République Algérienne Démocratique et Populaire

‫وزارة التعليــم العالـي و البحـث العلمـي‬

Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique

École Nationale Supérieure de Biotechnologie ‫المدرسة الوطنية العليا في البيوتكنولوجيا‬

Constantine ‫قسنطينة‬

Corrigé type
Structure des protéines
Exercice 1
Formule développée du pentapeptide :

H2N- Lys – Val – His – Glu – Met - COOH

Ordre de dissociation du pH le plus faible au pH le plus fort :

COOH de Met (pK1)

COOH Radical du Glu (pK2)

NH radical de His (pK3)
NH2 de Lys (PK4)

NH2 radical de Lys (pK5)

Le pHi est la moyenne des pK qui entourent la forme à charge nette égale à 0, soit la moyenne
de pK3 et pK4 :

pHi = (6+8.95) /2 = 7,47

Exercice 2
1- Chromatographie:
- La chromatographie échangeuse de cations utilise une résine chargée négativement,
les ions fixés sont chargés positivement.
- Donc ceux dont le pH i est le plus élevé (pH<pHi -> aa+) sont intimement fixé sur la
résine.
- Quand le pH augmente, le pHi de B devient inférieur à celui du milieu sa charge nette
change (+ -> - ) même charge de la résine, répulsion et éjection hors de la colonne.
- Ainsi de suite jusqu’à la fin de l’élution.

1
 - Ordre de l’élution des peptides est : B, A, C (pour éluer C le pH doit être supérieur ou
égal à 11,5).

2- Électrophorèse :
- Le dépôt du mélange est fait au centre de la plaque d’électrophorèse.
- Le peptide B aura une charge hautement négativement (pHi < pH du milieu) migrera
vers l’anode (+)
- Le peptide A aura une charge légèrement négative migrera vers l’anode mais pas très
loin de la ligne du dépôt
- Le peptide C aura une charge hautement positive (pHi >pH du milieu) migrera vers la
cathode (+).

Cathode (-) C------------------------------ -------A----------------------- B Anode (+)

Exercice 3
- Le réactif d’Edman se fixe sur l'acide aminé N-terminal et c'est la glycine :
H2N - Gly – aa1 – aa2 – aa3 – aa4 – aa5 – aa6 – aa7 – aa8 - COOH
- Le bromure de cyanogène coupe le peptide au niveau de la méthionine :
Pour avoir un pentapeptide et un tripeptide, Mét peut être en position 5 ou en position 3,
H2N - Gly – aa2 – aa3 – aa4 – Mét – aa6 – aa7 – aa8 - COOH

Pentapeptide Tripeptide
Le tripeptide contient l’acide aminé phé.
Ou
H2N - Gly – Phé – Mét – aa4 – aa5 – aa6 – aa7 – aa8 - COOH

Tripeptide Pentapeptide

- La chymotrypsine donne un tétrapeptide dont le C-terminal est un groupement

indole et deux dipeptides.
Le groupement indole est porté par le tryptophane,
La chymotrypsine coupe aussi après les acides aminés aromatiques du côté C-terminal.
Dans ce cas Tyr et Phé.
Donc les possibilités d’avoir ces peptides sont :
H2N - Gly – Tyr – aa3 – aa4 – Mét – Trp– aa7 – Phé - COOH

H2N - Gly – aa2 – aa3 – Trp– Mét – Tyr – aa7 – Phé- COOH
2
 H2N - Gly – aa2 – aa3 – Trp– Mét – Phé – aa7 – Tyr - COOH

H2N - Gly – Phé – Mét – Tyr – aa5 – aa6 – aa7 – Trp - COOH

H2N - Gly – Phé – Mét – aa4 – aa5 – Trp– aa7 – Tyr - COOH

- La trypsine donne un tétrapeptide, un dipeptide, une Phe et une Lys. La trypsine

coupe après Arg et Lys, dans la séquence il y a deux Arg.
- Pour libérer Phé et Tyr la seule possibilité est:

- H2N - Gly – Arg – Lys – Trp– Mét – Tyr –Arg – Phé- COOH

- La clostripaïne coupe après l'arginine et donne un pentapeptide, un dipeptide et une

Phe.
La séquence est :
H2N - Gly – Arg – Lys – Trp– Mét – Tyr –Arg – Phé- COOH

Exercice 4

- Réactif de Sanger libère la Serine du côté N- terminal

H2N - Ser – aa2 – aa3 – aa4 – aa5 – aa6 – aa7 – aa8 - COOH

- La chymotrypsine coupe les acides aminés aromatiques du côté C- terminal.

Pour avoir un pentapeptide, un dipeptide contenant une Tyr et une glutamine libre il y a
deux possibilités :
H2N - Ser – aa2 – aa3 – aa4 – Trp – aa6 - Tyr – Gln - COOH

Ou
H2N - Ser – Tyr – aa3 – aa4 – aa5 – aa6 - Trp – Gln - COOH

3
 - La trypsine donne deux tripeptides et un dipeptide, elle coupe après Arg ou Lys

H2N - Ser – aa2 – Arg – aa4 – Trp – Lys- Tyr – Gln - COOH

H2N - Ser – aa2 – Lys – aa4 – Trp – Arg- Tyr – Gln - COOH

H2N - Ser – Tyr – Arg – aa4 – aa5 – Lys - Trp – Gln - COOH

H2N - Ser – Tyr – Lys – aa4 – aa5 – Arg - Trp – Gln - COOH

H2N - Ser – Tyr – Lys – aa4 – Arg - aa6 - Trp – Gln - COOH

H2N - Ser – Tyr – Arg – aa4 –Lys – aa6 - Trp – Gln - COOH

Le bromure de cyanogène donne deux tétrapeptides, se fixe à la méthionine qui se

trouve donc en 4ème position, le réactif d’Edman à libéré la Lys du côté N-terminal
La seule possibilité (où la Lys est du côté N-terminal) est :
.
H2N - Ser – Tyr – Arg – Met –Lys – aa6 - Trp – Gln - COOH

La thréonine fait partie des aa libérés lors de l’analyse du paptide elle est donc en
6ème position.
La séquence du peptide est :

H2N - Ser – Tyr – Arg – Met –Lys – Thr - Trp – Gln - COOH

Exercice 5
On n’a pas besoin de connaître avec précision les valeurs des pHi, on sait que celui de l’acide
glutamique est inférieur à 5 et celui de l’Histidine est supérieur à 5.
Donc à pH 5, Glu est chargé négativement et His est chargé positivement.
- Lors d’une chromatographie échangeuse d’anions (chargée positivement), His (+) est
élué et Glu (-) est retenu. Pour éluer Glu (-), il faut baisser le pH jusqu’à une valeur
inférieure ou égale à son pHi.

4
 - En électrophorèse à pH5, Glu (-) migre vers l’anode (+), et His (+) migre vers la
cathode (-).

Exercice 6
Les fonctions qui ne sont pas engagées dans les liaisons peptidiques de ce peptide sont :
α COOH (Ala), RCOOH (Glu) et αNH2 (Glu)
Les pK de ces 3 fonctions sont respectivement : 3,12, 4,25. et 9,32 ;
(1) (2) (3)
T +
T +/-
T -
T2-
pKα COOH pKR pKNH2

pHi = (pKαCOOH + pKR) /2 = 3,68

La forme neutre de T existe dans les situations (1) et (2) :

(1) : pH = pKα COOH + log ([T+/-] / [T+]) = 3,12 + log (20/80) = 2,51
(2) : pH = pKR + log ([T-] / [T+/-]) = 4,25 + log (80/20) = 4,85

Exercice 7
L’analyse après hydrolyse acide totale du peptide P met en évidence 6 résidus d’acides
aminés différents : 1Arg, 1Asx, 1Cys, 1Lys , 1Thr, 1Val.
Sachant que l’hydrolyse acide détruit Trp, (existence de Trp ?). (P contient au minimum 6 aa).
- Le réactif d’Edman avec P libère PTH Cys donc Cys est du côté N terminale de P.
H2N - Cys – aa2 – aa3 – aa4 – aa5 – aa6 - COOH
- Le mélange de carboxypeptidase libère Arg qui était du côté C-terminal de P.
- La trypsine hydrolyse P en 2 peptides T 1 et T 2.
Pour l’instant on ne connait pas le nombre d’aa dans chaque peptide et qui est positionné en
premier sur P.
Mais puisque Arg est du côté C-terminal et P a été fragmenté en deux peptides c’est que le
premier se termine par Lys (trypsine coupe côté C-terminal de Arg ou Lys)
- T1 absorbe à 280 nm. Donc T 1 contient au moins un résidu Trp.
T1 donne 3 résidus après hydrolyse acide totale et 4 résidus après hydrolyse alcaline. Donc
réellement T 1 contient un Trp (1 seul). Pour l’instant on peut dire que le peptide P contient 7
aa et non pas 6.
- Le chlorure de dansyl montre que la Cys est du côté N-terminal de T 1. Cette extrémité
est la même que celle du peptide initial. Donc c’est T1 qui est le premier peptide sur P.
(Trp en position 2 ou 3)

H2N - Cys – aa2 – aa3 – Lys – aa5 – aa6 - Arg - COOH

T1 T2
- T2 donne 3 résidus après hydrolyse totale acide ou basique -> il ne renferme pas de
trp.
- Le chlorure de Dansyl sur T 2 libère une thréonine du côté N-terminal.

H2N - Cys – aa2 – aa3 – Lys – Thr– aa6 - Arg - COOH

5
 T1 T2

- La chymotripsine hydrolyse P en 2 peptides. Elle a hydrolysé la liaison peptidique

située après Trp (seul acide aminé aromatique).

- Le DNFB, suivi d’hydrolyse totale, donne la DNP-Val et la DNP-Lys, donc l’un des
deux peptide a Val-Lys du côté N-terminal.

H2N - Cys – Trp – Val – Lys – Thr– Asx- Arg - COOH

T1 T2
T1 : H2 N – Cys – Trp – Val – Lys - COOH
T2 : H2 N – Thr – Asx – Arg - COOH

Sachant que la résine échangeuse de cations (-) retient les cations (+) et que T 2 est élué avant
T1 lorsqu’on élève le pH, on peut déduire que T2 est plus acide que T 1 (T2 perd sa charge (+)
avant T1).
La nature des acides aminés de T 1 montre qu’il est basique. Pour que T 2 soit plus acide que
T1, il faut qu’il contienne Asp et non Asn.
Conclusion :

la séquence de P est :

H2N - Cys – Trp – Val – Lys – Thr– Asp- Arg - COOH

T1 T2