la chaleur a 630C pendant une période de 0-30 min dans le lait entier cru. Les résultats
obtenus, sont l’inactivation de L. innocua et des bactéries mésophiles. La pasteurisation a permis
de réduire de 0,69 log en 10 min et de 5,5 log en 30 min. Avec une combinaison d'ultrasons et de
la chaleur, une réduction de 5 log a été obtenue après seulement 10 mn.

Selon les travaux de Knorr en 2004, qui a obtenu une réduction du nombre d'E.coli, dans un
liquide d’œuf entier en utilisant des ultrasons.

Selon Scherba et al., (1991), la croissance du virus de l'herpès félin type 1 a été significativement
réduit de 4,0 x 105 en 60 min avec le traitement aux ultrasons, de même qu’une inhibition de la
croissance fongique. L’inactivation des spores d’Aspergillus Niger par le traitement aux ultrasons
a était étudié par Jimenez-Munguia et al en 2001.

Selon d’autres recherches entreprises par Lopez-Malo et son équipe en 2001, qui ont démontrés
qu’un traitement par la chaleur et les ultrasons, pourrait efficacement inactiver le Penicillium
digitatum.

L’action des ultrasons varie selon la composition du milieu. L’utilisation de (200 kPa, 20 kHz
,117 μm) d’ultrason à40°C, sur Listeria monocytogenes dans un milieux acide entraine une mort
bactérienne, alors que dans le lait, les bactéries survivent (Pagan et al., 1999). Une réduction de 2
log dans du lait, et inférieur à 1 log dans l’œuf pour Salmonella typhimurium dans une autre étude
similaire (Wrigley et Llorca., 1992).

Dans nos expériences, nous avons constaté que le traitement aux ultrasons en addition avec un
solvant comme de l’éthanol, permet une réduction du B.sorokiniana à 16% et de détruire en
totalité les fusariums et plus particulierement le F.graminearum pour la semence d’orge.

70
L’utilisation de l’éthanol seul conduit au même résultat, soit une absence totale des fusariums et
du F.graminearum. Bien au contraire, l’addition de l’eau aux traitements ultrasons, produit une
augmentation des champignons (Fusariums et du F.graminearum) respectivement de 22% et
10%.

D’après plusieurs études sur les traitements par les ultrasons des semences avant le semis, les
ultrasons sont des moyens efficaces pour améliorer le rendement des cultures, par augmentation
de la germination des graines et la réduction du temps de germination. Ce résultat a été obtenu
par Crawford en 1955 sur la semence d’ haricot et d’Esminger sur une étude sur le riz en 1973.
Selon Nagy et Tatar en 1984, le traitement des graines de Lotus avec 0,7 W. cm -2dans l’eau de
sonication pendant10 min, a produit une amélioration de 30 % de la germination. D’aprés nos
résultats de recherche actuelle, on note une bonne amélioration de la germination de 72%, 80% et
88% pour les traitements : ultrason-eau, ultrason-éthanol et éthanol seul, ultrason seul
respectivement.

Selon Phull et al en 1997, un traitement aux ultrasons, d’une dose de 15 Wcm-3et d’une fréquence
de 20 kHz en 15min sur une suspension d’E.coli, entrainerait leur lyse à 80%.

71
72
 Conclusion générale

Les hypothèses émises dans ce projet de recherche, étaient de déterminer l’efficacité des
traitements à l'ozone et à l’oxygène pur sur les semences de blé et d’orge, afin de réduire les deux
agents pathogènes : F. graminearum et B. sorokiniana, responsable de la fonte des semis et de la
pourriture racinaire et de garantir que ces deux traitements n’altèrent pas la germination des deux
semences.

Pour ce faire, nous avons utilisé plusieurs temps d’expositions et plusieurs concentrations
d’ozone et d’oxygène pur, afin de confirmer nos hypothèseset surtout pour trouver les traitements
qui serviront à faire notre expérience. Nous avons également analysé plusieurs échantillonsde blé
et d’orge, afin de connaîtrele taux de contamination en (B. sorokiniana, Fusarium et F.
graminearum), ainsi que le taux de germination, qui nous permettrait de choisir notre lot à traiter.
Pour atteindre nos objectifs d’étude, nous avons effectué plusieurs essais préliminaires sur les
semences d’orge et de blé afin de choisir le lot représentatif pour le traitement. Ils devaient avoir
un pourcentage de germination ≥ 85%, un seuil inferieur à 30% pour Bipolaris et un seuil
inferieur à 15% pour les Fusarium,ce sont les seuils minimumpour une semence certifiée n01 au
Canada. Les lots présélectionnés pour cette étude sont, le lot de blé (cv Orléans) et le lot d’orge
(cv Newdale Cert).

Finalement nous avons évalué les effets de ce traitement sur le pouvoir germinatif de nos
semences, ainsi que sur la présence ou l’absence de champignons.

Nous avons utilisé deux traitements à l’oxygène pur, 0,75 l d’O2/min à 60 min et 1 l d’O2/min à
40 min, qui ont été comparés avec deux traitements à l’ozone 5 ppm d’O3 à 10 minet 5 ppm d’O3
à 15 min, ainsi qu’un témoin. Nous avons effectué quatre répétitions pour le lot de blé choisi.

D’après les résultats obtenus, les traitements oxydatifs n’ont pas affecté la germination puisque
aucune différence significative n’a été observée, entre ces traitements et le traitement témoin pour
cette variable.

73
On ne note aucune réduction significative du taux de contamination par le B.sorokinianaetdu taux
de contamination par le Fusarium total par suite des traitements oxydatifs.

En ce qui concerne le taux de contamination par le F. graminearum, l’absence totale du F.

graminearum a été constatéà la suite de chaque traitement et cette réduction est significative.

Ce qu’il faut savoir, c’est que le lot utilisé ne permettait pas de bien évaluer comparativement les
deux traitements sur la contamination pour chacun des champignons (Bipolaris et Fusarium), du
fait d’une faible présence du champignonsur la semence.

Dans un deuxième volet, on a effectué des tests préliminaires, en utilisant un cultivar d’orge
(Newdale Cert lot E0092), en raison de la plus grande résistance de l’orge à la pénétration des
gaz oxydants et grâce à son enveloppe protectrice qu’on suppose plus résistante que celle du
blé.Des traitements aux ultrasons seuls, une combinaison d’ultrasons avec des solvants (eau,
éthanol) ou de l’éthanol seul, ont été effectués. Les résultats obtenus étaient très intéressants
puisqu’on a constaté une amélioration de la germination suite aux traitements (ultrason et eau,
ultrason et éthanol, ultrason seul, éthanol seul).

Une nette diminution du taux de contamination par le B. sorokiniana par suite du traitement aux
ultrasons et éthanol ainsi qu’une baisse parfois même une absence dans certains cas du
champignon, surtout du total des Fusariums et spécifiquement du F. graminearum.

On ignore toutefois si cette réduction est significative en terme statistique car nous n’avons pas
effectué d’autres répétitions.

Une étude future pour déterminer si cette combinaison, traitements aux ultrasons avec traitements
oxydatifs, aurait une incidence sur la qualité des semences de blé et d’orge, pourrait être
envisagée.

74
 Recommandation

En agriculture biologique, les traitements oxydatifs appliqués sur la semence de blé constituent
une innovation, et semenciers etproducteurs considèrent qu’ils auront une répercussion positive
puisqu’ils permettront d’accroître le taux de germination et d’améliorer grandement la qualité
microbiologique des semences.

Les coûts d'investissement et de fonctionnement du système d’ozonisation sont très raisonnables

et très sécuritaires étant donné que les traitements oxydatifs ne laissent que de l’oxygène après
réaction avec la semence. De plus, l’ozonisation n’altère pas l’intégrité de la semence et permet
même d’améliorer grandement la germination. Par contre, l’ozonisation doit être faite de façon
sécuritaire et un bon système de détection d'ozone serait nécessaire afin d'éviter tous les risques
d’intoxication. Les différents systèmes de désinfection et de combinaison synergique de l’ozone
avec les ultrasons seraient intéressants à exploiter et à vérifier afin de connaître leurs
répercussions sur le traitement des semences d’orge.

Les premiers résultats obtenus concernant la combinaison ultrasons/éthanolou ultrasons seul, ont
permis de constater que cela pourrait améliorer de façon spectaculaire le taux de germination
pour la semence d’orge. L’action desultrasons et éthanol sont prometteuse également lorsqu’il
s’agit de réduire le taux de contamination par le B. sorokiniana.

Son action sur le F. graminearum et pour le total des Fusariums serait grandement utile
puisqu’elle entraînerait l’élimination complète de ces champignons pour la semence d’orge. Le
même résultat a été obtenu avec le traitement à l’éthanol seul.

75
76
 Bibliographie
A
Agriculture et agroalimentaire Canada., 2012. Perspectives du marché des céréales etoléagineux.

Akbas,M.Y. et Ozdemir,M.,2006. Effectiveness of ozone for inactivation of Escherichia coli and

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95
96
 Liste des Annexes
AnnexesA

Chambre à traitement :

Elle est constituée d’un cylindre en plexiglas de 8 cm x 50 cm (2.5 litres).L'emplacement de la

grille est très important. Il faut placer cette grille à 12.5 cm de l'entrée des gaz (extrémité fermée
par laquelle le gaz oxydant entre). La seconde extrémité fermée, mais amovible pour retirer les
graines, sert à l'évacuation ou à la sortie des gaz oxydants.

Sortie des gaz

Grille

12.5 cm

Entrée des gaz

Figure 27 La colonne du traitement oxydative (Belkacemi., 2011)

97
 AnnexesB

Analyse sur le taux de germination

 Information sur la classe et niveaux

Ce tableau représente les traitements (5 variables contrôlées) et les répétitions (4 variables non
contrôlées)

Tableau 20 Information classe et niveaux pour le taux de

germination

Classe Niveaux Valeurs

Bloc 4 1234

Trt 5 0,75l/min-60 min 1l/min-40 min

5 ppm/10 min 5 ppm/15 min Témoin

Nombre d’observations trouvées 20

Nombre d’observations utilisées 20

98
 Analyse de la variance

Tableau 21 Analyse de la variance pour le taux de germination

Somme des carrés des Moyenne des

Source dl écarts (S.C) carrés ValeurF Pr > F(1)

Modèle 7 183.8000000 26.2571429 0.81 0.5942

Erreur 12 388.0000000 32.3333333

Total corrigé 19 571.8000000

Racine Moyenne
R- carré Coeff Var MSE germination

0.321441(2) 6.396221 5.686241 88.90000

(1) La valeur P calculée est de 0.5942, ce qui explique que les interactions entre les traitements ne sont pas
significatives.

(2) La valeur de coefficient de détermination R-square est de 0.321441, c’est à dire que 32 % de la variation
s’explique par la différence entre les traitements, et que 68 % de la variation s’explique par l’erreur expérimentale.

Tableau 22Décomposition de l’ANOVA pour le taux de germination

Source de variation d.l. Type III SS Moyenne des carrés Valeur F Pr > F
Bloc 3 15 5 0.15 0.9247
Trt 4 168.8 42.2 1.31 0.3228
Erreur 12 388 32.33
Total 19

Hypothèse nulle : H0 : μ1 = μ2 = μ3 = μ4 = μ5
Hypothèse alternative : H1 : μi ≠ μj pour au moins un couple (i, j)

99
Conclusion : On accepte l’hypothèse nulle au seuil de α=5 % (F=1.31, dl=4,12, p=0.3228). Tous
les traitements ont le même taux de germination, et il n’y a aucune différence significative entre
les traitements.

 Procédure GLM Least Squares Means

Tableau 23Procédure GLM

Germination/ Erreur Nombre

Traitement LSMEAN Standard Pr > |t| LSMEAN
0,75l/min-60 min 89.000 2.843 <.0001 1
1l/min-40 min 91.000 2.843 <.0001 2
5 ppm/10 min 93.000 2.843 <.0001 3
5 ppm/15 min 85.000 2.843 <.0001 4
Témoin 86.500 2.843 <.0001 5

L S Means pour effect traitement

Pr > |t| for H0: LSMean(i)=LSMean(j)
Variable Dependante : Germination
i/j 1 2 3 4 5
1 0.6279 0.3395 0.3395 0.5457
2 0.6279 0.6279 0.1615 0.2850
3 0.3395 0.6279 0.0699 0.1319
4 0.3395 0.1615 0.0699 0.7156
5 0.5457 0.2850 0.1319 0.7156

Note : Pourassurer un niveau deprotection globale, seules des probabilités associées

auxcomparaisons pré-planifiéesdoiventêtre utilisées

100
  Étude des contrastes

Tableau 24 Contrastes pour le taux de germination

Source de variation d.l. Type II SS Moyenne des carrés Valeur F Pr > F

1 8 8 0.25 0.6279
Oxygène (1)

Ozone (2) 1 128 128 3.96 0.0699

Oxygène vs Ozone (3) 1 4 4 0.12 0.7311

Témoin vs Autre 1 28.8 28.8 0.89 0.3639

(1) Oxygène : 0,75l/min-60 min vs 1l/min-40 min

(2) Ozone: 5 ppm/10 min vs 5 ppm/15 min
(3) Oxygène vs Ozone: (0,75l/min-60 min, 1l/min-40 min) vs (5 ppm/10 min ,5 ppm/15 min)

Conclusion : Aucun contraste n’est significatif au seuil global de α=5 %. Ce seuil global est
obtenu en utilisant la correction de Bonferroni qui consiste à diviser le seuil global par le nombre
de tests effectués (α=0.05/4 = 1.25 %).

Erreur
Paramètres Estimés t Value Pr > |t|
Standard
Oxygène 90.0000000 2.01038968 44.77 <.0001
Ozone 89.0000000 2.01038968 44.27 <.0001

101
 Tableau 25 Moyennes et erreurs types pour le taux de germination

Traitements Taux de germination(%) Erreur type

0,75l/min-60 min 89.00 % 2.84 %

1l/min-40 min 91.00 % 2.84 %

5 ppm/10 min 93.00 % 2.84 %

5 ppm/15 min 85.00 % 2.84 %

Témoin 86.50 % 2.84 %

 Système SAS avec Procédure Univariate variable / résidus

Tableau 26Procédure Univariate pour le taux de germination

Moments

N 20 Somme poids 20
Somme
Moyenne 0 0
Observations
Std Deviation 4.51896588 Variance 20.4210526
Skewness -0.2965736 Kurtosis -0.7010029
Non corrigé SS 388 Corrigé SS 388
Std Erreur
Coeff Variation . 1.01047149
Moyenne

La procédure Univariate permet d’évaluer la normalité de la distribution des résidus. La mesure

de Skewness permet de mesurer la dissymétrie. Dans notre cas, la valeur obtenue est égale à -
0.2965736 (nombre négatif). Cela signifie donc que la dissymétrie est à gauche. La mesure de
Kurtosis détermine le degré d’aplatissement. Dans notre cas, la valeur est égale à -0.7010029
(nombre négatif), donc notre courbe est dite « Platikurtique ». Elle est plus arrondie que la courbe
normale, avec une petite queue.

102
 Mesure Basique des Statistiques

Localisation Variabilités
Moyenne 0.00000 Deviation Std 4.51897

Mediane 0.50000 Variance 20.42105

Mode -1.30000 Ranger 14.90000
Ranger Interquartile 5.80000

Le Tableau ci-dessus indique les mesures de tendance centrale (moyenne, médiane et mode) et
les mesures de dispersion.

Remarque : Le mode affiché est la plus petite des 3 modes avec un nombre de 2.

 Tests de localisation

Tests de Localisation : Mu0=0

Test Statistic p Value

Student's t t 0 Pr > |t| 1.0000

Signe M 0 Pr >= |M| 1.0000

Signed Rank S 2 Pr >= |S| 0.9491

 Test de Normalité

Tests de Normalité

Test Statistiques p Value

Shapiro-Wilk W 0.95452 Pr < W 0.4409

Kolmogorov-Smirnov D 0.096889 Pr > D >0.1500

Cramer-von Mises W-Sq 0.031461 Pr > W-Sq >0.2500

Anderson-Darling A-Sq 0.266804 Pr > A-Sq >0.2500

103
 Quartiles (Définition 5)

Quartile Estimation

100 % Max 7.20

99 % 7.20

95 % 6.75

90 % 6.10

75 % Q3 3.15

50 % Mediane 0.50

25 % Q1 -2.65

10 % -7.45

5% -7.65

1% -7.70

0 % Min -7.70

Observations Extrême

Basse Haute

Valeurs Obs Valeur Obs

-7.7 14 3.6 8

-7.6 19 3.9 18

-7.3 5 5.9 16

-4.9 10 6.3 12

-3.2 15 7.2 1

 Graphique : Tige Feuille et Box Plot

Dans le graphique Tige Feuille pour le taux de germination, qui est une variante d’histogramme,
les résidus présents ont la forme d’une distribution normale, soit une distribution symétrique en
forme de cloche. La tige est formée par les premières décimales des valeurs résiduelles. La feuille
est formée par le dernier chiffre significatif de chaque donnée.

104
Dans le cas du graphique Box Plot pour le taux de germination, c’est un mode graphique de
présentation de données montrant les données divisées en trois positions. La barre horizontale
inférieure correspond au 1er quartile, la barre horizontale centrale correspond à la médiane et la
barre horizontale supérieure correspond au 3e quartile. Les barres verticales s’étendent jusqu’aux
limites inférieures et supérieures des données. Le signe (+) indique la moyenne et le signe (*)
indique la médiane. La moyenne est sur la médiane. Le Box Plot indique ici une légère
dissymétrie négative qui tend tout de même vers la normale, car la majorité des valeurs sont
déposées dans la région de négativité du graphique

Figure 28 Graphique Tige feuille et Box Plot

(Germination)

105
 Figure 29 Graphique de probabilité normale
(Germination)

Le graphique de probabilité normale est un outil graphique permettant de visualiser la normalité

des résidus. On remarque que les valeurs obtenues sont distribuées autour des valeurs prédites (à
gauche et à droite). On peut donc assumer que les données sont distribuées normalement.
L’alignement des valeurs observées (*) et des valeurs prédites (+) forme une droite qui indique la
normalité des résidus.

Paramètres de la distribution
normale
Paramètr
e Symbole Estimée
Moyenne Mu 0
Std Dev Sigma 4.518966

106
 Tests pour la distribution normale
Tests Statistique p Value
Kolmogorov- D 0.09688945 Pr > D >0.150
Smirnov
Cramer-von Mises W- 0.03146130 Pr > W- >0.250
Sq Sq
Anderson-Darling A-Sq 0.26680448 Pr > A- >0.250
Sq

Quartiles de la distribution normale

Quantile

Pourcentag Estimatio
e Observation n

1.0 -7.70000 -
10.512687

5.0 -7.65000 -7.433037

10.0 -7.45000 -5.791288

25.0 -2.65000 -3.047996

50.0 0.50000 -0.000000

75.0 3.15000 3.047996

90.0 6.10000 5.791288

95.0 6.75000 7.433037

99.0 7.20000 10.512687

107
 Histogramme des résidus

Dans cet histogramme (Figure 30), les valeurs résiduelles ont été regroupées en 5 classes. Ce qui
nous permet de confirmer la normalité des résidus, car les données sont en forme de cloche. Les
classes les plus élevées se trouvent proche de zéro.

30

25

20
Percent

15

10

0
-7.5 -4.5 -1.5 1.5 4.5 7.5
residus

Figure 30 Histogramme des résidus(Gérmination)

 Graphique des résidus versus valeurs prédites

La distribution des résidus permet de déterminer visuellement si ces derniers sont distribués de
façon homogène. Les résidus se trouvent dans un intervalle de 8 erreurs types et ils ne sont pas
dispersés en entonnoir, ce qui nous permet de faire l’analyse de la variance sur les données

108
brutes. Le premier regroupement se situe autour de 88, tandis que le second est proche de 90, et le
troisième proche de 95. De plus, les données n’ont pas la forme d’un entonnoir et sont dispersées
de façon uniforme autour de la valeur zéro, et elles ne montrent aucune tendance anormale. Les
variances sont donc homogènes, le test de Levene est confirmé et, par conséquent, il n’est pas
nécessaire d’effectuer une transformation sur les valeurs (Figure 31).

residus
8

-1

-2

-3

-4

-5

-6

-7

-8
83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95

predite

Figure 31 Graphique des résidus versus les valeurs prédites pour le taux de germination

109
 Annexes C
Analyse sur le taux de contamination de B. sorokiniana

 Information sur la classe et les niveaux

Ce tableau représente les traitements (5 variables contrôlées) et les répétitions (4 variables non
contrôlées)

Tableau 27 Information classe et niveaux pour B. sorokiniana

Classe Niveaux Valeurs

Bloc 4 1234

Trt 5 0,75 l/min-60 min 1l/min-40 min

5 ppm/10 min 5 ppm/15 min Témoin

Nombre d’observations lues 20

Nombre d’observations utilisées 20

110
 Analyse de la variance

Tableau 28 Analyse de la variance pour le taux de contamination par B. Sorokiniana

Somme des carrés Moyenne

Source dl des écarts (S.C) des carrés ValeurF Pr > F(1)

Modèle 7 311.6000000 44.5142857 1.73 0.1934

Erreur 12 309.2000000 25.7666667

Total 19 620.8000000
corrigé

Racine Moyenne B.
R-carrés Coeff Var MSE Sorokiniana

0.501933(2) 43.75938 5.076088 11.60000

(1)La valeur de P calculée est de 0.1934, ce qui explique que les interactions entre les traitements ne sont pas
significatives.

(2) R-carrés (la valeur de coefficient de détermination est de 0.501933, c’est à dire que 50.2 % de la variation
s’explique par la différence entre les traitements, et que 49.8 % de la variation s’explique par l’erreur expérimentale.

111
 Tableau 29 Décomposition de l’ANOVA pour le taux de contamination par le B sorokiniana

Source de variation d.l. Type III SS Moyenne des carrés Valeur F Pr > F

Bloc 3 116.80 38.93 1.51 0.2619

Traitement 4 194.80 48.70 1.89 0.1770

Erreur 12 309.20 25.77

Total 19

Hypothèse nulle : H0 : μ1 = μ2 = μ3 = μ4 = μ5
Hypothèse alternative : H1 : μi ≠ μj il y a au moins une différence pour un couple (i, j)

Conclusion : On accepte l’hypothèse nulle au seuil de α=5 % (F=1.89, dl=4,12, p=0.1770). Tous
les traitements ont le même taux de contamination par le B. sorokiniana, et il n’y a aucune
différence significative entre les traitements.

112
 Procédure GLM Least Squares Means

Tableau 30 Procédure GLM B. sorokiniana

B. Sorokiniana Erreur LSMEAN

Traitements Pr > |t|
LS MEAN Standard Nombre
0,75 l/min-60 min 9.0000000 2.5380439 0.0040 1

1 l/min-40 min 12.0000000 2.5380439 0.0005 2

5 ppm/10 min 9.5000000 2.5380439 0.0028 3

5 ppm/15 min 10.0000000 2.5380439 0.0020 4

Témoin 17.5000000 2.5380439 <.0001 5

L S Means pour effet traitement

Pr > |t| pour H0: LSMean(i)=LSMean(j)
Variable dépendante : B. Sorokiniana
i/j 1 2 3 4 5

1 0.4196 0.8915 0.7853 0.0355

2 0.4196 0.4994 0.5876 0.1514

3 0.8915 0.4994 0.8915 0.0457

4 0.7853 0.5876 0.8915 0.0586

5 0.0355 0.1514 0.0457 0.0586

Note : Pour assurer un niveau de protection globale, seulement des probabilités associées aux
comparaisons pré-planifiées doivent être utilisés.

113
 Étude des contrastes

Tableau 31 Contrastes pour le taux de contamination par le B. sorokiniana

Moyenne
Source de variation d.l. Type III SS des carrés Valeur F Pr > F

Oxygène (4) 1 18.00 18.00 0.70 0.4196

Ozone (5) 1 0.50 0.50 0.02 0.8915

Oxygène vs Ozone (6) 1 2.25 2.25 0.09 0.7727

Témoin vs Autre 1 174.05 174.05 6.75 0.0233

(4) Oxygène: 0,75l/min-60 min vs 1l/min-40 min

(5) Ozone: 5 ppm/10 min vs 5 ppm/15 min
(6) Oxygène vs Ozone: (0,75l/min-60 min + 1l/min-40 min) vs (5 ppm/10 min + 5 ppm/15 min)

Conclusion:

Aucun contraste n’est significatif au seuil global de α =5 %. Ce seuil global est obtenu en
utilisant la correction de Bonferroni qui consiste à diviser le seuil global par le nombre de tests
effectués (α=0.05/4 = 1.25 %).

Tableau 32 Moyennes et Erreur type pour le taux de contamination par le B sorokiniana

Traitements % Contamination B. Sorokiniana Erreur type

0,75l/min-60 min 9.00 % 2.54 %

1l/min-40 min 12.00 % 2.54 %

5 ppm/10 min 9.50 % 2.54 %

5 ppm/15 min 10.00 % 2.54 %

Témoin 17.50 % 2.54 %

114
 Système SAS avec Procédure Univariate variable / résidus

Tableau 33 Procédure Univariate pourcentage de contamination par le B. Sorokiniana

Moments
N 20 Somme poids 20
Somme
Moyenne 0 0
Observations
Std Deviation 4.03406547 Variance 16.2736842
Skewness 0.91266724 Kurtosis 1.5419877
SS Non corrigé 309.2 SS Corrigé 309.2
Erreur Std
Coeff Variation . 0.90204446
Moyenne

La mesure de Skewness est égale à 0.91266724 (nombre positif). Cela signifie donc que la
dissymétrie est à droite. La mesure de Kurtosis est égale à 1.5419877 (nombre positif). Notre
courbe est donc dite « Leptokurtique ». Elle est plus pointue que la courbe normale, avec des
queues très longues.

Mesure basique des statistiques

Localisation Variabilités
Moyenne 0.00000 Deviation Std 4.03407
Mediane -0.15000 Variance 16.27368
Mode -2.40000 Ranger 17.20000
Ranger 5.00000
Interquartile

Le tableau ci-dessus montre les mesures de tendance centrale (moyenne, médiane et mode) et les
mesures de dispersion.

115
 Tests de localisation

Tests de Localisation : Mu0=0

Statistique
Tests s p Value
Student's t t 0 Pr > |t| 1.0000
Signe M 0 Pr >= 1.0000
|M|
Rang signé S -6 Pr >= |S| 0.8335

 Tests de Normalité

Tests de Normalité
Tests Statistiques Valeur p
Shapiro-Wilk W 0.949872 Pr < W 0.3651
Kolmogorov-Smirnov D 0.10068 Pr > D >0.1500

Cramer-von Mises W-Sq 0.035655 Pr > W-Sq >0.2500

Anderson-Darling A-Sq 0.285074 Pr > A-Sq >0.2500

Quartiles (Définition 5)

Quartile Estimation

100 % Max 11.00

99 % 11.00

95 % 7.90

90 % 4.45

116
 Quartiles (Définition 5)

Quartile Estimation

75 % Q3 2.45

50 % Mediane -0.15

25 % Q1 -2.55

10 % -4.75

5% -5.85

1% -6.20

0 % Min -6.20

Le tableau ci-dessous (Observations extrême) montre cinq valeurs résiduelles standardisées les
plus élevées et les plus faibles.

Observations Extrême

Basse Haute

Valeurs Obs Valeur Obs

-6.2 11 2.8 14

-5.5 19 3.6 4

-4.0 16 4.1 8

-3.4 9 4.8 13

-2.7 12 11.0 18

117
 Graphique Tige Feuille et Box Plot

Le graphique Tige Feuille pour le taux de contamination par Bipolaris présente une distribution
symétrique en forme de cloche. La tige est formée par les premières décimales des valeurs
résiduelles. La feuille est formée par le dernier chiffre significatif de chaque donnée.

Dans le cas du graphique Box Plot en ce qui concerne le taux de contamination par le Bipolaris,
la barre horizontale inférieure correspond au 1er quartile, la barre horizontale centrale correspond
à la médiane et la barre horizontale supérieure correspond au 3e quartile. Les barres verticales
s’étendent jusqu’aux limites inférieures et supérieures des données. Le signe (+) indique la
moyenne et le signe (*) indique la médiane. Le graphique Box Plot nous montre que la moyenne
(+) se confond avec la médiane (*).

118
 Figure 32 Graphique Tige feuille et box plot
(B.sorokiniana )

Figure 33 Graphique de probabilité normale

(B.sorokiniana)

119
Le graphique de probabilité normale est un outil graphique permettant de visualiser la normalité
des résidus. On peut remarquer que les valeurs obtenues sont distribuées autour des valeurs
prédites (à gauche et à droite), on peut donc assumer que les données sont distribuées
normalement. L’alignement des valeurs observées (*) et des valeurs prédites (+) forme une droite
qui indique la normalité des résidus.

Paramètres de la distribution Normale

Paramètr Symbol
e e Estimée
Moyenne Mu 0
Std Dev Sigma 4.034065

Tests pour la distribution normale

Tests Statistique Valeur p

Kolmogorov- D 0.10067963 Pr > D >0.150

Smirnov

Cramer-von Mises W- 0.03565469 Pr > W- >0.250

Sq Sq

Anderson-Darling A-Sq 0.28507432 Pr > A- >0.250

Sq

120
Quartiles de la distribution normale

Quartile

Pourcentage Observé Estimé

1.0 -6.20000 -9.384640

5.0 -5.85000 -6.635447

10.0 -4.75000 -5.169863

25.0 -2.55000 -2.720936

50.0 -0.15000 -0.000000

75.0 2.45000 2.720936

90.0 4.45000 5.169863

95.0 7.90000 6.635447

99.0 11.00000 9.384640

121
 Histogramme des résidus
Dans cet histogramme (Figure 34), les valeurs résiduelles ont été regroupées en 5 classes. Ce qui
nous permet de confirmer la normalité des résidus, car les données sont en forme de cloche. Les
classes les plus élevées se trouvent proche de zéro.

40

35

30

25
Percent

20

15

10

0
-6 -2 2 6 10
residus

Figure 34 Histogramme des résidus (B. sorokiniana)

122
 Graphique des résidus versus les valeurs prédites
À l’aide du graphique des résidus en fonction des valeurs prédites, nous pouvons vérifier le
postulat d’homogénéité de la variance de l’erreur expérimentale. Le respect de ce postulat permet
de valider l’analyse de la variance effectuée. La Figure 35 représente les résidus versus les
valeurs prédites pour la variable taux de contamination par le B. Sorokiniana. La distribution des
résidus permet de déterminer visuellement si ces derniers sont distribués de façon homogène. Les
résidus se trouvent dans un intervalle de 6 erreurs types et ils ne sont pas dispersés en entonnoir,
ce qui nous permet de faire l’analyse de la variance sur les données brutes. Le premier
regroupement se situe autour de 12, tandis que le deuxième est proche de 17, et le troisième
proche de 21. De plus, les données n’ont pas la forme d’un entonnoir et sont dispersées de façon
uniforme autour de la valeur zéro et elles ne montrent aucune tendance anormale. Les variances
sont donc homogènes, le test de Levine est confirmé et, par conséquent, il n’est pas nécessaire
d’effectuer une transformation sur les valeurs.

residus
11
10

9
8
7

6
5
4

3
2
1

0
-1
-2

-3
-4
-5

-6
-7
5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21

predite

Figure 35 Graphique des résidus versus les valeurs prédites pour le taux de contamination par le
B. sorokiniana

123
 Annexes D

Analyse sur le taux de contamination par le Fusarium

 Information sur la classe et les niveaux

Ce tableau représente les traitements (5 variables contrôlées) et les répétitions (4 variables non
contrôlées)

Tableau 34 Information classe et niveaux pour le Fusarium

Classe Niveaux Valeur

Bloc 4 1234

Trt 5 0,75 l/min-60 min 1 l/min-40 min 5 ppm/10 min

5 ppm/15 min Témoin

Nombre d’observations lues 20

Nombre d’observations utilisées 20

124
 Analyse de la variance

Tableau 35 Analyse de la variance pour le taux de contamination par le Fusarium

Somme des Moyenne

Source dl carrés des carrés Valeur F Pr > F(1)

Modèle 7 44.0000000 6.2857143 0.78 0.6167

Erreur 12 96.8000000 8.0666667

Coeff Racine Moyenne

R- carrés Var MSE Fusarium

0.312500 64.54972 2.840188 4.400000

(2)

Total corrige 19 140.8000000

(1) La valeur de P calculée est de 0.6167, ce qui explique que les interactions entre les traitements ne sont
pas significatives.
(2) La valeur R-carrés est de de 0.312500, c’est à dire que les 31,25 % de la variation s’expliquent par la
différence entre les traitements et que les 68,75 % de la variation s’expliquent par l’erreur expérimentale.

125
 Tableau 36 Décomposition de l’ANOVA sur le taux de contamination par le Fusarium

Moyenne des
Source de variation d.l. Type III SS carrés Valeur F Pr > F

Bloc 3 11.20 3.73 0.46 0.7135

Traitement 4 32.80 8.20 1.02 0.4373

Erreur 12 96.80 8.07

Total 19

Hypothèse nulle : H0 : μ1 = μ2 = μ3 = μ4 = μ5

Hypothèse alternative : H1 : μi ≠ μj μj il ya au moins une différence pour un couple (i, j)

Conclusion : On accepte l’hypothèse nulle au seuil de α=5 % (F=1.02, dl=4,12, p=0.4373). Tous
les traitements ont le même taux de germination, il n’y a aucune différence significative entre les
traitements.

126
 Procédure GLM Least Squares Means

Tableau 37 Procédure GLM pour le Fusarium

Erreur LSMEAN
Traitements LS MEAN Fus Pr > |t|
standard Nombre

0,75 l/min- 4.00000000 1.42009389 0.0156 1

60 min

1 l/min-40 min 2.50000000 1.42009389 0.1038 2

5 ppm/10 min 6.50000000 1.42009389 0.0006 3

5 ppm/15 min 4.50000000 1.42009389 0.0081 4

Témoin 4.50000000 1.42009389 0.0081 5

L S Means pour effect traitement

Pr > |t| pour H0: LSMean(i)=LSMean(j)
Variable Dependente: Fusarium
i/j 1 2 3 4 5

1 0.4695 0.2370 0.8076 0.8076

2 0.4695 0.0697 0.3390 0.3390

3 0.2370 0.0697 0.3390 0.3390

4 0.8076 0.3390 0.3390 1.0000

5 0.8076 0.3390 0.3390 1.0000

127
 Étude des contrastes

Tableau 38 Contrastes pour le taux de contamination par le Fusarium

Moyenne
Source de variation d.l. Type III SS des carrés Valeur F Pr > F

Oxygène (7) 1 4.50 4.50 0.56 0.4695

Ozone (8) 1 8.00 8.00 0.99 0.3390

Oxygène vs Ozone (9) 1 20.25 20.25 2.51 0.1391

Témoin vs Autre 1 0.05 0.05 0.01 0.9385

(7)Oxygène : 0,75 l/min-60 min vs 1 l/min-40 min

(8)Ozone: 5 ppm/10 min vs 5 ppm/15 min

(9)Oxygène vs Ozone: (0,75 l/min-60 min + 1 l/min-40 min) vs (5 ppm/10 min + 5 ppm/15 min)

Conclusion :

Aucun contraste n’est significatif au seuil global de α=5 %. Ce seuil global est obtenu en utilisant
la correction de Bonferroni qui consiste à diviser le seuil global par le nombre de tests effectués
(α=0.05/4 = 1.25 %).

Erreur T
Paramètres Estimés Standard Value Pr > |t|
Oxygène 3.25000000 1.00415802 3.24 0.0071

Ozone 5.50000000 1.00415802 5.48 0.0001

128
Tableau 39 Moyennes et Erreur type pour le taux de contamination par le Fusarium

Traitements % ContaminationFusarium Erreur type

0,75 l/min-60 min 4.00 % 1.42 %

1 l/min-40 min 2.50 % 1.42 %

5 ppm/10 min 6.50 % 1.42 %

5 ppm/15 min 4.50 % 1.42 %

Témoin 4.50 % 1.42 %

129
 Système SAS avec Procédure Univariate variable / résidus

Tableau 40 Procédure Univariate pour le Fusarium totale

Moments
N 20 Sum Weights 20
Mean 0 Sum 0
Observations
Std Deviation 2.25715237 Variance 5.09473684
Skewness 0.44181562 Kurtosis -0.0124334
Uncorrected SS 96.8 Corrected SS 96.8

Coeff Variation . Std Error Mean 0.50471461

La mesure de Skewness est égale à 0.44181562 (nombre positif), ce qui signifie une faible
dissymétrie positive (queue légère vers la droite).

La mesure de Kurtosis est égale à -0.0124334 (nombre négatif), donc notre courbe est dite
platykurtique. Elle est plus arrondie que la courbe normale, avec une petite queue.

Mesure Basique des Statistiques

Localisation Variabilités

Moyenne 0.00000 Deviation Std 2.25715

Mediane -0.45000 Variance 5.09474

Mode -0.50000 Ranger 8.40000

Ranger 2.20000
Interquartile

130
Le tableau ci-dessus montre les mesures de tendance centrale (moyenne, médiane et mode) et les
mesures de dispersion.

 Tests de localisation

Tests de Localisation : Mu0=0

Tests Statistiques Valeur p

Student's t t 0 Pr > |t| 1.0000
Signe M -1.5 Pr >= |M| 0.6476

Ranger signé S -6 Pr >= |S| 0.8210

131
 Tests de Normalité

Tests de Normalité
Tests Statistique Valeur p
Shapiro-Wilk W 0.952339 Pr < W 0.4040
Kolmogorov- D 0.128233 Pr > D >0.1500
Smirnov
Cramer-von Mises W- 0.058448 Pr > W- >0.2500
Sq Sq
Anderson-Darling A-Sq 0.364455 Pr > A-Sq >0.2500

Quartiles (Définition 5)
Quartiles Estimation
100 % Max 5.10
99 % 5.10
95 % 4.15
90 % 2.95
75 % Q3 1.10
50 % -0.45
Médiane
25 % Q1 -1.10
10 % -3.10
5% -3.30
1% -3.30
0 % Min -3.30

132
Le tableau ci-dessous (Observations extrêmes) montre cinq valeurs résiduelles standardisées les
plus élevées et les plus faibles.

Observations extrêmes

Basse Haute

Valeurs Obs Valeurs Obs

-3.3 10 1.5 17

-3.3 12 2.7 14

-2.9 4 2.7 13

-2.8 11 3.2 9

-1.3 6 5.1 2

133
 Graphique Tige Feuille et Box Plot

Le graphique Tige-Feuille pour le taux de contamination par le Fusarium peut être modélisé par
une cloche. Dans le cas du graphique Box Plot pour le taux de contamination par le Fusarium, la
barre horizontale inférieure correspond au 1er quartile, la barre horizontale centrale correspond à
la médiane, et la barre horizontale supérieure correspond au 3e quartile. Les barres verticales
s’étendent jusqu’aux limites inférieures et supérieures des données. Le signe (+) indique la
moyenne et le signe (*) indique la médiane. La moyenne n’est pas sur la médiane et elle est
supérieure. Le Box Plot indique ici une légère dissymétrie négative qui tend tout de même vers la
normale, car la majorité des valeurs sont déposées dans la région de négativité du graphique.

Figure 36 Graphique Tige Feuille et Box Plot

(Fusarium totale)

134
 Figure 37 Graphique de probabilité normale(Fusarium totale)

Le graphique de probabilité normale montre que les valeurs observées (*) sont proportionnelles
aux valeurs prédites (+). Il est donc possible de tracer une droite à travers les points, ce qui nous
indique que le postulat de normalité est respecté. Toutes ces indications montrent que les résidus
sont distribués normalement.

Paramètre de la distribution normale

Paramètre Symbole Estimée

Moyenne Mu 0

Std Dev Sigma 2.257152

135
 Tests pour la distribution normale

Tests Statistique Valeur p

Kolmogorov- D 0.12823285 Pr > D >0.150

Smirnov

Cramer-von Mises W-Sq 0.05844830 Pr > W-Sq >0.250

Anderson-Darling A-Sq 0.36445468 Pr > A-Sq >0.250

Quantiles de la distribution normale

Quartile

Pourcentage Observé Estimé

1.0 -3.30E+00 -5.250922

5.0 -3.30E+00 -3.712685

10.0 -3.10E+00 -2.892657

25.0 -1.10E+00 -1.522426

50.0 -4.50E-01 -0.000000

75.0 1.10E+00 1.522426

90.0 2.95E+00 2.892657

95.0 4.15E+00 3.712685

99.0 5.10E+00 5.250922

136
 Histogramme des résidus

Dans cet histogramme (Figure 38), les valeurs résiduelles ont été regroupées en 5 classes. Cela
nous permet de confirmer la normalité des résidus, car les données sont en forme de cloche. Les
classes les plus élevées se trouvent proche de zéro.

40

35

30

25
Percent

20

15

10

0
-3 -1 1 3 5
residus

Figure 38 Histogramme des résidus (Fusarium totale)

137
 Graphique des résidus versus valeurs prédites
À l’aide du graphique des résidus en fonction des valeurs prédites, nous pouvons vérifier le
postulat d’homogénéité de la variance de l’erreur expérimentale. Le respect de ce postulat permet
de valider l’analyse de la variance effectuée. La Figure 39 représente les résidus vs les valeurs
prédites pour la variable taux de contamination par le Fusarium. La distribution des résidus
permet de déterminer visuellement s’ils sont distribués de façon homogène. Les résidus se
trouvent dans un intervalle de 3 erreurs types et ils ne sont pas dispersés en entonnoir, ce qui
nous permet de faire l’analyse de la variance sur les données brutes. Le premier regroupement se
situe autours de 3, tandis que le deuxième est proche de 5, et le troisième proche de 7. De plus,
les données n’ont pas la forme d’un entonnoir et sont dispersées de façon uniforme autour de la
valeur zéro et ne montrent aucune tendance anormale. Les variances sont donc homogènes, le test
de Levene est confirmé et, par conséquent, on n’a pas besoin d’effectuer une transformation sur
les valeurs.

residus
6

-1

-2

-3

-4
1 2 3 4 5 6 7 8

predite

Figure 39 Graphique des résidus versus valeurs prédites pour le taux de contamination par le
total des Fusarium

138
 Annexes E

Analyse sur le taux de contamination par le F. graminearum

 Information sur la classe et niveaux

Ce tableau représente les traitements (5 variables contrôlées) et les répétitions (4 variables non
contrôlées)

Tableau 41 Information classe et niveauxpour le F. graminearum

Classe Niveaux Valeur

Bloc 4 1234

Trt 5 0,75 l/min-60 min 1 l/min-40 min

5 ppm/10 min 5 ppm/15 min Témoin

Nombre d’observations lues 20

Nombre d’observations utilisées 20

139
 Analyse de la variance

Tableau 42 Analyse de la variance pour le taux de contamination par F. graminearum

Somme des Moyenne des Valeur

Source dl Pr > F(1)
carrés carrés F(1)
Modèle 7 20.60000000 2.94285714 14.71 <.0001

Erreur 12 2.40000000 0.20000000

Total corrigé 19 23.00000000

Moyenne
R- carrés Coef Var Racine MSE
F.graminearum
0.895652(2) 89.44272 0.447214 0.500000

(1) La valeur P calculée est de <.0001, ce qui explique que nous avons moins de 0,01 % de chances
d’avoir une valeur F aussi élevée.
(2) La valeur R- carrés est de 0,89, c’est à dire que 89 % de la variation s’explique par la différence entre
les traitements est que 11 % de la variation s’explique par l’erreur expérimentale.

140
 Tableau 43 Décomposition de l’ANOVA sur le taux de contamination par le F. graminearum

Moyenne
Source de variation d.l. Type III SS Valeur F Pr > F
des carrés

Bloc 3 0.60 0.20 1.00 0.4262

Traitement 4 20.00 5.00 25.00** <.0001
Erreur 12 2.40 0.20
Total 19

**: Valeur hautement significative au seuil de α=5 %

Hypothèse nulle : H0 : μ1 = μ2 = μ3 = μ4 = μ5
Hypothèse alternative : H1 : μi ≠ μj il ya au moins une différence pour un couple (i, j)

Conclusion : On rejette l’hypothèse nulle au seuil de α=5 % (F=25.0, dl=4,12, p<.0001). Il y a au

moins un traitement qui différait d’un autre.

141
 Procédure GLM Least Squares Means

Tableau 44 Procédure GLM pour le F.graminearum

F.gram Erreur
Traitements Pr > |t|
Ls.Mean Standard
0,75 l/min- -0.00000000 0.22360680 1.0000
60 min

1 l/min-40 min -0.00000000 0.22360680 1.0000

5 ppm/10 min -0.00000000 0.22360680 1.0000

5 ppm/15 min -0.00000000 0.22360680 1.0000

Témoin 2.50000000 0.22360680 <.0001

 Étude des contrastes

Tableau 45 Contrastes pour le taux de contamination par le F. graminearum

Moyenne
Source de variation d.l. Type III SS Valeur F Pr > F
des carrés

Oxygène(10) 1 0.00 0.00 0.00 1

Ozone (11) 1 0.00 0.00 0.00 1

Oxygène vs Ozone (12) 1 0.00 0.00 0.00 1

Témoin vs Autre 1 20.00 20.00 100.00** <.0001

** : Valeur hautement significative au seuil de α=5 %

(10)Oxygène: 0,75 l/min-60 min vs 1 l/min-40 min

(11)Ozone: 5 ppm/10 min vs 5 ppm/15 min
(12)Oxygène vs Ozone: (0,75 l/min-60 min + 1 l/min-40 min) vs (5 ppm/10 min + 5 ppm/15 min)

142
Conclusion :

Après correction du seuil par Bonferroni (α=0.05/4 = 1.25 %), il semble que le témoin diffère
significativement des traitements, et que nos traitements oxydants à l’oxygène et à l’ozone ont un
effet remarquable sur le traitement de la semence de blé contaminé par le Fusarium
graminearum.

Erreur T
Paramètres Estimés Pr > |t|
Standard Value
Oxygène -8.32667E-17 0.15811388 -0.00 1.0000

Ozone -8.32667E-17 0.15811388 -0.00 1.0000

Tableau 46 Moyennes et Erreur type pour le taux de contamination par le F. graminearum

% Contamination
Traitements Erreur type
F. graminearum

0,75 l/min-60 min 0.00 % 0.22 %

1 l/min-40 min 0.00 % 0.22 %

5 ppm/10 min 0.00 % 0.22 %

5 ppm/15 min 0.00 % 0.22 %

Témoin 2.50 % 0.22 %

143
 Système SAS avec Procédure Univariate variable / résidus

Tableau 47 Procédure Univariate pour le F. graminearum

Moments
N 20 Sum Weights 20
Mean 0 Sum 0
Observations
Std Deviation 0.35540933 Variance 0.12631579
Skewness 1.87577145 Kurtosis 6.34885621
Uncorrected 2.4 Corrected SS 2.4
SS
Coeff . Std Error 0.07947194
Variation Mean

La mesure de Skewness est égale à 1.87577145 (nombre positif); cela signifie donc que la
dissymétrie est à droite. La mesure de Kurtosis est égale à 6.34885621 (nombre positif); notre
courbe est donc dite Leptokurtique. Elle est plus pointue que la courbe normale, avec des queues
très longues.

Mesure basique des statistiques

Localisation Variabilité
Moyenne Deviation Std 0.35541
0.000000

Médiane 0.100000 Variance 0.12632

Mode 0.100000 Ranger 1.60000
Ranger 0.40000
Interquartile

Le tableau ci-dessus montre les mesures de tendance centrale (moyenne, médiane et mode) et les
mesures de dispersion.

144
 Tests de localisation

Tests de localisation : Mu0=0
Tests Statistique Valeur p
Student's t t 0 Pr > |t| 1.0000
Signe M 3 Pr >= 0.2632
|M|
Ranger S -7 Pr >= |S| 0.8069
signé

 Tests de normalité

Tests de Normalité
Tests Statistique Valeur p
Shapiro-Wilk W 0.694336 Pr < W <0.0001
Kolmogorov- D 0.339215 Pr > D <0.0100
Smirnov
Cramer-von Mises W- 0.417646 Pr > W- <0.0050
Sq Sq
Anderson-Darling A-Sq 2.26465 Pr > A- <0.0050
Sq

145
 Quartiles (Définition 5)
Quartiles Estimation
100 % Max 1.20
99 % 1.20
95 % 0.65
90 % 0.10
75 % Q3 0.10
50 % Médiane 0.10

25 % Q1 -0.30
10 % -0.40
5% -0.40
1% -0.40
0 % Min -0.40

Le tableau ci-dessous (Observations Extrême) montre cinq valeurs résiduelles standardisées les
plus élevées et les plus faibles

Observations Extrême
Basse Haute
Valeurs Obs Valeurs Obs
-0.4 19 0.1 16
-0.4 15 0.1 17
-0.4 8 0.1 18
-0.3 5 0.1 20
-0.3 4 1.2 1

146
 Graphique Tige Feuille et Box Plot

Le graphique Tige Feuille pour le taux de contamination par le Fusarium graminearum indique
une distribution symétrique en forme de cloche.

Dans le cas du graphique Box Plot pour le taux de contamination par le F. graminearum, la barre
horizontale inférieure correspond à la médiane, la barre horizontale centrale correspond au 1er
quartile, et la barre horizontale supérieure correspond au 3e quartile, qui comprend la moyenne.
Les barres verticales s’étendent jusqu’aux limites inférieures et supérieures des données. Le signe
(+) indique la moyenne et le signe (*) indique la médiane. Le Box Plot indique ici une légère
dissymétrie positive qui tend tout de même vers la normale, car la majorité des valeurs sont
déposées dans la région de positivité du graphique.

Figure 40 Graphique Tige Feuille et Box Plot

(F. graminearum)

147
 Figure 41 Graphique de probabilité normale (F.graminearum)

Le graphique de probabilité normale montre que les valeurs observées (*) sont proportionnelles
aux valeurs prédites (+). Il est donc possible de tracer une droite à travers les points, ce qui nous
indique que le postulat de normalité est respecté. Toutes ces indications montrent que les résidus
sont distribués normalement.

148
 Tests pour la distribution normale
Tests Statistique Valeur p
Kolmogorov-Smirnov D 0.33921496 Pr > D <0.010

Cramer-von Mises W-Sq 0.41764604 Pr > W-Sq <0.005

Anderson-Darling A-Sq 2.26465027 Pr > A-Sq <0.005

Paramètre de la distribution normale

Paramètre Symbole Estimée

Mean Mu 0

Std Dev Sigma 0.355409

Quantiles de la distribution normale

Quartile
Pourcentage Observé Estimé
1.0 -0.40000 -0.826806
5.0 -0.40000 -0.584596
10.0 -0.40000 -0.455475
25.0 -0.30000 -0.239720
50.0 0.10000 -0.000000
75.0 0.10000 0.239720
90.0 0.10000 0.455475
95.0 0.65000 0.584596
99.0 1.20000 0.826806

149
 Histogramme des résidus
Dans cet histogramme (Figure 42), les valeurs résiduelles ont été regroupées en 5 classes. Cela
nous permet de confirmer la normalité des résidus, car les données sont en forme de cloche. Les
classes les plus élevées se trouvent proche de zéro.

60

50

40
Percent

30

20

10

0
-0.4 0 0.4 0.8 1.2
residus

Figure 42 Histogramme des résidus (F. graminearum)

 Graphique des résidus versus valeurs prédites

À l’aide du graphique des résidus en fonction des valeurs prédites, nous pouvons vérifier le
postulat d’homogénéité de la variance de l’erreur expérimentale. Le respect de ce postulat permet
de valider l’analyse de la variance effectuée. La Figure 43 représente les résidus vs les valeurs
prédites pour la variable taux de contamination par le F. graminearum. La distribution des résidus
permet de déterminer visuellement si ces derniers sont distribués de façon homogène. Les résidus
se trouvent dans un intervalle de 0,3 erreur type et ils ne sont pas dispersés en entonnoir, ce qui

150
nous permet d’analyser la variance sur les données brutes. Le premier regroupement se situe
autours de zéro, tandis que le deuxième est proche de 0,3, et le troisième de 2,4. De plus, les
données n’ont pas la forme d’un entonnoir et sont dispersées de façon uniforme autour de la
valeur zéro et aucune tendance anormale n’est indiquée. Les variances sont donc homogènes, le
test de Levene est confirmé et, par conséquent, il n’est pas nécessaire d’effectuer une
transformation sur les valeurs.

residus
1.2

1.1

1.0

0.9

0.8

0.7

0.6

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

0.0

-0.1

-0.2

-0.3

-0.4
-1 0 1 2 3

predite

Figure 43 Graphique des résidus vs valeurs prédites pour le taux de contamination par le F.
graminearum

151
Procédure GLM Rank pour la variable dépendante F. graminearum
 Analyse de la variance

Tableau 48 Analyse de la variance avec effet rank pour le taux de contamination par le F.
graminearum

Somme des Moyenne Valeur Pr >

Source dl carrés des carrés F F(1)

Modèle 7 20.00000000 2.85714286 Infty <.0001

Erreur 12 0.00000000 0.00000000

Total corrigé 19 20.00000000

Coeff Racine Moyenne

R- carrés Var MSE R F.gram

1.000000(2) 0 0 3.000000

(1) La valeur P calculée est de <.0001, ce qui explique que nous avons moins de 0.01 % de chances
d’avoir une valeur F aussi élevée.
(2) La valeur R- carrés est de 1.00, c’est à dire que 100 % de la variation s’explique par la différence entre
les traitements

152
 F
Sourc D Mean Valu
e F Type III SS Square e Pr > F
Bloc 3 0.00000000 0.00000000 . .
trt 4 20.00000000 5.00000000 Infty <.0001

Procédure GLM Rank L S Means

Tableau 49 Procédure GLM (Rank LS Mean)

Nombre
Traitements R F.gram LSMEAN
LSMEAN

0,75 l/min-60 min 2.50000000 1

1 l/min-40 min 2.50000000 2

5 ppm/10 min 2.50000000 3

5 ppm/15 min 2.50000000 4
Témoin 5.00000000 5

L S Means pour effect traitement Pr > |t |pour

H0: LSMean(i)=LSMean(j)
VariableDependent: r F.gram
i/j 1 2 3 4 5
1 . . . <.0001
2 . . . <.0001
3 . . . <.0001
4 . . . <.0001
5 <.0001 <.0001 <.0001 <.0001

153
 Annexe F

Fichier SAS

*** Lecture des données;

data lecture;
attrib trt length=$15.;
input Bloc Trt$ Germ soro Fusa Fg;
datalines;
1 Témoin 94 14 4 4
1 5ppm/10mn 92 6 12 0
1 5ppm/15mn 84 4 4 0
1 1l/mn-40mn 94 12 0 0
1 0,75l/mn-60mn 82 4 4 0
2 5ppm/15mn 86 10 2 0
2 1l/mn-40mn 90 10 2 0
2 Témoin 90 22 4 2
2 0,75l/mn-60mn 90 6 6 0
2 5ppm/10mn 88 12 2 0
3 0,75l/mn-60mn 90 6 2 0
3 5ppm/10mn 98 10 4 0
3 5ppm/15mn 86 18 8 0
3 1l/mn-40mn 82 18 6 0
3 Témoin 82 22 6 2
4 1l/mn-40mn 98 8 2 0
4 5ppm/10mn 94 10 8 0
4 0,75l/mn-60mn 94 20 4 0
4 Témoin 80 12 4 2
4 5ppm/15mn 84 8 4 0
;

*** Macro pour valider les postulates de l'Anova ***;

%macro postulats(data=, var=residus);
proc univariate data=&data plot normal;
symbol width=3;
var&var;
histogram&var/normal;
run;

154
 proc gplot data=&data;
symbol1 v=dot;
plot&var*predite/vref=0 lvref=2;
run; quit;
%mend;

*** Analyse sur le taux de germination;

proc glm data=lecture;
class bloc trt;
model germ = bloc trt/ss3;
lsmeans trt / stderr pdiff;
estimate "Oxygène" intercept 2 trt 1 1 0 0 0 / divisor=2;
estimate "Ozone" intercept 2 trt 0 0 1 1 0 / divisor=2;
contrast "Oxygène" trt 1 -1;
contrast "Ozone" trt 0 0 1 -1 0;
contrast "Oxygène vs Ozone" trt 1 1 -1 -1 0;
contrast "Témoin vs Autre" trt 1 1 1 1 -4;
output out=stat p=predite r=residus;
run; quit;

%postulats(data=stat, var=residus);

*** Analyse sur le taux de Bipolaris Sorokiniana;

proc glm data=lecture;
class bloc trt;
model Soro = bloc trt/ss3;
lsmeans trt /stderr pdiff;
estimate "Oxygène" intercept 2 trt 1 1 0 0 0 / divisor=2;
estimate "Ozone" intercept 2 trt 0 0 1 1 0 / divisor=2;
contrast "Oxygène" trt 1 -1;
contrast "Ozone" trt 0 0 1 -1 0;
contrast "Oxygène vs Ozone" trt 1 1 -1 -1 0;
contrast "Témoin vs Autre" trt 1 1 1 1 -4;
output out=stat p=predite r=residus;
run; quit;

%postulats(data=stat, var=residus);

155
*** Analyse sur le taux de Fusarium;
proc glm data=lecture;
class bloc trt;
model Fusa = bloc trt/ss3;
lsmeans trt/stderr pdiff;
estimate "Oxygène" intercept 2 trt 1 1 0 0 0 / divisor=2;
estimate "Ozone" intercept 2 trt 0 0 1 1 0 / divisor=2;
contrast "Oxygène" trt 1 -1;
contrast "Ozone" trt 0 0 1 -1 0;
contrast "Oxygène vs Ozone" trt 1 1 -1 -1 0;
contrast "Témoin vs Autre" trt 1 1 1 1 -4;
output out=stat p=predite r=residus;
run; quit;

%postulats(data=stat, var=residus);

*** Analyse sur le taux de Fusarium Graminearum;

proc glm data=lecture;
class bloc trt;
model fg = bloc trt/ss3;
lsmeans trt/stderr;
estimate "Oxygène" intercept 2 trt 1 1 0 0 0 / divisor=2;
estimate "Ozone" intercept 2 trt 0 0 1 1 0 / divisor=2;
contrast "Oxygène" trt 1 -1;
contrast "Ozone" trt 0 0 1 -1 0;
contrast "Oxygène vs Ozone" trt 1 1 -1 -1 0;
contrast "Témoin vs Autre" trt 1 1 1 1 -4;
output out=stat p=predite r=residus;
run; quit;

%postulats(data=stat, var=residus);

* Analyse non paramétrique de Friedman;

proc sort data=lecture; by bloc;
proc rank data=lecture out=rangs; by bloc;
var fg;
ranks rfg;
run;
proc glm data=rangs;
class bloc trt;
model rfg = bloc trt/ss3;

156
lsmeans trt/pdiff;
run; quit;

157