Bilans matière appliqués aux

bioréacteurs
Biotechnologies et
bioprocédés
Biotechnologies et bioprocédés
Définition des biotechnologies (2005, OCDE) : « l'application de la
science et de la technologie à des organismes vivants, de même
qu'à ses composantes, produits et modélisations, pour modifier des
matériaux vivants ou non vivants aux fins de la production de
connaissances, de biens et de services »

Particularités :
• utilisation d’agents biologiques (microorganismes, virus, enzymes, cellules végétales et
animales) modifiés ou non

• champ multidisciplinaire où coexistent sciences (biologie, biologie moléculaire, botanique,

génétique, immunologie, biochimie, enzymologie...) et technologies.

• Extrême diversité des champs d’application : pharmacie, agro-alimentaire, agriculture, chimie

fine, environnement, énergie

Bioprocédés ?
3
Bioprocédés
Procédés mettant en œuvre des systèmes vivants
Dimensionnement des éléments clés des procédés biologiques :
- le bioréacteur, son agitation et son aération,
- la stérilisation des alimentations en substrat carboné et en air
- la récupération des produits

Démarche de modélisation :
Comprendre, identifier les mécanismes fondamentaux, les représenter par des lois
ou relations de complexité adaptée à l’objectif…

Outils du génie des procédés adaptés à la mise en œuvre d’organismes vivants,

Pour sélectionner les appareillages et définir des conditions de fonctionnement
utilisables dans la pratique industrielle.

4
 Définitions
Fields of application :

Grey/White Biotechnology : industrial production of goods and

Biotransformation of active compounds or precursors

Red Biotechnology : developpement of new diagnostics and therapeutics

following the genetic revolution

Green Biotechnology : targeted modifications of cultivars to improve their

properties

Scale :

Molecular Biotechnology : areas of applied biology (molecular, cell biology,

genomics, proteomics, transcriptomics, gene therapy, molecular diagnosis)

Microbial Biotechnology : production processes through biosynthesis 5

Les biotechnologies au service de secteurs
multiples
• la santé :
80 % des sociétés de biotechnologies, trois types d'application : la prévention (vaccins…), le
diagnostic (ex : mesure du potentiel mutagène d'un composé chimique) et le traitement (ex:
antibiotiques)

• l'alimentation
les aliments fermentés, les enzymes et les métabolites primaires et secondaires (acides
aminés, des arômes et des enzymes)

• l'agriculture
lutte biologique (contre un ravageur, une maladie ou une plante adventice) utilisant des agents
naturels antagonistes (biopesticides)

• l'environnement
pour traiter les eaux usées et les déchets

• L’énergie
bioéthanol, biodiésel 1ère et 2ème génération, algues (3ème gén.)
6

Cf techniques de l’ingénieur
Les Biotechnologies au service de la
santé
Par exemple :
• Lorsque les pigments partent à la conquête de la santé
Les caroténoïdes (pigments naturels ) ont des effets bénéfiques sur la santé humaine (réduction du risque
de cancer, augmentation des fonctions du système immunitaire) -> production à grande échelle :
1/ avec des micro-organismes naturellement producteurs de caroténoïdes
2/ avec des micro-organismes modifiés avec les gènes de production de caroténoïdes isolés de MO
producteurs -> E. coli est un organisme performant de production.

• Vaccins et nouvelles stratégies de vaccination

• Production d’antibiotiques

• Thérapie génique
(Consiste à introduire un gène dans une cellule ou un tissu spécifique). Nombreux essais depuis les années 1990, pas encore de
thérapeutiques reconnues

C. Foucaud-Scheunemann, S. Hellink, Techniques de l’ingénieur BIO 550 1-16

7
Les Biotechnologies au service de
l’alimentation
• Aliments fermentés (20 à 40 % de notre alimentation), biomasse (ferments,
protéines d’organisme unicellulaires), enzymes (auxiliaires alimentaires),
métabolites primaires (acide citrique, polysaccharides) et secondaires
(arômes)

• Acides aminés
60 % des acides aminés obtenus par voie biotechnologique sont utilisés dans l’alimentation humaine ; 5 millions de tonnes
annuelles de glutamate produites par Corynebacterium glutamicum ; recherches pour augmenter la productivité et diminuer les
coûts de production -> améliorations des procédés de fermentation et construction de souches (mutagenèse ou manipulation
génétiques -> délétion de voies métaboliques concurrentielles, dérégulation des voies ou surexpression d’enzymes).

• Arômes
demande croissante pour des arômes naturels ; mise au point de micro-organismes recombinants capables
de produire des arômes de plantes (ex : γ -décalactone, produite par des levures -> arôme de pêche, ex. framboise

• Enzymes
volume d’affaires global > 200 milliards € dans le monde (agroalimentaire et pharmaceutique) ; Les sources microbiennes
permettent d’avoir un rendement élevé, un coût de production raisonnable, une régularité d’approvisionnement et une bonne
maîtrise de la qualité.

C. Foucaud-Scheunemann, S. Hellink, Techniques de l’ingénieur BIO 550 1-16

8
Les Biotechnologies au service de
l’agriculture
• Des bactéries contre les insectes (1er biopesticide Bacillus thuringiensis), contre les moisissures…

• Bioinsecticides fongiques
De nombreuses espèces de champignons, capables de causer des dégâts chez des insectes, sont susceptibles d’être utilisées pour réguler des
populations d’insectes ravageurs (bioinsecticides). En France, la production de deux bioinsceticides fongiques (Ostrinil et Bétel) a débuté en
1994 chez Natural Plant Protection (NPP) (lutte contre la pyrale du maïs et le ver blanc de la canne à sucre)

=> Utilisations prometteuses mais passage à l’acte difficile (coûts, sécurité, efficacité) . Les méthodes
raisonnées de lutte chimique prévalent.

C. Foucaud-Scheunemann, S. Hellink, Techniques de l’ingénieur BIO 550 1-16

9
 Les Biotechnologies au service de
l’environnement
• Traiter les déchets
Biorestauration ou bioremédiation : pour dégrader des déchets toxiques dans des sols et eaux contaminés (ex
les stations d’épuration, ex : marée noire due au pétrolier Exxon Valdez (1989) dispersion de nutriments pour
accélérer le processus naturel). Basée sur le métabolisme microbien c’est-à-dire sur l’utilisation des
substances chimiques pour construire les éléments de la cellule.

Biolixiviation : C’est la dégradation naturelle de minéraux sulfurés par des micro-organismes. La maîtrise de cette
catalyse biologique a permis de concevoir des procédés industriels d’extraction de métaux comme le cuivre, l’or,
le cobalt et le nickel. voir page suivante

• Prévenir la pollution
Des molécules cosmétiques et notamment des tensioactifs biodégradables et biocompatibles sont industriellement produites par
fermentation de substrats végétaux par C. bombicola.
Biocarburants
Piles à bactéries (Microbial Fuel Cell)

=> Nombreuses applications. Les stratégies visent à réduire la pollution,

accélérer les procédés de traitements et réduire les coûts. Le remplacement
des ressources non renouvelables est un des enjeux importants
10
C. Foucaud-Scheunemann, S. Hellink, Techniques de l’ingénieur BIO 550 1-16
 Les Biotechnologies au service
de la chimie
Certains procédés de fermentation nécessitent moins d’étapes que leurs équivalents
pétrochimiques
Mutations économiques dans le domaine de la chimie, rapport du PIPAME, fev 2010

11
La croissance des microorganismes
et la production de métabolites
 Dynamique de croissance

Dans un système de production en batch, on distingue plusieurs

phases de croissance distinctes.

Phase exponentielle

Phase de lyse

Phase de latence Phase stationnaire

13
1-Phase de latence
Il n'y a pas de division cellulaire : N = N0

Deux facteurs conditionnent le temps

d’adaptation :

• L’âge de la souche :
• culture jeune à capables de se diviser très rapidement.
• culture en phase stationnaire à nombreuses cellules mortes
et cellules viables dans un état physiologique peu favorable à
la division à doivent incorporer les nutriments nécessaires à
la fabrication des enzymes nécessaires pour se diviser.

• L’adaptation aux nouvelles conditions de

Durée de la phase de latence en
culture. fonction de l’âge de la souche
(qques mn à plusieurs jours)
Fig Bailey 339
14
2- Phase de croissance exponentielle
Les cellules se divisent activement et utilisent tous les nutriments mis à leur disposition.
Cette phase ne s’arrête que lorsque le facteur limitant a totalement été consommé. C’est
pendant cette phase que l’on utilise une culture

Vitesse de croissance :
rX = µ CX
rX = masse de cellules formées/temps/volume réacteur
µ, taux de croissance (h-1)
CX = concentration massique de cellules

Pendant cette phase, le temps de génération (intervalle de temps entre deux divisions
successives) est minimal et constant. Il est dépendant des conditions de culture (température,
pH, lumière, concentration en sels nutritifs...) et de l’espèce cultivée.

15
 3- Phase stationnaire
4-Phase de lyse
Le milieu devient de moins en moins favorable aux divisions cellulaires (déficit d’un
facteur de croissance ou accumulation de déchets toxiques).
La structure interne des cellules se modifie (production de métabolites secondaires)

• Phase stationnaire Accumulation toxines

La croissance de la culture cesse mais le nombre de
cellule reste constant
àsoit équilibre entre divisions cellulaires et disparition
de certaines cellules mortes par autolyse,
àsoit cellules vivantes en l’absence de toute division Déficit de glucose

• Phase de mortalité cellulaire

Les cellules ne se divisent plus et meurent, entrainant
une dégradation de plus en plus importante des
conditions de culture (pH).
La population max (phase stat.)
dépend du pH et de Cglucose
16

Bailey Fig p 353

Phase exponentielle : effet de la température
sur le taux de croissance
Vitesse de croissance : rX = µ CX : µ dépend de la température

Temps de Tracé d’Arrhérius

génération Ln µ = f(1/T)
Ln2/µ= f(T)
3 classes de microorganismes :
Psychophiles : Topt ≈ 15°C
Mésophiles : Topt ≈ 37°C
Thermophiles : Topt > 50°C
Importance du refroidissement
Tracé d’Arrhérius pour une
réaction enzymatique
Si dénaturation de l’enzyme
réversible :
edénaturé/eactive = exp (-ΔGd/RT)
17

Bailey Fig p 344

Phase exponentielle : effet de la
concentration en substrat
Vitesse de croissance : rX = µ CX : µ dépend de la concentration en substrat
Loi de Monod
µ
CS
µ = µmax ––––––––
µmax KS + CS

CS = concentration de substrat

La loi de Monod ne décrit pas

l'inhibition par le substrat à S élevée
KS CS

Vitesse de croissance : rX = CX : µ dépend du pH

(zone optimale 1-2 unités pH)
18
 Vitesse de production
rP = masse de produit formé / (temps * volume réacteur)

Leucine

pénicilline

cellules
substrat
produit

Produit associé à la croissance : rP = a rX

(Produit synthétisé et relargué pendant la croissance)

Fig Handbook p 276 et 295

19
 Vitesse de production
Produits synthétisés pendant la phase stationnaire et/ou relargués par
éclatement des cellules

rP et rX indépendants

cobalamine

glucose

20
Fig handbook p 359
Vitesse de consommation de substrat
p S + νo O2 + νN SN –––> nX X + CO2 + H2O croissance
p S + … –––> CO2 + H2O maintenance
p S + … –––> nP P + ... production

rS = rScr + rSp + rm

Soit, pour le substrat, dans le cas d’un produit associé à la croissance :

µ aµ
rS = Cx (––– + –––– + m)
YX YP
Avec :
vitesse de consommation du substrat pour la maintenance :
r M = m Cx m = cte

21
Les bioréacteurs
Les procédés biochimiques
eau polluée par des
nutriments composés organiques

BIOREACTEUR BIOREACTEUR
Microorganismes/Cellules microorganismes
Production Traitement des effluents

microorganismes idéalement :
microorganismes+
produits chimiques CO2 + H2O
enzymes
:

Des exemples de production ?

23
 Dimensionnement :
Culture en réacteur agité continu idéal
Hypothèses réacteur idéal
p Alimentation continue en substrat
carboné, soutirage continu
CX0 = 0 p Régime stationnaireè
CS0 paramètres opératoires constants
CX
CS p Agitation parfaite è
Q = cte
CP concentrations uniformes

Conduite du procédé :
• Croissance limitée par le substrat
carboné S
air
• Pas de cellules X dans l’alimentation

Réaction globale : Hypothèses sur le type de culture :

S + no O2 –––––––> n X + n‘ P +… p Produit associé à la croissance
p Phase exponentielle de croissance
24
Bilan matière sur les cellules X
En phase
débit sortant production
= exponentielle de
Q CX rX V
croissance :
rX = µ CX

è Q CX = rX V = µ CX V <==> 1/ t = µ

Taux de croissance µ : fixé par la loi de Monod et ≤ µmax,

Régime stationnaire possible ssi t ³ 1/µmax

(temps de passage est suffisamment long pour permettre la
croissance des cellules)
Alors : le temps de passage fixe le taux de croissance

si t < 1/µmax, cad à fort débit : le réacteur n’est plus en régime

permanent, et la concentration en cellule diminue.
25
Bilans de matière et d’énergie
 Système

Système: portion arbitraire d’un procédé qui est considéré pour l’étude
Une unité (réacteur, colonne, mélangeur, …)
Une usine
Une partie d’une unité (frontière imaginaire)
Un élément différentiel de volume
Système ouvert : échange de matière avec son environnement
Système fermé : pas d’échange de matière avec son environnement
Système isolé : pas d’change d’énergie avec son environnement
Régime stationnaire / instationnaire
Stationnaire (permanent): les propriétés sont constantes au cours du temps
Instationnaire: elles dépendent du temps
Transitoire: régime instationnaire qui a lieu avant d’atteindre le régime stationnaire
 Système

Eau: système ouvert et instationnaire

Café: idem
Eau + café: système fermé et instationnaire
Tous: systèmes non isolés
 Bilans: Bilan démographique

(Entrées)-(Sorties)+(Production)=(Accumulation)
Immigration|t – Emigration|t + Naissances|t – Décès|t = Population|t+1 – Population|t
Si le bilan n’est pas satisfait:
•Erreur de calcul
•Erreur de mesure

•Erreur de raisonnement (p. ex. quelque chose a été oublié ou compté deux fois)
Bilans: Gestion d’un entrepôt

(Entrées)

(Accumulation)

(Sorties)
Bilans de matière
(Entrées)-(Sorties)+(Production)=(Accumulation)
Bilan global / Bilan partiel
Global: toute la matière
Partiel: une espèce / un élément
Bilan massique / Bilan molaire
Pas de bilan volumique
Pas de bilans sur des compositions
Une fois que le système d’étude a été défini, il sera possible d’écrire autant de bilans de
matière indépendants que d’espèces sont présentes dans le système

Attention aux unités !!!

Principe de conservation de la matière

La masse d’un système isolé quelconque reste constante

indépendamment des changements qui peuvent avoir lieu dans le
système
d
dt òW
dm = 0
Généralisation aux systèmes ouverts:
d ˆ = 0 Þ dr dVˆ + ru" × n"dS = 0
dt òVC òVC dt òSC
rdV

¶r "
+ div(ru ) = 0 Bilan de matière local : équation de continuité
¶t
dm
= å m! in - å m! out Bilan de matière global
dt
Exercice 1

J’ai 3,6 m3/h d’une suspension de particules dans un liquide, avec 50

kg de particules par m3 de suspension.
Je veux concentrer cette suspension, de façon à en avoir une avec
200 kg de particules par m3 de suspension.
Pour ceci, j’utilise une membrane qui me permet de décomposer
mon alimentation en deux courants: l’une contenant de l’eau pure,
l’autre contenant la suspension désirée. Quels sont les débits de ces
deux courants?
Remarque : considérez que la masse volumique des suspensions reste
constante
 Stratégie de résolution

1) Comprendre le procédé et poser le problème

2) Faire un schéma du procédé en spécifiant les limites du système
d’étude
3) Expliciter les flux et les espèces (débits, compositions,...)
4) Déterminer la variance (les degrés de liberté) du système :
Variables inconnues
Bilans indépendants
Equations indépendantes
5) Si nécessaire, établir une hypothèse de calcul
6) Ecrire les équations et résoudre
Exercice 2

Le sulfate d’ammonium est couramment utilisé comme source d’azote

pour la culture industrielle de cellules (p. ex. dans l’industrie
pharmaceutique). Calculez la consommation de sulfate d’ammonium
dans un milieu de fermentation de 500 litres dont la concentration
finale en cellules est de 35 g/l. Considérez que les cellules contiennent
9 % (massique) d’azote, et que le sulfate d’ammonium est la seule
source d’azote dans le milieu.
Exercice 3

La composition de l’air est 79% (mol.) N2, 21% O2. Quelle est la
fraction massique d’oxygène dans l’air ?

Quelle est la masse molaire de l’air?

Exercice 4

Vous devez séparer 1000 kg/h d’un mélange équimolaire de benzène-

toluène. Pour cela vous décidez d’utiliser une colonne à distiller. Vous
voulez récupérer 90% du benzène en tête de colonne, avec une pureté
de 95% massique.
Calculez la composition au pied de la colonne, ainsi que les débits de
pied et de tête.
 Bilans de matière: unités

m! A = Débit massique de A =

= xˆ A m! tot = = Masse de A / Masse totale * Débit massique total =

= X A m! B = = Masse de A / Masse de B * Débit massique de B =
= c AQv = = Concentration (massique) de A * Débit volumique total =

= c AuS = = Concentration(massique)de A * Vitesse moyenne * Section =

= xˆ A ruS = = Masse de A / Masse totale * Masse volumique * Vitesse moyenne * Section
 Bilans de matière dans des systèmes
réactifs

• Avancement de la réaction moles produits de A

xº ³ 0(= )mol
• Réactifs: n < 0 nA
A
• Produits: n > 0
A

• Conversion Χ º moles consommés de réactif limitant = - x in×n A ³ 0(= )#

moles introduits de réactif limitant nA
• Définie pour le réactif limitant!
• Rendement
moles de produit desiré formés
Yield = (= )#
maximum de moles de produit desiré qui auraient pu être formés
• Sélectivité
moles de produit desiré formés
Selectivity = (= )#
moles de produits indesirés formés
 Vitesse de réaction

• Vitesse d’avancement moles produits de A mol

x! º ³ 0(= )
• Réactifs: temps ×n A s
nA <0
• Produits: n > 0
A
moles consommés de réactif limitant - x! ×n
• Conversion Χ º = in
A
³ 0(= )#
moles introduits de réactif limitant !
nA
• Vitesse de réaction (pour des réactions homogènes)
moles produits de A x! mol
rº = ³ 0(= ) 3
volume × temps ×n A V ms
• Vitesse de réaction (pour des réactions catalytiques
hétérogènes)
moles produits de A x! mol
rº = ³ 0(= ) 2
surface × temps ×n A S m s
Exercice 7

• Vous brûlez du méthane avec de l’air dans un réacteur

continu en régime permanent. Quelle sera la composition
en sortie du réacteur, si l’alimentation est composée de
méthane (7,8%), oxygène (19,4%) et azote (72,8%), et à la
sortie on obtient un rapport de 8 mol de CO2 par mol de
CO, avec une conversion de 90%?
CH 4 + 2O2 Þ CO2 + 2 H 2O
3
CH 4 + O2 Þ CO + 2 H 2O
2
Bilans en régime transitoire vs
bilans en régime permanent

Accumulation ≠ 0 Accumulation = 0

Performances globales du
Evolution des paramètres dans le procédé:
BATCH temps Entrée(s) = charge(s)
Sortie(s) = décharge(s)

Régime permanent
Régime transitoire (démarrage,
CONTINU arrêt, régulation…)
(fonctionnement « normal » du
procédé)

d
Accumulation =
dt
Application aux bioréacteurs
 Relations
Expression des concentrations massiques

KS
D’après la loi de Monod : CS = ––––––––––
t µmax -1

Bilan matière sur le substrat : débit sortant = débit entrant - consommation

Q CS = Q CS0 - rS V
rS = consommation de substrat pour croissance, maintenance et production :
1 a m
rS = rScr + rSP + rm = µ CX ( ––– + ––– + –––)
YX YP µ

CS0 - CS
Soit : CX = ––––––––––––––––– = (CS0 - CS) RX/S
1/YX + a/YP + m t

Bilan matière sur le produit : Q CP = rp V = a µ CX V

<==> CP = rP t = a CX (et RP/S = a/RX/S)

44
Détermination expérimentale du taux de
maintenance
CS0 – CS CS0 - CS
CX = ––––––––––––––––– <==> ---------- = 1/YX + a/YP + m t
1/YX + a/YP + m t CX

Mesure du rendement opératoire RX/S à différents t

Rendement
CS0 - CS
----------
CX

Pente = maintenance m

1/YX + a/YP

45
Temps de passage t
Fonctionnement en mode lavage : t < 1/µmax
Intérêt : détermination expérimentale de µmax
Expérience : après établissement du taux de croissance maximum,
avec une concentration CX0 : augmentation progressive du débit

Log CX/ CX0

Pente µmax - 1/t

Bilan sur les cellules en
régime transitoire :
Q CX = - V dCX /dt + rX V
avec rX = µmax CX
et CX = CX0 à t =0
<==>
Log CX/ CX0 = (µmax - 1/t) t

t
46
Fonctionnement avec recyclage de la
biomasse
S + … –––––––> n X + n‘ P
Facteur de concentration c
taux de recyclage a,

Concentre la
Substrat biomasse
CS0 Produit
Q CX , CS , CP CS , CP
(1+a)Q Xf

a Q, cCX, CS,
Recyclage d’enzyme :
CP réacteur d’ultrafiltration,
Recyclage cellules séparation par membrane
47
 Concentre
la biomasse

Fonctionnement avec CS0

Q CX, CS, CS, CP

recyclage de la biomasse CP
(1+a)Q
Xf

S + … –––––––> n X + n‘ P
Facteur de concentration c a Q, cCX, CS,
taux de recyclage a, CP

Bilans matière en régime permanent (CX0 » 0), en concentrations massiques :

Cellules : (1+ a)Q Cx = aQ cCx + rxV
Substrat : (1+ a)Q CS = Q CS0+ aQ CS - rSV
Produit : (1+ a)Q CP = aQ CP + rPV

en posant : G = 1 - a (c-1) < 1

è µ = G / t £ µmax : valeur mini de t plus faible (cad débit + fort)

è Cx = Rx (CS0 - CS) / G : concentration en cellules dans le réacteur supérieure
è CXF = G CX : concentration en cellules en sortie identique .
… par rapport aux valeurs sans recyclage

Le recyclage permet de traiter des débits plus élevés, sans

augmenter la concentration de biomasse en sortie.
Fonctionnement intéressant pour les stations d'épuration
48
Application numérique
• Tracé de la concentration en cellule, en substrat, de la productivité en
biomasse et du rendement global en fonction de l’inverse du temps de
passage t

• Culture précédente :
• Pas de produit valorisable
• s° = CS0/Ks = 10
• m’ = m/µMAX =0,25
• Y =1

• Recyclage : taux de recyclage 40%

facteur de concentration 3

49