DEVOIR BIOÉTHIQUE

Institut Des Sciences

Année Universitaire 2020-2021
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L3S6
Examen de bioéthique
Durée : 2H

(10points)
1. Définir: Ethique, Bioéthique (définition la plus actuelle), Déontologie
2. Quels sont les principes fondamentaux d’éthique

Pour que l’éthique soit intégrée à la recherche, le chemin fut long avec des scandales à
répétition.
De nos jours, pensez-vous que l’humanité soit totalement à l’abri de nouveaux scandales ?
Justifiez votre réponse par un argumentaire cohérent.

(10 points)
Repondez aux questions suivantes:
Donner la definition des mots ou expressions suivantes: Enzymes de restriction; génie
génétique; Organisme pathogène ; PCR (2pts)
Donner trois vecteurs en génie génétique (1.5pts)
Quelles sont les methodes de séquencage de l’ADN utilisées de nos jours? Donner les
grandes étapes d’une de votre choix (2pts)
Donner trois domaines d’application de la génétique avec un exemple precis par domaine
d’application. (4.5pts)

I- 1) Définition :
● Définition du concept Éthique :
D'emblée,il n’existe pas de définition consensuelle de l’éthique et le concept oscille, selon les
auteurs, entre réflexion portant sur la notion de Bien et énoncé de règles normatives.
Étymologiquement, éthique dérive du mot latin ethicus, la morale, et serait est une discipline
philosophique pratique (action) et normative (règles) dans un milieu naturel et humain. Ainsi,
l'éthique est l’ensemble des principes moraux qui sont à la base de la conduite d’une personne.
Par ailleurs, selon Mercier ( 2002, p. 34) l'éthique serait """la réflexion qui intervient en amont de
l’action et qui a pour ambition de distinguer la bonne et la mauvaise façon d’agir"". Pris dans ce
sens , l'éthique invite- t-elle le professionnel à réfléchir sur les valeurs qui motivent son action
et à choisir, sur cette base, la conduite la plus appropriée.
En outre , l'éthique semble être une discipline qui réfléchit sur les finalités, sur les valeurs de
l'existence, sur les conditions d'une vie heureuse, sur la notion de "bien" ou sur des questions
de mœurs ou de morale.
Bref, objectivement l'éthique est une recherche d'idéal de société et de conduite de l'existence.
Pris dans ce sens, l 'éthique peut également être définie comme une réflexion sur les
comportements à adopter pour rendre le monde humainement habitable.

● Définition du concept Bioéthique

A l'origine, bioéthique dérive de deux mots grecs,"bios" signifiant vie et "êthikos", « ethos » ,
l'éthique qui se réfère à l'étude des comportements, aux us et aux mœurs.En effet, Le mot
bioéthique a été utilisé pour la première fois aux États-Unis par le cancérologue Rensselaer
van Potter dans un livre publié en 1971, Bioethics: Bridge to the Future, dans ce
livre, Potter définit la bioéthique comme « la connaissance permettant de savoir comment
utiliser la connaissance ». Le concept a très vite évolué et la définition actuel plus ou moins
objective se trouve dans la Nouvelle Encyclopédie de bioéthique de Gilbert Hottois qui en 2001,
défini la bioéthique comme : « l' ensemble des recherches, discours et pratiques,
généralement pluridisciplinaires, ayant pour objet de clarifier ou de résoudre des questions à
portée éthique suscitées par l’avancement et l’application des technosciences biomédicales ».
Ainsi, la bioéthique serait l'étude de la conduite à adopter lors d'interventions médicales et
biomédicales sur la vie humaine, animale, végétale et microbienne.
● Définition du concept Déontologie :
Le mot déontologie vient du grec deon-deontos qui fait référence à une réflexion sur des
règles, des devoirs, des obligations de comportement. Ainsi, la déontologie désignerait
l’ensemble des devoirs et des obligations imposés aux membres d’un ordre ou d’une
association professionnelle. C'est sans doute la définition proposé par Isaac (1998, p. 98)
quand il dit : la déontologie est "un ensemble de règles dont se dote une profession (ou une
partie de la profession) au travers d’une organisation professionnelle qui devient l’instance
d’élaboration, de mise en œuvre, de surveillance et d’application de ces règles ".

2- Les principes fondamentaux d'éthique

Ces principes ont été formulés dans le rapport Belmont, publié en 1979 par le Département de
la Santé, de l’éducation et des services sociaux des États-Unis. Ils ont été théorisés par Tom
Beauchamp et James Childress dans un ouvrage intitulé Principles of Biomedical Ethics. Leur
analyse aura une influence considérable sur le développement de la bioéthique.
Ainsi, Les principes bioéthiques fondamentaux à tenir présents lorsqu’on fait un projet de
recherche sur l’être humain sont:
● le respect de la dignité humaine,
● le respect des principes et de la méthodologie de la science
● l’autonomie, l’indépendance
● la bienfaisance,
● la justice
D'emblée, le respect de la dignité humaine présuppose le respect de la nature même de son
être, physique et moral. Cela requiert non seulement le consentement libre et éclairé des
volontaires au projet de recherche mais aussi l'instauration du principe de confidentialité des
données personnelles recueillies.
En outre, le respect des principes et de la méthodologie de la science est l'un des principes
fondamentaux. En effet, la qualité du plateau technique utilisé, l’aptitude de l’investigateur
principal et de ses collaborateurs à mener à bien la recherche, la pertinence de la recherche, la
qualité méthodologique de sa conception, de sa mise en œuvre et de la restitution de ses
résultats sont autant de critères qui permettent du respect de ce principe.
Par ailleurs, nous avons le principe de l'autonomie, de l'indépendance.
L'indépendance impose à la recherche le rôle prépondérant des comités d’éthique
et des comités de surveillance qui veillent au respect de l’ensemble des exigences éthiques et
scientifiques.
L'autonomie quant à elle, veille à ce que :
● l’on donne toute l’information nécessaire à une prise de décision éclairée ;
● l’on ait vérifié que cette information à été comprise ;
● l’on s’assure de la capacité de la personne malade à vouloir décider .
Concernant le principe de la bienfaisance, cela stipule que l'’action entreprise doit être
bénéfique pour soi, pour autrui,pour la médecine et pour la société. Elle doit être utile, c’est à
dire avoir un rapport coût-bénéfique positif.
Enfin, le principe de la justice. Le principe de la justice impose l’équité dans la sélection des
participants à la recherche et surtout dans la distribution des risques, des bénéfices et des
retombées de la recherche. Il est normal que tous les patients ayant participé à une étude
puissent bénéficier des moyens diagnostiques, thérapeutiques et préventifs dont l’étude a
montré la supériorité.

3-

II- Répondons aux questions suivantes :

1- Donnons la définition des mots ou expressions suivantes :
● Enzyme de restriction :
Les enzymes de restriction sont des endonucléases qui coupent d’une manière définie et
reproductible l’ADN double-brin quelle que soit son origine. Ces enzymes de rectriction
permettent ainsi de caractériser un génome entier en une série de fragments reproductibles.
● Génie génétique:
Le Génie génétique est l’ensemble de techniques visant à isoler, purifier et amplifier un gène
pour non seulement étudier sa structure, sa fonction, sa régulation mais aussi pour des
applications industrielles, médicales, agronomiques ….
● Organisme pathogène :
Un organisme pathogène est une entité biologique capable de se reproduire ou de transférer du
matériel génétique et responsable d'une maladie infectieuse (chez l'humain). On distingue les
zoopathogènes et les phytopathogènes. En effet, on parle de zoopathogène lorsque l'agent
biologique peut se propager chez l'humain ou chez l'animal et de phytopathogène lorsque
l'agent biologique affecte les végétaux.
● PCR:
La PCR (Polymerase Chain Reaction), la réaction de polymérisation en chaîne consiste à
amplifier sélectivement une séquence particulière d’ADN par l’action répétée d’une ADN
polymérase. Le fragment d’ADN à amplifier est compris entre deux séquences
(complémentaires des amorces) qui doivent être connues et la longueur ne peut excéder 10 kb.

2- Donnons trois vecteurs en génie génétique :

En biologie moléculaire et en génie génétique, les vecteurs sont des molécules d'ADN
permettant la propagation de séquences d'intérêt. Parmi ces vecteurs nous pouvons citer, les
plasmide, les cosmides et les chromosome artificiel de levure (YAC).
● Les plasmides sont de petites molécules d'ADN bicaténaires, circulaires,
extrachromosomiques, susceptibles de se répliquer de façon autonome (réplicons)
● Les cosmides : ce sont des vecteurs hybrides constitués d’un plasmide classique auquel
ont été ajoutées les séquences COS du phage
● Les YAC (Yeast Artificial Chromosome), ce sont des chromosomes artificiels de levure
permettant de cloner de 150 à 1 000 kb de fragments d’ADN.

3- *le séquençage d'ADN a pour but la détermination de la séquence nucléotidique de l’ADN

isolé pour définir les introns, les exons et les zones de régulation de l’ADN inséré dans le
vecteur.
Les méthodes classiques de séquençage de l'ADN sont la méthode de Maxam et Gilbert qui
est une méthode chimique et la méthode de Sanger qui est une méthode enzymatique. Ces
deux méthodes ont été décrites en 1977. Cependant, les techniques de séquençage évolue et
durant les années 2000 ,elles ont connue une évolution spectaculaire.Ainsi, quelles sont les
methodes de séquencage de l’ADN utilisées de nos jours ?
De nos jours, des séquençages de nouvelle génération (next-generation sequencing, NGS) ont
été développées:
● la méthode « 454 », lancée en 2005 par la société 454 Life Sciences. Leur séquenceur
454 Genome Sequencer produisait environ 200 000 lectures d’une longueur de 110
paires de bases par run, c’est-à-dire par cycle de fonctionnement.
● En 2006, la technologie de Solexa (maintenant Illumina) faisait son apparition.
● En 2007, SOLiD (Sequencing by Oligo Ligation Detection) fut son apparition
commercialisée par Life Technologies.
En effet, Illumina et SOLiD produisaient plusieurs dizaines de millions de lectures, donc
beaucoup plus que la machine 454. En revanche, ces lectures sont beaucoup plus courtes,
environ 35 pb seulement.
● En 2010, Ion Torrent apparaissait, une technologie à base de semi-conducteurs, sans
détection optique des nucléotides fluorescents. Cette technologie était moins chère et
plus rapide que les autres. La première machine Ion Torrent produisait environ 3 millions
de séquences d’une longueur de 100 nucléotides maximum.
De nos jours,la méthode Illumina a conquis le monopole du marché. Ainsi, quelles sont les
grandes étapes du fonctionnement d'illumina?
Schéma illustration du fonctionnement des séquençages de nouvelle génération (NGS)

Figure 1 - Comparaison des méthodes de séquençage Sanger, de nouvelle génération (NGS,

next-generation sequencing) et de troisième génération (TGS, third-generation sequencing)
Les préparations des banques NGS et TGS suivent globalement les mêmes procédures, sauf
que pour le TGS les étapes de fragmentation de l’ADN génomique et d’amplification par PCR
sont optionnelles (indiqué par flèches interrompues). Les adaptateurs sont indiqués en rouge et
vert.

Comme mentionné ci-dessus ( voire figure 1) , les molécules d’une banque NGS contiennent
des adaptateurs aux extrémités, qui ont deux fonctions principales :
● (1) l’accrochage et l’amplification sur une cellule de flux (flow cell), qui est une plaque en
verre où les réactions de séquençage et la visualisation des nucléotides incorporés ont
lieu, et
● (2) l’hybridation d’une amorce qui sert de point de départ pour le séquençage.

● La Figure 2A montre schématiquement l’amplification des molécules de la banque sur

une cellule de flux Illumina. Les fragments d’ADN à séquencer sont d’abord dénaturés.
Les molécules simple brin obtenues vont alors s’hybrider à différents endroits de la
cellule de flux, grâce à la complémentarité de leurs adaptateurs avec les
oligonucléotides attachés de façon covalente à la cellule de flux (①).
● Suivons le devenir de l’une de ces molécules d’ADN. Un brin complémentaire au brin
matrice est synthétisé par une polymérase (②).
 ● Ensuite, une étape de dénaturation sépare le brin matrice d’origine et le brin
complémentaire néosynthétisé. Après une étape de lavage, qui permet d’éliminer le brin
matrice d’origine (③), l’extrémité libre du brin complémentaire s’hybride à un
oligonucléotide complémentaire fixé à proximité sur la cellule de flux (④).
● Cela permet une nouvelle synthèse d’un brin complémentaire (et donc identique au brin
matrice d’origine, ⑤),
● suivie par une nouvelle étape de dénaturation afin de séparer les deux brins. On a alors
les deux brins côte à côte sur la cellule de flux (⑥).
● Le même processus se répète un certain nombre de fois (⑦,⑧), ce qui aboutit à la
formation d’un « cluster », un groupe d’un millier de molécules identiques au brin matrice
d’origine. Ce processus est connu sous le nom d’amplification en pont (bridge
amplification) dans la littérature.
● À d’autres endroits de la cellule de flux, se trouvent d’autres clusters correspondant à
l’amplification d’autres fragments de la banque d’ADN à séquencer (Figure 2B). Cette
étape d'amplification est nécessaire à l'obtention d'un signal suffisamment important au
moment du séquençage. À l'issue de cette étape, des amorces de séquençage
s’hybrident à tous les brins de tous les clusters, et servent de point de démarrage du
séquençage. Un seul nucléotide marqué est incorporé à chaque cycle, suivi par une
étape d’imagerie afin de déterminer quel nucléotide a été incorporé dans chaque cluster
(Figure 2C).
Au fil des années, Illumina a agrandi sa gamme de séquenceurs et propose aujourd’hui des
machines qui peuvent générer de 4 millions à 20 milliards de séquences par run, avec une
longueur maximum de 150 à 300 pb2.

Schéma illustratif des grandes étapes du fonctionnement d'illumina

Figure 2 - Le principe de la technologie Illumina
(A) Représentation schématique du processus d’amplification en pont (bridge amplification) des
clusters sur la cellule de flux (flow cell, trait noir). Les adaptateurs et les oligonucléotides
complémentaires présents sur la cellule de flux sont indiqués en rouge et vert, les fragments
d’ADN à séquencer en bleu. La molécule s’étant initalement fixée à la cellule de flux, et les brins
dont la séquence est identique, sont notés O ; les brins complémentaires sont notés C. À
l’étape 9, les brins complémentaires à la molécule d’origine sont éliminés par clivage chimique
d’un nucléotide modifié dans l’oligonucléotide « rouge » fixé à la cellule de flux (croix rouges).
(B) Différentes molécules d’ADN sont amplifiées puis séquencées en même temps sur une
même cellule de flux.
(C) Réaction de séquençage. Une polymérase synthétise un brin complémentaire (jaune) au
brin situé sur la cellule de flux (bleu) en incorporant des nucléotides qui portent des groupes
fluorescents (bleu, rose, orange, ou vert) et un groupe « stop » qui bloque la polymérisation.
S’ensuit une étape d’imagerie afin d’identifier le nucléotide incorporé. Ensuite, les groupes
fluorescents et « stop » sont enlevés et le processus se répète.

4- Donnons trois domaines d’application de la génétique avec un exemple precis par domaine
d’application:Applications du génie génétique en Agriculture ,applications du génie génétique en
Industrie, applications du génie génétique en médecine.
● Applications du génie génétique en Agriculture. A ce niveau nous avons la résistance à
des insectes l'exemple du Maïs Bt. En effet, le gène Cry A de la bactérie Bacillus
thuringiensis, appelé communément Bt, confère la résistance à la pyrale.Ce gène
transféré dans les cellules du maïs, permet la production d'une protéine qui se
transforme en toxine dans le tube digestif de la pyral.

● Applications du génie génétique en Industrie, par exemple dans l'industrie

Agroalimentaire notamment dans la maturation des fruits: comme sur le melon, la
banane et sur la tomate des variétés transgéniques à maturation retardée. Il en résulte
une meilleure conservation et une aptitude au transport améliorée, réduisant les pertes.

● Applications du génie génétique en médecine . A ce niveau, nous avons comme

exemple les animaux transgéniques.En effet, un animal transgénique ou animal
génétiquement modifié est un animal vivant dont le patrimoine génétique a été modifié
par l'Homme. Par exemple , on a plusieurs poissons transgéniques comme le saumon «
AquAdvantage » (AquaBounty) , deux moustiques transgéniques (Aedes aegypti)
stériles au Brésil (Oxitec) ; un papillon Noctuelle transgénique (Spodoptera frugiperda),
lui aussi stérile, au Brésil, en 2021 (Oxitec) ….