BCH2733 B-Introduction à la biochimie Notes de cours/© Danielle Carrier

Cours #1 - INTRODUCTION
La BIOCHIMIE : Une science chimique + Une science biologique
• Décrit au niveau moléculaire la structure, l’organisation et les fonctions de la matière vivante.
• Comprend :
– La chimie/biologie structurale, axée sur les relations entre la structure et la fonction
biologique ;
– Le métabolisme, ou étude de l’ensemble des réactions chimiques nécessaires à la vie ;
– La biochimie génétique, soit la chimie des processus et substances qui permettent
d’emmagasiner et de transmettre l’information biologique.
• Quelques jalons importants
– 1953, Franklin, Watson et Crick : structure de l’ADN
– 1960s, élucidation du code génétique, ARN messager
– 1970s, ADN recombinant
– 1983, PCR (Polymerase Chain Reaction)
– Début 1990s, organismes transgéniques
– 2000s, séquençage du génome humain, ARN interférents
– 2014, Prix Nobel à Eric Betzig, Stefan W. Hell et William E. Moerner,
microscopie à haute résolution

Séquençage rapide d’ADN

Anticorps monoclonaux
Histoire récente Immunobuvardage Southern
Électrophorèse sur gel 2-D
de la biochimie
à travers Clonage de gènes RMN in vivo
l’introduction Cartographie par clivage de Induction de cellules pluripotentes
de nouvelles restriction Séquençage d’ADN de seconde
génération
techniques.
Méthodes rapides pour cinétique
enzymatique Analyse protéomique par
spectrométrie de masse

Chromatographie liquide HPLC Analyse de gènes sur micropuces

Électrophorèse PAGE
Hybridation d’acides nucléiques
Solution d’une structure protéique Dynamique de molécules uniques
par diffraction des rayons-X
Ultracentrifugation Inactivation génique ciblée
Sédimentation à l’équilibre
Comptage par scintillation liquide
Microscopie à force atomique

Premier séquençage d’une protéine Microscopie à effet tunnel

Diffraction des rayons-X d’une fibre

d’ADN
Électrophorèse à champ pulsé
Animaux transgéniques
Amplification d’ADN: PCR

Synthèse d’oligonucl. automatisée

Mutagénèse dirigée
Élucidation de réactions avec Microséquençage protéique
traceurs radioisotopiques automatisé

(Tableau adapté de C.K. Mathews et al., Biochemistry, 4th edition. Boston, Pearson, 2013. P. 3)
 BCH2733 B-Introduction à la biochimie Notes de cours/© Danielle Carrier 2

Éléments trouvés dans les organismes vivants

Élément Commentaire Élément Commentaire

Premier niveau quantite bien controle car ils sont poisonous

tres abondant dans les corps
Azote (N) CHON present dans certain organsime
Carbone (C) Les plus abondants
Hydrogène (H) dans tous les organismes Quatrième niveau
Oxygène (O) Aluminium (Al) Retrouvés ou requis à
DES ELEMENT MOINS ABONDNAS MAIS ESSENTIELLE Arsenic (As) l’état de traces dans
Deuxième niveau Bore (B) certains organismes
Calcium (Ca) Bien moins abondants Brome (Br)
Chlore (Cl) mais trouvés dans tous Chrome (Cr)
Magnésium (Mg) les organismes Fluor (F)
Phosphore (P) Gallium (Ga)
Potassium (K) Iode (I)
Sodium (Na) Molybdène (Mo)
Soufre (S) Nickel (Ni)
petit quantite dans tout les organisme Sélénium (Se)
Troisième niveau Silicium (Si)
Tungstène (W)
Cobalt (Co) Métaux présents en Vanadium (V)
Cuivre (Cu) petites quantités dans
Fer (Fe) tous les organismes
Manganèse (Mn) et essentiels à la vie
Zinc (Zn)

(Tableau adapté de Mathews et al., Biochemistry, 4th edition. Boston, Pearson, 2013. P. 8)

Éléments Pourcentage de la
masse corporelle
d'un humain
Oxygène (O) 65,0 contenir comme l’eau
99.2% Carbone (C) 18,5
elements plus
Hydrogène (H) 9,5
abondants
de l’univers avec Azote (N) 3,3
l’helium et neon Calcium (Ca) 1,5
Phosphore (P) 1,0
Potassium (K) 0,4
Soufre (S) 0,3
Sodium (Na) 0,2
Chlore (Cl) 0,2
Magnésium (Mg) 0,1

(Tableau adapté de http://mpronovost.profweb.ca/BIONP1/bionp1_molecules_intro.html )

 BCH2733 B-Introduction à la biochimie Notes de cours/© Danielle Carrier 3

La Biochimie est
• Intimement liée aux autres sciences de la vie (biologie cellulaire, génétique, microbiologie,
pharmacologie, toxicologie, …)
• Aspects distinctifs de la biochimie:
– Emphase sur la structure et les réactions catlyse biochimique sont des proteins
des biomolécules, en particulier les enzymes mais catalyse biologyque sont des enzymes
et la catalyse biologique;
– Élucidation des voies métaboliques et de leur contrôle;
– Explication des processus vivants d’après
les lois de la physique et de la chimie.

– Le concept de
• Absent en chimie;
• Ne peut être comprise qu’en regard du contexte
• Et de l’évolution!
on cherche toujours le pouqoui une apparation d’une modification, une evolution qui est appariat dans une organisme
L’ADN d’un chromosome a une masse d’environ
grand macromolecule biologique= ADN 20 milliards de Daltons!

acide amine

(Wikipedia.org )
L’hémoglobine contient quatre sous-unités polypeptidiques
d’environ 15 000 Daltons chacune. La masse des protéines
peut aller jusqu’à 10 000 ou même 1 million de Daltons!
myoglobine dans les muscle
important!!!
La biochimie, une science chimique
Macromolécules
polymere combinant • Protéines
des monomeres pour • Polysaccharides
les trois premiere • Acides nucléiques

• Lipides
 4
Plusieurs de ces macromolécules sont des polymères, formés grâce à des réactions de
condensation à partir de monomères.

faudrait bien compredre

lineaire ou ramifie glucose

amilose amilopektin grand quantite de glucose dans les fruit **
glycogenes dans nous

pourqoui? c;est possible de le deffer! constamment dans systeme digesve fair et defair des ester!

cellulose

molecule lineaire (Wikipedia.org)

on ne peut pas digeree

Une molécule de cellulose (à gauche) peut contenir jusqu’à 15 000 unités glucose (au centre)
et forme un long ruban bien lisse.
La double hélice d’acide désoxyribonucléique (ADN) résulte de l’appariement de deux
polynucléotides formés à partir de seulement quatre types de monomères (à droite ci-dessus).
reaction de condensation
deux acide amine

liason peptidic est formee

Une réaction de condensation entre des acides aminés permet la synthèse des chaînes
polypeptidiques retrouvées dans les protéines.
 5
Fonctions biologiques des macromolécules :
comme les glycogenes
• Polysaccharides – structure, emmagasinage de l’énergie cellulose (bois)
• Acides nucléiques – stockage et transmission de l’information génétique ADN
• Protéines – structure, enzymes, hormones, récepteurs
• Lipides – emmagasinage de l’énergie, membranes NURITURE

Les trois “critères du vivant” selon Norman Horowitz

1. Réplication
2. Catalyse sans eux la vie serais impossible
les enzyme dans les condition biologique comment ils accelere
3. Mutabilité
une reaction? il multipe la vitesse par 10 a la 17!

Un organisme vivant utilise certaines stratégies et moyens :

1. Improvisation - capacité de l’espèce de changer son programme pour assurer sa
survie advenant des changements de son environnement.
2. Compartimentation - capacité de s’isoler de son environnement, notamment avec
des membranes. choisir n’imorte qoui qui veut entrer la cellule
3. Énergie - la matière vivante doit créer une complexité afin de supporter son
programme et les diverses exigences de celui-ci.
4. Régénération - capacité de compenser l’usure inévitable impliquée dans le maintien
d’un état physique éloigné de l’équilibre. de RBC qui redouble
5. Adaptabilité - capacité d’un organisme de réagir adéquatement aux changements
de son milieu. quand il y bcp d’eau qq part, les animals vont immegrer ailleurs
6. Isolement - les processus et voies métaboliques doivent opérer indépendamment
les uns des autres, même s’ils peuvent prendre place dans le
même compartiment d’une cellule.

Le maintien de la vie est intimement lié à la fonction de :

• Membranes semi-perméables – entourent les cellules et les organelles intracellulaires,
tels que les mitochondries, permettant

• L’homéostasie – ou maintien des compositions chimiques dans un système biologique

Processus métaboliques
• Catabolisme – dégradation des nutriments ou constituants cellulaires pour fournir
l’énergie ou en récupérer les éléments. Fournit ATP.
• Anabolisme – biosynthèse de molécules (complexes) à partir de molécules plus simples.
Consomme ATP.
 6

La cellule est l’unité de base

de l’organisation biologique.

Paroi cellulaire Ribosomes Cytoplasme

Mésosome Flagelle
Capsule
Nucléoïde (contient l’ADN)
Membrane plasmique

Cellule bactérienne typique

(Wikipedia.org)

• Les procaryotes sont toujours unicellulaires. Ils incluent les véritables bactéries (eubacteria) et
une classe d’abord crue ancienne et nommée archaea.

tu dois savoir Terre age de 4.54 milliards d’annies

 7

(Wikipedia.org)
Arbre phylogénétique basé sur l'analyse comparative des gènes des ARN ribosomiques
montrant la séparation des bactéries, des archées, et des eucaryotes.

la forme de vie plus abondant sur la terre c’est achebacterie

La cellule est l’unité de

base de l’organisation
biologique.
1. Nucléole
13. Centrosome 2. Noyau
12. Lysosome 3. Ribosome
4. Vésicule
11. Cytosol

10. Vacuole
5. Réticulum
9. Mitochondries endoplasmique
rugueux

6. Appareil de Golgi

8. Réticulum
endoplasmique
lisse 14. Membrane plasmique
7. Cytosquelette

Cellule animale typique

(Wikipedia.org)
 8

(Wikipedia.org)
 9
Les cellules eucaryotes se caractérisent par la présence d’organelles :
• Mitochondries - spécialisées dans le métabolisme oxydatif
• Réticulum endoplasmique – structure faite de membranes repliées riches en ribosomes, où a lieu la
synthèse des protéines
• Appareil de Golgi – réseau de vésicules aplaties responsable de la sécrétion et du transport des
protéines nouvellement synthétisées vers leur destination
• Noyau – contient l’information génétique de la cellule, encodée dans l’ADN contenu dans les
chromosomes.
Une portion de cet ADN se trouve dans une région dense du noyau appelée nucléole.
Le noyau est entouré de l’enveloppe nucléaire, percée de pores permettant la communication entre
le noyau et le cytoplasme.

Les cellules des animaux et des plantes ont aussi des organelles spécialisées :
• Les cellules animales contiennent des structures digestives appelées lysosomes et sont
seulement entourées d’une membrane plasmique.
• Les cellules des plantes ont des chloroplastes, où a lieu la photosynthèse, et habituellement
aussi une grande vacuole remplie d’eau.
• Les cellules végétales comportent souvent une solide paroi cellulosique, dite paroi cellulaire, à
l’extérieur de la membrane.
• Les corpuscules basaux servent à ancrer les cils et les flagelles.

TRAVAIL À FAIRE (cours 1)

• Lire chapitre 1 du manuel, section 1, 2, 3, 5 et 6 ainsi que le résumé.
• Problèmes 2 à 4 du chapitre 1 du manuel.
• Revoir la structure et la réactivité des groupements chimiques.
• Savoir définir les termes tels qu’autotrophe, hétérotrophe, chimiolithotrophe, phototrophe,
anaérobie facultatif, anaérobie obligatoire, …
• Revoir la fonction des organelles cellulaires principales.
• Trouver le titre de l’article dont il a été question pendant le cours.
• https://www.youtube.com/watch?v=hoZS1DzXE8I
• https://www.youtube.com/watch?v=rynHqD3Elow