Pr 

Aboubakar S. OUATTARA
Professeur Titulaire
Université de Ouagadougou
 Objectifs du module
j
y Comprendre les procédés de traitement biologique
aérobies (boues activées,
activées lagunage,
lagunage biofilm) et
anaérobies (digesteur) en étudiant la structure,
ll’organisation
organisation et le fonctionnement des différents
peuplements de microorganismes (bactéries,
protozoaires et microalgues).
p g )
y Connaître la microbiologie sanitaire.
y 18 heures de cours théoriques

Pr A. S. OUATTARA
 Objectifs du module
j
y Reconnaître la microflore et la microfaune associées 
aux boues activées et biofilm.  
aux boues activées et biofilm
y Connaître la microbiologie sanitaire. 
y Comprendre
C d et savoir i utiliser
ili l
les méthodes
éh d
classiques de dénombrement et de détection des
microorganismes (normes AFNOR) et les méthodes
faisant appel à la biologie moléculaire.
y 09 heures de Travaux Pratiques
 h  d  T  P ti

Pr A. S. OUATTARA
 Plan
y Introduction
y Procédés d’épuration
p biologique
gq et biomasses épuratrices
p
aérobies
y Les cultures libres : boues activées et lagunage
y Les cultures fixées : biofilm
y Procédés d’épuration biologique et biomasses épuratrices
anaérobies
y Digesteur anaérobie
y Microbiologie sanitaire
y Agents pathogènes d’origine hydrique : virus, bactéries,
protozoaires helminthes
protozoaires,
y Analyses de l’eau : Eau de consommation, Eau de baignade, Eaux
usées
y Conclusion

Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Définitions
y Microbiologie:
g biologie
g des microorganismes
g
y Description des microorganismes (systématique)
y Fonctionnement des microorganismes (physiologie)
y Interactions
I t ti microorganismes‐microorganismes
i i i i (é l i )
(écologie)
y Interactions microorganismes‐êtres supérieurs (écologie)
y Microorganismes:
g êtres vivants microscopiques
pq
y Algues
y Protozoaires
y Champignons
Ch i
y Bactéries
y Virus

Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Définitions
y Epuration
y Pollution
y Types de pollution (organique, minérale)
y Types pollution (carbonée, azotée, soufrée, etc.)
y Types pollution (agricole, biologique, etc.) 
y Dépollution 
Dé ll i  
y Biodépollution
y Eaux usées
y Pourquoi faut‐il dépolluer les eaux usées?
y Pourquoi faut‐il la voie biotechnologique?

Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Conditions nécessaires aux dépollutions microbiennes
y Conditions physico‐chimiques
Conditions physico chimiques
y Température
y p
pH
y Potentiel redox : aérobiose, anaérobiose, respiration, fermentat°
y Force ionique
y A ti ité d  l’
Activité de l’eau
y Conditions nutritionnelles et physiologiques
y Source de carbone
y Source d’azote
y Source de phosphore/phosphate
y Catabolismes microorganismes libres/microorganismes fixés 
Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Conditions nécessaires aux dépollutions microbiennes
y Avant
A t toute
t t épuration
é ti par voie
i biologique
bi l i d eaux usées
des é
il est nécessaire d’analyser les paramètres physico‐
chimiques des eaux usées et d d’yy éliminer tout ce qui peut
gêner l’activité microbienne.
y Paramètres p physico‐chimiques
y q à déterminer: p pH,,
température, O2 dissous, DCO, DBO5, azote,
phosphore, etc.
y Eléments pouvant gêner l’action microbienne: matières
en suspension, huiles ou graisses, substances toxiques
t l que métaux
tels ét l d polymères
lourds, l è aromatiques, ti etc.
t
Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Etapes d’une épuration des eaux usées
y Traitement primaire ou prétraitement:

y dégrillage
y tamisage
y déssablage
g
y déshuilage, dégraissage
y dé
décantation
i
y filtration.

Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Etapes d’une épuration des eaux usées (suite)
y Traitement
T it t secondaire
d i peutt utiliser
tili :
y cultures libres : les microorganismes sont en
suspension dans le réacteur ou le bassin. Exemples:
boues activées et lagunage

y cultures fixées : les microorganismes sont fixés sur des

matériaux inertes de taille variable. Exemples: lits
bactériens biofiltres et disques biologiques
bactériens,
Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Etapes d’une épuration des eaux usées (fin)
y Traitement tertiaire ou post‐traitement:
post traitement:

y filtration sur sable

y microfiltration

y ultrafiltration

y nanofiltration

y osmose inverse.
inverse

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d épuration: pré traitement
Procédés d’épuration: pré‐traitement
y Traitement primaire
y Dégrillage:
Dé ill utilisation
ili i de d grilles
ill pour arrêter
ê matières
iè
en suspension de taille volumineuse (> 1 cm)
y Tamisage:
T i utilisation
ili i d tamis
de i pour arrêter
ê matières
iè
en suspension de taille volumineuse (0,25 cm
<diamètre< 1 cm)
y Décantation: décanteur pour laisser sédimenter
matières
tiè en suspensioni de d petite
tit taille
t ill

Pr A. S. OUATTARA
 INTRODUCTION
y Méthodes d ’études  
y Structure des communautés microbiennes:
y Comptages
y Ex situ (à partir de prélèvements et cultures sur milieux
spécifiques)
y In situ après marquage par épifluorescence
y Séquençages
Sé d l ’ARN 16S
de 6S ou 18S
8S (séquençage
( é qualitatif,
li if
séquençage quantitatif)
y Fonctionnement :
y dosage de substrats consommés
y dosage de produits de métabolisme

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: boues activées
y Principe du procédé: biodégradations microbiennes très
rapides, très efficaces et complètes en aérobiose
y Mise en œuvre: effluents p prétraités ou eaux usées
prétraitées (ayant subies un dégrillage, un tamisage, une
décantation ou une filtration) sont :
y versées dans un ou plusieurs bassins d
d’oxydation
oxydation ou cuves
d’oxydation ou encore réacteurs montés série
y ensemencées avec une flore microbienne adéquate
y soumises à une forte aération par barbotage ou agitation
vigoureuse. Temps de séjour: 02 à 10 heures
y Effluents envoyés ensuite dans un décanteur secondaire

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: boues activées
y Mise
Mi en œuvre suite:
i après
è temps de
d décantation
dé i
variable,
y les
l boues
b sont recueillies
illi puis
i fractionnées
f i é en 2 parties
i
y une plus petite fraction est renvoyée dans réacteur de
tête pour servir d
d’inoculum
inoculum
y la plus grande fraction est envoyée dans une presse
hydraulique pour y être déshydratée,
déshydratée compactée
y Effluents clarifiés ensuite envoyés soit dans un bassin de
collecte soit dans un ouvrage de traitement tertiaire

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: boues activées
y Rendement
R d d’é
d’épuration:
i éli i au minimum
élimine i i 90%
%
de la DBO5 à l’entrée du système. Taux d’élimination
des pathogènes variables mais très médiocres.
médiocres
y Exercice d’application 1 : soient effluents dont DBO5
dans bassin de collecte = 700 mg O2/ml.
O2/ml Sachant que:
y à la sortie du traitement primaire, 35% de DBO5 initial
sont éliminés
y le rendement d ’épuration du réacteur est de 95%
y Déterminer la valeur de la DBO5 à la sortie du réacteur
Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: boues activées
y Rendement d d’épuration
épuration suite:
y Exercice d’application 2 : soient effluents dont DBO5
dans bassin de collecte = 55000 mg g O2/ml et concentration
de coliformes fécaux = 5.106 cellules/ml. Sachant que:
y à la sortie du traitement primaire, 40% de DBO5 initial et
30% de coliformes fécaux sont éliminés
y le rendement d ’épuration DBO5 du réacteur est de 98% et le
taux d’élimination de pathogènes est de 60%
y Déterminer la valeur de la DBO5 à la sortie du réacteur
y Déterminer la concentration de coliformes fécaux à la
sortie
ti du
d réacteur
é t
Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: boues activées
y Microbiologie: communauté microbienne diversifiée
(composition variable dépendant des microorganismes de
l’inoculum et de ceux initialement présents dans les eaux
usées.
é Les
L bactéries
b é i Gram‐
G représentent
é 50%
% du
d totall
y Flore courante: Alcaligenes, Pseudomonas, Flavobacterium,
Zooglea ramigera, Kurthia, Micrococcus, etc. Zooglea
ramigera et d’autres bactéries sécrétant du mucilage
contribuent à formation d’un floc gélatineux permettant
meilleure dégradation des substrats par Alcaligenes,
Alcaligenes
Pseudomonas, Flavobacterium.
y Flore occasionnelle: Nitrosomonas, Nitrobacter, Sphaerotilus,
Thi h i etc. Sphaerotilus
Thiothrix, S h il et Thiothrix
Thi h i causent "bulking"
"b lki "
Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: boues activées
y Microbiologie suite: flore microbienne minoritaire: 
y protozoaires mobiles (ciliés, flagellés ou à pseudopodes) 
ou immobiles (sporozoaires parasites) 
( p p )
y champignons microscopiques
y microalgues, 
g
y entérobactéries et bactéries diverses 
y virus 
y helminthes libres ou non (œufs, kystes ou spores)
y Proviennent des eaux usées via les tractus digestifs

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
INCONVENIENTS  AVANTAGES 
BOUES ACTIVEES BOUES ACTIVES

y Implémentation pas facile
p p y Compacte
p
y Coût fonctionnement élevé y Rapide et efficient
y Coût d’entretien élevé
y E i    f il
Entretien pas facile
y Mauvaise élimination des 
pathogènes
y Sensibles aux variations 
climatiques et intempéries

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: boues activées
yEEtude de cas 1: STEP DAFANI
d  d      STEP DAFANI
y Taille : industrielle
y Type d’eaux : eaux des process, toilettes, douches
d’ d l d h
y Type de dispositif: réacteur‐décanteur combinés
y Mode d’aération: barbotage
y Etude de cas 2: projection diapos de la station de 
traitement des eaux usées d’une brasserie au Mexique

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Principe du procédé: pouvoir auto
du procédé: pouvoir auto‐épurateur des eaux
épurateur des eaux
y Mise en œuvre: effluents prétraités ou eaux usées prétraitées
(ayant subies dégrillage, tamisage, et décantation) sont :
y versées dans un ensemble de trois bassins ou lagunes artificielles 
é  d     bl  d   i  b i    l   ifi i ll  
montés en série ayant des surfaces et des profondeurs variables
y Bassin le petit et le plus profond = bassin anaérobie (BA)
y Bassin intermédiaire = bassin facultatif (BF)
y Bassin le plus grand et le moins profond = bassin de maturation
y Temps de séjour: 03 à 6 semaines
y Effluents traités envoyés ensuite soit dans bassin de collecte soit 
dans ouvrage de traitement tertiaire 

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Mise en œuvre suite:
y Circuit des effluents: en tête de circuit BA, au milieu BF et en 
fin de circuit BM
y Profondeur bassin anaérobie : 3 à 5 m
y Profondeur bassin facultatif : 1,5 à 2 m
y Profondeur bassin de maturation : 0,75 à 1 m
bassin de maturation   0  à   m
y Profondeurs décroissantes et Superficies croissantes
y Surfaces (parois et fonds) sont à imperméabiliser
y Plusieurs variantes: lagunage à microphytes, lagunage aéré et 
lagunage à macrophytes

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Mise en œuvre fin: variantes du lagunage:
y Lagunage à microphytes: oxygénation (photosynthèse
oxygénique)
yg q ) assurée p par les cyanobactéries
y et
microalgues dans le bassin de maturation
y Lagunage aéré: oxygénation assurée par cyanobactéries,
microalgues
i l et une aération
é i par barbotage
b b
y Lagunage à macrophytes: oxygénation assurée par les
cyanobactéries microalgues et plantes flottantes
cyanobactéries,
(laitues d’eau, jacinthe d’eau) ou non flottantes
(bambous) dans le bassin de maturation

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration
Procédés d épuration aérobie
aérobie
y Cultures libres: 
BA
lagunage
y Schéma du circuit des 
effluents BF
y Bassin Anaérobie BA
y Bassin Facultatif BF
y Bassin de Maturation 
BM  BM

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Rendement
R d d’é
d’épuration:
i éli i
élimine 8 à 90%
80 % de
d la
l
DBO5 à l’entrée du système. Elimine au moins 99,5%
de pathogènes selon ensoleillement
y Exercice d’application 1 : soient effluents dont DBO5
dans bassin de collecte = 700 mg O2/ml.
O2/ml Sachant que:
y à la sortie du traitement primaire, 35% de DBO5 initial
sont éliminés
y le rendement d ’épuration du réacteur est de 85%
y Déterminer la valeur de la DBO5 à la sortie du réacteur
Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Rendement d d’épuration
épuration suite:
y Exercice d’application 2 : soient effluents dont DBO5
dans bassin de collecte = 55000 mg g O2/ml et concentration
de coliformes fécaux = 5.106 cellules/ml. Sachant que:
y à la sortie du traitement primaire, 40% de DBO5 initial et
30% de coliformes fécaux sont éliminés
y le rendement d ’épuration DBO5 du réacteur est de 85% et le
taux d’élimination de pathogènes est de 99,75%
y Déterminer la valeur de la DBO5 à la sortie du réacteur
y Déterminer la concentration de coliformes fécaux à la
sortie
ti du
d réacteur
é t
Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Microbiologie: retrouvés dans la flore microbienne:
y protozoaires mobiles (ciliés, flagellés ou à pseudopodes) ou
immobiles (sporozoaires parasites)
y champignons microscopiques
y microalgues,
g ,
y entérobactéries et bactéries diverses dont cyanobactéries
y virus
y helminthes libres ou non (oeufs, kystes ou spores)
y Plupart proviennent des eaux usées via les tractus digestifs

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Microbiologie suite: communauté microbienne variable selon bassins
y Bassin anaérobie: microorganismes anaérobies stricts
majoritaires.
y Structure: bactéries, protozoaires, champignons, virus et quelques
algues
l en surface.
f E
En profondeur,
f d microorganismes
i i anaérobies
é bi
majoritaires et plus on remonte en surface, plus on rencontrera des
aérobies
y Bassin facultatif: microorganismes aérobies‐anaérobies
aérobies anaérobies
facultatifs majoritaires.
y Structure: bactéries, protozoaires, champignons, virus et en surface
g
micro‐algues
y Bassin de maturation: microorganismes aérobies stricts
majoritaires.
y Structure : bactéries aérobies,, micro‐algues,
g ,p protozoaires,, champignons
pg
et virus

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Microbiologie
g fin: activités microbiennes selon bassins
considérés:
y Bassin anaérobie: biodégradation des polymères qui sont
hydrolysés en monomères puis en acides
y Bassin facultatif: monomères dégradés en acides
y Bassin de maturation: substrats dégradés en CO2
y Relations
l microorganismes‐microorganismes :
y antagonisme
y coopération
y syntrophie
y prédation protozoaires‐bactéries,
y parasitisme
ii b éi
bactéries‐virus
i
Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
INCONVENIENTS  AVANTAGES 
LAGUNAGE LAGUNAGE

y Nécessité d’importantes  y Implémentation facile
p
superficies de terrain
fi i  d   i
y Coût d’entretien faible
y Nécessite imperméabilisation 
d’importantes superficies y Coût fonctionnement faible
y Temps de traitement longs (3  y Entretien facile
à 6 semaines)
y Durée de vie élevée
y Attire moustiques 
y Nuisances olfactives possibles y Bonne élimination des 
y Sensibles aux variations  pathogènes
climatiques et intempéries

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures libres: lagunage
y Etude de cas 1: STEP 2iE
y Taille : pilote
y Type d’eaux : eaux de toilettes, douches et restaurant 
yp
universitaire à l’exclusion des eaux de laboratoire
Type de dispositif: 2 filières ayant chacun 3 bassins
y Etude de cas 2: STEP station municipale de Ouaga
Et d  d      STEP  t ti   i i l  d  O
y Taille: industrielle (plusieurs hectares)
y Type d
Type d’eaux: eaux de toilettes et douches des édifices du 
eaux: eaux de toilettes et douches des édifices du 
centre ville, eaux usées du marché central, eaux usées d’une 
brasserie, d’un abattoir et d’autres industries
y Type de dispositif: 2 filières ayant chacun 3 bassins
T  d  di itif    filiè   t  h    b i
Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures fixées: biofilm
y Principe:
p microorganismes
g fixés métaboliquement
q plus
p
actifs que microorganismes libres
y Mise en œuvre:
y un réacteur
é t estt rempli
li avec des
d matériaux
té i i t (cailloux
inertes ( ill
sauvages, pouzzolanes, coke, ou toute roche légère et
rugueuse).
y Les
L effluents
ffl t prétraités
ét ité sontt dispersés
di é à lal partie
ti supérieure
éi
du réacteur pour assurer répartition homogène des eaux sur le
lit de matériaux
y Les
L eaux percolentl sur le
l lit
li et sont récupérées
é é é à la l partie
i
inférieure du réacteur. Les microorganismes se fixent sur les
matériaux et épurent les eaux usées lors de la percolation

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures fixées: biofilm
y Mise en œuvre suite :
y un ou plusieurs autre(s) réacteur(s) rempli(s) de
matériaux inertes (cailloux sauvages,
g p pouzzolanes, coke,
ou toute roche légère et rugueuse) peut (peuvent) être
monté(s) en série.
y Si un seul réacteur est utilisé,
utilisé plusieurs passages sont
nécessaires pour obtenir un bon rendement d’épuration
y En cas de colmatage, le lit de matériaux doit être
remplacé ou vidé, nettoyé et remis en place
y Variantes: biofiltres, disques biologiques

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures fixées: biofilm
y Rendement
R d d’é
d’épuration
i :
y Elimination de 70 à 75% de la DBO5 à l’entrée.
y Pour améliorer rendement on peut faire plusieurs
passages des eaux traitées dans le réacteur ou
monter des
d réacteurs
é en série
éi
y Plupart des microorganismes sont retenus par le lit
d matériaux ce qui assure une bonne
de b élimination
l
des pathogènes

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures fixées: biofilm
y Microbiologie
Mi bi l i :
y Les microorganismes fixés proviennent des eaux
usées.
é En E se fixant
fi sur le
l lit
li de
d matériaux
éi il forment
ils f
un biofilm
y Plusieurs
Pl i types de
d microorganismes
i i sont rencontrés
é
dans les biofilms: bactéries, champignons
microscopiques,
i i algues
l microscopiques
i i en partie
ti
supérieure, protozoaires, etc.

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
INCONVENIENTS BIOFILM AVANTAGES BIOFILM
y Colmatages fréquents
l f y Implémentation facile
l f l
y Faible rendement  y Entretien facile
d élimination de la pollution 
d’élimination de la pollution  y Entretien peu coûteux
E t ti     ût
carbonée (DBO5) y Faible production de boues
y Bonne élimination des 
pathogènes
y Durée de vie élevée

Pr A. S. OUATTARA
 Procédés d’épuration aérobie
p
y Cultures fixées: biofilm
yE
Etude
d ded cas 1 : STEP 2iE iE
y Taille : pilote
y Type d’eaux
d’ : eaux ded toilettes,
l d
douches
h et restaurant
universitaire à l’exclusion des eaux de laboratoire
y Type
T d dispositif:
de di itif 2 filières
filiè
y Filière 1 lit bactérien circulaire rempli de cailloux sauvages;
y Filière 2 lit bactérien rectangulaire rempli de briques en terre
cuite

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration anaérobie
p
y Digesteurs anaérobies
y Principe: en conditions anaérobies microorganismes
réalisent biodégradations complète des polymères même à
fortes charges spécifiques. Exemple: panse des ruminants
y Mise en œuvre:
y Réacteur hermétiquement fermé, fonctionnant en
anaérobiose stricte sous régime de culture continue et ayant
un système de récupération des gaz produits
y Eaux usées introduites généralement dans la partie inférieure
ou médiane
d d réacteur
du
y Inoculation ou ensemencement nécessaire au démarrage
y Eaux traitées récupérées dans la partie supérieure

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration anaérobie
p
y Digesteurs anaérobies
y Mi
Mise en œuvre suite:
i
y Récupération d’un mélange de CO2 et CH4 (biogaz)
y Plusieurs
l technologies:
h l
y lagunes anaérobies
y réacteurs
é t UASB (lit de
d granules
l boues)
b )
y filtres anaérobies à flux ascendant (supports fixes), filtres
anaérobies à flux descendant ((supports
pp fixes))
y etc.

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration anaérobie
p
y Digesteurs anaérobies
y Rendement épuratoire: élimination de 100% pour DBO5
et pathogènes
y Microbiologie:
g 4 types
yp de réactions biochimiques
q
y Réactions d’hydrolyse assurées par microorganismes
hydrolytiques (bactéries, champignons, protozoaires)
y Réactions d d’acidogénèse
acidogénèse (acides organiques,
organiques acides gras)
réalisées par microorganismes fermentaires (AAF+AS)
y Réactions d’acétogénèse
g assurées p par microorganismes
g
acétogènes anaérobies strictes ou facultatifs
y Réactions de méthanogénèse réalisées par bactéries
méthanogènes

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration anaérobie
p
y Digesteurs anaérobies
y Microbiologie s: plusieurs types de microorganismes 
anaérobies. Exemples:
y Bactéries anaérobies :
y Clostridium, Anaerocellum, Thermoanaerobacter, 
Acetomicrobium  Coprothermobacter  
Acetomicrobium, Coprothermobacter, 
y Syntrophomonas, Syntrophobacter, 
y Methanobacter, Methanobacterium, Methanococcus, 
Methanobacter  Methanobacterium  Methanococcus  
Methanosarcina, Methanospirillum, Methanosaeta, etc.

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration anaérobie
p
y Digesteurs anaérobies
y Microbiologie suite: plusieurs types de 
microorganismes. Exemples:
y Bactéries aérobies‐anaérobies facultatives:
Bactéries aérobies anaérobies facultatives:
y Enterobacter, Klebsiella, Escherichia, etc.
E t  St t  St h l   t
y Enterococcus, Streptococcus, Staphylococcus, etc.
y Bactéries aérobies strictes
y Flavobacterium, Pseudomonas, Stenotrophomonas, 
Fl b i  P d  S h  
Xanthomonas, Pseudoxanthomonas, etc.

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration anaérobie
p
INCONVENIENTS  AVANTAGES DIGESTION 
DIGESTION ANAEROBIE ANAEROBIE

y Implémentation difficile y Elimine de fortes charges 
y Entretien pas facile  spécifiques
nécessitant personnel qualifié y Permet de travailler en 
y Coût d’entretien élevé thermophilie
y Production de biogaz 
pouvant être utilisé comme 
source d énergie
source d’énergie

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d’épuration anaérobie
p
y Digesteurs anaérobies
y Etude de cas 1: fosses septiques des habitations et des 
E d  d      f   i  d  h bi i    d  
édifices
y Taille: variable
T ill   i bl
y Type d’eaux usées: eaux domestiques (cuisines, toilettes, 
douches et autres)
y Etude de cas 2: réacteur UASB au Ghana
y Taille: industrielle
T ill  i d i ll
y Type d’eaux usées: eaux de process, eaux de toilettes et 
douches
Pr A. S. OUATTARA
Procédés d épuration: post traitement
Procédés d’épuration: post‐traitement
y Eaux obtenues après traitement secondaire:
y sont souvent propres,
propres presque inodores et incolores
y ont DBO5 acceptables (inférieurs à 20 ‐ 30 mg/l)
y contiennent très peu de pathogènes
y Ces eaux traitées peuvent être utilisées pour arrosage des
plantes et abreuvage des animaux
y Néanmoins
Né i ces eaux contiennent:
i
y quelques microorganismes pathogènes
y des micropolluants minéraux non toxiques (nitrates,(nitrates
phosphates, etc.)
y des micropolluants toxiques (métaux lourds, arsenic, etc.)

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d épuration: post traitement
Procédés d’épuration: post‐traitement
y Le rejet de ces eaux dans écosystèmes peut provoquer:
y épidémies ou épizooties
é idé i    é i ti
y eutrophisation des plans d’eau
y Nécessité de réaliser un traitement tertiaire
Né i é d   é li     i   i i
y Procédés physico‐chimiques: 
y Filtration sur divers matériaux (sable, membranes)
y Adsorption sur charbon activé
y Désionisation

Pr A. S. OUATTARA
Procédés d épuration: post traitement
Procédés d’épuration: post‐traitement
Technique Taille P R
Taille P.R. Exemple

Filtration sur sable 10 µm Levures

Microfiltration 0,1 µm Globules

Ultrafiltration 0,01 µm
, µ Virus, ADN
,

Nanofiltration 0,001 µm Sels dissous

Osmose inverse 0,0001 µm Sels dissous

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Agents pathogènes d’origine hydrique:
y Virus: 
y virus de l
virus de l'hépatite A 
hépatite A 
y Rotavirus (gastroentérites) 
y virus de la poliomyélite 
y virus coxsackie
y Agent de Norwalk, 
A  d  N lk  
y virus respiratoire syncytial
y Bactéries: 
y Salmonella typhi, Salmonella paratyphi,
yp , p yp ,
y Shigella dysenteriae,  Shigella sonnei, Shigella flexneri, Shigella boydi
y Vibrio cholerae
y Escherichia coli
y Campylobacter fœtus
y Helicobacter pilori
y Pseudomonas pseudomallei
y Leptospira
y etc.
t

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Agents pathogènes d’origine hydrique:
y Protozoaires: 
y Giardia lamblia, 
y Entamoeba histolytica, 
y
y Balantidium coli, 
y Nagleria fowleri
yH
Helminthes: 
l i h  
y Schistosoma haematobium, 
y Schistosoma mansoni, 
mansoni  
y Schistosoma japonicum, 
y Trichiuris trichiura

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de consommation
y Eaux de stations de potabilisation
y Plusieurs analyses/jour, dans le temps et l’espace
y Germes recherchés: indicateurs de contamination fécale
y Coliformes totaux et coliformes fécaux
y Entérocoques (ex streptocoques fécaux)
y Protocole:
y 100 ou 250 ml d’eau filtrée sur filtre de cellulose stérile puis
filtre placé dans boîte de Pétri contenant milieu approprié
y Incubation à 25‐35 °C pour coliformes totaux et entérocoques
y Incubation à 44 °C pour coliformes fécaux

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de 
consommation
y Coliformes totaux: bacilles aérobies‐anaérobies
facultatifs, Gram‐, spore‐, cytochrome oxydase‐ et dont la
fermentation du lactose (en moins de 48 heures à 35 °C) C)
s'accompagne de la production d'acide et de CO2.
y Coliformes fécaux: bacilles aérobies‐anaérobies
f
facultatifs,
lt tif Gram‐,
G spore‐, cytochrome
t h oxydase‐
d ett dont
d t la
l
fermentation du lactose (en ‐ de 24 heures à 44 °C)
s'accompagne de la production d'acide et de CO2. Sont
thermotolérants
h lé et ne se trouvent que dans
d tube
b digestif
di if
des animaux à sang chaud (oiseaux et mammifères). Fortes
concentrations dans matières fécales oiseaux et
mammifères.
ifè
Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de 
consommation
y Espèces coliformes fécaux:
y Citrobacter freundii,
freundii
y Enterobacter aerogenes,
y Enterobacter cloacae,
y Enterobacter intermedium,
y Escherichia aurescens,,
y E. coli et
y Klebsiella pneumoniae

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de consommation
y Coliformes fécaux
y L’utilité et la fidélité des coliformes fécaux comme
indicateur de pollution par des matières fécales sont
généralement mises en évidence par les faits suivants :
y la densité des coliformes fécaux et de E. coli est généralement
proportionnelle au degré de pollution produite par les
matières fécales;
y si des bactéries pathogènes d’origine intestinale sont
présentes,
é il y a également
é l d coliformes
des lif fé
fécaux et E.
E coli,
li ces
derniers étant généralement en plus grand nombre que les
bactéries pathogènes;

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de consommation
y Coliformes fécaux
y les coliformes fécaux et E. coli sont toujours présents dans
l’intestin des humains et des animaux à sang g chaud et ils sont
éliminés en grande quantité dans les matières fécales;
y la survie des coliformes fécaux et de E. coli dans
l’ i
l’environnement est généralement
é é l é i l
équivalente à celle
ll des
d
bactéries pathogènes et elle est habituellement inférieure à
celle des coliformes totaux;;
y les coliformes fécaux et E. coli sont habituellement sans
risque pour les humains et ils peuvent être dénombrés par des
techniques
h d laboratoire
de l b relativement
l simples.
l
Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de consommation
y Coliformes fécaux
y Les coliformes fécaux de même que E. coli sont des indicateurs
d’une contamination récente ou constante, d’origine fécale humaine
ou animale. E. coli est un indicateur plus spécifique d’une
contamination fécale que le groupe des coliformes fécaux.
fécaux
y Les principales sources environnementales de coliformes fécaux et
de E. coli sont :
y les rejets d d’eaux
eaux usées domestiques et municipales et parfois
industrielles.
y Les activités agricoles reliées à l’épandage ou à l’entreposage des fumiers
et des lisiers peuvent être à l’origine de pollution microbiologique.
y C’est pourquoi les coliformes fécaux et E. coli sont utilisés
fréquemment dans la réglementation et les suivis
environnementaux (ex. : eau potable, eaux de baignade, eaux usées,
etc )
etc.).

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de consommation
y Entérocoques : coques en chainettes Gram+, Catalase ‐, spores‐, anaérobies
ffacultatives
lt ti vivant
i t dans
d t b digestif
tube di tif des
d animaux
i à sang chaud.
h d
y Espèces du genre Enterococcus:
y E. faecalis, 
y E  faecium
E. faecium,
y E. avium, 
y E. durans, 
y E. gallinarum, 
y E. cecorum, 
y E. hirae, 
y E. casseliflavus, 
y E. malodoratus,
y E. mundtii, 
y E. pseudoavium, 
y E. raffinosus et 
y E   li i
E. solitarius

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de consommation
y Eaux de forage
y Analyses non quotidiennes
y Germes recherchés: coliformes totaux, totaux coliformes fécaux,
fécaux
entérocoques, spores de Clostridium perfringens
y Protocole: filtration de 100 à 250 5 ml d’eau sur filtre de
cellulose stérile puis filtre placé dans boîte de Pétri contenant
milieu approprié.
y Plusieurs
Pl i normes AFNOR : NF T 90‐413 à 90‐420 pour
coliformes et entérocoques et NF V 08‐056 pour clostridies.
y Incubation à température adéquate (25 (25‐35
35 °C)
C)

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Clostridium perfringens: bacilles anaérobies strict,
Gram+,, spore+,
p , catalase‐
y Le principal intérêt de cette recherche réside dans le fait
que Clostridium perfringens est d'origine fécale et élabore
d endospores.
des d C
Cette d iè caractéristique
dernière éi i l i confère
lui fè
une survie plus longue que les entérocoques ou les
coliformes.
y Clostridium perfringens s'avère utile pour clarifier les
résultats ambigus obtenus lors de la recherche de
coliformes
lif ou pour détecter
dé d contaminations
des i i fé l
fécales
indirectes ou irrégulières, notamment dans les puits où
a a yse des co
l'analyse coliformes
o es n'est
es pas régulièrement
égu è e e p pratiquée
a quée

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Normes microbiologiques eau potable
y tout échantillon doit être exempt de coliformes fécaux ou
d'autres microorganismes d'origine fécale
y quand on prélève plus de 10 échantillons au cours d'une
période
é i d de d 30 jours
j consécutifs,
é tif au moins i 90 % desd
échantillons doivent être exempts de tout coliforme.
Toutefois, aucun échantillon ne doit contenir plus de 10
coliformes
lf non fécaux
f par 100 mll d'eau
d'
y quand on prélève 10 échantillons ou moins au cours d'une
période de 30 jours consécutifs, un seul échantillon, au plus,
peut contenir des coliformes. Toutefois, aucun échantillon ne
doit contenir plus de 10 coliformes non fécaux par 100 ml
d eau
d'eau

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de baignade
y Fréquences d d’analyse
analyse pour les eaux douces :
y Piscines publiques : quotidienne (1 à 2 fois/jour)
y Sites naturels aménagés : bimensuelle
y Germes recherchés en routine: coliformes fécaux,
e té ocoques, co
entérocoques, coliformes
o es totau
totaux,, Pseudomonas
seudo o as
aeruginosa
y Germes recherchés en cas p pollution p
par eaux usées ou
par eaux de ruissellement: salmonelles, entérovirus
y Protocole recherche Pseudomonas aeruginosa:

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de baignade
y Pseudomonas aeruginosa est une bactérie de la famille
des Pseudomonadaceae en forme de bâtonnet, aérobie
stricte,, Gram négatif,
g , non sporogène,
p g , cytochrome‐
y
oxydase positive, mobile par cils polaires produisant
les pigments de fluorescéine et de pyocyanine.
y Recherche Pseudomonas aeruginosa utile pour
effectuer des enquêtes épidémiologiques dans le cas
d'infections
d infections de ll'œil
œil, de ll'oreille
oreille, du nez ou de la gorge
survenant lors de baignade en rivière, en piscine ou
par suite de l'utilisation de bains tourbillons
p

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de baignade
y P.
P aeruginosa est un indicateur valable pour les eaux à
vocation récréative car il permet de vérifier l’efficacité
du traitement de désinfection. Ce p paramètre est en
effet utilisé comme critère dans le Règlement sur la
qualité de l'eau des piscines et autres bassins artificiels.
y De plus, l’absence de P. aeruginosa est importante non
seulement du point de vue de son rôle en tant
qu’indicateur
qu indicateur, mais également parce qu qu’il
il est un
pathogène opportunisme dont la transmission est
souvent associée à l’eau.

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de usées
y Fréquence
q d’analyse:
y q quotidienne ((1 à 3 fois/jour)
/j ) à l’entrée
et à la sortie du système
y Germes recherchés: coliformes totaux, coliformes fécaux et
entérocoques œufs et kystes de parasites
entérocoques,
y Protocoles:
y Protocole coliformes
y Protocole entérocoques: Norme Afnor : NF T 90‐416 pour les
autres eaux gélose de Slanetz et Bartley.
y Protocole œufs et kystes de parasites: Concentration par
filtration sur membrane. Examen microscopique. Test de
pathogénicité. Concentration par filtration sur membrane.
Examen microscopique.
pq Test de p
pathogénicité.
g

Pr A. S. OUATTARA
 Microbiologie sanitaire
g
y Analyse microbiologique des eaux de usées
y Coliformes totaux: Norme Afnor : NF T 90‐414, 
C lif    N  Af    NF T   
gélose lactosée au TTC et au tergitol‐7.
y Coliformes fécaux: Norme Afnor : NF T 90‐414, 
C lif  fé  N  Af    NF T   
gélose lactosée au TTC et au tergitol‐7.
y Gélose lactosée au TTC et tergitol‐7 remplacé par 
Gél  l é    TTC    i l   l é   
Chromocult agar
y Entérocoques: Norme Afnor : NF T 90‐416 pour les 
E té  N  Af    NF T  6   l  
eaux autres que eaux de consommation. Gélose de 
Slanetz et Bartley utilisée.
Slanetz et Bartley utilisée
Pr A. S. OUATTARA
 CONCLUSION
y L’épuration des eaux usées par les procédés biologiques
repose en grande partie sur les capacités des
microorganismes à dégrader les polluants
y Ces microorganismes se présentent sous forme de cellules
libres (boues activées, lagunage) ou de cellules fixées
(biofilm)
y La structure des communautés microbiennes comprend
des bactéries, des protozoaires, des champignons et des
micro‐algues
i l
y Les interactions microorganismes‐microorganismes sont la
coopération,
é ti l syntrophie,
la t hi la l prédation
éd ti ett le
l parasitisme
iti
Pr A. S. OUATTARA