TD de Microbiologie

2ème Année Médecine

Université Mohammed VI des Sciences de
la santé
Diagnostic bactériologique d’une
infection bactérienne
Flore commensale et bactéries pathogènes
 Orientation vers diagnostic bactériologique
Examen direct interprété: (site de prélèvement)
Faire la distinction entre flore normale, de colonisation …et l’infection

Flores commensales

Cutanée :
Staphylocoques coag neg, Enterococcus ssp
corynébactéries, Acinetobacter ssp,
propionibacterium ssp

Oro-pharyngée:
Streptococcus ssp, anaérobies,
Neisseria ssp, corynébactéries

Digestive :
Anaérobies, Escherichia coli, Entérobactéries

Vaginale :
Lactobacilles
Diagnostic conventionnel
Diagnostic direct: examen direct
 Examen Direct
Les techniques d’observation : MICROSCOPIE

Deux principes
Non fixé, état frais Fixé, marqué ou coloré

Présence de bactéries Présence de bactéries

Agencement bactérien Forme bactérienne
Mobilité bactérienne Affinité colorant

Présence de réaction cellulaire

Colorations classiques Colorations spécifiques

Bleu de Méthylène Ziehl Neelsen (résistance acido-alcoolique, BAAR)
GRAM +++ Colorations des germes intracellulaires
Marquage Ag de paroi spécifique avec Ac fluorescent
Diagnostic direct: examen direct
Principe de la coloration de Gram
Coloration Gram
Diagnostic direct: examen direct
Classification morphologique
Diagnostic direct: culture
 Cultures
Solides Liquides

Automate de détection
En boîtes, en tubes

Types de milieux Standard ou minimun (tryptica-soja)

Enrichis (sang, charbon, sang cuit)
Sélectif (détergent, cristaux, Antibiotique)
Synthétique (une seule source de carbone et énergie)

Conditions de culture Standard

Orientation particulière
Diagnostic direct: culture
Diagnostic direct: culture
Culture
Objectifs de la culture
Identification bactérienne
Identification
 Identification Phénotypique
Techniques d’identification
Diagnostic d’orientation
Aspect des colonies en culture
Profil de sélectivité des cultures

Tests rapides Microscopie

Mobilité
Forme
Catalase Oxydase Spores
Confirmation
Profil biochimique
Profil chromatographique de la paroi (spécialisé)
Séro-groupage (kits commerciaux limités mais standard)
Recherche de marqueurs de virulence spécifiques (toxines ++)
Sensibilité à des réactifs particuliers (composé O129, optochine)
 Identification Génotypique
Techniques d’identification
Principe
Extraction du matériel génétique À partir de cultures bactériennes
À partir de prélèvement (indication limitée)

Etude du matériel nucléique obtenu Matériel ADN +++

Matériel ARN parfois

Analyse d’homologie de séquence

Indirecte (restriction) Electrophorèse en Champ pulsé

Directe (amplification) Hybridation sur membrane

Séquençage
Biopuce
Recherche d’un gène particulier et spécifique
Gène ARN16S
Gène de virulence
Applications

Intérêt à discuter +++ Diagnostic bactériologique difficile ou impossible

Diagnostic bactériologique long
 Identification (suite)
Extraction ADN

Amplification PCR
Restriction Amplification

Séparation Hybridation

1 2 3 4 5 6 7

Analyse de séquence comparative

Gène à étudier

référence

Signaux positifs
Analyse comparative
des signaux
 Infection Exemples
Liquide Céphalo-rachidien Articulaire

Prélèvements pour ECBU

Prélèvement de Selles

Colonisation anormale

Modification flore
Diagnostic direct: recherche d’Antigènes
test rapide
Diagnostic moléculaire: principes de la PCR
 Délais de réponse diagnostic direct

• Examen direct: Gram: 1h

Cytologie:
• Ag solubles: 2h
• PCR: 3 – 5 h
• Culture: 24 – 48h (BK: 1-2 mois)
• Identification: 24h
• Antibiogramme: 24h
Diagnostic indirect
Diagnostic indirect: sérologie
 Diagnostic indirect:
Recherche de l’immunité cellulaire

• Recherche d’une HSR:

• Intra-dermo-réaction: IDR à la tuberculine

=Test de Mantoux
 Conclusion
• Le diagnostic bactériologique d’une infection
bactérienne:
• Très important pour la prise en charge du patient
• Demande précautions de prélèvement,
connaissance d’interprétation
• Subdivisé en: Diagnostic direct et indirect
• Diagnostic moléculaire rapide de plus en plus
utilisé, mais la culture reste le «Gold standard»