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Introduction Aux Biotechnologies
Introduction Aux Biotechnologies
DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE-MICROBIOLOGIE
Polycopié du cours
Présenté par :
Dr MOUALEK Idir
Préface
Les plantes, les animaux et les microbes ont été utilisés par l'homme, comme la bière ou le
utilisées pour accroître l’efficacité des activités humaines. Des progrès technologiques ont
également été introduits pour exploiter la richesse végétale, animale et microbienne afin de
plus simples, la biotechnologie est la somme des activités et de l'organisme vivant de manière
produits de boulangerie à partir de farine de blé après l’ajout de levure en tant qu’organisme
de fermentation. On utilisait autrefois la farine de blé pour préparer du pain, mais de la levure
a été ajoutée à la farine de blé pour la rendre poreuse par génération de CO2 pendant la
fermentation. Depuis lors, ce processus est très populaire dans l’industrie et est responsable de
la préparation de différentes pates. Ce fut l’un des premiers procédés biotechnologiques mis
développer.
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I- Histoire de la biotechnologie et définitions des concepts
1663 - Première description enregistrée des cellules mourantes par Robert Hooke.
1798 - Edward Jenner utilise le premier vaccin viral pour inoculer un enfant varioleux.
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1824 - Henri Dutrochet découvre que les tissus sont composés de cellules vivantes.
1871 - Ernst Hoppe-Seyler découvre l'invertase, qui est encore utilisée pour fabriquer des
édulcorants artificiels.
1877 - Robert Koch développe une technique de coloration des bactéries pour
l'identification.
chromosomes.
1881 - Louis Pasteur développe des vaccins contre les bactéries qui causent le choléra et
1885 - Louis Pasteur et Emile Roux développent le premier vaccin contre la rage et
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1942 - La pénicilline est produite en masse par des microbes pour la première fois.
1952 - L.V. Radushkevich et V.M. Lukyanovich publie des images claires de tubes de 50
1964 - Le premier bras myoélectrique commercial est développé par l'Institut central de
Royaume-Uni.
1972 - La composition de l’ADN des chimpanzés et des gorilles se révèle être 99% similaire
1974 - Des scientifiques inventent le premier biociment pour les applications industrielles.
Milstein.
1978 - Les scientifiques de Caroline du Nord Clyde Hutchison et Marshall Edgell montrent
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qu'il est possible d'introduire des mutations spécifiques sur des sites spécifiques
est effectué avec succès chez une jeune fille qui souffrait d'un trouble immunitaire.
1994 - La Food and Drug Administration des États-Unis approuve le premier aliment
1997 - Les scientifiques britanniques, dirigés par Ian Wilmut du Roslin Institute,
moutons adultes.
2000 - Achèvement d'un «brouillon» du génome humain dans le projet du génome humain.
2003 - Le projet du génome humain est complété, fournissant des informations sur les
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2008 - Les astronomes japonais lancent le premier module d'expérimentation médicale
2009 - Cedars-Sinai Heart Institute utilise des gènes de cœur SAN modifiés pour créer le
premier stimulateur cardiaque viral chez les cobayes, maintenant appelés iSAN.
2012 - Zac Vawter, âgé de trente ans, utilise avec succès une jambe bionique contrôlée
Les besoins fondamentaux (nourriture, soins et vêtements) étant les plus importants sont les
premiers soumis à l’innovation, l’amélioration et la transformation.
De la consommation d’une viande crue à cuite, d’une viande fraiche à une viande fumée.
Du lait cru au lait caillé en raison d’un développement bactérien et au fromage en
ajoutant de la présure (enzyme extraite de l'estomac du veau).
De la farine au pain en ajoutant de la levure.
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I-2-2 Biotechnologie de seconde génération : Des années 1920 aux années 1970
Durant cette période nous assistons à une succession de découvertes appuyez par des
preuves scientifiques. Ces dernières font assoir une conscience collective de la science, de son
évolution et de son impacte sur l’amélioration du quotidien.
À cette époque, le principe de la génétique en hérédité a été affiné par T H Morgan, qui a
démontré l'hérédité et le rôle des chromosomes dans cette dernière en utilisant Drosophila
melanogaster. C’est le début de la génétique et avec elle commence l’évolution de la
biotechnologie par l’élargissement de ces champs d’application.
- D’autre part avec le perfectionnement des procèdes techniques qui sont de plus en plus
affinés et fiables.
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Les biotechnologies modernes exploitent notre compréhension des mécanismes de
fonctionnement des êtres vivants, plus particulièrement de l’unité fondamentale de ceux-ci et
qui est la cellule. Celle-ci est de nos jours assimilée à une unité de production adaptative au
potentiel de production sans arrêt relevé.
La deuxième unité « Technologie » venant du grec Technologia. Utilisée dès 1656 pour
désigner « l’étude des techniques ».
Le terme «biotechnologie» a été utilisé par le hongrois Károly Ereky en 1919 dans un
livre intitulé «La biotechnologie de la viande, la graisse et la production de lait dans une
agriculture à grande échelle», pour décrire la technique de conversion des matières premières
organiques en un produit plus utile.
Ceci est une liste des définitions de la biotechnologie utilisées par les gouvernements
et les organisations de divers pays dans les évaluations du domaine en développement
dans leurs juridictions. La plupart de ces définitions englobent les biotechnologies anciennes
et nouvelles.
Canada
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Allemagne
France
Japon
Pays – Bas
La biotechnologie est «la science des processus de production basés sur l'action des
microorganismes et de leurs composants actifs et des processus de production
impliquant l'utilisation de cellules et de tissus à partir d'organismes supérieurs. La
technologie médicale, l'agriculture et l'élevage traditionnel ne sont généralement pas
considérés comme des biotechnologies »
L’Algérie
La définition de la FDA
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Définition de l'OCDE
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D’une part en raison du caractère pluridisciplinaire et le nombre importants de domaines
d’application qui en dérivent.
De nos jours la définition admise de la biotechnologie stipule que celle-ci est « l'utilisation
de systèmes vivants et d'organismes pour développer ou fabriquer des produits, ou toute
application technologique qui utilise des systèmes biologiques, des organismes vivants ou des
dérivés de ceux-ci, pour fabriquer ou modifier des produits ou des procédés à usage
spécifique ».
C’est dans ce segment de la biotechnologie que les efforts les plus importants ont été
entrepris.
Cette révolution n’a été possible que grâce aux progrès de la biologie moléculaire, qui
aujourd’hui maitrise les techniques d’insertion de gènes d’intérêt et par la même de la
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protéine cruciales. Ainsi, par exemple, la lipase, intervenant dans le traitement de la
mucoviscidose, est produite dans du maïs transgénique.
Néanmoins à coté de ces points positifs restent les questions d’éthique compte à
l’utilisation des techniques de clonage et les outils de diagnostic génétique, imposant ainsi des
limites à leur emploie.
Elle est considérée comme la biotechnologie, la plus ancienne, qui intéresse l’agriculture,
l’élevage et l’agroalimentaire. La sélection animale ou végétale et la fermentation pour
produire de l’alcool et des fromages furent les prémisses de ce domaine.
De nos jours La biotechnologie verte associe à ces bases fondamentales toutes les
techniques modernes de la biologie notamment celles de la biologie moléculaire.
- A l’accroissement de la productivité
Ainsi des gènes responsables de la résistance aux herbicides, aux insectes ravageurs, aux
infections virales, fongiques ou bactériennes, sont grâce au progrès de la génomique
transférès aux plantes, qui expriment ces mêmes propriétés de résistance.
Ce dernier point est à l’origine d’une prise de conscience des dangers potentiels véhiculés par
certains OGM soit pour la santé humaine, soit pour l’environnement.
Encore à ses balbutiements ce domaine de la biotechnologie est porté par la mise en péril
du fait des pratiques de la pêche intensive des stocks d’espèces aquatiques naturelles.
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Actuellement les techniques d’aquaculture se diversifient et se généralisent permettant :
Elles ont pour objet la fabrication de produits (polymères, édulcorants, acides aminés, etc.),
l’invention de procédés (bio-raffinerie) ou la production de bioénergie à l’échelle industrielle
à partir de l’utilisation de la biomasse considérée comme une matière première renouvelable.
Ces matières premières (maïs, paille, sucre, betterave, bois, oléagineux, etc.) sont
transformées en produits finis (acides aminés, enzymes, produits pharmaceutiques,
ingrédients, polymères, édulcorants tensioactifs, bioplastique, bioéthanol, etc.), généralement
grâce à des micro-organismes. Ces méthodes illustrent la transition progressive de notre
système industriel depuis les matières premières primaires fossiles vers les matières
biologiques renouvelables.
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La transformation de la plante entière par des procédés de bioconversion présente trois
atouts : elle permet d’optimiser le rendement énergétique à l’hectare ; elle limite les surfaces
nécessaires ; et elle ne donne pas de sous-produits. Ces avantages placent l’optimisation des
procédés de bioconversion au rang des priorités technologiques mondiales.
1- L’entretien de la biodiversité.
2- L'élimination des contaminants (bioremédiation).
3- La recherche de matières premières recyclables, non polluantes et biodégradables.
Elles servent à définir quelles sont les bases moléculaires de maladies humaines, et
d'envisager des stratégies thérapeutiques. Exemple : traitement de certaines pathologies par
l'utilisation de virus-recombinants, qui peuvent apporter un gène fonctionnel de façon ciblée,
pour pallier à la dysfonction du gène résident du patient.
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Mentionnons des applications agricoles (obtention de plantes transgéniques). Les principes et
techniques d'identification moléculaires sont similaires ou ceux qui sont appliqués pour les
études des espèces animales. Dans ce fascicule, nous limiterons toutefois nos exemples aux
applications de biologie animale.
La biotechnologie peut être examinée de deux façons différentes : d’un point de vue
horizontal, qui distingue les techniques utilisées (domaines de la biotechnologie) ou d’un
point de vue vertical, qui se concentre sur les secteurs d’application industrielle.
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Les domaines de la biotechnologie, cités précédemment mais que nous examinerons à présent
plus en détails, sont les suivants :
• les biocatalyseurs,
• les fermentations,
• Le coût d’une culture de cellules est bien plus élevé que celui d’une culture microbienne.
• La source de cellules des organismes supérieurs est bien plus limitée que celle des
organismes unicellulaires, qui, autre avantage, se reproduisent facilement et rapidement.
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Ce domaine de la biotechnologie permet donc de produire de nouvelles protéines, par
exemple des enzymes qui seront utilisées comme biocatalyseurs. La capacité spécifique des
biocatalyseurs est gouvernée par la structure moléculaire ; au moyen de la technique de
l’ADN recombinant, il est possible de modifier de façon sélective les gènes qui codifient la
synthèse cellulaire des enzymes.
Par la suite, lors du transfert du nouvel ADN dans un microorganisme-hôte, on peut obtenir
une nouvelle souche qui produira l’enzyme souhaitée.
Les plantes, en plus de leur rôle-clé dans la production d’aliments, sont une source importante
de matières premières et de médicaments. En effet, rappelons que 25 % des médicaments
actuels sont d’origine végétale.
Enfin, la reproduction de plantes modifiées, via les techniques de réplication, a déjà été
expérimentée avec succès. Cette technologie permet de remédier aux carences, d’améliorer les
espèces et de mettre en place une résistance aux fléaux et aux maladies de nombreuses
espèces végétales.
La première étude sur la fusion spontanée de deux cellules somatiques différentes pour former
une hétérocaryote (un minimum de deux noyaux et un unique cytoplasme) a été publiée en
1960 par Barsky et ses collaborateurs français. Cependant, on avait déjà observé à cette
époque l’apparition de cellules polynucléaires dans les cultures de tissus de mammifères
infectés par certains virus inactivés.
Les hétérocaryotes permettent d’obtenir l’expression des gènes des deux cellules parentales.
En 1975, Kohler et Milstein ont appliqué cette propriété à leur célèbre synthèse d’anticorps
monoclonaux, obtenus via la fusion de lymphocytes producteurs d’anticorps avec des cellules
malignes de myélome, qui ont pour propriété une reproduction rapide. Ces cellules hybrides
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de myélome conservent cette propriété (la reproduction rapide) tout en exprimant des
anticorps spécifiques.
Certaines protéines étant produites à partir des seules cultures de cellules de mammifère, cette
culture des cellules à grande échelle est l’un des objectifs des biologistes moléculaires. Les
anticorps monoclonaux et l’interféron sont deux exemples de ce type de protéines, qui sont
très importantes pour la préparation des produits thérapeutiques et d’application analytique.
I-6-4 Biocatalyseurs
Les enzymes sont des catalyseurs naturels ; comme c’est le cas pour tous les processus
naturels, elles sont très spécifiques et font preuve d’une efficacité thermodynamique. Utilisées
depuis des siècles, en particulier dans le secteur de la production d’aliments, elles sont l’une
des formes les plus anciennes de la biotechnologie.
L’utilisation des enzymes dans tous ces domaines a été rendue possible grâce aux meilleures
connaissances de la fonction des enzymes dans les systèmes métaboliques des êtres vivants,
de la structure des enzymes et par-dessus tout grâce à la possibilité d’obtenir des enzymes de
synthèse via la manipulation génétique des microorganismes. Ces facteurs ont fait que de
nombreuses entreprises sont spécialisées dans la production à grande échelle d’enzymes
d’origine microbienne.
I-6-5 Bioremédiation
Les épurateurs biologiques sont un bon exemple de biotechnologie appliquée simple. Il s’agit
dans ce cas d’un lit fixe de microorganismes qui dégrade les produits organiques résiduaires
jusqu’à obtenir des niveaux acceptables dans les eaux qui doivent être rejetées directement.
Les boues de ces épurateurs sont utilisées comme biomasse pour l’alimentation animale. Il
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existe également des procédés biotechnologiques de traitement des déchets solides urbains à
l’aide de fermentations aérobie ou anaérobie permettant d’obtenir du biogaz.
Un autre exemple de cette technique, les tests de traitement des problèmes ponctuels à l’aide
de la biotechnologie : citons la digestion, via des microorganismes, des nappes de pétrole
flottant sur la mer après un accident de pétrolier ayant entraîné un rejet.
Toujours dans ce domaine, des études de dégradation microbienne des déchets de cellulose
sont réalisées dans le but d’obtenir de la biomasse (protéines unicellulaires). On a estimé que
la quantité de protéines susceptibles d’être obtenue par ce biais à partir de déchets agricoles
suffirait à alimenter l’ensemble de la population mondiale.
I-6-6 Fermentation
Avec la biocatalyse, les procédés de fermentation sont les formes les plus anciennes de la
biotechnologie. La fermentation est l’application du métabolisme microbien pour transformer
une matière en produits à valeur ajoutée. Ce procédé est en mesure de produire une incroyable
variété de substances utiles, par exemple l’acide citrique, les antibiotiques, les biopolymères,
les protéines unicellulaires, etc. Le potentiel est immense et très vaste, il suffit simplement de
connaître le microorganisme adapté, de contrôler son métabolisme et sa croissance et d’être
en mesure de l’utiliser à grande échelle.
Le pétrole est une matière première non renouvelable, ce qui signifie que son usage incontrôlé
ou croissant est limité. La biotechnologie utilisant quant à elle des matières renouvelables, son
usage contrôlé peut s’étendre à l’infini. En cas d’épuisement du pétrole, la biotechnologie
peut donc apporter deux solutions : d’une part, de nouveaux combustibles et d’autre part, une
source alternative de produits organiques. L’utilisation des déchets de la fabrication du sucre
de canne pour obtenir de l’alcool est un exemple de procédé entraînant des économies
d’énergie.
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Le méthane, issu de la fermentation des déchets agricoles (biogaz), est un autre combustible
potentiel issu de la biotechnologie. Il s’agit là d’une biotechnologie facilement adaptable à des
sociétés agricoles ne disposant pas de grandes ressources.
Les biotechnologies vont ainsi connaître, entre 1970 et 1990, un essor sans précédent. Elles
deviennent des technologies diffusantes, utilisées dans des domaines très variés : le
médicament et la santé, l’environnement, l’aquaculture, l’agriculture, l’industrie
agroalimentaire, la chimie lourde, l’industrie minière.
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Les biotechnologies interviennent dans les domaines de la santé, de l'agriculture, de
l'agroalimentaire, de la chimie, de l'énergie et de la protection de l'environnement.
" Agriculture. Les biotechnologies végétales permettent de lutter contre les ravageurs en
créant des plantes qui produisent elles-mêmes un insecticide (plantes OGM).
" Industrie chimique. Les enzymes introduites dans les lessives permettent de laver le
linge à basse température, sans ajouter de phosphates, diminuant ainsi la consommation
d'énergie et limitant la pollution.
" Autres. Les biotechnologies sont aussi utilisées pour résoudre de nombreux problèmes
de détection et de traçabilité (ex : répression des fraudes, police scientifique, recherche de
paternité).
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II- Biotechnologie appliquée au domaine médical
Ces dernières années, l'industrie biotechnologique a été remarquable car elle est
associée à un processus de production : à haut rendement, faible main-d’œuvre, faibles coûts,
respectueux de l’environnement, avec une faible consommation d'énergie et une faible
émission de gaz à effet de serre. La biotechnologie médicale et pharmaceutique, dans leurs
efforts pour découvrir de nouvelles molécules, ont trouvé un allié dans l'industrie des
biotechnologies, leur insufflant une croissance exponentielle. Ainsi, les plus grandes sociétés
pharmaceutiques mondiales se sont misent à acheter les entreprises liées à la recherche et à la
production biotechnologique.
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II-1 Médicaments obtenus par les processus biotechnologies
De nos jours les formes biopharmaceutiques sont puissantes, mais restent instables et
très coûteuses à produire. Elles sont de plus en plus orientées vers le traitement des maladies
chroniques.
Les médicaments recombinants tel que le facteur VIII pour l'hémophilie, offrent une
sécurité et réduisent les effets secondaires, améliorent les thérapies existantes et peuvent être
produits à grande échelle par des processus biotechnologiques.
II-1-1 Antibiotiques
Les antibiotiques sont le groupe le plus important en termes d’importance parmi les
produits biotechnologiques.
Se sont des produits chimiques, efficaces à de très faibles concentrations, créé dans le
cadre du processus de vie d'un micro-organisme, dans le but de tuer ou d’arrêter la croissance
d'un autre micro-organisme gênant. La majorité des antibiotiques sont fabriqués à partir
d'organismes vivants comme les bactéries. Environ 90% des antibiotiques sont isolés de
bactéries, champignons et moisissures. D'autres sont produits partiellement ou en totalité
synthétiquement.
Parmi les d'antibiotiques dont la synthèse est effectué par les micro-organismes nous
avons la pénicilline produite par Penicillium notatum; les céphalosporines par
Cephalosporium acremonium; le chloramphénicol par Streptomyces venezuelae;
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streptomycine par Streptomyces griseus; cyclosérine par Streptomyces orchidaceus; la
clindamycine par Streptomyces lincolnensis; la vancomycine isolée de cultures de
Streptomyces orientalis.
Ces deux facteurs de coagulation sanguine sont produits par génie génétique. Le
facteur VIII (contenant 1438 acides aminés) recombinant produit dans les cellules CHO
(lignée cellulaire issue d'ovaires de hamster de Chine), est utilisé dans le traitement de
l'hémophilie A (une maladie héréditaire caractérisée par la coagulation lente du sang et la
difficulté à en contrôler la perte). Un autre exemple est le facteur IX (contenant 415 acides
aminés) produit lui aussi dans les cellules CHO, utilisé dans le traitement de l'hémophilie B.
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Une deuxième hormone est aussi produite. L'hormone de croissance s'est amélioré
rendant ainsi possible le traitement à long terme des enfants ne produisant pas suffisamment
d'hormone de croissance.
L'érythropoïétine, une hormone produite par les reins, stimule la moelle osseuse à
produire des globules rouges. L’érythropoïétine peut apparaître sous différentes formes: alpha
(produit en CHO), bêta (produit en CHO) et gamma (produit en BHK). Ce facteur de
croissance est utilisé dans le traitement de l'anémie associée au VIH, la chirurgie, etc.
Érythropoïétine alpha est ciblée pour le traitement de l'anémie due à une insuffisance rénale
chronique, infection par le VIH et cancer.
De plus, il y a de plus en plus recours à la palifermin qui est très similaire à un facteur
de croissance naturel qui existe dans le corps humain, connu sous le nom de facteur de
croissance des kératinocytes (KGF). Il stimule la croissance des cellules, aidant à réduire
l'incidence, gravité et durée de la mucite buccale dans le cancer.
II-1-5 Enzymes
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L’exemple le plus connu est celui de l’alteplase, une enzyme utilisée pour dissoudre
les caillots sanguins formés dans le système circulatoire, qui peuvent provoquer des crises
cardiaques, des embolies pulmonaires etc. D'autre part, la Galsulfase est une d'enzyme
recombinante utilisée pour le traitement des patients atteints de mucopolysaccharidose de type
VI. Cette maladie est causée par le déficit en B arylsulfatase, nécessaires à la dégradation
glycosaminoglycanes (GAG).
L’idursulfase est une autre enzyme produite par des procédés biotechnologiques
utilisées dans le traitement de patients atteints du syndrome de Hunter ou
mucopolysaccharidose de type II qui est une maladie génétique rare due à l’accumulation
anormale de composés appelés glycoaminoglycanes (ou mucopolysaccharides) dans les
cellules du corps. Cette accumulation se produit surtout dans les os et les articulations, les
oreilles, les poumons et le cœur et entraîne généralement une surdité, une petite taille, des
troubles cardiaques, des douleurs articulaires
II-1-6 Vaccins
Actuellement, les vaccins ne sont pas seulement développés contre les maladies
infectieuses, mais aussi contre l’abus de drogues (nicotine, cocaïne) et contre les allergies, le
cancer et l’alzheimer. Malgré le succès des vaccins conventionnels, il y a encore beaucoup de
maladies infectieuses et chroniques contre lesquelles aucun vaccin efficace n'existe.
Les vaccins les plus courants produits par des techniques d’ADN recombinant sont
ceux utilisés pour lutter contre le virus de la grippe saisonnière et l’hépatite A et B.
Il existe également d'autres types de vaccins produits par génie génétique, comme
ceux produit via la levure Saccharomyces cerevisiae. L’un d’entre eux est le HbsAg
(antigène de surface du virus de l'hépatite B).
Le vaccin Ambirix est un autre exemple, c’est un vaccin bivalent utilisé pour protéger
contre l'hépatite A et l'hépatite B. Très utilisé chez les enfants âgés de 1 à 15 ans, qui n'ont
aucune immunité contre ces maladies.
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Ces vaccins sont produits par génie génétique où d’un coté nous avons le virus de
l’hépatite A inactivé produit par des lignés cellulaires MRC-5 (fibroblastes embryonnaires
humains) et d’un autre coté nous avons l’antigène de surface de l'hépatite B, produit par des
levures Saccharomyces cerevisiae.
Dans l’urgence et pour faire face à des pandémies les autorités sont dans l’obligation
de réagir très vite par la production et la commercialisation d'un vaccin monovalent sûr et
efficace. Ainsi, nous pouvons donner l’exemple de deux virus :
Le virus H1N1, quelques mois seulement après son examen une pandémie, a été une
étape importante pour le l’industrie et pour la santé publique mondiale. La réaction fut
rapide et le vaccin Pandemrix a été produit et administré.
Un autre exemple de vaccin recombinant développé dans l’urgence contre le virus Ebola.
Ervebo, Ce vaccin est très important parce que ce virus tue 50 à 90% de ceux qu’il
infecte.
Il est à signaler aussi que des vaccins combinés sont produits comme le Penta, utilisé
pour la vaccination des enfants de moins de trois ans, contre la diphtérie, le tétanos, la
coqueluche, l'hépatite B et poliomyélite.
Même si des avancés importantes sont faites en terme de biotechnologie médicale, il reste
beaucoup de maladies graves à impacte socio-économique lourd qui doivent être traitées.
C’est pour cela que l’industrie bio-médicale investis de plus en plus dans le domaine de la
biotechnologie et vise ainsi l’ouverture de voies résolutives nouvelles.
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III- Biotechnologie appliquée à l’environnement
Ces dernières années, nous assistons à une augmentation de l'intérêt porté à la protection de
l’environnement. Cet intérêt est motivé par les innombrables risques sanitaires associés à la
pollution et qui sont sans cesse mis à jour par l’avancer de la recherche scientifique.
L’effet néfaste des polluants sur l’environnement a été observé très tôt. Dès les années
soixante 1962, Rachel Carson, dans son livre “Silent Spring”, décrit comment les pesticides
entament l’intégrité de l’environnement. De nombreuses études ont venues par la suite et ont-
elles aussi montrées l’impact des polluants sur les animaux. L’homme peut quant à lui être
exposé aux effets négatifs engendrés par ces polluants, cela soit par inhalation, ingestion ou
contact. La relation de cause à effet entre une exposition à des polluants et des maladies sur
l’homme est de plus en plus argumentée. Ainsi l’exposition aigüe à certains polluants dans le
cadre du travail ou d’incidents est préoccupante pour les travailleurs et peut causer leur mort.
On peut citer par exemple le cas d’intoxications à l’endosulfan chez les producteurs de riz en
Asie et les producteurs de mangues aux Philippines. L’exposition chronique aux polluants à
de moindres concentrations peut aussi affecter la santé humaine par accumulation, jusqu'à
atteindre la dose létale. On peut ainsi mentionner l’épidémie de porphyrie cutanée survenue
en Turquie, suite à la contamination de céréales traitées avec de l’hexachlorobenzène, les
symptômes s’étant manifestés qu’après une longue période d’exposition.
Le terme polluant est souvent associé à pollution. Cette dernière étant l’action d’introduire
dans un milieu une substance, à effets indésirables, qui en est normales absente : le polluant.
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Les polluants sont des composées chimiques ou organiques de nature très diverse. Ils
comprennent une grande part et variété de composés organiques, certains métaux et certains
gaz.
Durant les dernières années la découverte de nouvelles substances toxique connait une
frénésie certaine et donne lieu à de nombreuses classifications sans cesse renouvelées. Celles-
ci sont motivées par une hiérarchisation en rapport avec la toxicité du polluant sur l’homme.
De nos jours, la nouvelle perception des problèmes planétaires liés à l'activité globale des
polluants même sans impacte direct sur la santé humaine, mais dont l'accumulation peut
avoir des effets significatifs sur l'environnement , comme c’est le cas des CFC, bouleverse
ces classifications .
Par exemple, nous présentons le tableau 1 qui donne la classification canadienne des
41principaux polluants issus des rejets. Ceux-ci ne sont pas seulement fortement toxiques,
mais ils sont souvent persistants et peuvent donner lieu à des phénomènes de
bioaccumulation.
Tableau 1 Liste des substances de l'INRP ( Inventaire national des rejets de polluants –
Canada) pour les années 2018
1- Acétaldéhyde (cancérogène)
4- Acroléine (hémorragique)
5- Acrylamide (cancérogène)
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III-2 Les différents types de pollutions
La pollution ponctuelle est comme son nom l’indique est une pollution localisée
généralement liées à une activité industrielle ou à un accident. Elle se distingue par la
présence ponctuelle dans les sols et sous-sols de substances dangereuses provenant
généralement de déversements, de fuites ou de dépôt de déchets. Non confinées et en fortes
concentrations, ces substances donnent naissance à des sites localement contaminés. L’agent
polluant libéré est selon sa taille et sa nature plus ou moins facilement dispersable sous forme
de particules. Ce cas particulier pourrait donc amener une pollution qui été à l’origine
localisée à évoluer vers une pollution diffuse.
A l’origine ce type de pollution été spécifique des zones non urbanisées en raison de l’activité
industrielle qui s’y pratique, mais celle-ci touche de plus en plus les zones urbaines où les
sources de pollution peuvent êtres les Cuves de stockage des carburants dans les stations
services, habitation avec l’utilisation des produits désherbants ou anti-ravageurs, produits
d’entretien et fosses septiques. Ce dernier point fait de ce type de pollution la plus fréquente.
La gestion des risques et la décontamination des surfaces polluées lors de ce type de pollution
reste difficile voir impossible dans certains cas, car celle-ci résulte soit des effets de pollutions
massives, soit de pollutions répétitives sur le long terme. Dans les deux cas, le taux et
l’étendue de la contamination sont tels que les moyens logistiques, scientifiques et humains
mis en œuvre ne peuvent endiguer la menace.
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Figue 2 : Devenir des polluants lors d’une pollution diffuse (Morel, 2002).
Certains polluants sont dotés d’une toxicité très importante. L’effet direct de ceux-ci peut
s’illustrer de trois manières différentes. Par contact (1), par ingestion (2) où par inhalation (3).
2. l'ingestion directe est de loin la plus grave des intoxications. La sévérité des atteintes est
directement en rapport avec l’agent polluant ingéré et peut dans certains cas entrainer la mort
, comme dans les intoxications aux pesticides, aux composés benzéniques ou phénols.
3. Par inhalation, l'intoxication est souvent mortelle quand sont respirés des vapeurs
toxiques issues de composés soufrés (hydrogène sulfuré et mercaptans), de composés
organochlorés. Les neuro-toxiques constituent les polluants les plus dangereux car ils ou pour
effet le blocage de la fonction respiratoire.
31
Néanmoins l’ingestion à très faibles doses à des séquences répétitives, donne lieux à une
toxicité cumulative et souvent hautement mutagène, cas du chlorure de vinyle et des alcanes
organochlorés.
Le passage des polluants le long de la chaîne alimentaire donne lieu à ce que l'on a appelé
"l'intensification biologique" de leurs effets.
Ainsi, par exemple la démoustication des étendues d’eau stagnantes, fut pendant des années
réalisées par épandage d’insecticides dont le DDT. Les autorités ont utilisé de faibles
concentrations choisies pour ne provoquer aucun effet toxique immédiat sur la faune et la
flore aquatique. En dépit de ces précautions, on constata peu à peu une altération de la faune.
qu'alors que l'eau ne contenait que 0,000.05 ppm (partie pour un million) d'insecticide,
les concentrations étaient de 0,23 à 0,94 ppm dans les poissons herbivores, de 1,33 à 2,07 ppm
dans les poissons carnivores, de 3,57 à 26,4 ppm dans les oiseaux piscivores et de 13,8 ppm
dans les œufs d'un rapace diurne.
Ainsi l'insecticide non biodégradable se concentrait au fur et à mesure de son passage le long
des chaînes alimentaires et les doses initiales inoffensives pour les individus se révélaient à la
longue létales pour les populations.
32
Figure 3 : Bioconcentration, cas du mercure (Dhaouadi et al, 2010)
De nombreux agents polluants comme les pesticides peuvent être neutralisés. Deux
voies de dépollution sont décrites, la transformation ou la décomposition, effectives à la fois
par des réactions chimiques et biologiques. Toutefois on a très tôt compris que la
décomposition et la transformation des polluant est plus rapide dans un environnement
riche en microflore que dans un environnement stérile. Cette affirmation a été prouvée au
laboratoire où le rôle des microorganismes dans la dégradation des polluants a été démontré,
par l'isolement de souches capables de décomposer ces produits en culture pure.
L’expérimentation a néanmoins démontrée l’existence d’une dichotomie de la spécificité du
micro-organisme vis-à-vis du toxique cible.
33
Paradoxalement, la répétition de l’exposition des micro-organismes aux toxiques, les
rend plus efficaces. Efficacité due à une adaptation biologique illustrée par la réduction puis la
disparition de la phase de latence.
III-5- 1 Définition
Cette classe d’enzymes est très intéressante car elles sont d’une part douées d’une grande
solubilité dans divers milieux, d’une localisation membranaire des bactéries méthanotrophes
et d’autre part peuvent dégrader ne large gamme d’hydrocarbures : saturés, insaturés,
linéaires, branchés ou cycliques.
34
Environnement
Température
pH
Teneur en humidité
Accepteurs
d'électrons
Nutriments
Microorganismes
Contaminant
Capacités
Toxicité
BIOREMEDIAT métaboliques
Concentration
ION Capacités de
Disponibilité
dégradation
Solubilité
Population indigène
Sorption
Modifications
génétique
L’évaluation de la biodégradation d’un composé cible, reste difficile, car implique un suivi et
l’utilisation de techniques souvent contraignantes.
Une biodégradation est dite complète lorsqu’elle parvient à métaboliser des polluants à un
stade d’innocuité totale (dioxyde de carbone, eau et sels minéraux). Alors qu’une
biodégradation incomplète parvient à des métabolites de dégradation moins toxiques que le
polluant initial, mais possédant toujours une toxicité résiduelle. Dans certains cas le
métabolite obtenu peut être plus toxique que le polluant de départ. L’exemple le plus frappant
est la biodégradation du tétrachlorure-éthylène, qui libère une fois attaqué du chlorure de
vinyle qui est connu pour être plus cancérogène que le composé initial.
La bioremédiation dans l’environnement naturel se produit dans les conditions aérobies, mais
certains polluants récalcitrants nécessitent l’application de systèmes de bioremédiation en
35
condition modifiées comme l’anaérobiose, Le pH et la température. L’application de ces
conditions nécessite l’utilisation de moyens techniques particuliers et de micro-organismes
adapté ou modifiés (transgéne).
La bioaugmentation
Sélection des microorganismes sur la base de leur aptitude à dégrader les composés
organiques présents dans le site à dépolluer.
36
Apport de microorganisme en surface de la zone contaminée ou injectés dans le site
contaminé sous pression (diffusion forcée) afin d’atteindre toute la zone et d’augmenter la
vitesse de dépollution.
La biofiltration
Consiste en l’utilisation d’un biolfiltre pour traiter les émissions gazeuses. L’air traverse un
substrat organique ou minéral qui est constitué par un lit poreux. Ce mélange de cultures est
favorable au développement des plantes et aussi pour la fixation de nombreux micro-
organismes ce qui conduit à la formation d'un biofilm qui participe à la dégradation des
polluants. Le traitement débute par le passage des effluents gazeux dans la phase aqueuse de
la rhizosphère ce qui augmente la solubilité des gaz et donc leur dégradation. Les polluants
sont alors absorbés par le biofilm à la surface des racines des plantes, puis dégradés en
dioxyde de carbone, eau et divers sous-produits variés
Dans une unité de biofiltration, l’air à dépolluer passe en premier lieu par un filtre couplé à
un humidificateur pour supprimer les particules comme les poussières et les graisses. Ce
processus s’intensifie jusqu'à avoir un niveau d’humidité proche du 100%. La mise en contact
entre le polluant et le dépolluant se fait dans un bioréacteur contenant des supports composés
de matériaux poreux très hydroscopique. A la surface de ces supports des particules se forme
un biofilm dont la fonction est de dégrader les polluants présents dans l’air. Ce type de
traitement est plus adapté aux composés indiqués dans le tableau suivant :
37
Tableau 2 : Micro-organismes adaptés à la dégradation des polluants (INRS, 2006).
Alcools Corynebacterium
La biostimulation
Le compostage
38
L’aération et l’humidité sont deux éléments indispensables pour entretenir les conditions
d’une bonne fermentation. Le compostage peut se faire à moindre échelle chez soi pour le
jardinage ou à grande échelle par des procédés industriels.
La biolixiviation.
Utilisé dans le cas de contaminations aux métaux lourds. Cette technique correspond à une
solubilisation (biolixiviation) des métaux lourds grâce à des bactéries acidophiles
fonctionnant en présence ou en l’absence d’oxygène. Deux facteurs sont importants pour la
biolixiviation : la température qui doit être comprise entre 25 et 35 °C.
La taille des particules qui doivent être très proches de celle des bactéries.
Nous pouvons prendre l’exemple de la dégradation de la matrice sulfurée des roches par les
bactéries par :
- Oxydation du Fe2+ en Fe3+ (réactions d'oxydation est une source d'énergie)
- Libération ou solubilisation des métaux en milieu acide Ph inferieur à 2 (H2SO4 qui
est un produit du métabolisme bactérien)
Minéralisation
Une partie du substrat est assimilée par la bioressource, ce qui est forcé car le substrat
polluant est la seule source de carbone dans le milieu. La minéralisation est une
biodégradation complète des produits jusqu'à leur forme la plus simple le CO2.
39
Ainsi l'addition du glucose à des milieux pollués par des contaminants tels que le toluène
ou le phénol, inhibe la minéralisation des polluants, à cause d'une utilisation préférentielle
des substrats facilement métabolisables (le glucose).
Cométabolisme
Donc nous avons un premier métabolisme ne pouvant subvenir seul à la croissance cellulaire
et sa dégradation est conditionnée par la présence d’un deuxième métabolisme
complémentaire.
Le cométabolisme s’explique au plan moléculaire par une déviation métabolique due à une
faible spécificité enzymatique.
Le substrat secondaire est aussi là pour combler des déficiences électroniques. Vu que la
majorité des dégradations des xénobiotique comporte une réduction, donc les électrons
doivent provenir d'une autre source, le substrat secondaire est alors attaqué.
Les microorganismes effectuants ces réactions sont des souches comme Pseudomonas,
Acinetobacter, Nocardia, Bacillus, Mycococcus, Achromobacter, Methylosinus, et
Arthrobacter.
40
Transformations détoxifiantes
Hydrolyse
La plus simple des réactions métaboliques qui consiste en le clivage d'une liaison par
addition d'eau. Réaction effectuée par les microorganismes naturellement lors de la mise en
place de leur métabolisme et qui inactive ainsi les toxiques.
Par exemple cette réaction peut consister en l’hydrolyse microbienne d'une liaison ester par
une carboxylase microbienne. Ce cas se retrouve lors de la métabolisation du malathion
insecticide, connu et très toxique. Exemple réactionnel suivant :
Hydroxylation
Consiste en l'addition d'un groupement OH sur une molécule. Cette addition sur les
composés aromatique ou aliphatique les rend moins toxique voir inoffensif. Nous
pouvons donner l’exemple de l'herbicide 2,4-D, où le simple remplacement d'un H par OH
inactive totalement la molécule. Exemple réactionnel suivant :
Déhalogénation
41
Déméthylation et déalkylations
Méthylation
A l’inverse des réactions précédentes, les réactions d’additions joue aussi le rôle d’inhibiteur.
Ainsi l’addition d'un groupe méthyle peut inactiver nombre de molécules comme les phénols
réputés toxiques, le tétra-chlorophénols, le penta-chloro-nitrobenzène, lepentachloroaniline et
du parathion.
42
III-8 Phytoremédiation
La phytoremédiation regroupe :
La phytoextraction : est l’utilisation des plantes pour extraire du sol les polluants
organiques et plus particulièrement les métaux et les concentrer dans les organes de la
plante destinés à être récoltés. Cette technique nous préserve de l’excavation des sols
et le recours aux techniques chimiques souvent lourdent.
La rhizofiltration : Elle correspond à l’utilisation des racines pour absorber et
accumuler les polluants (métaux) des eaux usées. Elle peut aussi être une adsorption
ou précipitation des polluants sur ou autour du système racinaire. L'absorption, la
concentration et la translocation par les plantes peuvent se produire, mais cela reste
dépendant du type de contaminant. Les exsudats des racines des plantes peuvent
provoquer la précipitation de certains métaux. La rhizofiltration se traduit d'abord par
le confinement des contaminants, dans lequel ceux-ci sont immobilisés ou accumulés
sur ou dans la plante. Les contaminants sont par la suite éliminés en retirant
physiquement la plante.
La phytostabilisation ; utilisation des plantes pour limiter l’érosion et immobiliser les
polluants dans les couches superficielles évitant en particulier leur migration vers les
eaux de surface et souterraines. Ainsi les plantes nous permettent d’empêcher la
migration des contaminants par le vent et l'érosion hydrique, le lessivage et la
dispersion des sols.
La phytovolatilisation : Est l’utilisation des plantes pour extraire les polluants du sol
et les transformer en composés volatils. L’absorption et la transpiration d'un
43
contaminant par une plante, avec libération du contaminant ou d'une forme modifiée
dans l'atmosphère est un processus complexe.
La phytodégradation : Longtemps considéré uniquement comme l’utilisation de
l’association plantes/microorganismes pour dégrader les polluants organiques du sol.
De nos jours, une vision plus large est adopté, ainsi elle est spécifié comme la
décomposition des contaminants absorbés par les plantes par le biais de processus
métaboliques au sein de la plante, ou la décomposition des contaminants externes à la
plante par l'effet de composés (tels que des enzymes) produites par la plante. De plus,
une dégradation peut se produire à l'extérieur de la plante, en raison de la libération de
composés qui provoquent une transformation du polluant. Toute dégradation causée
par des micro-organismes associés ou affectés par la racine de la plante est considérée
comme une rhizodégradation.
44
IV- Biotechnologie appliquées aux domaines microbiens
Le défit majeur relevé par l’avancé de la biotechnologie est la culture de masse et la gestion
des contaminations. La boite de pétri n’est plus aux dimensions des objectifs visés par la
biotechnologie microbienne et introduit ainsi la notion de bioréacteurs.
Le bioréacteur (ou fermenteur) est une enceinte hermétiquement close, permettant d’assurer
une croissance des micro-organismes, une stérilisation facile et le maintien de l’asepsie
pendant toute la durée de la culture ainsi qu’une production optimale dans un environnement
dont les paramètres physiques et chimiques de la fermentation sont contrôlés.
La construction d’un bioréacteur tient du domaine du géni des procédés et implique de tenir
compte d’un nombre important de paramètres. Ainsi, la première triade prise en compte est le
produit. Ce dernier peut être le micro-organisme en lui-même (la biomasse) soit des
métabolites qu’il contient ou alors qu’il produit dans le milieu. La deuxième triade implique
le phénomène de transfert de gaz de chaleur et de nutriments, fonction du métabolisme mis
en œuvre.
Divers, projections et calcules doivent être pris en compte et jouer en faveur d’un
développement optimum de la souche, de l’application des conditions de stérilité et faciliter la
récupération du produit cible avec les plus grand degré de pureté possible.
45
Les paramètres contrôlés sont :
- Aération
- Agitation
- pH
- Température
- Détection de mousse
- Gaz carbonique
- Oxygène
- Pression
- Masse (turbidimétrie)
Les bioréacteurs passent par trois phases de conception. La première est expérimentale à
l’échelle du laboratoire. Elle à pour objectif simulation des conditions opératoires et mise au
l’échelle semi-industrielle où les volumes mis en œuvres sont intermédiaires. Enfin, une fois
la mise au point effectué le bioréacteur est construit et les mesures sont initiées avant la mise
en fonction du bioréacteur.
46
Figure 5 : Représentation d’un bioréacteur (Manyri, 2005)
47
IV-1-2 Types de bioréacteurs
Le plus utilisé en production à grand volumes, le recours à ce dernier est motivé par la
simplicité de sa conception, de son entretien et du suivi des paramètres. De plus, celui-ci
permet un excellent transfert d’oxygène et des nutriments. Ce modèle est adaptatif au plan de
la vitesse d’agitation, ce qui nous permet une adaptation aux modifications de viscosité
incérant au développement bactérien ou au changement du milieu de culture.
Le milieu est agité à l'aide d'une turbine à commande mécanique. Différents types
d’impulseurs sont utilisés, en fonction des besoins. Deux types traditionnels sont utilisés dans
ce système : les cisaillants et les non cisaillants :
Le mouvement généré par cette turbine est radial, puis axial lorsque le liquide rencontre la
paroi de la cuve, le cisaillement créé par la turbine accroît la turbulence et donc le mélange du
liquide.
Ce ci donne lieu à une bonne efficacité de transfert de l’oxygène, mais reste traumatisant pour
les cellules.
La turbine à pales plates à grande vitesse est généralement utilisée en culture bactérienne. Une
forte agitation divise l'air entrant en petites bulles. Étant donné que les cellules végétales ne
tolèrent pas les conditions de cisaillement élevé et que le mélange d’air peut être un problème
plus grave avec les cultures de cellules végétales, une turbine alternative, capable d’induire un
faible cisaillement est généralement préférée.
48
Agitateur rotatif à débit axial dit non cisaillant
Le moyen le plus utilisé et le plus connu est l’hélice type marine qui génère une agitation à
mouvement axial. Moins traumatisant, les cellules sont poussées au fond de la cuve
délicatement, grâce à une action de pompage. Les collisions sont alors minimisées. Par contre,
l’efficacité de transfert d’oxygène n’est pas bonne. Ce type de mobile convient pour les
cellules fragiles.
L’hélice marine est mieux adaptée au mélange à faible cisaillement. Il fournit un mélange
axial du milieu. D'autre part, une turbine à pales plates favorise le mélange radial. Pour les
systèmes à grande échelle, aucun de ces deux types de roue n'est utilisé.
49
La stérilisation :
Etape primordiale avant toute fermentation, celle-ci doit intervenir avant tout ensemencement
de souche productrice.
Pour les petits volumes, la stérilisation de l’ensemble (cuve + milieu) peut être assurée par
autoclavage sous pression 120-125° C.
Pour les grands volumes, la stérilisation se fait par injection de vapeur d’eau portée à 121°C
pendant 20 à 30 minutes. L’injection d’eau surchauffée à 140°C pendant une période
déterminé au préalable, suivant le volume du bioréacteur.
Pour les plus grands réacteurs l’existence d’une double enveloppe permettant une circulation
de vapeur autour du corps ou être pourvus d’une simple résistance portant l’enceinte à des
températures stérilisantes. Ce dernier procédé permet une tyndallisation, évitant ainsi la
détérioration du milieu.
L’aération :
2. L’oxygène se dissout dans le milieu par convection à l'aide de l'agitation assurée par les
pales
L'agitation disperse les bulles d'oxygène et favorise le transfert des bulles de gaz au liquide
50
Le taux de transfert d'oxygène (TTO) de l'interface gaz-liquide est fonction des propriétés
physicochimiques du milieu de culture, les paramètres géométriques du bioréacteur et le
micro-organisme.
Le fermenteur doit posséder un système d’aération qui injecte de l’air dans le milieu en
formant des bulles qui remontent à la surface, parcourant ainsi tout le volume de liquide. La
dissolution de l’oxygène est aidée par le système d’agitation de la cuve.
-NB : La combinaison des deux systèmes, agitation et aération assure l’homogénéisation des
constituants des milieux de culture, le transfert des gaz et les échanges thermiques.
Les bioréacteurs Airlift sont une variante des réacteurs mécaniques. La principale différence
est l’apparition d’une centrale d’aération, de tubes et canaux, responsables de l’agitation et
d’une circulation efficace de l’oxygène. Le dispositif clé ce type de réacteur est le gaz émis
du fond du réacteur.
Souvent désignés par le terme colonne à bulles. Ces réacteurs sont adaptés à des conditions
souples de culture :
Ce type de bioréacteur est adapté au traitement des eaux usées et la culture de cellules
végétales.
Ceux ayant une boucle de circulation externe, le mélange gaz-liquide circule vers le bas
(downcomer). Aussi connu comme bioréacteur à jet d’air utilisant des pompes centrifuges
spéciales qui propulsent un mélange air-milieu à haute vitesse dans le réservoir principal,
ce qui assure agitation et aération.
51
Ceux utilisant des cylindres concentriques où à circulation vers le haut (riser) et vers le
bas (downcomer) sont situés respectivement à l’intérieur et à l’extérieur du cylindre
concentrique.
52
IV-1-2-3 Réacteur à couche fixe ou à couche fluidisée
Dans ce type de procédé, les microorganismes producteurs n’évoluent pas librement dans le
milieu, mais sont soit immobilisés sur un support ou une matrice, emprisonnés généralement
dans un tube contenant des particules solides actives où le micro-organisme ou l’enzyme est
fixé. Les extrémités du contenant sont dans ce cas fermées par des obturateurs comme des
grilles ou des plaques perforées empêchant tout mouvement de la phase solide dispersée mais
permettant la percolation d’une phase liquide ou gazeuse. Quartes types de réacteurs sont
utilisés :
- Réacteurs à lit fixe : les billes adsorbants sont empilées dans une colonne, l’aération,
l’alimentation ainsi que tous les autres systèmes de contrôle sont effectués par un système
externe.
- Réacteurs à lit fluidisé : l’objectif et l’avantage de ce type est d’évite le colmatage des billes
en ajustant leur densité et la vitesse d’écoulement. Ce système permet de meilleurs transferts
de matière.
- Réacteurs à fibres creuses : le milieu de culture circule au travers de fibres creuses où les
cellules se développent.
- Réacteurs à plaques semi perméables : le principe identique au type précédent, les fibres
étant remplacées par des membranes semi-perméables.
Il y a dans ces systèmes une entrée permettant l’introduction du milieu frais qui alimente la
biomasse et une sortie où l’on récupère un milieu fermenté qui contient le produit cible.
Ces réacteurs biologiques sont adaptés à la culture de souches anaérobies comme les
bactéries méthanogènes, de micro-organismes à croissance lente, et à la régénération de
substances peu biodégradables comme pour les eaux usées.
Le choix entre lit fixe et lit fluidisée dépend du caractère colmatant des solutions à traiter et
de la taille des particules solides.
53
Figure 8: réacteur à lit fluidisé (Schmidt, 1999)
- Récupération des produits facilités, vu que la souche n’est jamais dispersée dans le milieu
54
-Accroissement de la densité cellulaire et des vitesses de réaction.
Le problème central dans l'extraction des produits de est que le produit requis forme
généralement une petite proportion d'un mélange complexe et hétérogène de débris
cellulaires, d'autres produits métaboliques et de portions non utilisées substrat.
Les facteurs pris en compte pour décider de la méthode d'extraction à utiliser sont les
suivants :
Le produit recherché pourrait être les cellules elles-mêmes comme dans la fabrication de
levure, ou logées dans les cellules (comme dans le cas de la streptomycine ou certaines
enzymes) ou libres dans le milieu comme avec la pénicilline.
55
En général, l'étape initiale sépare les solides de la fraction liquide, facilitant ainsi
d'autres étapes d'extraction, telles que la sorption, l'extraction au solvant, ce qui serait inutile
ou presque impossible si les cellules n'étaient pas séparées. Lorsque le produit requis est
solide ou est logé dans la partie insoluble, l'élimination des liquides aide à concentrer les
solides.
56
V- Biotechnologie appliquée à des fins alimentaires
Cette technologie, lorsqu'elle est mise en œuvre pour améliorer les qualités ou le rendement
des aliments, est appelée technologie alimentaire.
La biotechnologie moderne est utile pour améliorer le goût, le rendement, la durée de vie de la
l’aliment et les valeurs nutritives. Elle est également utile dans la transformation des aliments
(fermentation et procédés impliquant des enzymes). La biotechnologie est donc bénéfique
pour endiguer la faim, la malnutrition et les maladies des pays en développement. Les
produits biotechnologiques modernes sont commercialement intéressants et peuvent donc
améliorer l'agriculture ainsi que l'industrie alimentaire, ce qui entraînera une augmentation des
revenus des agriculteurs pauvres.
V-1-1 Fermentation
Les brasseries sont les industries les en vu pour l’application des processus de fermentation
dans leurs productions. De nombreuses souches de levure sont utilisées pour la fabrication de
bières à un niveau industriel.
Le génie génétique avec ses avancées nous a permis de faire du vin de diverses forces allant
au plus léger. La levure est modifiée génétiquement par le biais d'un gène étranger codant
pour l’amylase spécifique à chaque vin.
57
La synthèse du vin comprend deux étapes:
Primaire :
La fermentation primaire est la phase qui suit l’ajout de levure dans le moût. Après le
brassage, le moût est refroidi et on ajoute de la levure pour la première fermentation. Les
enzymes présents dans la levure, s’attaquent d’abord à l’oxygène présent dans le moût, puis
aux sucres, ce qui produit du dioxyde de carbone et de l’alcool. Mais seul le glucose sera
transformé en alcool. Un brassage à basse température génère plus de glucose et produira une
bière plus alcoolisée et un brassage à haute température génère plus de fructose et produira
une bière plus moelleuse. La fermentation primaire est donc une transformation des sucres
complexes et simples en alcool.
La fermentation est en quelque sorte l’altération de substances organiques complexes en
substances plus simples sous l’action d’un catalyseur (enzyme).
Secondaire :
Souvent la bière est transférée entre les deux fermentations, ce qui permet d’éliminer le résidu
qui a pu se déposer en fond de cuve (levures mortes, restes de houblon, protéines…).
Pour les bières de fermentation haute, il est commun de faire la fermentation secondaire à une
température légèrement plus basse. Le froid aide la bière à s’affiner en endormant les levures
et en favorisant la décantation.
La fermentation utilise des bactéries et son produit, l’acide lactique, ce qui entraîne une
augmentation du niveau d’acidité. Pour surmonter ce problème, différentes stratégies
coûteuses sont utilisées. Ce problème a été résolu par l’insertion du gène malolactique
(Lactobacillus delbrueckii) dans une souche de levure industrielle. Ce gène abaisse la
conversion en malate abaissant ainsi le niveau d'acidité.
58
V-1-2 Les enzymes
• La chymosine est utile dans la production du fromage car elle coagule le lait.
• La glucose oxydase est utilisée dans la cuisson au four car elle stabilise la pâte.
• Protéase utilisée dans les processus d’attente de la viande, de cuisson et de produits laitiers.
α-amylase
Cette enzyme est utilisée dans la production de sirop de maïs à haute teneur en fructose
(édulcorant nutritif).
Cette enzyme fournit un processus continu en trois étapes offrant un rendement plus élevé. Au
cours de la purification, ce rendement peut être augmenté jusqu'à 90%. En 1986, GRANT a
mis au point un système permettant de produire de l'α-amylase par génie génétique en
utilisant Bacillus subtilus comme hôte.
Le plasmide nommé pCPC720 a été utilisé comme vecteur. La même année, la FDA a
approuvé ce système de génie génétique pour la synthèse d’ α -amylase destinée à être utilisée
au niveau industriel.
59
Rennin (Chymosin)
La Rennin est un composant actif de la présure utilisée dans l'industrie laitière. C'est une
enzyme protéase utilisée pour la production de caillé et de fromage. En hydrolysant la liaison
peptidique des caséines du lait, la dénaturation de ces protéines entraîne la formation de caillé.
Auparavant, cette enzyme était extraite de l'estomac des veaux et servait à faire cailler le lait.
Mais par cette méthode conventionnelle, la quantité a été obtenue été très faibles. Mais à
présent, les bactéries (Escherichia coli) et les champignons (Aspergillus niger) sont
génétiquement modifiés pour produire de la présure au niveau commercial.
De nombreux fruits juteux possèdent une courte vie en état. Par exemple, la tomate est
utilisée dans le monde entier. Pour être expédiées, les tomates doivent être cueillies au stade
vert-mûr. Après avoir été cueillies, celles-ci sont soumises à un traitement à l'éthylène pour
mûrir à l’arriver chez le distributeur. Ajouté à cela l’utilisation des températures élevées
provoque une maturation précoce alors que les températures basses altèrent fortement son
goût.
V-1-4Vitamines et minéraux
60
V-1-5 Le fer
Le fer est l’un des minéraux les plus importants pour un corps en bonne santé. Les pays qui
utilisent le riz comme aliment de base sont plus vulnérables à la carence en fer, car le riz est
pauvre en fer. Pour résoudre ce problème, le riz est transformé avec un gène étranger codant
pour le fer, un gène codant pour une protéine clé et appelé ferritine. Le riz transformé contient
deux fois plus de fer que le riz non transformé.
Chaque aliment ne contient pas tous les composants essentiels. Pourquoi est ce que chaque
produit alimentaire ne possède-t-il pas une valeur nutritionnelle parfaite. Par exemple, le riz
est utilisé comme aliment de base dans de nombreux pays du monde. Mais étant dépourvu de
vitamine A, ce n’est pas un aliment de base parfait. L’utilisation de techniques
biotechnologiques a permis de résoudre ces problèmes grâce à l’introduction d’un gène
étranger de la vitamine A. C’est l’objectif assigné à la biotechnologie moderne, améliorer les
produits de base et les compositions alimentaires nouvellement mise ne place. Afin d’y arriver
nous devons en tout point être à l’écoute des besoins du consommateur.
Néanmoins, la ressource primordiale dans la ration alimentaire sont les protéines équilibrées,
nécessaires à tout métabolisme sain.
Plus de la moitié de la production mondiale de protéines est obtenue à partir de plantes, mais
certaines protéines manquent en certains acides aminés essentiels, tels que la lysine et les
acides aminés soufrés.
Pour remédier à ce problème le maïs est modifié génétiquement et il exprime les protéines
produites par la bactérie du sol Bacillus thuringiensis, connues pour êtres riches en ces acides
aminés manquants. Pour surmonter le déficit en acides aminés essentiels, différents processus
moléculaires biotechnologiques sont utilisés et sont décrits ci-dessous.
61
de terre contiennent 30 à 60% de plus d'amidon comparativement a la pomme de terre
non modifiée.
- Utilisation de la biotechnologie pour améliorer le rendement
Le lait est un aliment utilisé dans le monde entier en raison de sa valeur nutritive. La
somatotropine bovine est une hormone libérée par l'hypophyse. Il augmente la
production de lait. Auparavant, cette hormone était extraite du cerveau de veaux
abattus. Mais cela se traduit par l’extraction d’une faible quantité (procédé non
viable). Les scientifiques ont inséré un gène codant pour la somatotropine bovine dans
Escherichia coli. Maintenant, cette hormone est obtenue en plus grande quantité, et
son injection, entraîne une augmentation de 10 à 12% de la production laitière.
D'ici 2050, la population mondiale atteindra neuf milliards. Il faudra donc plus de rendement
sur les mêmes terres. La biotechnologie est potentiellement la meilleure technologie pour
lutter contre le problème de rendement alimentaire.
La biotechnologie a permis aux scientifiques de produire des fruits avec un meilleur goût. Les
aliments génétiquement modifiés avec un meilleur goût comprennent la pastèque, les tomates,
les aubergines, le poivre et les cerises sans pépins. Les voies de fermentation sont modifiées
en utilisant la biotechnologie pour ajouter un arôme recherché.
Néanmoins, ces modification laisse aussi apparaitre certains comportements ne jouant pas le
rôle assigné à la biotechnologie. On parle de fantaisie et d’apparition de mode alimentaire,
avec des produit de couleurs, de gout et de textures ne servant pas l’objectif primaire de la
biotechnologie alimentaire, mais celui des industriels à la recherche de gains.
Les produits chimiques organiques volatils tels que les arômes et les arômes sont les principes
sensoriels de nombreux produits de consommation et conditionnent leur acceptation et leur
succès sur le marché. Les arômes produits à partir de micro-organismes sont actuellement en
concurrence avec ceux de sources agricoles traditionnelles. Plus de 100 produits chimiques
aromatiques commerciaux sont dérivés de la biotechnologie.
62
V-2-3 La biotechnologie dans le diagnostic
Les microréseaux sont des biocapteurs constitués d'un grand nombre de récepteurs hybrides
parallèles (ADN, protéines, oligonucléotides). Les micropuces sont également appelées
biopuces, puces à ADN, micropuces à ADN ou matrices de gènes et offrent des possibilités et
des approches sans précédent en matière de méthodes de diagnostic et de détection. Ils
peuvent être utilisés pour la détection des agents pathogènes, des pesticides et des toxines et
offrent un potentiel considérable pour faciliter le contrôle des processus, le contrôle des
processus de fermentation et le contrôle de la qualité et de la sécurité des matières premières.
63
V-2-4 Exemples d'utilisation d'enzymes
Dans les temps anciens, les hommes transportaient des liquides dans des sacs fabriqués à
partir d'estomacs d'animaux. Le lait stocké dans ces récipients, réchauffé par le soleil, aigri
par des bactéries naturelles et chargé d'enzymes provenant de la paroi de l'estomac, aurait été
transformé en caillé solide et en lactosérum liquide. Ainsi, presque par accident, les premiers
fromages ont été fabriqués.
Les Romains ont été les premiers Européens à décrire la fabrication du fromage en détail.
Pour coaguler les protéines du lait, une préparation enzymatique d'estomacs de chèvre,
d'agneau ou même de lièvre était mélangée à du lait de brebis ou de chèvre. Une fois que le
lactosérum a été drainé du lait coagulé, les résidus restants ont été salés et stockés pour être
consommés plus tard dans l'année.
Des fromages végétariens ont également été fabriqués à partir de jus de plantes possédant
des propriétés de coagulation du lait, telles que la dinde de lit (Galium verum) ou le butterwort
(Pinguicula vulgaris). Certaines fermes vendaient des extraits de présure en petites quantités
pour la commodité des fabricants de fromage locaux. En 1874, le chimiste danois Christian
Hansen a fondé un laboratoire à COPENHAGUE et a lancé la première production
industrielle de présure de veau.
Dans les années 1960, l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture
prévoyait une grave pénurie de présure de veau. Au cours des 30 dernières années, plusieurs
substituts de la présure de veau ont été mis au point, ce qui a permis à l’offre d’enzymes de
suivre le rythme de la production de fromage.
Il existe aujourd'hui six sources principales de protéase pour la coagulation du lait (c’est-à-
dire les chymosines), trois provenant d’animaux (veaux, vaches et porcs) et trois de
champignons (Rhizomucor miehei, anciennement Mucor miehei, Endothia parasitica et
Rhizomucor pusills [anciennement Mucor pusillus]). En outre, il existe à présent des
64
chymosines dérivées de micro-organismes génétiquement modifiés (Escherichia coli, Kullymy
lactis et Aspergillus niger).
Dans certains fromages, des enzymes dégradant les graisses (lipases) peuvent être ajoutées
pour favoriser la formation d'arômes forts à mesure que le fromage mûrit. De nombreux
fromages italiens traditionnels bénéficient de ces ajouts pour augmenter l'activité des micro-
organismes lipolytiques naturels. Récemment, la lipase Des microbes génétiquement
modifiés ont été introduits pour accélérer la maturation d'autres fromages.
Le fromage cheddar met jusqu'à 9 mois pour mûrir complètement. Cependant, avec
l'addition d'une lipase appropriée, cette période peut être réduite à 6 semaines seulement.
Dans certains pays, les réglementations relatives aux additifs alimentaires fondées sur les
pratiques traditionnelles interdisent l'utilisation d'enzymes dans le fromage autres que celles
utilisées pour la coagulation du lait. Celles-ci peuvent être révisées à la lumière des
développements technologiques actuels.
Dans plusieurs pays, des méthodes ont été développées pour le traitement enzymatique du
surplus de lactosérum issu de la fabrication du fromage. L'enzyme lactase (β-galactosidase)
est immobilisée (par exemple sur des billes poreuses) à l'intérieur d'une colonne haute.
La lactase est chère et l'immobilisation lui permet d'être réutilisée plusieurs fois. Le
lactosérum est passé sur les billes de la colonne et ressort environ 10 minutes plus tard avec
80 à 90% de son lactose hydrolysé en un mélange de glucose et de galactose au goût plus
doux. Après traitement enzymatique, le pH du lactosérum est ajusté et le sel (issu du
processus de fabrication du fromage) est éliminé.
65
Enfin, le produit est concentré par évaporation pour donner un sirop riche en protéines,
opaque et semblable au miel. Le sirop de lactosérum trouve de nombreuses applications dans
l’industrie de la confiserie, en particulier dans la fabrication du caramel mou ou du caramel,
où il se substitue au lait concentré sucré. Cependant, pour cette application, il peut être
nécessaire de remplacer la caséine qui a précipité lors de la formation du lactosérum, car le
caramel au beurre fabriqué sans cette protéine peut être trop fluide. En contrepartie, le
caramel au sirop de lactosérum est hygroscopique, c’est-à-dire qu’il absorbe l’humidité.
Il est donc particulièrement utile dans la fabrication de biscuits en tranches, car l'humidité
est absorbée par le caramel, ce qui la laisse croustillante et prolonge la durée de vie du
produit. Cette qualité importante est également conférée aux gâteaux au sirop de lactosérum,
car elle permet aux fabricants de réduire ou omettez les humectant tels que le sorbitol ou le
glycérol de leurs recettes. En raison de sa teneur en protéines, le sirop de lactosérum agit
également comme émulsifiant, en aidant à lier les ingrédients du gâteau et en remplaçant
certaines des protéines d'œuf présentes dans les recettes traditionnelles.
Pour apprécier l'action des enzymes dans la production de jus de fruits, il est nécessaire de
comprendre quelque chose de la structure des fruits et des changements qui surviennent à
mesure qu'ils mûrissent.
À mesure que les fruits mûrissent, ils deviennent progressivement plus tendres. De
nombreuses recherches ont été menées pour déterminer exactement quelles sont les enzymes
responsables de ce changement et d'autres changements dans la maturation des fruits. On
espère qu'en surveillant les niveaux de ces enzymes, les producteurs pourraient être en mesure
de récolter leurs cultures au bon moment ou de sélectionner des variétés présentant les
66
caractéristiques souhaitables, telles que de meilleures propriétés de stockage ou de meilleurs
rendements et une qualité de jus améliorée.
Les cellulases naturelles, agissant sur les parois des cellules, jouent un rôle dans le
développement des fruits plus tendres tels que les pêches et les tomates. La pectine est
également décomposée à mesure que les fruits mûrissent. Dans les fruits non mûrs, la pectine
est fermement liée aux parois des cellules. Cette pectine est insoluble et le liquide contenu
dans les cellules reste fluide, ce qui leur confère de la rigidité. Au cours de la maturation, la
pectine est modifiée par les enzymes présentes dans le fruit. En conséquence, la pectine
devient plus soluble, son emprise sur les parois cellulaires environnantes est relâchée et le
tissu végétal se ramollit.
La pectine dissoute rend le jus plus visqueux et difficile à presser. La pectine aide
également à retenir les composés importants de couleur et d'arôme dans les fruits, de sorte que
le jus qui en est pressé est de qualité inférieure. Le jus peut également être difficile à clarifier
et à filtrer à cause des particules de pectine en suspension.
Dans l'industrie des jus de fruits, les pectinases obtenues à partir de champignons sont
utilisées pour résoudre tous ces problèmes.
Les pectinases ont été utilisées pour la première fois en 1930 dans la préparation
commerciale des vins et des jus de fruits. Les premières méthodes utilisant la pectinase ont été
développées par essais et erreurs. Ce n'est que dans les années 1960 que la structure chimique
des tissus végétaux a été connue et, grâce à ces connaissances, les technologues du secteur de
l'alimentation ont commencé à utiliser plus efficacement une plus grande gamme d'enzymes.
Les enzymes sont utilisées pour extraire, clarifier et modifier les jus de nombreuses plantes,
notamment les baies, les noyaux et les agrumes, les raisins, les pommes, les poires et même
les légumes. Lorsqu'un jus ou un nectar trouble est préférable (par exemple, avec des oranges,
des abricots, des ananas ou des carottes), il n'est pas nécessaire de clarifier le liquide et des
enzymes sont utilisés à la place pour améliorer l'extraction ou effectuer d'autres modifications.
67
V-3 Développements futurs
L'enzyme communément appelée "pectinase" n'est pas une substance unique, mais un
cocktail complexe d'enzymes capables d'attaquer diverses liaisons dans des molécules de
pectine différentes. Les enzymes pectolytiques utilisées jusqu’à présent étaient des
préparations grossières, mais une meilleure connaissance des substances sur lesquelles elles
agissent a stimulé la demande de préparations enzymatiques plus pures ayant des activités
spécifiques et bien définies.
Bien que les améliorations dans les processus de purification des enzymes soient
importantes, l’accent a été mis sur la technologie des gènes pour fournir, par exemple, des
pectinases à stabilité améliorée et à pH optimisé. La disponibilité d'une gamme d'enzymes
spécifiques provenant d'organismes de qualité alimentaire génétiquement modifiés conduira
également à de nouvelles applications pour de telles enzymes. Par exemple, une pectate lyase
de la bactérie qui cause la pourriture molle dans les carottes et les pommes de terre (Erwinia
carotovora) a récemment été clonée dans Escherichia coli. Cette enzyme pourrait être utilisée
dans l'extraction des feuilles de thé dans la fabrication du thé instantané.
Pendant les guerres, l'Europe était souvent isolée de ses principales sources de sucre de
canne sous les tropiques. En 1811, les chimistes allemands ont réussi à produire du sucre en
décomposant l'amidon avec de l'acide. Ce procédé a été adopté dans plusieurs pays jusqu'à
l'introduction de la betterave à sucre dans l'agriculture européenne. Au cours de la Seconde
Guerre mondiale, une méthode enzymatique plus douce de conversion de l’amidon en sucres
a été mise au point, qui présentait l’avantage de produire du sucre dépourvu des composés
amers caractéristiques du traitement à l’acide.
68
Plus de 8 millions de tonnes de HFS sont vendues chaque année, bien que la production et
l'utilisation de HFS dans les pays de l'Union européenne aient été limitées par des quotas
destinés à protéger les producteurs de betteraves à sucre européens. HFS est une excellente
alternative au saccharose ou au sucre inverti dans la transformation des aliments. Il est utilisé
dans de nombreux produits, notamment les boissons gazeuses, les confitures, les glaces, les
gâteaux, les fruits en conserve, les cornichons et les sauces. Contrairement au saccharose, le
HFS reste stable dans les aliments réfrigérés, congelés et acides sans formation de cristaux ni
conversion en d'autres sucres.
HFS est fabriqué à partir d'une matière première à faible coût, l'amidon. L'amidon est
transformé en sirop par plusieurs enzymes, utilisées en trois étapes distinctes:
La liquéfaction. L'amidon est obtenu en tant que sous-produit après que des huiles et des
protéines de valeur ont été extraites du maïs. La solution d'amidon est bouillie et traitée avec
de l'α-amylase. Cet essai gélatinise et dissout l'amidon et commence à le décomposer. Les
molécules d'amidon partiellement dégradées sont appelées des dextrines.
La saccharification
L’isomérisation
La glucose isomérase immobilisée est emprisonnée dans une colonne et du sirop de glucose
chauffé à 60 ° C est passé en continu sur celle-ci. À cette température, le glucose a une faible
viscosité, la détérioration microbienne est empêchée et la conversion se produit rapidement.
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HFS typique a une composition en sucres dissous de 42% de fructose et 53% de glucose (le
reste étant constitué de différents autres sucres). Si des sirops plus riches en fructose sont
nécessaires, le glucose peut être séparé du liquide sortant de la colonne. Ce sucre peut être
recyclé sur la colonne d'enzymes pour obtenir un taux de conversion global plus élevé.
Une gamme diversifiée d'enzymes dégradant la dextrine est également devenue disponible
pour satisfaire la demande de sirops de sucre spécialisés, par exemple pour les aliments pour
bébés, les confiseries pour diabétiques et pour une utilisation en brasserie et en vinification.
Ces développements ont résulté d'une sélection minutieuse des microorganismes qui
produisent les enzymes. Trouver la souche de production idéale prend cependant plusieurs
années et est en grande partie une question de chance. Un micro-organisme avec un attribut en
sa faveur manquera probablement d'une autre caractéristique tout aussi importante. La
biologie moléculaire moderne a commencé à réduire cette dépendance par essais et erreurs.
Aux températures relativement élevées (60 ° C) utilisées dans les colonnes d'enzymes
immobilisées, la glucose isomérase devient rapidement inactive. En règle générale, l'activité
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de l'enzyme diminue de moitié tous les 55 jours, de sorte qu'après plusieurs mois, l'enzyme si
coûteuse doit être remplacée.
En 1986, une société des Pays-Bas, en coopération avec une société belge, a lancé un
ambitieux programme de recherche visant à améliorer la stabilité de la glucose-isomérase.
L’équipe de recherche a d’abord cherché à comprendre les raisons du déclin de l’activité
enzymatique. Un examen approfondi de sa structure a révélé, que la glucose isomérase se
composait de quatre sous-unités identiques réunies par des liaisons fragiles. À des
températures élevées, la protéine se séparait au niveau de ces liaisons et qu’elle était ainsi liée
aux molécules de glucose dans le sirop lors de leur passage dans la colonne. Ceci expliquait
l'inactivation de l'enzyme.
Des études ultérieures ont montré que sur les centaines de résidus d'acides aminés
composant la glucose isomérase, seuls deux étaient responsables des liaisons faibles. En
substituant ces acides aminés avec d'autres acides liés plus étroitement à leurs voisins, les
"ingénieurs en protéines" ont été en mesure de produire une enzyme plus stable. Cela a été
effectué en modifiant subtilement une petite partie de l'ADN codant pour la glucose
isomérase, de sorte qu'un des 20 résidus lysine dans chaque sous-unité de la protéine soit
remplacé par un résidu arginine.
Enregistrement du produit. Avant que la nouvelle enzyme puisse être vendue aux
producteurs de HFS, elle doit être soumise à des tests approfondis, tout comme au processus
de production, et obtenir l’approbation des organismes de réglementation. L'administration
71
américaine des aliments et drogues a déjà été consultée et a accepté la description, le but et les
conditions d'utilisation de cette glucose isomérase.
72
Programme des travaux dirigés pour le module introduction aux biotechnologies
TD 1 : Introduction à la biotechnologie.
TD 3 : La recherche en biotechnologie.
TD 6 : Evolution de la biotechnologie
TP 6 : La lyophilisation
73
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