2023 BUT génie biologique - Parcours SAB

Mme SPEHNER Microbiologie industrielle

Module : biotechnologies

La microbiologie industrielle
Chapitre 1 : Introduction à la microbiologie industrielle
1. Définitions de la microbiologie industrielle
2. La fermentation
3. Les domaines d’activité de la microbiologie industrielle

Chapitre 2 : Les souches microbiennes et leurs milieux de culture

1. Les micro-organismes utiles
2. Propriétés des micro-organismes d’intérêt industriel :
3. La réaction microbiologique
4. Les milieux de culture pour les fermentations industrielles
5. Les contraintes liées au biologique

Chapitre 3 : Quelques exemples d’applications industrielles

1. La production de biomasse
2. La production de métabolites
2.1 Les métabolites primaires
2.2 Métabolites secondaires
3. La production d’enzymes
4. La production de produits recombinants
5. Les produits issus des bioconversions
6. Conditions pour des applications dans l’industrie

Chapitre 4 : Le bioréacteur et ses équipements

1. Structure générale d’un bioréacteur
2. Agitation du milieu de fermentation
3. Aération
4. Dispositifs anti-mousses
5. Les capteurs

Chapitre 5 : Les différents procédés de fermentation

1. Le mode batch
2. Le mode chemostat
3. Le mode fed-batch
4. D’autres modèles

Chapitre 6 : Mise en œuvre d’une fermentation

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Module : biotechnologies
Matière : Microbiologie industrielle
Chapitre 1 : Introduction à la
microbiologie industrielle
Figure 1  : Exemples de fermentations métaboliques : la fermentation lactique (point de côté), la
fermentation alcoolique

Fermentation lactique Fermentation éthylique

Figure 2  : Les principaux domaines d’activité de la microbiologie industrielle

 Premier usage de la fermentation de microorganismes pour l’alimentaire (avant
même de connaitre les mécanismes impliqués)
 S’est par la suite étendu à d’autres domaines : pharmaceutiques, cosmétiques,
carburants, agriculture, environnement…
 Emergence des biotechnologies (blanche, bleue)!

Module : biotechnologies
Matière : Microbiologie industrielle

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Chapitre 2 : Les souches microbiennes

et leurs milieux de culture
1. Les micro-organismes utiles
 Différents types de microorganismes
Bactéries Acetobacter et gluconobacter (production de vinaigre)
(0,2 – 10µm)

Archées (0,1 Les enzymes des Archeas thermophiles extrêmes peuvent avoir des
à 15µm) applications commerciales importantes à cause de leur température optimale
élevée et leur thermo-stabilité :
 L’activité à haute température est une caractéristique capitale parce
que plusieurs procédés industriels se déroulent à des températures
entre 50 à 100°C.
 Les enzymes qui ont une température optimale élevée sont moins
couteuses que les autres (elles donnent la même activité avec un
nombre moins d’enzymes)
 La résistance à la chaleur est corrélée à une résistance plus élevée aux
températures moyennes et aux produits chimiques dénaturant.
Levures et Aspergillus niger : production d’acide citrique, acide gluconique
champignon S.cerevisiae : fermentation alcoolique, panification
s
filamenteux
(5 à 20µm)
Microalgues Ascophyllum nodosum : production d’alginates
(5 à 400µm)
Virus (10 à Baculovirus : virus d’insectes pour limiter les insecticides chimiques
400nm)

2. Propriétés des µo d’intérêt industriel

 Croissance rapide
 Croissance dans un milieu peu couteux et disponible non pathogène et
modifiable génétiquement
 Idéale sécrète le produit dans une courte période
 Peut se développer dans des grands volumes
 Le produit sécrété ne doit pas avoir d’élément toxiques ou indésirables
 Méthode d’extraction simple du produit
 Résistante au changement environnemental

Figure 1 : la réaction microbienne

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Figure 2 : la courbe de croissance microbienne

Phase de latence, d’accélération, croissance exponentielle, ralentissement, stationnaire,

déclin

Figure 3 : la courbe de synthèse des métabolites primaires et secondaires

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3. Les milieux de culture pour les fermentations industrielles

Eléments Caractéristique
Sources Glucides Ils sont obtenus à partir de céréales, de pommes de terre ou de
de manioc dont l’amidon peut être hydrolysé chimiquement ou
Carbone enzymatiquement pour obtenir des variétés de préparations de
glucose sous forme solide ou de sirops
- Malt contient de l’amidon mais aussi du saccharose, de la
cellulose et de l’hémicellulose.
- Mélasse de canne à sucre ou de betterave rouge : source

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de saccharose. Utilisée pour la production des aa
Lipides
Autres

Figure 4 : Exemples de milieu de culture

 Les exercices d’applications

Exercice 1

Exercice 2. Suivi de croissance

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Un Erlenmeyer de 250 mL contenant 100 mL de milieu LB (Tryptone 10 g/L; Extrait de levure

5 g/L; NaCl 10 g/L) est ensemencé à 5% avec une culture de la nuit d’E. coli dans le même
milieu.
La culture est effectuée à30°C, sous agitation (180 rpm).
Une mesure de l’absorbance est réalisée toutes les 30 minutes à 600 nm. La culture est
diluée lorsque la valeur dépasse 0,6.

À l’aide d’un tableur, compléter le tableau et tracer Ln(A600 nm réelle) = f(t)

1) Quelle est la durée de la phase de latence ? Proposer une explication.

2) Quelle est la durée de la phase exponentielle de croissance ?
3) En déduire la pente de la phase exponentielle de croissance, qui est égale à μx expo
exprimé en min-1.
4) Calculer le temps de génération en minutes
5) Le temps de doublement d’E. coli dans des conditions optimales de croissance est de
l’ordre de 20 minutes. Que pouvez-vous en déduire ? Quel paramètre pourrait être
modifié afin d’arriver à cette valeur ?
Exercice 3 : milieu de culture

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Module : biotechnologies
Matière : Microbiologie industrielle
Chapitre 3 : Quelques exemples
d’applications industrielles
La fermentation permet de produire :
- La biomasse
- Des enzymes microbiennes
- Des métabolites primaires et secondaires
- Des produits recombinants
- Des produits issus de la bioconversion

Production de biomasse :

Bactéries Levures Moisissures

Agro-alimentaire -Produits laitiers (yaourts, - boulangeries, pain et -Fromage et
(produits complexes) fromage, kéfir) : Bifidobacterium, produits assimilés et produits laitiers:
Lactobaccilus, Streptococcus alcools: Saccharomyces, Penicillium
-Viandes: Lactobacillus Pichia roquefortii,
(saucisson), Pediococcus (Nuoc -boissons fermentées : Penicillium
nam) Kluyveromyces camembertii,
-Végétaux: Leuconostoc, Saccharomyces Fusarium
Lactobacillus(choucroute), -jambon et saucisson :

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oenococcus (vin)… Debaryomyces
Produits unitaires: Corynebacterium Saccharomyces , Pichia, Penicillium,
Acide organique, Streptomyces, Bacillus Kluyveromyces lactis Aspergillus,
exhausteurs de goût, megaterium, Zymomonas Blaskesla
émulsifiants, arômes,
pigments
Santé: Corynebacterium Saccharomyces (prod vit Penicillium
Acide aminés, Salmonella typhi (vaccin) C) (antibiotique),
antibiotiques, Aspergillus
vitamines, hormones,
enzymes
Vaccin
Chimie & Agro-chimie: Eubacterium, Lactobacillus, Saccharomyces (prod Aspergillus (prod
Solvants, carburants, Clostridium, Bacillus thuregiensis ethanol) de plastique)
enzymes, matériaux et (bioinsecticide), Zymomonas, Trichoderma
polysaccharides, Xanthomonas (prod de xanthan = (certains
insecticides et épaississant alimentaire) biopesticides)
pesticides

Microalgues
Agro-alimentaire -Colorants alimentaires (Astaxanthine et caroténoïdes): Dunella, Spirulina,
Haematococcus
Santé -AGPI et Ω3 (DHA): Chlorella, Schizochytrium
Chimie et carburants -biodiesel: Chlamydomonas

Production de métabolites

Les métabolites primaires = les produits du métabolisme formés pendant la phase

exponentielle de croissance et qui sont indispensables à la croissance cellulaire.
Métabolite Exemple de micro- Exemple d’utilisation
primaire organisme utilisé industrielle
Acides Acide citrique Aspergillus niger Additif en industrie alimentaire
organiques (boisson, confiserie)
Boulangerie (agent levant du pain)
Blanchisserie (substitution du
phophate dans les lessives)
Acide acétique Acetobacter sp. Agroalimentaire
Alcool Éthanol S.cerevisiae Boissons alcoolisées
Parfumerie
Pharmacie
Acides aminés L-Lysine Brevibacterium Nutrition animale
lactofermentum
Acide L- Corynebacterium Exhausteur de goût
glutamique glutamicum Pharmacie
Attendrisseur de viande
Vitamines Vitamine C Acetobacter Alimentaire et pharmaceutique
suboxydans
Vitamine D Saccharomyces sp.
Nucléotides Inosine-5’- Micrococcus Exhausteur de goût
monophosphate Brevibacterium

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Biopolymères Xanthane Xanthomonas Agroalimentaire, industrie
campestris pétrolière
Alginate Pseudomonas Agroalimentaire
aeruginosa

Métabolites secondaires = produits formés par certains MO (Bactéries filamenteuses,

champignons bactérie sporulantes) pendant la phase de décélération et la phase
stationnaire, qui ne présentent pas de fonction particulière dans le métabolisme et dans la
croissance cellulaire
Métabolite secondaire Exemple de micro-organisme utilisé
Pénicilline G Penicillium chrysogenum
Antibiotiques Streptomycine Streptomyces griseus
Tétracyclines Streptomyces aureofaciens
Alcaloïdes (antidouleurs) Claviceps purpurea
Produits
Paxistérol (analgésique) Pénicillium sp.
pharmacologiquement
Stéroïdes (anti-
actifs Mycobacterium
inflammatoires)
Molécule utilisée en Milbémycine (insecticide) Streptomyces hygroscopicus
agriculture Herbicidine (Herbicide) Streptomyces sagonensis
Paraméthylacétophénone
Penicillium decumbens
Arômes (arôme fruité)
Citronellol (arôme de rose) Ceratocystis variospora
Phytohormones Gibbérellines Fusarium monoliforme

Production d’enzymes

Exemple de micro-
Enzyme Exemple d’application industrielle
organisme
Boulangerie : diminution de la viscosité de la pâte,
accelération de la fermentation…
Amylase Aspergillus niger
Agroalimentaire : fabrication des sirops de glucose
Pharmaceutique : aide à la digestion
Catalase Penicillium sp. Stabilisation des sodas
Cellulase Aspergillus niger Alimentaire : préparation de soupes et de purées
Alimentaire : Production de crèmes glacées et de
Lactase Streptomyces coelicolor
laits concentrés.
Lipase Mucor javanicus Blanchisserie : Détergents
Blanchisserie : Détergents
Viande : attendrisseur
Protéase Bacillus subtilis
Boulangerie : amélioration texture de la pâte,
augmentation du volume du pain.

Les produits recombinants

Produit recombinant humain Exemple de micro-organisme utilisé
Hormone de croissance E.coli
Insuline Bacillus subtilis
Beta-endorphine Saccharomyces cerevisiae

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Module : biotechnologies
Matière : Microbiologie industrielle
Chapitre 4 : Le bioréacteur et ses
équipements
Figure 1 : Structure générale d’un bioréacteur

Dispositifs Rôles
De Permet de réguler la température à l’aide d’une double enveloppe et/ou
chauffage/refroidissement un serpentin intérieur dans lesquels les fluides thermiques circulent.
D’agitation - Transfert de matière entre les cellules et le milieu (aliments et
D’aération déchets)
- Transfert de gaz : 02 du milieu vers les cellules et CO2 des cellules
vers le milieu.
De capteurs ou de sondes Mesurent les valeurs des facteurs physiques et Permettent de
physico-chimiques (pH, température, pression maintenir au sein
partielle et O2…) et les transmettent à une unité de du fermenteur des
contrôle. conditions de
D’actionneurs Régulent les valeurs de ces paramètres si elles ne croissance et de
sont plus optimales pour la croissance des cellules production
optimales.
Une entrée d’air et une Permet de réguler l’air/gaz entrant et sortant
sortie des gaz
Des entrées d’inoculation Permet d’ajouter l’inoculum et du milieu de culture
Une ou des sorties de

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prélèvements

Figure 2 : Les différentes échelles selon le degré de maîtrise de la fermentation

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Figure 3 : Les systèmes d’agitation

Système
Principe
d’agitation
Agitation Composé d’un arbre entrainé par un moteur qui
mécanique comporte un ou plusieurs mobiles d’agitation
Il existe deux familles de mobiles d’agitation :
- Les agitateurs à mélange radial
- Les agitateurs à mélange axial

Agitation Agitation axiale

radiale
Efficacité du mélange +++ +
gaz-liquide
Efficacité du mélange + +++
solide-liquide
Effet de cisaillement +++ +
Application Culture Culture cellules

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µO animales

Agitation par Utilisé pour la culture de :

vibration - Cellules d’organismes supérieurs (végétales ou
animales) du fait d’un faible cisaillement
- micro-organismes anaérobies ou micro-aérophile
(bactéries lactiques par exemple)

Agitation Agitation provoquée par l’introduction du gaz

pneumatique d’aération.
Utilisation de colonnes à bulles (si transfert d’O2 peu
important)
Pour les cultures de bactéries filamenteuses ou de
moisissures…

Figure 3 : Le système d’aération

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Figure 4 : Fragmentation des bulles d’air issues du diffuseur par le mobile d’agitation

Figure 5 : Les cinq étapes du transfert d’O2, de la bulle gazeuse à la cellule.

Figure 6 : Les différents capteurs reliés au fermenteur.

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 Exercice d’application

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Exercices : légender le bioréacteur de la figure ci-dessus.

Module : biotechnologies
Matière : Microbiologie industrielle

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Chapitre 5 : Les différents procédés de

fermentation

Procédé de
Le mode batch Le mode chemostat Le mode fed-batch
fermentation

Principe

Schéma du
procédé

Avantages

Inconvénient
s

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