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Virus émergents et réémergents

Faire face à l’apparition de maladies

virales infectieuses, un défi contemporain
Valérie CHOUMET L’émergence de maladies infectieuses virales peut revêtir différents aspects. Il peut s’agir
Pharmacienne, d’infections apparues récemment au sein d’une population ou de pathologies dont l’inci-
docteur ès sciences
dence ou la répartition géographique augmente rapidement. Les facteurs déterminants
Unité environnement comprennent le franchissement de la barrière d’espèce entre l’animal et l’être humain,
et risques infectieux, et le réchauffement climatique.
Institut Pasteur,
25 rue du Docteur-Roux, © 2021 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés
75724 Paris cedex 15, France Mots clés – arbovirus ; émergence ; réémergence ; virus à acide ribonucléique ; zoonose

Coping with the emergence of infectious viral diseases: a contemporary challenge. The emer-
gence of viral infectious diseases can take many forms. These may be newly emerging
infections in a population or diseases that are rapidly increasing in incidence or geographical
distribution. Determining factors include the crossing of the species barrier between animals
and humans, and global warming.
© 2021 Elsevier Masson SAS. All rights reserved
Keywords – arbovirus; emergence; re-emergence; ribonucleic acid virus; zoonosis

L
es maladies infectieuses constituent la plus
grande menace qui soit pour la santé publique.
Elles représentent la deuxième cause de décès
dans le monde et ont des conséquences très notables
en termes de diminution de la durée de vie.
Parmi les nombreux défis sanitaires que nous devons
affronter, ces maladies se distinguent par leur capa-
cité à avoir un impact profond sur l’espèce humaine.
Elles ont ainsi été des acteurs incontournables de
notre histoire. Les grandes pandémies et les épidémies
locales ont influencé le cours des guerres, déterminé
le sort des nations et des empires, et affecté les progrès
de la civilisation.
Définition d’une maladie émergente
F L’émergence se réfère à un phénomène nou-
veau au sein d’un système complexe. Dans le cadre
des maladies infectieuses, l’émergence, voire la réémer-
gence peuvent revêtir différents aspects. Il peut s’agir
soit d’infections qui sont apparues récemment au sein
d’une population, soit d’infections dont l’incidence
ou la répartition géographique augmente rapidement
ou menace de croître dans un proche avenir (figure 1).
F Les infections émergentes peuvent être causées
par des agents infectieux non détectés auparavant
ou inconnus. L’identification du virus de l’immuno-
déficience humaine au début des années 1980 en est
un exemple frappant [1]. Il en est de même pour le severe
acute respiratory syndrome coronavirus 2, à l’origine
Adresse e-mail :
valerie.choumet@pasteur.fr de la pandémie actuelle de la Covid-19 [2], et du Middle
(V. Choumet). East respiratory syndrome coronavirus, qui est apparu
pour la première fois en 2012, en Arabie Saoudite [3].
Ces infections sont la conséquence d’un franchis-
sement de la barrière d’espèce entre l’animal et l’être
humain.
F Les maladies émergentes peuvent être dues à
des agents infectieux connus qui se sont propagés
vers de nouvelles zones géographiques ou au sein
de nouvelles populations. Le chikungunya est provo-
qué par le virus du même nom, transmis par des mous-
tiques du genre Aedes ( Aedes aegypti et Aedes
albopictus). Dans le passé, cette maladie était confinée
aux régions tropicales situées autour de l’océan Indien,
mais depuis ces vingt dernières années, de nouvelles
zones sont touchées [4]. À la fin de l’été 2007, plus
de 260 habitants de la ville de Ravenne, en Italie, ont
été infectés par le virus du chikungunya. À l’origine
de cette petite épidémie, un seul patient concerné et
la présence d’une grande population d’A. albopictus,
moustique invasif et vecteur de nombreuses arbo-
viroses, dont la propagation n’a été prise en compte
que tardivement en Italie [5]. En 2014, des flambées
de chikungunya ont été signalées dans plusieurs pays
d’Europe, d’Asie, d’Afrique et des Amériques (Caraïbes,
Amérique centrale et Amérique du Sud). Le virus est
arrivé aux États-Unis durant l’été 2014, mais jusqu’à
présent, sa transmission locale est limitée à la Floride et
au Texas [6]. Bien que le virus du chikungunya n’entraîne
généralement pas de décès, il sert d’avertissement
au regard d’autres maladies tropicales plus dévasta-
trices qui pourraient apparaître. Autre exemple, le virus
de la fièvre du Nil occidental, arbovirus de la famille

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16 http://dx.doi.org/10.1016/j.actpha.2021.06.007 • n° 608 • septembre 2021 •

© V. Choumet
Figure 1. Maladies émergentes (en violet) et réémergentes (en vert) au niveau mondial.
des Flaviviridae, est responsable d’une zoonose connue
en France depuis les années 1960. Il a été identifié pour
la première fois aux États-Unis en 1999 et a été à l’ori-
gine d’une épidémie dans l’État de New York [1]. Depuis,
il reste endémique dans ce pays où son aire de distri-
bution s’est étendue d’est en ouest.
F Les maladies infectieuses émergentes peuvent
également être provoquées par des agents précé-
demment connus et dont le rôle dans des patho-
logies spécifiques n’était auparavant pas avéré.
On peut citer l’exemple du virus Zika, isolé en 1947
sur un macaque rhésus fébrile dans la forêt Zika,
en Ouganda. Les épidémies, qui sont apparues dans
les îles de l’océan Pacifique en 2014 et en Amérique
du Sud en 2015, ont fait émerger de nouveaux symp-
tômes en lien avec l’infection causée par ce virus [7].
Ainsi, la fièvre Zika a été associée à la survenue de cas
de syndrome de Guillain-Barré ou à des anomalies
congénitales connues sous le nom de microcéphalies.
F Certaines réémergences sont dues à des agents
infectieux à l’origine de maladies dont l’incidence
avait considérablement diminué dans le passé,
jusqu’à ce qu’elle croisse à nouveau. En décembre 2015,
une épidémie de fièvre jaune a été signalée en Angola
et s’est ensuite propagée en République démocratique
du Congo, en Ouganda, au Kenya, en Éthiopie et
en Chine. Cette flambée a attiré une attention renou-
velée sur la fièvre jaune et fait craindre qu’elle se pro-
page en Asie et sur le continent américain, y compris
aux États-Unis [8]. En mai 2016, 43 cas suspects ont
été signalés au Pérou, soit le double du nombre déclaré
les années précédentes. Sur les quatorze cas qui ont été
confirmés, quatre décès ont été à déplorer.
Actualités pharmaceutiques
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Virus émergents et réémergents
F Parmi le spectre des maladies infectieuses émer-
gentes, il est également important d’évoquer celles
qui peuvent être la conséquence d’actes de bio-
terrorisme ou de négligences. Les bioterroristes
peuvent utiliser des organismes pathogènes naturels
ou génétiquement modifiés pour résister aux thérapies
actuelles et échapper à l’immunité induite par
les vaccins. Les agents de guerre biologique poten-
tiels identifiés regroupent notamment ceux qui pro-
voquent le charbon, le botulisme, la peste, la variole,
la tularémie et les fièvres hémorragiques. Les bio-
agressions peuvent également être dues à des négli-
gences, par exemple à des fuites de laboratoires et des
défaillances des structures de confinement. Ce type
d’accident est probablement à l’origine d’une pandémie
grippale due au virus influenza H1N1 en 1977, au départ
de la Sibérie [9], et de l’identification du virus de la mala-
die de Marburg (anciennement connue sous le nom
de fièvre hémorragique de Marburg). Ce virus a été iden-
tifié pour la première fois en 1967 au cours d’une épi-
démie survenue à Marburg et à Francfort, en Allemagne,
et à Belgrade, en ex-Yougoslavie, à la suite de l’impor-
tation de singes infectés prélevés en Ouganda [10].
Depuis, plusieurs flambées épidémiques ont été obser-
vées sur le continent africain, la dernière en date ayant
eu lieu en 2017 en Ouganda et au Kenya [11].
Un rythme d’émergence très soutenu
F L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a
noté, dans son rapport de 2007, que les maladies
infectieuses émergent à un rythme inédit. Depuis
les années 1970, une quarantaine ont été découvertes.
Les exemples les plus marquants des deux dernières
17
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Virus émergents et réémergents

décennies sont l’apparition du syndrome respiratoire
aigu sévère en 2003, le franchissement de la barrière
d’espèce du virus de la grippe aviaire H5N1, qui a
contaminé l’être humain en 1995 [12], et l’épidémie due
au virus Ebola en Afrique de l’Ouest, en 2014 [13].
F Difficiles à prévoir, ces menaces pour la santé
publique sont la résultante d’un certain nombre
d’événements qui, seuls ou collectivement, entraînent
des changements significatifs dans la relation,
en constante évolution, entre l’agent pathogène et
l’hôte. Ces facteurs comprennent la croissance démo-
graphique, la migration vers les grandes aggloméra-
tions, le changement climatique, le développement
des transports et l’évolution globale des comporte-
ments humains.
Facteurs déterminants
d’une émergence
F Pour qu’une maladie émergente puisse s’éta-
blir, au moins deux événements doivent se produire
concomitamment. L’agent infectieux doit d’abord être
introduit dans une population vulnérable, puis avoir
la capacité à se propager facilement d’un individu à
l’autre. L’infection doit également pouvoir se maintenir
au sein de la population, c’est-à-dire qu’un flux continu
de personnes contaminées doit être produit.
F Les zoonoses sont à l’origine de nombreuses
maladies émergentes. La pression démographique
entraîne la colonisation de nouveaux territoires par
les humains. Ainsi, un contact étroit peut s’établir avec
des espèces animales qui sont les hôtes potentiels
d’un agent infectieux. La combinaison de ce facteur à
une augmentation de la mobilité humaine représente
une menace sérieuse pour notre santé.
F Le changement climatique constitue une pré-
occupation grandissante en tant que fac-
teur d’émergence de maladies infectieuses [14].
À mesure que le réchauffement climatique se ren-
force et que les habitats sont modifiés, elles peuvent
se propager dans de nouvelles zones géographiques.
Ainsi, l’élévation des températures permet aux vecteurs
tels les moustiques et les tiques – et aux maladies
qu’ils transmettent – d’étendre leur aire de réparti-
tion dans des régions où ils n’avaient pas été repé-
rés auparavant [15]. Une autre menace est relative à
la fonte du pergélisol. En effet, les températures ont
augmenté plus rapidement dans l’Arctique qu’ail-
leurs dans l’hémisphère Nord, dépassant les prévi-
sions actuelles des modèles climatiques. On sait
qu’un nombre important de microorganismes viables
sont présents dans le pergélisol, notamment dans
les couches les plus anciennes. Les preuves dispo-
nibles étayent l’hypothèse selon laquelle les agents
pathogènes sont également préservés dans les glaciers
et les calottes glaciaires [16]. Le pergélisol et la glace
fondent à des latitudes plus élevées et à des profon-
deurs plus importantes que jamais. À mesure de leur
fonte, des cadavres d’animaux et d’êtres humains
infectés jusqu’alors enterrés peuvent être exposés.
Les inondations et la perturbation des sols qui en résulte
créent des voies potentielles de dispersion des agents
pathogènes.
F La résistance aux antimicrobiens est un facteur
particulièrement important dans la réémergence

Références
[1] Asnis DS, Conetta R,
Waldman G, Teixeira AA.
The West Nile virus
encephalitis outbreak in the
United States (1999-2000):
from Flushing, New York, to
beyond its borders. Ann N Y
Acad Sci 2001;951:161–71.
[2] Dhama K, Khan S, Tiwari R,
et al. Coronavirus disease
2019-COVID-19. Clin Microbiol
Rev 2020;33(4). e00028-20.
[3] Dawson P, Malik MR,
© puzurin/stock.adobe.com

Parvez F, Morse SS. What

have we learned about
middle east respiratory
syndrome coronavirus
emergence in humans?
A systematic literature review.
Vector Borne Zoonotic Dis En raison de la crise climatique, un nombre important de micro-organismes viables présents dans le pergélisol pourraient être
2019;19(3):174–92. libérés et se révéler pathogènes.

Actualités pharmaceutiques
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Virus émergents et réémergents

des infections. Les bactéries, virus et autres micro- de nombreux événements mutationnels et proces-
Références
organismes peuvent évoluer dans le temps et déve- sus évolutifs qui sous-tendent la capacité des virus à
[4] Moizéis RNC,
lopper une résistance aux médicaments les plus franchir la barrière d’espèce et à s’adapter à de nou- Fernandes TAAM, Guedes
utilisés pour traiter les maladies qu’ils entraînent [17]. veaux hôtes, à acquérir une résistance aux agents anti- PMDM, et al. Chikungunya
fever: a threat to global public
Par conséquent, les thérapeutiques qui étaient efficaces viraux et à échapper à la réponse immunitaire de l’hôte
health. Pathog Glob Health
dans le passé deviennent inopérantes. demeurent mal compris. 2018;112(4):182–94.
F La baisse de la couverture vaccinale est un autre [5] Rezza G, Nicoletti L,
facteur qu’il convient de prendre en compte [18]. Comment se préparer Angelini R, et al. Infection
Elle peut résulter de deux paramètres dont le premier à une émergence with chikungunya virus
in Italy: an outbreak in
est l’hésitation vaccinale. Même lorsqu’un vaccin sûr Dans ce contexte mouvant, il est important de se pré- a temperate region. Lancet
et efficace existe, un nombre croissant de personnes parer à affronter de nouveaux défis. 2007;370(9602):1840–6.
choisissent de ne pas se faire immuniser. L’exemple [6] Cauchemez S, Ledrans M,
Poletto C, et al. Local
du vaccin contre la rougeole est éclairant de ce point Les nouvelles technologies and regional spread of
de vue. La rougeole est une infection très contagieuse dans l’identification des pathogènes chikungunya fever in the
et grave qui a été éliminée de l’hémisphère occidental Une réponse partielle à cette question centrale peut être Americas. Euro Surveill
2014;19(28):20854.
en 2016. Elle est réapparue dans certaines régions fournie par les technologies de séquençage de nou-
[7] Chang C, Ortiz K, Ansari A,
en raison d’une augmentation du nombre de per- velle génération récemment développées. Elles per-
Gershwin ME. The Zika
sonnes optant pour des exemptions de vaccination mettent de séquencer en profondeur des génomes outbreak of the 21st century.
pour des raisons personnelles et/ou philosophiques. de virus, c’est-à-dire à des niveaux de couverture très J Autoimmun 2016;68:1–13.
Fin 2018, l’OMS observait « une résurgence mondiale » élevés [20]. La comparaison des séquences géno- [8] Shearer FM, Longbottom J,
Browne AJ, et al. Existing and
de la rougeole, considérant qu’elle représentait miques à l’aide d’analyses informatiques devrait
potential infection risk zones
« un grave motif de préoccupation » [19]. En raison permettre d’identifier les déterminants génétiques of yellow fever worldwide:
de la baisse de la couverture vaccinale, les cas de rou- du double processus d’infection et de transmission, a modelling analysis. Lancet
Glob Health 2018;6(3):e270–8.
geole sont, de loin, les plus élevés depuis dix ans ; plus mais aussi de comprendre le mécanisme d’adapta-
[9] Rozo M, Gronvall GK.
de 2 900 cas ont été signalés en France en 2018 et ont tion à de nouvelles espèces hôtes. Ces technologies The reemergent 1977
provoqué trois décès. Le second paramètre corres- peuvent être délocalisées en réponse à des flam- H1N1 strain and the gain-
pond à la perturbation des mesures de prévention liée bées épidémiques inédites dans différentes régions of-function debate. mBio
2015;6(4):e01013–e1015.
à l’instabilité des régimes politiques menant à la résur- du monde. Les mêmes infrastructures et technologies
[10] Martini GA. Marburg virus
gence de zones de conflit où l’aide humanitaire ne peut pourraient être utilisées pour sonder l’environnement disease. Postgrad Med J
plus accéder. Ainsi, la pandémie de Covid-19 a été en continu, afin de définir le spectre des pathogènes 1973;49(574):542–6.
à l’origine d’une baisse de la vaccination générale susceptibles d’être identifiés via un séquençage à haut [11] Nyakarahuka L,
au niveau mondial. débit comme appartenant à des familles connues pour Shoemaker TR, Balinandi S,
et al. Marburg virus disease
infecter l’être humain. La combinaison de l’amélio- outbreak in Kween District
Émergence des virus pandémiques ration de la surveillance et des outils de diagnostic Uganda, 2017: epidemiological
F Bien que des progrès considérables aient été devrait nous permettre d’être mieux préparés face à and laboratory findings.
PLoS Negl Trop Dis
accomplis dans le domaine médical, l’émergence l’émergence de maladies infectieuses. 2019;13(3):e0007257.
ou la réémergence de nouveaux virus pandémiques [12] Guan Y, Smith GJD.
reste un problème actuel de santé humaine. L’une La recherche The emergence and
des caracté ristiques les plus importantes de tous sur les maladies infectieuses diversification of panzootic
H5N1 influenza viruses. Virus
les virus à acide ribonucléique (ARN) est leur taux élevé La mise au point de vaccins et de médicaments anti- Res 2013;178(1):35–43.
de mutations génomiques (et par conséquent de substi- microbiens, ainsi que l’éradication remarquable [13] LaBrunda M, Amin N.
tutions nucléotidiques), qui se produisent souvent plus de la variole ont fait naître l’espoir que les maladies The emerging threat of
rapidement que dans les organismes à base d’acide infectieuses pourraient être maîtrisées, voire éliminées. Ebola. Global Health Security
2020;103–39.
désoxyribonucléique (ADN). Cependant, nous avons pris conscience qu’elles conti-
[14] El-Sayed A, Kamel M.
F En conséquence, les virus à ARN abritent sou- nuent d’émerger et de réapparaître (en tenant compte Climatic changes and their
vent une variation génétique intrahôte importante. également du bioterrorisme), ce qui souligne les défis role in emergence and
Cette variation, associée à la plasticité du génome à relever dans la recherche sur ce type de pathologies. re-emergence of diseases.
Environ Sci Pollut Res Int
résultant de la recombinaison ou du réassorti- Leur étude repose à la fois sur la recherche fonda- 2020;27(18):22336–52.
ment, offre à ces virus de nombreuses opportunités mentale, pour tenter de comprendre plus en détail [15] Robert MA, Stewart-
d’acquérir des mutations qui augmentent leur aptitude comment les agents concernés provoquent des mala- Ibarra AM, Estallo EL. Climate
infectieuse chez l’humain et améliorent leur émergence dies et comment le système immunitaire humain réagit, change and viral emergence:
evidence from Aedes-borne
en tant que nouvelles maladies zoonotiques, voire leur et sur des recherches plus ciblées sur le dévelop- arboviruses. Curr Opin Virol
réémergence en tant que nouvelles variantes anti- pement et l’évaluation de vaccins et d’autres outils 2020;40:41–7.
géniques ou résistantes aux médicaments. Cependant, visant à prévenir les infections.

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Virus émergents et réémergents
Références
[16] Revich B, Tokarevich N,
Parkinson AJ. Climate change
and zoonotic infections
in the Russian Arctic.
Int J Circumpolar Health
2012;71:18792.
[17] Asokan GV,
Kasimanickam RK.
Emerging infectious diseases,
antimicrobial resistance and
millennium development
goals: resolving the challenges
through one health. Cent Asian
J Glob Health 2013;2(2):76.
[18] Liu F, Enanoria WT,
Zipprich J, et al. The role
of vaccination coverage,
individual behaviors, and
the public health response
in the control of measles
epidemics: an agent-based
simulation for California. BMC
Public Health 2015;15:447.
[19] Organisation mondiale
de la santé. Les cas
de rougeole augmentent
au niveau mondial
en raison d’une couverture
vaccinale insuffisante.
29 novembre 2018. www.who.
int/fr/news/item/29-11-2018-
measles-cases-spike-globally-
due-to-gaps-in-vaccination-
coverage.
[20] Gardy JL, Loman NJ.
Towards a genomics-informed,
real-time, global pathogen
surveillance system. Nat Rev
Genet 2018;19(1):9–20.
[21] Tran A, Trevennec C,
Lutwama J, et al. Development
and assessment of
a geographic knowledge-
based model for mapping
suitable areas for rift valley
fever transmission in Eastern
Africa. PLoS Negl Trop Dis
2016;10(9):e0004999.
Note
1
L’initiative One Health
a été lancée en 2008
par un groupe de travail
regroupant différentes
organisations internationales,
dont l’Organisation mondiale
de la santé. Ce concept
illustre la nécessaire
collaboration de la médecine
humaine et vétérinaire
avec les spécialistes
de la biodiversité.
Déclaration de liens d’intérêts
L’auteur déclare ne pas avoir
de liens d’intérêts.
20
Encadré 1. Les principales conditions de détection et de réponse aux infections
émergentes
• Alerte des cliniciens pour qu’ils reconnaissent et réagissent rapidement face à toute présentation clinique inhabituelle.
• Accès à un haut niveau de capacités de diagnostic et disponibilité de l’expertise des laboratoires de référence.
• Formulation de définitions de cas pratiques à utiliser sur le terrain.
• Instauration de l’isolement et du contrôle des infections pour les cas.
• Implication d’épidémiologistes et de spécialistes des maladies transmissibles dans les plus brefs délais pour évaluer les caracté-
ristiques de l’épidémie.
• Mise en quarantaine des contacts, voire restriction des voyages.
• Mobilisation du système de santé local pour faire face à l’augmentation du nombre de patients malades.
• Amélioration des programmes de vaccination et de l’accès aux antiviraux lorsqu’ils sont disponibles.
• Amélioration de la formation du personnel de santé et de l’éducation des familles et des communautés.
La surveillance sur l’amélioration de la détection des pathogènes.
des données épidémiologiques Des efforts considérables sont actuellement déployés
L’amélioration de la surveillance épidémio- par de nombreux pays pour recueillir et enre-
logique des maladies infectieuses est essentielle gistrer des échantillons de microorganismes provenant
dans cette lutte. La collaboration avec la commu- de populations d’animaux sauvages et d’arthropodes
nauté vétérinaire est indispensable : plusieurs pro- potentiels vecteurs afin d’élargir les bases de données
grammes “Une seule santé”1 ont été mis en place moléculaires. La mise à disposition de ces catalogues
pour aider les pays en développement à renforcer de séquences génomiques devrait permettre d’anti-
leur capacité globale de réaction. La technologie ciper les émergences en mettant en place plus rapide-
peut également jouer un rôle majeur dans la pré- ment des mesures de contrôle efficaces. w
diction de l’émergence. L’utilisation de l’image-
rie satellitaire permet de détecter les changements
de configuration de la végétation en lien avec les pré- Points à retenir
cipitations. L’utilisation de photographies prises par • Les maladies infectieuses émergent à un rythme
satellite au-dessus de l’Afrique de l’Est permet ainsi inédit depuis ces quarante dernières années.
de prédire les épidémies de fièvre de la vallée du Rift • On distingue les maladies émergentes, comme
chez le bétail, conséquence d’une activité vectorielle le virus de l’immunodéficience humaine et
la Covid-19, des maladies réémergentes, telle
accrue [21].
la fièvre jaune.
Les aspects cruciaux du contrôle de toute nouvelle épi- • Les facteurs d’émergence sont variés :
démie comprennent sa reconnaissance précoce, un bon franchissement de la barrière d’espèce, crise
accès au diagnostic, des installations adaptées, ainsi climatique, résistance aux antimicrobiens,
que la diffusion et l’analyse des données de surveil- hésitation vaccinale ou manque d’accès
lance (encadré 1). aux vaccins existants.
• La préparation face aux phénomènes
d’émergence est essentielle et repose sur l’accès
Conclusion à des technologies de pointe pour améliorer
Les maladies infectieuses sont loin d’être vain- les conditions de surveillance de nouvelles
cues. Bien au contraire, puisqu’on assiste depuis maladies.
• Le développement de la recherche
ces cinquante dernières années à une accélération
fondamentale permettra de mieux comprendre
de leur émergence ou de leur réémergence. Les fac-
l’interaction pathogène émergent-hôte vertébré
teurs associés à cette recrudescence sont variés,
et de découvrir de nouvelles approches de lutte
mais la part des facteurs humains est considérable. contre la transmission.
Une lutte efficace contre ces phénomènes repose
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