Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
PEDOLOGIE /PEDOGENESE
NOTES DE COURS L2 SBA_CUG
INRTODUCTION
La pédologie vient du mot Pédon qui veut dire le sol et Logos le discours. La pédologie
est la science qui étudie les caractères, la genèse, l’évolution et la répartition des sols. Cette science fut
créée par un géologue Russe DOKOUCHAEV. Selon sa doctrine,
• Le sol est un milieu spécial qui résulte d’une formation continue
• Seule l’étude de la formation des sols permet d’expliquer les caractéristiques des sols.
Définition du sol
Il peut y avoir plusieurs définitions mais ici il peut être définie comme un « produit naturelle en forme
de profil forme d’un mélange variable de minéraux plus ou moins fragmentés et altérés et de matières
organiques à différent stades de composition qui recouvrent la terre en couche mince et qui fournit,
lorsqu’il contient des quantités requises d’eau et d’air, la subsistance et le support mécanique aux
plantes ».
Les différents constituants du sol sont en interaction les uns avec les autres et ces interactions définissent
les propriétés physiques chimiques et biologiques du sol.
1
Dr BACYE 2022
Les CM du sol comprennent : des fragments de roches, des minéraux primaires ou résiduels et des
minéraux secondaires d’altération ou de néoformation. Les CM représentent la plus grande fraction du
sol environ 83%, ils peuvent être classés en fonction de leur taille et en fonction de leur nature
minéralogique.
Les CM ont des tailles très variées allant de quelques cm à des tailles inférieures au µm ; pour classer les
CM en fonction de leur taille, on utilise une échelle conventionnelle qui a été adopté au niveau mondiale
par l’association internationale de la Science du sol
L’analyse minéralogique permet de déterminer la nature des minéraux contenus dans le sol. L’analyse
minéralogique des différents fractions montre que :
o La classe des sables est constituée par des fragments de minéraux plus ou moins résistants à
l’altération reflétant la composition de la roche mère ; les minéraux les plus rencontrés sont : le
quartz, les micas, les feldspaths et la calcite pour les sols calcaires.
o Dans la classe des Limons, les fragments sont beaucoup plus petits à cause de l’intensité de
l’altération seuls peuvent subsister le quartz et la calcite pour les sols calcaires ; on trouve
également des minéraux secondaires de néoformation tel que les oxydes et les hydroxydes de Fe
d’Al et de Mn ; les minéraux argileux commencent à apparaitre dans la classe des Limons.
o Dans la classe des argiles, le minéral primaire que l’on peut retrouver est le quartz mais la plus
grande partie de cette classe est constituée par les minéraux argileux, on peut également y
trouver de oxydes et des hydroxydes
M : micas A : argiles
Q : quartz
2
Dr BACYE 2022
Ce sont des silicates d’alumine plus ou moins hydratés formés à partir de l’altération des minéraux
silicatés par transformation, néoformation ou par héritage.
Les argiles ont une structure sous forme de feuillet et chaque feuillet d’argile est constitué par la
superposition de couches. On distingue 2 types de couches :
• Une couche de silice ou couche tétraédrique, formée par l’empilement d’ion oxygène O2-
délimitant des vides qui ont la forme d’un tétraèdre occupés par des ions silicium Si4+.
• Une couche octaédrique, formée par l’empilement sur 2 plans d’une couche d’oxygène (O2-) et
d’une autre couche d’ions hydroxyle (OH-). L’empilement des ions hydroxyles délimite des
vides de forme d’un octaèdre. Ces vides sont occupés en partie par les cations polyvalents (Fer,
Ca etc.)
- des argiles à feuillets à 2 couches : une couche tétraédrique et une couche octaédrique (type 1/1)
Ex : kaolinite
- des argiles à feuillets à 3 couches dont une couche octaédrique et 2 couches tétraédriques (type
2/1) Ex :illite, vermiculite.
3
Dr BACYE 2022
Entre les feuillets se trouve un espace d’épaisseur variable et qui contient en fonction du type d’argile
soit de l’eau ou des cations.
En suspension dans l’eau les particules d’argiles sont dotées de charges négatives (beaucoup plus
nombreuses) et de charges positives. La quantité de charges varie en fonction du type d’argile, et les
argiles de types 1/1 ont beaucoup moins de charge que les argiles de type 2/1.
Compte tenu de leur taille très fine, de leur structure en feuillet et la présence des charges, les argiles
présentent des propriétés particulières qui sont :
Du fait de la présence de charges, les particules d’argile peuvent fixer temporairement des ions contenus
dans l’eau du sol. On définit la capacité d’échange cationique ou anionique comme la quantité totale de
charge négative ou de charge positive contenu dans 100g d’argile, Ex : pour la kaolinite la CEC varie de
5-15 milliéquivalents/100g d’argile.
• La floculation / dispersion
La floculation est la faculté des argiles à former d’agrégats en présence des cations et la dispersion est la
propriété des argiles à rester en suspension dans l’eau en absence de cations.
Ca2+
• Hydratation
Les particules argileuses sont hydrophiles c.-à-d. capables d’absorber de l’eau. L’absorption de l’eau
s’accompagne d’un gonflement du feuillet qui dépend du type d’argile. A cette propriété, sont associées
4
Dr BACYE 2022
d’autres propriétés qui sont : la plasticité (capacité de l’argile à être modelée) ; l’adhésivité (capacité de
l’argile à se coller aux objets).
Les constituants organiques du sol comprennent la matière organique vivante et la matière organique
non vivante.
La matière organique provient de l’apport végétal sous forme de débris (racines, feuilles, tiges) et ces
débris entretiennent des micro-organismes et la faune qui apporte également des substances organiques.
• Les végétaux et les organismes vivants dans le sol, composés des racines des végétaux, la faune,
la microflore, les algues.
• Les débris végétaux et animaux appelés matière organique fraiche (MOF) qui a sensiblement la
même composition que les tissus vivants.
• Les produits transitoires comme la cellulose, les protéines, les lipides, les lignines, le glucose, ils
sont appelés ainsi parce que le processus de leur décomposition n’est pas fini cela sera fait lorsque
le carbone sera libéré sous forme de CO2. Les produits transitoires constituent l’humus jeune.
• Les substances humiques provenant de la polymérisation des produits transitoires. Les substances
humiques forment l’humus du sol, et on distingue 3 types : les acides fulviques, les acides
humiques et l’humine.
Du point de vue chimique, les éléments constituant la matière organique du sol sont : le carbone,
l’oxygène, l’hydrogène, l’azote, le phosphore, le potassium, le magnésium, le calcium, le soufre, les
oligoéléments (fer, cuivre, zinc, bore, manganèse, Mo).
Le carbone représente 50% à 60% de la matière organique du sol et l’azote environ 5% de la MO du sol,
la teneur de la mo du sol est déterminée à partir du dosage du carbone organique total du sol.
En pédologie l’humus peut être pris au sens large ou au sens strict. Au sens large, l’humus représente
l’ensemble de la couche ou horizon qui contient de la matière organique mais au sens strict, l’humus est
constitué par les 3 types de substances humiques qui sont les acides fulviques, les acides humiques et
l’humine. Ces 3 substances se distinguent par leur solubilité dans les acides et les bases.
La fraction humique insoluble à la fois dans les acides et les bases est l’humine.
Les acides humiques sont solubles dans les solutions alcalines mais insolubles dans les solutions acides
Les acides fulviques sont solubles à la fois dans les solutions acides et les solutions alcalines.
5
Dr BACYE 2022
Les 3 types de substances humiques présentent une analogie dans la structure. L’unité structurale est
formée par un noyau aromatique comportant des groupements fonctionnels carboxyles, phénols,
quinone et des chaines aliphatiques (chaines carbonées ouvertes). L’humine est constituée par de très
petits de fragments des débris végétaux non décomposés.
noyau aromatique
OH (phénol)
L’humus est hydrophile et porte des charges avec beaucoup plus de charges négatives. Compte tenu de
ces caractéristiques, l’humus a les propriétés comparables à celles des argiles (de fixation et d’échanges
d’ions, d’hydratation et des propriétés de floculation et de dispersion)
L’argile et les substances humiques du sol s’associent pour former le complexe argilo-humique par
l’intermédiaire de cations polyvalents
Pont cationique
La liaison entre l’argile et l’humus a pour conséquence la floculation des deux colloïdes sous formes
d’agrégats qui donnent au sol sa stabilité.
C’est l’eau du sol et les éléments minéraux qui y sont dissous. L’eau provient de la pluviométrie et est
retenue dans les pores et les ions proviennent de l’altération des minéraux des roches, de la
décomposition de la matière organique du sol et les apports extérieurs.
6
Dr BACYE 2022
V- Air du sol
L’air du sol contient en plus des gaz de l’air atmosphérique (CO2, N, O2), des gaz issus de la
décomposition de la matière organique du sol (méthane CH4, sulfure H2S, etc.). L’air du sol est contenu
dans la porosité du sol tout comme l’eau si bien que la quantité et la composition de l’air du sol vont
dépendre de l’humidité du sol.
I- Structures du sol
1- Définition et facteur de structuration du sol
La structure d’un sol est définie comme le mode d’assemblage, d’agrégation ou d’agencement des
constituants solides du sol (matière organique et matière minérale). La structure est un état physique
défini à un moment donné et qui peut évoluer.
* Au développement des racines dont la force de pénétration dans le sol fait éclater la masse du sol
*Au travail du sol qui est à l’ origine d’une structure mécanique artificielle dont la taille des agrégats
dépend des outils utilisés.
Elle est à l’origine de structures dites construites par la formation d’agrégats dont la cohésion exige la
présence de liants organiques. Les êtres vivants qui y interviennent sont : les bactéries, les champignons,
ver de terre. Les bactéries et les champignons interviennent par la formation de filaments qui enrobent
les particules minérales en agrégats. Les vers de terre ingèrent de la matière organique et de la matière
7
Dr BACYE 2022
minérale et synthétisent dans leur tube digestif des substances chimiques qui se lient avec l’argile
ingérée pour former le complexe argilo-humique qui est excrété.
Les structures sont formées par cimentation qui correspond à la précipitation et à l’insolubilisation des
composés préalablement solubles. Ex : CaCO3
La structure particulaire
Elle se caractérise par le fait que les particules du sol sont disposées les unes à côté des autres sans
cohésion. En fonction de la nature et la taille des particules, on peut distinguer :
Elle se caractérise par le fait que la couche de sol forme un bloc unique avec une forte cohésion entre les
particules. En fonction de la taille et de la nature des particules on distingue :
La structure fragmentaire
Elle est caractérisée par le fait que les particules du sol sont regroupées en agrégats ayant des formes et
des dimensions variées. La taille et la forme vont dépendre des facteurs de structuration.
3- Importance de la structure
La structure du sol conditionne la rétention et la circulation de l’eau et de l’air dans le sol. Elle
conditionne également la facilité de travail du sol et l’activité biologique.
Elle se définie comme la résistance des agrégats (éléments structuraux) face aux agents de dégradation.
Les facteurs intervenant dans la stabilité de la structure sont :
Le rôle de ces éléments est de permettre la formation du complexe argilo-humique avec une faible
mouillabilité.
La texture du sol représente la proportion relative des fractions sableuse, limoneuse et argileuse
constituant la partie minérale du sol et les propriétés découlant de cette répartition. En effet, les
propriétés physiques mécaniques et chimiques d’un sol vont dépendre des proportions relatives entre les
particules de dimensions > 2 µm et les particules d’argiles (d < 2 µm), les deux catégories de particules
ayant des propriétés différentes. Par exemple dire qu’une terre est de texture sableuse, c’est lui
reconnaître, les propriétés de sables malgré la présence d’autres fractions, à savoir : perméabilité, faible
rétention de l’eau, ressuyage rapide, faible CEC etc... (Mais la notion de texture tend à être réduite à la
composition granulométrique).
La texture du sol peut être déterminée par une appréciation tactile sur le terrain ou /et par une analyse
granulométrique au laboratoire.
Sur le terrain, on prend un échantillon de sol on le mouille et le triture entre les doigts pour apprécier les
propriétés physique liées à la présence de l’eau.
9
Dr BACYE 2022
- la macroporosité représentant les pores les plus gros résultant de l'activité biologique et de la
fragmentation mécanique du sol. L'eau circule librement dans la macroporosité sous l'effet de la gravité.
- la microporosité correspond aux pores les plus fins où capillaires dont le diamètre est < 10 µm. Dans
ces pores l'eau est retenue par des forces de tension superficielles
−
% = ∗ = − ∗
La porosité du sol qui représente le pourcentage des vides peut être déduite de la relation entre la densité
apparente et la densité réelle (Dr). La densité réelle, c'est-à-dire la densité des constituants solide du sol,
varie peu d’un sol à un autre. Elle de 2,6.
La densité apparente (Da) d’un échantillon de terre est le rapport entre son poids sec et son volume
apparent (ou du poids du même volume d’eau). La densité peut être mesurée selon deux méthodes :
Par exemple si on prélève 50 cm3 de terre et après séchage on pèse 700 g : Da = 700/500 = 1,4 (500
cm3 = ½ litre et ½ litre d’eau pèse 500 g)
Da : densité apparente, =
1- La rétention de l’eau
L'humidité du sol
L'humidité du sol ou la teneur en eau du sol peut se définir soit en masse, soit en volume.
L'humidité massique est le % de la masse d'eau (m) par rapport à la masse de terre sèche (M) : Hm (%)
= m/M x 100
L'humidité volumique est le % du volume d'eau (v) par rapport au volume de la terre sèche (V) : Hv (%)
= v/V x 100
Da = M/V donc V = M/Da et que m = v puisque la masse volume de l'eau est égale à 1, ou peut écrire
:
10
Dr BACYE 2022
Hv (%) = m.Da/M x 100 = Hm % à Da
Hv = Hm.Da
L'expression de l'humidité sous forme de pourcentages pouvant amener des erreurs dans les calculs de
réserve en eau, il est préférable d'utiliser les expressions suivantes.
- la teneur eau massique est le rapport de la masse d'eau à la masse de terre sèche qui la contient (g
d'eau/g de sol).
- la teneur en eau volumique est rapport du volume d'eau du volume de terre qui la contient (cm3
d'eau/cm3 de sol).
La mesure de l'humidité du sol est généralement faite par la méthode pondérale qui permet d'évaluer
l'humidité massique (Hm).
Hm (%) = P1 - P2 x 100
P2
Il existe d'autres méthodes permettant de mesurer l'humidité du sol en place. ex : la sonde à neutrons.
Après un arrosage ou une pluie abondante, l'eau occupe tous les vides : on dit que le sol est saturé. Cette
eau, soumise à différentes forces se trouve sous les formes suivantes :
• l'eau gravitaire qui s'écoule en profondeur sous l'effet de la pesanteur (forces de gravité). Elle
correspond à la quantité d'eau contenue dans la macroporosité de diamètre < 10µm. L'écoulement de
l'eau de gravité correspondant au phénomène de ressuyage. Le point de ressuyage est atteint quand
l'eau cesse de s'écouler.
• L'eau contenue dans le sol après le ressuyage. Cette eau qui occupe la microporosité est retenue par
des forces de rétention supérieures aux forces de gravité. Elle se divise en 2. :
+ l'eau capillaire qui occupe les pores de diamètres moyens compris entre 10 et 0,2µm ; elle est
absorbables par les racines.
+ l'eau liée ou eau d'absorption qui forme une fine pellicule à la surface des particules du sol qui
la retiennent très énergiquement. Elle n'est pas absorbable par les racines.
Potentiel capillaire
Le potentiel capillaire ou potentiel matriciel exprime l'intensité des forces de rétention ou de succion de
l'eau par le sol et par conséquent l'importance du travail qu'il faut fournir pour extraire cette eau.
11
Dr BACYE 2022
Le potentiel capillaire s'exprime soit sous forme de pression de succion évaluée en atrium ou en bars soit
sous forme d'une hauteur d'ascension capillaire évaluée en cm.
1 atmosphère = une hauteur d'eau de 1000 cm et le potentiel varie de 0 en sol saturé à 10 000
atmosphère en sol sec (0 à 10 000 000 cm).
On l'exprime plus couramment par le log de la hauteur d'ascension capillaire h en cm appelé pF qui
correspond au potentiel hydrique du sol.
pF = log10 h(cm).
La relation entre humidité et potentiel de l'eau, permet de déterminer les humidités entre lesquelles
on a intérêt à maintenir le sol pour que la plante soit dans des meilleures conditions d'absorption.
- L'humidité au point de flétrissement (Hf) qui correspond à la teneur en eau du sol en dessous de
laquelle l'absorption de l'eau par la racine est bloquée. Ce qui entraîne un flétrissement de la plante.
C'est la valeur limite de l'eau liée non absorbable par les plantes. Le pF correspondant est relativement
indépendant de la granulométrie, la succion est de l'ordre de 16 atmosphères, soit pF 4,2.
L'humidité utile et réserve utile. L'humidité utile est la quantité d'eau stockée pour le sol et disponible
par la plante. Elle correspond à la différence entre Hcc et Hf
Hu = Hcc - Hf.
De l'humidité utile, on peut déduire la capacité de stockage d'un sol de profondeur donnée que l'on
appelle la réserve utile (RU).
Z = profondeur du sol.
12
Dr BACYE 2022
RU (m3 /ha) = (Hcc - Hf) Da x S x Z (m)
S = surface en m²
Les mouvements de l'eau dans le sol sont de deux ordres : la percolation et la diffusion capillaire.
La percolation
Concernant la texture, la perméabilité est plus élevée dans les sols sableux et plus faible dans les sols
argileux sans humus.
Pour ce qui est de la structure, dans les sols à structure stable la perméabilité est bonne. (2 à 10
cm/heure) alors que les sols à structure instable, la perméabilité est mauvaise (0-2cm/heure). Une
structure compacte définie un sol imperméable et une structure grumeleuse un sol perméable.
Au cours d'une pluie ou d'un arrosage, si l'intensité de la pluie ou de débit de l'asperseur est inférieure à
la perméabilité du sol, le sol absorbe l'eau qui s'infiltre normalement, il n'y aura pas d'engorgement.
Dans le cas où c'est la perméabilité qui est plus faible, il y a engorgement. Lorsque le terrain est
argileux, il y aura dispersion de l'argile qui entraînera la déstabilisation de la structure donc l'érosion du
sol.
La diffusion capillaire
C'est le déplacement dans tous les sens de l'eau de rétention. En principe l'eau se déplace du point le
moins sec au point le plus sec. Il se forme des films liquides autour des particules de sol. La diffusion
capillaire est favorisée par une texture fine et un tassement du sol.
S'il se produit un dessèchement en surface, l'eau peut remonter par capillarité. C'est la remontée
capillaire. Ce phénomène se produit également lorsque le sol s'alimente à partir d'une nappe d'eau.
En milieu bien draine, la remontée capillaire est très lente et n'empêche pas le dessèchement du sol.
13
Dr BACYE 2022
Expérience 1 (Schéma)
Résultat 1 : Le filtrat est débarrassé des substances organiques et minérales qui sont à l’origine de
l’odeur ammoniacale et de la couleur noir.
Interprétation 1 :La terre argileuse possède une certaine capacité à fixer les substances organiques et
minérales.
Expérience 2 (Schéma)
Résultats 2: le filtrat est incolore ou inodore et devient de plus en plus trouble avec une couleur noir et
une odeur ammoniacale lorsqu’on continue d’ajouter le burin. Avec le sable pure le filtrat a une couleur
noir et une odeur ammoniacale dès les 1ères gouttes de purin.
Interprétation 2:L’argile à l’opposé du sable, a une certaine capacité de retenir les substances
organiques et minérales ; Si on utilisait l’humus on allait avoir le même résultat. Comme l’argile,
l’humus possède la capacité de retenir les substances organiques et minérales. Cette capacité peut être
saturée et c’est ce qui explique que le substrat devient trouble avec les caractéristiques du purin.
14
Dr BACYE 2022
Le pouvoir absorbant d’un sol est défini comme la propriété de ce sol de fixer de manière réversible des
ions contenus dans la solution du sol. Cette propriété est liée à la présence d’une part de l’argile et de
l’humus qui forme le complexe absorbant et d’autres part de la solution du sol.
Résultat : le filtrat contient moins d’ions d’ammonium que la solution d’acétate mais contient en plus
d’autres cations.
Interprétation : Les ions ammonium apporté par l’acétate ont chassés les cations Mg2+, Ca2+,K+ dans la
solution du sol et ont pris leur place sur le complexe absorbant.
Le passage des ions de la solution du sol au complexe absorbant et vice versa constitue le phénomène
d’échange d’ions dans le sol (cations échangeables).Les ions recueillent dans le filtrat sont appelés des
cations échangeables. Pour qu’il ait échange d’ions, il faut qu’il y ait le complexe absorbant et la
solution du sol.
Complexe absorbant : ensemble des charges négative et positive qui sont présent dans le sol, retient ou
fixe les ions.
Ce phénomène est régit par un certain nombre de loi dont les principales sont:
Cela veut dire que le déplacement d’un ion de complexe vers la solution du sol entraine l’adsorption
d’ion de même valence
• Loi de l’équilibre entre les ions fixés au complexe et les ions libres de la solution du sol
Solution
15
Dr BACYE 2022
Elle entraine deux implications :
Pont cationique
CA + Ca + - H2PO4
+K
-H2PO4 calcique
Les cations se fixent sur les charges négatives du complexe absorbant. Les anions vont se fixés sur les
charges positives du CA ou sur les charges négatives par l’intermédiaire cation polyvalent. Le cation
forme un pont cationique entre l’anion et le CA. Les anions qu’on rencontre le plus fréquemment dans le
sol sont : H2PO4-, HPO42-, Cl-, SO42- et NO3-. SO42- et NO3- ne peuvent pas se fixer sur le complexe
absorbant par contre H2PO4-, HPO42-, Cl- le peuvent.
16
Dr BACYE 2022
+
++ + +
+ +
+ +
+ +
CA + +
+ +
Couche 1 Couche 2
Le mécanisme d’échange d’ion est expliqué par la formation de la double couche diffuse. En effet
autour des charges négatives du complexe absorbant se forme un nuage d’ions en mouvement incessant
comparable à un essaim d’abeille et la disposition des ions dans la couche est fonctions des facteurs de
sélectivité.
La CEC est la quantité maximal de cation que 100g de sol sont capable de fixé. Elle représente la
quantité totale d’échange négative disponible dans 100g de sol pour la fixation des cations.
La valeur de la CEC est exprimé soit en milliéquivalent (méq/100g de sol) soit en centimols (Cmol/kg
de sol).
m
Eq =
valence
La CEC varie en fonction de la teneur en argile et aussi la nature de l’humus du sol.
S est la (SCE) ou (S des bases E) et les cations concernés sont : Ca2+, Mg2+, K+, Na+
17
Dr BACYE 2022
La différence entre la CEC et S donne la quantité d’ion acide dans le sol (H⁺; Al³⁺) : CEC − S =
(H⁺; Al³⁺)
S
V(%) = x 100
CEC
V>50% sol saturé en bases. V<50% sol désaturé en bases.
5- pH du sol
a- L’origine des ions H⁺ dans le sol
- les sols ayant les taux de saturation les plus faibles seront les plus acides.
- les groupements acides des acides organiques issus de l'humification surtout si le sol est fortement
organique et riche en produits acides faiblement polymérisés.
- l'Aluminium libre qui donne par hydrolyse les ions H+ suivant les réactions :
Généralement le pH KCl d’une solution du sol donné est inférieur au pH eau de 0,5 à 1 unité. Pour
mesurer le pH au laboratoire, on utilise un rapport Sol/eau (solution de KCl) de 1/2,5. Par exemple : 1g
de sol ⟶ 2,5 eau.
Le pH eau du sol peut varier de 2 à 10. Mais le pH eau des sols cultivable est généralement compris
entre 4 à 8,5
18
Dr BACYE 2022
On remarque que le sol a tendance à opposer une résistance à brusque variation de son pH. Cette
résistance est appelée pouvoir tampon du sol. Elle est dépend du complexe absorbant du sol donc à la
présence des colloïdes (argile et humus). Plus la teneur en colloïde est élevée, plus le pouvoir tampon
du sol est élevé.
Les composants biologiques du sol comprennent des organismes divers repartis dans différents groupes
qui sont : La faune du sol ; la microflore sol et les racines des végétaux
La faune du sol comprend l’ensemble des organismes animaux vivant dans le sol et qui peuvent être
repartis selon leur taille :
• la microfaune regroupe les organismes animaux de taille inférieure à 0,2mm. Ce groupe est
constitué par les protozoaires.
• la mésofaune taille comprise entre 0,2mm et 2mm et regroupe les collemboles, acariens.
• la macrofaune regroupe les mollusques, arthropodes, vers de terre taille supérieur à 2mm.
La faune du sol ou pédofaune joue un rôle important dans le processus de la formation du sol liée à la
dynamique de la matière organique ou au mouvement des matières.
La 1ère étape de la transformation de la matière organique est la fragmentation sous l’action de la faune
du sol. Au cours de cette fragmentation divers groupes de faunes se succède sur le substrat aboutissant à
son broyage fin.
La fragmentation des débris par la faune du sol augmente considérablement la surface de contact ce qui
favorise l’action de la microflore du sol.
Certaines espèces de faunes participent directement à la formation de l’humus. Par exemple : les vers de
terre ingèrent de la matière organique qui est transformé en partie au cours du transit intestinal en humus
qui est rejeté sous forme de déjection.
19
Dr BACYE 2022
L’activité fouisseuse de la faune se traduit par des remontées de matière minérale souvent à de très
grande profondeur et des descentes de matière organique. Ce qui permet la formation d’horizons
appauvris ou enrichis en ses éléments.
Rôle dans les propriétés physiques du sol : l’activité fouisseuse des différents groupes de faune se
traduit par la création de galeries qui permet l’aération du sol. Egalement les matériaux transportés et
déposés dans les horizons peuvent modifier la texture et la structure du sol.
Rôle sur les propriétés chimiques : les remontées des termites sont généralement riche en argile ce qui
modifie la capacité d’échange cationique des sols.
Elle comprend des espèces appartenant aux groupes suivants : bactéries ; champignons ; actinomycètes
et les algues :
• Les bactéries
Les bactéries constituent le plus important groupe de micro-organisme du sol. La biomasse bactérienne
varie de 1-7tonnes /ha. Elles peuvent être classées en fonction de leur milieu de vie ou de leur source
d’énergie :
-En fonction du milieu de vie on a les bactéries aérobies (rhizobium ; nitrosomonas) et les bactéries
anaérobies (clostridium).
Les bactéries hétérotrophes qui tirent leur source de carbone et d’énergie à partir de l’oxydation
des composés organiques du sol. La plupart des bactéries appartiennent à ce groupe ;
Les Bactéries autotrophes tirent leur source d’énergie à partir de l’oxydation des composés
minéraux du sol. Le carbone est fourni par le CO2 de l’air. Exemple : nitrosomonas, nitrobacter
Les Bactéries semi-autotrophe dont la source d’énergie fournie par la plante avec laquelle elles
vivent en symbiose cas du rhizobium (bactérie fixatrice d’azote) qui vit avec les légumineuses.
Les bactéries s’associent avec des plantes. On distingue des associations libres dans lequel les bactéries
sont attirées par des exsudats racinaires et se développent autour des racines dans la rhizosphère. Les
bactéries utilisent les substances exsudées par les racines fournissant en retour aux plantes des
substances nécessaires à leur croissance. Exemple : Azotobacter
On a également les associations symbiotiques dans lesquels les bactéries du genre rhizobium se
développent dans les nodosités des légumineuses et utilisent le carbone fourni par la plante hôte ; en
retour elles fournissent à la plante hôte une partie de l’azote atmosphérique qu’elles ont fixées.
20
Dr BACYE 2022
• Les champignons
Le sol contient 01 à 1,5tonne/ha d’échantillons. Les genres les plus récemment rencontrés sont :
Aspergillus, Fusarium
*L’association avec les plantes : ils peuvent s’associer en symbiose avec les plantes en formant des
mycorhizes. Ces mycorhizes permettent de solubiliser certains composés du sol au profit de la plante.
Ils permettent également l’absorption de l’eau surtout au niveau des arbres.
• Les actinomycètes
:
Les actinomycètes représentent environ :; de la biomasse bactérienne du sol. Les espèces les plus
rencontrées sont : Streptomycès et Nocardia
Ils jouent un rôle important dans le sol en raison de leur attitude à dégrader les substances difficilement
décomposables par les champignons et les bactéries (exemple : le Tannin) et à synthétiser les substances
antibiotiques.
• Les algues
Ils se rencontrent surtout à la surface du sol en raison de leur attitude à effectuer la photosynthèse. Leur
nombre est inférieur à celui des champignons. Leur rôle se limite à la fourniture de MO au sol.
Cependant certain espèces d’algues sont capable de fixer l’azote atmosphérique
L’activité des organismes du sol est modulée par de nombreux facteurs liés aux caractéristiques du sol
a- L’humidité
Elle intervient dans l’activité biologique directement par son caractère indispensable à la vie. Elle
intervient indirectement dans l’activité biologique en modifiant l’équilibre gazeuse dans le sol ce qui
entraine une répartition entre les organismes aérobies et les organismes anaérobies.
b- L’aération du sol
L’équilibre gazeux du sol influence la composition et la répartition des organismes vivant dans le sol.
En général la plupart des organismes vivant dans le sol ont besoins de la présence de l’O2.
c- La température
21
Dr BACYE 2022
Elle est indispensable aux réactions biochimiques dans le sol et les variations de T°C modifient la
composition et l’activité des microorganismes. En général des T°C élevés sont plus favorables à
l’activité biologique.
De nombreux autres facteurs contrôlent l’activité des organismes vivants dans le sol. On peut citer la
MO, la structure, la texture, le pH.
III- Transformation microbienne des éléments dans le sol : cycle biologique des éléments
La transformation dans le sol des éléments est liée aux microorganismes mais aussi à des enzymes
(substances d’origine biologique)
Le point de départ est le CO2 qui sera utilisé par les végétaux lors de la photosynthèse pour fabriquer du
glucose puis les autres composés carbonés (sucres, cellulose, amidon). Cette étape assure le passage du
carbone de la forme minérale vers la forme organique végétale.
2èmeétape : La biomasse végétale formée au cours de la photosynthèse est consommée par les animaux
qui la transforment considérablement :
• Les MO consommées sont minéralisées en CO2 au cours du métabolisme des animaux. Le CO2 est
rejeté dans l’atmosphère.
• Au cours du transit intestinal les MO consommées s'enrichissent en N et perdent du carbone. Les
déjections sont aussi riches en constituants nécessaires à la décomposition microbienne.
Seulement 1/10 de la matière organique synthétisée par les végétaux est concerné.
22
Dr BACYE 2022
A la mort des organismes vivants, la biomasse retourne au sol sous forme de matière fraiche qui va être
progressivement décomposée et minéralisée. C’est au cours de cette étape que la plus grande partie du
CO2 retourne dans l’atmosphère.
Au cours de la transformation de matière organique fraiche apparaissent des composés organiques plus
ou moins polymérisés formant l’humus qui va se lié à la fraction minérale du sol.
- les composés glucidiques qui comprennent les sucres simples (glucose, fructose), les polyosides
(amidon, hémicellulose) ;
- les composés carbonés constitués par des substances aromatique : les phénols simples et leurs
polymères (les substances peptidique) la lignine, le tannin (polymère).
Exemple : C6H12O6+O2---------CO2+H2O
Saccharose-------fructose + glucose
L’étape finale est la libération du carbone sous forme de CO2. Cette étape est appelée minéralisation du
carbone. La vitesse de décomposition des composés carbonés dépend de la nature de ses composés,
notamment du rapport C/N
• la décomposition des sucres simples et de l’amidon est rapide parce que ces composés
constituent une source de carbone facilement décomposable et sont toujours attaqués les premiers. En
milieu aérobie les glucides vont donner du CO2 et en milieu anaérobie du CH4 (méthane)
• la décomposition de la cellulose ou cellulolyse : la décomposition de la cellulose
produit des pentoses et des hexoses, une partie de ces produits va être utilisé comme aliment énergétique
et sera entièrement décomposée en CO2 et l’autre partie sera transformée en polysaccharides (structure
de microorganisme) et en humus.
• La décomposition de la lignine ou ligninolyse : elle est difficile à cause de sa
structure chimique complexe et elle aboutit à des composés qui participent à la formation de l’humus.
23
Dr BACYE 2022
- La synthèse des composés humiques ou humification : les composés issus de la décomposition
de la cellulose, la lignine, des tannins vont subir un processus de polymérisation aboutissant à la
formation de l’humus ; coefficient isohumique ou coefficient de formation de l’humus k1 et
coefficient de minéralisation de l’humus k2
=> ?@A@é CD E>F>G HIFé => ?@A@é CD E>F>G FA?é UAGé VE =>W ??éW
< = . ; <T =
JKLMé NOP QP RS JKLMé NOP QD XKYKZ QK ZNO
Le N présent dans le sol provient de diverse sources : la fixation de l’N de l’air, la décomposition de la
mo du sol, les retombées atmosphériques et les apports d’engrais.
Certaines bactéries du sol sont capables de fixer l’N atmosphérique. On distingue la fixation
symbiotique et la fixation non symbiotique ou fixation libre.
N2+6H++6e- ---------->2NH3
N2
Fixation
La fixation symbiotique : elle est due aux bactéries du genre Rhizobium qui vivent dans les nodosités
des légumineuses (partie des racines où sont logées les bactéries).
La fixation non symbiotique : elle est l’œuvre de bactéries qui vivent librement dans la rhizosphère.
Elles tirent leurs sources de carbone ou d’énergie des exsudats racinaires et sont capables de fixer l’N de
l’air.
Les pluies peuvent contenir de l’N sous forme NO3- et NH4+ qui proviennent de la volatilisation de N ou
des poussières.
Les engrais
b- Le cycle de l’azote
Les plantes absorbent l’N du sol sous forme d’N minéral qui es combiné dans les tissus végétaux avec
d’autres éléments nutritifs pour donner des protéines végétales
Les protéines végétales sont consommées par les animaux qui les transforment en protéines animales.
Au cours de cette étape seulement 30% d’N organique végétale sont transformés en N organique
animal ; le reste est rejetée sous forme de déjection riche en N (constitué d’urine et des fèces).
Une grande partie de la biomasse végétale retourne au sol et constitue avec les déchets animaux une
source d’N organique qui va être décomposé en N minérale avec la formation de l’ammonium puis des
nitrates. L’azote organique est l’azote contenu dans la matière organique.
La protéolyse qui est la transformation enzymatique des protides en polypeptides puis en Aa.
L’ammonification qui est la transformation des acides aminés en ammoniaque puis en
ammonium. Elle est le plus souvent de nature biologique et les microorganismes intervenant
appartiennent à une diversité d’espèces de bactéries, de champignons et d’actinomycètes de sorte que
l’ammonification n’a pas d’exigences écologiques particulières.
La nitrification c’est la transformation de l’ammonium en nitrate. C’est un processus d’oxydation
qui se fait par l’intervention successive de bactéries des genres Nitrosomonas et Nitrobacter. Elle
s’effectue en 2 étapes :
- La nitrosation ou nitritation qui consiste en la transformation de l’ammonium en nitrite par
l’intervention des Nitrosomonas avec la production d’E.
25
Dr BACYE 2022
- Nitratation qui correspond à la transformation des ions nitrites en nitrate par l’intervention
des Azotobacters.
NB : La nitrification a des exigences écologiques strictes car il faut la présence de NH4+ dans le sol, il
faut de l’O2 dans le milieu et que le pH soit proche de la neutralité.
La dénitrification c’est un processus de transformation biologique par lequel les nitrates sont
réduits à l’état d’N gazeux N2, N2O, NH3. Les facteurs de la dénitrification sont, la présence de nitrate,
l’absence d’O2 dans le milieu et la présence de substrats carbonés.
Il s’agit de l’utilisation par les microorganismes de l’N minéral du sol pour des synthèses microbiennes.
On dit qu’il y’a immobilisation de l’N minéral ou encore réorganisation. Ce processus dépend de
l’activité biologie du sol et du rapport C/N de la MO. La réorganisation est d’autant plus élevée que le
rapport C/N est élevé.
Chapitre 5: Pédogénèse
Introduction
Pédogénèse : est l’étude de la formation et de l’évolution des sols sous l’influence de plusieurs facteurs.
Le profil est coupe verticale du sol allant de la surface jusqu’à la roche mère en profondeur et qui
permet d’observer et de décrire les horizons
Un horizon est une couche plus ou moins parallèle à la surface du sol caractérisé par son épaisseur, sa
texture, sa structure, sa couleur et par d’autres caractéristiques qui la distingue des autres couches.
o Horizon A, est un horizon de surface qui contient de la matière organique qui la colore en
couleur sombre (noir marron) ; il peut être subdivisé en sous horizons :
Horizon A00 noté L (litière) : est constitué par des débris végétaux reconnaissables.
Horizon A0 : est constitué essentiellement par de la matière organique en
décomposition non reconnaissable.
Horizon A1 : est constitué par de la matière minérale mélangé a la matière
organique bien décomposée.
Horizon A2 : horizon de couleur clair caractérisé par un appauvrissement en argile
(lessivé).
26
Dr BACYE 2022
o Horizon B : c’est un horizon minéral de couleur vive pauvre en mo mais riche en argile et en
oxyde et hydroxyde de fer et d’aluminium. Il peut être noté (B) pour indiquer que c’est un horizon B en
cour de formation. Il peut être marqué par des processus d’accumulation de secondaires. exemple : Bh
qui signifie que c’est un horizon B qui a accumulé de l’humus ; Bs : il y’a eu accumulation de
sesquioxyde de Fe et Al.
o Horizon C : est constitué par la roche mère en voie de décomposition.
o Roche mère
La pédogénèse, selon Gaucher, est l’ensemble des phénomènes qui décomposent les roches, produisant
les sols à leurs dépens à travers des transformations et des déplacements de substances..
I. Etapes de la pédogénèse
La pédogénèse est réalisée en trois (03) étapes qui se produisent plus ou moins simultanément.
La 1ère étape correspond à la désagrégation et à l’altération de la roche mère sous l’action des agents
climatiques. En effet, la pluie, la température et le vent agissent sur la roche mère en la réduisant en
éléments de plus en plus fins (désagrégation) et en l’attaquant chimiquement pour libérer les éléments
minéraux dont elle est constituée (altération).
La 2ème étape est la colonisation des produits de l’altération par la flore et la faune qui apporte de la
matière organique aboutissant à la formation de l’humus. L’humus formé poursuit avec les agents
climatiques, l’altération des minéraux. A cette étape, on peut dire que le sol est déjà formé.
La 3ème étape correspond aux migrations de matières qui donnent au sol son profil. En effet, sous
l’action des pluies les éléments solubles ou très fins sont entraînés en profondeur (lessivage, lixiviation).
Au contraire, d’autres éléments peuvent remonter en surface sous l’effet de la remontée de nappe suivie
de dessèchement. Egalement, les racines des végétaux et la faune du sol participent également à ces
mouvements de matières qui aboutissent à la formation des horizons.
Ces processus différents processus s’imbriquent les uns dans les autres sous l’influence des facteurs
écologiques environnants
27
Dr BACYE 2022
Deux processus interviennent : l’un de nature physique (la désagrégation) et l’autre de nature chimique
(l’altération).
La désagrégation est due aux variations des températures, l’action d’usure de l’eau de pluie et des vents,
à l’action des racines en croissance qui peuvent développer des forces de 10 à 15 atmosphères. Elle
provoque la fragmentation des roches en éléments de plus en plus petits. Ce qui favorise l’attaque
chimique des minéraux constitutifs.
L’altération chimique provoque des changements chimiques dans les minéraux primitifs qui se
décomposent en substances chimiques plus simples qui, à leur tour, vont se combiner pour former des
minéraux secondaires, notamment des argiles. L’altération ne peut avoir lieu qu’en présence d’eau qui
véhicules les agents chimiques actifs (O2, acides organiques et minéraux, CO2) et à une température
suffisante. Les produits de l’altération chimique sont
- silice (SIO2) ;
- argiles.
- dissolution par l’eau qui concerne les roches solubles (CaCO3). Le pouvoir dissolvant de l’eau
est augmentée lorsqu’elle est chargée de CO2 ;
- hydrolyse qui consiste en une transformation des minéraux par les ions H+ (hydrolyse acide) ou
OH- (hydrolyse neutre ou alcaline). L’hydrolyse concerne les roches cristallines et dépend beaucoup des
facteurs écologiques.
Le milieu tropical se caractérise par un climat chaud et plus ou moins humide. Cela implique :
- une décomposition rapide la matière organique dont le rôle est assez limité dans la
pédogénèse.
L’hydrolyse neutre est le mode d’altération chimique le plus important. Elle affecte les roches sur une
profondeur de plusieurs mètres. L’altération est totale et aboutit à la libération de tous les constituants de
minéraux silicatés : silice, fer, alumine et les bases, etc. En milieu tropical suffisamment pluvieux et
bien drainé : la silice et les bases sont entraînées ; le fer et l’alumine forment des oxydes et des
hydroxydes qui s’accumulent dans le profil ; la néoformation d’argile pauvre en silice et bases de type
kaolinite.
28
Dr BACYE 2022
Les débris végétaux de toute nature qui tombent sur le sol vont évoluer dans le sol suivant deux
processus majeurs :
Dans le sol l’argile et l’humus sont associés pour former le complexe argilo-humique qui donne au sol
sa stabilité.
On distingue plusieurs types d’humus en fonction des conditions de la pédogénèse (il s’agit de l’humus
au sens large) :
* l’humus brut ou mort : humus formé en milieu acide (pH env. 3) ou l’activité biologique est très faible
et la décomposition des débris végétaux est très lente provoquant une accumulation de ces débris avec la
formation d’un horizon A00 ou L puis d’un horizon A0 qui repose sur un horizon A1 peut épais.
* le Moder : humus des milieux ou l’activité biologique est assez rapide, il est formé par un horizon A0
qui est moins épais (2 à 3cm) et qui repose sur un horizon A1.
* le Mull : il caractérise les milieux où la décomposition est très rapide se traduisant par une absence
d’accumulation de débris en surface (horizon A00) et on a un horizon A1 épais.
* Anmoor : c’est un humus qui caractérise les milieux temporairement inondés se traduisant par la
présence d’un horizon A0 peu épais et A1 épais.
*la Tourbe : caractérise les milieux riches en mo et permanemment soumis à l’hydromorphie. La tourbe
est composée de cellulose et de lignine formant un horizon A0 épais noir ou brun avec une structure
fibreuse
Les éléments du complexe d’altération et décomposition de la matière organique sont entrainés d’un
endroit à un autre au sein du profil sous l’influence de différents facteurs aboutissant à la formation
d’horizons caractéristiques. On distingue trois types de migrations : migrations descendantes, migrations
obliques et migrations ascendantes :
Les migrations descendantes dues au lessivage sont dominantes dans les milieux à climat pluvieux et
sont à l’origine d’horizon appauvri ou éluvial et d’horizon enrichi ou illuvial. Les processus de
migrations descendantes sont :
29
Dr BACYE 2022
- le lessivage concerne les argiles
Les migrations obliques se réalisent le long des pentes. Elles appauvrissent les sommets en éléments
minéraux et en colloïdes (argile et humus) aux profits des zones situées en bas de pente
Les migrations ascendantes existent aussi mais nécessitent pour s’établir des conditions particulières
(présence d’une nappe à faible profondeur) et concernent les sels solubles (Na, fer ferreux, etc.)
Un autre processus de migrations ascendantes est représenté par la remontée des éléments minéraux par
les végétaux à l’aide de leurs racines, des couches profondes à la surface du sol. Cette remontée qui
participe aux cycles bio-géo-chimiques des éléments permet de compenser les pertes dues aux
migrations descendantes
Action du climat
Le climat constitue un des facteurs les plus importants car il agit directement sur les trois processus
fondamentaux :
- altération des roches (ex. climat désertique et froid, climat chaud et humide) ;
Le facteur climatique joue un rôle prépondérant dans la répartition des sols à l’échelle mondiale
A l’échelle mondiale le rôle de la roche mère est très secondaire, elle ne fera que ralentir ou accélérer les
processus de la pédogénèse. Cependant au niveau local, c’est la roche mère qui va conférer au sol ses
caractéristiques. Exemple :
Action du relief
- l’érosion qui décape le sol et met à nu les horizons profonds ou la roche-mère. L’érosion
rajeunit le sol et s’oppose ainsi à son évolution ;
30
Dr BACYE 2022
- le lessivage oblique qui entraîne les éléments colloïdaux et solubles du haut vers le bas des
pentes (ex. sol de bas-fond et sol de plateau).
Le relief agit aussi indirectement à travers son effet sur le drainage, les parties basses étant mal drainées.
Le degré d’hydromorphie influence profondément l’évolution du sol
Action la végétation
- les apports de matières organiques et la production de l’humus, le type humus étant lié au type
de végétation ;
Action de l’homme
L’homme à travers ses actions multiples (défrichement, mise culture, apports de fertilisants, travail du
sol, feux de brousse, irrigation, drainage, introduction de nouvelles espèces, etc.), crée un déséquilibre
qui induit une évolution contraire du sol.
Exemple :
Dans les régions tropicales, les défrichements intempestifs et les feux de brousse mettent à nu le sol
chaque année. Il s’en suit :
Les sols sont ordonnés et dénommés selon des systèmes de référence de classification.
Il existe quatre systèmes de classification des sols dont la classification française qui est
le plus couramment utilisée pour la nomenclature des sols en Afrique francophone.
31
Dr BACYE 2022
Ce sont des sols situés sur cuirasse, ou roches dénudées, alluvions ou colluvions récents,
etc. Ces sols sont d’origine récente et résultent soit d’une érosion intense, soit d’apports
sédimentaires ou volcaniques, soit situés dans des zones climatiques ne permettant pas
d’évolution (désert chaud ou froid). Les sols présentent un profil AC ou AR.
Les sols peu évolués d’érosion sur matériaux meubles sont utilisables à condition de
contrôler l’érosion. Par contre les sols peu évolués d’apport sont plus intéressants,
surtout lorsqu’il s’agit d’alluvions et d’apports volcaniques meubles
Ce sont sols à couleur foncé, à profil ABC, riches en argiles gonflantes, présentes des
fentes de retrait en condition sèche, formés sur roches vertes basiques.
Ces sols sont lourds, compacts, difficiles à travailler, de perméabilité très faible à nulle.
Ils sont souvent hydromorphes à engorgement important. Ils sont en général très riches
chimiquement et ont une capacité de stockage de l’eau très élevée. Les vertisols
présentent des risques élevés de salinisation surtout si les eaux d’irrigation sont salées.
Sols rencontrés dans les régions tropicales à une saison de pluie avec en moyenne 1000
mm /an. Ils sont un profil de type ABC ou A(B)C, à horizon B de couleur vive à causes
des oxydes fer et d’alumine, présence de taches et concrétions et, de cuirasse.
Ces sols ont des faibles teneurs en matière organique (moins de 1 %), présente une
structure massive. Ce sont des sols qui présentent des carences minérales, des risques
d’acidification, une profondeur limitée par la présence de cuirasse indurée, sensibles à
l’érosion , une faible capacité de stockage de l’eau.
32
Dr BACYE 2022
Ces sols sont rencontrés dans les régions tropicale et équatoriales à pluviométrie
supérieures à 1300 mm /an. Ils ont un profil de type ABC contenant des hydroxydes de
fer et l’alumine, argile à dominance de kaolinite, couleur vive rouge ou jaune de
l’horizon B, présence de concrétions et de cuirasse.
Les sols ferrallitiques présentent une richesse chimique variable mais généralement peu
élevée, une profondeur pouvant être limitée par la cuirasse, ou des couches
gravillonnaires, des risques élevés d’érosion.
Sols dominés par la présence d’un excès d’eau temporaire ou permanent sur une partie
ou la totalité du profil avec la présence d’horizon de gley pouvant être de deux types
L’excès d’eau est dû soit à la présence ou la remontée d’une nappe phréatique, soit à un
manque d’infiltration des eaux de pluie.
Les sols hydromophes à Gley ont une fertilité potentielle plus élevée que celle des sols à
pseudogley qui sont plus pauvres. La mise en valeur de ces sols doit passer toujours par
un contrôle de l’humidité. Ce qui est souvent difficile pour les sols à pseudogley.
33