Université Cadi ayad

Faculté des sciences et techniques

Année Universitaire 2023-2024

Techniques d’analyse de la flore

microbienne

Réalisé par :
TARIFI Asma AIT EL KAID ALI Meriem MOUTIA Ahmed
 Plan

01 Introduction
02 L’abondance
03 La diversité

04 L’activité

05 Conclusion
Introduction

Microorganismes

Biodisponibilité des nutriments

Fértilité

L’abondance La diversité L’activité

Méthodes d’étude de l’abondance des
microorganismes
Méthodes directes

Hématimère Epifluorescence immunofluorescence

Comptage direct des marqueurs du potentiel Dénombrement d’un type de
cellules vivantes et membranaire microorganisme précis
mortes
des fluorochromes des fluorochromes
cationiques anioniques
↓ ↓
Cellules vivantes Cellules mortes
Méthodes culturales
Dénombrement sur milieu Dénombrement sur milieu
gélosé liquide

Trouble
une cellule

Au moins un
Une colonie microorganisme
dans le milieu
Méthodes chimiques
Dosage d’ATP

ATP luciférase

luciférine lumière
Le complexe
luciféryladénylate photomètre
O2 CO2
Mg2+

L'émission lumineuse est

proportionnelle à la quantité
d'ATP

Dosage des phospholipides

Minéralisation Dosage
des PPL colorimétrique
Dosage du carbon microbien

Fumigation-extraction Fumigation-incubation

fumigation par le chloroforme fumigation par le chloroforme

↓ ↓
Dosage du carbone organique Réensemencer avec une petite
(provenant de la biomasse microbienne) quantité du sol original
↓ ↓
Suivi du carbone libéré par les microorganismes
La biomasse B = k (C1 - C0)
Méthodes d’étude de la diversité
des microorganismes
Dosage des acides gras des PPL

01 02 03 04
Trans-
Extraction Hydrolyse méthylation
Séparation
des AG des AG par CPG

Le résultat de l’analyse des AG est comparé aux AG des espèces

connues
Approche culturale

Principe :
L’identification du genre et de l’espèce d’une souche bactérienne doit se poursuivre par la recherche de
caractères biochimiques du métabolisme glucidique et protidique, en ensemençant une galerie
d'identification.
 Approche moléculaire

DGGE/
ARISA/RISA RFLP SSCP
TGGE

-Fragments d’ADN qui Analyse du polymorphisme de Digestion de fragments ADN simple-brin

diffèrent par un nucléotide. l’espace inter-génique en sous- d’ADN double-brin par possèdent une
-Séparation par unités 16S et 23S de l’ARNr. des enzymes de conformation
électrophorèse sur un restriction et séparation tridimensionnelle qui
gradient dénaturant chimique par électrophorèse. affectent la mobilité
(DGGE) ou thermique électrophorétique à
(TGGE) faible température
Méthodes d’étude de l’activité des
microorganismes
Respirométrie

Principe :
o La mesure de l'oxygène consommé ou du CO2 produit par un sol
 L’activité enzymatique
De nombreuses activités enzymatiques ont été mesurées dans les sols, certain ont été plus
étudiées et utilisées. Ce sont les déshydrogénases les phosphatases alcaline, les catalase
et FDA hydrolases.

Méthode en point finale Méthodes cinétiques

(à deux points)

UV colorimétrie
Méthodes en point finale

Principe :

 Laisser l’enzyme catalyser la réaction pendant une durée déterminée d’incubation

 À arrêter son action
 Puis ajouter un réactif qui réagit avec le S ou le P et avec lequel il est capable de donner un
produit coloré dont l’intensité de coloration, lue à une duré déterminée, est directement lié à
l’AE.
Méthodes cinétique : UV
Principe :
 La substance dont on mesure la vitesse de disparition ou d’apparition doit
posséder une propriété spectrale spécifique dans l’UV (NADH)

NADH absorbe fortement à 340 nm

NAD+ n’absorbe pas à 340 nm

Exemple :
Lactate déshydrogénase

 On calcule la variation de DO/min : lorsque la R est déclenchée, on mesure

les DO toutes les min pendant 5 à 10 min.

AE = (∆DO/min)/6,3 x VT /VE x 103 UI.l-1

Méthodes cinétique : Colorimétrie

Principe :
Un dosage colorimétrique est un type de dosage possible lorsqu'une
réaction chimique donne des produits colorés.

Exemple :
Dosage des phosphatases alcalines (PAL)
PAL
p-nitrophénylphosphate p-nitrophénol + phosphate

Dosage colorimétrique directe du produit formé (PNP)

Enregistrement des DO à des intervalles de temps réguliers (1 min).

AE = ∆DO /min / ε l x VT /VE x 106 UI.l -1

conclusion
Merci de votre attention